Hvis der skal anvendes antibiotika, foretrækkes et makrolid (såsom azithromycin) frem for et fluoroquinolon på grund af højere resistens til sidstnævnte. Pseudomembranøs kolitis, som normalt forårsages af antibiotika, håndteres ved at afbryde den forårsagende agens og behandle den med enten metronidazol eller vancomycin. Bakterier og protozoer, der er modtagelige for behandling, omfatter Shigella Salmonella typhi og Giardia arter. I de arter med Giardia tinaria eller Entamolitica tinhea, anbefales behandling med histidazol og metronidazol. Verdenssundhedsorganisationen (WHO) anbefaler brug af antibiotika hos små børn, der kan have både blodig diarré og feber.
Pseudomembranøs colitis