Leta 1861, ob izbruhu ameriške državljanske vojne, se je Twitchell vpisal v 1. četo 4. pešadije Vermonta. Ko je polk prispel v Washington, D.C., da bi opravljal stražo in dokončal usposabljanje za pripravo na boj, je bil Twitchell dodeljen kot njegov pisar. Napredoval je v desetnika, narednika in prvega narednika. Leta 1862 je sodeloval pri obleganju Yorktown in bil trikrat ranjen v bitki pri Lee's Mill, vendar ni bil resno ranjen. Sodeloval je v dodatnih bojih s 4. Vermontom, vključno z bitko pri Savage's Station
in Sedemdnevne bitke.