Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Tre måneder senere ændrede alt sig. Den 18. april 1906, San Francisco jordskælv
De hærgede byen, satte ild til bygninger, dræbte mange, ødelagde Leavitt's kirke og plyndrede hans kirke. Jordskælvene rystede kirkens klokke fra tårnet og sendte den gennem taget, hvilket afbrød gudstjenesten i en betydelig periode. Jordskælvet ødelagde også mange kommunikanters huse og drev andre ud af den ødelagte by. I de følgende år var Leavitt's pastorale tilstedeværelse tydelig i hele det ødelagte Bay Area. I 1907 blev Leavitt udnævnt til en af universitetets prædikanter ved Memorial Church på Leland Stanford Junior University i Palo Alto. (Leavitt tjente efterfølgende som en særlig prædikant på universitetet, hvor han holdt prædiken på alternative søndage i løbet af det akademiske år, og han holdt flere baccalaureatprædikener ved Stanford-eksamen i løbet af sin tid i First Unitarian Church).