Fuldfør følgende sætning: Hun blev opkaldt efter sin mors farfarfar Eleonora, som også var hendes gudmor. Ægteskabet mellem Eleonoras forældre blev indgået med det formål at styrke Nevers-grenens krav på Gonzaga-huset til hertugdømmet Mantua og Montferrat, når hovedlinjen ville uddø. Hertugen af Nevers, som var en vasal af kongeriget Frankrig, måtte stå over for modstand fra Ferrante II Gonzaga, hertug af Guastalla, som havde støtte fra Det Hellige Romerske Rige, Kongeriget Spanien og hertugdømmet Savoyen, og således indledte krigen mod Spanien.
Krigen om successionen af Mantua, hvor spædbarnet Eleonora med sine forældre og ældre bror Charles forlod Mantua, men vendte tilbage et år senere efter undertegnelsen af Cherasco-traktaten (19 juni 1631), hvorunder hertugen Charles af Nevers rettigheder blev anerkendt over hertugdømmet Mantua (som den nærmeste mandlige slægtning til den uddøde hovedlinje af huset Gonzaga) og Montferrat (på grund af hans arvinges ægteskab med Maria Gonzaga, den sidste overlevende afkom af den vigtigste Gonzaga-linje og arving til dette hertugdømme, som var påviseligt arveligt af kvinder, da Gonzagas havde erhvervet det gennem ægteskab med Margherita Paleologa i 1540); en måned senere (30 august 1631), døde Eleonoras far af tuberkulose og begyndte en række politiske konflikter mellem hertugen Charles og hendes svigersøn, der endte med udvisning af datter af Savoy Margaret (Maria) fra Mantua.