Efter valget i 1986 dannede Sadiq en koalitionsregering bestående af Umma-partiet (som han ledte); Den Nationale Islamiske Front (ledt af hans svoger, Hassan Al-Turabi); Det Demokratiske Unionistiske Parti (ledt af Mohammed Uthman al-Mirghani al-Khatim); og fire små sydlige partier. Denne koalition viste sig imidlertid at være ustabil og forhindrede Sadiq i at opfylde sine løfter om at afslutte den anden sudanske borgerkrig og løse den igangværende økonomiske krise. Den 30. juni 1989 blev hans regering væltet ved et kup.
Ledet af brigadegeneral Omar al-Bashir. Posten som premierminister i Sudan blev derefter afskaffet.