Siden regionens indlemmelse i Folkerepublikken Kina har faktorer som den statsstøttede masseindvandring af Han-kinesere fra 1950'erne til 1970'erne, regeringens politikker, der fremmer kinesisk kulturel enhed og straffer visse udtryksformer af uigurisk identitet, og hårde reaktioner på separatisme bidraget til spændinger mellem uighurerne og statspolitiet og Han-kineserne. Dette har taget form af både terrorangreb og bredere offentlige uroligheder som Baren Township optøjerne, 1997 Ürümqi bus bombninger, protester i Ghuljia, juni 2009 Shaoguan Incident og den resulterende juli 2009 Ürümqi optøjer
, 2011 Hotan-angrebet, april 2014 Ürümqi-angrebet, maj 2014 Ürümqi-angrebet, 2014 Kunming-angrebet samt Aksu-maleriangrebet i 2015. Andre uiguriske organisationer som World Uyghur Congress fordømmer totalitarisme, religiøs intolerance og terrorisme som et politisk instrument.