Til 1672 havde han begyndt at nedskrive sine teologiske undersøgelser i notesbøger, som han ikke viste til nogen, og som først for nylig er blevet undersøgt. De viser et omfattende kendskab til de tidlige kirkelige skrifter og viser, at i konflikten mellem Athanasius og Arius, der definerede trosbekendelsen, tog han parti for Arius, den tabende, der afviste det konventionelle syn på Treenigheden. Newton "anerkendte Kristus som en guddommelig mellemmand mellem Gud og mennesket, der var underordnet Faderen, der skabte ham". Han var især interesseret i at profetere, men for ham var Kristus "den apostatiske trinitarianer".
var en kætter