Walker tilbragte sine første år i flåden først i britiske farvande under invasionen i 1779, og derefter i nordamerikanske farvande, hvor han deltog i de fleste af krigens afgørende søslag, især ved Chesapeake, St. Kitts og Saintes
- Hvad? Han nåede rang af løjtnant før fjendtlighedernes afslutning og tilbragte mellemkrigsårene med at rejse på kontinentet. Da han vendte tilbage til tjeneste med udbruddet af krigen med franskmændene, deltog han igen i mange af de vigtigste flådeaktioner i perioden, hvor hans tjeneste på den Gloriøse 1. juni sikrede hans forfremmelse til sine egne kommandoer. Hans karriere var næsten afsluttet med en beskyldning for at være ulydig, hvilket førte til hans afskedigelse fra flåden, men han blev genindsat i tide til at udvikle en plan for at undertrykke mytterierne ved Spithead og Nore. Han kommanderede et skib i slaget ved Camperdown, og et andet i slaget ved København, og tjente Nelsons ros for sine handlinger.