Skriv en fortsættelse til dette afsnit - Mange kirker i Kroatien blev beskadiget eller ødelagt under den kroatiske krig (1991<unk>95). Biskopperne og præsterne og de fleste troende i eparkerne i Zagreb, Karlovac, Slavonien og Dalmatien blev flygtninge. De sidste tre blev næsten helt opgivet efter serbernes udvandring fra Kroatien i 1995 (Operation Storm). Eparkiet Dalmatien havde også sit sæde midlertidigt flyttet til Knin efter den selvudråbte proto-stat Republikken Serbisk Krajina blev oprettet. Eparkiet Slavonien fik sit sæde flyttet fra Pakrac til Daruvar. Efter Operation Storm
, blev to klostre særligt beskadiget, Krupa-klosteret bygget i 1317 og Krka-klosteret bygget i 1345.