Forhåbningerne om et vellykket oprør svandt, da Napoleon besejrede de østrigske styrker under ærkehertug Karl af Østrig i en række slag ved Teugen-Hausen.
Abensberg, Eckmühl og Ratisbon, hvorefter de østrigske tropper trak sig tilbage fra Tyrol, og Hofer måtte trække sig tilbage til bjergene. Den franske marskal François Joseph Lefebvre tog ansvaret for den tyrolske teater, og bayerske og saksiske styrker under kommando af Karl Philipp von Wrede den 13. maj besejrede østrigerne i et blodigt skirmish ved Wörgl. Bayern genbesatte Innsbruck den 19. maj. Men da deres franske allierede forlod landet, brød oprøret op igen.