Sir Edward forfremmede Fleetwood til sin første kommando, som kommandør på en 18-kanons slup i 1807. Han var kun 17 på det tidspunkt. Efterfølgende blev skibene frigaterne og HMS "Psyche" i tjeneste. Fleetwood blev beskrevet af sin far i denne tid som "uden sammenligning den fineste unge i eskadrillen, universelt elsket", "en ægte skat" og "blomsten i min flok og blomsten i min flåde". Han blev bekræftet i rang af kommandør af sin far den 12. oktober 1807, og blev udnævnt til fungerende kommandør af 74-kanon, efterfulgt af kommandoen over i 1808. Han flyttede til 38-kanonen i juli 1808. Han forårsagede en kortvarig hændelse i Nagasaki havn, da han forankrede der i oktober, fangede flere hollandske embedsmænd og krævede forsyninger til sit skib. Japanerne kunne ikke modstå ham, og sendte forsyninger. Fleetwood blev bekræftet i sin rang af post kaptajn den 14. oktober 1808, og fortsatte med at se handling i Invasionen af Île de France i 1810 og
Javas reduktion i 1811. Fleetwood sejlede hjem med "Phaeton" i august 1812, hvor han eskorterede en konvoj af østindere. For sine tjenester modtog han en gave på 500 guineas og takken fra East India Company.