Marca 1937 je bil Schniewind odstranjen s položaja na univerzi, v začetku leta 1938 pa so oblasti sprožile kazensko preiskavo zaradi njegove povezanosti z Cerkvijo izpovednikov. Moral je sprejeti 80% znižanje plače. Številni viri domnevajo ali namigujejo, da je ostal brez profesorja do konca vojne.
maja 1945, vendar je nedavna preiskava kadrovskih evidenc, shranjenih v arhivih na univerzi v Hallu, pokazala, da je bil Schniewindov profesorski položaj mirno obnovljen v neki obliki pozneje leta 1938. Ni poročil o tem, da bi kazenski primer dosegel stopnjo tožbe. Po nekem izvoru je poleg predavanja v imenu Cerkve spovednikov lahko še naprej "osebno poučeval svoje učence". Po letu 1939 je združil svoje dejavnosti na univerzi z delom kot vojaški bolniški duhovnik.