Kelly's anden rumrejse var som missionschef for STS-118, en 12-dages Space Shuttle-mission til ISS i august 2007. Kelly's tredje rumrejse var som besætningsmedlem på Expedition 25/26 på ISS. Han ankom til ISS ombord på Soyuz TMA-01M den 9. oktober 2010 og tjente som flyvningsingeniør, indtil han overtog kommandoen over stationen den 25. november 2010 ved starten af Expedition 26.
9. oktober 2010