Skriv en fortsættelse til dette afsnit - FK Vardar og FK Rabotnički er de to mest populære fodboldhold, der spiller i den første nationale liga. Deres kampe afholdes på Philip II Arena, ligesom de af landsholdet. Byen er også hjemsted for mange mindre fodboldklubber, såsom: FK Makedonija Gjorče Petrov, FK Gorno Lisiče, FK Lokomotiva Skopje, FK Metalurg Skopje, FK Madžari Solidarnost og FK Skopje, der spiller i første, anden eller tredje nationale liga. En anden populær sport i Nordmakedonien er basketball, der især er repræsenteret af holdene MZT Skopje og Rabotnički. Håndbold er illustreret af RK Vardar PRO og RK Metalurg Skopje, også kvindernes hold ŽRK Metalurg og ŽRK Vardar. Byen var vært for 2008 European Women's Handball Championship sammen med Ohrid, og var vært for 2017 UEFA Super Cup.
, kampen mellem de to giganter af den europæiske fodbold Real Madrid og Manchester United