Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1293 invaderede mongolske Yuan-dynastiet Java. Yuan sendte 1000 skibe og 20.000-30.000 soldater, men blev til sidst besejret i landet ved et overraskelsesangreb, hvilket tvang hæren til at falde tilbage til stranden. På kysten angreb javanesiske skibe allerede mongolske skibe. Efter at alle tropperne var gået om bord på skibene på kysten, kæmpede Yuan-hæren mod den javanesiske flåde. Efter at have slået den tilbage, sejlede de tilbage til Quanzhou. En indskrift fra Gunung Butak fra 1294 nævner, at flådechefen Aria Adikara afskærer en ny mongolsk invasion og besejrer den med succes, før den lander i Java. Selv om der kun var få oplysninger, bemærkede rejsende, der passerede regionen, såsom Ibn Battuta og Odoric af Pordenone, at Java var blevet angrebet af mongolerne flere gange, og at det altid endte med fiasko. Efter disse mislykkede invasioner voksede Majapahit-imperiet hurtigt og blev den dominerende sømagt i det 14.-15. århundrede. Brug af kanoner i den mongolske invasion af Java
, førte til udrulning af cetbang kanoner af Majapahit flåde i 1300'erne og efterfølgende næsten universel brug af swivel-gun og kanoner i Nusantara øgruppen. Det vigtigste krigsskib i Majapahit flåden var jong. Jong var store transportskibe, der kunne bære 500-800 tons gods og 200-1000 mennesker, 70-180 meter lange. Det nøjagtige antal jonger, som Majapahit udsatte, er ukendt, men det største antal jonger, der blev udstationeret i en ekspedition, er omkring 400 jonger, da Majapahit angreb Pasai i 1350. I denne æra, selv til det 17. århundrede, kæmpede Nusantaran søsoldater på en platform på deres skibe kaldet "Balai" og udførte boarding aktioner. Majapahit flåden brugte breech-loading kanon kaldet cetbang til at imødegå denne type kamp, skyde spredte skud mod fjendens personale.