Ved udbruddet af den mexicansk-amerikanske krig i juni 1846 blev Van Buren genudnævnt i hæren som en paymaster med rang af major. Van Buren tjente som rådgiver for generalerne Zachary Taylor og Winfield Scott og deltog i Slaget ved Contreras, Slaget ved Monterrey,
Belejringen af Veracruz, Slaget ved Cerro Gordo og Slaget ved Churubusco.