Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Ifølge forfatteren Clinton Fernandes samarbejdede Malcolm Frasers, Bob Hawkes og Paul Keatings regeringer med det indonesiske militær og præsident Suharto for at skjule detaljer om forholdene i Østtimor og for at bevare indonesisk kontrol over regionen. De australske regeringer betragtede de gode relationer og stabiliteten i Indonesien (Australiens største nabo) som en vigtig sikkerhedsbuffer for Australiens nord. Ikke desto mindre gav Australien en vigtig helligdom til østtimoresiske uafhængighedstalsmænd som José Ramos-Horta (som var baseret i Australien under sit eksil). Men i hele Indonesiens besættelse af Østtimor var den australske offentlighed generelt utilpas, hvis ikke aktivt imod besættelsen, der i første omgang blev fremhævet af de fem australske journalisters død, der blev kendt som "Balibo 5". Også det timoresiske folks aktioner til støtte for de australske styrker under slaget om Timor
i Anden Verdenskrig blev husket, især af veteraner. Disse to spørgsmål holdt besættelsen af Østtimor i et negativt lys i hele invasionen og besættelsen. Der fandt protester sted i Australien mod besættelsen, fremtrædende østtimoresere boede i Australien og holdt sagen oppe, og nogle australske statsborgere deltog i modstandsbevægelsen. Ifølge professor James Cotton, der skriver i sin bog om invasionen, undgik Suharto faktisk at komme til Australien, med viden om, at der ville være offentlige protester.