Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Nord Halmahera, især Morotai, spillede en rolle i Anden Verdenskrig. Morotai-øen blev erobret af japanerne i begyndelsen af 1942. Morotai sydlige slette blev taget af amerikanske styrker i september 1944 under slaget ved Morotai
, og blev brugt som en opstillingspunkt for den allierede invasion af Filippinerne i begyndelsen af 1945, og af Borneo i maj og juni samme år. Den japanske soldat Teruo Nakamura blev opdaget i Morotai-junglen i 1974, som en af de japanske soldater fra Anden Verdenskrig, der holdt ud efter den japanske hærs kapitulation. Morotai-øen er siden 2009 ikke længere en del af North Halmahera Regency.