Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Embarkeret om bord på "Missouri" førte admiral Halsey den tredje flåde ind i Tokyobugten den 29. august 1945. Den 2. september 1945 overgav det japanske imperium sig.
Undertegnelsen blev underskrevet på dækket af "Missouri". Tredje Flåde forblev i japanske farvande indtil slutningen af september 1945, da dens skibe blev instrueret om at fortsætte til USA's vestkyst. Den 7. oktober 1945 blev den tredje flåde udpeget til en reserveflåde og taget ud af aktiv status.