Efter Yazid døde midt i borgerkrigen, støttede Zufar Abd Allah ibn al-Zubayr's forsøg på at rive kalifatet fra Umayyaderne, udvise den Umayyadiske guvernør i Jund Qinnasrin og sende Qaysi tropper til at støtte den pro-Zubayrid guvernør i Damaskus al-Dahhak ibn Qays al-Fihri. Sidstnævnte blev dræbt og Qays knust af Umayyaderne og deres stammeallierede fra Banu Kalb, rivaler til Qays, ved slaget ved Marj Rahit
I 684. Derefter oprettede Zufar hovedkvarter i den jaziraniske by Qarqisiya (Circesium) og førte Qays-stammerne mod Kalb, og lancerede flere angreb mod sidstnævnte i den syriske ørken. I 688-689 blev han indblandet i en konflikt med Taghlib-stammen til støtte for sin Qaysi-allierede Umayr ibn al-Hubab fra Banu Sulaym, på trods af tidligere bestræbelser på at udbedre deres fjende. Efter at have modstået tre belejringer fra 685 til 691 forhandlede Zufar en fred med den omayyadiske kalif Abd al-Malik (r. 691), der opgav Ibn al-Zubayr's sag til gengæld for privilegier i det omayyadiske hof og hær, samt benådninger og kontanter til hans Qaysi-partisaner, der blev integreret i militæret. Freden blev beseglet ved ægteskabet mellem Zufars datter al-Rabab og kalifens søn Maslama. Under Abd al-Maliks efterfølgere arvede Zufars familie hans højtstående position og prestige i den omeyadiske regering og hans fremtrædende stilling blandt Qays. I 750 førte hans barnebarn Abu al-Ward et mislykket Qaysi-oprør mod Umayyadernes efterfølgere, abbasiderne, hvor han og flere familiemedlemmer blev dræbt.