Klien memulai tahun 2006 dengan kuat, lolos di 10 besar untuk 2 balapan pertama musim ini. Di Bahrain ia finis di posisi ke-8, mencetak satu poin. Namun, di Malaysia
ia bertabrakan dengan Kimi Räikkönen pada putaran pertama dan harus pit dengan kerusakan suspensi, sebelum akhirnya keluar dengan kegagalan hidraulik.