Slut følgende sætning: I slutningen af juni 1861 tog Hotchkiss på som en konfødereret vognmand for at tage forsyninger til Churchville kavaleriet på Rich Mountain, West Virginia. Hotchkiss tilbød sine tjenester som kartograf til brigadegeneral Richard B. Garnett, hvis konfødererede brigade opererede i det vestlige Virginia. Hotchkiss tjente på Rich Mountain og skabte kort til general Robert E. Lees planlagte kampagne i bjergene. Han tog en kort medicinsk orlov efter at være blevet ramt af tyfusfeber, men vendte tilbage til sin pligt i marts 1862 som chef topografisk ingeniør i Valley District, der rapporterede til generalmajor Stonewall Jackson. Efter det første nederlag i slaget ved Kernstown under hans
Den 26. marts 1862 indkaldte Jackson Hotchkiss til sit hovedkvarter ved Narrow Passage nær Woodstock og beordrede ham til at "gøre mig et kort over dalen, fra Harper's Ferry til Lexington, der viser alle angrebs- og forsvarspunkter [sic] på disse steder". Hotchkiss' umiddelbare anbefaling var, at Jacksons linje på Stony Creek ved Woodstock var ubeskyttelsesværdig, og at Jackson skulle trække sig tilbage til Rude's Hill, et forsvarligt lille udspring syd for Mt. Jackson. - Hvad er det? Det var på Rude's Hill, at Jackson reorganiserede sin kommando for resten af sin succesfulde 1862 kampagne i Shenandoah-dalen.