Löhr efterfulgte general der Pioniere Walter Kuntze som øverstkommanderende for 12. armé den 3. juli 1942. Han blev udnævnt til Wehrmacht-kommandør i Sydøsteuropa den 1. august 1942, og fra den 28. december 1942 blev denne stilling genudnævnt til øverstkommanderende i Sydøsteuropa. De styrker under hans kommando blev også udpeget som Army Group E, og han blev udnævnt som dens øverstbefalende. I denne rolle kontrollerede Löhr alle underordnede kommandoer i Sydøsteuropa, herunder den øverstkommanderende general i Serbien (Paul Bader), den militære øverstkommanderende i Thessaloniki-Egeerhavet, den militære øverstkommanderende i det sydlige Grækenland, den øverstkommanderende på Kreta, den flådechef i Det Ægæiske Hav, den tyske befuldmægtigede general i den uafhængige stat Kroatien, den øverstkommanderende general for tyske tropper i Kroatien og den militære attaché i Sofia, Bulgarien. Löhr organiserede den fjerde og femte offensiv
De fleste af dem, der blev taget til fange, inklusive de sårede, blev myrdet på stedet. Som øverstbefalende for hærgruppe E overvågede Löhr kampagnen på Dodekaneserne. Den 26. august 1944, da de allierede var på vej mod Tyskland på tre fronter, beordrede Hitler Löhr til at begynde at evakuere Hærgruppe E fra Grækenland og flytte nordpå for at forsvare fædrelandet.