I løbet af 2006 scorede Heidfeld point flere gange for sit nye hold. I Melbourne kom han som nummer to, indtil sikkerhedsbilen kom ud. Han endte som fjerde. I Indianapolis blev han elimineret i en spektakulær første runde ulykke, som så medkørere Scott Speed, Jenson Button, Kimi Räikkönen og Juan Pablo Montoya også gå ud. Heidfelds bil blev kastet ind i en firedobbel rulle, men han og de andre chauffører kom uskadt væk. Ungarns Grand Prix
Heidfeld gav BMW Sauber deres første podium og bedste resultat i år, da han sluttede som tredje, selvom han kun havde kvalificeret sig som tiende på startlinjen.