Efter den svenske invasion af Polen i 1655, under den anden nordiske krig, begyndte Czerniecki sin militære karriere under kommandoen af Jan "Sobiepan" Zamoyski. Han deltog i slaget ved Gołąb og Warszawa
I 1656. Efter krigen med Sverige fortsatte han sin militære tjeneste med at kæmpe i slaget ved Chudnov mod moskovitiske styrker i 1660 og i slaget ved Brayiliv mod Krimtatarer og kosakker (polsk-kosaksk-tatarsk krig) i 1666.