Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Fenati startede 2016 sæsonen med en pole position i Qatar. Men han nåede kun 4. i løbet. Han sluttede på 20. plads i Argentina, før hans første sejr i sæsonen i USA. Han var syvende i Jerez, før han endte på andenpladsen i Le Mans, hvor han tabte til Brad Binder med 0,099 sekunder. Fenati kvalificerede sig på pole i Mugello, men formåede ikke at afslutte løbet. Han var fjerde i både Catalunya og Holland
, før en meningsløs 18 position i Tyskland. Fenati blev droppet af Sky Racing VR46 i Østrig som en disciplinær handling for at være uenig med Uccio Salucci. Den 16. august opsagde VR46-holdet deres kontrakt med Romano for sæsonerne 2016 og 2017, idet de anførte adfærdsmæssige problemer i konflikt med holdpolitikken som årsagen til opdelingen.