Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den russisk-japanske krig begyndte den 8. februar 1904, mens Sakharov havde kommandoen over det 1. sibiriske hærkorps, men det så ikke kamp, før han opgav kommandoen i april 1904. Den 5. april 1904 blev han chef for feltet hovedkvarteret i 1. Manchurian Army, deltager i Slaget ved Shaho
i oktober 1904. Den 18. oktober 1904 blev han stabschef for den øverstkommanderende for alle land- og flåden styrker, der opererer mod Japan, general Aleksey Kuropatkin. Han udførte disse pligter indtil 17. marts 1905 og blev tildelt Golden Weapon for Tapperhed med Diamonds den 26. november 1904. Han tjente som medlem af Alexander Committee on the Wounded fra 17. marts 1905 til 3. januar 1906, hvor han blev midlertidig kommandør for 17. hærkorps den 24. september 1905 umiddelbart efter krigen, mens han fortsatte med at tjene i komiteen.