Efter mongolernes erobring af Jin-imperiet
(1211 <unk> 1234), Huining Prefektur blev forladt. I det 17. århundrede brugte manchuerne byggematerialer fra Huining-provinsen til at bygge deres nye fæstning i Alchuka. Harbins område forblev stort set landligt indtil 1800-tallet, med over ti landsbyer og omkring 30.000 mennesker i byens nuværende bydele ved slutningen af det 19. århundrede.