En dag før tilfangetagelsen af Mazar i august 1998, bin Ladens tilknyttede
bombede to amerikanske ambassader i Afrika, dræbte 224 og sårede 4.500, mest afrikanere. USA reagerede ved at affyre krydsermissiler mod mistænkte terroristlejre i Afghanistan, hvor de dræbte over 20, men undlod at dræbe bin Laden eller endda mange af al-Qaeda. Mullah Omar fordømte missilangrebet og den amerikanske præsident Bill Clinton. Saudi-Arabien udviste Taliban-ambassadøren i protest over afvisningen af at udlevere bin Laden, og efter at Mullah Omar angiveligt havde fornærmet den saudiske kongefamilie. I midten af oktober stemte FN's Sikkerhedsråd enstemmigt for at forbyde kommercielle flyvninger til og fra Afghanistan og indefryse dets bankkonti over hele verden.