Greer blev forfremmet til løjtnant og tjente fra 1862 til 1863, og blev derefter tilknyttet kontreadmiral David Dixon Porters Mississippi Squadron. Mens han var kommandør på de pansrede skibe deltog han i Vicksburg-kampagnen og bombardementet af Grand Gulf.
såvel som den mislykkede Union Red River ekspedition i begyndelsen af 1864.