Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Duterte genoptog fredsforhandlingerne med det filippinske kommunistparti i 2016, men aflyste alle forhandlinger i februar 2017 efter angreb og kidnapning af soldater fra NPA-medlemmer, og erklærede officielt CPP-NPA som en terrorgruppe. Efter Maute Group-ledede besættelse af Marawi
Duterte har erklæret undtagelsestilstand på hele Mindanao, som senere blev forlænget med to år indtil 2019 i et forsøg på at sikre orden på øen. Slaget om Marawi varede i fem måneder fra den 23. maj til den 17. oktober 2017, dagen efter at de militante ledere Omar Maute og Isnilon Hapilon blev dræbt, og Duterte erklærede Marawi som "befriet fra terroristisk indflydelse".