Ud over at arbejde for Greater Asia Association, fungerede Matsui også under hele krigen som præsident for Association for the National Defense Concept, en virulent anti-vestlig og antisemitisk organisation grundlagt i februar 1942 for at støtte den japanske krigsindsats. I 1945, da de allierede angreb Filippinerne, erklærede Matsui over radioen at Japan aldrig ville trække sig tilbage fra Filippinerne "selv om Tokyo blev reduceret til aske". Kort efter erklærede han også sine planer om at tale på et foredragssamling den 20. august mod enhver overgivelse. Ikke desto mindre hørte Matsui den 15. august 1945 i sit hjem i Atami kejser Hirohitos meddelelse om Japans overgivelse
betingelsesløst til de allierede.