Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Da krigen begyndte at gå dårligt for Rumænien, da efteråret 1916 fortsatte, var ministeriet involveret i at organisere modstand mod den tyskledede besættelse, ødelægge petroleuminfrastrukturen, synke kornforekomster i Donau og sende den rumænske skat til Moskva. Da hæren begyndte at trække sig tilbage til Moldavien, blev Morțun beskyldt for hans håndtering af materiel evakuering, især af kornforsyningen. Han blev også kritiseret for ikke at have arbejdet på forhånd med at skabe et netværk af informanter i potentielt besatte områder. Han forlod regeringen lige efter slaget om Bukarest.
Det resulterede i, at hovedstaden faldt til centralmagterne, og det nationale lederskab flyttede til Iași. I løbet af sin efterfølgende tid som forsamlingspræsident overvågede han vedtagelsen i juni 1917 af reformer af forfatningen, der omfattede valg- og jordreformer, og ratificeringen i april 1918 af Bessarabiens forening med Rumænien. Han ejede en ejendom i Broșteni, Neamț County, uden for Roman; under bøndernes oprør i 1907 ødelagde en pøbel på omkring 400 bønder huset til sin jødiske lejer. Morțun selv, der levede til at se meget af sin ejendom eksproprieret, døde i Broșteni i 1919, og blev begravet på stedet.