Napisati nadaljevanje za ta odstavek - 4. marca 2017 je Aubameyang za drugo sezono zapored presegel 20 golov v Bundesligi z dvema goloma v porazu Bayer Leverkusena s 6 proti 2. Štiri dni kasneje je v zmagi nad Benfico s 4 proti 0 dosegel hat-trick, s čimer je Dortmundu omogočil vstop v četrtfinalne tekme Lige prvakov. 20. maja je Aubameyang zadal dva gola v zadnjem dnevnem porazu Borusije proti Werder Bremenu in sezono končal kot najboljši strelec v Bundesligi z 31 goli. V finalu
27. maja 2017 je zadal zmagovalni gol, ki ga je Dortmund zadal s penaltim, ko je Dortmund premagal Eintracht Frankfurt 2-1.