Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Efter den tyske overgivelse
I maj 1945 hævdede Strughold over for de allierede myndigheder, at han på trods af sin indflydelsesrige stilling i Luftwaffes medicinske tjeneste og sin deltagelse i Nürnberg-konferencen i oktober 1942 ikke havde kendskab til de grusomheder, der blev begået i Dachau. Han blev aldrig senere anklaget for noget forkert af de allierede. Men et memorandum fra 1946 produceret af personalet ved Nürnberg-processerne nævner Strughold som en af tretten "personer, firmaer eller enkeltpersoner involveret" i krigsforbrydelserne begået i Dachau. Desuden blev flere af hans krigstidspartnere, herunder hans tidligere assistent Hermann Becker-Freyseng, dømt for forbrydelser mod menneskeheden i forbindelse med Dachau-eksperimenterne ved Nürnberg-lægeprocessen i 1947. Under retssagen afgav Strughold flere erklæringer til forsvaret på vegne af sine anklagede kolleger.