Napišite nadaljevanje tega odstavka - Po McKinley je bil umorjen
Leta 1901 se je Long premislil in 1. maja 1902 dal odstop predsedniku Rooseveltu. Natančni razlogi za to niso jasni, vendar je verjetno prispevalo več dejavnikov. Prvič, Roosevelt je imel tesne odnose z Longovim političnim tekmecem Lodgeom, znano je bilo, da se ni strinjal z Longom o pomorskih zadevah in ni pozdravljal njegove prisotnosti v Beli hiši. Drugič, preiskava dejanj admirala Winfielda Scotta Schleyja v času bitke pri Santiagu de Kubi julija 1898 je povzročila veliko kritiziranja vloge Longa v vojni. Tretjič, ena njegovih hčera je umrla oktobra 1901, manj kot mesec dni po McKinleyjevem atentatu. Te zadeve so Longu prinesle depresijo, situacija pa se je še poslabšala, ko se je Roosevelt prepiral z njim zaradi začetka vojne in nato preklical nekatere njegove odločitve. Zgodovinar Wendell Garrett ugotavlja, da se je Roosevelt zelo osebno zanimal za mornarico in da je imel težave pri delu z naslednjimi sekretarji.