Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1998 var O'Neill blevet fokuseret på Osama bin Laden og oprettede et al-Qaeda skrivebord i sin afdeling. I august 1998 blev to amerikanske ambassader bombet
i hurtig rækkefølge i samtidig angreb i Nairobi, Kenya, og Dar es Salaam, Tanzania. O'Neill håbede på at blive involveret i efterforskningen fordi han havde fået en enorm viden om Osama bin Ladens al-Qaeda terroristnetværk. Han overtalte FBI-direktør Freeh til at lade sit kontor håndtere sagen, og anklager Mary Jo White sagde senere, "John O'Neill, i undersøgelsen af bombningerne af vores ambassader i Østafrika, skabte skabelonen for succesfulde undersøgelser af international terrorisme rundt om i verden".