Hun vendte tilbage til Mount Holyoke i 1872, hvor hun underviste i matematik og naturhistorie, før hun blev gymnastikinstruktør fra 1876 til 1891.Clapp fortsatte sine omfattende postgraduate studier på Louis Agassiz's Anderson School of Natural History på Penikese Island, Buzzard's Bay, MA i 1874. Hun adopterede Agassiz's diktum "Study nature, not books!" og anvendte det på sin egen undervisning. Hun introducerede sin viden via et embryologi kursus på Mount Holyoke, udskiftet med eksemplarer fra alumner i udlandet. Sammen med andre New England entomologer, indsamlede Clapp insekter fra White Mountains i New Hampshire i sommeren 1875 og fra de mid-Atlantic stater i 1877.
New Hampshire