Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Kort efter udbruddet af Anden Verdenskrig, blev Morgensterns eksproprieret og deporteret som jøder til det besatte Polen
, hvor de blev fængslet i Łódź Ghetto. Der døde Samuel Morgenstern af svækkelse i august 1943. Han blev begravet på ghetto kirkegården. Hans kone, Emma, som som hendes svoger Wilhelm Abeles (som også boede i ghettoen og overlevede Auschwitz) var vidne til sin mands død, blev sandsynligvis deporteret til Auschwitz-Birkenau koncentrationslejr i samme måned. Da det var almindelig praksis i Auschwitz at sende de fleste nyankomne, især gamle kvinder, der ikke kunne arbejde, direkte til gaskamrene, kan deres død betragtes som sikker. I overensstemmelse hermed besluttede en domstol i Wien i december 1946 at de ikke kunne have overlevet til krigens slutning og erklærede dem døde, i overensstemmelse med et begæring indgivet af deres bror Max Pragan.