Marca 1861 je bil Ferguson imenovan za kapitana v miliciji Južne Karoline, nato pa za poročnika in pomočnika brigadnega generala P. G. T. Beauregarda. Bil je eden od častnikov, ki je v Fort Sumterju prejel uradno predajo majorja ameriške vojske Roberta Andersona, dvignil prvo zastavo Konfederacije in postavil prve stražarje v Fort Sumter. Po obleganju je bil poslan na začasni kongres konfederacijskih držav, da je predstavil prvo konfederacijsko zastavo, ki jo je zadel sovražnik. Bil je podpolkovnik in pomočnik generala Beauregarda v bitki pri Shiloh.
-Kaj? Med bitko pri Farmingtonu je bil v 28. konjeniškem polku Mississippija. Vodil je enoto med obrambo Vicksburga in pomagal ustaviti napade ameriškega generalmajorja Williama T. Shermana in ameriškega komodora Davida Portera.