Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Den 18. december 1855 sluttede Stephenson sig til Royal Navy, blev en Naval Cadet i HMS "St Jean d'Acre", beordret af sin onkel Henry Keppel, og tjente i Sortehavet under Krimkrigen. Fra september 1856 til april 1857 tjente Stephenson under Keppel som kadet på HMS "Raleigh", der tjente i Østindien og Kina under den anden anglo-kinesiske krig
Indtil hans skib krakede nær Macau, da det ramte en ukendt klippe. Hele besætningen blev reddet. I juni 1857 tjente han som midshipman i HMS "Pearl", der tjente med "Pearl"s Naval Brigade under det indiske mytteri i 1857, hvor han blev nævnt i Despatches tre gange. I juni 1861 blev han forfremmet til løjtnant i HMS "Emerald", der tjente i Channel Squadron.