Anna Ntountounaki (født 9. september 1995) er en græsk svømmer. Hun deltog i kvindernes 100 meter sommerfugl
Sommer-OL i 2016. Hun sluttede 17. i heat med en tid på 58,27 sekunder, hvilket var en ny national rekord. Hun kvalificerede sig ikke til semifinalen. Ved Sommer-OL i 2020 sluttede hun på 9. plads og opnåede en ny national rekord med en tid på 57,25 sekunder. Hun vandt også guld i 2020 European Aquatics Championships og delte denne titel med Marie Wattel.