Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Jefferson var tilbageholdende med at blive involveret i enhver form for international konflikt, men han troede, at magt bedst ville afskrække barbarstaterne fra at kræve yderligere tribut. Han beordrede den amerikanske flåde til Middelhavet for at forsvare sig mod de barbariske pirater, hvilket startede den første barbariske krig.
- Hvad? Administrationens indledende bestræbelser var stort set ineffektive, og i 1803 blev fregatten erobret af Tripoli. I februar 1804 førte løjtnant Stephen Decatur et vellykket raid på Tripoli havn, der brændte "Philadelphia", hvilket gjorde Decatur til en national helt. Jefferson og den unge amerikanske flåde tvang Tunis og Algier til at bryde deres alliance med Tripoli, som i sidste ende flyttede det ud af krigen. Jefferson beordrede også fem separate flådebombardementer af Tripoli, hvilket genoptog freden i Middelhavet i et stykke tid, selv om Jefferson fortsatte med at betale de resterende Barbary-stater indtil slutningen af sit formandskab.