Når tyskerne invaderede, flygtede mange jøder væk fra de fremrykkende styrker, men Frankrigs hurtige sammenbrud, både militært og politisk, gjorde, at de fleste af dem, der kom til Europa, blev forladt.
Det er en af de vigtigste ting, vi skal gøre, og det er en af de vigtigste ting, vi skal gøre. Philippe Pétain, der blev fransk premierminister efter at Paris var faldet til den tyske hær, arrangerede overgivelsen til Tyskland. Han blev derefter leder af Vichy-regeringen, som samarbejdede med nazisterne, idet han hævdede, at det ville blødgøre besættelsens vanskeligheder. Modstanden mod den tyske besættelse af det nordlige Frankrig og den kollaborationistiske Vichy-regering blev overladt til den franske modstand inden for Frankrig og de frie franske styrker ledet af Charles de Gaulle uden for Frankrig. Den tyske besættelse blev hurtigt ledsaget af hård behandling; jøder blev udvist fra Alsace-Lorraine og deres ejendom blev konfiskeret, mens udenlandske jøder - omkring 32.000 - blev interneret efter et Vichy-dekret den 4. oktober 1940. Yderligere diskriminerende foranstaltninger fulgte snart og blev intensiveret efter at nazisterne udstedte en bekendtgørelse den 27. september 1940; disse blev gennemført af den franske administration og omfattede: identifikationskrav for jøder, en folketælling for at redegøre for alle jøder og virksomheder, ekspropriering og "aryanisering" af ejendom, sammen med erhvervsmæssige begrænsninger og forbud. Den 7. oktober 1940 ophævede Pétain's regering Crémieux-dekretet, et skridt, der fratog 117.000 algeriskfødte franske jøder de borgerrettigheder, de fik i 1870.