Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1939 planlagde Vatutin operationer for den sovjetiske invasion af Polen med Tyskland og tjente som stabschef for den røde hærs sydlige gruppe. I 1940 erobrede denne gruppe Bessarabien under ledelse af Georgi Zhukov.
fra Rumænien. Som en belønning for disse ikke-kampagner forfremmet Stalin Vatutin til generalløjtnant og udnævnt ham til den kritiske post som chef for den operationelle direktorat for generalstaben. Vatutin var dog ikke til sin nye udnævnelse: mens han var innovativ og hårdtarbejdende, manglede han nogen kampoplevelse, og hans viden om operationel kunst og strategi var for abstrakt. Men hans bønderskab, hans relativt unge alder og hans partifryst gjorde ham til en af Stalins få favoritter i det sovjetiske militær. Vatutin, sammen med resten af den Røde Hærs øverstkommando, undlod at forberede hæren på det tyske angreb den 22. juni 1941.