V Ferrariju ga je zamenjal Avstrijec Gerhard Berger, za McLaren pa je postal drugi voznik, za dvojnikom in aktualnim svetovnim prvakom Alainom Prostom. McLaren leta 1987 ni bil tako konkurenčen, kot je bil v letih 1984-1986, Prost pa je svojemu številu dodal le tri zmage (in s 28. zmago v Portugalski premagal rekord 27 zmag v Grand Prix, ki ga je imel Jackie Stewart) in ni uspel uspešno braniti svojega prvenstva voznikov. Za Švedom so sledili nadaljnji podiji, Johansson pa je bil šesti v prvenstvu voznikov. Štefan Johansson je bil v McLarenu samo stopgap, ki ga je podpisal šef ekipe Ron Dennis, ki ni uspel pritegniti Ayrtona Senne iz Lotusa, ker je bil pod pogodbo do konca leta 1987 in je vedno nameraval podpisati za Brazilijca. Johansson je leta 1987 na treh kolesih končal nemško Grand Prix, saj je imel v zadnjem krogu prebod. V Belgiji je bil drugi za Prostom, v Braziliji pa je bil na stopničkah.
, Španija in Japonska. Johansson je kljub 11 podijom v treh sezonah bil še vedno brez zmage in ga vrhunska ekipa ni želela (upal je, da se bo leta 1988 pridružil Williamsu kot zamenjava za odhajajočega svetovnega prvaka Nelson Piqueta iz leta 1987, vendar je Williams namesto tega podpisal Riccardo Patrese). Leta 1991 se je vrnil v McLaren kot preizkuševalec motorja Honda V12 na Suzuki na Japonskem.