San Andreas-forkastningen forårsagede jordskælvene i 1906 og 1989. Mindre jordskælv forekommer regelmæssigt. Truslen om større jordskælv spiller en stor rolle i byens infrastrukturudvikling. Byen byggede et hjælpevandforsyningssystem og har gentagne gange opgraderet sine byggekoder, hvilket kræver eftermontering af ældre bygninger og højere tekniske standarder for nybyggeri. Der er dog stadig tusindvis af mindre bygninger, der forbliver sårbare for jordskælvskader. USGS har udgivet California Earthquake Forecast-modeller, der forudsiger jordskælv i Californien.
materiale, der er udbagket fra bugten, samt materiale, der stammer fra udgravningen af Yerba Buena-tunnelen