Mountjoys efterfølger i Irland var Sir Arthur Chichester. Irland forblev i en tilstand af en vis spænding, med en række utilfredse gælisk-irske allierede til kronen, der var vrede over Mountjoys generøse vilkår til jarlene af Tyrone og Tyrconnell, hvilket betød, at land, der var blevet lovet dem, nu var blevet genoprettet til jarlene. I 1607, et år efter Mountjoys død, fandt jarlenes flugt sted. Året efter angreb en tidligere regeringsallieret, Sir Cahir O'Doherty, og
Brændte Derry og startede O'Dohertys oprør. Flygtningen og oprøret førte til Plantationen af Ulster, noget som Mountjoy ikke havde forestillet sig, da han havde indgået fred i 1603.