McKay accepterede en aftale under Dorothea Dix som sygeplejerske, og begyndte sit liv på et hospital i Frederick, Maryland, i marts 1862, hvor hun fik ansvaret for at pleje et stort antal sårede fra
Første slag ved Winchester. I september 1862 var byen fyldt i to eller tre dage med Stonewalls Jackson's korps på vej til South Mountain og Antietam. Oprørerne tog hospitalet i besiddelse og fyldte det med deres syge og sårede. Modstand var ubrugelig, og McKay behandlede de oprørske officerer og mænd høfligt, og gjorde hvad hun kunne for de syge; hendes høflighed og venlighed blev anerkendt, og hun blev behandlet respektfuldt. Efter slaget ved Antietam blev Frederick City og dets hospitaler fyldt med sårede, men så snart de sårede blev konvalescent, tog hun til Washington, DC og blev tildelt pligt i en tid på hospitalerne i hovedstaden. I januar tog hun til Falmouth, Virginia og fandt arbejde som sygeplejerske på Third Corps Hospital. Her førte hun snart til en udvikling på hospitalet; fra at være det værste, blev det det bedste af korpssygehusene ved fronten. General David B. Birney og hans kone støttede og opmuntrede alle hendes bestræbelser på at forbedre den.