Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 1. december 1983 blev Penados udnævnt til XVII. metropolithærkebiskop af Guatemala City og prælat af Esquipulas af pave Johannes Paul II. I løbet af sine år som guatemalansk ærkebiskop ændrede Penados den konservative tilgang til den katolske kirke til den politiske scene i nationen, som på det tidspunkt led nogle af de sværeste år i borgerkrigen.
- Hvad? Han havde en central rolle i fredsforhandlingerne ved at fordømme mange menneskerettighedskrænkelser under tidligere militærregimer og af den guatemalanske hær, og ved sin støtte til menneskerettighedsaktivisme og ofre for det guatemalanske folkemord. Han var grundlæggeren af "Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado de Guatemala" (ODHA / Kontoret for Menneskerettigheder i Ærkebiskopskabet) i 1990.