Med ankomsten af den nye manager Julen Lopetegui i august 2018 fik Modrić en stabil tilbagevenden til førsteholdet som erstatning på grund af hans manglende præ-season træning efter VM i 2018. Dette omfattede en substitutionsoptræden i hans holds 2-4 tab efter forlænget tid mod Atlético Madrid i
UEFA Super Cup. Hans første start i sæsonen kom den 1. september i en 4-1 hjemme sejr mod Leganés, hvor han assisterede sin holds tredje mål, scoret af Karim Benzema. Hans 100. optræden i UEFA-klubkonkurrencen kom den 19. september i en 3-0 hjemme sejr mod Roma, hvor han assisterede det andet mål, scoret af Gareth Bale. Den 22. december vandt Modrić sit tredje FIFA Club World Cup, hvor han scorede det første mål og assisterede til det tredje i finalen mod Al Ain. Den 13. og 19. januar 2019 scorede Modrić for første gang i to på hinanden følgende liga kampe for Real Madrid, i en 1<unk>2 sejr mod Real Betis og 2<unk>0 hjemme sejr mod Sevilla. I samme måned blev han optaget i UEFA Team of the Year (2018) for tredje gang i sin karriere. Fra den 27. februar til den 5. marts gik Modrić igennem, hvad han beskrev som "den sværeste uge i sit fodboldliv", hvor Real Madrid tabte til Barcelona to gange og Ajax og styrtede ud af Copa del Rey, titelkapløb og Champions League. På trods af at have haft en under skuffende sæson, blev han for femte gang i træk inkluderet i FIFA FIFPro World XI.