Atkinsons anden skabelse, den ulykkelige Mr. Bean, dukkede første gang op på nytårsdagen i 1990 i en halv times special for Thames Television. Mr. Beans karakter er blevet sammenlignet med en moderne Buster Keaton, men Atkinson selv har udtalt, at Jacques Tati's karakter Monsieur Hulot var den vigtigste inspiration. Flere efterfølgere til Mr. Bean dukkede op på tv indtil 1995, og karakteren dukkede senere op i en spillefilm. Bean (1997) blev instrueret af Mel Smith, Atkinsons kollega i Not the Nine O'Clock News. En anden film, Mr. Beans Holiday, blev udgivet i 2007.
Mr. Bean's Holiday, blev udgivet i 2007