Fuldfør følgende sætning: Den 5. december 1990 blev Alomar og Joe Carter byttet til Toronto Blue Jays i bytte for Fred McGriff og Tony Fernández. Det var i Toronto, at han udviklede sig til en premier offensiv anden baseman, kombinerer en.300-plus batting gennemsnit med magt og høj ende hastighed på baserne. I 1991 udnyttede han sin fart med 11 tripler og 53 stjålne baser, hvilket førte holdet til sin første af tre på hinanden følgende playoff-optrædener. Året efter scorede han 105 runs, fik 87 walks, og havde en.405 på-base procentdel. I 1993 havde Alomar sin bedste sæson med Blue Jays, producerer 17 home runs (HR), 93 runs batted i (RBI), og 55 stjålne baser, mens batting.326, tredje i American League bag holdkammerater John Olerud og Paul Molitor. Han var en central figur i Torontos World Series-mesterskaber i 1992 og 1993; i Game 6 af 1992 World Series, scorede han seriens vindende løb på Dave Winfields to-run double i 11. inning. Alomar's matchbindende, niende-inning homerun mod Oakland's afløserass Dennis Eckersley, i Game 4 af
1992 American League Championship Series (ALCS), betragtes af mange som det vigtigste hit i klubbens historie, da holdets tre tidligere ture til ALCS var endt i skuffelse; han blev udnævnt til seriens mest værdifulde spiller (MVP). I 1995 spillede han 104 på hinanden følgende kampe uden at begå en fejl, hvilket satte en AL-rekord for andenbasemen. I hver af sine fem sæsoner med Blue Jays blev Alomar opkaldt til All-Star-holdet og vandt Gold Glove Award.