Hernandez startede sin karriere med Atlético Madrid, hvor han spillede mere end 100 kampe og nåede til UEFA Champions League-finalen i 2016. Han vandt også 2018 Europa League og
Super Cup samme år. Han underskrev for Bayern i 2019 og vandt Bundesligaen, DFB-Pokal og Champions League i sin første sæson som en del af en treble. En fransk international siden 2018, Hernandez var en del af den vindende trup på 2018 FIFA World Cup og deltog også i UEFA Euro 2020.