I marts 1941 blev kontreadmiral Giffen kommandoen over en krydserdivision. Han ledede den nordatlantiske neutralitetspatrulje i stadig mere "krigsagtige" operationer i den sidste del af 1941. Da krigen formelt begyndte for De Forenede Stater i december, kommanderede han overvandsstyrker, der eskorterede konvojer og til tider opererede sammen med den britiske hjemmeflåde. I november 1942 deltog han
Invasionen af Nordafrika, hvor hans taskforce aktivt engagerede franske krigsskibe og fly ud for Casablanca, Marokko.