I 1966 deltog Whetton i de europæiske indendørs lege og vandt sin første store guldmedalje, da han vandt løbet med næsten tre sekunder over den andenplacerede Oleg Rayko. Whetton formåede at fastholde den europæiske indendørs titel i løbet af de næste to år, i Prag
og Madrid. Whetton repræsenterede igen Storbritannien i højdeinflueret 1968 Sommer-OL i Mexico City, og kvalificerede sig igen til finalen. I finalen sluttede Whetton på femtepladsen, selvom han var fire sekunder uden for medaljepladserne. Hans sidste store medalje kom i 1969 i det europæiske atletikmesterskab, da han vandt 1500 meter i Athen. I en tæt finale besejrede Whetton Francis Murphy fra Irland for at tage guldet.