I begyndelsen af borgerkrigen blev Colquitt udnævnt til kaptajn i 6. Georgia Infantry. Han blev til sidst oberst og ledte sit regiment i halvøkampagnen. Ved Seven Pines
, overtog han brigadekommando efter brigadegeneral Gabriel Rains blev såret, og førte det gennem Syv Dagers Slag. Han førte sin brigade under Stonewall Jackson i slaget ved South Mountain, slaget ved Antietam, slaget ved Fredericksburg og slaget ved Chancellorsville. Colquitt overlevede Antietam uskadt, selvom næsten alle andre officerer i brigaden blev dræbt eller såret. Efter slaget blev han straks forfremmet til brigadegeneral, til rang fra 1. september.