Mekhissi-Benabbad gjorde sin første optræden som junior atlet i 2004, hvor han løb på IAAF World Cross Country Championships i 2004, hvor han blev 61st i juniorløbet, og på World Junior Championships i 2004, hvor han blev elimineret i 3000 m steeplechase. Han løb i 1500 meters løb ved Europacuppet i 2006.
, hvor han sluttede som ottende. Mekhissi-Benabbad repræsenterede Frankrig ved IAAF World Cup i 2006, men lykkedes kun at ende på ottendepladsen i 1500 m.