Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I Københavns Brand i 1728
, blev universitetsbiblioteket ødelagt, og 30.000 bind gik tabt i flammerne. Kun nogle af de materialer, der mod reglerne var blevet fjernet fra lokalerne af studerende og professorer, blev gemt. Efter branden blev biblioteket restaureret sammen med resten af Trinitatis-komplekset, og der blev taget skridt til at opbygge en ny samling. I 1730 testamenterede Árni Magnússon sin bog- og manuskriptsamling til biblioteket. Det omfattede især en omfattende samling af islandske og andre nordiske manuskripter, som sidenhen er blevet kendt som Arnamagnæan Manuscript Collection efter ham. Biblioteket indførte udlån i 1788.