Ved borgerkrigens udbrud forlod Capehart sin lægepraksis i Bridgeport og meldte sig frivilligt til Unionshæren. Han blev udnævnt til regimental kirurg i 1. West Virginia Cavalry den 18. september 1861. I anden halvdel af 1863 deltog han i slagene ved Gettysburg, Bristoe Station og
Mine Run. Efter anbefalinger fra general Judson Kilpatrick og andre blev Capehart gjort til oberst og efterfulgte Nathaniel P. Richmond, der trådte tilbage på grund af helbredsproblemer, som kommandør for regimentet den 22. februar 1864.