Efter at have afsluttet sine reparationer, blev "Seeadler" beordret til tysk Sydvest-Afrika den 28. april for at hjælpe "Schutztruppe" med at undertrykke et lokalt oprør. Skibet havde til opgave at afbryde forsendelsen af våben fra britiske våbenhandlere til oprørerne. Seeadler fortsatte derefter til Swakopmund den 5. maj; hun blev der mødt af kanonbåden. De to skibe sendte styrker i land for at forsvare byen. I slutningen af måneden vendte Seeadler tilbage til Østafrika. Den 2. oktober sejlede hun til Zanzibar for at transportere den afsatte sultan Khalid bin Barghash til Dar es Salaam efter den korte rejse til Zanzibar.
Anglo-Zanzibar krig. Den 20. december blev "Seeadler" igen kaldt til Lourenço Marques efter at den tyske konsul Graf von Pfeil blev angrebet af portugisisk kolonipoliti. "Condor" sluttede sig til hende der den 2. januar 1897 for at styrke styrkeshow. "Seeadler" fortsatte derefter til Cape Town for sin årlige overhaling.