Den 1. november 1864 blev José Luís udnævnt til kommandør for 2. division i den brasilianske hær, som dengang blev kaldt "Sydens hær" og ledet af hans onkel feltmarskal João Propício Mena Barreto (senere baron af São Gabriel). Sydens hær invaderede Uruguay den 1. december. José Luís deltog i belejringen
af den uruguayanske by Paysandú, der faldt den 2. januar 1865. Den brasilianske hær og de allierede Colorados-styrker belejrede derefter den uruguayanske hovedstad, Montevideo. Inden der kunne iværksættes et angreb på byen, kapitulerede Blancos og sluttede konflikten.