Po izbruhu druge svetovne vojne se je Honner 24. oktobra 1939 vpisal v drugo avstralsko cesarsko vojsko (2nd AIF). Decembra 1939 je prevzel poveljstvo nad C-kompanijo 2. 11. bataljona, zahodno avstralskega pešskega bataljona, z činom kapitana. Honner in njegov bataljon so aprila 1940 odpluli na Bližnji vzhod in prispeli naslednji mesec. Po usposabljanju v Palestini se je Honnerjeva četa začela boriti v bitkah zahodnega puščave proti Italijanom pri Bardiji.
, Tobruk in Derna, preden so bili poslani v Grčijo po nemški invaziji aprila 1941. V Grčiji je Honner vodil svoje može skozi vrsto bojnih umikov, ko so jih potisnile močnejše nemške sile. Kasneje so jih evakuirali na Kreto, kjer so sodelovali v težkih spopadih okoli Retima. Honner je nato vodil skupino čez otok, da bi se izognili ujetništvu, in po srečanju z podmornico Kraljeve mornarice so bili evakuirani v Aleksandrijo. Kasneje je bil povišan v majorja in za vodstvo med bojem okoli Termopil v prejšnji grški kampanji je bil nagrajen z vojaškim križem.