McCain var en hård modstander af Putins befrielse af Tjetjenien og beskrev det som "en blodig krig mod Tjetjeniens civile befolkning". Han erklærede: "Ja, der er tjetjenske terrorister, men der er mange tjetjenske, der kun tog til våben efter de grusomheder, der blev begået af russiske styrker, der først tjente under Boris Jeltsins og derefter Putins ordrer". Det er en af de vigtigste årsager til
Russiske lejlighedsbombninger havde noget at gøre med tjetjenere, og at der i stedet "forbliver troværdige beskyldninger om, at Ruslands FSB havde en hånd i udførelsen af disse angreb". Han beskyldte også Ruslands sikkerhedstjenester for politiske mord samt mord på uafhængige journalister.