Den 3. februar 2008 under en kamp mellem regeringsstyrker og oprørere
I N'Djamena blev Saleh arresteret af ukendte militærpersoner, formodentlig præsidentvagter, ifølge PLD. Mere end en uge senere var der ingen oplysninger om anholdelsen eller om, hvor Saleh blev tilbageholdt. En af Salehs fætre udtrykte særlig bekymring med den begrundelse, at Saleh havde været meget syg i nogen tid, og han håbede, at medicin, mad og tøj kunne bringes til ham, uanset hvor han blev tilbageholdt. Den 27. februar mødtes Salehs kone med Carla Bruni, den besøgende franske præsident Nicolas Sarkozys kone, mens der stadig ikke var oplysninger om Salehs opholdssted eller tilstand. Præsident Sarkozy bad sin kollega Idriss Déby om også at mødes med hende, men den 28. februar nægtede hun i sidste ende at mødes med Déby.