Henrik genoptog krigen mod Frankrig, men var plaget af økonomiske problemer, svindende helbred og hyppige oprør. En skotsk invasion blev besejret i slaget ved Homildon Hill
, men det resulterede i en lang krig med Henry Percy, 1. jarl af Northumberland, for det nordlige England, som kun blev løst med den næsten fuldstændige ødelæggelse af Percy familien i Slaget ved Bramham Moor. I Wales blev Owain Glyndwrs udbredte oprør først slået ned i 1408. Mange betragtede det som en straf fra Gud da Henrik senere blev ramt af spedalskhed og epilepsi.