Murtaugh bad om at blive manager, efter at Larry Shepard blev fyret. Da han blev helbredt, blev han skipper for Pirates igen. (Kun få timer efter denne genansættelse den 9. oktober døde Don Hoak, hans tredje baseman på 1960 World Series-mester Pirates og en manager i Pirates 'farmsystem i 1969, af et hjerteanfald efter at have troet, at han var en førende kandidat til at styre moderklubben.) Hans to første klubber vandt National League East Division titlerne i 1970/71. Selvom truppen faldt i den sæson National League Championship Series til Cincinnati Reds, Murtaughs 1971 Pirates besejrede San Francisco Giants i NLCS
og derefter erobrede 1971 World Series med en mindeværdig comeback fra en to-spil-til-intet underskud mod favoritter Baltimore Orioles. Den World Series var præget af den strålende præstation af den fremtidige Baseball Hall of Famer Roberto Clemente, der slog.414 med 12 hits for at føre sit hold til mesterskabet.