Når borgerkrigen brød ud i 1861, sluttede Corput sig til den konfødererede hær. Han blev udnævnt til tredje løjtnant (1861) i "Cherokee Artillery" batteriet; en enhed rekrutteret fra Floyd og Cherokee amter. Flere af hans slægtninge sluttede sig også til enheden, og hans bror Felix var Quartermaster Sergeant. Enheden overgav sig under belejringen af Vicksburg, men vendte hurtigt tilbage til feltet bagefter. I 1864 var Corput blevet forfremmet til kaptajn og havde kommandoen over batteriet. På
I slaget ved Resaca blev de fire 12-punds Napoleoner taget til fange. Corput selv blev krigsfange den 12. april 1865 i Salisbury, North Carolina. Han blev holdt som fange i Camp Chase, Ohio, indtil han blev løsladt i oktober.