Den største ferskvandssø i øgruppen, Laguna El Junco, ligger i et krater i højlandet i San Cristóbal, i den sydlige halvdel af øen. Søen huser en stor population af fugleliv, men at nå søen kræver en kort vandretur op ad bakke. I nærheden er La Galapaguera en ynglestation og helligdom for gigantiske skildpadder.
i et krater i højlandet ved San Cristóbal