Efter udbruddet af krigen med Japan vendte Allen tilbage til Australien i marts 1942 og tog i august ansvaret for operationer mod Japan.
Japansk fremrykning langs Kokoda Track. Selv om han havde succes, kom Allen alligevel under hvad mange anser for uretfærdig kritik fra den allierede kommandant i det sydvestlige Stillehavsområde, den amerikanske general Douglas MacArthur og den allierede landstyrkers kommandant, den australske general Sir Thomas Blamey, for at bevæge sig for langsomt i jagten på japanerne over Owen Stanley Ranges. Han blev fritaget for sin kommando den 29. oktober 1942. Mindre udnævnelser fulgte, men i oktober 1944 anbefalede Blamey, at Allen blev udnævnt til Knight Commander of the Order of the British Empire, selvom Allen aldrig blev udnævnt.