Hublin boede i Algeriet, indtil hans familie flygtede fra landet i det sidste år af uafhængighedskrigen.
I 1961. Han tilbragte sine teenageår med at bo i de subsidierede boliger i de nordlige parisiske forstæder. Han blev senere uddannet som geolog og paleontolog ved Pierre og Marie Curie Universitetet i Paris, hvor han modtog sin doktorgrad i 1978 under ledelse af Prof. B. Vandermeersch. Han modtog sin statsdoktorgrad ("habilitation") i antropologi i 1991 ved universitetet i Bordeaux. Hublin bor i øjeblikket i Leipzig, Tyskland, sammen med sin kone Svetlana.