Pada pecahnya Perang Dunia II "Athos II" masih berada di rute Timur Jauh tetapi pada tanggal 1 Februari 1940 di Colombo, Celyon bergabung dengan konvoi Australia / Selandia Baru, ditunjuk US1 untuk kerahasiaan dan mengangkut sekitar 13.500 tentara ke Afrika Utara, di bawah pengawalan yang kemudian dipimpin oleh. Setelah melewati Terusan Suez dan kembali ke Prancis, Athos II mulai melayani Marseille, Mesir dan Suriah hingga gencatan senjata Jerman-Perancis 22 Juni 1940.
ketika kapal itu berlabuh di Alexandria, Mesir bersama dengan kapal-kapal Perancis lainnya yang disita di Terusan Suez dan perairan Mesir. Selain kapal-kapal dagang ada pasukan angkatan laut Prancis, Force X, di bawah Laksamana Rene-Emile Godfroy yang telah beroperasi dengan armada Inggris dari Alexandria. Setelah jatuhnya Prancis dengan Prancis Vichy yang dikendalikan Jerman yang mengendalikan pelabuhan Prancis, Prancis dihadapkan dengan pilihan untuk melanjutkan dengan Sekutu di bawah Jenderal de Gaulle, demilitarisasi atau ditenggelamkan oleh Inggris. Tindakan Inggris terhadap armada Prancis di Oran menghambat demilitarisasi tetapi dilanjutkan setelah negosiasi lebih lanjut dengan hasil pengurangan angkatan laut Prancis, sekitar 4.000 orang, menjadi sepertiga. Dua ribu pelaut Prancis telah meninggalkan Alexandria ketika "Athos II" diizinkan untuk berlayar pada 13 Juli 1940 dengan 1.000 personel Force X yang tersisa dan beberapa kru kapal dagang ke Prancis. Pada bulan September 1940 memulangkan pasukan Prancis dari Suriah dan kemudian menjadi kapal penjaga di Algiers sampai ditangkap oleh Sekutu pada bulan November 1942 selama Operasi Torch.