Reuter er mest kendt for sin holdning under den kolde krig i Berlin. Under den sovjetisk-indførte
Berlinblokaden (1948/49), den vestlige del af byen blev opretholdt af Berlin luftbroen, der blev etableret af den amerikanske militærguvernør, Lucius D. Clay. Som svar på truslen måtte borgerne i de vestlige sektorer samle sig. Ernst Reuter blev deres talsmand og leder, en symbolsk figur for det "frie" Berlin. Reuters tale foran den brændte rigsdagsbygning den 9. september 1948 foran en menneskemængde på 300.000 er mindeværdig, hvor han appellerede til verden om ikke at opgive Berlin. I valget, der blev afholdt i den vestlige del af Berlin to måneder senere, gav hans popularitet SPD den højeste sejr med 64,5% nogensinde opnået af et parti i et frit valg i Tyskland. Som borgmester dannede han en stor koalitionsregering med de to næststørste partier for at demonstrere Vestberlins enhed. Reuters appel til Vesten gik ikke ubesvaret. Luftbroen reddede byen fra at sulte, og Reuter blev kun den anden tyske efterkrigspolitiker (efter Konrad Adenauer) der blev placeret på forsiden af "Time" magasinet. Han havde titlen "Herr Berlin".