Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da Alexander Farnese, den fremtidige hertug af Parma, overtog ledelsen af hæren i 1578, var Nederlandene i stigende grad opdelt mellem det oprørske nord og de sydlige provinser, der stadig var loyale over for Spanien. Med ankomsten af et stort antal tropper fra Spanien satte Farnese sig for at konsolidere den spanske kontrol i syd, begyndende med Maastricht. Farnese indledte belejringen af Maastricht den 12. marts 1579. Han beordrede sine tropper til at sappe murene. Beboerne i Maastricht gravede også for at nå de spanske tunneler. Dybt under jorden fortsatte kampene. Hundredvis af spanske soldater døde da kogende vand blev hældt i deres tunneler. Andre døde af iltmangel da de hollandske forsvarere antændte ild i dem. Yderligere 500 spanske soldater døde da en mine, som de havde planlagt at bruge til at sprænge muren i luften, eksploderede for tidligt. Om natten den 29. juni formåede Farnese at komme ind i byen, mens de udmattede forsvarere sov. Spanske enheder, der brød byens mure, voldtog først kvinderne (hvoraf nogle, i kampen for at forsvare byen, havde overtrådt kønsrollerne og forspildt deres ret til nåde), og massakrerede derefter befolkningen. I 1585 havde Farnese generobret byerne Bruxelles, Gent og Antwerpen
, samt provinsen Brabant og det meste af Flandern. På dette tidspunkt blev hæren omdirigeret fra sin oprindelige funktion med at bekæmpe de nordlige oprørere til at løse problemet med England, i krig med Spanien. Farnese mente, at hæren kunne håbe på at krydse Kanalen i kraft, idet den var afhængig af et katolsk oprør i England for at støtte den; i stedet besluttede Philip at foretage et søangreb ved hjælp af den spanske armada i 1588. Flanderns hær rykkede mod Oostende og Dunkerque som forberedelse til en opfølgende manøvre over Kanalen til støtte for Armadaen, men nederlaget for den vigtigste flådestyrke satte en stopper for disse planer.