Fuldfør følgende sætning: Den nittenårige Sylvester Bonnaffon Jr. meldte sig til militær tjeneste i Philadelphia, Pennsylvania, den 14. december 1861 og blev indkaldt der samme dag som menig i kompagni I i 99th Pennsylvania Volunteer Infantry. Han blev overført til kompagni G i samme regiment den 18. december, og blev derefter forfremmet til rang af korporal den 1. april 1862 og til rang af sergent en måned senere (den 1. maj). Han blev udnævnt til løjtnant den 1. august samme år, og han deltog efterfølgende med sit regiment i flere af de mest intense aktioner i den amerikanske borgerkrig som en del af Unionens Army of the Potomac, herunder 1862's Andet slag ved Bull Run (28.-30 august) og slagene ved
Chantilly (1. september) og Fredericksburg (11. december) 1863's Chancellorsville-kampagne (30 april-6 maj), slag ved Gettysburg (1. juli-3) og Wapping Heights (23. juli), Bristoe-kampagnen og dens første slag ved Auburn (13. oktober) og det andet slag ved Rappahannock Station (7. november) og Mine Run-kampagnen (27. november-22. december); og 1864's slag i Wilderness (5. maj), Spottsylvania Court House (8. maj), North Anna (8. maj) og Cold Harbor (31. maj-12. juni). Han deltog med sit regiment i belejringen af Petersburg, herunder det første og andet slag ved Deep Bottom (27.-29. juli 1864 og 14. august 1820), og blev derefter forfremmet i rang igen med en kommission til første løjtnant den 27. september.