Sredi roka za zamenjavo leta 2002 so ga zamenjali za Florido Marlins. Po zamenjavi se je njegova sezonska statistika drastično izboljšala. Naslednjo sezono je ponovno pomagal Marlinsom osvojiti svetovno serijo leta 2003. V šesti tekmi so bili Marlinsi 5 outov od izločanja, ko je navijač Cubsov, Steve Bartman,
, je preprečil, da bi bila žoga potencialno ujeta, tako da je podal roke nad Moisésom Aloujem, medtem ko je Alou poskušal v igrišče. Mordecaijev naslednji trojni dvojni zadetek je odprl tekmo in poudaril zgodovinski propad Cubsov v tem, kar se včasih imenuje preprosto "The Inning". Mordecai je osvojil svojo drugo svetovno serijo, ko so Marlins zlahka premagali Yankeese v svetovni seriji.