Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Efter kommunistpartiets fald fra magten
I 1989 blev Brontosaurus en selvstændig organisation og omstruktureret internt. Organisationen besluttede at koncentrere sig om fritidsaktiviteter og uddannelse og undgå involvering i politik, som er så populær blandt de andre miljøgrupper i Tjekkiet. I 1992 forlod en gruppe medlemmer og oprettede uafhængig "Asociace Brontosaura" ("Association Brontosaurus"). I 1996 var en konflikt mellem to grupper inden for Brontosaurus nær ved at ødelægge den; opdagelsen af misbrug forværrede situationen yderligere. Konflikten blev i vid udstrækning løst i løbet af efteråret 1999 - 2000, men organisationen var finansielt ruineret (en anden beslaglæggelse af en tidligere leder blev opdaget). Regeringen gav mere end 80% af sit budget i 2001.