Bulgaria Air blev etableret i 2002 som efterfølger til det insolvente Balkan Bulgarian Airlines og begyndte at operere den 4. december samme år. Ved ordre fra transport- og kommunikationsministeren blev det erklæret for det nationale flagselskab i november 2002. Bulgaria Air begyndte at operere under navnet "Balkan Air Tour". Luftfartsselskabet var kendt med dette navn i kun en kort periode. Navnet "Bulgaria Air" og det oprindelige logo blev bestemt ved en offentlig konkurrence. Air Bulgaria blev privatiseret i 2006; selv om det blev rygtet, at regeringen ønskede at sælge luftfartsselskabet til en stor udenlandsk investor, en gruppe af lokalt ejede virksomheder, ledet af Hemus Air, som køber med italienske Air One Air være den eneste anden konkurrent.
2006 og