Malagridas indflydelse ved hoffet i Lissabon mødte stor fjendtlighed fra premierminister Carvalho, den fremtidige marquis af Pombal. Carvalho forsøgte at genopbygge Lissabon efter jordskælvet i 1755
, som Malagrida prædikede var en retfærdig Guds straf på et syndigt folk. Carvalho var vred over den implicitte kritik af regeringen og overtalte kong José til at forvise Malagrida til Setúbal i november 1756 og fik alle jesuitter fjernet fra hoffet.