Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Heiligenstadt blev først bosat for mere end 5000 år siden. Man har også fundet spor af romerske bosættelser. I 1872 blev der fundet rester af en mur i Heiligenstadt, der beviser, at et romersk tårn, en del af limes, engang stod i dette område. En romersk kirkegård er også blevet fundet i nærheden af Jakobskirche (St. James<unk> Kirke), ligesom en Avar grav fra det 6. århundrede. Frankerne fulgte efter og bosatte sig i Heiligenstadt for første gang omkring år 900. Oprindeligt var bosættelsen centreret omkring det område, der nu er kendt som Pfarrplatz, og den indeholdt den første kirke i området. Beboerne var landmænd der var afhængige af deres egne afgrøder. De fangede også krabber og fisk i den vestlige del af Donau (hvor Heiligenstädter Straße i dag ligger). Der blev produceret vin til salg; vinkælder kan til denne dag findes i siden af bakken ved siden af Heiligenstädter Straße. Klosterneuburg-klosteret ejede vinmarker i Heiligenstadt allerede i 1250. I 1304 gav biskop Weinhardt von Passau klosteret ret til at overtage sognet Heiligenstadt efter sognepræstens død. I middelalderen var Heiligenstadt en af de rigere bosættelser i området. En skole er dokumenteret i 1318, og det var sandsynligvis den eneste i området. Ligesom mange andre byer i udkanten af Wien led Heiligenstadt meget under urolighederne i det 15. og 16. århundrede. Matthias Corvinus ødelagde Heiligenstadt i 1484, mens tyrkerne plyndrede under den første belejring af Wien
I 1529 blev Jakobskirche og Michaelskirche (St. Michaels kirke) i høj grad beskadiget. Det var dog muligt at genoprette sidstnævnte i 1534 takket være donationer fra indbyggerne i Döbling, Grinzing, Nußdorf og Heiligenstadt (som alle tilhørte denne sogn).