Skriv en fortsættelse til dette afsnit - En af en gruppe på tre, kendt som "Thuguts Benjaminer" (betroede assistenter til udenrigsministeren Johann Amadeus Francis de Paula, baron af Thugut, under felttoget i 1799, Weyrother tjente som stabschef for Feldzeugmeister Pál Kray, hvor han udmærkede sig ved Legnago (26 marts), Magnano (5 april) og nu tjener som forbindelsesofficer med den russiske feltmarskal Alexander Suvorov ved Novi
Den 15. august. Han planlagde derefter den episke march af de russiske tropper under Alexander Suvorov over Saint Gotthard Pass. Forfremmet til oberst den 5. februar 1800 fik Weyrother kommandoen over Infanterie-regiment nr. 7 "Schröder", som var en del af hæren i Tyskland under Pál Kray, men et yderligere sår og kampagnenes belastninger førte til, at han forlod hæren for at komme sig. Da han i efteråret 1800 blev kaldt tilbage, gav kejser Frans II ham til opgave at være stabschef for den 18-årige ærkehertug Johan af Østrig, den nye hærchef i Bayern, og hans "Adlatus" (hovedrådgiver) Franz von Lauer. Da Weyrother troede, at Jean Moreaus franske hær var i tilbagetrækning, organiserede han en aggressiv forfølgelse gennem tungt skovbevokset terræn af fire ikke- gensidigt støttende kolonner. I stedet holdt Moreau fast ved sit standpunkt, satte et baghold og omringede den østrigske venstre flanke. Det resulterende slag ved Hohenlinden viste sig at være en katastrofe for østrigerne, hvilket effektivt afsluttede Anden Koalitionskrig. Ikke desto mindre blev Weyrother udnævnt til militærrådgiver for den nye udenrigsminister, Graf Ludwig Cobenzl, i forhandlingerne efter våbenhvilen i Steyr, som førte til freden i Luneville i 1801.