I januar og februar 1554 brød Wyatt's oprør ud; det blev hurtigt undertrykt. Elizabeth blev bragt for retten og afhørt om hendes rolle, og den 18. marts blev hun fængslet i Tower of London. Elizabeth protesterede inderligt mod sin uskyld. Selv om det er usandsynligt, at hun havde sammensværget med oprørerne, var nogle af dem kendt for at have nærmet sig hende. Marys nærmeste fortrolige, Charles V's ambassadør Simon Renard, hævdede, at hendes trone aldrig ville være sikker, så længe Elizabeth levede; og kansleren, Stephen Gardiner, arbejdede for at få Elizabeth stillet for retten. Elizabeths tilhængere i regeringen, herunder Lord Paget, overbeviste Mary om at skåne sin søster i mangel af hårde beviser mod hende. I stedet blev Elizabeth den 22. maj flyttet fra Crowstock Tower til Woodstock, hvor hun blev fængslet for at tilbringe næsten et år under opsyn af Sir Henry Bedingfield.
Tower of London