I august 2005 vendte han tilbage til Serie A med en overførsel til Internazionale på en fireårig kontrakt for rapporterede € 16 millioner gebyr. Han begyndte sit Inter eventyr ved at vinde Supercoppa Italiana i 2005.
Juventus, der kom ind i 63. minut, da "Nerazzurri" vandt i forlængelse takket være vinderen af Verón. Senere den 13. september debuterede han for sin nye side den 21. september ved at starte i 1-0 sejren over Chievo. Den 24. november, under en Champions League-gruppekamp mod Petržalka, spillede Samuel i en line-up på 11 udenlandske spillere på banen, med Luís Figo som den eneste europæer. Han sluttede sin første sæson i Inter med 42 optrædener i alle turneringer, hvor holdet vandt mesterskabet efter nedrykkelsen af Juventus på grund af matchfixing, og Coppa Italia ved at besejre Roma 4<unk>2 på aggregat, med Samuel spiller på begge finaler, og dermed fuldføre en uforudsete indenlandske treble.