Pada hari-hari awal Islam, menurut sumber-sumber Islam, sebuah suku Yahudi di Arab (lihat Banu Qurayza) diduga telah melanggar perjanjian damai dengan Muslim awal, mengakibatkan eksekusi lebih dari 700 orang Yahudi. Banyak wanita yang selamat kemudian diambil oleh tentara Muslim; salah satu dari mereka, Safiyya bint Huyayy yang suaminya Kenana ibn al-Rabi juga telah dibunuh, diambil oleh Muhammad sebagai istrinya. Ada penganiayaan Yahudi yang terkenal seperti pembantaian Fez tahun 1033, pembantaian Granada tahun 1066 dan penjarahan Safed tahun 1834. Pada akhir abad ke-19, gerakan Zionis berusaha untuk membangun kembali tanah air Yahudi di Israel bersejarah, di dalam wilayah bersejarah Palestina, juga dikenal sebagai Zion, juga dikenal sebagai Tanah Suci. Hal ini menciptakan ketegangan antara Yahudi Palestina dan Arab Palestina, yang menyebabkan, dimulai pada tahun 1947, perang saudara dan eksodus berikutnya dari banyak Arab Palestina dan banyak orang Yahudi dari negara-negara Muslim. Pada tahun 1948, negara Israel dinyatakan, dan tak lama setelah deklarasi kemerdekaannya, negara-negara Arab menyatakan perang
Pada hari itu, orang-orang Israillah yang menang. Setelah Perang Arab-Israel 1948, dua belas perang lagi terjadi antara Negara-negara Arab dan Israel. Konflik Arab-Israel telah melemahkan hubungan Islam-Yahudi secara serius.