Under den amerikanske borgerkrig blev han udnævnt til oberstløjtnant i den 18. Wisconsin Volunteer Infantry under oberst James S. Alban. Den 18. Wisconsin blev organiseret i februar 1862, fortsatte til Tennessee i marts, og blev kastet i kamp ved Shiloh
en dag efter deres ankomst. Beall blev såret i slaget og hans ben blev amputeret under knæet. Oberst Alban blev dræbt, sammen med regimentets tredje-i-kommando, major Josiah W. Crane. Efter at være kommet sig tjente Beall som næstkommanderende i en krigsfangelejr i Elmira, New York, hvor fangerne kaldte ham "gammel pælben" og anklagede ham for et mønster af gentagen grusomhed og misbrug.