Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Bonucci je sezono začel z zmago Supercoppa Italiana 2012
Z Juventusom. V Ligi prvakov je debitiral proti Chelseu v skupinski fazi in v oktobru 2012 v remisiji 1<unk>1 zadal prvi gol v tekmovanju proti Šaktaru Donecku. Decembra 2012 je bil Bonucci kritiziran zaradi potapljanja v tekmi proti Palermu, ki so jo številni novinarji opisali kot "najhujši potop v zgodovini". Sodnik ga je med tekmo prijavil, nato pa so mu oblasti izrekle prepoved ene tekme in kazen 2000 evrov. Juventus je sezono končal s osvojitvijo naslova Serie A leta 2012/13.