Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Di bawah Konfederasi, bailiff mereka memegang sebuah kastil di tepi kanan dari Limmat, mengontrol akses ke jembatan. Diet Swiss bertemu di Baden berulang kali dari tahun 1426 sampai sekitar tahun 1712, menjadikan Baden semacam ibukota untuk Swiss. Town Hall ('), tempat pertemuan Diet, masih dapat dikunjungi. Selama abad ke-15, kota ini kembali populer sebagai sebuah Resort Spa ('). Kota ini adalah tempat perdebatan terkenal tentang transubstansiasi dari 21 Mei sampai 18 Juni 1526. Meskipun Zwingli menolak untuk hadir secara langsung, ia mencetak lembar lebar sepanjang durasinya dan mengirim asistennya Johannes Oecolampadius untuk berdebat dengan Johann Eck dan Thomas Murner. Pada akhirnya, mayoritas memutuskan melawan para reformis tetapi blok substansial muncul atas nama mereka juga. Johann Pistorius mengadakan sebuah disputasi di kota itu pada tahun 1589. Stein diperkuat kembali antara tahun 1658 dan 1670, tetapi benteng itu ditinggalkan pada tahun 1712. Pada tahun 1714, perjanjian Rastatt dan Baden mengakhiri permusuhan antara Prancis dan Habsburg, teater terakhir Perang Suksesi Spanyol. Perjanjian Baden lainnya mengakhiri Perang Toggenburg
antara Protestan dan Katolik Swiss kanton pada tahun 1718. Baden adalah ibu kota dari kanton Baden dari tahun 1798 sampai 1803, ketika kanton Aargau diciptakan.