Efter plyndringen af Kiev af Andrej Bogolyubskij af Vladimir-Suzdal i 1169, efterfulgt af
Under den mongolske invasion af Rus' i 1240 faldt katedralen i forfald. Den blev også i høj grad beskadiget i det 16. århundrede, da det polsk-litauiske samfund forsøgte at forene katolske og ortodokse kirker. I denne periode var katedralen næsten i ruiner: dens tag forfaldt, og mange vægmalerier var væk.