Efter sin eksamen fra USMA blev Hunter indsat og tildelt grænseopgave med 4. kavaleri. Han deltog i forskellige konflikter under de amerikanske indianerkrige fra 1877 til 1984. Under den spansk-amerikanske krig, blev Hunter såret ved
San Juan Hill. I 1903 blev Hunter stationeret i Filippinerne for at undertrykke oprøret. Han var igen stationeret i Filippinerne fra 1911 til 1914 på Fort McKinley. Hunter vendte tilbage til USA i juni 1914 og blev tildelt til at tjene som generalinspektør i Chicago, Illinois indtil august 1917.