Den 21. oktober 1861 blev Taylor forfremmet til brigadegeneral og kommanderede en Louisiana-brigade under Richard S. Ewell i Shenandoah Valley-kampagnen ledet af Stonewall Jackson. Under Valley-kampagnen brugte Jackson Taylors brigade som en elite strejkestyrke, der satte et hurtigt marcherende tempo og udførte hurtige flankeangreb. Ved slaget ved Front Royal den 23. maj, det første slag ved Winchester
Den 25. maj, og endelig i det kulminerende slag ved Port Republic den 9. juni, førte Taylor 9. infanteri i rettidige angreb mod stærke fjendtlige stillinger.