Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Under landets borgerkrig
Fra 1979 til 1992 opererede en ekstrem højreorienteret dødspatrulje opkaldt efter ham, kaldet "Maximiliano Hernández Martínez Anti-Kommunistiske Brigade", i landet og påtog sig ansvaret for mordet på mange kristne demokratiske og marxistiske politikere samt uskyldige civile i El Salvador i 1980.