Den følgende sæson, Van Persie underskrev en tre-og-en-halv-årig professionel kontrakt med Feyenoord, og scorede fem mål i en 6<unk>1 KNVB Cup thrashing af AGOVV Apeldoorn den 6. februar 2003. Men sammenstød med hans manager Bert van Marwijk fik Van Persie nedgraderet til reserveholdet. Under en kamp med Feyenoord og Ajax-reserverne var han en af flere Feyenoord-spillere, der blev overfaldet af hooligans, der havde invaderet banen. Van Persie's strid med Van Marwijk fortsatte, da han blev sendt hjem på tærsklen til UEFA Super Cup i 2002.
Det var efter, at træneren var utilfreds med Van Persie's kropssprog, efter han blev bedt om at varme op til en Champions League-kvalifikation. Van Persie sluttede sin tumultfulde første fuld sæson med førsteholdet, der havde scoret otte mål i i alt 28 optrædener, udover at være andenpladsen i KNVB Cup.