Halsey mengirim TG 38.1 ke selatan untuk menyerang lapangan terbang Jepang di daerah itu selama invasi Morotai
yang dimulai pada tanggal 15, tetapi memanggil mereka kembali untuk bergabung kembali dengan sebagian besar TF 38 sebelum serangan yang direncanakan di Manila pada tanggal 21 September. Pesawat "Hornet" berpartisipasi dalam gelombang kedua serangan di Teluk Manila dan menenggelamkan kapal perusak tua. Para pilot Amerika mengklaim telah menembak jatuh 110 pesawat dan menghancurkan 95 di darat, meskipun First Air Fleet sebenarnya kehilangan kurang dari dua lusin pesawat untuk semua penyebab. TF38 mengklaim telah menenggelamkan atau merusak tujuh kapal tanker minyak, tetapi catatan Jepang menunjukkan bahwa sembilan kapal tenggelam atau hancur. Cuaca buruk memaksa pembatalan sebagian besar serangan udara yang direncanakan untuk hari kedua, tetapi Halsey memutuskan untuk menyerang Teluk Coron di Kepulauan Calamian sebagai gantinya, sebuah tempat berlabuh yang sering digunakan oleh kapal minyak Jepang, di sisi lain Filipina dengan TG 38.1 dan 38.3. Grup udara "Hornet" memimpin serangan udara gabungan yang menenggelamkan dua kapal minyak, enam kapal kargo, beberapa pendamping dan tender pesawat air. TG 38.1 kemudian berlayar ke Pelabuhan Seeadler untuk mengisi dan mengganti Air Group 2 dengan Air Group 11. Clark akhirnya meninggalkan "Hornet" pada 1 Oktober.