Når III Korps blev afskaffet, blev Clarks batteri overført til Reserve Artillery i brigaden af major John A. Tompkins. I denne formation tjente Clarks batteri i de tidlige kampe i Overlandkampagnen. På tidspunktet for slaget ved Cold Harbor var Clarks batteri blevet overført til artilleribrigaden i II Corps under oberst John C. Tidball. Under belejringen af Petersburg forblev Clarks batteri i II Corp under Tidball og derefter under oberst John G. Hazard. Clark blev let såret ved
Andet slag ved Ream's Station i 1864. Senere eskorterede han tropperne i hans batteri, hvis tilmelding var udløbet, tilbage til Trenton, New Jersey, før han vendte tilbage til Petersburgs front. Tilbage i Petersburg var Clark ansvarlig for artilleriet på frontlinjerne i II Korps i december 1864.