Na začetku državljanske vojne je bil imenovan za kapitana 10. pešadijske enote Indiane in v manj kot mesecu dni je bil povišan v polkovnika. Leta 1862 je poveljeval brigadi v armadi Ohia v bitki pri Mill Springsu in je bil 24. marca 1862 povišan v brigadni general na podlagi svojih dejanj. General Manson je bil ranjen v stegno in ujet v bitki pri Richmondu v Kentuckyju. Dva meseca pozneje so ga zamenjali in se je boril z Morganom pri napadu na Ohio. V dveh mesecih je Manson napredoval iz brigade v divizijo in nato v poveljstvo XXIII korpusa. Vodil je korpus med kampanjo v Knoxvillu in videl akcijo na Campbellovi postaji in v Knoxvillu. General Manson se je vrnil na poveljstvo brigade v vojski Ohia, med atlantsko kampanjo in je bil resno ranjen v
Bitka pri Resaci, Georgia.