Tulis lanjutan untuk paragraf ini - Saatos invasi gabungan Jérman-Soviét ka Polandia, anu ngamimitian Perang Dunya II dina Séptémber 1939, Augustów dikawasa
ku Uni Soviét nepi ka 1941. Loba pangeusi dikirim ka pangasingan di Kazakhstan, ti mana sababaraha éta bisa balik sanggeus 6 taun. Tanggal 22 Juni 1941, ngan saméméh Jerman ngarebut kota, Soviét maéhan kira-kira 30-34 tahanan Polandia di Augustów salaku bagian tina pembantaian tahanan NKVD. Pasukan Nazi Jérman nempatan Augustów nepi ka taun 1944, sarta ngoperasikeun hiji kamp buruh paksa di kota. Perang Dunya II mawa karuksakan kira-kira 70% kota jeung pati atawa miang kalolobaan pangeusina, di antarana komunitas sababaraha rébu urang Yahudi anu dipenjara di ghetto anu aya di antara kanal jeung walungan. Maranéhna ampir kabéh dihukum pati ku Jérman saacan indit. Dina 1945 Soviét ngalaksanakeun roundup Augustów deukeut - hiji operasi husus ngalawan urut pajoang anti-komunis Armia Krajowa.