I 1260 ødelagde Baybars og hans mamlukke hær kirken under deres angreb på Nazaret. Et lille antal franciskanere formåede at blive i Nazaret indtil Akros fald i 1291. I de tre århundreder, der fulgte, var franciskanerne i og ud af Nazaret, afhængigt af den lokale politiske situation, der var konstant i forandring. Franciskanernes beretninger fra denne periode dokumenterer deres udvisning i 1363, deres tilbagevenden i 1468 og en massakre på nogle af deres medlemmer i 1542. Lokale kristne familier med franciskansk støtte hjalp med at tage sig af kirken også i denne periode.
I 1954