For resten af krigen ville divisionen finde sig selv
Kæmper på Morotai. I april 1945 gennemførte divisionen intensive patruljer med det formål at ødelægge de resterende japanske styrker på øen. På dette tidspunkt var de fleste af japanerne på Morotai beliggende langs øens vestkyst og boede generelt tæt på indfødtes haver. 93. division landede patruljer langs Morotai's vest- og nordkyster fra slutningen af april og frem, og disse kæmpede spredte sammenstød med små japanske styrker. Et af divisionens hovedmål var at fange oberst Ouchi, kommandør for 211. regiment, 32. division, og dette blev opnået af en patrulje fra 25. infanteriregiment den 2. august 1945. Ouchi var den højeste rangerende japanske officer, der blev taget til fange før krigens slutning.