Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1580, i løbet af den dynastiske krise i 1580, tog biskoppen af Guarda, D. João, parti for Portugals uafhængighed og var imod filippinsk herredømme. Biskoppen modstod derefter udfaldet af slaget ved Alcântara
og fortsatte med at stå på António's side, prior af Crato, i modsætning til alle de andre portugisiske biskopper. Den 18. marts 1582 fordømte paven de "overskridelser" som D. João, biskop af Guarda, havde begået, og han døde i 1592 under kong Filip 2. af Spanien (Philip 1. af Portugal).