Spørgsmålet om en foreslået skotsk folkeafstemning om uafhængighed blev også anset for at kunne påvirke kampagnen i Skotland. Den 28. marts 2017 godkendte det skotske parlament et forslag, der anmodede om, at Westminster vedtog en § 30-ordre, der gav parlamentet beføjelse til at afholde en anden uafhængighedsafstemning, hvilket tyder på, at der var sket en "væsentlig ændring af omstændighederne" siden uafhængighedsafstemningen i 2014
som følge af Storbritanniens afstemning om at forlade EU og Skotlands afstemning om at forblive. SNP håbede på at afholde en anden folkeafstemning om uafhængighed, så snart brexit-betingelserne var blevet vedtaget.