Pada awal Perang Saudara, ia ditunjuk sebagai kapten di Infantri Indiana ke-10 dan dipromosikan menjadi kolonel dalam waktu kurang dari sebulan. Dia memimpin brigade di Army of the Ohio di Pertempuran Mill Springs pada tahun 1862 dan dipromosikan menjadi brigadir jenderal pada tanggal 24 Maret 1862, berdasarkan tindakannya di sana. Jenderal Manson terluka di paha dan ditangkap oleh pasukan Konfederasi di Pertempuran Richmond, Kentucky. Dia ditukar dua bulan kemudian dan melawan Morgan pada serangannya ke Ohio. Dalam rentang dua bulan, Manson maju dari brigade, ke divisi dan kemudian untuk memimpin Korps XXIII. Dia memimpin korps selama Kampanye Knoxville melihat aksi di Stasiun Campbell dan Knoxville. Jenderal Manson kembali ke komando brigade, di Angkatan Darat Ohio, selama Kampanye Atlanta dan terluka parah dalam Pertempuran Resaca
Georgia.