Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Fakulteta je bila leta 1882 razdeljena na češko in nemško del, naravoslovna fakulteta pa je postala ločena ustanova med letoma 1920-1939. Leta 1939 so okupacijske sile nacistične Nemčije šolo zaprle, kar je privedlo do surovega preganjanja učiteljev in učencev. Po koncu okupacije leta 1945 je Fakulteta umetnosti nekaj let znova cvetela; to je bilo prisilno prekinjeno leta 1948 zaradi komunističnega državnega udara leta 1948. Prestiž fakultete se je hitro zmanjšal zaradi prisilnega odhoda številnih spoštovanih učiteljev in uvedbe marksistično-leninistskih študij. V šestdesetih letih prejšnjega stoletja se je fakulteta počasi začela odpreti za ugledne mislece tistega časa, vendar je bil ta trend obrnjen s sovjetsko okupacijo leta 1968.
, proti kateri je Jan Palach, študent fakultete, protestiral z požigom samega sebe. Po koncu komunističnega režima na Češkoslovaškem leta 1989 in odhodu njegovih predstavnikov na fakulteti je bil ponovno ustanovljen kot ena najbolj cenjenih univerz v državi.