Arras-aftalen krævede, at alle spanske tropper forlod disse lande. I mellemtiden havde Filip sat sit øje på at forene hele den iberiske halvø under sit herredømme, et traditionelt mål for spanske monarker. Muligheden kom i 1578, da den portugisiske konge Sebastian indledte et korstog mod Marokko. Ekspeditionen endte med en katastrofe og Sebastians forsvinden i Slaget om de Tre Konger.
- Hvad? Hans gamle onkel Henrik regerede indtil sin død i 1580. Selv om Filip længe havde forberedt sig på at overtage Portugal, fandt han det stadig nødvendigt at iværksætte en militær besættelse ledet af hertugen af Alva. Filip tog titlen konge af Portugal, men i øvrigt forblev landet selvstændigt og beholdt sine egne love, valuta og institutioner. Portugal opgav imidlertid al uafhængighed i udenrigspolitikken, og forholdet mellem de to lande var aldrig varmt.