Pada tahun 1856 Kekulé menjadi Privatdozent di Universitas Heidelberg. Pada tahun 1858 ia dipekerjakan sebagai profesor penuh di Universitas Ghent, kemudian pada tahun 1867 ia dipanggil ke Bonn, di mana ia tetap aktif untuk sisa karirnya. Berdasarkan idenya pada pendahulunya seperti Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz dan lain-lain, Kekulé adalah perumus utama dari teori struktur kimia (1857<unk>58). Teori ini berasal dari ide valensi atom, terutama tetravalensi karbon (yang Kekulé mengumumkan akhir tahun 1857) dan kemampuan atom karbon untuk saling menghubungkan (diumumkan dalam sebuah makalah yang diterbitkan pada tahun 1858), namun Kekulé dapat secara langsung digunakan untuk menentukan ikatan semua atom dalam molekul organik. Pada awal tahun 1858, ia secara dramatis menggunakan teori struktur molekul, yang disebut sebagai teori struktur molekul, dan kemudian secara eksplisit digunakan oleh para ahli kimia, terutama dalam bidang kimia, untuk menentukan hubungan antara molekul dan molekul. Namun, pada tahun 1858 ia telah secara dramatis menggunakan teori struktur kimia, yang disebut sebagai teori molekul dan molekul. "Sebagai peneliti, ia tidak dapat sepenuhnya mengandalkan pada teori struktur molekul, tetapi
struktur kimia