Po svetovnem prvenstvu leta 1990 je bil trener nacionalne ekipe Óscar Tabárez zamenjan z Luisom Cubillom, ki je treniral Francescolija v River Platu, ko je Francescoli prvič prispel v klub pred leti. Cubilla je takrat med urugvajskimi navijači prinesel močan občutek nacionalizma, zlasti zamere proti športnikom v državi, ki so igrali v Evropi, in celo namignil, da so Francescoli in tudi Rubén Sosa, Carlos Aguilera in Oscar Herrera "dinheiristas" ("plačani vojaki"). Presenečeni so zavrnili igro, če Cubilla ne bi preklical svojih komentarjev in ti igralci so bili izpuščeni iz Copa América 1991. Brez "evropskih" zvezd je Urugvaj propadel že v prvem krogu. Do turnirja leta 1993
Ko se je to spremenilo, so igralce že poklicali nazaj v ekipo. Čeprav ga je poklical Cubilla, je bil Francescoli na klopi ves turnir, Urugvaj pa je bil še enkrat razočaran in izpadel v četrtfinalu. V prijateljski tekmi pozneje istega leta se je Francescoli prvič po mnogih letih pojavil za "Celeste". Medtem je južnoameriška tekmovalka Argentina zmagala na turnirju v letih 1991 in 1993, s čimer je premagala Urugvaj in postala ekipa z največim številom naslovov Copa América (14).