En række specifikke genvarianter øger risikoen med en lille til moderat mængde. Enkel genforstyrrelser, der resulterer i migræne, er sjældne. En af disse er kendt som familiær hemiplegisk migræne, en type migræne med aura, som arves på en autosomal dominant måde. Fire gener har vist sig at være involveret i familiær hemiplegisk migræne. Tre af disse gener er involveret i iontransport. Det fjerde er et axonal protein, der er forbundet med den komplekse exocytose. En anden genetisk lidelse forbundet med migræne er CADASIL-syndrom eller autosomal dominant arteriopati med subcortical infarkt og leukocytose.
sjældne