Under konføderationen havde deres bailiff et slot på højre bred af Limmat, der kontrollerede adgangen til broen. Den schweiziske nationalforsamling mødtes gentagne gange i Baden fra 1426 til omkring 1712, hvilket gjorde Baden til en slags hovedstad for Schweiz. Rådhuset ('), hvor Folketinget mødtes, kan stadig besøges. I løbet af det 15. århundrede genvandt byen sin popularitet som kursted ('). Byen var stedet for en berømt debat om transsubstantiation fra den 21. maj til den 18. juni 1526. Selv om Zwingli nægtede at deltage personligt, trykte han broadsheets i hele sin varighed og sendte sin assistent Johannes Oecolampadius til at debattere Johann Eck og Thomas Murner. I sidste ende besluttede et flertal sig imod reformatorerne, men der opstod også en betydelig blok på deres vegne. Johann Pistorius afholdt en disputation i byen i 1589. Stein blev omforstærket et eller andet tidspunkt mellem 1658 og 1670, men fæstningen blev opgivet i 1712. I 1714 sluttede traktaterne i Rastatt og Baden fjendtlighederne mellem Frankrig og Habsburgerne, den sidste scene i den spanske arvefølgekrig. En anden Baden-traktat afsluttede
Toggenburgkrigen mellem de protestantiske og katolske schweiziske kantoner i 1718. Baden var hovedstad i kantonen Baden fra 1798 til 1803, da kantonen Aargau blev oprettet.