Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1940 gennemgik han uddannelse som på ubådskrig, og under den græsk-italienske krig
(1940-1941) han tjente om bord på ubåde, der foretog patruljer for at opfange italiensk skibsfart i Adriaterhavet. Den 31. december 1940 blev han forfremmet til løjtnant. I marts 1941 modtog han Krigskorset for sin tjeneste som officer om bord på ubåden "Nirefs". I april 1941, da den tyske invasion af Grækenland næsten havde overtaget landet, blev så meget af den græske flåde som kunne reddes sendt til det allierede Midtøsten. Engolfopoulos overtog kommandoen over "Nirefs" og førte sit skib til Mellemøsten, hvor han sluttede sig til den græske eksilregering. For dette initiativ modtog han sin anden krigskors den 14. september 1944. Derefter tjente han som ledende officer om bord på destroyeren "Pindos", med hvilken han deltog i Slaget om Middelhavet samt den allierede invasion af Sicilien (juli 1943) og invasionen af det sydlige Frankrig ("Operation Dragoon", august 1944). Han overtog selv kommandoen over destroyeren for en tid i 1944. Under det pro-kommunistiske flåde mytteri i april 1944 deltog han i de ombordstigningsafdelinger, der med magt tog kontrollen over skibene og undertrykte mytteriet.