Ko je bil leta 1526 Vladislavov edini sin Ludvik ubit v bitki pri Mohacu, s čimer se je končala vladavina dinastije Jagiellon v Čehiji, je zbor čeških plemičev izbral njegovega snaha, habsburškega nadvojvode Ferdinanda I. Avstrijskega, za novega kralja čeških kronskih dežel. Skupaj z nadvojvodstvom Avstrijo in madžarskim kraljestvom so oblikovali habsburško monarhijo, ki je v naslednjih stoletjih iz Svetega rimskega cesarstva izrasla v ločeno evropsko moč. Poskusi boemskih protestantskih reformacijskih posestv, da bi ustvarili avtonomno konfederacijo, so bili poraženi v bitki pri Beli gori leta 1620
, po kateri je bila uprava centralizirana na Dunaju. Poleg tega so habsburški vladarji po tridesetletni vojni v Praškem miru leta 1635 izgubili Lusatije v lasti Saška, po prvi slezijski vojni v Breslavski pogodbi leta 1742 pa tudi večino Slezske s Kladsko v lasti Pruskega kraljestva.