Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1988 blev Lebed kommanderende for den 106. Han og hans tropper deltog i undertrykkelsen af oprør i hele det sovjetiske Kaukasus, i Georgien (1989
) og Aserbajdsjan (1990), hvor han nægtede at bruge brutalitet til at undertrykke demonstranterne. I 1991 havde Lebed rang af generalmajor og blev næstkommanderende for luftbårne tropper. Under det sovjetiske kuppforsøg mod den nye russiske regering i 1991 opnåede han berømmelse ved at nægte at følge ordrer om at lede sine styrker mod Boris Jeltsin i det russiske Hvide Hus, hvilket bidrog til kuppets sammenbrud. Det var også i denne periode, at Lebed blev en rival af general Pavel Grachev, kommandør for luftbårne tropper og den fremtidige russiske forsvarsminister, på grund af, hvad Lebed betragtede som hans fejlagtige militære reformer. Grachev ville således blive hans største rival. Det var angiveligt på grund af Grachev, at Lebed blev udstationeret i Moldova i 1992 som chef for 14. Der, i konflikten mellem russiske og rumænske fraktioner, greb han ind og brugte sin stilling til at mægle en fredsaftale, der også gav beskyttelse til etniske russere. På trods af dette forblev Lebed fjendtlig overfor separatistledelsen, som han opfattede som korrupt og erklærede, at han var "syg og træt af at beskytte svindelernes søvn og sikkerhed". Ikke desto mindre forblev han imod præsident Boris Jeltsins beslutning om at trække det meste af den 14. hær tilbage fra Moldova, da han frygtede, at det ville bringe kaos tilbage til regionen.