Midt i 2002 blev han byttet til Florida Marlins. Hans statistik for sæsonen forbedrede sig drastisk efter handlen. Den følgende sæson, han var igen en nøgle del i at hjælpe de uerfarne Marlins vinde World Series 2003. I kamp 6 i NLCS var Marlins fem udfald fra at blive elimineret, da Cubs fan, Steve Bartman
, forhindrede en fejl bold fra potentielt at blive fanget ved at strække sine arme over Moisés Alou, mens Alou forsøgte at feltet pop-up. Mordecai's efterfølgende tre-run double blæste spillet op, og fremhævede Cubs' historiske sammenbrud i det, der undertiden omtales som simpelthen "The Inning". Mordecai ville fortsætte med at vinde sin anden World Series, da Marlins handily besejrede Yankees i World Series.