Skriv en fortsættelse til dette afsnit - I 1878 fungerede han som arkitekt for den indiske sektion og handelsagent for den indiske regering ved Paris-udstillingen. I 1880 arrangerede Clarke de indiske samlinger i South Kensington, hvilket førte til, at han overtog stillingen som særlig kommissær i Indien og derefter blev vogter af India Museum i South Kensington i 1883. Hans erhvervelser omfattede Hamzanama folios, tidlige Mughal illustrationer af de episke eventyr af Hamza af nordindiske og iranske kunstnere. Han købte også nutidige håndværksværker, arkitektoniske træværker og tegninger. I 1892 blev Clarke udnævnt til vogter af kunstsamlingerne, i 1893 forfremmet til assisterende direktør, før han endelig blev direktør i 1896. Under sin tid som direktør besatte han også stillinger som kongelig kommissær ved udstillingen i Paris i 1900 og i St. Louis
I 1904. Han trådte tilbage fra South Kensington Museum (omdøbt i 1899 til Victoria og Albert Museum) i 1905.