Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da krigen blev fornyet i 1799, var Jourdan i spidsen for hæren ved Rhinen, men blev igen besejret af ærkehertug Karl i slaget ved Ostrach
og Stockach i slutningen af marts. Skuffet og i dårligt helbred overdrog han kommandoen til general André Masséna. Han genoptog sine politiske pligter og var en fremtrædende modstander af kup af 18 Brumaire, hvorefter han blev udvist fra Rådet af fem hundrede. Snart blev han dog formelt forsonet med det nye "régime" og accepterede fra Napoleon ny militær og civil ansættelse. I 1800 blev Jourdan generalinspektør for kavaleri og infanteri og repræsentant for franske interesser i Cisalpine-republikken.