Kembali ke Guam, Batalyon ke-3 mulai berlatih untuk mendarat di Miyako Jima, sebuah pulau di selatan Okinawa. Perintah tersebut akhirnya dibatalkan, tetapi batalyon masih melihat pertempuran kecil pada tahun 1945, berpartisipasi dalam dua operasi di Guam yang dirancang untuk menangkap tentara Jepang yang masih bertahan di perbukitan. Pemetaan ini dilakukan pada bulan April dan Desember 1945. Batalyon ke-3 juga mulai mempersiapkan Operasi Olympic, di mana sebagai bagian dari Korps Amfibi V, ia akan mendarat di Kushikino, Kagoshima, di Kyūshū. Setelah jatuhnya bom atom pada bulan Agustus 1945, dan menyerahnya Jepang
Batalyon ke-3 terpisah dari Divisi Marinir ke-3 pada bulan November 1945 dan dinonaktifkan pada bulan berikutnya pada tanggal 20 Desember 1945. Namun, tak lama sebelum dinonaktifkan, Batalyon ke-3 menderita kehormatan yang meragukan karena menjadi orang Amerika terakhir yang terbunuh dalam Perang Dunia II, ketika PFC W.C. Patrick Bates dari Kilo Company ditembak oleh penembak jitu Jepang pada 14 Desember selama operasi pembersihan di Guam (tiga bulan setelah berakhirnya permusuhan secara resmi).