Do 2. februarja 1944 je bil obleganje Leningrada končano in sovjetske čete so bile na meji z Estonijo. Ker ni uspelo priti skozi
Sovjeti so 10. avgusta začeli Tartuško ofenzivo in 14. septembra Baltsko ofenzivo s skupno 1,5 milijona vojakov. Vrhovno poveljstvo nemške vojske je 16. septembra izreklo operacijo Aster, s katero bi estonske sile pokrivale nemški umik. Kmalu po sovjetski ponovni okupaciji estonske prestolnice Tallinna je bila prva naloga NKVD-ja, da ustavi vsakogar, ki je pobegnil iz države; vendar je veliko beguncev pobegnilo v Švedsko ali Finsko, zlasti estonske Švede, ki so živeli na obalnem Estoniji od dni danske in švedske Estonije. NKVD je napadel tudi člane Nacionalnega odbora Republike Estonije. Estonski gozdni bratje (ustanovljeni leta 1941) so se med sovjetsko ponovno okupacijo sprva skrivali. Dan VE leta 1945 Estoniji ni prinesel ponovne vzpostavitve neodvisnosti, zato so gozdni bratje obnovili svojo kampanjo ubijanja višjih sovjetskih oboroženih sil in častnikov NKVD.