Bayern startede sin Bundesliga den 9. august mod Borussia Mönchengladbach med en 3-1 sejr og sluttede den 10. maj med en 1-0 sejr mod VfB Stuttgart. Bayern besejrede Schwarz-Weiß Rehden 5 til 0 i første runde af DFB-Pokal. Bayern gik ind i Champions League i gruppefasen. De besejrede CSKA Moskva 3 til 0 i deres åbningsmatch i konkurrencen den 17. september. De gik til FIFA Club World Cup i december og hævdede titlen som Club World Champion efter sejre mod Guangzhou Evergrande og Raja Casablanca. Bayern deltog også i DFL-Supercup og UEFA Super Cup.
- Hvad? De tabte til Borussia Dortmund i DFL-Supercupen og besejrede Chelsea i en shoot<unk>out i UEFA Super Cup, hvilket gjorde 2013 til det mest succesfulde år i klubbens historie efter antal turneringer vundet (fem).