Quelles sont les trois variétés de souches de la bacille Yersinia pestis notées à partir de leurs caractéristiques biochimiques ?
Dans le règne des bactéries, Yersinia pestis est un coccobacille de 0,5  à   0,8 μm de largeur sur 1  à   3 μm de longueur, sans motilité, capsulé, Gram négatif, aéro-anaérobie facultatif, appartenant à la famille des Enterobacteriaceæ. Il présente une coloration bipolaire en présence des colorants Wright (en), Giemsa et Wayson (en) et se développe sur des milieux de culture standards en deux jours à 28 °C.

Ce germe est résistant, il reste virulent plusieurs jours dans un organisme en putréfaction. Il est sensible à la chaleur et à la dessiccation (il ne résiste pas longtemps à la lumière solaire), mais il résiste au froid.

Il possède plusieurs facteurs de virulence qui lui permettent de survivre chez l'humain en utilisant les nutriments des cellules hôtes et en empêchant la phagocytose et d'autres mécanismes de défense.

Trois variétés de souches (variétés dites biovars) sont notées à partir de leurs caractéristiques biochimiques : antica, medievalis, et orientalis (il existe d'autres biovars, mais strictement liés aux rongeurs). Les trois biovars liés aux humains auraient correspondu à chacune des 3 pandémies historiques de peste (peste de Justinien, peste noire et peste de Chine). Cette hypothèse, proposée en 1951, est considérée comme inexacte.

Des traces de protéines microbiennes peuvent être détectées même après plusieurs siècles, grâce à des tests dont les archéologues peuvent faire usage. Le séquençage du génome de Y. pestis a été réalisé en 2001 par l'équipe de Julian Parkhill de l'Institut Sanger à Cambridge et par B. Wren. Ils ont détecté 4 012 gènes codant des protéines.

Ces techniques biomoléculaires ont permis de rattacher la peste noire à orientalis, et la peste de Justinien à un biovar disparu ou non retrouvé.

La classification biochimique des souches tend à être remplacée par une classification phylogénétique des Y. pestis en cinq grand embranchements numérotés de 0 à 4. La diversité génétique de Y. pestis est relativement limitée, du fait de son origine récente, mais avec des phases d'explosion du taux de mutations coïncidant avec des épidémies historiques.

Y. pestis semble être une évolution de Yersinia pseudotuberculosis, la divergence ayant pu avoir lieu il y a environ 10 000 à 20 000 ans.


Les trois variétés de souches sont : antica, medievalis, et orientalis.