Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Leta 1861, na začetku državljanske vojne, je bil imenovan za poveljnika New Yorške nacionalne garde, brigadni general John F. Rathbone, da služi kot glavni zdravnik v skladišču v Albanyju. Junija 1862, po bitki pri Savage's Station
Ko se je potomaška vojska skupaj z zdravniki umaknila, je Swinburne ostal, da bi skrbel za tisoče ranjenih zapornikov, tako zveznih kot konfederiranih. Zaradi spoštovanja njegovega načelnega stališča mu je poveljnik Konfederacije Stonewall Jackson dal prepustnico z priloženim osebnim sporočilom, ki mu je dovoljeval obiske zapornikov Unije. Leta 1864 ga je guverner Horatio Seymour imenoval na mesto zdravstvenega uradnika pristanišča New York, leta 1867 pa ga je ponovno imenoval guverner Reuben Fenton, ki je služil skupaj šest let, do leta 1870. Med svojo administracijo je kljub zavračanju državnega zakonodajnega organa pri dodelitvi sredstev nadziral gradnjo takrat najsodobnejših karantenskih objektov na otokih, ki so bili imenovani Swinburne in Hoffman.