Fanon's behandlingsmetoder begyndte at udvikle sig, især ved at starte socioterapi for at forbinde med sine patienters kulturelle baggrunde. Han uddannede også sygeplejersker og praktikanter. Efter udbruddet af
Fanon sluttede sig til Front de Libération Nationale efter at have taget kontakt med Dr. Pierre Chaulet i Blida i 1955. Fanon arbejdede på et fransk hospital i Algeriet og blev ansvarlig for at behandle de psykiske lidelser hos de franske soldater og officerer, der udførte tortur for at undertrykke anti-kolonial modstand. Fanon var desuden ansvarlig for behandlingen af algeriske torturofre.