Under den russisk-japanske krig i 1904-1905 deltog "Yaeyama" i søslaget ved Port Arthur og den efterfølgende blokade af denne havn. På trods af sin lille størrelse og forældelse var hun også til stede ved slaget ved Det Gule Hav og det endelige afgørende slag ved Tsushima samt den japanske invasion af Sakhalin.
, hvor hendes høje hastighed gjorde hende nyttig til at bære følsomme ordrer og meddelelser mellem skibe og fra skib til kyst.