2004-sæsonen var anderledes for Garner. Efter Houston Astros havde en langsom start under den daværende manager Jimy Williams, blev Garner bragt i midten af sæsonen for at erstatte Williams og førte Astros til en National League Wild Card køje, og tabte til sidst i syv kampe til St. Louis i National League Championship Series.
- Hvad? Holdet oplevede en anden langsom start i 2005, men gjorde et løb igen sent i sæsonen og kom tilbage for at vinde et andet National League Wild Card. Denne gang ville Houston slå St. Louis Cardinals i National League Championship Series i seks kampe og vinde pennanten kun for at blive fejet af Chicago White Sox i World Series.