Duffy flyttede derefter til Alaska, hvor han ledede Alaska Heritage Program ved University of Alaska Anchorage. Hans vigtigste forskning fokuserede på biodiversiteten i Alaskas landskab i forhold til beskyttede områder, men han ledede også det femårige multimillion-dollar APEX (Alaska Predator Ecological Experiment), der overvågede genopretningen af havfugle efter "Exxon Valdez".
olieudslip.