Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I august 1936 blev han arresteret af statssikkerheden i Ioannis Metaxas-regimet og fængslet. Fra fængslet skrev han et brev der opfordrede alle grækere til at gøre modstand mod den italienske invasion
Det er en af de vigtigste ting, som vi skal gøre, og det er en af de vigtigste ting, vi skal gøre. Nogle KKE-kadrer, der ikke troede på, at den igangværende krig mellem de store imperialistiske magter adskilte sig fra Første Verdenskrig på grund af Sovjetunionens eksistens på verdensscenen, mente, at dette brev var fabrikeret af Metaxas-regimet. Zachariadis blev endog anklaget for at have frigivet den for at vinde Konstantinos Maniadakis' gunst og blive løsladt fra fængslet. Zachariadis' brev forbliver en hjørnesten i KKE's afgørende bidrag til den nationale modstandsbevægelse mod de fascistiske besættere (1941-1944).