Dengan pecahnya Perang Dunia Kedua di Eropa, SSRNVR meningkatkan perekrutan personel terutama pribumi ke dalam pasukan, untuk memperkuat pertahanan lokal karena sumber daya Angkatan Laut Kerajaan diperlukan di Eropa. Anggota SSRNVR dipanggil untuk bertugas aktif, dan pasukan ditingkatkan oleh anggota Royal Navy Malay Section. Ini membentuk dasar angkatan laut di Malaya, yang disebut Angkatan Laut Melayu, yang dikendalikan oleh personel pribumi Melayu. (Demikian pula, orang-orang Melayu direkrut ke dalam Resimen Melayu yang baru dibentuk pada tahun 1936). Angkatan Laut Malaysia memiliki kekuatan 400 orang yang menerima pelatihan mereka di HMS Pelandok, lembaga pelatihan Angkatan Laut Kerajaan di Malaya. Rekrutmen meningkat dan pada tahun 1941 pada pecahnya perang di Asia, Angkatan Laut Malaysia memiliki kekuatan 1.450 orang. Sepanjang Perang Dunia II, Angkatan Laut Malaysia bertugas bersama Pasukan Sekutu di teater operasi India dan Pasifik. Ketika perang berakhir dengan Jepang menyerah
Pada tahun 1945, hanya 600 personel dari Angkatan Laut Malaysia melaporkan untuk muster. Kendala ekonomi pasca perang menyebabkan pembubaran Angkatan Laut Malaysia pada tahun 1947.