Setelah Gussie Busch meninggal pada tahun 1989, pabrik bir mengambil alih dan mempekerjakan Joe Torre untuk mengelola akhir tahun 1990, kemudian menjual tim ke kelompok investasi yang dipimpin oleh William DeWitt, Jr. pada tahun 1996. Tony La Russa menggantikan Torre pada musim semi 1996. Pada tahun 1998, Mark McGwire berkompetisi dengan Sammy Sosa Cubs'untuk sebuah banjir dari home runs dalam mengejar mereka dari single-musim home run rekor. Dari tahun 2000 hingga 2013, Cardinals kembali membangun jalan mereka ke puncak dengan sepuluh penampilan playoff, empat pennant NL, dua gelar World Series dan 1.274 kemenangan musim reguler melawan 993 kekalahan untuk persentase kemenangan.560, memimpin Liga Nasional dan kedua di MLB hanya untuk New York Yankees. Dengan penambahan Jim Edmonds, Albert Pujols, dan Scott Rolen, Cardinals menampilkan tiga slugger dan bek terkemuka yang dijuluki "MV3;" Pujols memenangkan tiga MVP dan memukul.328 dengan 445 home run dalam karir Cardinals-nya. Pada tahun 2004, playoff stalwart Chris Carpenter 3.09 ERA dan 15 kemenangan membantu kekuatan tim untuk liga utama terbaik 105 kemenangan dan mengambil NL pennant
Aku tahu. Pada tahun 2006, terganggu dengan cedera dan ketidakkonsistenan, mereka memenangkan World Series, mengalahkan Detroit dalam lima pertandingan untuk menetapkan rekor terendah sepanjang masa 83 kemenangan untuk pemenang World Series.