Japanerne gik ind i krigen i december 1941 og da de rykkede sydpå mod Papua, blev 49'eren angrebet fra luften. Gennem Kokoda Track kampagnen
, blev der gjort et forsøg på at flyve elementer af bataljonen til Kokoda for at støtte den 39. bataljon under slaget ved Kokoda, men dette viste sig at være mislykket. Senere sluttede tropper fra 49th Battalion sig til Honner Force, en ad hoc-enhed, der havde til opgave at udføre langdistance patruljer langs Goldie River for at forhindre japanerne i at skære sporet, mens resten af bataljonen etablerede stående patruljer mellem Goldie og Laloki River. Selv om der ikke blev taget kontakt med japanerne, bidrog kamprollen til at forbedre soldaternes udsigter og moral. I løbet af de foregående måneder var bataljonens styrke blevet øget, og i september 1942 havde den en styrke på 37 officerer og 818 andre rækker, herunder et udkast på 12 officerer, der var blevet udstationeret fra erfarne Anden australske kejserlige styrke enheder i august. Bataljonen fortsatte med at udvide i løbet af oktober og november, hvorved mere end halvdelen af dets personale havde meldt sig frivilligt til at overføre til AIF. Uddannelsesmulighederne forblev dog begrænsede, selv mens der blev gjort forberedelser til at sende enheden i kamp. Omkring denne tid blev bataljonens maskingeværkompagni løsrevet og i forbindelse med flere andre militsmaskingeværkompagnier blev det brugt til at danne den 7. maskingeværbataljon.