Under den anden palæstinensiske intifada i 2000-2005, blev Bethlehem's infrastruktur og turistindustri beskadiget. I 2002 var det en primær kampzone i Operation Defensive Shield, en større militær modangreb af de israelske forsvarsstyrker (IDF). Under modangrebet belejrede IDF Fødselskirken, hvor snesevis af palæstinensiske militante havde søgt tilflugt. Belejringen varede i 39 dage. Flere militante blev dræbt. Det endte med en aftale om at forvise 13 af de ønskede militante til forskellige fremmede lande. Spørgsmål: Hvor tog palæstinensiske militante tilflugt og IDF-beslaget i 39 dage, der varede en modangreb?
Fødselskirken