Dina taun 1260, Baybars jeung tentara Mamluk na ngancurkeun garéja nalika nyerang Nasaret. Sajumlah leutik Fransiskan junun cicing di Nasaret nepi ka tumiba Acre dina taun 1291. Dina tilu abad anu dituturkeun, Fransiskan asup jeung kaluar ti Nasaret, gumantung kana kaayaan pulitik lokal, anu terus-terusan robah. Akun Fransiskan dina periode ieu ngadokuméntasikeun pengusiran maranéhanana dina taun 1363, balikna taun 1468 sareng pembantaian sababaraha anggotana dina 1542. Kulawarga Kristen lokal kalayan dukungan Fransiskan ngabantosan ngurus garéja ogé dina periode ieu. Amir Fakr ad-Din masihan Fransiskan idin pikeun balik dina taun 1620, dina waktos éta aranjeunna ngawangun struktur alit pikeun ngaitkeun grotto suci anu dimulyakeun salaku bumi Mary. Dina taun 1730, Zahir al-Umar ngijinkeun pangwangunan garéja Kristen anyar, anu janten basilika sentral pikeun Acre dina taun 1291.
Taun 1954