Under Anden Verdenskrig var byen under tysk besættelse
Fra 5. september 1939 til 22. januar 1945 var området en del af Reichsgau Wartheland. Den polske befolkning blev udsat for forskellige forbrydelser, herunder mord, deportationer til nazistiske koncentrationslejre og udvisninger. Beboere i Margonin var blandt de 41 polakker, der blev myrdet i den nærliggende landsby Morzewo den 7. november 1939. Den 10.-12. december 1939 fordrev tyskerne mange polske indbyggere til Warszawa-distriktet i den tyske okkuperede centrale del af Polen. Tyskerne drev et nazistisk fængsel i byen og en tvangsarbejdslejr for jøder. Den polske underjordiske modstandsbevægelse var aktiv i Margonin, og mange af dens medlemmer døde i koncentrationslejre, efter at tyskerne opdagede deres operationer. Efter Anden Verdenskrig gik området tilbage til Polen.