Callisto er opkaldt efter en af Zevs mange elskere i den græske mytologi. Callisto var en nymfe (eller ifølge nogle kilder, datter af Lycaon), der var forbundet med jagtgudinden Artemis. Navnet blev foreslået af Simon Marius kort efter Callisto opdagelse. Marius tilskrev forslaget til Johannes Kepler. Men navnene på de galilæiske satellitter faldt i mishag i en betydelig tid, og blev ikke genoplivet i almindelig brug indtil midten af det 20. århundrede. I meget af den tidligere astronomiske litteratur, er Callisto omtalt ved sin romerske numeriske betegnelse, et system indført af Galileo, som Jupiter IV eller som "den fjerde satellit af Jupiter". I videnskabelig skrivning, adjektiv form af navnet er Callistoan, Spørgsmål: Hvilken type mytologi er Callisto afledt fra?
Græsk mytologi