Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Muslimerne omdannede halvdelen af St. John's Church til byens fredagsmoske (Den Store Moske i al-Nuri), og Homs blev snart et centrum for islamisk fromhed, da omkring 500 af Muhammeds følgesvende bosatte sig der efter erobringen. Graverne til Khalid ibn al-Walid, hans søn Abd al-Rahman og Ubayd Allah, kalif Umar's søn, ligger i byen. Under konflikten
mellem Umayyaderne og Ali, indbyggerne i Homs allierede sig med Ali, og da sidstnævnte blev besejret, delte den Umayyadiske kalif Mu'awiyah den nordlige halvdel af Jund Hims for at danne et separat distrikt, Jund Qinnasrin, tilsyneladende som straf. Alis oratorium ("mash-had 'Ali") var beliggende i byen, og islamisk tradition hævder, at hans fingeraftryk er indgraveret på det. På trods af Umayyadernes undertrykkelse forblev Homs et centrum for shia-islam i et stykke tid endnu. Som en højborg for Banu Kalb blev byen involveret i sidstnævntes konflikter med Qays stammefraktionen. Den sidste omayyadiske kalif, Marwan II, nød støtte fra Qais og raserede efterfølgende byens mure som svar på et oprør fra Banu Kalb.