Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1985 medførte dårligt helbred (især alvorlig gigt i ryggen) at Kubelík trak sig tilbage fra fuldtidsdirigering, men kommunismens fald
i sit hjemland førte til, at han i 1990 tog imod en invitation til at vende tilbage for at dirigere det tjekkiske filharmoniske orkester ved den festival, han havde grundlagt, Prag Spring Festival. Han indspillede Smetanas "Má Vlast" live med det tjekkiske filharmoniske orkester for Supraphon, hans femte indspilning af stykket. Han indspillede også Mozarts "Prague" symfoni og Dvořák's "New World" symfoni på festivalen. Under prøven af "Den nye verden", sagde han til det tjekkiske filharmoniske orkester: "Det glæder mig at høre dette. Jeg har altid villet have det til at lyde sådan, men jeg har aldrig fundet det med noget andet orkester i verden. Den ottende [note] er fantastisk!"