Flores je za Hondurase debitiral v poznih osemdesetih letih prejšnjega stoletja in si je skupaj pri tem zaigral 42 tekem, pri čemer je zadal 6 golov. Za svojo državo je reprezentiral v 12 kvalifikacijskih tekmah za svetovno prvenstvo FIFA in igral na pokalu narodov UNCAF leta 1993.
kot tudi na Zlatih pokalih CONCACAF leta 1991 in 1993.