Clarke blev indlagt på hospitalet i 1943 på grund af udmattelse og en hjertesygdom. Efter at være vendt tilbage fra sygeorlov, tjente han fra januar til oktober 1944 som stabschef for Commander Amphibious Training Command, Atlantic Fleet, som trænede besætninger til landgangen i Sicilien, Anzio, Normandiet og
Sydfrankrig. Flådeministeren, James Forrestal, underskrev en citation, der tildelte kaptajn Clarke en guldstjerne i stedet for en anden Legion of Merit for hans arbejde i denne "opgave af vital betydning... etablering og vedligeholdelse af en høj tilstand af kampberedskab af amfibiske skibe og håndværk".