Hans bog fra 1919, Geometrische Kristallographie des Diskontinuums, spillede en afgørende rolle i forfinelsen af rumgruppeteori. I denne bog demonstrerede Niggli, at selvom X-ray-refleksionsforhold ikke altid entydigt bestemmer den rumgruppe, som en krystal tilhører, afslører de et lille antal mulige rumgrupper, som den kunne tilhøre. Niggli brugte morfologiske metoder til at tage hensyn til indre struktur og i sit 1928 Kristallographische und theoretische Struktur Grundfefe, tog han op, hvad der i det væsentlige er den omvendte proces, opgaven med at etablere forbindelsen mellem retninger og ydre krystallologi.
Det schweiziske føderale teknologiske institut (ETH) i Zürich og universitetet i Zürich