Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Kovač repræsenterede Kroatien i to VM, 2002 og 2006, og har også deltaget i to EM, 2004
og 2008. Ved VM 2006 spillede han godt i forsvaret, men efter at have taget en anden gul mod Japan, missede han den sidste gruppe kamp mod Australien gennem suspension. Uden Kovač kæmpede Kroatien i forsvaret med hans erstatning Tomas, der forpligtede håndbold til Australiens første mål via strafspark. Kroatien endte med at trække 2-2 med Australien, men blev elimineret fra turneringen. Med Kroatien, Leverkusen og Bayern var Kovač holdkammerater med sin storebror Niko Kovač. Han trak sig tilbage fra landsholdet i efteråret 2009, efter at have været kaptajn for holdet efter sin brors pensionering i 2008.