Mathews og hans tropper spillede også en nøglerolle i afslutningen af den anglo-zanzibarske krig
Det var et forsøg på at omgå kravet om, at nye sultaner skal godkendes af den britiske konsul. Under sin tid som premierminister fortsatte Mathews med at være involveret i militæret og var en del af to store kampagner, en til Witu og en anden til Mwele.