Januarja 1941 je bila brigada vključena v kampanjo za zahodno puščavo. Prvič je bila v akciji okoli Bardie.
, ki je bil ujet iz Italijanov več dni. Kasneje v mesecu je sledilo zajetje Tobruka, kjer je 16. brigada ostala, medtem ko sta druge dve brigadi 6. divizije, 17. in 19. brigada, sodelovala v drugih dejanjih okoli Derne in Benghazija. V marcu se je divizija osredotočila okoli Amirije, ko so se pripravljali na razporeditev v Grčijo, kot odgovor na pričakovano nemško invazijo. Med bitko za Grčijo je 16. brigada zasedla Serijo, preden se je ustalila v prelazu Veria. Ko se je nemški napad začel, je 2. bataljon zagotovil zaledno zaščito, medtem ko se je brigada umaknila skupaj s 4. novozelandsko brigado. Nemški preboj v Tempe Gorge je privedel do nadaljnjega umika, med katerim sta 2. in 2. bataljon ter 2. in 3. bataljon zagotovila varnost v ozadju, ko se je Anzac Corps umaknil skozi Larisso. Po tem so brigadi ukazali evakuacijo, elementi pa so se umaknili po morju pri Kalamati. Večina brigade je bila evakuirana nazaj v Egipt in nato ponovno oblikovana v Palestini; vendar so se elementi brigade pristali na Kreti. 2/1 je pristala kot celota in bila razporejena za obrambo letališča v Retimu, medtem ko so bili elementi 2/2 in 2/3 oblikovani v sestavni bataljon 16. brigade. Med bojem je bila 2. enota v kratki bitki za Kreto večinoma uničena, večina pa je bila ujeti.