I august kommanderede Butler en ekspeditionsstyrke, der i samarbejde med USA's flåde tog
Fort Hatteras og Clark i North Carolina. Dette skridt, den første betydelige Union sejr efter første Bull Run, blev hyldet i Washington og vandt Butler anerkendelser fra præsident Lincoln. Butler blev derefter sendt tilbage til Massachusetts for at samle nye styrker. Det skubbede Butler ind i en magtkamp med guvernør Andrew, der insisterede på at opretholde sin myndighed til at udnævne regimentsofficerer, idet han nægtede at udnævne (blandt andre) Butlers bror Andrew og flere af generalens nære medarbejdere. Striden udløste en rekrutteringskrig mellem Butler og delstatsmilitsen. Uoverensstemmelsen forsinkede Butlers tilbagevenden til Virginia, men i november blev han i stedet tildelt kommandoen over landtropper til operationer i Louisiana.