Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Leta 1365<unk>66 in 1384<unk>85 je mesto služilo kot zatočišče za konstanškega škofa, ko je bil izgnan iz Konstance. Pred letom 1324 in med letoma 1371 in 1386 je bilo mesto zastavljeno zunanjim lastnikom kot zavarovanje za posojilo. Od leta 1359 do 1403 je bil grad v lasti domačinov. Leta 1374 so bili oproščeni vojnega davka. Episkopska vladavina je bila oslabljena s prehodom suverenosti iz Habsburgov v okrožje Baden leta 1415. Zaradi svoje lokacije na verski meji je Kaiserstuhl predstavljal pomemben mostni pogon za katoliške regije. V prvi vojni pri Villmergenu leta 1655/56 in v vojni pri Toggenburgu
(ali Druga vojna Villmergen), leta 1712 je vas zasedla Zürich. V času verskih sporov je bil promet v Kaiserstuhl prisiljen prečkati Ren na območjih, ki jih je nadzoroval Zürich. Ker mesto ni imelo pravice obdavčiti ladijskega prometa na Renu, je ta izguba kopenskega prometa mesto stalo večino carinskih prihodkov. Vendar pa je mesto ostalo uspešno zaradi vinogradništva in živinoreje, preko kreditov in bančništva ter preko tujih služb. Ta blaginja se odraža v veličastnih hišah, ki so bile zgrajene v tem obdobju. (Gasthaus zur Krone leta 1550, upravna dvorana samostana sv. Blaze leta 1563 in 1612, in "Marschallhaus" leta 1764). Zgradbe, ki so Kaiserstuhl omogočile, da je deloval kot regionalno središče, so bile na desnem bregu Rena in so bile izgubljene leta 1798 z ustanovitvijo Badenskega kantona. Po uničenju mostu s strani Francozov leta 1799 je čezmejni promet skozi Kaiserstuhl skoraj dve desetletji prenehal.