Skriv en fortsættelse til dette afsnit - CSKA Moskva var et af stiftende medlemmer af den nyoprettede russiske Top Division efter opløsningen af Sovjetunionen. I de første seks sæsoner indtog holdet pladserne i midten af tabellen. I 1998 sæsonen, klubben var runner-up og i den næste sæson
Jeg blev nummer tre. I de følgende to sæsoner indtog CSKA Moskva igen pladser i midten af tabellen. I 2002 sæsonen, holdet trænet af Valery Gazzaev tog andenpladsen igen, og vandt den russiske Cup. I 2003 vandt holdet sit første mesterskab i historien om den russiske Premier League. Efter det blev hovedtræner Valery Gassayev overraskende fyret, og den portugisiske træner Artur Jorge blev underskrevet som hans efterfølger. Under den nye træner kunne holdet ikke bygge videre på præstationer fra den foregående sæson. Efter at være faldet til femtepladsen i juli 2004, blev Arthur Jorge fyret efter kun otte måneder i klubben. Efter Valery Gassaevs tilbagevenden kunne CSKA redde sæsonen og blive vice-mester.