Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 4. november 2012 underskrev Peralta en to-årig, $ 6 millioner aftale, med kluboptioner for 2015 og 2016. Andrew Friedman, Rays Executive Vice-President of Baseball Operations sagde om ham på det tidspunkt, "Vi elsker Joels konkurrenceevne og den indflydelse, han har på de yngre kasser i vores bullpen". Han lavede en karriere høj 80 optrædener i 2013, der fører Majors og sætter en klub rekord for en højrehåndet krukke og hans tredje lige 70-plus optræden sæson. Han var 3-8 med 3.41 ERA. Han kastede en scoreless inning i 2013 American League Wild Card Game
mod Cleveland Indians og gjorde to scoreløse optrædener i 2013 American League Division Series mod Boston Red Sox. Peralta optrådte i 69 kampe i 2014 og var 3-4 med en 4,41 ERA.