Avgusta je Butler poveljeval ekspedicijskim silam, ki so skupaj z ameriško mornarico zavzele utrdbe Hatteras in Clark.
v Severni Karolini. Ta poteza, prva pomembna zmaga Unije po prvem Bull Runu, je bila pohvaljena v Washingtonu in dobila Butlerjeve nagrade od predsednika Lincolna. Butlerja so nato poslali nazaj v Massachusetts, da bi zbrali nove sile. To je Butlerja potisnilo v boj za oblast z guvernerjem Andrewjem, ki je vztrajal pri ohranjanju svoje avtoritete za imenovanje častnikov polka in zavrnil poveljevanje (med drugim) Butlerjevega brata Andrewa in več generalovih tesnih sodelavcev. Spopad je sprožil vojno med Butlerjem in državno milicijo. Spor je odložil Butlerjevo vrnitev v Virginijo, vendar je bil novembra namesto tega dodeljen poveljstvu kopenskih enot za operacije v Louisiani.