Bouwmeester je igral na treh juniorskih svetovnih prvenstvih s kanadsko juniorsko ekipo. Postal je najmlajši igralec, ki je kdaj predstavljal Kanado na turnirju, ko je osvojil bronasto medaljo na turnirju leta 2000 pri starosti 16 let in 3 meseca. Leta 2001 je dosegel dve asistenci, ko je Kanada osvojila še eno bronasto medaljo. V letu 2002
Bouwmeester in kanadska ekipa so osvojili srebrno medaljo, v prvenstvu pa so izgubili pred Rusijo, 5 proti 4.