Pišite nadaljevanje tega odstavka - Yegipko se je avgusta 1938 vrnil v ZSSR in prevzel mesto poveljnika druge podmorniške brigade črnomorske flote. Na tem položaju je bil do decembra 1939, ko je postal poveljnik podmorniške brigade baltske flote. To mesto je imel med sovjetsko-finski vojno.
, ki je odšel maja 1940, da bi nadaljeval študij na mornariški akademiji. Diplomiral je aprila 1941, 26. aprila pa je bil povišan v kapitana 1. stopnje. Od tega meseca do septembra je bil poveljnik 1. podmorniške brigade baltske flote. Yegipko je sodeloval v vojaških operacijah po nemški invaziji na Sovjetsko zvezo junija 1941. Med sovjetsko evakuacijo Tallinna avgusta 1941 je njegova podmornica "S-5" zadela mino, Yegipko pa je padel iz vodnega stolpa v vodo. S težkim pretresom možganov ga je rešila druga ladja. Od septembra do oktobra 1941 je bil na voljo vojaškemu svetu baltske flote, preden je bil imenovan za pomorskega atašeja na sovjetsko veleposlaništvo v Združenem kraljestvu. Kot pomorski ataše je Yegipko pogosto deloval kot opazovalec na britanskih vojaških ladjah in plujal na britanskih ladjah na arktičnih konvojih.