Efter oberst Edward D. Bakers død ved Ball's Bluff, blev Wistar kommandør for den 71. Pennsylvania, og blev forfremmet til oberst den 11. november 1861. Den 71. deltog i Peninsulærkampagnen i 1862, selv om det ikke er klart, om Wistar faktisk var til stede; ved Slaget ved Seven Pines
(31. maj og 1. juni) blev regimentet ledet af sin major, og under De Syv Dagers Slag (30 juni og 1. juli) kommanderet af sin oberstløjtnant.