Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1601 blev Týn konfiskeret af det kongelige kammer. I 1608 blev det forfremmet til en kongelig by af Rudolf II, men i 1621 efter Slaget ved Det Hvide Bjerg
, blev det returneret til Prager Aarkebiskop og blev igen en livegenskab by. Under trediveårskrigen blev byen gentagne gange brændt ned og ødelagt. Byen mistede 2/3 af husene og slottet. Nedgangen fortsatte efter krigen, og i 1680 blev byen ramt af en pestepidemi.