Efter begivenhederne i de foregående spil er det magiske land Gensokyo igen i fred, men det er det ikke.
Selvfølgelig er en mere kompleks version af sætningen: "Efter begivenhederne i de foregående spil er det magiske land Gensokyo igen i fred, indtil yōkai begynder at sværme Hakurei-helligdommen, og en enorm magt strømmer fra en sø højt oppe i bjergene".