Udfyld følgende sætning: Müller startede 2013/14 sæsonen under den nye manager Pep Guardiola ved at spille i den tyske Super Cup. Den 5. august scorede Müller et hat-trick, da Bayern vandt 5-0 i holdets 2013-14 DFB-Pokal første runde kamp mod Schwarz-Weiß Rehden. I Bayerns åbning 2013/14 Bundesliga-kamp, missede Müller en straf for første gang. Sekunder senere fik Álvaro Domínguez sparken fra straffen, hvilket resulterede i endnu en straf, som David Alaba konverterede. Efter dette udtalte Müller: "Jeg er stadig glad for at tage straffe, men jeg tror, at David Alaba er den vigtigste mand for spot sparker for nu". Han spillede i
UEFA Super Cup.