I Republikanernes primærvalg i 2016 støttede Estrosi også Sarkozy som partiets kandidat til præsidentvalget i 2017. Ti måneder før valget kritiserede han og andre lokale konservative aggressivt indenrigsminister Bernard Cazeneuve for styrken af den nationale politistyrkes tilstedeværelse på natten til lastbilangrebet i Nice i 2016.
- Hvad? Midt i Fillon-affæren sluttede Estrosi sig i marts 2017 til Xavier Bertrand, Valérie Pécresse og andre i at opfordre Alain Juppé til at erstatte François Fillon som partiets kandidat. Han mødtes også med Emmanuel Macron under hans valgkamp.