Pada 10 Februari 2017, Gutoc ditunjuk oleh pemerintahan Rodrigo Duterte sebagai anggota Komisi Transisi Bangsamoro yang ditugaskan untuk menyusun Undang-Undang Dasar Bangsamoro. Namun, ia mengundurkan diri pada tanggal 29 Mei tahun itu, dengan alasan tidak menyetujui penanganan pemerintah terhadap pengepungan Marawi.
, deklarasi darurat militer, dan lelucon Duterte bahwa dia akan bertanggung jawab atas tentara yang melakukan pemerkosaan selama darurat militer.