Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Under Anden Verdenskrig tjente MacMillan i første omgang i England, hvor han satte defensive strategier på plads mod en mulig invasion af tyskerne. Han blev udnævnt til brigadegeneralstab IX Korps i december 1941 og forblev i denne stilling under Operation Torch landinger i Nordafrika og gennem til faldet af Tunis i maj 1943. Han fik kommandoen over 152. brigade i juni 1943 og ledte den under det succesfulde Sicilien-felttog.
- Hvad? Da han vendte tilbage til Storbritannien, blev han tildelt kommandoen over den 15. (skotske) division og ledte dannelsen under Slaget om Normandiet, Operation Epsom og Operation Bluecoat, mod slutningen af hvilken han blev såret. Da han var kommet sig, vendte han i november 1944 tilbage til fastlandet i Europa som GOC 49. (West Riding) Division nær Nijmegen. Efter generalmajor Thomas Rennies død overtog han kommandoen over 51st (Highland) Division umiddelbart efter at have krydset Rhinen den 23. marts 1945.