Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Yegipko vendte tilbage til Sovjetunionen i august 1938 og overtog stillingen som kommandør for Sortehavsflådens anden ubådbrigade. Han beklædte denne stilling indtil december 1939, da han blev kommandør for den baltiske flådes ubådbrigade. Han beklædte denne stilling under den sovjetisk-finske krig.
, forlod i maj 1940 for at genoptage sine studier på Naval Academy. Han dimitterede i april 1941 og blev forfremmet den 26. april til kaptajn 1. rang. Fra den måned til september var han kommandør for den 1. ubådsbrigade i Østersøflåden. Yegipko deltog i militære operationer efter den tyske invasion af Sovjetunionen i juni 1941. Under den sovjetiske evakuering af Tallinn i august 1941 ramte hans ubåd, "S-5", en mine, og Yegipko blev blæst ud fra kontroltårnet i vandet. Han blev reddet med et kraftigt hjernerystelse af et andet fartøj. Fra september til oktober 1941 var han til rådighed for Det Militære Råd for Østersøflåden, før han blev udnævnt til flådattaché ved den sovjetiske ambassade i Det Forenede Kongerige. Som flådeattaché fungerede Yegipko ofte som observatør på britiske krigsskibe og sejlede om bord på britiske skibe på arktiske konvoieopgaver.