Det første universitet i Bratislava, i Kongeriget Ungarn (og også i det nuværende Slovakiet) var Universitas Istropolitana, grundlagt i 1465 af kong Matthias Corvinus. Det blev lukket i 1490 efter hans død. Bratislava er hjemsted for det største universitet (Comenius University, 27.771 studerende), det største tekniske universitet (Slovakisk Teknologiske Universitet, 18.473 studerende), og de ældste kunstskoler (Akademin for Performing Arts og Akademiet for Kunst og Design) i Slovakiet. Andre institutioner for videregående uddannelse er det offentlige University of Economics og det første private college i Slovakiet, City University of Seattle. I alt omkring 56.000 studerende går på universitetet i Bratislava. Der er 65 offentlige folkeskoler, ni private folkeskoler og ti religiøse folkeskoler. Overalt indskrives de 25.821 elever.
Kong