Når den amerikanske borgerkrig begyndte i 1861, brugte de konfødererede tropper Windsor-hyttegårdens kuppel som observationsplatform og signalstation. I foråret 1863 landede Ulysses S. Grant og 17.000 unionssoldater i havnen i Bruinsburg og tog kontrol over Windsor-lejren som en del af hans Vicksburg-kampagne. Efter den
I slaget ved Port Gibson blev palæet brugt af Unionens tropper som hospital og som observatørstation. Daniell-familien fik lov til at bo på tredje sal i palæet under Unionens besættelse.