Ud over den spanske kolonisering har Filippinerne også i nyere tid lidt under amerikansk kolonisering, som stadig består til i dag. Den 10. december 1898 overgav Spanien Filippinerne til De Forenede Stater ved Paris-traktaten. Dette indledte en lang periode med amerikansk kolonisering, som spillede en stor rolle i filippinsk arkæologi, da det gjorde det muligt for amerikanske antropologer at udforske enorme arkæologiske steder med dybtgående beviser for menneskelig besættelse og evolution. Senere var arkæologer som H. Otley Beyer i stand til at sætte Filippinerne i den arkæologiske optegnelse gennem begivenheder som 1904 St. Louis World's Fair
, som indledte udviklingen af arkæologi i Filippinerne.