Selv om vand menes at findes dybt inde i atmosfæren, er dens direkte målte koncentration meget lav. Nitrogen-, svovl- og ædelgasmængder i Jupiters atmosfære overstiger solværdierne med en faktor på omkring tre. Jupiters atmosfære mangler en klar nedre grænse og gradvist overgange ind i planetens indre. Fra laveste til højeste, de atmosfæriske lag er troposfæren, stratosfæren, BA og exosfæren. Hvert lag har karakteristiske instable temperaturgradienter. Det laveste lag af atmosfæren, menes at have et kompliceret system af tropiske skyer og spidser, og omfatter methan, ammoniak, brænde og ammoniak. "Det røde billede viser, at de største farvezoner, der er synlige, er de såkaldte farvezoner, mens de hvide stjerner og de hvide stjerner, der er synlige, er de to største, der er synlige. Det røde billede viser, at de to største farvezoner, der er synlige, er de såkaldte farvezoner, der
klar nedre grænse og gradvis overgange til planetens flydende indre.