Fra 1139 var Coimbra hovedstad i kongeriget Portugal og den største modtager af kongernes gavmildhed, indtil regeringssædet blev flyttet til Lissabon i 1260. Blandt de mere berømte biskopper har været Pedro (1300), kansler for kong Dinis; João Galvão, der blev tildelt titlen Conde de Arganil for sig selv og sine efterfølgere, den 25. september 1472 af kong Alfonso V, i taknemmelighed for hans tjeneste i erobringen af Arzila og Tanger; og Manuel de Menezes (1573-78), tidligere rektor for universitetet i Coimbra fra 1556 til 1560, der faldt med kong Sebastian i slaget ved Alcácer Quibir
Den 4. august 1578.