Izpolnite naslednjo frazo: Nagatomo je začel svojo drugo sezono Inter Milana z igranjem 62 minut v uvodnem delu
Serija A tekma proti Palermu se je končala s porazom 4 proti 3. 27. septembra 2011 je Nagatomo pomagal Giampaolu Pazziniju, ko je v drugi skupinski tekmi Lige prvakov med 3 in 2 zmagami proti CSKA Moskvi prebil žogo čez gol. Prvi gol sezone je zadal 10. decembra 2011 v domači zmagi z 2:0 proti Fiorentini v 15. tekmovalnem dnevu Serie A. Tretji dan pozneje je bil spet na lestvici, ko je v domači zmagi z 1:0 proti Genovi zadal križ Rickyja Álvareza. V zadnji tekmi leta 2011 proti Lecceju je Nagatomo dosegel "človeka tekme" s tem, da je v končni zmagi 4 proti 1 dosegel dve asistenci.