Den 4. september 2018 overtog han rollen som præsident, hvorpå han sagde, at de budgetnedskæringer, der blev foreslået af Financial Oversight Management Board (FOMB), var "håndterbare", men at de ville reducere statens bidrag til universitetets budget på $ 1,347 millioner (2018) med $ 243 millioner i 2023. Universitetet har to samtidige finansplaner, den ene godkendt af bestyrelsen og den anden af FOMB. Haddock har hævdet, at FOMB ikke mikromanager universitetet. Da han modtog meddelelse om, at FOMB ville kræve yderligere $ 80 millioner som bidrag til pensionsplanen, fortalte Haddock Inside Higher Ed: "Vi har ikke pengene oven på de 86 millioner dollar nedskæringer - nu vil de have os til at tilføje endnu et bidrag på $ 80 millioner. Det er næsten som om de vil skade os". Mindre end en måned efter at have overtaget embedet og efter at have besøgt hver campus for bedre at forstå deres problemer, havde han et møde med den administrerende direktør for FOMB, Natalie Jaresko, for "bedre at forklare hende vigtigheden af fuldtidsstipendier samt virkningen af de foranstaltninger", som FOMB forventede. Da FOMB havde planlagt en årlig stigning i cost-per-credit, fordoblede Rock Solid Technologies deres 16-årige stipendiumprogram til at omfatte fire studerende i 2018, som havde mulighed for at deltage i en betalt praktikplads i virksomheden. Midt i den tidens usikkerhed anerkendte Haddock universitetets præstationer som en Emmy-nomineret dokumentar om orkanen María
lavet af studerende fra University of Puerto Rico Arecibo. I april 2019 tiltrådte UPR's bestyrelse en anmodning fra FOMB om at øge cost-per-credit fra $ 115 til $ 124 inden juli. Det første beløb var også en stigning i forhold til en langvarig pris på 57 dollars. Haddock modsatte sig den gradvise stigning, der blev foreslået af FOMB, som ville hæve omkostningerne ved undervisning fra $ 124 i løbet af 2019-2021 akademiske år til $ 157 i 2022 <unk> 2023, samt andre nedskæringer fastsat i deres plan.