V ameriški državljanski vojni je Geddes služil v vojski Unije. Napredoval je v kapitana in nato podpolkovnika, po februarju 1862 pa v polkovnika prostovoljcev. Sodeloval je v bitkah na
V Shiloh, kjer je bil ranjen in ujet. Nekaj časa je bil zaprt v Madisonu v Georgiji in v zaporu Libby v Richmondu v Virginiji. Po zamenjavi se je boril pri Vicksburgu in Jacksonu. Oktobra 1863 je dobil poveljstvo brigade in bil poslan v Brownsville v Teksasu. Kasneje je služil kot provost maršal zvezno zasedenega Memphisa v Tennesseeju, ki ga je rešil pred zasegom konfederacijske konjenice pod Nathanom Bedfordom Forrestom. Poveljal je brigadi v mobilni kampanji in se je z odlikami boril v bitki za špansko utrdbo. 13. januarja 1866 je predsednik Andrew Johnson nominiral Geddesa za imenovanje v čin brevetnega brigadnega generala prostovoljcev, za čin od 5. junija 1865, senat Združenih držav pa je imenovanje potrdil 12. marca 1866.