Tulis hiji tuluyan pikeun paragraf ieu - Sanggeus Perang Sipil Amérika, Jones langsung ngagabung ka Angkatan Darat Uni. Tanggal 7 Juli 1861, anjeunna ngagabung jeung 37th New York Volunteers, nu dipikawanoh minangka "Irish Rifles", dina kapamingpinan Kolonel John H. McCunn. Mimitina manéhna jadi prajurit pribadi tapi geura-giru manéhna kapilih jadi letnan kadua ku para prajurit di resimen éta. Manéhna hadir dina Patempuran Bull Run Kahiji, ngan dua minggu sanggeus enrollment-Na, tapi nempo euweuh aksi salaku unit ieu diayakeun di cadangan. Jones némbongkeun "tingkah laku gagah" salila taun-taun kahijina jeung resimen jeung geura-giru naék pangkat jadi letnan kahiji jeung adjutant dina 4 Nopémber 1861, sarta saterusna jadi mayor dina 21 Januari 1862. Manéhna jeung "Irish Rifles" saterusna ngagabung jeung Korps III Jenderal Samuel P. Heintzelman, salaku bagian tina 3rd Brigade Divisi 3 di handapeun Brigadier Jenderal Philip Kearny, salila kampanye Semenanjung jeung milu dina Williamsburg, Seven Pines
jeung kampanye Tujuh Poé. Jones ogé hadir nalika 37th New York Volunteers, tuluy disambungkeun ka 3rd Brigade of the 1st Division of the III Corps, aya di Second Battle of Bull Run. Dina bulan Méi jeung Juni, manéhna mimiti kaserang malaria sarta dirawat di rumah sakit di Washington, D.C. dina 26 Séptémber sarta tetep aya nepi ka ahir Oktober. Manéhna ogé jadi perwira Mayor Jénderal Franz Sigel saméméh pangsiun Jénderal Ambrose Burnside jeung réorganisasi Angkatan Darat Potomac.