For en kort periode i august 1941 ophørte fængslet med at fungere. Tyske styrker besatte Tallinn den 28. august 1941 efter den sovjetiske evakuering af Tallinn
- Hvad? Den 28. august var der ingen fanger i Patarei bortset fra et lille antal personer tilbage på fængselssygehuset. Alle lokale straffeanstalter (herunder Patarei) og politimyndigheder kom under kontrol af det nye besættelsesregime og den tyske sikkerhedstjeneste (SD).