De kostbare krige mod Venedig og den ødelæggende virkning af den sorte død reducerede i høj grad den genovesiske flådes styrke. Større nationalstaters opståen undergravede også den forholdsvis lille bystats evne til at konkurrere militært. Genova (med fransk støtte) indledte et korstog
I 1390 angreb han Tunesien med det formål at beskytte de genovesiske handelskolonier mod muslimske pirater. Under krigen forsynede den genovesiske flåde med skibe, mens franske riddere belejrede Mahdi's fæstning. Krigen var en succes for de kristne styrker, men resulterede også i, at franskmændene fik politisk indflydelse i Genova, som blev presset til at erklære sig selv som et fransk feud i 1396. Den genovesiske flåde blev bragt under fransk kontrol, og den 7. oktober 1403 blev den afgørende besejret af Venedig i Slaget ved Modon efter at den genovesiske flåde havde overfaldet venetianske handelskolonier. Republikken blev uafhængig af Frankrig i 1409, men militærets prestige var blevet alvorligt beskadiget, og byen forblev en eftertragtet politisk erobring for både Frankrig og Aragonien. I 1435 blev en genovesisk flåde sendt på Milanos anmodning til byen Gaeta, som blev belejret af Aragonien. Dengang kæmpede hertugen af Milano og kongen af Aragonien om hvem der skulle styre kongeriget Sicilien. Den genovesiske flåde ankom til Gaeta og besejrede den talmæssigt overlegne aragonske flåde i slaget ved Ponza. Det aragonske flagskib blev tvunget til at overgive sig, og kong Alfonso V af Aragonien blev taget til fange. På trods af dette tilbageslag sejrede Aragonien i konflikten, og Sicilien kom under aragonsisk kontrol, hvilket gjorde passagen gennem Messinasundet vanskelig og yderligere forstyrrede de genovesiske flådeaktiviteter.