I 1863 deltog det nye regiment i slaget ved Grand Gulf.
, slaget ved Champion Hill, slaget ved Big Black River Bridge og belejringen af Vicksburg, hvor regimentet blev taget til fange som en del af en konfødereret overgivelse. Mændene i regimentet gennemgik derefter en fangeudveksling og blev genforenet med den konfødererede hær, stadig under betegnelsen 1. og 4. Missouri Infantry Regiment (Consolidated). I 1864 deltog regimentet i slaget ved New Hope Church, slaget ved Kennesaw Mountain, belejringen af Atlanta, slaget ved Allatoona og slaget ved Franklin. Den 9. maj 1865, nær slutningen af krigen, overgav 1. og 4. Missouri Infantry (Consolidated) sig i slaget ved Fort Blakely, hvilket gjorde enheden til ende.