I te mutunga o te pakanga, ka haere a Mary ki te whare herehere o Loch Leven, i reira i noho ai tana tama, a James VI, i whanau i te marama o Hune 1566. I kawea a James ki Stirling Castle kia whakaarahia hei Porotetani. I mawhiti a Mary i Loch Leven i te tau 1568, engari i muri i tetahi atu parekura ka rere ki tua atu o te rohe ki Ingarangi, i te wa i whakawhiwhia ai ia ki te tautoko mai i a Elizabeth. Ko te whakaaro tuatahi a Elizabeth ko te whakahoki mai i tana hoa rangatira; engari ko ia me tana kaunihera i whiriwhiri ki te purei haumaru. I te mea kaore e taea te whakahoki mai i a Mary ki Scotland me te ope Ingarihi, ki te tuku ranei ki France me nga hoariri Katorika o Ingarangi, i mauheretia ia ki Ingarangi, i herea ai ia mo nga tau tekau ma iwa e whai ake nei.
Ko Erihapeti