Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Bačkis' familie i Litauen blev forfulgt af Sovjet; hans bror Juozas blev deporteret til Sibirien
I juni 1941 hvor han døde et år senere. Klimas blev arresteret af Gestapo i september 1943, hvilket efterlod Bačkis seniordiplomat i Frankrig. Samme år forsvarede Bačkis sin ph.d.-afhandling om det litauiske konkordat (udgivet på litauisk i 2007). Efter krigen anerkendte Frankrig ikke officielt litauiske, lettiske eller estiske diplomatiske tjenester, men tillod dem at fungere uofficielt. Bačkis fortsatte med at uddanne forskellige embedsmænd om Litauens besættelse og lobby for ikke-anerkendelse af den litauiske SSR for at sikre statens kontinuitet. Han udgav også informationsbulletiner om litauiske anliggender (herunder 33 numre af "Questions Lithuaniennes", 8 numre af "Bulletin Lithuanien" og bogen "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), hjalp litauiske flygtninge osv. I 1948 gjorde Bačkis kontakter med Juozas Lukša, en anti-sovjetisk partisan, der formåede at undslippe Jerntæppet, og hjalp ham med at sprede oplysninger om den væbnede kamp. I 1949 oprettede Den Europæiske Bevægelse et udvalg for de central- og østeuropæiske lande, der blev ledet af det britiske parlamentsmedlem Harold Macmillan og repræsenterede forskellige lande i Østblokken. Bačkis blev næstformand for udvalget i 1951. Han var også litauisk repræsentant for Union of European Federalists, sluttede sig til Nouvelles équipes internationales (New International Teams) og Assembly of Captive European Nations. Bačkis opfordrede også til genoprettelse af det litauiske katolske videnskabsakademi og præsenterede aktivt forskningsartikler i sine sessioner. I 1950 blev han tildelt St. Gregorius den Stores Orden af Vatikanet.