Kekacauan internal sebagian besar menghentikan ekspansi Cina pada abad ke-19. Pada tahun 1867 Yakub Beg memimpin pemberontakan yang melihat Kashgar menyatakan kemerdekaannya sebagai Taiping
dan Pemberontakan Nian di jantung Kekaisaran mencegah orang Cina untuk menegaskan kembali kontrol mereka.