Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Gempa bumi yang mengerikan yang menghancurkan Lisbon
Pada tanggal 1 November 1755, berubah selamanya output Perez. Ópera do Tejo dihancurkan enam bulan setelah dibuka dan pengadilan menarik diri dari teater. Tidak ada opera yang diproduksi selama tujuh tahun berikutnya, dan setelah itu hanya dengan cara yang kurang spektakuler. Selama 23 tahun terakhir hidupnya, Perez hanya menulis tiga opera baru. Sebaliknya ia mengkomposisi sejumlah besar musik gereja, yang mencakup hampir semua ritual dan praktik dari dua kapel musik utama Lisbon, Royal dan Seminário da Patriarcal. Dia tidak pernah meninggalkan Portugal, sehingga pujian internasionalnya perlahan menurun. Namun, Gerber mencatat bahwa sejak 1766 komposisi Perez dikenal dan diminati di Jerman dan bahwa pada tahun 1790 ia adalah'salah satu komposer yang paling terkenal dan dicintai di antara para master Italia... salah satu komposer terbaru yang mempertahankan kekakuan kontrapoin'. J. C. Krause menyebut Hasse, Perez dan Paisiello sebagai model yang memuaskan. Pada tahun 1774 Perez menjadi anggota Akademi Musik Kuno London, dan memiliki satu-satunya karya berskala penuh yang dicetak dalam hidupnya, "Mattutino de 'Morti" (set ketiga dari Kantor Orang Mati), diterbitkan di sana oleh Bremner. Musiknya, terutama musik religius, banyak disalin di Italia. Selama empat tahun terakhir hidupnya Perez menderita penyakit kronis, akhirnya kehilangan penglihatannya, tetapi terus menyusun. Pada tahun 1778 muridnya, sekarang Ratu Maria I dari Portugal, menjadikannya Ksatria Ordo Kristus; ketika ia meninggal di Lisbon, ia memerintahkan pemakaman yang rumit dengan biaya Mahkota.