Den 16. juli 1862 blev han forfremmet til løjtnant-kommandør og havde kommandoen over en skruedampskib i East Gulf Blockading Squadron. Overført til damp-kanonbåden i den nordatlantiske eskadrille, kæmpede Chandler sit skib ved bombardementet og faldet af Fort Fisher
og erobringen af Wilmington i begyndelsen af 1865, og blev forfremmet til kommandør den 25. juli 1866.