Halbertsma forventede derfor at blive udnævnt til professor i nederlandsk sprog og litteratur, og flere gange syntes en sådan udnævnelse næsten inden for rækkevidde, men hver gang glider den væk. Hans skarpe pen spillede sikkert en rolle i dette, men der var også andre grunde. I 1830 gik han glip af det overskud af ansøgere, der skyllede over Nederlandene fra de belgiske universiteter, som på det tidspunkt kun havde
Efter 1840 var der behov for en anden type videnskabsmand med en mere specialiseret viden end Halbertsma krævede. At han i 1837 blev tildelt en æresdoktorgrad i litteratur fra Leiden Universitet, var knap trøst for ham. Delvist på grund af disse skuffelser balancerede Halbertsma på kanten af en udbrændthed i lang tid, og især i 1839, da han blev overskredet endnu en gang, gennemgik han en dyb krise. Det var først i 1860'erne, da han var i halvfjerdsårene, at han synes at have opnået en tilstand af mental ro.