Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Po upokojitvi kot igralec, je Johnson postal uspešen manager. Leta 1986 je New York Mets pripeljal do naslova svetovne serije, leta 1988 pa do dodatnega naslova vzhodne nacionalne lige. Leta 1997 je osvojil nagrado za najboljšega menedžerja leta v ameriški ligi, ko je Baltimore Orioles vodil do prvenstva ameriške lige. Isto nagrado je osvojil v Nacionalni ligi leta 2012, ko je vodil Washington Nationals na prvi naslov franšize od preselitve v Washington, D.C., in njihov prvi skupni naslov od leta 1981. Johnson je v treh zaporednih letih vodil ekipe do njihovega prvenstva v ligi, Cincinnati Reds leta 1995 in Orioles leta 1996.
in leta 1997. Prav tako je vodil Los Angeles Dodgers.