Skriv en fortsættelse til dette afsnit - På samme tid arbejdede bin Ladens organisation sammen med shiamuslimske militante: "Enhver muslim, fra det øjeblik de indser forskellen i deres hjerter, hader amerikanere, hader jøder og hader israelere. Det er en del af vores tro og religion". Det blev tilsyneladende inspireret af den shiitiske radikalismes succeser, såsom den iranske revolution i 1979, Ayatollah Khomeinis implementering af sharia, og de menneskelige bølgeangreb begået af radikale shiitiske teenagere i 1980'ernes Iran-Irak-krig. Denne shiamuslimske sympati kan også have været påvirket af det faktum, at Bin Ladens mor selv tilhørte den shiamuslimske sekt. Mens de var i Sudan, havde "seniorledere i al Qaeda kontakt med" det shiitiske Iran og Hizbollah, dets nære allierede shiitiske "verdensomspændende terrororganisation.... Al Qaeda-medlemmer fik råd og træning fra Hezbollah. "&lt;ref name="9/11 Commission Report, p.240"&gt;"9/11 Commission Report", p.240&lt;/ref&gt; hvor de menes at have lånt teknikkerne til selvmord og samtidig bombning. På grund af skiftet mellem sunni og shiamuslimer kunne dette samarbejde kun gå så langt. Ifølge rapporten fra 9/11-kommissionen blev Iran afvist, da det forsøgte at styrke forbindelserne med al-Qaeda efter angrebene i oktober 2000.
"fordi Bin Laden ikke ville fremmedgøre sine tilhængere i Saudi-Arabien".