Oprindeligt blev templet grundlagt som et meditationscenter, efter at Maechi Chandra og den nyordinerede munk Luang Por Dhammajayo ikke længere kunne rumme det stigende antal deltagere i deres aktiviteter på Wat Paknam Bhasicharoen. Centret blev et officielt tempel i 1977. Templet voksede eksponentielt i 1980'erne, da templets træningsprogrammer blev bredt kendt blandt den urbane middelklasse. Wat Phra Dhammakaya udvidede sit område, og der blev påbegyndt opførelsen af en enorm "stupa" (pagode). I perioden med den asiatiske økonomiske krise blev templet imidlertid udsat for kritik, da Luang Por Dhammajayo blev anklaget for underslæb og fjernet fra sit embede som abbed. I 2006 blev han renset for disse anklager og han blev genindsat som abbed. Templet voksede yderligere og blev kendt for sine aktiviteter inden for uddannelse, fremme af etik og stipendiumsprojekter. Under militærjuntaen i 2014
, blev abbed og templet sat under kontrol igen, og Luang Por Dhammajayo blev anklaget for at have modtaget stjålne penge gennem donationer fra en tilhænger. Templet er blevet omtalt som den eneste indflydelsesrige organisation i Thailand, der endnu ikke er blevet underkastet den herskende junta, som har lukket de fleste af oppositionen ned, siden den tog magten. De retslige processer mod abbeden og templet siden 1990'erne har ført til megen debat om statens procedurer og rolle i forhold til religionen, en debat, der er blevet intensiveret under juntaens lukning af templet i 2017. Fra 2017 har myndighederne ikke fundet Luang Por Dhammajayo, og i 2018 blev Phrakhru Sangharak Rangsarit tildelt som den officielle abbed i stedet.