I oktober 1985 blev han valgt til YSP's Politbureau og som sekretær for Centralkomiteen, men krisen var brudt ud den 13. januar 1986 i en voldelig kamp i Aden mellem Ali Nasirs tilhængere og Ismails tilhængere. (Se Sydjemen borgerkrig
Kampene varede i mere end en måned og resulterede i tusindvis af tab, Ali Nasirs afgang og Ismails mystiske forsvinden. Han blev angiveligt dræbt, da flådestyrker loyale over for Ali Nasir bombarderede hans hjem i Aden.