Namun, seperti yang sering terjadi dengan monarki elektoral Polandia, hasilnya sangat dipertanyakan oleh "kalah" dan bangsawan Polandia yang serakah dan keras kepala yang mendukung Maximilian III, Archduke Austria. Setelah mendengar kepilihannya, Raja Sigismund lolos dari cengkeraman Protestan di Swedia dan mendarat di Polandia pada 7 Oktober. Dia segera setuju untuk menyerahkan beberapa hak istimewa kerajaan kepada "Sejm" (parlemen) dari Persemakmuran dengan harapan memenangkan beberapa musuhnya dan menyelesaikan pemilihan yang diperdebatkan. Bendahara Prusia Kecil Jan Dulski memproklamirkannya sebagai raja atas nama Crown Marshal Andrzej Opaliński. Pada tanggal 27 Desember, ia dinobatkan di Katedral Wawel di Kraków. Tampaknya masalah siapa yang akan menjadi Raja Polandia telah diselesaikan ketika Maximilian III menginvasi di depan pasukannya untuk mengklaim mahkotanya. Kekerasan tidak berlangsung lama karena Hetman Jan Zamoyski di kepala tentara Polandia yang setia kepada Raja Sigismund bertemu dan berhasil mengalahkan pasukan Austria di Pertempuran Byczyna
dan mengambil Maximilian III sebagai tawanan perang. Namun, atas permintaan Paus Sixtus V, Raja Sigismund III membebaskan Maximilian yang menyerahkan klaimnya kepada Persemakmuran Polandia pada tahun 1589. Raja Sigismund juga berusaha menjaga perdamaian dengan tetangganya yang berkuasa dengan menikahi Adipati Agung Anna dari Austria pada tahun 1592. Ia selalu berniat untuk bersekutu dengan Austria Katolik melawan kekuatan Protestan yang memecah belah Kekristenan.