Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Siden da tog Duanfang stillingen som Shaanxi-provinsens dommer, administrativ kommissær og agent for Shaanxi-guvernøren. I 1900, efter Beijing blev besat af styrkerne i otte-nationernes alliance efter slaget ved Beijing
Kejserinde Cixi og Guangxu-kejseren flygtede til Shaanxi. Duanfang blev overført til en ny post som Henan provinsens administrative kommissær, og derefter til guvernør i Hubei. I 1902 tjente Duanfang som fungerende vicekonge af Liangjiang, derefter blev han overført til en ny post som guvernør i Hunan. I sine successive stillinger opfordrede han studerende til at studere i udlandet, kendt som en oplyst person, "entusiastisk i erfaring i udenlandske og indenlandske anliggender".