Når israelske styrker støttet af britiske og franske jagerfly
Efter at Egyptens hær havde fordrevet egyptiske styrker fra Sinai-halvøen og Suez-kanalen, som var blevet nationaliseret af Nasser i 1956, blev den egyptiske hærchef, Abdel Hakim Amer, grebet af panik og foreslog overgivelse. Nasser nægtede og satte Boghdadi til at organisere den egyptiske modstand langs kanalen. Efter Suezkrigen blev han udnævnt til administrerende direktør for genopbygningen af kanalen og ifølge forfatteren Said Aburish "udførte beundringsværdigt". Han blev også udnævnt til kommunikationsminister og sammen med Zakaria Mohieddine og Amer, blev placeret på et udvalg, der ville screene kandidaterne til den nyoprettede 350-medlems nationale forsamling. Boghdadi blev valgt som talsmand for den første nationale forsamling.