Louis Bonaparte udnævnte Janssens til generalsekretær i krigsministeriet. Han beklædte en række højtstående administrative stillinger inden for kongeriget indtil Ludvig Napoleons abdikation og Frankrigs annektering af Holland i 1810. Den 11. november 1810 blev han udnævnt til generalguvernør for det område, der før anneksionen var kendt som det hollandske Ostindien, hvor han erstattede Herman Willem Daendels. Han ankom til Batavia, Java den 15. maj 1811 og involverede sig straks i bestræbelserne på at styrke koloniens forsvar. Java havde fordel af en større mængde både hollandske og franske tropper samt bedre forsvar sammenlignet med Kapkolonien. Men den britiske invasionsflåde
Det er en af de vigtigste ting, som vi har gjort, og det er en af de vigtigste ting, vi har gjort.