Han skrev senere kontrakt med Dax og spillede der fra 2000 til 2001. Han spillede ikke i nogen internationale i 2000 eller 2001, men var en ubrugt bænk erstatning i to tests mod Springboks. Mignoni fandt sig selv i en anden af sine tidligere klubber i den følgende sæson, hvor han underskrev med Béziers. I 2002 spillede han for Frankrig under 2002 Six Nations Championship.
, som Frankrig til sidst fuldførte en grand slam af (vindende alle fem kampe). Han underskrev med ASM Clermont Auvergne, dengang kendt som AS Montferrand, i 2003 og tilbragte seks sæsoner der. Han blev inkluderet i Frankrigs hold til testene i juni 2006 mod Rumænien og Springboks. Han blev udvalgt til 2007 Rugby World Cup holdet.