Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Polens befolkning blev i det store og hele bragt tilbage til katolicismen i den første halvdel af det 17. århundrede, men antiprotestantiske angreb fortsatte. De var oftest i form af skriftlige katolske propagandapublikationer og streng kirkelig censur af afvigende synspunkter. Det eneste tydelige eksempel på aktiv forfølgelse af et religiøst mindretal var udvisningen af de polske brødre, som under den svenske oversvømmelse
Støttede kraftigt kong Karl Gustav. Sejmen i 1658 dømte de såkaldte arianere til landsforvisning, medmindre de konverterede til katolicismen. Som følge heraf forlod flere hundrede familier (ca. fem tusind mennesker) Commonwealth i 1660, mens andre, truet med dødsstraf og konfiskationer, forfalskede konvertering, kun for at udsætte sig for yderligere lovpligtig forfølgelse. De polske brødre var blandt de mest oplyste dele af samfundet, og deres udvisning havde stærke skadelige virkninger på landets intellektuelle udvikling. Andre protestantiske trosretninger blev, i det mindste formelt, beskyttet af reglerne i Warszawas Forbund fra 1573. Mange slesiske protestanter trådte ind i Commonwealth for at undgå rekatolisering i Det Hellige Romerske Rige efter Westfalenfreden i 1648. Der fulgte dog snart yderligere restriktioner.