Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Under Madanis instruktioner deltog han og blev en leder i den indiske uafhængighedsbevægelse. Efter delingen af Indien i 1947 støttede Chowdhury udviklingen af det nyoprettede Pakistan og arbejdede sammen med ledelsen af Jamiat Ulema-e-Hind-organisationen. Efter Bangladesh erklærede uafhængighed
I 1971 forsøgte han at forebygge voldshandlinger mod mennesker fra det pakistanske militær. Da halvtreds af hans slægtninge i Ronokali blev omringet af hæren, appellerede Chowdhury med succes til soldaterne om at skåne dem. Ved en anden lejlighed var han i stand til at gribe ind og redde syv hinduers liv under lignende omstændigheder. Chowdhury spillede efterfølgende en aktiv rolle i Bangladesh Khilafat-bevægelsen, hvor han arbejdede under ledelse af Hafezzi Huzur og var formand for mange af dens konferencer.