Prolin og glycin er undertiden kendt som "helixbrækkere", fordi de forstyrrer regelmæssigheden af α-helikal rygsøjlekonformationen; begge har dog usædvanlige konformationsmæssige evner og findes almindeligvis i skift. Aminosyrer, der foretrækker at vedtage helixkonformationer i proteiner, omfatter methionin, alanin, leucin, glutamat og lysin ("MALEK" i amino-syre 1-bogstavskoder); i modsætning hertil foretrækker de store aromatiske rester (tryptofan, tyrosin og phenylalanin) og Cβ-forgrenede aminosyrer (isoleucin, valstron og threon) at vedtage β- og β-konformationer. Disse præferencer er dog ikke stærke nok til alene at producere en pålidelig metode til at forudsige overensstemmelse fra sekundær struktur ved hjælp af denne metode.
sekundær struktur