Under Stillehavskrigen blev Harvey taget til fange ved
Slaget om San Francisco. På grund af sin ekspertise i nitratindustrien blev han rekrutteret til at arbejde for den chilenske regering. Omkring denne tid giftede han sig med Alida María Godefroy, der var fra en respekteret fransk-peruviansk familie. I 1881, da den chilenske regering privatiserede nitratindustrien, blev Harvey administrerende partner for firmaet J. T. North og Harvey, som han havde etableret sammen med John Thomas North, der ofte blev kaldt nitratkongen.