Lee je sodeloval v kampanji polotoka leta 1862, zlasti med bitko pri Seven Pines 31. maja in 1. junija, bitko pri Savage's Station
29. junija, med bitkami v sedmih dneh od 25. junija do 1. julija, in bitka pri Malvern Hill tudi 1. julija. Julija je kratko služil v 4. konjeniški diviziji Virginije, 9. julija je bil povišan v polkovnika in istega meseca prevzel poveljstvo nad artilerijskim bataljonom korpusa generalmajorja Jamesa Longstreeta. Pod Longstreetom se je Lee boril v drugi bitki pri Manassasu avgusta in nato v bitki pri Antietamu 17. septembra, kjer so njegove puške igrale pomembno vlogo pri obrambi ozemlja blizu slavne cerkve Dunker. V nadaljevanju je povzetek Leejeve udeležbe pri Sharpsburgu: