Lengkapi kalimat berikut: Johnston sangat antusias tentang pecahnya Perang Meksiko-Amerika. Dia bertugas di staf Letnan Jenderal Winfield Scott di
Pengepungan Veracruz, setelah dipilih oleh Scott untuk menjadi perwira yang membawa tuntutan untuk menyerah terlebih dahulu kepada gubernur provinsi. Dia berada di barisan depan gerakan di pedalaman di bawah Brigjen David E. Twiggs dan terluka parah oleh tembakan grapeshot melakukan pengintaian sebelum Pertempuran Cerro Gordo. Dia diangkat menjadi Letnan Kolonel untuk tindakannya di Cerro Gordo. Setelah sembuh di rumah sakit lapangan, ia bergabung kembali dengan tentara di Puebla. Selama serangan ke Mexico City, ia adalah wakil komandan "Regiment Voltigeurs AS", sebuah unit yang terdiri dari infanteri ringan atau skirmishers. Dia membedakan dirinya di Contreras dan Churubusco, terluka lagi di Chapultepec, dan menerima dua promosi paten untuk dua pertunangan terakhir, mengakhiri perang sebagai kolonel paten sukarelawan. (Setelah berakhirnya permusuhan, ia kembali ke pangkat kapten pada masa damai dalam insinyur topografi.) Winfield Scott mengomentari dengan lucu bahwa "Johnston adalah seorang prajurit yang hebat, tetapi ia memiliki bakat yang tidak menguntungkan untuk mendapatkan dirinya ditembak di hampir setiap pertunangan". Kesedihan terbesar Johnston selama perang adalah kematian keponakannya, Preston Johnston. Ketika Robert E. Lee memberi tahu Johnston bahwa Preston telah terbunuh oleh tembakan artileri Meksiko di Contreras, kedua perwira menangis, dan Johnston berduka selama sisa hidupnya.