Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Byen blev strategisk vigtigere under Tudor-erobringen af Irland og blev ofte angrebet. Under O'Dohertys oprør i 1608 blev det angrebet af Sir Cahir O'Doherty, den irske høvding i Inishowen, som brændte meget af byen.
og dræbte guvernør George Paulet. Soldaten og statsmanden Sir Henry Docwra gjorde kraftige bestræbelser på at udvikle byen og tjente ry for at være "grundlæggeren af Derry"; men han blev beskyldt for at have undladt at forhindre O'Doherty-angrebet og vendte tilbage til England.