Skriv en fortsættelse til dette afsnit - De sovjetiske myndigheder iværksatte sovjetiseringspolitikker: nationalisering af al privat ejendom, kollektivisering af landbruget, undertrykkelse af den katolske kirke og indførelse af totalitær kontrol. Samtidig blev der indført gratis uddannelse og et gratis nationalt sundhedssystem. De væbnede antisovjetiske partisaner blev likvideret i 1953. Omkring 130.000 litauere, der blev kaldt "folkets fjender", blev deporteret til Sibirien (se
og deportation i marts). Efter Joseph Stalins død i 1953 vedtog Sovjetunionen en afstaliniseringspolitik og satte en stopper for masseforfølgelser. Den ikke-voldelige modstand fortsatte både i Litauen og blandt den litauiske diaspora. Disse bevægelser var hemmelige, ulovlige og fokuserede mere på sociale spørgsmål, menneskerettigheder og kulturelle anliggender end på politiske krav.