Efter Colts første NFL mesterskab, holdet postet en 9<unk>3 rekord i løbet af 1959 sæsonen og igen besejrede Giants i
NFL Championship Game for at vinde deres anden titel i back to back mode. Efter de to mesterskaber i 1958 og 1959 vendte Colts ikke tilbage til NFL Championship i fire sæsoner og erstattede hovedtræner Ewbank med den unge Don Shula i 1963. I Shula's anden sæson kom Colts med en 12-2 rekord, men tabte til Cleveland Browns i NFL Championship. Men i 1968 vendte Colts tilbage med fortsat ledelse af Unitas og Shula og vandt Colts' tredje NFL Championship og optrådte i Super Bowl III.