Francisco Javier Arana Castro blev født den 3. december 1905 i Villa Canales, Guatemala. Hans forældre, Ángel María Arana og Margarita Castro, kom fra en middelklassefamilie. Han havde både spansk
og indfødte arv, og det sidste træk var visuelt mere fremtrædende. Han havde ingen formel uddannelse, men han var relativt veluddannet, og blev af sine samtidige beskrevet som klog og intelligent, og som en karismatisk og hyggelig person. Han blev beskrevet som en dårlig offentlig taler, men som en meget overbevisende mand i intime samtaler. I 1946, under den guatemalanske revolution, beskrev en medarbejder på den amerikanske ambassade hans politik som nationalistisk, samt at være lidt pro-amerikansk.