Couleur des yeux - chromosomes 15 et 19 - simulation
25/03/2017, 20h48 #1
Bonjour , je suis en licence 2 d'informatique . Dans le cadre de la matière PSI , ayant pour objectif de nous initier à la démarche scientifique .Mon collègue ma proposé un projet sur l'évolution de la couleur des yeux au fils des générations .
L'idée serait d'observer si sur plusieurs générations une tendance se profile selon un échantillon . Par exemple si on part avec un échantillon à forte concentration "de gènes de couleur bleu" et de faibles concentrations de "gènes de couleur marron " . Est - ce qu'il y aurait plus de "gène marron" que "bleu" après x générations . Où le gène marron se perdra dans l'héritage ? .
Pour la simulation , on a pensé que chaque personne avait une paire de chromosomes déterminant la couleur des yeux ( gene dominant + gene recessif ) . C'est personnes dont on a choisi les gene dominant et recessif se déplace de façon aléatoire sur un canvas (zone de dessin) . Et lorsqu'une personne en rencontre une autre , on les fais s'accoupler . L'enfant récupére un gène au hasard de chacun des deux parents , par exemple marron et vert . Ainsi l'enfant aurait pour gene dominant le marron et pour gene recessif le vert .
Dans notre premier simulation , un couple fait un seul enfant et il sont unisex .
Vidéo : https://www.youtube.com/watch?v=JFbo...ature=youtu.be
Sauf que c'est plus compliqué que ça ! Après quelques recherches on à compris que plusieurs gènes était en cause . Et on aimerai se focaliser sur les chromosomes 15 et 19 . Mais là on comprends plus rien . Le chromosome 15 détermine t-il la couleur marron/bleu et le chromosome 19 la couleur marron/verte ?
Et de manière global quel paramètres fait varier la couleur des yeux sur plusieurs générations . Cest à dire le nombre d'enfants par couples , le sex ? , la polygamie ? , la consanguinité ?.
Si quelqu'un peut nous éclairer , merci d'avance (Désolé pour les fautes d'orthographe)
26/03/2017, 09h07 #2
Re : Couleur des yeux - chromosomes 15 et 19 - simulation
ce que tu proposes c'est un modèle dit "individu-centré" mais ici je pense que c'est inutile. Si tes individus se déplacent au hasard indépendamment les uns des autres, l'space en fait ne sert à rien et tu peux tout aussi bien tirer au hasard dans la population les individus qui vont s'apparier. Donc tu pourrais gérer quatre vecteurs (hommes bleus, homme marron, fb et fm). Mais tu peux même simplifier encore et gérer seulement 4 entiers: les nombres de hb, hm, fb et fm. Tu peux alors calculer simplement la matrice de transition qui permet de passer d'une génération à la suivante. Ca c'est si tu n'introduis pas de coefficient de sélection, en d'autres termes si tu supposes que l'évolution de la couleur des yeux est neutre (les bleus et les marron ont la même chance de se reproduire). Si tu introduis de la sélection ça devient un peu plus compliqué, mais toujours gérable en terme de tailles des populations.
A mon avis introduire l'espace n'a d'intérêt que si tu veux pouvoir étudier une distribution spatiale non homogène du trait (ici la couleur des yeux).
27/03/2017, 09h31 #3
En terme de sélection, on peut introduire la sélection sexuelle, qui suppose qu'un phénotype (par exemple les yeux bleus) est plus attractif qu'un autre. Donc, les individus aux yeux bleus (ou vert ??) auraient une probabilité un peu plus grande de s'accoupler. (Evidemment, je ne dis pas ici que c'est le cas, c'est juste un paramètre qu'on peut introduire dans le modèle).
On peut aussi introduire le facteur qu'on appelle l'homogamie positive, c'est à dire que des individus qui ont le même phénotype auraient une plus grande probabilité de s'accoupler entre eux. Cela s'oppose au modèle de la panmixie, qui suppose au contraire que les unions se forment aléatoirement.
Toutes ces notions, sont des notions de base de la génétique des populations dans laquelle on a introduit des modèles mathématiques pour prédire l'évolution de fréquences alléliques dans une population (depuis les années 1940 il me semble).