Der var to perioder under krigen, hvor Yishuv stod over for en direkte trussel fra nazistiske styrker. Det første skete efter Tysklands erobring af Frankrig i 1940, da det pro-nazistiske Vichy-regime kontrollerede den nordlige Levant, hvorfra en invasion af Palæstina kunne finde sted. Men i 1941 kæmpede britiske styrker med succes mod Vichy-styrkerne for kontrol over Syrien og Libanon, og fjernede dermed truslen om invasion fra nord, i det mindste så længe tyske hære i Østeuropa kunne holdes tilbage af den Røde Hær og dermed ikke kunne komme let frem mod Det Nære Østen fra nord. Men i 1942, da Erwin Rommels Afrika Korps fejede over Nordafrika med den hensigt at erobre Suez-kanalen, blev sandsynligheden for en tysk invasion fra syd en reel mulighed, hvilket forårsagede stor angst i Yishuv og fik planer til at blive tegnet for sit forsvar. Da de vidste, at nazistisk kontrol over Palæstina betød en sikker udslettelse af Yishuv, rasede en debat blandt Yishuv-ledelsen om, i tilfælde af, at den nazistiske besættelse skulle finde sted, skulle indbyggerne i Yishuv evakuere sammen med britiske styrker østpå mod britiske besiddelser i Irak og Indien eller foretage en Masada
- som sidste stand i Palæstina, sandsynligvis gør det i en befæstet zone for at blive hastigt bygget omkring Carmel-bjergene. Denne militære operation blev officielt kaldt "Palestina's sidste fæstning". Heldigvis for Yishuv blev den tyske hærs fremrykning mod øst i Egypten stoppet under det andet slag ved El Alamein, hvilket løftede truslen om invasion fra syd. Den ængstelige periode der førte til nazisternes nederlag ved El Alamein, blev kendt som de 200 skrækdage.