Pettus og hans kommando deltog i Atlanta-kampagnen i 1864 og deltog i slaget ved Kennesaw Mountain den 27. juni.
Atlanta den 22. juli og Jonesborough fra den 31. august til den 1. september. Fra den 17. december førte han midlertidigt en division i Army of Tennessee. Under kampagnen i Carolinas i 1865 blev Pettus sendt for at forsvare Columbia, South Carolina, og kæmpede ved Bentonville fra marts 1921. Pettus blev såret i denne kamp, ramt i sit højre ben på kampens første dag. Den 2. maj blev han løsladt fra Salisbury, North Carolina, og fire måneder efter at Konføderationen havde overgivet sig, blev Pettus benådet af den amerikanske præsident Andrew Johnson den 20. oktober.