Pavlyuchenko debuterede for klubben, der kommer på som en erstatning, i en 1-0 tab mod Moskva den 5. april 1999. Den 15. maj 1999 gav Pavlyuchenko en dobbelt assist i en 2-1 sejr over Chita. I sin første sæson, Pavlyuchenko lavet 31 optræden og scorede 11 mål. Men klubben blev stadig degraderet til anden division efter klubben var sidste sted. På trods af dette, Pavlyuchenko blev udnævnt til 'Team of the top' for den første junior division af avisen Sport Express.
Dynamo Stavropol