Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Han blev udvalgt til sin landshold ved Copa América Centenario
og var en del af det argentinske hold, der nåede til finalen. Forsvareren spillede i finalen, hvor Chile vandt 4-2 på straffespark efter kampen sluttede i en målløs uafgjort. Han blev ikke udvalgt som en af de første fire straffefangere. Funes Mori scorede sit første internationale mål den 6. oktober 2016 i en 2-2-trækning mod Peru i en kamp, hvor han også indrømmede en sen straf.