Den 29. juni 2015 vendte Kári tilbage til sit fødeland og underskrev en kontrakt på to et halvt år med Malmö FF. Malmö FF solgte deres to startcentralbacks i samme transfervindue, og han dannede et nyt centerback-par med Rasmus Bengtsson. Holdet fortsatte med at kæmpe i deres liga kampagne, men kvalificerede sig til 2015/16 UEFA Champions League gruppefase. I et hold med mange nyansatte spillere var Kári hurtigt blevet en leder og blev udnævnt til vice-kaptajn af Åge Hareide. Holdet var i stand til at komme tilbage til sine vindende måder i løbet af 2016 sæsonen
- Hvad? Med kaptajn Markus Rosenberg skadet, Kári bar armbåndet under den sidste titel løb og førte holdet til at sikre Allsvenskan titel med to kampe at spille.