I januar 1964 opstod et mytteri i militærkasernen i Jinja, Ugandas anden by og hjemsted for den 1. bataljon i Ugandas hær. Der var lignende mytterier i to andre østlige afrikanske stater; alle tre lande anmodede om støtte fra tropper fra det britiske militær. Før de ankom, sendte Obote imidlertid sin forsvarsminister Felix Onama for at forhandle med mytterierne. Onama blev holdt som gidsel og indvilligede i mange krav, herunder betydelige lønforhøjelser for hæren og hurtig forfremmelse af mange officerer, herunder den fremtidige præsident.
suspenderede forfatningen og erklærede sig selv for præsident i marts 1966,