Za kratek čas je zapustil navade in se leta 1860 vpisal v koncilni seminar v Buenos Airesu. V paraguagijski vojni je služil kot vojaški duhovnik in zaradi svojega junaškega vedenja je bil povišan v podpolkovnika. Canavery je bil prisoten v bitkah pri Yatayju,
Bitka pri Tuyutíju, bitka pri Curupaytyju in bitka pri Lomas Valentinas sta se zgodila 27. decembra 1868. Po koncu vojne je bil dodan vojakom, ki so zasedli mesto Asunción. Bil je prvi kapelan, ki je služil v Villa Occidental, zamenjal pa ga je José Pablo Lynch y Cabrera.