Ved udbruddet af krigen med Frankrig i 1793 blev han udnævnt til kommandoen over Hothams flagskib, 100-kanonerne, og så handling ved belejringen af Toulon. Efter tilbagekaldelsen af admiral Samuel Hood i slutningen af 1794 blev Hotham øverstbefalende for Middelhavsflåden, og Holloway blev hans kaptajn for flåden. Som sådan deltog han i slaget ved Genova
I marts 1795 og slaget ved Hyèresøerne i juli. I slutningen af året blev Hotham erstattet af admiral Sir John Jervis, og Holloway blev udnævnt til kommandoen over 98-kanonen. Han deltog i Spithead-mutineriet i maj 1797 og kommanderede derefter den engelske flåde i Kanalflåden.