I 1808 flyttede Reynolds til, men mindre end et år senere fik han sin første kommando, hulken. I februar 1811 blev han kommandør og overtog sluppen, hvor han deltog i angrebet på Java.
og blev forfremmet til post kaptajn som en belønning, overtager HMS "Sir Francis Drake". Admiralitetet bekræftede hans forfremmelse i 1812, som en anerkendelse af hans fars tjenester, som var død i vraget af den britiske skib på juleaften 1811. Han vendte tilbage til Storbritannien i august 1812 i kommando over og forblev i hende i et år, før han gik i semi-pension på grund af dårligt helbred. Efter krigens afslutning i 1815 blev Reynolds tilbudt fortsat tjeneste som fregatkaptajn i den reducerede flåde, men blev tvunget til at slå posten ned på grund af en langvarig sygdom.