Når den amerikanske borgerkrig begyndte i 1861, brugte de konfødererede styrker Windsor mansion kuppel som en observation platform og signal station. I foråret 1863 landede Ulysses S. Grant og 17.000 unionssoldater i havnen i Bruinsburg og tog kontrol over Windsor-lejren som en del af hans Vicksburg-kampagne. Efter slaget ved Port Gibson
, blev palæet brugt af Unionens tropper som et hospital og som en observation station. Daniell-familien fik lov til at bo på tredje sal i palæet under Unionens besættelse.