Setelah Piala Dunia 1990, pelatih tim nasional Óscar Tabárez digantikan oleh Luis Cubilla, yang telah melatih Francescoli yang kurang digunakan di River Plate, ketika Francescoli pertama kali tiba di klub bertahun-tahun sebelumnya. Cubilla membawa perasaan nasionalisme yang kuat di kalangan penggemar Uruguay pada saat itu, khususnya kebencian terhadap atlet negara yang bermain di Eropa, dan bahkan mengisyaratkan bahwa Francescoli, dan juga Rubén Sosa, Carlos Aguilera dan Oscar Herrera, adalah "dinheiristas" ("pasukan bayaran"). Terkejut, mereka menolak untuk bermain jika Cubilla tidak menarik kembali komentarnya dan para pemain ini ditinggalkan dari Copa América 1991. Tanpa bintang-bintang "Eropa", Uruguay runtuh di babak pertama. Pada saat turnamen 1993
datang sekitar, para pemain sudah dipanggil kembali ke tim. Meskipun ia telah dipanggil oleh Cubilla, Francescoli di bangku cadangan sepanjang turnamen, dan Uruguay sekali lagi kecewa, menderita eliminasi perempat final. Dalam pertandingan persahabatan di akhir tahun itu, Francescoli membuat penampilan pertamanya untuk "Celeste" dalam beberapa tahun. Sementara itu, rival Amerika Selatan Argentina memenangkan kedua edisi 1991 dan 1993 dari turnamen, menyalip Uruguay sebagai tim dengan gelar Copa América paling banyak (14).