Cerita mengikuti petualangan pilot Garde Nagate Tanikaze, yang tinggal di lapisan bawah tanah Sidonia sejak lahir dan dibesarkan oleh kakeknya. Tidak pernah bertemu orang lain, ia melatih dirinya di simulator pilot Guardian lama setiap hari, akhirnya menguasainya. Setelah kematian kakeknya, ia muncul ke permukaan dan dipilih sebagai pilot Guardian, sama seperti Sidonia sekali lagi terancam oleh Gauna. Pertanyaan: Apa yang ia dipilih sebagai setelah kematian kakeknya?
Pilot penjaga