Efter at jakobitterne havde opnået en betydelig succes i de tidlige stadier af 1745-opstanden, blev Royal Écossais sendt til Skotland i november; skibet med MacDonell blev opfanget, og han sluttede sig til sin far John i Tower of London. Hans yngre bror Aeneas rejste et klanregiment og kæmpede ved
Falkirk i januar 1746, men blev ved et uheld dræbt efter slaget.