Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Nebrija blev født i en "hidalgo" familie i Nebrixa, en by nu kaldet Lebrija i provinsen Sevilla. Hans forældre var Juan Martínez de Cala og Catalina de Xarana. Han var det andet af fem børn. Der er en vis usikkerhed om hans fødselsdato. Nebrija skrev, at han blev født året før slaget ved Olmedo
Han skriver, at han blev født i 1445. Men andre steder skriver han, at han ikke er født i 1444. Traditionelt er 1444 blevet accepteret som hans fødselsår.