Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Fra april 2009 til september 2011 tjente Bernstein først som lokalminister og derefter som Principal Deputy Assistant Secretary for Intergovernmental Affairs for United States Department of Homeland Security. I denne rolle koordinerede han DHS's outreach til borgmestre og guvernører. I løbet af sin tid på DHS arbejdede Bernstein omfattende på adskillige reaktioner på vigtige begivenheder og politiske initiativer, herunder BP Deepwater Horizon Oil Spill
, jordskælvet i Haiti, samt formidling af efterretningsoplysninger til statslige og lokale myndigheder i perioder med øget trussel.