Al-Husseini var imod indvandring af jøder til Palæstina. Hans talrige breve, hvor han appellerede til forskellige regeringsmyndigheder om at forhindre jødisk udvandring til Palæstina, er blevet bredt genudgivet og citeret som dokumentation for hans samarbejde med nazisterne og hans deltagende støtte til deres handlinger. I juni 1943 anbefalede al-Husseini for eksempel til den ungarske minister at det ville være bedre at sende Ungarns jødiske befolkning til nazisternes koncentrationslejre
i Polen i stedet for at lade dem søge asyl i Palæstina (det er ikke helt klart, om al-Husseini var klar over udryddelseslejrene i Polen, f.eks. Auschwitz, på dette tidspunkt):