Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Sekulære muslimer og de overvejende ikke-muslimske sydstatsborgere var stærkt imod indførelsen af islamisk lov. Selv før udstedelsen af septemberlovene havde John Garang, lederen af Sudan People's Liberation Movement (SPLM), imidlertid deserteret fra regeringen og begyndt at organisere sydlig opposition for at vælte Nimeiry. Tvangsfuldbyrdelsen af hudud-straffen, som omfattede piskning og amputation af hænder og fødder, vakte udbredt modstand mod Nimeiry-regeringen. Efter Nimeirys omstyrtelse i 1985 suspenderede Swar al-Dahab-regeringen de hårdeste hudud-straffe. Både Swar al-Dahab og hans demokratisk valgte efterfølger, Sadiq al-Mahdi, støttede sharia, men kritiserede Nimeiry's metode til at gennemføre den. I begyndelsen af 1989 udtrykte en tilbageholdende al-Mahdi sin vilje til at overveje at ophæve de kontroversielle sharia-love. Dette fik hans koalitionspartner, al-Turabi, og Nationale Islamiske Front (NIF), til at træde tilbage fra regeringen i protest. Al-Mahdi meddelte, at regeringen ville overveje et lovforslag om ophævelse af septemberlovene den 1. juli 1989 og ville mødes med SPLM-ledere for at løse fredeligt en afslutning på borgerkrigen. Militærkuppet i juni 1989
Det skete kun 24 timer før al-Mahdi-regeringen skulle stemme om at ophæve septemberloven.