Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I sommeren 1981 sluttede den 28-årige Filipović sig til den regerende portugisiske mester S.L. Benfica, hvor han i løbet af de følgende tre sæsoner scorede 28 mål i 54 liga kampe. Zoran Filipović førte også klubben Benfica til UEFA Cup-finalen i 1983.
Han var den bedste scorer i den sæson og scorede mindeværdige mål for portugiserne i kvartfinalen mod AS Roma og i semifinalen mod Universitatea Craiova.