Malagridin vpliv na lisbonskem dvoru je doživel močno sovraštvo predsednika vlade, Carvalha, bodočega markiza Pombal. Carvalho je poskušal obnoviti Lizbono po
Potres leta 1755, za katerega je Malagrida govoril, da je kazen pravičnega Boga nad grešnim ljudstvom. Carvalho je zameril implicitno kritiko vlade in prepričal kralja Joseja, naj novembra 1756 izgone Malagrido v Setúbal in odpravi vse jezuite s sodišča.