Obando diangkat menjadi Kardinal-Pendeta San Giovanni Evangelista a Spinaceto pada tanggal 25 Mei 1985, menjadi kardinal Nikaragua pertama. Dia berpartisipasi dalam konklaf kepausan 2005
yang memilih Paus Benediktus XVI. Obando adalah presiden Konferensi Uskup Nikaragua dari Desember 1999 sampai November 2005.