Henderson vendte tilbage til Mellemøsten i 1951 som ambassadør i Iran. Der behandlede han den nyvalgte premierminister, Mohammed Mossadegh, om spørgsmål i forbindelse med Irans olieforekomster, der tidligere var ejet af britiske interesser, som Mossadegh for nylig havde nationaliseret. USA var imod nationaliseringen, og han hjalp med at organisere 1953 CIA-støttede
Det var et kupp, der fjernede Mossadegh, en demokratisk valgt leder.