Atlas beder Jack om hjælp til at stoppe Ryan, og leder ham til en docket bathysphere, hvor han hævder Ryan har fanget sin familie. Når Jack møder en vandrende Little Sister og dens faldne Big Daddy, opfordrer Atlas Jack til at dræbe Little Sister for at høste hendes ADAM til sig selv; Dr. Tenenbaum hører på dette og afskærer ham, før han trænger Jack Little Sister, opfordrer ham til at spare ham og alle andre børn, han møder, der fører ham til Rapture. Jack kontaktes af Atlas via radio, og er vejledt til sikkerhed fra Splicers og farerne i den nedlagte by. Atlas beder Jack om hjælp til at stoppe Ryan, og leder ham til en docket bathysphere, hvor han hævder Ryan har fanget sin familie.
Jack er passager på et fly, der styrter ned i Atlanterhavet.