Skorzeny tilbragte januar og februar 1945 i kommando over regulære tropper som fungerende generalmajor, hvor han deltog i forsvaret af de tyske provinser Østpreussen og Pommern og i forsvaret af Schwedt Bridgehead. Den 17. marts fik han ordre til at sabotere
Den sidste tilbageværende bro over Rhinen ved Remagen efter dens erobring af de allierede, men broen kollapsede samme dag, og den marine nedrivningskvadron, der var forberedt i stedet, angreb uden held en nærliggende allieret pontonbro mellem Kripp og Linz. Hitler tillod ham en af Tysklands højeste militære æresbevisninger, egetræblæerne til ridderkorset.