Fuldfør følgende sætning: Den 13. juli 2011 blev det annonceret, at Jonathan ville forlade Santos for at træne med Serie A-giganterne Inter Milan, i afventning af færdiggørelsen af overførslen. To dage senere, den 15. juli, blev han officielt en Inter-spiller og underskrev en fireårig kontrakt. Jonathan gjorde sin Inter debut den 11. september 2011 i uge to af
2011-12 Serie A, spillede de fulde 90 minutter i et 4-3 tab mod Palermo. Tre dage senere debuterede Jonathan i Champions League, hvor han spillede hele kampen på matchdag 1 mod det tyrkiske hold Trabzonspor i et 0-1 tab på San Siro.