Napisati nadaljevanje tega odstavka - Odnosi med obema državama po sudanskem državnem udaru leta 1989
Imel sem vzpone in padce. Najhujše so dosegli leta 1995, ko so bili elementi sudanske vlade sodelavci pri zaroti egiptovske teroristične skupine Gama'a Islamiyya, da bi ubili egiptovskega predsednika Husnija Mubaraka, ko je bil na poti iz letališča v Addis Abebi na vrh Organizacije afriške enotnosti (zdaj Afriška unija) v etiopski prestolnici. Do konca leta 1999 se je egiptovska jeza do Sudana umirila in predsednik al-Bashir je obiskal Egipt, kjer sta se voditelji dogovorila o normalizaciji diplomatskih odnosov. Al-Bashir se je vrnil v Kairo leta 2002, ko so razširili sodelovanje na različnih praktičnih vprašanjih. Naslednje leto se je Mubarak vrnil s svojim obiskom v Kartumu. Leta 2004 je al-Bashir ponovno odšel v Kairo, kjer sta voditelji podpisali Sporazum o štirih svoboščinah, ki se ukvarjajo s svobodo lastništva, gibanja, prebivanja in dela med obema državama. Sodelovali sta pri proti-terorističnih in razvojnih projektih, ki črpajo vodo iz Nila, in obe vladi sta se dogovorili o vzpostavitvi območja proste trgovine vzdolž sudansko-egiptske meje, kjer bi se blago izmenjevala brez dajatev. Sudan je še posebej cenil egiptovsko verbalno in moralno podporo svoji politiki v Darfurju. Egipt je poslal tudi svoje enote v misijo Združenih narodov/Afriške unije v Darfurju. Egipčanske naložbe v Sudanu so do leta 2008 dosegle 2,5 milijarde ameriških dolarjev, medtem ko so sudanske naložbe v Egiptu znašale skoraj 200 milijonov ameriških dolarjev. Do leta 2010 so bili odnosi med Egiptom in Sudanom boljši, kot so bili v mnogih letih, čeprav je bilo še vedno nerešenih več dolgoročnih spornih vprašanj, kot so prihodnji status Južnega Sudana, lastništvo Hala<unk>ibskega trikotnika in uporaba Nilove vode.