Pada tahun 1899, Isthmian Canal Commission dibentuk untuk menentukan lokasi mana yang terbaik untuk kanal (Nicaragua atau Panama) dan kemudian untuk mengawasi pembangunan kanal. Setelah Nikaragua dikesampingkan, Panama adalah pilihan yang jelas. Namun, beberapa masalah muncul. Dengan kepentingan Amerika Serikat yang terkonsolidasi di Panama (saat itu sebagian kecil dari Kolombia), baik Kolombia maupun perusahaan Prancis yang akan menyediakan bahan konstruksi menaikkan harga mereka. AS, menolak membayar biaya yang lebih tinggi dari yang diharapkan, "membuat revolusi" di Kolombia. Pada tanggal 3 November 1903, Panama (dengan dukungan Angkatan Laut Amerika Serikat) memberontak terhadap Kolombia. Panama menjadi republik baru, menerima $10 juta dari AS saja. Panama juga mendapatkan pembayaran tahunan $250.000, dan jaminan kemerdekaan. AS memperoleh hak atas jalur kanal
"selamanya". Roosevelt kemudian mengatakan bahwa ia "mengambil Canal, dan membiarkan Kongres berdebat". Setelah Kolombia kehilangan Panama, mereka mencoba untuk menarik AS dengan mempertimbangkan kembali perjanjian dan bahkan menamai Panama City sebagai ibu kota Kolombia.