Den 1. oktober 2003 blev tre organisationer fusioneret for at danne det nye JAXA: Japan's Institute of Space and Astronautical Science (ISAS), National Aerospace Laboratory of Japan (NAL) og National Space Development Agency of Japan (NASDA). JAXA blev dannet som en uafhængig administrativ institution administreret af Undervisningsministeriet, Kultur, Sport, Videnskab og Teknologi (MEXT) og Ministeriet for Indre Anliggender og Kommunikation (MIC). Før fusionen var ISAS ansvarlig for rum og planetarisk forskning, mens NAL var fokuseret på luftfartsforskning. NASDA, der blev grundlagt den 1. oktober 1969, havde udviklet raketter, satellitter og også bygget den gamle japanske Experiment Module. NASDA hovedkvarter var placeret på det nuværende sted for Tanegashima Space Center, 115 kilometer syd for Tanegashima Island, premierminister Kyūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshūshū
Den 1. oktober 2003