Haller kæmpede Seminole indianerne i Florida i 1840-1841 og senere tjente med udmærkelse i Monterrey, Veracruz
, og andre slag under den mexicansk-amerikanske krig, officer i det samme regiment som Ulysses S. Grant. Han udmærkede sig i slaget ved Churubusco, hvor han spillede en central rolle i angrebet på Molino del Rey. I 1852 forfremmede hæren Haller til major og overførte ham i 1853 til Washington Territory, stationeret i Fort Dalles, Oregon med amerikanske 4. infanterieenheder. Han deltog i de nordvestlige indiske krige i 1855-56 og San Juan Islands Grisekrig grænse krise mellem USA og Storbritannien i 1859.