Matsumoto er et oldebarn af Itō Hirobumi, Japans første premierminister. Matsumotos far, Juro Matsumoto, var et højtstående medlem af det liberale demokratiske parti og var forsvarsminister fra august 1989 til februar 1990. Matsumoto blev valgt som udenrigsminister i Japan i 2011 af premierminister Naoto Kan, efter at hans forgænger, Seiji Maehara, havde trukket sig tilbage, kun to dage før jordskælvet og tsunamien den 11. marts
og den efterfølgende atomkatastrofe i Fukushima I.