Under belejringen af Petersburg i 1864-65 deltog Hill og hans mænd i flere slag under de forskellige offensiver, især Jerusalem Plank Road, Crater, Globe Tavern,
Anden Reams Station og Peebles Farm. Under slaget ved krateret kæmpede han mod sin West Point klassekammerat Ambrose Burnside, som den tidligere afviste ved Antietam og Fredericksburg. Hill var syg flere gange den vinter; i marts 1865 var hans helbred forværret til det punkt, hvor han måtte komme sig i Richmond indtil 1. april 1865.