Po tem, ko je bila flota Virginije združena z mornarico Konfederacije, je bil Barron izdan kot poveljnik in imenovan za vodjo Urada za ukaze in podrobnosti 10. junija. Barron je ostal na tem položaju do 20. julija, ko je konfederacijski sekretar mornarice Stephen R. Mallory sprejel Barronovo prošnjo, da ga dodelijo kot poveljnika obalne obrambe Virginije in Severne Karoline, pomembnega pristanišča za konfederacijske korsarje s sedežem v Pamlico Soundu. Prišel je v svoj štab.
28. avgusta je Barron poveljeval obrambo trdnjav Hatteras in Clark proti častniku Silas H. Stringhamu med bitko pri zalivu Hatteras 28. in 29. avgusta. Barron je bil ujet po predaji dveh trdnjav. V Fort Columbusu na otoku Governors v pristanišču New Yorka, nato v Ft. Warren, bostonsko pristanišče, Barron je bil na koncu izpuščen v zamenjavi zapornikov naslednje leto.