EFS fungerer ved at kryptere en fil med en bulk symmetrisk nøgle (også kendt som File Encryption Key, eller FEK), som bruges, fordi det tager en relativt lille mængde tid at kryptere og dekryptere store mængder data end hvis en asymmetrisk nøgle-cifer anvendes. Den symmetriske nøgle, der bruges til at kryptere filen, krypteres derefter med en offentlig nøgle, der er forbundet med den bruger, der krypterede filen, og disse krypterede data er lagret i en alternativ dekryptering af den krypterede filstrøm.
yderligere dekrypteringsnøgler