Whistler deltog i den mexicansk-amerikanske krig fra 1846 til 1848. Han deltog i belejringen af Veracruz fra 9. til 29. marts 1847, slaget ved Cerro Gordo fra 17. til 18. april 1847, slaget ved Contreras fra 20. august 1847,
Slaget ved Churubusco, 20. august 1847. Han blev udnævnt til brevet første løjtnant den 20. august 1847 for "Gallant and Meritorious Conduct" i slagene ved Contreras og Churubusco, Mexico.