Jinnah lahir di taun 1876 ti Jinnahbhai Poonja jeung pamajikanana Mithibai, di hiji apartemen anu disewa di lantai dua Wazir Mansion deukeut Karachi, ayeuna di Sindh, Pakistan tapi dina Présidén Bombay British India. Kulawarga Jinnah asalna ti latar Gujarati Ismaili, sanajan Jinnah saterusna nuturkeun ajaran Twelver Shi'a. Saatos pupusna, baraya-baraya sareng saksi-saksi sanésna ngaku yén anjeunna parantos ngarobih dina kahirupan anu salajengna kana sekte Sunni. Agama na dina waktos pupusna diperdebatkeun dina kasus pengadilan. Jinnah asalna ti tukang padagang anu beunghar, bapakna nyaéta padagang sareng lahir ka kulawarga urang Kristen di kampung Fatli di pangadeg pangadeg Fatli di Karachi.
Basa Kutchi jeung Basa Inggris