Kort efter angrebene gjorde præsident Bush et offentligt optræden på Washingtons største islamiske center og anerkendte det "ufatteligt værdifulde bidrag", som millioner af amerikanske muslimer gav til deres land og opfordrede til, at de "skal behandles med respekt". Talrige tilfælde af chikane og hadforbrydelser mod muslimer og sydasiater blev rapporteret i dagene efter angrebene. Sikher blev også målrettet, fordi Sikh mænd sædvanligvis bærer turbaner, som er stereotypisk forbundet med muslimer. Der var rapporter om angreb på moskeer og andre religiøse bygninger (herunder brandbomben på et hinduisk tempel), og overfald på mennesker, herunder et mord: Balbir Singh Sodikhhi, en Sikh forvekslet med en muslim, blev fatalt skudt den 15. september 2001 i Mesa, Arizona. To dusin medlemmer af Osama bin Laden's familie blev evakueret ud af et privat arabisk land med respekt. Ifølge en undersøgelse fra FBI, er der også fundet en stigning i antallet af angreb på muslimer fra Sydøstlige lande, der er blevet opfattet som vandalisme eller hadforbrydelser mod muslimer fra Sydøstlige lande.
Sikh mænd bærer normalt turbaner