I januar 1941 deltog brigaden i felttoget i den vestlige ørken.
Bardia, som blev taget fra italienerne i løbet af flere dage. Dette blev efterfulgt senere i måneden af indtagelsen af Tobruk, hvor 16. brigade forblev, mens 6. divisionens to andre brigader, 17. og 19. tog del i andre aktioner omkring Derna og Benghazi. I marts koncentrerede divisionen sig omkring Amiriya, da de forberedte sig til at udpille sig til Grækenland som svar på en forventet tysk invasion. Under Slaget om Grækenland besatte 16. brigade Seria, før de etablerede sig i Veriapasset. Da det tyske angreb begyndte, sørgede 2/1st Battalion for bagtropdækning, mens brigaden trak sig tilbage sammen med New Zealands 4. brigade. Et tysk gennembrud ved Tempe Gorge resulterede i en yderligere tilbagetrækning, hvor 2/2 og 2/3 bataljoner sørgede for bagtrops sikkerhed, da Anzac Corps trak sig tilbage gennem Larissa. Efter dette blev brigaden beordret til at evakuere, og elementer blev trukket tilbage ad søvejen ved Kalamata. Størstedelen af brigaden blev evakueret tilbage til Egypten og efterfølgende re-dannet i Palæstina; dog landede elementer af brigaden på Kreta. 2/1st blev landet som en helhed og indsat til at forsvare flyvepladsen ved Retimo, mens elementer af 2/2nd og 2/3rd blev dannet til en 16. brigade sammensat bataljon. Under kampene blev 2/1 stort set ødelagt under det korte slag om Kreta, hvor flertallet blev taget til fange.