Mahathir blev født i sine forældres hjem i et fattigt kvarter i Alor Setar, hovedstaden i staten Kedah, British Malaya, den 10. juli 1925. Hans far, Mohamad, var af blandet malaysisk og indisk afstamning; hans mor, Wan Tempawan, var malaysisk. Mahathirs ikke-malaysiske forfædre, som han stort set holdt stille under sin politiske karriere, er et træk, der deles af Malaysias seks premierministre. Men et andet aspekt af Mahathirs fødsel adskiller ham fra de andre fem: han blev ikke født i aristokratiet eller en fremtrædende religiøs eller politisk familie.
første barn, Marina, i 1957, før hun blev gravid med tre andre og adopterede tre flere