Efter Anden Verdenskrigs udbrud sendte den franske regering Rapkine til London i januar 1940 med en officiel opgave at sikre en forsyning af kul til franske industrielle og militære formål. Mens han var i England, hjalp han James Crowther med at oprette et engelsk-fransk samfund for videnskab for at formalisere videnskabeligt samarbejde mellem de to lande. I juni 1940, efter Frankrigs kapitulation over for Tyskland
Rapkine talte for, at Selskabet skulle hjælpe franske forskere med at finde tilflugt i Det Forenede Kongerige, men Selskabet opløstes, da fjendtlighederne mellem Frankrig og England afskærmede videnskabeligt samarbejde. Rapkine og Henri Laugier forlod London for at fortsætte deres bestræbelser i USA.