Phelps je služil na ladjah "Bonita" in "Jamestown" med mehiško-ameriško vojno. Podpiral je vojsko Winfielda Scotta med obleganjem Veracruza.
Kaj je to? Velik del svojega časa je preživel tudi na patrulji mehiške obale. Kmalu je Phelps že razvil trdna mnenja o tem, kako bi bilo treba voditi vojno, in je bil nezadovoljen, da je mornarica posodila veliko svojih storitev za zaščito trgovskih ladij, medtem ko so mornarji zaradi pomanjkanja provizij prihajali s skorbutom.