Harold James Nicholson ville brænde flere officerer og tre års praktikanter, før han blev fanget i spionage for Rusland. I 1997 skrev Parlamentet en anden rapport, hvori det stod, at CIA-officerer ved meget lidt om sproget eller politikken hos de mennesker, de udspionerer; konklusionen var, at CIA manglede "dybden, bredden og ekspertisen til at overvåge den politiske, militære og økonomiske udvikling i hele verden". Russ Travers skrev i CIA's interne dagbog, at efterretningsfejl er uundgåeligt om fem år. I 1997 lovede CIA's nye direktør, George Tenet, et nyt arbejdende agentur i 2002. CIA's overraskelse ved Indiens detonering af en atombombe var en fiasko på næsten alle niveauer. Efter den
1998 ambassade bombninger af Al Qaeda, CIA tilbød to mål at blive ramt i gengældelse. En af dem var den farmaceutiske fabrik Al-Shifa, hvor der var fundet spor af kemiske våben. Efterfølgende blev det konkluderet, at "beslutningen om at angribe al Shifa fortsætter traditionen om at operere på utilstrækkelige efterretninger om Sudan". Det fik CIA til at foretage "substantielle og omfattende ændringer" for at forhindre "en katastrofal systemisk efterretningsfejl". Mellem 1991 og 1998 mistede CIA 3.000 ansatte.