Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 17. maj 2017 blev Werner optaget i Tysklands hold til FIFA Confederations Cup 2017 i Rusland. Han optrådte som erstatning for Sandro Wagner i holdets åbningskamp mod Australien, før han scorede sine første to internationale mål, da han blev valgt til at starte i Tysklands sidste gruppe kamp mod Cameroun den 25. juni. Fire dage senere scorede Werner Tysklands tredje mål i en 4-1 semifinal sejr over Mexico. Den 2. juli 2017 assisterede Werner Lars Stindls turneringsvindende mål i 2017 FIFA Confederations Cup Final.
Mod Chile. Med tre mål og to assists blev Werner tildelt turneringens Golden Boot.