Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Som delegat for Juntaen ledte han den ulykkelige Paraguay-kampagne. Hans tropper blev besejret af Bernardo de Velasco i slagene ved Campichuelo og Paraguarí
- Hvad? Selv om han blev besejret, indledte kampagnen den kæde af begivenheder der førte til Paraguays uafhængighed i maj 1811. Han trak sig tilbage til nærheden af Rosario for at befæste det mod et muligt rojalistisk angreb fra det østlige bånd af Uruguay-floden. Mens han var der, skabte han Argentinas flag. Det Første Triumvirat godkendte ikke flaget, men på grund af langsom kommunikation ville Belgrano først lære det mange uger senere, mens han forstærkede Nordens Hær ved Jujuy. Der, da han vidste, at han var i en strategisk ulempe mod de royalistiske hære, der kom fra Øvre Peru, beordrede Belgrano Jujuy Exodus, som evakuerede hele befolkningen i Jujuy-provinsen til San Miguel de Tucumán. Hans modangreb i slaget ved Tucumán resulterede i en strategisk sejr, og den blev snart fulgt af en fuldstændig sejr over den royalistiske hær under Pío Tristán i slaget ved Salta. Imidlertid førte hans dybere indtrængen i øvre Peru til nederlag ved Vilcapugio og Ayohuma, hvilket førte til, at det Andet Triumvirat beordrede hans udskiftning som øverstbefalende for Nordens Hær af den nyankomne José de San Martín. På det tidspunkt havde Asamblea del Año XIII godkendt brugen af Belgrano's flag som det nationale krigsflag.