Fuentes vendte tilbage til Giants i 1969 og tilbragte de næste to sæsoner som en nytte infielder før genvinde sin startplads på anden base i 1971. Han optrådte i postseason i løbet af 1971 sæsonen, da hans Giants vandt NL West-titel; hans to-run home run i Game 1 af 1971 NLCS
Det hjalp San Francisco med at tage føringen mod Pittsburgh Pirates, men det viste sig at være Giants' eneste sejr i best-of-five-serien. Fuentes fortsatte med at være Giants' anden baseman i yderligere tre sæsoner. I 1973 satte han en National League rekord ved at indspille en.993 fielding procentdel, den højeste for enhver almindelig anden baseman i ligaen historie. Ironisk nok havde Fuentes ført alle National League anden basemen i fejl i løbet af de foregående to sæsoner før at sætte den nye rekord for ekspertise. Hans rekord stod i 13 sæsoner før Ryne Sandberg registrerede en.994 procent på andenpladsen i 1986.