Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 14. juni 1941, under juni-deportationen
, Sovjet arresterede ham, hans kone Emilija, og datter Raminta. De blev adskilt, før de blev deporteret til Sibirien. Emilija døde inden for 2 år af gangren på grund af frostbetændelse; Raminta døde mindre end et år senere af hjernebetændelse. Šilingas fandt først ud af hvor de var, da Emilija var død, og han så aldrig nogen af sin familie igen. Han tilbragte over 20 år i eksil: i lejre og fængsler i Sibirien, de sidste 7 år af sit liv fængslet på et Invalid Home i den ukrainske SSR. På et tidspunkt delte han en celle med den tidligere litauiske præsident Aleksandras Stulginskis og andre litauiske dignitærer som Juozas Urbšys, tidligere udenrigsminister.