Pada awal Perang Saudara, Hays kembali memasuki dinas sebagai kolonel dari Resimen Infanteri Relawan Pennsylvania ke-63, juga memegang pangkat kapten di Infanteri AS ke-16 di tentara reguler hingga tanggal 14 Mei 1861. Orang-orangnya tahu dia berani seperti singa. Selama Kampanye Semenanjung, ia bergabung dengan resminya ke brigade pertama divisi Kearny dari Korps III Heintzelman. Dia berperang di pertempuran Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, Savage's Station
, dan Malvern Hill. Pada akhir Pertempuran Tujuh Hari, ia ditunjuk sebagai letnan kolonel brevet di tentara reguler untuk keberanian dalam aksi, karena Hays telah mengarahkan serangan bayonet dengan resminya ke garis musuh untuk menutupi mundurnya brigadanya. Hays sempat cuti sakit sebulan kemudian, menderita kebutaan parsial dan kelumpuhan lengan kirinya, karena cedera yang diderita dari pertempuran.