John W. Dawson vendte tilbage til Joggins i sommeren 1853 uden Charles Lyell, der var blevet ansat til at arbejde for
Verdensudstillingen i New York i 1853. Dawson fortsatte med at undersøge Joggins Formation alene, og den 2. november 1853 sendte han sin færdiggjorte undersøgelse til Lyell. Dawson hævdede, at hans og Lyells fund matchede dem, der blev foretaget af William Logan, og i 1855 brugte Dawson ikke længere sin egen undersøgelse og begyndte kun at stole på Logans til reference. I en gennemgang af deres respektive undersøgelser i 2005 blev det fastslået, at Dawson og Lyells arbejde var mere nøjagtigt end Logans. "Hylonomus lyelli" blev opdaget ved Joggins Cliffs af Dawson og formelt beskrevet i 1859. Arten, der blev opkaldt efter hans kollega Charles Lyell, blev senere anerkendt som det ældste kendte krybdyr og blev gjort til Nova Scotias provinsfossil. En fossil sporvej Dawson opdagede i 1866 var på et tidspunkt menes at have været lavet af den største kendte hvirvelløse "Arthropleura", men Dawson fandt i sidste ende sporvej adskilt nok til at blive tildelt sin egen art: "Diplichnites aenigma". Dawson ville bruge en stor del af sin karriere på at studere Joggins-formationen og vendte igen tilbage i 1877, hvor han foretog en ekspedition finansieret af Royal Society for at søge efter flere eksemplarer indlejret i de fossile træer. Sprængstoffer blev detoneret ved Coal Mine Point, og det afslørede femogtyve lycopsid træer; af disse indeholdt femten hvirveldyr fossiler, der repræsenterer over hundrede eksemplarer, den største enkelt samling af palæozoiske tetrapoder, der nogensinde er fundet. Dawson og Lyell ville komme med mange teorier over årene for at forklare hvorfor så mange dyr ville samle sig der. Den første antydning var, at dyrene havde ligget i deres hule, men det blev også antydet, at de var døde et andet sted og var blevet skyllet ind i stammerne af vandet. Dawson kom til at tro, at dyrene var faldet ned i bagagerummet og døde der, uden at kunne flygte.