Borno har været epicentret for den islamistiske gruppe Boko Haram, siden den begyndte
dens oprør i 2009. Konflikten i Borno tiltrak mediernes opmærksomhed i 2009 efter sammenstød mellem Boko Haram og regeringens sikkerhedsstyrker, hvor grundlæggeren af Boko Haram, Mohammed Yusuf, angiveligt blev taget til fange sammen med 300 af dets medlemmer. Dage senere blev Mohammed Yusuf erklæret død, efter at han angiveligt havde forsøgt at flygte fra fængslet.