Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Fra november 1999 til november 2001 var han direktør for transnationale trusler i National Security Council (NSC), hvor han var ansvarlig for koordinering og gennemførelse af USA's terrorbekæmpelsespolitik. I denne periode, han styrede den amerikanske regerings reaktion på Millennium terror alarm, USS "Cole" angreb
Og 11. september-angrebene. Under sin tid på NSC, Cressey opfordret til skridt, der skal tages mod al-Qaeda og Bin Laden, som blev stort set ignoreret indtil 9/11.