Clinton har angiveligt spillet en nøglerolle i at overtale Obama til at
at gribe ind militært i Libyen under den libyske borgerkrig, og fandt det værd at gribe ind på grund af frygt for yderligere grusomheder fra den libyske diktator Muammar Gaddafi; opfordringer til handling fra Storbritannien, Frankrig og Den Arabiske Liga; og en tro på, at den libyske opposition kunne regere i kølvandet på en intervention. Efter afslutningen af den libyske borgerkrig og Gaddafis fald var der fortsat fraktionsvold i Libyen, indtil det brød ud i en fornyet borgerkrig i 2014. Terrorgrupper har søgt tilflugt i Libyen, og et stort antal flygtninge er flygtet til nabolandene og over Middelhavet. Da hun blev spurgt om at forsvare sin historie med Libyen, kaldte Clinton det "et klassisk tilfælde af et hårdt valg" og fandt, at omstyrtelsen af Gaddafi repræsenterede "smart power på sit bedste". Da Clinton blev fortalt om nyhedsrapporter om Gaddafis død af en rådgiver mellem formelle interviews, grinede hun og svarede med "Vi kom, vi så, han døde".