Muckalt blev udvalgt i niende runde (221st overordnet) i 1994 NHL Entry Draft
af hans hjemby Vancouver Canucks. Han spillede sin første NHL-kamp med Canucks den 12. oktober 1998 mod Los Angeles Kings, hvor han også noterede sig sit første NHL-point, en assist. Muckalt scorede sit første NHL-mål den 20. oktober mod Carolina Hurricanes. Han spillede i 73 kampe i sin rookie sæson, scorede 16 mål og 36 point. Muckalt blev handlet til New York Islanders sammen med Dave Scatchard og målmand Kevin Weekes i bytte for målmand Felix Potvin og draft picks midtvejs gennem 1999-2000 sæsonen den 19. december 1999. Kort efter debuten med Islanders, blev han sidelinjet for resten af sæsonen med en skulderskade i en kamp mod Tampa Bay Lightning den 13. januar 2000. Efter en hel sæson med Islanders i 2000/01 var han involveret i en blockbuster handel med Ottawa Senators den 23. juni 2001. Muckalt blev handlet til Ottawa sammen med den kommende forsvarsspiller Zdeno Chara og Islanders 'første runde valg i 2001 (som Ottawa efterfølgende ville bruge til at vælge Jason Spezza) til gengæld for stjerne center Alexei Yashin.