Merriman støttede kraftigt Molteno i at afvise Lord Carnarvons ufornuftige forsøg på at håndhæve et system af britisk konføderation i det sydlige Afrika. Det britiske koloniale kontor omstyrtede til sidst den valgte Kapregering i 1878, og tvang Fengu-Gcaleka
, Anglo-Zulu og første Boer krig, før Confederation planen endelig mislykkedes som forudsagt. Merrimans chok over det britiske koloniale kontors handlinger udviklede sig til en varig afsky for britisk imperialisme.