Название (идентификатор) последовательности, где находится данный элемент. Идентификатор может содержать любые символы из набора [a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-]. Источник определения элемента, в качестве которого может выступать программа, или база данных, или экспериментальная проверка, или организация (например, TAIR англ.). Фактически, уточняя собой элемент, поле «source» расширяет её онтологию. Тип элемента. Является либо термином Sequence Ontology, например, «CDS» (белок-кодирующая последовательность), «stop_codon» (стоп-кодон) «exon» (экзон), либо номером доступа SO с синтаксисом вида SO:000000. В любом случае, это либо сам элемент (sequence_feature, SO:0000110), либо его потомок (is_a child of) Начальные и конечные положительные целочисленные координаты элемента в последовательности, нумерация которых начинается с единицы. Начальная координата всегда меньше или равна конечной. Для элементов, пересекающих ориджин (например, в геномах большинства бактерий, плазмид и вирусов) это требование выполняется путем добавления к конечной координате длины всего генома. Для элементов с нулевой длиной, (например, сайты вставки), начало равняется концу, а подразумеваемый сайт находится справа от указанной координаты в направлении конца. Вес элемента, число с плавающей запятой. Смысл веса строго не определён, однако настоятельно рекомендуется использовать E-value для элементов, определённых по сходству последовательностей, и P-value для элементов, предсказанных ab initio. Направление элемента относительно цепи, на которой располагается: «+», если направление 5'->3', «-», если направление 3'->5', «.», если направление отсутствует. Также может использоваться «?» для элементов, направление которых неизвестно. Рамка считывания или фаза для белок-кодирующих последовательностей. В форматах GFF2 и GTF frame указывает, какому основанию участка соответствует первое основание кодона рамки: первому (0), второму (1) или третьему (2), являясь тем самым остатком от деления на 3 длины всех предыдущих кодирующих фрагментов. «.» указывается, когда описываемый участок нельзя отнести к первым трем случаям. В формате GFF3 phase тоже принимает значения 0, 1 или 2 и указывает количество оснований, которые должны быть удалены с начала этого элемента, чтобы достичь первого основания следующего кодона. Поле для дополнительной информации, например, для группировки отдельных наборов записей под одним названием. Здесь прописываются идентификаторы элементов более высоких порядков, к примеру, группировка интронов и экзонов в предсказание одного определённого гена. 