Et nyt slagskib,, blev bestilt under det nye byggeprogram i 1889. Tilkomsten af den chilenske borgerkrig i 1891 havde et brud mellem de to grene af de chilenske væbnede styrker, mens hovedparten af flåden stod på kongressens side, forblev flertallet af den chilenske hær loyal over for José Manuel Balmaceda. Da flertallet i den nationale kongres brød forbindelserne med regeringen, overtog Jorge Montt kontrollen med flåden i Valparaíso og med bemærkelsesværdige politikere, såsom Ramón Barros Luco, om bord, sejlede flåden nordpå til det nitratrige Tarapacá-område, som Chile havde beslaglagt fra Peru 10 år tidligere. Tarapacá var på det tidspunkt Chiles rigeste region med hensyn til naturressourcer og var uden flåden praktisk talt utilgængelig for den chilenske hær. Herfra organiserede flåden en hær af nitratminedriftarbejdere, som de bevæbnede og trænede til at stå over for Chiles 40.000 mand store hær. I august 1891 blev den nye hær landet i Quintero og besejrede den chilenske hær i slaget ved Concón.
og slaget ved Placilla før præsidentens fraktion opløstes og kongressens side tog magten. Ved valget i oktober 1891 blev Jorge Montt valgt til præsident.