Selv om oprøret i Albayzín syntes at blive slået ned, og Granada blev nominelt omdannet til en kristen by, spredte oprøret sig til landsbygden. Lederne af Albayzín-oprøret flygtede til Alpujarra-bjergene. Beboerne i bjergene, næsten udelukkende muslimer, havde kun modvilligt accepteret kristent styre. De rejste sig hurtigt i oprør mod det, de betragtede som en overtrædelse af betingelserne i traktaten i Granada, og fordi de frygtede, at de ville lide de samme tvungne konverteringer som beboerne i Albayzín. I februar 1500 blev 80.000 kristne tropper mobiliseret for at slå oprøret ned. På grund af mangel på konge Ferdinand, ankom Mars til personligt at fortsætte de næste operationer. Oprørerne kæmpede ofte godt taktisk og brugte det bjergrige terræn til at føre kristen guerillakrig. Men oprørerne manglede en sammenhængende central ledelse, og dette fik dem til at forlade at konvertere til en overordnet strategi, der var i overensstemmelse med den foregående overordnede ledelse i det kastiliske bjerge, og
Oprørerne var ofte taktisk velledte og udnyttede bjerglandet til at føre geriljakrig