Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 6. maj 2002 ni dage før valget Fortuyn blev myrdet
af en 32-årig miljøaktivist i Hilversum. Et par relativt mindre optøjer brød ud i Haag, hvor Melkert var på det tidspunkt, og opfordrede ham til at forlade byen hurtigt. Efter at have modtaget dødstrusler, deriblandt en ladt pistol i posten, gik han og hans familie midlertidigt i skjul. Melkerts PvdA mistede næsten halvdelen af sine pladser, og faldt fra 45 til 23 i Repræsentanternes Hus med 150 pladser. Partiet faldt fra 1. til 4. plads. Melkert trådte tilbage som politisk leder på valgnatten og blev erstattet af den tidligere formand for Repræsentanternes Hus, Jeltje van Nieuwenhoven. Melkert forblev i parlamentet i kort tid efter. Hans sidste store parlamentariske debat handlede om Den Europæiske Unions tilstand.