Menulis kelanjutan untuk paragraf ini - Menjelang akhir Juni, 1861, Hotchkiss ditandatangani sebagai sebuah timster Konfederasi untuk membawa persediaan untuk Churchville Kavaleri di Rich Mountain, West Virginia. Hotchkiss menawarkan layanannya sebagai pembuat peta kepada Brigjen Richard B. Garnett, yang brigade Konfederasi beroperasi di Virginia barat. Hotchkiss bertugas di Rich Mountain dan membuat peta untuk kampanye yang direncanakan Jenderal Robert E. Lee di pegunungan. Dia mengambil cuti medis singkat setelah terkena demam tifoid, tetapi kembali bertugas pada bulan Maret 1862 sebagai kepala insinyur topografi Distrik Lembah, melapor kepada Mayor Jenderal Stonewall Jackson. Setelah kekalahan awal Pertempuran Kernstown selama Kampanye Lembah tahun 1862
, pada tanggal 26 Maret 1862, Jackson memanggil Hotchkiss ke markasnya di Narrow Passage dekat Woodstock dan mengarahkan dia untuk "membuat saya peta Lembah, dari Harper's Ferry ke Lexington, menunjukkan semua titik serangan dan pertahanan [sic] di tempat-tempat itu". Rekomendasi langsung Hotchkiss adalah bahwa garis Jackson di Stony Creek di Woodstock tidak dapat dipertahankan, dan bahwa Jackson harus mundur ke Rude's Hill, sebuah teluk kecil yang dapat dipertahankan di selatan Mt. Jackson. Apa yang kau lakukan? Di Rude's Hill, Jackson mengatur ulang komando untuk sisa kampanye suksesnya pada tahun 1862 di Lembah Shenandoah.