Linscott blev udnævnt til operations- og træningsofficer på staben for Amphibious Force, Atlantic Fleet under generalmajor Holland Smith og forfremmet til oberst i oktober 1941. Efter USA's indtræden i Anden Verdenskrig blev Linscott beordret til tjeneste i det sydlige Stillehav i juni 1942 og tilknyttet staben for kommandanten, Amphibious Force South Pacific under viceadmiral Richmond K. Turner. Linscott blev udnævnt til assisterende stabschef og deltog i flere større kampagner i
Salomonøerne, New Georgia, Bougainville og Gilbert- og Marshalløerne. Han forblev på Turners stab efter omdøbelsen af Amphibious Force South Pacific til den tredje Amphibious Force og udmærkede sig i denne egenskab. Han modtog senere to udmærkelser af Legion of Merit for sin tjeneste.