Han fremmedgjorde ellers støttende Tories med sine forsøg på at slappe af straffelovene, og han udstedte erklæringen om Indulgence i 1687, som etablerede en vis religionsfrihed, et træk, der modsatte sig af den anglikanske kirke hierarki. Han øgede kraften i den regelmæssige hær, en handling, der blev set af mange parlamentarikere som en trussel mod deres autoritet, og katolikker i vigtige militære positioner. James forsøgte også at placere sympatisører i Parlamentet, som han håbede ville gennemføre Test Act, som krævede en streng anglikansk religiøs test for mange civile embeder. Nogle Whigs og Tories lagde deres politiske forskelle til side, da hans søn og potentielle efterfølger James blev født i juni 1688, og de forsøgte at erstatte ham med sin protestantiske svigersøn, William, prins af Orange.
1688