Ko se je leta 1861 začela ameriška državljanska vojna, so konfederacijske sile uporabljale kupolo Windsorjevega dvorca kot opazovalno platformo in signalno postajo. Spomladi 1863 je Ulysses S. Grant in 17.000 vojakov Unije pristalo v pristanišču Bruinsburg in prevzelo nadzor nad dvorcem Windsor. Po bitki pri Port Gibsonu
Leta 1863 so ga vojaki Unije uporabljali kot bolnišnico in opazovalno postajo. Družini Daniell je bilo dovoljeno živeti v tretjem nadstropju dvorca med okupacijo Unije.