Periode kebebasan dan kemakmuran ini berakhir pada abad ke-16, ketika wakil raja Spanyol Philibert van Oranje sebagian menghancurkan L'Aquila dan mendirikan feodalisme Spanyol di pedesaannya. Kota itu, terpisah dari akarnya, tidak pernah berkembang lagi. Hak istimewa kuno dicabut. L'Aquila lagi-lagi dihancurkan oleh gempa bumi
Pada tahun 1703. Gempa bumi berturut-turut telah berulang kali merusak katedral besar kota, dan menghancurkan kubah asli Basilika San Bernardino, yang dirancang sesuai dengan kubah Santa Maria del Fiore di Florence. Kota ini juga dirampok dua kali oleh pasukan Prancis pada tahun 1799.