Ellis meldte sig frivilligt og blev indkaldt til det 15. regiment, 2. brigade, 4. division i Tennessee-hæren i Freeport, Illinois. Det 15. regiment deltog i kamp ved Fort Donelson nær Clarksville, Tennessee, før kamp under slaget ved Shiloh
- Hvad? Den 6. april 1862, mens han var i Hornets Nest, efter at have fået forfremmelse til rang af fungerende oberst, blev Ellis ramt flere gange af fjendtlig ild, men han fortsatte med at lede sine tropper, indtil en fatal kugle ramte ham. Efter slaget blev hans lig fundet på slagmarken og hans rester blev sendt til Rockford for at blive begravet. Efter en omfattende begravelsesceremoni blev Ellis begravet på familiens grund, som han havde købt kun få år tidligere efter at en af hans døtre var død.