I den amerikanske borgerkrig, Geddes tjente i Unionens hær, tilmelde sig som en privat i 8. Iowa Infantry. Han blev forfremmet til kaptajn og derefter oberstløjtnant, og efter februar 1862 som oberst for frivillige. Han deltog i kampene ved Shiloh
, hvor han blev såret og taget til fange. Han blev fængslet i Madison, Georgia, og i Libby-fængslet i Richmond, Virginia. Efter at være blevet byttet, kæmpede han ved Vicksburg og Jackson. I oktober 1863 fik han kommandoen over en brigade og blev sendt til Brownsville, Texas. Efterfølgende tjente han som provost marshal i det føderale besatte Memphis, Tennessee, som han reddede fra beslaglæggelse af konfødereret kavaleri under Nathan Bedford Forrest. Han kommanderede en brigade i Mobile Campaign og kæmpede med udmærkelse i slaget ved Spanish Fort. Den 13. januar 1866 nominerede præsident Andrew Johnson Geddes til udnævnelse til rang af brevet brigadegeneral af frivillige, til rang fra den 5. juni 1865, og Senatet i USA bekræftede udnævnelsen den 12. marts 1866.