Under den nye Napoli-manager Maurizio Sarri vendte Hamšík tilbage til at spille som central midtbanespiller på venstre side i Napoli's tre mands midtbane for sæsonen 2015/16, som han beskrev som sin foretrukne rolle. Den 23. august 2015 scorede Hamšík åbningsmålet i et 2-1 nederlag mod Sassuolo på åbningskampen i Serie A sæsonen.
- Hvad? Den 17. september scorede han i en 5-0 sejr over Club Brugge i gruppefasen af Europa League. Han spillede sin 300. Serie A-optræden den 6. januar 2016, hvor han scorede i en 2 til 1 hjemme sejr over Torino. I den følgende liga kamp, den 10. januar, gjorde han sin 300. Serie A optræden for Napoli i en 5-1 sejr over Frosinone, da Napoli sluttede den første halvdel af sæsonen som uofficielle "vintermester". Han markerede lejligheden ved at score et mål, hans 80. i Serie A, som alle blev scoret med Napoli.