Fuldfør følgende sætning: Den 26. juni 1861 meldte Baxter sig til den amerikanske borgerkrig, og sluttede sig til 12. Massachusetts Volunteer Infantry som regimental kirurg. Han tjente indtil april 1862, da han blev udnævnt til brigadekirurg i Army of the Potomac. Han deltog i Peninsula kampagnen, herunder slaget ved Yorktown, Hanover Court House, og
Seven Pines.