Z izbruhom druge svetovne vojne v Evropi je SSRNVR povečal zaposlovanje predvsem avtohtonega osebja v silo, da bi okrepili lokalno obrambo, saj so bili v Evropi potrebni viri Kraljeve mornarice. Člani SSRNVR so bili poklicani v aktivno službo in sila je bila povečana s člani Royal Navy Malay Section. To je bilo osnova za mornarico v Malaji, imenovano Malajska mornarica, ki so jo upravljali domačini Malajci. (Podobno so bili Malajci rekrutirani v novostni Malajski polk, ustanovljen leta 1936). Malajska mornarica je imela 400 mož, ki so se usposabljali na HMS Pelandoku, v ustanovi za usposabljanje Kraljeve mornarice na Malaji. Prijavitev je bila povečana in leta 1941, ko je izbruhnila vojna v Aziji, je malajska mornarica imela 1.450 mož. V drugi svetovni vojni je malajska mornarica služila za zavezniške sile na indijskem in pacifiškem bojišču. Ko se je vojna končala z japonsko predajo,
Leta 1945 se je samo 600 pripadnikov malezijske mornarice prijavilo za vpoklic. Zaradi gospodarskih omejitev po vojni je bila malajska mornarica leta 1947 razpuščena.