Setelah Perang Saudara Amerika dimulai pada tahun 1861, pasukan Konfederasi menggunakan kubah rumah Windsor sebagai platform observasi dan stasiun sinyal. Pada musim semi tahun 1863, sebagai bagian dari kampanye Vicksburg-nya, Ulysses S. Grant dan 17.000 pasukan Uni mendarat di pelabuhan Bruinsburg dan mengambil alih mansion Windsor. Setelah Pertempuran Port Gibson
, rumah itu digunakan oleh pasukan Uni sebagai rumah sakit dan sebagai stasiun pengamatan. Keluarga Daniell diizinkan untuk tinggal di lantai tiga rumah selama pendudukan Uni.