Meninggalkan Samar pada tanggal 4 November, dia kembali ke Pearl Harbor di mana dia berhenti selama lebih dari sebulan sebelum melanjutkan ke Terusan Panama. Dia melewati terusan antara 21 dan 24 Januari 1946 dan meninggalkan Zona Terusan Panama
pada hari yang terakhir. "Yukon" tiba di Norfolk pada hari terakhir Januari dan mulai persiapan untuk inaktivasi.