Som amerikanerne konvergerede til Manila fra forskellige retninger, fandt de ud af, at de fleste af de kejserlige japanske hær tropper, der forsvarede byen, var blevet trukket tilbage til Baguio City, på ordre af general Tomoyuki Yamashita, øverstkommanderende for japanske hærstyrker i Filippinerne. Yamashita planlagde at engagere filippinske og amerikanske styrker i det nordlige Luzon i en koordineret kampagne med det formål at købe tid til opbygning af forsvar mod den ventende allierede invasion af de japanske hjemøer. Han havde tre hovedgrupper under sin kommando: 80.000 mænd fra Shimbu Group i bjergene øst for Manila, 30.000 fra Kembu Group i bjergene nord for Manila og 152.000 i Shobu Group i det nordøstlige Manila.
Japanske hærstyrker på Filippinerne