I 1958 sluttede Alam sig til Pakistan Atomic Energy Commission som forsker, og blev instrueret til at slutte sig til Institute of Nuclear Science and Technology (PINSTECH), det nationale laboratorium i Nilore, i 1970. Under krigen med Indien
I 1971 blev Alam interesseret i computing og matematik, og skrev kortvarigt et computerprogram, mens han arbejdede med problemer relateret til logik og matematikken. Alam var medvirkende til oprettelsen af computerafdelingen ved Institut for Kernevidenskab og Teknologi, før han flyttede til fysikafdelingen.