Efter nederlaget ved folkeafstemningen om den første Lissabon-traktat blev Mullen udnævnt til medlem af underudvalget om europæiske anliggender, der skulle undersøge den politiske dødvande. Mullen var uenig i underudvalgets endelige rapport og anførte, at underudvalget ikke tog potentielle sammenstød mellem EU-lovgivningen og den irske forfatningslovgivning om socioetiske spørgsmål alvorligt som grund til at gøre det. Mullen foreslog, at for at Lissabontraktaten kan vedtages ved en folkeafstemning, skal der ved traktaten knyttes juridisk bindende garantier, der bekræfter Irlands suverænitet med hensyn til Irlands forfatningsmæssige holdning til retten til liv for ufødte børn, familien, uddannelse og religion. Han foreslog også, at både EU-lovgivningen og Irlands forfatning indgår sådanne grænser for at forhindre "kompetenceflugt" i fremtiden. Forslaget om juridisk bindende garantier blev til sidst taget op af den irske regering i forhandlingerne med EU som forberedelse til et andet forsøg på en folkeafstemning. Ved den anden folkeafstemning i Lissabon
Regeringen havde sikret garantierne, men der blev ikke foreslået nogen anden forfatningsændring som led i folkeafstemningen. Lissabontraktaten blev vedtaget ved anden anmodning med 67,1% for mod 32,9%.