Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da Litauen blev besat af Sovjetunionen i juni 1940, hilste Aukštuolis sammen med andre dignitære Vladimir Dekanozov, stedfortræder for Vyacheslav Molotov, på Kaunas Lufthavn. Han forblev i Litauen, selvom hans kone flygtede til Argentina, og han brugte sine diplomatiske kontakter til at hjælpe Martynas Yčas med at flygte til Berlin. Efter den sovjetiske overtagelse mistede Aukštuolis sit job på ministeriet, men med en anbefaling fra Justas Paleckis (de arbejdede sammen på den litauiske legation i Riga) fik et job som lærer i russisk sprog på gymnasiet nr. 1 i Panevėžys. Han var en af de 17.500 litauere der blev deporteret til Sibirien under juni-deportationen
I 1941. Sammen med flere andre fremtrædende litauere, herunder tidligere præsident Aleksandras Stulginskis og minister Stasys Šilingas, endte Aukštuolis i Kraslag i Krasnoyarsk Krai. I 1942 blev han og 16 andre litauere igen arresteret og anklaget for antisovjetisk aktivitet. NKVD anbefalede en dødsdom, men den endelige dom på 25 års fængsel blev kun annonceret i februar 1952 <unk> næsten tre år efter Aukštuolis død fra tuberkulose og underernæring i Dubravlag.