Fontàs membuat debut tim pertamanya pada tanggal 31 Agustus 2009, menggantikan lulusan "La Masia" lainnya, Gerard Piqué, di enam menit terakhir kemenangan kandang 3-0 La Liga melawan Sporting de Gijón. Awal musim 2009/10 ia dipanggil oleh manajer Pep Guardiola untuk Piala Super Spanyol dan Piala Super UEFA.
pertandingan, masing-masing melawan Athletic Bilbao dan FC Shakhtar Donetsk, tetapi akhirnya tidak membuat bangku cadangan pada kedua kesempatan. Dia menghabiskan sebagian besar musim senior pertamanya terdaftar dengan cadangan.