Peale arbejdede undertiden på medaljer for regeringen, og tog sig af at udelukke Longacre fra processen. Under den mexicansk-amerikanske krig, Kongressen stemte en guldmedalje til generalmajor Zachary Taylor for hans sejre ved Palo Alto
og Resaca de la Palma. Peale graverede designet ud fra et portræt af William Carl Brown og en model af John T. Battin. Efter Taylor blev præsident, Peale designet sin indiske fredsmedalje; Peale også indgraveret indiske fredsmedaljer for præsidenter John Tyler og James Polk, arbejder fra design eller modeller af andre mænd. I 1846 designede og graverede Peale Coast Survey Medal (også kaldet George M. Bache-medaljen). Peale mente, at alle nationale mindesmedaljer, dem, der var godkendt af Kongressen, skulle have deres dies indlogeret på Philadelphia Mint, og blive slået der, og med Pattersons støtte opfordrede til udstedelse af medaljer til præsidenter, for hvem der ikke var blevet designet nogen indisk fredsmedalje, såsom John Adams og William Henry Harrison. Dette blev gjort, men ikke på Peales tid - for eksempel blev William Henry Harrison-medaljen designet af senere assistent og chefgraver George T. Morgan. Disse værker, ligesom Peale's Indian Peace Medals, er en del af Mint's Presidential-serie, som fortsætter til i dag.