Når krigen med Frankrig brød ud i 1809, fik von Hiller kommandoen over VI Armee Korps, der dækkede den venstre fløj af den østrigske hær. Da kejser Napoleon I af Frankrig faldt på den østrigske venstrefløj den 20. april i slaget ved Abensberg, ankom Hiller og overtog kommandoen over V, VI og II Reserve Armeekorps. Slået ved Abensberg og den 21. april ved slaget ved Landshut
Han blev adskilt fra hovedhæren. Den 22. april blev ærkehertug Karl slået i slaget ved Eckmühl og trak sig tilbage til den nordlige bred af Donau. Uden at indse, at han var alene på den sydlige bred, angreb Hiller marskal Jean-Baptiste Bessières og vandt en mindre sejr i slaget ved Neumarkt-Sankt Veit den 24. april. Da han endelig indså, at oddsene var imod ham, trak han sig tilbage i god orden mod Linz fra 25. april til 3. maj. På sidstnævnte dato kæmpede han en brutal aktion med André Masséna's korps i slaget ved Ebelsberg. Dette nederlag tvang von Hiller til at trække sig tilbage over Donau ved Mautern.