Setelah kemerdekaan Meksiko pada tahun 1821, sejumlah besar pasukan Spanyol terus menduduki San Juan de Ulúa hingga akhir tahun 1825. Itu adalah situs terakhir di bekas koloni Spanyol Baru yang dipegang oleh Spanyol dan diserahkan kepada Jenderal Meksiko Miguel Barragán pada bulan November 1825. Pembenaran untuk perintah pengusiran yang dikeluarkan oleh Presiden Vicente Guerrero adalah upaya mereka yang gagal untuk menaklukkan kembali Meksiko. Sejak itu, San Juan de Ulúa menjadi simbol militer dan politik perlawanan Meksiko terhadap invasi dan pendudukan asing, berkat beberapa yang terjadi selama abad kesembilan belas. Pada tahun 1836, Prancis membombardir benteng dalam Pertempuran Veracruz selama Perang Pastry, sebuah konflik yang dihasilkan dari seorang warga Prancis di Meksiko yang mencari ganti rugi untuk toko pastry yang diduga rusak; selama Perang Meksiko-Amerika, Amerika Serikat mengepung benteng tersebut.
ke benteng selama perang, konflik yang dihasilkan dari perselisihan atas Republik Texas yang baru lahir, dan pada tahun 1863 Prancis menduduki kota ini sebentar ketika menginstal Maximilian I sebagai kaisar Meksiko. Selama sebagian besar abad kesembilan belas, benteng ini berfungsi sebagai penjara, terutama untuk tahanan politik yang dinilai sebagai oposisi terhadap pemerintah. Banyak politisi Meksiko terkemuka menghabiskan waktu di sini ketika mereka tidak berkuasa.