Septembra 1939 je izbruhnila vojna in Möller se je pridružil vojski.
-Kaj? Tistega leta je Nirrnheim umrl nekaj dni po svojem osemdesetem rojstnem dnevu, Möller pa se je vrnil iz vojne v Hamburg, kjer je nadaljeval svoje dolžnosti tako v Hamburškem zgodovinskem združenju kot tudi kot višji član vodstvene ekipe mestnega arhiva. Leta 1948 je bil imenovan za direktorja (vodjo) v nasledstvu. Predsednik je prevzel funkcijo 1. januarja 1948, vendar je bil v začetku februarja 1948 poslan na dopust, saj je bil izpostavljen možnosti razrešnice.