Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Leta 1806 so francoske okupacijske oblasti na Nizozemskem znižale status Utrechtske univerze na "école secondaire" (srednja šola), vendar je po ustanovitvi Združenega kraljestva Nizozemske leta 1813 ponovno dobila svoj nekdanji status. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht in Gent so bili pet univerz () nove države. Dve od teh univerz (Leuven in Gent) sta postala del nove belgijske države po ločitvi njunih pokrajin.
iz Združenega kraljestva Nizozemske leta 1830. Posledično je Univerza v Utrechtu ostala ena od le treh nizozemskih univerz. Med francosko okupacijo je kralj Ludvik Napoleon ukazal gradnjo palače v središču Utrechta, ki je sčasoma postala mestna knjižnica Univerze.