Han blev overført til Kenya for infanteritjeneste som en privat i 1947, og tjente i den 21. KAR infanteribataljon i Gilgil, Kenya Koloni indtil 1949. Det år, blev hans enhed udsendt til det nordlige Kenya for at bekæmpe somaliske oprørere i Shifta krig. I 1952 blev hans brigade udstationeret mod Mau Mau oprørere i Kenya. Han blev forfremmet til korporal samme år, derefter til sergent i 1953. I 1959 blev Amin forfremmet til den højeste rang for en sort afrikaner i den britiske koloniale hær på den tid. Amin blev forfremmet til Uganda i året og 1961 blev han dog løgnagtigt hævdede at have tjent i Burma kampagnen i Anden Verdenskrig. Han blev gentagne gange udnævnt til en høj løjtnant i den britiske hær, og blev derefter udnævnt til en høj løjtnant i den britiske hær i løbet af den britiske hærs turneringer i Uganda i 1960 og 1962, hvor han blev udnævnt til en høj løjtnant.
I 1962