Skriv en fortsættelse til dette afsnit - To måneder før sin 29-års fødselsdag blev J. Wallace Scott en af Pennsylvaniens første til at reagere på præsident Abraham Lincolns opfordring til frivillige til at forsvare Washington, DC efter Fort Sumters fald til den konfødererede hær i april 1861. Efter at have indskrevet sig til militær tjeneste i West Chester den 4. juni 1861, blev han indkaldt som en privat med Company A af 1st Pennsylvania Reserve Regiment (også kendt som 30th Pennsylvania Volunteer Infantry). Han blev forfremmet til rang af korporal tidligt i sin tjenesteperiode, og han og hans mænd erobrede to fjendtlige forsyningsvogne, mens de blev tildelt piketpligter langs en Annapolis Railroad linje i Virginia i august 1861. Vognene blev trukket af to heste hver, og de var lastet med guldbarrer og silke til en værdi af 5.000 dollars, der skulle bruges i CSA-militæruniformer og flag, samt kininforsyninger bestemt til CSA-læger. Han deltog med sit regiment i de syv dages slag nær Richmond, Virginia fra 25. juni til 1. juli 1862, herunder slagene ved Beaver Dam Creek (26. juni), Gaines's Mill (27. juni), Savage's Station
(29. juni), Glendale (30 juni) og Malvern Hill (1. juli), han kæmpede derefter i det andet slag ved Bull Run (28. august 30), og slagene ved South Mountain (14. september) og Antietam (17. september). Han blev forfremmet til sergent, og blev hæderligt afskediget den 23. oktober for at påtage sig en ny post med et andet regiment.