Menolak posisi Kabinet, Hanna mendapat penunjukan sebagai senator dari Ohio setelah Sherman menjadi Sekretaris Negara; ia terpilih kembali oleh Majelis Umum Ohio pada tahun 1898 dan 1904. Setelah pembunuhan McKinley
Pada tahun 1901, Senator Hanna bekerja untuk pembangunan sebuah kanal di Panama, bukan di tempat lain di Amerika Tengah, seperti yang sebelumnya diusulkan. Dia meninggal pada tahun 1904, dan dikenang karena perannya dalam pemilihan McKinley, berkat kartun liar oleh ilustrator seperti Homer Davenport, yang mengejeknya sebagai tuan politik McKinley.