From cowan.pd at gmail.com  Fri Nov 28 22:32:22 2008
From: cowan.pd at gmail.com (Peter Cowan)
Date: Fri, 28 Nov 2008 13:32:22 -0800
Subject: [Rd] Unable to plot or analyse phylogeny (PR#13345)
In-Reply-To: <20081128145510.75BE0282EFF6@mail.pubhealth.ku.dk>
References: <20081128145510.75BE0282EFF6@mail.pubhealth.ku.dk>
Message-ID: <e1fc21b0811281332v50d8dbf0p3d5c39697372eaab@mail.gmail.com>

Emily,

I think you've directed your email to the wrong list.  The R-bugs list
is solely for bugs regarding the R core, not add-on packages, like you
are using.  R-devel, is primarily targeted at people who write such
add-on packages, and also inappropriate for your question.  Keep in
mind that there are well over 1000 add-on packages and the core
developers cannot (and likely do not want to) be familiar with all of
them.

Please see: <http://www.r-project.org/posting-guide.html#which_list>

This question should be directed to r-help or even better the
r-sig-phylo list which you can subscribe to here.
http://www.r-project.org/mail.html

I also notice that you don't mention what packages you have loaded and
what versions those are, the posting guide link provides suggestions
for how to find that information.

Peter

On Fri, Nov 28, 2008 at 6:55 AM,  <ecg503 at york.ac.uk> wrote:
> Full_Name: Emily Green
> Version: 2.8.0 GUI 1.26
> OS: MacBrook Pro with 2.5 GHz processor, using Mac OS X 10.5.5
> Submission from: (NULL) (144.32.69.137)
>
>
> I am wanting to correct for phylogeny using a phylogenetic tree of 296 birds
> species, which I have constructed myself. The file format is correct and I have
> checked its display in Mesquite, which exported the nexus file (I've pasted the
> text of the file at the end of this message, the matrices are purposefully
> blank). As a text file this looks absolutely fine to me. R can at least read the
> tree fine using read.tree to produce the following:
>> sa<-read.nexus("sa_r.txt.nex")
>> summary(sa)
> Phylogenetic tree: sa
>
>  Number of tips: 296
>  Number of nodes: 239
>  Branch lengths:
>    mean: NA
>    variance: NA
>    distribution summary:
>     Min.   1st Qu.    Median   3rd Qu.      Max.      NA's
> 8.00e-202 8.00e-202  2.00e+00  5.00e+00  2.63e+01  3.00e+00
>  Root edge: 1.1
>  First ten tip labels: Alectoris_barbara
>                        Alectoris_chuckar
>                        Alectoris_graeca
>                        Ammoperdix_griseogularis
>                        Bonasa_Bonasia
>                        Francolinus_francolinus
>                        Tetrao_mlokosiewiczi
>                        Tetraogallus_caspius
>                        Tetraogallus_caucasiucus
>                        Anser_albifrons
>  First ten node labels: 0
>                         0
>                         0
>                         0
>                         0
>                         0
>                         0
>                         0
>                         0
>                         0
>
> I was a bit worried as to why no mean or variance of branch length was produced,
> when these are all present in the nexus file and Mesquite can recognise them.
> But I proceeded to attempt to plot the tree in R to check it displayed correctly
> here. This is something I've done before in R with smaller trees and it worked
> fine. But with this tree it produced the following error:
>> plot.phylo(sa)
> Error: cannot allocate vector of size 1.4 Gb
> R(539,0xa0810fa0) malloc: *** mmap(size=1488809984) failed (error code=12)
> *** error: can't allocate region
> *** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
> R(539,0xa0810fa0) malloc: *** mmap(size=1488809984) failed (error code=12)
> *** error: can't allocate region
> *** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
>
> The same problem comes up when I try to run an autocorrelative model with some
> dummy continuous data. (I've tried many different functions, all produce similar
> error responses):
>> Moran.I(dummy$dist, cophenetic(sa))
> Error: cannot allocate vector of size 1.4 Gb
> R(539,0xa0810fa0) malloc: *** mmap(size=1488809984) failed (error code=12)
> *** error: can't allocate region
> *** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
> R(539,0xa0810fa0) malloc: *** mmap(size=1488809984) failed (error code=12)
> *** error: can't allocate region
> *** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
>
> I fear my tree may be too big to handle, but this is my dataset and I wanted to
> make use of the range and power of R's analytical capabilites over other
> programs like Mesquite.
