Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1815 blev den russisk-tyske legion integreret i den preussiske hær, og Clausewitz genindtrådte den preussiske tjeneste som oberst. Han blev snart udnævnt til stabschef for Johann von Thielmanns III Korps. I denne egenskab deltog han i slaget ved Ligny og slaget ved Wavre under Waterloo-kampagnen i 1815. En hær ledet personligt af Napoleon besejrede preusserne ved Ligny (syd for Mont-Saint-Jean og landsbyen Waterloo) den 16. juni 1815, men de trak sig tilbage i god orden. Napoleons manglende evne til at ødelægge de preussiske styrker førte til hans nederlag et par dage senere i slaget ved Waterloo (18 juni 1815), da de preussiske styrker ankom på hans højre flanke sent på eftermiddagen for at støtte de anglo-hollandsk-belgiske styrker, der pressede hans front. Napoleon havde overbevist sine tropper om, at de grå uniformer var marskal Grouchys grenadierer. Clausewitz' enhed kæmpede i undertal ved Wavre
(1819 juni 1815), der forhindrede store forstærkninger i at nå Napoleon ved Waterloo. Efter krigen fungerede Clausewitz som direktør for "Kriegsakademie", hvor han tjente indtil 1830. I det år vendte han tilbage til aktiv tjeneste i hæren. Kort tid efter udbrød der flere revolutioner rundt om i Europa, og der var en krise i Polen, hvilket syntes at være et forvarsel om en anden stor europæisk krig. Clausewitz blev udnævnt til stabschef for den eneste hær Preussen var i stand til at mobilisere i denne nødsituation, som blev sendt til den polske grænse. Dens kommandant, Gneisenau, døde af kolera (august 1831), og Clausewitz overtog kommandoen over den preussiske hærs bestræbelser på at konstruere et koleraudbrud (den første gang kolera var dukket op i det moderne Europa, hvilket forårsagede en kontinentel panik). Clausewitz selv døde af den samme sygdom kort tid efter, den 17. november 1831.