Begyndende i 1170 blev Goryeos regering de facto kontrolleret af en række magtfulde familier fra krigerklassen, især Choe-familien, i et militært diktatur svarende til et "shogunat". Under det militære styre modstod Goryeo invasioner fra det mongolske imperium.
i næsten 30 år, indtil den herskende leder af Choe-familien blev myrdet i 1258 af modstandere ved hoffet, hvorefter myndigheden blev genoprettet til monarkiet og fred blev indgået med mongolerne; magtkampene fortsatte imidlertid ved hoffet, og militærstyre sluttede ikke før 1270. Fra det tidspunkt blev Goryeo en semi-autonom "søn-i-lov nation" af den mongolske ledede Yuan-dynastiet gennem kongelige blandede ægteskaber og blod bånd. Uafhængigheden blev genvundet under Gongmins styre i midten af det 14. århundrede, og bagefter steg generalerne Choe Yeong og Yi Seong-gye til prominens med sejre over invaderende Røde Turbaner hære fra nord og Wokou marauders fra syd. I 1388 blev Yi Seong-gye sendt for at invadere Ming-dynastiet ved Liaodong, men han vendte sine styrker om og besejrede Choe Yeong i et " statskup "; i 1392 erstattede han Goryeo med den nye stat Joseon, hvilket satte en stopper for 474 års Goryeo-herredømme på den koreanske halvø.