Tulis lanjutan untuk paragraf ini - Kulawarga Bačkis di Lituania dikaniaya ku Soviét; lanceukna Juozas dideportasi ka Siberia
dina Juni 1941 dimana anjeunna maot sataun saterusna. Klimas ditéwak ku Gestapo dina bulan Séptémber 1943 nu ninggalkeun diplomat senior Bačkis di Perancis. Taun anu sarua, Bačkis membela tesis PhD-na dina Concordat Lituania (diterbitkeun dina basa Lituania dina 2007). Sanggeus perang, Perancis henteu sacara resmi mikawanoh jasa diplomatik Lituania, Latvia, atawa Éstonia, tapi diidinan fungsina sacara teu resmi. Bačkis terus ngadidik rupa-rupa pajabat ngeunaan pendudukan Lituania jeung lobi pikeun non-pangakuan SSR Lituania pikeun mastikeun kontinuitas nagara. Anjeunna ogé nyebarkeun buletin inpormasi ngeunaan urusan Lituania (kaasup 33 édisi "Questions Lithuaniennes", 8 édisi "Bulletin Lithuanien", sareng buku "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), ngabantuan pangungsi Lituania, jsb. Dina taun 1948, Bačkis nyieun kontak jeung Juozas Lukša, hiji partisan anti-Soviet anu junun kabur ti Tirai Besi, sarta mantuan manéhna nyebarkeun informasi ngeunaan perjuangan bersenjata. Dina taun 1949, Komite pikeun Nagara Éropa Tengah jeung Wétan, dipingpin ku MP Inggris Harold Macmillan jeung ngalambangkeun rupa-rupa nagara Blok Wétan, diadegkeun ku Gerakan Éropa. Bačkis jadi wakil pupuhu Komite dina taun 1951. Anjeunna ogé wawakil Lituania ka Uni Féderalis Éropa, ngagabung ka Nouvelles équipes internationales (Tim Internasional Anyar), sareng Majelis Bangsa-Bangsa Éropa Tawanan. Bačkis ogé ngadesek pikeun ngadegkeun deui Akademi Élmu Katolik Lituania sarta aktip nampilkeun makalah panalungtikan dina sési na. Dina taun 1950, anjeunna dilélér Orde St. Gregory the Great ku Vatikan.