Han blev forfremmet til løjtnant i oktober 1899. Baird tjente i den anden boerkrig, og ankom til Sydafrika som en brigade signalering officer. Han var til stede ved Relief of Kimberley i februar 1900, kort efter at han deltog i slaget ved
Paardeberg og Poplar Gove, og de aktioner, der umiddelbart fulgte i Driefontein. Fra juli til november 1900 deltog han i Orange River Colony, herunder kampe ved Bothaville og langs Caledon-floden. Han blev forfremmet til rang af kaptajn i marts 1901, hvorpå Baird blev udstationeret til udenrigsministeriet i april. Hans handlinger under krigen fik ham nævnt i depatcher, samt at blive tildelt Dronningens Medalje. Han blev udnævnt til Companion of the Distinguished Service Order i september 1901.