Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Perguruan tinggi menderita kerugian manusia dan modal yang parah selama invasi Swedia tahun 1656
dan wabah 1710, tapi pulih. Setelah penindasan Jesuit pada tahun 1773, administrasi perguruan tinggi diambil alih oleh Komisi Pendidikan Nasional. Setelah Partisi Ketiga dari Persemakmuran Polandia-Lithuania, Karmelit dari Kolainiai mengelola sekolah dari 1797 hingga 1817. Pada tahun 1817, pihak berwenang Tsar sekularisasi sekolah, mengubah namanya menjadi gimnasium, memperkenalkan kelas pendidikan dasar, dan mentransfer administrasi ke Universitas Vilnius. Dengan demikian, jumlah siswa tumbuh dan melebihi 400.