I september 2004 påtog Basayev sig ansvaret for Beslan-skolen.
I den blev over 350 mennesker, de fleste af dem børn, dræbt og hundredvis flere såret. Den russiske regering har sat en dusør på 300 millioner rubler ($10 millioner) for information, der fører til hans anholdelse. Basayev selv deltog ikke i beslaglæggelsen af skolen, men hævdede at have organiseret og finansieret angrebet, og pralede med at hele operationen kun kostede 8.000 euro. Den 17. september 2004 udstedte Basayev en erklæring, hvori han påtog sig ansvaret for skolens belejring og sagde, at hans Riyadus-Salihiin "Martyrbataljon" havde udført dette og andre angreb. I sit budskab beskrev Basayev massakren i Beslan som en "forfærdelig tragedie" og lagde skylden for den på den russiske præsident Vladimir Putin.