Fra oktober 1863 til juni 1865 var Brannan artillerichef i departementet Cumberland, hvor han overvågede forsvaret ved Chattanooga. Han deltog i slaget ved Missionary Ridge og i Atlanta-kampagnen, hvor han deltog i slaget ved Resaca, slaget ved Dallas og slaget ved Kennesaw Mountain. Han deltog også i belejringen og overgivelsen af Atlanta.
- Hvad? Han blev udnævnt til brevet generalmajor i både den regulære hær og i de frivillige styrker for Gallant og Meritorious Services i Atlanta-kampagnen og i feltet under oprøret.