Pada tahun 1250 krisis dalam negara Ayyubid menyebabkan kebangkitan Mamluk ke kekuasaan dan transisi ke Kesultanan Mamluk, yang dibagi antara periode Bahri dan Burji. Kekaisaran Ayyub mencoba mempertahankan kekuasaan di Suriah, tetapi invasi Mongol pada tahun 1260
mengakhiri ini. Tentara Mamluk mengalahkan serangan Mongol dan setelahnya Baybars, pendiri sebenarnya dari negara Mamluk, muncul sebagai penguasa Mesir, Levant, dan Hijaz. Mamluk memerintah Palestina termasuk Yerusalem dari tahun 1260 sampai 1516. Dalam beberapa dekade setelah 1260, mereka juga bekerja untuk menghilangkan negara-negara Salib yang tersisa di wilayah tersebut. Yang terakhir dari ini dikalahkan dengan penangkapan Acre pada tahun 1291.