Seriøse spændinger opstod dog med PYD i kølvandet på en hændelse i Amuda den 27. juni 2013, hvor YPG-krigere dræbte seks civile. Fra da af forlod PDPKS-medlemmerne de pro-PYD-militser, og partiet begyndte at samarbejde tættere med KDPS, f.eks. ved at støtte KNC's beslutning om at slutte sig til den (anti-PYD) Nationale Koalition for Syriske Revolutionære og Oppositionsstyrker. PDPKS begyndte også at distancere sig fra PUK, som stadig var venlig med PYD, men også politisk svækket på det tidspunkt. I slutningen af 2013 afviste PDPKS PYD's erklæring om den autonome region Rojava som "en ensidig løsning i isolation fra de nationale styrker" og hævdede, at det nye kantonsystem var helt kontrolleret af PYD-ledede TEV-DEM-organisation. Darwish repræsenterede KNC under Genève II-konferencen om Syrien
i begyndelsen af 2014.