I september 1940 grundlagde Aboulker et modstandsnetværk i Algier i samarbejde med sin fætter Roger Carcassonne, der havde gjort det samme i Oran, og Aboulker blev efterfølgende en af de vigtigste ledere af modstandsbevægelsen i det pro-nazistiske Vichy-Algeriet. De to fætre mødte Henri d'Astier de la Vigerie, med hvem de forberedte sig på at støtte den forventede
De allieredes landgang i Nordafrika i samarbejde med oberst Germain Jousse og den amerikanske konsul Robert Murphy, præsident Roosevelts repræsentant i Algier. Hovedkvarteret for forberedelsen var hans fars hus på Rue Michelet 26.