Stone berperang dalam pertempuran Perang Sipil utama di
Stasiun Savage, Antietam, Chancellorsville, dan Gettysburg. Setelah mengalami luka parah di Antietam, ia ditugaskan sebagai Letnan Kedua. Setelah luka ketiganya di Gettysburg, ia ditempatkan di posisi administratif di Philadelphia.