Muzzi sluttede sig til Udinese i 1999-2000 sæsonen, hvor han tilbragte yderligere fire sæsoner med "zebrette"; i alt spillede han 103 kampe for klubben, scorede 39 mål, vandt 2000 UEFA Intertoto Cup, hvilket gjorde det muligt for Friuli side at kvalificere sig til UEFA Cup den følgende sæson. Han vendte derefter tilbage til Rom for at slutte sig til Lazio for 2003-04 sæsonen; selvom han ikke var et fast førsteholdsmedlem, viste hans præstationer sig ofte at være afgørende på banen, som det fremgår af hans mål, der gjorde det muligt for Lazio at undgå nedrykning i løbet af 2004-05 sæsonen; i løbet af sin tid med klubben vandt han 2003-04 Coppa Italia, og nåede også semifinalen i 2003-04 UEFA Cup, men gik glip af 2004 Supercoppa Italiana.
til Milano. I september 2005 sluttede han sig til Serie B side Torino, og var en af hovedpersonerne i "granata"'s tilbagevenden til den øverste flyvning. I sin anden sæson med Torino, nu i Serie A, scorede Muzzi kun 3 mål.