Under den amerikanske borgerkrig tilbød Crandall sine tjenester for at hjælpe de syge og sårede fra slaget ved Fair Oaks.
Og slaget ved Fredericksburg. Da han så forholdene der førte ham til at tro på nødvendigheden af at sende medicinske agenter for at hjælpe de sårede, og i 1863 New York State Medical Society møde han foreslog en resolution om at udnævne en medicinsk agent til Washington til at se efter New Yorks syge og sårede. Resolutionen blev forelagt og vedtaget af guvernøren og lovgiveren. Da to af hans brødre blev såret uden for Atlanta i 1864, kom han til deres hjælp og arbejdede i Nashville og Louisville hospitaler i flere uger. Han blev udnævnt til kirurg i 141. New York Volunteer Infantry, med enstemmig afstemning fra regimentets officerer. Da han kun lige var blevet nomineret til genvalg til delstatsforsamlingen, afviste han. I april 1865 udnævnte guvernør Fenton ham til New York Military Agent i City Point, Virginia. Han tjente også som Visiting Agent of Military Hospitals og arbejdede på de forskellige hospitaler i Department of the Potomac.