Før New Horizons' flyvning var der to modstridende teorier om Charons interne struktur: nogle forskere troede, at Charon var en differentieret krop som Pluto, med en stenig kerne og en is-mantel, mens andre troede, at den ville være ensartet. Bevis til støtte for den tidligere position blev fundet i 2007, da observationer fra Gemini Observatory af pletter af ammoniak og vandkrystaller på overfladen af Charon antydede tilstedeværelsen af aktive solkrystaller.
Pluto