I oktober 1944 blev 3. flåde udpeget som "Nordlige styrke" i en tre-styrke plan for at besejre
De allieredes invasion af de japanske Filippinerne. Tredje Flådes hangarskibe blev frataget alle undtagen 108 fly og sendt for at lokke den amerikansk ledede flåde væk fra at beskytte troppelandingsskibene. Den 25.-26. oktober, da den 3. flåde stod over for en stor styrke, der omfattede ti hangarskibe, med 600-1.000 fly, mistede den 4 hangarskibe, en let krydser og en destroyer i slaget ved Cape Engaño. Den 3. flåde ophørte effektivt med at eksistere og blev officielt opløst den 15. december 1944.