Zeman menyerukan operasi bersenjata bersatu melawan Negara Islam (ISIL) yang dipimpin oleh Dewan Keamanan PBB. Pada Juni 2015, Zeman berkomentar bahwa: "Jika negara-negara Eropa menerima gelombang migran, akan ada kelompok teroris di antara mereka, yang juga telah diperingatkan oleh seorang menteri Libya. Dengan menerima para migran, kami sangat memfasilitasi ekspansi ISIS ke Eropa". Zeman menggambarkan pengungsi Timur Tengah yang tiba di Eropa
sebagai "invasi yang terorganisir". Pada September 2015, Zeman menolak proposal Uni Eropa untuk kuota migrasi wajib, dengan mengatakan, "Hanya masa depan yang akan menunjukkan bahwa ini adalah kesalahan besar".