Implementeringen af Malaya-forfatningen baseret på de reviderede forfatningsforslag den 1. februar 1948 og MCP's beslutning om at lancere et væbnet oprør markerede begyndelsen på slutningen for PUTERA-AMCJA-koalitionen og AMCJA som helhed. Med erklæringen af den landsdækkende nødsituation
, trak de konstituerende organisationer sig enten ud af koalitionen, gik under jorden eller i tilfælde af MDU opløste sig frivilligt, og AMCJA ophørte med at eksistere som et organ.