Julija 1861 je polkovnik J. W. Bissell ustanovil polk, znan kot Inženirski polk zahoda, ki so ga rekrutirali predvsem v državah Illinois in Missouri, Henry Flad pa je postal kapitan kompanije B. Avgusta istega leta ga je general Frémont, ki je bil takrat poveljnik v St. Louisu, imenoval za služabnika pri gradnji utrditev na Cape Girardeau v Missouriju, kjer je ostal več mesecev. Kasneje v letu, ko je Frémonta nasledil general Halleck, je kapitanu Fladu ukazano, da se pridruži generalu Popeju v jugovzhodnem Missouriju in je služil kot uradnik v New Madridu in Point Pleasantu ter pri zasedbi otoka številka deset, po katerem se je ponovno pridružil svojemu polku v New Madridu. Bil je s svojim polkom v Fort Pillow in Pittsburgh Landing.
in v operacijah pred Korinthom. Poleti 1862 je popravljal železnico Mobile in Ohio, gradil je utrdbe v Korintu in popravljal železnico Mississippi Central. Sodeloval je tudi pri Grantu na Grenadi. Februarja 1863 so ga poslali v Young's Point, kjer je bil zaposlen kot inženir, kot je bil kasneje v Baxter Bayou, Lake Providence in Bayou Macon.