Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Historikeren Nick Cullather skrev, at ved at vælte Árbenz, endte CIA med at underminere sit eget oprindelige mål om en stabil guatemalansk regering. Historikeren Stephen Streeter udtalte, at selv om USA opnåede visse strategiske mål ved at installere den "mægtige" Castillo Armas som præsident, gjorde det på bekostning af Guatemalas demokratiske institutioner. Han anfører endvidere, at selv om Castillo Armas sandsynligvis ville have begået de krænkelser af menneskerettighederne, som han gjorde, selv uden en amerikansk tilstedeværelse, havde det amerikanske udenrigsministerium helt sikkert hjulpet og støttet processen. Den progressive politik, som de tidligere civile regeringer havde ført, blev trukket tilbage, og det resulterede i en række venstreorienterede oprør på landet, der begyndte i 1960. Dette udløste den guatemalanske borgerkrig
Det er et spørgsmål, som er blevet rejst mellem den USA-støttede militærregering i Guatemala og venstreorienterede oprørere, som ofte havde en betydelig tilhænger blandt borgerne. Konflikten, der varede fra 1960 til 1996, kostede 200.000 civile livet. Selv om der blev begået forbrydelser mod civile fra begge sider, blev 93 procent af disse grusomheder begået af det amerikansk-støttede militær. Disse overtrædelser omfattede en folkedrabskampagne mod den indfødte maya-befolkning i 1980'erne. Historikere har tilskrevet borgerkrigens vold til kuppet i 1954 og den "anti-kommunistiske paranoia", som det genererede.