Hans forældre og hans søster bevarede deres jødiske tro, men Stein og hans bror, Ernst Eduard, blev døbt som lutheranere, tilsyneladende for at befri dem fra antisemitisme, som ville have nægtet dem adgang til uddannelse og fremskridt. Hjemme talte familien tysk og ungarsk, sproget af ungarsk nationalistisk genoplivning i det 19. århundrede, og Stein var stolt af denne arv for resten af sit liv. Han deltog i katolske og lutherske gymnasier i Budapest, hvor han mestrede græsk, latin, fransk, engelsk og pun, før han fortsatte med avanceret studier på universiteterne i Wien, Leipzig og Tübingen. Han studerede sanskrit og persisk og modtog sin Ph.D. fra 1883. I 1884 gik han til Lahore og hans bror, Ernst Eduard, blev døbt som lutheranere, tilsyneladende for at befri dem fra antisemitisme, som ville have nægtet dem adgang til uddannelse og fremskridt. I hjemmet talte familien tysk og ungarsk, sproget af ungarsk nationalistisk genoplivning i det 19. århundrede, og Stein var stolt af denne arv for resten af sit
Græsk, latin, fransk og engelsk