Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Murray var oprindeligt en tilhænger af Lord Lauderdales robuste politik, idet han deltog i et raid mod Covenanters i 1678, men han mistede derefter midlertidigt kongelig gunst ved at rådgive moderation vedrørende de foranstaltninger, der blev truffet mod dem. I 1679 var han dog til stede ved slaget ved Bothwell Bridge
I juli 1680 blev han viceadmiral for Skotland, og i 1681 parlamentsformand.