Od oktobra 1863 do junija 1865 je bil Brannan načelnik artilerije v oddelku Cumberland, kjer je nadziral obrambo v Chattanoogi. Bil je v bitki pri Missionary Ridge in v kampanji v Atlanti, kjer je sodeloval v bitki pri Resaci, bitki pri Dallasu in bitki pri Kennesaw Mountain. Bil je tudi pri obleganju in predaji Atlante.
-Kaj? Bil je imenovan za brevetnega generalmajorja v redni vojski in v prostovoljnih enotah za pogumne in pohvalne službe v kampanji v Atlanti in na polju med uporom.