Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Barney ditunjuk sebagai letnan di Angkatan Laut Konfederasi pada tanggal 2 Juli 1861. Dia memerintahkan CSS "Jamestown" selama Pertempuran Hampton Roads, pertempuran terkenal dengan Inggris, di mana ia menangkap dua brig dan schooner Accomac dari Newport News Point sementara CSS "Virginia" memegang perhatian Angkatan Laut Uni. Setelah evakuasi Konfederasi dari Norfolk, "Jamestown" ditenggelamkan untuk memblokir Sungai James di Drewry's Bluff. Dalam Pertempuran Drewry's Bluff berikutnya
Pada Pertempuran Richmond, di mana baterai pantai Konfederasi mengusir pasukan Angkatan Laut Uni menuju Richmond, meriam "Jamestown" dianggap sebagai faktor utama dalam menangkis kapal musuh. Setelah pertempuran, ia menerima pujian dari Kongres Konfederasi dan dipromosikan menjadi komandan.