Efter at have vundet en guld- og en sølvmedalje ved Europæisk Junior-swimmingmesterskab 1998 i Antwerpen, fik hun sin internationale debut ved FINA Short Course World Championships i Hong Kong i 1999. Groot vandt straks sin første internationale medalje, en sølvmedalje, i 4×100 m freestyle-stafet sammen med Thamar Henneken, Wilma van Hofwegen og Inge de Bruijn. Individuelt sluttede hun 14. i 100 m sommerfugl. Et par måneder senere deltog hun i 1999 i det europæiske vandsportmesterskab.
I Istanbul. I 50 m sommerfugl vandt hun sin første individuelle medalje i en alder af 17 år og nåede tredjepladsen bag Anna-Karin Kammerling og Johanna Sjöberg. Chantal nåede også finalen i 50 m freestyle og endte som 7. I 4 × 100 m freestyle sluttede hun som fjerde med holdet.