Under belejringen af Petersburg kommanderede han 2. brigade, 1. division, X korps ved Chaffin's Farm og de efterfølgende aktioner langs Darbytown og New Market Roads. Army of the James blev derefter reorganiseret, og hans kommando blev 2. brigade, 2. division, XXIV korps, som var knyttet til Fort Fisher Expeditionary Corps under brigadegeneral Alfred H. Terry og deltog i
Det andet slag ved Fort Fisher og indtagelsen af Wilmington. Selv om Abbott ikke blev udnævnt til en fuld, materiel generalrang, nominerede præsident Abraham Lincoln Abbott den 25. januar 1865 til udnævnelse til rang af brevet brigadegeneral for frivillige, til rang fra den 15. januar 1865 for tapper tjeneste ved indtagelsen af Fort Fisher, og den amerikanske senat bekræftede prisen den 14. februar 1865. Under krigens sidste faser var han stationeret i Wilmington, North Carolina.