Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 21. oktober 1642 blev Morgan udnævnt til ridder af Charles i Southam, Warwickshire, og to dage senere kæmpede han i slaget ved Edgehill. Ved døden af sin halvbror, oberst Thomas Morgan, der blev dræbt i slaget ved Newbury
Den 20. september 1643 blev han i besiddelse af herregårdene Heyford og Clasthorpe, Northamptonshire; og havde andre ejendomme i Momouthshire, Warwickshire og Westmoreland. Han rejste efterfølgende til udlandet, men vendte tilbage i 1648, da han fængslede flere af sine lejere i Banbury Castle for ikke at betale deres husleje til ham.