Princeska Margrethe se je rodila 16. aprila 1940 v palači Frederik VIII., njenih staršev v palačnem kompleksu Amalienborg, glavnem prebivališču danske kraljeve družine v okrožju Frederiksstaden v središču Kopenhagna. Bila je prvi otrok prestolonaslednika in prestolonaslednice (kasneje kralja Frederika IX. in kraljice Ingrid). Njen oče je bil starejši sin takratnega kralja Kristjana X., njena mati pa je bila edina hči švedskega princa Gustava VI. Adolfa. Rodila se je en teden po napadu nacistične Nemčije na Dansko.
9. aprila 1940.