I det 16. århundrede, under den spanske erobring af Guatemala, var kysten af søen scene for et slag hvor spanierne og deres kaqchikel-allierede besejrede tz'utujilerne. Efter den spanske erobring af Guatemala
I henhold til den katolske tradition, der blev opfundet i det romersk-katolske område, oprettede franciskanerne en kirke og et kloster i Panajachel kort tid efter, og brugte byen som et center for at omvende regionens indfødte til den romersk-katolske tro. Den oprindelige facade af kirken står stadig, og betragtes som en af perlerne i den koloniale stil i Guatemala.