Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 2005/06, Jones startede i alle undtagen en af Wales' efterår Internationals (han gik glip af spillet mod) og i alle deres 2006 Six Nations Championship
Efter to kampe blev han valgt af den nye træner Gareth Jenkins til at være kaptajn for holdet under en to-test turné i Argentina. I oktober 2006 udpegede Jenkins Stephen Jones til kaptajn for Wales frem til Rugby World Cup 2007, men da Stephen Jones blev hvilet til Autumn International mod Pacific Islanders, vendte Duncan Jones tilbage til kaptajn Wales hjemme for første gang. Han spillede, som starter eller reserve, i alle fire efterår Internationals og alle fem kampe i 2007 Six Nations Championship, men blev hvilet til midten af året tur til Australien.