De følgende to sæsoner i Europacuppen var en skuffelse for Celtic; at gå ud til Dynamo Kyiv i første runde i deres forsvar af trofæet i efteråret 1967, derefter nåede kvartsfinalen den følgende sæson kun at miste deres hjemmeleg mod AC Milan, efter at have opnået en troværdig ingen scorende draw i den første kamp i Italien. Tidligere i sæsonen udløste Celtic en kontrovers i kølvandet på Sovjetunionens invasion af Tjekkoslovakiet.
I august 1968. På formand Robert Kellys opfordring sendte klubben UEFA et telegram, der fordømte den militære aktion og udtrykte bekymring over, at ethvert hold fra Vesteuropa skulle spille en uafgjort i et østblokland. Celtics holdning modtog støtte fra flere klubber i hele Vesteuropa, selv om andre som Leeds United offentligt kritiserede Celtics indgriben. Som reaktion herpå foretog UEFA en ny lodtrækning for første runde af Europacuppen og Europacupvindernes Pokal for at undgå at parre østeuropæiske hold med klubber fra Vesten. Dette fremkaldte en rasende reaktion fra klubber og fodboldmyndigheder i Østen, hvoraf de fleste trak sig tilbage i protest.