Bonaparte var søn af Lucien Bonaparte og Alexandrine de Bleschamp, og en nevø af kejser Napoleon I. Han blev født i Paris, men voksede op i Italien. Den 29. juni 1822 giftede han sig med sin fætter, Zénaïde, i Bruxelles. Kort efter ægteskabet rejste parret til Philadelphia i USA for at bo hos Zénaïdes far, Joseph Bonaparte. Før han forlod Italien, havde Carlo allerede opdaget en warbler, der var ny for videnskaben, den overskægede warbler, og på rejsen indsamlede han prøver af en ny storm-petrel. Ved ankomsten til USA præsenterede han et papir om denne nye fugl, som senere blev opkaldt efter Alexander Wilson.
Europa-Parlamentet