Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Rowley tjente som oberst i den 13. Pennsylvania Infanteri fra 25. april 1861 til 6. august samme år. Han blev derefter oberst i 102. Pennsylvania Volunteer Infantry Regiment. Han blev såret i slaget ved Seven Pines.
, mens han ledede sit regiment i Army of the Potomac. Han (kortvarigt) førte en brigade i VI Korps i slaget ved Fredericksburg. Forfremmet til brigadegeneral til rang fra 29. november 1862, kommanderede Rowley derefter en brigade af I Corps i slaget ved Chancellorsville. Han var fungerende øverstbefalende for 3. division, I korps i begyndelsen af slaget ved Gettysburg, mens generalmajor Abner Doubleday var fungerende korpschef. (Chapman Biddle ledte Rowleys brigade.) Den 1. juli 1863 led brigaden store tab, da den konfronterede konfødererede fra generalmajor Harry Heth's division. Han blev kastet af sin hest under tilbagetrækningen, da den stoppede kort ved bækken. Syg af infektion fra boils størrelsen af høns æg på hans indre lår, han var feberig, og temperament. Efter en konfrontation mellem Rowley og brigadegeneral Lysander Cutler over adfærden hos nogle af de 7. Wisconsin officerer, indgav Cutler anklager om beruselse i april 1864. Med mindre end 24 timer til at forberede sit forsvar til retssagen blev Rowley dømt af en krigsret, som forfatteren John F. Krumwiede siger var "manglende upartiskhed og marcherende til sin egen tromle". Selv om han blev genindsat ved ordre fra krigsminister Edwin M. Stanton og præsident Abraham Lincoln, fik Rowley kun tildelt en distriktskommando i det vestlige Pennsylvania på grund af den igangværende fjende mellem hærkommandanten general George G. Meade og den nu korpskommanderende general Gouverneur K. Warren. Blokeret af general Darius N. Couchs handlinger i forsøget på at stoppe 1864 invasionen af Pennsylvania af konfødererede general Jubal Early, fratrådte han sin kommission den 29. december 1864.