Setelah melayani di stasiun ini, Clay dipromosikan menjadi pasca-kapten pada tanggal 29 April 1802. Dia bertugas dari 20 Juli 1805 sampai Mei 1808 sebagai Regulating Officer di Belfast, dan kemudian bergabung dengan 98-gun sebagai perwira yang memerintahkannya. Selama waktu ini "St George" adalah kapal andalan dari Laksamana Sir Eliab Harvey. Clay kemudian pindah untuk mengambil komando dari 98-gun pada tanggal 6 Februari 1809, dengan perintah untuk kembali ke Baltik sebagai kapal induk dari Laksamana Sir Manley Dixon. Perang telah pecah dengan Denmark
setelah Pertempuran Kopenhagen Kedua pada tahun 1807, dan armada Inggris ditempatkan di Baltik di bawah Sir James Saumarez. "Temeraire" tiba pada Mei 1809 dan dikirim untuk mengepung Karlskrona di pantai Swedia.