Efter Italiens indtræden i krigen den 10. juni 1940 var Waller involveret i søgningen efter minefelter ud for Nordafrikas kyst. Han var dygtig til at skyde, og han sprængte personligt flyvende miner i luften ved hjælp af et gevær og rustningsprængende kugler. Den 21. juni bombarderede "Stuart" den italienske besatte by Bardia. Den næste måned deltog hans 10. destroyerflåde i slaget om Calabria. Wallers skibe bombarderede Fort Capuzzo den 17. august og en italiensk søflybase i Bombabugten en uge senere. I september blev han tildelt Distinguished Service Order (DSO) for "mod, foretagsomhed og pligtopfyldelse i de seneste kampe" - især for hans præcisering af fjendens minefelter. Samme måned blev han overført til HMAS "Vampire", mens "Stuart" gik ind for refit. Da de allierede hære begyndte at modangrebe italienske styrker i december 1940, gav den øverstbefalende for Middelhavsflåden, admiral Sir Andrew Cunningham, Waller kommandoen over den nydannede Inshore Squadron, der bestod af destroyere, minesuger og hjælpemidler. I sin rolle som Cunningham's Senior Officer Afloat, Waller tog ansvar for flådesupport til angrebet på Bardia
, som faldt til de allierede den 5. januar 1941. Kort efter overdrog han kommandoen over Inshore Squadron og blev overført om bord på "Stuart".