Efter udbruddet af borgerkrigen i 1862 trak han sig tilbage fra sin lovgivende plads for at melde sig i det 24. Iowa Volunteer Infantry Regiment. Han meldte sig ind som men blev valgt til kaptajn for sit kompagni. Han forblev i hæren gennem hele krigen, og fik mindre sår i slagene ved Champion Hill (Mississippi) og
Winchester (Virginia). Han blev forfremmet til major i september 1864 og oberstløjtnant i januar 1865 og blev mobiliseret i august 1865.