Hun vendte tilbage til Norfolk til reparationer den 1. januar 1847, og ankom derefter til Veracruz den 21. marts 1847, med Perry på skibet for at overtage kommandoen over den amerikanske flåde. Med det samme hun og hendes mænd kastede sig ind i
amfibieoperationer mod Veracruz, forsyning af kanoner og deres besætninger til at blive taget på land for batteriet, der kæmpede byen til at overgive sig i fire dage. Gennem resten af krigen bidrog "Mississippi" med kanoner, mænd og både til en række kystangreb på Mexicos østkyst og deltog i erobringen af Tabasco i juni 1847.