Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Czisny sluttede tredje på Skate Canada International i 2008 i 2008-09 Grand Prix-serien bag Joannie Rochette og Fumie Suguri. På US Championships i 2009
Hun vandt det korte program med over fem point. Hun sluttede tredje i det lange program, men vandt guldmedaljen på grund af sin ledelse fra den korte. Czisny vandt sin første nationale titel, foran Rachael Flatt og Caroline Zhang. Hun tjente sin anden tur til de fire kontinenter og verdensmesterskaberne, hvor hun sluttede henholdsvis niende og elleve.