Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I marts 1937 blev Schniewind fjernet fra sin universitetspost, og i begyndelsen af 1938 indledte myndighederne en strafferetlig undersøgelse af hans involvering i Bekendelseskirken. Han blev tvunget til at acceptere en lønnedskæring på 80%. Mange kilder antager eller antyder, at han forblev berøvet sin professorat indtil krigen sluttede
I maj 1945 blev Schniewind genindsat som professor, men en ny undersøgelse af personaleoptegnelser i arkiverne på universitetet i Halle har vist, at Schniewinds professorat i stilhed blev genindsat i en eller anden form senere i 1938. Der foreligger ingen oplysninger om, at den strafferetlige sag er nået til retsforfølgning. Ifølge en kilde kunne han, ud over at holde foredrag for Bekendelseskirken, fortsat "give sine elever vejledning privat". Efter 1939 kombinerede han sine aktiviteter på universitetet med arbejde som militærhospitalkaplan.