Napisati nadaljevanje za ta odstavek - 15. februarja 2006 ga je papež Benedikt XVI. imenoval za apostolskega nuncija v Egiptu in delegata pri Ligi arabskih držav, kar je bil njegov prvi diplomatski mandat. Bil je eden redkih nuncijov, ki niso hodili na Papeško cerkveno akademijo. Po podatkih BBC je "odločitev nemškega papeža povzročila razburjenje. Vatikanski opazovalci poskušajo ugotoviti, ali je ta poteza degradiranje ali priznanje nadškofovih posebnih talentov". Fitzgerald je dejal: "Moje znanje arabščine in islamskih študij je verjetno v tem trenutku uporabno za razvoj odnosov z Egiptom in preostalim islamskim svetom". Eden od vatikanskih dopisnikov je Fitzgeraldovo premeščanje označil za "najhujšo odločitev papeža do sedaj", njegova odsotnost pa je bila v medijih opažena, ko je papež Benedikt z govorom v Regensburgu užalil muslimane
septembra 2006. Prenos Fitzgeralda se je izkazal za del Benediktove prestrukturiranja kurijskih oddelkov, da bi preusmerili medreligijske razprave z nekršščani, tako da bi združili vlogo predsednika PCID-ja z vlogo Papeškega sveta za kulturo, prestrukturiranje, ki ga je Benedikt začel marca 2006 in obrnil junija 2007.