Den 16. juli 1942 blev Kofman anholdt af Vichy-politiet under rafle du Vélodrome d'Hiver.
, sammen med omkring 13.000 andre jøder, og flyttede til Drancy interneringslejr for at vente på deportation. Ifølge hans datter Sarah, hendes far hørte om roundup gennem rygter og havde forladt sin bopæl meget tidligt for at advare de andre jøder om faren, før han vendte hjem, klar til at ofre sig for sin familie. Han blev anholdt klokken fire om eftermiddagen. Hans familie, som aldrig så ham igen, modtog et postkort skrevet af en anden fra lejren i Drancy. Han blev deporteret til Auschwitz af konvoi nr. 12 den 29. juli 1942. Efter krigen blev der sendt en dødsattest fra Auschwitz. Ifølge et vidnesbyrd fra en overlevende fra Auschwitz i denne periode, var Rabbi Kofman i lejren i et år før han blev myrdet af en Kapo på en Shabbat, fordi han nægtede at arbejde. Han blev slået med en pik og begravet levende. Gerningsmanden, en jødisk slagter, vendte tilbage fra deportationen og genåbnede sin butik, Rue des Rosiers, i Pletzl.