Kot član rotacije Blue Jays leta 1993, je Stewart naredil 26 začetkov in je bil 12<unk>8 z 4.44 ERA. V sezoni je imel številne poškodbe, vendar so ga Blue Jays obdržali zaradi njegovega srca in tekmovalnosti, pa tudi zaradi podpore, ki jo je ponudil drugim vrgelcem v osebju. Blue Jays so prišli v ALCS.
kjer je Stewart dobil klic v drugi tekmi. V šestih iningih je pustil samo en tek, da je zmagal. Dan pred naslednjim startom, ko je bila preostala ekipa že v Chicagu, je bil v Torontu in pomagal Armiji odrešenja, da je na dan zahvalnosti v Kanadi dostavljala hrano brezdomcem. Prišel je na tekmo pravočasno in vrgel 7,1 ininga za svojo drugo zmago v seriji, v šesti tekmi, ki je Blue Jays vrnila v World Series. V karieri je bil drugič izbran za najboljšega igralca. V svetovnem prvenstvu 1993 proti Philadelphii Phillies je Stewart začel v drugi tekmi in se boril, dovolil je pet zadetkov v šestih iningih, da je vzel redko izgubo po sezoni. Kljub temu je bil prepričan, da bo šel v naslednjo tekmo, v šesti tekmi, in je rekel, da se bori za spoštovanje, kot tudi za še eno prvenstvo. Dovolil je štiri dirke v šestih inningih, vendar je bilo to dovolj, saj so Blue Jays, zahvaljujoč trojni odhodu Joeja Cartera, zmagali 8 proti 6 in s tem prevzeli serijo, 4 igre proti 2.