Fuldfør følgende sætning: I løbet af det 5. århundrede blev det vestlige imperium erobret af germanske stammer. Imidlertid blev Italiens præfektur bevaret af det nye ostrogotiske kongerige, som stadig var "de jure" en del af imperiet, og den ostrogotiske konge Theodoric den Store etablerede endda præfekturet Gallien i den lille del af Gallien, han erobrede i 510'erne. Efter den østlige imperiums generobring af Nordafrika under
Vandalkrigen i 533-534 blev de nye provinser grupperet af kejser Justinian I til en ny prætorisk præfektur i Afrika, som senere ville blive omdannet til Exarkatet i Afrika. Det prætorianske præfektur i Italien blev også genoprettet efter afslutningen af den gotiske krig, før det også udviklede sig til et exarkat. I Østen ville præfekturerne fortsætte med at fungere indtil midten af det 7. århundrede, da tabet af de fleste østlige provinser til den muslimske erobring og af Balkan til slaviske stammer førte til oprettelsen af tema-systemet. I mellemtiden havde reformer under Heraklius imidlertid frataget præfekten en række af hans underordnede finansielle kontorer, som blev oprettet som uafhængige afdelinger under logothetes. Sidste gang præfekten i Østen er direkte attesteret kommer fra en lov i 629. Ifølge nogle forskere overlevede spor af systemet dog ind i det tidlige 9. århundrede: Ernst Stein viste, at nogle aspekter af den illyriske præfektur overlevede i administrationen af Thessaloniki, mens John Haldon, baseret på sigillografiske beviser og referencer i den byzantinske "Taktika", har dokumenteret overlevelsen af den tidligere civile provinsadministration inden for tema-systemet, med præfekten i Konstantinopel muligvis i en tilsynsmæssig kapacitet, indtil 840'erne.