Efter at være blevet forbigået for flere forfremmelser (til assisterende direktør med ansvar for national sikkerhed i 1999 og til chef for FBI's New York-kontor i begyndelsen af 2000), var O'Neill glad for at blive tildelt som leder af FBI's efterforskning af USS "Cole" bombningen
i oktober 2000. Men da han ankom til Yemen, klagede han over utilstrækkelig sikkerhed. Da hans team efterforskede, kom O'Neill i konflikt med Barbara Bodine, den amerikanske ambassadør i Yemen. De to havde vidt forskellige synspunkter på, hvordan man skulle håndtere ransagninger af yemenitisk ejendom, og interviews med borgere og embedsmænd, og de voksede kun længere fra hinanden, efterhånden som tiden gik.