Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Pinturault var ikke i stand til at starte sæsonen i Sölden i oktober 2012, da han skadede sin ankel, mens han spillede tennis og måtte pause i en tre måneders periode. I december vandt han sit andet VM-løb i en slalom i Val-d'Isère, hvor han begejstrede de lokale fans med et strålende andet løb under reflektorerne for at stige fra sjettepladsen. Han slog overbevisende Tysklands Felix Neureuther med et halvt sekund og den fremtidige VM-mester Marcel Hirscher, der førte med 0,57 sekunder efter første runde. Pinturaults tredje sejr var på super-kombineret i Wengen, Schweiz, hvor hans overlegne slalomfærdigheder var nøglen. Efter at have placeret 22. i nedkørselsdelen, sluttede han 1.15 sekunder foran Ivica Kostelić fra Kroatien. Træningsløbet for nedkørselsdelen var hans første gang på nedkørselsski i flere måneder, da han gik glip af før-sæsonens hastighedstræning efter en operation på hans venstre ankel i august for at reparere ledbånd beskadiget under tennis. Pinturault vandt ingen medalje ved verdensmesterskaberne i 2013
, men havde fire top seks finishes. En uge senere vandt han sin fjerde VM-sejr, sin første i stor slalom, i Garmisch, Tyskland. Pinturaults samlede tid var 0,60 sekunder foran Hirscher. Den 15. marts blev han hædret som 2013 Longines Rising Star, som den bedste unge racer (under 23) i sæsonen.