Fuldfør følgende sætning: "Juniata" fortsatte med at sejle i Vestindien, hvor den konvojer skibe til Californien til sikre farvande og var opmærksom på tegn på konfødererede krydserbåde og blokadebrydere, indtil den sejlede til New York den 24. november og ankom der den 2. december. Under reparationer i Philadelphia i løbet af første halvdel af 1864 afsejlede "Juniata" den 12. august på jagt efter den konfødererede krydser "Tallahassee" rapporteret fra Sandy Hook, New Jersey. Fem dage senere forankrede hun i Hampton Roads og sluttede sig til North Atlantic Blockading Squadron. Hun opererede ud af Hampton Roads indtil dampning til Wilmington i begyndelsen af december som forberedelse til kommende offensive operationer mod den magtfulde fæstning og blokade center. Hun var midt i kampene under det første angreb på Fort Fisher, og lukkede sydlige batterier for at komme i position til effektivt bombardement. Hendes dristighed ved denne lejlighed, som kostede hende to officerer og tre mænd dræbt og 11 mænd såret, blev igen vist under
Andet angreb på Fort Fisher mellem den 13. og 15. januar 1865. Yderligere fem af hendes mænd blev dræbt og 10 såret i dette angreb, som fik Wilmington ud af sydstaternes hænder, og afspærrede konføderationen fra effektiv udenlandsk hjælp.