Efter oberst Edward D. Bakers død ved Ball's Bluff, blev Wistar kommandør for 71. Pennsylvania, og blev forfremmet til oberst den 11. november 1861. Den 71. deltog i Peninsulærkampagnen i 1862, selv om det ikke er klart, om Wistar faktisk var til stede.
I slaget ved Seven Pines (31. maj og 1. juni) blev regimentet ledet af sin major, og under de syv dages slag (30 juni og 1. juli) blev det ledet af sin oberstløjtnant.