Castillo var medlem af National League All-Star-holdet i 2003, hans andet karriere All-Star-valg. Han førte også Marlins i at ramme og vandt sin første karriere Gold Glove Award. Castillo var en central figur i NLCS Game 6 comeback af Marlins mod Chicago Cubs på Wrigley Field efter en foul bold, han ramte, blev slået væk fra Cubs 'Moisés Alou af fan Steve Bartman
- Hvad? Marlins vandt den kamp, samt Game 7, for at komme til World Series i 2003, hvor Marlins besejrede de stærkt favoriserede New York Yankees. Dette var den anden World Series i Castillo karriere, men den første, hvor han faktisk spillede.