Efter dannelsen af den litauiske sovjetiske socialistiske republik i juli 1940 blev Gens fyret fra sit job. Han kunne ikke få en arbejdstilladelse, og han fik heller ikke lov til at blive boende i Kaunas. Han flyttede til sin bror, Solomon, i Vilnius, og selv om Gens var på listen over personer, der skulle sendes til sovjetiske arbejdslejre, lykkedes det ham at sikre sig et uregistreret job på Vilnius sundhedsafdeling gennem en gammel militær kollega, oberst Juozas Ūsas. Gens var ikke på den officielle lønliste, hvilket betød, at den politiske embedsmand, der var tilknyttet hospitalet, ikke behøvede at blive informeret om hans ansættelse. I juni 1941, da tusindvis af litauiske eliter blev forvist til Sibirien
Gens blev skjult og blev ikke deporteret.