Efter sæsonen 2012 blev Scutaro og Giants enige om en 3-årig kontrakt på $20 millioner, som blev officiel den 7. december 2012. I 2013 var Scutaro start anden baseman, med Tony Abreu og Nick Noonan som hans vigtigste backups. I 81 kampe i første halvleg slog Scutaro.316/.367/.400 med 2 HR, 22 RBI og 37 R, og han blev opkaldt til
2013 MLB All-Star Game. Scutaro spillede sin sidste kamp i 2013 den 15. september, og blev officielt lukket ned den 24. september. Han gennemgik en operation den 27. september, der indsatte en stift i sin venstre pinkie, der korrigerede hans hammerfinger, en skade, han led den 11. juni mod Pirates, da han blev ramt af Tony Watson. I 127 kampe i 2013 slog han.297/.357/.369 med 2 HR, 31 RBI og 57 R.