Jones blev valgt som nummer 14 i NBA-draften i 2002 af Indiana. Han blev udvalgt af Isiah Thomas. Han spillede sparsomt som en rookie, gennemsnit kun 1,2 point per spil i 19 optrædener, mens han spillede bag Reggie Miller. Det scorende gennemsnit steg til næsten 5 point pr. Kamp i hans andet år, mens han optrådte i 81 kampe. Han mere end fordoblede sine gennemsnit i løbet af 2004-05 sæsonen (til 10,6 ppg), dels på grund af holdkammerat og lille fremad Ron Artest blev suspenderet for sæsonen for hans involvering i
Malice på Palace-hændelsen. I sin første start efter hændelsen scorede Jones en karriere høj 31 point mod Orlando Magic, og etablerede sig som en af holdets primære scoring våben.