Tuliskeun saterusna pikeun paragraf ieu - Amer maénkeun peran utama dina kudéta militer nu ngagulingkeun Raja Farouk dina 1952 jeung nu mawa Jenderal Muhammad Naguib jeung Kolonel Gamal Abdel Nasser ka kakuatan. Taun saterusna, Amer dipromosikeun langsung ti mayor jadi mayor-general, ngalirkeun opat pangkat militer, sarta dijadikeun Kapala Staf Umum Mesir. Dina taun 1956, Amer diangkat jadi komandan komando militer gabungan nu diadegkeun ku Mesir jeung Suriah. Manéhna ogé mingpin pasukan Mesir ngalawan pasukan Israél jeung pasukan Inggris-Perancis salila perang Suez 1956
. tapi Sanggeus tarung réngsé, Amer nuduh Nasser ngabalukarkeun perang nu teu perlu sarta tuluy nyalahkeun militer pikeun hasilna. Salaku wawakil Nasser di Suriah, Amer ditahan ku pemberontak nalika kudéta Suriah taun 1961 sarta dikirim deui ka Kairo.