Bonaparte genindførte Lafayettes statsborgerskab den 1. marts 1800, og han fik nogle af sine ejendomme tilbage. Efter Marengo
Da Lafayette blev valgt til præsident, tilbød den første konsul ham stillingen som fransk minister i USA, men Lafayette afslog, idet han sagde, at han var for knyttet til Amerika til at handle i forhold til det som en udenlandsk udsending. I 1802 var han en del af det lille mindretal, der stemte nej i folkeafstemningen, der gjorde Bonaparte til livstidskonsul. Bonaparte blev gentagne gange tilbudt en plads i Senatet og Æreslegionen, men Lafayette afviste igen, selv om han erklærede, at han med glæde ville have accepteret æresbevisningerne fra en demokratisk regering.