Setelah Perang Dunia II, Lee diangkat menjadi anggota komite yang ditugaskan untuk membangun kembali ekonomi Malaya, yang telah menderita selama pendudukan Jepang. Ketika keadaan darurat diberlakukan oleh Inggris pada tahun 1948 sebagai tanggapan terhadap pemberontakan komunis
, ia diangkat menjadi Dewan Penasihat Uni Malaya, Dewan Legislatif Federal dan Dewan Eksekutif Federal.