Sebuah periode panjang pelatihan diikuti di Atherton Tablelands, sebagai antar-sekutu politik mengakibatkan terbatas kesempatan untuk pekerjaan pasukan Australia sepanjang 1944 dan ke 1945. Akibatnya, tidak sampai pertengahan 1945 bahwa 2/32nd pergi ke pertempuran lagi. Kampanye Borneo akhirnya terbukti menjadi keterlibatan terakhir mereka dalam perang. Selama operasi awal untuk menangkap Labuan
, batalyon tetap dalam cadangan, dan hanya datang ke pantai pada tanggal 12 Juni. Batalion ini diangkut dari Labuan ke Padas Bay empat hari, pada tanggal 16 Juni, melalui kapal pendarat, dan menyusul ini mengambil bagian dalam menangkap Weston pada hari berikutnya. 2/32nd kemudian berpatroli ke arah Beaufort, melakukan serangan di kota bersama dengan Batalyon 2/43rd pada 26 Juni, untuk mengamankan jalur kereta api Weston-Beaufort. Sepanjang awal Juli batalyon maju menuju Papar. Kemajuan utama dilakukan di sepanjang jalur kereta api dengan gerakan mengelilingi yang disediakan oleh satu perusahaan yang melakukan pendaratan amfibi ke selatan; setelah gerakan ini, kota tersebut kemudian diambil pada tanggal 12 Juli 1945.