Da proteiner er for små til at kunne ses under et lysmikroskop, skal der anvendes andre metoder til at bestemme deres struktur. Almindelige eksperimentelle metoder omfatter røntgenkrystallografi og NMR-spektroskopi, som begge kan producere strukturelle oplysninger med atomopløsning. NMR-eksperimenter kan dog give oplysninger, hvorfra et delmængde af afstande mellem atompar kan estimeres, og de endelige mulige konformationer for et protein bestemmes ved at løse et afstandsgeometriproblem.
elektronkrystallografi