Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Hindmarsh blev overført til flåden i maj 1800, og deltog i slaget ved Algecirasbugten i 1801. Han deltog i slaget ved Trafalgar, og var første løjtnant på sluppen, som tog en fremtrædende del i slaget om de baskiske veje i 1809, og på samme sluppe i Walcheren-ekspeditionen senere på året. Han deltog i invasionen af Java.
I 1811. Han blev forfremmet til kommandør den 15. juni 1814. En lang periode med inaktivitet på halv løn fulgte, men fra marts 1830 til december 1831 kommanderede han den britiske flåde og blev forfremmet til kaptajn den 3. september 1831.