Untuk enam tahun berikutnya, Bogdanov adalah tokoh utama di antara Bolshevik awal, kedua hanya Vladimir Lenin dalam pengaruh. Pada tahun 1904-1906, ia menerbitkan tiga jilid risalah filosofis "Empiriomonizm" ("Empiriomonisme"), di mana ia mencoba menggabungkan Marxisme dengan filsafat Ernst Mach, Wilhelm Ostwald, dan Richard Avenarius. Karyanya kemudian mempengaruhi sejumlah ahli teori Marxis Rusia, termasuk Nikolai Bukharin. Pada tahun 1907, ia membantu mengatur 1907 Tiflis perampokan bank
dengan Lenin dan Leonid Krasin.