V maju 1862, po evakuaciji Norfolka s strani južnih sil med polotokom, je pomagal pri gradnji obrambe Richmond na reki James okoli Drewry's Bluff
-Kaj? Kmalu zatem je vodil svojo brigado v bitki pri Seven Pines in bitki pri Malvern Hill. Po obrambi Richmonda je bila Mahonejeva brigada premeščena iz Hugerjeve divizije v divizijo Richarda H. Andersona in se borila v naslednji bitki pri Second Bull Runu, kjer je bil Mahone ustreljen v prsni koš, medtem ko je vodil svojo brigado v napadu čez greben Chinn. Majhen in težak je bil, zato so ga klicali Mali Billy. Kot je dejal eden od njegovih vojakov: "Bil je vojak v vsakem centimetru, čeprav ni bil veliko centimetrov". Otelia Mahone je delala v Richmondu kot medicinska sestra, ko je guverner Virginije John Letcher poslal besedo, da je bil Mahone poškodovan v drugem Bull Runu, vendar je prejel le "mesno rano". Rekla je: "Zdaj vem, da je resno, ker William nima mesa".