Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 13. april 1796 blev Willot overført til "Rhin-et-Moselle-hæren". Han overtog kommandoen over 8. militærdivision den 25. juli samme år. Det var i Marseille, hvor han hævdede at være upartisk, men formåede at fornærme jakobinerne. Napoleon Bonaparte var med til at få ham fjernet. På dette tidspunkt sluttede han sig til den rojalistiske fraktion. Hans politiske holdninger var velkendte, for Pierre Augereau sagde, at Willot i Marseille næsten havde saboteret slaget ved Arcole.
Det er en af de vigtigste årsager til, at Europa-Parlamentet ikke har været i stand til at styrke "Italiens hær". Willot blev valgt til Rådet af Femhundrede den 11. april 1797. Han blev valgt til Bouches-du-Rhône med 102 ud af 203 stemmer. Han blev rådets sekretær og senere inspektør.