Pettus tjente på den vestlige front i den amerikanske borgerkrig. Under Stones River-kampagnen blev han taget til fange af unionssoldater den 29. december 1862 og udvekslet kort tid senere for unionssoldater. Pettus blev taget til fange igen den 1. maj 1863, mens en del af den overgivne garnison, der havde forsvaret
Port Gibson i Mississippi. Han formåede at flygte og vende tilbage til sine egne linjer. Pettus blev forfremmet til oberst den 28. maj og fik kommandoen over den 20. Alabama.