Med rusko državljansko vojno se je Bogdanov pridružil Rdeči armadi v Petrogradu junija 1918. Bil je imenovan za poveljnika vod v 4. kostromski polku, od aprila 1919 pa je poveljeval četu 2. rezervnega polka. Od januarja 1920 je služil kot vodja čete in bataljona 502. strelnega polka 56. strelne divizije, ki se je boril v poljsko-sovjetski vojni v bitkah v Vitebski, Minski in Vilinski provinci. Bogdanov je bil za "izjemen pogum v bitki" odlikovan z Redom rdeče zastave. Oktobra 1920 se je vrnil v 2. rezervni polk, da bi poveljeval vodom, januarja 1921 pa je bil premeščen na poveljevanje čete na 40. kostromskih pešadijskih tečajih za poveljstvo. Med 10. majem in 20. julijem je sodeloval pri zatiranju Tambovskega upora.
kot poveljnik čete in bataljona ter v.d. vodja tečaja.