Fuldfør følgende sætning: Med begyndelsen af Anden Verdenskrig blev Polen invaderet af Nazityskland og Sovjetunionen, og i første omgang kom byen under sovjetisk kontrol.
Besættelsen, som følge af Molotov-Ribbentrop-pagten. Det blev indarbejdet i Den Hviderussiske SSR fra 1939 til 1941 som hovedstad i Belastok-regionen. Polske folk blev deporteret dybt ind i Sovjetunionen (Sibirien, Kasakhstan, det fjerne nord). I løbet af den tyske invasion af Sovjetunionen i 1941 blev Białystok besat af den tyske hær den 27. juni 1941 under slaget om Białystok-Minsk, og byen blev hovedstad i Bezirk Białystok, en separat region i det tyske besatte Polen, indtil 1944. Den 27. juni 1941 blev den store synagoge nedbrændt af tyskerne med et anslået antal af 2.000 jøder derinde.