Fuldfør følgende sætning: I juli 1861 blev et regiment kendt som Engineer Regiment of the West, der hovedsagelig blev rekrutteret i staterne Illinois og Missouri, organiseret af oberst J. W. Bissell, og Henry Flad blev gjort til kaptajn for kompagni B. I august samme år blev han udvalgt af general Frémont, der da havde kommandoen i St. Louis, til tjeneste i opførelsen af befæstninger ved Cape Girardeau, Missouri, hvor han forblev i flere måneder. Senere på året, da Frémont blev efterfulgt af general Halleck, fik kaptajn Flad ordre til at slutte sig til general Pope i det sydøstlige Missouri, og tjente som stabofficer gennem kampagnen i New Madrid og Point Pleasant og indtagelsen af Island Number Ten, hvorefter han genforenede sig med sit regiment i New Madrid. Han var med sit regiment i Fort Pillow og
Pittsburgh Landing og i operationer før Corinth. I løbet af sommeren 1862 var han beskæftiget med at reparere Mobile og Ohio Railroad, med at bygge fæstninger i Korinth og med at reparere Mississippi Central Railroad. Han var også involveret i Grants fremrykning på Grenada. I februar 1863 blev han beordret til Young's Point, hvor han blev ansat i ingeniørarbejde, som han senere var på Baxter Bayou, Lake Providence og Bayou Macon.