Efter at være gået på pension efter en fire årti lang karriere som læge, skiftede Lowry <unk> med hjælp fra sin nye kone, Beverly <unk> i 1990'erne til at skrive ikke-fiktion historiske værker. Han er forfatter eller medforfatter til mere end 20 bøger på dette område, hvoraf de fleste omhandler den amerikanske borgerkrigsperiode. En stor del af Lowrys' forskning blev udført på U.S. National Archives i Washington, D.C., hvor Lowrys i løbet af et årti samlede et stort indeks af tusindvis af tidligere ikke-katalogiserede borgerkrigsdokumenter. Lowry's første og mest kendte bog om dette emne, "The Story the Soldiers Wouldn't Tell" (1994), modtog en positiv anmeldelse i "The New York Times" som "det første studie af seksuel adfærd forbundet med borgerkrigen", og blev rost i "Esquire" som "underholdende og fascinerende". To efterfølgende værker om borgerkrigens krigsretter, "Tarnished Eagles" (1998) og "Tarnished Scalpels" (2000; medforfatter med Jack D. Welsh), blev godt anmeldt i henholdsvis "Civil War Times" og "Kirkus Reviews". Lowry har lejlighedsvis udgivet om andre historiske begivenheder, såsom
Slaget ved Taranto og sænkningen af "Titanic". Hans bog fra 2004 om Lewis og Clark Expedition gav ham en pris fra Lewis og Clark Trail Heritage Foundation.