Efter det britiske angreb på København i 1807 og udbruddet af kanonbådskrigen
Han tog et lille dansk skib, "Admiral Juul", og i aktionen den 2. marts 1808 engagerede HMS "Sappho"; briterne erobrede "Admiral Juul" og behandlede Jørgensen som en korsat. I 1809, mens han var i England på parole, foreslog han en købmand, at en rejse til Island kunne være rentabel, da øen på det tidspunkt led af fødevaremangel på grund af det danske monopol på islandsk handel. Jørgensen ledsagede Clarence som tolk. Denne sejlads lykkedes ikke at handle nogen varer, da skibet var britisk, og Danmark havde forbudt handel med Storbritannien. Kort tid efter ankom "Rover" til Reykjavík. Admiralitetsrådet havde sendt den for at forberede vejen for en anden britisk handelsrejse.