Pada musim panas berikutnya, kapten Cristiano Doni terdaftar di antara para tersangka karena terlibat dalam skandal pengaturan pertandingan (juga dikenal sebagai "Calcioscommesse"). Atalanta menghadapi penalti enam poin di Serie A 2011/12
Doni diberikan larangan tiga setengah tahun dari semua kegiatan terkait sepak bola pada 19 Agustus, secara efektif mengakhiri karirnya pada usia 38. Pembela Thomas Manfredini juga dituduh terlibat dalam skandal tersebut dan awalnya diberi larangan tiga tahun, meskipun ia kemudian dibebaskan. Juga musim panas itu, Atalanta menandatangani penyerang Argentina Germán Denis, yang akan menjadi salah satu pencetak gol paling produktif klub dengan 56 gol dalam empat setengah musim. Pada awal musim, Atalanta memperoleh 10 poin dalam empat pertandingan pertamanya, sementara perusahaan bekerja untuk membela diri dan para pemainnya dari tuduhan ini. Atalanta kemudian memperoleh 52 poin sebelum penalti enam poin, menetapkan rekor klub baru untuk poin terbanyak di Serie A. Ini diikuti dari penampilan yang konsisten sepanjang musim (26 poin di setiap babak) dan pertahanan terbaik keempat di liga dengan 43 gol yang kebobolan, setara dengan Bologna dan Fiorentina. Klub ini mengamankan Serie A pada hari keempat dengan kemenangan 2-0 atas Fiorentina, meskipun kalah dalam tiga pertandingan terakhir melawan Milan, Lazio, dan Juventus.