Halsey blev udnævnt til kommandør for det sydlige Stillehavsområde, og ledede de allierede styrker i løbet af slaget om Guadalcanal (1942-1943) og kampene op ad Solomon-kæden
(1942­1945). I 1943 blev han udnævnt til kommandør for den tredje flåde, en stilling han holdt gennem resten af krigen. Han deltog i slaget ved Leytebugten, det største søslag i Anden Verdenskrig og efter nogle kriterier det største søslag i historien. Han blev forfremmet til flådemiral i december 1945 og trak sig tilbage fra aktiv tjeneste i marts 1947.