Leta 1856 je Kekulé postal privatdozent na univerzi v Heidelbergu. Leta 1858 je bil zaposlen kot redni profesor na univerzi v Gentu, nato pa leta 1867 je bil poklican v Bonn, kjer je ostal do konca svoje kariere. Na podlagi svojih idej predhodnikov, kot so Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz in drugi, je Kekulé bil glavni oblikovalec teorije kemijske strukture (1857<unk>58). Ta teorija izhaja iz ideje atomske valence, zlasti tetravalence ogljika (ki je Kekulé napovedal pozno leta 1857) in sposobnosti atomov ogljika, da se povežejo med seboj (prijavljen v članku, objavljenem leta 1858), vendar je bil poklican kot redni profesor na univerzi v Gentu, nato pa leta 1867 je bil poklican v Bonn, kjer je ostal do konca svoje kariere.
kemična struktura