Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 13. juli 2011 blev det annonceret, at Jonathan ville forlade Santos for at træne med Serie A-giganterne Inter Milan, i afventning af færdiggørelsen af overførslen. To dage senere, den 15. juli, blev han officielt en Inter-spiller og underskrev en fireårig kontrakt. Jonathan debuterede for Inter den 11. september 2011 i anden uge af 2011-12 Serie A.
, spillede de fulde 90 minutter i et 4 til 3 væk tab til Palermo. Tre dage senere debuterede Jonathan i Champions League, hvor han spillede hele kampen på matchdag 1 mod det tyrkiske hold Trabzonspor i et 0-1 tab på San Siro.