es trois vecteurs de boîte. Ils ne doivent pas forcément être orthogonaux (contrairement aux systèmes cubiques), en revanche ils doivent être linéairement indépendants. À la fin, Atomsk alignera le premier vecteur avec l'axe cartésien X, le second vecteur sera contenu dans le plan XY, et le troisième vecteur de boîte pointera en-dehors du plan XY. Ainsi, contrairement aux systèmes cubiques, les trois directions cristallographiques fournies ne seront pas toutes alignées avec les axes cartésiens