Efter udbruddet af borgerkrigen i 1862 trak han sig tilbage fra sin lovgivende plads for at melde sig til det 24. Iowa Frivillige Infanteri Regiment. Han meldte sig ind som men blev valgt til kaptajn for sit kompagni. Han forblev i hæren under hele krigen, og fik mindre sår i slagene ved Champion Hill (Mississippi) og Winchester.
(Virginia). Han blev forfremmet til major i september 1864 og oberstløjtnant i januar 1865 og blev mobiliseret i august 1865.