Torrijos je umrl pri 52 letih, ko se je 31. julija 1981 njegov letalo DeHavilland Twin Otter (DHC-6), registrirano kot FAP-205 panamske zračne sile, zrušilo na Cerro Marta v Coclesitu, blizu Penonoméja v Panami. Letalo je izginilo iz radarja med svetlo vreme, vendar zaradi omejene pokritosti Paname v tistem času ni bilo prijavljeno, da je letalo pogrešano skoraj en dan. Mesto nesreče so našli nekaj dni pozneje, truplo Torrijosovega pa je v prvih dneh avgusta našla ekipa specialnih sil. V nesreči so umrli tudi štirje pomočniki in dva pilota. Njegova smrt je povzročila nacionalno žalost po vsej državi, še posebej v revnih območjih. Po velikem državnem pogrebu je bilo Torrijosovo truplo kratko pokopano na pokopališču v Casco Vieju (staro mesto Paname), preden je bilo premaknjeno v mavzolej v nekdanji Canal Zone na Fort Amador
V bližini Paname. Na mestu poveljnika nacionalne garde in "de facto" vodje Paname je nastopil Florencio Flores ("de jure" je bil vojaški vodja, vendar "de facto" nikoli ni izvajal moči kot tak, ki je kasneje dal pot Rubénu Dario Paredesu. Kraj, kjer je padel letalo, je zdaj nacionalni park, njegova hiša v Coclesitu pa je zdaj muzej.