Ricciardo kvalificerede sig som fjerde ved Malaysias Grand Prix, men kom op på andenpladsen i første sving efter en kollision mellem Sebastian Vettel og Nico Rosberg. Han tog derefter føringen sent i løbet, da lederen Lewis Hamilton trak sig tilbage med en motorfejl. Efter at have kæmpet med sin Red Bull-holdkammerat Verstappen, vandt Ricciardo sin første sejr i sæsonen. Han gentog sin "shoey" fejring på podiet, og var i stand til at få teamchef Christian Horner samt podiumdelere Verstappen og Rosberg til at gentage fejringen. Ricciardo sluttede som tredje i kørernes mesterskab efter en podium i
- Mexico. Bortset fra Sergio Pérez, er han den eneste kører, der er blevet klassificeret i hvert løb i 2016 sæsonen. Bortset fra to løb, hvor Ricciardo nåede det samme resultat som året før, forbedrede han hvert eneste løb fra 2015.