Wilson åbnede sæsonen 2016/17 med 11 sejre i træk, før han slog Dechawat Poomjaeng 4-2 på
Scottish Open. Han blev besejret 4 til 1 af Liang Wenbo i anden runde. Wilson scorede en 10<unk>6 sejr over Kurt Maflin i første runde af VM-kvalifikationen, før han tabte 10<unk>7 til Rory McLeod og blev forvist fra turneringen efter ikke at have passeret tredje runde af begge Q School-begivenheder.