Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I det 17. århundrede led Cluj under store ulykker, der led af epidemier af pest og ødelæggende brande. I slutningen af dette århundrede sluttede den tyrkiske suverænitet, men byen mistede meget af sin rigdom, kommunale frihed, kulturel centralitet, politisk betydning og endda befolkning. Det genvandt gradvist sin vigtige position inden for Transsylvanien som hovedkvarteret for Gubernium og Diets mellem 1719 og 1732, og igen fra 1790 indtil revolutionen i 1848
, da Gubernium flyttede til Nagyszeben (Hermannstadt, nutidens Sibiu). I 1791 udarbejdede en gruppe rumænske intellektuelle en petition, kendt som "Supplex Libellus Valachorum", som blev sendt til kejseren i Wien. Anmodningen krævede lighed for den rumænske nation i Transsylvanien i forhold til de andre nationer (sakserne, seklererne og ungarerne), der blev regeret af "Unio Trium Nationum", men den blev afvist af Folketinget i Cluj.