Med udbruddet af Anden Verdenskrig i Europa øgede SSRNVR rekrutteringen af hovedsageligt indfødt personale til styrken for at styrke det lokale forsvar, da Royal Navy-ressourcer var nødvendige i Europa. Medlemmer af SSRNVR blev indkaldt til aktiv tjeneste, og styrken blev forstærket af medlemmer af Royal Navy Malay Section. Dette dannede grundlaget for flåden i Malaya, kaldet den malaysiske flåde, bemandet af indfødte malaysiske personale. (Tilsvarende blev malayerne rekrutteret til det nydannede malaysiske regiment, der blev dannet i 1936). Den malaysiske flåde havde en styrke på 400 mænd, der modtog deres træning på HMS Pelandok, den kongelige flådes træningsinstitution i Malaya. Rekrutteringen blev øget, og i 1941, da krigen brød ud i Asien, havde den malaysiske flåde en styrke på 1.450 mænd. I hele Anden Verdenskrig tjente den malaysiske flåde med de allierede styrker i den indiske og stillehavs operationer. Da krigen sluttede med den japanske overgivelse
I 1945 meldte kun 600 mand fra den malaysiske flåde sig til indkaldelse. Efterkrigstidens økonomiske begrænsninger opløste den malaysiske flåde i 1947.