Badoer vendte tilbage til Formel 1 racing i, igen med Minardi holdet. I Melbourne kørte Badoer så højt som femte på et tidspunkt, indtil gearkasseproblemer tvang ham til at trække sig tilbage med 15 omgange tilbage. Før Brasilien, han led en testulykke, som efterlod ham med en brækket hånd. Stéphane Sarrazin tog sin plads til løbet. Han vendte tilbage til Imola.
Hans hånd var stadig problematisk, men han nåede at blive ottende. Han led af gearkasseproblemer og et spin i Monaco og Spanien. I juli brækkede Ferraris førende Michael Schumacher benet i en ulykke under det britiske Grand Prix på Silverstone. Som Ferraris testkører forventede Badoer at blive forfremmet til racerpladsen i Schumachers fravær, men holdet valgte Mika Salo i stedet, hvilket fik kritik fra tidligere Ferrari-kører Jean Alesi, der selv havde afvist stillingen. Hans bedste chance for at score point kom på det kaotiske 1999 European Grand Prix, kun for gearkassefejl at tage ham ud 13 omgange fra slutningen, da han kørte på fjerde position; holdkammerat Marc Gené blev forfremmet til sjette som følge heraf (han ville afslutte der for at score det punkt, der blev bredt anset for at være den afgørende faktor i 1999 Drivers 'Championship, holde ud af Ferraris Eddie Irvine efter McLarens Mika Häkkinen havde passeret ham efter en bilfejl, der tog Jacques Villeneuve ud fra femte position). Badoer var så ked af det, at han brød ud i tårer efter at være steget ud af bilen.