Sultan Ottoman Suleiman yang Agung secara pribadi melakukan ekspedisi pada tahun 1537 yang menghancurkan atau merebut banyak desa di sekitarnya tetapi tidak berhasil menundukkan daerah tersebut. Orang-orang Ottoman merasa perlu untuk berkompromi dengan penduduk dengan memberi mereka serangkaian hak istimewa: pemerintahan lokal, hak untuk membawa senjata, pembebasan dari pajak, hak untuk berlayar di bawah bendera mereka sendiri ke setiap pelabuhan Ottoman dan untuk memberikan layanan militer pada saat perang. Namun, terlepas dari hak istimewa, kaum Himariotes memberontak selama konflik berikut: Perang Ottoman-Venetia (1537-40), Perang Ottoman-Venetia (1570-73), Perang Morea
(1684<unk>99), Perang Ottoman<unk>Venetian (1714<unk>18) dan perang Rusia-Turki pada abad ke-18. Di sisi lain, pembalasan Utsmaniyah mengurangi penduduk di daerah itu dan menyebabkan Islamisasi paksa yang akhirnya membatasi populasi Kristen daerah itu pada abad ke-18 ke kota Himarë dan enam desa. Selain itu, orang Himariot sering diserang oleh orang Lab, sebuah suku Albania yang berdekatan, dengan alasan ras dan agama. Pada suatu kesempatan, pada tahun 1577, para kepala suku Himarë memohon senjata dan persediaan kepada Paus dengan berjanji untuk melawan orang-orang Ottoman. Mereka juga berjanji untuk memindahkan kesetiaan agama mereka ke Roma, asalkan mereka akan mempertahankan kebiasaan liturgi Ortodoks Timur mereka "karena mayoritas penduduk adalah orang Yunani dan tidak mengerti bahasa Frank". Dalam berbagai surat kepada para penguasa Eropa, kaum Himariotes mengklaim bahwa mereka pernah diperintah oleh para pemimpin seperti Alexander Agung, Pyrrhus dari Epirus dan Skanderbeg, tokoh-tokoh dengan siapa kaum Himariotes membentuk memori sejarah identitas. Tokoh yang paling banyak dikutip di mana Himarotes membanggakan diri mereka melalui masa lalu mereka adalah Skanderbeg.