Seán Patrick O'Malley blev født som Patrick O'Malley den 29. juni 1944 i Lakewood, Ohio, søn af Theodore og Mary Louise (født Reidy) O'Malley. Begge forældre var af irsk afstamning. O'Malley, hans søster og hans storebror voksede op i South Hills i Pittsburgh og Reading, Pennsylvania. Da han var 12 år, gik han ind på St. Fidelis Minor Seminary i Herman, en kostskole for studerende, der overvejede at slutte sig til den franciskanske orden. Mens han var der, udover at studere de normale gymnasiemæssige fag, studerede han også spansk, portugisisk, græsk, tysk og hebraisk, samtidig med at han også var aktiv i teatret.
29. juni 1944