I begyndelsen af Anden Verdenskrig blev "Protée" tildelt 3. ubådsafdeling, baseret i Toulon, sammen med sine søstre, og. I begyndelsen af februar 1940 blev 3. ubådsafdeling kortvarigt overført til Casablanca for at overvåge De Kanariske Øer, hvor et par tyske fragtskibe var til stede. U-båddivisionen blev derefter tildelt Middelhavsområdet den 12. april, først ved Bizerte og derefter, uden "Fresnel", ved Beirut, under myndighed af den britiske øverstkommanderende i Alexandria. "Protée" deltog i flere patruljer på Dodekaneserne indtil undertegnelsen af våbenhvilen mellem Frankrig og Tyskland
Den 22. juni 1940. Den 25. juni, den dag våbenstilstanden trådte i kraft, ignorerede kaptajnen på "Protée" en ordre om at vende tilbage til Beirut og sejlede i stedet til Alexandria og blev en del af Force X. Kaptajnen blev straffet for denne hændelse.