Lengkapi kalimat berikut: Dengan pemisahan diri dari sebelas negara bagian Selatan dan pecahnya Perang Saudara, Miller bergabung dengan Angkatan Darat Uni. Pada tanggal 27 Agustus 1861, Gubernur Oliver P. Morton menugaskan Miller sebagai Kolonel Infantri Indiana ke-29. Setelah pelatihan, resimen itu ditugaskan ke Brigade Kirk di divisi Alexander M. McCook di Angkatan Darat Ohio Buell dan berbaris ke Tennessee. Miller melihat aksi pada hari kedua dari
Pertempuran Shiloh, serta selama pengepungan Korintus berikutnya. Miller memimpin resimnya melalui Alabama utara dan Tennessee dan mengejar Braxton Bragg melalui Kentucky. Miller memimpin brigade di bawah James Negley selama Pertempuran Sungai Stones pada akhir Desember 1862. Pada hari kedua pertempuran, Miller memimpin serangan balik Federal melintasi Sungai Stones yang menangkis serangan Konfederasi John C. Breckinridge. Selama serangan ini Miller terluka di leher.