Løhr blev taget til fange af jugoslaviske partisaner i slutningen af krigen i Europa. Han blev retsforfulgt og dømt for krigsforbrydelser af den jugoslaviske regering for repressalier mod partisaner, der var begået under hans kommando, og
bombningen af Beograd i 1941. Han blev henrettet af skydespillet den 26. februar 1947 i Beograd, Jugoslavien.