Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den frygtelige jordskælv, der ødelagde Lissabon
Den 1. november 1755 ændrede Perez' produktion for altid. Ópera do Tejo blev ødelagt seks måneder efter åbningen, og hoffet trak sig tilbage fra teatre. Der blev ikke produceret operaer i de næste syv år, og derefter kun på en mindre spektakulær måde. I de sidste 23 år af sit liv skrev Perez kun tre nye operaer. I stedet komponerede han en enorm mængde kirkemusik, der dækker næsten alle ritualer og praksis i de to vigtigste musikkapeller i Lissabon, Royal og Seminário da Patriarcal. Han forlod aldrig Portugal, så hans internationale anerkendelse faldt langsomt. Alligevel bemærkede Gerber, at siden 1766 var Perez's kompositioner kendt og efterspurgt i Tyskland, og at han i 1790 var "en af de mest berømte og elskede komponister blandt de italienske mestre... en af de seneste komponister, der opretholdt kontrapunkts strenghed". J. C. Krause nævner Hasse, Perez og Paisiello som tilfredsstillende modeller. I 1774 blev Perez ved akklamation medlem af London Academy of Ancient Music, og havde det eneste fuldskala stykke trykt i sin levetid, "Mattutino de 'Morti" (hans tredje sæt af Office of the Dead), udgivet der af Bremner. Hans musik, især religiøs musik, blev kopieret i stor udstrækning i Italien. I de sidste fire år af sit liv led Perez af en kronisk sygdom, hvor han til sidst mistede synet, men fortsatte med at komponere. I 1778 gjorde hans elev, nu dronning Maria I af Portugal, ham til ridder af Kristi orden; da han døde i Lissabon, beordrede hun en udførlig begravelse på kronens bekostning.