I september 1800 fik han kommandoen over en bataljon af den konsulære garde. I 1803 blev han oberst i 10. infanteriregiment, som han ledte i felttogene i 1805 og 1806-1807.
, der kæmper ved Austerlitz, Jena og Eylau. I februar 1807 blev Pouzet forfremmet til general de brigade og i 1808 ledte han en brigade i Sebastianis division i Spanien. Han tjente midlertidigt som stabschef for sin gamle ven marskal Lannes og kæmpede ved Tudela, før han vendte tilbage til sin brigadekommando. I oktober 1808 blev han adlet som baron.