Po vrnitvi na Poljsko leta 1784 je bil Kościuszko leta 1789 imenovan za generalmajor v poljsko-litvanski vojski. Po poljsko-ruski vojni leta 1792
Marca 1794 je vodil vstajo proti Ruskemu cesarstvu, dokler ni bil ujet v bitki pri Maciejowicah oktobra 1794. Poraz Kościuskovskega vstaja v novembru je leta 1795 privedel do tretje delitve Poljske, s čimer se je končala Zveza. Leta 1796, po smrti carinje Katarine II., je njen naslednik, car Pavel I., Kościuszkou pomilostil in se je izselil v Združene države. Kościuszko je bil tesen prijatelj Thomasa Jeffersona, s katerim je delil ideale človekovih pravic. Leta 1798 je zapisal oporoko, v kateri je svoje premoženje v ZDA posvetil izobraževanju in svobodi ameriških sužnjev. Kościuszko se je sčasoma vrnil v Evropo in do smrti leta 1817 živel v Švici. Izvrševanje njegove oporoke se je kasneje izkazalo za težko, sredstva pa niso bila nikoli uporabljena za namen, ki ga je Kościuszko nameraval.