Fuldfør følgende sætning: Den 20. august scorede Higuaín sejrsmålet i sin Juventus-debut i deres åbningskamp mod Fiorentina i en 2 til 1 hjemmekonkurrence. Den 10. september scorede han en brace i en 3 til 1 hjemme sejr over Sassuolo. Den 29. oktober scorede han sejrsmålet mod sit tidligere hold, Napoli, men fejrede ikke sit mål, i en 2 til 1 hjemme sejr. Den 5. april 2017 scorede Higuaín to gange mod Napoli i 2016-17 Coppa Italia anden semifinalen for at sætte Juventus igennem til den endelige 5-4 på aggregat, på trods af et 3-2 tab. Den følgende uge blev han den første spiller til at score mere end 20 mål i sin debut sæson for Juventus, siden John Charles og Omar Sívori havde formået den samme bedrift i løbet af den
1957/58 Serie A sæson, hvor han scorede en brace mod Chievo. Den 15. april scorede Higuaín begge mål i en 2-0 sejr mod Pescara, som inkluderede hans 200th liga mål i Europa. Den 3. juni startede Higuaín i Champions League-finalen, men Juventus blev besejret 4-1 af forsvarende mestre Real Madrid. Han satte Mario Mandžukićs midlertidige udligning i første halvleg.