Efter Corunna vendte Soult sin opmærksomhed mod invasionen af Portugal. Soults 2. korps havde 20.000 mand til operationen. Han stormede den spanske flådebase ved Ferrol den 26. januar 1809 og erobrede otte linjeskibe, tre fregatter, flere tusinde fanger og 20.000 Brown Bess-musketter, som blev brugt til at omudstyre det franske infanteri. I marts 1809 invaderede Soult Portugal gennem den nordlige korridor, med Francisco da Silveiras 12.000 portugisiske tropper, der udfolder sig midt i optøjer og uorden, og inden for to dage efter at have krydset grænsen havde Soult taget fæstningen Chaves. 16.000 af Soults professionelle tropper angreb og dræbte 4.000 af 25.000 uforberedte og udisciplinerede portugisere ved Braga.
På bekostning af 200 franskmænd. I det første slag ved Porto den 29. marts gik de portugisiske forsvarere i panik og mistede mellem 6.000 og 20.000 mand døde, sårede eller fanget og enorme mængder forsyninger. Med mindre end 500 tab havde Soult sikret Portugals anden største by med sine værdifulde skibsværfter og arsenaler intakte. Soult stoppede i Porto for at genopbygge sin hær, før han rykkede mod Lissabon.