Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Kun få dage før afslutningen af Afrika Cup 2010 i Angola, befandt Issa Hayatou sig midt i en kontrovers efter CAF's suspension af Togo's fodboldlandshold fra de næste to Afrika Cup of Nations. Hayatou anklagede den togolske regering for indblanding i den togolske fodboldforbunds anliggender, da holdet trak sig tilbage fra 2010-cupen før starten. Det togolske hold blev angrebet den 8. januar 2010
I forbindelse med en busrejse til Angola inden start af pokalturneringen, som resulterede i to dødsfald i Togo-delegationen. Den togolske kaptajn Emmanuel Adebayor og Togos træner Hubert Velud kritiserede Hayatou kraftigt, især for CAF's beslutning og opfordrede ham til at træde tilbage fra CAF's formandskab.