2012/2013 sæsonen var et gennembrud år for Lisowski, da han kvalificerede sig til fem ranking turneringer, herunder verdensmesterskabet, og nåede sin anden finale som professionel. Den første turnering han nåede var Australian Goldfields Open ved at slå Dave Harold, og han tabte 2<unk>5 til Mark Davis i første runde i Bendigo. Han kunne ikke kvalificere sig til de næste to begivenheder, men besejrede derefter Chen Zhe og Joe Perry for at spille i UK Championship for første gang. I sin kamp mod Chen, Lisowski gjorde den første 147 i konkurrencedygtig spil i sin karriere. I den første runde af begivenheden i York tabte Lisowski 2 til 6 til Stuart Bingham. Lisowski slog Ian Burns og Jamie Burnett for at kvalificere sig til
China Open og så sejrede Zhou Yuelong for at komme videre til de sidste 32. Han spillede god ven Judd Trump og lavede en 131 break i 5 til 3 sejr, før han kom tilbage fra 2 til 4 ned til triumf 5 til 4 mod Mark Davis og nåede sin første rangering begivenhed kvartfinal. Men denne gang var det Lisowski, der lod en 4<unk>2 føring glide, da han tabte 4<unk>5 til Shaun Murphy, med Murphy, der erklærede, at snooker havde set fremtiden med Lisowskis præstationer i løbet af ugen.