Frederiksberg blev grundlagt, da kong Christian III overflyttede 20 hollandske familier fra Amager til området, som blev kendt som "Ny Hollænderbyen" eller Ny Amager. Beboerne i dette samfund byggede en lille trækirke i 1653 på tværs af gaden fra den nuværende Frederiksberg Kirke, omtrent hvor Storm P. Museum står i dag. Den blev nedbrændt af svenske tropper i 1658 under angrebet på København
i den anden nordlige krig. Efter krigen vendte det hollandske samfund tilbage til området, men på grund af den dybe fattigdom blev en ny kirke først færdig i 1681.