Af de otte nåletræarter, der er dokumenteret, dækker Lodgepole Pine skove 80% af det samlede skovareal. Andre nåletræer, såsom Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir og Whitebark Pine, findes i spredte skovarealer i hele parken. Fra 2007 er den hvide fyr er truet af en svamp kendt som hvid fyr blister rust; men dette er for det meste begrænset til skove godt mod nord og vest. I Yellowstone er omkring syv procent af de hvide fyr arter blevet påvirket af svampen, sammenlignet med næsten komplette infestationer i det nordvestlige Montana.
Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir og Whitebark Pine