Thomas Boteler blev født i Bewsey Old Hall i 1461. I 1463 blev hans far Sir John FitzJohn le Boteler myrdet, og Thomas' ældre bror, William, arvede godserne. Vilhelm døde i en alder af 22 år, mens han kæmpede i Lancastriernes rækker ved
Slaget ved Tewkesbury i 1471 og Thomas arvede godserne.