For resten af 1990'erne følte Prokhanov sig forfulgt og marginaliseret. "Selv i sovjettiden havde jeg ry for at være en "Ode-sanger til staten", de kaldte mig "Hærens hovedkvarters nattergal". Nu er jeg dæmoniseret i alle deres ordbøger. Mens mine venner, som Anatoly Kim, fremstod som æstetikere, er jeg blevet præsenteret som en obskurantist. De rådede vestlige udgivere mod at oversætte mig, og satte mig under blokade", klagede Prokhanov, da han talte med Zakhar Prilepin. Tingene ændrede sig i begyndelsen af 2000'erne, da Prokhanov befandt sig blandt den russiske litterære elite, selvom hans prosa blev mere og mere morbid, surrealistisk og apokalyptisk. Som terrorangrebene i 1999 på boliger
Prokhanov beskyldte statens hemmelige tjenester for at have planlagt angrebene og baserede sin næste roman på disse mistanker. I 2002 vandt "Mr. Hexogen" (2001) National Bestseller Award.