Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Han forlod sine vaner i en kort periode og gik ind på det konciliære seminar i Buenos Aires i 1860. Han tjente som militærkaplan under Paraguaykrigen, og for sin heroiske opførsel blev han forfremmet til oberstløjtnant. Canavery var til stede ved slaget ved Yatay, Slaget ved Tuyutí
Slaget ved Curupayty og Slaget ved Lomas Valentinas fandt sted den 27. december 1868. Efter krigen blev han tilføjet tropper, der besatte byen Asunción. Han var den første kapellan, der tjente i Villa Occidental, og blev erstattet i stillingen af José Pablo Lynch y Cabrera.