Forlader Minnesota, Clarke vendte tilbage til Philadelphia for at påtage sig rollen som Senior Vice President i løbet af 1992-1993 sæsonen, og tjente som mentor for unge fænomen Eric Lindros i løbet af sin første sæson. Clarke flyttede kort tid efter og overtog general manager-positionen med ekspansionen Florida Panthers, et hold, der satte ekspansionsholdets rekord for sejre og point i løbet af en sæson i 1993-94. Han vendte tilbage til rollen som Flyers general manager før 1994-95 sæsonen (Florida blev kompenseret med kontanter og Philadelphias anden runde udkast valg i 1994 NHL Entry Draft
), og han ombyggede holdet til en pokal-kandidat. Under hans anden periode som general manager for Flyers, gjorde holdet playoff 11 sæsoner i træk, men nåede finalen en gang (1997). Efter en dårlig start på 2006-07 sæsonen, Clarke trådte tilbage med henvisning til en mulig udbrændthed og mangel på lyst. Clarke vendte tilbage til franchisen den 4. december 2006 og blev udnævnt til Senior Vice President.