Kljub uradni kapitulaciji je prišlo do pomembnega lokalnega gibanja za odpor proti japonski okupaciji. Elementi filipinske vojske so nadaljevali svojo dejavnost in so lahko osvobodili vse razen dvanajstih od takrat petdesetih provinc na Filipinih, medtem ko so bile vključene tudi druge skupine, kot je Hukbalahap. Predsednik Manuel L. Quezon je v izgnanstvu še naprej predstavljal Filipine do svoje smrti zaradi tuberkuloze leta 1944. Ameriške sile pod poveljstvom generala MacArthura so se vrnile oktobra 1944, s čimer so začele amfibijsko pristanek
Na Leyteju.