Sebottendorf se je rodil v Luksemburgu v Avstrijski Nizozemski 17. julija 1740 od staršev Oberst (polkovnik) Johann Moritz Sebottendorf van der Rose (d. 1760) in Maria Anna Bodek von Ellgau (mr. 1791). Po vojaških študijih na akademiji v Wiener-Neustadtu se je leta 1758 pridružil avstrijski pešadijski polk "Waldeck" št. 35. V času vojne za bavarsko nasledstvo
Postal je stotnik. Leta 1779 so ga obtožili strahopetnosti, nato pa so ga izpustili. Leta 1784 je postal major, marca 1787 pa oberst-leutnant in oktobra 1787 pa oberst.