Fuldfør følgende sætning: Japans fremrykning i Stillehavet blev stoppet i begyndelsen af 1943 af australske tropper i Ny Guinea og amerikanske tropper på Guadalcanal, hvorefter de allierede gik i offensiven og rykkede frem gennem Ny Guinea og Salomonøerne mod Filippinerne. I løbet af 1944 begyndte de allierede at planlægge at generobre Borneo. Generalstaben for general Douglas MacArthurs sydvestlige Stillehavsområde var ansvarlig for planlægningen af operationen, men på grund af de amerikanske styrkers engagement i at generobre Filippinerne blev opgaven med at generobre Borneo primært tildelt australske landstyrker. De allieredes operationer på Borneo bestod af landinger ved Tarakan,
Labuan og Balikpapan. Oprindeligt havde MacArthur til hensigt at bruge Borneo som et springbræt til at generobre Java, men denne operation blev senere aflyst, og ansvaret for Nederlænderne blev overført til den britisk ledede Sydøstasiatiske Kommando. I planlægningsfasen anbefalede kommandanten for de australske militærstyrker, general Thomas Blamey, mod landgangen ved Balikpapan, da han mente, at det ikke ville tjene noget strategisk formål. Efter lang overvejelse indvilligede den australske regering i at stille tropper til rådighed for denne operation. De amerikanske stabschefer havde også bekymringer om den strategiske nødvendighed af operationen, men ifølge historikeren Garth Pratten manipulerede MacArthur både den australske regering og stabscheferne til at godkende indtagelsen af Balikpapan. Det angivne formål med operationen var ifølge historikeren Chris Coulthard-Clark at "sikre havnen og oliefelterne i området, og at etablere en base hvorfra man kunne starte" fremtidige operationer. Desuden ville den nederlandske østindiske regerings kontrol blive genoprettet.