Ob izbruhu državljanske vojne aprila 1861 je bil imenovan za zastavnega oficirja atlantske blokade. Avgusta je bil z vojsko pod poveljstvom generala Benjamina F. Butlerja poslan v zajetje dveh obalnih utrdb blizu Cape Hatterasa. V bitki, ki je sledila
, so bile utrdbe zajete brez izgub, čeprav ne brez težav zaradi vremena, in flota se je vrnila v Fort Monroe, kjer je bila splošno priznana. Kmalu pa je to privedlo do kritik proti Stringhamu, ker ni približal svojih ladij in nadaljeval z napadom vzdolž obale. Dejstvo, da so njegove ladje črpale preveč vode, da bi vstopile v plitve obalne vode, in da mu je bilo neposredno ukazano, da se takoj vrne, se je sčasoma pojavil, vendar je bil očitno prepozno, da bi pomiril njegovo razdraženost, saj je bil naslednji mesec na lastno zahtevo razrešen svojega poveljevanja. Kot majhno nadomestilo je bil 1. avgusta 1862 povišan na čin kontradmirala na seznamu upokojencev.