Den 4. februar mødtes Peiper for sidste gang med Himmler i hans midlertidige hovedkvarter. Derefter kæmpede han i Operation Southwind. Hans enhed deltog i Operation Spring Awakening
, som mislykkedes. Selv om Peipers enhed påførte et stort antal tab, mistede han mange mænd på grund af sin aggressive kommandostil. Den 1. maj, da LSSAH blev tvunget ind i Østrig, blev Peipers mænd informeret om Hitlers død. Den 8. maj modtog LSSAH ordrer om at krydse Enns og overgive sig til de amerikanske tropper. I stedet for at overgive sig valgte Peiper at vandre hjem. Han blev anholdt den 22. maj af amerikanske tropper.