Afslut følgende sætning: Afslutningen af borgerkrigen i foråret 1865 gav fenianerne et stort skub på grund af antallet af irsk-amerikanske soldater, der var blevet opløst og ivrige efter at se tjeneste andre steder. Pengene strømmede ind i Fenian-kassen; sandsynligvis blev der tegnet tegninger for $500.000 mellem 1860 og 1867. Der opstod mange uenigheder mellem O'Mahony og James Stephens og Centralrådet med hensyn til den politik, der skulle følges for at opnå deres formål, men O'Mahony forblev formand for organisationen i flere år. Han deltog ikke personligt i oprøret i Irland eller i
Han var en af dem, der foretog angreb på Canada, selv om hans råd betød meget i disse virksomheder.