Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Brescia vandt den anglo-italienske Cup i 1994, den største bemærkelsesværdige præstation i hele deres historie til dato. Brescia kom faktisk til fodboldfronten først i 2000, da den tidligere uinteresserede klub underskrev tidligere FIFA World Player of the Year Roberto Baggio, der førte Brescia til en syvende placering i sæsonen 2000-01, og dermed kvalificerede sig til UEFA Intertoto Cup. Successivt nåede Brescia Intertoto Cup-finalen, men tabte til Paris Saint-Germain i henhold til reglen om udebanemål efter at have opnået en 0<unk>0 udebanedræ i første kamp og en 1<unk>1 hjemmebanedræ i anden kamp. Baggio tilbragte fire år i Brescia, før han trak sig tilbage i 2004, og i løbet af disse historiske fire år blev Brescia kendt som "Baggios Brescia". I løbet af Baggios fire år med Brescia optog klubben sin bedste løb nogensinde i Serie A. I den næste sæson, der fulgte Baggios pensionering (2004-05), blev Brescia dog forvist fra Serie A på den sidste dag og sluttede på en beskeden 19. plads. Brescia kæmpede for at vende tilbage til topfløjen efter nedrykning og vendte endelig tilbage til Serie A efter at have slået Torino med 2-1 i sæsonen 2009-10. I sæsonen 2010/11
I sæsonen 2014/15 blev de degraderet til Lega Pro efter at have afsluttet anden fra sidste. Men efter Parmas konkurs og nedstigning til Serie D var Brescia blandt de hold, der blev valgt til at erstatte dem i Serie B. En ny forfremmelse til Serie A blev sikret i sæsonen 2018/19 med to kampe tilbage.