Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Under krigen med Rusland i 1654 og under den store nordiske krig (1700 og 1721) led Merkinė meget under russiske og svenske hære og mistede sin strategiske og økonomiske betydning. Merkinė blev brændt igen af den russiske hær under 1794 Opstanden
Det polsk-litauiske forbund forsøgte at befri det fra russisk indflydelse. I 1794 blev byens inventar flodhavn ved Nemunas flod nævnt, og også Nemunas og Merkys floder blev vurderet som egnede til navigation. I dokumenter fra det 19. århundrede blev Merkinė nævnt som et flodhandelscenter, hvor flodhandelsskibe blev bygget.