Tulis hiji continuation pikeun ayat ieu - Dina Juli 1999, Jacoby ieu ditugaskeun salaku diréktur pikeun intelijen (J2) dina Staf Joint. Manéhna ngamimitian jabatanna ku mingpin usaha panalungtikan kaamanan pikeun nalungtik operasi di Balkan jeung Kosovo. Operasi Northern jeung Southern Watch neruskeun ngalaksanakeun No-Fly Zones jeung sanksi ngalawan Irak. Sajaba ti éta, pesawat pengintai Angkatan Laut AS EP-3 dirampas ku Cina di Pulo Hainan sanggeus tabrakan jeung pesawat tempur Cina salila operasi di Laut Cina Kidul jeung serangan ka USS "Cole"
lumangsung di Aden, Yaman. Kajadian panungtungan ieu nyababkeun parobahan fundamental dina pendekatan analisis térorisme sareng dukungan ka pasukan operasi anu diwujudkeun dina Joint Intelligence Task Force, Combating Terrorism (JITF-CT) anu diusulkeun dina bimbingan Joint Staff J-2 salaku bagian tina Badan Intelijen Pertahanan. Jacoby ngajengkeun paningkatan dana pikeun JITF-CT dina soré tanggal 10 Séptémber 2001 sareng staf senior di House Permanent Select Committee on Intelligence. Manéhna aya di Péntagon waktu serangan 11 Séptémber 2001. Manéhna mingpin stand-up JITF-CT, aktip dina perencanaan intelijen pikeun Perang Global ngalawan Térorismeu jeung operasi militer di Apganistan, ngawaskeun kagiatan J-2 salila fase awal operasi tempur di Apganistan jeung instrumental dina ngamekarkeun jeung championing hiji konsép operasional disebut "2 Ditambah 7" nu jadi titik puseur pikeun operasi AS pikeun meungpeuk organisasi Al-Qaeda jeung nyerang kapamimpinan terpusat sarta fungsi perencanaan. Usaha ieu difokuskeun operasi ngalawan dua pamingpin jeung tujuh perencana operasional senior. Hasilna nyaéta degradasi signifikan dina kamampuhan organisasi. Jacoby réngsé hiji taun extension na salaku Staf Joint J-2 dina bulan Juli 2002.