Efter krigen fortsatte O'Doherty i sin loyalitet over for kronen, men i 1608, efter en strid med den nye guvernør i Derry, rejste O'Doherty sig i oprør med slottet som sit hovedkvarter. Den
Brændingen af Derry i april udløste det, der blev kendt som O'Dohertys oprør. Som svar sendte Dublin-myndighederne tropper for at overtage O'Dohertys Inishowen-hjerteområder. Efter en belejring erobrede de Burt Castle og befriede de fanger, der blev taget i Derry, og som blev holdt der. Kort efter blev O'Doherty dræbt i slaget ved Kilmacrennan og oprøret kollapsede.