Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 15. juni 1941, kun en uge før den nazistiske tyske invasion af Rusland, blev Vitkauskas sendt til Generalstabens Militærakademi i Moskva for at fuldføre kurser for højere officerer. Det var en del af et større initiativ til at sende litauiske officerer til forskellige kurser og erstatte dem med russere. Der gives to forklaringer <unk> som forberedelse til den tyske invasion eller som en forsigtighed mod et muligt mytteri på grund af juni-deportationen
- Hvad? Ifølge Vitkaukas' kone var ordrerne om at rejse til Moskva presserende, og Vitkauskas blev sat under væbnet vagt på jernbanestationen. Efter afslutningen af kurserne i december 1941 underviste han i taktikken i de store militære formationer. Han var medlem af Sovjetunionens øverste sovjet fra 1941 til 1954.