I 2004 gjorde holdet sin største signing, da den tidligere verdensmester Damon Hill, en kandidat fra Jordans F3000-program, erstattede Fisichella. Teamet erstattede også sine Peugeots, som gik til Prost, med Mugen Honda motorer. Indtil halvvejs i sæsonen havde Jordan ikke scoret et eneste point på grund af pålidelighedsproblemer. På det tidspunkt signerede de Mike Gascoyne fra Tyrrell for at styrke det tekniske team og den langvarige tekniske direktør Gary Anderson trådte tilbage et par måneder efter. Tingene forbedrede sig kraftigt mod slutningen af sæsonen, og ved det regnfulde belgiske Grand Prix det år
I hvilken kun seks biler sluttede, Hill tjente Jordan deres første nogensinde Formula One sejr, som også var Hill 22. karriere Grand Prix sejr. Ralf Schumacher endte som nummer to. Det blev dog senere afsløret, at det var holdets ordrer - Schumacher var blevet beordret til ikke at passere Hill. Michael blev vred over det og sagde til Jordan at Ralf aldrig ville køre for holdet igen og købte sin brors kontrakt for 2 millioner pund. Hill sluttede på sjettepladsen i kørekortet med Ralf på tiendepladsen. Hill's sidste omgang, sidste hjørne-flyt på Heinz-Harald Frentzen i Suzuka gjorde det muligt for ham at afslutte løbet på fjerdepladsen og også tjente Jordan fjerdepladsen i Konstruktionsmesterskabet for 1998 (dette blev tempereret af spekulationer om, at Frentzen havde "giftet" stedet til Hill, da tyskeren havde bekræftet en flytning til Jordan for 1999, efter en tumultfuld karriere med Williams).