Lengkepan kalimah di handap ieu: Dina Séptémber 1796, Johnston diangkat jadi aide-de-camp ka Gubernur John Hunter, sarta dina 1800 meunang gelar brevetna minangka mayor. Dina taun anu sarua Johnston ditéwak ku Letnan Gubernur William Paterson dina tuduhan "mayar rohangan ka sarjan salaku bagian tina bayaranna" jeung henteu patuh kana paréntah. Johnston nolak pikeun diadili ku pangadilan militer di koloni, sarta Hunter ngirimkeun anjeunna ka Inggris. Di dinya kasusah ngalaksanakeun sidang jeung saksi di Australia nyababkeun prosésna ditunda, sarta Johnston balik deui ka New South Wales dina taun 1802. Dina taun 1803 Johnston nyandak komando samentawis Korps New South Wales nalika panyakit Paterson, sareng kalibet dina konflik antara Raja sareng militér. Dina Maret 1804 manéhna acted kalawan kaputusan lamun dina paréntah militér dikirim ngalawan sababaraha
narapidana anu kungsi pemberontakan di Castle Hill. Nalika Paterson dikirim ka Port Dalrymple, Johnston jadi komandan Korps New South Wales.