Fuldfør følgende sætning: I 1341 tillod kong Johannes af Bøhmen jødiske familier at bo inden for bymurene, og den første synagoge blev bygget i 1380, men der fandt adskillige pogromer sted i slutningen af det 15. og begyndelsen af det 16. århundrede. Siden den
Hussitiske krige, byen var traditionelt et bastion for den katolske kirke under de langvarige religiøse konflikter i Kongeriget Bøhmen. En del af Habsburg-monarkiet fra 1526 forblev Budejovice en loyal tilhænger af kejser Ferdinand II i trediveårskrigen. Budějovice gennemgik en kort besættelse af Preussen under de schlesiske krige og krigen mellem Habsburgerne og den franske hær i 1742.