I slutningen af 2004 forlod Chris Stone igen virksomheden efter et tilsyneladende kontrolproblem med den daværende administrerende direktør Jack Messman. I et forsøg på at reducere omkostningerne annoncerede Novell en runde af afskedigelser i slutningen af 2005. Mens indtægterne fra sin Linux-forretning fortsatte med at vokse, var væksten ikke hurtig nok til at kompensere for nedgangen i indtægterne fra NetWare. Mens virksomhedens indtægter ikke faldt hurtigt, voksede den heller ikke. Mangel på klar retning eller effektiv ledelse betød, at Novell tog længere tid end forventet at fuldføre sin omstrukturering.
slutningen af 2005