Greer dipromosikan menjadi Letnan Komandan dan bertugas di Angkatan Laut Amerika Serikat dari tahun 1862 sampai 1863, dan kemudian ditugaskan ke Skuadron Mississippi Admiral David Dixon Porter. Saat menjadi komandan kapal lapis baja, ia ikut serta dalam kampanye Vicksburg dan penembakan Grand Gulf.
serta ekspedisi Red River Union yang gagal pada awal 1864.