Lengkepan kalimah di handap ieu: Alpha ieu aktip salila Perang Chechen Kadua nu dimimitian dina 1999, kitu ogé nu salajengna
Pemberontakan di Kaukasus Kalér. Salila Patempuran Komsomolskoye taun 2000, penembak jitu Alpha anu dikaitkeun sareng Grup Kulon pasukan féderal Vladimir Shamanov, dikintunkeun dina usaha pikeun nyumputkeun penembak jitu Ruslan Gelayev di désa. Nurutkeun para veteran unit, operasi di mana Alpha milu nyababkeun ditéwakna komandan Chechen Salman Raduyev dina taun 2000, pembunuhan komandan Chechen Arbi Barayev dina taun 2001, pembunuhan présidén Chechen séparatist Aslan Maskhadov dina taun 2005, sareng pembunuhan pamimpin militan asing Abu Hafs di Dagestan dina taun 2006. Saatos mindahkeun tanggung jawab pikeun operasi di Chechnya ti Kamentrian Pertahanan ka FSB dina Januari 2001, sarta saméméh kawijakan "Chechenization" nu dimimitian dina 2003, anggota Alpha (babarengan jeung tanaga Rusia sejen tur milisi Chechen pro-Moscow) milu dina sahanteuna 10 dicampur "grup husus digabungkeun" (, SSGs), dianggap squads pati ku grup hak asasi manusa jeung observasi luar. Hal ieu dipercaya yén SSG éta balik loba loba "ngaran / alamat cleansings" ("imeny / addressny zachistki"): biasana nighttime razia ku lalaki masked di kandaraan unmarked, targeting combatants pemberontak aktif husus atawa urut, ngarojong maranéhanana, baraya maranéhanana, atawa warga sipil séjén pikeun boh kapaksa leungit atawa langsung pembunuhan extrajudicial. Dina taun 2005, Human Rights Watch nyatakeun yén leungitna geus ngahontal skala kajahatan ngalawan kamanusaan, sarta yén "Rusia boga bedana unglorious keur pamingpin dunya di disappearances kapaksa". UFSB Chechnya ogé ngawangun hiji unit Alpha lokal, dipercaya sarua dina peran ka SSGs.