Den 3. november 2019 forlod Niko Kovač Bayern München efter gensidig aftale efter et 5-1 tab til Eintracht Frankfurt. Hans assistent Hansi Flick blev forfremmet til midlertidig træner. I sin første kamp som træner besejrede Bayern Olympiakos 2-0 i gruppefasen af UEFA Champions League den 6. november 2019. I april 2020 udnævnte Bayern München Flick som fast træner med en kontrakt indtil 2023. Flick førte Bayern til at vinde Bundesligaen, DFB-Pokal og UEFA Champions League, og dermed fuldførte den kontinentale treble for anden gang i klubbens historie. Den følgende sæson førte han Bayern til at vinde UEFA Super Cup i 2020.
Mod Sevilla. Han ledte også Bayern til at vinde sin første sextuple efter at have vundet Club World Cup i februar 2021 ved at besejre det mexicanske hold Tigres.