Pod vodstvom Benjamina Netanjahua je Izrael konec devetdesetih let umaknil iz Hebrona in podpisal memorandum o reki Wye, s katerim je Palestinski nacionalni upravi podelil večji nadzor. Ehud Barak, izvoljen za predsednika vlade leta 1999, je začel novo tisočletje s umikom sil iz južnega Libanona in vodil pogajanja s predsednikom Palestinske samouprave Jaserjem Arafatom in ameriškim predsednikom Billom Clintonom na vrhu Camp David leta 2000. Med srečanjem je Barak ponudil načrt za ustanovitev palestinske države. Predlagana država je vključevala celoten Gazo in več kot 90% Zahodnega brega z Jeruzalemom kot skupno prestolnico. Vsaka stran je krivila drugo za neuspeh pogajanj. Po spornem obisku vodje Likuda Ariela Šarona na Tempelsko goro se je začela druga intifada. Nekateri komentatorji trdijo, da je Arafat vnaprej načrtoval vstajo zaradi propada mirovnih pogajanj. Sharon je postal premier na posebnih volitvah leta 2001. V času svojega mandata je Sharon izvedel svoj načrt za enostransko umik
iz Gaze in vodil gradnjo izraelske bariere na Zahodnem bregu, s čimer je končal Intifado. Do takrat je bilo ubitih 1100 Izraelcev, večinoma v samomorilskih napadih. Palestinske žrtve, od leta 2000 do 2008, so dosegle 4.791, ki jih so ubile izraelske varnostne sile, 44 jih je ubilo izraelsko civilno prebivalstvo, 609 pa jih je ubilo palestinsko prebivalstvo.