Pada tanggal 15 Februari 2006, Paus Benediktus XVI menunjuknya sebagai Nunsi Apostolik di Mesir dan Delegasi ke Liga Negara-negara Arab, posting diplomatik pertamanya. Ia adalah salah satu dari beberapa nuntius yang tidak pernah menghadiri Akademi Kepausan Gerejawi. Menurut BBC, "Keputusan oleh paus kelahiran Jerman telah menyebabkan kekacauan. Pengamat Vatikan mencoba untuk mencari tahu apakah langkah itu adalah degradasi, atau pengakuan dari bakat khusus uskup agung. " Fitzgerald mengatakan: "Latar belakang saya dalam studi Arab dan Islam mungkin dianggap berguna saat ini untuk pengembangan hubungan dengan Mesir dan seluruh dunia Islam". Seorang koresponden Vatikan menyebut penugasan kembali Fitzgerald sebagai "keputusan Paus terburuk sejauh ini" dan ketidakhadirannya diperhatikan oleh pers ketika Paus Benediktus menyinggung hati kaum Muslim dengan ceramah Regensburg-nya
pada bulan September 2006. Transfer Fitzgerald terbukti menjadi bagian dari restrukturisasi Benedict dari departemen curial untuk mengarahkan kembali diskusi antar agama dengan non-Kristen dengan menyatukan peran presiden PCID dengan Dewan Kepausan untuk Kebudayaan, restrukturisasi yang dimulai oleh Benedict pada bulan Maret 2006 dan dibalik pada bulan Juni 2007.