Dve pesmi, ki sta bili vključeni na prvotni album - tradicionalna Liverpoolska folk pesem "Maggie Mae" in improvizirani del "Dig It" - sta bili odstranjeni, saj sta bili "dobri za album soundtracka [...], vendar se niso udobno prilegali konceptu naravnega albuma", je dejal albumski remixer Allan Rouse. Lennonova "Don't Let Me Down" je bila dodana v vrstnem redu, čeprav je "Naked" sestavljena iz dveh različic iz
koncert na strehi, namesto B-strani iz singla "Get Back". "I've Got a Feeling" je bil predstavljen tudi v novi kompozitni uredbi dveh koncertnih posnetkov na strehi. Na "The Long and Winding Road" so producenti "Naked" uporabili zadnji posnetek, posnet pet dni po tem, ko je Spector izbral grobo izvedbo za izvirni album.