Eicke tjente som anden kommandant i Dachau koncentrationslejr fra juni 1933 til juli 1934, og sammen med sin adjudant Michael Lippert, var en af de henrettelser af SA chef Ernst Röhm under Natten af de Lange Knive udrensning. I 1939 blev Eicke kommandør for SS-divisionen Totenkopf i Waffen-SS, hvor han førte divisionen under Anden Verdenskrig på Vestfronten.
og østfronten, og fortsatte med at udvide og udvikle koncentrationslejrenes system.