I 1942 studerede hun kemi, mens hun fortsatte med at arbejde på Schott. Hun kunne ikke afslutte sine studier, fordi situationen ændrede sig efter Anden Verdenskrig. Jena tilhørte den sovjetiske besættelseszone; dog var det mest avancerede glasfremstillingsanlæg i verden beliggende i Jena, og de vestlige allierede ønskede at opnå og bruge dette knowhow. Derfor blev 41 specialister og ledere fra AG Schott bragt til den vestlige sektor, herunder Marga Faulstich.
Den sovjetiske besættelseszone