Pada musim 2016-17, Frankfurt berhasil finis di posisi 11 di tengah klasemen, serta mencapai Final DFB-Pokal 2017, final pertama klub sejak 2006, di mana Frankfurt kalah 1-2 dari Borussia Dortmund. Pada musim 2017/18, Frankfurt bersaing untuk tempat di kompetisi Eropa untuk musim berikutnya. Kovač biasanya menggunakan formasi 3<unk>4<unk>2<unk>1 dengan penekanan pada stabilitas defensif dan permainan sayap. Dia membawa Frankfurt ke Final DFB-Pokal 2018
, yang kedua berturut-turut untuk klub, di mana ia mengalahkan majikan masa depannya, Bayern Munich. Dengan kemenangan itu, Kovač memimpin Frankfurt meraih trofi pertamanya sejak 1988. Dia menyelesaikan dengan rekor 38 kemenangan, 20 seri, dan 33 kekalahan dalam 91 pertandingan. Adi Hütter menjadi penerusnya.