Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Han forblev loyal over for præsident Ali Nasser Mohammed under borgerkrigen i det sydlige Yemen
, og fulgte ham i eksil i nabolandet Nordjemen. Under borgerkrigen i Yemen i 1994 støttede Hadi den yemenitiske regering under præsident Ali Abdullah Saleh og blev udnævnt til forsvarsminister. I denne rolle førte han den militære kampagne mod Den Demokratiske Republik Yemen. Efter krigen blev han forfremmet til vicepræsident den 3. oktober 1994, hvor han erstattede Ali Salim Al-Beidh, der havde trukket sig tilbage og kæmpede mod regeringen under borgerkrigen.