I oktober 1941 fik Vian kommandoen over den 15. krydsereskadron (flag ind, stationeret ved Alexandria. De vigtigste flådeopgaver i denne fase af Middelhavskampagnen var at sikre overlevelsen af Malta som en britisk besiddelse og militærbase ved at beskytte forsyningskonvojer og samtidig forhindre italienske konvojer i at forsyne deres styrker i Nordafrika. Sekundære opgaver omfattede forsynings- og artilleristøtte til allierede militære aktioner i Nordafrika og andre steder, såsom en vellykket bombning af Derna i december. Vians første konvoj var i december 1941 og førte til det første slag ved Sirte
- Hvad? Det var i virkeligheden en række slagsmål mellem britiske og italienske krigsskibe der eskorterede forsyningskonvojer der var desperat nødvendige. Kampen var ikke afgørende, men begge sider lykkedes med at levere forsyningerne. Der blev udført adskillige angreb for at støtte hæren og afskære italienske konvojer. På en sådan operation, i begyndelsen af marts 1942, blev Vians flagskib, HMS "Naiad", torpederet og sænket af. Vian overførte sit flag til og senere til.