Setelah pemilu 1986, Sadiq membentuk pemerintahan koalisi yang terdiri dari Partai Umma (yang dipimpin olehnya); Front Islam Nasional (dipimpin oleh saudara iparnya, Hassan Al-Turabi); Partai Unionis Demokratik (dipimpin oleh Mohammed Uthman al-Mirghani al-Khatim); dan empat partai kecil Selatan. Namun, koalisi ini terbukti tidak stabil, mencegah Sadiq memenuhi janjinya untuk mengakhiri Perang Saudara Sudan Kedua dan memperbaiki krisis ekonomi yang sedang berlangsung. Pada tanggal 30 Juni 1989, pemerintahannya digulingkan dalam sebuah kudeta.
dipimpin oleh Brigadir Omar al-Bashir. Posisi Perdana Menteri Sudan kemudian dihapuskan.