Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1580 invaderede kong Filip II af Spanien Portugal efter en krise i arvefølgen, der var forårsaget af kong Sebastians død under et katastrofalt portugisisk angreb på Alcácer Quibir
i Marokko i 1578. På Cortes of Tomar i 1581 blev Filip kronet som Filip I af Portugal, hvilket forenede de to kroner og oversøiske imperier under spansk Habsburg-herredømme i en dynastisk iberisk union. I Tomar lovede Filip at holde imperierne juridisk adskilte, og overlod administrationen af det portugisiske imperium til portugisiske statsborgere, med en vicekonge af Portugal i Lissabon, der tog sig af hans interesser. Filip flyttede endda hovedstaden til Lissabon i en toårig periode (1581-83) på grund af, at det var den vigtigste by på den iberiske halvø. Alle de portugisiske kolonier accepterede den nye tilstand undtagen Azorerne, som holdt ud for António, en portugisisk rivaliserende tronsøgende der havde fået støtte fra Catherine de Medici af Frankrig i bytte for løftet om at afstå Brasilien. Spanske styrker erobrede øerne i 1583.