Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Morrison havde været en tidlig tilhænger af reformbevægelsen i Øvre Canada og deltog i møder for at tilskynde til politisk forandring. Han talte gentagne gange imod væbnet oprør og opmuntrede William Lyon Mackenzie til fortsat at søge støtte til sine reformer. Han deltog ikke i oprøret i Øvre Canada.
og forblev i sit hjem i stedet. Ikke desto mindre blev han arresteret og anklaget for forræderi for at have planlagt og udført oprøret, og han blev fundet uskyldig ved en efterfølgende retssag. Af frygt for yderligere anklager flygtede Morrison til USA og genoptog sin lægepraksis. Da de fleste deltagere i oprøret i 1843 blev amnestiet, vendte han tilbage til Toronto for at fortsætte sin lægepraksis og tjene på forskellige medicinske bestyrelser. Han døde den 19. marts 1856 af lammelse i Toronto.