Deres 24 timers Le Mans i 1999 startede bittert efter at holdet var plaget af flere Michelin-dækfejl, og situationen mindede noget om 1998, da nr. 1 og nr. 2 blev pensioneret. Martin Brundle i Toyota nr. 1 fik et punktering ved høj hastighed på Mulsanne Straight, bilens bageste ophængning var alvorligt beskadiget og han kunne ikke komme tilbage til boksene. Thierry Boutsens Toyota nr. 2 var den næste til at gå, da han ramte under Dunlop-broen på grund af en hurtig deflation. Bilen blev ødelagt, og Boutsen fik skader i ryggen. Ved daggry var BMW nr. 15 næsten et omgang foran Toyota nr. 3, som havde kørt stille og roligt. Med denne nydelse af sejr satte Ukyo Katayama foden i Toyotaen og satte den hurtigste omgang af løbet. Han indsnævrede afstanden til mindre end et minut, indtil Toyota-holdet igen ramte af et sprængt dæk. Katayama var dog i stand til at vende tilbage til boksene for nye dæk og fortsatte. Han formåede at blive nummer to efter en tapper indsats og blev nummer et i GT-P-klassen. De nåede imidlertid ikke den samlede sejr i Le Mans, hvilket ville have gjort dem til den anden japanske producent, der vandt en samlet sejr (Mazda var den første i 1991).
)