Napoléons invasion af det nordlige Italien bragte uro i Pavestaten. I henhold til Tolentino-traktaten blev pave Pius VI tvunget til at afstå Romagna-regionen til den nyoprettede Cisalpine Republik og anerkende Joseph Bonaparte som Roms ambassadør. Efter opløsningen af den første koalition
, et republikansk oprør iscenesat af general Bonaparte og brigadegeneral Mathurin-Leonard Duphot førte til skud på Duphot ved Josephs palads af pavestatstropper.