> If you can solve my problem I'd be very very grateful.
> Cheers,
> Emily
>
>
> PS - the text of the nexus file
> #NEXUS
> [written Thu Nov 27 17:49:33 GMT 2008 by Mesquite  version 2.5 (build j77) at
> sns69-198.york.ac.uk/144.32.69.198]
>
> BEGIN TAXA;
>        TITLE Taxa;
>        DIMENSIONS NTAX=296;
>        TAXLABELS
>                Alectoris_barbara Alectoris_chuckar Alectoris_graeca Ammoperdix_griseogularis
> Bonasa_Bonasia Francolinus_francolinus Tetrao_mlokosiewiczi Tetraogallus_caspius
> Tetraogallus_caucasiucus Anser_albifrons Anser_brachyrhynchus Anser_erythropus
> Anser_fabalis Aythya_marila Aythya_nyroca Branta_bernicla Branta_canadensis
> Branta_leucopsis Branta_ruficollis Bucephala_islandica Chen_caerulescens
> Clangula_hyemalis Cygnus_columbianus Cygnus_cygnus Histrionicus_histrionicus
> Marmaronetta_angustirostris Melanitta_fusca Melanitta_perspicillata Netta_rufina
> Oxyura_leucocephala Polysticta_stelleri Somateria_spectabilis Tadorna_ferruginea
> Dendrocopos_leucotos Dendrocopos_medius Dendrocopos_syriacus Dryocopus_martius
> Jynx_torquilla Picoides_tridactylus Picus_canus Upupa_epops Coracias_garrulus
> Merops_apiaster Merops_persicus Ceryle_rudis Halcyon_smyrnensis Cuculus_optatus
> Apus_affinis Apus_caffer Apus_pallidus Apus_unicolor Tachymarptis_melba
> Aegolius_funereus Bubo_bubo Bubo_scandiaca Glaucidium_passerinum
> Ketupa_zeylonensis Otus_brucei Otus_scops Strix_nebulosa Strix_uralensis
> Surnia_ulula Caprimulgus_ruficollis Columba_bollii Columba_junoniae
> Columba_trocaz Stigmatopelia_senegalensis Chlamydotis_undulata Otis_tarda
> Tetrax_tetrax Grus_grus Grus_virgo Fulica_cristata Porphyrio_porphyrio
> Porzana_parva Porzana_pusilla Pterocles_alchata Pterocles_orientalis
> Arenaria_interpres Calidris_alba Calidris_bairdii Calidris_maritima
> Calidris_temminckii Gallinago_media Limicola_falcinellus Limosa_lapponica
> Lymnocryptes_minimus Phalaropus_fulicarius Tringa_erythropus Tringa_glareola
> Tringa_ochropus Tringa_stagnatilis Xenus_cinereus Charadrius_alexandrinus
> Charadrius_asiaticus Charadrius_leschenaultii Vanellus_indicus Vanellus_spinosus
> Cursorius_cursor Glareola_nordmanni Glareola_pratincola Larus_armenicus
> Larus_audouinii Larus_genei Larus_glaucoides Larus_hyperboreus Larus_ichthyaetus
> Larus_minutus Pagophila_eburnea Accipiter_badius Accipiter_brevipes
> Aegypius_monachus Aquila_adalberti Aquila_clanga Aquila_heliaca
> Aquila_nipalensis Aquila_pomarina Buteo_lagopus Buteo_rufinus Circaetus_gallicus
> Circus_macrourus Circus_pygargus Elanus_caeruleus Gypaetus_barbatus Gyps_fulvus
> Hieraaetus_fasciatus Hieraaetus_pennatus Milvus_migrans Neophron_percnopterus
> Alle_alle Uria_lomvia Himantopus_himantopus Falco_biarmicus Falco_cherrug
> Falco_eleonorae Falco_naumanni Falco_pelerinoides Falco_rusticolus
> Falco_vespertinus Podiceps_grisegena Phaethon_aethereus Phalacrocorax_pygmeus
> Ardea_purpurea Ardeola_ralloides Bubulcus_ibis Egretta_alba Ixobrychus_minutus
> Nycticorax_nycticorax Phoenicopterus_ruber Platalea_leucorodia
> Plegadis_falcinellus Pelecanus_crispus Pelecanus_onocrotalus Ciconia_ciconia
