Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I Anden Verdenskrig var området stærkt involveret i udviklingen og produktionen af V-1- og V-2-raketter, indtil produktionen blev flyttet til Nordhausen. Landsbyens havne blev brugt til de skibe, der hentede V-2-vrak fra testlanceringer over Østersøen. Tyske forskere som Wernher von Braun, der arbejdede på V-2-anlægget, var kendt som "Peenemünders". Modstandsbevægelsen omkring præsten Heinrich Maier gav planer om V-1, V-2 raketter og Peenemünde forskningsstation til de allierede. Modstandsgruppen, der senere blev opdaget af Gestapo, var i kontakt med Allen Dulles, chefen for den amerikanske efterretningstjeneste OSS i Schweiz. De allierede bombemaskiner var i stand til at udføre præcise luftangreb med skitserne af produktionsfaciliteterne. Oplysningerne var vigtige for Operation Crossbow og Operation Hydra
, begge pre-missioner for Operation Overlord. Under Operation Hydra blev forskningsanlægget hårdt ramt af RAF's bomberkommando på Peenemünde om natten den 17. til 18. august 1943. Angrebet blev udført af i alt 596 bombefly (324 Avro Lancaster, 218 Handley Page Halifax, 54 Short Stirling). Der var omfattende ødelæggelser, og raketlanceringen af prototypen V-2 blev forsinket med omkring to måneder. 123 mennesker døde, herunder videnskabsmanden Walter Thiel. Wernher von Braun formåede at redde sig selv i en bunker.