Segera setelah itu, Caodaisme mulai menarik perhatian dari berbagai aktor politik karena ide-ide pemberontaknya yang akhirnya melihat beberapa faksi yang berpartisipasi dalam pemberontakan bersenjata melawan Prancis, Jepang dan Komunis sampai tahun 1950-an. Akibatnya, agama itu didemiliterisasi, para pemimpinnya dipenjarakan, dan pengikutnya ditekan di bawah berbagai rezim politik, yang dikaitkan dengan penurunan pengaruhnya dalam masyarakat. Ketika pasukan komunis mendapatkan kendali total setelah jatuhnya Saigon
Pada tahun 1975, penganiayaan agama terhadap Caodaists meningkat, dan agama itu secara resmi dilarang. Karena Tahta Suci Tây Ninh utama dan situs-situs lain sangat militerisasi dan praktik keagamaan eksternal mereka dilarang, hampir sepertinya agama itu akan menghilang tanpa generasi pemimpin yang berturut-turut untuk memimpin. Banyak pengikutnya pergi ke bawah tanah untuk bertahan hidup, sementara yang lain mencari perlindungan di luar negeri dari penganiayaan agama, sehingga menciptakan komunitas diaspora di negara-negara di seluruh dunia. Setelah periode reformasi ekonomi pada 1990-an, Kaodaisme mampu membangkitkan kehadiran publiknya melalui pembukaan kembali kuil-kuilnya karena kehadiran agama mendapatkan kembali legitimasi negara. Namun, praktik seance yang kontroversial tetap dilarang sampai hari ini.