Det svage politiske system i den anden spanske republik og fremkomsten af nationalisme førte til udbruddet af den spanske borgerkrig i juli 1936. Kort tid efter konflikten blev Puerta de Hierro besat af Juventudes Socialistas Unificadas, der brugte grundene til at rumme sig selv. Senere samme år blev klubben besat af Rosal Column, der etablerede deres hovedkvarter i klubhuset og gravede flere skyttegrave og maskingevær rede i hele ejendommen, herunder golfbanerne. Klubben, som lå midt i Madrid-fronten
, var for det meste republikansk territorium, mens Casa de Campo markerede begyndelsen på det nationalistiske område. Det var kun i denne periode, at klubben ikke havde nogen præsident (1936-1939).