Fakultas ini dibagi menjadi bagian Ceko dan Jerman pada tahun 1882, dan Fakultas Ilmu Pengetahuan Alam menjadi lembaga yang terpisah antara tahun 1920-1939. Pada tahun 1939, sekolah itu ditutup oleh pasukan pendudukan Nazi Jerman, dan penganiayaan brutal terhadap para guru dan siswa diikuti. Setelah berakhirnya pendudukan pada tahun 1945, Fakultas Seni berkembang kembali selama beberapa tahun; ini secara paksa dihentikan pada tahun 1948 oleh kudeta Komunis pada tahun 1948. Prestige fakultas menurun dengan cepat sebagai akibat dari kepergian paksa dari banyak guru yang dihormati dan pengenalan studi Marxis-Leninis. Pada tahun 1960-an, fakultas perlahan-lahan mulai terbuka untuk pemikir terkemuka saat itu, tetapi tren ini terbalik oleh pendudukan Soviet pada tahun 1968
, yang Jan Palach, seorang mahasiswa fakultas, memprotes dengan membakar dirinya sendiri. Setelah berakhirnya rezim Komunis di Cekoslowakia pada tahun 1989, dan keberangkatan wakil-wakilnya di fakultas, ia didirikan kembali sebagai salah satu institusi universitas yang paling dihormati di negara itu.