Whakaotihia te rerenga e whai ake nei: Ma te mahi i tetahi hononga torangapu me te Empress Dowager, me te noho hei hoariri pumau mo te Emepara o Guangxu, i wehe atu a Yuan i te taone nui i te 1899 mo tana whakatuunga hou hei Kawana o Shandong. I a ia e toru tau e mahi ana ka pakaru te Boxer Rebellion (1899<unk>1901); I whakarite a Yuan i te tukinotanga o nga Kaihokohoko i te kawanatanga, ahakoa kaore ana hoia i uru kaha ki waho o Shandong ano. I uru a Yuan ki te taha o te roopu pro-waho i te Whare Imperial, me Prince Qing, Li Hongzhang, me Ronglu. I whakakahore ia ki te taha ki nga Kaiwhawhai me te whakaeke i nga ope o te Eight-Nation Alliance, me te hono atu ki etahi atu kawana Hainamana i whakahau i nga ope hou penei i a Zhang Zhidong kaore i uru ki te Boxer Rebellion. Ko ia me Zhang i kore e aro ki te whakapuaki pakanga a Empress Dowager Cixi ki nga mana ke, ka haere tonu ki te aukati i nga Peke. I mōhiotia tēnei rōpū ko Te Tiaki Tuarua o te Tonga-rawhiti o Haina. Hei taapiri ki te kore e whawhai ki te Huinga o nga Whenua e waru me te aukati i nga Kaihokohoko i Shandong, i awhina ano a Yuan me tana ope (te Ropu Tika) i te Huinga o nga Whenua e waru ki te aukati i nga Kaihokohoko i muri i te tukunga o te pakanga.
I riro a Pekin i te Alliance i te marama o Akuhata 1900. I patua e nga ope a Yuan Shikai nga mano tini o nga tangata i roto i ta ratou pakanga anti-Boxer i Zhili. I mahi a Yuan i Baoding i te pakanga, i mutu i te tau 1902.