Programmerne på Radio Maryja består af udsendelser fra stationsnyhedsbureauet; hyppige recitationer af rosenkransen, breviaren og den guddommelige barmhjertighedens rosenkran; salvelse til den sorte Madonna af Częstochowa; diskussioner om "Katekismen for den katolske kirke"; en daglig udsendelse af messen; dækning af pavelige rejser; og sociologiske og politiske programmer. Det tager stilling til feminisme, homoseksuelles rettigheder, "islamiseringen" af Europa, flygtninge fra Mellemøsten
og EU, og fremmer social konservatisme.