Når borgerkrigen begyndte, modtog Battle en kommission som major i 3. Alabama Infanteri den 28. april 1861 og blev sendt med regimentet til Norfolk, Virginia. Den 31. juli blev han forfremmet til oberstløjtnant i regimentet. Han kæmpede ved
Slaget ved Seven Pines og blev forfremmet til oberst den 31. maj 1862. Han gik glip af syv dages slag, men vendte tilbage til hæren i tide til Maryland-kampagnen i september 1862, hvor han kæmpede i slagene ved South Mountain og Antietam. Han blev såret efter at være faldet fra sin hest lige før Chancellorsville-kampagnen og blev tvunget til at opgive kommandoen. Selv om han tog kommandoen igen bare en dag senere, blev hans skader forværret, da hans hest sprang i en grøft, hvilket tvang ham til at overdrage kommandoen igen.