Fuldfør følgende sætning: Den følgende sommer blev kaptajn Cristiano Doni dog opført på listen over de mistænkte for indblanding i en match-fixing-skandal (også kendt som "Calcioscommesse"). Atalanta blev ramt af en seks-punkts straf i
2011-12 Serie A placeringer, og Doni blev udleveret en tre-og-en-halv års forbud fra alle fodboldrelaterede aktiviteter den 19. august, effektivt afslutte sin karriere i en alder af 38. Forsvareren Thomas Manfredini blev også anklaget for at være involveret i skandalen og fik oprindeligt tre års forbud, men han blev senere frikendt. Også den sommer, Atalanta underskrevet argentinske frem Germán Denis, der ville blive en af klubbens mest produktive scorere med 56 mål i fire og en halv sæsoner. I starten af sæsonen opnåede Atalanta 10 point i sine første fire kampe, mens selskabet arbejdede på at forsvare sig selv og sine spillere mod disse beskyldninger. Atalanta fortsatte med at opnå 52 point før seks-punktsstraffen, og satte en ny klubbens rekord for flest point i Serie A. Dette fulgte fra konsekvente præstationer gennem hele sæsonen (26 point i hver halvleg) og det fjerde bedste forsvar i ligaen med 43 mål indgivet, på linje med Bologna og Fiorentina. Klubben sikrede sig Serie A-sikkerhed på den fjerde til sidste kampdag med en 2 til 0 hjemme sejr mod Fiorentina, selvom de tabte de sidste tre kampe mod Milan, Lazio og Juventus.