Napisati nadaljevanje za ta odstavek - 16. septembra 2008 je Puyol v tekmi v skupinski fazi Lige prvakov proti Sportingu CP za Barcelono odigral svoj 400. nastop. V ligi je kljub težavam z poškodbami igral 28 tekem in pomagal zmagati še en naslov. Njegov edini gol je prišel proti Real Madridu v "El Clásicu" na Santiago Bernabeu 2. maja 2009, ki se je končal z glasno zmago 6 proti 2, in praznoval svoj gol s poljubljanjem katalonske zastave pred besnimi navijači Madrida. Bil je ključnega pomena za zmago Copa del Rey 2009, Lige prvakov 2009 in UEFA Superpokala 2009.
in na svetovnem prvenstvu za klube 2009, da bi dokončal še nikoli doslej nešteto, ki se je pojavil v skoraj 100 uradnih tekmah.