Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 1. marts 2003 blev Khalid Shaikh Mohammed arresteret under CIA-ledede razziaer i forstæderne Rawalpindi, ni kilometer uden for den pakistanske hovedstad Islamabad. Mohammed var på det tidspunkt, han blev taget til fange, den tredje højeste rangerende embedsmand i al-Qaeda og havde været direkte ansvarlig for planlægningen af angrebene den 11. september. Andre begivenheder, Mohammed er blevet knyttet til, omfatter: at have beordret drabet på Wall Street Journal-reporter Daniel Pearl, USS Cole-bombningen, Richard Reids forsøg på at sprænge et civilfly i luften med en skobombe og terrorangrebet på El Ghriba-synagogen.
i Djerba, Tunesien. Khalid Shaikh Mohammed har beskrevet sig selv som leder af al-Qaedas militærkomité.