Figueroa debuterede for Honduras i 2003 og har siden scoret mål mod Belize, Cuba, Jamaica, USA og Australien. Han var en del af Honduras holdet i 2005, 2007,
2011 (deltog ikke) og 2015 CONCACAF Gold Cups. Han blev også opkaldt i 23-mands-holdet til 2010 FIFA World Cup i Sydafrika. Figueroa spillede ude af position som centerback ved VM, på grund af Emilio Izaguirres form. Han blev igen opkaldt til Honduras' hold til VM i 2014. Figueroa repræsenterede også Honduras på U-20 og U-23 niveau henholdsvis fra 1999 til 2003 og 2001 til 2003, hvor han scorede en gang i tre kampe for U-20'erne og undlod at score i otte udflugter med U-23-siden. Han sluttede sig til U-23-holdet som overaldersspiller til Sommer-OL i 2012. Han har vundet over 160 kampe, mest for Honduras, og scorede seks mål siden sin debut tilbage i 2003. Han er i øjeblikket kaptajn for landsholdet.