Andre tilstande, der kan forårsage lignende symptomer på en migræne hovedpine omfatter temporal arteritis, klyngehovedpine, akut glaukom, meningitis og subarachnoid blødning. Temporal arteritis forekommer typisk hos mennesker over 50 år og præsenterer med ømhed over templet, klyngehovedpine præsenterer en ensidig næseproppenhed, tårer og alvorlig smerte omkring kredsløb, akut glaukom er forbundet med synsproblemer, meningitis med feber og subarachnoid blødning med et meget hurtigt udbrud. Spændingshovedpine forekommer typisk på begge sider, er ikke bankende, og er mindre invaliderende. Personer med stabile hovedpine, der opfylder kriterier for migræne, bør ikke modtage neuroimaging for at lede efter andre intrakranielle sygdomme. Dette med hensyn til andre fund som f.eks. papilled (svamme af den temporelle skive) er ikke en øget risiko for at få hovedpine, når der ikke er en anden alvorlig årsag til hovedpine.
hos personer over 50 år