Efter sin uafhængighed i 1956 havde Sudan lidt under talrige interne konflikter over politiske, etniske og religiøse spørgsmål. I 1983 slog revolutionære og separatister fra landets overvejende kristne-animistiske syd sammen og lancerede et oprør mod regeringen, der traditionelt var domineret af muslimske eliter fra nord. Oprørerne organiserede sig som "Sudan People's Liberation Army" (SPLA) under ledelse af John Garang, og oprøret eskalerede til sidst til en fuld civilkrig, der også ramte Sudans øst og vest. Forhandlingerne mellem regeringen og SPLA resulterede næsten i en fredelig løsning på konflikten, men sluttede efter statskuppet i 1989.
Det er den islamiske nationalfront, der har bragt Omar al-Bashir til magten. Det nye regime var militant imod ethvert kompromis og var fast besluttet på fuldstændigt at knuse SPLA og alle andre oppositionsgrupper. Der fulgte en eskalering af volden.