Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Med udbruddet af filippinsk-amerikanske krig
Malone blev overført til det nyoprettede 27. infanteriregiment i Filippinerne i midten af 1901 og deltog i jagten på oprørslederen Emilio Aguinaldo til Luzons sumpe og sumpe. Han blev beordret tilbage til USA, og efter sin forfremmelse til kaptajn den 2. november 1901 blev han udnævnt til instruktør i kemi ved United States Military Academy i West Point, New York. I denne egenskab underviste Malone en fremtidig general i hæren og Medal of Honor modtager, Douglas MacArthur.