Dia meninggalkan kebiasaan untuk jangka waktu yang singkat dan memasuki Seminari Konsiliar Buenos Aires pada tahun 1860. Ia bertugas sebagai pendeta militer selama Perang Paraguay, dan karena kepahlawanannya dipromosikan menjadi Letnan Kolonel. Canavery hadir di pertempuran Yatay, Pertempuran Tuyutí
, Pertempuran Curupayty dan Pertempuran Lomas Valentinas, terjadi pada tanggal 27 Desember 1868. Setelah perang berakhir, ia bergabung dengan pasukan yang menduduki kota Asunción. Dia adalah Kaplan pertama yang bertugas di Villa Occidental, digantikan di posisi oleh José Pablo Lynch y Cabrera.