Når barmakiderne blev afsat og arresteret af kalif Harun al-Rashid i 803, blev også Musa fængslet sammen med sin far og brødre indtil al-Amins trontræden, hvor han frigav dem og igen viste dem en vis gunst. I løbet af
Fjerde Fitna, Musa stod på al-Amins side og kæmpede i de loyale hærs rækker mod al-Ma'mun, men han gik senere ind i sidstnævntes tjeneste. Al-Ma'mun udnævnte ham til guvernør i Sindh. Musa døde i 835 og blev efterfulgt af sin søn, Imran.