> Ciconia_nigra Fregata_magnificens Gavia_immer Oceanites_oceanicus
> Pelagodroma_marina Bulweria_bulwerii Calonectris_diomedea Pterodroma_feae
> Pterodroma_madeira Puffinus_assimilis Puffinus_gravis Puffinus_griseus
> Puffinus_mauretanicus Puffinus_yelkouan Lanius_collurio Lanius_excubitor
> Lanius_isabellinus Lanius_minor Lanius_nubicus Lanius_senator Cyanopica_cyanus
> Nucifraga_caryocatactes Perisoreus_infaustus Pyrrhocorax_graculus Sturnus_roseus
> Sturnus_unicolor Bombycilla_garrulus Cercotrichas_galactotes Ficedula_albicollis
> Ficedula_parva Chlidonias_hybrida Chlidonias_leucopterus Chlidonias_niger
> Sterna_caspia Sitta_krueperi Sitta_neumayer Sitta_whiteheadi
> Certhia_brachydactyla Parus_cinctus Parus_cyanus Parus_lugubris Hirundo_daurica
> Hirundo_rupestris Pycnonotus_xanthopygos Cisticola_juncidis Prinia_gracilis
> Luscinia_calliope Luscinia_luscinia Luscinia_svecica Monticola_saxatilis
> Monticola_solitarius Oenanthe_deserti Oenanthe_finschii Oenanthe_hispanica
> Oenanthe_isabellina Oenanthe_leucura Oenanthe_pleschanka Oenanthe_xanthoprymna
> Tarsiger_cyanurus Turdus_ruficollis Acrocephalus_agricola
> Acrocephalus_arundinaceus Acrocephalus_dumetorum Acrocephalus_melanopogon
> Acrocephalus_paludicola Hippolais_caligata Hippolais_icterina Hippolais_languida
> Hippolais_olivetorum Hippolais_opaca Hippolais_pallida Hippolais_polyglotta
> Locustella_lanceolata Locustella_luscinioides Phylloscopus_bonelli
> Phylloscopus_borealis Phylloscopus_canariensis Phylloscopus_fuscatus
> Phylloscopus_ibericus Phylloscopus_inornatus Phylloscopus_sindianus
> Phylloscopus_trochiloides Sylvia_cantillans Sylvia_conspicillata
> Sylvia_hortensis Sylvia_melanocephala Sylvia_melanothorax Sylvia_mystacea
> Sylvia_nana Sylvia_nisoria Sylvia_rueppelli Sylvia_sarda Ammomanes_deserti
> Calandrella_brachydactyla Calandrella_rufescens Chersophilus_duponti
> Eremophila_alpestris Galerida_cristata Galerida_theklae Melanocorypha_bimaculata
> Melanocorypha_calandra Melanocorypha_leucoptera Melanocorypha_yeltoniensis
> Montifringilla_nivalis Passer_hispaniolensis Petronia_petronia
> Bucanetes_githagineus Carduelis_hornemanni Carpodacus_erythrinus
> Carpodacus_rubicilla Loxia_leucoptera Loxia_pytyopsittacus Pinicola_enucleator
> Pyrrhula_murina Rhodopechys_mongolicus Serinus_canaria Serinus_citrinella
> Serinus_pusillus Serinus_serinus Tichodroma_muraria Remiz_pendulinus
> Prunella_atrogularis Prunella_collaris Prunella_montanella Anthus_berthelotii
> Anthus_campestris Anthus_cervinus Anthus_hodgsoni Anthus_spinoletta
> Motacilla_citreola Calcarius_lapponicus Emberiza_aureola Emberiza_bruniceps
> Emberiza_caesia Emberiza_cia Emberiza_cineracea Emberiza_hortulana
> Emberiza_leucocephalos Emberiza_melanocephala Emberiza_pallasi Emberiza_pusilla
> Emberiza_rustica
>        ;
>
> END;
>
>
> BEGIN CHARACTERS;
>        TITLE  Categorical;
>        DIMENSIONS  NCHAR=7;
>        FORMAT DATATYPE = STANDARD GAP = - MISSING = ? SYMBOLS = "  0 1";
>        MATRIX
>        Alectoris_barbara            ???????
