Divisionen deltog i kamp mod den amerikanske hær under slaget ved Morotai.
fra september 1944 til krigens slutning. To bataljoner fra 211. infanteriregiment blev sendt til Morotai, som kun var en kort afstand fra Halmahera, for at udvikle en flyveplads i maj 1944, men disse blev trukket tilbage i juli 1944, da flyvepladsen blev opgivet på grund af dræneringsproblemer. Dette efterlod Morotai kun let forsvaret, da en stor allieret styrke landede der den 15. september 1944, og de allierede var i stand til hurtigt at sikre deres mål i øens sydvest. Elementer af 32. division, herunder 3. bataljon af 210. infanteriregiment og hele 211. infanteriregiment, blev transporteret til Morotai gennem en amerikansk flådeblokade mellem september og november 1944 i et forsøg på at angribe den allierede base, der blev udviklet på øen. Divisionen var dog ikke i stand til at lancere dette angreb, da tilstrækkelige forsyninger ikke kunne bringes gennem den amerikanske blokade. Som følge heraf trak de japanske tropper på Morotai sig tilbage til øens centrum, hvor mange døde af sygdom og sult.