Efter sin tilbagevenden til Australien fik bataljonen en 24-dages orlovsperiode, før de i marts omgrupperede sig i Ravenshoe, Queensland, for at begynde forberedelserne til den næste fase af krigen. Bataljonen oplevede en høj personnelomsætning, og da den gik i kamp igen i midten af 1945, var der kun 141 personer tilbage, der var blevet udstationeret til Mellemøsten i 1940. En ny kommanderende officer, oberstløjtnant Noel Simpson, ankom i maj 1944, sammen med en stor gruppe af andre forstærkninger, der erstattede mange mænd, der stadig led af malaria fra den foregående kampagne. En lang træningsperiode fulgte, da der var en vis usikkerhed om den australske hærs rolle i fremtidige operationer i Stillehavet, efter at det amerikanske militær havde påtaget sig det primære ansvar for kampoperationer i teatret. Ikke desto mindre, i de sidste måneder af krigen deltog 2/43 i bestræbelserne på at generobre Labuan.
og Nordborneo som en del af Operation Oboe Six.