Magruder sluttede sig til sine mænd ved Bottom's Bridge, 12 miles øst for Richmond, den 9. maj og overtog kommandoen fra Jones. Hans division, såvel som andre i Army of Northern Virginia, fik ordre til at trække sig tilbage den 15. maj sydvest over Chickahominy-floden som forberedelse til forsvaret af Richmond. Den 31. maj samlede Johnston divisionerne af generalmajorerne James Longstreet, DH Hill og Benjamin Huger som en del af en dristig
offensiven mod Seven Pines, som havde til formål at isolere to unionskorps syd for Chickahominy og overvælde dem. Magruders mænd, der blev holdt i reserve, bevogtede hovedstyrkens venstre flanke, men så ingen handling i løbet af det to-dages kamp. På trods af at de på den første dag havde påført mange tab, "blev muligheden forspildt på grund af tøven og uensartede handlinger", hvilket resulterede i endnu et slag der ikke førte til nogen konklusion.