Historien foregår i år 3394, tusind år efter at menneskeheden flygter fra Jorden efter at den blev ødelagt af en race af formskiftende rumvæsener <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ))), ombord på hundredvis af massive rumskibe skabt af planetens rester. Et sådant skib er Sidonia, som har udviklet sin egen menneskelige kultur tæt baseret på den i Japan, hvor menneskelig kloning, aseksuel reproduktion og menneskelig genteknologi, såsom at give mennesker fotosyntese, er almindeligt. Det afsløres også, at de øverste rækker i dette samfund hemmeligt har fået udryddelse. Med en befolkning på over 500.000 mennesker er Sidonia muligvis den sidste menneskelige bosættelse, da skæbnene for de andre skibe er ukendte.
Japan