Fassbender er en forfalden katolik, men han går stadig i kirke for at tænde stearinlys. Han er tilhænger af Liverpool Football Club. I 2010 indgav Fassbender's daværende ekskæreste, Sunawin Andrews, et forbud mod ham i Los Angeles County Court, idet han hævdede, at han "kastede mig over en stol, der knuste min næse" i 2009, og at han også havde slæbt hende sammen med sin bil, der skadede hendes ankel og knæ, samt forårsagede hende til at sprænge en ovn.
Lyset mellem oceanerne