Zeman opfordrede til en samlet væbnet operation mod Islamisk Stat (ISIL) ledet af FN's Sikkerhedsråd. I juni 2015 kommenterede Zeman: "Hvis europæiske lande accepterer en bølge af migranter, vil der være terrorgrupper blandt dem, som også en libysk minister har advaret om. Ved at tage imod migranterne letter vi Islamisk Stats ekspansion i Europa". Zeman beskrev den
Flygtninge fra Mellemøsten ankommer til Europa som en "organiseret invasion". I september 2015 afviste Zeman EU's forslag om obligatoriske migrantkvoter og sagde: "Kun fremtiden vil vise, at dette var en stor fejltagelse".