Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Japonsko cesarstvo je napadlo Maluku v začetku leta 1942 kot del svoje kampanje za nizozemsko vzhodno Indijo v drugi svetovni vojni in izgnalo Nizozemce iz regije. Halmahera je postala mesto japonske pomorske baze v zalivu Kao. Dve leti kasneje so ameriške sile in njihovi zavezniki začeli bitko pri Morotaiju.
Avgusta so bombardirali otok, septembra pa so ga napadli. Japonske cesarske sile na Morotaiju so se vzdržale do leta 1945, vendar niso uspele izgnati zavezniških zasednikov. V drugem delu leta 1944 je na Morotai pristalo 61.000 osebja. Dve tretjini jih so bili inženirji, ki so hitro vzpostavili objekte, vključno z pristanišči in dvema vzletno-pristajalnima stezami ter obsežnimi skladi goriva. Formalna predaja druge japonske vojske je bila 9. septembra 1945 v Morotaiju. Zadnji Japonec iz vojne, vojak Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), je bil odkril indonezijski letalski zbor na Morotaiju in se predal iskalni patrulji 18. decembra 1974.