Mulai pertengahan abad ke-16, kerajaan ini mengalami serangan berulang kali oleh Dinasti Taungoo dari Burma. Perang Burma-Siam (1547-49) mengakibatkan pengepungan Ayutthaya yang gagal oleh Burma. Pengepungan kedua (1563-64) yang dipimpin oleh Raja Bayinnaung memaksa Raja Maha Chakkraphat untuk menyerah pada tahun 1564. Keluarga kerajaan dibawa ke Pegu (Bago), dengan putra raja kedua Mahinthrathirat diangkat sebagai raja vasal. Pada tahun 1568, Mahinthrathirat memberontak ketika ayahnya berhasil kembali dari Pegu sebagai biksu Buddha. Pengepungan ketiga berikutnya merebut Ayutthaya pada tahun 1569
dan Bayinnaung menjadikan Mahathammarachathirat (juga dikenal sebagai Sanphet I) sebagai raja vasalnya, menginstitusikan dinasti Sukhothai.