Ved midten af 1990'erne var det blevet klart, at den mest alvorlige trussel mod Mahathirs magt var hans stedfortræders, Anwars, ambitioner om lederskab. Anwar begyndte at distancere sig fra Mahathir, åbent fremme hans overlegne religiøse legitimationer og syntes at antyde, at han favoriserede lempelse af de restriktioner på borgerlige frihedsrettigheder, der var blevet et kendetegn for Mahathirs premierskab. Mahathir fortsatte dog med at støtte Anwar som hans efterfølger, indtil deres forhold kollapsede dramatisk under den asiatiske finanskrise. Deres positioner divergerede gradvist, med Mahathir opgav den stramme penge- og finanspolitik opfordret af IMF. På UMNO Generalforsamlingen i 1998 kritiserede en ledende Anwar-tilhænger, Ahmad Zahid Hamidi, regeringen for ikke at gøre nok til at bekæmpe korruption og korruption.
Rush til scenen og overbevise ham med tårer for at forblive