Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Præsident William J. Clintons administration arbejdede efterfølgende på at isolere Sudan. I midten af 1990'erne indførte den en politik for pres fra frontlinjestater mod Khartoum med bistand fra Uganda, Etiopien og Eritrea. Den voksende utilfredshed over Sudans politik og oplysninger om terrortrusler rettet mod amerikanere i Sudan, hvoraf mange viste sig at være falske, fik USA i foråret 1996 til at flytte alle amerikanere fra ambassaden i Khartoum til den amerikanske ambassade i Nairobi. Ambassaden i Khartoum forblev åben, men blev bemandet af sudanere og lejlighedsvis amerikanere, der besøgte fra Kenya. På opfordring af USA tvang Sudan Osama bin Laden til at forlade landet i maj 1996, men Washington fulgte ikke denne udvikling ved at forsøge at forbedre forbindelserne med Sudan. Det laveste punkt i forbindelserne var i august 1998, få dage efter bombningen af de amerikanske ambassader
i Dar es Salaam, Tanzania, og Nairobi, Kenya, da et amerikansk flådeskib affyrede krydsermissiler mod en farmaceutisk fabrik i Khartoum på det tvivlsomme grundlag, at den var forbundet med fremstilling af kemiske våben.