Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 11.-14. september 1939, under invasionen af Polen, der startede Anden Verdenskrig, kæmpede de tyske og polske hære Slaget ved Przemyśl i og omkring byen. Efter slaget kom den tyske "Einsatzgruppe I" ind i byen for at begå forskellige grusomheder mod befolkningen, og "Einsatzgruppe zbV" kom ind for at overtage den polske industri. Kampen blev efterfulgt af tre dages massakrer udført af de tyske soldater, politi og "Einsatzgruppe I" mod hundredvis af jøder, der boede i byen. I alt blev over 500 jøder myrdet i og omkring byen, og det store flertal af byens jødiske befolkning blev deporteret over San-floden til den del af Polen, der var besat af Sovjetunionen. Grænsen mellem de to angribere løb gennem midten af byen langs San-floden indtil juni 1941. Tyskbesat
venstre-bank Przemyśl var en del af Kraków District of the General Government. Medlemmer af "Einsatzgruppe I" var med til at danne den lokale tyske politienhed. Den 10. november 1939 gennemførte tyskerne massearrestationer af polakker i venstre-bank Przemyśl og amtet, som en del af "Intelligenzaktion". Arresterede polakker blev tilbageholdt i det lokale tyske politifængsel og derefter deporteret til et fængsel i Kraków, hvorfra de til sidst blev deporteret til koncentrationslejren i Auschwitz. Den sovjetisk besatte højre-bjergsdel af byen blev indarbejdet i det ukrainske SSR i NKVD-terrorens atmosfære, da tusindvis af jøder blev beordret til at blive deporteret. Det blev en del af det nyoprettede Drohobych Oblast. I 1940 blev byen et administrativt centrum for Peremyshl Uyezd med Peremyshl Fortified District etableret langs den nazistiske-sovjetiske grænse før det tyske angreb mod Sovjetunionen i 1941.