Za leto 1989 je vozil novo V10 Renault motorno Williams FW12C. Začel je z Boutsenom na zadnji nogi zaradi hude predsezonske testne nesreče v Riu in zato, ker je veteranni kolega Riccardo Patrese imel veliko oživitev v formi. Vendar pa je na Veliki nagradi Kanade Boutsen dobro vozil v mokrih pogojih in dobil svojo prvo zmago, potem ko je Senna utrpel kasno okvaro motorja. Čeprav je bila to dobrodošla zmaga (Boutsen je postal prvi novi zmagovalec v Formuli 1 odkar je bivši kolega v ekipi Arrows Gerhard Berger osvojil
1986 mehiška Grand Prix za Benetton. Do takrat so tekmo zmagali samo Senna, Prost, Nigel Mansell, Nelson Piquet in Berger), to je bila srečna zmaga za Belgijca, saj je bil zadnji na eni stopnji in se je popolnoma obrnil za 360 °, čeprav mu je na srečo uspelo zadržati avto pred zidovi. Uspelo mu je ujeti in prehiteti Patreseja, ki je trpel zaradi ohlapnega podstavka, in prevzel vodstvo 3 kroge pred koncem, ko se je motor Honda V10 v Senni &lt;a href="McLaren%20MP4/5"&gt;McLaren MP4/5&lt;/a&gt; zasegel. Še tri stopnje na stopničke je dosegel, preden je Boutsen zaključil leto z drugo zmago na deževno natopljeni avstralski nagradi. Ironično, Boutsen je bil eden od voznikov, ki so protestirali zaradi pogojev na dirkališču pred dirko.