Efter den sovjetiske besættelse af Litauen i juni 1940 blev Šliūpas inviteret (mest sandsynligt via Mečislovas Gedvilas, der var medlem af Society of Ethical Culture) til Folkeregeringen i Litauen, men nægtede. Den tidligere premierminister Antanas Merkys stoppede ved Šliūpas hjem i Palanga, da han forsøgte at flygte til udlandet. I modsætning til mange litauiske tidsskrifter blev "Laisvoji mintis" ikke afskaffet af det nye kommunistiske regime, men Šliūpas blev erstattet som redaktør af. Šliūpas' investeringer og anden ejendom blev nationaliseret, men den nye regering gjorde en særlig undtagelse, der tillod ham at beholde sit hus i Palanga. Under juni-deportationen
, blev Šliūpas svigerinde deporteret til Sibirien, og han modtog en advarsel om, at hans egen familie var på en deportationsliste.