Efter VM i 1990 blev landsholdstræner Óscar Tabárez erstattet af Luis Cubilla, der havde trænet den underudnyttede Francescoli i River Plate, da Francescoli først var ankommet til klubben år tidligere. Cubilla bragte en stærk følelse af nationalisme blandt uruguayanske fans på det tidspunkt, specielt af vrede mod landets atleter, der spillede i Europa, og antydede endda, at Francescoli, og også Rubén Sosa, Carlos Aguilera og Oscar Herrera, var "dinheiristas" ("lejesoldater"). Forfærdet nægtede de at spille, hvis Cubilla ikke trak sine kommentarer tilbage, og disse spillere blev udeladt fra Copa América i 1991. Uden de "europæiske" stjerner kollapsede Uruguay i første runde. Ved turneringen i 1993
De havde allerede kaldt spillerne tilbage til holdet. Selv om han var blevet kaldt op af Cubilla, blev Francescoli siddet på bænken i hele turneringen, og Uruguay blev endnu engang skuffet og led en eliminering i kvartfinalen. I en venskabelig kamp senere samme år, Francescoli gjorde sin første optræden for "Celeste" i mange år. I mellemtiden vandt sydamerikanske rivaler Argentina begge 1991 og 1993 udgaver af turneringen, og overhalede Uruguay som holdet med flest Copa América titler (14).