Napišite nadaljevanje za ta odstavek - Kovalyov je bil odkrit kritik avtoritarnih tendenc v administracijah Borisa Jelcina in Vladimira Putina. Leta 1996 je odstopil s položaja vodje predsedniške komisije za človekove pravice Jelcina, potem ko je objavil odprto pismo Jelcinu, v katerem je Kovalyov obtožil predsednika, da se je odpovedal demokratičnim načelom. Leta 2002 je ustanovil komisijo za preiskavo bombnih napadov v Moskvi leta 1999.
(Kovaljova komisija), ki je bila dejansko paralizirana, ko je bil eden od njenih članov, Sergej Jušenkov, umorjen, drugi član, Jurij Ščekočikin, domnevno zastrupljen s talijem, in njegov pravni svetovalec in preiskovalec, Mihail Trepaškin, aretiran.