Fuldfør følgende sætning: Tughlugh Timur var ikke i stand til fuldstændigt at undertvinge stammeherskerne. Efter hans død i 1363 forlod Moghulerne Transoxiana, og Qara'unas' leder Amir Husayn overtog kontrollen med Transoxiana. Tīmur-e Lang (Timur den lamme), eller Tamerlan, en muslim fra Transoxiana, der hævdede at være afstamning fra Djengis Khan, ønskede kontrol over khanatet for sig selv og modsatte sig Amir Husayn. Han erobrede Samarkand i 1366 og blev anerkendt som emir i 1370, selv om han fortsatte med at handle officielt i Chagatai-khanernes navn. I mere end tre årtier brugte Timur Chagatai-landene som base for omfattende erobringer, hvor han erobrede herskerne i Herat i Afghanistan, Shiraz i Persien, Bagdad i Irak, Delhi i Indien og Damaskus i Syrien. Efter at have besejret de osmanniske tyrkere ved
Angora, Timur døde i 1405 mens han marcherede mod Ming-dynastiets Kina. Timurid-dynastiet fortsatte under hans søn, Shah Rukh, der regerede fra Herat indtil sin død i 1447.