Samme år meldte han sig ind i flåden i Konfederationskrigen.
om bord på korvetten "Libertad", som erobrede "Socabaya", som blev efterladt under hans kommando. Efter at være vendt tilbage til Chile blev han forfremmet til kaptajn. På grund af sin fremragende tjeneste i slaget ved Casma modtog han en medalje fra Chiles guvernør. Han kommanderede ketchen "Magallanes" i 1846 og dampskibet "Cazador" fra 1851 til 1856, som sank i en af Chiles værste havkatastrofer.