Pourquoi est-il important d'analyser plusieurs locus (régions de séquences répétées) pour une identification précise à l'aide des microsatellites et des minisatellites ?
La grande force des systèmes d'identification basés sur les microsatellites est la fiabilité statistique de l’identification.

Le polymorphisme de chaque microsatellite est par lui-même très variable. Une version d'un même locus (et non allèle puisque la séquence est dans une zone non codante de l'ADN) peut avoir une fréquence comprise entre 5 et 20 % des individus. Un seul locus ne permet donc pas de désigner un individu précis. Il faut utiliser plusieurs locus.

En France et aux États-Unis, on utilise couramment treize loci (régions de séquence répétée) pour une identification. Et comme chaque locus est composé d’une certaine séquence de répétition (microsatellite) et que le nombre de répétitions est parfaitement indépendant[réf. nécessaire] des répétitions sur les autres locus, les règles de statistiques peuvent être appliquées.

Par exemple, pour trois locus A, B et C, indépendants, et pour lesquels il existe plusieurs versions ( A1, A2, A3, et B1, B2, etc.) , on peut dire que Probabilité (A1, B2, C1)=Probabilité (A1) x Probabilité (B2,) x Probabilité (c1). Ainsi, pour 13 locus, la probabilité d’avoir deux séquences identiques pour deux individus différents non apparentés est estimée à 1 chance sur 1018, ce qui est quasiment négligeable (très proche de zéro). Par conséquent, plus le nombre de microsatellites analysés est important, plus l’identification est fiable. Toutefois, dans le cas général, si on ne sait pas si les 2 individus sont apparentés, la probabilité monte à 1 chance sur 3 × 1012 (parce que 0,2 % de la population mondiale est constituée de jumeaux monozygotes).

Selon les pays, différents systèmes d'identification de l'ADN basés sur la répétition des microsatellites sont utilisés. En Amérique du Nord (États-Unis, Canada), la norme CODIS est la plus utilisée, alors qu’en Angleterre, c’est le SGM+ (Second Generation Multiplex Plus). Mais, de toute manière, plusieurs zones de microsatellites sont communes aux différentes normes utilisées, ce qui permet la compatibilité entre elles.

En France, les empreintes génétiques sont rassemblées dans le Fichier national automatisé des empreintes génétiques (FNAEG), destiné à l'origine à recueillir les empreintes des personnes condamnées pour infractions à caractère sexuel, mais dont l'usage s'est rapidement étendu à toutes sortes de délit, contenant en 2008 plus de 700 000 profils (soit près de 1 % de la population française).


 L'utilisation des microsatellites 
L'analyse de  plusieurs locus (régions de séquences répétées) permet une identification précise à l'aide des microsatellites et des minisatellites car chaque locus est indépendant et contient différentes versions de séquences répétées. En utilisant plusieurs locus, on peut appliquer les règles de statistiques pour calculer la probabilité d'avoir des séquences identiques pour deux individus différents. Plus le nombre de microsatellites analysés est important, plus l'identification devient fiable.