I slutningen af 1587 i Paris blev han arresteret i et bordel, da han blev fundet i seng med en kvinde og en mandlig tjener af jarlen af Essex. Hans fangere overvejede at sende ham tilbage til Walsingham. Til sidst blev han overført til Bastillen for at afvente retssagen. En optegnelse af hans afhøring viser, at han forsøgte at inddrage Morgan og Paget i dobbelt handlen. I august 1589 blev han stillet for retten og idømt tyve års fængsel for at have handlet imod den katolske kirkes interesser. På det tidspunkt var Paris under kontrol af Den katolske Liga, som havde rejst sig mod den franske konge. I fængslet forværredes hans helbred. Ved slaget ved Ivry
I marts 1590 blev forbundets hær tilintetgjort, og kongen marcherede mod Paris, fast besluttet på at sulte hovedstaden til underkastelse. Belejringen varede indtil august og forårsagede en hungersnød. Gifford døde et par måneder senere, i november 1590.