Habert blev forfremmet til general, og blev sendt til Spanien, hvor han opnåede berømmelse i den spanske krig. Efter at have kæmpet med varierende held i 1808 og 1809 ankom general og senere marskal Louis-Gabriel Suchet for at tage kommandoen i Aragon. En række næsten uafbrudte succeser fulgte. Selvom han kun var brigadegeneral, blev han udnævnt til at lede Suchets 3. division i aktioner ved Lerida, Tortosa og Tarragona. Efter at være blevet forfremmet, ledede han sin division ved Saguntum, Valencia, Castalla og Ordal. Han blev kendt som Ajax af Cataloniens Hær for sit langvarige forsvar af Barcelona i 1814. Han kommanderede en division under Hundrede Dages kamp ved Ligny og
Wavre, selvom han gik glip af slaget ved Waterloo. Habert er et af navnene, der er indskrevet under Triumfbuen.