Warren tog kommandoen i 1808 og tjente i Østersøen, udfører operationer mod russisk skibsfart. Derefter kommanderede han en fregat, hvor han fik til opgave at transportere Lucien Bonaparte og hans familie til England. Han sejlede derefter til Østindien og spillede en vigtig rolle i invasionen af Java.
I 1811. Han blev udnævnt til Companion of the Bath ved afslutningen af Napoleonskrigene i 1815 og kommanderede flere skibe, herunder den kongelige yacht. Han havde også en række landudnævnelser, blev ridder og blev gjort til ridderkommandør i den kongelige Guelphiske Orden i 1835. Forfremmet til kontreadmiral i 1837 blev han gjort til Knight Commander of the Bath kort før sin død i 1839.