Efter Molotov-Ribbentrop-pagten annekterede Sovjetunionen Bessarabien.
og proklamerede den Moldaviske Socialistiske Sovjetrepublik. Bessarabiens metropol blev tvunget til at afbryde sin aktivitet. I samme periode oprettede Moskvas patriarkat af den russiske ortodokse kirke på den nye sovjetrepubliks område et nyt bispedømme i Kishinev. I 1990 blev det hævet til rang af ærkebispedømmet.