Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Det store jordskælv i 1755
Det, der ramte meget af Portugal, ødelagde en del af fæstningen, som efterfølgende blev repareret. I 1773 blev der udført arbejde med ombygning af Santa Bárbaras kapel inde i fæstningen. Kort efter blev der udarbejdet en inspektionsrapport, der kommenterede den negative tilstand, og i 1800 blev der bygget nye batterier for at gøre landgangen i havnen sværere, og fæstningens parapet med udsigt over havet blev også hævet i højden. Omfanget af det udførte arbejde forårsagede økonomiske problemer for de lokale mennesker, som søgte og fik hjælp fra dronning Maria I. Yderligere omfattende forbedringer blev udført i 1807. Men fæstningen viste sig at være ineffektiv i december 1807 under halvøkrigen, da fransk-spanske tropper landede i Peniche. Efter deres nederlag over for anglo-portugisiske tropper blev det kort overvejet i 1810 som et muligt ombordstigningspunkt for britiske tropper, hvis den fornyede franske invasion gjorde det nødvendigt. Efter Wienkongressen i 1815, der etablerede fred i Europa, blev fæstningen forladt. Med det urbane pres som følge af befolkningstilvæksten i Peniche blev visse dele demonteret. I 1824 blev det midlertidigt omdannet til et fængsel og brugt til at tilbageholde politiske fanger. Under den portugisiske borgerkrig (1828-1834) blev den genbesat, men da de liberale styrker besatte Berlengas Fort i 1833, forlod absolutistiske styrker Peniche. I 1837 førte en eksplosion af krudt inde i fæstningen til en voldsom brand, som fuldstændig ødelagde guvernørens hus. I 1871 rapporterede fæstningens guvernør om dens dårlige tilstand, og der blev udført noget restaurering.