Det japanske imperium invaderede Morotai i begyndelsen af 1942 som en del af sit hollandske østindiske felttog. Amerikanske styrker og deres allierede indledte slaget ved Morotai.
I 1944 bombede de øen i august og invaderede den i september. De kejserlige japanske styrker holdt ud på Morotai indtil 1945, men de formåede ikke at fordrive de allierede tropper. I slutningen af 1944 landede 61.000 mand på Morotai. To tredjedele af dem var ingeniører, der hurtigt etablerede faciliteter, herunder havne og to landingsbaner samt omfattende brændstoflagre.