I maj 1940 blev Weygand kaldt tilbage til aktiv tjeneste og overtog kommandoen over den franske hær under den tyske invasion. Efter en række militære tilbageslag anbefalede Weygand våbenhvile, og Frankrig kapitulerede efterfølgende. Han sluttede sig til Philippe Pétain's Vichy-regime som forsvarsminister og tjente indtil september 1940, da han blev udnævnt til delegat-general i fransk Nordafrika. Weygand favoriserede kun begrænset samarbejde med Tyskland og blev afskediget fra sin post i november 1941 på Hitlers krav. Efter den allierede invasion af Nordafrika
I november 1942 blev Weygand arresteret af tyskerne og fængslet på Itter Slot i Østrig indtil maj 1945. Efter at være vendt tilbage til Frankrig blev han holdt som en medarbejder i Val-de-Grâce, men blev løsladt i 1946 og renset for anklager i 1948. Han døde i januar 1965 i Paris i en alder af 98 år.