Po službi na tej postaji je bil Clay 29. aprila 1802 povišan v post-kapetana. Od 20. julija 1805 do maja 1808 je služil kot nadzorni častnik v Belfastu, nato pa se je kot poveljnik pridružil 98-kanonski. V tem času je bila "St George" zastavna ladja kontradmirala sira Eliaba Harveyja. Clay je nato 6. februarja 1809 prevzel poveljstvo nad 98-topenjsko ladjo z ukazom, da se vrne v Baltsko morje kot zastavna ladja kontradmirala sira Manleyja Dixona. Vojna je izbruhnila z Danci.
Po drugi bitki pri Kopenhagnu leta 1807 je bila britanska flota v Baltiku pod vodstvom sira Jamesa Saumareza. "Temeraire" je prispel maja 1809 in bil poslan na blokado Karlskrone na švedski obali.