Henrique Becquerel blev født i Paris i en velhavende familie, der producerede fire generationer af fysikere: Becquerels bedstefar (Antoine César Becquerel), far (Alexandre-Edmond Becquerel) og søn (Jean Becquerel). Henri begyndte sin uddannelse ved at gå på Lycée Louis-le-Grand, en forberedende skole i Paris. Han studerede ingeniørvidenskab på École Polytechnique og École des Ponts et Chaussées. I 1874 giftede Henri Lucie Zoé Marie Jamin, der døde under fødslen af deres søn, Jean. I 1890 giftede han sig med Louise Désirée Lorieux.
Alexandre-Edmond Becquerel