Pada pecahnya Perang Saudara pada bulan April 1861, ia ditunjuk sebagai perwira Bendera dari Atlantik Blockading Squadron. Pada bulan Agustus ia dikirim dengan pasukan di bawah Jenderal Benjamin F. Butler, untuk merebut dua benteng pesisir dekat Cape Hatteras. Dalam pertempuran berikutnya
, benteng direbut tanpa kerugian, meskipun tidak tanpa beberapa kesulitan karena cuaca, dan armada kembali ke Fort Monroe untuk pujian umum. Namun ini segera memberi jalan bagi kritik terhadap Stringham karena tidak membawa kapalnya lebih dekat, dan terus menyerang di sepanjang pantai. Fakta bahwa kapal-kapalnya menarik terlalu banyak air untuk memasuki perairan pesisir dangkal, dan bahwa ia telah langsung diperintahkan untuk kembali segera, akhirnya muncul, tetapi tampaknya terlalu terlambat untuk menenangkan iritasi, sebagai bulan berikutnya, atas permintaannya sendiri, ia dibebaskan dari perintahnya. Sebagai kompensasi kecil pada tanggal 1 Agustus 1862 ia dipromosikan ke pangkat Laksamana belakang pada daftar pensiunan.