Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da kong Frederik II blev kronet i 1559, begyndte han straks at udvide flåden. Antallet af baser, værfter og skibe steg hurtigt, og der blev brugt betydelige ressourcer til nye skibskonstruktioner, våben, træning og kamptaktik. Sverige, som var blevet et selvstændigt land, dominerede en stor del af Østersøen og truede danske handelsinteresser. Som gengældelse lukkede Danmark Øresund i 1568, hvilket lagde grunden til den skanske krig (1675-1679), kun otte år efter afslutningen af den anden nordiske krig (1657-1660), hvor Danmark mistede de nu svenske provinser "Skåne", "Halland" og "Blekinge". I denne periode blev der tildelt yderligere ressourcer til flåden. Cort Adeler og Niels Juel førte den danske flåde til sejr i slaget ved Køgebugten
I 1677.