Udfyld følgende sætning: Den 31. august 2010 blev han underskrevet af det italienske Serie A-hold Bologna for 2,1 mio. EUR (herunder et solidaritetskontingent på 5% til ungdomsklubber). Der var ikke planlagt betaling af gebyrer på denne dag, men der var planlagt to lige store rater den 31. december 2010 og den 30. juni 2011. I Bologna har han slået sig sammen med andre uruguayanske internationaler, Henry Damián Giménez, Gastón Ramírez og Miguel Britos, før denne forlod truppen for at slutte sig til S.S.C. Napoli. I Pérez første sæson i
Serie A, Bologna klarede 16. plads og sluttede seks point fra nedrykning, hvilket bekræfter en fjerde på hinanden følgende sæson i den italienske topfløj. Han klarede også tre assists i løbet af kampagnen, bundet til de fleste på holdet sammen med Riccardo Meggiorini.