Den tyske hær vendte derefter sin opmærksomhed mod vest, og i april 1940 invaderede Danmark
- Hvad? "Schleswig-Holstein" blev tildelt den marine komponent af invasionsstyrken. Under invasionen blev skibet kortvarigt anbragt i Det Store Bælte, vest for Agersø. Efter operationen blev hun overført tilbage til træningsopgaver som flagskib for lederen af træningsenhederne. I slutningen af 1943 blev der igen overvejet en genaktivering af "Schleswig-Holstein". Til hendes fordel var det faktum, at hun bevarede nogle kulfyrede kedler i betragtning af den stadigt forværrede olieforsyningssituation. Den 1. februar 1944 blev skibet igen taget i brug, først som et træningsskib for kadetter, og senere i året dokkede det i Gotenhafen (Gdynia) til en refit. Hun skulle omdannes til et konvoj eskortskib med et stærkt forbedret luftvåben, men efter at være blevet ramt tre gange af Royal Air Force bombefly den 18. december 1944, hun til sidst grundlagt i lavvandet. Da skibet var permanent invalideret, blev besætningen sendt i land for at hjælpe med at forsvare Marienburg.