Selain Kolonialisasi Spanyol, Filipina juga telah menderita dalam sejarah yang lebih baru dari Kolonialisasi Amerika yang masih bertahan sampai hari ini. Pada tanggal 10 Desember 1898, Spanyol menyerahkan Filipina kepada Amerika Serikat melalui Perjanjian Paris. Ini memulai periode panjang penjajahan Amerika, yang memainkan peran besar dalam arkeologi Filipina karena memungkinkan para antropolog Amerika untuk mengeksplorasi situs arkeologi yang luas dengan bukti mendalam tentang pendudukan dan evolusi manusia. Kemudian, para arkeolog seperti H. Otley Beyer dapat menempatkan Filipina dalam catatan arkeologi melalui peristiwa seperti 1904 St. Louis World's Fair
, yang memulai pengembangan arkeologi di Filipina.