Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Besat af Sovjetunionen efter Molotov-Ribbentrop-pagten i 1939, var det underlagt NKVD's hårde politik. Det ufærdige fængsel blev overtaget af NKVD i december 1939 og blev brugt til politiske fanger fra alle dele af det sovjetisk besatte Polen. Mellem 1500 og 3000 fanger blev holdt der under hårde forhold, og nye indsatte ankom efter at de tidligere var successivt blevet transporteret til Gulag og andre sovjetiske fængsler. I 1940 blev de fleste af de lokale polakker arresteret og flyttet til forskellige sovjetiske gulager og fængsler i hele Sovjetunionen. I 1941, efter udbruddet af den sovjetisk-tyske krig, blev omkring 550 fanger i Dubno-fængslet henrettet af NKVD, mens kun 8 af dem overlevede. Omkring den tid i nærheden af byen (og omkring Lutsk og Brody) blev der udkæmpet en stor tankkamp. I slaget ved Brody (1941)
Den tyske 1. Panzergruppe under Ewald von Kleist formåede at bryde modangrebet fra Sovjetunionens 9. og 19. Mekaniserede Korps og 8. Mekaniserede Korps. 8. Korps Tankgruppe indtog Dubno og holdt det i 5 dage, før det blev generobret af stærkere tyske styrker (under Konstantin Rokossovski, Nikolay Feklenko og D.I. Rybjasev, Kommandør for 8. Korps Tankgruppe var henholdsvis brigadekommissær N.K. Popel). Kort efter blev byen besat af Tyskland. Under besættelsen sprængte tyskerne det historiske rådhus fra det 18. århundrede i luften.