Fontàs debuterede i førsteholdet den 31. august 2009, hvor han erstattede Gerard Piqué i de sidste seks minutter af en 3-0 La Liga-hjemsejr mod Sporting de Gijón. Tidligere i 2009-10 kampagnen blev han kaldt af manager Pep Guardiola til den spanske Supercup og UEFA Super Cup.
Spillet blev spillet mod Athletic Bilbao og FC Shakhtar Donetsk, men blev ikke sat på bænken ved begge lejligheder. Han tilbragte størstedelen af sin første senior sæson registreret med reserverne.