Passage: Doom 3 se odvija v letu 2145. Večino zgodbe in dialogov je ustvaril avtor Matthew J. Costello. Po ozadju igre je Union Aerospace Corporation (UAC) postala največji obstoječi korporativni subjekt in je ustanovila raziskovalni objekt na Marsu. Na tej bazi lahko UAC izvaja raziskave na več znanstvenih področjih, vključno z razvojem naprednega orožja, biološkimi raziskavami, raziskovanjem vesolja in teleportacijo. Na Marsu lahko UAC izvaja svoje operacije zunaj pravnih in moralnih meja.
Matthew J. Costello