Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Bourdais testede betydeligt for Toro Rosso holdet i løbet af vinteren, selv om han var usikker på en kørsel hen mod det nye år. Den 6. februar 2009 blev han dog bekræftet som en Toro Rosso-kører for et andet år, partner med den schweiziske rookie Sébastien Buemi. På trods af to point i året ved Australian Grand Prix og i Monaco, Bourdais kæmpede for at matche sin mindre erfarne holdkammerat. I Spanien
Bourdais ramte Buemis bil, da feltet forsøgte at undgå en spundet Jarno Trulli i første omgang, hvilket sluttede løbet for begge kørere. Ved det britiske Grand Prix kolliderede Bourdais med McLaren-køreren Heikki Kovalainen, hvilket igen sluttede løbet for begge. Ved Tysklands Grand Prix fik han en mekanisk fejl efter at have kvalificeret sig som sidste med over et sekund.