Clarke var en af de mest indflydelsesrige og karismatiske fransk-irske generaler i den franske hær i den napoleoniske periode. Han havde tætte forbindelser til den irske brigade i Frankrig. Hans far tjente i Dillons regiment (hvor Clarke selv tjente en tid) og hans mors far og flere onkler tjente i Clares regiment. Med udbruddet af den franske revolution, Clarke tjente i de tidlige franske revolutionære krige i hæren i Rhinen, og i 1793 var blevet forfremmet til "général de brigade". I 1795 blev Clarke kortvarigt arresteret. Efter sin løsladelse boede Clarke i Alsace, indtil Lazare Carnot sendte ham til Italien for at tjene som Napoleon Bonapartes øverste topografiske officer, indtil han blev sendt til Sardinien. Efter 18 Brumaire tjente Clarke som chef for det topografiske bureau, statsråd, statssekretær for hæren og flåden. Under krigen mod Østrig i 1805 blev Clarke udnævnt til guvernør i Wien og under krigen mod Preussen
I 1806 var han guvernør i Erfurt og Berlin.