I 1172 blev Murcia erobret af de nordafrikanske Almohader, det sidste muslimske imperium, der herskede over det sydlige Spanien, og da de kristne Reconquistas styrker fik overtaget, var det hovedstad i et lille muslimsk emirat fra 1223 til 1243. Ved traktaten i Alcaraz i 1243 gjorde den kristne konge Ferdinand III af Castilien Murcia til et protektorat, der fik adgang til Middelhavet, mens Murcia blev beskyttet mod Granada og Aragonien. Den kristne befolkning i byen blev flertallet da indvandrere strømmede ind fra næsten alle dele af den iberiske halvø. Kristne blev opmuntret til at indvandre med det formål at etablere en loyal kristen basis. Disse foranstaltninger førte til den muslimske folkelige oprør
I 1266 erobrede han Murcia og bragte aragonske og katalanske indvandrere med sig.