Po smrti Gussieja Buscha leta 1989 je pivovarna prevzela nadzor in pozno leta 1990 zaposlila Joeja Torreja za vodjo, nato pa leta 1996 prodala ekipo investicijski skupini, ki jo je vodil William DeWitt, Jr. Tony La Russa je zamenjal Torreja spomladi 1996. Leta 1998 je Mark McGwire tekmoval s Sammyjem Soso za množično število domačih zadetkov v njihovem prizadevanju za rekord domačih zadetkov v eni sezoni. Med letoma 2000 in 2013 so Cardinals ponovno uspeli priti na vrh z desetimi nastopi v končnicah, štirimi NL pennanti, dvema naslovoma World Series in 1.274 zmagami v redni sezoni proti 993 porazom za.560 zmagovalni odstotek, ki je vodil v Nacionalni ligi in drugi v MLB samo za New York Yankees. Z dodajanjem Jima Edmondsa, Alberta Pujolsa in Scotta Rolena so Cardinalsi imeli trije ugledni udarce in branilce z vzdevkom "MV3". Pujols je osvojil tri MVP in v karieri Cardinalsa zadel.328 s 445 domačimi zadetki. Leta 2004 je Chris Carpenter z 3.09 ERA in 15 zmagami pomagal ekipi doseči 105 zmag in osvojiti NL pennant
-Kaj? Leta 2006, obsedeni z poškodbami in neskladnostjo, so osvojili svetovno serijo, premagal Detroit v petih tekmah in postavil rekord vseh časov z 83 zmagami za zmagovalca svetovne serije.