Setelah Fort Donelson, Illinois ke-41 ditugaskan ke Brigade 1 di Divisi ke-4 Stephen A. Hurlbut dari Angkatan Darat Tennessee. Tak lama setelah pertempuran dimulai di Pertempuran Shiloh
, komandan Brigade 1 Kolonel Nelson G. Williams terluka parah dan komando brigade diserahkan kepada Pugh. Kolonel Pugh dengan terampil memimpin brigade selama dua hari pertempuran di Shiloh di sekitar "Bloody Pond".