Stationen, der oprindeligt blev opkaldt blot Messina, blev indviet den 12. december 1866 som terminalen på jernbanen til Taormina, den første del af Messina-Catania-Siracusa-linjen. Stort beskadiget efter jordskælvet i 1908
Det blev repareret et par år senere. I 1939 blev den endelig fornyet og erstattet af den moderne "Messina Centrale", med stationsbygningen designet af arkitekten Angiolo Mazzoni.