Ifølge nogle kilder vendte Mohéli tilbage til regeringskontrol i 1998. I 1999 havde Anjouan interne konflikter, og den 1. august samme år trådte den 80-årige første præsident Foundi Abdallah Ibrahim tilbage og overførte magten til en national koordinator, Abe Said. Regeringen blev væltet i et kup af hær og flåde officerer den 9. august 2001. Mohamed Bajou blev snart leder af den junta, der overtog og ved udgangen af måneden var han leder af landet.
1997 og