Ved begyndelsen af borgerkrigen, Hays genindtrådte tjenesten som oberst i den 63. Pennsylvania Volunteer Infantry Regiment, også holder rang af kaptajn i den 16. amerikanske infanteri i den regulære hær til dato fra 14. maj 1861. Hans mænd kendte ham til at være "så modig som en løve". Under halvøkampagnen var han tilknyttet sit regiment til den første brigade i Kearnys division i Heintzelmans III Korps. Han kæmpede i slagene ved Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, Savage's Station
, og Malvern Hill. Ved afslutningen af Syv Dagers Slag blev han udnævnt til brevetløjtnant oberst i den regulære hær for tapperhed i aktion, da Hays havde rettet en bajonetladning med sit regiment ind i fjendens linjer for at dække sin brigades tilbagetog. Hays gik kortvarigt på sygeorlov en måned senere, lider af delvis blindhed og lammelse af hans venstre arm, skader pådraget fra kamp.