Fuldfør følgende sætning: Massa startede godt hos Ferrari, og kvalificerede sig som anden ved åbningsløbet i
Bahrain, og kom fra 21. position til 5. i Malaysia, hvor han slog holdkammeraten Michael Schumacher, der startede fra 14. Men i Bahrain, både i lørdagens træning og i løbet, genoptog Massa sin tendens til at spinne, og savnede knap nok Fernando Alonso, den endelige vinder af løbet. Ved Australiens Grand Prix styrtede han sin Ferrari i kvalifikationen, og kolliderede derefter med Christian Klien og Nico Rosberg i det første hjørne af løbet. Ikke desto mindre scorede Massa sin første karriere podium på Nürburgring, hvor han sluttede på tredjepladsen bag Michael Schumacher og Fernando Alonso. Han satte også det hurtigste omløb i Barcelona i 2006. Massa havde fire podiumfinaler i 2006, og tog sin første F1 pole position og sin første F1 sejr på at Istanbul Park kredsløb. Hans fremtidige stilling hos Ferrari blev sikret, da Michael Schumacher annoncerede den 10. september 2006, at han ville trække sig tilbage fra F1 ved slutningen af sæsonen 2006. Den 22. oktober vandt Massa sit hjemmeløb på Interlagos, hvilket gjorde det til den første gang en brasiliansk kører havde vundet på Interlagos siden Ayrton Senna i 1993. Massa sluttede sæsonen som tredje med 80 point, bag verdensmester Fernando Alonso og Ferrari holdkammerat Michael Schumacher.