Ko je izbruhnila državljanska vojna, je bil Kirkland prvotno imenovan za kapetana v vojski Konfederacije, nato pa je bil izvoljen za polkovnika 11. prostovoljcev Severne Karoline, kasneje imenovan za 21. Severne Karoline, junija 1861. Vodil je svojemu polku v prvem Manassasu kot del brigade brigadnega generala Milledgeja Bonhama, vendar ni bil bistveno angažiran. Oktobra je bil 21. North Carolina priključen brigadi Isaaca Trimbleja, naslednje pomlad pa je sodeloval v Stonewall Jacksonovi kampanji v dolini Shenandoah. Kirkland je bil med prvo bitko pri Winchesterju ustreljen v oba stegna.
, ki ga je izven akcije za več mesecev. Med okrevanjem je bil Kirkland vodja osebja Patricka Cleburnea med kampanjo v Murfreesborou decembra 1862.