Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Trajkovskis regeringstid var præget af spændinger mellem etniske makedoniere og republikkens store etniske albanske mindretal. Efterfølgerne af Kosovo-krigen førte til måneder med voldsomme væbnede sammenstød
Det er et spørgsmål, der er blevet drøftet i mange år, og det er et spørgsmål, der er blevet drøftet i mange år, og det er et spørgsmål, der er blevet drøftet i mange år. Selv om hans beføjelser var begrænsede, og hans rolle i vid udstrækning ceremoniel, han stod i spidsen for en NATO-mæglet fredsaftale i 2001, der sluttede volden og forhindret en fuld blæst borgerkrig i Republikken Makedonien. Han blev set som en moderat i den etniske dialog, der argumenterede for større inklusion af etniske albanere, og er blevet krediteret med at være en nøglefigur i at løse konflikten. Boris Trajkovski's ven og rådgiver var hans stabschef Zoran Jolevski, der var den makedonske ambassadør i USA og forhandleren om statens navn i Makedonien navn tvist.