Trajkovskijev mandat je zaznamoval napetosti med etničnimi Makedonci in republikansko veliko etnično albansko manjšino. Posledice vojne na Kosovu so povzročile mesece nasilnih oboroženih spopadov.
Medtem ko je bila v Sloveniji v začetku leta 2007 v Sloveniji v obdobju od leta 2007 do leta 2013 v celoti vzpostavljena stabilnost, so se v Sloveniji v obdobju od leta 2007 do leta 2013 v Sloveniji pojavile težave, ki so se pojavile med makedonskimi varnostnimi silami in albanskimi uporniki, ki si prizadevajo za izboljšanje svojega statusa zakonite manjšine in na splošno boljše gospodarske, upravne in pravne pogoje. Čeprav so bile njegove pooblastila omejena in njegova vloga večinoma ceremonialna, je leta 2001 predsedoval mirovnemu sporazumu, ki ga je posredoval NATO in ki je končal nasilje in preprečil polno državljansko vojno v Republiki Makedoniji. Videl se je kot zmeren v etničnem dialogu, ki je zagovarjal večjo vključenost etničnih Albancev in je bil ključna oseba pri reševanju konflikta. Prijatelj in svetovalec Borisa Trajkovskega je bil njegov vodja osebja Zoran Jolevski, ki je bil makedonski veleposlanik v Združenih državah Amerike in pogajalec za ime države v sporu o imenu Makedonije.