Menulis kelanjutan untuk paragraf ini - Pada bulan Maret 1862, Waddell ditunjuk sebagai Letnan di Angkatan Laut Konfederasi. Dikirim ke New Orleans, ia ditugaskan ke kapal lapis baja CSS "Mississippi" yang belum lengkap sampai kehancuran pada akhir April. Bulan berikutnya, saat bertugas sebagai perwira artileri di darat, ia berpartisipasi dalam pertempuran
antara baterai pantai Konfederasi dan kapal lapis baja Federal di Drewry's Bluff, Virginia. Dia melihat lebih banyak layanan baterai pantai di Charleston, Carolina Selatan, selama sisa tahun 1862 dan ke tahun 1863. Dikirim ke luar negeri pada bulan Maret 1863, Letnan Pertama Waddell ditempatkan di Inggris menunggu ketersediaan posisi pelayaran.