Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Selv om Vilhelms tilhængere dominerede regeringen, var der stadig en betydelig efterfølger for Jakob, især i højlandet. Hans sag, der blev kendt som jakobitisme, fra latin (Jacobus) for Jakob, førte til en række oprør. Et første jakobitisk militærforsøg blev ledet af John Graham, nu viscount Dundee. Hans styrker, næsten alle Highlanders, besejrede Vilhelms styrker i slaget ved Killiecrankie
I 1689, men de tog store tab og Dundee blev dræbt i kampene. Uden hans ledelse blev den jakobitiske hær snart besejret i slaget ved Dunkeld. Jakobs fuldstændige nederlag i Irland af Vilhelm i slaget ved Aughrim (1691) afsluttede den første fase af den jakobitiske militære indsats. I kølvandet på den jakobitiske nederlag den 13. februar 1692 i en hændelse kendt som Massakren i Glencoe, blev 38 medlemmer af Clan MacDonald of Glencoe dræbt af medlemmer af jarlen af Argyll's Regiment of Foot, der havde accepteret deres gæstfrihed, med den begrundelse, at de ikke havde været hurtige til at sværge troskab til de nye monarker.