Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Yamaguchi se je vrnil na Japonsko na kratko konec aprila za vzdrževanje svoje flote. Junija 1942 je bil dodeljen operaciji Midway.
-Kaj? Med bitko, 6. junija 1942, se Yamaguchi ni strinjal s poveljnikom flote, viceadmiralom Chūichi Nagumo. Izvidniško letalo je odkrilo ameriško letalonosilko blizu Midwayja. V tistem trenutku so japonska letala bila oborožena za drugi napad na Midway, z bombniki na ravni "Kate", ki so nosili bombe namesto torped. Yamaguchi je pozval k takojšnjemu napadu na ameriško ladjo, z oboroženimi letali, kot so bili, Nagumo pa se je namesto tega odločil počakati, da bodo letala ponovno oborožena. Kmalu zatem je ameriško letalo uničilo vse japonske letalonosilke, razen Yamagučijeve zastavne ladje "Hiryū". Yamaguchi je hitro ukazal dva zaporedna napada na Yorktown, ki so ga pohabljali. "Hiryū" so nato uničili letala iz leta 1917, in še nekaj osirčenih "Yorktown" letal.