I Bletchley Park arbejdede han på kryptoanalyse af Enigma-cifrer indtil sin død i 1943. Han byggede holdet og opdagede metoden, der knækkede den italienske flåde Enigma, producere intelligens krediteret med allierede sejr på
Slaget ved Kap Matapan. I 1941 knækkede Knox Abwehr Enigma. Ved krigens slutning havde efterretningstjenesten Knox spredt 140.800 Abwehr-dekrypteringer, herunder efterretninger, der var vigtige for D-Day.