Den finske kører Mika Häkkinen blev Schumachers største titelkonkurrent. Häkkinen vandt de første to løb i sæsonen og fik en 16-point fordel over Schumacher. Schumacher vandt derefter i Argentina, og da Ferrari forbedrede sig betydeligt i anden halvdel af sæsonen, vandt Schumacher seks sejre og havde fem andre podier. Ferrari tog en 1<unk>2 finish på, den første Ferrari 1<unk>2 finish siden 1990, og den, som bandt Schumacher med Häkkinen for lederen af kørernes mesterskab med 80 point. Häkkinen vandt imidlertid mesterskabet ved at vinde de sidste to løb. Der var to kontroverser i løbet af sæsonen; ved turneringen var Schumacher i spidsen på sidste omgang, da han drejede ind i pitlane, krydsede start-målstregen og stoppede for at afsonne sin ti-sekunders stop-go-straf (modtaget for at overhale en omløbne bil (Alexander Wurz) under en sikkerhedsbil periode). Der var en vis tvivl om, hvorvidt dette blev regnet som straf, men fordi han havde krydset målstregen, da han kom ind i pitlaneen, var sejren gyldig. På det belgiske Grand Prix
Schumacher var førende med 40 sekunder, men kolliderede med David Coulthards McLaren, da skotten, et omgang bagud, sænkede farten på racerlinjen i meget dårlig sigtbarhed for at lade Schumacher passere. Hans Ferrari mistede et hjul, men kunne vende tilbage til boksene, selv om han blev tvunget til at trække sig tilbage. Schumacher sprang ud af sin bil og gik til McLarens garage på en rasende måde og beskyldte Coulthard for at "prøve at dræbe ham". Coulthard indrømmede fem år senere at ulykken var hans fejl.