I 1971 blev han forfremmet til kommodor og havde midlertidigt rang af kontreadmiral for at overtage ubådskommando under den tredje krig.
med Indien. I 1972 overtog kommodore Niazi kommandoen over den pakistanske flåde, før han blev udvalgt til at deltage i National Defence University i Islamabad for at fuldføre en kandidatgrad i strategiske studier, også i 1972.