Den spanske "erobrer" Pedro de Alvarado passerede Soconusco med en betydelig styrke i 1523, på vej til at erobre Guatemala
- Hvad? Alvarados hær omfattede hærdede veteraner fra erobringen af aztekerne, og omfattede kavaleri og artilleri; der var også mange indfødte allierede fra Cholula, Tenochtitlan, Tezcoco, Tlaxcala og Xochimilco. Alvarado blev modtaget i fred i Soconusco, og indbyggerne svor troskab til den spanske krone. De rapporterede, at nabogrupper i Guatemala angreb dem på grund af deres venlige syn på spanierne. Alvarados brev til Hernán Cortés, der beskriver hans passage gennem Soconusco, er gået tabt, og viden om begivenheder der kommer fra Bernhard Díaz del Castillos beretning, som ikke var til stede, men relaterede Gonzalo de Alvarados rapport. I 1524 havde Alvarado og hans styrker fuldstændig befriet Soconusco. I løbet af de næste halvtreds år kollapsede de indfødte befolkningsniveauer katastrofalt som følge af eksponering for sygdomme i den gamle verden, med et anslået fald på 90-95%. På trods af dette krævede den koloniale administration dobbelt så meget tribut i form af kakao som det, der var blevet betalt til aztekerne før den spanske invasion, og kakao fortsatte med at være en vigtig afgrøde i hele den koloniale periode. På grund af kakaos økonomiske betydning for den nye koloni var spanierne tilbageholdende med at flytte de indfødte indbyggere langt væk fra deres etablerede kakao-plantager. Som følge heraf var der mindre sandsynlighed for, at indbyggerne i Soconusco blev samlet i nye "reducción" -bosættelser, hvor det ville have taget fem år at dyrke en ny kakao-afgrøde.