Efter det omstridte præsidentvalg i Iran i juni 2009
Obama fordømte den iranske regerings undertrykkelse af den iranske Grønne Bevægelse, en gruppe af demokratiske demonstranter. Den 15. juni 2009 holdt Moussavis tilhængere de største protester siden revolutionen i 1979. Obama erklærede: "Vi respekterer den iranske suverænitet og ønsker at undgå, at USA bliver problemet i Iran, men jeg er dybt bekymret over den vold, jeg har set på tv. Jeg tror, at den demokratiske proces - ytringsfrihed, folks evne til fredeligt at være uenige - alle disse er universelle værdier og skal respekteres". Efter at der var blevet udøvet mere vold mod demonstranter, udtalte Obama: "De Forenede Stater og det internationale samfund er blevet forfærdet og forarget over truslerne, tæskene og fængslingerne i de sidste par dage" og fordømte kraftigt "disse uretfærdige handlinger". Nogle kritikere, herunder hans 2012 præsidentkampagne rival Mitt Romney, bebrejdet Obama, siger, at han skulle have gjort mere for at støtte den grønne bevægelse. Andre var uenige, idet de bemærkede, at den grønne bevægelse ikke havde brug for eller ønskede direkte udenlandsk støtte, og argumenterede for, at direkte amerikansk støtte til den iranske opposition sandsynligvis ville "underminere dens troværdighed og måske endda give troværdighed til regeringens påstand om, at bevægelsen er et udenlandsk inspireret komplot, der vil berøve Iran dets uafhængighed".