Ara sluttede sig til det armenske vægtløftningshold, der oprindeligt konkurrerede i en vægt på 77 kg. Ved verdensmesterskabet i vægtløftning i Santo Domingo i 2006 scorede Khachatryan i alt 357 kg og vandt en bronzemedalje. Khachatryan vandt en sølvmedalje ved 2007 European Weightlifting Championships
i Strasbourg med i alt 361 kg, kun bag landsmanden Gevorg Davtyan. Han gentog sølvmedaljen næste år ved 2008 European Weightlifting Championships i Italien, hvor han scorede kun 1 kg bag guldmedaljerne. Samme år gik han til Sommer-OL i Beijing i 2008, hvor han endte på syvende plads. Khachatryan løftede i alt 368 kg ved 2010 European Weightlifting Championships for at vinde sin tredje europæiske sølvmedalje. Senere samme år deltog Khachatryan i 2010 World Weightlifting Championships, hvor han efter at have vundet guldmedaljen i snatch, fik en alvorlig armskade og blev tvunget til at droppe ud af konkurrencen. Khachatryan deltog i Sommer-OL 2012, men kunne ikke nå en total.