Lengkepan kalimah di handap ieu: Rowley ngajabat minangka kolonel Infantri Pennsylvania ka-13 ti 25 April 1861, nepi ka 6 Agustus taun anu sarua. Manéhna saterusna jadi kolonel ti 102nd Pennsylvania Volunteer Infantry Regiment. Manéhna luka di
Battle of Seven Pines, nalika mingpin resimen na di Tentara tina Potomac. Anjeunna (sakedap) mingpin brigade di Korps VI dina Patempuran Fredericksburg. Dipromosikeun ka pangkat brigadir jenderal nepi ka pangkat ti 29 Nopémber 1862, Rowley saterusna maréntahkeun brigade I Korps di Patempuran Chancellorsville. Anjeunna ngajabat komandan Divisi ka-3, Korps I di awal Patempuran Gettysburg, sedengkeun Mayor Jenderal Abner Doubleday ngajabat komandan korps. (Chapman Biddle mingpin brigade Rowley urang.) Dina tanggal 1 Juli 1863, brigade ieu ngalaman karugian beurat dina konfrontasi jeung Konfederasi ti divisi Mayor Jenderal Harry Heth. Manéhna dialungkeun tina kuda na salila mundur nalika eta dieureunkeun pondok di walungan. Kasakit ku inféksi tina boils ukuran endog hayam dina thighs jero na, anjeunna demam, sarta temperamental. Saatos konfrontasi antara Rowley jeung Brigjen Lysander Cutler ngeunaan paripolah sababaraha perwira 7th Wisconsin, Cutler ngajukeun tuduhan mabok dina April 1864. Dibikeun kurang ti 24 jam pikeun nyiapkeun pertahanan pikeun pangadilan, Rowley dihukum ku pangadilan militer anu panulis John F. Krumwiede nyatakeun, "henteu boga impartialitas sareng pawai ka kendang sorangan". Sanajan dibalikeun deui ku paréntah Sekretaris Perang Edwin M. Stanton jeung Présidén Abraham Lincoln, Rowley ngan ditugaskeun hiji paréntah distrik di Pennsylvania kulon, alatan permusuhan lumangsung antara panglima tentara Jenderal George G. Meade jeung kiwari panglima korps Jenderal Gouverneur K. Warren. Diblokir ku tindakan Jenderal Darius N. Couch dina usaha ngeureunkeun invasi 1864 di Pennsylvania ku Konfederasi Jenderal Jubal Early, anjeunna mundur tina komisi na dina 29 Désémber 1864.