Lowry je poveljeval vojaški transportni parnici George Peabody, ki je izkrcala vojake med bitko pri Hatteras Inlet Batteries.
Avgusta 1861. Nato je od oktobra 1861 do februarja 1862 poveljeval topniku in kot del eskadrilje za blokado severnega Atlantika sodeloval v operacijah pri Severni Karolini, novembra potopil tri blokade pri vhodu v zaliv Ocracoke, nato pa februarja 1862 zajel sovražnikove utrdbe na otoku Roanoke in nato sodeloval pri naknadnem zajetju mesta Elizabeth.