Fuldfør følgende sætning: Honda startede sæsonen med en guldmedalje ved Asian Trophy 2016. Hun blev tildelt til JGP-arrangementerne i Japan og Slovenien. I sin første turnering på JGP Yokohama, blev hun femte i det korte program og vandt fri skøjter med en junior verdensrekord på 128,64 point til at placere anden samlet. I sin næste begivenhed på JGP Ljubljana vandt hun endnu en sølvmedalje, hvilket kvalificerede hende til sin anden JGP-final. Hun trak sig dog tilbage fra finalen med sygdom som begrundelse. I november vandt hun bronzemedaljen ved
Japan Junior National Championships.