Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Masa jabatan Trajkovski ditandai dengan ketegangan antara etnis Makedonia dan minoritas etnis Albania yang besar di republik tersebut. Akibat dari Perang Kosovo menyebabkan berbulan-bulan bentrokan bersenjata kekerasan
antara pasukan keamanan Makedonia dan pemberontak Albania yang mencari perbaikan pada status mereka sebagai minoritas yang sah dan umumnya kondisi ekonomi, administratif dan hukum yang lebih baik. Meskipun kekuasaannya terbatas dan perannya sebagian besar seremonial, ia memimpin perjanjian perdamaian yang ditengahi NATO pada tahun 2001 yang mengakhiri kekerasan dan mencegah perang saudara yang berkepanjangan di Republik Makedonia. Dia dipandang sebagai moderat dalam dialog etnis, berargumen untuk inklusi yang lebih besar dari etnis Albania, dan telah dikreditkan sebagai tokoh kunci dalam menyelesaikan konflik. Teman dan penasihat Boris Trajkovski adalah kepala stafnya Zoran Jolevski, yang merupakan Duta Besar Makedonia di Amerika Serikat dan negosiator nama negara dalam perselisihan nama Makedonia.