Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Morientes var en overraskende udeladelse på UEFA Euro 2000, men spillede på Euro 2004
i Portugal, hvor han scorede et af de to mål, som holdet kunne klare, i en efterfølgende udgang i gruppefasen. Han spillede også for nationen under VM-kvalifikationerne i 2006. På grund af hans dårlige klubform for Liverpool blev han dog ikke valgt af landsholdstræner Luis Aragonés i den endelige trup til turneringen, selvom han var en del af en indledende 31-mands liste.