Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Konfederationen skabte dog modstand blandt flere grupper i begge lande, der var utilfredse med udvandingen af nationale identiteter og af nabolandene. Mange peruvianske politikere, der var imod ideen om konføderationen, flygtede til Chile, hvor de fik støtte, og dette førte til konføderationens krig.
Chile erklærede krig den 28. december 1836, og Argentina gjorde det samme den 9. maj 1837. Den chilenske militære ekspedition mod Santa Cruz, ledet af admiral Manuel Blanco Encalada, mislykkedes og måtte underkaste sig undertegnelsen af Paucarpata-traktaten den 17. november 1837.