Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Uafhængigheden blev erklæret den 25. juni 1991. Derefter stod Adria over for en helt ny situation. Den 28. juni 1991
, den jugoslaviske føderale luftvåben angreb Adrias hangar, hvilket forårsagede alvorlige skader på fire fly, bygningen og køretøjer. Et Airbus A320, der var mindre end et år gammelt, var stærkt beskadiget og blev fløjet til Toulouse senere samme år for at blive repareret i næsten et år. Desuden blev to Dash-7 og 1 DC-9-30 også beskadiget, mens andre fly undslap skader efter at være fløjet kun få timer tidligere til den nærmeste lufthavn i Klagenfurt. Adria var meget handicappet det år på grund af forsikring og registrering problemer.