Efter det kommunistiske statskup i 1948 var Zenkl under konstant overvågning af det kommunistiske statssikkerhedsapparat. Det lykkedes ham imidlertid at flygte med sin kone til Vesten i august 1948. I de følgende år blev han leder af den tjekkoslovakiske politiske eksilbevægelse. I 1949-1974 var han formand for eksilrådet for det frie Tjekkoslovakiet, baseret i Washington, DC. Efter kommunismens fald
I 1989 blev hans rester overført fra USA til Vyšehrad-kirkegården i Prag. I oktober 1991 blev han tildelt "in memoriam" ordenen Tomáš Garrigue Masaryk, II klasse, af præsident Václav Havel.