Når Leoncio Prado var 26 år gammel, brød krigen med Chile ud i 1879, den såkaldte Stillehavskrig, så den unge officer vendte tilbage til Peru for at forsvare sit land. Han deltog i flåden og senere i hæren. Først blev han betroet organiseringen af en torpedobåd, der skulle handle på øen Alacrán i havnen i Arica mod de chilenske flådestyrker. Senere, integrere Army of the South i 1880, blev han beordret til at danne en militær krop, som han deltog i slaget ved Tacna
I maj. Efter det peruvianske nederlag i dette slag førte han en guerillakrig omkring Tacna, indtil han blev taget til fange af chileanerne ved Tatara i juli. Men så blev han løsladt på betingelse af at han ikke skulle kæmpe i krigen igen, hvilket han ikke gjorde. Han deltog senere i Sierra-kampagnen og døde kort efter slaget ved Huamachuco i 1883.