V Sepangu je ekipa predstavila nadgrajen motor. Alonso je dobil kazen, zaradi katere je padel na zadnje mesto v kvalifikacijah, medtem ko je Button dobil nov motor in kazen v Austinu.
-Kaj? Button je prišel v Q3, z uporabo starejšega motorja cel vikend s 9. Avto je bil dovolj tekmovalen, da je drugič dosegel dvojno točko, saj je Alonso s starim motorjem ponovno dosegel sedmo mesto, medtem ko je Button ostal na devetem mestu. Vendar pa je en teden kasneje v Suzuki, domači dirki Hondy, ekipa doživela najtežjo dirko sezone, saj značilnosti proge niso bile primerne niti za avto niti za motor, kljub temu, da sta oba voznika uporabila posodobljen motor za dirko, kar je povzročilo, da so McLaren premagali Haas, Renault in celo Sauber. Buttonu ni uspelo priti niti v Q2, medtem ko se je Alonso kvalificiral le 15. s Buttonom, ki je izbral nov motor in kazen, namenjeno Austinu, iz strateških razlogov zaradi pomanjkanja konkurenčnosti avtomobila za to dirko in začel zadnji. Brez odstopanja od dirke že drugo leto zapored sta lahko tako Alonso kot Button dosegla le 16. in 18. mesto, kar sta bila njihova najhujša končna mesta (brez odstopanja) v letu 2016.