Empedokles etablerede fire ultimative elementer, der gør alle strukturer i verden: ild, luft, vand, jord. Empedokles kaldte disse fire elementer "rodder", som han også identificerede med de mytiske navne Zeus, Hera, Nestis og Aidoneus (f.eks. "Hør nu de firefaldige rødder af alt: levende Hera, Hades, skinnende Zeus. Og Nestis, fugtige dødelige kilder med tårer. ") Empedokles brugte aldrig udtrykket "element" (στοιχεῖον, stoicheion), som tilsyneladende først er blevet brugt af Platon. Ifølge de forskellige forhold, hvor disse fire uforanderlige og uforanderlige elementer er kombineret med hinanden, produceres forskellen i strukturen. Det er i adskillelsen og dermed adskillelsen af fire elementer, at Empedokles kaldte atomisterne, som han også identificerede med de mytiske navne Zeus, Hera, Nestis og Aidoneus (f.eks. "Hør nu de firefaldige rødder af alting: levende Hera, Hades, skinnende Zeus. Og Nestis, fug
ild, luft, vand, jord