>        Alectoris_chuckar            ???????
>        Alectoris_graeca             ???????
>        Ammoperdix_griseogularis     ???????
>        Bonasa_Bonasia               ???????
>        Francolinus_francolinus      ???????
>        Tetrao_mlokosiewiczi         ???????
>        Tetraogallus_caspius         ???????
>        Tetraogallus_caucasiucus     ???????
>        Anser_albifrons              ???????
>        Anser_brachyrhynchus         ???????
>        Anser_erythropus             ???????
>        Anser_fabalis                ???????
>        Aythya_marila                ???????
>        Aythya_nyroca                ???????
>        Branta_bernicla              ???????
>        Branta_canadensis            ???????
>        Branta_leucopsis             ???????
>        Branta_ruficollis            ???????
>        Bucephala_islandica          ???????
>        Chen_caerulescens            ???????
>        Clangula_hyemalis            ???????
>        Cygnus_columbianus           ???????
>        Cygnus_cygnus                ???????
>        Histrionicus_histrionicus    ???????
>        Marmaronetta_angustirostris  ???????
>        Melanitta_fusca              ???????
>        Melanitta_perspicillata      ???????
>        Netta_rufina                 ???????
>        Oxyura_leucocephala          ???????
>        Polysticta_stelleri          ???????
>        Somateria_spectabilis        ???????
>        Tadorna_ferruginea           ???????
>        Dendrocopos_leucotos         ???????
>        Dendrocopos_medius           ???????
>        Dendrocopos_syriacus         ???????
>        Dryocopus_martius            ???????
>        Jynx_torquilla               ???????
>        Picoides_tridactylus         ???????
>        Picus_canus                  ???????
>        Upupa_epops                  ???????
>        Coracias_garrulus            ???????
>        Merops_apiaster              ???????
>        Merops_persicus              ???????
>        Ceryle_rudis                 ???????
>        Halcyon_smyrnensis           ???????
>        Cuculus_optatus              ???????
>        Apus_affinis                 ???????
>        Apus_caffer                  ???????
>        Apus_pallidus                ???????
>        Apus_unicolor                ???????
>        Tachymarptis_melba           ???????
>        Aegolius_funereus            ???????
>        Bubo_bubo                    ???????
>        Bubo_scandiaca               ???????
>        Glaucidium_passerinum        ???????
>        Ketupa_zeylonensis           ???????
>        Otus_brucei                  ???????
>        Otus_scops                   ???????
>        Strix_nebulosa               ???????
>        Strix_uralensis              ???????
>        Surnia_ulula                 ???????
>        Caprimulgus_ruficollis       ???????
>        Columba_bollii               ???????
>        Columba_junoniae             ???????
>        Columba_trocaz               ???????
>        Stigmatopelia_senegalensis   ???????
>        Chlamydotis_undulata         ???????
>        Otis_tarda                   ???????
>        Tetrax_tetrax                ???????
>        Grus_grus                    ???????
>        Grus_virgo                   ???????
>        Fulica_cristata              ???????
>        Porphyrio_porphyrio          ???????
>        Porzana_parva                ???????
>        Porzana_pusilla              ???????
>        Pterocles_alchata            ???????
>        Pterocles_orientalis         ???????
>        Arenaria_interpres           ???????
>        Calidris_alba                ???????
>        Calidris_bairdii             ???????
>        Calidris_maritima            ???????
>        Calidris_temminckii          ???????
>        Gallinago_media              ???????
>        Limicola_falcinellus         ???????
>        Limosa_lapponica             ???????
>        Lymnocryptes_minimus         ???????
>        Phalaropus_fulicarius        ???????
>        Tringa_erythropus            ???????
>        Tringa_glareola              ???????
>        Tringa_ochropus              ???????
>        Tringa_stagnatilis           ???????
>        Xenus_cinereus               ???????
>        Charadrius_alexandrinus      ???????
>        Charadrius_asiaticus         ???????
>        Charadrius_leschenaultii     ???????
>        Vanellus_indicus             ???????
>        Vanellus_spinosus            ???????
>        Cursorius_cursor             ???????
