Comey blev født den 14. december 1960 i Yonkers, New York, til forældre Joan Marie Comey (født Herald) og J. Brien Comey. Hans bedstefar, William J. Comey, var en officer og senere kommissær i Yonkers Politiet. Familien flyttede til Allendale, New Jersey, i begyndelsen af 1970'erne. Hans far arbejdede i corporate fast ejendom og hans mor var en computer konsulent og husmor. Comey er af irsk herkomst. Han gik på Northern Highlands Regional High School i Allendale; i 1977 han og hans bror var ofre for en hjem invasion af en kriminel kaldet "The Ramsey voldtægtsmand". Comey dimitterede fra College of William og Mary i 1982, med hovedfag kemi og religion. Hans afhandling analyserede den senior jurist Reinhold Niebuhr og televangelist Jerry Falwell, understreger deres fælles tro.
Juris Doctor (JD)