Yuen modtog kritik fra aktivister for sin retsforfølgning af demonstranter og aktivister, herunder justitsministeriets ansøgninger om straffeanmeldelse af 16 aktivister, der var involveret i to protester i 2014. I august 2017 blev Demosisto-partis formand Nathan Law, generalsekretær Joshua Wong og tidligere generalsekretær for Hong Kongs Studenterforbund, Alex Chow, fængslet af Højesterets appelret, de studerende ledere, der stormede regeringens hovedkvarter i 2014, hvilket udløste Occupy pro-demokrati sit-ins.
- Hvad? De fik oprindeligt samfundstjenesteordrer og en betinget fængselsstraf i august 2016 af Retten i Første Instans, men Justitsministeriet besluttede at forfølge efter hårdere straffe ved at ansøge om en revision. Det blev rapporteret, at Yuen havde afvist anbefalinger fra øverste anklagere om, at regeringen ikke skulle søge strengere straffe. Han nægtede at bekræfte eller benægte rapporter, men afviste spekulationer om "politiske retsforfølgelser".