I det 13. og 14. århundrede blev Makedonien udfordret af det byzantinske imperium, Epirus' despotat, Thessaliens herskere og det bulgarske imperium, men det hyppige skifte af grænser resulterede ikke i nogen større befolkningsændringer. I 1338 blev det erobret af det serbiske imperium, men efter slaget ved Maritsa
I 1371 anerkendte de fleste af de serbiske herrer i Makedonien osmannisk overhøjhed. Efter erobringen af Skopje af de osmanniske tyrkere i 1392 blev det meste af Makedonien formelt indarbejdet i det osmanniske rige.