Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1916, efter Rumæniens indtræden i Første Verdenskrig, vendte Rainer tilbage til Bukarest og sluttede sig til Marta, hvor han blev indkaldt til lægehjælp som oberst. Under modangrebet i 1916 oprettede Rainers kirurgiske afdelinger i de hospitaler, der var blevet overfyldt med sårede fra slaget ved Turtucaia.
og zeppelinangrebet på Bukarest. Senere, under Bukarests besættelse af centralmagterne, etablerede Francisc Rainer midlertidige hospitaler i skoler. Han fortsatte med at undervise under den tyske administration, så hans elever ikke skulle gå glip af et år, men var også forpligtet til at undervise i separate kurser for tyske studerende. Han formåede at forhindre besættelsesmyndighederne i at rekvirere fakultetets ejendele. De blev betragtet som politiske mistænkte, og Rainers blev udvalgt til internering i Bulgarien, men blev skånet af Minovici's indgriben på hans vegne. Marta Rainer, der administrerede krigshospitaler, organiserede teams af kirurger for at hjælpe med at håndtere den humanitære krise, og opererede nonstop i den ekstremt kolde vinter 1917/1918.