Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Kljub nezanesljivem in nekonkurenčnem avtomobilu, je Alonso leta 2016 vozil za McLaren, potem ko je Denisu rekel, da ne bo šel na sabbatical. Rekel je, da je motiviran, da izboljša svojo obliko. V prvi dirki sezone je Alonso zadel zadnje kolo Haasa Estebana Gutierreza. Doživel je bočno upočasnitev, preden se je cev vozila obrnila za 540 stopinj in počivala. Zaradi majhnega pnevmotoraxa na pljučih in manjših zlomov reber je zamudil Bahrainsko Grand Prix.
Iz zdravstvenih razlogov ga je zamenjal rezervni voznik McLarena, Stoffel Vandoorne, ki mu je pomagal. Alonso je petnajstkrat presegel svojega moštvenika Jensona Buttona in devetkrat zadel točke. Njegov najvišji rezultat je bil par petih mest na dirki in je zadel najhitrejši krog na dirki. Alonso je s 54 točkami končal na desetem mestu prvenstva voznikov, kar je znatno izboljšanje v primerjavi z letom 2016.