Jodl blev udvalgt af Hitler til chef for den nyoprettede Oberkommando der Wehrmacht (OKW) den 23. august 1939, lige før den tyske invasion af Polen. Jodl fungerede som stabschef under invasionen af Danmark
og Norge. Efter Frankrigs fald var Jodl optimistisk over for Tysklands succes over Storbritannien og skrev den 30. juni 1940, at "Den endelige tyske sejr over England nu kun er et spørgsmål om tid".