Fuldfør følgende sætning: Den 9. februar 1995 blev Desjardins handlet til Philadelphia Flyers sammen med John LeClair og Gilbert Dionne i bytte for Mark Recchi og et 3. runde valg i
1995 NHL Entry Draft (Martin Hohenberger). Han blev hentet for at styrke Flyers' forsvar, og det gjorde han, da han vandt den første af syv Barry Ashbee Trophies, en pris, der gives årligt til Flyers' bedste blueliner. Han spillede resten af sin karriere med Flyers, opnå to NHL andet hold All-Star udvælgelser (1999, 2000) og to mere All-Star Game optrædener (1996, 2000). Hans 396 point med Flyers ligger på andenpladsen blandt forsvarsspillere efter Mark Howes 480 i holdets historie. I sæsonen 1999-2000 blev Desjardins Flyers' kaptajn, da Eric Lindros blev frataget kaptajnskabet på grund af sine klager over Flyers' medicinske personale.