Ud over sit arbejde med UNICEF har Messi grundlagt sin egen velgørende organisation, Leo Messi Foundation, som støtter adgang til sundhedspleje, uddannelse og sport for børn. Den blev etableret i 2007 efter et besøg Messi betalte til et hospital for dødssyg børn i Boston, en oplevelse, der resonerer med ham til det punkt, at han besluttede at geninvestere en del af sin indtjening i samfundet. Gennem sin fond, har Messi tildelt forskningstilskud, finansieret medicinsk uddannelse, og investeret i udvikling af medicinske centre og projekter i Argentina, Spanien og andre steder i verden. Ud over sine egne fundraising aktiviteter, såsom hans globale "Messi og Venner" fodboldkampe, hans fond modtager finansiel støtte fra forskellige virksomheder, som han har tildelt godkendelse i sit navn, med sin hovedforpligtelse Adidas. Messi har også investeret i fodbold i Argentina: han støtter en ungdomsskole født i Buenos Aires, en klub for unge fodboldspillere baseret på Rosario Boys, en ungdomsskole baseret på Rosario Boys, en gymnasium, hvor han blev ansat som leder af de unge spillere, og en ny klub, der blev grundlagt
Leo Messi-stiftelsen