Henderson se je vrnil na Bližnji vzhod leta 1951 kot ambasador v Iranu. Tam se je ukvarjal z novoizvoljenim predsednikom vlade Mohammedom Mosadeghom o vprašanjih, povezanih z iranskimi naftnimi rezervami, ki so jih prej imeli britanski interesi, ki jih je Mossadegh pred kratkim nacionaliziral. Združene države so nasprotovale nacionalizaciji in pomagal je organizirati državni udar leta 1953 s pomočjo CIA.
ki je odstranil Mosaddega, demokratično izvoljenega vodjo.