Efter Gussie Buschs død i 1989 overtog bryggeriet kontrollen og hyrede Joe Torre til at lede i slutningen af 1990, og solgte derefter holdet til en investeringsgruppe ledet af William DeWitt, Jr. i 1996. Tony La Russa erstattede Torre i foråret 1996. I 1998 konkurrerede Mark McGwire med Cubs' Sammy Sosa om en strøm af homeruns i deres jagt på single-season home run-rekorden. Fra 2000 til 2013 Cardinals genoprettet deres vej til toppen med ti playoff optrædener, fire NL pennants, to World Series titler og 1.274 regulære sæson sejre mod 993 tab for en.560 vindende procentdel, fører National League og anden i MLB kun til New York Yankees. Med tilføjelsen af Jim Edmonds, Albert Pujols og Scott Rolen, Cardinals featured tre fremtrædende sluggers og forsvarere kaldte "MV3;" Pujols vandt tre MVPs og ramte.328 med 445 home runs i sin Cardinals karriere. I 2004 hjalp Chris Carpenters 3,09 ERA og 15 sejre holdet til en major-league-best 105 sejre og tager
NL pennant. I 2006, besat med skader og uoverensstemmelse, vandt de World Series, slå Detroit i fem kampe for at sætte en all-time rekord lavt på 83 sejre for en World Series vinder.