Mange nyere klassifikationer forsøger at præsentere monofilettiske grupper baseret på morfologiske (især ultrastrukturelle), biokemiske (kemotaxonomi) og DNA-sekvens (molekylær forskning) oplysninger. Der er dog nogle gange uoverensstemmelser mellem molekylære og morfologiske undersøgelser; disse kan kategoriseres som to typer: (i) en morfologi, flere afstamninger (f.eks. morfologisk konvergens, kryptiske arter) og (ii) en afstamning, flere afstamninger (f.eks. fænotypisk plasticitet, flere livscyklusstadier). Fordi protisterne som helhed er paraphylettiske systemer, er det ofte lettere at udelukke eller opdele riget, i stedet for at behandle protistgrupperne som separate eukotiske linjer.
ikke monofilettiske