Under Barićs mandat blev de fleste af de resterende spillere fra "guldgenerationen" gradvist erstattet af yngre spillere i løbet af kvalifikationerne til Euro 2004. Kroatien fortsatte med at kvalificere sig til turneringen med en play-off-sejr mod Slovenien, og vandt 2<unk>1 på aggregat efter Dado Pršo's afgørende sene mål i andenleg. I finalen
i Portugal, Kroatien trak 0<unk>0 med Schweiz og 2<unk>2 med Frankrig kun at tabe til England 2<unk>4 og gennemgå en anden eliminering i gruppefasen. Barićs toårige kontrakt udløb i juni 2004 og blev ikke forlænget. Den tidligere kroatiske landsholdsspiller Zlatko Kranjčar, der blev udnævnt til at efterfølge Barić i juli 2004, førte holdet gennem VM-kvalifikationerne i 2006 uden at tabe en eneste kamp og toppede gruppen foran Sverige og Bulgarien. Lokale medier beskyldte ham for nepotisme for at vælge sin søn Niko Kranjčar til truppen. Ved VM i 2006 tabte Kroatien deres åbningskamp mod Brasilien og drev 0-0 med Japan, efter at Darijo Srna missede en straf i første halvleg. En 2-2-trækning med Australien, hvor tre spillere blev sendt ud, bekræftede Kroatiens udgang i gruppefasen. Spillet omfattede en fejl fra dommer Graham Poll, der gav tre gule kort til den kroatiske forsvarer Josip Šimunić, da han ikke kunne sende ham ud efter hans anden lovovertrædelse. Han erklærede senere, at han forvekslede Šimunić med en australsk spiller på grund af hans australske accent. Poll blev kritiseret for at have mistet kontrollen over kampen og trak sig tilbage fra dommerne bagefter.