Under Anden Verdenskrig var han en af de vigtigste ledere af venstrefløjen i Underhuset, der var imod krigstidens koalitionsregering. Bevan var imod den hårde censur på radio og aviser og krigsforsvarsforordning 18B, som gav indenrigsministeren beføjelser til at internere borgere. Bevan opfordrede til nationalisering af kulindustrien og forsvarede åbningen af en anden front i Vesteuropa for at hjælpe Sovjetunionen i sin kamp mod Tyskland. I en af sine mest kendte taler mod Churchill sagde han at premierministeren "vinder debat efter debat og taber kamp efter kamp". Churchill ville senere betegne Bevan som "en sølle plage". Churchill var et hyppigt mål for Bevan, som allerede havde en afsky for ham efter hans indgriben i Tonypandy-oprørene og den britiske generalstrejke i 1926
Bevan mente, at det var hårdt. Bevan mente, at nøglen til krigen var Ruslands indblanding og mente, at Churchill var for fokuseret på USA's indblanding. Bevan var også bange for, at hvis Churchill kunne fortsætte uden modstand og uden at blive udfordret i parlamentet under krigen, ville han være næsten uovervindelig for Labour Party i fremtidige valg. Historikeren Max Hastings beskrev Bevans rolle i parlamentet under krigen som "hans tal var nøjagtige, men hans foragt var i modstrid med øjeblikkets ånd - fuld af taknemmelighed, ligesom premierministeren var". Hans hårde modstand gjorde ham upopulær hos nogle dele af offentligheden på det tidspunkt, hans kone beskrev senere, hvordan parret ofte ville modtage pakker fyldt med ekskrementer i deres hjem.