Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Napoleon Bonaparte, da han blev første konsul i 1801, underskrev en Konkordat med paven, hvorved han indvilligede i at genoprette tidligere kirkelige ejendomme, herunder Panthéon. Panthéon var under domsmyndigheden af kanonerne i Notre Dame-katedralen i Paris. Fejring af vigtige begivenheder, såsom Napoleons sejr i slaget ved Austerlitz
, blev afholdt der. Men kirkens krypte beholdt sin officielle funktion som hvilested for berømte franskmænd. En ny indgang direkte til krypten blev skabt via den østlige veranda (1809<unk>1811). Kunstneren Antoine-Jean Gros fik i opdrag at dekorere kuplen indvendigt. Den kombinerede de verdslige og religiøse aspekter af kirken; den viste Genevieve, der blev ført til himlen af engle, i nærvær af store ledere i Frankrig, fra Klodvig I og Karl den Store til Napoleon og kejserinde Josephine.