Katedralen overlevede jordskælvet i Nicaragua i 1931, da kun dens jernkjerne var blevet rejst på det tidspunkt. Fire årtier senere blev katedralen alvorligt beskadiget under jordskælvet i Nicaragua i 1972
, og bygningen blev efterfølgende fordømt, selvom den ikke blev revet ned. Afslutningen af katedralen førte til sidst til opførelsen af Metropolitan Cathedral of the Immaculate Conception of Mary, også kendt som den nye katedral i Managua, som blev afsluttet i 1993. Siden da har restaureringen af den gamle katedral vist sig at være mulig.