Shackleton se je rodil v Kilkeu, grofiji Kildare, na Irskem. Ko je bil star deset let, se je s svojo anglo-irsko družino preselil v Sydenham v predmestju južnega Londona. Shackletonova prva izkušnja s polarnimi regijami je bila kot tretji častnik na odpravi kapitana Roberta Falcon Scotta "Discovery" leta 1901-1904, od koder so ga zaradi zdravstvenih razlogov poslali domov, potem ko je on in njegovi spremljevalci Scott in Edward Adrian Wilson postavili nov južni rekord, ko so korakali na 82 ° S. Med odpravo "Nimrod"
Leta 1907-1909 je s tremi tovariši postavil nov rekord za najdaljšo južno zemljepisno širino na 88°S, le 97 geografskih milj (112 zakonskih milj ali 180 kilometrov) od južnega pola, kar je največji napredek na pol v zgodovini raziskovanja. Člani njegove ekipe so se povzpeli tudi na Mount Erebus, najbolj aktivni antarktični vulkan. Za te dosežke je bil Shackleton po vrnitvi domov od kralja Edwarda VII. imenovan za viteza.