Murtaugh je želel prevzeti mesto vodje, ko je bil Larry Shepard odpuščen. Ko je bil zdravniško očiščen, je spet postal kapitan Piratov. (Le nekaj ur po tem ponovnem zaposlitvi 9. oktobra je Don Hoak, njegov tretji bejzmen na prvakov svetovnih serij leta 1960 in vodja v sistemu Piratesovih kmetij leta 1969, umrl zaradi srčnega napada, potem ko je verjel, da je vodilni kandidat za vodenje matičnega kluba.) Njegova prva dva kluba sta leta 1970 in 1971 osvojila naslov vzhodne divizije. Čeprav je ekipa padla v tej sezoni v seriji prvenstva v nacionalni ligi v Cincinnati Reds, so Murtaughovi Pirati leta 1971 premagali San Francisco Giants v NLCS
in nato osvojil svetovno serijo leta 1971 z nepozabnim povratkom iz poraza dveh iger proti favoritu Baltimore Orioles. Ta svetovna serija je bila zaznamovana z briljantnim nastopom prihodnjega bejzbolskega slavnega igralca Roberta Clementeja, ki je udaril.414 z 12 udarci in vodil svojo ekipo na prvenstvo.