Halsey je postal poveljnik južnega pacifiškega območja in vodil zavezniške sile v bitki za Guadalcanal (1942-1943) in v bitkah v Solomonovi verigi.
(1942-1945). Leta 1943 je postal poveljnik tretje flote, položaj pa je obdržal do konca vojne. Sodeloval je v bitki v zalivu Leyte, največji pomorski bitki druge svetovne vojne in po nekaterih merilih največji pomorski bitki v zgodovini. Decembra 1945 je bil povišan v admiral flote in se je upokojil iz aktivne službe marca 1947.