San Pedro Yepocapa har sin oprindelse i tiden før den spanske erobring af Guatemala
; oprindeligt var byen lige ved siden af Volcán de Fuego, men den måtte flyttes til et andet sted på grund af de mange udbrud af den. Den spanske soldat Antonio de Guzmán er krediteret med at være den, der fandt byen, da conquistadorerne ankom i 1520'erne.