Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Dva meseca pred svojim 29. rojstnim dnem, je J. Wallace Scott postal eden od prvih, ki so se odzvali na poziv predsednika Abrahama Lincolna za prostovoljce, da branijo Washington, D.C. po padcu Fort Sumterja v konfederacijsko vojsko aprila 1861. Po prijavi za vojaško službo v West Chesterju 4. junija 1861 se je vpisal kot vojak v kompanii A 1. rezervnega polka Pensilvanije (znan tudi kot 30. prostovoljna pešnica Pensilvanije). S svojimi možmi je v avgustu 1861 ujel dva sovražnikova vagona, medtem ko je bil dodeljen na picket dolžnosti vzdolž železniške proge Annapolis v Virginiji. Kolesa, ki sta jih vlečila po dva konja, so bila natovorjena z zlatom in svilom v vrednosti 5.000 dolarjev, namenjenimi za uporabo v vojaških uniformah in zastavah CSA, pa tudi s quininom, namenjenim zdravnikom CSA. Z njegovim polkom je sodeloval v bitkah sedem dni blizu Richmond, Virginia od 25. junija do 1. julija 1862, vključno z bitkami pri Beaver Dam Creek (26. junija), Gaines's Mill (27. junija), Savage's Station
(29. junij), Glendale (30 junij) in Malvern Hill (1. julij), nato se je boril v drugi bitki pri Bull Runu (28. avgust 30), bitkah pri South Mountain (14. september) in Antietamu (17. september). Napredoval je v čin narednika, 23. oktobra pa je bil častno odpuščen, da bi prevzel novo funkcijo v drugem regimentu.