Han og hans civile kolleger blev fjernet fra embedet i militærkuppet den 15. januar 1966
Han var den mest fremtrædende politiker, der undgik at blive myrdet efter kuppet. Azikiwe var talsmand for Biafra og rådgav dets leder, Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu, under Biafra-krigen (1967-1970). Han skiftede sin troskab tilbage til Nigeria under krigen og appellerede til Ojukwu om at afslutte krigen i pamfletter og interviews. "The New York Times" sagde om hans politik: "Gennem hele sit liv satte Dr. Azikiwe's alliance med nordboere ham i konflikt med Obafemi Awolowo, en socialistisk tilbøjelig leder af Yoruba, landets anden vigtige sydlige gruppe".