Pardo je za Mehiko debitiral leta 1996, ko je igral na ameriškem pokalu proti ZDA. Od takrat je Pardo večkrat vodil svojo državo in veliko let igral pomembno vlogo za nacionalno ekipo, ki je svoji državi pomagala osvojiti 1998
turnirjev Zlatega pokala CONCACAF in Zlatega pokala CONCACAF leta 2003 ter Pokala konfederacij FIFA leta 1999. Igral je v Franciji 98, kot tudi v Copa América 1997 in 1999 ter v omenjenem Pokalu konfederacij 2005 in Svetovnem pokalu 2006.