Pada awalnya, kuil ini didirikan sebagai pusat meditasi, setelah Maechi Chandra dan biarawan baru ditahbiskan Luang Por Dhammajayo tidak lagi dapat mengakomodasi meningkatnya jumlah peserta dalam kegiatan di Wat Paknam Bhasicharoen. Pusat ini menjadi kuil resmi pada tahun 1977. Kuil ini tumbuh secara eksponensial selama tahun 1980-an, ketika program-program kuil menjadi dikenal luas di kalangan kelas menengah perkotaan. Wat Phra Dhammakaya memperluas wilayahnya dan pembangunan sebuah "stupa" (pagoda) yang sangat besar dimulai. Selama periode krisis keuangan Asia tahun 1997, kuil ini mendapat kritik luas atas metode penggalangan dana dan ajarannya, karena Luang Por Dhammajayo dituduh melakukan penggelapan dan dikeluarkan dari jabatannya sebagai kepala biara. Pada tahun 2006, tuduhan tersebut ditarik dan ia dipulihkan sebagai uskup. Kuil ini berkembang lebih jauh dan menjadi terkenal karena banyak proyeknya dalam pendidikan, promosi etika, dan beasiswa. Kuil ini juga diterima sebagai bagian dari arus utama Thai Sangha (komunitas biara). Selama junta militer 2014
, kepala biara dan kuil di bawah pengawasan lagi dan Luang Por Dhammajayo dituduh menerima uang curian dari pendukung dan pencucian uang. Kuil ini disebut sebagai satu-satunya organisasi berpengaruh di Thailand yang belum ditundukkan oleh junta yang berkuasa, yang telah menutup sebagian besar oposisi sejak mengambil kekuasaan. Proses pengadilan terhadap kepala biara dan kuil sejak tahun 1990-an telah menyebabkan banyak perdebatan mengenai prosedur dan peran negara terhadap agama, perdebatan yang telah meningkat selama penutupan kuil oleh junta pada tahun 2017. Pada 2017, keberadaan Luang Por Dhammajayo masih belum diketahui, dan pada 2018, Phrakhru Sangharak Rangsarit ditunjuk sebagai kepala biara resmi.