Pada tahun 1959, ia secara aktif terlibat dalam tujuan partai untuk melakukan pemilihan demokratis. Pemilihan melihat Bishweshwar Prasad Koirala menjadi perdana menteri terpilih pertama di negara ini. Namun, Raja Mahendra merencanakan dan mengeksekusi kudeta pada bulan Desember 1960 dan mengusir Bishweshwar Prasad Koirala. Hal ini mengakibatkan pengasingan beberapa anggota Kongres Nepali ke India, termasuk Sushil Koirala. Ia tetap dalam pengasingan politik di India selama 16 tahun setelah pengambilalihan Koirala pada tahun 1960. Ia juga menghabiskan tiga tahun dalam pengasingan di penjara India karena keterlibatannya dalam pembajakan sebuah pesawat.
16 tahun