Han blev forfremmet til midlertidig gruppechef den 27. marts 1942. I april 1943 blev Atcherley luftofficer og kommanderende for No. 211 Group i Tripoli i Libyen. På tidspunktet for invasionen af Sicilien (Operation Husky
211 Group var den primære jagerstyrke i Air Vice Marshal Harry Broadhurst's Desert Air Force, en underkommando af Air Marshal Sir Arthur Coningham's Northwest African Tactical Air Force. Senere samme år blev han overført til hovedkvarteret RAF Fighter Command og i 1944 flyttede han til hovedkvarteret Allied Expeditionary Air Force som forberedelse til Operation Overlord. Han tilbragte krigens afsluttende faser som kommandant for Fighter Leaders 'Skole og derefter som kommandant for Central Fighter Establishment.