Yuan Shikai og Zhang Zhidong ignorerede kejserinde Cixi's krigserklæring mod de fremmede magter og fortsatte med at undertrykke Boxerne. Ud over ikke at bekæmpe De Åtte Nationers Alliance og undertrykke Boxerne i Shandong, hjalp Yuan og hans hær (den højre division) også De Åtte Nationers Alliance med at undertrykke Boxerne efter
Alliancen erobrede Beijing i august 1900. Yuan Shikai's styrker massakrerede titusindvis af mennesker i deres anti-Boxer kampagne i Zhili provinsen. Yuan opererede fra Baoding under kampagnen, som sluttede i 1902.