Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I begyndelsen af 1953 blev de flyttet til Palæstinas arkæologiske museum (almindeligvis kaldet Rockefeller-museet) i Østjerusalem og gennem deres transport led mere forringelse og skade. Museet var underfinansieret og havde begrænsede ressourcer til at undersøge skriftrullerne, og som følge heraf var forholdene i skriftrullerne og opbevaringsområdet relativt ukontrollerede efter moderne standarder. Museet havde efterladt de fleste af fragmenterne og skriftrullerne liggende mellem vinduesglas, hvorved fugten blev fanget sammen med dem, hvilket fremskyndede nedbrydningen. Under en del af konflikten under krigen i 1956
Rullesamlingen fra det Palæstinensiske Arkæologiske Museum blev opbevaret i den osmanniske banks hvelv i Amman, Jordan. Fugtige forhold fra midlertidig opbevaring af skriftrullerne i den osmanniske bank's hvælving fra 1956 til foråret 1957 førte til en hurtigere forringelse af skriftrullerne. Forholdene medførte, at der opstod skimmel på skriftrullerne og fragmenterne, og nogle fragmenter blev delvis ødelagt eller gjort ulæselige af limet og papiret i de manila-kuverter, hvor de blev opbevaret, mens de lå i hvælvingen. I 1958 blev det konstateret at op mod 5% af nogle af skriftrullerne var blevet helt ødelagt. Mange af teksterne var blevet ulæselige, og mange af pergamenterne var blevet temmelig mørke.