Når Grækenland gik ind i Anden Verdenskrig på grund af
Under den italienske invasion i 1940 blev skolen lukket, og campussen blev brugt som militærhospital. Da Tyskland invaderede Grækenland, blev campus overtaget af tyskerne som hovedkvarter for Balkan. Grækenlands kapitulation blev underskrevet i skolens hovedbygning, Macedonia Hall. I 1944-45 blev campus besat af den britiske hær (de sidste enheder ville ikke forlade indtil 1949).