Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Bygningen blev åbnet i 1898 og erstattede en træbygning, der var blevet bygget på samme sted i 1875. Den velbyggede forstærkede bygning med dens buede arkader overlevede både 1906
og jordskælvene i 1989 med lidt skade. Det tjente som bestemmelsessted for pendlere til San Francisco fra East Bay, der red på færgeflåderne i det sydlige Stillehav og Key System. Det tjente også som forbindelse til San Francisco for de transkontinentale jernbanelinjer i det sydlige Stillehav, Santa Fe og det vestlige Stillehav, der sluttede i Oakland, og for det nordvestlige Stillehav, der løber nord fra Marin County. De færgepier nord for klokketårnet betjente Key System, Santa Fe og Northwestern Pacific, mens pierne syd for tårnet betjente det sydlige og vestlige Stillehav. Der var et kredsløb foran bygningen, som gjorde det nemt at komme til sporvogne. En stor fodgængerbro strakte sig over Embarcadero foran Ferry-bygningen for at lette sikker krydsning af den travle plaza og transitknudepunkt. I 1940'erne blev broen demonteret for at levere skrot til Anden Verdenskrig.