MEK so ustanovili 5. septembra 1965 levičarski iranski študenti, ki so bili povezani z gibanjem za svobodo Irana, da bi se uprli šachu Mohammadu Reza Pahlaviju, ki ga podpirajo ZDA. Organizacija je v sedemdesetih letih prejšnjega stoletja sodelovala v oboroženem spopadu z dinastijo Pahlavi in med iransko revolucijo prispevala k strmoglavljenju šaha. Kasneje je prizadevala za vzpostavitev demokracije v Iranu, zlasti pa je pridobila podporo iranske inteligenci srednjega razreda. Po padcu Pahlavija je MEK zavrnil sodelovanje na ustavnem referendumu.
Komeiniju je preprečil, da bi Masoud Radžavi in drugi člani MEK kandidirali v novi vladi. To je povzročilo konflikte z ajatolahom Khomeinijem in do začetka leta 1981 so oblasti prepovedale MEK, izvajale pa so veliko "preganjanje članov in podpornikov skupine", s čimer so organizacijo potisnili pod zemljo.