Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1952, da Frankrig rekrutterede algerere til at kæmpe i Indokina-krigen, tog Boumédiène til Kairo, hvor han studerede på Al-Azhar-universitetet. Det var der, han mødte Ahmed Ben Bella. Han sluttede sig til National Liberation Front (FLN) i Algeriets uafhængighedskrig.
I 1955 vedtog han "Houari Boumédiène" som sit nom-de-guerre (fra Sidi Boumediène, navnet på skytshelgen for byen Tlemcen i det vestlige Algeriet, hvor han tjente som officer under krigen, og Sidi El Houari, skytshelgen for det nærliggende Oran). Han nåede rangen oberst, da den højeste rang i FLN-styrkerne, og fra 1960 var han stabschef for ALN, FLN's militære fløj.