Setelah pelatihan dan latihan di lepas pantai California, "Muskogee", yang dikendalikan oleh kru Penjaga Pantai Amerika Serikat, berangkat dari San Pedro, California, pada tanggal 18 Juni 1944, menuju Nouméa, New Caledonia, di mana ia tiba pada tanggal 18 Juli 1944, untuk tugas patroli dan pendamping dari Nouméa dan, setelah penangkapannya, Humboldt Bay, New Guinea. Patroli anti-kapal selam dan skrining untuk kapal yang beroperasi di sekitar New Guinea adalah tugas utamanya hingga Oktober 1944. Pada tanggal 18 Oktober 1944 dia mulai melakukan pemeriksaan kelompok penguatan kedua yang menuju invasi baru
Leyte di Kepulauan Filipina, tiba di San Pedro Bay pada tanggal 24 Oktober untuk memeriksa transportasi dan kapal pasokan di bawah serangan udara Jepang yang banyak sementara menunggu sekelompok kapal pendaratan tank kosong untuk membentuk jalur kembali. Ketika konvoi pensiun pada 26 Oktober 1944, pesawat Jepang kembali menyerang, dan "Muskogee" bergabung dalam menembak jatuh beberapa pesawat musuh. Perjalanan pendamping kedua ke Leyte pada awal November 1944 kurang bergejolak.