Et år senere, i "Operation PBSuccess", hjalp CIA det lokale militær med at vælte den demokratisk valgte venstreorienterede regering af Jacobo Árbenz i Guatemala og installere militærdiktatoren Carlos Castillo Armas. United Fruit Company lobbede for Árbenz omstyrtelse, da hans jordreformer satte deres jordbesiddelser i Guatemala i fare, og malede disse reformer som en kommunistisk trussel. Kuppet udløste en årtielange borgerkrig.
Det anslås at have kostet 200.000 mennesker livet (42.275 individuelle tilfælde er dokumenteret), hovedsagelig gennem 626 massakrer mod mayabefolkningen begået af det USA-støttede guatemalanske militær. En uafhængig Historical Clarification Commission fandt, at amerikanske selskaber og regeringsembedsmænd "udøvede pres for at opretholde landets forældede og uretfærdige socioøkonomiske struktur", og at amerikansk militær bistand havde en "betydelig betydning for krænkelser af menneskerettighederne under den væbnede konfrontation".