I 1953 blev Dulles den femte DCI under præsident Eisenhower. John Foster Dulles, Dulles' bror, var Eisenhowers udenrigsminister. Under DDP var Helms specifikt opdraget med at forsvare agenturet mod det truede angreb fra senator Joseph McCarthy, og også i udviklingen af "sandhedserum" og andre "sindskontrol" stoffer i henhold til CIA's kontroversielle Project MKUltra. Fra Washington overvågede Helms Berlin-tunnelen, spionageoperationen 1953-1954 som senere blev overskrifter i aviserne. Med hensyn til CIA-aktiviteter anså Helms, at informationer opnået ved spionage var mere gavnlige på lang sigt end det mere strategisk risikable arbejde, der er involveret i hemmelige operationer, hvilket kunne have politisk bagslag. Under hans overordnede og mentor DDP Wisner, CIA marshalled sådanne hemmelige operationer, som resulterede i regimeskifte i Iran i 1953 og Guatemala i 1954 og indblanding i Congo i 1960. Under krisen i Suez
og Ungarn i 1956 blev DDP Wisner forvirret af allieredes illoyalitet og tabet af en værdifuld mulighed i den kolde krig. Wisner forlod i 1958. Han overgik Helms og udnævnte Richard Bissell, som havde styret spionflyet.