I maj 1861 blev 2. løjtnant Heywood forfremmet til første løjtnant, og landede med marinesoldaterne ved
Hatteras Inlet, hvor han var til stede ved indtagelsen af både Fort Clark og Fort Hatteras. Han blev forfremmet til kaptajn i november samme år, og i løbet af vinteren 1861-62 deltog han aktivt i en række bådekspeditioner i James-floden.