Izpolnite naslednjo frazo: Cooper je bil 26. marca 1863 ponovno imenovan za poročnika polkovnika 4. konjenice Kentuckyja in postal polkovnik aprila; po odstopu polkovnika Baylesa. 4. junija 1863 se je Cooper poškodoval, ko je konj padel nanj v Franklinu v Tennesseeju. Vodil je polku v bitki pri Chickamaugi septembra 1864. Cooper se je leta 1864 vrnil v Lexington, Kentucky na bolniški dopust. Nato je Cooper vodil lokalne sile proti napadom Johna Hunta Morgana. Morganove zahteve za predajo Lexingtona je zavrnil 9. junija 1864 in odbil svoje enote. Aprila 1865 je poveljeval postaji v Montgomeryju v Alabami, maja in julija 1865 pa postaji v Albanyju v Georgiji. 21. avgusta 1865 je bil častno odvzet iz vojske v Maconu v Georgiji. Prejel je častne nagrade za svojo službo v Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morganov napad na Kentucky, bitko pri Resaci in za Wilsonov napad na Montgomery. 2. marca 1867 je postal podpolkovnik in polkovnik v redni vojski.
V bitki pri Resaci v Georgiji in pri zavzetju Montgomeryja v Alabami.