Jurnalis menyatakan bahwa ia mungkin "telah memainkan peran utama dalam mengatur" kemenangan pemilu Ahmadinejad, dan bahwa ia mungkin "tokoh kunci dalam mengatur tindakan keras terhadap demonstran anti-pemerintah" pada bulan Juni 2009, dan secara langsung bertanggung jawab atas paramiliter Basij, pemadaman namanya di pers rezim meskipun. Dalam sebuah surat terbuka, Mehdi Karroubi, mantan ketua Majlis (parlemen) dan kandidat reformis dalam pemilihan presiden 2009
, secara eksplisit menuduh Mojtaba Khamenei berpartisipasi dalam konspirasi untuk memalsukan pemilihan, mengacu pada campur tangan ilegal dari "jaringan".