I juni 1940 blev Litauen besat af Sovjetunionen. Sovjetunionen indførte en hård sovjetisering politik, herunder nationalisering af større virksomheder, jordbesiddelser og fast ejendom. Modstandere af kommunismen og det nye regime blev forfulgt: Det anslås at 6.600 blev fængslet som "folkets fjender" og at 17.600 blev deporteret til Sibirien
- Hvad? Den litauiske hær blev omorganiseret til det 29. riflekorps (179th Rifle og 184th Rifle Divisioner) af den Røde Hær. Mere end 500 litauiske officerer blev pensioneret og 87 blev fængslet.