Fredsforhandlingerne med Østrig gik ingen vegne i foråret 1799, og Direktoratet besluttede at lancere en ny offensiv mod Tyskland, men ankomsten af en russisk hær under Alexander Suvorov og friske østrigske styrker under ærkehertug Karl ændrede magtbalancen for en tid. Jourdan's Army of the Danube krydsede Rhinen den 6. marts, men blev besejret af ærkehertug Karl, først i slaget ved Ostrach
og derefter ved slaget ved Stockach den 25. marts 1799. Jourdan's hær trak sig tilbage, mens Jourdan selv vendte tilbage til Paris for at bede om flere soldater.