Lowry memerintahkan kapal uap angkut tentara "George Peabody", mendaratkan pasukan selama Pertempuran Hatteras Inlet Batteries
pada bulan Agustus 1861. Dia kemudian memerintahkan kapal meriam dari Oktober 1861 sampai Februari 1862, dan sebagai bagian dari Skuadron Pemblokiran Atlantik Utara, mengambil bagian dalam operasi di Carolina Utara, pada bulan November menenggelamkan tiga kapal blok di pintu masuk ke Ocracoke Inlet, dan kemudian pada Februari 1862 merebut benteng musuh di Pulau Roanoke, dan kemudian mengambil bagian dalam penangkapan Elizabeth City.