Den 21. juli 2011 blev Moffat handlet til Houston Dynamo sammen med tildelingspenge til gengæld for Lovel Palmer, Mike Chabala og en international rosterplads. Han debuterede i Dynamo den 23. juli, da han kom fra bænken i et 3-0 tab til Chivas USA. Han gjorde sin første start den 30. juli, hvor han hjalp Houston til en 3 til 0 sejr over Seattle Sounders. Den 14. august scorede Moffat sit første mål for Dynamo for at hjælpe Houston med at besejre Portland 2<unk>1. Målet, et strike fra 40 yards ud i øverste højre hjørne, blev opkaldt som MLS mål af ugen. Efter at have savnet en kamp på grund af at have modtaget to gule kort den 17. august, startede Moffat hver tilbageværende kamp i den regulære sæson for Dynamo. Den 23. oktober scorede Moffat en gang og tilføjede en assist for at hjælpe Dynamo til en 3 til 1 sejr over LA Galaxy i den sidste kamp i den regelmæssige sæson. Målet, som blev udnævnt til ugens MLS-mål, så Moffat aflytte en pas i midten af banen, dribblede et par yards, og derefter smadrede bolden ind i øverste højre hjørne fra over 40 yards ud. Moffat hjalp Dynamo med at afslutte den regulære sæson stærk og tjene en 2. sæde i Eastern Conference. I slutspillet spillede Moffat hvert minut, da han hjalp Dynamo med at nå MLS Cup 2011
Dynamo taber 1-0 til LA Galaxy.