Efter Polens forsvarskrig i 1939 besatte Tyskland
Wadowice blev annekteret af Nazityskland den 26. oktober. Den 29. december samme år blev byen omdøbt til "Wadowitz". Oprindeligt blev den polske intelligentsia målrettet af den hårde tyske racemæssige og kulturelle politik, og hundredvis af mennesker fra området, især præster, lærere og kunstnere, blev myrdet i massehenrettelser (se "Intelligenzaktion"). Mange blev fængslet i det berygtede Montelupich-fængsel i Kraków og derefter myrdet i Krzesławice-fæstningen i Kraków-fæstningen i december 1939. Hundredvis af andre blev udvist og genbosat i Generalguvernementet for at gøre plads til tyske bosættere i overensstemmelse med "Lebensraum"-politikken. Tyskland oprettede og drev også et nazistisk fængsel i byen. Mellem 1941 og 1943 blev der oprettet en ghetto i byen. Næsten hele den lokale jødiske befolkning (mere end 2.000) blev udryddet, hovedsagelig i den nærliggende koncentrationslejr i Auschwitz. Desuden oprettede tyskerne en krigsfangelejr for de allierede soldater og en straffelejr, der tjente som overflytningslejr for forskellige tyske koncentrationslejre. På trods af tysk terror var Hærenhederne aktive i området, især i selve byen og i Beskid-bjergene syd for den.