Fuldfør følgende sætning: Han blev udnævnt i marts 811 af kalifen al-Amin som erstatning for Hatim ibn Harthamah ibn A'yan. Kort efter blev han dog tvunget til at kæmpe med udbruddet af
borgerkrig mellem al-Amin og hans bror al-Ma'mun, og inden længe hans fortsatte loyalitet til den tidligere havde sat ham i konflikt med en fraktion af den lokale "jund" ledet af al-Sari ibn al-Hakam, som var tilhænger af at anerkende al-Ma'mun som kalif i stedet. I foråret 812 skiftede "jund" med opmuntring fra al-Ma'mun åbent deres troskab og gjorde oprør, og Jabir blev styrtet fra sin position. En tilhænger af al-Ma'mun, Abbad ibn Muhammad ibn Hayyan, overtog derefter guvernørposten og tog magten i Fustat, men andre dele af Egypten fortsatte med at forblive loyale over for al-Amin under anti-guvernøren Rabi'ah ibn Qays ibn Zubayr al-Jurashi.