Dengan pecahnya Perang Saudara, Brooks ditunjuk sebagai brigadir jenderal sukarelawan pada bulan September 1861. Dia memerintahkan Brigade ke-2, Divisi ke-2 dari Korps IV di Kampanye Semenanjung, dan Brigade ke-2, Divisi ke-2 dari Korps VI di Pertempuran Tujuh Hari, di mana ia terluka di Pertempuran Stasiun Savage.
Aku tahu. Sembuh, ia kembali memimpin brigadanya untuk Kampanye Maryland dan memimpin pasukannya di Crampton's Gap, di mana mereka menangkap bendera pertempuran Konfederasi milik Infantri Virginia ke-16. Pada Pertempuran Antietam, brigade Brooks sebagian besar berada di cadangan, meskipun di bawah "tembakan meriam dari artileri dan penembak jitu" selama 48 jam.