Den 16. infanteriregiment blev oprettet som det 11. amerikanske infanteriregiment den 4. maj 1861 under kommando af oberst Erasmus D. Keyes og organiseret af major DeLancey Floyd-Jones. Det 11. infanteriregiment blev organiseret efter ordre fra præsidenten den 4. maj 1861 og bekræftet ved lov den 29. juli 1861. Regimentet var organiseret i tre bataljoner på otte kompagnier hver. Den 21. september 1866 blev den anden bataljon den tyvende infanteri og den tredje bataljon den niogtyvende infanteri. Det regiment, der faktisk kæmpede under borgerkrigen, blev organiseret ved ordre fra præsidenten den 4. maj 1861 og bekræftet ved lov af 29. juli 1861 som det 16. infanteriregiment. Den 21. september 1866 blev den anden bataljon den 25. infanteri og den tredje bataljon blev den 34. infanteri. I virkeligheden var det nuværende 16. infanteriregiment ikke involveret i borgerkrigen, det regiment blev konsolideret i 2. infanteriregiment. Følgende kampagne deltagelse æresbevisninger blev faktisk tjent af 16. infanteriregiment i borgerkrigen, men gik til 2. infanteriregiment med konsolideringen;
, Chickamauga, Chattanooga, Georgia 1864, Kentucky 1862, Mississippi 1862, Murfreesboro, Shiloh og Tennessee 1863.