Skriv en fortsættelse til dette afsnit - På samme måde som hans far modsatte sig USA's indtræden i Første Verdenskrig, modsatte Phil La Follette sig kraftigt, ligesom de fleste andre amerikanere, USA's indtræden i Anden Verdenskrig. Da krigen blev erklæret, opgav han sin modstand og meldte sig ind i den amerikanske hær, hvor han tjente som stabsmand for general Douglas MacArthur. Han skulle senere føre en skive af delegerede til 1948 Republikanske National Convention
Støtte MacArthurs nominering til præsidentposten.