Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Happer gik på medicinsk orlov i 1855 og den anden anglo-kinesiske krig
forsinkede Happers tilbagevenden fra orlov til 1859. Efter krigen blev der dog indgået traktater, der fremmer fri og ubegrænset adgang til Canton. Dette førte til en stigning i antallet af missionærer i kantonen med øget omvendelse til kristendommen. I 1860'erne grundlagde Happer den første presbyterianske kirke, adskillige kostskoler og dagskoler og en uddannelsesskole, der betjente prædikanter, lærere og kolportører i Canton. Happer tjente som præst i den første presbyterianske kirke i Canton, der blev oprettet i 1862. Ved at etablere flere former for uddannelsesydelser opfyldte Happer sin mission om at bringe kristen videregående uddannelse til Kina, selv om en stor del af den studerende i uddannelsesskolen omfattede dem, der arbejdede for kirken. For at nå frem til kinesiske regeringsledere gennem vestlig uddannelse, fra 1865 og 1867, Happer instrueret den kinesiske regerings tolke College i Canton og underviste engelsk og matematik til studerende ind i offentlige tjenester som udenlandske specialister. Ved at indføre kristne læresætninger i sine kurser fortsatte han sin evangeliseringsmission og observerede den gradvise vækst i Canton-presbyterianerne. Dette understøttes af de statistikker, der er indberettet fra Canton Mission, at der i 1866 var 147 personer indskrevet i missionshøjskoler.