Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I modsætning til britiske hangarskibe, hvis flybrændstof blev opbevaret i separate cylindre eller coffer-dæmninger omgivet af havvand, havde alle førkrigs japanske hangarskibe deres flybrændstoftanker bygget integreret med skibets skrog, og "Shōkaku" var ingen undtagelse. De farer, dette medførte, blev imidlertid ikke tydelige, før krigstidens erfaring viste, at disse ofte var tilbøjelige til at sprække og lække, da stød og belastninger fra slag eller nær-misser på transportørens skrog uundgåeligt blev overført til og absorberet af brændstoftankerne. Efter nederlaget ved Midway
I midten af 1942 blev de tomme luftrum omkring Shōkaku's flybrændstoftanker, som normalt blev pumpet fyldt med inert kuldioxid, i stedet fyldt med beton i et forsøg på at beskytte dem mod mulig skade. Men dette gjorde ikke meget for at forhindre flygtige dampe i at sprede sig til hangardækkene i tilfælde af at der opstod skade, hvilket især blev demonstreret da "Cavalla" blev torpederet og sænket. "Shōkaku" opbevarede normalt 150.000 gallon avgas til operationel brug.