Den langvarige konflikt udmattede republikkens økonomi, som var afhængig af den lukrative handel med Det Osmanniske Rige. I 1660'erne, på trods af øget hjælp fra andre kristne nationer, var krigs-udmattelse begyndt. Osmannerne på den anden side, der havde formået at opretholde deres styrker på Kreta og genoplivet under den dygtige ledelse af Köprülü-familien, sendte en endelig stor ekspedition i 1666 under direkte tilsyn af storvisiren. Dette var begyndelsen på den sidste og blodigste del af belejringen af Candia, som varede i mere end to år. Det endte med en forhandlet overgivelse af fæstningen, der beseglede øens skæbne og sluttede krigen med en osmannisk sejr. I den endelige fredsaftale beholdt Venedig et par isolerede øfæstninger ud for Kreta og opnåede nogle territoriale gevinster i Dalmatien. Det venetianske ønske om "hævn" ville kun føre til en ny krig 15 år senere.
, hvorfra Venedig ville komme sejrende. Kreta forblev imidlertid under osmannisk kontrol indtil 1897, hvor det blev en selvstændig stat; det blev endelig forenet med Grækenland i 1913.