Setelah Italia memasuki perang pada tanggal 10 Juni 1940, Waller terlibat dalam pencarian ladang ranjau di lepas pantai Afrika Utara. Sebagai penembak yang terampil, ia secara pribadi meledakkan ranjau terapung menggunakan senapan dan peluru tembak-pantalan. Pada 21 Juni, "Stuart" menembaki kota Bardia yang dikuasai Italia. Bulan berikutnya, Flotil Destroyer ke-10 berpartisipasi dalam Pertempuran Calabria. Kapal-kapal Waller melakukan pengeboman di Fort Capuzzo pada 17 Agustus dan sebuah pangkalan pesawat air Italia di Teluk Bomba seminggu kemudian. Pada bulan September, ia dianugerahi Distinguished Service Order (DSO) untuk "keberanian, usaha, dan pengabdian terhadap tugas dalam keterlibatan baru-baru ini" - khususnya, penunjukannya terhadap medan ranjau musuh. Pada bulan yang sama, ia dipindahkan ke HMAS "Vampire" sementara "Stuart" masuk untuk refit. Ketika pasukan Sekutu mulai melakukan serangan balik terhadap pasukan Italia pada bulan Desember 1940, Komandan-in-Chief Armada Mediterania, Laksamana Sir Andrew Cunningham, memberi Waller komando Skuadron Inshore yang baru dibentuk, yang terdiri dari kapal perusak, penyapu ranjau, dan bantuan. Dalam perannya sebagai Petugas Senior Cunningham, Waller bertanggung jawab atas dukungan angkatan laut untuk serangan ke Bardia
, yang jatuh ke tangan Sekutu pada tanggal 5 Januari 1941. Tak lama kemudian, ia menyerahkan komando Inshore Squadron dan dipindahkan kembali ke kapal "Stuart".