Ko je bil imenovan, je bil Putin razmeroma neznan politik, vendar se je hitro uveljavil tako v javnem mnenju kot v Jelcinovi oceni kot zaupanja vreden vodja vlade, predvsem zaradi druge čečenske vojne. Samo nekaj dni po tem, ko je Jelcin imenoval Putina za kandidata za predsednika vlade, so se čečenske sile spopadle z rusko vojsko v Dagestanu, ruski avtonomiji blizu Čečenije. V naslednjem mesecu je več sto ljudi umrlo v bombnih napadih na stanovanjske zgradbe.
V Moskvi in drugih mestih so ruske oblasti pripisujejo čečenskim upornikom. V odgovor na to je ruska vojska konec septembra 1999 vstopila v Čečenijo in začela drugo čečensko vojno. Takrat je ruska javnost, jezna zaradi terorističnih bombnih napadov, široko podprla vojno. Podpora se je prevedla v vse večjo priljubljenost Putina, ki je odločno ukrepal v Čečeniji.