Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den første omtale af Krakės er fra det 14. århundrede. Krakės herregård var en ejendom af samogitiske biskopper mellem 1421 og 1842. Den første kirke i Krakės blev bygget i det 15. århundrede. Krakės er nævnt som en by i 1579. Et kvindeligt kloster af St. Catherine-ordenen blev etableret i Krakės i 1615 og kørte indtil 1945 (træklosteret brændte på det tidspunkt), derefter genopbygget i 1997. I 1790 blev Krakės tildelt et markedsprivilegium. I 1863 var Krakės et vigtigt centrum for januaropstanden
, den 28. april var der et slag mod den russiske kejserlige hær. I 1863 og 1914 blev Krakės ødelagt af brande.