Waddell fortsatte sin militærtjeneste i Indian Medical Service. Han var i Kina under bokseroprøret (1898-1901), herunder Relief of Peking
I august 1900 blev han nævnt i depatcher, modtog den kinesiske krigsmedalje (1900) med spænde, og blev i 1901 udnævnt til Companion of the Order of the Indian Empire (CIE). I slutningen af 1901 var han flyttet til North-West Frontier Province og var til stede under Mahsud-Waziri-blokaden, 1901-1902. Han var i Malakand i 1902 og deltog i Tibet-missionen til Lhasa 1903-1904, hvor han igen blev nævnt i afsendelser, modtog en medalje med spænde og blev udnævnt til Companion of the Order of the Bath (CB). Waddell vendte derefter tilbage til England, hvor han kortvarigt blev professor i tibetansk ved University College i London (1906-1908).