Werknesh startede sin 2003 sæson med en sejr på Antrim International Cross Country og derefter gik på at tage kvindernes lange løb titel på 2003 IAAF World Cross Country Championships. Hun vandt sølvmedaljen i 10.000 m ved 2003 All-Africa Games, hvor hun sluttede bag sin etiopiske kollega Ejegayehu Dibaba. Hendes sæson nåede sit højdepunkt ved VM i atletik i 2003, hvor hun satte en personlig best på 10.000 m på 30:07.15 minutter for at sikre runner-up positionen bag den etiopiske veteran Berhane Adere, der brød den afrikanske rekord for begivenheden. Året efter kom hun på fjerdepladsen ved OL i Athen i 2004. Hun vandt også bronzemedaljen i det lange løb ved
2004 IAAF World Cross Country Championships, samt at tage fjerde i det korte løb.