Ferris' stigning gennem rækkerne bragte ham kommandoen over flere små skibe i fredstiden mellem slutningen af den amerikanske uafhængighedskrig og udbruddet af de franske revolutionære krige, men han opnåede ikke rangen som fuld post-kaptajn før begyndelsen af krigene med Frankrig. Han tilbragte det meste af krigen i kommandoen over et enkelt skib, på en række eklektiske tjenester. Mere aktive og konventionelle kommandoer fulgte, og han var involveret i indtagelsen af Gorée i 1801. Da han kom frisk tilbage fra denne triumf, blev han udnævnt til kommandoen over 74-kanonerne og sendt ud med en flåde under kontreadmiral Sir James Saumarez for at patruljere franske og spanske havne. Mens han udførte denne opgave, opdagede Saumarez og angreb en eskadrille under Charles-Alexandre Léon Durand Linois. Denne foranstaltning, som
Første slag ved Algeciras var hårdt udkæmpet, og briterne blev hæmmet af lavt vand, let brise og tilstedeværelsen af fjendens kystbatterier. "Hannibal" strandt og blev alvorligt beskadiget, hvilket medførte en række tab. Forsøgene på at få skibet til at flyde af mislykkedes, og resten af flåden kunne ikke hjælpe skibet. I en håbløs situation blev Ferris tvunget til at overgive sit skib.