Fagan blev udnævnt til andenløjtnant i marinen i januar 1942. Fagan tjente som kommanderende officer for kompagni G, anden bataljon, 9. marinekorps, 3. marinedivision. Han kæmpede i Bougainville, Guadalcanal, New Zealand, Kwajalein,
Eniwetok, og Guam kampagner. Han blev alvorligt såret i hånd-til-hånd kamp på Iwo Jima den 26. februar 1945; han blev evakueret og døde den følgende dag. Fagan blev to gange tildelt Navy Cross: en gang for sine handlinger i Slaget om Guam, den anden for sine handlinger i Slaget om Iwo Jima. Han modtog den anden pris posthumt.