Dina tanggal 1 Oktober 2003, tilu organisasi dihijikeun pikeun ngabentuk JAXA anyar: Jepang Institute of Space and Astronautical Science (ISAS), National Aerospace Laboratory of Japan (NAL), jeung National Space Development Agency of Japan (NASDA). JAXA dibentuk salaku Lembaga Administratif Independen anu dikelola ku Kamentrian Atikan, Budaya, Olahraga, Sains jeung Téhnologi (MEXT) jeung Kamentrian Urusan Dalam Negeri jeung Komunikasi (MIC).Sateuacan ngahiji, ISAS tanggung jawab pikeun panalungtikan luar angkasa jeung planét, sedengkeun NAL difokuskeun panalungtikan penerbangan. NASDA, anu diadegkeun dina tanggal 1 Oktober 1969, geus ngembangkeun rokét, satelit, sarta ogé ngawangun Japanese Experiment Module. markas NASDA anu lokasina di situs ayeuna tina Tanegashima Space Center, di Pulo Tanegashima, 115 kilométer kiduleun Kyūshū.
1 Oktober 2003