To af flyene, American Airlines Flight 11 og United Airlines Flight 175, blev styrtet ind i henholdsvis det nordlige og sydlige tårn i World Trade Center-komplekset i Lower Manhattan. Inden for en og 42 minutter, begge 110-etagers tårne kollapsede. Debris og de resulterende brande forårsagede en delvis eller fuldstændig kollaps af alle andre bygninger i World Trade Center-komplekset, herunder 47-etagers World Trade Center 7 tårn, samt ti andre store omgivende strukturer. Et tredje fly, American Airlines Flight 77, blev afværget fra flyvning mod Pentagon (den amerikanske forsvarsministeriums hovedkvarter) i Washington D.C., og et fjerde fly, der blev styrtet ind i USA's forsvarshistorie, blev dræbt ved et terrorangreb i Washington D.C., og et fjerde fly, der blev styrtet ind i Pentagon (den amerikanske forsvarsministeriums hovedkvarter) i Washington D.C., blev dræbt ved et terrorangreb i USA's forsvarshistorie.
United Airlines Flight 93