Omgående efter hendes fars mord tog Kleopatra og Alexander fra Makedonien tilbage til Epirus. Kort efter fik parret to børn, Neoptolemos II af Epirus og Cadmeia. Det menes, at Alexander og Kleopatra holdt tæt kontakt, mens han var på sin erobring mod øst. I 332 f.Kr. havde Alexander sendt bytte hjem til både sin mor og søster samt sine nære venner.
Neoptolemus II af Epirus og Cadmeia