Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 15. februar 2006 udnævnte pave Benedikt XVI ham til apostolisk nuntius i Egypten og delegeret til Den Arabiske Liga, hans første diplomatiske udstationering. Han var en af de få nuncier der ikke havde deltaget på den pavelige kirkelige akademi. Ifølge BBC "har den tyskfødte pavens beslutning skabt rystelse. Vatikan-observatører forsøger at finde ud af om det er en nedgradering eller en anerkendelse af ærkebiskoppens særlige talenter". Fitzgerald sagde: "Min baggrund i arabisk og islamiske studier anses formentlig nyttigt i dette øjeblik for udviklingen af forholdet til Egypten og resten af den islamiske verden". En korrespondent fra Vatikanet kaldte Fitzgeralds omplacering "pavens værste beslutning indtil videre", og hans fravær blev noteret af pressen da pave Benedikt fornærmede muslimerne med sin foredrag i Regensburg
i september 2006. Fitzgeralds overførsel viste sig at være en del af Benedikts omstrukturering af curial afdelinger for at omorientere interreligiøse diskussioner med ikke-kristne ved at forene rollen som præsident for PCID med den af Det pavelige Kulturråd, en omstrukturering, som Benedikt indledte i marts 2006 og vendte tilbage i juni 2007.