Paladset blev brændt ned i 1592 under den japanske invasion og rekonstrueret i 1609 af kong Seonjo og kong Gwanghaegun. Paladset brændte ned igen i 1623 på grund af kong Injo et politisk oprør mod Gwanghaegun. Paladset blev også angrebet af Manchu Qing, men gennem hele sin historie med rekonstruktion og reparation er forblevet tro mod sit oprindelige design. Changdeokgung var stedet for det kongelige hof og regeringssæde indtil 1868, da den nærliggende Gyeongbokgung blev genopbygget. Koreas sidste kejser, Sunjong boede her indtil sin død i 1926. Andre medlemmer af den tidligere kongelige familie fik lov til at bo i dele af paladset som tidligere kronprins Yi Un, der boede i Naksee jaon-hallen (bygninger) med sin kone prinsesse Buja og søster prinsesse Bang Bang.
1926