Tuliskeun saterusna pikeun paragraf ieu - Nyieun aliansi pulitik jeung Permaisuri Janda, sarta jadi musuh langgeng ti Kaisar Guangxu, Yuan ninggalkeun ibukota taun 1899 pikeun diangkat jadi Gubernur Shandong. Salila tilu taun jabatanna, Pemberontakan Boxer (1899<unk>1901) meletus; Yuan mastikeun penindasan Boxer di propinsi, sanajan pasukanana henteu nyandak bagian aktip di luar Shandong sorangan. Yuan mihak ka faksi pro-deungeun di Istana Kaisar, babarengan jeung Pangeran Qing, Li Hongzhang, jeung Ronglu. Manéhna nolak pikeun sisi jeung Boxer jeung nyerang dalapan-Nation Alliance pasukan, ngagabung jeung gubernur Cina séjén anu maréntah substantial modernisasi tentara kawas Zhang Zhidong teu milu dina Boxer Pemberontakan. Manéhna jeung Zhang teu malire kana deklarasi perang ti Permaisuri Janda Cixi ngalawan kakuatan asing sarta terus ngahalangan para Pamanang. Kelompok ieu dipikawanoh minangka "Protection Mutual of Southeast China". Salian ti teu ngalawan Pasukan Dalapan Nagara jeung ngahalangan para Pamanukan di Shandong, Yuan jeung pasukanana (Divisi Katuhu) ogé mantuan Pasukan Dalapan Nagara pikeun ngahalangan para Pamanukan sanggeus Pasukan Dalapan Nagara ngarebut Beijing.
dina bulan Agustus 1900. Pasukan Yuan Shikai membantai puluhan rébu jalma dina kampanye anti-Boxer di Zhili. Yuan ngoperasikeun ti Baoding salila kampanye, nu réngsé dina 1902.