To år senere, den 22. januar 1862, meldte William H. Paul sig til militær tjeneste i borgerkrigen i Philadelphia, Pennsylvania. Han blev derefter officielt indkaldt på Camp McClellan i Philadelphias Nicetown-Tioga-kvarter samme dag som en privat med Company E af 90th Pennsylvania Infantry. Militære optegnelser på det tidspunkt beskrev ham som en 20-årig Philadelphia-boer, der var 5 <unk> 3-1 / 2 <unk> høj med brunt hår, hassel øjne og en lys hudfarve. I slutningen af marts, efter grundlæggende træning, blev han transporteret med sit regiment med jernbane til Baltimore, Maryland, indkvarteret på Patterson Park Barracks, og udstyret med en ændret glat-boret musket, før han blev flyttet igen, via Washington, DC, til Aquia Creek Landing, og tildelt med sit regiment til 2. brigade, 2. division af den amerikanske hærs 1. korps under kommando af general Irvin McDowell. Marcheret til forskellige steder til støtte for Unionshærens operationer i de næste flere måneder, så Paul og hans kolleger fra 90th Pennsylvanians deres første større aktion i Slaget ved Cedar Mountain, Virginia (9 august 1862) under åbningen af Northern Virginia Campaign. Blev beordret til at ødelægge en jernbanebro ved Mitchell's Station den 15. august, de næste bevogtede Unionens hærs baggrunde, da den trak sig tilbage over Rappahannock-floden, og gav derefter støtte til Unionens artilleribatterier under det første slag ved Rappahannock Station (22. august - 25. august) før de gik videre til operationer i forbindelse med slaget ved Thoroughfare Gap (28. august). Efter at have kæmpet i det andet slag ved Bull Run (august 28-30) og slaget ved Chantilly
(1 september) blev de omdirigeret til Maryland-kampagnen under generalmajor Joseph Hooker, og derefter kæmpede de igen i slaget ved South Mountain (14. september).