Fuldfør følgende sætning: Kort efter slaget giftede han sig med datteren af en fremtrædende athenser, og hans aktiviteter var derfra uløseligt forbundet med denne by indtil hans død. Efter at Athen blev erobret af Ibrahim Pasha i juni 1826, hjalp Makriyannis med at organisere forsvaret af Akropolis og blev den midlertidige kommandant for garnisonen efter kommandantens død, Yannis Gouras. Det lykkedes ham at slå et voldsomt angreb mod Odeon of Herodes Atticus den 7. oktober, og under forsvaret af Akropolis fik han tre gange alvorlige skader på hovedet og halsen. Disse sår foruroligede ham resten af sit liv, men de afskrækkede ham ikke fra at deltage i krigens sidste fase: I foråret 1827 deltog han i slaget ved Piræus og slaget ved
Phaleron.