Roosevelt je vseeno nameraval zgraditi kanal, pri čemer je uporabil prejšnjo pogodbo s Kolumbijo, ki je ZDA dala tranzitne pravice v zvezi z panamsko železnico. Hay je napovedal "vstajo na Istmu [Paname] proti temu neumnemu in podkupljenemu režimu... v Bogoti". Bunau-Varilla se je srečal z obema moškima in jih prepričal, da prihaja revolucija in panamska vlada, ki bo bolj prijazna kanalu. V oktobru je Roosevelt ukazal, da se mornariške ladje postavijo blizu Paname. Panamci so se v začetku novembra 1903 vstali, kolumbijsko vmešavanje pa je odvrnila prisotnost ameriških sil. Po dogovoru je bil Bunau-Varilla imenovan za predstavnika novorojenega naroda v Washingtonu in hitro pogajal o pogodbi Hay-Bunau-Varilla, ki je bila podpisana 18. novembra, ki je ZDA dala pravico do gradnje kanala v območju
široko, nad katerim bi ZDA izvajale polno pristojnost. To ni bilo zadovoljivo za panamske diplomate, ki so prispeli v Washington kmalu po podpisu, vendar se jim ni uspelo odpovedati. Pogodbo sta odobrila obe državi in delo na Panamskem kanalu se je začelo leta 1904. Hay je pisal ministrstvu za vojno Elihu Rootu, ki je pohvalil "popolnoma redno pot, ki jo je predsednik sledil" kot bolj zaželeno od oborožene okupacije preliva.