Dia bergabung dengan Angkatan Udara Sudan pada tahun 1973,.Hussein lulus dari Universitas Cranfield yang bergengsi di Inggris dengan gelar master dalam teknik penerbangan pada tahun 1982. Dia memainkan peran utama dalam kudeta Sudan 1989
, dan kemudian pada tahun 1990 menjadi Sekretaris Jenderal Dewan Komando Revolusioner untuk Keselamatan Nasional; otoritas yang memerintah Sudan antara tahun 1989 dan 1993.