Воздух«Air» (Ａｉｒ) После поражения последнего Ангела Синдзи Икари психологически сломлен и обезумел. Он навещает Аску в больнице, хочет разбудить её и случайно раздевает. Сначала он мастурбирует на впавшую в кому девушку, но после оргазма стыд за содеянное наносит ещё один удар по его психике. Тем временем Гэндо Икари полностью разрывает отношения с SEELE; для того, чтобы снова встретиться со своей погибшей женой Юи, он начинает подготовку к началу Третьего удара с использованием Рей и Лилит в Конечной догме. SEELE через правительство Японии приказывает отрядам JSSDF атаковать Токио-3 и штаб-квартиру NERV, найти и убить пилотов Евангелионов. Чтобы попасть в Геофронт, JSSDF взрывают город N2 бомбой и, проникнув в NERV, устраивают там кровавую бойню. Чтобы спасти Аску, Мисато прячет её внутри Евы-02 на дно озера. Во время штурма Геофронта Аска понимает, что в Еве находится часть души её матери, и, выйдя из депрессии, снова может ей управлять. Она отражает атаку на поверхности Геофронта. Чтобы остановить Еву-02, SEELE десантирует девять серийных Евангелионов с работающими S2 двигателями. Мисато спасает находящегося в состоянии крайней степени депрессии Синдзи от убийства солдатами JSSDF, но сама получает смертельное ранение. Она уговаривает Синдзи пилотировать Евангелион-01 и помочь Аске. Та в это время удачно расправляется с серийными Евами, но, когда энергия Евы-02 подходит к концу, они регенерируют и буквально разрывают Еву-02 на куски вместе с Аской на глазах у Синдзи, подоспевшего с Евой-01. Искренне Ваш...«Magokoro o, kimi ni (My Purest Heart for You)» (まごころを、君に) Гэндо начинает Третий удар, приведя Рей к источнику, но она отвергает Икари и, соединившись с Адамом и Лилит, превращается в богоподобное существо. Серийные Евангелионы распинают Еву-01, управляемую Синдзи, с помощью своих копий Копья Лонгиния; затем они собираются вокруг Евы-01 и существа, порождённого Рей и Лилит. Рей-Лилит ставит Синдзи перед выбором, и Синдзи, потеряв всё, что ему было дорого, решает убить жизнь на Земле. Лилит создаёт анти-АТ-поле, которое распространяется по всей Земле и разрушает АТ-поля всех живых существ, расщепляя их на LCL. Синдзи, слившись со всеми душами мира, вновь рассматривает собственную жизнь, осмысливает её и свои желания. В этот раз ему помогают его мать, душа которой находилась в Еве-01, Рей и Каору. В конце концов Синдзи понимает, что даже в боли нельзя вечно прятаться от людей. Он хочет остановить Комплементацию. И, как утверждается, после этого все люди, имеющие достаточно воли и желания, получают возможность вернуть себе человеческие тела. Синдзи просыпается на берегу моря LCL, видит Аску, начинает душить её, но она нежно гладит его по щеке, он плачет. Последняя фраза Аски остаётся неясной. 