Louis XIV brugte Bastillen som et fængsel for medlemmer af den øverste klasse i det franske samfund, der havde modsat sig eller gjort ham vred, herunder, efter tilbagekaldelsen af Nantes-ediktet, franske protestanter. Fra 1659 fungerede Bastillen først og fremmest som et statsfængsel; i 1789 havde 5.279 fanger gået gennem dens porte. Under Ludvig XV og XVI blev Bastillen brugt til at tilbageholde fanger fra mere varierede baggrunde og til at støtte den parisiske politis operationer, især i håndhævelsen af regeringens censur af de trykte medier. Selv om fangerne blev holdt i forholdsvis gode forhold, voksede kritikken af Bastillen i løbet af det 18. århundrede, fremkaldt af selvbiografier skrevet af tidligere fanger. Der blev gennemført reformer, og antallet af fanger blev betydeligt reduceret. I 1789 gav den kongelige regerings økonomiske krise og dannelsen af Nationalforsamlingen anledning til en stigning i de republikanske følelser blandt byens indbyggere. Den 14. juli blev Bastillen stormet af en revolutionær menneskemængde, primært beboere i faubourg Saint-Antoine, der forsøgte at beslaglægge det værdifulde krudt, der blev holdt inde i fæstningen. Syv resterende fanger blev fundet og løsladt, og Bastillens guvernør, Bernard-René de Launay, blev dræbt af folkemængden. Bastillen blev revet ned på ordre fra komiteen i Hôtel de Ville. Souvenirs fra fæstningen blev transporteret rundt i Frankrig og udstillet som ikoner på styrtet af despotisme. I løbet af det næste århundrede spillede Bastillens sted og historiske arv en fremtrædende rolle i de franske revolutioner
, politiske protester og populær fiktion, og det forblev et vigtigt symbol for den franske republikanske bevægelse.