Ved udbruddet af Anden Verdenskrig i Europa i september 1939 blev en del af eskadrillen udstationeret på kyst anti-ubåd og anti-skibs patruljer fra Madras, før den 1. oktober 1939 eskadrillen blev en flyvende træningsskole træning piloter for det indiske luftvåben, der opererer de Havilland Tiger Moth og Hawker Hart biplaner samt Wapitis, og baseret i Risalpur. Mange af eskadrillens tidligere operative piloter var ansat i at transportere Bristol Blenheim-bombere fra Egypten til Indien og Fjernøsten, og i januar 1941 begyndte Blenheims at blive leveret til eskadrillen, hvilket gjorde det muligt for en Blenheim-udstyret 27. eskadrille at blive adskilt fra træningsskolen i februar og sendt til Singapore. Squadronens Blenheims var Mk IF fly, udstyret med en under-fuselage gun-pack til brug som en lang rækkevidde og nat fighter, og var de eneste RAF nat fighters i Fjernøsten. Eskadronen flyttede til Butterworth i maj 1941 og til Sungai Petani i august samme år. Japan invaderede Malaya
Den 8. december 1941 fløj 27. eskadrille med otte Blenheims ud den morgen for at angribe japanske invasionsskibe. Dårligt vejr forhindrede dem i at lokalisere japanske skibe, og luftangreb på Sungai Petani den dag ødelagde flyvepladsen og efterlod eskadrillen med kun fire luftdygtige fly. Det blev evakueret til Butterworth den aften. De resterende fly blev trukket tilbage til Singapore den 12. december, hvor de sammen med et par Blenheim Is fra andre eskadriller opererede under navnet 27 Squadron. De resterende Blenheims med base i Singapore, herunder de fra 27 Squadron, blev evakueret til Sumatra fra 23. januar 1941, og endte med at operere fra Palembang. Den 14. februar angreb fire af sine Blenheims japanske skibe, der invaderede Sumatra, med tabet af to Blenheims, og alle luftdygtige fly evakuerede til Java den 15. februar. Her ophørte eskadrillen med at eksistere.