Efter Rizals deportation oprettede mange filippinske nationalister Katipunan, et andet hemmeligt samfund, men denne gang med det formål at opnå uafhængighed fra Spanien gennem en revolution. Inspireret af Rizals værker organiserede Katipunan en væbnet modstand mod spansk herredømme, ledet af Andrés Bonifacio. Efter at Katipuns aktiviteter var blevet opdaget i august 1896, begyndte den filippinske revolution. Medlemmer af Katipunan gjorde oprør i Caloocan, etablerede Tagalog Republikken og erklærede en landsdækkende væbnet revolution. Rizal, som ikke selv havde nogen del i revolutionen, blev stillet for krigsret for oprør, oprør og sammensværgelse. Han blev dømt for alle anklager og henrettet af skydespillet. I 1897 blev Bonifacio afsat og henrettet af Emilio Aguinaldo, der overtog ledelsen af den revolutionære bevægelse. Efter at have drevet spanierne ud af øgruppen oprettede Aguinaldo efterfølgende et diktatur og erklærede uafhængighed. Men i Paris-traktaten blev Filippinerne officielt overdraget til USA, hvilket udløste en væbnet konflikt.
med den nyoprettede første filippinske republik.