I 1992 blev Blue Jays det første canadiske hold til at vinde Commissioner's Trophy, med et par seks-spil sejre over Oakland i
ALCS og Atlanta Braves i World Series. I 1993 gentog de deres succes, med et andet par seks-spil sejre over Chicago White Sox i ALCS og Philadelphia Phillies i World Series. Efter 1993 kunne Blue Jays ikke kvalificere sig til slutspillet i 21 på hinanden følgende sæsoner, indtil de sikrede en slutspillet i 2015.