Berger rådede også præsidenten angående Khobar Towers bombningen og svarene på de terroristiske bombninger af amerikanske ambassader i Kenya og Tanzania.
- Hvad? I de sidste år af Clinton-administrationen var bekæmpelse af terrorisme den overordnede udenrigspolitiske prioritet; Berger sagde i sit mundtlige historie-interview i marts 2005 på UVA's Miller Center: "Jeg sagde til Condoleezza Rice under overgangen... at det nummer et-spørgsmål, som hun ville beskæftige sig med som national sikkerhedsrådgiver, var terrorisme generelt og al-Qaeda specifikt".