Efter Pellews udskiftning med kontreadmiral William O'Bryen Drury, blev "Doris" sendt til at tjene i Malacca-strædet, på en mission for at opnå et arbejdsforhold med den spanske regering i Filippinerne. For sine vellykkede bestræbelser fik han kommandoen over fregatten HMS "Caroline" i 1809 og året efter fik han kommandoen over en eskadrille, hvormed han kunne angribe Molukkerne på en gratis kommission. Da han sejlede til den velforsvarede ø Banda Neira, planlagde Cole et dristigt angreb den 10. august 1810, hvor hans tropper stormede fæstningen og med succes indtog den. Året efter tog han en ledende rolle i planlægningen af invasionen af Java
, som blev afsluttet under kontreadmiral Robert Stopford. For sine tjenester blev han udnævnt til ridder i maj 1812, tildelt en specielt præget medalje og givet en æresdoktorgrad af University of Oxford.