Hunt blev født den 19. februar 1943 i Neston, Cheshire, til Richard William Hunt, en lektor i palæografi i Liverpool, og Kit Rowland, datter af en tømmerhandler. Efter begge hans forældres død, Hunt fandt hans far havde arbejdet på Bush House, så hovedkvarteret for BBC World Service radio, sandsynligvis i intelligens, selv om det ikke er kendt, hvad han rent faktisk gjorde. I 1945 blev Richard Keeper af de vestlige manuskripter på Bodleian Library, og familien flyttede til Oxford. I en alder af otte, Hunt blev accepteret i Dragon School, hvor han først udviklede en interesse i biologi takket være sin tyske lærer, Gerd Sommerhoff. Da han var fjorten, flyttede han til Magdalen College, hvor videnskaben priser nu bærer hans navn, bliver endnu mere interesseret i videnskab og tillader studier af emner som zoologi og kemi.
Dronens skole