Efter en kort pause startede Bayern den nye sæson med at vinde UEFA Super Cup.
for anden gang i deres historie. I en tæt udkæmpet kamp besejrede Bayern Sevilla 2-1 efter forlænget tid, hvor Javi Martínez scorede sejrsmålet. I februar 2021 vandt de FIFA Club World Cup 2020 (forskudt fra december 2020 på grund af COVID-19-pandemien) efter at have besejret de afrikanske mestre Al Ahly SC 2 <unk> 0 med en brace fra Robert Lewandowski, og derefter vandt i finalen mod det mexicanske hold Tigres UANL 1 <unk> 0 efter et mål fra Benjamin Pavard og blev kun den anden klub til at vinde sextuple, efter at Barcelona vandt det i 2009. Senere undlod Bayern at forsvare sin Champions League-titel efter at være blevet slået ud af PSG i kvartfinalen. Det lykkedes dog at vinde sin niende Bundesliga-titel i træk. I løbet af sæsonen slog Robert Lewandowski Gerd Müllers rekord for antallet af mål scoret i en Bundesliga sæson efter at have scoret 41 gange.