Lengkapi kalimat berikut: Cooper ditugaskan kembali sebagai letnan kolonel dari Kavaleri Kentucky ke-4 pada 26 Maret 1863 dan menjadi kolonel pada bulan April; menyusul pengunduran diri Kolonel Bayles. Pada tanggal 4 Juni 1863, Cooper terluka ketika seekor kuda jatuh di atasnya di Franklin, Tennessee. Dia memimpin resimen di Pertempuran Chickamauga pada bulan September 1864. Cooper kembali ke Lexington, Kentucky pada tahun 1864 untuk cuti sakit. Kemudian Cooper memimpin pasukan lokal melawan penyerbu John Hunt Morgan. Dia menolak tuntutan Morgan untuk menyerah Lexington pada tanggal 9 Juni 1864 dan menolak pasukannya. Pada bulan April 1865 ia memerintahkan pos Montgomery, Alabama dan pada bulan Mei dan Juli 1865 pos Albany, Georgia. Dia dengan terhormat diangkat pada tanggal 21 Agustus 1865 di Macon, Georgia. Dia menerima penghargaan pertempuran untuk layanannya di Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morgan Raid ke Kentucky, Pertempuran Resaca dan untuk Wilson Raid di Montgomery. Dia menjadi Letnan Kolonel dan Kolonel di Angkatan Darat pada tanggal 2 Maret 1867, untuk jasa gagah berani dan berjasa di
Pertempuran Resaca di Georgia dan penangkapan Montgomery, Alabama.