Kirkens interiør er en blanding af polsk gotisk og imponerende polsk barok arkitektur med strukturelle funktioner som et stort forgyldt barok højaltar, en bådformet prædikestol (1750) og orgel. Kirken blev røvet ren og det indre blev fuldstændig ødelagt af soldaterne i den svenske invasion i 1655 (Floden
), hvilket forklarer barokkens udbredelse i dens nuværende udsmykning. Kirken siges at indeholde en af de smukkeste barokke korstaller i Centraleuropa. Bartolommeo Berrecci, renæssancekunstneren der designede Sigismunds kapel på Wawel, er begravet der.