Menurut penulis Clinton Fernandes pemerintah Malcolm Fraser, Bob Hawke dan Paul Keating bekerja sama dengan militer Indonesia dan Presiden Suharto untuk mengaburkan rincian tentang kondisi di Timor Timur dan untuk mempertahankan kendali Indonesia atas wilayah tersebut. Pemerintah Australia melihat hubungan baik dan stabilitas di Indonesia (tetangga terbesar Australia) sebagai penyangga keamanan yang penting di utara Australia. Meskipun demikian, Australia menyediakan tempat perlindungan penting bagi pendukung kemerdekaan Timor Timur seperti José Ramos-Horta (yang bermarkas di Australia selama pengasingan). Namun, sepanjang durasi pendudukan Indonesia di Timor Timur, masyarakat Australia umumnya tidak nyaman, jika tidak secara aktif menentang pendudukan, yang awalnya disorot oleh kematian lima jurnalis Australia yang kemudian dikenal sebagai "Balibo 5". Juga tindakan rakyat Timor dalam mendukung pasukan Australia selama Pertempuran Timor
dalam Perang Dunia II diingat dengan baik, terutama oleh para veteran. Kedua isu ini membuat pendudukan Timor Timur dalam cahaya negatif, sepanjang durasi invasi dan pendudukan. Protes terjadi di Australia melawan pendudukan, orang-orang Timor Timur terkemuka tinggal di Australia dan menjaga masalah ini tetap terang, dan beberapa warga negara Australia berpartisipasi dalam gerakan perlawanan. Menurut Profesor James Cotton, menulis dalam bukunya tentang invasi, Suharto sebenarnya menghindari datang ke Australia, dengan pengetahuan bahwa akan ada protes publik.