Po vojni je O'Doherty še naprej zvest kroni, leta 1608 pa se je po sporu z novim guvernerjem Derryja uprl, dvorec pa je imel za sedež. V skladu s
Izbruh Derryja je sprožil O'Dohertyjev upor. V odgovor so dublinske oblasti poslale čete, da bi zavzele O'Dohertyjevo Inishowenovo središče. Po obleganju so zavzeli grad Burt in osvobodili ujetnike, ki so jih ujeli v Derryju. Kmalu zatem je bil O'Doherty ubit v bitki pri Kilmacrennanu in upor je propadel.