Ifølge 9/11-kommissionens endelige rapport havde flykaprerne for nylig købt multifunktionelle håndværktøjer og forskellige Leatherman-type værktøjsknive med låseblad, som ikke var forbudt for passagerer på det tidspunkt, men som ikke blev fundet blandt de ejendele, der lå bag flykaprerne. En passager på Flight 11, en passager på Flight 175, og passagerer på Flight 93 sagde, at flykaprerne havde været ombord på hvert fly; de brugte maske, tåregas eller peberspray for at overvinde passagerer; og nogle mennesker om bord var blevet stukket. Rapporter indikerede, at flykaprerne stak og dræbte piloter, flyvefolkene og en eller flere passagerer. Ifølge FBI, var der ikke nogen tegn på, at en af de falske bomber, der faldt på den nordlige side af World Trade Center, var forårsaget af en brand, der brød ned på den nordlige side af Pentagon-bygningen ved kl.
Bomberne var falske.