Po tretjem mestu na Avstralski nagradi leta 2016 je Vettel sodeloval v Bahrajnu.
Končal je brez zagona, ko se mu je pokvaril avto. V prvem krogu je Vettel trčil s sodelavcem Räikkönenom, vendar sta oba nadaljevala. Za trk je obtožil dirkača Red Bulla Daniila Kvyata, označil ga je za "norca" in opisal njegov manever za prehitevanje kot "samomorilski". V prvem krogu se je Vettel umaknil po dveh zaporednih trčenjih s Kvyatom. Na dirki je Vettel poskušal prehiteti dirkača Red Bull Max Verstappena, vendar je Verstappen pobegnil s proge in se vrnil pred njim. Vettel je verbalno napadel njega in dirkalnega direktorja Charlieja Whitinga, za kar se je kasneje opravičil. Vettel je nato blokiral Red Bullovega Ricciarda, tako da se je premaknil v zavorno območje in dobil deset sekund kazni in dve točki na svoji licenci. Čeprav je v sezoni dosegel sedem zmag na podij, Vettel leta 2016 ni zmagal v nobeni dirki.