Kiernan insisterede på at slutte sig til kamprækkerne, og i den egenskab blev han tilsyneladende udnævnt til major i 6. Missouri. I maj 1863 ved
Han blev såret i venstre lunge og efterladt på banen. Efter at være blevet fundet og fængslet, flygtede han tilbage til Unionens styrker og trådte tilbage. Den 1. august 1863 blev han udnævnt til brigadegeneral for frivillige af præsident Abraham Lincoln; kommanderende en post ved Miliken's Bend på Mississippi. Imidlertid tvang dårligt helbred som følge af hans slagmarken sår ham til at træde tilbage den 3. februar 1864.