ФАПСИ в состав Вооружённых сил Российской федерации не входило. Флаг отменён в связи с реформированием агентства. ФСО России в состав Вооружённых сил Российской федерации не входит. Полотнище с крестом василькового цвета с расширяющимися концами и с углами (между концами креста) белого цвета. В центре — эмблема ФСО России. СВР России в состав Вооружённых сил Российской федерации не входит. Четырёхконечный синий (васильковый) крест с расширяющимися концами и с равноразделёнными бело-красными углами между концами креста. В центре эмблема СВР России. ФСБ России в состав Вооружённых сил Российской федерации не входит. Четырёхконечный синий (васильковый) крест с расширяющимися концами и окаймлённый узкой белой полосой, и с красными углами между концами креста. В центре эмблема Федеральной службы безопасности. Внутренние войска МВД России в состав Вооружённых сил Российской федерации не входили. Четырёхконечный краповый крест с расширяющимися концами на белом фоне. В центре эмблема органов внутренних дел Российской Федерации и внутренних войск Министерства внутренних дел Российской Федерации. Войска национальной гвардии в состав Вооружённых сил Российской федерации не входят. Четырёхконечный краповый крест с расширяющимися концами на белом фоне. В центре геральдический знак — эмблема войск национальной гвардии Российской Федерации. 