Sheikh Mujibur Rahman kemudian meluncurkan gerakan ketidakpatuhan sipil yang secara efektif melumpuhkan mesin negara di Pakistan Timur. Pembicaraan antara Bhutto dan Rehman runtuh dan Presiden Khan memerintahkan aksi bersenjata terhadap Liga Awami. Operasi Searchlight dan Barisal menyebabkan tindakan keras terhadap politisi Pakistan Timur, warga sipil, dan aktivis mahasiswa. Sheikh Rahman ditangkap dan diekstradisi ke Islamabad, sementara seluruh kepemimpinan Awami League melarikan diri ke India untuk membentuk pemerintahan paralel. Sebuah pemberontakan gerilya
dimulai oleh orang-orang India yang mengorganisir dan mendukung "Mukti Bahini" ("pejuang kebebasan"). Jutaan orang Hindu dan Muslim Bengali berlindung di India timur yang menyebabkan Perdana Menteri India Indira Gandhi mengumumkan dukungan untuk perang pembebasan Bangladesh dan memberikan bantuan militer langsung kepada orang-orang Bengali. Pada bulan Maret 1971, komandan regional Mayor Jenderal Ziaur Rahman menyatakan kemerdekaan Pakistan Timur sebagai negara baru Bangladesh atas nama Mujib.