Fuldfør følgende sætning: Kleopatra og hendes yngre bror Ptolemaios XIII overtog tronen som fælles herskere, men en konflikt mellem dem førte til åben borgerkrig. Kleopatra flygtede kortvarigt til det romerske Syrien i 48 f.Kr., men vendte senere samme år tilbage med en hær for at konfrontere Ptolemaios XIII. Som en romersk klientstat planlagde den romerske statsmand Pompeius den Store Ptolemaisk Egypten som et tilflugtssted efter at have tabt slaget ved Pharsalus i Grækenland i 48 f.Kr. mod sin rival Julius Cæsar i Cæsars borgerkrig. Men Ptolemaios XIII lod Pompeius dræbe ved Pelousion og sendte hans afhuggede hoved til Cæsar, mens sidstnævnte besatte Alexandria i jagten på Pompeius. Med sin myndighed som konsul for den romerske republik forsøgte Cæsar at forlige Ptolemaios XIII med Kleopatra. Men Ptolemaios XIII's øverste rådgiver, Potheinos, betragtede Cæsars vilkår som en fordel for Kleopatra. Så hans styrker, først ledet af Achillas og derefter Ganymedes under Arsinoe IV (Kleopatras yngre søster),
belejrede både Cæsar og Kleopatra på paladset. Forstærkninger løftede belejringen i begyndelsen af 47 f.Kr., og Ptolemaios XIII døde kort tid efter i slaget ved Nilen. Arsinoe IV blev til sidst forvist til Efesus, og Cæsar, der nu var valgt som diktator, erklærede Kleopatra og hendes yngre bror Ptolemaios XIV som fælles herskere over Ægypten. Men Cæsar havde en privat affære med Kleopatra, som gav ham en søn, Caesarion (senere Ptolemaios XV), før han forlod Alexandria for at tage til Rom.