Hanya beberapa hari sebelum akhir Piala Afrika 2010 di Angola, Issa Hayatou menemukan dirinya di tengah kontroversi setelah penangguhan CAF dari tim nasional sepak bola Togo dari dua Piala Afrika berikutnya. Hayatou menuduh pemerintah Togo dengan campur tangan dalam urusan Asosiasi Sepakbola Togo ketika tim menarik diri dari piala 2010 sebelum dimulai. Tim Togo menjadi korban serangan bersenjata pada 8 Januari 2010
saat bepergian ke Angola dengan bus sebelum dimulainya Piala, mengakibatkan dua kematian dalam delegasi Togo. Kapten Togo Emmanuel Adebayor dan pelatih Togo Hubert Velud sangat mengkritik Hayatou khususnya untuk keputusan CAF, menyerunya untuk mengundurkan diri dari kepresidenan CAF.