Efter 21. Massachusetts blev overført til Northern Virginia i juli 1862, blev regimentet til sidst en del af Army of the Potomac og deltog i flere af de største slag i krigen, herunder Second Bull Run, Antietam og Fredericksburg. Regimentet led sine værste tab under slaget ved Chantilly.
Den 1. september 1862. I forvirringen i slaget, der blev udkæmpet i tykke skove under et tordenvejr, blev Clark adskilt fra sit regiment og vandrede Virginia-landsbygden i fire dage, før han fandt hæren igen. Mens han var savnet, blev han fejlagtigt opført som dræbt i kamp og en Amherst avis trykte hans nekrolog under overskriften, "En anden helt Gone".