Po tem, ko je škotska vlada napovedala referendum o neodvisnosti Škotske
, je bila ustanovljena kampanjska skupina Yes Scotland, ki je spodbujala glasovanje za neodvisnost. Vodilni člani škotske zelene stranke so aktivno podprli in se vključili v kampanjo od njene ustanovitve, Patrick Harvie pa je bil med člani svetovalnega odbora Yes Scotland. Novembra 2013 je svetnica iz Edinburga Maggie Chapman nasledila Martho Wardrop kot žensko sodelavko stranke. Decembra je nekdanji organizator Robin Harper dejal, da bo na referendumu o neodvisnosti "absolutno glasoval proti" in ponudil podporo kampanji "Bolje skupaj", s čimer se je postavil v nasprotje z uradno politiko stranke in njenim sedanjim vodstvom. Nadaljeval je, da bi rad pomagal boljši skupaj in da je bila "značljiva manjšina" Zelenih, ki so nasprotovali neodvisnosti. Edinstveno med strankami v škotskem parlamentu je škotska zelena stranka odprta in zadovoljna z razlikami v mnenju v stranki o ustavnem vprašanju, pri čemer je soobvladatelj Patrick Harvie poudaril, da "tudi zelo trdni zagovorniki neodvisnosti znotraj Zelenih bolj motivirajo drugi vidiki našega političnega dnevnega reda "...