Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I december 1944, da de kombinerede filippinske og amerikanske styrker fortsatte deres fremrykning for at befri Filippinerne fra japanske styrker, blev regeringen i den Anden Filippinske Republik, som omfattede Aquino, flyttet til Baguio. Derefter blev det fløjet til Japan, hvor dets medlemmer sammen med andre embedsmænd blev arresteret og fængslet i Sugamo-fængslet, da japanerne overgav sig.
- Hvad? Den 25. august 1946 blev Aquino fløjet tilbage til Filippinerne for at blive stillet for Folkedomstolens retssag på grund af anklager om forræderi; nogle få uger senere blev han løsladt på kaution.