Dari Juli 1863 sampai Januari 1864, saat sembuh dari luka, ia bertugas di staf gubernur Ohio David Tod dan memimpin unit Militia Ohio dalam menanggapi Serangan Morgan. Dia kemudian memerintahkan Brigade ke-3 dari Divisi ke-4 dari Korps XXIII di Kentucky dan Tennessee dan berpartisipasi dalam Kampanye Atlanta Sherman di pertempuran Rocky Face Ridge dan Resaca
Aku tahu. Runkle dengan terhormat diangkat keluar pada tanggal 21 Juli 1864 dan pada tanggal 29 Agustus 1864, ia diangkat menjadi letnan kolonel di Korps Cadangan Veteran di mana ia memerintahkan Resimen ke-21 sampai perang berakhir.