Fuldfør følgende sætning: I juli 1870 begyndte den fransk-preussiske krig, som førte til faldet af det andet franske imperium under Napoleon III. Ved oprettelsen af Den Tredje Republik i september 1870 tilbød han sine tjenester til Léon Gambetta, blev udnævnt til præfekt for departementet Tarn-et-Garonne, og i oktober blev han chef for det militære kabinet. Det var hovedsagelig Freycinets organisatoriske evner, der gjorde det muligt for Gambetta at rejse hær efter hær for at modsætte sig de invaderende tyskere. Han viste sig at være en dygtig strateg, men den politik at diktere operationer til generalerne på slagmarken førte ikke til lykkelige resultater. Friktionen mellem ham og general d'Aurelle de Paladines resulterede i tab af den midlertidige fordel, der blev opnået ved
Coulmiers og Orléans, og han var ansvarlig for felttoget i øst, som endte med ødelæggelsen af Armée de l'Est under Charles Denis Bourbaki.