Perang yang mahal melawan Venesia dan dampak yang menghancurkan dari Black Death sangat mengurangi kekuatan angkatan laut Genoa. Munculnya negara-bangsa yang lebih besar juga merusak kemampuan negara-kota yang relatif kecil untuk bersaing secara militer. Genoa (dengan dukungan Prancis) melancarkan perang salib
melawan Tunisia pada tahun 1390, dengan tujuan untuk melindungi koloni perdagangan Genoa dari bajak laut Muslim. Selama perang, angkatan laut Genoa menyediakan kapal sementara ksatria Prancis mengepung benteng Mahdi. Perang ini sukses bagi pasukan Kristen, tetapi juga mengakibatkan Prancis mendapatkan pengaruh politik di Genoa, yang ditekan untuk menyatakan dirinya sebagai wilayah Prancis pada tahun 1396. Angkatan laut Genoa berada di bawah kendali Prancis, dan pada 7 Oktober 1403 dikalahkan oleh Venesia dalam Pertempuran Modon setelah armada Genoa menyerang koloni perdagangan Venesia. Republik memperoleh kemerdekaan dari Prancis pada tahun 1409, tetapi prestise militer telah rusak parah dan kota ini tetap menjadi penaklukan politik yang didambakan untuk Prancis dan Aragon. Pada tahun 1435, sebuah armada Genoa dikirim atas permintaan Milan ke kota Gaeta, yang dikepung oleh Aragon. Pada saat itu, Adipati Milan dan Raja Aragon bertengkar siapa yang akan mengendalikan Kerajaan Sisilia. Armada Genoese tiba di Gaeta dan mengalahkan armada Aragon yang superior secara numerik di Pertempuran Ponza. Kapal induk Aragon dipaksa untuk menyerah dan Raja Alfonso V dari Aragon ditangkap. Meskipun mengalami kemunduran ini, Aragon menang dalam konflik dan Sisilia berada di bawah kendali Aragon, membuat perjalanan melalui Selat Messina sulit dan lebih mengganggu aktivitas angkatan laut Genoa.