Wouda je bil dve leti glavni trener nizozemskega mladinskega plavanja, preden je bil oktobra 2006 imenovan za pomočnika trenerja Verhaeren v Eindhovnu. Vodil je Maarten van der Weijden do svetovnega naslova na 25 km in olimpijskega naslova na 10 km. Je tudi trener Hinkelien Schreuder, ki je bil del nizozemske zlate 4 × 100 m svobodne ekipe in je dosegel individualno 7. mesto na 50 m svobodne
na olimpijskih igrah v Pekingu leta 2008.