Udfyld følgende sætning: En stærk modstander af forbundskansler Angela Merkels svar på EU's
Seehofer truede med at indgive en formel klage til forfatningsdomstolen, med den historiske CDU/CSU-alliance i fare for at splittes og køre mod hinanden i hele Tyskland for første gang, men intet af det skete. Han er fortaler for en føderal grænse for antallet af flygtninge, som den tyske regering skal tage imod. Efter at have klaret sig historisk dårligt i føderale valg i 2017 med en kampagne, der blev kritiseret for at efterligne Alternative for Tyskland, hvor partiet fik sit værste resultat siden 1949, og uden held forsøgte at stille op til en tredje periode som ministerpræsident i 2018, blev han presset af sit parti til at træde tilbage og besluttede i stedet at tage embedet som indenrigsminister, byggeri og samfund (oprindeligt beregnet til Joachim Herrmann) i Merkels fjerde regering for at forme migrationspolitikken efter sine synspunkter. I juli 2018 bragte en ugelang uenighed mellem Seehofer og Merkel næsten regeringen til at falde og truede igen alvorligt med en splittelse mellem CDU/CSU, men de fandt i sidste ende et kompromis.