Susquehanna blev igen indsat den 20. juli 1864 og blev tildelt North Atlantic Blockading Squadron og deltog i de mislykkede angreb på Fort Fisher, North Carolina, på juleaften 1864. Men i midten af februar 1865 var det dobbelt ende i den mægtige styrke, der endelig tog den konfødererede fæstning
og lukkede Wilmington, North Carolina, Amerikas Sydstaters sidste større havn. På det tidspunkt var hun under kommando af kontreadmiral Sylvanus William Godon. En af hendes besætningsmedlemmer, landsmand Henry S. Webster, blev tildelt Æresmedaljen for sine handlinger i det andet slag ved Fort Fisher.