Pada tahun 1806, otoritas pendudukan Prancis di Belanda menurunkan status Universitas Utrecht menjadi "école secondaire" (sekolah menengah), tetapi setelah pembentukan Kerajaan Belanda pada tahun 1813, universitas ini mendapatkan kembali statusnya yang sebelumnya. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht dan Ghent adalah lima universitas (University) dari negara baru. Dua dari universitas (Leuven dan Ghent) menjadi bagian dari negara Belgia baru setelah provinsi masing-masing terpisah
dari Inggris Belanda pada tahun 1830. Akibatnya, Universitas Utrecht tetap menjadi salah satu dari hanya tiga universitas Belanda. Selama pendudukan Prancis, Raja Louis Napoleon memerintahkan pembangunan istana di pusat Utrecht, yang akhirnya menjadi Pusat Kota Perpustakaan Universitas.