I juni 1994 blev Linux omtalt som en "fri UNIX-klon" i GNU's bulletin, og Debian-projektet begyndte at kalde sit produkt Debian GNU/Linux. I maj 1996 udgav Richard Stallman redaktøren Emacs 19.31, hvori systemtypen blev omdøbt fra Linux til Lignux. Denne stavning var beregnet til specifikt at henvise til kombinationen af GNU og Linux, men dette blev hurtigt opgivet til fordel for "GNU/Linux". Dette navn fik varierende reaktioner. GNU og Debian-projekterne bruger navnet, selvom de fleste simpelthen bruger udtrykket "Linux" til at henvise til kombinationen.
1996 og