Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Cooper blev genudnævnt til oberstløjtnant i 4. Kentucky Kavaleri den 26. marts 1863 og blev oberst i april efter oberst Bayles' afsked. Den 4. juni 1863 blev Cooper såret, da en hest faldt på ham i Franklin, Tennessee. Han kommanderede regimentet i slaget ved Chickamauga i september 1864. Cooper vendte tilbage til Lexington, Kentucky i 1864 på sygeorlov. Så ledte Cooper de lokale styrker mod John Hunt Morgans røvere. Han afviste Morgans krav om overgivelse af Lexington den 9. juni 1864 og slog sine tropper tilbage. I april 1865 kommanderede han posten i Montgomery, Alabama og i maj og juli 1865 posten i Albany, Georgia. Han blev ærefuldt indkaldt den 21. august 1865 i Macon, Georgia. Han modtog slaget æresbevisninger for sin tjeneste ved Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morgans raid ind i Kentucky, slaget ved Resaca og for Wilsons raid på Montgomery. Han blev brevetted til oberstløjtnant og oberst i den regulære hær den 2. marts 1867 for tapper og fortjenstfulde tjenester i slaget ved Resaca
I Georgia og i indtagelsen af Montgomery, Alabama.