Napisati nadaljevanje za ta odstavek - V sezoni 2016/17 je Frankfurtu uspelo dokončati srednjo tabelo na 11. mestu, prav tako pa je dosegel finale DFB-Pokal 2017.
, klubovo prvo finale od leta 2006, kjer je Frankfurt izgubil 1<unk>2 pred Borusijo Dortmund. V sezoni 2017/18 je Frankfurt tekmoval za mesto v evropskih tekmovanjih za naslednjo sezono. Kovač je ponavadi uporabljal formacijo 3<unk>4<unk>2<unk>1 s poudarkom na obrambni stabilnosti in igri na krilih. Frankfurta je vodil do finala DFB-Pokal 2018, ki je bil drugi po vrsti za klub, kjer je premagal svojega prihodnjega delodajalca, Bayern München. S to zmago je Kovač pripeljal Frankfurta do prvega trofeja od leta 1988. Končal je s 38 zmagami, 20 ničvrednimi in 33 porazi v 91 tekmah. Adi Hütter je postal njegov naslednik.