Ferrara, der er født i Napoli, begyndte sin karriere i ungdomsklubben i Napoli i 1980. Han dimitterede fra "primavera" ungdomsholdet i 1984, og begyndte at tjene første holdopkald den sæson. Han spillede i alt 14 kampe for klubben i sin første fulde sæson. I den følgende sæson blev Ferrara en del af start XI, og han begyndte snart at tjene opkald til det italienske landshold, hvilket gjorde truppen til 1990 FIFA World Cup. Han scorede også et af Napoli's mål, da de vandt UEFA Cup-finalen i 1989. Ud over UEFA Cup, med Napoli vandt han to Serie A titler (i
1986-87 og 1989-90), Coppa Italia-finalen i 1987 og Supercoppa Italiana i 1990, sidstnævnte over hans fremtidige hold, Juventus.