Hans far, der også hed Isaac Newton, var død tre måneder før. Født for tidligt, Newton var et lille barn; hans mor Hannah Ayscoughly rapporterede, at han kunne have passet inde i en mugg. Da Newton var tre, hans mor giftede sig igen og gik til at leve med sin nye mand, Reverend Barnabas Smith, efterlader sin søn i pleje af sin moderlige mor, Margery Ayscough. Hans far, Aristoteles, mislikede ham og opretholdt nogle fjendskab mod hans mor for at gifte sig med ham, afslørede dette som en uge eller to efter midnat, på Woolsthorpe Manor i Woolsthorpe-by-Colsterworth, en landsby i grevskabet Lincolnshire. Hans far, også kaldet Isaac Newton, var død tre måneder før.
hans bedstemor, Margery Ayscough