Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Dia dinamai setelah bibi dari pihak ayah ibunya, Kaisar Romawi Suci Eleonora, yang juga ibu baptisnya. Pernikahan orang tua Eleonora dibuat dengan tujuan untuk memperkuat klaim cabang Nevers dari Keluarga Gonzaga ke Kadipaten Mantua dan Montferrat ketika garis utama akan punah. Adipati Nevers, seorang vasal Kerajaan Prancis, harus menghadapi oposisi Ferrante II Gonzaga, Adipati Guastalla, yang mengandalkan dukungan Kekaisaran Romawi Suci, Kerajaan Spanyol dan Kadipaten Savoy, dan dengan demikian memulai Perang Suksesi Mantuan
, di mana bayi Eleonora, bersama orang tuanya dan kakaknya Charles meninggalkan Mantua, tetapi kembali setahun kemudian setelah penandatanganan Perjanjian Cherasco (19 Juni 1631), di mana diakui hak-hak Adipati Charles dari Nevers atas Kadipaten Mantua (sebagai saudara laki-laki terdekat dari garis utama yang punah dari Dinasti Gonzaga) dan Montferrat (karena pernikahan pewarisnya dengan Maria Gonzaga, keturunan terakhir yang masih hidup dari garis Gonzaga utama dan pewaris Kadipaten itu, yang terbukti dapat diwariskan oleh perempuan karena Gonzagas telah memperolehnya melalui pernikahan dengan Margherita Paleologa pada tahun 1540); namun sebulan kemudian (30 Agustus 1631), ayah Eleonora meninggal karena tuberkulosis, dan serangkaian konflik politik dimulai antara Adipati Charles dan menantunya, yang berakhir dengan pengusiran Margaret dari Savoy (ibu Maria dari Mantua).