Linscott je bil imenovan za častnika za operacije in usposabljanje v osebju amfibijske sile, atlantske flote pod generalmajorjem Hollandom Smithom in leta 1941 povišan v čin polkovnika. Po vstopu Združenih držav v drugo svetovno vojno je bil Linscott junija 1942 poslan v Južni Pacifik in dodeljen osebju poveljnika amfibijske sile Južni Pacifik pod vodstvom viceadmirala Richmond K. Turnera. Linscott je bil imenovan za pomočnika načelnika osebja in je sodeloval v več večjih kampanjah v
Salomonovi otoki, Nova Georgia, Bougainville in Gilbertovi in Marshallovi otoki. Ostal je v Turnerjevem osebju po preimenovanju Amfibijske sile Južni Pacifik v Tretjo amfibijsko silo in se je v tej vlogi odlikoval. Kasneje je za svojo službo prejel dve nagradi Legije za zasluge.