Moulessehoul blev født i 1955 i Kénadsa i den algeriske Sahara. Hans mor, der var af nomadisk herkomst, var stammens "hovedfortæller". Hans far, oprindeligt en mandlig sygeplejerske, sluttede sig til den algeriske nationale befrielseshær, da Algeriet begyndte at kæmpe for uafhængighed.
fra Frankrig. Han blev officer, men blev såret i 1958. Forældrene sendte deres tre sønner, niårige Mohammed og senere hans to yngre brødre, til kadetskolen Revolution i El Mechouar Palace, Tlemcen. Khadra beskriver begyndelsen af sin passion for at skrive i sin selvbiografi med titlen "The Writer", på denne måde var han i stand til at holde privatliv, som han savnede i cadet sovesale. Først ville han være digter på arabisk, men mødte en professor af fransk oprindelse.