Efter at have hørt William B. Travis' bøn om hjælp ved Alamo
Burnet rejste til Washington-on-the-Brazos for at rekruttere hjælp fra konventionen i 1836. Han forblev ved konventet og blev valgt som midlertidig præsident den 17. marts 1836. På hans ordre flygtede regeringen fra Washington-on-the-Brazos til Harrisburg, hvilket inspirerede Runaway Scrape. Burnet undgik næppe at blive fanget af mexicanske tropper den følgende måned.