Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Assisterende manager Jimmy Murphy overtog som manager, mens Busby kom sig fra sine skader og klubbens improviserede side nåede FA Cup-finalen, som de tabte til Bolton Wanderers. Som anerkendelse af holdets tragedie inviterede UEFA klubben til at deltage i Europacuppen i 1958/59 sammen med de senere liga-championer Wolverhampton Wanderers. Trods godkendelse fra The Football Association besluttede The Football League, at klubben ikke skulle deltage i konkurrencen, da den ikke var kvalificeret. Busby genopbyggede holdet gennem 1960'erne ved at underskrive spillere som Denis Law og Pat Crerand, som kombineret med den næste generation af ungdomsspillere - herunder George Best - vandt FA Cup i 1963. Den følgende sæson, de sluttede anden i ligaen, derefter vandt titlen i 1965 og 1967. I 1968 blev Manchester United den første engelske (og anden britiske) klub, der vandt Europacuppen, da de slog Benfica 4-1 i finalen med et hold, der indeholdt tre europæiske fodboldspillere af året: Bobby Charlton, Denis Law og George Best. De repræsenterede derefter Europa i 1968 Intercontinental Cup.
mod Estudiantes i Argentina, men tabte kampen efter at have tabt første omgang i Buenos Aires, før en 1 til 1 remise på Old Trafford tre uger senere. Busby trådte tilbage som manager i 1969 før han blev erstattet af reserveholdet træner, tidligere Manchester United spiller Wilf McGuinness.