Efter sæsonen 2003/04 forlod Modrý Kings som ubegrænset fri agent og underskrev med Atlanta Thrashers. Han vendte tilbage til den tjekkiske Extraliga og spillede for HC Liberec under 2004-05 NHL lockout. Efter kun en sæson med Atlanta blev Modrý handlet sammen med Patrik Štefan til Dallas Stars for Niko Kapanen og et 7. runde udkast i 2006. Efter at have spillet halvdelen af 2006-07 sæsonen med Stars, sendte Dallas ham tilbage til Kings som en del af en deadline-dag aftale for at erhverve tidligere Kings holdkammerat Mattias Norström. Et år senere i den følgende sæson var Modrý på farten igen, da Kings byttede ham til Philadelphia Flyers for en
- Tredje runde i 2008.