Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Maskhadov talte for væbnet modstand mod, hvad han så som en russisk besættelse af Tjetjenien, men fordømte angreb på civile. Han har angiveligt støttet mordet på den prorussiske tjetjenske præsident Akhmad Kadyrov i Tjetjenien, samtidig med at han fordømte det russiske mord på den tjetjenske separatistiske ekspræsident Yandarbiyev i Qatar i 2004. Maskhadov benægtede ofte ansvaret for de stadig mere brutale terrorhandlinger mod russiske civile fra Basayevs tilhængere, og udgav løbende fordømmelser af sådanne hændelser gennem talsmænd i udlandet, såsom Akhmed Zakayev i London. Den 24. oktober 2002 blev der dog aflyttet radiokommunikation fra Maskhadovs meddelelser, hvor han opfordrede til intensivering af terroraktiviteter og sabotage på russisk territorium. Bevis for Maskhadovs medvirken i gidselkrisen i Moskva-teatret i 2002 blev leveret af de to hovedforbrydere, Movsar Barayev og Abu Said. Selv om han i første omgang benægtede ansvaret for 2004 Nazran raid
I juli 2004 tog Maskhadov offentligt ansvar for angrebene. I samme måned lovede Maskahdov, at lignende angreb ville ske, og lovede, at vinderen af Tjetjeniens kommende præsidentvalg ville være illegitim og ville blive angrebet, hvis det var nødvendigt. Han beskrev oprørerne bag Beslan-skolebeslaget som "galninge" drevet ud af deres sanser af russiske brutale handlinger og kaldte terrorangrebet en grusomhed.