I slutningen af det 13. århundrede blev Palæstina og Syrien den primære front mod det hurtigt voksende mongolske imperium, hvis hær nåede Palæstina for første gang i 1260, begyndende med de mongolske angreb på Palæstina under den nestorianske kristne general Kitbuqa. Den mongolske leder Hulagu Khan sendte en besked til Ludvig IX af Frankrig om, at Jerusalem var blevet overgivet til de kristne under den fransk-mongolske alliance; Kort efter måtte han dog vende tilbage til Mongoliet efter Mongkes død og efterlod Kitbuqa og en reduceret hær. Kitbuqa engagerede derefter mamlukkerne under Baibars i det afgørende slag ved Ain Jalut
i Jesreel-dalen. Mamlukernes afgørende sejr i Palæstina betragtes som en af verdenshistoriens mest betydningsfulde slag, der markerede en højdepunkt for de mongolske erobringer. Mongolerne var dog i stand til at engagere sig i nogle yderligere korte angreb i 1300 under Ghazan og Mulay, der nåede så langt som Gaza. Jerusalem blev besat af mongolerne i fire måneder (se 9. korstog).