Andretti vendte ikke tilbage til Le Mans, før hans fuldtids Formel 1-karriere var forbi. I 1982 var han partner med sin søn Michael i en Mirage M12 Ford. De kvalificerede sig på niende plads, men parret fandt deres bil fjernet fra startgrænsen 80 minutter før starten af løbet, da en embedsmand opdagede en oliekøler, der var monteret bag gearkassen, hvilket var imod reglerne. Bilen havde bestået den indledende inspektion fire dage før løbet. På trods af protester og klager blev Andretti's post helt fjernet og erstattet af en Porsche 924 Carrera GTR. Deres tilbagevenden i det følgende år var mere vellykket, da de sluttede som tredje. Fader-søn-holdet vendte tilbage med Marios nevø John. De blev sjette i en Porsche 962. Efter Mario's pensionering fra fuldtids racing, besluttede han at vende tilbage til banen for at tilføje en Le Mans sejr til sine resultater. Han kom tilbage på andenpladsen. Han sagde i et interview i 2006, at han mener, at Courage Competition-holdet "tabte løbet [i 1995] fem gange over" på grund af dårlig organisation. Han havde mislykkede bestræbelser i de følgende år med en trettende plads i, og derefter en DNF (Did Not Finish) for. Andretti's sidste optræden på Le Mans var i løbet i 2000
, seks år efter hans pensionering fra fuldtids racing, da han kørte Panoz LMP-1 Roadster-S i en alder af 60, og sluttede som 15.