I 1691 blev Churchill udnævnt til oberstløjtnant i Horse Guards og kommanderede den 96-kanon HMS "St. Andrew" ved Barfleur &amp; La Hogue
I juni 1692. Men Torrington-affæren opdelte flåden, og da Russell blev First Lord of the Admiralty i 1693, trådte han tilbage fra tjenesten. Han beholdt sit sæde som MP og fortsatte sine tætte forbindelser med prins George; da Russell trak sig tilbage i 1699, blev han udnævnt til Lord Commissioner of the Admiralty.