Fuldfør følgende sætning: Ligesom de lokale råd var afgørende for at opnå en fredelig magtoverførsel, især i de store byer, blev de snart en kilde til strid og territorial opløsning efter afvisning af de kongelige myndigheder. I New Granada var eliterne i de vigtigste byer delt med hensyn til støtte til regeringen i Spanien, hvor "juntas" støttede suverænitet og andre byer i stedet støttede Ferdinand VII og de kongelige myndigheder under kommando af Regency Council of Spain. Royalistiske fraktioner under kommando af spanske officerer formåede at overtage magten i byerne Santa Marta, Panamá (på det tidspunkt stadig en del af vice-royaliteten i New Granada), Popayán og Pasto, og snart engageret i konflikt mod regionerne med autonome regeringer. Mens de rojalistiske regioner var militært svage og ofte blev besejret af "juntaerne", formåede de at blive en kilde til destabilisering, som både holdt ideen om forsoning med Spanien i live og drænede de patriotiske regeringers ressourcer og energi. Nogle af disse rojalistiske byer blev fundamentale senere i
militær kampagne for generobringen af New Granada. En sådan opdeling forhindrede derfor oprettelsen af en forenet stat i New Granada.