Efter ankomsten af det russiske styre i Georgien blev den affolkede landsby Manglisi i 1823 valgt af general Aleksey Yermolov som hovedkvarter for et af de regimenter under hans kommando, der efter 1827 skulle kaldes det 13. Erivansky Grenadier Regiment for sin rolle i sejren ved Erivan
i krigen med Persien. Ved denne lejlighed havde de russiske myndigheder også transplanteret nogle civile familier fra de nærliggende distrikter. I begyndelsen af 1850'erne var Manglis en relativt velorganiseret russisk koloni. Den gamle katedral blev også restaureret fra 1851 til 1857. I 1892 var befolkningen, der overvejende bestod af slaver, på op til 3.000 indbyggere. I begyndelsen af 1890'erne havde Manglis også erhvervet en kurbystatus, hvor folk i Tiflis (Tbilisi) kunne undslippe byens sommervarme.