Efter at være vendt tilbage til Polen i 1784, blev Kościuszko udnævnt til generalmajor i den polsk-litauiske Commonwealth Army i 1789. Efter den
Polsk-russisk krig i 1792 resulterede i Commonwealth's Anden Partition, han ledede et oprør mod det russiske imperium i marts 1794 indtil han blev taget til fange i Slaget ved Maciejowice i oktober 1794. Nederlaget for Kościuszko-oprøret i november førte til Polens tredje deling i 1795, som afsluttede Samfundet. I 1796 blev Kościuszko efter kejserinde Katarina II's død benådet af hendes efterfølger, kejser Paul I, og han emigrerede til USA. En nær ven af Thomas Jefferson, med hvem han delte idealer om menneskerettigheder, skrev Kościuszko et testamente i 1798, hvor han dedikerede sine amerikanske aktiver til uddannelse og frihed for de amerikanske slaver. Kościuszko vendte til sidst tilbage til Europa og boede i Schweiz indtil sin død i 1817. Udførelsen af hans testamente viste sig senere at være vanskelig, og midlerne blev aldrig brugt til det formål, Kościuszko havde til hensigt.