Sprague blev forfremmet til kontreadmiral i juni, og kommanderede Carrier Division 22, som dækkede angrebet på Guam fra juli til august og Morotai.
i september. I kommandoen over Task Group 77.4 og Task Unit 77.4.1 ("Taffy 1") under slaget om Leyte Gulf fra 24-25 oktober, kommanderede Sprague kortvarigt Pacific Training Carriers under Carrier Division 11, før han førte Carrier Division 3 ud af Okinawa fra april til juni 1945. Han kommanderede Task Force 38.1 under de sidste luftoperationer mod Japan ved krigens slutning.