Kiernan je vztrajal, da se pridruži bojnim redom, in v tej vlogi je bil imenovan za majorja v 6. Missouri. Maja 1863 v pristanišču Gibson
Ranjen je bil v levem pljuču in pustil na igrišču, da bi umrl. Pripeljali so ga in zaprli, potem pa je pobegnil nazaj k vojski Unije in odstopil. 1. avgusta 1863 ga je predsednik Abraham Lincoln imenoval za brigadnega generala prostovoljcev; poveljeval je postajo v Miliken's Bend na reki Mississippi. Vendar ga je slabo zdravje zaradi ran na bojišču prisililo, da je 3. februarja 1864 odstopil.