Han kæmpede med enheden ved Fort Henry, Fort Donelson, Corinth, Shiloh og Hatcher's Run. Han blev derefter syg med tyfus og blev udskrevet den 1. august 1862. Han vendte tilbage efter genopretning med Chicago Mercantile Independent Battery Light Artillery, hvor han kæmpede ved Arkansas Post,
Port Gibson, Champion Hill, Big Black River Bridge, Vicksburg og Mansfield. I Mansfield blev brigaden taget til fange og Arnold taget til fange. Han blev indespærret i Camp Ford i Texas i fjorten måneder.