Den 9. februar 1941 førte Iachino den italienske flåde i den mislykkede jagt på den britiske H-styrke, efter at denne havde bombarderet Genova og La Spezia. Han kommanderede igen den italienske slagflåde i slaget ved Kap Matapan
(26-29 marts 1941), som resulterede i det største nederlag, Regia Marina nogensinde har lidt; afviste rapporter om nærliggende britiske slagskibe som ukorrekte eller overdrevne, sendte han hele 1. krydserdivision til undsætning af den ramte krydser "Pola", hvilket resulterede i udslettelsen af hele divisionen af de tre slagskibe fra admiral Andrew Browne Cunninghams Middelhavsflåde. Hans handlinger under dette slag har været genstand for megen kritik siden da; på trods af dette blev Iachino ikke afløst fra kommandoen.