Han blev kaptajn i marts 1805. I juli 1805 blev 22-kanonerne igen indsat i Middelhavet, og i oktober 1806 overtog han kommandoen over 36-kanonerne. Elliot kommanderede skibet i de næste seks år, og sejlede til Østindien og Kina den 15. februar 1807. Den 8. oktober 1808 jagtede han og erobrede den 18-kanoniske franske korvette "Iéna", mens den var i Bengalbugten, og den 15. juli 1809 bådene fra "Modeste" og skåret 8-kanoniske "Tuijneelar" i Sunda-strædet. Elliot tog derefter del i operationer for at fange Java
mellem august og september 1811. Han overtog kommandoen over 38-kanonerne i 1813 og var involveret i undertrykkelsen af Borneo-pirater i juni. Hans handlinger under disse felttog vakte hans overordnede opmærksomhed, ligesom hans hjælp til oberst McGregor i at genoprette sultanen i Palembang. Efter Napoleonskrigenes afslutning var han uden kommandoer, men han var i stand til at sikre sig en stilling til kommandoen over HMS "Victory", der derefter tjente som vagtfartøj i Portsmouth fra 1. maj 1827 til 24. januar 1832. Hans tjeneste i denne periode tjente Elliot ros fra hertugen af Clarence, den fremtidige kong William IV.