Pada bulan Maret 1937 Schniewind dikeluarkan dari jabatannya di universitas dan awal tahun 1938 pihak berwenang meluncurkan kasus investigasi kriminal atas keterlibatannya dengan Gereja Pengakuan. Dia harus menerima pengurangan gaji 80%. Banyak sumber berasumsi atau menyiratkan bahwa ia tetap tidak memiliki jabatan profesornya sampai perang berakhir
Mei 1945, tetapi penyelidikan terbaru dari catatan personil yang disimpan di arsip di Universitas Halle telah menunjukkan bahwa profesor Schniewind diam-diam dipulihkan dalam beberapa bentuk kemudian pada tahun 1938. Tidak ada laporan dari kasus kriminal telah mencapai tahap penuntutan. Menurut sebuah sumber, selain kegiatan mengajarnya atas nama Gereja Pengakuan, ia dapat terus "mengajar murid-muridnya secara pribadi". Setelah 1939 ia menggabungkan kegiatannya di universitas dengan pekerjaan sebagai pendeta rumah sakit militer.