Ali blev født i Bombay, Britisk Indien, søn af Yusuf Ali Allahbuksh (død 1891), også kendt som Khan Bahadur Yusuf Ali, en shi'i i Dawoodi Bohra traditionen, der vendte ryggen til den traditionelle business-baserede besættelse af hans samfund og i stedet blev en regering Inspektør af Politiet. På hans pension han fik titlen Khan Bahadur for offentlig tjeneste. Som barn Abdullah Yusuf Ali deltog i Anumanjayat Him-ul-Islam skole og senere studerede på missionærskolen Wilson College, både i Bombay. Han modtog også en religiøs uddannelse og i sidste ende kunne recitere hele Koranen fra hukommelsen. Han talte både arabisk og engelsk flydende. Han koncentrerede sine bestræbelser på Koranen og studerede Koranen kommentarer med dem skrevet i de tidlige dage af islamisk historie.
Arabisk og engelsk