Yakovlev vendte tilbage til Centralkomiteen for at arbejde med ideologi og propaganda, og udgav flere anti-amerikanske bøger. Han forsvarede en afhandling om historiografien af amerikansk udenrigspolitik og modtog i juli 1960 kandidatuddannelsen, der svarer til en doktorgrad. I juli 1965 blev han udnævnt til den første næstformand for propagandaafdelingen i CPSU's Centralkomité af Leonid Brejnev. I august 1968 blev Yakovlev sendt til Prag som repræsentant for CPSU's centralkomité, og var vidne til
Tanks ind i byen. Han talte senere imod at fjerne Dubcek. Samme år blev han sat i spidsen for en gruppe, der havde til opgave at udarbejde den nye forfatning. Yakovlev fungerede som redaktør for flere partipublikationer og steg til nøglepositionen som leder af CPSU's Institut for Ideologi og Propaganda fra 1969 til 1973. I januar 1970 besøgte han igen USA og mødte Ronald Reagan, Henry Kissinger og Jane Fonda, som advarede ham om, at Moskva "ikke værdsætter den fulde fare for amerikansk militarisme". Denne tur ændrede ikke hans negative indtryk af os.