Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Efter den muslimske erobring af Damaskus
I 634 blev moskeen bygget på stedet for en kristen basilika dedikeret til Johannes Døberen, som blev æret som profet af både kristne og muslimer. En legende fra det sjette århundrede siger at bygningen indeholder Johannes Døberens hoved. To helligdomme til minde om Husayn ibn Ali, hvis martyrdøden ofte sammenlignes med Johannes Døberens og Jesu Kristi martyrdøden, findes inden for bygningens lokaler. Moskeen menes også af muslimer at være det sted, hvor Jesus vil vende tilbage før Enden af Dagene. Mausoleet med Saladins grav ligger i en lille have ved siden af moskéens nordlige mur.