Fontaine spillede sin sidste kamp i juli 1962 og blev tvunget til at gå på pension tidligt (28 år og 11 måneder gammel) på grund af en tilbagevendende skade. Han var kortvarigt manager for det franske landshold i 1967, men blev erstattet efter kun to kampe, begge venskabskampe, der endte med nederlag. Som træner for Marokko førte han Atlas Lions til 3. i 1980 African Cup of Nations
, hvor han overvågede fremkomsten af spillere som Badou Zaki, Mohammed Timoumi og Aziz Bouderbala. Marokko nåede den sidste fase af kvalifikationen til VM i 1982, men blev slået af Cameroun.