De økologiske problemene stamceller i stor del fra det faktum at brutete vann og produktive kystområdene og naturområder ofte blir gitt med næringsrike vannføring, noen ganger fra ris-jordbruk. Ebro Delta og dets våtmarksområder lider like vannkvalitetsproblemer siden de ligger rundt innverket i det store Delta-kysten.
Ebro Delta brukes for landbruk.