Skriv en fortsættelse til dette afsnit - The Red Deer Rebels valgte Phaneuf i tredje runde af 2000 WHL Bantam Draft. Et år senere sluttede han sig til Rebels for 2001-02 sæsonen og registrerede 32 point i 67 kampe. Han tilføjede to assists i 21 kampe, da Rebels tabte i WHL-finalen mod Kootenay Ice. Han forbedrede sig til 3o mål og 42 point i 2002-03 da Rebels igen nåede WHL Finals, igen tabte, denne gang til Kelowna Rockets. Phaneufs udvikling gav ham sammenligninger med Hall of Famer Scott Stevens, da han blev rost af spejdere for sin fysiske stil og evne til at udmærke sig både defensivt og offensivt. Den daværende Calgary Flames general manager Darryl Sutter værdsatte Phaneuf så højt i NHL Entry Draft 2003
at han forsøgte at bytte op fra hans niende samlede valg i udkastet, men til ingen nytte. Ikke desto mindre var han i stand til at vælge Phaneuf med Calgarys første valg i udkastet.