Efter den fælles tysk-sovjetiske invasion af Polen, som startede Anden Verdenskrig i september 1939, blev byen besat af Tyskland
, som gennemførte en folkemordskampagne mod den lokale polske og jødiske befolkning. Chełmża var et af de steder, hvor tyskerne henrettede polakker i 1939 som en del af "Intelligenzaktion". Mange lokale polakker, især lærere, blev også massakreret i Barbarka skoven i dagens Toruń, også som en del af "Intelligenzaktion". Den tyske stat betragtede på det tidspunkt polakker og jøder som "untermenschen" og planlagde deres udryddelse som nationale grupper. For at undslippe denne skæbne tog mange lokale polakker den III og IV gruppe af Volksliste. I begyndelsen af 1945 i Chełmża blev polske tvangsarbejdere evakueret fra Jajkowo tvangsansat af tyskerne til Organisation Todt, men nogle lykkedes at flygte. Som følge af tysk udryddelse og undertrykkelse faldt byens befolkning til 10.000 i marts 1945.