Efter stigende frustration inden for de væbnede styrker over den maliske regerings ineffektive strategier til at undertrykke et tuaregoprør i det nordlige Mali, et militærkup
Den 21. marts 2012 omstyrtede han præsident Amadou Toumani Touré og ophævede forfatningen fra 1992. Tuareg-oprørerne fra MNLA og Ansar Dine udnyttede forvirringen til at opnå hurtige gevinster, og den 1. april 2012 blev Timbuktu erobret fra det malianske militær.