Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Pada tahun 1861, Hawkins membantu meningkatkan Infantri New York ke-9, resimen bergaya Zouave, yang dikenal sebagai "Hawkins Zouaves" untuk dinas dalam Perang Saudara. Hawkins ditunjuk sebagai kolonel resimen pada tanggal 4 Mei 1861 dan bertugas dengan terhormat di North Carolina pada awal perang. Dia adalah bagian dari Benjamin F. Butler ekspedisi untuk menangkap Fort Hatteras
Pada tahun 1861. Mengharapkan untuk memenangkan promosi ke brigadir jenderal untuk layanannya di Fort Hatteras ia malah dibebaskan dari perintah untuk ketidakpatuhan. Pada tanggal 8 Oktober 1861, Hawkins yang tidak puas menulis "general brigade dibuat dari bahan aneh saat ini, bahwa saya tidak harus menganggapnya sebagai kehormatan besar untuk menjadi satu". Hawkins sebenarnya akan menerima promosi brevet menjadi brigadir jenderal pada tahun 1866 untuk pangkat dari 13 Maret 1865. Terlepas dari sikapnya yang agresif, pengiriman awal Hawkins menarik perhatian Presiden Abraham Lincoln. Hawkins diundang ke Gedung Putih untuk berkonsultasi dengan Presiden dan Jenderal-in-Chief George B. McClellan. Di sana ia berperan penting dalam meyakinkan komando tinggi Uni tentang kemungkinan operasi gabungan terhadap Pamlico Sound di Carolina Utara.