Lefferts membantu Padres memenangkan pennant Liga Nasional 1984
Dan Giants memenangkan gelar divisi Barat Liga Nasional 1987 dan piala Liga Nasional 1989. Pada musim dingin tahun 1985 ia ditawari ke New York Mets dengan imbalan pemain luar Lenny Dykstra, tetapi manajer umum Mets Frank Cashen menolak tawaran tersebut. 83 pertandingan yang dia mainkan selama 1986 tidak hanya memimpin Liga Nasional tetapi tetap menjadi rekor satu musim Padres.