Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Efter det nigerianske statskup i 1966
Shagari var blandt de regeringsembedsmænd, der overdrog regeringen til generalmajor Aguiyi Ironsi's militære ledelse. Han vendte tilbage til Sokoto for at fremme uddannelse. Han fungerede som administrerende sekretær for Sokoto Provinsens Uddannelsesudviklingsfond i 1967, hvor han byggede mange provinsskoler. Han blev senere udnævnt til kommissær for etablering og uddannelse og tjente også kortvarigt som kommissær for uddannelse i de afdøde nordvestlige stater, før han blev inviteret til at tjene under den føderale militærregering under general Yakubu Gowon.