Setelah perang, Ančerl memimpin Radio Praha sampai 1950, ketika ia menjadi direktur artistik dari Czech Philharmonic, sebuah jabatan yang ia pegang dengan sukses selama delapan belas tahun. Setelah invasi 1968 terhadap Cekoslowakia
Ančerl beremigrasi ke Toronto, Kanada, di mana ia bekerja sebagai direktur musik dari Toronto Symphony Orchestra sampai kematiannya pada tahun 1973.