I te tau 1939, i muri i te whakaekenga o Poland, i whakaekehia e nga ope noho a te Tiamana Nazi
ka katia te whare wānanga. I hiahiatia nga tane kaha ki te mahi, no reira mai i te 1940 ki te 1944 i mahi a Wojtyła hei karere mo te wharekai, he kaimahi mahi i roto i te kohatu kohatu me te wheketere matū Solvay, kia kore ai e tukuna ki Tiamana. I te Hui-tanguru 1940, i tutaki ia ki a Jan Tyranowski nana nei i whakauru ia ki te wairua Carmelite me nga roopu taiohi "Rosary Ora". I taua tau ano, e rua nga aitua nui i pa ki a ia, i pangia e ia te kopu i muri i tana tukinga e te taraiwa me nga wharanga i mau tonu i waiho ai ia ki tetahi pokohiwi teitei ake i tera atu me te piko tonu i muri i te tukinga e te taraka i roto i te kohatu. Ko tana papa, he rangatira kore-a-Austrian-Hungarian me te rangatira i muri mai i te ope taua o Polani, i mate i te mate ngakau i te 1941, ka waiho a Wojtyła hei mema ora anake o te whanau tata. "Kare ahau i te matenga o toku whaea, kaore au i te mate o taku tuakana, kaore au i te mate o toku papa", i kii ia, e whakaaro ana ki enei waa o tona oranga, tata ki te wha tekau tau i muri mai, "I te rua tekau, kua ngaro katoa nga tangata i arohaina e au".