Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Nikephoros blev født i 1002 til Michael Botaneiates og hans kone, medlemmer af familien Botaneiates, en fremtrædende militær familie fra det anatoliske tema. Ifølge Attaleiates tjente Nikephoross' bedstefar Nikephoros og far Michael begge som kommandører under Basil II () under hans felttog mod georgierne og hans erobring af Bulgarien.
Attaleiates er den eneste kilde, der giver disse oplysninger. Attaleiates hævder også, at familien Botaniati var beslægtet med den byzantinske kejser Nicephorus II Phocas og Phocas-familien. Dette blev næsten helt sikkert brugt af Nikephoros til at tilføje legitimitet til hans senere styre, og dette bekræftes af Psellos, der kalder Nikephoros III "Phocas" i sin gengivelse af den byzantinske kejser Michael VII Doukas' brev til ham. På et ukendt tidspunkt giftede Nikephoros sig med en kvinde ved navn Vevdene, men han giftede sig senere med Maria af Alania, den tidligere hustru til Mikael 7. Han synes at have haft mindst et barn med Vevdene, da Anna Komnene nævner hans barnebarn i "Alexiaden". Der er ikke meget andet kendt om Nikephoross' liv før 1053, bortset fra at han tjente som kommandør under kejser Konstantin IX Monomachos under Pecheneg-oprøret i 1048 <unk> 1053.