Efter 1800 viste sig Prithvi Narayan Shahs arvinger ikke i stand til at opretholde en fast politisk kontrol over Nepal. Der fulgte en periode med indre uro. Rivaliteten mellem Nepal og det britiske Ostindiske Kompagni over de fyrstedømmer, der grænser op til Nepal og Britisk-Indien, førte til sidst til den anglo-nepalese krig
(1814-16), hvor Nepal led betydelige tab på grund af mangel på våben og ammunition mod de britisk-indiske styrker med avancerede våben. Sugauli-traktaten blev underskrevet i 1816, hvorved store dele af de nepalesiske kontrollerede områder blev afstået til briterne. I 1860 blev nogle dele af det vestlige Terai, kendt som "Naya Muluk" (det nye land), genindsat til Nepal.