Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Under den russiske borgerkrig sluttede Malyshev sig til den Røde Hær i marts 1919 og blev sendt til 7. Rifle Division, hvor han tjente som chef for maskingeværsafdelingen i 30. og 58. Rifle Regimenter. Divisionen blev sendt til Østfronten med 2. armé, hvor den kæmpede mod Koltsjaks styrker i slag i Votkinsk-området og i erobringen af Votkinsk og Izhevsk. I sommeren 1919 blev divisionen sendt til den sydlige front, hvor den kæmpede i kampe mod de væbnede styrker i det sydlige Rusland i området Oboyan og Sudzha. Om efteråret deltog divisionen i Orel-Kursk-operationen.
og indtagelsen af Dmitrovsk, og i januar 1920 i undertrykkelsen af anti-sovjetisk modstand i området Glukhov, Putivyl og Konotop. I april blev Malyshev udnævnt til assisterende kommandør for personel i det 58. rifleregiment, der kæmpede i den polsk-sovjetiske krig på vestfronten, derefter i undertrykkelsen af Stanisław Bułak-Bałachowicz' styrker i området Ovruch og makhnovisterne i Poltava-guvernementet. For at have udmærket sig i kamp, blev Malysjev tildelt Ordenen med Røde Fanner i maj 1920.