Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I september 2006 holdt pave Benedikt XVI en tale om spørgsmålet om kristendommens "rimelighed" ved universitetet i Regensburg i Tyskland. I foredraget i Regensburg
Han talte om fornuft i troen og citerede ord fra den byzantinske kejser Manuel II Palaiologos fra det 14. århundrede, som paven udtrykte: "Vis mig, hvad Mohamed bragte, der var nyt, og der vil du kun finde onde og umenneskelige ting, som hans befaling om at udbrede den tro, han prædikede, med sværdet". Citatet blev stærkt kritiseret af muslimer over hele verden, herunder Pakistans parlament, som fordømte paven for hans kommentarer og krævede en undskyldning fra ham. Efter talen førte Choudary den 17. september en protest uden for Westminster Cathedral, hvor han fortalte journalister: "Den, der fornærmer Muhammeds budskab, vil blive udsat for dødsstraf". Metropolitan Politiet undersøgte hans kommentarer, men konkluderede, at "ingen væsentlige lovovertrædelser" blev begået under demonstrationen. Den skyggeindretlige indenrigsminister, David Davis, som havde opfordret til at der skulle træffes foranstaltninger mod Choudary, sagde: "Det er ret skammeligt. Det sender et budskab til muslimske ekstremister om, at vi som land ikke har det moralske mod til at stå op imod dem". Der er dog påstande om, at Choudary's britiske retshåndhævende myndigheder ved flere lejligheder havde tilstrækkelige beviser til at foretage en anholdelse. De blev forhindret i at gøre det, da han var central i de undersøgelser, der blev gennemført af de britiske sikkerhedstjenester.