Halsey sendte TG 38.1 sydpå for at angribe japanske flyvepladser i området under invasionen af Morotai
Det begyndte den 15. men kaldte dem tilbage for at slutte sig til hovedparten af TF 38 før hans planlagte angreb på Manila den 21. september. "Hornet" fly deltog i den anden bølge af angreb på Manila Bay og sænkede den ældre destroyer. De amerikanske piloter hævdede at have skudt 110 fly ned og ødelagt 95 på jorden, selv om First Air Fleet faktisk mistede mindre end to dusin fly af alle årsager. TF38 hævdede at have sænket eller beskadiget syv olietankskibe, men japanske optegnelser viser, at ni blev sænket eller ødelagt. Dårligt vejr tvang de fleste af de planlagte luftangreb til den anden dag til at blive aflyst, men Halsey besluttede i stedet at angribe Coron Bay på Calamian-øerne, en ankerplads der ofte blev brugt af japanske olieskibe, på den anden side af Filippinerne med TG 38.1 og 38.3. "Hornet's air group ledte det kombinerede luftangreb, som sænkede to olieskibe, seks fragtskibe, adskillige eskorter og vandflyetender. TG 38.1 sejlede derefter til Seeadler Havn for at genopfylde og bytte Air Group 2 til Air Group 11. Clark forlod endelig "Hornet" den 1. oktober.