Po osamosvojitvi leta 1956 je Sudan trpel zaradi številnih notranjih sporov zaradi političnih, etničnih in verskih vprašanj. Leta 1983 so se revolucionarji in separatisti iz pretežno krščansko-animizma južnega dela države združili in začeli upor proti vladi, ki je bila tradicionalno pod prevlado muslimanskih elit s severa. Uporniki so se organizirali kot "Sudanska ljudska osvobodilna vojska" (SPLA) pod vodstvom Johna Garanga in upor je sčasoma eskaliral v polno državljansko vojno, ki je prizadela tudi vzhod in zahod Sudana. Pogajanja med vlado in SPLA so skoraj privedla do mirne rešitve konflikta, vendar so se končala po državnem udaru leta 1989.
ki je na oblast pripeljala Nacionalno islamsko fronto (NIF) pod Omarjem al-Bashirjem. Novi režim se je borbeno nasprotoval vsakemu kompromisu in bil odločen, da popolnoma zdrobiti SPLA in vse druge opozicijske skupine. Nasledilo je stopnjevanje nasilja.