Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Ime je dobila po očetovi tetki po materi, cesarici svetega rimskega cesarstva Eleonori, ki je bila tudi njena botra. Poroka Eleonorinih staršev je bila sklenjena z namenom, da bi okrepila trditve Neverske veje hiše Gonzaga na vojvodstva Mantova in Montferrat, ko bi glavna linija izumrla. Neverski vojvoda, vazal Kraljevine Francije, se je moral soočiti z nasprotovanjem Ferranta II. Gonzaga, vojvode Guastalle, ki je računal na podporo Svetega rimskega cesarstva, Kraljevine Španije in vojvodstva Savoja in tako začel vojno za nasledstvo Mantove
, v katerem dojenček Eleonora s svojimi starši in starejšim bratom Charlesom zapusti Mantovo, vendar se vrne eno leto kasneje po podpisu Cheraskovske pogodbe (19. junija 1631), v skladu s katero so bile priznane pravice vojvode Karla Neverskega nad vojvodstvi Mantove (kot najbližji moški sorodnik izumrle glavne linije hiše Gonzaga) in Montferrata (zaradi zakona njegovega dediča z Marijo Gonzago, zadnjim preživelim potomcem glavne linije Gonzaga in dedičico tega vojvodstva, ki je bilo dokazano dedljivo z ženskami, saj so ga Gonzage pridobile s poroko z Margherita Paleologa leta 1540); vendar je en mesec kasneje (30 avgusta 1631), Eleonorin oče umrl zaradi tuberkuloze in začela se je serija političnih konfliktov med vojvodom Karlom in njeno snaho, ki se je končala z izgonom Margarete Savoy (Marijine matere) iz Mantue.