Windows 98 og Windows 98 Second Edition har problemer med at køre på harddiske, der er større end 32 GB, og visse Phoenix BIOS-indstillinger. En softwareopdatering har løst denne mangel. Indtil Windows XP med Service Pack 1 kunne Windows ikke håndtere harddiske, der er over 137 GB i størrelse med standarddriverne, fordi der manglede støtte til 48-bit Logical Block Addressing. Mens Microsoft aldrig officielt har løst dette problem, er uofficielle patches tilgængelige for at løse denne mangel i Windows 9x, selvom forfatteren erklærede, at datakorruption er mulig, og ikke garanterede, at det ville fungere som det skulle.
Workarounds og tredjeparts patches