Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Mayorkas var medlem af Barack Obamas overgangsgruppe, før han tiltrådte som præsident
I januar 2009, hvor han ledte holdet ansvarlig for U.S. Department of Justice's Criminal Division. Mayorkas blev udnævnt af præsident Obama som direktør for US Citizenship and Immigration Services (USCIS). Den 20. maj 2009 blev nomineringen modtaget af Senatet; den 7. august 2009 blev nomineringen bekræftet af Senatet ved stemmeafgivelse. Som direktør for USCIS førte Mayorkas USA-borgerskab gennem effektiv forvaltning og finanspolitisk ansvar og sikrede immigrationssystemets integritet. Han gennemførte processen for udskudt handling for ankomne børn (DACA) på 60 dage. Han ledede den amerikanske regerings bestræbelser på at redde forældreløse børn efter jordskælvet i Haiti i januar 2010 og ledede udviklingen af en enhed for ofre for kriminalitet, der for første gang resulterede i agenturets evne til at administrere det lovbestemte maksimale antal visa til ofre for kriminalitet.