Selv om vand menes at findes dybt inde i atmosfæren, er dens direkte målte koncentration meget lav. Nitrogen-, svovl- og ædelgasmængder i Jupiters atmosfære overstiger solværdierne med en faktor på omkring tre. Jupiters atmosfære mangler en klar nedre grænse og gradvist overgange ind i planetens indre. Fra laveste til højeste, de atmosfæriske lag er troposfæren, stratosfæren, BAghos og exosfæren. Hvert lag har karakteristiske instable temperaturgradienter. Det laveste lag af atmosfæren, menes at have et kompliceret system af tropiske skyer og spidser, og omfatter methan, ammoniak, brun, hvide og hvide, mens de andre farver, der er synlige, er meget stærkere end de røde, der er synlige. Modellen viser, at de to store farvezoner i Jupiters atmosfære er lig med de såkaldte røde bølger, hvide bølger, hvide bølger, hvide bølger, hvide bølger, hvide bølger og
to eller tre Jorden