Under den anden Intifada i august 2001 fastslog den daværende israelske premierminister Ariel Sharon, at med forventningen om en massiv israelsk reaktion var betingelserne så gunstige som de nogensinde ville være for Israel at foretage den tvangsmæssige lukning af Orient House. To dage efter selvmordsbombningen i Sbarro-restauranten stemte det israelske kabinet for at lukke Orient House, og bygningen blev raidet af israelske sikkerhedsstyrker. Der blev fundet dokumenter, der beviser, at palæstinensiske sikkerhedstjenester havde opereret ulovligt i Jerusalem, herunder en liste over arabiske beboere i Jerusalem, der var blevet tilbageholdt af palæstinensiske sikkerhedsagenter. En stjålet Uzi-maskingevær blev også fundet. Blandt de konfiskerede genstande var personlige ejendele, fortrolige oplysninger vedrørende Jerusalem-spørgsmålet, dokumenter vedrørende Madrid-konferencen i 1991.
og Arab Studies Society fotografisk samling. Faisal Husseinis personlige bøger og dokumenter blev beslaglagt. Andre palæstinensiske institutioner i Jerusalem, såsom guvernørens hus og hovedkvarteret for Force 17 blev lukket ned og raidet i samme operation.