Tsarriget blev dog svækket af den lange og mislykkede livonske krig mod koalitionen af Polen, Litauen, Sverige, Danmark og Norge for adgang til Østersøen og søhandelen. Samtidig fortsatte tatarerne fra Krimkhanatet, den eneste tilbageværende efterfølger til Den Gyldne Horde, med at angribe det sydlige Rusland. I et forsøg på at genoprette Volga-khanaterne invaderede Krim og deres osmanniske allierede det centrale Rusland
og var endda i stand til at brænde dele af Moskva ned i 1571. Men i det næste år blev den store invaderende hær grundigt besejret af russerne i slaget ved Molodi, hvilket for evigt eliminerede truslen om en osmannisk-krimsk ekspansion ind i Rusland. Slaveangrebene fra Krim ophørte dog ikke før slutningen af det 17. århundrede, selv om opførelsen af nye befæstningslinjer i det sydlige Rusland, såsom den store Abatis-linje, konstant indsnævrede det område, der var tilgængeligt for indbrud.