Setelah jatuhnya Cromwell, Godolphin memperoleh reputasi militer yang cukup besar. Dia tampaknya telah direkrut ke dalam komando tentara sebagai seorang insinyur, memanfaatkan pengetahuannya tentang pertambangan timah (yang merupakan sumber utama pendapatan keluarganya di Cornwall). Kontribusinya yang paling penting adalah di Pengepungan Boulogne
Aku tahu. Richard Carew dalam "Survey of Cornwall" mengatakan tentang dia "Dia merendahkan dirinya dengan sangat gagah berani di luar laut, seperti yang ditunjukkan oleh bekas luka yang dia bawa pulang, tidak kurang untuk mempercantik kemasyhurannya, daripada merusak wajahnya". Setelah penangkapan Boulogne, ia menjadi bailiff sebagai pengakuan atas peran yang ia mainkan dalam kemenangan, dan juga dinobatkan sebagai ksatria. Dia adalah anggota Dewan Regency dari 1547 hingga 1551, High Sheriff of Cornwall pada tahun 1549-50 dan 1568-9 dan MP-nya sekali lagi pada tahun 1553. Dia juga Wakil Warden Stannaries, dan Custos Rotulorum dari Cornwall dari 1562 sampai kematiannya pada 1570.