Efter krigen, efter en kort tilbagevenden til journalistikken, vendte Young tilbage til Secret Intelligence Service (SIS) som leder af dets Wien-station, hvor han var involveret i at køre agenter i det sydøstlige Europa. I 1949 blev han udnævnt til chef for SIS's sektion for økonomiske krav (R6), deres kontaktpunkt med finansministeriet, handelsrådet og Bank of England. I 1951 blev han udnævnt til kontrolør for SIS-operationer i "Middle East Area", der strakte sig fra Marokko til Afghanistan og ned til Etiopien. Her blev han involveret i gennemførelsen af den anglo-amerikanske beslutning om at fjerne den iranske leder Mossadeq og genindsætte shahen
- Hvad? Ifølge Cavendish sagde shahen senere om Young, at "i krisetider er han en mand, der kan træffe beslutninger og kaste forsigtighed til vinden. Young er en mand der tror at venskab går begge veje og at Storbritannien bør stå ved sine venner selv med fare for at fornærme andre". I 1953 blev Young kaldt tilbage til London for at overtage som SIS-direktør for krav, og i 1956, under Suez-krisen, blev han igen sat til at stå for Mellemøsten-operationer. I 1959 blev han udnævnt til vicechef for Secret Service. Hans utilfredshed med Macmillan-regeringen fik ham til at træde tilbage som stedfortræder for MI6 i 1961 og gå ind i handelsbankvirksomhed.