I slutningen af 1826 vendte Bonaparte og hans familie tilbage til Europa. Han besøgte Tyskland, hvor han mødte Philipp Jakob Cretzschmar, og England, hvor han mødte John Edward Gray på British Museum, og fornyede hans bekendtskab med Audubon. I 1828 bosatte familien sig i Rom. I Italien var han ophavsmanden til flere videnskabelige kongresser, og han foredragte og skrev omfattende om amerikansk og europæisk ornitologi og andre grene af naturhistorie. Mellem 1832 og 1841 udgav Bonaparte sit værk om Italiens dyr, Iconografia della Fauna Italica. Han havde også udgivet Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e Filadelfia di Filadelfia (Pisa, 1827), der sammenlignede fuglearter i Philadelphia og italienske arter. Han kaldte slægten Zena Bonaparte efter sin kone, Zena, og fornyede sin bekendtskab med Audubon.
Audubon