Fuldfør følgende sætning: Den 15. august 1945
kapitulerede over for de allierede styrker. To dage senere blev Indonesiens uafhængighedserklæring erklæret. Maluku blev erklæret som en af Republikken Indonesiens provinser. Men dannelsen og placeringen af Maluku på det tidspunkt blev tvunget til at finde sted i Jakarta, fordi så snart japanerne overgav sig, indtrådte den hollandske Indies Civil Administration (NICA) straks i Maluku for at overtage kontrollen. Holland kontrollerede Maluku indtil 1949, da hollænderne anerkendte Indonesiens suverænitet. Hollænderne forlod snart Maluku. På grund af en dyb mistillid til det indonesiske lederskab, som overvejende var javanesisk muslimsk, blev i 1951 en uafhængig Republik Sydmolucerne (indonesisk: RMS, Republik Maluku Selatan) proklameret i Ambon, støttet af hollænderne. RMS havde stærk støtte blandt de tidligere molukanske koloniale soldater. Som følge heraf invaderede indonesiske styrker Maluku for at knuse separatisterne. Den vigtigste højborg for den oprørske RMS-gruppe på Ambon blev besejret af indonesiske styrker i november 1950, mens en mindre guerillakamp fortsatte på Seram Island indtil 1962. Nederlaget på Ambon resulterede dog i, at den selvudråbte RMS-regering flygtede fra øerne, og dannelsen af en eksilregering i Holland. Året efter drog omkring 12.000 molukanske soldater sammen med deres familier til Nederlandene, hvor de oprettede en "Republik i de sydlige Molukker" som regering i eksil.