Byen begyndte som to separate burghs: Old Aberdeen ved mundingen af floden Don; og New Aberdeen, en fiskeri- og handelsby, hvor Denburn vandvejen kom ind i floden Dee flodmunding. Det tidligste charter blev givet af William the Lion i 1179 og bekræftede de selskabsrettigheder, der blev givet af David I. I 1319 blev Robert Bruce's store charter omdannet Aberdeen til et ejendomsbesiddende og økonomisk uafhængigt samfund.
Fødevarehjælp