Comment peut-on protéger le microbiote intestinal lors de la prise d'antibiotiques ?


Le microbiote intestinal humain, - du grec mikrós "petit", et biôtós, adjectif verbal de bióô "vivre" - anciennement appelé flore intestinale humaine, est l'ensemble des microorganismes (archées, bactéries et levures — et les virus qui les infectent) du tractus digestif humain, c'est-à-dire le microbiome intestinal et de tout le système gastrointestinal (estomac, selles)[pas clair]. Il constitue le plus grand réservoir du microbiote de l'organisme humain et un réservoir d’activités enzymatiques essentiel pour la digestion et la physiologie humaines. À ce titre, il influe sur la santé.

Ce microbiote et son hôte humain sont un exemple de symbiose mutualiste (coopération entre différentes sortes d’organismes impliquant un avantage pour chacun) et de commensalisme. Le microbiote peut réguler l’expression de certains gènes de l'hôte, ce qui fait évoquer des relations symbiotiques avancées. Les traitements par antibiotiques affectent l’écologie du microbiote intestinal et ses rapports avec l’hôte humain. Il a été montré que la ciprofloxacine avait un effet important et rapide sur le microbiote intestinal avec une perte de la diversité bactérienne et un changement de la composition de la communauté en 3-4 jours après la prise de l'antibiotique.


Contexte
Pour protéger le microbiote intestinal lors de la prise d'antibiotiques, il est recommandé de limiter l'utilisation d'antibiotiques. Dans le cas où ils sont vraiment nécessaires d'en prendre, il ne faudrait pas dépasser les 3 jours de prise car au-delà de ce délai, il y a un risque de perte de la diversité bactérienne et un changement de la composition de la communauté. 