Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Frankrig gav gradvist flere politiske rettigheder og repræsentation for de konstituerende territorier i deres to afrikanske føderationer, hvilket kulminerede i tildelingen af bred intern autonomi til hver koloni i 1958 inden for rammerne af det franske fællesskab. Til sidst opnåede Tchad fuld uafhængighed i august 1960, og Nigeria erklærede ligeledes uafhængighed i oktober 1960, og dermed blev deres fælles grænse en international grænse mellem to uafhængige stater. På en konference i N'Djamena i december 1962 blev det aftalt at respektere de eksisterende grænser inden for søen. Siden da er søen faldet dramatisk i størrelse, og meget, hvis ikke hele Tchad-Nigeria-grænsen løber nu over land, hvilket skaber problemer med grænseforvaltning og afgrænsning. I 1983 eskalerede tvister mellem Tchad og Nigeria om deres fælles grænse til kamp, efter at Nigeria sendte tropper til området med henvisning til chadiske elementers chikane af nigerianske fiskere, hvilket resulterede i, at 75 chadiske og ni nigerianske soldater blev dræbt. I de senere år har mange tusinde flygtninge krydset grænsen på grund af den igangværende Boko Haram oprør
i det nordøstlige Nigeria.