Z izbruhom državljanske vojne je bil Brooks septembra 1861 imenovan za brigadnega generala prostovoljcev. Vodil je 2. brigado, 2. divizijo IV korpusa v polotoku, in 2. brigado, 2. divizijo VI korpusa v bitkah sedmih dni, kjer je bil ranjen v bitki pri Savage Station.
-Kaj? Ob okrevanju je ponovno prevzel poveljstvo svoje brigade za kampanjo v Marylandu in vodil svoje može v Crampton's Gap, kjer so ujeli konfederacijsko bojno zastavo, ki je pripadala 16. pešadiji Virginije. V bitki pri Antietamu je bila Brooksova brigada večinoma v rezervi, čeprav je bila 48 ur pod "obremenjenim ognjem tako topništva kot ostrostrelcev".