Kate Sheppard blev født Catherine Wilson Malcolm den 10. marts 1848 i Liverpool, England, til skotske forældre Jemima Crawford Souter og Andrew Wilson Malcolm. Hendes far, født i Skotland i 1819, blev beskrevet i forskellige dokumenter som enten en advokat, banker, bryggeri kontorist eller juridisk kontorist; han giftede Souter i Inner Hebrides den 14. juli 1842. Catherine blev opkaldt efter sin farmor, også Catherine Wilson Malcolm, men foretrak at stave sit navn "Katherine" eller forkorte det til "Kate". Hun havde en ældre søster Marie, født i Skotland, og tre yngre søskende <unk>, født i Birmingham, og Isabella og begge født i London; familien flyttede tydeligvis i løbet af den periode.
Catherine Wilson Malcolm