Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 2016 sæsonen, Shoji startede sæsonen, da han hjalp Kashima Antlers holde to rene ark i de første to liga kampe i sæsonen. Siden starten af sæsonen fortsatte Shoji med at genvinde sin første holdplads, hvor han spillede som centerback. Det var ikke før den 6. april 2016, da han scorede sit første mål i sæsonen, i en 3-1 sejr mod Nagoya Grampus i J.League Cup. Ved slutningen af J.League første etape, Shoji bidrag til det første hold hjalp side færdig på toppen af tabellen. Efter at have afsonet en kamp suspendering, vendte han tilbage til start line-up, da Kashima Antlers tabte 3-1 tab mod Gamba Osaka den 2. juli 2016. Shoji fortsatte med at hjælpe holdet med at forblive øverst på tabellen i de næste elleve kampe. Det var ikke før den 16. september 2016, da han scorede sit andet mål i sæsonen, i en 3 til 0 sejr mod Júbilo Iwata. På et tidspunkt i denne måned, underskrev han en kontrakt med klubben. Efter at klubben kvalificerede sig til at ende på tredjepladsen i slutningen af J.League anden fase, hjalp Shoji senere klubben med at vinde ligaen efter at have spillet begge ben for at slå Urawa Red Diamonds 2 <unk> 2 på aggregat gennem et udendørs mål. Shoji spillede alle fire kampe i FIFA Club World Cup
, da han hjalp Kashima Antlers med at nå til finalen, kun for at tabe 4-2 mod Real Madrid. På trods af at tabe i finalen blev både Shoji og Naomichi Uedas partnerskab som centerback rost af medierne, både i og uden for Japan. Shoji hjalp også klubben med at nå kejserens Cup Final ved at slå Kawasaki Frontale 2<unk>1. I slutningen af 2016 sæsonen, han gik på at gøre fyrre og fem optrædener og scorede to gange i alle konkurrencer. For hans præstation i 2016 sæsonen, blev Shoji udnævnt til J.League Best XI.