Phelps je služil na ladjah "Bonita" in "Jamestown" med mehiško-ameriško vojno.
Obleganje Veracruza. Velik del svojega časa je preživel tudi na patrulji mehiške obale. Kmalu je Phelps že razvil trdna mnenja o tem, kako bi bilo treba voditi vojno, in je bil nezadovoljen, da je mornarica posodila veliko svojih storitev za zaščito trgovskih ladij, medtem ko so mornarji zaradi pomanjkanja provizij prihajali s skorbutom.