Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Meskipun Pizarro cepat menang, pemberontakan India segera dimulai dan berlanjut secara berkala sepanjang periode kolonial. Pada tahun 1537, Manco Inca, yang didirikan oleh Spanyol sebagai kaisar boneka, memberontak terhadap penguasa baru dan memulihkan sebuah negara "neo-Inca". Negara ini terus menantang otoritas Spanyol bahkan setelah Spanyol menekan pemberontakan dan memenggal Túpac Amaru di alun-alun umum Cuzco pada tahun 1572. Pemberontakan kemudian di dataran tinggi Bolivia biasanya diselenggarakan oleh para tetua masyarakat dan tetap bersifat lokal, kecuali pemberontakan besar
dari Túpac Amaru II pada abad kedelapan belas.