Udfyld følgende sætning: Omkring begyndelsen af det 16. århundrede, efter at Ribeira-paladset var blevet bygget ved siden af Tajo-floden, begyndte Alcáçova-paladset at miste sin betydning. Et jordskælv i 1531 beskadigede det gamle slot yderligere og bidrog yderligere til dets forfald og negligens. I 1569 beordrede kong Sebastian genopbygningen af de kongelige lejligheder i slottet med henblik på at bruge det som sin officielle bopæl. Som led i genopbygningen rev Filippo Terzi i 1577 et af tårnene nær hovedfasaden af Loreto-kirken. Men mange af værkerne blev aldrig afsluttet efter den unge konges tilsyneladende død under den
Slaget ved Alcácer Quibir. Den efterfølgende portugisiske dynastiske krise åbnede vejen for seksti års spansk herredømme, og slottet blev omdannet til militærbarakker og et fængsel. Den 30. december 1642 blev Teodósio de Frias den Yngre udnævnt til mesterbygger for at fortsætte de værker, som hans far, Luís de Frias, og hans bedstefar, Teodósio de Frias, havde påbegyndt. Dette var en del af en større plan fra de spanske styrker for at genoptage befæstningen.