Ketika perang mulai berjalan buruk untuk Rumania saat musim gugur tahun 1916 berlangsung, kementerian terlibat dalam mengorganisir perlawanan terhadap pendudukan yang dipimpin Jerman, menghancurkan infrastruktur minyak bumi, menenggelamkan simpanan biji-bijian di Danube dan mengirim Harta Kekayaan Rumania ke Moskow. Ketika tentara mulai mundur ke Moldova, Morțun disalahkan atas penanganan evakuasi material, khususnya pasokan biji-bijian. Dia juga dikritik karena tidak bekerja lebih awal untuk menciptakan jaringan informan di daerah yang berpotensi diduduki. Dia keluar dari pemerintahan setelah Pertempuran Bukares.
mengakibatkan ibukota jatuh ke tangan Central Powers dan kepemimpinan nasional pindah ke Iași. Selama masa berikutnya sebagai presiden Majelis, ia mengawasi adopsi Juni 1917 reformasi Konstitusi, yang menyediakan untuk pemilihan dan reformasi tanah, dan April 1918 ratifikasi kesatuan Bessarabia dengan Rumania. Dia memiliki sebuah perkebunan di Broșteni, Neamț County, di luar Roman; selama pemberontakan petani 1907, sekelompok sekitar 400 petani menghancurkan rumah penyewa Yahudi. Morțun sendiri, yang hidup untuk melihat sebagian besar hartanya disita, meninggal di Broșteni pada tahun 1919, dan dimakamkan di tempat tersebut.