Manuel Baquedano blev født i Santiago, søn af kavaleriekolonel Fernando Baquedano og Teresa González de Labra y Ros. Han studerede ved præsten Juan Romos skole og på Instituto Nacional i Chile. I løbet af denne tid blev han livslange venner med Federico Errázuriz og Eusebio Lillo. Baquedano var kun 15 år gammel og stadig i skole, da Konfederationskrigen
- Jeg brød ud. Han flygtede fra sit hjem i juli 1838 for at slutte sig til tropperne, der var på vej til krigen. Han deltog i slaget ved Yungay i 1839, og blev forfremmet på slagmarken til løjtnant i en alder af 16.