3. februarja 2020 so navijači Rapid Wien imenovali Fountasa za najboljšega igralca leta 2019 zaradi njegovih odličnih nastopov z avstrijskim klubom. 16. februarja je dosegel svoj dvanajsti cilj v sezoni po napaki nasprotnika Thanosa Petsosa v domači zmagi 2 proti 0 proti WSG Swarovski Tirol. 1. marca je Fountas pretvoril prehod Christopha Knasmüllnerja in zadal drugi gol v domači zmagi 3 proti 1 proti SV Mattersburg. Ponovno je zadal 7. marca, izkoristil pa je resno napako Nemanje Rnić in končal po zmagi žoge za svoj 14. cilj v sezoni, v remisiji 2 proti 2 proti Wolfsbergerju AC. 7. junija, potem ko je pandemija COVID-19 prekinila ligo, je ponovno zadel v 4 proti 0 zmagi nad SK Sturm Graz. Tri dni pozneje je zadal ključni gol v zmagi proti LASK Linzu. Teden kasneje je spet zadel in zaznamoval še eno zmago z TSV Hartberg. 24. junija je po asistiranju Ercana Kare zadal zadnji gol v katastrofični porazi doma z Red Bull Salzburgom. 1. julija je v svoji peti tekmi zapored zadel gol in tako zapečatil ključno domačo zmago 3 proti 1 proti LASK. Fountas je ohranil svojo plodno obliko z Rapid Vienna do konca avstrijske nogometne Bundeslige 2019/20.
V zadnjem sezonu je dosegel 19 golov, s čimer je svojemu klubu pomagal, da se je uvrstil v kvalifikacije za Ligo prvakov. Poleg tega je Fountas sezono končal kot tretji največji strelec v avstrijski Bundesligi, za le Patsonom Dakom (24 golov, RB Salzburg) in Shonom Weissmanom (30 golov, Wolfsberger).