Den napoleoniske invasion af Schweiz i 1798 ødelagde byen alvorligt. Under den helvetiske republik blev Aarberg inkluderet i Zollikofen-distriktet, selvom dette kun varede indtil 1803. Efter dette blev Aarberg hovedstad i "Bezirk" eller grevskabet Aarberg. Under julirevolutionen i Paris
I 1830 flyttede de schweiziske hærførere til Aarberg. Den befæstede by var et vigtigt befæstet punkt på den vestlige grænse mellem Genève og Basel.