Pada tahun 1949, Dewan Komunitas Yahudi Praha dari sisa komunitas Yahudi di tanah Ceko menyerahkan kendali museum kepada rezim Komunis. Pada tanggal 4 April 1950, museum ini berganti nama menjadi State Jewish Museum, sebuah lembaga budaya yang tersebar di enam sinagoga, sebuah aula upacara dan sebuah pemakaman, didirikan sebagai "sebuah peringatan, sebuah lembaga pelestarian sejarah dan lembaga penelitian". Komunis menekan agama Yahudi, melarang kontak dengan para peneliti asing, dan satu-satunya pameran yang diizinkan adalah gambar anak-anak dari Terezín. Setelah invasi Soviet tahun 1968
, hanya sedikit pameran baru yang diadakan. Meskipun museum ini adalah tempat wisata terbesar di Cekoslowakia, yang setiap tahunnya menarik 700.000 pengunjung, koleksi Judaica hanya diketahui oleh para sarjana di bidang ini.