Med undtagelse af det australske Grand Prix, hvor begge Ferrari-kørere havde dårlige kvalifikationssessioner, var Berger blandt de fire bedste i kvalifikationer og løb i alle de resterende Grand Prix, men dårlig pålidelighed og ulykker betød, at han kun færdiggjorde tre løb hele året (ved midten af sæsonen blev problemet med den halvautomatiske transmission fundet at være ikke nok strøm fra batteriet, som blev rettet med hjælp fra holdsponsor, elektriske eksperter Magneti Marelli). Hans første point i år kom først, da han endte på andenpladsen i 12. runde i det italienske Grand Prix. Han vandt det næste løb i Portugal, som blev overskygget af ulykken med Mansell og Senna, og sluttede derefter som anden ved det næste løb i Spanien. Disse løb var faktisk hans eneste point scoret for året, men var stadig nok til at give ham 7. i mesterskabet efter at være 3. i 1988. Forbedringen i form fra Ferrari kom for sent. Ved det britiske Grand Prix
Det blev annonceret, at Alain Prost ville forlade McLaren i slutningen af sæsonen for at slutte sig til Scuderia, mens Berger besluttede at underskrive for McLaren, der med deres Honda V10 motorer var på det tidspunkt det bedste og hurtigste hold i Grand Prix-racer.