I 1929 giftede Khomeini sig med Khadijeh Saqafi, en 16-årig datter af en gejstlig i Teheran. Efter alt at dømme var deres ægteskab harmonisk og lykkeligt. Hun døde i 2009. De havde syv børn, selv om kun fem overlevede barndommen. Hans døtre giftede sig alle i enten købmands- eller gejstlige familier, og begge hans sønner gik ind i det religiøse liv. Mostafa, den ældste søn, døde i 1977, mens han var i eksil i Najaf, Irak med sin far, og det blev rygtet af hans fars tilhængere, at han var blevet myrdet af SAVAK. Ahmad Khomeini, der døde i 1995 i en alder af 50 år, blev også rygtet for at være et offer for et dårligt spil, men i hænderne på regimet. Hans "måske mest fremtrædende datter", Zahra Mostafavi, er professor ved Teherans Universitet og stadig i live. Spørgsmål: Hvem var den unge gejstlige datter som 16-årig?
Khadijeh Saqafi