Fanon's behandlingsmetoder begyndte at udvikle sig, især ved at begynde socioterapi for at forbinde med sine patienters kulturelle baggrunde. Han uddannede også sygeplejersker og praktikanter. Efter udbruddet af den algeriske revolution
I november 1954 sluttede Fanon sig til Front de Libération Nationale, efter at have taget kontakt med Dr. Pierre Chaulet i Blida i 1955. Fanon arbejdede på et fransk hospital i Algeriet og blev ansvarlig for at behandle de psykiske lidelser hos de franske soldater og officerer, der udførte tortur for at undertrykke anti-kolonial modstand. Fanon var desuden ansvarlig for behandlingen af algeriske torturofre.