Mellem 1939 og 1943 var han ansat på udenrigsministeriet i Berlins regeringskvarter. Han var indblandet i den diplomatiske subterfuge forud for invasionen af Danmark i 1940
, og bar instruktioner til ambassaden, sammen med en generals uniform til Kurt Himer, i hans diplomatiske taske til København den 9. april 1940, dagen for invasionen. De oplysninger, Schlitter leverede, gjorde det muligt for Himer og ambassaden i København og Oslo at vide, hvad der foregik.