Barney je bil imenovan za poročnika v mornarici Konfederacije 2. julija 1861. Vodil je CSS "Jamestown" med bitko pri Hampton Roads, slavno bitko z britansko mornarico, med katero je ujel dve brigadi in škuno Accomac pri Newport News Point, medtem ko je CSS "Virginia" pritegnil pozornost mornarice Unije. Po evakuaciji Norfolka je bila ladja Jamestown potopljena, da bi blokirala reko James pri Drewry's Bluff. V naslednjih
V bitki pri Drewry's Bluff, v kateri so konfederacijske obalne baterije odvrnile mornarico Unije, ki je potovala proti Richmondu, so topovi Jamestowna veljali za glavni dejavnik pri odbijanju sovražnikovih ladij. Po bitki je prejel pohvale konfederacijskega kongresa in je bil povišan v poveljnika.