Fuldfør følgende sætning: Saladins bror Al-Adil genopbyggede borgen helt mellem 1203 og 1216 som reaktion på udviklingen af modvægten trebuchet. Efter hans død brød magtkamp ud mellem de andre ayyubidiske fyrster, og selv om Damaskus skiftede hænder flere gange, blev citadellet kun taget med magt én gang, i 1239. Citadellen forblev i Ayyubidernes hænder, indtil mongolerne under deres general Kitbuqa erobrede Damaskus i 1260, og dermed sluttede Ayyubidernes styre i Syrien. Efter et mislykket oprør i citadellet fik mongolerne det meste af det nedrevet. Efter at mamlukkerne i 1260 havde besejret mongolerne, som havde efterfulgt ayyubierne som herskere over Ægypten, kom Damaskus under mamlukernes herredømme. Bortset fra korte perioder i 1300 og 1401, da mongolerne erobrede Damaskus, kontrollerede mamelukkerne borgen indtil 1516. I det år faldt Syrien i hænderne på Det Osmanniske Rige. Damaskus overgav sig uden kamp, og fra det 17. århundrede og fremefter fungerede citadellet som kaserne for de osmanniske infanterieenheder. Citadellen begyndte at falde i forfald i det 19. århundrede, og dens sidste militære brug var i 1925, da franske soldater beskød den gamle by fra citadellen som svar på
Det store syriske oprør mod det franske mandat i Syrien. Citadellen fortsatte med at tjene som kaserne og fængsel indtil 1986, da udgravninger og restaureringer begyndte. Fra 2011 er udgravning og restaurering stadig i gang.