Pettus je služil na zahodnem bojišču ameriške državljanske vojne. Med kampanjo na reki Stones so ga 29. decembra 1862 ujeli vojaki Unije in ga kmalu kasneje zamenjali za vojake Unije. Pettus je bil ponovno zajet 1. maja 1863, medtem ko je del predanega garnizona, ki je branil Port Gibson
V Mississippiju. Uspelo mu je pobegniti in se vrniti k lastnim linijam. Pettus je bil 28. maja povišan v polkovnika in dobil poveljstvo nad 20. Alabamskim polkom.