Porter blev udnævnt til generaladjutant under Gideon J. Pillow, og hjalp til med at organisere den provisoriske hær i Tennessee. Efter at denne hær var blevet knyttet til den større konfødererede hær, blev Porter tildelt general Benjamin F. Cheatham. Som Cheathams stabschef deltog Porter i slaget ved Belmont.
Shiloh, Chickamauga, Missionary Ridge og belejringen af Atlanta.