Fuldfør følgende sætning: I 1861, ved borgerkrigens begyndelse, blev han udnævnt af kommandanten for New York National Guard, brigadegeneral John F. Rathbone, til at tjene som overlæge på Albany depot. I juni 1862, efter
Slaget ved Savage's Station, da Army of the Potomac, sammen med sine læger, trak sig tilbage, forblev Swinburne for at pleje de tusindvis af sårede fanger, både Union og konfødererede. I respekt for hans principielle standpunkt gav den konfødererede kommandant Stonewall Jackson ham et pas, med en ledsagende personlig note, der tillod besøg hos unionsfanger. I 1864 nominerede guvernør Horatio Seymour ham til stillingen som sundhedsofficer for New Yorks havn, og i 1867 blev han omnomineret af guvernør Reuben Fenton, der tjente i alt seks år indtil 1870. Under hans administration, på trods af statens lovgivende myndigheders tilbageholdenhed med at tildele finansiering, overvågede han opførelsen af dengang state-of-the-art karantænefaciliteter på øer, der blev opkaldt Swinburne og Hoffman.