Napetosti med protestanti in katoličani so se leta 1656 ponovno pojavile in privedle do izbruha prve vojne Villmergen. Katoličani so zmagali in lahko ohranili svojo politično prevlado. Toggenburška vojna
Leta 1712 je bil konflikt med katoliško in protestantsko oblastjo. V skladu z mirom v Aarauju z dne 11. avgusta 1712 in Badenskim mirom z dne 16. junija 1718 se je vojna končala s koncem katoliške hegemonije. Tudi vojna Sonderbund leta 1847 je temeljila na veri.