Lee blev løsladt fra sin post i Tyrkiet i marts 1941, og kort efter ankomsten til Egypten blev udnævnt Senior Officer Administration til Air Vice Marshal John D'Albiac, kommandør for de britiske luftvåben i Grækenland, støtte grækerne efter den italienske invasion
- Hvad? På trods af de tidlige succeser satte tyskerne snart de allierede styrker i defensiv, og briterne blev til sidst drevet ud, først til Kreta og derefter til Egypten. For resten af 1941 Lee tjente som en stabschef (operationer) i hovedkvarteret for RAF Middle East Command, derefter som Deputy Senior Air Staff Officer i Desert Air Force.