Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Under masse deportationer til Sibirien
I juni 1941 gik omkring 30.000 deporterede gennem Naujoji Vilnia-banegården. Efter Anden Verdenskrig blev de tidligere butikker nationaliseret af de sovjetiske myndigheder og omdannet til store fabrikker for værktøjsmaskiner, landbrugsudstyr og andre fabrikker. I 1957 blev det indarbejdet i byen Vilnius.