Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Hadžić var involveret i Plitvice Lakes hændelsen
I slutningen af marts 1991 begyndte den kroatiske uafhængighedskrig. Den 25. juni 1991 organiserede en gruppe øst-slavonske serbere en kongres ("Velika narodna skupština Slavonije Baranje i Zapadnog Srema"), hvor de besluttede at danne en "Serbisk Autonom Oblast" (SAO) i regionen, SAO Øst-Slavonien, Baranja og Vest-Syrmia, og også at adskille regionen fra Republikken Kroatien, som stadig var en del af Jugoslavien. Hadžić blev valgt som kandidat til at lede enhedens regering.