Fra begyndelsen blev kristendommen set som en trussel mod shogunens magt. I 1643 blev kristendommen forbudt, alle kirker blev ødelagt, alle kendte kristne blev tortureret og krævede at konvertere til buddhisme eller blive henrettet, og alle tegn på kristen indflydelse blev systematisk elimineret. Forbuddet blev ikke ophævet før 1858.
Sankt Frans Xavier