Skriv en fortsættelse til dette afsnit - En række militære tilbageslag fulgte. I 1263 sendte Mikael mænd, herunder seldsjukke lejesoldater, til Morea med det mål at erobre fyrstedømmet Achaia, men denne ekspedition mislykkedes i et overraskende nederlag ved Prinitza. Senere samme år blev en blandet flåde på 48 kejserlige og genovesiske skibe besejret af en mindre venetiansk styrke i Slaget ved Settepozzi. Året efter blev kejserens styrker i Morea igen besejret ved Makryplagi
Efter at de seljukiske lejesoldater, som ikke var blevet betalt, skiftede side. Nádir af Michael's katastrofer kom i foråret 1265, da en hær af tatarer og bulgarer under Nogai Khan hærgede Thrakien og overfaldt Michael Palaeologos, da han vendte tilbage til Konstantinopel ledsaget af kun nogle få tropper. Efterladt af selv sine egne officerer, der flygtede for at redde deres eget liv, var Michael i stand til at flygte ved at krydse Ganos-bjergene og nå Marmora-kysten, hvor han tilfældigvis stødte på to latinske skibe. Han gik hurtigt om bord på skibene og ankom to dage senere i sikkerhed til Konstantinopel. "Således overlevede Michael en af de vanskeligste undslipninger i sin karriere", bemærker Geanakoplos.