Efter at have forladt Cuba blev Dalton involveret i borgerkrigen i El Salvador
, der sluttede sig til Folkets Revolutionære Hær (ERP) i 1973. I ERP befandt han sig i en alvorlig intern strid med lederen Alejandro Rivas Mira, der var ved at blive en indflydelsesrig leder af den væbnede gruppe. Som følge heraf besluttede ERP's ledelse at henrette ham.