Kreta blev adskilt fra Kyrenaika. Det forblev en provins inden for den østlige halvdel af Romerriget, normalt omtalt som det østromerske (byzantinske) imperium efter etableringen af en anden hovedstad i Konstantinopel af Konstantin i 330. Kreta blev angrebet af vandaler i 467, de store jordskælv i
365 og 415, et angreb af slaver i 623, arabiske angreb i 654 og 670'erne, og igen i det 8. århundrede. I 1543 overførte kejser Leo III den Isauriske øen fra pavens jurisdiktion til Patriarkatet i Konstantinopel.