Emory tjente som brigadekommandør i Army of the Potomac i 1862, og blev overført til det vestlige teater. Han blev forfremmet til brigadegeneral for frivillige den 17. marts 1862. Han kommanderede senere en division i Port Hudson-kampagnen. Han vendte efterfølgende tilbage til Østen som øverstbefalende for det nittende korps og deltog i alle de store slag i Shenandoah Valley-kampagnen i 1864.
, især i slaget ved Cedar Creek, hvor Emorys handlinger hjalp med at redde Unionshæren fra et ødelæggende nederlag indtil generalmajor Philip Sheridans ankomst.