Jodl dipilih oleh Hitler untuk menjadi Kepala Staf Operasi Oberkommando der Wehrmacht (OKW) yang baru dibentuk pada 23 Agustus 1939, tepat sebelum invasi Jerman ke Polandia. Jodl bertindak sebagai kepala staf selama invasi Denmark
dan Norwegia. Setelah kejatuhan Prancis, Jodl optimis akan keberhasilan Jerman atas Inggris, menulis pada 30 Juni 1940 bahwa "Kemenangan terakhir Jerman atas Inggris sekarang hanya masalah waktu".