Da borgerkrigen brød ud, kommanderede han Louisiana Infanteriregimentet, hvor han viste sig at være en streng disciplinær, der også var venlig og selskabelig. Såret i Shiloh
I 1866 blev han gjort til brigadekommandør under general Richard Taylor, med hvem han med succes hindrede Unionens bestræbelser på at sikre Bayou Teche-regionen i det sydlige Louisiana. I Red River-kampagnen blev Mouton dræbt i slaget ved Mansfield, mens han førte sine mænd i et kavaleriangreb.