Johnston debuterede for Munster den 5. september 2015, hvor han startede i åbningskampen i 2015/16 Pro12
mod Benetton. I januar 2016 blev det annonceret, at Johnston havde underskrevet en kontrakt med Munster, der vil se ham slutte sig til den senior trup fra 2016-17 sæsonen, først på en udvikling kontrakt og derefter, fra 2017-18 på en fuld kontrakt. Johnston blev nomineret til 2016 Munster Academy Player of the Year Award.