Skriv en fortsættelse til dette afsnit - På trods af at være blevet lanceret flere dage efter "Hiyō", var "Jun'yō" den første af parret, der blev bestilt i maj 1942. Hun blev tildelt den fjerde Carrier Division af 1. Air Fleet, sammen med. Skibet fik til opgave at støtte invasionen af Aleuterne, en operation designet til at falde sammen med angrebet på Midway. "Jun'yō" havde 18 A6M2 Zeros og 18 D3As til denne operation. Skibet indledte sit første luftangreb ved daggry den 3. juni mod Dutch Harbor.
på Unalaska Island. Hun opnåede meget lidt under denne operation, idet hun mistede fem fly af alle årsager, og hendes eget fly nedskød kun fem amerikanske fly.