Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1846 blev han tildelt USS "Mississippi", flagskib for den vestindiske eskadrille under kommodore Matthew C. Perry. Under den mexicansk-amerikanske krig deltog han i ekspeditioner mod Alvarado, Tampico, Pánuco og Laguna de Términos, der alle lykkedes med at stramme den amerikanske kontrol over den mexicanske kystlinje og afbryde kystgående handel og militære forsyningsoperationer. Skibet vendte tilbage til Norfolk til reparationer den 1. januar 1847, hvor Anderson blev forfremmet til løjtnant. Mississippi vendte derefter tilbage til slaget og ankom til Veracruz den 21. marts 1847 med Perry til at tage kommandoen over den amerikanske flåde. Hun og hendes mænd kastede sig straks i amfibieoperationer mod Veracruz.
De leverede kanoner og deres besætninger til at blive bragt til land for batteriet, som kæmpede mod byen for at overgive sig om fire dage. Gennem resten af krigen bidrog "Mississippi" med kanoner, mænd og både til en række kystangreb på Mexicos østkyst og deltog i erobringen af Tabasco i juni 1847.