Han forfulgte Pompeius til Alexandria, hvor Pompeius blev myrdet af en tidligere romersk officer, der tjente ved kong Ptolemaios XIII's hof. Cæsar blev derefter involveret i borgerkrigen i Alexandria mellem Ptolemaios og hans søster, kone og medregent dronning, farao Kleopatra VII. Måske som følge af Ptolemæus' rolle i mordet på Pompeius gik Cæsar på Kleopatras side; det siges at han græd ved synet af Pompeius' hoved, som Ptolemæus' kammerherre Pothinus havde givet ham som gave. Under alle omstændigheder modstod Cæsar belejringen af Alexandria.
Og sidstnævnte besejrede de ptolemaiske styrker i 47 f.Kr. i Slaget ved Nilen og installerede Cleopatra som hersker. Cæsar og Kleopatra fejrede deres sejr i borgerkrigen i Alexandria med en triumferende procession på Nilen i foråret 47 f.Kr. Den kongelige pram blev ledsaget af yderligere 400 skibe, hvilket introducerede Cæsar til de egyptiske faraos luksuriøse livsstil.