Izpolnite naslednji stavek: 13. julija 2011 je bilo objavljeno, da bo Jonathan zapustil Santos, da bi treniral z velikani Serie A Interom v Milanu, dokler se ne dokonča prenos. Dva dni kasneje, 15. julija, je uradno postal igralec Interja in podpisal štiriletno pogodbo. Jonathan je v Interu debitiral 11. septembra 2011 v drugem tednu sezone.
2011<unk>12 Serie A, igra celotnih 90 minut v porazu 4<unk>3 proti Palermu. Tri dni pozneje je Jonathan debitiral v Ligi prvakov in igral celotno tekmo na prvi dan tekme proti turški ekipi Trabzonspor v porazu 0:0 na San Sirou.