Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 1. marts 2003 blev Khalid Shaikh Mohammed arresteret under CIA-ledede razziaer i forstæderne Rawalpindi, ni kilometer uden for den pakistanske hovedstad Islamabad. Mohammed var på det tidspunkt, han blev taget til fange, den tredje højeste rangerende embedsmand i al-Qaeda og havde været direkte ansvarlig for planlægningen af angrebene den 11. september. Andre begivenheder Mohammed er blevet knyttet til omfatter: bestilling af drab på Wall Street Journal reporter Daniel Pearl, USS Cole bombning
Richard Reids forsøg på at sprænge et civilt passagerfly i luften med en sko-bombe og terrorangrebet på El Ghriba synagogen i Djerba, Tunesien. Khalid Shaikh Mohammed har beskrevet sig selv som leder af al-Qaedas militærkomité.