Eddy ledte 9. division i de tidlige stadier af Operation Overlord, kodenavn for Slaget om Normandiet, og landede på Utah Beach fire dage efter D-dagen den 6. juni 1944. For sin rolle i erobringen af den franske havn Cherbourg, blev Eddy tildelt Distinguished Service Cross. I august blev han generalkommanderende for XII Korps, som ofte var spydspidsen for generalløjtnant George S. Pattons tredje amerikanske hær. Eddy ledte XII Korps i de allieredes fremrykning fra Paris til Rhinen
og i de efterfølgende kampe på vestfronten. Under slaget ved Ardennerne holdt Eddy's XII Korps succesfuldt den sydlige skulder af den tyske udstødning. I april 1945, efter at have deltaget i den vestlige allieredes invasion af Tyskland, kort før slutningen af Anden Verdenskrig i Europa, vendte Eddy tilbage til USA på grund af en alvorlig sygdom (ekstrem hypertension, som han kom sig) og blev erstattet i kommandoen over XII Corps af generalmajor Stafford LeRoy Irwin.