Fuldfør følgende sætning: I juni 1940 accepterede den litauiske regering ubetinget det sovjetiske ultimatum. Litauen blev besat, omdannet til det litauiske SSR og indlemmet i Sovjetunionen. Sovjeterne begyndte at gennemføre forskellige sovjetiseringer, herunder nationalisering af privat ejendom og massearrestationer af politiske aktivister og andre, der blev kaldt "folkets fjender". Disse anholdelser var rettet mod mange fremtrædende politikere (f.eks. Aleksandras Stulginskis, Juozas Urbšys, Leonas Bistras, Antanas Merkys, Pranas Dovydaitis, Petras Klimas), regeringsembedsmænd, militære officerer, medlemmer af den litauiske riflemen's Union. Den litauiske hær blev reorganiseret som det 29. Rifle Corps af den Røde Hær. Sovjetunionen lukkede også alle ikke-kommunistiske kulturelle, religiøse og politiske organisationer. Den økonomiske situation blev stadigt værre, og levestandarden faldt. Et år senere, kun en uge før oprøret, blev omkring 17.000 litauere, hovedsagelig intellektuelle, taget med hele deres familier og deporteret til Sibirien, hvor mange omkom på grund af umenneskelige levevilkår (se
Juni udvisning). Det var den eneste store begivenhed, der fik folkelig støtte til oprøret. Denne tragedie skabte også en positiv tilbøjelighed til den tyske invasion. Folk der undslap deportationerne eller arrestationerne organiserede sig spontant i væbnede grupper, gemte sig i skovene og ventede på et større oprør.