Fuldfør følgende sætning: I september 1796 blev Johnston udnævnt til aide-de-camp til guvernør John Hunter, og i 1800 modtog han sin brevet rang som major. Samme år blev Johnston arresteret af viceguvernør William Paterson med anklager om "at betale spiritus til en sergent som en del af hans løn" og ulydighed mod ordrer. Johnston gjorde indsigelse mod at blive stillet for krigsret i kolonien, og Hunter sendte ham til England. Der førte vanskelighederne med at føre en retssag med vidner i Australien til, at sagen blev droppet, og Johnston vendte tilbage til New South Wales i 1802. I 1803 overtog Johnston midlertidigt kommandoen over New South Wales Corps under Patersons sygdom og blev involveret i konflikten mellem King og militæret. I marts 1804 handlede han beslutsomt, da han som øverstbefalende for det militære blev sendt mod nogle
Fanger, der havde gjort oprør på Castle Hill. Da Paterson blev sendt til Port Dalrymple, blev Johnston kommanderende for New South Wales Corps.