Skvadronen flyttede til RAF Akrotiri på Cypern i august 1956, da Storbritannien og Frankrig forberedte et militært svar på den egyptiske nationalisering af Suez-kanalen.
- Hvad? Den 31. oktober lancerede briterne og franskmændene Operation Musketeer, en række tunge luftangreb mod egyptiske mål efterfulgt af landinger den 6. november. No. 39 Squadron rolle var at beskytte de vitale flyvepladser på Cypern fra enhver potentiel egyptisk gengældelse. Presset fra FN tvang en våbenhvile i Egypten og en tilbagetrækning af de anglo-franske styrker ved udgangen af december, men eskadrillen forblev på Cypern efter de britiske styrker blev spredt, flyvende patruljer for at afskrække fly, der blev mistænkt for at droppe forsyninger til EOKA-styrker, der kæmpede mod det britiske styre på Cypern. Hovedparten af eskadrillen vendte tilbage til Malta i marts 1957, men en afskedning blev opretholdt på Cypern. Spændinger i Libanon (som til sidst kulminerede i Libanon-krisen i juli-oktober 1958) fik hele eskadrillen til at flytte til Cypern i maj 1958, men den vendte snart tilbage til Malta og blev opløst den 30. juni 1958.