Li Zongren se je rodil v vasi Xixiang (西鄉村), blizu Guilina v provinci Guangxi, drugi najstarejši v družini Han petih fantov in treh deklet. Njegov oče, Li Peiying (李培英), je bil učitelj v vasi. Po neenakomerni izobrazbi se je Li vpisal v provinčno vojaško šolo. Leta 1910 se je pridružil Tongmenghui, revolucionarni stranki Sun Yat-sena, vendar je takrat malo razumel Sunove širše cilje reform in nacionalne združitve. Lijeva domača provinca Guangxi je bila tudi matična provinca Taipinga.
General Li Xiucheng, s katerim je Lijeva družina trdila, da je povezana.