De følgende årtusinder så regionen i dagens Pakistan absorbere mange påvirkninger repræsenteret blandt andet i de gamle buddhistiske steder i Taxila, og Takht-i-Bahi, den 14. århundrede islamisk-Sindhi monumenter i Thatta, og den 17. århundrede Mughal monumenter i Lahore. I første halvdel af det 19. århundrede blev regionen tilegnet sig af East India Company, efterfulgt efter 1857 af 90 års direkte britisk styre og sluttede med oprettelsen af Pakistan i 1947 gennem bestræbelserne blandt andre af dets fremtidige nationale digter Allama Iqbal og dens grundlægger, Muhammad Ali Jinnah. Siden da har landet oplevet både civil-demokratisk og militært styre, hvilket har resulteret i perioder med betydelig økonomisk og militær vækst samt perioder med ustabilitet.
Det var det første land i verden, der opstod som det nye Bangladesh, da det tabte krigen mod Indien i 1971.