Menulis kelanjutan untuk paragraf ini - Lincoln bergabung kembali dengan Washington di luar New York pada bulan Agustus 1778, dan ditunjuk sebagai komandan departemen Selatan pada bulan September. Washington mengirim Lincoln, Lafayette dan Lee (Henry "Light Horse Harry") ke Departemen Selatan untuk menentang tentara Inggris di bawah Clinton dan Cornwallis. Lincoln berpartisipasi dalam pengepungan Perancis yang tidak berhasil
dari Savannah, Georgia pada bulan Oktober 1779, setelah itu ia mundur ke Charleston, Carolina Selatan. Dia mengambil komando garnisun Charleston. Pada bulan Maret 1780, kota itu dikepung oleh pasukan Inggris yang cukup besar yang dikirim dari New York. Setelah pengepungan yang relatif singkat Lincoln dipaksa untuk menyerah lebih dari 5.000 orang kepada Letnan Jenderal Sir Henry Clinton pada tanggal 12 Mei 1780, tetapi melakukannya dengan cara yang memungkinkan milisi Carolina Selatan untuk melarikan diri serta beberapa pasukan Kontinental, yang mengganggu Inggris ke arah Lincoln.