Passage: Doom 3 diatur pada tahun 2145. Sebagian besar cerita dan dialog permainan diciptakan oleh penulis Matthew J. Costello. Menurut latar belakang permainan, Union Aerospace Corporation (UAC) telah tumbuh menjadi entitas perusahaan terbesar yang ada, dan telah mendirikan fasilitas penelitian di Mars. Di pangkalan ini, UAC dapat melakukan penelitian di beberapa bidang ilmiah, termasuk pengembangan senjata canggih, penelitian biologis, eksplorasi ruang angkasa dan teleportasi. Di Mars, UAC dapat melakukan operasinya di luar batas hukum dan moral.
Matthew J. Costello