Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Tridesetletna vojna je uničila mesto in od takrat naprej je počasi upadalo. Po katastrofalnem porazu protestantske Heilbronnske zveze pred Habsburgi pri Nörlingenu
Leta 1634 so vojvoda Eberhard III. in njegov dvor pobegnili v izgnanstvo v Strasbourg, vojvodstvo pa so prepustili plenjenju prohabsburških sil. Habsburški so ponovno imeli polno vladavino v mestu še štiri leta, v tem času pa je moral Stuttgart nositi breme namestitve pro-habsburških vojakov v Švabiji. Rimski kralj Ferdinand III. je leta 1634 vstopil v mesto in dve leti pozneje, leta 1636, še enkrat poskušal ponovno katolikizirati Württemberg. Naslednje leto je napadla in uničila prebivalstvo bubonska kuga. Vojvoda se je leta 1638 vrnil v kraljestvo, ki je bilo nekoliko razdeljeno med katoliške frakcije v regiji in ga je popolnoma opustošila vojna. V vojvodstvu samem so bitke, lakota, kuge in vojne zmanjšali prebivalstvo vojvodstva od 350.000 v letu 1618 na 120.000 v letu 1648 - približno 57% prebivalstva Württemberga. Ozdravitev je bila počasna v naslednjih nekaj desetletjih, vendar se je vseeno začela s prvo mestno knjigarno leta 1650 in srednjo šolo leta 1686. Ta napredek je bil skoraj v celoti razveljavljen, ko so se francoski vojaki pod vodstvom Ezéchiel du Mas pojavili zunaj mestnih zidov leta 1688 med devetletno vojno, vendar je bilo mesto rešeno pred drugim napadom zaradi diplomatskih sposobnosti Magdalene Sibille, ki je vladala nad Württembergom kot regent za svojega sina Eberharda Ludvika.