Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Forfremmet til rang af Major (USA) kort efter at være vendt tilbage til pligten, blev Wilson alvorligt såret, skudt tre gange under slaget ved Chickamauga. Efter at være kommet sig i Wisconsin (hvor han giftede sig med Mary Madson, 1843-1903), vendte Wilson tilbage i november 1863 som fungerende kommanderende officer for det skandinaviske regiment under slaget ved Rocky Face Ridge, Resaca
og Pickett's Mill (hvor regimentet led særligt store tab), før kommandoen blev overdraget til oberst Ole Johnson i juli 1864. Wilson forblev med regimentet og tjente i yderligere 26 militære kampe indtil krigens afslutning i 1865.