Fletcher nåede Manus den 9. oktober 1944 fra Humboldt Bay for at forberede invasionen af Leyte, som hun sorterede for den 12. oktober. Hun dækkede dem, mens de sendte deres både i land i de indledende landinger den 20. oktober, og den næste dag afrejste til Ny Guinea, og rydde således Leyte-bugten før
En stor kamp om kontrollen brød ud. Hun vendte tilbage til Leyte med transportskibe med forstærkninger den 23. november, og gennem den næste måned fortsatte hun sin støtte til den første fase af befrielsen af Filippinerne, eskorterede konvojer, affyrede bombardementer før landing i Ormoc Bay og Mindoro og affyrede japanske fly i flere angreb.