Jackson je svojo kariero v vojski ZDA začel kot poročnik v četu K 1. ameriškega artilerijskega polka, ki je potoval skozi Pensilvanijo, dol po reki Ohio in Mississippi do New Orleansa, od koder so se vojaki odpravili v Point Isabel v Teksasu in bili poslani v mehiško-ameriško vojno od leta 1846 do 1848. Jacksonovemu poveljstvu je bilo naročeno, naj se javi generalu Taylorju in takoj nadaljuje preko Matamorosa in Camarga v Monterey in nato v Saltillo. Pred bitko pri Buena Visti je bilo poveljstvu poročnika Jacksona ukazano, da se umakne iz vojske generala Taylora in se odpravi do ustja reke Rio Grande, kjer jih bodo premestili v Veracruz. Služil je v
Oblega Veracruza in bitke pri Contrerasu, Chapultepeku in Mehiki, s čimer je na koncu dosegel dve promociji in redni vojni čin prvega poročnika. V Mehiki je Thomas Jackson prvič srečal Roberta E. Leeja.