McKinnon blev født og opvokset i Long Island byen Sea Cliff, New York til Laura Campbell, en forælder pædagog, og Michael Thomas Berthold, en arkitekt. Hun har en yngre søster, Emily Lynne. Hendes far døde, da hun var 18 år. Som barn, McKinnon spillede flere instrumenter. Hun begyndte at spille klaver, da hun var 5 år gammel, cello, da hun var 12, og lærte sig selv at spille guitar, da hun var 15. Hun dimitterede fra North Shore High School i 2002, og fra Columbia University i 2006 med en grad i teater, hvor hun var medstifter af en komedie gruppe, Tea Party, som fokuserede på musikalsk komedie. På Columbia, hun medvirkede i tre Varsity shows: V109 "Dial for Deadline", V110 "Off-Broadway" og V111 "The Sound of Pranges". Hun var også en studerende medlem af Musang?
Tea Party