De fleste forskere, der studerer anti-køn bevægelsen har dateret dens oprindelse til 1990'erne diskussioner inden for den katolske kirke for at modvirke resultaterne af FN's 1994 International Conference on Population and Development og 1995 World Conference on Women
, hvorefter FN begyndte at anerkende seksuelle og reproduktive rettigheder. Den hellige stol frygtede at denne anerkendelse ville føre til abort som en menneskeret, delegitimisering af moderskabet og normalisering af homoseksualitet. Udtrykket "køn" "forstod Pavestolen som et strategisk middel til at angribe og destabilisere den naturlige familie". I 1997 skrev den amerikanske antiabortjournalist Dale O'Leary en bog med titlen "The Gender Agenda": "Gender-agendaen sejler ind i samfundene ikke som et højt skib, men som en ubåd, fast besluttet på at afsløre så lidt af sig selv som muligt". I katolsk tænkning opstod begrebet "køn ideologi" fra Johannes Paul II's teologi om kroppen, hvor kønnene anses for at være forskellige og komplementære. Selvom ideerne om anti-køn bevægelsen blev udviklet i 2003, opstod protester relateret til bevægelsen først i de fleste europæiske lande omkring 2012-2013. Selv om den stadig fremmes af katolske aktører, spredte anti-køn bevægelsen sig mere generelt i hele højrefløjen i 2019.