I 1861 meldte Irwin sig om bord på en skruefregat. Den amerikanske borgerkrig brød ud i april 1861, og Irwin oplevede en stor indsats mod de konfødererede styrker om bord på "Wabash". Under Irwins turné deltog "Wabash" i erobringen af Fort Hatteras og Clark
ved Hatteras Inlet, North Carolina, den 29. august 1861, før det blev flagskib for South Atlantic Blockading Squadron, en af de eskadriller, der var involveret i Unionens blokade af konfødererede havne. "Wabash" deltog derefter i erobringen af Fort Walker, Fort Beauregard og Port Royal Sound, South Carolina, i slaget ved Port Royal den 7. november 1861. Irwin var senere i kommando over båd haubitser "Wabash" placeret på land under slaget ved Port Royal Ferry, South Carolina, den 1. januar 1862, og var om bord på "Wabash" til slaget ved Fort Pulaski på Cockspur Island, Georgia, den 10.-11. april 1862. Han blev forfremmet til løjtnantkommandør den 16. juli 1862.