I Anden Verdenskrig invaderede den japanske hær
og besatte Malaya, Nordborneo, Sarawak og Singapore i over tre år. I denne periode opstod der etniske spændinger, og nationalismen voksede. Folkelig støtte til uafhængighed steg efter at Malaya blev generobret af de allierede styrker. Efterkrigstidens britiske planer om at forene administrationen af Malaya under en enkelt kronkoloni kaldet "Malayan Union" mødte stærk modstand fra malayerne, der var imod at svække de malaysiske herskere og tildele statsborgerskab til de etniske kinesere. Den malaysiske union, der blev oprettet i 1946 og bestod af alle de britiske besiddelser på den malaysiske halvø med undtagelse af Singapore, blev hurtigt opløst og erstattet den 1. februar 1948 af Malaya-føderationen, som genoprettede de malaysiske staters autonomi under britisk beskyttelse.