Emory je bil leta 1862 poveljnik brigade v Armiji Potomaca in bil premeščen na zahodni bojni teren. 17. marca 1862 je bil povišan v brigadni general prostovoljcev. Kasneje je poveljeval diviziji v bitki za pristanišče Hudson. Kasneje se je vrnil na vzhod kot poveljnik devetnajstega korpusa, ki je služil v vseh večjih bitkah v kampanji Shenandoah Valley leta 1864.
, še posebej v bitki pri Cedar Creeku, kjer so Emoryjevi ukrepi pomagali rešiti vojsko Unije pred uničujočim porazom, dokler ni prišel general-major Philip Sheridan.