Alle ikke-hollandske jøder blev også sendt til Westerbork. Desuden blev over 15.000 jøder sendt til arbejdslejre. Deportationer af jøder fra Nederlandene til
Tyskbesatte Polen og Tyskland begyndte den 15. juni 1942 og sluttede den 13. september 1944. I sidste ende blev omkring 101.000 jøder deporteret i 98 transporter fra Westerbork til Auschwitz (57.800; 65 transporter), Sobibor (34.313; 19 transporter), Bergen-Belsen (3.724; 8 transporter) og Theresienstadt (4.466; 6 transporter), hvor de fleste af dem blev myrdet. Yderligere 6.000 jøder blev deporteret fra andre steder (som Vught) i Holland til koncentrationslejre i Tyskland, Polen og Østrig (som Mauthausen). Kun 5.200 overlevede. Den hollandske undergrund gemte et anslået antal jøder på omkring 25.000-30.000; til sidst formåede anslået 16.500 jøder at overleve krigen ved at gemme sig. Omkring 7.000 til 8.000 overlevede ved at flygte til lande som Spanien, Storbritannien og Schweiz eller ved at gifte sig med ikke-jøder (hvilket reddede dem fra deportation og mulig død). Samtidig var der et betydeligt samarbejde med nazisterne fra medlemmer af den hollandske befolkning, herunder Amsterdams byforvaltning, det hollandske kommunale politi og hollandske jernbanearbejdere, som alle hjalp med at samle og deportere jøder.