Men da Grækenland blev indblandet i borgerkrige, kaldte sultanen på sin stærkeste undersåtter, Muhammad Ali af Egypten, for hjælp. Plageret af interne stridigheder og økonomiske vanskeligheder med at holde flåden i konstant beredskab, formåede grækerne ikke at forhindre erobringen og ødelæggelsen af Kasos og Psara i 1824, eller den egyptiske hærs landgang ved Modon. På trods af sejre ved Samos og Gerontas, var revolutionen truet med kollaps indtil stormagternes indgriben i Slaget ved Navarino
I 1827. Der blev den egyptisk-osmanniske flåde afgørende besejret af de kombinerede flåder fra Storbritannien, Frankrig og det russiske imperium, hvilket effektivt sikrede Grækenlands uafhængighed.