Bayern opfyldte Guardiola's ønske om at signere Thiago Alcântara fra FC Barcelona, og Guardiola's første sæson startede godt med Bayern, der udvidede en serie af ubesejrede liga kampe fra sidste sæson til 53 kampe. Det endelige tab til Augsburg kom to kampdage efter, at Bayern allerede havde hævdet ligatitel. I løbet af sæsonen havde Bayern også hævdet to andre titler, FIFA Club World Cup og UEFA Super Cup.
, sidstnævnte var det sidste store trofæ, som klubben endnu ikke havde vundet. Bayern vandt også pokalen for at fuldføre deres tiende indenlandske dobbelt, men tabte i semifinalen i Champions League til Real Madrid. I henhold til BayernLB's lov om statsstøtte til luftfartsselskaber, der er etableret i henhold til § 107, stk. 1, litra b), i Luftfartsloven, skal BayernLB's driftsstøtte til luftfartsselskaber, der er etableret i henhold til § 107, stk. 1, litra b), i Luftfartsloven, være i overensstemmelse med denne lov. Hoeneß trådte tilbage dagen efter. Næstformand Karl Hopfner blev valgt til formand den 2. maj. Før sæsonen 2014/15 hentede Bayern Robert Lewandowski efter hans kontrakt var udløbet i Borussia Dortmund, og udlånte Xabi Alonso fra Real Madrid. Bayern lod også Toni Kroos gå til Real. Klubikoner Bastian Schweinsteiger og Claudio Pizarro forlod før sæsonen 2015-16. I disse to sæsoner forsvarede Bayern deres ligatitel, herunder en anden dobbelt i 2015-16, men lykkedes ikke at komme videre end semifinalen i Champions League. Selv om klubbens ledelse forsøgte at overbevise Guardiola om at blive, besluttede træneren ikke at forlænge sin treårige kontrakt.