Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Ma blev overført sammen med sin bror Ma Fulu og flere fætre som officerer under general Dong Fuxiang til Beijing i 1898. Under bokseroprøret blev de muslimske tropper kendt som "Kansu Braves" og kæmpede mod otte nationers alliance. Ma Fuxiang dræbte mange udlændinge i kamp. Ma ledte et kavaleriangreb mod den udenlandske otte-nationers alliances hær i slaget ved Langfang, besejrede dem og tvang europæerne til at flygte. Han og Ma Fulu planlagde og ledte personligt angrebet, og omringede de udenlandske tropper med en kløebevægelse. Den udenlandske invasion af Beijing blev afbrudt af deres bestræbelser i en måned. De muslimske tropper deltog i hård kamp ved Zhengyang Gate i Beijing. Ma Fulu og fire af hans fætre blev dræbt i kamp i 1900 i Beijing under slaget om Peking (1900)
I alt 100 soldater fra hans hjemby døde i slaget ved Zhengyang. Han havde kommandoen over en brigade, og Ma Fuxiang overtog stillingen efter sin brors død. I resten af bokseroprøret deltog hans enhed i belejringen af de internationale legationer (bokseroprøret). Han eskorterede den kejserlige familie til Xi'an.