I 1776 afviste hans styrker et britisk forsøg på at erobre Charleston, hvilket styrkede hans position i hæren og kongressen.
- Hvad? Senere samme år blev han taget til fange af det britiske kavaleri under Banastre Tarleton; han blev holdt af briterne som fange indtil han blev udvekslet i 1778. Under slaget ved Monmouth senere samme år førte Lee et mislykket angreb på briterne. Han blev efterfølgende stillet for krigsretten, og hans militærtjeneste blev afsluttet. Han døde i Philadelphia i 1782.