Efter invasionen af Polen og udbruddet af Anden Verdenskrig i september 1939 blev Kępno besat.
Den 6.-7. september 1939 gik Einsatzgruppe III ind i byen for at begå grusomheder mod polakker. Nogle polakker fra Kępno blev myrdet af tyske tropper allerede den 7. september 1939 i den nærliggende landsby Wylazłów. Byen blev annekteret af Nazityskland, omdøbt til "Kempen" og administreret som en del af amtet eller distriktet ("kreis") med samme navn inden for Reichsgau Wartheland. Dens befolkning blev udsat for segregering, germanisering, konfiskation af ejendom, anholdelser, udvisning, deportationer til tvangsarbejde, fængsling i nazistiske koncentrationslejre og henrettelser. Tyskerne etablerede og drev et nazistisk fængsel i byen. Polske monumenter blev ødelagt. Den polske modstandsbevægelse blev organiseret i Kępno i november 1939. Røde Hærs tropper indtog byen den 21. januar 1945 og med krigens afslutning vendte byen tilbage til Polen, men med et sovjetisk installeret kommunistisk regime, som forblev ved magten indtil kommunismens fald i 1980'erne. Den polske modstandsbevægelse forblev aktiv i byen, og i september 1945 erobrede den den lokale kommunistiske politistation og befriede fangerne.