Skriv en fortsættelse til dette afsnit - No. 3 Squadron's længst tjenende kommanderende officer (CO) under krigen var Squadron Leader Bobby Gibbes, hvis tur varede fra februar 1942 til april 1943. Gibbes blev erstattet af eskadrilleder Brian Eaton, som ledede enheden indtil februar 1944. I denne periode deltog No. 3 Squadron i de allieredes invasioner af Sicilien
og Italien. Det blev omudstyret med P-51 Mustangs i november 1944 og fortsatte med at operere i Italien og Jugoslavien indtil slutningen af den europæiske krig i maj 1945. No. 3 Squadron's rekord på 25.663 operationelle flyvetimer og 217,5 fjendtlige fly ødelagt gjorde det til den højest scorende RAAF jager eskadrille.