Eicke tjente som anden kommandant i Dachau koncentrationslejr fra juni 1933 til juli 1934, og sammen med sin adjudant Michael Lippert, var en af de henrettelser af SA chef Ernst Röhm under Nattens lange knive udrensning. I 1939 blev Eicke kommandør for SS-divisionen Totenkopf i Waffen-SS, hvor han førte divisionen under Anden Verdenskrig på
Vestlige og østlige fronter, og fortsætter med at udvide og udvikle koncentrationslejrenes system.