Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Potheinos, vurderede, at denne aftale faktisk favoriserede Cleopatra frem for Ptolemaios XIII, og at sidstnævntes hær på 20.000, herunder Gabiniani, højst sandsynligt kunne besejre Cæsars hær på 4.000 ikke-støttede tropper. Han besluttede at lade Akilles lede deres styrker til Alexandria for at angribe både Cæsar og Kleopatra. Den resulterende belejring af paladset
med Cæsar og Kleopatra fanget inde varede ind i det følgende år 47 f.Kr. Det omfattede Cæsars brænding af skibe i havnen som spredte ild og potentielt brændte en del af Biblioteket i Alexandria. Det lykkedes Cæsar at henrette Potheinos efter at han havde forsøgt at myrde ham. Arsinoe 4. slog sig sammen med Achillas og blev udråbt til dronning. Kort efter fik hun sin lærer Ganymedes til at dræbe Akhillas og overtage hans stilling som hærfører. Ganymedes narrede derefter Cæsar til at anmode om tilstedeværelsen af sin tidligere fange Ptolemaios XIII som forhandler, kun for at få ham til at slutte sig til Arsinoe IV's hær. Ganymedes, der havde et detaljeret kendskab til paladset, pumpede havvand i reservoirerne via vandrør, men Kleopatra og Cæsar modvirkede dette ved at beordre opførelse af ferskvandskøle.