Historien følger Garde piloten Nagate Tanikazes eventyr, som levede i Sidonias underjordiske lag siden fødslen og blev opdraget af sin bedstefar. Han har aldrig mødt nogen andre, han træner sig selv i en gammel Guardian pilot simulator hver dag, til sidst mestrer det. Efter sin bedstefars død, han kommer til overfladen og vælges som en Guardian pilot, ligesom Sidonia igen trues af Gauna. Spørgsmål: Hvad er han valgt som efter hans bedstefars død?
Vogterpilot