Pourquoi Jean Pépin dit-il que la théologie tripartite de Varron se pose des alternatives ?
Tandis que les Romains ne produisaient guère d'écrits dans le cadre de leur pratiques religieuses traditionnelles, leurs débats philosophiques ou théologiques sur les « idées venues des Grecs » se prêtaient particulièrement bien à l'écrit. De ce fait, ces discussions sur les dieux et sur la religion occupent une large place dans ce que nous ont transmis les sources latines de l'Antiquité, mais ces discussions ne traduisent pas nécessairement des opinions largement répandues ou discutées parmi les Romains, pas plus qu'elles n'ont eu une influence directe et immédiate sur la pratique. Pour John Scheid : « Les Romains pouvaient penser de leurs dieux et de la religion ce qu’ils voulaient, mais pas lors de la pratique. Ils en discutaient dans des réunions, dans des débats, ils lisaient des livres. Mais c’était là une activité culturelle, qui n’avait aucune conséquence religieuse. »

Ainsi, au cours du Ier siècle av. J.-C., différents intellectuels latins ayant fait leurs les arguments philosophiques des Grecs, ont tenté de rendre compte de la légitimité de la religion civile des Romains face, d'une part, aux pratiques mystiques d'interprétation des mythes et, d'autre part, aux courants rationalistes de la philosophie. Les écrits de Scævola, un pontife romain du début du Ier siècle av. J.-C., ceux de Varron ainsi que le traité De la nature des dieux de Cicéron ont en commun de distinguer trois manières de comprendre la nature des dieux et les cultes qui leur sont rendus. La première se fonde sur les mythes et leurs interprétations, la seconde est la religion civile et traditionnelle des Romains, la troisième est une approche rationnelle du divin principalement fondée sur l'observation de la nature.

Le Pontife Scævola a proposé une classification des dieux romains, distinguant les dieux « introduits par les poètes », ceux « introduits pas les philosophes » et ceux « introduits par les hommes d'État ». Selon le témoignage que donne Augustin de la pensée de Scævola, « le premier genre n’est que badinage, parce qu’il comprend beaucoup de fictions indignes des dieux. Le deuxième ne convient pas aux cités, parce qu’il contient des choses superflues, certaines même dont la connaissance serait nuisible au peuple. » Seul le troisième genre, celui des dieux introduits par les chefs d'État, mérite qu'on s'y intéresse. Ainsi, en distinguant trois genres de dieux, Scævola indiquait ceux qu'il fallait honorer pour le bien de la cité, manière de signifier que si les Grecs ont des problèmes avec leurs dieux à cause de leurs poètes et de leur philosophes, cela ne doit pas concerner les Romains. 

Un peu après Scævola, Varron a distingué trois genres de théologies, la théologie mythique, la théologie politique ou civile et la théologie physique. Varron définit la théologie comme « la raison par laquelle les dieux sont expliqués (id est rationis, quae de diis explicatur) ». En introduisant l'ensemble des sources se rapportant à ce qu'il appelle « la théologie tripartite de Varron », Jean Pépin remarquait que ces trois théologies se posaient comme des alternatives les unes aux autres, c'est-à-dire qu'il faut choisir entre la théologie mystique, la théologie politique et la théologie physique. De fait, il ne s'agit pas d'une théologie qui se diviserait en trois domaines complémentaires comme il existait d'autres tripartitions de la philosophie ou de la théologie, mais plutôt d'une tentative de comprendre comment trois approches théologiques différentes peuvent s'articuler, et, le cas échéant, de savoir laquelle est la meilleure. Commentant la théorie des trois genres de théologies de Varron, Augustin d'Hippone rapporte que Varron a associé la théologie civile à la théologie physique tandis qu'il rejetait la théologie mythique. Augustin estime que Varron n'a pas osé condamner une théologie civile qu'il ne jugeait pas meilleure que la théologie mythique ou bien qu'il n'a pas eu la liberté de parole qui lui aurait permis de la « mettre en pièce » comme il l'a fait pour la théologie mythique. Ainsi, Varron n'aurait pas partagé les convictions populaires liées aux dieux civils mais les aurait ménagées pour des motifs qu'il n'avoue pas. Quatre siècles plus tard, pour Augustin, il ne fait aucun doute que la religion civile et la théologie mythique doivent être rejetées sans ménagement tandis que le christianisme trouve sa place « dans le domaine de la théologie physique et du rationalisme philosophique ».

