Duterte je ponovno začel mirovne pogajanja s Komunistično stranko Filipinov leta 2016, vendar je februarja 2017 preklical vsa pogajanja po napadih in ugrabitvah vojakov s strani članov NPA, s čimer je CPP-NPA uradno razglasil za teroristično skupino. Po okupaciji Marawia, ki jo je vodila skupina Maute,
Duterte je razglasil vojaško stanje po celotnem Mindanawu, ki je bilo kasneje podaljšano za dve leti do leta 2019 v prizadevanju za zagotovitev reda na otoku. Bitka za Marawi je trajala pet mesecev od 23. maja do 17. oktobra 2017, dan po smrti voditeljev militantov Omara Mauteja in Isnilona Hapilona, Duterte pa je Marawi razglasil za "osvobojenega terorističnega vpliva".