Haller menandatangani kontrak empat tahun dengan Eintracht Frankfurt pada 15 Mei 2017. Di DFB-Pokal 2017/18, ia mencetak empat gol untuk Frankfurt, saat klub memenangkan final.
, menandai trofi pertama dalam karir Haller. Pada musim 2018/19 Bundesliga, ia mencetak 15 gol dalam 29 penampilan saat klub finis di posisi ketujuh.