Musim 2012/2013 adalah tahun terobosan bagi Lisowski karena ia lolos ke lima turnamen peringkat, termasuk Kejuaraan Dunia, dan mencapai final kedua sebagai profesional. Turnamen pertama yang ia capai adalah Australia Goldfields Open dengan mengalahkan Dave Harold dan ia kalah 2<unk>5 dari Mark Davis di babak pertama di Bendigo. Dia tidak dapat lolos ke dua acara berikutnya, tetapi kemudian mengalahkan Chen Zhe dan Joe Perry untuk tampil di Kejuaraan Inggris untuk pertama kalinya. Dalam pertandingan melawan Chen, Lisowski membuat 147 pertama dalam permainan kompetitif dalam karirnya. Di putaran pertama acara di York, Lisowski kalah 2-6 dari Stuart Bingham. Lisowski mengalahkan Ian Burns dan Jamie Burnett untuk lolos ke China Open
dan kemudian melihat off Zhou Yuelong untuk maju ke 32 terakhir. Dia memainkan teman baiknya Judd Trump dan membuat 131 break dalam kemenangan 5×3, sebelum kembali dari 2×4 turun untuk menang 5×4 melawan Mark Davis dan mencapai perempat final acara peringkat pertamanya. Namun, kali ini adalah Lisowski yang membiarkan 4<unk>2 memimpin tergelincir saat ia kalah 4<unk>5 dari Shaun Murphy, dengan Murphy menyatakan bahwa snooker telah melihat masa depan dengan penampilan Lisowski selama seminggu.