Divisi ke-13 awalnya dibentuk di kota Takada di Jōetsu, Niigata dari orang-orang di Prefektur Niigata di bawah komando Letnan Jenderal Haraguchi Kensai. Itu diberikan tugas independen untuk menduduki Sakhalin
sebelum penandatanganan Perjanjian Portsmouth, mendarat di Sakhalin pada 7 Juli 1905, hanya tiga bulan setelah dibentuk, dan mengamankan pulau itu pada 1 Agustus 1905. Sebagai hasil dari operasi yang sukses, Jepang dianugerahi Karafuto selatan selama Perjanjian Portsmouth, salah satu dari beberapa keuntungan teritorial Jepang selama perang.