Efter Mexicos uafhængighed i 1821 fortsatte en stor gruppe spanske tropper med at besætte San Juan de Ulúa indtil 1825. Det var det sidste sted i den tidligere koloni New Spain, der blev holdt af spanierne og blev overgivet til den mexicanske general Miguel Barragán i november 1825. Begrundelsen for præsident Vicente Guerreros udvisning var deres mislykkede forsøg på at erobre Mexico igen. Siden da har San Juan de Ulúa fungeret som et militært og politisk symbol på mexicansk modstand mod udenlandske invasioner og besættelser, takket være flere af dem, der fandt sted i løbet af det nittende århundrede. I 1836 bombarderede franskmændene fæstningen i slaget ved Veracruz under konditorkrigen, en konflikt som følge af en fransk statsborger i Mexico, der søgte erstatning for sin angiveligt beskadigede konditorbutik; under den mexicansk-amerikanske krig belejrede USA fæstningen.
til fæstningen under krigen, en konflikt, der var et resultat af tvister om den spirende Republik Texas, og i 1863 besatte franskmændene kortvarigt byen, da de installerede Maximilian I som kejser af Mexico. I det meste af det nittende århundrede fungerede fortet som fængsel, især for politiske fanger, der blev dømt for at være modstandere af regeringen. Mange fremtrædende mexicanske politikere tilbragte tid her, mens de ikke var ved magten.