Den malaysiske flåde blev genaktiveret den 24. december 1948 ved udbruddet af den malaysiske nødsituation
, den kommunistisk inspirerede oprørskrig mod den britiske koloniale regering. Malayan Naval Force (MNF) regulering blev offentliggjort den 4. marts 1949 af de koloniale myndigheder, og var baseret på en tidligere Royal Air Force radio base station i Woodlands, Singapore. Basen blev kaldt 'MNF Barracks', men blev senere omdøbt til HMS "Malaya". Royal Naval Volunteer Reserve (RNVR) blev rekonstitueret som en fælles styrke bestående af Singapore Division og Federation Division, ved en bekendtgørelse vedtaget i Singapore i 1952. Den malaysiske flådes hovedopgave var kystpatruljering for at stoppe kommunisterne i at modtage forsyninger fra havet. Desuden havde styrken til opgave at bevogte indgange til Singapore og andre havne. MNF var udstyret med et HMS "Test", som blev brugt som træningsskib. I 1950 havde MNF-flåden udvidet sig til at omfatte den tidligere japanske minelayer HMS "Laburnum", Landing Craft Tank (LCT) HMS "Pelandok" ("Mousedeer"), motorfiskerfartøj HMS "Panglima" ("Marshal"), torpedo recovery fartøj HMS "Simbang" og flere søgående forsvar motor lanceringer (SDML). I august 1952 skænkede dronning Elizabeth II titlen "Royal Malayan Navy" til den malaysiske flåde i anerkendelse af dets sterling service i aktion under den malaysiske nødsituation.