Malaika blev gift med Bollywood-skuespiller-regissør-producer Arbaaz Khan i 1998, som hun mødte under en kaffe annonce skydning. Den 28. marts 2016 meddelte de adskillelse med henvisning til kompatibilitet spørgsmål. Parret blev officielt skilt den 11. maj 2017. Sammen har de en søn, Arhaan, født den 9. november 2002.
Den 11. maj 2017