Med Rosbergs pensionering fra Formel 1 i slutningen af 1986 sæsonen, fyldte den undervurderede svensker Stefan Johansson McLaren sædet sammen med Prost for sæsonen. Selv om McLaren havde introduceret den nye Steve Nichols designet MP4/3 efter tre sæsoner med MP4/2-modellen (Barnard var rejst til Ferrari), var TAG-motorerne ikke den kraft, de havde været tidligere, bagud i kraft og med upålidelighed tidligere uset. Han gav dog aldrig op og udfordrede Piquet og Mansell næsten til slutningen, vandt tre løb og brød Jackie Stewarts rekord for racersejr ved at vinde for 28. gang på det portugisiske Grand Prix. "Folk vil måske ikke tro mig", sagde Stewart dengang. Men jeg er glad for, at Alain tager min plade. Jeg er glad for, at han har gjort det, for det er ham, der fortjener det. Der er ingen tvivl i mit sind om, at han er den bedste racerkører i sin generation. Prost regner sin sejr i åbningsrunden i Brasilien
som hans bedste og mest givende løb nogensinde. Williams-Hondas havde været dominerende i løbet af kvalifikationen, og Prost startede som femte på startlinjen med en tid på tre sekunder langsommere end Mansells pole time. Han vidste, at han ikke havde kvalifikationshastigheden, så han arbejdede på sit løbssæt, og da alle andre ville have en høj neddriftsstyrke, gik han den anden vej. Opstillingen betød mindre dæk slid, takket være langsommere hastigheder i sving, mens du går hurtigt ned i ligebanen. Med sin bil, der havde mindre dæk slid end hans rivaler, var Prost i stand til at komme igennem de 61 runder af den slibende Jacarepaguá Circuit med kun to stop sammenlignet med de tre eller flere af hans rivaler (Piquet pittede for dæk 3 gange inden for de første 40 runder). Prost sluttede 40 sekunder foran Piquet, med Johansson yderligere 16 sekunder tilbage på tredjepladsen.