Passage: Doom 3 er et historie-drevet action spil, der spilles fra et førstepersons perspektiv. Som med tidligere Doom spil, er det vigtigste mål at succesfuldt passere gennem dets niveauer, besejre en række fjendtlige figurer, der har til hensigt at dræbe spillerens karakter. Doom 3s mere historie-centrerede tilgang betyder dog, at spilleren ofte møder venlige ikke-spiller figurer, der giver nøgle plot information, mål og inventar elementer. Spillet indeholder ti våben til spillerens brug for at overleve, herunder konventionelle skydevåben som en maskingevær, haglgevær og granater, eksperimentelle plasma våben, og den kraftfulde BFG 9000 og motorsag våben i Doom franchisen.
BFG 9000 og motorsagvåben