Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Hun blev opkaldt efter sin mors faderlige tante, den hellige romerske kejserinde Eleonora, som også var hendes gudmor. Ægteskabet mellem Eleonoras forældre blev indgået med det formål at styrke Nevers-grenens krav på Gonzaga-huset til hertugdømmet Mantua og Montferrat, når hovedlinjen ville uddø. Hertugen af Nevers, en vasal af Kongeriget Frankrig, måtte stå over for modstand fra Ferrante II Gonzaga, hertug af Guastalla, der regnede med støtte fra Det Hellige Romerske Rige, Kongeriget Spanien og Hertugdømmet Savoyen, og dermed startede krigen om Mantua-successionen
, hvor spædbarnet Eleonora med sine forældre og ældre bror Charles forlader Mantua, men vendte tilbage et år senere efter undertegnelsen af Cherasco-traktaten (19 juni 1631), hvorunder hertugen Karl af Nevers rettigheder blev anerkendt over hertugdømmet Mantua (som den nærmeste mandlige slægtning til den uddøde hovedlinje af huset Gonzaga) og Montferrat (på grund af hans arvinges ægteskab med Maria Gonzaga, den sidste overlevende afkom af den vigtigste Gonzaga-linje og arving til dette hertugdømme, som var påviseligt arveligt af kvinder, da Gonzagas havde erhvervet det gennem ægteskab med Margherita Paleologa i 1540); en måned senere (30 august 1631), døde Eleonoras far af tuberkulose, og en række politiske konflikter begyndte mellem hertugen Karl og hendes svigerdatter, der endte med udvisning af Margareta af Savoye (Maria, Marias mor) fra Mantua.