Som et resultat af hans syn på slaveri blev Jenkins republikaner, da partiet blev grundlagt. I 1856 var han delegeret til den første republikanske nationalkonvention
- Hvad? I 1857 var han den mislykkede republikanske kandidat til en plads på New York Court of Appeals, der tabte til Hiram Denio. I 1858 var han kandidat til den republikanske nominering til guvernør i New York, men tabte til Edwin D. Morgan, der vandt valget.