Khawaja havde for nylig været med i det juridiske forsvarsteam af fem amerikanere, der var blevet arresteret af Pakistan, og som var blevet anklaget for medlemskab af Jaish-e-Mohammed. Indgående rapporter tyder på, at der var en seddel fastgjort til hans krop, der hævdede ansvaret for hans død i navnet på "Asian Tigers", som nogle ironisk har teoretiseret kunne være en splintergruppe af den militante organisation. Notatet anklagede ham også for at spionere for USA, og for at have taget regeringens side i belejringen af Lal Masjid i 2007.
- Hvad? I notatet beskyldtes regeringen for at nægte at forhandle om den ønskede løsladelse af de fængslede pakistanske militante.