Efter krigen blev al-Bazzaz valgt som dekan for Bagdads lovskole. I 1956 blev han tvunget ud af regeringen for at protestere mod
Invasionen af Egypten af Frankrig, Storbritannien og Israel. Han underskrev en petition, der var meget kritisk over for den irakiske regerings holdning under Suez-krisen under premierminister Nuri as-Said, en fast modstander af den egyptiske præsident Gamal Abdel Nasser. Al-Bazzaz vendte tilbage til Bagdad Law College som dekan efter revolutionen i 1958. Al-Bazzaz' interesse for den pan-arabiske bevægelse satte ham igen i uoverensstemmelse med den nye regering af Abd al-Karim Qasim (1958-1963), en irakisk nationalist i linje med kommunistiske kræfter. I 1959 indledte oberst <unk>Abd al-Wahhab al-Shawwaf, der var øverstbefalende for Mosul-garnisonen, et oprør. Efter fire dages kamp blev han dræbt, og oprøret blev knust. Efter kollapsen af Shawwaf-oprøret blev al-Bazzaz arresteret og tortureret. Efter sin løsladelse tog al-Bazzaz til Egypten, hvor han blev dekan for Institut for Arabiske Studier ved Den Arabiske Liga.