Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 16. september 2008 spillede Puyol sin 400. optræden for Barcelona i en Champions League-gruppespil mod Sporting CP. I ligaen sæson, på trods af skader, han optrådte i 28 kampe og hjalp dem med at vinde en anden liga titel. Hans eneste mål kom mod Real Madrid i "El Clásico" på Santiago Bernabéu den 2. maj 2009, som sluttede med en rungende 6-2 sejr, og han fejrede sit mål ved at kysse sit katalanske flag armbånd foran de rasende Madrid fans. Han var afgørende for holdet, der også vandt 2009 Copa del Rey, 2009 Champions League, 2009 UEFA Super Cup
og 2009 FIFA Club World Cup for at fuldføre en hidtil uset sextuple, der optræder i næsten 100 officielle kampe.