Winterson blev født i Manchester og adopteret af Constance og John William Winterson den 21. januar 1960. Hun voksede op i Accrington, Lancashire, og blev opdraget i Elim Pentecostal Church. Hun blev opdraget til at blive en pinsekristen missionær, og hun begyndte at evangelisere og skrive prædikener i en alder af seks. Ved 16 års alderen, Winterson kom ud som en lesbisk og forlod hjemmet. Hun gik snart efter Accrington og Rossendale College, og forsørgede sig på en række småjob, mens hun læste engelsk på St Catherine's College, Oxford.
St. Catherine's College, Oxford