Otok so osvojili Japonci v začetku leta 1942. Južno ravnino Morotai so zasedli ameriški vojaki septembra 1944 med bitko pri Morotaiju.
, in uporabljena kot postajališče za zavezniško invazijo na Filipine v začetku leta 1945 in Bornea maja in junija istega leta. Japonski vojak Teruo Nakamura je bil odkrit v džungli Morotai leta 1974, kot eden od japonskih vojakov iz druge svetovne vojne, ki so se vzdržali po predaji japonske vojske.