Marines hovedkvarter blev oprindeligt oprettet i Naval Base Dhaka i Øst-Pakistan i 1971 men flyttet til Karachi efter den tredje krig
med Indien. I 1990 blev marinesoldaterne organiseret i PNS Himalaya i første omgang, men den organisatoriske kommando blev flyttet til Manora Fort beliggende i PNS Qasim, der blev omdøbt til Qasim Marine Base i 1995. General militær administration og logistik for marinesoldaterne drives fra Qasim Marine Base i Karachi.