Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I kølvandet på det nigerianske kup i 1966
Aghanya blev arresteret den 18. januar 1966 og anklaget sammen med oberstløjtnant Victor Banjo for at have planlagt at myrde den militære statsoverhoved generalmajor Johnson Aguiyi-Ironsi. Aghanya blev tilbageholdt uden retssag i Kirikiri-fængslet med maksimal sikkerhed sammen med andre, der angiveligt var involveret i statskuppet. Han blev senere overført til Enugu og efterfølgende Abakaliki-fængsler. Med tilbageblik har de, der var aktivt involveret i planlægningen og udførelsen af kuppet, såsom major Adewale Ademoyega, i deres erindringer bekræftet både Aghanya og Banjos uskyld. Efter det nigerianske modkup i 1966, hvor Aguyi Ironsi blev myrdet, blev Aghanya løsladt fra fængslet i marts 1967 på ordre af den daværende guvernør i den østlige region, oberst (senere general) Odumegwu Ojukwu, der trodsede ordrerne fra den nye statsoverhoved, oberst (senere general) Yakubu Gowon. Som svar annoncerede Gowon løsladelsen af Aghanya og andre efter sagen.