Po vojni je Ančerl dirigiral za Radio Praga do leta 1950, ko je postal umetniški vodja Češke filharmonije, položaj, ki ga je uspešno opravljal osemnajst let. Po invaziji na Češkoslovaško leta 1968
Ančerl se je preselil v Toronto v Kanadi, kjer je do svoje smrti leta 1973 delal kot glasbeni vodja simfoničnega orkestra v Torontu.