Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Nakajima je bil ohranjen z Williams za sezono 2009. Na Avstralski nagradi leta 2009 se je v šestem zavoju zaletel v steno in tako izpadel iz dirke. Nakajima je bil edini voznik, ki se je umaknil v Bahrajnu, saj se je pet krogov pred koncem ustavil zaradi pregrevanja olja. Prav tako je padel na predzadnjem krogu Grand Prixja v Monaku, ko je tekel na desetem mestu. Skoraj je zadel na več velikih nagradah, vključno z izgubo točk, potem ko je bil v pit lanju v turški nagradi zamudil. Na Veliki nagradi Velike Britanije je Nakajima dosegel najvišjo mesto na progi Formule 1 v zgodovini, saj se je uvrstil na impresivno peto mesto pred vodilnim v svetovnem prvenstvu Jensonom Buttonom. Vendar pa je bila njegova dirka ogrožena zaradi slabe strategije in je končal zunaj točk. Nakajima je spet skoraj zadel na Madžarski nagradi.
Končal je 0,7 sekunde za osmim Jarnom Trullijem. V Singapurju je spet končal deveti. V Braziliji se je Nakajima spet boril za točke, dokler ga ni izločil novinec in sodržavljan Kamui Kobayashi. Nakajima je sezono končal brez točk, njegov kolega Nico Rosberg pa je bil sam odgovoren za vsako točko, ki jo je Williams osvojil v prvenstvu. Nakajima je bil edini voznik, ki ni dosegel točk med vozniki, ki so sodelovali v vsaki dirki leta 2009.