Ved daggry den 3. juni sendte hun ni B5N'er, eskorteret af seks Zeros, i gang med at angribe Dutch Harbor.
på Unalaska Island. En B5N styrtede ned ved start, men seks af B5N'erne og alle Zero'erne klarede sig gennem det dårlige vejr, ødelagde to PBY'er og påførte betydelige skader på olietankene og kasernen. Et andet luftangreb blev lanceret senere på dagen for at angribe en gruppe destroyere opdaget af fly fra det første angreb, men de formåede ikke at finde målene. En Zero fra "Ryūjō" fra det andet angreb blev beskadiget af en Curtiss P-40 og styrtede ned på øen Akutan. Flyet, der senere blev kaldt Akutan Zero, forblev stort set intakt og blev senere reddet og testet. Den følgende dag lancerede de to hangarskibe endnu et luftangreb, bestående af 15 Zeros, 11 D3As og 6 B5Ns, som med succes bombede Dutch Harbor. Kort efter at flyene var blevet lanceret, angreb amerikanerne hangarskibene, men de formåede ikke at påføre nogen skade. En Martin B-26 Marauder bombemand og en PBY blev skudt ned af Zeros, og en Boeing B-17 Flying Fortress bombemand blev skudt ned af flak under angrebet.