Lowry var kommandør på dampskibet George Peabody, der landede tropper under krigen.
Slaget ved Hatteras Inlet Batteries i august 1861. Han kommanderede derefter kanonbåden fra oktober 1861 til februar 1862, og som en del af den nordatlantiske blokeringseskadrille deltog han i operationer ud for North Carolina, hvor han i november sænkede tre blokeringsskibe ved indgangen til Ocracoke Inlet, og derefter i februar 1862 erobrede fjendtlige befæstninger på Roanoke Island og derefter deltog i den efterfølgende erobring af Elizabeth City.