Lee deltog i 1862 Peninsula kampagnen, især under slaget ved Seven Pines den 31. maj og 1. juni, slaget ved Savage's Station
Den 29. juni, under Syv Dagers Slag fra den 25. juni til den 1. juli, og Slaget ved Malvern Hill også den 1. juli. Han tjente kortvarigt i 4. Virginia Kavaleri i juli, blev forfremmet til oberst den 9. juli og overtog kommandoen over en artilleribataljon af generalmajor James Longstreets korps samme måned. Under Longstreet kæmpede Lee i det andet slag ved Manassas i august og derefter slaget ved Antietam den 17. september, hvor hans kanoner spillede en fremtrædende rolle i forsvaret af jorden nær den berømte Dunker Church. Følgende er et resumé af Lees involvering i Sharpsburg: