I 2004 begyndte bandet at arbejde med Jay-Z for at producere et andet remix album, med titlen Collision Course. Albummet, der indeholdt blandede og baggrundsnumre fra begge kunstneres tidligere album, debuterede i november 2004. Shinoda dannede også Fort Minor som et sidoprojekt. Med Jay-Zs hjælp udgav Fort Minor sit debutalbum, The Rising Tied, til stor anerkendelse. Linkin Park deltog også i adskillige velgørenhedsarrangementer, især indsamlede penge til gavn for ofrene for orkanen Charley i 2004 og orkanen Katrina i 2005.
Bedste Rap/Sung samarbejde