Ubaydallahs herredømme over Egypten blev oprindeligt anfægtet af den abbasidiske centralregering, som stadig forsøgte at komme sig fra det tab af autoritet, den havde pådraget sig på grund af borgerkrigen
mellem de rivaliserende kaliffer al-Amin og al-Ma'mun i 811-813, og kort efter sin tron blev han tvunget til at håndtere en invasion af Khalid ibn Yazid al-Shaybani, der var blevet delegeret af al-Ma'mun til at overtage kommandoen over landet. Ubaydallah besluttede at yde modstand, og selv med Ibn al-Jarawi, der gav Khalid hjælp, kunne han vinde et slag mod sidstnævnte i udkanten af Fustat. I løbet af de næste par måneder kæmpede de to sider flere kampe; til sidst trak Ibn al-Jarawi sin støtte tilbage, og Khalids position blev alvorligt forringet, og i begyndelsen af 823 blev han endelig besejret og taget til fange af Ubaydallah. Ubaydallah vendte tilbage til hovedstaden og efterfølgende frigav Khalid, hvilket tillod ham at trække sig tilbage fra provinsen til Mekka.