Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Han meldte sig til det Andet Infanteriregiment med rang af anden løjtnant den 5. oktober 1846. Han blev overført til den nyoprettede 3. U.S. Dragoons den 9. april 1847. Han kæmpede i den mexicansk-amerikanske krig og blev citeret for tapperhed under slaget ved Churubusco.
og Molino del Rey. I den senere aktion meldte Thorn og flere andre officerer sig frivilligt til at flytte og tjene som besætning på et artilleri stykke under kommandoen af kaptajn Simon H. Drum, der havde en afgørende effekt på slaget. Han blev forfremmet til kaptajn den 8. september 1847 for denne handling.