Heathcote tog derefter til Østindien som kommandør på et linjeskib. Efter tjeneste med at transportere ambassadørerne til Persien, var han baseret på den indiske kyst. Mens der han tog en modig beslutning om at åbne forsendelser og derefter forlade sin post til at levere dem til stationscheferne, som på det tidspunkt var involveret i
Java-ekspedition. Han blev stillet for krigsretten for dette, men selv om flere anklager blev bevist, blev han dømt for at have handlet i tjenesteens bedste interesse og blev frikendt. Han gik ud til Middelhavet sent i de napoleoniske krige og kommanderede den kystnære eskadrille under blokaden af Toulon. Han ledte et af de sidste angreb på den franske Middelhavsflåde i aktionen den 5. november 1813 og trak sig tilbage til land efter krigens afslutning. Han udviklede en ny teknik til at løfte sejl, fik yderligere forfremmelser, og blev udnævnt til ridder, mens han var i pension, før han døde i 1851 i rang af admiral.