Japonska invazija med drugo svetovno vojno je končala britansko vladavino v Malaji. Kasnejša okupacija Malaje, severnega Bornea in Sarawaka od leta 1942 do 1945 je sprožila val nacionalizma. Po japonski predaji iz Malaje zaradi poraza zaveznikov je britanska uprava leta 1946 ustanovila Malajsko unijo, vendar je bila po nasprotovanju etničnih Malajev unija leta 1948 reorganizirana kot Federacija Malaje kot protektoratska država do leta 1957. Na polotoku je Malajska komunistična stranka vzela orožje proti Britanci in napetost je pripeljala do razglasitve izrednega stanja.
12 let od leta 1948 do leta 1960. Resen vojaški odziv na komunistično uporstvo in Balingov pogovor leta 1955 so prinesli neodvisnost Malaje 31. avgusta 1957 z diplomatskimi pogajanji z Britanci. Tunku Abdul Rahman je postal prvi premier Malezije. Leta 1960 se je izredna situacija končala, ko se je zmanjšala komunistična grožnja in njihov umik na meje med Malajo in Tajsko.