Efter at have nået deres oprindelige mål, besluttede UMNO's ledere at blive mere involveret i den politiske proces, og at etablere deres organisation som et politisk parti til at kæmpe for uafhængighed. På samme tid besluttede det malaysiske kommunistparti (MCP) at lancere et væbnet oprør mod det, de betragtede som en marionetstat af briterne, hvilket kulminerede i den malaysiske nødsituation
som ville vare indtil efter uafhængigheden. Oprøret var præget af en klar racemæssig opdeling; modstanden mod oprøret var næsten udelukkende malaysisk, mens de, der blev set kæmpe i de kommunistiske rækker, næsten altid var kinesere. Dette forværrede racemæssige spændinger, hvilket førte til, at briterne rådede Onn Ja'afar til at arbejde sammen med andre malaysiske samfundsledere til gavn for malaysisk politik. Efter nogle uformelle møder mellem Onn, Tan Cheng Lock og E.E.C. Thuraisingham blev der til sidst oprettet et fællesskabssamarbejdsudvalg (CLC). CLC blev et omdrejningspunkt for den øverste echelon af malaysiske politikere i løbet af de næste par år, hamre ud forslag og kompromiser på en række spørgsmål, herunder statsborgerskab, uddannelse, demokrati, og løse den dødvande på "ketuanan Melayu". Det blev til sidst besluttet, at der skulle indgås en "aftale" mellem malayerne og ikke-malajerne; i bytte for at opgive "ketuanan Melayu" (refereret til som malayernes særlige stilling), ville malayerne modtage bistand fra ikke-malajerne til at lukke det økonomiske hul mellem de fattige og overvældende landlige malayer med de væsentligt bedre stillede og urbane ikke-malajer. Thuraisingham sagde senere: "Det er sandt. Jeg og andre mente, at de tilbagestående malajer skulle have en bedre aftale. Malaysere bør bistås med at opnå ligestilling med ikke-malaysere for at skabe en forenet malaysisk nation af ligestillede".