McCain je bil ostri nasprotnik Putinove osvoboditve Čečenije, ki jo je opisal kot "krvavo vojno proti civilnemu prebivalstvu Čečenije". "Da, obstajajo čečenski teroristi, vendar je veliko čečencev, ki so v roke vzeli orožje šele po grozodejstvih ruskih sil, ki so služile najprej pod ukazom Borisa Jelcina, nato pa Putina". Tako kot drugi tudi on trdi, da
Ruski bombni napadi na apartmaje so imeli karkoli opraviti s Čečeni, in da namesto tega "obstajajo verodostojne obtožbe, da je ruski FSB imel roko pri izvajanju teh napadov". Obtožil je tudi ruske varnostne službe za politične umore in umore neodvisnih novinarjev.