Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Men Lima var ikke fri for farer. Den 20. oktober
og 2. december 1687 ødelagde kraftige jordskælv det meste af byen og dens omgivelser. De udbrud af sygdomme og fødevaremangel, der fulgte efter katastrofen, medførte en reduktion af befolkningen til under 40.000 i 1692. En anden trussel var piraternes tilstedeværelse i Stillehavet. En hollandsk flådeekspedition ledet af Jacques l'Hermite angreb Callao havn i 1624, men blev slået tilbage af vicekongen Diego Fernández de Córdoba. I 1680'erne spredte de engelske pirater sig i Stillehavet, indtil de i 1690 blev udryddet af købmænd fra Lima. Som en forsigtighedsforanstaltning byggede vicekongen Melchor de Navarra y Rocafull bymurene i Lima mellem 1684 og 1687.