Banks' division tilhørte teknisk set George McClellan på trods af at tjene som en uafhængig kommando i Shenandoah Valley. Den 14. marts 1862 udstedte præsident Lincoln en bekendtgørelse om at alle tropper i McClellans afdeling skulle inddeles i korps. Banks blev således korpschef, ansvarlig for sin egen tidligere division, nu under kommando af brigadegeneral Alpheus Williams, og brigadegeneral James Shields' division, som blev tilføjet til Banks' kommando. Efter at Stonewall Jackson blev slået tilbage i det første slag ved Kernstown den 23. marts, fik Banks i stedet ordre til at forfølge Jackson op ad dalen for at forhindre ham i at forstærke Richmonds forsvar. Da Banks' mænd nåede den sydlige dal ved enden af en vanskelig forsyningslinje, kaldte præsidenten dem tilbage til Strasburg, i den nordlige ende. Jackson marcherede derefter hurtigt ned i den tilstødende Luray-dalen og stødte på nogle af Banks' styrker i slaget ved Front Royal den 23. maj. Dette fik Banks til at trække sig tilbage til Winchester, hvor Jackson
igen angrebet den 25. maj. Unionens styrker var dårligt rustet til forsvar og trak sig tilbage i uorden over Potomac-floden og tilbage til Maryland. Et forsøg på at indfange Jacksons styrker i en klemmebevægelse (med styrker ledet af John Frémont og Irvin McDowell) mislykkedes, og Jackson var i stand til at forstærke Richmond. Banks blev kritiseret for at have mishandlet sine tropper og udført utilstrækkelig rekognoscering i kampagnen, mens hans politiske allierede forsøgte at give krigsministeriet skylden for fiaskoen.