Branch gik ind i den konfødererede hær i maj 1861 som menig i Raleigh Rifles. Senere samme måned accepterede han embedet som generalquartermaster, men sagde det op for at tjene i felten. I september blev han valgt til oberst for den 33. North Carolina. Han blev udnævnt til brigadegeneral i januar 1862. Efter slaget ved New Bern blev hans brigade knyttet til A.P. Hills division i Stonewall Jacksons korps. Han var brigadegeneral i Hill's division. Branch's brigade kæmpede i Slaget ved Hanover Courthouse, De Syv Dagers Slag, Cedar Mountain, Anden Manassas, Chantilly
, og Harper's Ferry