De fleste bakterier kommer ind i lungerne via små aspirationer af organismer, der bor i halsen eller næsen. Halvdelen af normale mennesker har disse små aspirationer under søvn. Mens halsen altid indeholder bakterier, potentielt smitsomme bor der kun på bestemte tidspunkter og under visse betingelser. Et mindretal af bakterier som Mycobacterium tuberculosis og Legionella pneumophila når lungerne via forurenede luftbårne dråber. Bakterier kan også sprede sig via blodet. Når de er i lungerne, kan bakterier invadere mellemrummet mellem celler og mellem alveoler, hvor makrofager og neutrofile (defens hvide blodlegemer) forsøger at inaktivere bakterierne. Neutrofile frigiver også cytokiner, hvilket forårsager en generel aktivering af immunsystemet. Dette fører til feber, udmattelse og træthed.
makrofagerne og neutrofilerne (defensive hvide blodlegemer) forsøger at inaktivere bakterierne