I januar 2000 forlod han SocialNet og sluttede sig til PayPal på fuld tid som virksomhedens COO. Allen Blue, som Hoffman hyrede på PayPal, sagde, at "PayPal måtte skrabe og klø for hver fordel, den havde, og Reid blev en ekspert i at konkurrere effektivt i et ekstremt konkurrencepræget miljø". Hoffman var ansvarlig for alle eksterne relationer for PayPal, herunder betalinger infrastruktur (VISA, MasterCard, ACH, WellsFargo), forretningsudvikling (eBay, Intuit og andre), regering (regulerende, retslige), og juridisk. Peter Thiel, Hoffmans chef hos PayPal, har sagt, at Hoffman "var brandfighter-in-chief på PayPal. Selv om det mindsker hans rolle i forhold, fordi der var mange integrerede fyringer, var han på tidspunktet for PayPal's erhvervelse af eBay" i 2002, hvor han var direktør for mange andre virksomheder.
PayPal