Sydsudan har et klima svarende til et ækvatorial- eller tropisk klima, der er kendetegnet ved en regntid med høj fugtighed og store mængder nedbør efterfulgt af en tørre sæson. Temperaturen i gennemsnit er altid høj med juli som den koldeste måned med en gennemsnitstemperatur på mellem 20 og 30 ° C (68 og 86 ° F) og marts er den varmeste måned med gennemsnitstemperaturer på mellem 23 og 37 ° C (73 til 98 ° F). De fleste nedbør ses mellem maj og oktober, men regntiden kan begynde i april og strække sig til november. I gennemsnit er maj den vådeste måned. Sæsonen er "påvirket af det årlige skift i den intertropiske zone" og skiftet til sydlige og sydlige vinde til lidt lavere temperaturer, højere fugtighed og mere skydækning.
karakteriseret ved en regntid med høj luftfugtighed og store mængder nedbør efterfulgt af en tørre sæson