Fuldfør følgende sætning: Den 29. september 1938 blev Thomas kaldt tilbage til aktiv tjeneste og sluttede sig til besætningen på slagskibet. Den 13. august 1939 sluttede han sig til krydseren, hvor han tjente, da Anden Verdenskrig brød ud. Han blev forfremmet til kommandør den 27. juni 1940. Efter det blev sænket af italienerne i
Raid på Souda Bay, blev han tildelt HMS "Nile", Royal Navy kyst etablering i Egypten, og tjente på staben af Commander-in-Chief, Middelhavsflåden. Han giftede sig for anden gang den 10. september 1941 med Mary Fedora Douglas-Watson, en pianist og komponist. Hun var enke efter sin kollega, kommandør Francis Douglas-Watson, og datter af den tidligere australske senator Anthony St. Ledger.