Lynn sluttede sin første halvleg med en 3,41 ERA og 11/4 rekord i 17 starter. Efterfølgende blev han udnævnt til sin første All-Star Game. Men han skændtes med en 5.23 ERA i sine næste otte starter, og blev fjernet fra rotationen. Joe Kelly erstattede ham i rotationen. Gennem sine første 25 starter, var han 13-5 med en 3,93 ERA. Hans ERA i august voksede til 6,66 og hans ERA i anden halvleg var 4,32. Lynn tilskrev hans uoverensstemmelse til vægtforøgelse og dårlig konditionering. Han sluttede den regulære sæson med en 18-7 rekord og 180 strikeouts, 3.78 ERA i 35 kampe, 29 starter og 176 innings. Hans 9,2 K/9 sats placeret fjerde i franchise historie. Han blev nummer to i NL i sejre, nummer syv i vindende procent, og nummer fire i K/9. Lynn blev tilføjet tilbage til rotationen i NLDS mod Washington Nationals efter holdet skiftede Jaime García til DL på grund af en rotator cuff skade. Han startede 5. kamp i
NLCS mod San Francisco Giants, hvor Cardinals holdt en 3-1 serie føring. Men han opgav fire runs i innings, da Cardinals til sidst tabte serien.