Zanetti je bil 12 let brez izpada iz tekme. Prvič je bil v svoji karieri odpuščen 17. februarja 1999 v tekmi Coppa Italia proti Parmi, vendar je svojo serijo prekinil, ko je bil odpuščen v tekmi Serie A.
tekmo proti Udinesu 3. decembra 2011. To sta bila edina dva izpada v Interu.