Pada tahun 1991, Batistuta terpilih untuk bermain untuk Argentina di Copa América yang diadakan di Chili, di mana ia menyelesaikan turnamen sebagai pencetak gol terbanyak dengan enam gol saat Argentina meraih kemenangan. Pada tahun berikutnya, ia memenangkan Piala Konfederasi FIFA bersama Argentina, dan menjadi pencetak gol terbanyak di turnamen tersebut. Pada tahun 1993, Batistuta bermain di Copa América keduanya
, kali ini diadakan di Ekuador, yang dimenangkan Argentina dengan Batistuta mencetak kedua gol dalam kemenangan 2-1 atas Meksiko di final.