Sør-Sudan opnåede sin uafhængighed fra Sudan i 2011, men den sydsudanesiske borgerkrig gjorde det vanskeligt for nationen at få støtte fra fem sportsforbund, som det kræves for, at landets nationale olympiske komité kan få anerkendelse fra den internationale olympiske komité. Guor Marial, en sydsudanesisk flygtning, der bor i USA, deltog i mandens maraton ved sommer-OL 2012
, men gjorde det som uafhængig olympisk atlet efter at have nægtet at konkurrere for Sudan. Sydsudan blev det 206. IOC-medlem i august 2015 med tilknytning til atletik, basketball, fodbold, håndbold, judo, bordtennis og taekwondo. Nationen valgte Marial som sin flagbærer til både åbnings- og afslutningsceremonierne.