Pourquoi Fouché a-t-il substitué la guillotine ?
Sur proposition de Barère, Jean-Marie Collot d'Herbois et Montaut sont nommés par la Convention pour remplacer Dubois-Crancé, qui avait pourtant déjà pris le contrôle de l'insurrection lyonnaise.

Fouché, alors dans la Nièvre, est prié de les rejoindre le 30 octobre 1793 : « Le salut de la patrie vous appelle à Ville-Affranchie, partez, votre patriotisme nous répond de votre zèle et de la fermeté avec laquelle il faut opérer dans cette ville rebelle. » Et il lui conseille de rapporter discrètement son arrêté ordonnant de verser aux comités de surveillance l'or et l'argent monnayés, manière d'en laisser la destination à sa discrétion.

Fouché est ainsi chargé de faire exécuter le décret qui ordonnait la destruction de la ville de Lyon, et il encourage les cruautés qui furent commises alors. A cette occasion, il gagne le surnom de « mitrailleur de Lyon », pour avoir substitué à la guillotine, jugée trop lente, l'exécution de masse des habitants jugés suspects par la mitraille (des canons tiraient sur des groupes de plusieurs dizaines de condamnés). 1 683 Lyonnais sont tués, victimes de la répression de Fouché. Le 2 frimaire (22 novembre), il écrit avec Collot d'Herbois, à la Convention :

« On n'ose pas encore vous demander le rapport de votre premier décret sur l'anéantissement de la ville de Lyon, mais on n'a presque rien fait jusqu'ici pour l'exécuter. Les démolitions sont trop lentes, il faut des moyens plus rapides à l'impatience républicaine. L'explosion de la mine et l'activité dévorante de la flamme peuvent seules exprimer la toute-puissance du peuple. Sa volonté ne peut être arrêtée comme celle des tyrans, elle doit avoir les effets du tonnerre. Signé Collot d'Herbois et Fouché. »

Dans l'exercice de son mandat, Fouché est aussi accusé de dilapidations et de détournements. Ainsi, cet arrêté pris par lui et son collègue Albitte :

« Les représentants du peuple envoyés à Commune affranchie pour y assurer le bonheur du peuple requièrent la commission des séquestres de faire apporter chez eux deux cents bouteilles du meilleur vin qu'ils pourraient trouver, et en outre, cinq cents bouteilles de vin rouge de Bordeaux, première qualité, pour leur table. »

Rappelé à Paris le 7 germinal (27 mars 1794), Fouché réintègre la Convention le 17 germinal (8 avril), qui renvoie son rapport au comité de salut public. L'ex-représentant en mission justifie alors la violence de la répression lyonnaise en disant que « le sang du crime féconde le sol de la liberté et affermit sa puissance ». Robespierre aurait battu froid Fouché lors d'une entrevue privée à en croire les mémoires de Charlotte Robespierre, texte publié quarante ans après les faits afin de réhabiliter son frère Maximilien en campant celui-ci comme « doux, compatissant et martyr. ». À l'encontre de cette « tradition, soigneusement entretenue par certains historiens en général favorables à l'action de Robespierre », l'historien Michel Biard relève que le Comité en général et l'Incorruptible en particulier ne sont pas hostiles à la sévère répression lyonnaise, comme l'attestent divers écrits de Robespierre : une lettre « qui stigmatise [la] trop grande indulgence » des précédents représentants en mission envoyés à Lyon, et deux discours, l'un non daté (contre Fabre d'Églantine) et l'autre du 23 messidor an II.

Par la suite, après le reflux de la Terreur, Fouché cherche à rejeter la faute sur Collot d'Herbois[réf. nécessaire].

Se justifiant devant les Jacobins, il parvient à se faire élire à la présidence du club le 16 prairial (4 juin), en l'absence de Robespierre. Toutefois, quand des délégations de Nevers et du Morvan viennent accuser Fouché, Robespierre l'attaque ouvertement aux Jacobins. Chassé des Jacobins le 24 prairial (12 juin) sous l'influence de Robespierre, Fouché sait alors, comme il l'écrira dans ses Mémoires, « qu’il avait l’honneur d’être inscrit sur ses tablettes à la colonne des morts ».

Se battant avec énergie pour sauver sa vie, il participe activement au complot qui aboutit à la chute de Robespierre et joue un rôle décisif, au cours de la nuit du 8 au 9 thermidor, dans les négociations avec les chefs de la Plaine, leur promettant la fin de la Terreur pour prix de leur alliance.


 Révolution française (1792-1799)  -  Le « mitrailleur de Lyon » (1793-1794) 
Fouché a substitué la guillotine car elle a été jugée trop lente.