Fuldfør følgende sætning: Byen blev ødelagt i trediveårskrigen, og den ville langsomt falde i en periode derefter. Efter det katastrofale nederlag for den protestantiske Heilbronn-forbund af Habsburgerne ved
Nörlingen i 1634, hertug Eberhard III og hans hof flygtede i eksil til Strasbourg, og overlod hertugdømmet til plyndring af pro-Habsburg styrker. Habsburgerne havde igen fuld herredømme over byen i yderligere fire år, og i den tid måtte Stuttgart bære byrden ved at huse de pro-Habsburgske hære i Schwaben. I 1634 kom romerkongen Ferdinand III ind i byen, og to år senere, i 1636, forsøgte han igen at gøre Württemberg katolsk igen. Året efter ramte pesten og ødelagde befolkningen. Hertugen vendte tilbage i 1638 til et rige, der var delvist opdelt i katolske fraktioner i regionen og helt hærget af krigen. I hertugdømmet selv reducerede slag, hungersnød, pest og krig hertugdømmets befolkning fra 350.000 i 1618 til 120.000 i 1648 - omkring 57% af befolkningen i Württemberg. Gendannelsen ville være langsom i de næste flere årtier, men begyndte alligevel med byens første boghandel i 1650 og gymnasiet i 1686. Denne fremgang blev næsten helt ophævet, da franske soldater under Ezéchiel du Mas dukkede op uden for byens mure i 1688 under niårskrigen, men byen blev reddet fra en anden sæk på grund af Magdalena Sibyllas diplomatiske evne, der regerede over Württemberg som regent for sin søn, Eberhard Ludwig.