Pada tahun 1861, pada awal Perang Saudara, ia ditunjuk oleh komandan New York Garda Nasional, Brigadir Jenderal John F. Rathbone, untuk melayani sebagai kepala petugas medis di depot Albany. Pada bulan Juni 1862, setelah Pertempuran Savage's Station
Ketika Angkatan Darat Potomac, bersama dengan para dokternya, mundur, Swinburne tetap merawat ribuan tahanan yang terluka, baik Uni maupun Konfederasi. Menghormati pendiriannya yang berprinsip, komandan Konfederasi Stonewall Jackson memberinya izin, dengan catatan pribadi yang menyertainya, yang mengizinkan kunjungan ke tahanan Uni. Pada tahun 1864, Gubernur Horatio Seymour mencalonkannya untuk jabatan Pegawai Kesehatan Pelabuhan New York dan, pada tahun 1867, ia dinominasikan kembali oleh Gubernur Reuben Fenton, melayani total enam tahun, sampai tahun 1870. Selama pemerintahannya, terlepas dari keengganan legislatif negara bagian untuk memberikan dana, ia mengawasi pembangunan fasilitas karantina canggih di pulau-pulau yang diberi nama Swinburne dan Hoffman.