Lynch har vundet en række priser for sin rolle som Sue. Ved den 14. Satellite Awards, vandt hun Satellite Award for Bedste Supporting Actress <unk> Serier, Miniserier, eller Television Film. Året efter vandt hun Primetime Emmy Award for Outstanding Supporting Actress i en komedie serie på den 62. Primetime Emmy Awards, for hendes præstation i episoden "The Power of Madonna". Hun modtog TCA Award for Individual Achievement i Komedie på den 26. TCA Awards, samt skuespillerinde Comedy Series anerkendelse på WIN Awards. Lynch var en del af "Glee" cast ensemble givet Screen Actors Guild Award for Outstanding Performance af et Ensemble i en komedie serie på
16. Screen Actors Guild Awards. Hun blev udnævnt til Favorite Female TV Star (Comedy) ved Lesbian/Bi People's Choice Awards, der drives af den lesbiske medie-hjemmeside AfterEllen.com, og vandt TV Performance of the Year: Musical or Comedy Award ved den første Dorian Awards, hvilket afspejler homoseksuel interesse i tv-industrien. Året efter blev Lynch bundet i samme kategori sammen med sin medskuespiller Chris Colfer. I 2011 blev Lynch også kåret til Golden Globe Award for Bedste Supporting Actress <unk> Serier, miniserier eller tv-film ved den 68. Golden Globe Awards, og Favorit TV Comedy Actress Award ved den 37. People's Choice Awards.