Udfyld følgende sætning: I slutningen af september begyndte hårde kampe for at få kontrol over det høje område, der overså havnen. Republikanske kystbatterier udvekslede ild med Royal Navy-skibe, hvor HMS "Princess Royal" led store tab i en ammunitionseksplosion, og den 30. september erobrede republikanske tropper under kaptajn Napoleon Bonaparte bakken Pharon, kun for at blive drevet væk den følgende dag af en kombineret styrke af britiske, spanske, napolitanske og sardinske soldater under Lord Mulgrave. I begyndelsen af oktober opmuntrede napolitanske forstærkninger til en række succesfulde angreb på de republikanske højder, men senere i måneden havde Hood og Lángara en alvorlig uenighed om kommandoen over belejringen, Lángara gik så langt som at true Hoods flagskib "Victory" før de i sidste ende trak sig tilbage. I slutningen af måneden havde de allierede samlet mere end 16.000 mænd, hvoraf 6.000 var spanske tropper. Det britiske bidrag var lidt over 2.000 mand, reduceret af Royal Navy's forpligtelser andre steder i Middelhavet. En betydelig mængde østrigske forstærkninger blev forventet fra Genova, men blev forhindret i at sejle af en kombination af østrigsk uforsonlighed og genovesisk vrede over den britiske krænkelse af deres neutralitet under aktionen den 5. oktober 1793. De allierede havde så lidt tropper, at Hood hyrede 1.500 lejesoldater fra Riddere af Malta, selv om de ikke ankom før afslutningen af belejringen. De republikanske styrker voksede hurtigt i denne periode, da forstærkninger blev frigivet ved afslutningen af krigen.
Belejringen af Lyon nåede belejringerne i Toulon, hvor den republikanske hær samlede cirka 33.000 soldater under general Jacques François Dugommier.