V avgustu 1945 je Brown postal namestnik načelnika štabov Šeste armade pod poveljstvom generala Waltera Kruegerja. Kot izkušeni uradnik je sodeloval pri načrtovanju operacije Downfall, načrtovane invazije na Japonsko. Japonski imperij pa je
2. septembra 1945 so se predali in operacija je bila preklicana. Brown je bil odlikovan z bronasto zvezdo za sodelovanje pri načrtovanju. Medtem ko je služil v tej funkciji, je sodeloval tudi v okupaciji Japonske.