Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Om udbruddet af den græsk-italienske krig
I 1940 pakkede Karouzou og hendes mand (sammen med andre arkæologer, museumsvagter og deres familier) museets samlinger væk for sikkerhed under Anden Verdenskrig. Karouzou mindede senere om at "det var med stolthed for vort folk at jeg blev forsikret om at der ved krigens afslutning, da kasserne blev åbnet og antikviteterne modtaget, på trods af [den] fatalt utilstrækkelige overvågning [af emballeringsprocessen] ikke var en eneste guldgenstand, ingen værdifuld perle manglede". Da Athen blev besat af den tyske hær i 1941, var Karouzous de eneste arkæologer i Grækenland der i protest trak deres medlemskab af det tyske arkæologiske institut tilbage. Efter afslutningen af Anden Verdenskrig var de ansvarlige for at geninstallere museets samlinger ved hjælp af de kataloger, Karouzou havde lavet; denne geninstallation blev afsluttet i 1947.