Efter den sovjetiske besættelse af Litauen blev det litauiske luftvåben formelt opløst den 23. oktober 1940. En del af det litauiske luftvåben (77 højtstående officerer, 72 junior officerer, 59 privater, 20 fly) blev omorganiseret til Røde Armées 29. Territorial Rifle Corps Aviation, også kaldet National Squadron ("Tautinė eskadrilė"). Andre fly og udstyr blev overtaget af Røde Armé's Luftvåbenbaser nr. 13 og 213. Omkring en tredjedel af Tautinė eskadrilė's personale sidstnævnte led af undertrykkelse
Efter starten af den tyske invasion af Sovjetunionen trak flere piloter fra Tautinė eskadrilė og færre end seks fly tilbage med den sovjetiske hær.