Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Indtil denne tid havde byen Massalia bevogtet sin uafhængighed og tjent på sin alliance med Rom. Men i 49 f.Kr., da kampen om Rom's lederskab begyndte mellem Pompeius den Store og Julius Cæsar, traf lederne af Massalia den fatale beslutning om at støtte Pompeius. (Se Cæsars borgerkrig). Cæsar sendte straks en hær til Massalia og belejrede byen. Han byggede lange skyttegrave omkring byen, som han havde gjort mod gallerne ved Alesia
Og fældede ligurernes hellige skove for at bygge belejringstårne. Han havde også et dusin krigsskibe bygget i Arles, og hans nye flåde, ledet af hans legat Decimus Junius Brutus Albinus, besejrede den massalianske flåde ud for øerne i Frioul-arkipelaget og blokerede byen fra havet. Sygdomme hærgede befolkningen. I september 49 f.Kr. brød soldaterne fra Cæsars legat Trebonius murene i Massalia og erobrede byen. Massalierne betalte en høj pris for at støtte Pompeius; byen mistede sin uafhængighed, måtte overgive sine krigsskibe og skatkammeret og blev tvunget til at opgive alle sine territorier på kysten og i det indre, undtagen Stoechades-øerne og Nice.