Udfyld følgende sætning: Hamšík begyndte i
2012 Supercoppa Italiana, der blev afholdt i Beijing den 11. august; Napoli blev imidlertid besejret af Juventus 4-2 i forlængelsestiden. Senere samme måned, i Napoli's første liga-kamp i Serie A-sæsonen 2012/13, scorede Hamšík klubbens første mål og assisterede Christian Maggios strike i et eventuelt 3-0 nederlag over Palermo. Manglende førende målmand Edinson Cavani for klubbens kamp mod Chievo den 28. oktober 2012, Hamšík tilsluttet på en Juan Camilo Zúñiga kors for at give Napoli en 1-0 sejr. Den 6. januar 2013 spillede han sin 200. Serie A-optræden i en 4-1 hjemme sejr over Roma. På den anden sidste kampdag i Serie A-sæsonen, Hamšík indsamlet et pas fra Goran Pandev og skubbede bolden hjem i 93. minut, redder en 2 til 1 sejr over Siena, bekræfter klubben plads i gruppefasen af Champions League, mens dømme Siena til nedrykning. Slovakeren deltog i alle Serie A-kampe for Napoli i sæsonen 2012/13, hvor han scorede 11 mål og 14 assists, da "Partenopei" sluttede som nummer to bag regerende mester Juventus, en sæson, der viste sig at være manager Walter Mazzarris sidste i klubben, da han blev træner for Internazionale senere den sommer.