Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Perang Tiga Puluh Tahun menghancurkan kota ini, dan perlahan-lahan akan menurun untuk jangka waktu tertentu sejak saat itu. Setelah kekalahan besar dari Liga Heilbronn Protestan oleh Habsburg di Nörlingen
Pada tahun 1634, Adipati Eberhard III dan istananya melarikan diri ke pengasingan ke Strasbourg, meninggalkan Kadipaten untuk dijarah oleh pasukan pro-Habsburg. Keluarga Habsburg sekali lagi memiliki kekuasaan penuh atas kota selama empat tahun lagi, dan pada saat itu Stuttgart harus menanggung beban penempatan tentara pro-Habsburg di Swabia. Ferdinand III, Raja Romawi, memasuki kota itu pada tahun 1634 dan, dua tahun kemudian pada tahun 1636, sekali lagi mencoba untuk mengkatolisisasi kembali Württemberg. Tahun berikutnya, wabah Bubonic menyerang dan menghancurkan penduduk. Adipati kembali pada tahun 1638 ke wilayah yang agak terbagi ke faksi Katolik di wilayah itu, dan sepenuhnya hancur oleh perang. Di Kadipaten itu sendiri, pertempuran, kelaparan, wabah dan perang mengurangi populasi Kadipaten dari 350.000 pada tahun 1618 menjadi 120.000 pada tahun 1648 <unk> sekitar 57% dari populasi Württemberg. Pemulihan akan lambat selama beberapa dekade berikutnya, namun dimulai dengan toko buku pertama kota pada tahun 1650 dan sekolah menengah pada tahun 1686. Kemajuan ini hampir sepenuhnya dibatalkan ketika tentara Prancis di bawah Ezéchiel du Mas muncul di luar tembok kota pada tahun 1688 selama Perang Sembilan Tahun, tetapi kota ini diselamatkan dari perampokan lain karena kemampuan diplomatik Magdalena Sibylla, yang memerintah Württemberg sebagai bupati untuk putranya, Eberhard Ludwig.