Efter at have afsluttet sine reparationer fortsatte "Fanshaw Bay" som flagskib for hangarskibsdivision 25, nu under kommando af kontreadmiral Clifton A. F. Sprague. Efter afgang fra Pearl Harbor ankom hun til Manusøen, en af Admiraltyøerne. "Fanshaw Bay", sammen med fem andre eskorte transportfartøjer og en skærm af otte destroyer eskorter, blev tildelt Task Group 77.1, som ville støtte landinger
på Morotai. Især var hendes flykontingent blevet byttet, og hun var nu vært for Composite Squadron 66 (VC-66). Hun forlod Manus den 10. september, og hun begyndte luftstøtteoperationer den 15. september. Den 17. september kolliderede to Avengers, den ene fra "Fanshaw Bay", mens de bevægede sig i formation på en antisubmarine patrulje. Af de seks mænd, der var involveret, blev kun en enkelt overlevende fundet af ubådsjægeren. Den 19. september mistede "Fanshaw Bay" endnu et fly, hvor et af hendes Wildcats, der dykkede på en Zero, forsvandt og eksploderede ved kontakt med vandet. Flyskibet fortsatte med at bløde fly, med yderligere to jagerfly og en torpedobomber, der styrtede den 27. september.