Po izbruhu vojne z Japonsko se je Allen vrnil v Avstralijo marca 1942 in avgusta prevzel vodstvo operacij proti
Japonci napredujejo vzdolž Kokoda Track. Čeprav je bil uspešen, je Allen kljub temu doživel, kar mnogi štejejo za nepošteno kritiko od poveljnika zavezniških sil v jugozahodnem območju Tihega oceana, ameriškega generala Douglasa MacArthura in poveljnika zavezniških kopenskih sil, avstralskega generala Sir Thomasa Blameyja, ker se je premikal prepočasi pri zasledovanju Japoncev čez Owen Stanley Ranges. 29. oktobra 1942 je bil razrešen poveljstva. Sledila so manjša imenovanja, toda oktobra 1944 je Blamey priporočil, da bi bil Allen imenovan za viteza poveljnika reda Britanskega cesarstva, čeprav Allen nikoli ni bil imenovan.