Han døde af kræft i Yerevan, Armenien, den 20. juli 1990, i en alder af 66, og efterlod dette sidste værk, Bekendelsen, ufærdig. Det overlevede i sin oprindelige negativ som Parajanov: Det sidste forår (film), samlet af hans nære ven Mikhail Vartanov i 1992. Federico Fellini, Tonino Guerra, Francesco Rosi, Alberto Moravia, Giulietta Masina, Marcello Mastroianni og Bernardo Bertolucci var blandt dem, der offentligt sørgede over hans død. De sendte et telegram til Rusland med følgende erklæring: "Kinoverdenen har mistet en tryllekunstner". Spørgsmål: Hvor gammel var Parajanov, da han døde?
66