I maj 1942 blev Bellinger udnævnt til kommandør for patruljefly i Stillehavsflåden under admiral Chester Nimitz. Han hjalp med at planlægge
Midway og Nimitz sendte ham til Washington, D.C. i juli 1942 for at aflevere hans reorganiseringsplan for flådens luftfart i Stillehavet til admiral Ernest J. King, chefen for flådens operationer. Mens han var der, foretog Bellinger en rutinemæssig fysisk undersøgelse på Bethesda Naval Hospital, som opdagede, at han havde en mild hjertesygdom. Hans kampkarriere sluttede, og han blev beordret til en mindre stressende opgave.