Hanna afviste en stilling i kabinettet og blev udpeget som senator fra Ohio, efter at Sherman blev udnævnt til udenrigsminister. Han blev genvalgt af Ohio Generalforsamlingen i 1898 og 1904. Efter McKinleys mord
I 1901 arbejdede senator Hanna på at bygge en kanal i Panama i stedet for et andet sted i Mellemamerika, som det tidligere var blevet foreslået. Han døde i 1904, og er husket for sin rolle i McKinleys valg, takket være vilde tegninger af sådanne illustratører som Homer Davenport, der lampooned ham som McKinleys politiske mester.