Den 26. december 2006 erklærede José Mourinho, at hans kaptajn kunne have brug for kirurgi for at løse problemet. I Terrys fravær drev Chelsea 2-2 hjemme mod både Reading og Fulham i julen, træk, der skulle vise sig afgørende i skæbnen for Premier League-titel for den sæson. Den 28. december udgav Chelsea en pressemeddelelse, der sagde, at Terry havde haft en rygoperation: "Operationen for at fjerne en sekvestreret lumbal intervertebral disk var vellykket". Selv om han blev forventet at vende tilbage i kampen mod Wigan Athletic, som Chelsea vandt 3-2 takket være et sent mål fra vinger Arjenben, Terry var en gang savnet igen, på grund af det tilbagevendende problem.
£131.000 og £135.000 pr. uge