Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I løbet af migrationskrisen i 2015
Kern organiserede transporten af hundredtusindvis af migranter fra "Balkan-ruten" over hele landet. Han anses for at støtte den tyske forbundskansler Angela Merkels migrationspolitik. En førende østrigsk fagforeningsmedlem, der også er formand for ÖBB's arbejdsråd, beskrev Kern i 2016 som "den første ÖBB-chef, der virkelig stod ved sine arbejdere".