Portugal nægtede at tilslutte sig det kontinentale system, og Spanien undlod at opretholde det, hvilket førte til halvøkrigen og udbruddet af krigen i den femte koalition. Franskmændene besatte Spanien og dannede et spansk klientkongerige, hvilket satte en stopper for alliancen mellem de to. Der fulgte snart en kraftig britisk indblanding på den iberiske halvø, mens en britisk indsats for at erobre Antwerpen mislykkedes. Napoleon overvågede situationen i Iberia, besejrede den spanske
, og udvise briterne fra halvøen. Østrig, der var ivrig efter at genvinde territorier, der var gået tabt under den tredje koalitionskrig, invaderede Frankrigs klientstater i Østeuropa. Napoleon besejrede den femte koalition ved Wagram.