I 1945 blev Hayashi udnævnt til privatsekretær for indenrigsministeren og leder af personalavdelingen i ministeriet. Kort efter Japans betingelsesløse overgivelse
Han blev valgt som guvernør for Tottori-prefekturet i en alder af 38 år og overtog embedet den 27. oktober, hvormed han blev den yngste lokale chef i prefekturets historie. Hans ansættelse blev imidlertid afkortet i februar 1947, da han blev direktør for Bureau of Local Affairs. Det var den sidste post, han havde i indenrigsministeriet, som blev opløst af de allierede magters hovedkvarter (GHQ) i december 1947. Som en overgangsordning, der blev besluttet på et kabinetsmøde, blev han udnævnt til direktør for det midlertidigt oprettede kontor for indenrigsanliggender i januar 1948. Kontoret eksisterede kun i omkring 90 dage, hvor han var ansvarlig for tilsynet med de retshåndhævende tjenester, der tidligere blev forvaltet af det nu nedlagte indenrigsministerium, indtil kontoret blev erstattet af National Public Safety Commission.