Halbertsma forventede derfor at blive udnævnt til professor i nederlandsk sprog og litteratur, og flere gange syntes en sådan udnævnelse næsten inden for hans rækkevidde, men hver gang glider den væk. Hans skarpe pen spillede sikkert en rolle i dette, men der var også andre grunde. I 1830 mistede han fra det overskud af ansøgere vasker over Holland fra universiteterne i Belgien, som på det tidspunkt lige havde løsrevet fra Det Forenede Kongerige af Nederlandene
, og efter 1840 var der behov for en anden type videnskabsmand med mere specialiseret viden end Halbertsma krævede. At han i 1837 blev tildelt en æresdoktorgrad i litteratur fra Leiden Universitet, var knap trøst for ham. Delvist på grund af disse skuffelser balancerede Halbertsma på kanten af en udbrændthed i lang tid, og især i 1839, da han blev overskredet endnu en gang, gennemgik han en dyb krise. Det var først i 1860'erne, da han var i halvfjerdsårene, at han synes at have opnået en tilstand af mental ro.