Aniston blev født den 11. februar 1969 i Los Angeles, i nabolaget Sherman Oaks, som datter af den græskfødte skuespiller John Aniston og skuespillerinden Nancy Dow. En af hendes morlige oldefædre, Louis Grieco, var fra Italien. Aniston har to halvbrødre, John Melick, hendes ældre morlige halvbror, og Alex Aniston, hendes yngre faderlige halvbror. Anistons gudfar var skuespilleren Telly Savalas, en af hendes fars bedste venner. Som barn flyttede hun til New York City. På trods af sin fars tv-karriere blev hun afskrækket fra at se fjernsyn, men hun fandt måder rundt på forbuddet. Da hun var seks år gammel, gik hun på en skilt Waldorf skole. Hun blev opdaget af sine forældre, da hun var ni år gammel, på Sidney Melick, hendes ældre morlige halvbror, og Alex Aniston, hendes yngre faderlige halvbror.
Los Angeles