På Tysklands Grand Prix i 2010 blev Ferrari undersøgt for holdordrer, da Massa tog føringen tidligt, foran Fernando Alonso i anden og Sebastian Vettel tæt bagved i tredje. Under løbet blev disse positioner opretholdt, indtil Massa modtog instruktioner fra Ferrari-ingeniør Rob Smedley, der sagde: "Fernando er hurtigere end dig. Kan du bekræfte, at du forstod denne besked?". Kort tid efter, i det 49. omløb, tillod Massa Alonso at tage føringen og dermed vinde løbet. Smedley tilføjede derefter efter passet 'Ok, gode dreng, hold dig til ham nu, undskyld.' Hændelsen antydede stærkt, at der var blevet givet en holdordre til Massa om at lade Alonso overhale, og racerkommissærerne indvilligede. På trods af teamchef Stefano Domenicali's benægtelse blev Ferrari idømt en bøde på 100.000 dollars for at have brudt sportsreglerne, og sagen blev henvist til FIA World Motor Sport Council. Massa sluttede 4. i Ungarn og Belgien og 3. i Italien. I Singapore kvalificerede han sig sidst på grund af et gearkasseproblem, men sluttede løbet som ottende. Massa kolliderede med Vitantonio Liuzzi på det første omgang af det japanske Grand Prix
Men endte som tredje i Korea. Han sluttede en skuffende 15. i Brasilien, og tiende i Abu Dhabi. Massa sluttede sæsonen som sjette i kørernes mesterskab.