Den amerikanske borgerkrig brød ud i april 1861, og samme år meldte Howell sig om bord på dampfregatten, som blev tildelt den nordatlantiske blokadeskvadron for at deltage i Unionens blokade af de konfødererede stater i Amerika. Mens han var om bord på "Minnesota" deltog han i slaget ved Hatteras Inlet Batteries
På Outer Banks of North Carolina den 28. og 29. august 1861.