Kirken blev lukket sammen med resten af kirkegården i 1923, og i en periode tjente den som lager for at opbevare monumenter og gravsten fra andre kirkegårde, der blev revet ned. Med oprettelsen af nekropolismuseet i 1932 blev kirkens interiør stærkt ombygget. Ikonostasen blev demonteret, og vægge og loft blev malet over. De fleste af ikonerne blev fjernet, men mange af de historiske monumenter blev bevaret. Med nedrivning af Lavras Dukhovskaya Kirke i 1937 blev en række monumenter overført til museet, og i løbet af de næste par år blev resterne af flere berømte historiske figurer overført og begravet i St. Lazarus Kirke, herunder; Georgiens prins Ioane, Viktor Kochubey og Ekaterina Ilyinichna Kutuzova, hustru til Mikhail Kutuzov. Andre monumenter blev bragt fra Feodorovskaya Lavra Kirke, Smolensky armenske kirke og den katolske kirke i Tsarskoye Selo. De rester af Grev, svigerfar Decembrist
Prins Sergej Petrovitsj Trubetskoj blev genbegravet i kirken, men hans monument blev aldrig installeret.