Fuldfør følgende sætning: Cena gjorde en overraskende tilbagevenden som den sidste deltager i Royal Rumble-kampen, hvor han vandt den, og det traditionelle WrestleMania XXIV-titelskud, ved sidst at eliminere Triple H. I stedet for at vente til WrestleMania, blev titelskuddet indløses mod den daværende WWE-mester Randy Orton på 2008's No Way Out i en kamp Cena vandt ved diskvalifikation og derfor ikke blev tildelt mesterskabet. Den følgende aften på "Raw" blev Cena placeret tilbage i WrestleManias WWE Championship-kamp, hvor han besejrede Orton i en ikke-titelkamp med Triple H som special guest referee, hvilket gjorde det til en triple threat-kamp mellem de tre mænd, hvor han blev pinnet af Orton. Ved Backlash, Cena undlod at genvinde titlen i en fatal fire-vejs eliminering kamp, hvor han blev elimineret af Orton. I løbet af den kamp eliminerede Cena JBL og fornyede deres strid fra 2005. Cena besejrede JBL på
Dommedag og så på One Night Stand i en First Blood match. Cena formåede heller ikke at genvinde WWE Championship fra Triple H på Night of Champions. Senere besejrede JBL Cena i en New York City Parking Lot Brawl på The Great American Bash i juli for at afslutte feeden. I den 4. august episode af "Raw", Cena blev en World Tag Team Champion for anden gang, teamet med Batista at besejre Cody Rhodes og Ted DiBiase, men ikke kunne fastholde mesterskabet den følgende uge mod de tidligere mestre. Cena tabte til Batista på SummerSlam. Kort efter blev Cena udnævnt til en af fire kandidater til CM Punks World Heavyweight Championship i Championship Scramble-kampen på Unforgiven, men han blev erstattet af Rey Mysterio efter at have lidt et hernieret skive i halsen i sin kamp på SummerSlam, som krævede operation. Cena gennemgik en vellykket operation for at reparere skaden.