Astros mødte Braves i slutspillet for fjerde gang i Bagwells karriere i 2004 NLDS. I Game 3, den 7. oktober, slog han sit første karriere postseason home run af Mike Hampton i den første inning i en 4-2 ekstra-innings tab. Efter tre mislykkede forsøg på at komme forbi den første runde af playoffs tidligere i Bagwells karriere <unk> alle til Braves (1997, 1999 og 2001) <unk> og syv samlet i 43 års franchise historie, Astros besejrede Braves for deres første playoff serie sejr. Kvartetten blev kaldt "Killer B's" <unk> denne gang med tilføjelserne af Carlos Beltrán og Lance Berkman <unk> antændte Astros' offensiv, batting.395 (34-for-86) med otte home runs, 21 RBI og 24 scorede runs. Astros scorede en NLDS-rekord 36 løb i alt og Bagwell batted.318 med to home runs og fem RBI. De kom videre til Bagwells første National League Championship Series
(NLCS) til at møde Cardinals. St. Louis besejrede Houston i syv kampe for at komme videre til World Series.