Efter krigen faldt marinekorpset i en tilstand, der endte med udnævnelsen af Archibald Henderson som sin femte kommandant i 1820. Under hans embedsperiode tog korpset ekspeditionsopgaver i Caribien, Mexicogolfen, Key West, Vestafrika, Falklandsøerne og Sumatra. Kommandant Henderson er krediteret med at forpurre præsident Jacksons forsøg på at kombinere og integrere marinekorpset med hæren. I stedet vedtog kongressen loven om bedre organisation af marinekorpset i 1834, der fastslog, at korpset var en del af flåden som søster til flåden. Dette ville være den første af mange uafhængige gange, at korpsets eksistens blev udfordret.
Marinekorps