Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Kejseren deltog personligt i felttoget mod svenskerne, der endte med et nederlag i slaget ved Jankau
Den 6. marts 1645. Den svenske hær under Lennart Torstensson rykkede derefter frem til Wien. For at øge byens moral, førte kejseren en stor procession rundt i byen med et billede af Jomfru Maria. Da den svenske hær nærmede sig, forlod Ferdinand byen. Ærkehertug Leopold Wilhelm formåede at drive modstanderne væk. Til tider lykkedes det Ferdinand at få prins George I Rákóczi af Transsylvanien, en allieret af Frankrig og Sverige, på sin side. I "Freden i Linz" i 1645 måtte kejseren garantere de ungarske godser retten til kejserlig repræsentation og religionsfrihed for protestanterne, hvilket forhindrede modreformationen og det fremtidige absolutistiske styre i Ungarn.