Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 11. marts 1990 offentliggjorde Det Litauiske Socialistiske Sovjetrepubliks Højeste Råd sin hensigt om at løsrive sig fra Sovjetunionen og genoprette den uafhængige Republik Litauen. Som følge af denne udtalelse sendte den sovjetiske ledelse den 9. januar 1991 Alpha-gruppen for at undertrykke uafhængighedsbevægelsen og opretholde Litauens status som en sovjetisk republik. Dette forsøg på at genoprette sovjetisk dominans kulminerede i den voldelige erobring af Vilnius TV-tårn den 13. januar 1991, hvor sovjetiske styrker dræbte 13 ubevæbnede litauiske demonstranter samt en Alpha-operativ (løjtnant Viktor Shatskikh, der tilsyneladende blev ramt i ryggen af venlig ild). I 2011 blev den tidligere øverstbefalende for Alpha-gruppen, pensioneret KGB-colonel Mikhail Golovatov, tilbageholdt på Wien International Airport på en europæisk arrestordre på grund af denne hændelse, udstedt af Litauen, men de østrigske myndigheder frigav ham inden for 24 timer, idet de hævdede, at oplysningerne fra Litauen var "for vage". Som svar på dette drøftede det litauiske parlament at bryde diplomatiske forbindelser med Østrig som protest. En fælles erklæring fra udenrigsministrene i alle tre baltiske lande fordømte Golovatovs løsladelse og sagde, at det skulle have været en af "... de lejligheder, hvor mistænkte tilbageholdes og udleveres, især når de er anklaget for krigsforbrydelser og forbrydelser mod menneskeheden "... som "... de forbrydelser, der blev begået i 1991 i Vilnius og Riga, har ingen begrænsning... " ("Riga" refererer til en lignende undertrykkelse
I januar 1991 blev seks lettiske politifolk og civile dræbt af sovjetiske OMON- og KGB-styrker, muligvis også medlemmer af Alpha-gruppen).