Fuldfør følgende sætning: I juni 1861 blev O'Neal udnævnt til kaptajn og kommanderede over tre kompagnier af soldater. Da han nåede Richmond, blev han udnævnt til major i det 9. regiment Alabama Infantry og blev forfremmet til oberstløjtnant i efteråret. I marts 1862 blev han udnævnt til oberst i den 26. Alabama infanteri, og kommanderede dette regiment under Peninsula Campaign. I slaget ved Seven Pines blev hans hest dræbt under ham, og han blev alvorligt såret af et granatfragment. Han modtog stor ros for sin præstation i slaget ved Chancellorsville. I 1863 kommanderede han en brigade i generalmajor Robert E. Rodes' division, og ledte den i slaget ved Gettysburg, slaget ved Manassas Gap og ved
Slaget ved Mine Run. Tidligt i 1864 blev hans regiment sendt tilbage til Alabama for at rekruttere sine udtømte rækker, men blev hurtigt beordret til Dalton, Georgia, hvor O'Neal overtog kommandoen over brigadegeneral James Canteys brigade i Army of Tennessee. O'Neal kommanderede denne brigade i resten af Atlanta-kampagnen. Efter at generalløjtnant John Bell Hood fik kommandoen over Army of Tennessee, blev O'Neal lettet og tjente i løsrevet tjeneste for resten af krigen. Han blev udnævnt til brigadegeneral den 6. juni 1863, men denne udnævnelse blev afholdt af general Robert E. Lee, og forfremmelsen blev annulleret af den konfødererede præsident Jefferson Davis.