Pada Kejuaraan Dunia Aqua 1998 di Perth, Australia Barat, Australia Wouda menjadi juara dunia di 200 m medley individu dan memenangkan dua medali perak di 400 m medley individu dan 4 × 200 m gaya bebas relay bersama Van den Hoogenband, Van der Zijden dan Zuijdweg. Pada bulan April 1999 di Kejuaraan Renang Dunia FINA 1999 (25 m) di Hong Kong, China Wouda memenangkan empat medali. Dia menjadi juara dunia dalam gaya bebas 4×200 m bersama Pieter van den Hoogenband, Johan Kenkhuis dan Martijn Zuijdweg. Dia memenangkan medali perak di 400 m individual medley dan gaya bebas 4 × 100 bersama dengan Mark Veens, Johan Kenkhuis dan Pieter van den Hoogenband, di 200 m individual medley ia memenangkan medali perunggu. Pada musim panas tahun 1999 Wouda berpartisipasi di Kejuaraan Olahraga Air Eropa 1999.
di Istanbul, Turki. Dia berhasil mempertahankan gelarnya di 200 m individual medley dan memenangkan gelar relay di 4 × 100 m gaya bebas, dengan Kenkhuis, Veens dan van den Hoogenband, dan medley 4 × 100 m dengan Klaas-Erik Zwering, Stefan Aartsen dan van den Hoogenband. Dia juga memenangkan medali perunggu di 400 m individual medley.