Lee je bil izpuščen iz svojega položaja v Turčiji marca 1941, in kmalu po prihodu v Egipt je bil imenovan za višjega uradnika administracije za Air Vice Marshal John D'Albiac, poveljnik britanskih letalskih sil v Grčiji, ki podpirajo Grke po italijanski invaziji
-Kaj? Kljub zgodnjim uspehom je nemška intervencija kmalu zavezniške sile postavila v obrambo in Britanci so bili sčasoma izgnani, najprej na Kreto, nato pa v Egipt. Do konca leta 1941 je Lee služil kot osebni častnik (operacije) v glavnem štabu poveljstva RAF za Bližnji vzhod, nato pa kot namestnik višjega letalskega osebja v Desert Air Force.