Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Kirkyarden var involveret i Covenanters historie. Covenanting-bevægelsen begyndte med undertegnelsen af National Covenant i Greyfriars Kirk den 28. februar 1638. Efter nederlaget for de militante Covenanters ved Bothwell Brig
I 1679 blev omkring 1200 Covenanters fængslet på en mark syd for kirkegården. Da en del af dette område i det 18. århundrede blev slået sammen med kirkegården som hvælvede grave, blev området kendt som "Covenanters' Prison".