Setelah lulus dari Air Command and Staff College pada tahun 1966, Secord kembali ke Vietnam sebagai perwira operasi udara, sebelum dipindahkan ke Udorn Royal Thai Air Force Base di Thailand pada bulan Agustus 1966. Terlambat dipromosikan menjadi mayor, ia bergabung dengan Operasi Waterpump untuk melatih Angkatan Udara Kerajaan Lao. Selama waktu ini Secord ditugaskan ke CIA untuk melayani dalam Perang Rahasia
Di Laos. Dia bekerja untuk, dan tahu, Ted Shackley dan Thomas Clines; ia bekerja langsung dengan petugas CIA memasok Perang Rahasia di Laos, James William Lair dan Lloyd C. Pat Landry.