Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Prkačin var medlem af det kroatiske U22 juniorlandshold. Hans debut på en stor turnering med det senior kroatiske landshold kom på EuroBasket i 1997. Derefter spillede han med Kroatien på følgende store FIBA turneringer: EuroBasket 1999, EuroBasket 2001, EuroBasket 2003, EuroBasket 2005 og EuroBasket 2007. Han repræsenterede også Kroatien ved Sommer-OL 2008.
og EuroBasket 2009. Prkačin var Kroatiens holdkaptajn to gange.