I 1940 modtog Friedman en stilling ved University of Wisconsin-Madison, men forlod på grund af forskelle med fakultetet vedrørende USA's inddragelse i Anden Verdenskrig. Friedman mente, at USA skulle gå ind i krigen. I 1943 sluttede Friedman sig til Division of War Research ved Columbia University (ledt af W. Allen Wallis og Harold Hotelling), hvor han tilbragte resten af Anden Verdenskrig med at arbejde som matematisk statistiker, der fokuserede på problemer med våbendesign, militær taktik og metallurgiske eksperimenter.
1945