Efter sin tilbagevenden til Flandern blev Coxie i Mechelen og tog to elever på sit værksted. Men Mechelen var blevet et kulturelt ødemark, mens Antwerpen tilbød attraktive muligheder, da mange af de altertavler, der var blevet ødelagt, skulle udskiftes, og dens førende historie malere Frans Floris og Willem Key var lige døde. Han færdiggjorde et altertavle i Antwerpen i 1575 og blev registreret i Antwerpen i 1578. Han forblev i Antwerpen i perioden fra 1580 til 1585, da byen var styret af en calvinistisk regering. Som katolik kunne han endog få opgaver hos den lokale regering, der var tolerant over for katolikker. I 1585 blev han registreret som lejer i Kloosterstraat i Antwerpen, mens hans hus i Mechelen blev udlejet. Efter Antverpens fald
Med den spanske katolske regerings tilbagevenden til byen i 1585 fik Coxie øjeblikkeligt provisioner fra Mechelen, herunder bystyret. Den spanske konges fortsatte værdsættelse af den ældre kunstner viste sig da han i 1589 gav ham en livrente. Coxie fortsatte med at male, selv da han var over 90 år gammel. Hans sidste værk, dateret 1592, var, i dag i katedralen St. Michael og St. Gudula i Bruxelles. Dette indeholder på bagsiden af en af sidepanelerne det eneste kendte portræt af Filip II malet af kunstneren. Kort tid efter døde han ved et uheld da han faldt ned fra en stillads mens han arbejdede på en restaurering af "Salomos dom" i Antwerpen' rådhus, som han havde lavet ni år tidligere for Antwerpen' byråd.