Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Gempa besar pada tahun 1755
yang mempengaruhi sebagian besar Portugal menghancurkan bagian dari benteng, yang kemudian diperbaiki. Pada tahun 1773 dilakukan pekerjaan renovasi kapel Santa Bárbara di dalam benteng. Tak lama kemudian sebuah laporan inspeksi disiapkan yang mengomentari secara negatif kondisi dan pada tahun 1800 baterai baru dibangun untuk membuat pendaratan di pelabuhan lebih sulit dan parapet benteng yang menghadap laut juga ditinggikan. Tingkat pekerjaan yang dilakukan menyebabkan masalah keuangan bagi penduduk setempat, yang mencari dan memperoleh bantuan dari Ratu Maria I. Peningkatan lebih lanjut dilakukan pada tahun 1807. Namun, benteng itu terbukti tidak efektif pada bulan Desember 1807 selama Perang Semenanjung, ketika pasukan Prancis-Spanyol mendarat di Peniche. Setelah kekalahan mereka oleh pasukan Anglo-Portugis, itu secara singkat dianggap pada tahun 1810 sebagai kemungkinan titik embarkasi bagi pasukan Inggris jika invasi Prancis yang diperbarui membuat hal ini diperlukan. Setelah Kongres Wina pada tahun 1815, yang menetapkan perdamaian di Eropa, benteng itu ditinggalkan. Dengan tekanan perkotaan yang dihasilkan dari pertumbuhan populasi Peniche, bagian-bagian tertentu dibongkar. Pada tahun 1824 itu sementara diubah menjadi penjara dan digunakan untuk menahan tahanan politik. Selama Perang Saudara Portugis (1828-1834) itu kembali diduduki tetapi ketika pasukan Liberal menduduki Benteng Berlengas pada tahun 1833, pasukan Absolutist meninggalkan Peniche. Pada tahun 1837, ledakan bubuk mesiu di dalam benteng menyebabkan kebakaran hebat, yang benar-benar menghancurkan Rumah Gubernur. Pada tahun 1871, Gubernur benteng melaporkan kondisi buruknya dan beberapa pekerjaan restorasi dilakukan.