Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1903, efter at han var færdiguddannet ved School of Submarine Defense i Fort Totten, New York, blev Lyon udnævnt til District Artillery Engineer i Fort Barrancas, Florida, en stilling han holdt indtil 1906. Fra 1906 til 1907 deltog Lyon i den filippinske-amerikanske krig.
mod Moros.