På det franske mesterskab i 2010, i Saint-Raphäel, vandt hun både 200 m individuel medley-event og 400 m individuel medley-event, og blev anden til Coralie Balmy i 200 m freestyle-event. På Europamesterskabet
I Budapest ankom Muffat som favorit til at tage guld i 200 m individuel medley og erklærede for pressen, at guldmedaljen er hendes mål i denne begivenhed. Men efter at have ført banen ind i den tredje disciplin i medley, brystet, blev hun overhalet af ungarsk Katinka Hosszú, hvilket fik Muffat til at miste momentum og ende på fjerdepladsen i begivenheden. Samme dag, det franske 4 × 200 m freestyle stafett hold også afslutter anden i finalen, da Muffat, der var forankring den franske stafett, fik overhalet af en anden ungarsk svømmer, Evelyn Verrasztó. To dage senere blev hun også 4. i 200 m freestyle, som blev vundet af den italienske svømmer Federica Pellegrini.