Efter en korrigering i midten af kursen i 1987 fandt Voyager 2 sit tætteste forhold til Neptun sted den 25. august 1989. Gennem gentagne computerbaserede testsimuleringer af banebaner gennem Neptun-systemet, som blev udført på forhånd, bestemte flyvekontrolører den bedste måde at rute Voyager 2 gennem Neptun-Triton-systemet på. Da planet af Tritons bane er skråt betydeligt i forhold til ekliptikkens plan, blev Voyager 2 gennem korrigeringer i midten af kursen styret ind i en bane omkring 4950 kilometer over Neptun. Fem timer efter Voyager 2 gjorde sin tætteste forbindelse til Neptun, foretog den en tæt flyvning af Triton, den største af Neptuns to tidligere kendte måner, passerende inden for omkring 40.000 kilometer.
25. august 1989