Burnett startede den nye sæson stærkt, da han kvalificerede sig til de to første rangeringer, Wuxi Classic og Australian Goldfields Open
- Hvad? I Wuxi slog han Neil Robertson 5<unk>1 i første runde, før han tabte til Mark Davis 3<unk>5.&lt;ref name="2012/13"&gt;&lt;/ref&gt; I Australien besejrede Burnett verdens nummer et Mark Selby 5<unk>3, men forlod derefter turneringen i anden runde igen efter et 1<unk>5 nederlag til Marco Fu, hvor Burnett beklagede sig over manglende konsistens i sit spil. På trods af dette vandt han næsten sin første professionelle titel på den mindre rangerede Gdynia Open, som var en del af Players Tour Championship-serien, ved at nå til finalen, hvor han stod over for Neil Robertson. Han var bagud med 0<unk>3 i best of seven frames-kampen, men kom tilbage for at udligne kampen med 3<unk>3. Det afgørende varede 52 minutter med Burnett mangler en sort ud af sin plads med en rød venstre til at miste 3<unk>4. Men hans løb til finalen hjalp ham med at kvalificere sig til finalen ved at afslutte 12. på PTC Order of Merit. I finalen mødte han Robertson igen og blev slået igen, denne gang med en scoreline på 2 til 4. Burnett kvalificerede sig også til det internationale mesterskab, men tabte 3-6 til Stephen Maguire i første runde. Fra december 2012 til slutningen af sæsonen kunne Burnett ikke vinde en anden kamp, hvilket kulminerede i et 6-10 tab til Yu Delu i tredje runde af World Championship Qualifying. Han sluttede sæsonen, hvor han startede den, rangeret som verdens nummer 39.