Pozneje se je Duffy preselil na Aljasko, kjer je vodil program za dediščino Aljaske na Univerzi v Aljaski Anchorage. Njegova glavna raziskava je bila osredotočena na biotsko raznovrstnost aljaške pokrajine v zvezi z zaščitenimi območji, vendar je vodil tudi petletni večmilijonski dolarski APEX (Alaska Predator Ecological Experiment), ki je spremljal okrevanje morskih ptic po "Exxon Valdez".
Izliva nafte.