Ved krigens begyndelse blev skibet overført til den tredje destroyerdivision i Østersøflåden. Under evakueringen af den sovjetiske flåde
fra Tallinn til Kronstadt under Operation Barbarossa, blev "Yakov Sverdlov" tildelt som eskorte til flagskibet. Under operationen ramte hun en mine og sank nær Cape Juminda den 28. august 1941. Vrakket blev lokaliseret og identificeret den 16. juni 2018.