I januar 1942 blev Houghton næstkommanderende for 40 Commando, og deltog i de allieredes mislykkede
raid på Dieppe den 19. august 1942. Ligesom de fleste af hans enhed, blev han taget til fange af tyskerne i fiaskoen. Som krigsfange blev Houghton lænket i 411 dage og forblev i fangenskab resten af krigen. Han blev efterfølgende tildelt Military Cross for sit mod ved Dieppe og for sin udholdenhed som krigsfange.