>        Glareola_nordmanni           ???????
>        Glareola_pratincola          ???????
>        Larus_armenicus              ???????
>        Larus_audouinii              ???????
>        Larus_genei                  ???????
>        Larus_glaucoides             ???????
>        Larus_hyperboreus            ???????
>        Larus_ichthyaetus            ???????
>        Larus_minutus                ???????
>        Pagophila_eburnea            ???????
>        Accipiter_badius             ???????
>        Accipiter_brevipes           ???????
>        Aegypius_monachus            ???????
>        Aquila_adalberti             ???????
>        Aquila_clanga                ???????
>        Aquila_heliaca               ???????
>        Aquila_nipalensis            ???????
>        Aquila_pomarina              ???????
>        Buteo_lagopus                ???????
>        Buteo_rufinus                ???????
>        Circaetus_gallicus           ???????
>        Circus_macrourus             ???????
>        Circus_pygargus              ???????
>        Elanus_caeruleus             ???????
>        Gypaetus_barbatus            ???????
>        Gyps_fulvus                  ???????
>        Hieraaetus_fasciatus         ???????
>        Hieraaetus_pennatus          ???????
>        Milvus_migrans               ???????
>        Neophron_percnopterus        ???????
>        Alle_alle                    ???????
>        Uria_lomvia                  ???????
>        Himantopus_himantopus        ???????
>        Falco_biarmicus              ???????
>        Falco_cherrug                ???????
>        Falco_eleonorae              ???????
>        Falco_naumanni               ???????
>        Falco_pelerinoides           ???????
>        Falco_rusticolus             ???????
>        Falco_vespertinus            ???????
>        Podiceps_grisegena           ???????
>        Phaethon_aethereus           ???????
>        Phalacrocorax_pygmeus        ???????
>        Ardea_purpurea               ???????
>        Ardeola_ralloides            ???????
>        Bubulcus_ibis                ???????
>        Egretta_alba                 ???????
>        Ixobrychus_minutus           ???????
>        Nycticorax_nycticorax        ???????
>        Phoenicopterus_ruber         ???????
>        Platalea_leucorodia          ???????
>        Plegadis_falcinellus         ???????
>        Pelecanus_crispus            ???????
>        Pelecanus_onocrotalus        ???????
>        Ciconia_ciconia              ???????
>        Ciconia_nigra                ???????
>        Fregata_magnificens          ???????
>        Gavia_immer                  ???????
>        Oceanites_oceanicus          ???????
>        Pelagodroma_marina           ???????
>        Bulweria_bulwerii            ???????
>        Calonectris_diomedea         ???????
>        Pterodroma_feae              ???????
>        Pterodroma_madeira           ???????
>        Puffinus_assimilis           ???????
>        Puffinus_gravis              ???????
>        Puffinus_griseus             ???????
>        Puffinus_mauretanicus        ???????
>        Puffinus_yelkouan            ???????
>        Lanius_collurio              ???????
>        Lanius_excubitor             ???????
>        Lanius_isabellinus           ???????
>        Lanius_minor                 ???????
>        Lanius_nubicus               ???????
>        Lanius_senator               ???????
>        Cyanopica_cyanus             ???????
>        Nucifraga_caryocatactes      ???????
>        Perisoreus_infaustus         ???????
>        Pyrrhocorax_graculus         ???????
>        Sturnus_roseus               ???????
>        Sturnus_unicolor             ???????
>        Bombycilla_garrulus          ???????
>        Cercotrichas_galactotes      ???????
>        Ficedula_albicollis          ???????
>        Ficedula_parva               ???????
>        Chlidonias_hybrida           ???????
>        Chlidonias_leucopterus       ???????
>        Chlidonias_niger             ???????
>        Sterna_caspia                ???????
>        Sitta_krueperi               ???????
>        Sitta_neumayer               ???????
>        Sitta_whiteheadi             ???????
>        Certhia_brachydactyla        ???????
>        Parus_cinctus                ???????
>        Parus_cyanus                 ???????
>        Parus_lugubris               ???????
>        Hirundo_daurica              ???????
>        Hirundo_rupestris            ???????
>        Pycnonotus_xanthopygos       ???????
>        Cisticola_juncidis           ???????
>        Prinia_gracilis              ???????
>        Luscinia_calliope            ???????
