Han fik sin første landskamp i en venskabskamp mod Spanien den 12. september 1990, og spillede sparsomt for Brasilien i begyndelsen af 1990'erne, hvor han kom på 1994 World Cup roster som en erstatning. Han optrådte i finalen mod Italien, efter en skade på Jorginho i det 22. minut. Efter det var Cafu snart en fast spiller i startelevenet, da Brasilien vandt Copa América i 1997.
og 1999 FIFA Confederations Cup, og nåede til 1998 World Cup-finalen.