Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I begyndelsen af den portugisiske restaurationskrig (1640-1668), led fortet sin anden belejring, af tropper loyale over for hertugen af Braganza, der blev konge John IV af Portugal i 1640. Under hans regeringstid blev der udført yderligere reparationsarbejde på fortet, herunder opførelse af kaserner og logi til garnisonen og yderligere forsvar mod angreb fra landet. Yderligere forbedringer blev gennemført i 1751, men i 1755 blev fortet beskadiget som følge af jordskælvet i Lissabon.
, hvor den mest alvorlige var sammenbruddet af fyrtårnet i midten af pladsen. Fyret blev genoptaget i 1761.