Den osmanniske sultan Suleiman den Magnificent rejste personligt en ekspedition i 1537, der ødelagde eller erobrede mange omkringliggende landsbyer, men formåede ikke at underlægge området. Osmannerne fandt det nødvendigt at gå på kompromis med indbyggerne ved at give dem en række privilegier: lokalt selvstyre, ret til at bære våben, fritagelse for skat, ret til at sejle under deres eget flag til enhver osmannisk havn og til at yde militær tjeneste i krigstid. Men på trods af privilegierne gjorde himariotterne oprør under følgende konflikter: Osmannisk-venetiansk krig (1537-40), osmannisk-venetiansk krig (1570-73), Moreansk krig
(1684<unk>99), den osmanniske<unk>venetianske krig (1714<unk>18) og de russisk-tyrkiske krige i det 18. århundrede. På den anden side affolkede osmanniske repressalier området og førte til tvungne islamiseringer, som endelig begrænsede områdets kristne befolkning i det 18. århundrede til byen Himarë og seks landsbyer. Desuden blev himarioterne ofte angrebet af laberne, en nærliggende albansk stamme, på grund af deres race og religion. Ved en lejlighed i 1577 anmodede høvdingerne i Himarë paven om våben og forsyninger og lovede at bekæmpe osmannerne. De lovede også at overføre deres religiøse troskab til Rom, hvis de bevarede deres ortodokse liturgiske skikke "da flertallet af befolkningen var græsk og ikke forstod det frankiske sprog". I forskellige breve til europæiske herskere hævdede himarioterne, at de engang blev regeret af ledere som Alexander den Store, Pyrrhus af Epirus og Skanderbeg, personligheder, som himarioterne dannede identisk historisk hukommelse. Den mest citerede figur, som Himaroterne er stolte af gennem deres fortid, er Skanderbeg.