Barney je bil imenovan za poročnika v mornarici Konfederacije 2. julija 1861. Vodil je CSS "Jamestown" med bitko pri Hampton Roads, slavno bitko z britansko mornarico, med katero je ujel dve brigadi in škuno Accomac pri Newport News Point, medtem ko je CSS "Virginia" pritegnil pozornost mornarice Unije. Po evakuaciji Norfolka je bila ladja Jamestown potopljena, da bi blokirala reko James pri Drewry's Bluff. V naknadni bitki pri Drewry's Bluff
Med napadom na Richmond, v katerem so konfederacijske obalne baterije odvrnile mornarico Unije, je bila topna ladja Jamestown glavna dejavnica za odbijanje sovražnikovih ladij. Po bitki je prejel pohvale konfederacijskega kongresa in je bil povišan v poveljnika.