Rakitić startede La Liga-sæsonen 2012/13 med en assist i åbningskampen mod Getafe. Den 12. september gav han endnu en assist til Piotr Trochowski hjemme i en 1-0 sejr over Real Madrid. Han scorede sit første mål i sæsonen på Matchday 5 mod Deportivo de La Coruña. Rakitić scorede to mål i de første 20 minutter af den anden Sevilla derby i sæsonen mod Real Betis. Dette var hans tredje mål i sæsonen mod Sevilla's byrivaler, da han også havde scoret i den første Sevilla derby i sæsonen, da Sevilla fejrede en 5-1 sejr. Under kampen mod Real Sociedad tilføjede Rakitić to mål til sit tally, men det andet var et selvmål, der gjorde kampen lig med 1<unk>1 efter at han scorede det første mål for at give sin klub en 1<unk>0 føring. Indtil slutningen af sæsonen spillede han i alt 42 kampe for klubben og scorede 12 mål for holdet, hvoraf tre kom i Copa del Rey.
- Hvad? Han sluttede også sæsonen med ti liga assists. Statistikken viste, at Rakitić skabte 100 chancer i alt, en sum, der rangerer fjerde blandt alle spillere i Europa den sæson.