Kanaya havde en succesfuld amatørkarriere, da han vandt Japan Amateur Championship i 2015 og Asia-Pacific Amateur Championship i 2018. Sidstnævnte gav ham adgang til Masters
og det åbne mesterskab i 2019. Han spillede i en række repræsentative kampe, herunder 2018 Eisenhower Trophy, hvor han havde den næstbedste individuelle score. Kanaya vandt holdguld ved Sommeruniversiaden i 2017 og ved Asian Games i 2018. Han var verdens nummer 1 i World Amateur Golf Ranking i 55 uger og vandt Mark H. McCormack Medal for 2020.