I maj 1942 overtog løjtnant Shiga kommandoen over hangarskibet "Jun'yō's" jagergruppe, en stilling han holdt indtil december 1942. I denne tid ledte Shiga hangarskibets jagere i slagene om
Dutch Harbor og Santa Cruz øerne. I det sidste slag angreb han de amerikanske hangarskibe, og, i hvilket den første senere blev sænket, mens "Enterprise" blev stærkt beskadiget. Han kommanderede efterfølgende hangarskibet "Hiyō's" jagergruppe fra december 1942 til januar 1943, mens hangarskibet var i havn i Japan.