Efter at have tjent på denne station, blev Clay forfremmet til post-kaptajn den 29. april 1802. Han tjente fra den 20. juli 1805 til maj 1808 som regulerende officer i Belfast, og sluttede sig derefter til 98-gun som sin kommanderende officer. I denne periode var "St George" flagskibet for kontreadmiral Sir Eliab Harvey. Clay overtog derefter kommandoen over 98-gun den 6. februar 1809, med ordre om at vende tilbage til Østersøen som flagskib for kontreadmiral Sir Manley Dixon.
Krigen med danskerne var brudt ud efter det andet slag ved København i 1807, og en britisk flåde var stationeret i Østersøen under Sir James Saumarez. "Temeraire" ankom i maj 1809 og blev sendt for at blokere Karlskrona på den svenske kyst.