Når Barmakids blev afsat og arresteret af kalif Harun al-Rashid i 803, Musa også blev fængslet med sin far og brødre indtil tiltrædelsen af al-Amin, der frigav dem og viste dem igen nogle gunst. Under den fjerde fitna
Musa sluttede sig til al-Amin og kæmpede i de loyale hærs rækker mod al-Ma'mun, men han gik senere ind i sidstnævntes tjeneste. Al-Ma'mun udnævnte ham til guvernør i Sindh. Musa døde i 835 og blev efterfulgt af sin søn, Imran.