Fejder mellem rivaliserende kandidater til regentskabet og kommercielle konflikter mellem Venedig og Genova resulterede i en ny borgerkrig i 1256 kendt som Sankt Sabas' krig. Den pro-venetianske Bohemond VI's konflikt med hans genovesiske vasaller, Embriaci, bragte krigen til Tripoli og Antioch. I 1258 plyndrede Hulagu, den yngre bror til den store khan Möngke, Bagdad og satte en stopper for det abbasidiske kalifat. To år senere sluttede Hethum I af Kilikia og Bohemond VI sig til mongolerne i beslaglæggelsen af Aleppo, da Bohemond satte ild til sin moske, og i erobringen af det nordlige Syrien. Mongolerne frigjorde de kristne fra deres status, og den lokale kristne befolkning samarbejdede med erobrerne. Jerusalem forblev neutralt, da Mamlukkerne i Egypten flyttede for at konfrontere mongolerne efter Hulagu, og meget af hans styrke flyttede østpå ved Möngkes død for at adressere den mongolske arvefølge. Mamlukkerne besejrede den stærkt reducerede mongolske hær
ved Ain Jalut. Da de vendte tilbage, blev mamelukker-sultan Qutuz myrdet og erstattet af general Baibars. Baibars genoplivede Saladins imperium ved at forene Egypten og Syrien og holdt Hulagu i skak gennem en alliance med mongolerne i Den Gyldne Horde. Han reformerede styringen i Egypten og gav magten til eliten. Frankerne havde ikke militær kapacitet til at modstå denne nye trussel. En mongolsk garnison var stationeret i Antiokia, og enkelte frankiske baroner indgik separate våbenhvile med Baibars. Han var fast besluttet på at erobre korsfarerstaterne. Han erobrede Cæsarea og Arsuf i 1265 og Safed i 1266, og plyndrede Antioch i 1268. Jaffa overgav sig, og Baibers svækkede de militære ordrer ved at erobre slottene Krak des Chevaliers og Montfort, før han vendte sin opmærksomhed mod mongolerne i Ilkhanatet resten af sit liv. Efter en mamelukkererobring blev der jævnligt udført massakrer på frankerne og de indfødte kristne.