Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Med vojno z Rusijo 1654<unk>1667 in med Veliko Severno vojno (1700<unk>1721) je Merkinė močno trpela zaradi ruskih in švedskih vojakov in izgubila svoj strateški in gospodarski pomen. Ruska vojska je Merkinė ponovno zažgala med vstajo leta 1794
ki je poskušal osvoboditi Poljsko-Litovsko skupnosti od ruskega vpliva. Leta 1794 je bilo v mestnem inventarju omenjeno rečno pristanišče ob reki Nemunas, tudi reke Nemunas in Merkys so bile ocenjene kot primerne za plovbo. V dokumentih iz 19. stoletja je Merkinė omenjena kot rečno trgovsko središče, v katerem so gradili rečne trgovske ladje.