Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Trdni nasprotnik odziva kanclerke Angele Merkel na migracijsko krizo leta 2010
Seehofer je grozil, da bo vložil uradno pritožbo pri ustavnem sodišču, saj je zgodovinska zveza CDU/CSU prvič ogrožena, da se bo razdelila in tekla drug proti drugemu po vsej Nemčiji, vendar se to ni zgodilo. Je zagovornik zvezne omejitve števila beguncev, ki jih mora nemška vlada sprejeti. Po zgodovinsko slabih rezultatih na zveznih volitvah leta 2017 s kampanjo, ki je bila kritizirana zaradi posnemanja Alternative za Nemčijo, stranka pa je dobila najhujši rezultat od leta 1949 in neuspešno poskušala kandidirati za tretji mandat kot predsednik vlade leta 2018, je bila pod pritiskom svoje stranke odstopila in se namesto tega odločila za prevzem funkcije ministra za notranje zadeve, gradnjo in skupnost (prvotno namenjene Joachimu Herrmannu) v četrti Merkeljevi vladi, da bi oblikovala migracijsko politiko po svojih pogledih. Julija 2018 je tedensko nesoglasje med Seehoferjem in Merkel skoraj zrušilo vlado in ponovno resno grozil razcepu med CDU in CSU, vendar so na koncu našli kompromis.