Phelps bertugas di atas kapal "Bonita" dan "Jamestown" selama Perang Meksiko-Amerika, memberikan dukungan angkatan laut kepada Angkatan Darat Winfield Scott selama Pengepungan Veracruz
Aku tahu. Sebagian besar waktunya juga dihabiskan untuk berpatroli di pantai Meksiko dalam tugas blokade. Dalam waktu singkat Phelps sudah mengembangkan pendapat yang kuat tentang bagaimana perang harus dilakukan, dan tidak senang bahwa Angkatan Laut meminjamkan banyak layanan mereka melindungi kapal dagang sementara pelaut datang dengan penyakit kudis karena kekurangan persediaan.