Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I december 1992 afholdt den valgte præsident Bill Clinton et økonomisk forum i Little Rock, Arkansas, som Munnell deltog i. Clinton reagerede positivt på flere af Munnells politiske forslag. Den 20. januar 1993, da Clinton blev indsat
Munnell blev set som det sandsynlige valg til stillingen som Assisterende finansminister for økonomisk politik. Tre dage senere annoncerede Clintons finansminister, Lloyd Bentsen, hendes udnævnelse til stillingen i en fungerende egenskab. For formelt at besidde stillingen, måtte Munnell bekræftes af Senatet. Flere republikanske senatorer reagerede negativt på nomineringen, idet de citerede hendes synspunkter om beskatning af pensioner. Pensionsbranchen kritiserede også nomineringen. Ikke desto mindre havde hun støtte fra nogle republikanske senatorer, herunder David Durenberger, det rangerende medlem af finansudvalget, og hendes konfirmationshøring for dette udvalg i maj 1993 var ikke kontroversiel. Hun blev bekræftet senere samme måned ved en stemmeafstemning efter en debat, hvor flere republikanere gentog indsigelserne mod pensionsskatforslaget.