Under Vicksburg-kampagnen i 1863 blev han anklaget for at sælge forsyninger til de konfødererede, mens hans egne mænd var underernærede. I april 1863 deltog han i slaget ved Port Gibson.
Og i maj 1863, ved slaget ved Raymond. Senere i maj blev han sat i kommando over distriktet i det nordøstlige Louisiana, da guerillaer forårsagede problemer på de lejede plantager der. Tropper fra hans kommando deltog i slaget ved Milliken's Bend i juni, et af de første slag, der involverede United States Colored Troops.