Efter at Lino Červar blev cheftræner for det kroatiske mandlige håndboldlandshold i marts 2017, blev Horvat udnævnt til hans assistent. Som medlem af sin trænerstab deltog han i europæiske mesterskaber i 2018 og 2020, og i verdensmesterskaber i 2019
og 2021. Efter den sidstnævnte turnering, hvor Kroatien sluttede på 15. plads, trak Červar sig tilbage, og Horvat blev udnævnt til hans efterfølger som hovedtræner for Kroatiens mandlige håndboldlandshold.