I modsætning til Hiroshima var næsten alle bygningerne af gammeldags japansk konstruktion, bestående af træ- eller trærammede bygninger med trævægge (med eller uden gips) og flistag. Mange af de mindre industrier og forretningsvirksomheder var også beliggende i bygninger af træ eller andre materialer, der ikke var designet til at modstå eksplosioner. Nagasaki havde fået lov til at vokse i mange år uden at overholde nogen bestemt byzoneringsplan; boliger blev opført ved siden af fabriksbygninger og til hinanden næsten så tæt som muligt i hele den industrielle dal. På bombedag var der anslået 263.000 mennesker i Nagasaki, herunder 240.000 japanske beboere, 10.000 koreanske beboere, 2.500 værnepligtige koreanske arbejdere, 9.000 japanske soldater, 600 kinesiske værnepligtige arbejdere og 400 allierede krigsfanger i Nagasaki, hovedsageligt nord for Nagasaki.
gammeldags japansk