Bonaga membuat debutnya untuk Panama di semifinal Piala Bangsa-Bangsa UNCAF 2009 sebagai pemain pengganti saat menit terakhir melawan Honduras pada 30 Januari 2009 dan, pada 1 Mei 2015, telah mendapatkan total 23 caps, mencetak 1 gol. Dia mewakili negaranya dalam 2 pertandingan kualifikasi Piala Dunia FIFA dan bermain di Piala Dunia 2011.
dan Piala Emas CONCACAF 2013. Pada 10 Januari 2013 ia mencetak gol melawan Guatemala dalam pertandingan persahabatan di menit ke-67.