Pada tanggal 1 November 1937 Mustafa Kemal Atatürk menunjuk Bayar sebagai Perdana Menteri Pemerintah ke-9 Turki setelah İsmet İnönü meninggalkan pemerintahan. Dia terus menjabat sebagai perdana menteri ketika Atatürk meninggal dan İnönü menjadi presiden pada tahun 1938 (pemerintahan ke-10 Turki). Perbedaan pendapat dengan Inönü menyebabkan dia mengundurkan diri dari posisi pada tanggal 25 Januari 1939.
Perbedaan pendapat dengan Inönü