Efter et års kontrakt med klubben, fik Bajrami endelig sin debut i Elfsborg, hvor han kom ind som erstatning i et 4-2 tab mod Nordsjælland i en venskabskamp den 22. januar 2016. En måned senere den 27. februar 2016 gjorde han sin første optræden i sæsonen, da han kom ind som en 73-minutters erstatning i en 3-3-trækning mod IFK Värnamo i Svenska Cupen-kampen. To måneder senere den 3. april 2016 startede Bajrami for klubben og spillede 68 minutter, før han blev udskiftet, i et 2-1 tab mod BK Häcken i sæsonens indledende kamp. Siden han kom til IF Elfsborg, begyndte han at være involveret i førsteholdet i en række kampe. Bajrami scorede sit første Elfsborg-mål siden 2010 og satte et andet mål i en 2-1 sejr over Falkenbergs den 1. maj 2016. Han blev dog plaget af skader i hele 2016-sæsonen. Ved slutningen af 2016 sæsonen
I den første sæson spillede Bajrami 19 kampe og scorede én gang i alle turneringer.