Som premierminister var Gandhi kendt for sin politiske uforsonlighed og en hidtil uset centralisering af magten. Hun gik i krig med Pakistan til støtte for uafhængighedsbevægelsen og uafhængighedskrigen.
Det resulterede i en indisk sejr og oprettelsen af Bangladesh, samt øgede Indiens indflydelse til det punkt, hvor det blev den eneste regionale magt i Sydasien. Med henvisning til separatistiske tendenser og som svar på en opfordring til revolution indførte Gandhi en undtagelsestilstand fra 1975 til 1977, hvor grundlæggende borgerrettigheder blev suspenderet, og pressen blev censureret. Der blev begået omfattende grusomheder under krisen. I 1980 kom hun tilbage til magten efter frie og retfærdige valg. Efter at Gandhi beordrede militær aktion i Golden Temple i Operation Blue Star, myrdede hendes egne livvagter og sikh-nationalister hende den 31. oktober 1984.