Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I april 1862 ved slaget ved Shiloh i det vestlige Tennessee, blev Holtzclaw alvorligt såret i sin højre lunge i løbet af den første dag af kampene. Man troede først at han var blevet dødeligt såret, men han blev forbløffende rask og var tilbage i tjeneste efter kun halvfems dage. Han blev forfremmet til oberst og tjente en tid i Montgomery. I 1863 blev han igen såret, denne gang da han blev kastet fra sin hest under slaget ved Chickamauga i det nordlige Georgia. Men skaden var ikke alvorlig nok til at tvinge ham ud af banen. I november 1863 overtog han kommandoen over en brigade i Stewarts division i det andet korps i Army of Tennessee og ledte den under Chattanooga-kampagnen, herunder slaget ved Lookout Mountain
- Hvad? I en periode ledede han midlertidigt Henry Claytons brigade.