Hernández var dommer i World Series i 2002 og 2005, samt All-Star Game i 1999, 2009 og 2017. Han har dømt i syv League Championship Series (2000, 2001, 2003, 2004, 2007, 2010
, 2016), og i elleve League Division Series (1997, 1998, 2002, 2005, 2009, 2011, 2012, 2015, 2017, 2018, 2020). Hernández arbejdede også Game 7 af 2008 ALCS som en skade udfyldning i for Derryl Cousins. I anden halvdel af 2011 baseball sæsonen, blev Hernández flyttet fra dommer besætningen af Joe West til besætningen af Gerry Davis.