Od 1983 do 1993 je bil Arafat v Tuniziji in je začel spreminjati svoj pristop od odprtega konflikta z Izraelci do pogajanj. Leta 1988 je priznal pravico Izraela do obstoja in si prizadeval za rešitev izraelsko-palestinskega konflikta na podlagi dveh držav. Leta 1994 se je vrnil v Palestino, kjer se je naselil v Gazi in spodbujal samoupravo za palestinska ozemlja. Z izraelsko vlado je vodil vrsto pogajanj, da bi končal konflikt med njo in PLO. Med njimi je bila tudi Madridska konferenca leta 1991
, sporazumi iz Osla iz leta 1993 in vrh Camp David iz leta 2000. Leta 1994 je prejel Nobelovo nagrado za mir skupaj z Izhakom Rabinom in Šimonom Peresom za pogajanja v Oslu. V tistem času se je podpora Fatahu med Palestinci zmanjšala z rastjo Hamasa in drugih militantnih tekmecev. Konec leta 2004, ko je bila izraelska vojska več kot dve leti dejansko zaprta v svojem kompleksu v Ramallah, je Arafat padel v komo in umrl. Medtem ko je vzrok Arafatove smrti še vedno predmet špekulacij, so preiskave ruskih in francoskih ekip ugotovile, da ni bilo nobenega zločina.