Martin Vagner (født 16. marts 1984 i Jaroměř, Tjekkoslovakiet) er en tjekkisk ishockey forsvarsspiller, der i øjeblikket spiller for HC Hradec Králové i 1. národní hokejová liga. Han blev draftet i første runde, 26. samlet, af Dallas Stars i NHL Entry Draft 2002. Han blev dog indkaldt igen i 2004.
og blev udvalgt i niende runde, 268th samlet, af Carolina Hurricanes. Han har endnu ikke spillet i National Hockey League, og har til dato spillet i den tjekkiske Extraliga.