Terrorisme blev et stadig vigtigere national sikkerhedsproblem under Clinton-administrationen. I de sidste år af den sovjetisk-afghanske krig havde Osama bin Laden organiseret al-Qaeda, en militant sunni-organisation. Al-Qaeda-lederne foragtede vestlige værdier, og var især rasende over den amerikanske militære tilstedeværelse i Saudi-Arabien. Al-Qaeda voksede i 1990'erne og engagerede sig i terrorisme i Mellemøsten og andre steder. Gruppen påtog sig ansvaret for 1993 World Trade Center bombningen, bombningerne af to amerikanske ambassader i Østafrika, og bombningen
af et amerikansk skib i havn i Yemen. Som gengældelse beordrede Clinton bombning af al-Qaeda-faciliteter i Afghanistan og Sudan. CIA og militæret sporede bin Ladens bevægelser i et forsøg på at fange eller dræbe ham, men Bin Laden undslap fangst dybt inde i bjergene i Afghanistan.