Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Efter militæroprøret i Marokko
Den 17. juli 1936 blev Spanien hurtigt delt i to: et "republikansk" eller "lojalistisk" Spanien bestående af den Anden Spanske Republik og et "nationalistisk" Spanien under de oprørske generaler og til sidst under ledelse af general Francisco Franco. Fra krigens første øjeblik kombinerede Negrin sine aktiviteter som stedfortræder og senere som minister med hyppige besøg i sin private bil til forskellige steder på frontlinjen i Madrid for at opmuntre kombattanterne og give dem mad og forsyninger. Negrín hjalp mange mennesker med at flygte fra den revolutionære "" i juli og august 1936. Hans personlige mod i denne stræben blev bekræftet af en ven der fortalte at han "gjorde alt for at redde folk i Madrid, selv om det var med stor risiko for ham selv". Som følge heraf blev Negrin næsten dræbt af anarkister, men blev reddet af finansministeriets sikkerhedspersonale.