Henderson se je vrnil na Bližnji vzhod kot veleposlanik v Iranu. Tam se je ukvarjal z novoizvoljenim predsednikom vlade Mohammedom Mosadeghom o vprašanjih, povezanih z iranskimi naftnimi rezervami, ki so jih prej imeli britanski interesi, ki jih je Mossadegh pred kratkim nacionaliziral. Združene države so nasprotovale nacionalizaciji, in pomagal je organizirati 1953 CIA-pomoč
ki je odstranil Mosaddega, demokratično izvoljenega voditelja.