De første 747-100s blev bygget med seks vinduer på øverste dæk (tre på hver side) for at rumme lounge-områderne på øverste etage. Senere, da flyselskaberne begyndte at bruge det øverste dæk til premium passagerpladser i stedet for lounge-plads, tilbød Boeing en ti-vindue øverste dæk som en mulighed. Nogle tidlige -100s blev eftermonteret med den nye konfiguration. -100 var udstyret med Pratt & Whitney JT9D-3A motorer. Ingen fragtvogn version af denne model blev udviklet, men mange 747-100s blev omdannet til fragtvogne.
seks vinduer på det øverste dæk (tre på hver side)