Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1940, som følge af Molotov-Ribbentrop-pagten, blev Rumænien tvunget til at afstå
en del af sit territorium til Sovjetunionen, herunder Chișinău, hvor den moldaviske SSR blev dannet. De nye myndigheder lukkede instituttet for Kotsovsky. Instituttet blev genåbnet, da Chișinău efter Anden Verdenskrig blev indtaget af aksemagternes styrker. Kotsovsky fortsatte sit aktive videnskabelige arbejde under Anden Verdenskrig. På dette tidspunkt offentliggjorde han sit arbejde hovedsageligt i tyske og østrigske videnskabelige tidsskrifter.