For anden gang i sin karriere var Costa en ubrugt udskiftning, da Atlético vandt
UEFA Super Cup den 1. september 2012. Den december var Costa involveret i flere skænderier på banen i to separate kampe. Den første var i et 0<unk>2 lokalt derby tab mod Real Madrid, hvor han undgik disciplinære foranstaltninger efter at have spyttet hændelser mellem ham og Sergio Ramos. Han blev sendt ud i den følgende kamp mod Viktoria Plzeň i UEFA Europa League for at have slået modstanderen David Limberský med hovedet, og blev udelukket fra fire kampe af UEFA. Dette afskrækkede dog ikke træner Diego Simeone fra at fortsætte med at starte ham, og han svarede ved at score tre mål i to hjemmekonkurrencer, mod Deportivo de La Coruña i ligaen (6<unk>0) og Getafe i sæsonens Copa del Rey (3<unk>0).