Pada tahun 1971, dalam upaya untuk mencegah kemungkinan pertentangan antara Militer dan orang-orang Pakistan Timur, pada tanggal 23 Maret 1971, Khan, bersama dengan politisi Pakistan lainnya, bersama-sama bertemu Sheikh Mujibur Rahman. Mereka menawarkan dukungan kepada Mujeeb dalam pembentukan pemerintahan, tetapi sudah terlambat untuk memecahkan kebuntuan karena Yahya Khan telah memutuskan tindakan keras militer skala penuh. Peningkatan kerentanan Pakistan dan kemarahan internasional yang meluas terhadap tindakan keras militer akhirnya menciptakan situasi yang mengarah pada perang
antara Pakistan dan India. Perang ini terbukti bencana dan memuncak dengan pasukan bersenjata Pakistan dikalahkan di Pakistan Timur dan penciptaan negara baru Bangladesh. Terkejut oleh kekalahannya, Yahya Khan mengundurkan diri dari kantor dan militer. Di bawah Jenderal Gul Hassan Khan, Zulfikar Ali Bhutto dibawa kembali dari Amerika dan ditunjuk sebagai Presiden.