Marca 1933, samo tri mesece po tem, ko je Adolf Hitler postal kancler, je Eisner pobegnil iz Berlina v Pariz, kjer je živela sestra. Tu je živela negotovo, pri čemer je sprejela vsako službo, ki jo je našla (prevajanje, varuška itd.), in kadarkoli je bilo mogoče, delala kot samostojna filmska kritičarka za različne mednarodne revije in časopise. Leta 1940 so jo ujeli v prvi "Rafle du billet vert" in odpeljali v Vel d'Hiv.
S stotinami drugih samskih judovskih žensk. Od tam so jih prepeljali v taborišče Gurs v Pirenejih, koncentracijsko taborišče, ki so ga vodili Francozi za Nemce. Po nekaj mesecih je uspela pobegniti in odpotovala v Montpellier, kjer se je za kratek čas vpisovala kot študentka, preden je našla pot v Rodez in k pastorju Exbrayat, ki ji je pomagal pridobiti ponarejene dokumente - postala je Louise Escoffier iz regije Alzacija. Ostal je v stiku z Henrijem Langloisom, ki je bil v Parizu in je skrival pločevinke po državi, da jih je izognil nacistom. Eden takih krajev je bil blizu Figeaca v osrednji Franciji, v kleti Château de Béduer. Langlois je naročil Eisnerju, naj gre tja, da bi ohranil filme (vključno z "Veliki diktator"). Eisner je to dosegel v ledenem mrzlu za mesec dni, preden mu je zmanjkalo denarja. Ker je potrebovala pomoč, je uspela dobiti službo v ženski šoli v Figeacu. Ker je bila slabo obravnavana, je začela učiti nemščino španskim dekletom, ki so živele pri domači učiteljici Madame Guitard, ki jo je sprejela; tam je ostala do osvoboditve Pariza konec avgusta 1944.