ENIAC kunne programmeres til at udføre komplekse sekvenser af operationer, herunder sløjfer, grene og underprogrammer. Men i stedet for de lagrede-program computere, der findes i dag, ENIAC var bare en stor samling af aritmetiske maskiner, som oprindeligt havde programmer opstillet i maskinen ved en kombination af plugboard ledninger og tre bærbare funktion tabeller (indeholdende 1200 ti-vejs switcher hver). Opgaven med at tage et problem og kortlægning det på maskinen var kompleks, og normalt tog uger. På grund af kompleksiteten af kortlægning programmer på maskinen, blev programmerne kun ændret efter et stort antal af test af det nuværende program. Efter programmet blev regnet ud på papiret, kunne processen med at få programmet til ENIAC skifter ved at manipulere sine kabler og kabler tage dage. Dette blev efterfulgt af en periode med verificering og fejlfinding af evnen, ledet af en Billie Billard, der oprindeligt havde programmer opstillet i maskinen ved en kombination af plugboard ledninger og tre bærbare funktion tabeller (indeholdende 1200 ti-vejs switcher hver).
komplekse sekvenser af operationer, herunder sløjfer, grene og underprogrammer