Efter at have betalt "Bellerophon" blev Warren udnævnt til kommandoen over den 44-kanoniske HMS "President" i september 1810. Han fik til opgave at transportere Lucien Bonaparte, Napoleons bror, og hans familie fra Malta til England, hvorefter han sendte forstærkninger til de britiske eskadriller i Østindien. Han forlod Kap det Gode Håb den 31. december 1810 i selskab med fregatterne og. Efter at have ankommet til Cape, pressede Warren videre til Østindien, og blev involveret i
operationer for at erobre Java mellem august og september 1811. Den 4. september blev han sendt til Cirebon for at forhandle om byens overgivelse til briterne. Garnisonen indvilligede i at overgive sig, og flere vigtige franske og hollandske officerer faldt i britiske hænder. Efter at øen blev overgivet til briterne den 18. september af general Jan Willem Janssens, fulgte Warren øverstkommanderende, viceadmiral Robert Stopford, tilbage til Storbritannien. Han blev derefter udnævnt til 74-gun, og kommanderede hende i Middelhavet fra juni 1813 indtil freden i 1814.