Efter at Virginias flåde blev integreret med den konfødererede flåde, blev Barron udnævnt til kommandør og udnævnt til chef for kontoret for ordrer og detaljer den 10. juni. Barron ville forblive i denne stilling indtil den 20. juli, da den konfødererede flådesekretær Stephen R. Mallory indvilligede i Barrons anmodning om at blive tildelt som kommandør for kystforsvaret i Virginia og North Carolina, en vigtig havn for Pamlico Sound-baserede konfødererede privateere. Barron ankom til sit hovedkvarter på Fort Hatteras den 28. august og kommanderede forsvaret af både fort Hatteras og Clark mod Unionens flag officer Silas H. Stringham under slaget ved Hatteras Inlet.
Den 28. og 29. august. Barron blev taget til fange efter overgivelsen af de to fæstninger. Afholdt i Fort Columbus på Governors Island i New Yorks havn, derefter i Ft. Barron blev løsladt i en fangeudveksling året efter.