Efter den tyske invasion af Polen, som startede Anden Verdenskrig i september 1939, kom SS-Totenkopf-Standarte Brandenburg ind i byen for at begå forskellige forbrydelser mod befolkningen. Allerede i slutningen af september 1939 myrdede tyskerne polske gidsler fra Kłodawa i den nærliggende Rzuchów-skov, og en af borgmesterne før krigen, Władysław Zalewski, blev myrdet i november 1939 i Środa Wielkopolska. Under Nazi-Tysklands besættelse
, blev byen omdøbt til "Tonningen" (1940<unk>1945). Allerede i 1940 blev den polske underjordiske modstandsbevægelse dannet i byen, og der blev også organiseret hemmelig polsk skolegang. I 1941 blev mere end 1.500 Kłodawa-jøder dræbt af nazisterne i udryddelseslejren i Chełmno. I 1943 arresterede tyskerne nogle af de lokale polske modstandsmedlemmer, som derefter enten blev dømt til døden eller fængsel. Kłodawas sognepræst, fader Teofil Choynowski, blev dræbt i Dachau-koncentrationslejren i 1943. Kłodawa blev endelig befriet den 19. januar 1945 af den Røde Hær og genindført i Polen.