Under belejringen af Petersburg i 1864-65, deltog Hill og hans mænd i flere slag under de forskellige Union offensiver, især Jerusalem Plank Road, Crater, Globe Tavern, Anden Reams Station
, og Peebles Farm. Under slaget ved krateret kæmpede han mod sin West Point klassekammerat Ambrose Burnside, som den tidligere afviste ved Antietam og Fredericksburg. Hill var syg flere gange den vinter; i marts 1865 var hans helbred forværret til det punkt, hvor han måtte komme sig i Richmond indtil 1. april 1865.