Japonski napredek v Tihem oceanu je bil ustavljen v začetku leta 1943 s strani avstralskih vojakov na Novi Gvineji in ameriških vojakov na Guadalcanalu, po čemer so zavezniki šli v ofenzivo, napredovali skozi Novo Gvinejo in Salomonove otoke proti Filipinom. Leta 1944 so zavezniki začeli načrtovati prevzem Bornea. Za načrtovanje operacije je bil odgovoren generalni štab generala Douglasa MacArthura v jugozahodnem pacifiškem območju, vendar je zaradi zavezanosti ameriških sil za ponovno zavzemanje Filipinov naloga za ponovno zavzemanje Bornea bila dodeljena predvsem avstralskim kopenskim silam. Zavezniške operacije na Borneu so vključevale izkrcanje v Tarakanu,
Labuan in Balikpapan. MacArthur je prvotno nameraval Borneo uporabiti kot odskočni kamen za ponovno zavzemanje Jave, vendar je bila ta operacija kasneje preklicana in odgovornost za Nizozemsko vzhodno Indijo prenesena na poveljstvo za jugovzhodno Azijo pod vodstvom Britancev. V fazi načrtovanja je poveljnik avstralskih vojaških sil general Thomas Blamey priporočil, da se izkrca na Balikpapanu, ker je menil, da ne bo služil nobenemu strateškemu namenu. Avstralska vlada se je po dolgem premisleku strinjala, da bo zagotovila sile za to operacijo. Ameriški skupni načelniki štaba so bili tudi zaskrbljeni zaradi strateške nujnosti operacije, vendar je po mnenju zgodovinarja Garth Prattena MacArthur manipuliral z avstralsko vlado in skupnimi načelniki, da so odobrili zasedbo Balikpapana. Po mnenju zgodovinarja Chrisa Coultharda-Clarka je bil navedeni namen operacije "varovanje pristanišča in naftnih polj na tem območju ter vzpostavitev baze za začetek" prihodnjih operacij. Poleg tega bi bil ponovno vzpostavljen vladni nadzor Nizozemske vzhodne Indije.