Pišite nadaljevanje za ta odstavek - Prkačin je bil član hrvaške mladinske reprezentance do 22. leta. Njegov debitant na velikem turnirju s hrvaško reprezentanco je bil na EuroBasketu leta 1997. Po tem je igral za Hrvaško na naslednjih večjih turnirjih FIBA: EuroBasket 1999, EuroBasket 2001, EuroBasket 2003, EuroBasket 2005 in EuroBasket 2007.
in EuroBasket 2009. Prkačin je bil dvakrat kapitan hrvaške ekipe.