Barney blev udnævnt til løjtnant i den konfødererede flåde den 2. juli 1861. Han kommanderede CSS "Jamestown" under slaget ved Hampton Roads, det berømte slag med den amerikanske flåde, hvor han erobrede to brigger og en Accomac-skooner ud for Newport News Point, mens CSS "Virginia" holdt Unionens flådes opmærksomhed. Efter den konfødererede evakuering af Norfolk blev "Jamestown" sænket for at blokere James-floden ved Drewry's Bluff. I det efterfølgende slag ved Drewry's Bluff
I den amerikanske krigstid, hvor konfødererede kystbatterier drev en unionsflåde mod Richmond, blev "Jamestowns" kanoner betragtet som den vigtigste faktor i at slå fjendens skibe tilbage. Efter slaget modtog han ros fra den konfødererede kongres og blev forfremmet til kommandør.