Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da borgerkrigen brød ud, blev Kirkland oprindeligt udnævnt til kaptajn i den konfødererede hær og derefter valgt til oberst i den 11. North Carolina Volunteers, senere udpeget den 21. North Carolina, i juni 1861. Han kommanderede sit regiment ved First Manassas som en del af brigadegeneral Milledge Bonhams brigade, men var ikke væsentligt engageret. I oktober blev den 21. North Carolina knyttet til Isaac Trimbles brigade, og det følgende forår deltog han i Stonewall Jacksons Shenandoah Valley-kampagne. Kirkland blev skudt gennem begge lår under det første slag ved Winchester
Han er ude af aktion i flere måneder. Under sin helbredelse tjente Kirkland som stabschef for Patrick Cleburne under Murfreesboro-kampagnen i december 1862.