Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Do 18. stoletja je upadanje proizvodnje srebra in gospodarska diverzifikacija močno zmanjšala kraljevski dohodek. V odgovor na to je krona sprejela burbonske reforme, vrsto odlokov, ki so povečali davke in razdelili podpredsedstvo. Novi zakoni so sprožili upor Túpaca Amaruja II.
In druge upore, ki so bili vsi potlačeni. Zaradi teh in drugih sprememb so Španci in njihovi kreolski nasledniki monopolizirali nadzor nad zemljo in si vzeli veliko najboljših zemljišč, ki so jih zapustili zaradi množičnega iztrebljanja domačih prebivalcev. Španci pa se niso upirali portugalski širitvi Brazilije čez meridian. Tordesilska pogodba je bila med letoma 1580 in 1640, ko je Portugalsko nadzirala Španija, brez pomena. Potreba po olajšanju komunikacije in trgovine s Španijo je privedla do razčlenitve podkraljevstva in ustvarjanja novih podkraljevstev Nove Granade in Rio de la Plata na račun ozemelj, ki so tvorili podkraljevstvo Peruja; to je zmanjšalo moč, ugled in pomen Lime kot podkraljevske prestolnice in premeščalo donosno andsko trgovino v Buenos Aires in Bogoto, medtem ko je padec rudarstva in tekstilne proizvodnje pospešil postopno propadanje podkraljevstva Peruja.