Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Selv om Bernadotte nægtede at hjælpe Napoleon Bonaparte med at arrangere sit " statskup " i november 1799, var Napoleon fast besluttet på at vinde over " Hindringsmanden " og overså ham med hæder. Napoleon anerkendte Bernadottes administrative evner og indflydelse ved at udnævne ham til statsråd i februar 1800. I april 1800, på trods af hans republikanske sympatier, blev Bernadotte tilbudt, og frit accepteret, fra april 1800 til 18. august 1801, stillingen som øverstbefalende for Army of the West i den oprørske Vendée, hvor han med succes genoprettede sin ro. Dette blev set som en tillidsmøde, da Napoleon påbegyndte sin sommer italienske kampagne, hvor han til sidst sejrede i slaget ved Marengo.
Han efterlod Bernadotte ikke langt fra Paris med en hær. I sin afskedsbrev til Bernadotte på vej til Italien skrev Napoleon: "Jeg vil endnu en gang kaste mig ud i krigens farer. Vi ved ikke, hvordan det kan ende. Hvis jeg falder, vil du finde dig selv med 40.000 mænd ved Paris porte. I jeres hænder vil Republikkens skæbne ligge". Da Bernadotte var svigerbror til Joseph og nære venner med sine andre brødre og søstre, menes det, at Napoleon har overvejet sin families velfærd i tilfælde af hans død på slagmarken, samt landets fremtid ved at efterlade sin tidligere rival i en position, hvor han kunne gribe styret over regeringen, da kun Bernadotte af sine tidligere rivaler havde den politiske og militære dygtighed og popularitet til at opretholde republikken.