Efter 20 års politisk tavshed, den 9. marts 2009, meddelte Mousavi sin hensigt om at stille op til det iranske præsidentvalg i 2009.
- Hvad? Han erklærede, at hans hovedmål var: at institutionalisere social retfærdighed, lighed og retfærdighed, ytringsfrihed, at udrydde korruption og at fremskynde Irans stagnerende privatiseringsproces og dermed flytte Iran væk fra det, han kaldte "en almissebaseret økonomi". Mousavi kritiserede den daværende konservative præsident, Mahmoud Ahmadinejad, for hans påståede økonomiske fejlstyring og spurgte, når Iran "tjente på de høje oliepriser, havde han (Ahmadinejad) forestillet sig en situation, hvor priserne ville falde?" Den 16. marts 2009 trak den tidligere iranske præsident Khatami sig fra valget til støtte for Mir-Hossein Mousavi.