Končno je oblegal veliko pristanišče Antwerpen. Mesto je bilo odprto morju, močno utrjeno in ga so prebivalci branili z odločno odločnostjo in pogumom. Vodil jih je slavni Marnix van St. Aldegonde in jim je pomagal genialen italijanski inženir Federigo Giambelli. Obleganje se je začelo leta 1584 in je sprožilo vse Farnesejeve vojaške genije. Kljub obupanim prizadevanjem obleganih meščanov je odklonil vsakršen dostop do Antverpena z morja z gradnjo mostu čolnov čez Scheldt od Calloo do Oordama. Predlagani pogoji so vključevali določbo, da morajo vsi protestanti zapustiti mesto v štirih letih. Ta discipliniran zajetje in zasedba mesta ne smemo zamenjevati s krvavimi dogodki španskega besa 4. novembra 1576. Farnese se je izognil napakam svojega predhodnika Dona Luisa de Requesensa. Z drugimi besedami:
Pad Antverpena, Mechelen in Bruselj pa so bili že v rokah Farneseja, celotna južna Nizozemska pa je bila ponovno postavljena pod oblast Filipa. Nekoč sta bila Nizozemska in Zeeland, ki sta zaradi svojega geografskega položaja neopazna le po vodi, v težkem položaju, da bi obdržala ozemlje. Britanske sile, ki jih je poslala Elizabeta I., so bile premagovane s strani vojvode.