Di Athena, pemerintahan oligarki yang telah memerintah sejak 411 memberi jalan kepada demokrasi yang dipulihkan dalam beberapa bulan setelah pertempuran. Sebuah pasukan ekspedisi di bawah Thrasyllus siap untuk bergabung dengan pasukan di Hellespont. Pasukan ini, bagaimanapun, tidak berangkat sampai lebih dari setahun setelah pertempuran, dan meskipun orang-orang Athena akhirnya merebut kembali Bizantium dan melanjutkan pengumpulan upeti dari Kalkedon, mereka tidak pernah benar-benar menekan keuntungan yang diberikan Cyzicus kepada mereka. Sebagian besar, ini adalah akibat dari ketidakmampuan keuangan; bahkan setelah kemenangan, perbendaharaan Athena sangat tertekan untuk mendukung operasi ofensif berskala besar. Sementara itu, Sparta, dengan pendanaan Persia, dengan cepat membangun kembali armada mereka, dan akan terus merusak keunggulan Athena. Athena hanya akan memenangkan satu pertempuran laut lagi dalam perang, di Arginusae, dan kekalahan mereka di Aegospotami
pada tahun 405 SM akan membawa perang ke akhir. Meskipun Cyzicus adalah kemenangan dramatis bagi orang-orang Athena, orang-orang Sparta akhirnya mampu memulihkan kekuatan mereka dan mengakhiri perang yang menguntungkan mereka, dengan penyerahan Athena dan sekutunya 6 tahun kemudian.