Kovačić fik sin europæiske debut foran hjemmeholdet på San Siro i UEFA Europa League-kampen mod CFR Cluj. Han leverede den vindende assist til Rodrigo Palacio, der gjorde det 2 <unk> 0 for Inter, imponerede publikum med sin præstation, og fik stående ovationer, mens han blev udskiftet i det 89. minut. Han spillede også hele 90 minutter i 3 <unk> 0 sejren mod CFR Cluj, da Inter gik videre til næste runde af 2012 <unk> 13 UEFA Europa League.
Andrea Stramaccioni