Seram er beliggende på en bjergkæde, hvis højeste punkt, Mount Binaiya, er dækket af tykke regnskove. Seram ligger på en af de mest tektonisk komplekse områder på Jorden. Seram falder faktisk på sin egen mikroplate, som er blevet vendt rundt med 80° i de sidste 8 millioner år ved den relativt hurtigere bevægelse af Papua-pladen. I mellemtiden har dette sammen med den australske plates nordlige skub resulteret i den opløftning, der giver det nordlige centrale Seram toppe på 3000 m. På øen er der vigtige karstområder. I bjergene nær Saatu Hatu, er den dybeste hule i Indonesien, Timur (Taniwuku Bagian-388 m).
af en central bjergkæde