Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Jeltsin holdt en lav profil efter sin afsked, idet han næsten ikke afgav offentlige udtalelser eller optrådte. Han kritiserede sin efterfølger i december 2000 for at støtte genindførelsen af den sovjetiske nationalmelodi. I januar 2001 blev han indlagt i seks uger med lungebetændelse som følge af en virusinfektion. Den 13. september 2004 efter gidsel-angrebet på Beslan-skolen
og næsten samtidig terrorangreb i Moskva, lancerede Putin et initiativ til at erstatte valget af regionale guvernører med et system, hvorved de ville blive direkte udpeget af præsidenten og godkendt af regionale lovgivende forsamlinger. Jeltsin, sammen med Mikhail Gorbatjov, kritiserede offentligt Putins plan som et skridt væk fra demokratiet i Rusland og en tilbagevenden til det centralt styrede politiske apparat fra sovjettiden.