Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Obama øgede antallet af amerikanske soldater i Afghanistan i sin første periode, før han trak det meste af det militære personale tilbage i sin anden periode. Da han tiltrådte embedet, meddelte Obama, at den amerikanske militære tilstedeværelse i Afghanistan ville blive styrket med 17.000 nye tropper inden sommeren 2009, ud over de omkring 30.000 soldater, der allerede var i Afghanistan i begyndelsen af 2009. Forsvarsminister Robert Gates, udenrigsminister Hillary Clinton og stabschef Michael Mullen argumenterede alle for yderligere tropper, og Obama sendte yderligere soldater efter en langvarig gennemgangsproces. Antallet af amerikanske soldater i Afghanistan vil nå op på 100.000 i 2010. I 2012 underskrev USA og Afghanistan en strategisk partnerskabsaftale, hvor USA indvilligede i at overdrage større kampoperationer til afghanske styrker. Samme år udpegede Obama-administrationen Afghanistan som en vigtig ikke-NATO-allieret. I 2014 meddelte Obama, at de fleste tropper ville forlade Afghanistan i slutningen af 2016, med en lille styrke tilbage på den amerikanske ambassade. I september 2014 efterfulgte Ashraf Ghani Hamid Karzai som præsident for Afghanistan, efter at USA hjalp med at forhandle en magtdelingsaftale mellem Ghani og Abdullah Abdullah. Den 1. januar 2015 afsluttede det amerikanske militær Operation Enduring Freedom og begyndte Resolute Support Mission
, hvor USA skiftede til mere af en træningsrolle, selv om nogle kampoperationer fortsatte. I oktober 2015 meddelte Obama, at amerikanske soldater ville forblive i Afghanistan på ubestemt tid for at støtte den afghanske regering i borgerkrigen mod Taliban, al-Qaeda og ISIL. Generalstabschef Martin Dempsey besluttede at beholde soldater i Afghanistan som en del af en langvarig antiterror-operation, der strækker sig over hele Centralasien. Obama forlod embedet med omkring 8.400 amerikanske soldater tilbage i Afghanistan.