Enfin dans La nature des dieux de Cicéron sont confrontés trois points de vue philosophiques sur la religion. Le premier est celui des épicuriens, courant philosophique qui se caractérise par l'importance du rôle qu'y joue le maître. C'est parce que le disciple lui reconnaît une expérience spirituelle de la vérité qu'il se met à son enseignement et cherche à vivre la même expérience. Les épicuriens ne tiennent pas les mythes pour des histoires vraies, mais y voient des allégories divinement inspirées. Face au disciple épicurien, un philosophe stoïcien cherche l'accord entre ce que la nature enseigne du divin et les pratiques religieuses concrètes. Le dialogue se déroule chez Cotta, un pontife qui défend la religion civile. Tandis que ce dernier montre un profond mépris pour l'interprétation de mythes qu'il juge indignes, il adopte un point de vue philosophique radicalement sceptique, pour montrer que l'on ne peut rien démontrer sur l'existence des dieux. Après avoir soutenu le stoïcien lorsqu'il s'agissait de répondre à l'épicurien, il entreprend de démonter tout l'argumentaire stoïcien. Le scepticisme de Cotta s'articule cependant à une attitude civique et patriote, exigeant une fidélité sans faille aux dieux de la cité et à la tradition, indifférente au doute comme de la recherche de preuves. L'école de philosophie qui d'après Cicéron soutient cette pensée à la fois sceptique en philosophie et fidèle en religion est celle des Académiciens. Cicéron réputé avoir été sceptique, se prononce dans ce traité, plutôt en faveur des arguments stoïciens.

Cicéron semble avoir cherché comme Varron, un accord entre la religion civile et la philosophie parce que selon eux, la religion civile est nécessaire à la préservation du lien social bien qu'elle ne paraisse pas rationnelle. Leur effort consiste à établir la rationalité de la religion civile mais, dans le même temps, ils mettent en évidence les défauts de cette rationalité. Ainsi, dans le traité De la Nature des dieux, le dialogue entre le stoïcien, Balbus, qui défend une approche rationnelle de la religion et le Pontife Cotta qui défend la religion des ancêtres, tourne court. Cotta adresse ce reproche à Balbus : 

« Si tu as voulu démontrer, avec force arguments, l’existence des dieux, c’est que tu n’étais pas sûr qu’elle était aussi évidente que tu l’aurais voulu. Pour moi, assurément une chose suffit, c'est la tradition de nos ancêtres (nobis maioris nostros tradidisse). Mais tu méprises leur autorité et tu combats avec la raison. Permets donc que ma raison rivalise avec la tienne. »

— Cicéron, De la Nature des dieux, III, 4,9

Après l'exposé de Cotta, dans lequel il défend un point de vue totalement sceptique et démonte tous les arguments de Balbus en faveur de la religion, Balbus lui répond de manière cinglante :

« Dans cette discussion, j’ai combattu pour les biens les plus chers (pro aris et focis), pour les temples des dieux et les sanctuaires, ainsi que pour les murs de la Cité que vous autres, Pontifes, vous considérez comme sacrés, et vous mettez un plus grand soin à défendre la religion de la cité (urbem religione) qu’en la ceignant de fortifications. Tant que je vivrai, je considérerai comme un sacrilège de renoncer à ces valeurs »

— Cicéron, De la Nature des dieux, III, 40, 94


 Théorie romaine de la religion 
 Jean Pépin dit que la théologie tripartite de Varron se pose des alternatives parce qu'il n'est pas question d'une théologie qui peut se diviser en trois domaines de façon complémentaire comme en philosophie mais plutôt d'une tentative de compréhension de la manière dont trois approches théologiques différentes peuvent s'articuler et laquelle est la meilleure.