John Rowe blev udnævnt til midshipman i flåden den 2. december 1799. Han meldte sig frivilligt til løjtnant Stephen Decatur's ekspedition til Tripoli Havn under
Første barbariske krig. Den 16. februar 1804 gik besætningen om bord og satte ild til, og ødelagde fregatten, som var faldet i fjendens hænder. Han blev udnævnt til løjtnant den 21. marts 1807 og trådte tilbage fra flåden den 27. august 1808.