Han måtte vende tilbage til Norfolk, Virginia, for at foretage reparationer og var stadig der, da de amfibiske landinger ved Veracruz
Det er sket. Hans tilbagevenden til USA gav hans overordnede en chance for endelig at give ham ordrer til at efterfølge Commodore Conner i kommandoen over Home Squadron. Perry vendte tilbage til flåden, og hans skib støttede belejringen af Veracruz fra havet. Efter faldet af Veracruz flyttede Winfield Scott ind i landet, og Perry flyttede mod de resterende mexicanske havnebyer. Perry samlede Mosquito-flåden og erobrede Tuxpan i april 1847. I juli 1847 angreb han personligt Tabasco, hvor han førte en 1.173-mands landstyrke i land og angreb byen San Juan Bautista fra land, besejrede de mexicanske styrker og indtog byen.