Universitetet blev grundlagt af Edinburghs byråd og begyndte livet som et juridisk kollegium ved hjælp af en del af en arv efterladt af en kandidat fra University of St Andrews, biskop Robert Reid fra St Magnus Cathedral, Orkney. Gennem bestræbelser fra byrådet og byens ministre blev institutionen udvidet i omfang og blev formelt etableret som et kollegium ved et kongeligt charter, givet af kong James VI af Skotland den 14. april 1582 efter anmodning fra Rådet. Dette var hidtil uset i det nyligt presbyterianske Skotland, da ældre universiteter i Skotland var blevet oprettet gennem pavelige buller.
1617 af