Dari Oktober 1863 sampai Juni 1865, Brannan adalah kepala artileri Departemen Cumberland, di mana ia mengawasi pertahanan di Chattanooga. Dia berada di Pertempuran Missionary Ridge dan dalam Kampanye Atlanta di mana ia berpartisipasi dalam Pertempuran Resaca, Pertempuran Dallas dan Pertempuran Kennesaw Mountain. Dia juga berada di pengepungan dan penyerahan Atlanta
Aku tahu. Dia diangkat menjadi brevet mayor jenderal di kedua tentara reguler dan di pasukan sukarela untuk Gallant dan Meritorious Services di Kampanye Atlanta dan di Lapangan selama Pemberontakan.