Konflik dimulai dengan pemberontakan Ksatria kecil (1522), diikuti oleh Perang Petani Jerman yang lebih besar (1524<unk>1525) di Kekaisaran Romawi Suci. Perang semakin intensif setelah Gereja Katolik memulai Kontra-Reformasi pada tahun 1545 melawan pertumbuhan Protestan. Konflik-konflik tersebut memuncak dalam Perang Tiga Puluh Tahun, yang menghancurkan Jerman dan menewaskan sepertiga penduduknya, tingkat kematian dua kali lipat dari Perang Dunia I. Perdamaian Westphalia secara luas menyelesaikan konflik dengan mengakui tiga tradisi Kristen yang terpisah di Kekaisaran Romawi Suci: Katolik Roma, Lutheranisme dan Calvinisme. Meskipun banyak pemimpin Eropa muak dengan pertumpahan darah pada tahun 1648, perang agama yang lebih kecil terus dilakukan sampai tahun 1710-an, termasuk Perang Tiga Kerajaan (1639 <unk> 1651) di Kepulauan Inggris, perang Savoyard <unk> Waldensian (1655 <unk> 1690), dan Perang Toggenburg
(1712) di Pegunungan Alpen Barat.