Efter at være kommet sig fra sine sygdomme blev han udnævnt til forbindelsesofficer ved 6. divisionens hovedkvarter i september 1943 og blev forfremmet til midlertidig major samme måned, hvilket blev væsentligt i maj 1945. Senere deltog han i Staff School i Cabarlah, Queensland, og efter at have afsluttet kurset blev han udstationeret til den 1. australske kombinerede operationer sektion i oktober 1944. Han var tilknyttet 7. divisions hovedkvarter og hjalp med at planlægge de amfibiske landinger ved
Morotai og Balikpapan. Ferguson blev nævnt i Depatches for sin planlægning.