Napredoval je tudi v obrambi portugalskih čezmorskih ozemelj v Afriki, Aziji in Oceaniji. Čeprav je bilo pomorskih in vojaških sredstev vedno malo za tako veliko število ozemelj, je bilo še vedno mogoče ohraniti celovitost velike večine njih. Glavna izjema je portugalski Timor, ki so ga decembra 1941 zasedli avstralske in nizozemske sile, domnevno zato, da bi ga branili pred morebitno japonsko invazijo. Po protestih portugalske vlade je bil dosežen sporazum, v katerem so se zavezniške sile umaknile s portugalskega ozemlja po prihodu portugalskih vojaških okrepitev, ki so bile poslane iz Mozambika na krovu aviso in transportne ladje "João Belo". Februarja 1942, ko so bile portugalske okrepitve še vedno na poti, so Japonci uporabili izgovor avstralske in nizozemske invazije za napad na portugalski Timor, presenetili zavezniške sile in jih prisilili, da se umaknejo v gore. To se je razvilo v bitko za Timor.
, ki se je boril od 1942 do 1945.