Beckett membuat debutnya di babak playoff di pertandingan pembukaan Seri Divisi Liga Nasional (NL) 2003, di mana ia hanya mengizinkan satu kali berlari dalam tujuh inning melawan San Francisco Giants tetapi mengambil kekalahan saat Jason Schmidt melemparkan shutout permainan lengkap. Namun, Marlins kembali untuk memenangkan seri dalam empat pertandingan. Mulai berikutnya, di pertandingan pertama dari Seri Kejuaraan NL 2003 melawan Chicago Cubs, tidak berjalan dengan baik karena ia mengizinkan empat lari di babak pertama, dua dari mereka pada home run oleh Moisés Alou, dan enam lari di inningnya. The Marlins bertarung kembali dan memenangkan pertandingan di babak tambahan. The Cubs mengambil tiga pertandingan berikutnya dan hanya membutuhkan satu kemenangan lagi untuk mengambil seri ketika Beckett kembali ke gundukan di game lima. Dia hanya mengizinkan tiga Cubs untuk mencapai dasar dalam permainan, pada dua tunggal dan berjalan, dalam shutout permainan lengkap untuk menjaga timnya hidup. The Marlins juga memenangkan pertandingan keenam, sebagian berkat insiden Steve Bartman yang terkenal.
Aku tahu. Dalam permainan tujuh, pada dua hari istirahat, Beckett datang keluar dari bullpen untuk pitch empat inning dan Marlins menang 9-6 untuk meraih kejuaraan Liga Nasional.