Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 20. januar 2007, efter at præsident Maaouya Ould Sid'Ahmed Taya blev afsat i militærkuppet i august 2005
, Boulkheir annoncerede sit kandidatur i præsidentvalget i marts 2007. Ved valget den 11. marts blev han placeret på fjerdepladsen med 9,79% af stemmerne. Den 19. marts støttede han Sidi Ould Cheikh Abdallahi i anden runde, på trods af at han var en del af Koalitionen af Styrker for Demokratisk Forandring sammen med den anden anden runde kandidat, Ahmed Ould Daddah. Abdallahi vandt valget, og den 26. april 2007 blev Boulkheir valgt som præsident for Nationalforsamlingen, idet han modtog 91 stemmer fra de 93 tilstedeværende deputerede.