I marts 1941 blev Stott sendt med 2. Echelon til Egypten for at slutte sig til 1. Echelon af 2. Division, som havde været i landet siden februar 1940, og derefter til Grækenland for at deltage i
Grækenlands forsvar. New Zealanderne blev sammen med andre allierede styrker tvunget til at trække sig tilbage til øen Kreta efter den tyske intervention i Grækenland. Han blev såret og taget til fange under det efterfølgende slag ved Kreta.