Muslim sekuler dan sebagian besar non-Muslim Selatan sangat menentang penegakan hukum Islam. Namun, bahkan sebelum penerbitan Hukum September, John Garang, pemimpin Gerakan Pembebasan Rakyat Sudan (SPLM) telah membelot dari pemerintah dan mulai mengorganisir oposisi Selatan untuk menggulingkan Nimeiry. Penegakan hukuman hudud, yang mencakup cambuk dan amputasi tangan dan kaki, memicu oposisi luas terhadap pemerintah Nimeiry. Setelah Nimeiry digulingkan pada tahun 1985, pemerintah Swar al-Dahab menangguhkan hukuman hudud yang paling keras. Baik Swar al-Dahab dan penggantinya yang terpilih secara demokratis, Sadiq al-Mahdi, mendukung syariah tetapi mengkritik metode penerapannya oleh Nimeiry. Pada awal 1989, seorang al-Mahdi yang enggan menyatakan kesediaan untuk mempertimbangkan penghapusan hukum syariah yang kontroversial. Hal ini menyebabkan mitra koalisinya, al-Turabi dan Front Islam Nasional (NIF), mengundurkan diri dari pemerintahan sebagai protes. Al-Mahdi mengumumkan bahwa kabinet akan mempertimbangkan rancangan undang-undang yang mencabut Undang-Undang September pada 1 Juli 1989, dan akan bertemu dengan para pemimpin SPLM untuk menyelesaikan secara damai berakhirnya perang saudara. Kudeta militer Juni 1989
yang dipimpin oleh al-Bashir terjadi hanya 24 jam sebelum pemerintah al-Mahdi dijadwalkan untuk memilih untuk membatalkan Hukum September.