Haller melawan Seminole Indian di Florida pada tahun 1840-1841 dan kemudian bertugas dengan terhormat di Monterrey, Veracruz
, dan pertempuran lainnya selama Perang Meksiko-Amerika, menjadi perwira di resimen yang sama dengan Ulysses S. Grant. Dia membedakan dirinya dalam Pertempuran Churubusco, di mana ia mengambil bagian penting dalam serangan di Molino del Rey. Pada tahun 1852, Angkatan Darat mempromosikan Haller menjadi mayor dan memindahkannya pada tahun 1853 ke Wilayah Washington, yang ditempatkan di Fort Dalles, Oregon dengan unit Infanteri ke-4 AS. Dia mengambil bagian dalam perang India Barat Laut tahun 1855-56 dan krisis perbatasan Perang Babi Kepulauan San Juan antara Amerika Serikat dan Inggris Raya pada tahun 1859.