Med udbruddet af Anden Verdenskrig blev Villiers udnævnt til løjtnant i Royal Naval Reserve i 1940. Han blev tildelt en konvoj med 24 LCI (Large) landingsfartøjer. Beordret til at levere dem over Atlanterhavet, med en 40 procent tabsrate forventet, fik Villiers alle undtagen en sikkert over. Han kommanderede "flyvninger" af LCI'er på D-dagen i Slaget om Normandiet, Invasionen af Sicilien
, og Burma kampagnen i Fjernøsten. Ved krigens afslutning var Villiers blevet forfremmet til kommandør og tildelt det britiske Distinguished Service Cross.