Khoury er også kendt for sine omfattende undersøgelser af byzantinsk anti-islamisk polemik. Hans udgave af dialoger mellem den byzantinske kejser Manuel II Palaiologos og en "uddannet perser" fik større opmærksomhed, da den blev citeret i en
2006 tale af pave Benedikt XVI, der udløste en verdensomspændende kontrovers.