Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Francona ledte Indianerne til American League Central Division-titel i 2016. Hans hold fejer sin tidligere klub, Boston Red Sox, i tre kampe i divisionen serie -clinching en køje i ALCS med en sejr på Fenway Park den 10. oktober 2016. Den 19. oktober 2016 slog Francona's Indians Toronto Blue Jays for at komme videre til World Series
, hvor Indians vandt kamp 1 mod Chicago Cubs 6-0 for at udvide hans World Series rekord til 9<unk>0. Han tabte sin første World Series-kamp, da Indianerne blev besejret af Cubs i kamp 2 med en score på 5-1. Indians vandt Game 3 mod Chicago Cubs 1 til 0. Indians vandt Game 4 mod Chicago Cubs 7 til 2 for at give Cleveland en 3 til 1 føring. Indians ville falde til Cubs 3 til 2 i Game 5. Cleveland fortsatte med at tabe Game 6 med en score på 9-3 og derefter tabte 8-7 i 10 innings i Game 7 og gav Francona hans første World Series tab. Den 15. november 2016 blev Francona udnævnt til American League Manager of the Year for anden gang i sin karriere.