Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Efter et mønster, der ikke var ualmindeligt blandt latinamerikanske intellektuelle fra den øvre og øvre middelklassebaggrund på det tidspunkt, omfavnede Morote først religion (bliv præst i en evangelisk kristen kirke) og senere kommunisme. I begyndelsen af sin tid som rektor rekrutterede Morote Abimael Guzmán som professor i filosofi ved universitetet. Guzmán blev leder af en terroristgruppe, Shining Path, som forsøgte at skabe et pro-kommunistisk oprør i Peru efter Mao Zedongs revolution i Kina. The Shining Path førte en 13 år lang konflikt
med både den peruvianske regering og rivaliserende venstreorienterede militante. Osmán Morote Barrionuevo, en af Efraín Morote sønner, blev Shining Paths næstkommanderende. Efraín Morote's to andre børn blev også medlemmer af den skinnende sti.