I november 1956 modsatte sig Dulles kraftigt den anglo-franske invasion af Suez-kanalzonen som reaktion på
Egyptens nationalisering af kanalen. I de mest kritiske dage blev Dulles indlagt efter operationen og deltog ikke i den amerikanske administrations beslutningstagning. I 1958 var han blevet en åbenhjertig modstander af den egyptiske præsident Gamal Abdel Nasser og forhindrede Nasser's regering i at modtage våben fra USA. Denne politik gjorde det muligt for Sovjetunionen at få indflydelse i Egypten.