Han deltog i planlægningen og udførelsen af operationer for at besejre de hvide styrker af Alexander Kolchak, Anton Denikin og Nikolai Yudenich. Han betragtes som en af planlæggere af Orel-Kursk-operationen.
Denikins offensiv mod Moskva blev stoppet og skubbet tilbage. Hele den tid under borgerkrigen, arbejdede Lebedev med en meget travl tidsplan, syv dage om ugen, kom hjem klokken fire om morgenen.