Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Lincoln blev genforenet med Washington uden for New York i august 1778 og blev udnævnt til kommandør for det sydlige afdeling i september. Washington sendte Lincoln, Lafayette og Lee (Henry "Light Horse Harry") til det sydlige departement for at modsætte sig den britiske hær under Clinton og Cornwallis. Lincoln deltog i den mislykkede franske belejring
af Savannah, Georgia i oktober 1779, hvorefter han trak sig tilbage til Charleston, South Carolina. Han overtog kommandoen over Charleston. I marts 1780 blev byen omringet af en betydelig britisk styrke sendt fra New York. Efter en relativt kort belejring blev Lincoln tvunget til at overgive mere end 5.000 mænd til generalløjtnant Sir Henry Clinton den 12. maj 1780, men gjorde det på en måde, der tillod militsen i South Carolina at flygte samt nogle kontinentale styrker, der irriterede briterne mod Lincoln.