Dokončaj naslednjo frazo: Blizu konca junija 1861, se je Hotchkiss prijavil kot voznik konfederacije, da bi prevažal zaloge za Churchville Cavalry v Rich Mountain, Zahodna Virginia. Hotchkiss je ponudil svoje storitve kartografa brigadni general Richardu B. Garnettu, katerega konfederacijska brigada je delovala v zahodni Virginiji. Hotchkiss je služil na Rich Mountain in ustvaril zemljevide za načrtovano kampanjo generala Roberta E. Leeja v gorah. Vzel je kratek bolniški dopust, potem ko je zbolel za tifusom, vendar se je vrnil na dolžnost marca 1862 kot glavni topografski inženir v okrožju Valley, ki je poročal generalmajorju Stonewallu Jacksonu. Po prvotnem porazu v bitki pri Kernstownu, ko je
26. marca 1862 je Jackson poklical Hotchkissa v svoj štab v Narrow Passage blizu Woodstocka in mu naročil, naj "namesti zemljevid doline, od Harper's Ferryja do Lexingtona, ki prikazuje vse točke napada in obrambe [sic] na teh mestih". Hotchkiss je takoj priporočil, da je Jacksonova linija na Stony Creek v Woodstocku nezaščitljiva in da se Jackson umakne na Rude's Hill, obramben majhen greben južno od Mt. Jackson. -Kaj je to? Na Rude's Hillu je Jackson reorganiziral svoje poveljstvo za preostanek uspešne kampanje leta 1862 v dolini Shenandoah.