Comment un déséquilibre du microbiote intestinal peut-il conduire à certaines pathologies ?
« Toutes les maladies commencent dans l'intestin.. »

— Citation attribuée à Hippocrate.

Il y a depuis le début des années 2000 un consensus médical sur l'importance du microbiote pour la santé. Les données acquises chez l'animal de laboratoire et chez l'humain laissent penser qu'un microbiote intestinal normal améliore le métabolisme de son hôte en accroissant le rendement énergétique et la qualité de la digestion. Le microbiote intervient aussi en modifiant certains composés dérivés de l'hôte et certaines voies métaboliques, et en améliorant l'immunité.

Un déséquilibre du microbiote intestinal peut induire ou permettre le développement de pathologies telles que l'obésité, les maladies cardiovasculaires et certains syndromes métaboliques (diabète de type 2 notamment), notamment via la production d'inflammasomes.

Un déséquilibre du microbiote peut entraîner l'augmentation drastique de certaine espèce bactériennes comme C. difficile, normalement présente en quantité très faible dans le microbiote sain. Cette affection provoque des diarrhées extrêmement débilitantes. Le traitement le plus efficace à ce jour est la transplantation fécale qui supplante les antibiotiques dans ce cas précis.

Cependant, la grande complexité de cette communauté microbienne, virale et fongique fait que les liens de cause à effet sont encore mal compris. Des techniques récentes permettent de déduire la nature du microbiote individuel par analyse de l'haleine.

Les études actuelles montrent que :

pour la maladie de Crohn, le microbiote intestinal des patients atteints montre une modification du rapport Firmicutes/Bacteroidetes, avec un rapport qui s’échelonne de 1/1 à 3/1 au lieu de 10/1 chez le sujet sain. On constate un déficit marqué du groupe Firmicutes, à la fois en nombre d’espèces et en proportion ;

pour le syndrome métabolique une altération de la richesse en espèce et en gène a été observée ;

pour le syndrome du côlon irritable une diminution des symptômes est constatée lors de l'administration de probiotiques ou d'un placebo. Une altération de la microflore est retrouvée chez les patients. Leur biofilm est moins diversifié que celui des sujets sains avec une prédominance de clotridies et d'eubactéries ;

un individu obèse aurait un déséquilibre de son microbiote avec un ratio Firmicutes/Bacteroidetes de l’ordre de 100/1 (associé à un fort déficit en Bacteroidetes). La perte de poids semble liée à l’augmentation de la proportion de Bacteroidetes avec un changement du ratio qui évolue vers 10/1 ;

la durée d'une diarrhée infectieuse aigüe ou d'une diarrhée persistante chez l'enfant est diminuée par absorption de probiotiques ;

gastro-entérite, ulcère gastro-duodénal et autres pathologies intestinales d'origine infectieuse ou inflammatoire sont étroitement liés à un déséquilibre du microbiote,  ;

les personnes souffrant de constipation ont une augmentation de la composante méthanogène et bifidogène de leur microbiote intestinal. La production de méthane semble être associée à un ralentissement du transit intestinal ;

dans le cas du cancer colorectal une étude israélienne a explicité en janvier 2015, un processus qui expliquerait l'inhibition des cellules immunitaires par la bactérie Fusobacterium nucleatum. La bactérie Escherichia coli présente en quantité favoriserait le développement de tumeurs existantes par la production d'une toxine, la colobactine. Une étude française a montré un microbiote spécifique des malades atteints de ce type de cancer, ce qui pourrait avoir des effets sur la prévention, voire le traitement. Certaines bactéries secrètent en effet des substances qui ont un pouvoir cancérigène.

dans le cas du cancer de l'estomac la bactérie Helicobacter pylori, inhibe entre autres la protéine protéine P53, ce qui permet aux cellules cancéreuses de proliférer ;

dans le cas des AVC, la flore bactérienne jouerait un rôle clef dans les mécanismes de formation.

Dans les cancers on peut trouver des modifications des microbiotes qui pourraient avoir une influence sur l'efficacité des traitements anticancereux.Mieux comprendre le fonctionnement des interactions entre le microbiote et son hôte devrait donc permettre d'améliorer les traitements de maladies métaboliques (probiotiques, prébiotiques, bactériothérapie fécale, etc.). L'exploration du métagénome (association du génome humain de l'hôte et de celui, bien plus riche du génome du microbiote) pourrait y contribuer.


Lorsqu'il y a un déséquilibre du microbiote intestinal, c'est-à-dire une perturbation de la composition ou de la fonction de ces micro-organismes, cela peut avoir des conséquences sur la santé. En effet, un déséquilibre du microbiote peut favoriser la croissance de certaines bactéries pathogènes au détriment des bactéries bénéfiques, ce qui peut entraîner des inflammations locales ou systémiques.

Ce déséquilibre peut être causé par plusieurs facteurs, tels que la prise d'antibiotiques, une alimentation déséquilibrée, le stress, une infection ou une maladie intestinale. Les pathologies associées à un déséquilibre du microbiote intestinal sont nombreuses et peuvent inclure des maladies inflammatoires de l'intestin (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique), le syndrome de l'intestin irritable, des allergies alimentaires, l'obésité, le diabète et même certains cancers tel que le cancer de l'estomac.