Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 17. september 2006 blev Sgorbati skudt ned uden for sit børnehospital lige efter kl. 12.30, da hun var færdig med at undervise og var på vej over vejen for at gå til søstrene, hvor tre andre nonner ventede på at spise frokost med hende. Hendes vagt og chauffør Mohamed Osman Mahamud (fader til fire børn) blev også dræbt. Angrebet blev antaget at være et svar på de kontroversielle bemærkninger, som pave Benedikt XVI havde gjort i sit foredrag i Regensburg
, selv om dette aldrig blev bekræftet eller underbygget. Hendes død kom lige efter den 15. september, hvor den hårdnakkede gejstlige Sheikh Abubakar Hassan Malin fortalte sine tilbedere i sin moske at jagte og dræbe alle dem, der fornærmede profeten Muhammed. Adskillige humanitære arbejdere og kristne frivillige blev dræbt omkring denne tid. To bevæbnede mænd kom ud fra taxier og kiosker og skød hende i ryggen tre eller fire gange efter at den første kugle havde ramt hendes lår. Hendes vagt beskyttede hende og blev slået ned efter at have åbnet ild med angriberne. En kugle var gået ind i hendes ryg og havde skåret en blodåre over, hvilket forårsagede en alvorlig og øjeblikkelig blødning. Sgorbati blev straks kørt til SOS-sygehuset, men døde senere på operationsbordet. Hendes sidste ord var "Jeg tilgiver, jeg tilgiver, jeg tilgiver", hviskede hun til søster Marzia Feurra. Det var kl. 15.00 at et fly kom for at tage hendes rester til Nairobi, hvor det ankom kl. 21.00; hendes rester blev bragt til Lee Funeral Home.