Francescoli sluttede sin sæson med River Plate med et nederlag i 1996 Intercontinental Cup
Final mod det italienske Juventus. River Plate havde chancen for at udligne Boca Juniors med to Intercontinental Cup-titler, men tabte til sidst til den italienske side, som en fan af Francescoli spillede for. Zinedine Zidane sagde: "Da jeg så Francescoli spille, var han den spiller, jeg ønskede at være. Han var den spiller, jeg så og beundrede i Olympique de Marseille, mit idol, da jeg spillede mod ham, da jeg var i Juventus... Enzo er som en gud". I slutningen af året besluttede Francescoli at komme ud af international pensionering for at hjælpe Uruguay med at kvalificere sig til den kommende VM i Frankrig.