Invasi Jepang selama Perang Dunia II mengakhiri kekuasaan Inggris di Malaya. Pendudukan Malaya, Kalimantan Utara dan Sarawak dari tahun 1942 hingga 1945 kemudian memicu gelombang nasionalisme. Setelah penyerahan Jepang dari Malaya karena dikalahkan oleh Sekutu, Uni Malaya didirikan pada tahun 1946 oleh administrasi Inggris tetapi menyusul oposisi oleh etnis Melayu, serikat ini direorganisasi sebagai Federasi Malaya pada tahun 1948 sebagai negara protektorat sampai 1957. Di Semenanjung, Partai Komunis Malaya mengangkat senjata melawan Inggris dan ketegangan menyebabkan deklarasi keadaan darurat
selama 12 tahun dari 1948 sampai 1960. Tanggapan militer yang serius terhadap pemberontakan komunis serta Pembicaraan Baling pada tahun 1955 menyebabkan pembentukan kemerdekaan untuk Malaya pada tanggal 31 Agustus 1957 melalui negosiasi diplomatik dengan Inggris. Tunku Abdul Rahman menjadi Perdana Menteri pertama Malaysia. Pada tahun 1960, berakhirnya keadaan darurat terjadi karena ancaman komunis berkurang dan penarikan mereka ke perbatasan antara Malaya dan Thailand.