Khan krævede offentligt en pakistansk undskyldning over for det bangladeshiske folk for de grusomheder, der blev begået i 1971.
, kaldte han 1971-operationen en "fejl" og sammenlignede den med dagens behandling af pashtuner i krigen mod terror. Han har dog gentagne gange kritiseret krigsforbrydertribunalet i Bangladesh til fordel for de dømte. Khan bliver ofte latterliggjort som "Taliban Khan" på grund af hans pacifistiske holdning til krigen i det nordvestlige Pakistan. Han tror på forhandlinger med Taliban og tilbagetrækning af den pakistanske hær fra de føderalt administrerede stammeområder (FATA). Han er imod amerikanske droneangreb og har planer om at fjerne Pakistan fra den USA-ledede krig mod terror. Khan er også imod næsten alle militære operationer, herunder belejringen af Lal Masjid.