En stor arv fra Holders tid som statsadvokat var overførsel af terror-sager til civile føderale domstole. Under Holder, DOJ med succes prøvet mange terrorister i føderale domstole, sikring overbevisninger og livstidsstraffe mod en række tiltalte, herunder Sulaiman Abu Ghaith (Osama bin Laden talsmand); Ahmed Ghailani (en konspirator i 1998 Øst Afrika bombninger
); og Abu Hamza (en al-Qaida-agent). Faisal Shahzad (det forsøgte Times Square-bombemand); og Omar Farouk Abdulmutallab (den mislykkede "undertøj-bombemand") erklærede sig skyldige i en føderal domstol og blev idømt livstid i fængsel under Holders embedsperiode. Under Holders regeringstid indrømmede andre terrorister - herunder Najibullah Zazi (der planlagde et angreb på New Yorks metro) og Ahmed Abdulkadir Warsame (en al-Shabab-tilhænger) sig skyldig og samarbejdede med regeringen. Matt Olsen, direktør for National Counterterrorism Center fra 2011 til 2014, skrev i 2015: "Gennem hans vedholdenhed demonstrerede Holder visdommen og værdien af at retsforfølge terrorister i civile domstole og cementerede denne tilgang for fremtidige administrationer".