Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Tidligt i sin tid som rektor inkluderede en højtstående partiembedsmand på universitetet i sin rapport til ministeriet for statssikkerhed (hvis ansvar omfattede at holde styr på sådanne anliggender) vurderingen af, at Stern som universitetsrektor ikke havde gode relationer til universitetspersonalet, hvilket afspejlede sig i en atmosfære af varierende niveauer af generel angst blandt universitetspersonalet. Set fra andre synsvinkler var denne bekymring ikke uden grund, for Stern mente at det var hans opgave at lede universitetet i den ånd som landets styrende politiske parti fremhævede. Der blev gennemført adskillige "rensninger" under hans regeringstid, især i 1958, da han bevægede sig mod den såkaldte "Spirituskreis" ("løst, "åndelig cirkel"), en lille gruppe af uacceptabelt "borgerlige" professorer. Tidligere i 1952 og 1953 brugte han flere gange sin indflydelse på universitetets senat til at stoppe protestaktioner fra universitetsdekaner til støtte for studerende, der blev arresteret i forbindelse med den voksende utilfredshed, der foregik den korte, men brutalt undertrykte (med aktiv deltagelse af sovjetiske tropper) oprør i juni 1953.
- Hvad? Også kontroversielt blandt kammerater på universitetet var den måde, hvorpå Stern var tilfreds med at udnævne tidligere nazister til professorsæder, og, hvor det var hensigtsmæssigt, genudnævne dem, forudsat at de viste sig at være pligtopfyldende og underdanige støttespillere af partiet under den nye form for etparti-diktatur, der var blevet installeret i den østtyske stat, bygget i henhold til sovjetisk-stil leninistisk-socialistiske principper, på fundamenter, der før 1949 havde været den sovjetiske besættelseszone. Fra sympatiske kilder følte Stern sig sikker i troen på, at han havde stødt på masser af engagerede venstreorienterede aktivister, der, efter at have erhvervet status og position, var tilfredse med at forråde og opgive arbejderbevægelsen. Der var ikke noget monopol på politisk forræderi for den politiske højrefløj.