Po 20 letih političnega molka je Mousavi 9. marca 2009 napovedal, da se bo udeležil iranskih predsedniških volitev leta 2009.
-Kaj? Izpostavil je, da so njegovi glavni cilji: institucionalizacija socialne pravičnosti, enakosti in poštenosti, svoboda izražanja, izkoreninjenje korupcije in pospeševanje stagnirajočega procesa privatizacije v Iranu ter tako odmakniti Iran od tistega, kar je imenoval "gospodarstvo, ki temelji na miloščini". Mousavi je kritiziral takratnega konzervativnega predsednika Mahmuda Ahmadinedžada zaradi njegovega domnevnega slabega gospodarstva in vprašal, ali je Iran, ko "je ustvarjal dobiček iz visokih cen nafte, predvidel situacijo, ko bodo cene padle?" 16. marca 2009 se je nekdanji iranski predsednik Khatami umaknil iz volitev v podporo Mir-Hosseinu Mousaviju.