V juliju 1813 je general Nariño, ki ga je motivirala zmaga nad federalisti, začel intenzivno vojaško kampanjo proti preostalim španskim in kraljevskim silam na jugu, z namenom, da doseže Pasto in sčasoma Quito. Nariñove sile, znane kot vojska juga, ki je šteje 1500 do 2000 mož, je uspelo zajeti Popayán januarja 1814, vendar so bili popolnoma poraženi v Pastu maja 1814, Nariño pa je bil aretiran in nato poslan v kraljevsko zapor v Cádizu preko Quita. Federalisti so to izkoristili za napad na Bogoto, kar je generalu Simónu Bolívaru iz Združenih provinc omogočilo, da je decembra 1814 prisililil pogoje. Toda sredi leta 1815 je Pablo Morillo prispel z veliko špansko vojsko in ponovno podredil regijo
od takrat obnovljen Ferdinand. Morillova vojna je 6. maja 1816 dosegla vrhunec z zavzetjem Santaféja.