Beberapa tahun kemudian, setelah petualangan mereka di Madagaskar, hewan-hewan kebun binatang Alex, Marty, Melman, Gloria, penguin Skipper, Kowalski, Rico, dan Private, dan simpanse Mason dan Phil bersiap-siap untuk kembali ke New York di atas pesawat rusak yang diterbangkan oleh penguin, ditemani oleh lemur King Julien XIII lemur ekor cincin, Maurice the aye-aye, dan Mort lemur tikus. Pesawat kehabisan bahan bakar dan jatuh di benua Afrika. Hewan-hewan menemukan diri mereka di sebuah lubang air di sebuah cagar alam, dan bersemangat untuk bertemu dengan orang lain dari spesies mereka. Alex bersatu kembali dengan orang tuanya dan mengesankan mereka dengan cerita tentang statusnya sebagai "Raja New York". Marty berbicara dengan kawanan zebra lain yang terlihat dan terdengar seperti dia. Melman, seorang penyihir hypochondriac, tertekan bahwa tidak ada cagar yang menunjuknya. Moto Moto Moto-motor, apa yang menarik perhatian mereka? Dokter Moto-motor, apa yang menarik perhatian mereka?
kuda nil jantan yang berbicara dengan lancar