Laveran blev tildelt Bréant-prisen (Prix Bréant) fra det franske videnskabsakademi i 1889 og Edward Jenner-medaljen fra Royal Society of Medicine i 1902 for sin opdagelse af malaria-parasiten. Han modtog Nobelprisen i fysiologi eller medicin i 1907. Han gav halvdelen af prisen til grundlæggelsen af Laboratoriet for Tropisk Medicin på Pasteur Instituttet. I 1908 grundlagde han Société de pathologie exotique, som han stod i spidsen for i 12 år. Han blev valgt til medlemskab i det franske Videnskabsakademi i 1893 og blev tildelt Kommandør af National Order of the Legion of Honour i 1912.
Nobelprisen i fysiologi eller medicin