Pada tanggal 25 Oktober 1944, unit utama No. 61 Wing adalah markasnya, No. 3 Airfield Construction Squadron dan No. 14 Airfield Construction Squadron, yang semuanya berlokasi di Morotai. Pada saat ini Wing berada di bawah komando Australian First Tactical Air Force (1TAF), yang merupakan formasi mobile utama RAAF. Pada bulan November No. 3 Airfield Construction Squadron dipilih untuk berpartisipasi dalam pembebasan Mindoro
di Filipina tengah sementara No. 14 Airfield Construction Squadron tetap di Morotai untuk menyelesaikan dan memelihara fasilitas di sana bersama unit insinyur tentara. Sebuah tim penghubung terdiri dari 16 personel dari No. 61 Wing menemani No. 3 Airfield Construction Squadron.