Menakutkan ancaman dari Kekaisaran Jepang selama Perang Dunia II, Amerika Serikat yang kemudian netral mulai memperkuat Dutch Harbor pada tahun 1940, yang menghasilkan pembangunan Dutch Harbor Naval Operating Base dan Fort Mears yang selesai sepenuhnya pada bulan September 1941 tiga bulan sebelum serangan kejutan di Pearl Harbor yang menyebabkan AS memasuki perang. Pada tanggal 3 Juni 1942, kota ini diserang oleh angkatan udara Jepang dalam Pertempuran Dutch Harbor
, bagian dari Kampanye Kepulauan Aleutian. Setelah serangan dan pendudukan Jepang atas Kiska dan Attu, hampir semua penduduk asli Pulau Amaknak dievakuasi. Banyak yang ditahan, dalam kondisi buruk, di kamp-kamp di Alaska Tenggara selama perang berlangsung; sejumlah besar internee meninggal selama dipenjara.