"Merrill" blev sendt til Midtøsten i 1991. På vej til Den Persiske Golf deltog "Merrill" i Operation Fiery Vigil i juni 1991. Efter våbenhvilen i Golfkrigen ankom "Merrill" til regionen og blev flagskibet for koalitionens minesugerstyrker i Den Persiske Golf og var det andet krigsskib, der besøgte den befriede havn i Kuwait City efter den irakiske invasion.
- Hvad? 1992 fandt "Merrill" undervejs på en anti-narkotika udrulning i Central America område af operationer. I september 1992 blev "Merrill" sendt til Long Beach Naval Shipyard for en omfattende overhaul, der varede til slutningen af 1993. Denne overhaling bestod af opgraderinger af radarsystemernes kontrolpaneler, et helt niveau tilføjet til skibet for at indeholde tidligere installerede CIWS-kontrolcomputere, og vigtigst af alt, RAM (Radar Absorbent Material) blev tilføjet til hele skibet, en første for en destroyer. Efter at have modtaget besked om den planlagte lukning af Long Beach, flyttede USS Merrill til San Diego Naval Base i 1994 og tilbragte de næste par måneder som en testplatform i udrulning for RAM-materialet, som var designet til at gøre skibet så lille som en slæbebåd på radarer.