Udfyld følgende sætning: Courtois' lån til Atlético blev forlænget til at dække sæsonen 2012-13. Hans første kamp i lånetiden var mod moderklubben Chelsea i
2012 UEFA Super Cup-finalen i Monaco, som endte med en 4-1 sejr for Atlético Madrid. Senere i sæsonen satte Courtois en ny Atlético Madrid-rekord på 820 minutter uden at indgive et mål på Estadio Vicente Calderon, der endte med at blive slået i et 1-0 tab til Real Sociedad. Atlético nåede Copa del Rey-finalen i 2013, og Courtois blev udnævnt til spiller af kampen i en 2 til 1 sejr mod Real, første gang Atlético havde slået deres byrivaler i 14 år.