Mange patogener udviklede derfor flere metoder, der giver dem mulighed for at infisere en vært med succes, mens de undgår detektion eller ødelæggelse af immunsystemet. Sådanne bakterier overvinder ofte fysiske barrierer ved at udskille enzymer, der fordøjer barrieren, for eksempel ved hjælp af et type II sekretionssystem. Alternativt kan de ved hjælp af et type III sekretionssystem indsætte et hult rør i værtscellen, hvilket giver en direkte rute for proteiner til at bevæge sig fra patogenen til værten. Disse proteiner bruges ofte til at lukke værtsforsvaret. En undvigelsesstrategi, der anvendes af flere patogener for at undgå det medfødte immunsystem, er at gemme sig inden for værtscellerne (også kaldet intracellulære patogener). Her er en patogen, der er mest udbredt inden for sine værtsceller, hvor det undgår detektion eller ødelæggelse af immunsystemet. Andre eksempler på bakterier, der beskytter sig selv ved at udskille fysiske barrierer ved at udskille enzymer, der fordøjer barrieren, f.
immunceller, antistoffer og komplement