Bourdais je v zimskem času precej preizkusil za Toro Rosso, čeprav ni bil prepričan, da bo šel v novo leto. 6. februarja 2009 pa je bil potrjen kot voznik Toro Rosso za drugo leto, partner švicarskega novincev Sébastiena Buemija. Kljub dvema točkama v letu na Avstralski nagradi in v Monaku, se je Bourdais trudila, da bi se ujemala s svojim manj izkušenim soigralcem. V Španiji
Bourdais je zadel Buemijev avto, ko se je polje v prvem krogu poskušalo izogniti Jarnoju Trulliju, kar je končalo dirko za oba voznika. Na Veliki nagradi Velike Britanije je Bourdais trčil z voznikom McLarena Heikkijem Kovalainenom, kar je spet končalo dirko za oba. Na nemški nagradi je utrpel mehansko okvaro, potem ko je bil v kvalifikacijah zadnji za več kot sekundo.