Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Munster blev trukket i pulje et til 2011-12 Heineken Cup, sammen med Northampton Saints, Scarlets og Castres. De slog Northampton 23-21, efter et drop-mål fra Ronan O'Gara i det 83. minut. I deres anden poolkamp slog Munster Castres 24-27 med O'Gara igen scorede en overtid drop-goal for at sikre sejren. Munster vandt deres tredje poolkamp mod Scarlets, 17-14. I returkampen en uge senere vandt Munster 19 til 13. En 26-10 sejr over Castres den 14. januar 2012 sikrede, at Munster kvalificerede sig til kvartfinalen i 2011-12 Heineken Cup. Munster sluttede deres 2011-12 Heineken Cup pool fixtures med en 51-36 sejr mod Northampton Saints, sikrede den øverste sæde i kvartfinalen og vandt 6 ud af 6 pool kampe for første gang. Munster tabte deres kvartfinal mod Ulster 22-16 og tabte kun deres anden kamp hjemme i Heineken Cup. Munster sluttede som tredje i 2011<unk>12 Pro12
, og spillede Ospreys væk i play-off semifinalen, tabte 45 til 10. Det blev annonceret den 22. februar 2012, at McGahan ville forlade Munster i slutningen af 2011-12 sæsonen, for at påtage sig en rolle som coaching koordinator på Australiens management team. Rob Penney, træner for Canterbury og New Zealand U20, blev valgt til at efterfølge McGahan, og blev afsløret som den næste Munster træner den 2. maj 2012.