Dina taun 1958, Alam ngagabung jeung Komisi Énergi Atom Pakistan salaku panalungtik, sarta diarahkeun pikeun ngagabung jeung Institute of Nuclear Science and Technology (PINSTECH), situs laboratorium nasional di Nilore, dina taun 1970. Salila perang jeung India
Dina taun 1971, Alam mimiti resep kana komputasi jeung matematika, nulis program komputer bari ngagarap masalah-masalah nu patali jeung logika jeung matematika. Alam berperan penting dina ngadegkeun departemén komputer di Institute of Nuclear Science and Technology saméméh pindah ka Divisi Fisika.