En moske dedikeret til Umar blev bygget på det sted i byen, hvor han bad, ved siden af kirken. Bethlehem derefter gik gennem kontrollen af de islamiske kalifater af Umayyads i det 8. århundrede, derefter Abbasids i det 9. århundrede. En persisk geograf registreret i midten af det 9. århundrede, at en velbevaret og meget æret kirke eksisterede i byen. I 985, den arabiske geograf al-Muqaddasi besøgte Bethlehem, og omtalte sin kirke som "Basilica af Konstantin, som ikke er lig med den kristne overalt i landet". I 1009, den syvende konge af Fatimid regerede i det græsk-ortodokse kongerige, blev en moske dedikeret til Umar bygget på det sted i byen, hvor han bad, ved siden af kirken.
Latinske gejstlige