Wembanyama repræsenterede Frankrig ved FIBA U16 Europamesterskabet i Udine, Italien. I en 80<unk>78 kvartfinal sejr over Kroatien, registrerede han 12 point, 21 rebounds og otte blokkeringer. Wembanyama gennemsnit ni point, 9,6 rebounds og en turnering førende 5,3 blokke per spil, hvilket fører Frankrig til en sølvmedalje og tjene alle turnering holdet ærer. Han deltog i 2021 FIBA Under-19 Basketball World Cup
i Letland. Wembanyama averagerede 14 point, 7,4 rebounds og 5,7 blokker pr. Kamp, og blev udnævnt til all-tournament holdet efter at have ledet Frankrig til sølvmedaljen. Han indspillede 22 point, otte rebounds og otte blokker i et 83 til 81 tab til USA i finalen. Wembanyama satte FIBA-rekorden for blokeringer pr. kamp i en enkelt turnering.