Ko se je Coxie vrnil v Flandrijo, je ostal v Mechelenu in v svoji delavnici vzel dva učenca. Vendar pa je Mechelen postal kulturna puščava, medtem ko je Antwerpen ponudil privlačne priložnosti, saj je bilo treba zamenjati veliko uničenih oltarnih slik, njeni vodilni zgodovinski slikarji Frans Floris in Willem Key pa sta pravkar umrla. Leta 1575 je dokončal oltarno sliko v Antverpnu in leta 1578 je bil registriran v gildo svetega Luka iz Antverpna. V Antverpnu je ostal v obdobju od 1580 do 1585, ko je v mestu vladala kalvinistična vlada. Kot katoličan je lahko celo dobil naloge od lokalne vlade, ki je bila tolerantna do katolikov. Leta 1585 je bil registriran kot najemnik v Kloosterstraatu v Antverpnu, medtem ko je bila njegova hiša v Mechelenu najemljena. Po padcu Antverpena
Ko se je leta 1585 vrnil španski katoliški nadzor nad mestom, je Coxie takoj dobil provizije od mehelanskih pokroviteljev, vključno z mestno vlado. Španski kralj je še naprej cenil starejšega umetnika, kar se je pokazalo, ko mu je leta 1589 odobril letno plačilo. Coxie je nadaljeval s slikanjem, tudi ko je bil star več kot 90 let. Njegovo zadnje delo iz leta 1592 je bil, danes v stolnici svetega Mihaela in svete Gudule v Bruslju. To vsebuje na hrbtni strani ene od stranskih plošč edini znani portret Filipa II., ki ga je naslikal umetnik. Kmalu zatem je umrl, ko je po nesreči padel z bodalo, ko je delal na obnovi "Slovonove sodbe" v mestni hiši v Antverpnu, ki jo je delal devet let prej za mestni svet Antverpna.