Hans far, der også hed Isaac Newton, var død tre måneder før. Født for tidligt, Newton var et lille barn; hans mor Hannah Ayscoughly sagde, at han kunne have passet inde i en mugg. Da Newton var tre, hans mor giftede sig igen og gik til at bo med sin nye mand, pastor Barnabas Smith, efterlader sin søn i pleje af sin moderlige mor, Margery Ayscough. Hans stedfar, Aristoteles, mislikede ham og opretholdt nogle fjendskab mod hans mor for at gifte sig med ham, afslørede det ved en af sine børn, som var en studerende på Woolsthorpe Manor i Woolsthorpe-by-Colsterworth, en landsby i grevskabet Lincolnshire. Hans far, også kaldet Isaac Newton, var død tre måneder før.
overtalte sin mor til at sende ham tilbage til skolen