Malagrida pengaruh di Pengadilan Lisbon bertemu dengan permusuhan mendalam dari perdana menteri, Carvalho, Marquis masa depan Pombal. Carvalho berusaha membangun kembali Lisbon setelah gempa 1755
, yang Malagrida berkhotbah adalah hukuman Allah yang adil pada orang-orang berdosa. Carvalho membenci kritik implisit terhadap pemerintah, dan membujuk Raja José untuk mengusir Malagrida ke Setúbal pada bulan November 1756 dan menghapus semua Yesuit dari Pengadilan.