I 1890 blev Crozier forfremmet til kaptajn. Under den spansk-amerikanske krig var han generalinspektør for forsvaret af Atlanterhavets og Golfkysten. I 1899 var han en af de amerikanske delegerede til fredskonferencen i Haag. Han tjente senere i
Filippinerne på staben af generalerne John C. Bates og Theodore Schwan, og i 1900 var chef for ammunition på staben af general Adna Chaffee under China Relief Expedition.