Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Ved Sommer-OL 2004 i Athen udvidede Stojanovska sit program, hvor hun svømmede i tre individuelle discipliner. Hun postede en FINA A-standard på 2:13.01 (200 m sommerfugl) fra EM
i Madrid, Spanien, hvilket giver hende mulighed for at inkludere 200 og 400 m freestyle i hendes arrangement line-up. På den anden dag af legene placerede Stojanovska syvogtyvende i 400 m freestyle. Hun svømmede i anden heat, hvor hun klarede en 4:20 barriere ved at skrive en tid på 4:19.39 for at tage en fjerde sæde over Jamaicas Janelle Atkinson. Næste dag sluttede hun som 34. i løbet bag Tjekkiets Jana Myšková med 0,02 af et sekund i morgenens heat i 200 m freestyle med en tid på 2:04.64. I sin sidste begivenhed, 200 m sommerfugl, Stojanovska afsluttet sin olympiske løb med en 26. plads indsats, undlader at nå semifinalen for femte gang i træk siden 2000. Hun svømmede i tredje heat, hvor hun rundede et felt på otte svømmere til sidste plads med en tid på 2:16.51, næsten fire sekunder fra den nationale rekord, der blev holdt af Mirjana Boševska.