Den nye militærregering, der kaldte sig Proceso de Reorganización Nacional, forsøgte i første omgang at afslutte guerillaernes kampagner, men nationen faldt hurtigt ind i en tilstand af borgerlig uro. Terrororganisationer og guerillabevægelser blev ofte mødt med en blanding af statsterror og generel paranoia. Den civile befolkning var nu fanget i en politistat mellem et paranoid og brutalt militærdiktatur og voldelige dissident-kommunistiske guerillaer. PRN kaldte denne periode for "Dirty War" - en betegnelse, som juristerne afviste under Juntas' retssag i 1985. Batallón de Inteligencia 601 (den 601. efterretningsbataljon) blev berygtet i denne periode. Det var en særlig militær efterretningstjeneste oprettet i slutningen af 1970'erne, aktiv i den beskidte krig
og Operation Condor, og opløstes i 2000. Dets personale indsamlede oplysninger om og infiltrerede guerillagrupper og menneskerettighedsorganisationer og koordinerede drab, kidnapninger og andre overgreb. Enheden deltog også i uddannelsen af nicaraguanske kontras med amerikansk bistand, herunder fra John Negroponte.