Morales pertama kali dikirim ke unit Cámus, 3rd Regiment of the Line, yang berada di depan kampanye Chili selama sebagian besar perang. Meskipun secara resmi ia bukan seorang prajurit dan seharusnya tidak berpartisipasi dalam pertempuran, hal ini tidak menghalangi dia untuk berperang bersama para pria resimen nya. Memang, ia terkenal karena keahliannya yang luar biasa dengan senapan. Dia bertempur di pendaratan amfibi dan serangan sengit berikutnya pada posisi Peru dalam Pertempuran Pisagua.
pada 2 November 1879 dan di Pertempuran San Francisco pada 19 November. Dia sangat dihormati oleh para prajurit di unitnya karena tanpa pamrih merawat orang-orang yang terluka setelah pertempuran. Dia juga menempatkan dirinya dalam bahaya beberapa kali untuk menyelamatkan tentara Peru yang ditangkap dari penyalahgunaan oleh rekan-rekannya.