Greer je bil povišan v poročnika in služil od leta 1862 do 1863, nato pa je bil dodeljen za kontradmirala Davida Dixona Porterja. Ko je bil poveljnik oklepnih ladij, je sodeloval v bitki za Vicksburg in bombardiranju Grand Golfa.
kot tudi neuspešna ekspedicija na Rdečo reko leta 1864.