Najstarejši arheološki dokazi o človeških naseljih v Bay Area segajo v 8000<unk>10.000 pr. n. št. (iz gomil lupin v Coyote Hills). Leta 1769 je območje zaliva naseljeno z ljudstvom Ohlone, ko je španska raziskovalna skupina pod vodstvom Gasparja de Portolàja vstopila v zaliv - prvi dokumentirani evropski obisk območja zaliva. Po tem, ko je Mehika leta 1821 pridobila neodvisnost od Španije, je regijo kratko nadzorovala mehiška vlada, dokler jih Združene države leta 1846 med mehiško-ameriško vojno niso zasegli. Kmalu zatem je odkritje zlata v Kaliforniji pritegnilo množico iskalcev zakladov, mnogi so kot vstopno točko uporabili pristanišča v Bay Area. V zgodnjih letih kalifornijske državnosti se je državno zakonodajno delo vrtilo med tremi lokacijami v zalivskem območju, preden je bila v Sacramentu ustanovljena stalna državna prestolnica. Veliki potres je leta 1906 uničil mesto San Francisco in okolico, toda območje je bilo hitro obnovljeno, tako da je bilo leta 1915 gostilo panamsko-pacifiško razstavo
-Kaj? Med drugo svetovno vojno je Bay Area igrala pomembno vlogo v ameriških vojnih prizadevanjih na azijsko-pacifiškem gledališču, pri čemer je Fort Mason v San Franciscu deloval kot glavna točka za ameriške sile. Leta 1945 je bila v San Franciscu podpisana Ustanovna listina Združenih narodov, s katero so ustanovili Združene narode, leta 1951 pa je pogodba v San Franciscu ponovno vzpostavila miroljubne odnose med Japonsko in zavezniškimi silami. Od takrat je območje zaliva doživelo številne politične, kulturne in umetniške gibanja, razvilo edinstvene lokalne žanre v glasbi in umetnosti ter se uveljavilo kot žarišče napredne politike. Ekonomsko je po vojni Bay Area doživel ogromno rast v finančnih in tehnoloških industrijah, ki so ustvarile živahno in raznoliko gospodarstvo z bruto domačim proizvodom več kot 700 milijard dolarjev in sedežem tretje najvišje koncentracije Fortune 500 podjetij v Združenih državah (od leta 2018).