Hun er født i Manchester og adopteret af Constance og John William Winterson den 21. januar 1960. Hun voksede op i Accrington, Lancashire, og blev opdraget i Elim Pentecostal Church. Hun blev opdraget til at blive en pinsekristen missionær, og hun begyndte at evangelisere og skrive prædikener i en alder af seks. Ved 16 års alderen, Winterson kom ud som en lesbisk og forlod hjemmet. Hun gik snart efter at have deltaget i Accrington og Rossendale College, og forsørgede sig på en række småjobs, mens læse engelsk på St Catherine's College, Oxford.
John