Zubtsov blev første gang nævnt i en krønik i 1216. På grund af sin beliggenhed på Volga kontrollerede den en af versionerne af handelsruten fra variger til grækerne. I middelalderen var det en grænsefæstning af Tverfyrstendømmet. Mellem 1318 og 1460 eksisterede et separat Zubtsovfyrstendømme med sædet i Zubtsov. Det var underordnet Tverfyrstendømmet. I 1460 blev det afskaffet og fusionerede tilbage til Tverfyrstendømmet. Storhertugdømmet Moskva annekterede det med resten af Tverfyrstendømmet i 1485. Efterfølgende var byen hovedsageligt vigtig som et hørhandelsmarked.
1485