I 1973 afskedigede Bhutto-administrationen delstatsregeringen i Baluchistan, hvilket resulterede i en anden separatistisk bevægelse, som kulminerede i en række hæraktioner i landets største provins, der sluttede i 1977. Med den militære hjælp, der modtog fra Iran, herunder overførslen af Bell AH-1 Cobra til Aviation Corps, sluttede konflikten med den pakistanske regering, der tilbød de generelle amnestier til separatister i 1980'erne. Over spørgsmålet om Baloch-konflikten forblev det pakistanske militær engageret i den omanske borgerkrig til fordel for den omanske regering, indtil oprørerne blev besejret i 1979. Krigsundersøgelseskommissionen noterede sig manglen på en fælles stor strategi mellem de fire grene af militæret under den første, anden og tredje
I forbindelse med krigene med Indien, anbefaler man oprettelsen af en Joint Chiefs of Staff Committee for at opretholde strategisk militær kommunikation mellem de inter-tjenester og den føderale regering, der skal ledes af den udpegede formanden for de fælles chefer som regeringens vigtigste militære rådgiver. I 1976 blev den første formand for de fælles chefer udnævnt fra hæren med general Muhammad Shariff, der overtog formandskabet, men trådte tilbage et år senere. I 1975 erstattede premierminister Zulfikar Ali Bhutto kontroversielt mindst syv højtstående generaler i hæren for at forfremme Lt. Gen. Zia-ul-Haq til fire-stjernet rang, og udnævnte ham til chef for hærstaben (COAS) på trods af hærens anbefalinger, der blev videresendt til den føderale regering.