I februar 2004 forsvandt Rybkin i 4 dage under mystiske omstændigheder. En dag efter sin tilbagevenden beskyldte han Putin-administrationen for medvirken i 1999-bombeangrebene i Moskva.
Det førte til en krig i den russiske republik Tjetjenien. Fem dage senere dukkede Rybkin op i Kiev. Han erklærede senere, at han var blevet kidnappet og bedøvet af russiske FSB-agenter, der lokkede ham til Ukraine med løfter om at arrangere et møde med den tidligere tjetjenske leder Aslan Maskhadov. Da han ankom, blev han tilbudt forfriskninger i lejligheden, og på det tidspunkt blev han "meget døsig". Efter at have været bevidstløs vågnede han den 10. februar. Da han vågnede, blev han vist en videobånd, hvor han udførte "afskyelige handlinger" udført af "forfærdelige perverse". Han fik at vide at båndet ville blive offentliggjort hvis han fortsatte med sin præsidentkampagne. Ifølge Alexander Litvinenko behandlede FSB-agenter tilsyneladende Rybkin med deres standard sandhedspræparat.