Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Indians voksende utilfredshed med kolonistyret udløste det store oprør
af Túpac Amaru II. Denne veluddannede, spansktalende indianer, der blev født som José Gabriel Condorcanqui, tog navnet efter sin forfader, Túpac Amaru. I 1770'erne blev han bitter over den hårde behandling af indianerne af "corregidores de indios". I november 1780 greb Túpac Amaru II og hans tilhængere en særlig grusom "corregidor de indios" og henrettede ham. Selv om Túpac Amaru II insisterede på at hans bevægelse var reformistisk og ikke søgte at vælte det spanske styre, omfattede hans krav en autonom region for indfødte. Opstanden udviklede sig hurtigt til et fuldt udbredt oprør. Omkring 60.000 indianere i de peruvianske og bolivianske Andesbjerge støttede kampen. Efter at have vundet nogle første sejre, deriblandt at have besejret en spansk hær på 1.200 mand, blev Túpac Amaru II taget til fange og dræbt i maj 1781; men oprøret fortsatte, hovedsagelig i det øvre Peru. Der havde en tilhænger af Túpac Amaru II, indianerhoveden Tomás Catari, ledet et oprør i Potosí i de første måneder af 1780. Catari blev dræbt af spanierne en måned før Túpac Amaru II. Et andet større oprør blev ledet af Julián Apaza, en sexton, der tog navnene på de to oprørske martyrer ved at kalde sig Túpac Catari (også stavet Katari). Han belejrede La Paz i mere end 100 dage. Det lykkedes ikke Spanien at slå alle oprørene ned før i 1783, og derefter henrettede de tusindvis af indianere.