Efter et par år blev hans militære karriere genoptaget, og i 1805 var han allerede generalmajor. Han deltog i felttogene fra 1806 til 1807 i Østpreussen mod Frankrig og 1810 i en del af Tyrkiet. Han ledsagede sin far Eugen, der var kommandør for den preussiske reserve, i 1806. Han sluttede sig til den russiske general Bennigsen. I 1812 var han divisionschef (4th div of II Corps) under Barclay de Tolly. Under den franske invasion af Rusland kæmpede han i slaget ved Borodino og Krasnoi. Under den sjette koalitionskrig deltog han i fem store slag. I slaget om
Lutzen, Eugens korps var stærkt engageret og led mange tab, da de generobrede landsbyer fra franskmændene. I slaget ved Bautzen bremser Eugens mænd, der fungerer som russisk bagtrop, den franske fremrykning ved at forsvare positioner på bakker og bag en landsby. Franskmændenes langsomme fremrykning gjorde Napoleon personligt rasende, og han overtog personligt kommandoen over fortroppen - men han gjorde ikke bedre. I slaget ved Dresden holdt den talmæssigt stærkt overlegne Eugen den franske general Vandammes styrker tilbage i en dag, før de trak sig tilbage. I slaget ved Kulm led Eugen over 3.000 tab i sin sejrrige revanche mod Vandamme. Og i slaget ved Leipzig blev det meste af Eugens artilleri ødelagt af franskmændene. På trods af dette, og på trods af tabene ved Kulm kun få uger før, gjorde Eugens infanteri et heroisk, stædigt standpunkt. To tredjedele af hans tropper og alle hans regimentkommandører blev ofre.