Den unge kong Sebastian I brændte af nidkærhed for at tage til Marokko og standse de tyrkisk-støttede hærers fremrykning, et foretagende, der havde løftet om mere jord og indtægter i Nordafrika for adelen (de troede måske, at dette ville give dem mulighed for at opretholde deres økonomiske overherredømme over købmændene), men det handelsmæssige borgerskab støttede også bestræbelserne, da det ville gavne den portugisiske handel i Nordafrika. Sebastian brugte meget af Portugals rigdom til at udstyre en stor flåde og samle en hær. Han og den portugisiske adels blomst blev dræbt i den militære katastrofe i slaget ved Alcácer Quibir i 1578, og hans død udløste en arvefølgekrise, hvor de vigtigste krav på tronen var Filip II af Spanien og António, Prior af Crato. De resterende portugisiske adelsmænd og det høje gejstlighed blev samlet endnu en gang til deres ligesindede modstykker, kastillierne, og støttede Filip, en moderens barnebarn af Manuel I af Portugal. Filip sendte en hær på 40.000 mand under kommando af hertugen af Alba for at invadere Portugal. De besejrede Antonios tropper ved
Slaget ved Alcântara og Filip blev kronet som Filip 1. af Portugal i 1581. Han opfyldte således i det mindste delvis sin fars ambition, Habsburgkongen Carlos I af Spanien (også Karl V af Det Hellige Romerske Rige), som blev berømt citeret af Friar Nicolau de Oliveira: "Se eu fora Rei de Lisboa eu o fora em pouco tempo de todo o mundo" ("Hvis jeg var konge af Lissabon, ville jeg snart regere over hele verden"). Portugal's union med Spanien varede i 60 år (1580-1640).