Po prodaji Marlinsa je Henry kupil Boston Red Soxe s partnerjem Tomom Wernerjem in New York Times Company iz Yawkeyja, ki ga je vodil John Harrington. Henry, kot glavni lastnik in Werner, kot predsednik, je sestavil ekipo v pisarni, ki jo je vodil Larry Lucchino z izrecnim ciljem "lomiti prekletstvo Bambina". Zaposlil je tudi pionir bejsbolske sabermetrike Billa Jamesa, katerega delo je postalo splošno znano po objavi "Moneyball" leta 2003. Henry je svoj cilj za prvenstvo dosegel v svetovnem prvenstvu leta 2004 proti svojim nekdanjim najljubšim kardinalom iz otroštva in jih ponovno premagal leta 2013. Ekipa je zmagala tudi v Svetovni seriji 2007 proti franšizi, s katero je Henry sodeloval pred širitvijo, Rockies, in v Svetovni seriji 2018.
proti Dodgerjem. Henry je tudi odgovoren za reševanje Fenway Parka pred razbijalno žogo. Prejšnji lastniki Red Soxa so načrtovali gradnjo novega Fenway Parka v sosednji hiši, vendar se je Henry odločil, da bo ohranil in obnovil (vključno z novimi sedeži nad Zeleno pošastjo) sedanji Fenway Park, ki je leta 2012 praznoval svojo stoletnico.