Whistler deltog i den mexicansk-amerikanske krig, fra 1846 til 1848, og var involveret i belejringen af Veracruz, 9. til 29. marts 1847, slaget ved Cerro Gordo, 17.-18. april 1847, slaget ved Contreras, 20. august 1847, slaget ved Churubusco
, 20. august 1847. Han blev udnævnt til brevet første løjtnant den 20. august 1847 for "Gallant and Meritorious Conduct" i slagene ved Contreras og Churubusco, Mexico.