Napisati nadaljevanje za ta odstavek - Happer je šel na zdravniški dopust leta 1855 in druga anglo-kitajska vojna
Odložila je Happerjevo vrnitev iz dopusta do leta 1859. Po vojni pa so pogodbe, ki jih je ustvarila vojna, spodbujale prost in neomejen dostop do Kantona. To je privedlo do porasta misijonarjev v kantonu z večjim številom spreobrnjencev v krščanstvo. Leta 1860 je Happer ustanovil Prvo prezbiterijansko cerkev, številne internate in dnevne šole ter šolo za usposabljanje, ki je služila pridigarjem, učiteljem in kolportirjem Kantona. Happer je bil pastor prve prezbiterijanske cerkve v Kantonu, ustanovljene leta 1862. Happer je z vzpostavitvijo več oblik izobraževalnih storitev izpolnil svoje poslanstvo, da bi v Kitajsko prinesel krščansko visoko šolanje, čeprav je veliko študentskega telesa šole vključevalo tiste, ki so delali za cerkev. Da bi prek zahodne izobrazbe dosegel vladne kitajske voditelje, je Happer od leta 1865 do leta 1867 vodil kitajsko vladno tolmaško šolo v Kantonu in poučeval angleščino in matematiko študentom, ki so vstopili v vladne službe kot tuji strokovnjaki. Z uvedbo krščanskih naukov v svojih tečajih je nadaljeval svojo misijo evangelizacije in opazoval postopno rast prezbiterijancev v Kantonu. To potrjujejo statistični podatki, ki jih je objavila misija Kantona, in sicer da je bilo leta 1866 v misijskih šolah vpisanih 147 posameznikov.