Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da Japan invaderede Kina i 1937, ledte Lee, der var kendt for sin tilknytning til Kinas Kuomintang-parti, Selangor China Relief Fund til støtte for Kina. Han blev senere chef for de passive forsvarsstyrker i Kuala Lumpur i 1941. På grund af hans anti-japanske krigsbestræbelser blev Lee tvunget til at flygte med sin familie til Mumbai via Chongqing, da krigen nåede til Malaya.
Samme år satte japanerne en dusør på ham.