Som europæiske mester mødte Manchester United Estudiantes de La Plata, den sydamerikanske mester, i Intercontinental Cup i 1968.
- Hvad? Estudiantes vandt serien efter en 1-0 sejr i Buenos Aires' "La Bombonera" og en 1-0 uafgjort på Old Trafford. Dette blev den første, og indtil videre eneste, gang Manchester United undlod at vinde en titel, der blev udfordret på deres hjemmebane. I Europacuppen tabte United til Milan i semifinalen, efter at et Law-mål, der tydeligt krydsede linjen, blev afvist i andenleg på Old Trafford, hvilket efterlod United 1-0 vindere på aftenen, men 1-2 tabere samlet. Sæsonen sluttede med, at Busby blev general manager. Han havde annonceret sin hensigt om at træde tilbage som holdleder den 14. januar 1969, og træner Wilf McGuinness indvilligede i at overtage kontrollen med førsteholdet.