Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - resimen Chruściel diam-diam dimobilisasi antara 23 dan 27 Maret 1939, dan pindah ke desa Szczerców di mana ia membentuk garis pertahanan di Sungai Widawka. Setelah pecahnya Perang Pertahanan Polandia tahun 1939, ia memasuki pertempuran pada 2 September. Sebagai bagian dari "Grup Operasional Piotrków" dari Tentara Łódź, unit Chruściel mundur ke arah Benteng Modlin dan mengambil bagian dalam pertahanannya.
sampai kapitulasi unit Polandia di daerah itu. Dipenjara di kamp tahanan perang di Działdowo, ia dibebaskan pada akhir Oktober, setelah berakhirnya permusuhan. Karena takut bahwa pembebasannya dari kamp tahanan adalah sebuah kesalahan, Chruściel pindah ke Warsawa, di mana ia menetap dengan berbagai nama palsu. Pada Juni 1940 ia bergabung dengan organisasi bawah tanah Union of Armed Struggle (ZWZ). Awalnya kepala divisi ke-3 stafnya, yang bertanggung jawab untuk pelatihan dan taktik, sejak Oktober tahun itu Chruściel memegang jabatan wakil komandan wilayah ZWZ Kota Warsawa.