Po vojni je Ančerl dirigiral za Radio Praga do leta 1950, ko je postal umetniški vodja Češke filharmonije, položaj, ki ga je uspešno opravljal osemnajst let. V skladu z
Po invaziji na Češkoslovaško leta 1968 je Ančerl emigriral v Toronto, Kanada, kjer je delal kot glasbeni vodja simfoničnega orkestra v Torontu do svoje smrti leta 1973.