Under Anden Verdenskrig fortsatte Imperial Airways og senere British Overseas Airways Corporation med at flyve til Lydda indtil Frankrigs fald i juni 1940. Da den japanske hær rykkede ind i Burma og Malaya
i februar 1942 indskrænkede KLM sin rute til Batavia og gjorde Lydda til den østlige ende af ruten. Misr Airwork, der havde suspenderet flyvninger efter den britiske krigserklæring, genoptog den ugentlige Cairo-Lydda-Nicosia-service i maj 1940.