Za leto 1989 je vozil novo V10 Renault motorno Williams FW12C. Začel je z Boutsenom na zadnji nogi zaradi hude predsezonske testne nesreče v Riu in ker je imel veteranni kolega Riccardo Patrese veliko oživitev v formi. Vendar pa je na Veliki nagradi Kanade Boutsen dobro vozil v mokrih pogojih in dobil svojo prvo zmago, potem ko je Senna utrpel kasno okvaro motorja. Čeprav je bila to dobrodošla zmaga, je Boutsen postal prvi novi zmagovalec v F1 odkar je njegov nekdanji kolega Gerhard Berger zmagal na Veliki nagradi Mehike leta 1986.
za Benetton. Do takrat so tekmo zmagali samo Senna, Prost, Nigel Mansell, Nelson Piquet in Berger), to je bila srečna zmaga za Belgijca, saj je bil zadnji na eni stopnji in se je popolnoma obrnil za 360 °, čeprav mu je na srečo uspelo zadržati avto pred zidovi. Uspelo mu je ujeti in prehiteti Patreseja, ki je trpel zaradi ohlapnega podstavka, in prevzel vodstvo 3 kroge pred koncem, ko se je motor Honda V10 v Senni &lt;a href="McLaren%20MP4/5"&gt;McLaren MP4/5&lt;/a&gt; zasegel. Še tri stopnje na stopničke je dosegel, preden je Boutsen zaključil leto z drugo zmago na deževno natopljeni avstralski nagradi. Ironično, Boutsen je bil eden od voznikov, ki so protestirali zaradi pogojev na dirkališču pred dirko.