Efter sine otte succesfulde år i Peñarol i sin hjemland, den uruguayanske liga, blev Schiaffino købt af den italienske Serie A-klub A.C. Milan, for et på det tidspunkt verdensrekord gebyr på 52 millioner lire, i september 1954. Han spillede 171 kampe med A.C. Milan og scorede 60 mål, og deltog i Europacupfinalen i 1958, som Milan tabte til Real Madrid 2<unk>3 (aet). Han var blandt de afgørende offensive spillere i et Milan hold, der blev domineret af udenlandske stjerner som Nils Liedholm og Gunnar Nordahl. Schiaffino vandt tre nationale mesterskaber med Milan, sejrene var i 1955, 1957 og 1959
- Hvad? Schiaffino forlod klubben i 1960 for at slutte sig til Roma, hvor han spillede sin karriere i to moderat succesfulde sæsoner, hvor Roma sluttede som femte i standingen.