Efter monarkiets genoprettelse i 1660 fik Skotland sin kirk tilbage, men også biskopperne. Lovgivningen blev tilbagekaldt tilbage til 1633, hvilket fjernede Covenanter-vindingerne fra biskoppernes krige, men disciplinen i kirkens sessioner, presbyterier og synoder blev fornyet. Genindførelsen af biskopembedet var en kilde til særlige problemer i den sydvestlige del af landet, et område med stærke presbyterianske sympatier. Mange af folkene her forlod den officielle kirke og begyndte at overvære ulovlige forsamlinger på marken, der blev ledet af udstødte prædikanter, og som blev kendt som konventikler. Officielle forsøg på at undertrykke disse førte til et oprør i 1679, besejret af James, hertug af Monmouth, kongens uægte søn, ved
Slaget ved Bothwell Bridge. I begyndelsen af 1680'erne begyndte en mere intens fase af forfølgelse, i det, der senere blev kendt i protestantisk historiografi som "Killing Time", med dissidenter summarisk henrettet af James Grahams dragoner, Laird of Claverhouse eller dømt til transport eller død af Sir George Mackenzie, Lord Advocate.