Med den nye træner Alfio Basile blev Zanetti indkaldt til en venskabskamp mod Frankrig den 7. februar 2007. Han spillede strålende og hjalp Javier Saviola med at score det eneste mål i kampen, der gav Argentina den første sejr under Basiles anden ledelse. Samme år var Zanetti vice-kaptajn for den argentinske trup til Copa América 2007, efter at have tidligere optrådt i 1995 Copa América.
, 1999 og 2004 udgaver af turneringen, nåede sin anden på hinanden følgende Copa América-finalen.