Setelah kembali ke Polandia pada tahun 1784, Kościuszko ditugaskan sebagai jenderal besar di Tentara Persemakmuran Polandia-Lithuania pada tahun 1789. Setelah Perang Polandia-Rusia 1792
yang mengakibatkan Partisi Kedua Persemakmuran, ia memimpin pemberontakan melawan Kekaisaran Rusia pada bulan Maret 1794 sampai ia ditangkap di Pertempuran Maciejowice pada bulan Oktober 1794. Kekalahan Pemberontakan Kościuszko pada November itu menyebabkan Partisi Ketiga Polandia pada tahun 1795, yang mengakhiri Persemakmuran. Pada tahun 1796, setelah kematian Tsaritsa Catherine II, Kościuszko diampuni oleh penerusnya, Tsar Paul I, dan ia beremigrasi ke Amerika Serikat. Seorang teman dekat Thomas Jefferson, dengan siapa ia berbagi cita-cita hak asasi manusia, Kościuszko menulis wasiat pada tahun 1798, mendedikasikan aset AS-nya untuk pendidikan dan kebebasan para budak AS. Kościuszko akhirnya kembali ke Eropa dan tinggal di Swiss sampai kematiannya pada tahun 1817. Eksekusi wasiatnya kemudian terbukti sulit, dan dana tidak pernah digunakan untuk tujuan yang dimaksudkan Kościuszko.