Pinckney var også seniorpastor på Mother Emanuel A.M.E. i Charleston. I 2015 blev Pinckney myrdet af den hvide racist Dylann Roof i
en racistisk motiveret terrorist skyder på et aften bibelstudium i hans kirke. Præsident Barack Obama holdt eulogien og sang "Amazing Grace" ved Pinckneys begravelse ni dage senere.