Dopolnite naslednjo frazo: Doherty je sezono 2012/13 začel s porazom 4/5 pred Stuartom Binghamom v drugem krogu Wuxi Classic in 3/5 pred Martinom Gouldom v prvem krogu Australian Goldfields Open. Nadaljeval je do četrtfinala dogodka, izgubil 0<unk>4 pred Markom Selbyjem. Doherty je bil poražen v kvalifikacijah za Šanghajski Masters in UK Championship 2012 in ni uspel napredovati mimo kroga z divjimi karticami Mednarodnega prvenstva. Na petem dogodku evropskega turnira,
Na Škotskem odprtem je premagal Luca Brecela in Ryana Dayja, da je prišel do polfinala, kjer je izgubil 2 proti 4 proti Ding Junhuiju. Doherty je bil v prvem krogu nemškega Mastersja izločen s strani Petera Linea, vendar je imel svoj najboljši tek v sezoni na Welsh Open. Četrkratni svetovni prvak John Higgins je premagal s 4 proti 1 in Tom Ford s 4 proti 3, da je prišel v četrtfinalo. Vodil je Stuarta Binghama za 2 proti 0, vendar je zaradi serije zamudnih potov Doherty izgubil zaupanje in izgubil za 3 proti 5. Njegov prej omenjeni tek v polfinalu Škotskega odprtega prvenstva mu je pomagal, da je končal na 16. mestu PTC Order of Merit in se kvalificiral kot eden od 26 najboljših igralcev za finale, vendar je v prvem krogu izgubil 2 proti 4 proti Kurtu Maflinu. Doherty se je skoraj vrnil v zadnjem krogu kvalifikacij za svetovno prvenstvo proti Matthewju Seltu, saj je iz 4 proti 9 izravnaval na 9 proti 9, vendar je izgubil odločilni okvir. Rezultat je pomenil, da je bila to prva sezona, v kateri Doherty ni sodeloval v nobenem snookerjevem dogodku Triple Crown. Doherty se je v sezoni povzpel za osem mest in končal na 27. mestu.