Czisny menempati posisi ketiga di Skate Canada International 2008 dalam seri Grand Prix 2008-09 di belakang Joannie Rochette dan Fumie Suguri. Pada Kejuaraan AS 2009
, dia memenangkan program pendek dengan lebih dari lima poin. Dia menempati posisi ketiga dalam program panjang tetapi memenangkan medali emas karena keunggulannya dari program pendek. Czisny memenangkan gelar nasional pertamanya, di depan Rachael Flatt dan Caroline Zhang. Dia meraih perjalanan kedua ke Empat Benua dan Kejuaraan Dunia, di mana dia finis masing-masing di tempat kesembilan dan kesebelas.