Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1810 var Boyen blevet direktør for det militære kabinet. I genopbygningen af den preussiske hær fungerede han som Scharnhorsts mest flittige hjælper, men efter indgåelsen af alliancen mellem Preussen og Frankrig i 1812 trådte han tilbage som oberst og besøgte Wien og Sankt Petersborg. Begivenhederne i 1813 fik ham kaldt tilbage til den preussiske tjeneste: som oberst ledsagede han den russiske hær fra dens base i Kalisz til Sachsen. Efter slaget ved Lützen
(2 maj 1813) havde han ansvaret for grænsevagterne og i sidste ende forsvaret af Berlin. Men under våbenhvilen udnævnte kong Frederik Vilhelm III ham til chef for generalstaben for 3. hærkorps. Som sådan deltog Boyen i slagene og sammenstødene i 1813 og 1814 og blev forfremmet til generalmajor.