>        Luscinia_luscinia            ???????
>        Luscinia_svecica             ???????
>        Monticola_saxatilis          ???????
>        Monticola_solitarius         ???????
>        Oenanthe_deserti             ???????
>        Oenanthe_finschii            ???????
>        Oenanthe_hispanica           ???????
>        Oenanthe_isabellina          ???????
>        Oenanthe_leucura             ???????
>        Oenanthe_pleschanka          ???????
>        Oenanthe_xanthoprymna        ???????
>        Tarsiger_cyanurus            ???????
>        Turdus_ruficollis            ???????
>        Acrocephalus_agricola        ???????
>        Acrocephalus_arundinaceus    ???????
>        Acrocephalus_dumetorum       ???????
>        Acrocephalus_melanopogon     ???????
>        Acrocephalus_paludicola      ???????
>        Hippolais_caligata           ???????
>        Hippolais_icterina           ???????
>        Hippolais_languida           ???????
>        Hippolais_olivetorum         ???????
>        Hippolais_opaca              ???????
>        Hippolais_pallida            ???????
>        Hippolais_polyglotta         ???????
>        Locustella_lanceolata        ???????
>        Locustella_luscinioides      ???????
>        Phylloscopus_bonelli         ???????
>        Phylloscopus_borealis        ???????
>        Phylloscopus_canariensis     ???????
>        Phylloscopus_fuscatus        ???????
>        Phylloscopus_ibericus        ???????
>        Phylloscopus_inornatus       ???????
>        Phylloscopus_sindianus       ???????
>        Phylloscopus_trochiloides    ???????
>        Sylvia_cantillans            ???????
>        Sylvia_conspicillata         ???????
>        Sylvia_hortensis             ???????
>        Sylvia_melanocephala         ???????
>        Sylvia_melanothorax          ???????
>        Sylvia_mystacea              ???????
>        Sylvia_nana                  ???????
>        Sylvia_nisoria               ???????
>        Sylvia_rueppelli             ???????
>        Sylvia_sarda                 ???????
>        Ammomanes_deserti            ???????
>        Calandrella_brachydactyla    ???????
>        Calandrella_rufescens        ???????
>        Chersophilus_duponti         ???????
>        Eremophila_alpestris         ???????
>        Galerida_cristata            ???????
>        Galerida_theklae             ???????
>        Melanocorypha_bimaculata     ???????
>        Melanocorypha_calandra       ???????
>        Melanocorypha_leucoptera     ???????
>        Melanocorypha_yeltoniensis   ???????
>        Montifringilla_nivalis       ???????
>        Passer_hispaniolensis        ???????
>        Petronia_petronia            ???????
>        Bucanetes_githagineus        ???????
>        Carduelis_hornemanni         ???????
>        Carpodacus_erythrinus        ???????
>        Carpodacus_rubicilla         ???????
>        Loxia_leucoptera             ???????
>        Loxia_pytyopsittacus         ???????
>        Pinicola_enucleator          ???????
>        Pyrrhula_murina              ???????
>        Rhodopechys_mongolicus       ???????
>        Serinus_canaria              ???????
>        Serinus_citrinella           ???????
>        Serinus_pusillus             ???????
>        Serinus_serinus              ???????
>        Tichodroma_muraria           ???????
>        Remiz_pendulinus             ???????
>        Prunella_atrogularis         ???????
>        Prunella_collaris            ???????
>        Prunella_montanella          ???????
>        Anthus_berthelotii           ???????
>        Anthus_campestris            ???????
>        Anthus_cervinus              ???????
>        Anthus_hodgsoni              ???????
>        Anthus_spinoletta            ???????
>        Motacilla_citreola           ???????
>        Calcarius_lapponicus         ???????
>        Emberiza_aureola             ???????
>        Emberiza_bruniceps           ???????
>        Emberiza_caesia              ???????
>        Emberiza_cia                 ???????
>        Emberiza_cineracea           ???????
>        Emberiza_hortulana           ???????
>        Emberiza_leucocephalos       ???????
>        Emberiza_melanocephala       ???????
>        Emberiza_pallasi             ???????
>        Emberiza_pusilla             ???????
>        Emberiza_rustica             ???????
