Ko se je leta 1861 začela ameriška državljanska vojna, se je Jones prostovoljno prijavil v vojsko Unije. 3. oktobra je bil izvoljen za kapetana 53. pehotnega polka iz Ohia in je bil v bitki pri Shiloh in obleganju Korinta. 2. maja 1862 je Jones postal polkovnik 53. Ohio in njegov poveljnik. Vodil je svoj polk med obleganjem Vicksburga in v bitki pri Missionary Ridge, oba leta 1863. Jones je bil udeležen v nadaljnjih bitkah v kampanji v Atlanti leta 1864, v bitkah pri Resaci, Dallasu, Kennesaw Mountain in Atlanti.
-Kaj? Avgusta je bil Jones imenovan za poveljnika brigade, ko je bil njegov nadrejeni častnik, brigadni general Joseph A. J. Lightburn, ranjen in se je odpovedal poveljstvu za preostanek vojne. Polkovnik Jones je zdaj vodil 2. brigado v 2. diviziji 15. korpusa Williama B. Hazena v Jonesborou. Primeroma je 1. brigado te divizije vodil še en "polkovnik Jones", Theodore Jones iz 30. Ohio. Wells Jones je sodeloval v pohodu na morje leta 1864 in bil ranjen med operacijami okoli Fort McAllister, Georgia, 13. decembra.