Januarja 1942 je Houghton postal drugi poveljnik 40. commando in sodeloval pri neuspešnem napadu na Dieppe.
19. avgusta 1942. Kot večina njegove enote, so ga Nemci ujeli v fiasku. Kot vojni ujetnik je bil Houghton priklenjen 411 dni in ostal v ujetništvu do konca vojne. Kasneje je bil nagrajen z vojaškim križem za pogum pri Dieppeu in za njegovo vzdržljivost kot vojni ujetnik.