Popolni naslednji stavek: 1. maja se je polk bojeval na
Bitka pri Port Gibsonu, kjer je 3. pešadijski polk Missouri napadel linijo Unije v poskusu, da bi obrnil sovražnikovo odkrito krilo. Vendar pa sta oba polka zamudila udarec na linijo Unije na krilu in namesto tega udarila na območje z večjo podporo. Po težkih spopadih sta bila oba polka prisiljena na umik. 16. maja se je polk pridružil velikemu napadu v bitki pri Champion Hillu. Konfederacijska ofenziva na hribu Champion Hill je zajela dve pomembni značilnosti bojišča, vendar so okrepitve Unije in pomanjkanje streliva prisilile moške, da so se umaknili. Po porazu v bitki pri mostu Big Black River 17. maja je polk vstopil v obrambo Vicksburga v Mississippiju. Med obleganjem Vicksburga je regiment pomagal odbiti unijske napade 19. in 22. maja. 25. junija in 1. julija se je polk upiral unijonskim poskusom, da bi razbili linije Konfederacije z detonacijo črnega prahu pod konfederacijskimi obrambnimi deli. Konfederacijska garnizija se je predala 4. julija, možje 5. pešadije Missourija pa so dobili pogojno. Po izmenjavi je bila 5. pešadijska enota združena s 3. pešadijsko enoto, da sta ustvarila 3. in 5. pešadijski polk (združeni); 5. pešadijska enota je prenehala obstajati kot ločena enota.