Bat Ayin didirikan oleh tujuh keluarga yang dipimpin oleh Rabbi Yitzchak Ginsburg pada tahun 1989, di atas tanah yang awalnya dibeli oleh orang Yahudi sebelum tahun 1948
, yang, di bawah pemerintahan Yordania sampai tahun 1967, diperlakukan sebagai "milik musuh". Akhirnya, sejumlah besar tanah dibagikan kepada sekitar 40 keluarga. Orang-orang dari pemukiman itu tidak berasal dari pendirian arus utama pemukim. Banyak pemukim asli dibesarkan di "bukit-bukit". Mereka mendapatkan reputasi sebagai ekstremis dan sangat tidak berperasaan terhadap warga Palestina setempat, yang tidak diizinkan untuk lewat di dekat pemukiman. Pada pemilihan umum awal 2000-an, setengah dari pemilih Bat Ayin menyatakan preferensi untuk kandidat Herut Baruch Marzel. Pada tahun 1993, Motti Karpel dan Chaim Nativ mendirikan gerakan "Chai Vekayam" (Hidup dan Sehat) di Bat Ayin, yang dokumen, "Kartu Identitas", menyatakan dengan jelas bahwa hukum negara Israel tidak mengikat para pemukim Tepi Barat. Menurut seorang penduduk, dalam sebuah wawancara panjang, Israel hanya untuk orang-orang Yahudi, yang merupakan "orang pilihan", dan orang-orang Palestina diminta untuk melayani mereka, menurut kata-kata Torah: "Orang-orang akan bekerja untuk Anda, bangsa-bangsa akan sujud untuk Anda". Pemukiman tersebut dikatakan memiliki kepentingan ekspansif, setelah mendirikan pos terdepan ilegal yang disebut West-West Bat Ayin.