Bayezid blev besejret af Timur i slaget ved Ankara
, der indledte en borgerkrig om arvefølgen mellem hans sønner <unk> en periode kendt som "Ottomanske Interregnum". Junayd udnyttede situationen og angreb Aydınid-brødrene Isa og Umur II, som var blevet genindsat af Timur. I begyndelsen af 1406 var Isa og Umur døde, og Junayd var den ubestridte hersker over de tidligere Aydınid domæner. Ligesom alle regionens herskere, både kristne og muslimske, var Junayd også en aktiv deltager i borgerkrigen mellem Bayezids sønner İsa, Süleyman, Musa og Mehmed, hvor han skiftede side flere gange. Han støttede İsa mod Mehmed, og blev en vassal af Süleyman. Hans vedholdende forsøg på at udnytte konflikten for at udvide sin magt og uafhængighed tvang Suleiman til at sende ham som provinsguvernør i Ohrid i Rumeli i 1410. Efter Suleymans fald og død i 1411 ved sin bror Musas hånd vendte Junayd tilbage til Anatolien og erobrede Smyrna, men måtte anerkende Mehmeds overherredømme. I løbet af Mehmeds fravær i Rumeli for at føre kampagne mod Musa, krævede Junayd sin uafhængighed tilbage og angreb sine nabolande. Som følge heraf førte Mehmed i 1414 en regional koalition mod Junayd. Junayds mor var i stand til at redde hans liv, men endnu en gang blev Junayd bortført og sendt til Rumeli som guvernør i Nicopolis. Derfra sluttede han sig til Mustafa Çelebis mislykkede oprør, indtil byzantinerne indvilligede i at internere ham og Mustafa i 1416.