Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Fra "Daedalus" Kelly flyttet til at blive første løjtnant i 64-gun i marts 1810. "Polyphemus" var viceadmiral Bartholomew Rowleys flagskib, der døde under sin udstationering. Kelly blev sendt hjem med meddelelserne om bord. Han var kaptajn på en 18-kanons slup under invasionen af Java.
mellem august og september 1811 og blev forfremmet til kommandør den 28. november 1811. Han tilbragte derefter en periode på halv løn uden aktiv beskæftigelse, på trods af at bede Admiralitetet om en udstationering under 1812-krigen og Lord Exmouths ekspedition til Algier.