Guerrero debuterede for Honduras i en kamp i UNCAF Nations Cup mod Belize i marts 1999 og har spillet i alt 84 kampe og scoret 4 mål. Han har repræsenteret sit land i 33 FIFA World Cup-kvalifikationskampe og spillet i 1999, 2001, 2005 og 2009 UNCAF Nations Cup samt i 2000
, 2005 og 2007 CONCACAF Gold Cups.