Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da borgerkrigen begyndte i 1861 sluttede Corput sig til den konfødererede hær. Han blev udnævnt til tredje løjtnant (1861) i "Cherokee Artillery" batteriet; en enhed rekrutteret fra Floyd og Cherokee amter. Flere af hans slægtninge sluttede sig også til enheden, og hans bror Felix var Quartermaster Sergeant. Enheden overgav sig under belejringen af Vicksburg, men vendte hurtigt tilbage til feltet bagefter. I 1864 var Corput blevet forfremmet til kaptajn og havde kommandoen over batteriet. Ved slaget ved Resaca
fire 12-punds Napoleon blev taget til fange. Corput selv blev krigsfange den 12. april 1865 i Salisbury, North Carolina. Han blev holdt som fange i Camp Chase, Ohio, indtil han blev løsladt i oktober.