Dina awal Perang Tilu Puluh Taun dina 1618, kabeungharan intelektual jeung fiskal universitas turun. Dina 1622, Bibliotheca Palatina (perpustakaan universitas) anu kawentar di dunya ieu dipaling ti Katedral Universitas sareng dibawa ka Roma. Usaha rekonstruksi saatos éta dikalahkeun ku pasukan Raja Louis XIV, anu ngancurkeun anjeunna ampir lengkep dina 1693. Salaku akibat tina Counter-Reformation, mahasiswa Universitas Protestan Paladél, sareng karakterna diteruskeun ku Matthäus Merian anu ngajar di universitas.
kabeungharan intelektual jeung fiskal universitas turun