Pišite nadaljevanje za ta odstavek - Leta 1989 je bil Janša udeležen pri ustanovitvi ene prvih opozicijskih strank v Sloveniji, Slovenske demokratične unije (SDZ) in postal njen prvi podpredsednik, pozneje pa predsednik partijskega sveta. Po prvih svobodnih volitvah maja 1990 je postal minister za obrambo v kabinetu Lojze Peterle, položaj, ki ga je imel med slovensko vojno za neodvisnost.
Junija in julija 1991. Janša je bil skupaj z ministrom za notranje zadeve Igorom Bavčarjem glavni organizator slovenske strategije proti jugoslovanski ljudski vojski.