De fleste peruvianske floder har deres udspring i Andesbjergene og løber ud i et af tre bassiner. De floder, der løber ud i Stillehavet, er stejle og korte, og flyder kun sporadisk. Amazonflodens underløb har en meget større strømning og er længere og mindre stejle, når de forlader Sierra Nevada. Floder, der løber ud i Titicaca-søen, er generelt korte og har en stor strømning. Perus længste floder er Ucayali, Marañón, Putumayo, Yavarí, Huallaga, Urubamba, Mantaro og Amazon. Den største sø i Peru, Titicaca-søen mellem Bolivia og Peru højt oppe i Andesbjergene, er også den største i Sydamerika.
store