Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Pérignon blev efterfølgende involveret i en smugler affære og blev kompromitteret af en ung kvinde, der var en rojalistisk spion. I 1798 blev han tilbagekaldt og sendt tilbage til hæren i Ligurien, hvor han blev tildelt kommandoen over venstrefløjen. Såret og taget til fange af Anden Koalitions hære i Slaget ved Novi
Han vendte tilbage til Frankrig i 1800.