Medtem je japonsko vrhovno poveljstvo aktiviralo načrt za obrambo Filipinov s kombinirano floto. Japonske vojne ladje so bile razdeljene v štiri skupine. Severna sila je bila zgrajena okrog preostalih letalonosilcev združene flote, ki so bili zdaj brez svojih bojnih letal, in je morala čakati kot zvijača severno od Luzona. Japonska je upala, da bo pritegnila ameriško operativno enoto za hitre letalske ladje do točke, ki je dovolj oddaljena od zaliva Leyte, da bi bila izven delovanja, medtem ko so druge tri cesarske sile, sestavljene iz površinskih bojnih ladij, uničile ameriško ladijsko plovbo, ki je podpirala glavno plažo generalmajorja Douglasa MacArthura na Leyteju. Tako so upali, da bodo ameriški napadalci obtičali na Leyteju.
Kot so bili MacArthurjevi vojaki ujeti na Bataanu pred tremi leti. Najmočnejša od teh površinskih sil je morala prečkati Sibujansko morje, prehoditi San Bernardinov preliv in se s severa spustiti na zaliv Leyte. Druga dva naj bi se pojavila iz ožine Surigao in napadla napadalce v zalivu Leyte z juga.