Setelah tampil mengesankan untuk Argentinos Juniors di Copa Libertadores 1985, pelatih Argentina Carlos Bilardo memanggil Batista untuk pertandingan persahabatan melawan Meksiko pada 14 November 1985 dalam pertandingan yang berakhir imbang 1-1. Dengan Piala Dunia FIFA 1986 yang akan segera berlangsung, Batista dengan cepat membangun dirinya sebagai pemain pilihan pertama dalam tim nasional sepak bola Argentina. Meskipun pengalaman internasionalnya terbatas, ia memainkan setiap pertandingan turnamen, Argentina menang. Sebagai pemain reguler dalam skuad, Batista bermain di Copa América 1987
, 1989 Copa América dan 1990 Piala Dunia FIFA, di mana Argentina menjadi runner-up.