Yagüe blev herefter forfremmet til oberst og rykkede derefter frem mod Madrid og indtog Trujillo, Navalmoral de la Mata og Talavera de la Reina.
, men var ude af stand til at tage hovedstaden. Han deltog i Aragon-offensiven og tog kontrollen over Belchite, Caspe og Lérida. Han spillede også en ledende rolle i den nationalistiske sejr i slaget ved Ebro. I maj 1938 blev Yagüe fjernet fra sin kommando og fængslet for uforstandige bemærkninger, han gjorde i en tale i Burgos, kritisk over for Franco. Han var tilbage ved fronten inden for få uger.