Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Bygningen blev beskadiget under 2. verdenskrig. Det blev ramt under bombningen af Beograd
, del af det tyske angreb på Jugoslavien den 6. april 1941. Umiddelbart efter indgangen til Beograd byggede tyskerne en improviseret stationær bygning ved siden af den beskadigede bygning, på det sted, hvor Titos blå tog blev udstillet i 1980. Denne bygning blev opført af den ukrainske emigrerede arkitekt Pavel Krat. Den modernistiske bygning var kendt for den smalle korridor, som tillod agenterne fra Gestapo og Nedićs specialpoliti at kontrollere passagerer. Stationen blev yderligere beskadiget under den tunge påskebombardement, der blev udført af de allierede i 1944. Bygningen blev rekonstrueret efter krigen, og blev helt færdig i 1953. To side tårne, en af de vigtigste arkitektoniske og visuelle mærker af stationen i retning af Karađorđeva Street, blev ikke genopbygget, men blev i stedet fuldstændig revet ned.