15. avgusta 1945 so Japonci kapitulirali.
za zavezniške sile. Dva dni kasneje je bila razglašena deklaracija o neodvisnosti Indonezije. Maluku je bil razglašen za eno od provinc Republike Indonezije. Vendar pa je bilo oblikovanje in položaj Malukov v tistem času prisiljeno v Jakarti, saj je takoj po predaji Japoncev civilna uprava Nizozemske Indije (NICA) takoj vstopila v Maluku, da bi prevzela nadzor. Nizozemci so Maluku nadzirali do leta 1949, ko so v sporazumih nizozemsko-indonezijske konference okrogle mize Nizozemci priznali suverenost Indonezije. Nizozemci so kmalu zapustili Maluku. Zaradi globokega nezaupanja v indonezijsko vodstvo, ki je bilo pretežno javansko muslimansko, je bila leta 1951 v Ambonu razglašena neodvisna Republika Južni Moluki (indonezijsko: RMS, Republik Maluku Selatan), ki so jo podpirali Nizozemci. RMS je imel močno podporo nekdanjih molukanskih kolonialnih vojakov. Posledica tega je bila, da so indonezijske sile napadle Maluku, da bi uničile separatiste. Glavno oporišče uporniške skupine RMS na Ambonu so novembra 1950 porazile indonezijske sile, medtem ko je na otoku Seram do leta 1962 nadaljeval gverilski boj v manjšem obsegu. Poraz na Ambonu je povzročil beg samoizglašene vlade RMS z otokov in oblikovanje vlade v izgnanstvu na Nizozemskem. Naslednje leto je okoli 12.000 molukanskih vojakov skupaj s svojimi družinami odpotovalo na Nizozemsko, kjer so ustanovili "Republiko južnih Moluk" v vadi.