Perang Dunia Kedua melihat puluhan ribu orang Madagaskar dipaksa masuk dalam jajaran tentara Prancis sekali lagi. 34.000 dari tentara wajib militer Madagaskar ini berada di Prancis ketika negara itu menyerah pada musim panas 1940
dengan tambahan 72.000 masih di Madagaskar menunggu transportasi ke Eropa. Pasukan Madagaskar yang ditangkap oleh Jerman selama invasi diperlakukan dengan keras karena banyak yang mengalami pembantaian dan eksekusi singkat setelah ditangkap. Yang lain dibunuh ketika mereka tiba di kamp tahanan perang. Hal ini sebagian disebabkan oleh propaganda Jerman yang menggambarkan pasukan Prancis kulit hitam sebagai orang-orang buas yang bertarung sampai mati dan tidak mengambil tawanan.