Den vigtigste præstation under Arzú's formandskab var undertegnelsen af en fredsaftale med guerillagruppen Guatemalas Nationale Revolutionære Enhed, som satte en stopper for Guatemalas 36 år lange
Borgerkrig. Forhandlingerne havde været i gang siden 1990, og Arzú gav dem en ny impuls, da han mødte URNG i Mexico den 26. februar 1996. En våbenhvile blev indført den 20. marts, og der blev underskrevet forskellige fredsaftaler i løbet af året. Den 12. december blev der i Madrid undertegnet en aftale om legalisering af URNG. Den 18. december vedtog Kongressen en lov, der gav en delvis amnesti til de stridende, før den endelige aftale om en fast og varig fred blev underskrevet den 29. december.