Skriv en fortsættelse til dette afsnit - De fleste gamle kinesisk-indonesiske relationer var handelsmotiverede og gennem deres fælles historie var de fleste harmoniske og fredelige, med en undtagelse. I 1293 sendte Kublai Khan fra Yuan-dynastiet en massiv ekspedition på 1.000 skibe til Java
at straffe den trodsige konge Kertanegara af Singhasari. Den flådeekspedition var imidlertid en fiasko, da Java i stedet blev Majapahit-imperiet. Havimperier som Srivijaya, Majapahit og senere Malacca søgte handelstilladelser for at etablere forbindelser med lukrative kinesiske markeder. Antallet af kinesiske indvandrere og kinesiske påvirkninger i øgruppen nåede et nyt højdepunkt med den massive Ming-dynasti søekspedition ledet af admiral Zheng He, der besøgte Java, Sumatra og den malaysiske halvø i begyndelsen af det 15. århundrede. Zheng He's oversætter Ma Huan skrev en detaljeret beskrivelse af Majapahit og hvor kongen af Java boede. Rapporten blev sammensat og samlet i "Yingya Shenglan", som giver et værdifuldt indblik i kulturen, skikke, også forskellige sociale og økonomiske aspekter af "Chao-Wa" (Java) i Majapahit-perioden. Den kinesiske flådeekspedition bidrog til etableringen af oversøiske kinesiske bosættelser i Indonesien, såsom Semarang, Tuban og Rembang, som har haft betydelige kinesiske befolkninger siden Majapahit-æraen.