Cruise giftede sig med skuespillerinden Mimi Rogers den 9. maj 1987. De blev skilt den 4. februar 1990. Rogers introducerede Cruise til Scientology-kirken. Han mødte sin anden kone, skuespillerinden Nicole Kidman, på optagelsen af deres film Days of Thunder (1990). Parret blev gift den 24. december 1990. Cruise og Kidman adopterede to børn, Isabella Jane (født 1992) og Connor Antony (født 1995). I februar 2001 søgte Cruise om skilsmisse fra Kidman, mens hun var uvitende gravid. Graviditeten endte med et abort.
Februar 2001