V sezoni 2011/12 je Júlio César odigral svojo 200. tekmo v Seriji A 1. oktobra 2011 v domačem porazu s 3:0 proti Napolju, pri čemer je v prvi polovici prihranil kazenski udarec. Kasneje, 22. novembra, je Júlio César igral 50. tekmo v Ligi prvakov UEFA v remisiji 1 proti 1 proti Trabzonsporju na 4. tekmovalnem dnevu v skupini B Lige prvakov UEFA 2011/12. Ta nerešeno tekmo je bila dovolj za Inter, da si je zagotovil mesto v osmihfinalu. 18. marca 2012 je dosegel stoletje čistih listov v Seriji A, ko je igral v brezgolu proti Atalanti na 28. tekmovalni dan. Ta nerešeno tekmo je pomenila, da je Inter zmagal le v eni od svojih zadnjih devetih tekmovanj v ligi. Júlio César se je 300.č v vseh tekmovanjih za Inter pojavil 6. maja v predposlednjem tednu Serie A proti Milanu, v katerem je Inter zmagal 4-2. Priznal je sporen kazen Kevin-Prince Boatengu in bil vključen v verbalni spopad z Zlatanom Ibrahimovićem, ki je nadaljeval s pretvorbo kazni. Zaradi kazni je zamudil zadnjo tekmo sezone proti Laziu. Svojo sedmo sezono v Interu je zaključil s 40 nastopom v vseh tekmovanjih, ko je Inter končal na šestem mestu v ligi.
, z ekipo samo pet golov manj, da bi se izenačila z njihovo najhujšo koncesijo vseh časov v eni sezoni Serie A. V Ligi prvakov je bila ekipa izločena v osmih krogih od Marseilleja po pravilu golov na izletu in je bila izločena iz Coppa Italia od Napola. Medtem ko so nekateri kritiki menili, da se je Júlio César od sezone 2009/10 zmanjšal v formi, je Inter podpisal slovenskega vratarja Samira Handanovića iz Udineseja, da bi prevzel vlogo prvega izbora vratarja.