Duterte melanjutkan pembicaraan perdamaian dengan Partai Komunis Filipina pada tahun 2016, tetapi membatalkan semua negosiasi pada Februari 2017 setelah serangan dan penculikan tentara oleh anggota NPA, secara resmi menyatakan CPP-NPA sebagai kelompok teroris. Menyusul pendudukan Marawi yang dipimpin Maute Group, Duterte telah menyatakan darurat militer di seluruh Mindanao yang kemudian diperpanjang selama dua tahun hingga 2019 dalam upaya untuk memastikan ketertiban di pulau itu. Pertempuran Marawi
berlangsung selama lima bulan dari 23 Mei hingga 17 Oktober 2017, sehari setelah kematian pemimpin militan Omar Maute dan Isnilon Hapilon, dengan Duterte menyatakan Marawi sebagai "bebas dari pengaruh teroris".