Han har gennemgået en vasektomi procedure. Mens han promoverer sin 2009 film 12 Rounds, annoncerede Cena sin forlovelse med Elizabeth Huberdeau. De blev gift den 11. juli 2009. Den 1. maj 2012 ansøger Cena om skilsmisse, som blev afsluttet den 18. juli. Senere samme år begyndte han at forloves med medbryder Nikki Bella. De blev forlovet, da Cena friede til hende på WrestleMania 33 den 2. april 2017, men deres forhold sluttede i april 2018. De var planlagt til at gifte sig den 5. maj 2018.
11. juli 2009