Begyndende i 1948 arbejdede Henkin på De Forenede Nationers kontor i det amerikanske udenrigsministerium, hvor han var en af de personer, der var ansvarlige for konventionen om flygtninges status i 1951, en aftale, der etablerede den internationalt aftalte definition af, hvad der udgør en flygtning, og fastsatte kravene til lande om at give asyl til personer, der er udpeget som sådanne. Han forlod udenrigsministeriet i 1956 for at undervise i et år på Columbia University om atomnedrustning, som blev emnet for hans bog fra 1958 "Arms Control and Inspection in American Law". Han underviste på University of Pennsylvania fra 1958, og fortsatte sit arbejde, der blev udgivet som "The Berlin Crisis
og De forenede Nationer" i 1959 og bogen "Disarmament: The Lawyer's Interests", som blev udgivet i 1964.