Neill blev forfremmet til oberstløjtnant under hans deltagelse i belejringen af Béxar, og 10 dage senere Houston placeret ham ansvarlig for den Texian garnison i byen. I januar var beboerne begyndt at evakuere foran Santa Annas nærmende styrker. Neill bønfaldt Houston om tilføjelse af tropper, forsyninger og våben. De texanere, der sluttede sig til Matamoros-ekspeditionen, var rejst, og Neill havde kun omkring 100 mænd tilbage. På det tidspunkt betragtede Houston Béxar som en militær belastning og ønskede ikke, at Santa Annas fremrykkende hær fik kontrol over de resterende soldater eller artilleri. Han sendte Bowie med instruktioner om at fjerne artilleriet, få forsvarerne til at opgive Alamo missionen
Og ødelægge det. Efter sin ankomst den 19. januar og efterfølgende drøftelser med Neill, besluttede Bowie, at missionen var det rigtige sted at stoppe den mexicanske hær i dens spor. Han blev og begyndte at hjælpe Neill med at forberede det kommende angreb. Oberstløjtnant William B. Travis ankom med forstærkninger den 3. februar. Da Neill fik orlov til at tage sig af familieanliggender den 11. februar, overtog Travis kommandoen over missionen, og tre dage senere indvilligede han og Bowie i en fælles kommando. Santa Anna krydsede Rio Grande den 16. februar, og den mexicanske hærs angreb på Alamo begyndte den 23. februar. Kaptajn Juan Seguín forlod missionen den 25. februar med et brev fra Travis til Fannin i Goliad, hvor han bad om yderligere forstærkninger. Santa Anna udstrakte et tilbud om amnesti til Tejanos inde i fæstningen; en ikke-kampende overlevende, Enrique Esparza, sagde, at de fleste Tejanos forlod, da Bowie rådede dem til at tage tilbuddet. Som svar på Travis' brev den 24. februar til folket i Texas, dannede 32 militsfrivillige Gonzales Ranging Company of Mounted Volunteers og ankom til Alamo den 29. februar.