Po končanem popravilu je "Fanshaw Bay" še naprej delovala kot zastavna ladja divizije 25, zdaj pod poveljstvom kontradmirala Cliftona A. F. Spragueja. Po odhodu iz Pearl Harbora je prispela na otok Manus na Admiralitetskih otokih. "Fanshaw Bay", skupaj s petimi drugimi spremljevalnimi ladjami in osmimi spremljevalnimi mornarji, je bila dodeljena skupini 77.1, ki bo podprla pristanke
Na Morotaiju. Predvsem je bila njena letalska kontingenta zamenjana in zdaj je gostila sestavljeni eskadrilj 66 (VC-66). 10. septembra je zapustila Manus in 15. septembra začela z operacijami zračne podpore. 17. septembra sta se dva Maščevalca, eden iz "Fanshaw Bay", trčila med potjo proti podmornicam. Od šestih mož, ki so bili vpleteni, je le en preživeli rešil podmornico. 19. septembra je "Fanshaw Bay" izgubil še eno letalo, z enim od njenih Wildcats, ki se je potopil na Zero, izginil in eksplodiral ob stiku z vodo. Letala so še naprej krvavela, z dodatnimi dvema lovci in torpednim bombnikom, ki sta se zrušila 27. septembra.