Ketika Leoncio Prado berusia 26 tahun, perang dengan Chili pecah pada tahun 1879, yang disebut Perang Pasifik, jadi perwira muda itu kembali ke Peru untuk membela negaranya. Dia berpartisipasi di Angkatan Laut dan kemudian di Angkatan Darat. Pertama, ia dipercayakan dengan organisasi kapal torpedo yang akan bertindak di pulau Alacrán di pelabuhan Arica melawan pasukan angkatan laut Chili. Kemudian, mengintegrasikan Angkatan Darat Selatan pada tahun 1880, ia ditugaskan untuk membentuk sebuah badan militer yang dengannya ia berpartisipasi dalam Pertempuran Tacna
Pada bulan Mei. Setelah kekalahan Peru dalam pertempuran itu, ia memimpin perang gerilya di sekitar Tacna, sampai ia ditangkap oleh Chili di Tatara pada bulan Juli. Tapi kemudian ia dibebaskan dengan syarat tidak berperang lagi, yang ia tidak patuh. Dia kemudian berpartisipasi dalam kampanye Sierra, meninggal tak lama setelah Pertempuran Huamachuco pada tahun 1883.