Каменный пол в крипте храма считается местом Преображения. В качестве альтернативного места Преображения большинство современных ученых считают гору Ермон. В храме, под небольшим престолом, находится камень, на котором, по преданию, сидел Иисус Христос, когда Его встретила Марфа. Остаток дерева, на которое влез Закхей, по преданию, находится в отдельном строении во дворе монастыря, за стеклом. Также существует предположение, что это дерево находится в музейно-парковом комплексе, принадлежащего правительству Российской Федерации, в 300 метрах от монастыря. 