Lowestoft har været udsat for periodiske oversvømmelser, især i januar 1953
, da en Nordhavet svulme drevet af lavt tryk og en ekstrem højvande fejet væk mange tidligere hav forsvar og oversvømmet det meste af den sydlige by. I september 2006 forårsagede kraftigt regn pludselige oversvømmelser i byen. I december 2013 forårsagede en stormflod alvorlige oversvømmelser i Lowestoft og dens forstæder.