I 1862 fik Schenck kommandoen over West Gulf Blockading Squadron. Schenck kommanderede også og 3. division af admiral David Dixon Porters flåde i
operationer mod Fort Fisher, og blev nævnt for tapperhed i admiral Porters handling rapport. Han blev senere forfremmet til kontreadmiral den 21. september 1868 og trak sig tilbage den 11. juni 1869.