En anden stat regeret af Shaybaniderne var Khanatet af Sibir, der greb tronen i 1563. Dens sidste khan, Kuchum, blev afsat af russerne i 1598. Han undslap til Bukhara, men hans sønner og børnebørn blev taget af zaren til Moskva, hvor de til sidst påtog sig efternavnet Sibirsky. Udover denne berømte gren, flere andre adelige familier fra Kirgisistan og Kasakhstan (f.eks. Prins Valikhanov) anmodede de russiske kejserlige myndigheder om at anerkende deres Shaybanid rødder, men for det meste forgæves.
Han flygtede til Bukhara.