Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Farenholt trådte ind i flåden som sømand den 24. april 1861, efter 3 år i handelsskibet. Han deltog i slag ved Hatteras Inlet Batteries.
, Slaget ved Port Royal, Slaget ved Fort Pulaski, og mange andre. Den 22. oktober 1862 blev den almindelige sømand Farenholt, mens han tjente som medlem af howitzer kanon besætningen om bord, alvorligt såret i slaget ved Pocotaligo, South Carolina og blev udskrevet fra flåden. Han genindtrådte i den amerikanske flåde i februar 1863 efter at være kommet sig og blev tildelt til overvågningen, der deltog i næsten daglige kampe med forsvaret af Charleston, South Carolina fra april 1863 til april 1864. Han deltog i det mislykkede stormende parti af Fort Sumter i september 1863. Fornem tjeneste førte til, at han blev udnævnt til fungerende ensign den 19. august 1864, og han havde kommandoen over morterskauneren tilknyttet eskadrillen i Sounds of North Carolina senere samme år. Han deltog også i generobringen af Plymouth, North Carolina, og flere kampe på Roanoke, Chowan og Blackwater floderne samt erobringen af Fort Fisher, North Carolina.