Napisati nadaljevanje za ta odstavek - 11. aprila 2017 so se v bližini avtobusa ekipe, ki je bil na poti na tekmo Lige prvakov proti AS Monaco na Signal Iduna Parku, zgodile tri eksplozije. Branilec Marc Bartra je bil ranjen in odpeljan v bolnišnico. Dortmund je izgubil 2 proti 3 proti Monaku. Trener Dortmunda Thomas Tuchel je izgubo okrivil za nespametno odločitev UEFA. UEFA je nadaljevala, da ekipa ni nasprotovala igranju in da je bila odločitev sprejeta v skladu s klubom in lokalnimi organi kazenskega pregona. V drugi tekmi je Dortmund izgubil 1 proti 3, skupni rezultat pa je ostal 3 proti 6, zaradi česar so bili izločeni iz Lige prvakov. 26. aprila je Dortmund v Münchnu zmagala z Bayernom Münchenom 3<unk>2 in se tako uvrstila v finale DFB-Pokala 2017.
, Dortmund je četrti zaporedni finalni in peti v šestih sezonah. 27. maja je Dortmund osvojil DFB-Pokal 2016/17 z 2 proti 1 nad Eintracht Frankfurtom, zmagovalec pa je bil Pierre-Emerick Aubameyang.