Maflin vandt tre kampe for at nå til den sidste runde i kvalifikationen til to af de første fem rangering begivenheder i sæsonen 2012/2013. Disse kom i Wuxi Classic, hvor han tabte i en afgørende ramme til Michael Holt, og det internationale mesterskab, hvor han tabte 2<unk>6 til Mark Davis. Han udnyttede det nye fladere kvalifikationssystem, der blev brugt i de tyske mestre, hvorved han kun skulle vinde to kampe for at komme videre til hovedfasen i Berlin, ved at slå Joel Walker og Tom Ford, og kun droppe en enkelt ramme i processen. På spillestedet besejrede Maflin Xiao Guodong 5<unk>4, før han tabte 3<unk>5 til Holt i de sidste 16. Maflin havde en meget god sæson i de mindre rangerede PTC-begivenheder, med hans bedste resultater kom på Gdynia Open og FFB Open, hvor han blev slået ud i kvartfinalen af henholdsvis Jamie Burnett og Rod Lawler. I sidstnævnte begivenhed havde Maflin uden tvivl den bedste sejr i sin karriere, ved at komme tilbage fra 0 <unk> 3 for at besejre in-form Neil Robertson i en tv-sendt kamp. Han nåede også de sidste 16 i Scottish Open
(Scoring hans anden maksimale pause undervejs) for at hjælpe ham med at afslutte 23. på Order of Merit, inden for de øverste 26 der kvalificerede sig til finalen. Der havde Maflin det bedste løb i en rangering i sin karriere ved at slå 1997 verdensmester Ken Doherty 4<unk>2, Lawler og Ben Woollaston begge 4<unk>3 for at nå semifinalen. Han spillede Ding Junhui og blev udspillet i et 0<unk>4 nederlag, og formåede kun at score i alt 52 point i hele kampen. Ikke desto mindre var checken på £ 20.000 for at nå de sidste fire den højeste i hans karriere til dato. Maflin slog Craig Steadman og Steve Davis for at komme videre til den sidste runde af World Championship Qualifying. Han førte tidligere verdensmester Peter Ebdon 8<unk>6 men tabte fire rammer i træk for at blive nægtet en plads i verdensmesterskabet for første gang. Han steg sin placering med otte pladser i løbet af året for at afslutte det verdens nummer 64.