Ketika berita tentang Perang Saudara mencapai Minnesota, Bloomer dan sepupunya bergabung dengan Pengawal Stillwater, sebuah kelompok milisi lokal. Para penjaga dikumpulkan ke First Minnesota Volunteer Infantry Regiment di Fort Snelling pada tanggal 29 April 1861, membentuk inti dari Perusahaan B. Bloomer awalnya diberi pangkat kopral dan berpartisipasi dalam semua pertunangan utama resimen sampai Pertempuran Antietam. Dia terluka ringan di kepala di Pertempuran Bull Run. Selama Pertempuran Stasiun Savage
Pada tanggal 29 Juni 1862, yang merupakan bagian dari Kampanye Semenanjung, Bloomer dipromosikan menjadi Sersan Warna. Di tengah pertunangan pembawa bendera terbunuh. Bloomer mengambil bendera, dan dipisahkan dari resimen selama lima jam. Dia mengembalikan bendera ke resimen dan dipromosikan untuk keberaniannya.