Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I kølvandet på denne begivenhed blev Guatemalas ombudsmand for menneskerettigheder, Ramiro de León Carpio, efterfulgt som præsident, i henhold til forfatningen. Han udnævnte Pérez til sin præsidentchef for staben, en stilling han holdt indtil 1995. Betragtes som leder af den guatemalanske hærfraktion, der var tilhænger af en forhandlet løsning på den 30 år lange guatemalaske borgerkrig
, Pérez repræsenterede militæret i forhandlingerne med guerillastyrkerne. De nåede frem til fredsaftalen i 1996.