Zebley var FBI-agent og arbejdede for FBI's antiterror-afdeling i syv år. Som FBI-agent undersøgte Zebley al-Qaedas
bombning af amerikanske ambassader i Østafrika i 1998, og efter 11. september angreb blev tildelt FBI's PENTTBOM team, som undersøgte terroristerne ansvarlige for angrebene. Zebley var med i det team, der anholdt en af ambassadebomberne, Khalfan Khamis Mohamed, i oktober 1999 i Cape Town, Sydafrika. Zebley var en af de efterforskere, der byggede sagen mod Zacarias Moussaoui, som i sidste ende blev idømt livstid. Zebley var et kortfattet vidne i Moussaouis straffesag, hvor han vidnede om, hvordan Moussaouis tilståelse i 2005 kunne have hjulpet med at spore 9/11-kaprerne i måneden før angrebene, hvis han havde givet sandfærdige oplysninger, da han blev anholdt første gang.