I juni 1862 sluttede Jewett sig til Unionshæren for at kæmpe i borgerkrigen, og blev udnævnt til andenløjtnant i 9th Vermont Infantry. Den 3. august blev han taget til fange, og forblev en fange af Konføderationen i 25 dage. Jewett blev forfremmet til første løjtnant i maj 1863. Under sin tjeneste deltog han i slagene ved Harper's Ferry (13. og 15. september 1862), Newport Barracks (2. februar 1864), Chaffin's Farm (29. september 1864) og
Fair Oaks (27. oktober 1864). Han trådte tilbage i november 1864 og vendte tilbage til Vermont.