Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Pada tanggal 29 September 1938, Thomas dipanggil kembali ke tugas aktif, dan bergabung dengan kru kapal perang. Pada 13 Agustus 1939, ia bergabung dengan kapal penjelajah, di mana ia bertugas ketika Perang Dunia II pecah. Dia dipromosikan menjadi komandan pada tanggal 27 Juni 1940. Setelah kapal ini ditenggelamkan oleh Italia dalam Serangan di Souda Bay
, ia ditugaskan ke HMS "Nile", pendirian pantai Angkatan Laut Kerajaan di Mesir, dan bertugas di staf Komandan-in-Chief, Armada Mediterania. Ia menikah untuk kedua kalinya pada 10 September 1941, dengan Mary Fedora Douglas-Watson, seorang pianis dan komposer. Dia adalah janda seorang petugas angkatan laut, Komandan Francis Douglas-Watson, dan putri mantan senator Australia Anthony St Ledger.