Stressen ved at køre løb året rundt og på flere kontinenter medførte til sidst helbredsproblemer for Stewart. Han vandt verdensmesterskabet i 1971 på trods af at han led af mononukleose og krydsede Atlanterhavet 186 gange på grund af medieforpligtelser i USA. I 1972-sæsonen missede han det belgiske Grand Prix.
På grund af gastritis måtte han aflyse planen om at køre en Can-Am McLaren, men vandt Argentinas, Frankrigs, USA's og Canadas Grand Prix, og kom på andenpladsen efter Emerson Fittipaldi i kørernes placering. Stewart kørte også i en Ford Capri RS2600 i European Touring Car Championship, sammen med sin F1-holdkammerat François Cevert og andre F1-piloter, på et tidspunkt hvor konkurrencen mellem Ford og BMW var på sit højeste. Deres bedste resultat var ved 6 timers Paul Ricard, hvor de blev nummer to. I 1972 modtog Stewart også OBE.