MacRae se je vpisal kot vojak v Monroejevo lahko pešstvo in bil izvoljen za kapitana, ko je postalo Company B, Petnajstega pešskega polka Severne Karoline. Aprila 1862 je bil povišan v podpolkovnika. Med kampanjo na polotoku in pri drugem Manassasu je bil njegov polk del brigade Howella Cobba. V bitki pri Antietamu je MacRae poveljeval brigadi, ki je bila v zadnjih nekaj tednih zmanjšana na 250 mož. MacRaejeva brigada je odbila tri napade Unije, vendar se je umaknila, ko je ostal le 50 mož in je bila njegova oskrba z strelivom izčrpana. V Fredericksburgu se je boril s polkom v Marye's Heights. Takoj po bitki je bila 15. brigada Severne Karoline prenesena na brigado brigadnega generala Johna Rogersa Cooka v Severni Karolini. Cooke je bil pri Fredericksburgu hudo ranjen in se v brigado ni vrnil do aprila 1863. Februarja 1863 je bil MacRae povišan v polkovnika. Ta brigada je služila v Severni Karolini in jugovzhodni Virginiji do konca kampanje v Gettysburgu. Februarja 1863 je postal polkovnik, leta 1864 pa brigadni general. Po ponovnem pridružitvi vojski Severne Virginije je bil MacRae odlikovan za pogum v bitki pri postaji Bristoe. Po tem, ko je bil brigadni general William Whedbee Kirkland ranjen v bitki pri Cold Harboru, je bil MacRae začasno povišan v čin brigadnega generala in bil dodeljen poveljstvu brigade Kirkland (to je bila tudi nekdanja brigada brigadnega generala J. Johnstona Pettigrewa). Na
Reamova postaja MacRaejeva, Lanejeva in Cookejeva brigada sta iz svojih utrdb izpeljala 2. divizijo Johna Gibbona iz 2. korpusa Winfielda Scotta Hancocka in zavzela artilerijsko baterijo. Po pohvalni službi v bitki pri Boydtonu na Plank Roadu je MacRae ostal v vojski skozi kampanjo Appomattox.