Menulis kelanjutan untuk paragraf ini - Setelah ditugaskan, kapal itu ditugaskan ke Divisi Pembawa Empat dari Armada Udara Pertama, bersama dengan, di bawah komando Laksamana Kakuji Kakuta. Dia ditugaskan untuk mendukung Operasi AL, sebuah serangan yang direncanakan untuk merebut beberapa Kepulauan Aleutian untuk memberikan peringatan dini jika terjadi serangan Amerika dari Aleutian ke Kepulauan Kurile sementara badan utama armada Amerika diduduki mempertahankan Midway. "Jun'yō" membawa 18 A6M2 Zero dan 18 D3As untuk operasi ini. Pada fajar tanggal 3 Juni, ia meluncurkan 9 Zero dan selusin D3A untuk menyerang Dutch Harbor
di Pulau Unalaska. Mereka harus berbalik karena cuaca buruk, meskipun pesawat pengintai PBY Catalina Amerika ditembak jatuh oleh Zero. Serangan udara kedua diluncurkan kemudian pada hari itu untuk menyerang sekelompok kapal perusak yang ditemukan oleh pesawat dari serangan pertama, tetapi mereka gagal menemukan target. Serangan udara lain diluncurkan pada hari berikutnya oleh dua kapal induk yang terdiri dari 15 Zero, 11 D3A, dan 6 B5N dan berhasil membom Dutch Harbor. Ketika pesawat dari "Jun'yō" sedang berkumpul kembali setelah serangan, mereka diserang oleh 8 pesawat tempur Curtiss P-40 yang menembak jatuh 2 Zero dan sepasang D3A sementara kehilangan 2 dari mereka sendiri. D3A lainnya tersesat dan gagal kembali ke kapal induk. Tak lama setelah pesawat diluncurkan, Amerika menyerang kapal induk, tetapi gagal menimbulkan kerusakan. Sebuah Martin B-26 Marauder bomber dan PBY ditembak jatuh oleh Zero, dan sebuah Boeing B-17 Flying Fortress bomber ditembak jatuh oleh flak selama serangan.