For Müllers enke blev forholdene i Berlin efter 1935 stadig værre. Da hendes sønner emigrerede i 1935 og 1937, var forholdet mellem de to mænd helt brudt: de talte ikke længere sammen. De havde begge afbrudt alle forbindelser med det jødiske samfund, henholdsvis i 1929 (Max) og 1930 (Ludwig), hvilket kan have gjort det mindre problematisk for dem at flygte fra landet, da de gjorde det. For Thekla var der ingen tvivl om, at hun ville forlade Tyskland. De endeløse juridiske og menneskelige kompleksiteter, der involverede hendes forbindelser til hendes afdøde mands forretninger og de udenlandske aktionærer, ville have gjort udvandring utænkelig. Efter pogrommet i november 1938 (identificeret i mange engelsksprogede kilder som "Kristallnacht")
Men det utænkelige måtte blive tænkeligt. De ødelæggende angreb på jødisk ejendom i Berlin varede i to dage og efterlod omkring 400 jødiske berlinere døde. Arrestationerne og deportationerne af 26.000 fulgte umiddelbart efter. Jødiske tyskere, hvis forretninger var blevet ødelagt, blev pålagt at betale for at genoprette skaden, mens deres forsikringspolicyer blev konfiskeret. Presset til at emigrere steg samtidig med, at udvandringsmulighederne blev mere og mere dyre og for mange mennesker umulige takket være en række vilkårlige "udgangsskatter" og bureaukratiske hindringer. Den tvungne arisering af Müllers forretningsimperium begyndte i 1938. I begyndelsen af 1939 blev Thekla Müller tvunget til at forlade det komfortable hjem i Berlin-Charlottenburg, hvor hun havde boet med sin familie siden 1916. I august 1939 flyttede den nye ejer, en Gauleiter fra regeringen, ind. Mellem april 1939 og juni 1941 boede Thekla i et værelse på Hotel Esplanade i byens centrum.