Halsey menjadi komandan wilayah Pasifik Selatan, dan memimpin pasukan Sekutu selama Pertempuran Guadalcanal (1942-1943) dan pertempuran di rantai Solomon
(1942 <unk>1945). Pada tahun 1943 ia menjadi komandan Armada Ketiga, jabatan yang dipegangnya selama sisa perang. Ia mengambil bagian dalam Pertempuran Teluk Leyte, pertempuran angkatan laut terbesar dalam Perang Dunia Kedua dan, menurut beberapa kriteria, pertempuran angkatan laut terbesar dalam sejarah. Dia dipromosikan menjadi Laksamana Armada pada bulan Desember 1945 dan pensiun dari dinas aktif pada bulan Maret 1947.