Pada tanggal 1 November 1864, José Luís ditunjuk sebagai komandan Divisi ke-2 di tentara utama Brasil, yang pada saat itu disebut "Tentara Selatan" dan dipimpin oleh pamannya Marsekal João Propício Mena Barreto (kemudian Baron São Gabriel). Tentara Selatan menginvasi Uruguay pada 1 Desember. José Luís mengambil bagian dalam pengepungan
dari kota Uruguayan Paysandú, yang jatuh pada tanggal 2 Januari 1865. Tentara Brasil dan pasukan Colorado yang bersekutu kemudian mengepung ibu kota Uruguay, Montevideo. Sebelum serangan terhadap kota bisa diluncurkan, Blancos menyerah, mengakhiri konflik.