Efter krigen dirigerede Ančerl for Radio Prag indtil 1950, hvor han blev kunstnerisk leder af Det Tjekkiske Filharmoniske Orkester, en stilling han med succes varetog i atten år. Efter invasionen af Tjekkoslovakiet i 1968
Ančerl emigrerede til Toronto, Canada, hvor han arbejdede som musikdirektør for Toronto Symphony Orchestra indtil sin død i 1973.