Denne tjeneste fortsatte indtil begyndelsen af 1809, da hun vendte tilbage til Storbritannien. England var nu stærkt involveret i Østersøen og beskyttede handelsinteresser. En ekspedition under Sir James Gambier i juli 1807 havde fanget det meste af den danske flåde i det andet slag ved København, som svar på frygt for, at den kunne falde i Napoleons hænder, på bekostning af at starte en krig med Danmark.
- Hvad? Kaptajn Hamilton forlod skibet og blev afløst af kaptajn Edward Sneyd Clay. "Temeraire" blev nu flagskib for kontreadmiral Sir Manley Dixon, med ordre om at sejle til Østersøen for at forstærke den flåde, der var stationeret der under Sir James Saumarez. "Temeraire" ankom i maj 1809 og blev sendt for at blokere Karlskrona på den svenske kyst.