Ko se je leta 1861 začela državljanska vojna, se je Corput pridružil vojski Konfederacije. Leta 1861 je postal tretji poročnik v bateriji "Cherokee Artillery", enote, ki so jo zaposlili iz okrožij Floyd in Cherokee. Več njegovih sorodnikov se je pridružilo enoti, njegov brat Felix je bil narednik. Enačba se je predala med obleganjem Vicksburga, vendar se je po njem hitro vrnila na polje. Do leta 1864 je bil Corput povišan v kapitana in poveljeval bateriji. Na
V bitki pri Resaci so bili njeni štirje 12-litrski Napoleonci ujeti. Corput je postal vojni ujetnik 12. aprila 1865 v Salisburyju v Severni Karolini. Bil je ujetnik v taborišču Chase v Ohiu, dokler ni bil v oktobru izpuščen na pogojno.