Afslut følgende sætning: Under Latimers andet studieår brød borgerkrigen ud, og Latimer forlod VMI for at tjene Sydstaterne. Han tjente først som kadet drillmaster for Richmond Hampden Artillery i løbet af foråret og sommeren 1861. I efteråret blev han udnævnt til første løjtnant og deltog med generalmajor Richard S. Ewells division i Shenandoah Valley-kampagnen i 1862. Efter at have udmærket sig med sit batteri i slag som
Først Winchester og Cedar Mountain, blev Latimer forfremmet til kommandoen over bataljonen, der tidligere havde tilhørt A. R. Courtney. Efter at have befalet bataljonen ved Fredericksburg i december 1862 blev Latimer forfremmet til major i marts 1863. Ewell omtalte ham som "den unge Napoleon", men hans samtidige bemærkede hans ungdom og lille, lille statur ved at kalde "Boy Major". Han blev officer i major Richard Snowden Andrews' bataljon i major general Edward "Allegheny" Johnsons division.