Den 6. juli 2013 blev Fernández udvalgt til at repræsentere Marlins for National League All-Star-holdet. Han kastede en perfekt 6. inning i 2013 All-Star Game
Han slog Dustin Pedroia ud, fik Miguel Cabrera til at springe ud, og slog Chris Davis ud. Med denne præstation er Fernández en af kun tre kastere i historien om All-Star Game, der slog to slagtere ud før deres 21-års fødselsdag for deres All-Star-debut, de to andre er Dwight Gooden og Bob Feller.