Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den tredje kalif Uthman tiltrak vrede hos de muslimske bosættere i de erobrede lande som følge af hans kontroversielle politik, som blev set af mange som næstekærlig og indblanding i provinsens anliggender. I 656 blev han dræbt af de provinciale oprørere i Medina, den daværende hovedstad i kalifatet, hvorefter Ali, Muhammeds fætter og svigersøn, blev anerkendt som kalif af det medinske folk og oprørerne. I den efterfølgende første islamiske borgerkrig
(656 <unk> 661), Mu'awiya modsatte sig Ali fra hans fæstning i Syrien og kæmpede ham til en dødvande ved slaget ved Siffin i 657. I januar 661 blev Ali myrdet af en Kharijite (en fraktion modsat Ali og Mu'awiya), hvorefter hans søn Hasan blev anerkendt som hans efterfølger. I august førte Mu'awiya, der allerede var blevet anerkendt som kalif af sine partisaner i Syrien, sin hær mod Kufa, hovedstaden for Hasan og Ali i Irak, og fik kontrol over resten af kalifatet ved at sikre en fredsaftale med Hasan. Betingelserne i traktaten fastslog, at Mu'awiya ikke ville udpege en efterfølger. Selv om traktaten bragte en midlertidig fred, blev der ikke fastlagt nogen ramme for efterfølgelse.