Nucleaser, der hydrolyserer nukleotider fra enderne af DNA-strenge, kaldes exonucleaser, mens endonucleaser skærer inden for strenge. De mest anvendte nukleaser i molekylærbiologi er restriktionsendonucleaser, der skærer DNA på specifikke sekvenser. For eksempel genkender EcoRV-enzymet vist til venstre 6-base sekvensen 5′-GATC-3′ og skærer på den vandrette linje. I naturen beskytter disse enzymer bakterier mod phageinfektion ved at fordøje phage-DNA, når det kommer ind i bakteriecellen, som en del af restriktionssystemet. I teknologien bruges disse sekvens-specifikke nukleaser i molekylær DNA-kloning og kloning af biologiske fingeraftryk.
enzymer