Den 1. juni 1862, mens han kommanderede en brigade i Fair Oaks.
Howard blev såret to gange i sin højre arm, som efterfølgende blev amputeret. (Han modtog Æresmedaljen i 1893 for sin heltemod ved Fair Oaks.) Brigadegeneral Philip Kearny, som havde mistet sin venstre arm, besøgte Howard og spøgte med, at de ville kunne købe handsker sammen. Howard genvandt hurtigt nok til at slutte sig til hæren til slaget ved Antietam, hvor han steg til division kommando i II Corps. Han blev forfremmet til generalmajor i november 1862 og overtog kommandoen over XI Korps den følgende april, hvor han erstattede generalmajor Franz Sigel. Da korpset hovedsagelig bestod af tyske indvandrere, hvoraf mange ikke talte engelsk, var soldaterne vrede på deres nye leder og krævede åbent, at Sigel blev genindsat.