Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Roosevelt havde i sinde at bygge kanalen alligevel, ved hjælp af en tidligere traktat med Colombia som gav USA transitrettigheder med hensyn til Panamas jernbane. Hay forudsagde "et oprør på Isthmus [i Panama] mod det tåbelige og korrupte regime... i Bogotá". Bunau-Varilla fik møder med begge mænd og forsikrede dem om, at en revolution og en panamisk regering, der var mere venlig overfor en kanal, var på vej. I oktober beordrede Roosevelt, at flådeskibe blev stationeret i nærheden af Panama. Panamæerne gjorde oprør i begyndelsen af november 1903, med colombiansk indblanding afskrækkede af tilstedeværelsen af amerikanske styrker. Efter forudgående aftale blev Bunau-Varilla udnævnt til repræsentant for den spirende nation i Washington, og forhandlede hurtigt Hay-Bunau-Varilla-traktaten, der blev underskrevet den 18. november, hvilket gav USA ret til at bygge kanalen i en zone
USA ville udøve fuld jurisdiktion over. Dette var ikke tilfredsstillende for de panamanske diplomater, der ankom til Washington kort efter undertegnelsen, men de turde ikke afvise det. Traktaten blev godkendt af de to nationer, og arbejdet på Panamakanalen begyndte i 1904. Hay skrev til krigsminister Elihu Root, hvor han roste "den helt regelmæssige kurs, som præsidenten fulgte" som meget at foretrække frem for væbnet besættelse af isthmus.