Nadaljevanje tega odstavka - Nesta je svojo zadnjo sezono z Milanom začel z zmago v Supercoppi Italiana 2011 6. avgusta 2011, ko je v Pekingu porazil mestne tekmece Internazionale 2-1. Milan je bil drugi za Juventusom v Seriji A.
v tej sezoni in so bili izločeni v polfinalu Coppe Italije in četrtfinalu Lige prvakov. 10. maja je Nesta na tiskovni konferenci naznanil, da se bo po koncu sezone upokojil iz Serie A. V desetih sezonah v milanskem klubu je Nesta dosegel 325 nastopov in zadel 10 golov. Z Milanom je osvojil dva naslova Serie A, Coppa Italia, dva Supercoppa Italiana, dve Ligi prvakov, dva UEFA Superkupa in FIFA klubski svetovni pokal.