Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Omkring 60.000 litauere blev indkaldt i den Røde Hær. I løbet af 1940 organiserede de sovjetiske myndigheder på grundlag af den opløste litauiske hær det 29. Forringelse af livskvaliteten og tjenestebetingelserne, indoktrinering af kommunistisk ideologi, forårsagede utilfredshed hos de nyligt sovjetiserede militære enheder. De sovjetiske myndigheder reagerede med undertrykkelse af litauiske officerer i 29. korps, hvor de arresterede over 100 officerer og soldater og efterfølgende henrettede omkring 20 i efteråret 1940. På det tidspunkt blev angiveligt omkring 3.200 officerer og soldater i 29. korps betragtet som "politisk upålidelige". På grund af høje spændinger og soldaternes utilfredshed blev 26. kavaleriregiment opløst. Under deportationen i juni 1941
Over 320 officerer og soldater fra 29. korps blev arresteret og deporteret til koncentrationslejre eller henrettet. Det 29. korps kollapsede med den tyske invasion af Sovjetunionen: den 25.-26. juni brød et oprør ud i dets 184. rifledivision. Den anden division i 29. korps, den 179. riffeldivision, mistede de fleste af sine soldater under tilbagetrækningen fra tyskerne, hovedsagelig til desertering af sine soldater. I alt mindre end 1.500 soldater fra en indledende styrke på omkring 12.000 nåede området omkring Pskov i august 1941. I anden halvdel af 1942 blev de fleste af de litauere, der var tilbage i de sovjetiske rækker, samt mandlige krigsflygtninge fra Litauen organiseret i 16. Rifle Division under dens anden dannelse. 16. Rifle Division, på trods af officielt kaldet "litauisk" og for det meste beordret af officerer af litauisk oprindelse, herunder Adolfas Urbšas, var etnisk meget blandet, med op til 1/4 af dets personale lavet af jøder og dermed være den største jødiske formation af sovjetiske hær. En populær vittighed fra disse år sagde, at 16. division kaldes litauisk, fordi der er 16 litauere blandt dens rækker.