Ud over de holdmedaljer, han indsamlede, vandt Toni også flere individuelle hæder: Under sin første periode med Fiorentina vandt han "Capocannoniere" (Serie A-topscorer) -prisen i sæsonen 2005/06, hvor han scorede 31 mål (mest mål i en Serie A-sæson siden 1958/1959).
), som også gav ham den europæiske gyldne sko, og han blev den første italienske spiller nogensinde til at vinde prisen; han var også ligaens fælles topscorer i Serie A-sæsonen 2014/15, hvor han blev den ældste spiller til at vinde prisen i en alder af 38 år med 22 mål. Toni sluttede også som topscorer i 2007-08 Bundesliga, med 24 mål, og i 2007-08 UEFA Cup, med 10 mål.