Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Ved at indgå en politisk alliance med kejserinde Dowager og blive en varig fjende af Guangxu-kejseren forlod Yuan hovedstaden i 1899 for sin nye udnævnelse som guvernør i Shandong. Under hans treårige embedsperiode brød boksereoprøret (1899-1901) ud; Yuan sikrede undertrykkelsen af boksere i provinsen, selvom hans tropper ikke tog aktiv del uden for Shandong selv. Yuan tog parti for den pro-udenlandske fraktion i det kejserlige hof sammen med prins Qing, Li Hongzhang og Ronglu. Han nægtede at stå på Boxers side og angribe Eight-Nation Alliance-styrkerne og sluttede sig til andre kinesiske guvernører, der befalede betydelige moderniserede hære som Zhang Zhidong, der ikke deltog i Boxers oprør. Han og Zhang ignorerede kejserinde Dowager Cixi's krigserklæring mod de fremmede magter og fortsatte med at undertrykke Boxerne. Denne klike var kendt som "Den gensidige beskyttelse af det sydøstlige Kina". Udover ikke at kæmpe mod De Åtte Nationers Alliance og undertrykke Boxerne i Shandong, hjalp Yuan og hans hær (den højre division) også De Åtte Nationers Alliance med at undertrykke Boxerne efter at Alliancen havde erobret Beijing.
i august 1900. Yuan Shikai's styrker massakrerede titusindvis af mennesker i deres anti-Boxer kampagne i Zhili. Yuan opererede fra Baoding under kampagnen, som sluttede i 1902.