Disse grupper spredte sig fra Sudd-marskområderne, hvor arkæologiske beviser viser, at en kultur baseret på transhumant kvægopdræt havde været til stede siden 3000 f.Kr., og den nilotiske kultur i dette område kan således være kontinuerlig til den dato. Arkæologiske beviser samt det fysiske bevis i Nilotes levebrød, herunder deres kuppelformede huse og tukuler, viser, at de kan have gjort et enormt bidrag til styring og rigdom i Nubia-kongeriget før og under 25. dynasti. Den nilotiske ekspansion fra Sudd-marskerne til resten af Sydsudan synes at have begyndt i det 14. århundrede.
de kristne nubiske kongeriger Makuria og Alodia