Santos bidrog med spillere til de sejrende brasilianske landshold i 1958, 1962 og 1970 FIFA World Cups. Det har også bidraget spillere til de vindende sider af 1916
, Copa Américas 2004 og 2007 samt FIFA Confederations Cup 2005 og 2013. En Santos-spiller har vundet Golden Ball-prisen ved VM med Brasilien; Pelé i 1970. Neymar kopierede Pelé ved Confederations Cup ved at vinde den konkurrences gyldne bold. Pinga og Narciso repræsenterede Brasilien i medaljevindende hold ved de olympiske lege i 1984 og 1996.