Fuldfør følgende sætning: For 1997<unk>1998 havde han en plads i Formel 1 med det nyoprettede Stewart Grand Prix-team, der delvist ejes af hans gamle F3-chef Paul Stewart. Team grundlægger Jackie Stewart beskrev ham engang som "den mest talentfulde unge kører at dukke op siden Ayrton Senna", men hans præstation var under skuffende. Han scorede sit eneste mesterskabspoint i sit sidste løb i F1.
1998 Canadian Grand Prix; for resten af sæsonen blev han erstattet af Jos Verstappen. Magnussen startede 24 GP, en mindre end han startede, fordi hans bil blev beskadiget i en ulykke under starten af 1997 Brazilian Grand Prix, hvilket fik ham til at trække sig tilbage før genstarten.