Efter USA's indtræden i Anden Verdenskrig, var Ballentine næstkommanderende officer på eskorte hangarskibet USS "Long Island" fra 26. december 1941 til 18. april 1942. Han blev forfremmet til kaptajn den 30. juni 1942. Ballentine tjente som stabschef for Task Group 34.2 kommandør Rear Admiral Ernest D. McWhorter om bord under
Allierede invasion af fransk Nordafrika i november 1942.