Bonaga debuterede for Panama i UNCAF Nations Cup 2009 semifinalen, hvor han kom ind som sidste minut erstatning mod Honduras den 30. januar 2009 og har pr. 1. maj 2015 spillet i alt 23 kampe og scoret 1 mål. Han repræsenterede sit land i 2 FIFA World Cup-kvalifikationskampe og spillede i 2011
og 2013 CONCACAF Gold Cups. Den 10. januar 2013 scorede han mod Guatemala i en venskabskamp i 67. minut.