Passage: Øen er opkaldt efter den spanske version af en galicisk admiral i tjeneste for Portugal (Xoán da Nova eller de Novoa på galicisk; João da Nova på portugisisk), der kom over øen i 1501. Øen havde aldrig været beboet, da den blev en besiddelse af Frankrig i 1897. I 1921 besluttede Frankrig at overføre administrationen af Juan de Nova fra Paris til Tananarive i sin koloni Madagaskar og afhængigheder. Før Madagaskars uafhængighed overførte Frankrig administrationen til Saint-Pierre på Réunion Island. Madagaskar blev uafhængig i 1960 og hævder suverænitet over øen siden 1972.
I 1960