Efter angrebet på Pearl Harbor, under Anden Verdenskrig, blev Butaritari og Tarawa, og andre i Northern Gilbert-gruppen,
besat af Japan fra 1941 til 1943. Betio blev en flyveplads og forsyningsbase. Udvisningen af det japanske militær i slutningen af 1943 involverede et af de blodigste slag i US Marine Corps historie. Marinesoldaterne landede i november 1943 og slaget om Tarawa fulgte. Ocean Island, hvor koloniens hovedkvarter lå, blev bombet, evakueret og besat af Japan i 1942 og blev først befriet i 1945, efter at japanske styrker havde massakreret alle bortset fra en af gilberterne på øen. Funafuti var den midlertidige hovedkvarter for kolonien fra 1942 til 1946, da Tarawa vendte tilbage til at være vært for hovedkvarteret og erstattede Ocean Island.