Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Barcelona havde næsten sikret sig sin La Liga-titel ved starten af 2013, og endte med at udligne Real Madrids 100-point rekord fra den foregående sæson. Imidlertid forværredes deres præstationer i anden halvdel af 2012/13 kampagnen, samtidig med Vilanovas fravær på grund af dårligt helbred. Efter at have tabt flere "Clásicos", herunder Copa del Rey
i semifinalen, blev de næsten elimineret i første knockout runde af Champions League af AC Milan, men en genoplivning af form i andenleg førte til et 4<unk>0 comeback, med to mål og en assist fra Messi. Nu i sin niende senior sæson med Barcelona, Messi underskrev en ny kontrakt den 7. februar, forpligter sig til klubben gennem 2018, mens hans faste løn steg til € 13 millioner. Han bar kaptajnens armbånd for første gang en måned senere, den 17. marts, i en liga-kamp mod Rayo Vallecano; på det tidspunkt var han blevet holdets taktiske fokuspunkt i en grad, der uden tvivl kun var rivaliseret af tidligere Barcelona-spillere Josep Samitier, László Kubala og Johan Cruyff. Siden hans udvikling til en falsk ni tre år tidligere, hans bidrag til holdets angreb var steget; fra 24% i deres treble-vindende kampagne, hans mål bidrag steg til mere end 40% den sæson.