Ewell kommanderede en division i Jacksons lille hær under Valley-kampagnen og vandt personligt en hel del kampe mod maj. Gens' større unionshærer. Nathaniel P. Banks, John C. Frémont og James Shields ved slaget ved Front Royal og
Første slag ved Winchester, slaget ved Cross Keys og slaget ved Port Republic. Jacksons hær blev derefter kaldt tilbage til Richmond for at slutte sig til Robert E. Lee i at beskytte byen mod generalmajor George B. McClellan's Army of the Potomac i Peninsula-kampagnen. Ewell kæmpede påfaldende ved Gaines' Mill og så relativt let action ved Malvern Hill. Efter at Lee havde slået Unionshæren tilbage i Syv-dages slaget, truede Unionens generalmajor John Popes hær i Virginia med at angribe fra nord, så Jackson blev sendt for at afskære ham. Ewell besejrede Banks igen i slaget ved Cedar Mountain den 9. august og vendte tilbage til den gamle slagmark i Manassas, hvor han førte sin division i aktion ved Brawner's Farm den 28. august. En Minie-kugle knuste Ewells højre ben, og han lå på jorden i flere timer, før han blev fundet og taget væk. Benet blev amputeret under knæet, og Ewell måtte gennem en smertefuld genopretning, der varede i måneder. Selv om han fik et ben af træ, var det vanskeligt at få det til at passe til benet, fordi det var uregelmæssigt formet. På juledag faldt Ewell i Richmond, hvilket forværrede hans skade yderligere.