Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I begyndelsen af 1863 blev regimentet overført til Big Black River, hvor det bevogtede en bro. I marts flyttede regimentet til Grand Gulf, Mississippi, hvor mændene byggede befæstninger og styrkede forsvaret af Vicksburg, Mississippi. Den 5. april blev 3. Missouri Infantry, som en del af en større styrke, flyttet over Mississippi-floden ind i Louisiana, hvor de slog lejr nær Bayou Vidal i Tensas Parish. Den 8. april kæmpede enheden i en lille aktion på James 'Plantation i nærheden. Et forsøg fra rekognosceringsstyrken på at slå et stort slag mod unionsstyrkerne, der besatte området den 15. april, mislykkedes, da overraskelsesfaktoren for et planlagt angreb blev tabt. Den 17. april tvang ankomsten af Unionens flådeskibe de konfødererede til at vende tilbage til Mississippi. Regimentet blev derefter genforenet med forsvaret ved Grand Gulf. Slaget ved Grand Gulf
Den 29. april forsvarede 3. Missouri infanteriregiment en række riflegruber, der strakte sig mellem de to vigtigste konfødererede befæstninger. Enhedens position tillod mændene at skyde ind i vinduehullerne på Unionens flådes skibe, der bombarderede den konfødererede position. Regimentet mistede en mand dræbt og tre såret i slaget. Den konfødererede sejr forhindrede Unionens generalmajor Ulysses S. Grant i at lande en styrke på det tidspunkt, selv om Grant var i stand til at lande en stærk styrke syd for positionen. Brigadegeneral John S. Bowen, den konfødererede kommandant ved Grand Gulf, reagerede på Unionens landgang ved at sende en styrke til Port Gibson, Mississippi for at opfange Grant.