Fuldfør følgende sætning: Efter Anden Verdenskrigens udbrud meldte Honner sig ind i den anden australske kejserlige styrke (2nd AIF) den 24. oktober 1939. I december 1939 overtog han kommandoen over 'C' Company i 2/11th Battalion, en vest-australsk infanteribataljon, med rang af kaptajn. Honner og hans bataljon sejlede til Mellemøsten i april 1940 og ankom den følgende måned. Efter at have gennemgået træning i Palæstina gik Honners kompagni derefter i gang med at kæmpe i slagene i Western Desert-kampagnen mod italienerne ved
Bardia, Tobruk og Derna før de blev sendt til Grækenland efter den tyske invasion i april 1941. I Grækenland førte Honner sine mænd gennem en række kamptilbagetrækninger, da de blev skubbet tilbage af stærkere tyske styrker. Senere blev de evakueret til Kreta, hvor de deltog i den hårde kamp omkring Retimo. Honner førte derefter en gruppe over øen for at undgå at blive fanget, og efter at have mødt en ubåd fra Royal Navy, blev de evakueret til Alexandria. Han blev efterfølgende forfremmet til major, og for sit lederskab under kampene omkring Thermopylae i det tidligere græske felttog, blev han tildelt Militærkorset.