Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I februar 1939 bad Pétillon om at blive udstationeret i den belgiske Congo og modtog en stilling som "chef de cabinet" for generalguvernøren, Pierre Ryckmans. Han var stadig i Congo i maj 1940, da Tyskland invaderede Belgien. På trods af at han var udstationeret som De Vleeschauwers "chef de cabinet" med den belgiske eksilregering i London, tilbragte Pétillon det meste af Anden Verdenskrig i Congo. Efter befrielsen af Belgien
I september 1944 spillede Pétillon en stor rolle i genopretningen af forbindelserne mellem den koloniale administration i Afrika og ministeriet for kolonierne.