I 1798 udnævnte Jourdan ham til stabschef for observatørhæren. Ernouf var med Observation Army, da den krydsede Rhinen, i hvad britiske historikere har kaldt en overtrædelse af Campo Formio-traktaten, hvilket resulterede i Anden Koalitionskrig. Den 2. marts blev hæren omdøbt til Donau-hæren, og den marcherede til Øvre Schwaben, hvor den engagerede ærkehertug Karl's Habsburg-styrke ved Ostrach.
Den 21. marts og den 25. marts i Stockach. I begge kampe overvandt habsburgernes mandskab de franske linjer med henholdsvis tre til en og to til en; Jourdan, hærens øverstbefalende, kunne ikke koncentrere sine styrker tilstrækkeligt til at modvirke habsburgernes tal og trak sig tilbage til Schwarzwald i slutningen af marts. Ernouf overtog kommandoen over Donau-hæren, mens Jourdan vendte tilbage til Paris for at anmode om flere tropper. Han blev erstattet som øverstbefalende for Donau-hæren af André Masséna, og tjente som Massenas stabschef i det schweiziske felttog i 1799, hvor han så handling i Zürich og det centrale Schweiz; han var igen i Zürich for den franske sejr over Alexander Rimsky-Korsakov.