Japonski so vstopili v vojno decembra 1941 in ko so napredovali proti Papui, je 49-ta bila pod zračnim napadom. Med kampanjo Kokoda Track
, je bil poskušal leteti elemente bataljona v Kokodo, da bi podprli 39. bataljon med bitko pri Kokodi, vendar se je to izkazalo za neuspešno. Kasneje so se vojaki iz 49. bataljona pridružili Honner Force, ad hoc enoti, ki je imela nalogo voditi daljnosežne patrulje vzdolž reke Goldie, da bi preprečili, da bi Japonci prekinili progo, medtem ko je preostanek bataljona ustanovil stalne patrulje med rekama Goldie in Laloki. Čeprav ni bilo stika z Japonci, je borbena vloga pomagala izboljšati stališče vojakov in moral. V prejšnjih mesecih je bila moč bataljona povečana in do septembra 1942 je imela moč 37 častnikov in 818 drugih činov, vključno z naborom 12 častnikov, ki so bili avgusta razporejeni iz izkušenj enot druge avstralske cesarske sile. V oktobru in novembru se je bataljon še naprej širil, do takrat pa se je več kot polovica osebja prostovoljno prijavila za transfer v AIF. Možnosti za usposabljanje so bile omejene, čeprav so priprave za pošiljanje enote v boj. Okoli tega časa je bila bataljonova strojniška enota ločena in skupaj z več drugimi milicijskimi strojniškimi enoti uporabljena za oblikovanje 7. strojniškega bataljona.