Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Osama bin Laden, tæt rådgivet af den egyptiske islamiske jihad leder Ayman al-Zawahiri, i 1988 grundlagde Al-Qaeda (Arabic: القاعدة, der betyder "Basen"), en islamisk jihadistisk bevægelse for at erstatte Vestens kontrollerede eller dominerede muslimske lande med islamiske fundamentalistiske regimer. I sin stræben efter dette mål udgav bin Laden i 1996 et manifest, der lovede en voldelig jihad mod de amerikanske militærstyrker i Saudi-Arabien. Den 7. august 1998 bombede individer med tilknytning til al-Qaida og den egyptiske islamiske jihad samtidig to amerikanske ambassader i Afrika
som resulterede i 224 dødsfald. Den 12. oktober 2000 udførte Al-Qaeda USS Cole-bombningen, et selvmordsbombning af den amerikanske flådes destroyer USS "Cole", der lå i den yemenitiske havn i Aden. Bombningen dræbte sytten amerikanske søfolk.