Na koncu druge svetovne vojne je Chen pobegnil v Japonsko in takoj po
Japonska se je 9. septembra 1945 uradno predala, kitajski predstavnik general He Yingqin je zaprosil japonskega predstavnika generala Okamura Yasujija, naj izroči Čena Gongba na Kitajsko, da bi mu sodili zaradi izdaje. Zahtevo so odobrile ameriške okupacijske sile, Chen pa je bil 3. oktobra pospremljen nazaj na Kitajsko. Na sojenju se je odločno branil in trdil, da kot predsednik ni hotel sodelovati z Japonci v več pomembnih zadevah in da je delal le zaradi zvestobe svojemu prijatelju Wang Jingweiju. Kljub temu so ga obsodili za izdajo in obsodili na smrt. Umirjeno je sprejel svojo usodo in rekel, da se bo kmalu ponovno združil z Wangom Jingweijem v naslednjem svetu. Chen je bil 3. junija 1946 usmrčen v Suzhouju v Jiangsuju.