Efter sin tjeneste i Cuba blev Smith sendt til det 12. infanteriregiment i Filippinerne under
Filippinsk-amerikansk krig. Hans udstationering omfattede at lede bestræbelserne på at genoprette en civil regering i San Miguel, Bulacan. Under sin tjeneste på Filippinerne blev Smith roset to gange for heltemod og blev anbefalet for forfremmelse til brevet kaptajn.