Od julija 1863 do januarja 1864, ko se je okreval od ran, je služil v osebju guvernerja Ohia Davida Todja in vodil enote milicije Ohia v odziv na Morganov napad. Kasneje je poveljeval 3. brigadi 4. divizije XXIII korpusa v Kentuckyju in Tennesseeju in sodeloval v Shermanovi kampanji v Atlanti v bitkah pri Rocky Face Ridge in Resaca.
-Kaj? Runkle je bil 21. julija 1864 častno izpoklican in 29. avgusta 1864 je bil imenovan za poročnika polkovnika v rezervnem korpusu veteranov, kjer je poveljeval 21. polku, dokler se vojna ni končala.