I oktober 2018 blev det bekræftet, at Nakagami ville forblive hos LCR Honda på en 2018-spec-maskine til MotoGP-sæsonen 2019.
ved siden af holdkammeraten Cal Crutchlow. I den første halvdel af sæsonen opnåede han regelmæssigt top 10-finaler, men et kraftigt styrt på det hollandske TT og en efterfølgende skulderskade førte til et fald i form. Han valgte at afslutte sin sæson for tidligt efter sit hjemme Grand Prix for at gennemgå en operation for at reparere sin beskadigede skulder og komme sig før 2020-sæsonen. Han blev erstattet i de sidste tre runder af KTM-eksil Johann Zarco. Nakagami sluttede sæsonen på 13. plads med 74 point, mere end fordoblet sin rookie sæson.