Januarja 1966 je bil princ Sadruddin imenovan za visokega komisarja Združenih narodov za begunce, potem ko je tri leta služil kot namestnik visokega komisarja. Pri 33 letih je postal najmlajša oseba, ki je kdaj vodila UNHCR. Naslednjih dvanajst let je vodil agencijo ZN za begunce v enem najtežjih obdobjih, ko je usklajeval mednarodni odziv na krizo v Bangladešu leta 1971.
ki je izkoreninilo ljudi, izhod sto tisoč Hutujev iz Burundija v Tanzanijo leta 1972 in tragedija vietnamskih čolnarjev sredi sedemdesetih let. Leta 1972 je princ Sadruddin igral ključno vlogo pri iskanju novih domov za na desetine tisoč Južnoazijcev, ki jih je Idi Amin izgnal iz Ugande.