Pada Olimpiade Musim Panas 2016 harapan tinggi bahwa ia akan menambahkan gelar Olimpiade ke medali emas di Kejuaraan Dunia 2015, mengikuti jejak Fanny Blankers-Koen yang telah mendominasi acara sprint di Olimpiade Musim Panas 1948, memenangkan empat emas. Namun, dia finis kelima di 100 m
final, dan memenangkan medali perak di 200 m di belakang Elaine Thompson yang menjadi wanita pertama selama 28 tahun untuk menyelesaikan Olimpiade sprint ganda. Setelah kekalahan di 200 m, Schippers tetap terlantar di sisi trek untuk sementara waktu, melepas paku dan melemparkannya ke satu sisi karena frustrasi. "Saya datang ke sini untuk emas", katanya kepada wartawan, kekecewaan terlihat di wajahnya. "Aku tidak senang dengan perak". Tim relai Belanda tersingkir di babak penyisihan karena kesalahan penyerahan relai antara Samuel dan Schippers.