Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Efter at have trukket sig tilbage som spiller, blev Johnson en succesfuld manager. Han førte New York Mets til World Series titlen i 1986, og til en yderligere National League East titel i 1988. Han vandt American League's Manager of the Year Award i 1997, da han førte Baltimore Orioles wire-to-wire til American League East division mesterskab. Han vandt den samme pris i National League i 2012, da han førte Washington Nationals til franchises første divisionstitel, siden de flyttede til Washington, D.C., og deres første samlede titel siden 1981. Johnson ledte hold til deres respektive League Championship Series i tre på hinanden følgende år <unk> Cincinnati Reds i 1995 og Orioles i begge 1996
og 1997. Han var også manager for Los Angeles Dodgers.