Efter mere end et år var bataljonen engageret i sin sidste kampagne i krigen, hvor den passerede gennem Morotai Island, mens den gik i kamp på Borneo. D-kompaniet støttede 26. brigade under angrebet på Tarakan Island i maj, mens resten af bataljonen støttede
Landinger på Labuan Island og omkring Brunei Bay under Slaget om Nordborneo. Det var et kort, men skarpt valgkamp. I løbet af denne tid blev maskingeværskytterne ud over deres normale støttefunktion ofte brugt som infanteri, hvor de udførte omfattende patruljering på jagt efter japanske efterladte, hvilket resulterede i en række sammenstød, samt udførte defensive opgaver mod infiltratorer og raiderparter. I Nordborneo blev en række medlemmer af bataljonen også brugt til at hjælpe med driften af en smalsporet jernbane, der var blevet bragt tilbage i drift for at opretholde den australske forsyningslinje. I begyndelsen af august bragte atombomberne på Hiroshima og Nagaskai krigen til ophør. Bataljonens tab under felttoget i Borneo udgjorde fem døde og seks sårede, mens tabene på Tarakan udgjorde fem soldater dræbt eller såret.