I 2004 var der kun tre kirurger, der betjener det sydlige Sudan, med tre ordentlige hospitaler, og i nogle områder var der kun en læge for hver 500.000 mennesker. Epidemiologien af HIV / AIDS i det sydlige Sudan er dårligt dokumenteret, men udbredelsen menes at være omkring 3,1%. Ifølge en undersøgelse fra 2013 har det sydlige Sudan "sandsynligvis den højeste malariabelastning i Afrika syd for Sahara". Det sydlige Sudan er et af de få lande, hvor dracunculiasis stadig forekommer. På tidspunktet for den omfattende fredsaftale om hungersnød i det sydlige Sudan i 2005 var der massive humanitære finansieringsbehov i det sydlige Sudan.
Sydsudan