Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Zaradi svoje strateške lokacije vzdolž pomembnih infrastrukturnih linij in zaradi cvetoče trgovine je mesto obogatelo. To je omogočilo določeno stopnjo svobode (zlasti na ozemljih, ki jih je nadzoroval Habsburg, in) znotraj Švicarske konfederacije, ki se je končala z oblikovanjem švicarskih kantonov Napoleona leta 1799. Leta 1656 in 1712 (prva vojna pri Villmergenu in vojna pri Toggenburgu)
, oziroma Druga vojna pri Villmergenu), je bil Rapperswil udeležen v vojnah med katoličanskimi in reformiranimi kantoni Stare švicarske konfederacije. Rapperswil je bil sprva del Helvetic in kantona glavnega mesta Linth. Po sredstvenem zakonu iz leta 1803 se je pridružil kantonu St. Gallen in nekdanji "Herrschaft Rapperswil" je bil razdeljen na občine Rapperswil in Jona.