Naquin overlevede også angrebet på Pearl Harbor, mens han var om bord på slagskibet, som sank i lavt vand efter at være blevet ramt af en bombe og to torpedoer i det japanske angreb den 7. december 1941. Under Anden Verdenskrig tjente han som navigatør på det tunge krydser i slagene ved Koralhavet og
Midtvejs. Ved slaget ved Tassafaronga den 30. november 1942 blev krydseren ramt af en japansk torpedo, som detonerede skibets forreste magasiner og benzinbeholdere, og den efterfølgende eksplosion skar 150 fod af hendes bue foran tårnet nr. 2. Den afskårne forreste del, herunder tårn nr. 1, svingede rundt på bagbordssiden og knuste adskillige huller i "New Orleans" skrog, før den sank på bagbord og beskadigede bagbordshjulene. Naquin guidet skibet til Tulagi havn, som blev nået nær daggry den 1. december 1942 til reparationer og blev tildelt en Bronze Star for sin rolle i at redde skibet.