Den 9. september 1939 blev Wejherowo erobret af Wehrmacht. Efter invasionen af Polen, der markerede begyndelsen af Anden Verdenskrig, blev Wejherowo annekteret af Nazityskland og administreret som en del af Regierungsbezirk Danzig i provinsen Reichsgau Danzig-Vestpreussen. Størstedelen af byens jødiske samfund blev myrdet af nazisterne under besættelsen
, mens mange lokale polakker også var ofre for nazisternes udryddelsespolitik.