Efter Fort Donelson blev 41st Illinois tildelt 1. brigade i Stephen A. Hurlbuts 4. division i Army of the Tennessee. Kort efter kampene begyndte på
I slaget ved Shiloh blev 1. brigades kommandør, oberst Nelson G. Williams, alvorligt såret, og kommandoen over brigaden blev overdraget til Pugh. Oberst Pugh førte dygtigt brigaden gennem de to dages kamp ved Shiloh i nærheden af "Bloody Pond".