Izpolnite naslednjo frazo: Ko se je država Mississippi ločila tik pred začetkom državljanske vojne, je Barksdale odstopil iz kongresa, da bi postal generalni pomočnik in nato generalni četrtnik milicije Mississippija, z činom brigadnega generala, z datumom 1. marca 1861. 1. maja je bil imenovan za polkovnika 13. pešadijske divizije Mississippi, ki jo je vodil v prvi bitki pri Bull Runu in bitki pri Ball's Bluff v oktobru. Naslednje pomlad je s svojim polkom odšel na polotok Virginia in se boril v kampanji za polotok in v bitki sedem dni. Ko je bil njegov poveljnik brigade, brigadni general Richard Griffith, smrtno ranjen na
Bitka pri Savage's Station 29. junija 1862 je Barksdale prevzel poveljstvo brigade in jo vodil v junaškem, vendar krvavem in zamanem napadu v bitki pri Malvern Hill. Brigada je postala znana kot "Barksdalejeva brigada Mississippi". 12. avgusta 1862 je bil povišan v brigadni general.