MacKenzie startede sin juniorkarriere med at spille for sin hjemby Sudbury Wolves i Ontario Hockey League (OHL). Efter sin anden sæson, hvor han øgede sin pointproduktion fra 20 til 87, blev han udvalgt af Atlanta Thrashers i femte runde, 128 samlet, i 1999 National Hockey League (NHL).
indskrivningsudkast. I sin sidste sæson, registrerede han 40 mål og 89 point førende Wolves i point og afslutte sjette i OHL. Han sluttede også med en face-off vindende procentdel på 67%, og vandt både OHL og Canadian Hockey League (CHL) Face-off Awards.