Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Hendes plads på det kenyanske verdens cross country-hold så usikkert ud i 2009, da hovedtræner Julius Kirwa afviste hendes chancer og sagde, at hun havde kørt for mange løb den sæson. Cherono svarede ved at tage føringen med det samme ved de kenyanske forsøg og vinde juniorløbet med en margin på tretten sekunder. På verdensmesterskaberne i langrend i 2009
i Amman, Cherono engageret i en løb lang duel med Genzebe Dibaba i junior løbet. Cherono tog føringen i de sidste etaper, men en vanskelig strækning med en 40 meter opstigning gjorde det muligt for Dibaba at overhale hende, og Cherono endte med sølvmedaljen. Ved 2009 African Junior Athletics Championships, Cherono lettet til 3000 m titel af nogle 13 sekunder, men fandt sig selv slået igen af Genzebe Dibaba i 5000 m løb, afslutte med sølvmedalje. Hun deltog på seniorbanen det år og blev tredje på Rieti IAAF Grand Prix, hvor hun registrerede en personlig rekord på 8:44.67 for 3000 m. Hun tog tredjepladsen for anden gang på Memorial van Damme i september, hvor hun indspillede personlige bests på 1500 meter og 2000 meter og kun blev slået af regerende verdensmestre Gelete Burka og Vivian Cheruiyot.