En stor del af det katolske Frankrig, der var organiseret i den katolske liga, nægtede at anerkende en protestantisk monark og anerkendte i stedet Henrik 4.s onkel, kardinal Karl af Bourbon, som den retmæssige konge, og borgerkrigen fortsatte. Henrik vandt en afgørende sejr ved Ivry
Den 14. marts 1590 og efter kardinalens død samme år manglede forbundets styrker en åbenlys katolsk kandidat til tronen og delte sig i forskellige fraktioner. Men som protestant kunne Henrik 4. ikke erobre Paris, der var en katolsk fæstning, eller slå sine fjender, der nu havde spansk støtte, med sejr. Han konverterede tilbage til katolicismen i 1593 - han siges at have bemærket, "Paris er vel værd en masse" - og blev kronet konge med tilbagevirkende kraft til 1589 i katedralen i Chartres den 27. februar 1594.