Efter Okinawa blev sikret, koncentrerede den tredje flåde sig om operationer mod Japan selv. Fra den 10. til den 29. juli 1945 støttede "Merrimack" angreb med overvældende styrke på japanske mål, hvilket fremskyndede afslutningen af krigen. Følgende
Efter Japans kapitulation den 15. august 1945 foretog "Merrimack" flere krydstogter mellem USA's vestkyst og Østasien med olie til skibe, der støttede besættelsen af Japan og opererede langs kysterne i Kina og Korea. Hun blev tildelt Military Sea Transportation Service (MSTS) i oktober 1949, kort før starten på pre-inaktivering overhaul. "Merrimack" blev taget ud af tjeneste den 8. februar 1950 og blev indsat i Atlantic Reserve Fleet ved Orange, Texas.