Bayezid tog med sig en hær, der primært bestod af vassalstyrker fra Balkan, herunder serbere under ledelse af Lazarevic. Han stod snart over for en invasion af Anatolien af den centralasiatiske hersker Timur Lenk. Omkring år 1400 kom Timur ind i Mellemøsten. Timur Lenk plyndrede et par landsbyer i det østlige Anatolien og indledte konflikten med Det Osmanniske Rige. I august 1400 brændte Timur og hans hær byen Sivas ned og rykkede ind på fastlandet. Deres hære mødtes uden for Ankara, i slaget ved Ankara
, i 1402. Osmannerne blev slået og Bayezid blev taget til fange og døde senere i fangenskab. En borgerkrig, der varede fra 1402 til 1413, brød ud blandt Bayezids overlevende sønner. Denne kamp, der i den osmanniske historie er kendt som interregnum, stoppede midlertidigt den aktive osmanniske ekspansion på Balkan.