Doherty ngamimitian usum 2012-13 ku éléh 4-5 ka Stuart Bingham di babak kadua Wuxi Classic jeung 3-5 ka Martin Gould di babak kahiji Australian Goldfields Open
.&lt;ref name="2012/13"&gt;&lt;/ref&gt; Anjeunna tungtungna nyusun 147 resmi munggaran dina karirna di rangking minor 2012 Paul Hunter Classic di Jérman nalika meunang babak kahiji ngalawan Julian Treiber. Manéhna terus nepi ka perempat final acara, kaleungitan 0<unk>4 ka Mark Selby. Doherty éléh dina kualifikasi pikeun Shanghai Masters jeung 2012 UK Championship sarta gagal maju saluareun babak wildcard tina Championship Internasional. Dina Tur Éropa kalima, Scottish Open, anjeunna ngahijikeun Luca Brecel jeung Ryan Day nepi ka semifinal dimana anjeunna éléh 2 ka 4 ngalawan Ding Junhui. Doherty dileungitkeun dina ronde kahiji German Masters ku Peter Lines, tapi tuluy boga run pangalusna usum di Welsh Open. Anjeunna ngéléhkeun juara dunya opat kali John Higgins 4×1 jeung Tom Ford 4×3 pikeun lolos ka perempat final. Manéhna mingpin Stuart Bingham 2<unk>0, tapi runtuyan pot anu teu kajawab ningal Doherty kaleungitan kapercayaan sarta manéhna terus éléh 3<unk>5. Perjalananna ka semifinal di Skotlandia Terbuka ngabantosan anjeunna réngsé ka-16 dina PTC Order of Merit pikeun kualifikasi salaku salah sahiji 26 pamaén luhur pikeun Final, tapi anjeunna éléh 2 <unk> 4 ka Kurt Maflin di babak kahiji. Doherty ampir-ampiran ngabalukarkeun salah sahiji comebacks dagangna ngalawan Matthew Selt dina babak ahir kualifikasi Kejuaraan Dunia salaku ti 4<unk>9 ka handap anjeunna nyaruakeun di 9<unk>9, tapi kaleungitan pigura mutuskeun. Hasilna hartina ieu mangrupikeun usum kahiji dimana Doherty henteu muncul dina acara Triple Crown snooker. Doherty ngaronjatkeun jajaranana ku dalapan tempat salila usum ieu pikeun réngsé dina urutan nomer 27 dunya.