Efter at have været uheldig og med Mansell underskrevet til McLaren for 1995, Brundle igen kørte for Ligier det år, men ikke for hele sæsonen. For at berolige Mugen-Honda måtte han dele andenpladsen med Aguri Suzuki, et træk fordømt af mange kommentatorer og fans. Han imponerede dog, med en stærk fjerde på Magny-Cours og hvad der ville være hans sidste F1 podium, på Spa, at være højdepunkterne. I 1996 slog han sig sammen med Rubens Barrichello i Jordan og havde en god sæson, på trods af en langsom start og et spektakulært styrt i Melbournes indvielses GP, med regelmæssige point, fjerde hans bedste resultat. Han sluttede som femte i
1996 Japan Grand Prix, som var hans sidste Grand Prix i Formel 1.