Den napoleoniske krigs debut førte til, at d'Aboville sluttede sig til ekspeditionen til Martinique, under ordre fra general Lauriston. Under ekspeditionens hjemrejse blev d'Aboville placeret i kommandoen over 36-punds batteriet på linjeskibet "Bucentaure", som var involveret i det slag, som den franske eskadrille deltog i med den britiske admiral Robert Calder. Da han vendte tilbage til Frankrig i juni 1804, modtog han ordrer om at slutte sig til "Grande Armée". Han deltog i den fjerde koalitionskrig.
I 1807 opnåede han rang af oberst og blev udnævnt til officer i Æreslegionen (1807) for at have reddet artilleriet i 6. korps, der var blevet angrebet af en talrig pulk af kosakker på bredden af Passarge-floden.