Flaget blev oprindeligt udtænkt af NASA's planetarvidenskabsmand Pascal Lee under Haughton-Mars Project arktiske ekspedition til Devon Island, Canada i 1998. Ud over at symbolisere frihed som et trekolor flag, design fremkalder en vision af "fremtidig historie" af Mars, hvor planeten er omdannet fra rødt, til grønt, og derefter blå som Jorden. Den røde bar, som ligger tættest på masten, symboliserer Mars, som det er i dag. Den grønne og blå symboliserer stadier i den mulige terraforming af Mars, skal menneskeheden nogensinde have evnen og viljen til at påtage sig en sådan opgave; etikken af terraforming forbliver et spørgsmål om debat. Kim Stanley Robinsons populære science-fiction trilogi Mars, Red Mars, Green Mars og Blue Mars gav også inspiration til den menneskelige terraforming.
Mars