Rebić bergabung dengan Eintracht Frankfurt dengan status pinjaman selama satu musim pada 11 Juli 2016, bersatu kembali dengan mantan manajer tim nasional Niko Kovač. Setelah pertempuran singkat dengan mononukleosis, Rebić melakukan debutnya pada 17 September melawan Bayer Leverkusen, masuk sebagai pengganti dan membantu Marco Fabián untuk mencetak gol kemenangan dalam kemenangan 2-1. Pada 5 Februari 2017 ia mencetak gol pertamanya untuk tim barunya untuk mengakhiri kemenangan 2-0 atas tim Hesse SV Darmstadt 98 di Commerzbank Arena. Pada tanggal 27 Mei, ia menyamakan hasil di Final DFB-Pokal 2017.
, meskipun Frankfurt kalah 2-1 dari Borussia Dortmund.