Foreløbig planlægning for et angreb på Pearl Harbor for at beskytte flytningen ind i "Southern Resource Area" (den japanske betegnelse for det hollandske Ostindien og Sydøstasien generelt) var begyndt meget tidligt i 1941 under ledelse af admiral Isoroku Yamamoto, der dengang kommanderede Japans kombinerede flåde. Han vandt samtykke til formel planlægning og træning til et angreb fra den kejserlige japanske flådes generalstab kun efter meget strid med Naval Headquarters, herunder en trussel om at træde tilbage. Planlægningen på fuld skala var i gang i begyndelsen af foråret 1941, primært af kontreadmiral Ryūnosuke Kusaka, med bistand fra kaptajn Minoru Genda og Yamamotos vice stabschef, kaptajn Kameto Kuroshima. Planlæggerne studerede
1940 britiske luftangreb på den italienske flåde ved Taranto intensivt.