Han begyndte 2013 ved at udfylde på USA og tyske hold under 2013 Hopman Cup
Som erstatning for de skadede John Isner og Tommy Haas. Kokkinakis deltog i kvalifikationskonkurrencen til Australian Open 2013, hvor han tabte til Steve Johnson 15-17 i det tredje sæt. Kokkinakis fik et stressbrud i ryggen i Australian Open-finalen for drenge, som holdt ham ude af konkurrencen indtil midten af 2013. Han vendte derefter tilbage til konkurrencen, hvor han spillede Futures-turneringer i Tjekkiet, Canada og USA, hvor højdepunktet var en kvartfinal af Canada F5-begivenheden. I september og oktober deltog Kokkinakis i to Challenger-konkurrencer i USA. Den første var 2013 Napa Valley Challenger, hvor han kvalificerede sig og nåede anden runde, der gik ned til Bradley Klahn på trods af at føre med et sæt. Så i 2013 Sacramento Challenger han kvalificeret og gjorde anden runde. Han tabte igen på trods af at føre med et sæt mod Nick Kyrgios. Som et resultat heraf steg hans rangering til en karriere bedste nummer 655. I oktober, Kokkinakis parret op med Benjamin Mitchell og vandt Melbourne Challenger besejre Alex Bolt og Andrew Whittington i finalen i lige sæt. Dette øgede hans dobbeltrangering med 453 pladser, hvilket satte ham op til en karriere høj på nummer 505. Han nåede også anden runde i singlerne. Han så ud som om han ville forårsage en stor opstand efter at have taget det første sæt mod Matt Ebden før han tabte de næste to sæt. Han sluttede sit år på 2013 Traralgon Challenger, hvor han tabte i anden runde til James Duckworth i lige sæt.