Ko se je leta 1861 začela ameriška državljanska vojna, se je Fesler pridružil Uniji. 30. avgusta 1861 se je vpisal v vojsko Unije v Morgantownu v Indiani. Fesler je postal kapitan čete G v 27. polku pešcev Indiane. Fesler je poveljeval svojemu četu v prvi bitki pri Winchesterju.
in v bitki za Cedar Mountain. Leta 1862 je bil Feslerjev polk dodeljen 12. vojaškemu korpusu, v katerem je ostal vse do leta 1863. Fesler je nato 17. septembra 1862 poveljeval svojemu četu med bitko pri Antietamu, blizu Sharpsburga v Marylandu. Njegov polk je zimsko leto 1862-1863 preživel v taborišču v Stafford Courthouse v Virginiji, 13. februarja 1863 pa je bil Fesler povišan v podpolkovnika 27. indianskega polka. Marca 1863 je 12. korpusu, katerega del je bil 27. Indiana, bila podeljena zvezda kot značka korpusa. 5. maja 1863 je bil Fesler ranjen v bitki pri Chancellorsvillu v okrožju Spotsylvania v Virginiji. Potem je začasno poveljeval 27. indijanski diviziji od 2. do 3. julija 1863 med bitko pri Gettysburgu, ko je polkovnik polka prevzel poveljstvo nad brigado. Fesler in njegov polk so nato sodelovali pri zatiranju nemirov v New Yorku kasneje v tistem mesecu.