Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1963 oprettede nationen en føderal republik, med Azikiwe som den første præsident. Uligevægten og den opfattede korruption i den valgmæssige og politiske proces førte til to militærkup i 1966. Det første kup var i januar 1966
Og blev hovedsagelig ledet af Igbo-soldater under majorer Emmanuel Ifeajuna og Chukwuma Kaduna Nzeogwu. Kuppløberne lykkedes med at myrde Sir Ahmadu Bello og Abubakar Tafawa Balewa sammen med fremtrædende ledere i den nordlige region og også premierminister Samuel Akintola i den vestlige region, men kuppløberne kæmpede for at danne en central regering. Senatspræsident Nwafor Orizu overdrog regeringens kontrol til hæren, under kommando af en anden Igbo-officer, general Johnson Aguiyi-Ironsi. Senere, modkuppet i 1966, der primært blev støttet af nordlige militære officerer, lettede Yakubu Gowons opstigning som militær statsoverhoved. Spændinger steg mellem nord og syd; Igbos i de nordlige byer blev forfulgt, og mange flygtede til den østlige region.