Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Efter at være vendt tilbage til Australien blev Wilton udnævnt til brigadegeneral med ansvar for administration ved hovedkvarteret Eastern Command, hans første administrative stilling. I november 1955 blev han tildelt Generalstaben ved AHQ, hvor han var ansvarlig for efterretning, operationer og planer og deltog i australske forberedelser til SEATO-øvelser. Han blev forfremmet til generalmajor den 24. marts 1957 og blev kommandant for Royal Military College, Duntroon. Selv om Wilton ikke var stærkt religiøs, betragtede han sig selv som ansvarlig for de yngre kadetters åndelige og moralske udvikling; han lagde vægt på regelmæssigt at deltage i kirkeparader, og i 1959 lancerede han personligt en appel om offentlige midler til at bygge kollegiets Anzac Memorial Chapel, som skulle åbne i 1966. Hans hovedmål var dog akademisk: Bekymret over, at kandidater risikerede at falde bagud efter deres stadig mere kvalificerede kolleger i industrien og den offentlige tjeneste, arbejdede han ivrigt på at gøre kollegiet til en grad-tildeling institution; dette blev realiseret i 1967. Fra juni 1960 til 1962 var Wilton chef for det militære planlægningsbureau på SEATO-hovedkvarteret i Bangkok. Han mente, at Thailand var strategisk afgørende, og erklærede: "Hvis du ønsker at holde Sydøstasien, skal du holde Thailand". Hans stilling tillod ham at observere den forværrede situation i Laos.
Det var en trussel om at sprede sig til Thailand, og de vestlige magters voksende fokus på Sydvietnam. Han blev udnævnt til Companion of the Order of the Bath (CB) i 1962-dronningens fødselsdags-honnør, især for sin "påfaldende hengivenhed til pligten og hans målbevidsthed" som kommandant for Duntroon. Den 21. januar 1963 blev Wilton forfremmet til generalløjtnant og blev chef for generalstaben (CGS), efterfulgt af generalløjtnant Sir Reginald Pollard. Han blev udnævnt til Knight Commander of the Order of the British Empire (KBE) i 1964 New Year Honours.