Clarke blev indlagt på grund af udmattelse og hjertesygdom i 1943. Efter at være vendt tilbage fra sygeorlov, tjente han fra januar til oktober 1944 som stabschef for Commander Amphibious Training Command, Atlantic Fleet, som trænede besætninger til landgangen på Sicilien, Anzio, Normandie og det sydlige Frankrig.
- Hvad? Flådeministeren, James Forrestal, underskrev en citation, der tildelte kaptajn Clarke en guldstjerne i stedet for en anden Legion of Merit for hans arbejde i denne "opgave af vital betydning... etablering og vedligeholdelse af en høj tilstand af kampberedskab af amfibiske skibe og håndværk".