Sofonisba Anguissola blev født i Cremona, Lombardiet i 1532, den ældste af syv børn, hvoraf seks var piger. Hendes far, Amilcare Anguissola, var medlem af Cremonese adelen, og hendes mor, Bianca Ponzone, var også af adellig baggrund. Familien boede nær stedet for en berømt 2. århundrede f.Kr. slaget ved Trebbia
, mellem romere og kartaginere, og flere medlemmer af Anguissola-familien blev opkaldt efter gamle kartaginske historiske figurer: Amilcare opkaldte sin første datter efter den tragiske kartaginske figur Sophonisba, og hans eneste søn Asdrubale efter krigsherren Hasdrubal Barca. Amilcare Anguissola, inspireret af Baldassare Castigliones bog Il Cortigiano, opfordrede alle sine døtre (Sofonisba, Elena, Lucia, Europa, Minerva og Anna Maria) til at dyrke og perfektionere deres talenter. Fire af søstrene (Elena, Lucia, Europa og Anna Maria) blev malere, men Sofonisba var langt den mest dygtige og berømte og underviste sine yngre søskende. Elena Anguissola (ca. 1532 <unk> 1584) opgav maleriet for at blive nonne. Både Anna Maria og Europa opgav kunsten ved at gifte sig, mens Lucia Anguissola (1536 eller 1538 <unk> 1565 <unk> 1568), den bedste maler af Sophonisbas søstre, døde ung. Den sidste søster, Minerva, blev forfatter og latinforsker. Asdrubale, Sophonisbas bror, studerede musik og latin, men ikke maleri.