Med oprettelsen af Cisalpine Republikken under Napoleons besættelse blev Giovanni udnævnt til en af de nye regeringens direktører. Men en strid med general Brune førte til hans afskedigelse. Da den habsburgske regering vendte tilbage, blev han fængslet i Fort of Cattaro. Efter slaget ved Marengo
Han blev indkaldt til regeringen. Han havde en række forskellige stillinger, herunder præsident for Senatet i årene 1809, 1811 og 1812. Han støttede Napoleons mål om at gøre krav på titlen som konge af Italien, og som belønning fik han en titel som greve, og blev tildelt Jernkronen og Æreslegionen. Han lobbede uden held for at få Eugène de Beauharnais udnævnt til konge af den norditalienske republik. Da Napoleon faldt, var hans hovedindkomst at undervise i matematik.