Po Cromwellovem padcu je Godolphin pridobil precejšen vojaški ugled. Zdi se, da je bil vpoklican v vojaško poveljstvo kot inženir, pri čemer je uporabil svoje znanje o rudarstvu kositra (ki je bil glavni vir dohodka njegove družine v Cornwallu). Njegov najpomembnejši prispevek je bil na
Obleganje Boulogne. Richard Carew v svojem "Survey of Cornwall" pravi o njem: "Ponižal se je zelo pogumno preko morja, kot je razvidno iz brazgotin, ki jih je prinesel domov, ne manj za lepotenje njegovega slava, kot za izoblikovanje njegovega obraza". Po zavzetju Boulogneja je postal njegov sodni izvršitelj v priznanje vloge, ki jo je igral pri zmagi, in tudi vitez. Bil je član Sveta regentstva od leta 1547 do 1551, visok šerif Cornwalla leta 1549<unk>50 in 1568<unk>9, leta 1553 pa še enkrat njegov poslanec. Bil je tudi podpredsednik Stannarijev in Custos Rotulorum Cornwalla od leta 1562 do svoje smrti leta 1570.