Med udbruddet af borgerkrigen blev Brooks udnævnt til brigadegeneral for de frivillige i september 1861. Han kommanderede 2. brigade, 2. division af IV korps i halvøkampagnen, og 2. brigade, 2. division af VI korps i de syv dages slag, hvor han blev såret i slaget ved Savage's Station.
- Hvad? Efter at være kommet sig, genoptog han kommandoen over sin brigade i Maryland-felttoget og førte sine mænd til Crampton's Gap, hvor de erobrede et konfødereret slagflag, der tilhørte den 16. Virginia Infantry. I slaget ved Antietam var Brooks' brigade hovedsageligt i reserve, selv om den var under "galling ild fra både artilleri og snigskytter" i 48 timer.