Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Hæren blev reorganiseret, og en del placeret under kommando af André Masséna og fusioneret med hæren i Helvetia. Efter reorganisationen og skiftet i kommandoen deltog hæren i flere sammenstød og aktioner på den østlige del af det schweiziske plateau, herunder slaget ved Winterthur. Efter denne aktion forenede tre styrker fra den kejserlige hær sig nord for Zürich og fuldførte en delvis omringning af Masséna's kombinerede hær ved Donau og hæren i Schweiz. Et par dage senere, ved det første slag ved Zürich, blev Masséna tvunget vestpå, over Limmat. I slutningen af sommeren 1799 blev Karl beordret til at støtte kejserlige aktiviteter i det midterste Rhinland; han trak sig tilbage nordpå over Rhinen og marcherede mod Mannheim, og efterlod Zürich og det nordlige Schweiz i hænderne på den uerfarne Alexander Korsakov og 25.000 russiske tropper. Selv om den meget dygtige Friedrich Freiherr von Hotze forblev i støtte, var hans 15.000 mænd ikke i stand til at imødegå Korsakov's dårlige defensive ordninger. Tre uger senere, ved det andet slag ved Zürich
Den russiske styrke blev udslettet, og Hotze blev dræbt syd for Zürich. Dette efterlod Masséna med kontrollen over det nordlige Schweiz, og lukningen tvang Suvorov til en anstrengende tre ugers march ind i Vorarlberg, hvor hans tropper ankom, sultne og udmattede, i midten af oktober.