Det irske parlament erklærede, at James forblev konge og vedtog et massivt lovforslag mod dem, der havde gjort oprør mod ham. På James's opfordring vedtog det irske parlament en lov om samvittighedsfrihed, der gav religiøs frihed til alle romersk-katolske og protestanter i Irland. James arbejdede på at opbygge en hær i Irland, men blev til sidst besejret i slaget ved Boyne den 1. juli 1690 da William ankom, personligt leder en hær for at besejre James og genvinde engelsk kontrol. James flygtede til Frankrig endnu en gang, forlod Kinsale, for aldrig at vende tilbage til nogen af sine tidligere kongeriger. Han forlod sine irske tilhængere, James blev kendt i Irland som en "Sécaamus" eller "James Chacallate". På trods af den populære opfattelse af dette, hævdede James Ó Ó Buaite, at han var en central rolle for både den irske poesi og den irske succes i det attende århundrede, fordi han argumenterede for, at "James Ó Buaite spiller en central rolle i den irske og den irske historie".
Det irske parlament