For sæsonen 2011-12 kvalificerede Connacht sig for første gang til Heineken Cup, Europas førende klub rugby-konkurrence, og Muldoons Galwegians-klubkammerat og irske kaptajn Gavin Duffy blev gjort til holdkaptajn. I starten af sæsonen blev Celtic League omdøbt til Pro12. I
Den første Pro12 sæson, Muldoon spillede i hver af Connachts 22 kampe, startede alle undtagen to af dem. Muldoon spillede sin første Heineken Cup-kamp den 11. november 2011 mod Harlequins i Stoop. Han startede alle seks af holdets kampe, herunder bonuspoint nederlag til Gloucester og sejren over Harlequins i returkampen i Galway, som var Connacht første nogensinde Heineken Cup sejr.