Po njihovi zmagi v bitki pri Heliopolisu julija 640 in naknadni kapitulaciji Aleksandrije novembra 641 so arabske čete prevzele to, kar je bila rimska provinca Egipt. Novoinstalirani bizantinski cesar Konstans II. je bil odločen, da ponovno zavzame deželo, in je ukazal veliko floto, da prepelje čete v Aleksandrijo. Te čete pod Manuelom so mesto presenetile iz svoje majhne arabske garnizone proti koncu leta 645 v amfibijskem napadu. Leta 645 so Bizantinci tako začasno osvojili Aleksandrijo. Amr je bil v tistem času morda v Meki in je bil hitro pozvan, da poveljuje arabskim silam v Egiptu.
Aleksandrija