For første gang siden sin internationale konkurrence-debut ved 2013's WC, kvalificerede Shirai sig ikke til det japanske mænds nationale AG-hold; således manglende evne til at konkurrere ved 2019 Artistic Gymnastics World Championships i Stuttgart, Tyskland, den 4.-13. oktober 2019. Shirai's præstationer blev bremset for det meste af 2019 sæsonen af en temmelig stædig og nagende venstre ankelskade, hvilket resulterede i, at han ikke kunne konkurrere den allerbedste under 2019's All-Japan Apparatus Championships, at resultaterne der og på 2019 NHK Trophy bestemte en gymnastes berettigelse til at slutte sig til det japanske landshold ved 2019's WC
- Hvad? Shirai's bedste chance var at få en af to pladser til rådighed på specialiseret apparatur individer, specifikt signatur begivenheder på FX og VT. Shirai nåede dog kun 3. plads på FX og 5. på VT, hvilket gjorde ham ikke kvalificeret til WC, og kunne ikke forsvare sine verdensmedaljer fra 2018. Da Shirai ikke var den eneste højt profilerede fraværende (Kōhei Uchimura var heller ikke der på grund af skader), havde de japanske mænd sendt en temmelig uerfaren trup til VM 2019, hvor mænds konkurrence blev domineret af andre lande. Shirai arbejdede hårdt på at vende tilbage til konkurrenceform i en længere periode med at forsøge at komme sig fra forskellige skader, og blev derefter ret rustet på hver begivenhed.