Anne lahir pada pukul 11:39 sore pada tanggal 6 Februari 1665 di Istana St James, London, anak keempat dan putri kedua dari Duke of York (kemudian James II dan VII), dan istrinya yang pertama, Anne Hyde. Ayahnya adalah adik dari Raja Charles II, yang memerintah tiga kerajaan Inggris, Skotlandia dan Irlandia, dan ibunya adalah putri dari Lord Kanselir Edward Hyde, 1 Earl of Clarendon. Pada saat pembaptisan Anglikan di Chapel Royal di St James, kakak perempuannya, Mary, adalah salah satu orang tua baptisnya, bersama dengan Duchess of Monmouth dan Uskup Agung Canterbury, Gilbert Sheldon.
Tahun 1669