Vodil se je v New Yorku in je bil odvetnik iz Iowe. William W. Belknap se je leta 1861 pridružil ameriški državljanski vojni in se boril za Unijo. Belknap, ki je uspešno služil v Shilohu in Atlanti
Do konca vojne je bil imenovan za generala. Belknap je bil znan po tem, da je hladnokrvno služil pod pritiskom v Shiloh in pogumno napadel konfederacijo v Atlanti. Ob koncu vojne leta 1865 se je Belknap upokojil iz vojske in bil imenovan za pobiralca notranjih prihodkov v Keokuku; služil je do leta 1869. Po smrti vojnega sekretarja Johna A. Rawlinsa leta 1869 je predsednik Ulysses S. Grant Belknapa imenoval za vodjo vojaškega ministrstva. Grant je verjel, da je Belknap služil s častjo in si zaslužil položaj v kabinetu.