En heliumatom har ca. fire gange så meget masse som et hydrogenatom, så sammensætningen ændres, når den beskrives som andelen af masse bidraget af forskellige atomer. Således er Jupiters atmosfære ca. 75% hydrogen og 24% helium af masse, med den resterende en procent af massen består af andre elementer. Atmosfæren indeholder spormængder af metan, vand, ammoniak og silicium-baserede forbindelser. Der er også spor af carbon, ethan, brintvand, damp, neon, ilt, phosphin og svovl. Det yderste lag af atmosfærens krystaller indeholder frosset ammoniak. Den indre atmosfære indeholder ca. 71% brint, 24% helium og 24% helium.
spormængder metan, vanddamp, ammoniak