Rebić se je 11. julija 2016 pridružil Eintracht Frankfurtu na posojilo za celotno sezono, kjer se je ponovno združil z nekdanjim trenerjem nacionalne ekipe Niko Kovačem. Po kratkem boju z mononukleozo je Rebić debitiral 17. septembra proti Bayerju Leverkusenu, ko je nastopil kot nadomestek in pomagal Marcu Fabiánu pri zmagovalnem golu v zmagi 2-1. 5. februarja 2017 je za svoj novi klub zadal prvi zadetek, s katerim je zaključil zmago 2:0 nad sosednjo hessko ekipo SV Darmstadt 98 v Commerzbank Areni. 27. maja je v finalu DFB-Pokal 2017 izravnal.
, čeprav je Frankfurt izgubil 2-1 pred Borusijo Dortmund.