Hanifin skulle være en top-tre pick for 2015 NHL Entry Draft, og den nummer et-rated forsvarer. Han blev udvalgt som nummer fem af Carolina Hurricanes. Hanifin spillede for USA Hockey's U17-program baseret ud af Ann Arbor, Michigan, men blev tilføjet til U18-landslaget som en mindreårig spiller, der hjalp med at lede Team USA til guldmedaljen på
2014 IIHF World U18 Championships. Han var den amerikanske forsvarsspiller, der scorede flest point i turneringen med et mål og fem point. Efter at have fået sin high school eksamen, blev Hanifin indskrevet på Boston College som 17-årig, hvor han spillede for Eagles og blev den næstyngste spiller i holdets historie.