Menerima undangan untuk kembali ke pasukan pemerintah Albania, Moisiu kembali ke Albania dan pada akhir tahun 1940, saat menjabat sebagai komandan batalyon Tomorri, ia dikirim ke front Italia-Yunani
Aku tahu. Spiro tidak ingin berperang melawan orang-orang Yunani dan bersama dengan mayor Albania lainnya, Prenk Pervizi, menarik pasukannya dari garis depan dan mendorong banyak orang Albania untuk desertir. Hal ini menyebabkan ia dideportasi ke pos militer di Laç di mana ia disimpan di bawah pengawasan ketat sampai Pengadilan Militer Tinggi Italia menghukum mati dia karena desersi dari garis depan. Hukuman itu kemudian dibatalkan dan satu-satunya hukuman adalah pemecatan dari dinas militer. Hal ini karena Italia takut pemberontakan tentara Albania yang masih berada di bawah komando Italia.