Oprindelsen af soju går tilbage til Goryeo i det 13. århundrede, da den levantinske destilleringsteknik blev indført på den koreanske halvø under de mongolske invasioner af Korea
(1231<unk>1259), af Yuan-mongolerne, der havde erhvervet teknikken til destillation af "arak" fra perserne under deres invasioner af Levant, Anatolien og Persien. Destillerierne blev oprettet omkring byen Gaegyeong, den daværende hovedstad (den nuværende Kaesong). I de omkringliggende områder af Kaesong kaldes soju stadig "arak-ju" (). Andong soju, den direkte rod af moderne sydkoreanske soju sorter, startede som den hjemmebryggede spiritus udviklet i byen Andong, hvor Yuan Mongols logistikbase var placeret i denne æra.