Karel je v angleškem parlamentu sprejel zakone, znane kot Clarendonov zakonik, ki so bili zasnovani za utrditev položaja ponovno ustanovljene angleške cerkve. Karel je privolil v Clarendonov zakonik, čeprav je zagovarjal politiko verske strpnosti. Glavno vprašanje zunanje politike njegove zgodnje vladavine je bila druga anglo-holandska vojna. Leta 1670 je sklenil pogodbo iz Doverja, zavezništvo s svojim prvim bratrancem kraljem Ludvijem XIV. Ludvik je privolil, da mu bo pomagal v tretji anglo-holandski vojni in mu plačal pokojnino, Karel pa je skrivno obljubil, da bo sam sprejel katoliško vero na nespecifikiran prihodnji datum. Karel je poskušal uvedeti versko svobodo za katolike in protestantske nasprotnike s svojo kraljevo deklaracijo o odpustku iz leta 1672, vendar ga je angleški parlament prisilil, da jo umakne.
Clarendonov kodeks