Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Han skulle kæmpe mod hugenotterne i nogle år; han kæmpede i slaget ved Arques i 1589. Samme år var Charles Emmanuel guvernør i Paris, da hugenotterne, ledet af Henrik af Navarra, belejrede Paris. Under belejringen omkom kong Henrik 3. af Frankrig, og Henrik af Navarra erklærede sig snart som kong Henrik 4. af Frankrig. Karl Emmanuel undslap og kæmpede mod den nyudråbte konge ved Ivry
i 1590, hvilket var et afgørende nederlag for Den katolske Liga. Samme år kommanderede han de katolske styrker under belejringen af Paris og forsvarede byen med succes.