Kongen vidste, at han måtte erobre Paris, hvis han ville herske over hele Frankrig. Men det var ikke nogen let opgave. Den katolske Ligas presse og tilhængere fortsatte med at udbrede historier om grusomheder begået mod katolske præster og lægfolk i protestantisk England (se England og Wales' fyrre martyrer). Byen var parat til at kæmpe til døden i stedet for at acceptere en kalvinistisk konge. Den
Slaget ved Ivry, der blev udkæmpet den 14. marts 1590, var endnu en sejr for kongen, og Henriks styrker fortsatte med at belejre Paris, men belejringen blev brudt af spansk støtte. Da Henrik indså at hans forgænger havde haft ret og at der ikke var udsigt til at en protestantisk konge skulle efterfølge den katolske Paris, udtalte han angiveligt det berømte udsagn "Paris vaut bien une messe" (Paris er en messe værd). Han blev formelt optaget i den romersk-katolske kirke i 1593 og blev kronet i Chartres i 1594.