Pourquoi les nouveaux convertis se sont-ils soumis au baptême catholique rendu obligatoire par l'édit de Fontainebleau ?
« Le dernier article de l’édit [de Fontainebleau] garantissait aux réformés qu’ils ne seraient pas inquiétés pour leur croyance, à condition « de ne pas s’assembler sous prétexte de prières ou de culte ». Beaucoup crurent un temps que cet article les protégerait en cas de refus d’abjurer. Il n’en fut rien. Les dragonnades pour obtenir les conversions continuèrent en Normandie, Anjou, Touraine, Picardie et dans le territoire de Metz. Une série de sanctions fut prise à l’encontre des plus opiniâtres, placement des enfants dans les hôpitaux ou les couvents, emprisonnement des parents. […]. En 1686-1687, le pouvoir royal en fut réduit à se débarrasser des irréductibles, en expulsant les notables vers l’Angleterre et en déportant les humbles aux Antilles ».

Dès lors le protestantisme devient une religion clandestine. De nombreux protestants, forcés de se dire convertis au catholicisme et dénommés « nouveaux convertis » par les autorités, s’abstiennent parfois massivement d’aller à la messe ou d’envoyer leurs enfants au catéchisme dès que les dragons s’éloignent. L’assistance à la messe est plus surveillée pour les notables que pour le petit peuple. Par exemple à Anduze, bourg protestant des Cévennes, les curés constatent en 1689 que seulement 10 % des nouveaux convertis ont communié à Pâques. Ceux qui sont forcés d’envoyer leurs enfants au catéchisme défont souvent le soir à la maison l’enseignement catholique et transmettent à leurs enfants leur rejet du catholicisme.

L’édit de Fontainebleau rend le baptême catholique obligatoire. Les nouveaux convertis s’y soumettent, ne serait-ce que pour donner un état civil à leur enfant, puisque c'est l’Église catholique qui tient les registres d’état civil. L'édit a en revanche omis le mariage. Quelques nouveaux convertis acceptent le mariage catholique mais d’autres font seulement un contrat de mariage devant notaire, et éventuellement un mariage religieux clandestin, mais leurs enfants sont alors portés comme illégitimes dans les registres de baptême. Cette marque d’infamie ne pourra être régularisée qu'après l’édit de tolérance de 1787. Les nouveaux convertis trouvent aussi toutes sortes de ruses pour échapper à l'extrême onction (déclaration de mort subite, absence d’appel du médecin qui a obligation de déclarer l’état du malade au pouvoir civil et au curé).

La résistance devient plus active par le maintien d’une pratique religieuse familiale ou des réunions privées avec des voisins. Les pasteurs du Refuge cherchent à favoriser ces réunions privées en imprimant des « liturgies pour les chrétiens privés de pasteur ». Très vite, surtout dans les régions méridionales, les nouveaux convertis se réunissent dans des endroits reculés pour célébrer le culte protestant clandestinement. Ce sont les « assemblées du désert ». Elles sont évidemment activement réprimées.


 En France  -  Résistance passive des protestants et poursuite des persécutions 
Les récents convertis ont accepté le sacrement de baptême imposé par l'édit de Fontainebleau dans le but d'attribuer un état civil à leurs enfants , car les archives d'état civil étaient tenues exclusivement par l'église catholique. 