Ved udbruddet af borgerkrigen i april 1861 blev han udnævnt til flag officer i Atlantic Blockading Squadron. I august blev han sendt med tropper under general Benjamin F. Butler for at erobre to kystforter nær Cape Hatteras. I den efterfølgende kamp
, blev befæstningerne erobret uden tab, men ikke uden nogle vanskeligheder på grund af vejret, og flåden vendte tilbage til Fort Monroe til generel anerkendelse. Dette gav imidlertid snart plads til kritik af Stringham for ikke at tage sine skibe tættere på og fortsætte med at angribe langs kysten. Det faktum, at hans skibe drog for meget vand for at komme ind i de lavvandede kystområder, og at han direkte var blevet beordret til at vende tilbage straks, kom til sidst frem, men tilsyneladende for sent til at berolige hans irritation, da han den næste måned på egen anmodning blev fritaget for sin kommando. Som en lille kompensation den 1. august 1862 blev han forfremmet til rang af kontreadmiral på den pensionerede liste.