Fuldfør følgende sætning: Den 16. januar 2013 blev det annonceret, at Guardiola ville overtage som manager for Bundesliga klub Bayern München efter 2012-13 sæsonen, erstatte Jupp Heynckes for den følgende sæson. Han holdt sin første pressekonference som Bayern-manager den 24. juni 2013 på tysk og havde sin første træningssession to dage senere. Hans første officielle kamp var den tyske Super Cup mod Borussia Dortmund, hvor Bayern tabte 4-2. Hans første trofæ med Bayern var
2013 UEFA Super Cup, hvor han besejrede sin langvarige modstander José Mourinho, der netop var vendt tilbage til at træne i Chelsea. Bayern slog ti-mands Chelsea i en shoot-out efter Manuel Neuer reddede Romelu Lukakus sparket.