Jinnahs familie var fra en Gujarati Ismaili baggrund, selv om Jinnah senere fulgte Twelver Shi'a lære. Efter hans død, hans slægtninge og andre vidner hævdede, at han havde konverteret i senere liv til den sunni sekte. Hans religion på tidspunktet for hans død blev bestridt i retssager. Jinnah var fra en velhavende købmand baggrund, hans far var en købmand og blev født i 1876, til Jinnahbhai Poonja og hans kone Mithibai, i en lejet lejlighed på anden sal af Wazir Mansion nær Karachi, nu i Sindh, Pakistan, men derefter inden for Bombay Præsidentskab af Britisk Indien.
tre