Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1238 dannede pave Gregorius IX en alliance mellem Genova og Venedig mod imperiet, og dermed også mod Pisa. Et år senere ekskommunikerede han Frederik II og indkaldte til et antiimperialistisk råd i Rom i 1241. Den 3. maj 1241 angreb en kombineret flåde af pisanske og sicilianske skibe, ledet af kejserens søn Enzo, en genuesisk konvoj med prælater fra det nordlige Italien og Frankrig, ved siden af øen Giglio (Slaget ved Giglio
), foran Toscana; genoverne mistede 25 skibe, mens omkring tusind søfolk, to kardinaler og en biskop blev taget til fange. Efter denne store sejr mislykkedes konciliet i Rom, men Pisa blev ekskommunikeret. Denne ekstreme foranstaltning blev først fjernet i 1257. Den toscanske by forsøgte at udnytte den gunstige situation til at erobre den korsiske by Aleria og endda belejre Genova selv i 1243.