Benhamou blev født i en sefardisk jødisk familie med oprindelse i Toledo, Spanien, og forlod Algeriet i 1960 sammen med sine forældre under Algeriets uafhængighedskrig.
- Hvad? Hans familie bosatte sig i Grenoble, Frankrig, hvor han voksede op og gik på Lycée Champollion. Han fortsatte sine studier i Paris og dimitterede med et "diplôme d'Ingénieur" fra École nationale supérieure d'arts et métiers (Ai. 172), den yngste studerende til at modtage denne grad. Han blev efterfølgende tildelt en doktorgrad. I 1976, i en alder af 20, emigrerede Benhamou til USA og indskrev sig på Stanford University. Han tog en kandidatgrad i videnskab.