Codrington blev øverstkommanderende for den første flåde i Østersøen i oktober 1853 og deltog i flådeoperationer under Krimkrigen. Admiral Sir Charles Napier truede med at føre ham for krigsret for ikke at have opfyldt de krævede standarder, men Admiralitetet nægtede at støtte denne fremgangsmåde. Han blev forfremmet til kommodor og fik kommandoen over en eskadrille af kanonbåde med sit brede vimpel i anden grad i februar 1856. Admiralitetet overvejede, at han ville lede en mission for at angribe flådestationen i Kronstadt, men krigen sluttede med Paris-traktaten.
I marts 1856 blev missionen opgivet.