Setelah kembali ke Flanders, Coxie tinggal di Mechelen dan mengambil dua murid di bengkelnya. Namun, Mechelen telah menjadi padang gurun budaya sementara Antwerp menawarkan peluang menarik karena banyak altarpiece yang telah hancur perlu diganti dan pelukis sejarah terkemuka Frans Floris dan Willem Key baru saja meninggal. Ia menyelesaikan sebuah altarpiece di Antwerp pada tahun 1575 dan terdaftar di Guild of Saint Luke of Antwerp pada tahun 1578. Ia tinggal di Antwerp selama periode 1580 sampai 1585 ketika kota itu diperintah oleh pemerintah Calvinis. Sebagai seorang Katolik, ia bahkan dapat memperoleh komisi dari pemerintah setempat, yang toleran terhadap umat Katolik. Pada tahun 1585 ia terdaftar sebagai penyewa di Kloosterstraat di Antwerp, sementara rumahnya di Mechelen disewakan. Setelah Kejatuhan Antwerp
dan kembalinya kontrol Katolik Spanyol atas kota pada tahun 1585, Coxie segera mendapatkan komisi dari pelanggan di Mechelen, termasuk pemerintah kota. Apresiasi yang terus-menerus dari raja Spanyol untuk seniman tua itu ditunjukkan ketika pada tahun 1589, ia memberikan kepadanya uang tahunan. Coxie terus melukis bahkan ketika dia berusia lebih dari 90 tahun.. Karya terakhirnya, tertanggal 1592, adalah, hari ini di Katedral St. Michael dan St. Gudula di Brussels. Ini berisi di bagian belakang salah satu panel samping satu-satunya potret yang diketahui dari Philip II yang dilukis oleh seniman. Tak lama setelah itu, ia meninggal setelah secara tidak sengaja jatuh dari sebuah perancah saat mengerjakan restorasi "Hukuman Salomo" di Balai Kota Antwerp yang telah ia buat sembilan tahun sebelumnya untuk Dewan Kota Antwerp.