Kommandoerne på begge flåder skiftede hænder efter Notium. På grund af tidsbegrænsninger på navarchens stilling blev Lysander erstattet af Callicratidas; på den athenske side bragte Alcibiades' fald også hans venner Thrasybulus og Theramenes ned, og den samlede kommando blev givet til Conon. I løbet af det næste år stødte flåderne sammen to gange, først i et slag, hvor Callicratidas med dobbelt så mange skibe som Conon besejrede athænerne og fangede dem i Mytilene; en athensk hjælpeflåde besejrede og dræbte derefter Callicratidas ved Arginusae. Disse athenske sejre viste sig dog værdiløse, for i 405 f.Kr. vendte Lysander tilbage til uofficiel kommando og ødelagde den athenske flåde ved Aegospotami
, og dermed afslutte Peloponneskrigen med Sparta sejrherren.