Ob izbruhu državljanske vojne je poveljeval 18. polku, kjer se je izkazal za strogega disciplinarja, ki je bil tudi prijazen in družaben z ljudmi. Ranjen v Šilu
Leta 1863 je postal poveljnik brigade pod generalom Richardom Taylorjem, s katerim je uspešno oviral prizadevanja Unije za zavarovanje Bayou Teche regije v južni Louisiani. V bitki pri Rdeči reki je Mouton umrl v bitki pri Mansfieldu, ko je vodil svoje može v kavalerijskem napadu.