Roy blev valgt til centralkomiteen for Krishak Samiti og Kommunistpartiet i 1968. I denne periode blev han skjult for politiet og hjalp til med at organisere protester mod præsident Ayub Khan. Han deltog i kommunistpartiets valgkamp i Pakistans parlamentsvalg i 1970. Efter begyndelsen af Bangladeshs befrielseskrig i 1971 flyttede han til Indien og blev uddannet som medlem af Mukti Bahini. Han hjalp med at organisere træning i Mukti Bahini Balat-lejren i Meghalaya, Indien. Han hjalp med at organisere guerillastyrker bestående af venstreorienterede politiske tilhængere til at bekæmpe den pakistanske hær
Bangladeshs befrielseskrig.