Den sidste fase af Vietnamkrigen fandt sted under Schlesingers regeringstid. Selv om alle amerikanske kampstyrker havde forladt Sydvietnam i foråret 1973, fortsatte USA med at opretholde en militær tilstedeværelse i andre områder i Sydøstasien. Nogle senatorer kritiserede Schlesinger og udspurgte ham skarpt under hans konfirmationshøringer i juni 1973 efter at han havde udtalt, at han ville anbefale genoptagelse af amerikanske bombninger i Nordvietnam og Laos, hvis Nordvietnam indledte en større offensiv mod Sydvietnam. Men da nordvietnameserne begyndte deres forårsoffensiv i 1975, kunne USA ikke gøre meget for at hjælpe sydvietnameserne, som kollapsede fuldstændigt, da nordvietnameserne
erobrede Saigon i slutningen af april. Schlesinger meddelte tidligt om morgenen den 29. april 1975 evakueringen fra Saigon med helikopter af det sidste amerikanske diplomatiske, militære og civile personale.