Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Pablo Morillo endelig fanget
Santafé den 6. maj 1816. Ligesom de andre ledere af uafhængighedsbevægelsen flygtede Caldas fra byen, oprindeligt med det mål at komme til Buenaventura for at flygte til udlandet. På vejen sejrer den fremtidige vicekonge Sámano imidlertid over de republikanske tropper i slaget ved la Cuchilla de El Tambo og generobrer Popayán, og Caldas er tvunget til at gemme sig på Paisbamba Farm i Sotará, hvor han snart bliver arresteret af de spanske rojalister i 1816. Han blev derefter sendt tilbage til Santafé, og henrettet af en skydespil den 29. oktober 1816 på San Francisco Plaza på ordre af Morillo, greve af Cartagena. Da Caldas var ved at blive henrettet, og de tilstedeværende på stedet bad om at videnskabsmandens liv blev reddet, svarede Morillo: "Spanien har ikke brug for lærde" (spansk: "España no necesita sabios"). Før han døde, skrev Caldas på væggen et stort græsk bogstav θ, som er blevet fortolket som et udråb: "Åh, en lang og mørk afrejse!" (Spansk: "¡Oh larga y negra partida!". I det klassiske Athen blev Theta brugt som en forkortelse for det græske θάνατος (thanatos, <unk>død<unk>).