Sebottendorf lahir di Luksemburg di Belanda Austria pada tanggal 17 Juli 1740 dari orang tua Oberst (Kolonel) Johann Moritz Sebottendorf van der Rose (d. 1760) dan Maria Anna Bodek von Ellgau (d. 1791). Setelah belajar militer di Akademi Wiener-Neustadt, ia bergabung dengan Resimen Infanteri Austria "Waldeck" # 35 pada tahun 1758. Pada saat Perang Suksesi Bavaria
dia naik pangkat menjadi Kapten. Pada tahun 1779 sebuah penyelidikan membebaskannya setelah ia dituduh pengecut. Dia dipromosikan menjadi Mayor pada tahun 1784, Oberst-Leutnant pada bulan Maret 1787, dan Oberst pada bulan Oktober 1787.