Mackie meldte sig til marinekorpset fra New York den 24. april 1861. Hans første opgave var med marinesoldaterne om bord på USS "Savannah". Han blev forfremmet til korporal den 1. marts 1862. Den 1. april begyndte han at tjene på det pansrede krigsskib USS "Galena". Den 15. maj sejlede en eskadrille på fem skibe fra Unionens flåde, herunder "Galena", op ad James-floden for at teste forsvaret af den konfødererede hovedstad, Richmond, Virginia. Efter at have nået et sving i floden opstrøms Dutch Gap, stødte eskadrillen på undervandsobstruktioner og kraftig ild fra to bataljoner af konfødererede marinesoldater placeret på flodbredden og artilleri ild fra Fort Darling ovenpå Drewry's Bluff omkring otte miles under Richmond. Mackie havde kommandoen over 12 marinesoldater. Fortets artilleribatterier påførte "Galena" alvorlig skade og tvang Unionens eskadrille til at vende tilbage. I løbet af slaget (som ville blive kendt som
Slaget ved Drewry's Bluff), blev de fleste af "Galenas" skibsbombe besætning dræbt eller såret. Mackie ledte en gruppe marinesoldater, der overtog driften af kanoner for resten af slaget. Den 1. november blev han forfremmet til sergent. I juni 1863 blev han tildelt til den.