Efter en periode som instruktør i Storbritannien vendte Plagis tilbage til aktion i september 1943 som kommandør for No. 64 Squadron, der fløj Spitfire Mk VCs over det nordlige Frankrig. Han overtog kommandoen over No. 126 (Persiske Golf) Squadron i juni 1944 og førte mange angreb på tyske positioner under invasionen af Frankrig og den
Han blev skudt ned over Arnhem under operationen "Market Garden", men kun let såret. Efter konvertering til Mustang III'er, kommanderede han en fløj baseret på RAF Bentwaters, der støttede bombning missioner. Han sluttede krigen med rangen af eskadrilleder og forblev hos RAF bagefter, hvor han betjente Gloster Meteors som leder af No. 266 (Rhodesia) Squadron.