Når Anakin får et syn af sin mor i fare, følger Padmé med ham til Tatooine i et mislykket forsøg på at redde Shmi fra en bande af Tusken Raiders. Anakin vender tilbage med Shmis lig og bekender med tårer til Padmé, at han slagtede hele stammen. Padmé er urolig over, hvad Anakin har gjort, men trøster ham alligevel. Efter at de har modtaget en besked fra Obi-Wan på planeten Geonosis, skynder Padmé og Anakin sig til hans hjælp, kun for at blive fanget og dømt til døden i en Geonosian kolosseum af Separatist og Sith leder Lord Dooku. De erklærer deres kærlighed til hinanden, og bliver reddet i sidste øjeblik af Jedi Mace Windu og Yoda Wars en hær af Jedi og klonerede tropper, hvilket markerer åbningen af Padmé Clone.
Padmé og Anakin