Frizzell blev taget til fange af konføderationen den dag. En uge senere blev han løsladt af konføderationen i en fangeudveksling og tilbragte de næste to måneder på et hospital i Memphis, Tennessee. Senere i 1863 sluttede hans enhed sig til general William Tecumseh Sherman og kæmpede i slaget ved Lookout Mountain.
nær Chattanooga. Efter at have genindskrevet sig i januar 1864 sluttede Frizzell og 6. Missouri infanteri sig til general Sherman på hans march gennem Georgia. Frizzell blev skudt i venstre knæ den 14. maj 1864 i Slaget ved Resaca, Georgia. Han fortsatte med at kæmpe indtil Lynch Creek, North Carolina, hvor de konfødererede igen tog ham til fange den 1. marts 1865. Efter at være flygtet hørte han, at krigen var slut, og han "begyndte at arbejde sig tilbage til Madison County, så godt han kunne".