V oktobru 1944 je general Douglas MacArthur, poveljnik ameriških sil v Tihem oceanu, zbral dovolj dodatnih vojakov in zalog, da je začel ponovno zavzemati Filipine.
Sergio Osmeña je prevzel predsedstvo po Quezonovi smrti. Te bitke so vključevale dolgotrajne divje spopade; nekateri Japonci so se še naprej borili do uradne predaje Japonskega cesarstva 2. septembra 1945. Druga republika je bila razpuščena 14. avgusta. Po pristanku so filipinske in ameriške sile sprejele ukrepe za zatiranje gibanja Huk, ki je bilo ustanovljeno za boj proti japonski okupaciji.