Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Čech startede i Chelseas første kamp i 2012-13 sæsonen, Community Shield 2012 mod Manchester City, men undlod at holde clean sheet, da Chelsea gik ned 3-2 til mål fra Yaya Touré, Carlos Tevez og Samir Nasri. Han deltog også i den sidste UEFA Super Cup.
Han scorede fire mål, da Chelsea tabte 4-1 til UEFA Europa League-vinderne Atlético Madrid. I oktober 2012 tog Čech kaptajnens armbånd, da den regelmæssige Chelsea-kaptajn John Terry blev sidelinjet med et fire-match forbud.