For at forhindre almindelige muslimer, uanset om de er tyrkere, kurdere eller arabere, i at redde armeniernes liv, blev der vedtaget et dekret, der erklærede straffen for at give armenierne ly ved hængning og ødelæggelse af ens hjem; på trods af dette dekret, beskyttede en række almindelige tyrkere, kurdere og arabere armenierne fra den særlige organisations raseri. Andre almindelige tyrkere, kurdere og arabere hjalp hæren, gendarmerne og den særlige organisation i deportationerne og drabene, motiveret af ønsket om at plyndre armensk ejendom, at have armenske kvinder og piger som sexslaver eller på grund af incitationer fra muslimske gejstlige, der sagde, at folkemordet var en handling af "jihad". Da gendarmerne samlede armenierne til deportation, var det almindeligt, at der blev etableret slavehandlere, hvor en muslimsk mand for den rigtige pris kunne købe armenske kvinder og/eller piger til at bruge som sine sexslaver. Ud over folkedrab mod armenierne udførte CUP-regimet også det assyriske folkedrab mod det assyriske mindretal og det pontiske græske folkedrab
mod de Pontic Grækere i Pontus. I Thrakien og det vestlige Anatolien deporterede den særlige organisation med bistand fra regerings- og hærembedsmænd alle græske mænd i militæralder til arbejdsbrigader fra sommeren 1914 og frem til 1916.