V oktobru 1944 je bila 3. flota imenovana za "severnjaško silo" v načrtu treh sil za premagovanje zavezniške invazije.
na Filipinih, ki so jih držali Japonci. Tretji floti so bile odvzete vse letala, razen 108, in jih poslali, da pritegnejo ameriško floto stran od zaščite ladij za pristanek. 25. in 26. oktobra se je 3. flota v bitki pri Rtu Engaño soočila z veliko vojsko, ki je vključevala deset letalonosilk ameriške mornarice in 600-1000 letal. Izgubila je 4 letalonosilke, en lahek križar in en rušilnik. Tretja flota je prenehala obstajati in je bila uradno razpuščena 15. decembra 1944.