Farenholt je vstopil v mornarico kot mornar 24. aprila 1861, po treh letih v trgovski službi. Sodeloval je v bitkah na
Bitka pri Hatteras Inlet Batteries, bitka pri Port Royal, bitka pri Fort Pulaski in številne druge. 22. oktobra 1862, ko je služil kot član oboroženega orožja na howitzerju, je bil redni mornar Farenholt hudo ranjen v bitki pri Pocotaligu v Južni Karolini in je bil odpuščen iz mornarice. Po okrevanju je februarja 1863 ponovno vstopil v ameriško mornarico in od aprila 1863 do aprila 1864 sodeloval v skoraj vsakodnevnih spopadih z obrambo Charlestona v Južni Karolini. Sodeloval je pri neuspešnem napadu na Fort Sumter septembra 1863. Zaradi izjemne službe je bil 19. avgusta 1864 imenovan za namestnika praporščaka in kasneje istega leta je bil poveljnik mornarske škune, ki je bila dodeljena eskadri v Sounds of North Carolina. Sodeloval je tudi pri ponovnem zavzetju Plymoutha v Severni Karolini in v več spopadih na rekah Roanoke, Chowan in Blackwater ter pri zavzetju Fort Fisher v Severni Karolini.