Under borgerkrigen var havnen hovedbase for konfødererede og privatejede blokadebesætninger, som leverede desperat nødvendige forsyninger fra England. Unionen indførte en blokade for at begrænse de varer, Sydstaterne modtog. Byen blev erobret af Unionens styrker i Slaget ved Wilmington i februar 1865, cirka en måned efter faldet af Fort Fisher.
havde lukket havnen. Da næsten alle de militære aktioner fandt sted en vis afstand fra byen, overlevede mange førkrigsbygninger og andre bygninger krigsårene.