MEK didirikan pada 5 September 1965 oleh mahasiswa Iran yang berafiliasi dengan Gerakan Kebebasan Iran untuk menentang Shah Mohammad Reza Pahlavi yang didukung AS. Organisasi ini terlibat dalam konflik bersenjata dengan dinasti Pahlavi pada tahun 1970-an dan berkontribusi pada penggulingan Shah selama Revolusi Iran. Ia kemudian mengejar pendirian demokrasi di Iran, terutama mendapatkan dukungan dari kaum intelektual kelas menengah Iran. Setelah jatuhnya Pahlavi, MEK menolak untuk mengambil bagian dalam referendum konstitusi
dari pemerintah baru, yang menyebabkan Khomeini mencegah Massoud Rajavi dan anggota MEK lainnya dari mencalonkan diri untuk jabatan di pemerintahan baru. Hal ini menciptakan konflik dengan Ayatollah Khomeini, dan, pada awal 1981, pihak berwenang telah melarang MEK, melakukan "penindasan besar terhadap anggota dan pendukung kelompok", mendorong organisasi itu ke bawah tanah.