Efter først at have udtrådt lettisk aftale under pres - Stalin personligt truede den lettiske udenrigsminister i Moskva under forhandlingerne - til stationering af sovjetiske tropper på lettisk jord, invaderede Sovjetunionen Letland den 16. juni 1940. Jødiske borgerlige og politiske ledere begyndte at blive arresteret i august 1940. De første, der blev arresteret, var de zionistiske ledere Favid Varhaftig og Mahanud Alperin. Betars ledere blev deporteret. I 1941 arresterede sovjetterne Mordechai Nurock, M. Dubin og andre jødiske borgerlige ledere, zionister, konservative og højreorienterede socialister. Deres arrestordrer blev godkendt af S. Shustin. Da Sovjetunionen gennemførte den første runde af masse deportationer til Østersøen,
I natten mellem den 13. og 14. juni 1941 blev tusindvis af lettiske jøder deporteret sammen med lettere. Af alle de etniske grupper der blev deporteret, led jøderne mere end nogen anden, og de blev deporteret til særligt barske forhold. Der er bevaret optegnelser om deportationerne af 1.212 jødiske lettiske borgere (12,5% af dem, der blev deporteret til Sovjetunionens fjerneste egne), men det faktiske antal jøder, der blev deporteret, var helt sikkert større, i størrelsesordenen 5.000 til 6.000 under den første sovjetiske besættelse.