For Koht personligt var borgerkrigen i Spanien ved flere lejligheder nær ved at bringe hans regeringskarriere til ophør. Den 9. april 1937, efter en række hændelser, hvor frankistiske krigsskibe afskærmede norske skibe, der sejlede i spanske havne og konfiskerede både gods og skibe, og norske protester, der ikke fik resultater, fremsatte Koht et formelt forslag om at sende den norske minelager "Olav Tryggvason" til Spanien for at beskytte norsk skibsfart. Efter at forslaget mødte modstand i parlamentet og var sat til at mislykkes, tilbød Koht at træde tilbage. Premierminister Nygaardsvold nægtede at acceptere Kohts afsked, idet han erklærede, at han "foretrækker at blive skudt end at miste Koht". Sagen var tæt på at forårsage hele kabinettet fald i parlamentet, før det blev aftalt, at det ville blive droppet. Da Koht i 1938 forsøgte at indgå en handelsaftale med Franco, blev han blokeret af sit eget parti og det norske fagforeningsforbund. Koht anmodede igen om at blive tilladt at træde tilbage, men blev efter flere måneders debat, der endte med, at partiet gav kabinettet fri fod at gøre, hvad det så bedst i forhold til handel med Franco. I oktober 1938 havde Koht forhandlet en handelsaftale med Franco. Den formelle norske anerkendelse af Francos regering som repræsentant for Spanien fulgte den 31. marts 1939, tre dage efter Madrids fald.
til de nationalistiske kræfter.