I slutningen af krigen overgav Madagaskar den nordlige havneby Antsiranana (Diego Suarez) til Frankrig og betalte 560.000 francs til Lamberts arvinger. I 1890 accepterede briterne den fulde formelle pålæggelse af et fransk protektorat på øen, men fransk myndighed blev ikke anerkendt af regeringen i Madagaskar. For at tvinge kapitulation bombarderede og besatte franskmændene havnen Toamasina på østkysten i 1896 og Mahajanga på vestkysten i henholdsvis 1894 og januar 1895. En fransk flyvende kolonne marcherede derefter mod Antananari, hvor de tabte mænd til malaria og andre sygdomme. Yderligere forstærkninger kom fra Algeria og Sub-Sahara til Frankrig, hvor mange af de tidligere indfødte indvandrere blev holdt i fængsel, og der blev oprettet en række skoler og bygninger, der blev bygget som svar på den franske koloni, men som stadig var i stand til at blive opretholdt.
Madagaskar