Wouda var hovedtræner for hollandsk junior svømning i to år, før han blev udnævnt til assisterende træner for Verhaeren i Eindhoven i oktober 2006. Han førte Maarten van der Weijden til verdensmesterskabet i 25 km og den olympiske titel i 10 km. Han er også træner for Hinkelien Schreuder, der var en del af det hollandske guld 4×100 m freestyle hold og nåede en individuel 7. plads i 50 m freestyle
ved OL i Beijing i 2008.