Barry Zito je preživel še dve sezoni z A-ji, potem ko so zamenjali Hudsona in Mulderja. V sezoni 2006 je Zito končal s 16-10 rekordom, 3,83 ERA in 151 strikeoutom, da je pomagal voditi A's na naslov AL West. Zito je imel močan izlet za A's v prvi tekmi ALDS, saj je v osmih iningih odpustil samo en tek in vodil A's do zmage 3-2 nad Minnesota Twins v prvi tekmi. A's so na koncu zmagali naslednje dve tekmi in premagali Twins in napredovali v ALCS leta 2006 prvič po
1992, ki je tudi osvojil svojo prvo postseason serijo od leta 1990. Zito je v prvi tekmi proti Detroit Tigersom, vendar je v 3,2 iningih izgubil pet zadetkov, ko so A's padli pred Tigersom 5-1. A's so izgubili naslednje tri tekme in jih v ALCS porazili Tigers.