Malik menganggap dirinya seorang patriot, dan hanya menemukan dirinya bertentangan dengan negaranya dalam dua kesempatan: sekali pada tahun 1971 ketika Bangladesh terpisah dari Pakistan
, dan lagi ketika ia ditangkap karena menulis biografi Dr. A. Q. Khan, karena ia salah dicap sebagai pengkhianat negara (meskipun ia secara resmi diampuni oleh hakim pengadilan tinggi saat itu).