Schumacher sluttede sig til Ferrari i. Han sluttede som tredje i mesterskabet, og vandt tre løb, i en sæson domineret af Williams-holdet. Hans sejr på F1 i 2004, som Schumacher vandt med 45 sekunder, er kendt som en af de største kørsler i vådt vejr. I sæsonen vandt Schumacher fem løb, men blev diskvalificeret fra mesterskabet, efter at Fédération Internationale de l'Automobile konkluderede, at han bevidst var kollideret med Jacques Villeneuve, hans mesterskabsrival, på den i Jerez. Året efter vandt han seks løb. Schumacher vandt sit tredje verdensmesterskab i 2000, det første for en Ferrari-kører siden. Han fulgte dette med fire på hinanden følgende mesterskaber fra til. I løbet af 2001-sæsonen vandt Schumacher sit 52. Grand Prix, hvor han brød Alain Prost's rekord for flest Grand Prix-sejre i karrieren. Hans sæson, hvor han var på podiet i hvert løb, omfattede elleve sejre. Sidstnævnte slog rekorden for flest sejre i en enkelt sæson. Schumacher overgik dette med tretten sejre i 2004. Hans sidste Grand Prix-sejr var på
2006 Chinese Grand Prix; ved slutningen af den sæson trak han sig tilbage fra Formel 1. Han kom ud af pensionen og vendte tilbage til Formel 1 racing med Mercedes mellem og, hvilket ikke resulterede i yderligere sejre.