Do leta 1672 je začel zapisati svoje teološke raziskave v beležkih, ki jih ni nikomur pokazal in ki so bili šele pred kratkim pregledani. Ti dokazujejo obširno poznavanje zgodnjih cerkvenih spisov in kažejo, da je v sporu med Atanazijem in Arijem, ki je določal kredo, stopil na stran Arija, poraženega, ki je zavrnil običajni pogled na trojico. Newton je "priznal Kristusa kot božanskega posrednika med Bogom in človekom, ki je bil podrejen Očetu, ki ga je ustvaril". Še posebej ga je zanimalo prerokovanje, vendar je za njega "Kristus bil apostazija, ki je temeljila na trinitarizmu". Newton je v zadnjih osmih letih opisal svojo vero kot heretik. "Vedno pa je imel zelo veliko znanja o zgodnjih cerkvenih spisih in kažejo, da je bil v konfliktu med Atanazijem in Arijem, ki je opredelil kredo, poražen Arij, ki je zavrnil običajni pogled na trojico.
bil je krivovernik.