Jepang memasuki perang pada bulan Desember 1941 dan saat mereka maju ke selatan menuju Papua, 49 menemukan dirinya di bawah serangan udara. Sepanjang kampanye Kokoda Track
Pada tahun 1917, upaya dilakukan untuk menerbangkan elemen batalion ke Kokoda untuk mendukung Batalyon ke-39 selama Pertempuran Kokoda, tetapi ini terbukti gagal. Kemudian, pasukan dari Batalyon ke-49 bergabung dengan Honner Force, sebuah unit ad hoc yang bertugas melakukan patroli jarak jauh di sepanjang Sungai Goldie untuk mencegah Jepang memotong jalur, sementara sisa batalion mendirikan patroli berdiri antara Sungai Goldie dan Laloki. Meskipun tidak ada kontak dengan Jepang, peran tempur membantu meningkatkan prospek tentara dan meningkatkan moral. Sepanjang bulan-bulan sebelumnya kekuatan batalion telah meningkat dan pada bulan September 1942 ia memiliki kekuatan 37 perwira dan 818 pangkat lainnya, termasuk rancangan 12 perwira yang telah diposting dari unit-unit Angkatan Kekaisaran Australia Kedua yang berpengalaman pada bulan Agustus. Batalyon terus berkembang sepanjang bulan Oktober dan November, pada saat itu lebih dari setengah personelnya telah secara sukarela pindah ke AIF. Namun, kesempatan pelatihan tetap terbatas, bahkan ketika persiapan dibuat untuk mengirim unit ke medan perang. Sekitar waktu ini, perusahaan senapan mesin batalion dipisahkan dan bersama dengan beberapa perusahaan senapan mesin Militia lainnya, digunakan untuk membentuk Batalyon Senapan Mesin ke-7.