En lang periode med træning fulgte på Atherton Tablelands, da interallieret politik resulterede i begrænsede muligheder for beskæftigelse af australske tropper i hele 1944 og ind i 1945. Som følge heraf var det først i midten af 1945, at 2/32nd gik i kamp igen. Borneo-kampagnen viste sig i sidste ende at være deres sidste involvering i krigen. Under de indledende operationer for at erobre Labuan
, bataljonen forblev i reserve, og kom kun til land den 12. juni. Bataljonen blev transporteret fra Labuan til Padas Bay fire dage, den 16. juni, via landingsfartøjer, og deltog derefter i at fange Weston den næste dag. 2/32nd patruljerede derefter mod Beaufort og udførte et angreb på byen i samarbejde med 2/43rd Battalion den 26. juni for at sikre Weston-Beaufort jernbanelinjen. I løbet af begyndelsen af juli rykkede bataljonen frem mod Papar. Hovedforløbet blev foretaget langs jernbanelinjen med en flankerende bevægelse, der blev leveret af et kompagni, der gennemførte en amfibisk landgang mod syd; efter disse bevægelser blev byen efterfølgende taget den 12. juli 1945.