Quezada blev en national helt ved at hjælpe med at bringe enden på
borgerkrig, der ødelagde hans land i 36 år. Han ledte to organisationer, der spillede en vigtig rolle i dannelsen af en fredsaftale: Den Nationale Forsoningskommission, som han stod i spidsen for fra 1987 til 1993, og Civilsocietets Forsamling, som han stod i spidsen for fra 1994 til 1996. Han var også den officielle mægler mellem regeringen og guerillaerne i den nationale revolutionære enhed (1990-1994). Hans assistent i fredsprocessen, biskop Juan Gerardi, blev myrdet i april 1998.