Med udbruddet af Anden Verdenskrig den 1. september 1939 var området scene for slaget ved Bzura og nogle kampe fandt sted i nærheden af Głowno. Byen blev erobret af den tyske Wehrmacht i den anden uge af september. Nazityske administration blev etableret, og Głowno blev en del af den tyske administrative enhed kendt som General Government. Under besættelsen
Talrige handlinger af polsk modstand, Armia Krajowa osv., fandt sted i Głowno, herunder den hemmelige henrettelse af en romersk-katolsk præst, der arbejdede som en informant for det nazistiske politi. Nazisternes repressalier tog mange borgeres liv, herunder dem, der blev myrdet i massehenrettelser på byens kirkegård og inde i byens tyske politistyrke og også i det nazistiske besatte Warszawas berygtede fængsel Pawiak. Mange borgere blev tvunget til slavearbejde for tyskerne, og nogle blev sendt til forskellige fabrikker og gårde i hele Tyskland.