Napisati nadaljevanje za ta odstavek - 13. julija 2011 je bilo objavljeno, da bo Jonathan zapustil Santos, da bi treniral z velikani Serie A Interom v Milanu, dokler se ne dokonča prenos. Dva dni kasneje, 15. julija, je uradno postal igralec Interja in podpisal štiriletno pogodbo. Jonathan je za Inter debitiral 11. septembra 2011 v drugem tednu sezone 2011/12 Serie A.
Igral je 90 minut v porazu s Palermom. Tri dni pozneje je Jonathan debitiral v Ligi prvakov in igral celotno tekmo na prvi dan tekme proti turški ekipi Trabzonspor v porazu 0:0 na San Sirou.