Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1656 genopstod spændingerne mellem protestanter og katolikker og førte til udbruddet af den første krig i Villmergen. Katolikkerne vandt og beholdt deres politiske herredømme. Toggenburgkrigen
I 1712 var der en konflikt mellem katolske og protestantiske kantoner. I henhold til Aarau-freden af 11. august 1712 og Baden-freden af 16. juni 1718 sluttede krigen med afslutningen på katolsk hegemoni. Sonderbundskrigen i 1847 var også baseret på religion.