I 1898 opdagede Rynning, at krigen med Spanien var begyndt, og at hans gamle ven, oberst Leonard Wood, oprettede et frivilligt kavaleriregiment, som senere blev kendt som Theodore Roosevelts Rough Riders. Han meldte sig som menig og vendte tilbage fra krigen som andenløjtnant i Troop B, 1. Under slaget ved San Juan Heights
Rynning overtog kommandoen over den amerikanske linje efter kaptajn Buckey O'Neills død. Et par minutter senere førte han Rough Riders op på Kettle Hill og var den første amerikaner til at nå toppen. Under kraftig ild fra den nærliggende San Huan Hill beordrede Rynning sine mænd til at vifte regimentets flag for at samle de andre, og det var i denne tid, at flaget blev slemt hullet. Flaget er nu bevaret af Institut for Bibliotek og Arkiv i statens hovedbygning i Phoenix, Arizona. Efter det sluttede Rynning sig til Theodore Roosevelt i angrebet på San Juan Hill, som afsluttede slaget med en amerikansk sejr.