Efter sin pensionering blev Ishii træner for Kashima Antlers i 1999. Han tjente hovedsagelig som fysisk træner. I juli 2015 blev manager Toninho Cerezo fyret, og Ishii blev ny manager. Han var den japanske manager for klubben for første gang i 21 år siden Masakatsu Miyamoto i 1994 (bortset fra den midlertidige Takashi Sekizuka i 1998 og 1999). I oktober vandt klubben Champions 2015 J.League Cup. I 2016 vandt klubben mesterskabet J1 League og kvalificerer sig til 2016 Club World Cup
- Hvad? Han blev også valgt til J.League Manager of the Year. På Club World Cup blev klubben det første asiatiske hold til at nå Club World Cup-finalen. I finalen, efter en 2-2-trækning mod europæiske mestre Real Madrid efter 90 minutter, blev de slået 4-2 efter forlængelse. Men klubens præstationer er dårlige i 2017, og han blev fyret i maj 2017.