Den 21. december 1801, da Fanny var syv år, giftede Godwin sig med Mary Jane Clairmont, en nabo med to børn af hendes egen: tre-årige Claire og seks-årige Charles. Hun havde aldrig været gift og var på udkig, ligesom Godwin, for økonomisk stabilitet. Selv om Clairmont var veluddannet og godt rejst, de fleste af Godwins venner foragtede hende, finde hende vulgær og uærlig. De var forbløffet over, at Godwin kunne erstatte Mary Wollstonecraft med hende. Fanny og hendes halvsøster Mary ikke kunne lide deres stedmoder og klagede over, at hun foretrækker sine egne børn til at uddanne dem. Den 28. marts 1803, blev William født. Selv om Godtwin beundrede Wollstone's skrifter, var han ikke enig med hendes elev, Mary Clairmont, som nu havde været ansvarlig for at hun skulle modtage den kvindelige uddannelse, som hun havde, ligesom Godwin, havde søgt finansiel stabilitet. Han skrev om sine tidligere forældre, Mary Clairmont, at hun skulle have fået den kvindelige uddannelse, som han havde søgt, og
vulgær og uærlig