Bryans nederlag i 1900 kostede ham hans status som den klare leder af Det Demokratiske Parti og konservative som David B. Hill og Arthur Pue Gorman flyttede for at genoprette deres kontrol over partiet og returnere det til politikken i Cleveland-æraen. I mellemtiden efterfulgte Roosevelt McKinley som præsident, efter at sidstnævnte var blevet
myrdet i september 1901. Roosevelt retsforfulgte antitrust-sager og gennemførte andre progressive politikker, men Bryan hævdede, at Roosevelt ikke fuldt ud omfavnede progressive årsager. Bryan opfordrede til en pakke af reformer, herunder en føderal indkomstskat, ren mad og lægemiddel love, et forbud mod virksomhedernes finansiering af kampagner, en forfatningsændring, der giver direkte valg af senatorer, lokalt ejerskab af forsyningsselskaber og statens vedtagelse af initiativet og folkeafstemningen. Han kritiserede også Roosevelts udenrigspolitik og angreb Roosevelts beslutning om at invitere Booker T. Washington til middag i Det Hvide Hus.