Under den nazistiske Tysklands periode (1933-1945) var der tre underlejre i koncentrationslejren i Stutthof i nærheden af byen: "Elbing", "Elbing (Org. Todt) og "Elbing (Schinau) ". Disse blev lukket, og mange af de tyske indbyggere i Elbing blev tvunget til at flygte, da den sovjetiske Røde Hær nærmede sig byen mod slutningen af Anden Verdenskrig (se Evakuering af Østpreussen
) Omkring 65% af byens infrastruktur blev ødelagt, herunder det meste af det historiske centrum. Byen blev erobret af den sovjetiske Røde Hær natten mellem den 9. og 10. februar 1945. I de første dage af belejringen flygtede det meste af befolkningen på omkring 100.000 mennesker. Efter krigens afslutning, i foråret 1945, blev regionen sammen med byen Elbing en del af Polen som følge af Potsdam-konferencen, og området blev bosat af polakker, efter at de resterende tyskere enten blev overført eller flygtede til Tyskland. Den 1. november 1945 var der 16.838 tyskere tilbage i byen.