I de fleste tilfælde kan computerprogrammer, der udføres på computeren, håndtere disse operationer, men brugeren af en computer kan også manipulere filer, hvis det er nødvendigt. For eksempel oprettes og ændres Microsoft Word-filer normalt af Microsoft Word-programmet som svar på brugerkommandoer, men brugeren kan også flytte, omdøbe eller slette disse filer direkte ved hjælp af et filhåndteringsprogram som Windows Explorer (på Windows-computere) eller ved kommandolinjer (LIC).
Forbindelse mellem den og programmet