Atlético Madrid sæsonen 2012/13 var den 82. sæson i klubben historie. Atlético deltog i La Liga, Copa del Rey
, og i Europa League som forsvarende mestre. De blev elimineret i 32. runde af Rubin Kazan. De vandt Copa del Rey efter at have slået rivalerne Real Madrid 2 til 1 i forlængelsestiden.