Nakajima deltog i 80 Formel 1 Grand Prix, debuterede i det brasilianske Grand Prix den 12. april 1987, og bragte Honda-motorer til Lotus-holdet. Han var 34 år gammel i sit debutløb, hvilket gjorde ham til en af de ældste Formula 1-debutanter i den moderne æra. Han sluttede sjette, og så scorede et point, i kun hans andet løb, 1987 San Marino Grand Prix
- Hvad? I løbet af sin debut sæson blev Nakajima overgået af sin holdkammerat Ayrton Senna, og mange stillede spørgsmålstegn ved Nakajimas plads i F1, og sagde, at hvis ikke for Honda ville han ikke have været der på fortjeneste.