Po osamosvojitvi Mehike leta 1821 je velika skupina španskih vojakov še naprej zasedala San Juan de Ulúa do leta 1825. To je bilo zadnje mesto v nekdanji koloniji Nove Španije, ki so ga imeli Španci, novembra 1825 pa se je predalo mehiškemu generalu Miguelu Barragánu. Predsednik Vicente Guerrero je ukaz o izgonu utemeljil z neuspelim poskusom ponovnega osvajanja Mehike. Od takrat je San Juan de Ulúa služil kot vojaški in politični simbol mehiškega odporu proti tujim invazijam in okupacijam, zahvaljujoč večim, ki so se zgodile v devetnajstem stoletju. Leta 1836 so Francozi bombardirali trdnjavo v bitki pri Veracruzu med pekarsko vojno, ki je nastala zaradi spora med francoskim državljanom v Mehiki, ki je iskal odškodnine za svojo domnevno poškodovano pekarno. Med mehiško-ameriško vojno so Združene države oblegovale trdnjavo.
Francoska vojska je med vojno, ki je bila posledica spora o teksaški republiki, za kratek čas okupirala mesto, ko so leta 1863 postavili Maksimilijana I. za cesarja Mehike. Velik del devetnajstega stoletja je trdnjava služila kot zapor, zlasti za politične zapornike, za katere se je štelo, da so nasprotniki vlade. Veliko uglednih mehiških politikov je tu preživelo čas, ko niso bili na oblasti.