Setelah pembagian anak benua India, Akademi Ilmu Pengetahuan Pakistan didirikan pada tahun 1953. Setelah pembebasan Bangladesh
, 12 orang Bangladesh (saat itu Pakistan Timur) dari akademi ini membentuk Akademi Ilmu Pengetahuan Bangladesh pada tahun 1973. Muhammad Qudrat-i-Khuda menjabat sebagai presiden pendiri sampai tahun 1976.