Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Avgusta 1845 se je Magruder prostovoljno prijavil za dodelitev v Corpus Christi v Teksasu, da bi se tam pridružil vojski generala Zacharyja Taylora in zasedel nekdanjo republiko; ZDA so bile na robu vojne z Mehiko zaradi vprašanja aneksije. Po začetku sovražnosti 25. aprila 1846 je Magruder prvič videl boj v bitki pri Palo Altu.
14 dni pozneje. 18. aprila 1847 je Magruder služil z "zelenjem in sposobnostjo" v ekspediciji generala Winfielda Scotta, pod močnim ognjem in obrnil mehiško artilerijo proti njim na Cerro Gordo, za kar so ga nadrejeni pohvalili in ga razširili na majorja. Do 12. septembra so ameriške sile začele napadati Chapultepec, v enem od zaporednih spopadov v bitki za Mexico City. Magruder, ki je bil rahlo ranjen, je naročil prve strele zgodaj zjutraj 13. in kljub večjemu številu Mehičanov ponudil zasledovanje, da bi zajel križišče Anzures, Veronica in Belen, ključno križišče, ki bi blokiralo prizadevanja generala Santa Ane za osvoboditev palače.