Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den etniske konflikt begyndte at bryde ud i regionen. Den 5. juni 1919 blev 600 armenske indbyggere i landsbyerne omkring Shusha dræbt af aserbajdsjanske og kurdiske irregulære. Sultanov erklærede, at de irregulære ikke var under hans kontrol. I august 1919 blev Karabakh National Council tvunget til at indgå en foreløbig traktat aftale med den aserbajdsjanske regering, der anerkendte den aserbajdsjanske regerings myndighed, indtil spørgsmålet om den bjergrige del af Karabakh ville blive afgjort på Paris Fredskonferencen. På trods af at have underskrevet aftalen overtrådte den aserbajdsjanske regering kontinuerligt traktatens bestemmelser og anvendte endnu hårdere foranstaltninger mod den armenske befolkning. Generalguvernør Sultanov akkumulerede tropper i regionen og udstedte den 19. februar 1920 et ultimatum til armenierne om at acceptere betingelsesløs forening med Aserbajdsjan, og massakrerede derefter befolkningen i flere armenske landsbyer, herunder Khankendi. Et mindretal af repræsentanterne for Karabagh National Council samledes i Shusha for at acceptere Sultanovs krav, mens resten mødtes i det nærliggende Shushikend for at afvise ultimatummet. Konflikten kulminerede i et armensk oprør, som blev undertrykt af den aserbajdsjanske hær. I slutningen af marts 1920 blev den armenske halvdel af politiet rapporteret af en britisk journalist at have myrdet den aserbajdsjanske halvdel under sidstnævntes traditionelle Novruz Bayram-feriefestligheder. Det armenske overraskelsesangreb blev organiseret og koordineret af de armenske styrker. Den aserbajdsjanske vrede over dette overraskende angreb førte til sidst til massakren og udvisningen af hele den armenske befolkning i marts 1920
, hvor mellem 500 og 20.000 af den armenske befolkning i Shusha blev dræbt, og mange blev tvunget til at flygte, og den armenske halvdel af byen blev ødelagt.