Young blev senere sendt til Mare Island Navy Yard og var der på tidspunktet for 1906
San Francisco jordskælv og brand, og gjorde meget hjælpearbejde. I sidste ende blev han kaptajn for værftet der, før han blev kommandant for Naval Station, Pensacola, og af 8. Naval District. Hans kommandoområde blev senere udvidet til at omfatte det 7. flådedistrikt. Han blev udnævnt til kontreadmiral i 1910.