Panis havde potentialet til en stor sæson, da han kørte for Alain Prost, der havde købt Ligier. Med Bridgestone-dæk vandt han deres første podium i Brasilien. Han var nummer to i Argentina, før han gik på pension. Efter 6 løb blev han tredje i mesterskabet takket være endnu en podiumplacering med andenpladsen i Spanien. En sejr kunne have været mulig i det løb, hvis han ikke var blevet holdt op med at lappe backmarkers i syv omgange, og tabte ham i alt 6 sekunder til lederen Jacques Villeneuve. Ved det canadiske Grand Prix i 1997 brækkede han begge ben i en højhastighedsulykke, hvilket fik ham til at gå glip af de næste syv løb i sæsonen. Hans plads i holdet blev overtaget af Jarno Trulli, indtil han vendte tilbage til de sidste tre løb i sæsonen. Han opnåede sjettepladsen i Luxembourg
Han kørte lige så godt som før ulykken. På trods af at han missede halvdelen af året, formåede han stadig at blive niende i mesterskabet med 16 point.