Efter at have gået på North Hollywood High School, hun deltog i California State University, Northridge, hvor hun var medlem af Alpha Chi Omega sorority og opnåede en grad i psykologi.Hannigan første store film rolle var i min stedmor er en Alien, en science-fiction komedie udgivet i 1988; en af hendes co-stjerner i filmen var skuespiller Seth Green, som senere sluttede sig til hende i den regelmæssige cast af Buffy som hendes on-screen kæreste.
11 og