Putra mantan pemain internasional Gabon Pierre Aubameyang, Pierre-Emerick memulai karir klub seniornya bermain untuk klub Italia AC Milan, tetapi tidak pernah tampil untuk klub karena ia melakukan serangkaian pinjaman di Prancis. Dia pindah ke Saint-Étienne pada tahun 2011. Di sana, ia memenangkan gelar Coupe de la Ligue dan bergabung dengan Borussia Dortmund pada tahun 2013. Di Jerman, Aubameyang menyelesaikan sebagai pencetak gol terbanyak di liga pada musim 2016-17 dan memenangkan DFB-Pokal
Aku tahu. Dia juga menempati peringkat keenam sebagai pencetak gol terbanyak sepanjang masa klub. Pada tahun 2018, Aubameyang menjadi subyek dari transfer sepak bola rekor klub saat itu ketika menandatangani kontrak untuk Arsenal dalam transfer senilai £ 56 juta (€ 60 juta), menjadikannya pemain Gabon termahal sepanjang masa. Dengan Arsenal, ia memenangkan Piala FA dan menyelesaikan sebagai pencetak gol terbanyak liga pada musim 2018-19.