Under den tyske invasion af Polen, som startede Anden Verdenskrig, blev Gostyń erobret af Wehrmacht den 6. september 1939. Under nazi-tysk besættelse af Polen
Gostyń blev stedet for offentlige henrettelser, anholdelser og udvisninger af polakker. De første massearrestationer og henrettelser fandt sted allerede i september 1939. Den 21. oktober 1939 blev omkring 30 borgere i byen, hvis navne var opført i "Sonderfahndungsbuch Polen" (Special Prosecution Book-Poland) udarbejdet af det lokale tyske mindretal, henrettet af en Einsatzkommando. Blandt de myrdede var Gostyńs borgmester Hipolit Niestrawski, polske aktivister, embedsmænd, håndværkere og tidligere storpolske oprørere. Det var en af mange massakrer på polakker begået af Tyskland den 20.-23. oktober 1939 i hele regionen i et forsøg på at pacificere og terrorisere den polske befolkning. Masseudvisninger begyndte den 4. december 1939, hvor op til 2.000 polakker blev deporteret til Generalgouvernement på ordre af SS-Standartenführer Ernst Damzog, der var stationeret i Poznań. Mellem foråret 1940 og 15. marts 1941 blev yderligere 3.222 deporteret., polsk officer og førkrigsformand for den lokale fodboldklub Kania Gostyń, blev myrdet af sovjetterne i Katyn-massakren i 1940.