Kekaisaran Jepang menginvasi Maluku pada awal tahun 1942 sebagai bagian dari Kampanye Hindia Belanda Perang Dunia II, mengusir Belanda dari wilayah tersebut. Halmahera menjadi lokasi pangkalan angkatan laut Jepang di Teluk Kao. 2 tahun kemudian, pasukan AS dan sekutunya melancarkan Pertempuran Morotai
pada tahun 1944; mengebom pulau itu pada bulan Agustus dan menginvasi pada bulan September. Pasukan Kekaisaran Jepang di Morotai bertahan sampai tahun 1945 tetapi gagal mengusir penjajah Sekutu. Pada bagian akhir tahun 1944, 61.000 personel mendarat di Morotai. Dua pertiga dari mereka adalah insinyur, yang dengan cepat mendirikan fasilitas termasuk pelabuhan dan dua landasan pacu ditambah gudang bahan bakar yang luas. Penyerahan diri resmi Angkatan Darat Jepang Kedua terjadi di Morotai pada tanggal 9 September 1945. Penjaga Jepang terakhir dari perang, Prajurit Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), ditemukan oleh Angkatan Udara Indonesia di Morotai, dan menyerah pada patroli pencarian pada tanggal 18 Desember 1974.