Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Gregor IX havde planlagt et generalråd til påske 1241 i Rom. Otto og mange andre kirkemænd, deriblandt Jakob af Pecorara, sejlede fra Genova til Rom. Den genovesiske flåde blev opfanget af den pro-imperial flåde i Pisa og besejret i et slag ved Giglio
Den 3. maj 1241. Otto og Jakob blev taget til fange og bragt til Salerno i Kongeriget Sicilien. Otto fik bedre behandling end James, måske fordi han blev anset for at være mere værdifuld i forhandlingerne.