Fra dets oprindelse i 1400-tallet til dets opløsning i 1833 ændrede Casa da Índia's vigtigste mål sig med tiden, ligesom dets forhold til Portugals krone og den kejserlige administration. Efter 1642 mistede det alle sine handelsmonopoler på guld, sølv, elfenben, krydderier og andre værdifulde varer, hvilket omdannede organisationens kompetenceområde til udelukkende en handelsregulator og toldmyndighed. Efter ødelæggelsen af Ribeira Palace hovedkvarter og faciliteter i det store jordskælv i Lissabon i 1755
I 1833 blev Casa da Índia mere og mere forældet i forhold til Portugals omdannende handels- og kolonipolitik, hvilket førte til, at de fleste af dets funktioner langsomt blev absorberet af ministerier og agenturer i den portugisiske regering indtil dens endelige opløsning i 1833.