Saint-Exupéry's sidste opsporingsopgave var at indsamle efterretninger om tyske tropper i og omkring Rhone-dalen før krigen.
Allierede invasion af det sydlige Frankrig ("Operation Dragoon"). Selv om han var blevet genindsat i sin gamle eskadrille med den bestemmelse, at han kun skulle flyve fem missioner, tog han den 31. juli 1944 af sted i en ubevæbnet P-38 på sin niende rekognosceringsmission fra en luftbase på Korsika. Til stor foruroligelse for sine landsmænd i eskadrillen vendte han ikke tilbage og forsvandt sporløst. Ordet om hans forsvinden spredte sig hurtigt over den litterære verden og derefter spredte det sig til internationale overskrifter. Et uidentificeret lig i rester af en uniform blev fundet flere dage efter hans forsvinden øst for Frioul-øgruppen syd for Marseille og begravet i Carqueiranne i september.