Pada musim panas 1981, Filipović yang berusia 28 tahun bergabung dengan juara bertahan Portugal S.L. Benfica di mana selama tiga musim berikutnya ia mencetak 28 gol dalam 54 pertandingan liga. Zoran Filipović juga membimbing klub Benfica ke Final Piala UEFA 1983
melawan R.S.C. Anderlecht, menjadi pencetak gol terbanyak kompetisi musim itu dan mencetak gol yang tak terlupakan untuk Portugis di perempat final melawan AS Roma dan di semifinal melawan Universitatea Craiova.