Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Fra 1942 kunne Crüger være åben om sit medlemskab af Tysklands kommunistiske parti, og i 1943 påtog han sig ansvaret for at udgive en schweizisk version af tidsskriftet for den Moskva-støttede Bewegung für ein Freies Deutschland ("Bewegung Freies Deutschland"). I løbet af 1944 og 1945 opbyggede han aktivt støtte til bevægelsen Free Germany i schweiziske arbejdslejre og havde en stilling som schweizisk sekretær for bevægelsen, indtil den blev opløst i slutningen af 1945. På det tidspunkt var krigen slut.
I maj 1945 blev de vestlige to tredjedele af Tyskland opdelt i fire militære besættelseszoner. I januar 1946 vendte Herbert Crüger tilbage til Tyskland og slog sig ikke ned i sin tidligere hjemby Berlin, men i den amerikanske besættelseszone længere mod vest. Mellem 1946 og 1948 fungerede han som en højtstående embedsmand ("Regierungsrat") med ansvar for ungdomsvelfærd i ministeriet for arbejde og velfærd i den nyligt genoprettede regionale delstat Hessen. Hans stilling blev usædvanlig efter de regionale valg, der blev afholdt i december 1946, hvor det kommunistiske parti udførte dårligt, og som følge heraf trak de sig ud af de samarbejdsordninger med det regionale SPD, der indtil da havde været på plads. Det var mere end et år senere, før partiet instruerede Crüger til at træde tilbage fra sin regeringspost, hvilket han gjorde den 31. januar 1948.