Den 13. division blev oprindeligt oprettet i Takada by i nu Jōetsu, Niigata fra mænd i Niigata Prefektur under kommando af generalløjtnant Haraguchi Kensai. Det fik den uafhængige opgave at besætte Sakhalin
før indgåelsen af Portsmouth-traktaten, landede på Sakhalin den 7. juli 1905, kun tre måneder efter at være dannet, og sikrede øen den 1. august 1905. Som et resultat af sin vellykkede operation blev Japan tildelt det sydlige Karafuto under Portsmouth-traktaten, en af Japans få territoriale gevinster under krigen.