Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I løbet af de følgende to århundreder havde samfundet en noget tvetydig status. Udadtil blev det behandlet som en rent verdslig pensioneringsinstitution, men indvendigt førte samfundet stadig et højt hengivet åndeligt liv i benediktinernes tradition. I 1711 blev denne spænding løst i en aftale mellem klosteret og hertug George-Louis (senere George I af Storbritannien) til fordel for den sekulære rolle, der kom til at dominere også inden for klostermurene. Lüne Abbey ville finde sig selv som en del af en krigszone to gange mere. I 1793 marcherede en fransk hær gennem nærliggende område under den første koalitionskrig
Hanover deltog på den anti-franske koalitions side. Abbedissen, Artemisia von Bock, forudså en forestående besættelse af klosteret og solgte hurtigt et stort lager af kunstværker, manuskripter og bøger fra biblioteket, nogle i private hænder, nogle i pleje af større arkiver og deponeringer i nærheden. Under Anden Verdenskrig blev mange af disse arkiver ofre for de allieredes bombeangreb, og mange flere kunstværker og manuskripter forsvandt i urolighederne nær krigens afslutning, da de tyske administrative strukturer kollapsede og praktisk talt ophørte med at eksistere.