For 2006, Super Aguri tog Montagny på som tredje kører; dog blev han forfremmet til fuld race driver i maj efter det blev annonceret, at Yuji Ide var at falde tilbage til test; Ide blev degraderet på foranledning af det styrende organ, der betragtede ham utilstrækkeligt erfarne til Formel 1. Montagny deltog derfor i sit første Grand Prix, det europæiske Grand Prix i 2006.
Den 7. maj kvalificerede han sig som sidste og trak sig tilbage med et hydraulisk problem. Han sluttede ikke sit andet løb 2006 Spanish Grand Prix: efter en god start, der gjorde det muligt for ham at få 3 positioner, trak han sig tilbage på omgang 10 med en mekanisk fejl. Det var tredje gang han var heldig på Monaco Grand Prix, da han sluttede 78-runders løbet på 16. plads, tre runder bag lederen.