Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Ko se je država Mississippi ločila tik pred začetkom državljanske vojne, je Barksdale odstopil iz kongresa, da bi postal generalni pomočnik, nato pa generalni četrtnik milicije Mississippija, z činom brigadnega generala, z datumom 1. marca 1861. 1. maja je bil imenovan za polkovnika 13. pešadijske divizije Mississippi, ki jo je vodil v prvi bitki pri Bull Runu in bitki pri Ball's Bluff v oktobru. Naslednje pomlad je s svojim polkom odšel na polotok Virginia in se boril v kampanji za polotok in v bitki sedem dni. Ko je bil njegov poveljnik brigade, brigadni general Richard Griffith, smrtno ranjen v bitki pri Savage's Station
29. junija 1862 je Barksdale prevzel poveljstvo brigade in jo vodil v junaški, vendar krvavi in zaman napad v bitki pri Malvern Hill. Brigada je postala znana kot "Barksdalejeva brigada Mississippi". 12. avgusta 1862 je bil povišan v brigadni general.