Duncan se je rodil in odraščal v podeželski Chanceford Township v jugovzhodnem okrožju York v Pensilvaniji, ki meji na široko reko Susquehanna. 1. julija 1845 je bil imenovan na vojaško akademijo Združenih držav Amerike in junija 1849 diplomiral na West Pointu. Dober učenec je bil 5. v razredu 43 kadetov. Zaradi visokega akademskega položaja je bil v juliju istega leta poveljen za drugega poročnika in dodeljen drugemu ameriškemu topništvu. Kmalu zatem, 31. oktobra, je dobil polni čin drugega poročnika in bil premeščen v tretjo artilerijo. Prvič je bil v bitki na Floridi.
proti Seminoleskim Indijancem.