Efter Operation Barbarossa, den tyske invasion af Sovjetunionen, begyndte den 22. juni 1941, Drozd ledede afdelingen på minedannende operationer i Irbe-strædet og Finlandsbugten. Han overvågede krydserens bevægelse fra Rigsbugten til Tallinn og ledede afdelingen i forsvaret af den vigtigste flådebase i sidstnævnte havn og dens evakuering.
til Kronstadt. Bemærket for sit "modige lederskab" i disse operationer af Centralkomiteen for Sovjetunionens Kommunistiske Parti, blev Drozd forfremmet til viceadmiral den 16. september og givet kommandoen over Baltiske Flådes eskadrille. I denne stilling overvågede han evakueringen af Hanko Naval Base i oktober og ledte eskadrillen i forsvaret af Leningrad. Drozd blev tildelt sin anden Orden af Røde Fanner i 1942 og inspicerede reparationerne af eskadrillens skibe og personelens kamptræning. Han blev dræbt den 29. januar 1943, da hans bil faldt gennem isen mellem Kronstadt og Leningrad i Finlandsbugten, efter at en tysk granat havde brudt isen. Han blev begravet på den kommunistiske kirkegård i Alexander Nevskij Lavra i Leningrad.