Ko se je leta 1861 začela državljanska vojna, je Magruder zapustil vojsko Unije, da bi sprejel nalogo v Konfederaciji. Kot poveljnik vojske polotoka je utrdil polotok Virginia in zmagal v bitki pri Big Betelu. V kampanji na polotoku je zaustavil McClellanovo armado Potomaca zunaj Yorktown, kar je generalmajorju Josephu E. Johnstonu omogočilo, da pride z okrepitvami, organizira umik in brani glavno mesto Konfederacije, Richmond. Magruderja so kritizirali zaradi njegovega vodstva v bitkah na Savagejevi postaji.
in Malvern Hill med bitkami sedem dni. Preostanek vojne je preživel pri upravljanju okrožja Teksas, Nova Mehika in Arizona ter oddelka Arkansas; v svojem mandatu je Magruder dvignil pomorsko blokado nad Galvestonom in leta 1863 ponovno zavzel mesto.