Shelby American arbejdede sammen med Ford for at omdesigne GT40 til 66-sæsonen ved at erstatte 289 kubik tommer (4.7 L) motoren med Fords større, mere kraftfulde 427 kubik tommer. (7,0 L) motor. Mk II GT40 opnåede stor succes, med Shelby American's sejre i Daytona, Sebring og Le Mans, der gav Ford International Manufacturer's Championship i 1966. Shelby American-biler sluttede første (Miles & Ruby igen) og anden (Gurney & Jerry Grant) i Daytona, første i Sebring (Miles & Ruby), og første (McLaren & Chris Amon) og anden (Miles & Denny Hulme) i Le Mans
- Hvad? Gurney og Grant ville have været nummer to på Sebring, men deres bil gik i stykker i sidste omgang, og Gurney skubbede den over mållinjen, hvilket automatisk diskvalificerede dem.