I 1798 blev Barron sat i kommando over og deltog i Quasi-krig med Frankrig. I løbet af
I den første barbariske krig kommanderede han og afløste Edward Preble nær Tripoli. <unk>Gennem det meste af vinteren 1804-1805 var Barron ramt af en smertefuld leversygdom, en konsekvens af gul feber. For eskadronens officerer var Barrons helbred et emne med konstant bekymring og frustration...og i begyndelsen af november 1804 flyttede han til land - men han nægtede at opgive kommandoen og holdt aldrig op med at håbe på, at han ville komme sig. I 1805 overdrog han kommandoen over sin eskadrille til John Rodgers og vendte tilbage til USA på grund af dårligt helbred. Han blev derefter tildelt kommandoen over Gosport Shipyard i Virginia. Hans helbred blev aldrig helt genoprettet, og den 29. oktober 1810 rapporterede løjtnant Robert Henley, hans ledende officer, til flådeministeren: "Jeg har den smertefulde pligt til at informere dig om kommodore Samuel Barrons død. Han var tilsyneladende ved godt helbred, da han blev angrebet under middagen i går i Hampton med et anfald og døde omkring kl. 10 i morges". Kommodore Barron blev begravet i Hampton, Virginia, 45 år gammel.