Udfyld følgende sætning: Nagatomo startede sin anden Inter Milan sæson ved at spille 62 minutter i åbningen
Serie A-kamp mod Palermo, endte i et 4 til 3 nederlag. Den 27. september 2011 gav Nagatomo en assist til Giampaolo Pazzini ved at smage Aleksei Berezutski, før han kørte bolden over målet under 3-2 sejren mod CSKA Moskva i den anden gruppefase i Champions League. Han scorede sit første mål i sæsonen den 10. december 2011 under 2-0 hjemme sejr mod Fiorentina i kampdag 15 i Serie A. Han var igen i scoresheet tre dage senere, da han gik hjem en Ricky Álvarez kryds i 1-0 sejr mod Genoa. I den sidste kamp i 2011 mod Lecce hjemme, Nagatomo produceret en "man of the match" præstation ved at give to assists i en eventuel 4-1 sejr.