Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Clinton anerkendte, at efter bombningen på USS "Cole"
Han har forberedt kampplaner for at gennemføre en militær operation i Afghanistan for at vælte Taliban og lede efter bin Laden. Planerne blev aldrig gennemført, fordi CIA og FBI ifølge Clinton nægtede at bekræfte, at bin Laden var ansvarlig for bombeangrebet, indtil han forlod embedet, og militæret ikke kunne modtage baserettigheder i Usbekistan. I forbindelse med Afghanistan kritiserede Clinton Bush-administrationen, da han sagde: "Vi har en regering, der mener, at Afghanistan er en syvendedel så vigtigt som Irak". Clinton sagde også, at hans administration forlod planerne og en omfattende anti-terror strategi med den nye Bush administration i januar 2001.