Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Under Anden Verdenskrig tjente han som Resident-General i Marokko og øverstkommanderende i Fransk Nordafrika. Noguès blev forfærdet over nyheden om, at den franske regering søgte en våbenhvile.
med Tyskland. Den 17. juni 1940 telegraferede han til Bordeaux, hvor regeringen dengang var placeret: "Hele Nordafrika er forfærdet. Trupperne beder om at fortsætte kampen, hvis regeringen ikke har noget imod det. Jeg er klar til at tage ansvar for denne holdning med alle de risici, det indebærer", dvs. at bede om et hint til at fortsætte kampen. Han godkendte imidlertid ikke general Charles de Gaulles opfordring fra London den 18. juni til at fortsætte kampen og fortalte den britiske forbindelsesofficer, at han mente, at de Gaulles holdning var "uanstændig" og forbød den nordafrikanske presse at offentliggøre de Gaulles appel.