Den 11. april 2017 skete der tre eksplosioner i nærheden af holdets bus på vej til en Champions League-kamp mod AS Monaco på Signal Iduna Park. Forsvareren Marc Bartra blev såret og bragt på hospitalet. Dortmund tabte kampen 2 til 3 mod AS Monaco. Dortmunds manager, Thomas Tuchel, gav UEFA skylden for tabet som følge af en uvidende beslutning. UEFA fortsatte med at sige, at holdet ikke gjorde indsigelse mod at spille, og at beslutningen blev truffet i overensstemmelse med klubben og den lokale retshåndhævelse. I anden omgang tabte Dortmund med 1-3, hvilket efterlod den samlede score på 3-6 og så dem elimineret fra årets UEFA Champions League. Den 26. april besejrede Dortmund Bayern München 3-2 i München for at komme videre til DFB-Pokal-finalen i 2017.
, Dortmunds fjerde på hinanden følgende finale og femte i seks sæsoner. Den 27. maj vandt Dortmund DFB-Pokal 2016<unk>17 2<unk>1 over Eintracht Frankfurt med vinderen fra en straf, der blev konverteret af Pierre-Emerick Aubameyang.