O'Neill je umrl v Italiji, v Rimu, 20. julija 1616 in je bil pokopan v cerkvi San Pietro in Montorio. V devetih letih izgnanstva je aktivno načrtoval vrnitev na Irsko, pri čemer se je na različne načine poigraval tako s shemami, da bi izginil angleško oblast, kot tudi s predlaganimi ponudbami odpuščanja iz Londona. Ko je nekdanji kronski lojalist, sir Cahir O'Doherty, sprožil O'Dohertyjev upor z gorevanjem Derryja,
Leta 1608 je vzbudila upanje na vrnitev, vendar je bil upor hitro poražen. Oghy O'Hanlon je bil Hughov nečak in je igral glavno vlogo v O'Dohertyjevem uporu. Kot glavnega voditelja upornikov je Sir Arthur Chichester Oghyju O'Hanlonu odvzel dediščino in ga je morda pred izgnanstvom v Švedsko vzel v zaščitni pripor. O'Hanlona so prisilili v švedsko vojaško službo in mu grozili z usmrtitvijo, če bi se upiral.