Efter at være vendt tilbage til Wien i september 1791, fortsatte Baudin med at presse på for en ekspedition under det kejserlige flag til Det Indiske Ocean og Kina, og i januar 1792 fik han en kommision som kaptajn i den kejserlige flåde til dette formål. Et skib, kaldet "Jardinière", blev anskaffet, og botanikerne Franz Bredemeyer og Joseph van der Schot blev udnævnt til ekspeditionen. Efter forsinkelser forårsaget af udbruddet af krigen mellem Frankrig og Østrig
(april 1792), "Jardinière" forlod den spanske havn i Málaga den 1. oktober 1792. Fra Kap det Gode Håb sejlede "Jardinière" over Det Indiske Ocean til kysten af New Holland (Australien), men to cykloner i træk forhindrede ekspeditionen i at udføre noget arbejde der og tvang Baudin til at tage skibet til Bombay for reparationer.