I november 1777 udnævnte New Jerseys lovgivende forsamling Boudinot som en af deres delegerede til
Anden kontinentale kongres. Hans pligter som kommissær forhindrede ham i at deltage, så i maj 1778 trådte han tilbage. I begyndelsen af juli var han blevet erstattet og deltog i sit første møde i Kongressen den 7. juli 1778. Som delegat fortsatte han med at bekymre sig om krigsfangernes velfærd. Hans første mandatperiode sluttede samme år.