Sergei Yushenkov ditembak mati di dekat rumahnya di Moskow pada 17 April 2003, hanya beberapa jam setelah akhirnya mendapatkan pendaftaran yang dibutuhkan untuk partainya Rusia Liberal untuk berpartisipasi dalam pemilihan parlemen Desember 2003 di 55 wilayah. Ucapan publik terakhir yang diketahui adalah "Pendaftaran telah selesai". Mikhail Trepashkin percaya bahwa Yushenkov dibunuh karena ia adalah pemimpin partai oposisi yang secara terbuka menantang kekuasaan FSB dan otoritas Rusia. Selain itu, Yushenkov berjanji pemilih penyelidikan independen dari pemboman apartemen Rusia
sebagai isu utama kampanye pemilu (wawancara Trepashkin dapat dilihat dalam film dokumenter sutradara Andrei Nekrasov "Disbelief", Google Video).