Øgruppen består af 18 hovedøer, 3 mindre øer og 107 klipper og småøer. Øerne ligger ved Galapagos Triple Junction. Øgruppen ligger på Nazca-pladen (en tektonisk plade), der bevæger sig øst / sydøst, og dykker under den sydamerikanske plade med en hastighed på ca. 2,5 inches (6,4 cm) om året. Det er også på toppen af Galápagos hotspot, et sted hvor Jordskorpen smelter fra bunden af en mantelplume, der skaber vulkaner. De første øer blev dannet her for mindst 8 millioner og muligvis op til 90 millioner år siden. Mens de ældre øer er forsvundet under havet, da de flyttede væk fra mantelplummet, er de yngste øer, Isabela og Fernandina, stadig dannet.
18 hovedøer