Dina tanggal 14 Januari 2012, Flanagan meunang Marathon U.S. Olympic Trials di Houston, nyusun catetan acara dina 2:25:38. Manéhna pindah ka ngawakilan Tim AS di Olimpiade Marathon awéwé di London, réngsé 10th kalawan waktu 2:25:51. Anjeunna ngéléhkeun lapangan kelas tinggi di Lisbon Satengah Marathon dina Maret, ngarékam waktos 1:08:52. Manéhna datang di 25th di 2012 IAAF Dunya Satengah Marathon Championships
. tapi