Setelah lulus pada tahun 1982, Kunanayakam bergabung dengan United Nations Development Program (UNDP) di Jenewa, di mana ia bekerja sampai tahun 1983. Antara 1983 dan 1984 ia menjabat sebagai konsultan dan penasihat kebijakan untuk Federasi Lutheran Dunia. Pada akhir Juli 1983 ia mengirim sebuah faks kepada delegasi Federasi Lutheran Dunia yang menghadiri konferensi Dewan Gereja Dunia di Vancouver, menilai mereka dari kerusuhan anti-Tamil baru-baru ini
yang terjadi di Sri Lanka: