Pertengkaran antara kandidat saingan untuk bupati dan konflik komersial antara Venesia dan Genoa, mengakibatkan perang saudara baru pada tahun 1256 yang dikenal sebagai Perang Saint Sabas. Konflik Bohemond VI yang pro-Venetia dengan para bawahannya dari Genoa, Embriaci, membawa perang ke Tripoli dan Antiokhia. Pada tahun 1258, Hulagu, adik dari Khan Agung Möngke, merampas Baghdad dan mengakhiri Kekhalifahan Abbasiyah. Dua tahun kemudian, Hethum I dari Kilikia dan Bohemond VI bergabung dengan pasukan Mongol dalam perampokan Aleppo, ketika Bohemond membakar masjidnya, dan dalam penaklukan Suriah utara. Orang Mongol membebaskan orang-orang Kristen dari status mereka, dan penduduk Kristen setempat bekerja sama dengan para penakluk. Yerusalem tetap netral ketika Mamluk Mesir bergerak untuk menghadapi Mongol setelah Hulagu, dan sebagian besar pasukannya bergerak ke timur pada kematian Möngke untuk mengatasi suksesi Mongol. Mamluk mengalahkan tentara Mongol yang sangat berkurang di Ain Jalut
Aku tahu. Pada saat mereka kembali, sultan Mamluk Qutuz dibunuh dan digantikan oleh jenderal Baibars. Baibars menghidupkan kembali kekaisaran Saladin dengan menyatukan Mesir dan Suriah dan menahan Hulagu melalui aliansi dengan Mongol dari Golden Horde. Dia mereformasi pemerintahan di Mesir, memberikan kekuasaan kepada para elit. Orang Frank tidak memiliki kemampuan militer untuk melawan ancaman baru ini. Sebuah garnisun Mongol ditempatkan di Antiokhia, dan masing-masing baron Frank menandatangani gencatan senjata terpisah dengan Baibars. Dia bertekad untuk menaklukkan negara-negara salib. Ia merebut Kaisarea dan Arsuf pada tahun 1265 dan Safed pada tahun 1266, dan merampas Antiokhia pada tahun 1268. Jaffa menyerah dan Baibers melemahkan perintah militer dengan merebut kastil Krak des Chevaliers dan Montfort sebelum kembali fokus pada Mongol Ilkhanate selama sisa hidupnya. Pembantaian kaum Frank dan orang-orang Kristen pribumi secara teratur mengikuti penaklukan Mamluk.