Efter Aksens invasion af Jugoslavien i april 1941 emigrerede Krek til Palæstina og derefter til London, som medlem af den jugoslaviske regering i eksil, ledet af Dušan Simović. Efter Fran Kulovecs død i
Belgrad luftangreb, Krek blev eksilleder for det slovenske folkeparti, mens Marko Natlačen blev partiets leder i det besatte Slovenien.