Po vojni je Mackay študiral fiziko na Univerzi v Cambridgeu pod vodstvom Ernesta Rutherforda, nato pa se je vrnil v Avstralijo in tam opravljal staro delo predavatelja na Univerzi v Sydneyju. Od leta 1933 do 1940 je bil ravnatelj Cranbrook School v Sydneyu. Med dvema vojnama je ostal v miliciji in je bil major general, ko je izbruhnila druga svetovna vojna. Leta 1940 je bil izbran za poveljnika 6. divizije in jo vodil skozi prve bitke avstralske vojske v vojni. Kakršen koli dvom o njegovih sposobnostih je kmalu izginil z zavezanostjo divizije kampanji za zahodno puščavo. V času
Bitka pri Bardiji januarja 1941, 6. divizija je zajela utrjeno mesto skupaj s 36.000 italijanskih ujetnikov. V bitki za Grčijo je postal edini avstralski general, ki se je v bitki soočil z "Waffen-SS". V Grčiji je pretrpel vrsto neuspehov, vendar je vojsko, ki je bila pod njegovim poveljstvom, navdušil s svojim pogumom pod ognjem. Leta 1941 je bil poklican v Avstralijo, da bi služil kot generalni častnik, poveljnik domačih sil. 6. aprila 1942 je prevzel poveljstvo nad drugo armado. Leta 1943 je dvakrat poveljeval novogvinejskim silam v bitkah v novi gvinejski kampanji. Njegova aktivna služba se je končala z njegovo imenovanjem za visokega komisarja v Indiji novembra 1943.