Napišite nadaljevanje za ta odstavek - Ko je Prost vzpostavil odnos s Peugeotom in od leta 1998 naprej prešel k njim, je Mugen iskal novega partnerja in dosegel dvomesečni sporazum z Jordan Grand Prix, za katerega je Mugen proizvedel motor MF301HC. Prva polovica sezone 1998 je bila popolna katastrofa; bilo je tako slabo, da so se na neki točki uradniki Mugena srečali z Eddiejem Jordanom in njegovo ekipo med Grand Prixjem v Monaku leta 1998, da bi izvedeli, zakaj do takrat ekipa ni uspela osvojiti niti ene točke na svetovnem prvenstvu. Odnos se je nadaljeval v Silverstonu, kjer je ekipa osvojila svojo prvo točko v svetovnem prvenstvu v sezoni s šestim mestom Ralfa Schumacherja, ki mu je sledila točka v naslednjih treh dirkah. Do Spa-Francorchamps ni bilo.
Jordanova sreča se je spremenila na bolje z dirkači Damon Hill in Ralf Schumacher, ki sta dosegli 1-2 in zagotovili Jordanovo prvo zmago v Formuli 1 in edini 1-2 v njihovem obstoju po nesrečnem začetku. Ekipa je še dvakrat osvojila točke, Ralf pa je na Veliki nagradi Italije dosegel tretje mesto. Gary Anderson je kasneje razkril, da je do te sezone Honda povečala svojo vključenost v razvoj motorjev, ki sicer še vedno nosijo Mugenovo znamko.