Efter tabet af sin kæreste i en alder af 20 blev Lee tættere på sin søster Amy. Da hun var omkring 30 år gammel, gik hun ind på Columbia University School of the Arts og opnåede en Master of Fine Arts i film. Der mødte hun Phil Johnston, hendes fremtidige skrivepartner på Wreck-It Ralph. Lee dimitterede fra Columbia i 2005 og boede i New York City, hvor hun udviklede en baggrund i live-action film, hvor hun arbejdede som assisterende instruktør på og producent af den korte film i 2004, "A Thousand Words". I marts 2011 ringede Johnston til Lee for at bede hende om at slutte sig til ham på Disney Animation i Burbank for at hjælpe ham med at skrive Wreck-It Ralph.
Master i Filmkunst