Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Lyons var kun på Boston College i en kort periode, før han blev udnævnt til rektor for Gonzaga College. Han overtog stillingen den 27. december 1908, efterfulgt af Joseph J. Himmel. Kort tid efter han blev præsident, skete der et jordskælv.
I forbindelse med den første af de to begivenheder, der ramte Messina i Italien, holdt skolen en højtidelig højrequiem-messe for ofrene, som blev fejret af biskop Diomede Falconio og sunget af Bonaventura Cerretti. Biskop Denis J. O'Connell, justitsministeren Charles Joseph Bonaparte, den italienske ambassadør i De Forenede Stater, Joseph Himmel, og præster fra dominikanske, franciskanske og paulistiske ordener var til stede. Der blev afholdt et festmåltid til ære for den nye præsident den 10. februar, som blev overværet af kongresmedlem William Bourke Cockran. Lyons' embedsperiode sluttede den 8. juli 1909, da han blev efterfulgt af Eugene DeL. McDonnell.