Efter Fort Donelson blev 41st Illinois tildelt 1. brigade i Stephen A. Hurlbuts 4. division i Army of the Tennessee. Kort efter at kampene begyndte i Slaget ved Shiloh
Den 1. brigades øverstbefalende, oberst Nelson G. Williams, blev alvorligt såret, og kommandoen over brigaden blev overdraget til Pugh. Oberst Pugh førte dygtigt brigaden gennem de to dages kamp ved Shiloh i nærheden af "Bloody Pond".