Kmalu zatem je kaodaizem začel pritegniti pozornost različnih političnih akterjev zaradi svojih uporniških idej, zaradi katerih so nekatere njegove frakcije do petdesetih let prejšnjega stoletja sodelovale v oboroženem uporu proti Francozom, Japoncem in komunistom. Posledica tega je bila, da je bila religija demilitarizirana, njeni voditelji zaprti, sledilci pa zatirani v različnih političnih režimih, kar je povzročilo padec njenega vpliva v družbi. Komunisti so po padcu Sajgona prevzeli nadzor.
Leta 1975 se je versko preganjanje kaodaistov povečalo in religija je bila uradno prepovedana. Ker je bil glavni sveti sedež Tây Ninh in druga mesta globoko militarizirana in njihove zunanje verske prakse prepovedane, je skoraj videti, da bo religija izginila brez zaporednih generacij voditeljev, ki bi jo vodili. Mnogi njeni privrženci so za preživetje šli v podzemlje, medtem ko so drugi iskali zatočišče v tujini pred verskim preganjanjem, s čimer so ustvarili diasporne skupnosti v državah po vsem svetu. Po obdobju gospodarske reforme v devetdesetih letih prejšnjega stoletja je kaodaizem uspel oživiti svojo javno prisotnost z ponovno odprtjem svojih templjev, saj je verska prisotnost ponovno pridobila državno legitimnost. Vendar pa je sporna praksa seanse še danes prepovedana.