Der blev også gjort en indsats for at forsvare de portugisiske oversøiske territorier i Afrika, Asien og Oceanien. Selv om flåden og militæret altid var begrænset i forhold til et så stort antal territorier, var det stadig muligt at opretholde integriteten for det store flertal af dem. Den største undtagelse er det portugisiske Timor, som blev besat af australske og hollandske styrker i december 1941, angiveligt for at forsvare det mod en mulig japansk invasion. Efter protester fra den portugisiske regering blev der opnået en aftale om, at de allierede styrker skulle trække sig tilbage fra portugisisk territorium efter ankomsten af de portugisiske militære forstærkninger, der blev sendt fra Mozambique om bord på aviso og transportskibet "João Belo". I februar 1942, da de portugisiske forstærkninger stadig var på vej, brugte japanerne påskud af den australske og hollandske invasion til at invadere portugisisk Timor, overraskede de allierede styrker og tvang dem til at trække sig tilbage til bjergene. Dette udviklede sig til slaget om Timor
, kæmpede fra 1942 til 1945.