Efter Uthmans død blev Ali, en fætter og svigersøn af Muhammed, kalif og flyttede hovedstaden fra Medina til Kufa, hvor Mukhtar havde et mindre embede under ham, og Mukhtars onkel blev guvernør i det nærliggende al-Mada'in. Nogle få af Muhammeds følgesvende, herunder Mu'awiya, guvernøren i Syrien, nægtede at anerkende Alis autoritet, og krig
- Jeg brød ud. Slaget ved Siffin endte i en blindgyde (juli 657), da Alis styrker nægtede at kæmpe som svar på Mu'awiya's opfordringer til voldgift. Ali modvilligt indvilligede i forhandlinger, men en fraktion af hans styrker, senere kaldet Kharijites, brød ud i protest og fordømte Alis accept af voldgift som blasfemisk. Voldgift kunne ikke løse tvisten mellem Mu'awiya og Ali, og sidstnævnte blev efterfølgende myrdet af en Kharijite i januar 661.