Efter sin helbredelse fik d'Hautpoul kommandoen over det tunge kavaleri i hæren i Sambre-et-Meuse under general Paul Grenier. Efter Neuwied blev han overført til den engelske hær under kommando af Lazare Hoche. Da det franske direktorat opgav ideen om en invasion af England, blev han igen udstationeret på den tyske front, denne gang som en del af Donau-hæren. Efter det franske nederlag i slaget ved Ostrach
, hans kavaleri reserve beskyttet den franske tilbagetrækning fra Pfullendorf. Et par dage senere, efter at have undladt at lede et rettidigt angreb i slaget ved Stockach, blev han suspenderet på ordre fra hærchefen, Jean-Baptiste Jourdan, der gav d'Hautpoul skylden for nederlaget. Fritaget af en krigsret i Strasbourg, genoptog d'Hautpoul sine pligter i slutningen af juli 1799, efter at have savnet de kritiske handlinger i det første slag ved Zürich.