Do takrat, ko so Margaret, njen sin in snaha (Anne) pripravljeni slediti Warwicku nazaj v Anglijo, so se mize spet obrnile v korist Yorkistov, grof pa je bil poražen in ubit v bitki pri Barnetu.
14. aprila 1471. Margareta je bila prisiljena voditi svojo vojsko v bitki pri Tewkesburyju 4. maja 1471, v kateri so bile poražene Lancasterjeve sile in je bil ubit njen sedemnajstletni sin Edvard Westminsterski. Okolnosti Edvardove smrti niso bile nikoli razjasnjene; ni znano, ali je bil ubit v dejanskih spopadih ali pa ga je po bitki usmrtil vojvoda Clarence. V preteklih desetih letih je Margherita postala znana po agresivnosti in neusmiljenosti, toda po porazu v Tewkesburyju in smrti edinega sina je bila popolnoma zlomljena. Po bitki, ko jo je William Stanley ujel, je bila Margaret zaprta na ukaz kralja Edwarda. Najprej so jo poslali v grad Wallingford, nato pa so jo premestili v bolj varno Tower of London. Henrik VI. je bil po Tewkesburyju tudi zaprt v Towerju in je tam umrl v noči 21. maja; vzrok njegove smrti ni znan, čeprav so sumili na kraljevski umor. Leta 1472 je bila v skrbništvu svoje nekdanje dvorne gospe Alice Chaucer, vojvodinje Suffolk, kjer je ostala, dokler je leta 1475 Louis XI.