Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da Sovjetunionen kollapsede to år efter Sacharov's død i 1989, fortsatte Bonner med sine menneskerettigheds- og politiske aktiviteter. Hun støttede oprindeligt præsident Boris Jeltsins regering og tjente på hans statslige menneskerettighedskommission, men blev kritisk over for hans regering i begyndelsen af krigen i Tjetjenien.
- Hvad? Hun var også kritisk over for Jeltsins efterfølger, Vladimir Putin, og var den første person til at underskrive en andragende mod ham i marts 2010.