Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1989 var Janša involveret i grundlæggelsen af et af de første oppositionspartier i Slovenien, den slovenske demokratiske union (SDZ) og blev dens første næstformand og senere formand for partirådet. Efter de første frie valg i maj 1990 blev han forsvarsminister i Lojze Peterles kabinet, en stilling, han havde under den slovenske uafhængighedskrig.
i juni og juli 1991. Sammen med indenrigsminister Igor Bavčar var Janša den vigtigste organisator af Sloveniens strategi mod den jugoslaviske folkehær.