For de næste seks år var Bogdanov en stor figur blandt de tidlige bolsjevikker, kun overgået af Vladimir Lenin i indflydelse. I 1904-1906 udgav han tre bind af den filosofiske afhandling "Empiriomonizm" ("Empiriomonisme"), hvor han forsøgte at fusionere marxismen med Ernst Machs, Wilhelm Ostwalds og Richard Avenarius' filosofi. Hans arbejde påvirkede senere en række russiske marxistiske teoretikere, herunder Nikolai Bukharin. I 1907 var han med til at organisere
1907 Tiflis bankrøveri med både Lenin og Leonid Krasin.