Efter ratificeringen af Paris-traktaten i 1898 kom Puerto Rico under militær kontrol af USA. Dette medførte betydelige ændringer: øens navn blev ændret til Puerto Rico (det blev ændret tilbage til Puerto Rico i 1932) og valutaen blev ændret fra den puertoricanske peso til den amerikanske dollar. Forsamlingsfrihed, ytringsfrihed, presse og religion blev dekreteret og en otte timers arbejdsdag for statsansatte blev etableret. Et offentligt skolesystem blev påbegyndt, og US Postal Service blev udvidet til øen. Motorvejssystemet blev udvidet, og broer over de mere vigtige floder blev bygget. Regeringens lotteri blev afskaffet, hanekampe blev forbudt, og en centraliseret offentlig sundhedstjeneste blev oprettet. Sundhedsbetingelserne var på det tidspunkt dårlige, med høje spædbørnsdødelighedsatser og mange epidemiesygdomme.
Den amerikanske dollar