Den 2013-14 FC Bayern München sæson var den 115. sæson i klubbens historie og den 49. sæson i træk i den øverste flyvning af tysk fodbold, Bundesligaen, siden deres forfremmelse fra Regionalliga Süd i 1965. Bayern deltog i sæsonens udgaver af DFB-Pokal, DFL-Supercup, UEFA Champions League, UEFA Super Cup
, og FIFA Club World Cup.