Efter at have været en sund skrabe for Bruins 'første to kampe i 2008/09 sæsonen, blev Alberts handlet til Philadelphia for Ned Lukacevic og en betinget 2009 udkast pluk
den 13. oktober 2008. Fremkomsten af den yngre forsvarsspiller Matt Hunwick var delvis ansvarlig for hans udbyggelighed. Alberts blev en integreret del af Flyers' defensive korps, der førte holdet i hits (157) og rangeret tredje i blokerede skud (133). Hans 12 assists og 13 point var karriere-høj.