Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I maj 1861 rekrutterede han det 18. Illinois Volunteer Infantry Regiment, og blev udnævnt som dets første oberst. Hans tid i kommandoen over regimentet i Kentucky og Tennessee var kontroversiel og en "ordeal". Han blev såret under slaget ved Fort Donelson. I november 1862 blev han udnævnt til brigadegeneral og kommanderede en brigade i den anden division i XIII Korps. Han kæmpede med udmærkelse i Vicksburg-felttoget i 1863. Han førte sine mænd i slaget ved Port Gibson.
, Champion's Hill og Big Black River Bridge. og under det generelle angreb den 22. maj 1863 på Vicksburg MS, hvor tropper under hans kommando var de eneste unionsstyrker, der gik ind i de konfødererede værker ved jernbanen Redoubt, hvor de plantede det amerikanske flag.