Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Flåden var en af de eneste grene af det sovjetiske militær, der var i fuld beredskab, da den tyske invasion af Sovjetunionen begyndte. Den var blevet placeret i beredskab nr. 2 den 19. juni, og ved midnat den 21. juni flyttede flådens øverstkommanderende admiral Kuznetsov den til beredskab nr. 1. Som stabschef for den baltiske flåde var Panteleyev stærkt involveret i at bringe flåden i krigsberedskab. I slutningen af august, under invasionen, deltog han i den sovjetiske evakuering af Tallinn
, der kommanderede en dækningsafdeling af sovjetiske krigsskibe, og den 1. september tog ansvaret for en flåde af transporter, kanonbåde og andre fartøjer for at evakuere en del af det 50. riflekorps fra Koivisto. Han beskrev scenen i Tallinn i sin dagbog: Fjenden har ændret taktik, infiltrerer i små grupper... Alle flyvepladser er erobret af fjenden. Vores fly fløj mod øst. Flåden og byen er under bombardement. Smuk Pirita, der brænder... Andre forstæder brænder også. Store brande i byen. Barrikader bliver bygget ved havnen. Røg overalt... Skydningen fra skibe og landbatterier er ikke slukket. Vores kommandopost i Minna Harbour bliver konstant angrebet.