Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Pinturault tidak dapat memulai musim di Sölden pada Oktober 2012, karena ia cedera pergelangan kaki saat bermain tenis dan harus berhenti selama tiga bulan. Pada bulan Desember, ia memenangkan balapan Piala Dunia keduanya di slalom di Val-d'Isère, di mana ia memukau penggemar tuan rumah dengan lari kedua yang cemerlang di bawah lampu sorot untuk naik dari posisi keenam. Dia meyakinkan mengalahkan Jerman Felix Neureuther dengan setengah detik dan juara Piala Dunia masa depan Marcel Hirscher, yang memimpin dengan 0,57 detik setelah run pertama. Kemenangan ketiga Pinturault adalah di super-kombinasi di Wengen, Swiss, di mana keterampilan slalomnya yang unggul adalah kunci. Setelah menempati posisi ke-22 di bagian menuruni bukit, ia finis 1,15 detik di depan Ivica Kostelić dari Kroasia. Pelatihan untuk bagian menuruni bukit adalah pertama kalinya dia bermain ski menuruni bukit selama berbulan-bulan, karena dia melewatkan latihan kecepatan pra-musim setelah operasi pada pergelangan kaki kirinya pada bulan Agustus untuk memperbaiki ligamen yang rusak saat bermain tenis. Pinturault tidak meraih medali di kejuaraan dunia pada tahun 2013
, tapi memiliki empat finish di enam besar. Seminggu kemudian ia mengklaim kemenangan keempat di Piala Dunia, yang pertamanya di slalom raksasa, di Garmisch, Jerman. Kedua setelah run pertama, total waktu Pinturault adalah 0,60 detik di depan runner-up Hirscher. Pada tanggal 15 Maret, ia dihormati sebagai 2013 Longines Rising Star, sebagai pembalap muda teratas (di bawah 23) musim ini.