Naslednje poletje je bil kapitan Cristiano Doni med osumljenci za vpletenost v škandal z ureditvijo tekmovanj (znan tudi kot "Calcioscommesse"). Atalanta se je v sezoni 2011/12 v Seriji A soočila s šesto točko kazni.
Doni je bil 19. avgusta suspendiran za tri leta in pol iz vseh nogometnih dejavnosti, kar je pomenilo konec njegove kariere pri 38 letih. Obtožen je bil tudi Thomas Manfredini, ki je bil vpleten v škandal in je bil sprva obsojen na triletno prepoved, čeprav je bil kasneje oprostjen. Tudi tisto poletje je Atalanta podpisal pogodbo z argentinskim napadalcem Germánom Denisom, ki je postal eden od najbolj plodnih strelcev kluba s 56 golov v štirih in pol sezonih. Na začetku sezone je Atalanta v prvih štirih tekmah dosegel 10 točk, medtem ko je družba delala na tem, da bi se branila in branila svoje igralce pred temi obtožbami. Atalanta je dosegel 52 točk pred šesttočkovnim kaznovalcem, s čimer je postavil nov klubski rekord za največ točk v Seriji A. To je sledilo doslednim nastopom skozi celotno sezono (26 točk v vsakem polčasu) in četrti najboljši obrambi v ligi s 43 zadetimi cilji, na enaki ravni kot Bologna in Fiorentina. Klub je zagotovil varnost v Seriji A na četrti pred zadnjim tekmovalnem dnevu z domačo zmago 2 proti 0 proti Fiorentini, čeprav je izgubil zadnje tri tekme proti Milanu, Laziu in Juventusu.