Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Leunig har også erklæret sin modstand mod den israelske regering. Tre af hans tegninger fra 2004 til 2006 fik protester på nationalt og internationalt plan i forbindelse hermed. De tre stykker tog som deres emner: IDF-bomberpiloter (13. april 2004); Sheikh Ahmed Yassin's mordordre fra Ariel Sharon (11. januar 2006); og den fornyede besættelse af Gaza
(12 juli 2006). Et fjerde stykke blev nægtet offentliggørelse og er siden blevet mere bredt kritiseret for potentielt at forveksle hans modstand mod Israels politik med en antisemitisk, generaliseret undergravning af den jødiske oplevelse ved at stole på en henvisning til det jødiske Holocaust. Denne tegning kom til international opmærksomhed, efter at den var med i en iransk konkurrence, som blev udtænkt af avisen "Hamshahri" som gengældelse for Muhammad-tegningerne. Leunig nægtede at have indsendt tegningen som en del af konkurrencen og sagde: "Jeg er blevet sat i en forfærdelig, ondsindet situation". Han forlangte, at hans tegning skulle trækkes tilbage; avisen gjorde dette og undskyldte sig også over for ham. Det viste sig senere, at tegningen var blevet indsendt som en spøg af Richard Cooke, en webbidragyder til det australske komiske hold "The Chaser".