Molloys næste skib var 64-kanoner, som han bestilte i 1781. Han var sammen med Sir George Brydges Rodney under det hollandske Vestindiske felttog i begyndelsen af 1781 og var til stede ved indtagelsen af Sint Eustatius den 3. februar og ved den
Slaget ved Fort Royal den 29./30. april. Han vendte tilbage til Nordamerika med Sir Samuel Hoods flåde og var til stede ved slaget ved Chesapeake den 5. september 1781. Molloy blev rost for sine bestræbelser under slaget, og blev beskrevet som at have opført sig mest galant, og for at have assisteret. Molloy vendte tilbage til Vestindien med Hood og ankom der den 5. december 1781. Han deltog i slaget ved St. Kitts den 25. og 26. januar 1782. Efter at have deltaget i mange af de amerikanske uafhængighedskriges søslag sejlede Molloy til Jamaica i maj samme år og derefter tilbage til Storbritannien med en konvoj, hvor han betalte "Intrepid" i august.