Diponegoro blev født den 11. november 1785 i Yogyakarta, og var den ældste søn af Sultan Hamengkubuwono III af Yogyakarta. Under hans ungdom ved Yogyakartans hof, store begivenheder som opløsningen af VOC, den britiske invasion af Java
, og den efterfølgende tilbagevenden til hollandsk styre fandt sted. Under invasionen brugte sultan Hamengkubuwono II, der blev skubbet til side i sin magt i 1810 til fordel for Diponegoros far, den generelle forstyrrelse for at genvinde kontrollen. I 1812 blev han dog endnu en gang fjernet fra tronen og forvist til Java af de britiske styrker. I denne proces fungerede Diponegoro som rådgiver for sin far og havde tilsyneladende ydet hjælp til de britiske styrker til det punkt, hvor Raffles tilbød ham titlen "Sultan", som han afslog, måske på grund af det faktum, at hans far stadig regerede.