I oktober 2017 fandt sikkerhedsforskere en sårbarhed (kendt som ROCA) i implementeringen af generering af RSA-nøglepar i et kryptografisk bibliotek, der bruges af et stort antal Infineon-sikkerhedschips. Sårbarheden giver en angriber mulighed for at rekonstruere den private nøgle ved hjælp af den offentlige nøgle. Alle YubiKey 4, YubiKey 4C og YubiKey 4 Nano-enheder inden for revisionerne 4.2.6 til 4.3.4 var påvirket af denne sårbarhed. Yubico afhjælpede dette problem i alle shipping YubiKey 4-enheder ved at skifte til en anden nøglegenerering og tilbød gratis udskiftninger for eventuelle berørte nøgler. Udskiftningstilbuddet udløb den 31. marts 2019. I nogle tilfælde kan problemet omgås ved at generere nye nøgler uden for YubiKey og importere dem på enheden.
Implementering af generering af RSA-nøglepar i et kryptografisk bibliotek, der anvendes af et stort antal Infineon-sikkerhedschips