Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I midten af det 5. århundrede, da det vestlige romerske imperium begyndte at smuldre, faldt Thrakien fra Roms myndighed og i hænderne på germanske stammeherskere. Med det vestlige romerske riges fald blev Thrakien et slagmark i det meste af de næste 1000 år. Den overlevende østlige del af Romerriget på Balkan, senere kendt som det byzantinske rige, beholdt kontrollen over Thrakien indtil det 7. århundrede, da den nordlige halvdel af hele regionen blev indarbejdet i det første bulgarske rige, og resten blev omorganiseret i det thrakiske tema. Imperiet genvundet
De tabte regioner i slutningen af det 10. århundrede, indtil bulgarerne genvandt kontrollen over den nordlige halvdel i slutningen af det 12. århundrede. I hele det 13. århundrede og første halvdel af det 14. århundrede skiftede regionen i hænderne på det bulgarske og det byzantinske rige (ekskl. Konstantinopel). I 1265 blev området angrebet af mongolerne fra Den Gyldne Horde, ledet af Nogai Khan, og mellem 1305 og 1307 blev det angrebet af det catalanske selskab.