Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I islams tidlige dage, ifølge islamiske kilder, blev en jødisk stamme i Arabien (se Banu Qurayza) påstået at have brudt fredsaftalen med de tidlige muslimer, hvilket resulterede i henrettelsen af over 700 jøder. Mange af de overlevende kvinder blev efterfølgende taget af muslimske soldater; en af disse, Safiyya bint Huyayy, hvis mand Kenana ibn al-Rabi også var blevet dræbt, blev taget af Muhammed som sin kone. Der var bemærkelsesværdige forfølgelser af jøder som Fez-massakren i 1033, Granada-massakren i 1066 og plyndringen af Safed i 1834. I slutningen af det 19. århundrede søgte den zionistiske bevægelse at genoprette et jødisk hjemland i det historiske Israel, inden for det historiske område Palæstina, også kendt som Zion, også kendt som Det Hellige Land. Dette skabte spændinger mellem de palæstinensiske jøder og palæstinensiske arabere, hvilket førte til en borgerkrig i 1947 og den efterfølgende udvandring af mange palæstinensiske arabere og mange jøder fra muslimske lande. I 1948 blev staten Israel oprettet, og kort tid efter erklæringen om uafhængighed erklærede de arabiske stater krig mod Israel
i en krig mod Israel, og det var israelitterne, der vandt. Efter den arabisk-israelske krig i 1948 blev der udkæmpet yderligere tolv krige mellem de arabiske stater og Israel. Den arabisk-israelske konflikt har svækket de islamisk-jødiske forbindelser alvorligt.