Ellis se je prostovoljno prijavil za službo in bil priklican v 15. polk, 2. brigado, 4. divizijo vojske Tennesseeja, v Freeportu, Illinois. 15. polk je bil v bitki pri Fort Donelsonu blizu Clarksvillea v Tennesseeju pred bitko pri Shiloh
-Kaj? 6. aprila 1862, ko je bil v Hornet's Nestu, ko je bil povišan v čin polkovnika, je Ellis večkrat zadel sovražnikovo ogenj, vendar je še naprej vodil svoje enote, dokler ga ni zadela usodna krogla. Po bitki so njegovo truplo našli na bojišču in njegove ostanke poslali v Rockford na pokop. Po razkošni pogrebni slovesnosti je bil Ellis pokopan na družinski parceli, ki jo je kupil le nekaj let prej po smrti ene od svojih hčera.