Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Pablo Morillo akhirnya ditangkap
Santafé pada tanggal 6 Mei 1816. Seperti para pemimpin gerakan Kemerdekaan lainnya, Caldas melarikan diri dari kota, awalnya dengan tujuan untuk sampai ke Buenaventura untuk melarikan diri ke luar negeri. Namun, dalam perjalanan, wakil raja masa depan Sámano menang atas pasukan republik dalam Pertempuran la Cuchilla de El Tambo, dan merebut kembali Popayán, dan Caldas dipaksa bersembunyi di Peternakan Paisbamba di Sotará, di mana ia segera ditangkap oleh royalis Spanyol pada tahun 1816. Dia kemudian dikirim kembali ke Santafé, dan dieksekusi oleh regu tembak pada tanggal 29 Oktober 1816, di San Francisco Plaza atas perintah Morillo, Comte Cartagena. Ketika Caldas akan dieksekusi dan orang-orang yang hadir di tempat itu memohon untuk menyelamatkan hidup ilmuwan itu, Morillo menjawab: "Spanyol tidak membutuhkan orang-orang bijak" (bahasa Spanyol: "España no necesita sabios"). Sebelum meninggal, Caldas menulis di dinding huruf Yunani θ yang besar, yang telah diinterpretasikan sebagai seruan "Oh perpisahan yang panjang dan gelap!" (Bahasa Spanyol: "¡Oh larga y negra partida!". Di Athena klasik, Theta digunakan sebagai singkatan untuk bahasa Yunani θάνατος (thanatos, <unk>death<unk>).