Ketika pendudukan Jepang di Filipina dimulai, sebuah gerakan perlawanan diselenggarakan di kepulauan untuk melancarkan perang gerilya melawan pasukan pendudukan. Petani yang dipimpin oleh Juan Feleo mengorganisir Hukbalahap, yang memainkan peran kunci dalam merebut kendali Luzon dari Kekaisaran Jepang. Pada tahun 1945, Republik Filipina Kedua yang disponsori Jepang jatuh
dan Persemakmuran didirikan kembali.