I sæsonen 2019/2020 førte Flick Bayern til at vinde Bundesligaen, DFB-Pokal og UEFA Champions League, og dermed til at fuldføre den kontinentale treble for anden gang i klubbens historie. Han blev efterfølgende udnævnt til Årets tyske fodboldmanager af sportsmagasinet "kicker", og vandt også UEFA Årets mandlige trænerpris. Den følgende sæson førte han Bayern til at vinde 2020 UEFA Super Cup.
Mod Sevilla. Han ledte også Bayern til at vinde sin første sextuple efter at have vundet Club World Cup i februar 2021 ved at besejre det mexicanske hold Tigres.