Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Joan var indblandet i Margarets ægteskabsbrud
I 1314 blev Margrethe anklaget og dømt for ægteskabsbrud med to riddere på baggrund af vidnesbyrdet fra deres svigerinde, Isabella. Joan blev mistænkt for at have hemmeligt vidst om ægteskabsbruddet; anbragt i husarrest i Dourdan som straf, blev det derefter antydet, at Joan selv var skyldig i ægteskabsbrud. Med Filips støtte fortsatte hun med at protestere mod sin uskyld, og i 1315 var hendes navn blevet renset af Paris Parlement, delvist gennem Filips indflydelse, og hun fik lov til at vende tilbage til hoffet. Det er uklart hvorfor Filip stod ved hendes side på den måde. En teori har været, at han var bekymret for, at hvis han skulle opgive Joan, kunne han også miste Burgund; en anden teori antyder, at hans lidt "formulære" kærlighedsbreve til sin kone skal tages til nominel værdi, og at han faktisk var meget dybt forelsket.