Krigen brød ud i september 1939 og Möller blev indkaldt til hæren. Han genoptog sit ansvar i foreningen, men foreningen var tilsyneladende ret inaktiv indtil 1945.
- Hvad? I det år døde Nirrnheim et par dage efter sin firsindstyvende fødselsdag, og Möller vendte tilbage fra krigen til Hamburg, hvor han genoptog sine pligter både i Hamborgs Historieforening og som et højtstående medlem af ledelsen på byens arkiv. I 1948 blev han udnævnt til direktør (leder) for den i efterfølgelse til. Han tiltrådte embedet den 1. januar 1948, men blev derefter sendt på orlov i begyndelsen af februar 1948, hvor han stod over for udsigten til afskedigelse.