V avgustu 2015 je bil Frederiksen imenovan za vodjo danske ekipe pod 21 let, s čimer je podpisal dveletno pogodbo. V njegovi prvi tekmi so v prijateljski tekmi na stadionu Lohmühle v Lübecku v Schleswig-Holsteinu izgubili 1<unk>2 proti Nemčiji. Pod Frederiksenom se je Danska uvrstila na evropsko prvenstvo U-21 leta 2017
in 2019, kjer so bili izločeni v skupinskih fazah in končali tretji in drugi.