O'Bannon meldte sig ind i marinekorpset den 18. januar 1801. Som en første løjtnant tildelt til, kommanderede han en afskedning på syv marinesoldater og to flåde midshipmen i den diplomatiske generalkonsul William Eatons (1764-1811) lille hær under Tripoli-kampagnen i den første barbariske krig (1801-1805). I de kombinerede operationer med den amerikanske flåde, førte han det vellykkede angreb på
Slaget ved Derna, en kystby i det østlige moderne Libyen den 27. april 1805, hvor Marines' Hymn får sin linje "til kysten af Tripoli". Løjtnant O'Bannon blev den første mand til at hæve et amerikansk flag over fremmed jord i krigstid; O'Bannons overordnede, William Eaton (1764<unk>1811), en tidligere hærofficer, havde hævet det amerikanske flag flere måneder tidligere, mens han rejste på Nilen fra Alexandria til Kairo, men det havde ikke været i krigstid. Ifølge marinekorpsets legende var Hamet Karamanli så imponeret over O'Bannons mod, at han gav ham et Mamelukesværd som en respektfuld gestus.