Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Litauen mistede sin uafhængighed og blev gradvist omdannet til en sovjetisk socialistisk republik. Samtidig blev den litauiske hær gradvist omdannet til enheder i Den Røde Hær. Arbejdet på militærakademiet ophørte, da mændene blev kaldt tilbage til deres enheder, men Raštikis fik ikke lov til at træde tilbage. Han blev tildelt det 29. riflekorps og udnævnt til næstformand for den kommission, der var ansvarlig for likvidationen af det litauiske militær. Han blev først udskrevet fra aktiv tjeneste den 20. december. Den 13. februar 1941 forlod Raštikis sin kone og tre unge døtre i Kaunas og rejste mod Tyskland, da han frygtede at blive arresteret af NKVD som "folkets fjende". Det var sidste gang han så sine døtre, der var blevet deporteret til Sibirien.
i juni. Han krydsede grænsen om natten den 19. marts og blev godt modtaget af tyskerne. Med hjælp fra forskellige litauere slog han sig ned i Berlin. Der sluttede han sig til Kazys Škirpa i organiseringen af den litauiske aktivistfront (LAF). Især redigerede han LAF's statut og udarbejdede planer om at befri Litauen.