En række jakobitiske oprør fandt også sted i Skotland, hvor viscount Dundee rejste Highland styrker og vandt en sejr den 27. juli 1689 i slaget ved Killiecrankie
, men han døde i kampen og en måned senere skotske Cameronian styrker undertrykte oprøret ved slaget ved Dunkeld. Vilhelm tilbød skotske klaner, der havde deltaget i oprøret, en benådning, forudsat at de underskrev troskab inden for en deadline, og hans regering i Skotland straffet en forsinkelse med Massakren i Glencoe i 1692, som blev berygtet i jakobitisk propaganda, da William havde underskrevet ordrerne. Vilhelm bøjde sig for den offentlige mening og afskedigede dem der var ansvarlige for massakren, selv om de stadig var til hans fordel. Ifølge historikeren John Dalberg-Acton blev "en af dem oberst, en anden riddere, en tredje æresmand og en fjerde jarl".