Efter at have garnisoneret Missouri i efteråret og vinteren, blev 18th Indiana knyttet til Grants hær, der forsøgte at krydse Mississippi og erobre Vicksburg. Den 18. Indiana kæmpede ved Port Gibson
og Champion Hill og deltog i belejringsoperationerne omkring Vicksburg, hvor han kommanderede en brigade roste for modige handlinger under det indledende angreb på fjendens fæstning i maj 1863. Efter den vellykkede afslutning af Vicksburg-operationen forblev Washburns brigade med XIII Army Corps involveret i operationer op ad Teche-floden og den vellykkede erobring af flere oprørske fæstninger. I januar 1864 blev den 18. Indiana sendt til Virginia, hvor den deltog i flere hårde skirmishes. I august 1864 blev den 18. Indiana knyttet til 4. brigade, 2. division (Grover) af Emory's XIX Army Corps.