Når krigen med Frankrig brød ud i 1809, fik von Hiller kommandoen over VI Armee Korps, der dækkede den venstre fløj af den østrigske hovedhær. Da kejser Napoleon I af Frankrig faldt på den østrigske venstrefløj den 20. april i slaget ved Abensberg, ankom Hiller og overtog kommandoen over V, VI og II Reserve Armeekorps. Beslaget ved Abensberg og den 21. april ved
I slaget ved Landshut blev han adskilt fra hovedhæren. Den 22. april blev ærkehertug Karl slået i slaget ved Eckmühl og trak sig tilbage til den nordlige bred af Donau. Uden at indse, at han var alene på den sydlige bred, angreb Hiller marskal Jean-Baptiste Bessières og vandt en mindre sejr i slaget ved Neumarkt-Sankt Veit den 24. april. Da han endelig indså, at oddsene var imod ham, trak han sig tilbage i god orden mod Linz fra 25. april til 3. maj. På sidstnævnte dato kæmpede han en brutal aktion med André Masséna's korps i slaget ved Ebelsberg. Dette nederlag tvang von Hiller til at trække sig tilbage over Donau ved Mautern.