Hernández, der er kendt for sit lange blonde hår, sin nummer 15 trøje og sit kælenavn "El Matador", fik sin første landskamp mod Uruguay den 1. februar 1995. Hernández scorede sit første internationale mål den 16. november 1995 mod Jugoslavien. Hernández blev kendt under
1997 Copa América, hvor han scorede seks mål og blev turneringens førende målmand. Ved VM i 1998 sluttede han blandt turneringens bedste scorere med fire mål, og blev den første mexicanske spiller til at score mere end to mål i VM-historien. De 35 mål, han scorede for Mexico, binder ham med Carlos Hermosillo til at følge Cuauhtémoc Blanco (39 mål), Jared Borgetti (46 mål) og Javier Hernandez (51 mål) som landets fjerde højeste all-time førende målmand.