Radikaliseret af de seneste begivenheder arbejdede polske reformatorer (uanset om de var i eksil eller stadig boede i det reducerede område, der var tilbage for Commonwealth) snart på forberedelser til et nationalt oprør. Tadeusz Kościuszko, en populær general og veteran i den amerikanske revolution, blev valgt som leder. Han vendte tilbage fra udlandet og udstedte Kościuszko's proklamation i Kraków den 24. marts 1794. Den opfordrede til et nationalt oprør.
under hans øverste kommando. Kościuszko frigjorde mange bønder for at indskrive dem som "kosynierzy" i sin hær, men det hårdkæmpede oprør viste sig, på trods af udbredt national støtte, at være ude af stand til at generere den udenlandske bistand, der var nødvendig for dets succes. Til sidst blev den undertrykt af de kombinerede styrker fra Rusland og Preussen, hvor Warszawa blev erobret i november 1794 i kølvandet på slaget ved Prag.