Napišite nadaljevanje tega odstavka - O izbruhu grško-italjske vojne
Leta 1940 sta Karouzou in njen mož (skupaj z drugimi arheologi, muzejskimi stražarji in njihovimi družinami) shranila zbirke muzeja v varnost med drugo svetovno vojno. Karouzou se je kasneje spomnil, da je "z ponosom za naše ljudstvo, da sem bil prepričan, na koncu vojne, ko so odprli škatle in starodavnosti prejeli, kljub smrtno nezadostnemu nadzoru [proces pakiranja] ni bil niti en sam zlati predmet, noben dragocen dragulj ni manjkal". Ko je nemška vojska leta 1941 zasedla Atene, so bili Karouzousovi edini arheologi v Grčiji, ki so v znak protesta umaknili svojo članstvo v Nemškem arheološkem inštitutu. Po koncu druge svetovne vojne so bili odgovorni za ponovno namestitev muzejskih zbirk, pri čemer so uporabili kataloge, ki jih je naredil Karouzou; ta ponovna namestitev je bila dokončana leta 1947.