Zajac begyndte sin junior ishockey karriere med Salmon Arm Silverbacks i British Columbia Hockey League (BCHL). En af hans holdkammerater var Brady Murray, der kort spillede i NHL for Los Angeles Kings, og hans linemate var den fremtidige Calgary Flames vinger Kris Chucko. I sin anden sæson med Salmon Arm, Zajac førte holdet i mål, assisterer og point, og sluttede anden samlet i ligaen i de sidste to statistikker. I slutningen af sæsonen blev han udnævnt til MVP af BCHL's Interior Division, og han spillede i BCHL All-Star Game. Hans spil tiltrak opmærksomhed, og han blev projiceret til at være et potentielt første runde udkast i 2004 NHL Entry Draft. Prognosen viste sig at være korrekt, da New Jersey Devils ville tage ham med det 20. samlede valg. Devils byttede op for at få Zajac, som "betød meget" for ham, men det var ikke en overraskelse, da Devils udforskede ham mere end noget andet hold. Zajac valgte at spille college ishockey for University of North Dakota i stedet for større junior hockey i den canadiske Hockey League (CHL), da han ønskede en uddannelse ud over at spille hockey. Den daværende general manager Lou Lamoriello sagde, at der ville være plads til Zajac på North Dakota-listen, fordi Devils tilbagekaldte angriberen Zach Parise, der blev udvalgt året før.
, at spille professionel hockey.