Napade 11. septembra 2001 je označil za "zračno piratstvo", Paul pa je uvedel zakon Marque and Reprisal Act 2001. Z dopisom, ki ga je odobril, bi lahko ciljali na osumljene teroriste, namesto da bi izzvali vojno proti tuji državi. Paul je ponovno uvedel to zakonodajo kot zakon o znamkah in maščevanju iz leta 2007. Z večino je glasoval za prvotno odobritev uporabe vojaške sile proti teroristom v Afganistanu. Aprila 2009, po ugrabitvi ladje Maersk Alabama
, je predlagal izdajo pisem o znamki za boj proti piratstvu v Somaliji.