Den sommer tog han kommandoen over kanonbåden og førte den i en række kampe med de konfødererede styrker. I 1864 vendte han tilbage til den atlantiske blokade som administrerende officer på "Powhatan". Mens han var ombord på det skib, deltog Bache i både mislykkede og succesfulde angreb
På Fort Fisher, udført i december 1864 og januar 1865. I det sidste angreb blev han såret, men ikke alvorligt.