Ko je julija 1936 izbruhnila španska državljanska vojna, je Juan Guilloto sodeloval v napadu na Cuartel de la Montaña in v bitki pri Guadarrami, ki se je odvijala v gorovju Guadarrama. Bil je eden od voditeljev petega polka in od oktobra 1936 naprej njegov poveljnik. Boril se je v Talaveri de la Reina.
, Santa Olalla in Illescas (september 1936), obrambo Madrida in drugo bitko na cesti Corunna, kot tudi v bitki pri Jarami (februar 1937).