Panis havde potentialet til en stor sæson, da han kørte for Alain Prost, der havde købt Ligier. Med Bridgestone-dæk vandt han deres første podium i Brasilien. Han var nummer to i Argentina, før han gik på pension. Efter 6 løb blev han tredje i mesterskabet takket være endnu en podiumplacering med andenpladsen i Spanien. En sejr kunne have været mulig i det løb, hvis han ikke var blevet holdt op med at lappe backmarkers i syv omgange, og tabte ham i alt 6 sekunder til lederen Jacques Villeneuve. Ved det canadiske Grand Prix i 1997 brækkede han begge ben i en højhastighedsulykke, hvilket fik ham til at gå glip af de næste syv løb i sæsonen. Hans plads i holdet blev overtaget af Jarno Trulli, indtil han vendte tilbage til de sidste tre løb i sæsonen. Han opnåede sjettepladsen i
Luxembourg og viste, at han var helt kommet sig efter sin ulykke, da han kørte så godt, som han havde gjort før ulykken. På trods af at han missede halvdelen af året, formåede han stadig at blive niende i mesterskabet med 16 point.