Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1991 var Barghouti delegeret til Madrid-konferencen
, der blev afholdt med det formål at afslutte den israelske-palæstinensiske konflikt og den første intifada. I 1996 stillede han uden held op som kandidat til et lovgivende sæde i det første palæstinensiske selvstyrevalg. I 2002 forlod Barghouti det Palæstinensiske Folkeparti. I juni 2002 etablerede Barghouti, Haidar Abdel-Shafi, Ibrahim Dakkak og Edward Said det palæstinensiske nationale initiativ ("al-Mubadara al-Wataniyya al-Filistiniyya"), et forsøg på at opbygge et reformistisk, inkluderende alternativ til både den etablerede Palæstinensiske Befrielsesorganisation og til islamiske militante grupper som Hamas. Barghouti er i øjeblikket initiativets generalsekretær.