Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Perang berakhir
Mei 1945 dengan dua pertiga barat Jerman dibagi menjadi empat zona pendudukan militer. Bavaria diduduki oleh tentara Amerika Serikat. Pada tahun 1946 Johannes Müller menghadapi suatu bentuk persidangan di hadapan, Komisaris Bavaria atas penganiayaan berbasis ras, agama dan politik. Karena "Eulogising of Hitler in speech and writing" ("Verherrlichung von Hitler in Wort und Schrift") Müller, yang sekarang berusia lebih dari 80 tahun, "dikatakan bersalah" sebagai penjahat perang serius ("sebagai" Hauptschuldiger "). Putusan itu diperdebatkan karena Müller tidak pernah menjadi anggota Partai Nazi dan tidak terlibat secara militer yang tampaknya berarti bahwa tidak ada dasar hukum untuk hukuman. Permohonan terkait bahwa Schloss Elmau harus disita gagal, awalnya karena Elsa Countess of Waldersee, yang masih menjadi pemiliknya, menolak untuk menjual sahamnya. Müller menolak untuk membela diri di hadapan komisaris, tetapi ekspropriasi permanen Schloss Elmau tidak dilakukan. Müller memang secara terbuka mengakui bahwa ia telah salah dalam penilaian Hitler dan ia menjauhkan diri dari Sosialisme Nasional, tetapi dalam hal lain ia berdiri dengan "ajaran" nya.