Japan har ni skov økoregioner, der afspejler øernes klima og geografi. De spænder fra subtropiske fugtige breddebladskove på Ryukyu og Bonin øerne, til tempererede breddebladskove og blandede skove i de milde klimaområder på de vigtigste øer, til tempererede nåletræskove i de kolde, vinterdele af de nordlige øer. Japan har over 90.000 dyrearter, herunder brunbjørn, japansk makke, japansk raccoon hund, den store japanske markmus og den japanske kæmpe salamander. Et stort netværk af nationalparker er blevet oprettet for at beskytte vigtige områder af flora og fauna samt tredive syv Ramsar vådområder. Fire steder er blevet indskrevet på UNESCOs verdensarvsliste for deres udestående naturlige værdi.
Ryukyu- og Boninøerne