Den 18. januar 2016 blev det meddelt, at Safari ville vende tilbage til Malmö FF, når hans kontrakt med FC Basel udløb ved udgangen af sæsonen 2015/16. Safari underskrev en kontrakt med Malmö, der strækker sig over sæsonen 2020 og giver ham mulighed for at slutte sig til holdet halvvejs gennem sæsonen 2016
- Hvad? Han scorede et mål i Allsvenskan den 11. april 2017 mod GIF Sundsvall og blev udnævnt vice-kaptajn efter Markus Rosenberg. Han vandt sin tiende liga titel efter at have vundet Allsvenskan 2017, hvilket gjorde Zlatan Ibrahimović til den eneste svensker med flere liga titler. Safari blev en regelmæssig starter for MFF, da de kvalificerede sig til 2018-19 UEFA Europa League den 30. august 2018. Den 28. september 2020 meddelte Safari, at han ville trække sig tilbage fra professionel fodbold efter sæsonen 2020. Den 8. november 2020 vandt Safari og Malmö Allsvenskan 2020. Safari spillede sin sidste professionelle kamp den 6. december 2020 i en 4-0 sejr over Östersund, hvor han hævede Lennart Johansson Trophy bagefter og modtog en hyldest fra folk som Walter Samuel og Roger Federer.