Zgodba je postavljena v leto 3394, tisoč let po tem, ko človeštvo pobegne s Zemlje, potem ko ga je uničila rasa vesoljcev, ki spreminjajo obliko <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ))), na stotine masivnih vesoljskih ladij, ustvarjenih iz ostankov planeta. Ena takšna ladja je Sidonija, ki je razvila svojo lastno človeško kulturo, ki je tesno povezana z Japonsko, kjer je človeško kloniranje, aseksualno razmnoževanje in človeško gensko inženiring, kot je podelitev fotosinteze ljudem, običajna. Prav tako je razkrito, da so vrhovnim echelonom te družbe skrivnostno podeljene nesmrtnosti.
Japonska