Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Utilfredshed med Uthmans nepotistiske politik og konfiskation af de tidligere sasanidiske kroneområder i Irak drev Quraysh og de fordrevne eliter i Kufa og Egypten til at modsætte sig kaliffen. I begyndelsen af 656 kom oprørere fra Egypten og Kufa ind i Medina for at presse Uthman til at ændre sin politik. Marwan anbefalede et voldeligt svar mod dem. I stedet indgik Uthman en aftale med egypterne, som var den største og mest åbenlyse gruppe blandt oprørerne. Da de vendte tilbage til Egypten, opfangede oprørerne et brev i Uthmans navn til den egyptiske guvernør, Ibn Abi Sarh, der instruerede ham om at gribe ind mod oprørerne. Som reaktion marcherede egypterne tilbage til Medina og belejrede Uthman i hans hjem i juni 656. Uthman hævdede at have været uvidende om brevet, og det kan have været skrevet af Marwan uden Uthmans viden. Trods ordrer om det modsatte forsvarede Marwan aktivt Uthmans hus og blev alvorligt såret i halsen, da han udfordrede oprørerne, der var samlet ved indgangen. Ifølge traditionen blev han reddet af sin sygeplejerske, Fatima bint Aws, og blev transporteret til hendes hjem af sin "mawla" (frigiveren eller klient), Abu Hafs al-Yamani. Kort efter blev Uthman myrdet af oprørerne, hvilket blev en af de vigtigste bidragende faktorer til den første muslimske borgerkrig.
- Hvad? Kald på hævn for hans død, ledet af Umayyaderne og en af Muhammeds koner A'isha, som tidligere havde agiteret mod Uthman, blev et samlingsråb fra oppositionen til hans efterfølger, Ali ibn Abi Talib, en fætter og svigersøn af Muhammed.