Pada tanggal 3 Februari 2020, para penggemar Rapid Wien menobatkan Fountas sebagai pemain terbaik tahun 2019 berkat penampilannya yang luar biasa bersama klub Austria. Pada tanggal 16 Februari, gol ke-12nya musim ini terjadi setelah kesalahan oleh pemain lawan Thanos Petsos dalam pertandingan kemenangan kandang 2-0 melawan WSG Swarovski Tirol. Pada tanggal 1 Maret, Fountas mengubah umpan dari Christoph Knasmüllner untuk mencetak gol kedua dalam pertandingan kemenangan kandang 3-1 melawan SV Mattersburg. Dia akan mencetak gol lagi pada tanggal 7 Maret, mendapat manfaat dari kesalahan serius oleh Nemanja Rnić dan menyelesaikan setelah memenangkan bola untuk gol ke-14nya musim ini, dalam hasil imbang 2-2 melawan Wolfsberger AC. Pada tanggal 7 Juni, setelah pandemi COVID-19 telah menangguhkan liga, ia mencetak gol lagi dalam kemenangan 4-0 atas SK Sturm Graz. Tiga hari kemudian, ia mencetak gol penting dalam kemenangan tandang 1-0 melawan LASK Linz. Seminggu kemudian ia mencetak gol lagi, mengamankan kemenangan tandang 1 <unk>0 lainnya melawan TSV Hartberg. Pada tanggal 24 Juni, ia mencetak gol akhir setelah assist Ercan Kara, dalam bencana 2 × 7 kekalahan kandang melawan juara liga Red Bull Salzburg. Pada tanggal 1 Juli, ia mencetak gol dalam pertandingan kelima berturut-turutnya, mengunci kemenangan 3-1 di kandang melawan LASK. Fountas mempertahankan performa produktifnya bersama Rapid Vienna sampai akhir musim 2019-20 Bundesliga Sepak Bola Austria
kampanye, mencatat 19 gol untuk membantu klubnya mendapatkan tempat di kualifikasi Liga Champions UEFA. Selanjutnya, Fountas mengakhiri musim sebagai pencetak gol tertinggi ketiga Bundesliga di Austria, hanya tertinggal Patson Daka (24 gol, RB Salzburg) dan Shon Weissman (30 gol, Wolfsberger).