Pada tanggal 29 Juli 2015, Sabonis memulai debutnya untuk tim nasional Lithuania laki-laki dalam pertandingan melawan Australia, mencetak 4 poin dan meraih 7 rebound. Sabonis adalah pemain termuda yang pernah bermain untuk tim nasional, mengalahkan Jonas Valančiūnas hanya dalam hitungan hari. Sabonis rata-rata 6 poin dan 5,9 rebound selama fase persiapan pertandingan, dan merupakan rebounder terbaik kedua tim setelah Valančiūnas. Sabonis bermain untuk Lithuania di EuroBasket 2015, memenangkan medali perak di tahun debutnya. Dia juga merupakan anggota tim nasional Olimpiade Lithuania selama Olimpiade Musim Panas 2016.
, di mana ia rata-rata 5,5 poin dan 4,5 rebound.