Gibbon je bil spet poveljnik 2. divizije med vojaškim pohodom generala Granta maja in junija 1864. Videl je bitke v Wildernessu, Spotsylvaniji in Cold Harboru. 7. junija 1864 je bil povišan v major generala prostovoljcev. Gibbon je bil med naslednjim obleganjem Petersburga (od junija 1864 do aprila 1865) razočaran, ko so njegove enote zavrnile boj na postaji Ream
Avgusta 1864. Pred odhodom na bolniški dopust je kratek čas poveljeval XVIII. korpusu, vendar je bila njegova služba preveč dragocena, zato se je vrnil, da bi poveljeval novoustanovljenem XXIV. korpusu v Jamesovi vojski. Njegove enote so pomagale doseči odločilni preboj v tretji bitki pri Petersburgu aprila 1865, ko so zavzele Fort Gregg, del obrambnih obramb Konfederacije. Med kampanjo Appomattox je pomagal blokirati pobeg konfederacije v bitki pri Appomattoxu, kar je privedlo do predaje generala Leeja. Bil je eden od treh komisarjev za konfederacijo.