Lisle tilbragte de næste tre år med den rojalistiske hær i Oxford, i første omgang som oberstløjtnant i dragooner under Arthur Aston. Han deltog i slaget ved Edgehill i oktober 1642 og fik ry for sit mod og sin pålidelighed, idet han angiveligt afviste at bære rustning ved en lejlighed for at berolige sine mænd. I 1643 kæmpede han ved Chalgrove i maj, blev såret ved First Newbury
I september blev han forfremmet til oberst. Han ledte et infanteriregiment ved Cheriton i marts 1644 og under felttoget i vest kommanderede en brigade eller tercio ved Cropredy Bridge, Lostwithiel og Second Newbury.