Ottaviani je bil eden od kardinalov, ki so sodelovali na papeškem konklavu leta 1963.
, ki je za papeža Pavla VI. izbral Giovannija Battisto Montinija. Bil je tudi "protodiakon" (starejši kardinal-diakon) med konklavo in kot tak je napovedal Montinijevo izvolitev in ga 30. junija krunal s triregnumom.