Nakajima, som på sin side var meget overskygget af sin holdkammerat, viste sig at være stabil, hvis den uspektakulære kører. Han indrømmede åbent, at han foretrak de hurtigere baner som Silverstone, Hockenheim, Österreichring og Monza samt hans hjemmebane i Suzuka, men var utilpas på de strammere baner. Han kvalificerede sig som nummer 17 i Monaco og sluttede som nummer 10, nummer 24 i Detroit, før han styrtede ud i første omgang, og nummer 17 i Ungarn, før han fik en brudt drivaksel i første omgang. Nakajimas bedste finish i sin første sæson var en 4. plads på Silverstone til det britiske Grand Prix. Han sluttede sæsonen på 12. plads med 7 point scoret. Nakajimas bedste kvalifikationspræstation kom i runde 15 i Japan, for det første japanske Grand Prix siden
- I 1977. På Suzuka-banen, der er ejet af Honda, kvalificerede Nakajima sig på 11. plads, kun fire pladser, og 0,962 sekunder bag Senna. Det var det tætteste, han ville kvalificere sig til sin holdkammerat hele sæsonen (da det var hans hjemmebane, havde Nakajima faktisk gennemført flere omgange på Suzuka end hele F1-grid kombineret). I løbet af sæsonen kunne tv-seerne få et tættere billede af den japanske rookies kørsel, da hans bil normalt havde et kamera ombord.