>
> ;
>
> END;
> BEGIN CHARACTERS;
>        TITLE  Continuous;
>        DIMENSIONS  NCHAR=10;
>        FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS GAP = - MISSING = ?;
>        MATRIX
>        Alectoris_barbara             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Alectoris_chuckar             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Alectoris_graeca              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ammoperdix_griseogularis      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Bonasa_Bonasia                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Francolinus_francolinus       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tetrao_mlokosiewiczi          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tetraogallus_caspius          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tetraogallus_caucasiucus      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anser_albifrons               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anser_brachyrhynchus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anser_erythropus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anser_fabalis                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aythya_marila                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aythya_nyroca                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Branta_bernicla               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Branta_canadensis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Branta_leucopsis              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Branta_ruficollis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Bucephala_islandica           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Chen_caerulescens             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Clangula_hyemalis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Cygnus_columbianus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Cygnus_cygnus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Histrionicus_histrionicus     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Marmaronetta_angustirostris   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Melanitta_fusca               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Melanitta_perspicillata       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Netta_rufina                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oxyura_leucocephala           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Polysticta_stelleri           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Somateria_spectabilis         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tadorna_ferruginea            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Dendrocopos_leucotos          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Dendrocopos_medius            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Dendrocopos_syriacus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Dryocopus_martius             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Jynx_torquilla                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Picoides_tridactylus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Picus_canus                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Upupa_epops                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Coracias_garrulus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Merops_apiaster               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Merops_persicus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ceryle_rudis                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Halcyon_smyrnensis            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Cuculus_optatus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Apus_affinis                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Apus_caffer                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Apus_pallidus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Apus_unicolor                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tachymarptis_melba            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aegolius_funereus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Bubo_bubo                     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Bubo_scandiaca                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Glaucidium_passerinum         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ketupa_zeylonensis            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Otus_brucei                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Otus_scops                    ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Strix_nebulosa                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Strix_uralensis               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Surnia_ulula                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Caprimulgus_ruficollis        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Columba_bollii                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Columba_junoniae              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Columba_trocaz                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Stigmatopelia_senegalensis    ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Chlamydotis_undulata          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Otis_tarda                    ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tetrax_tetrax                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Grus_grus                     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Grus_virgo                    ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Fulica_cristata               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Porphyrio_porphyrio           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Porzana_parva                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Porzana_pusilla               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pterocles_alchata             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pterocles_orientalis          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Arenaria_interpres            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Calidris_alba                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Calidris_bairdii              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Calidris_maritima             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Calidris_temminckii           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Gallinago_media               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Limicola_falcinellus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Limosa_lapponica              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Lymnocryptes_minimus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phalaropus_fulicarius         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tringa_erythropus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tringa_glareola               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tringa_ochropus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tringa_stagnatilis            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Xenus_cinereus                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Charadrius_alexandrinus       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Charadrius_asiaticus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Charadrius_leschenaultii      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Vanellus_indicus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Vanellus_spinosus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Cursorius_cursor              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Glareola_nordmanni            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Glareola_pratincola           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Larus_armenicus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Larus_audouinii               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Larus_genei                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Larus_glaucoides              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Larus_hyperboreus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Larus_ichthyaetus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Larus_minutus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pagophila_eburnea             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Accipiter_badius              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Accipiter_brevipes            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aegypius_monachus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aquila_adalberti              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aquila_clanga                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aquila_heliaca                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aquila_nipalensis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Aquila_pomarina               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Buteo_lagopus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Buteo_rufinus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Circaetus_gallicus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Circus_macrourus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Circus_pygargus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Elanus_caeruleus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Gypaetus_barbatus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Gyps_fulvus                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hieraaetus_fasciatus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hieraaetus_pennatus           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Milvus_migrans                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Neophron_percnopterus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Alle_alle                     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Uria_lomvia                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Himantopus_himantopus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Falco_biarmicus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Falco_cherrug                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Falco_eleonorae               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Falco_naumanni                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Falco_pelerinoides            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Falco_rusticolus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Falco_vespertinus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Podiceps_grisegena            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phaethon_aethereus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phalacrocorax_pygmeus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ardea_purpurea                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ardeola_ralloides             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Bubulcus_ibis                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Egretta_alba                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ixobrychus_minutus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Nycticorax_nycticorax         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phoenicopterus_ruber          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Platalea_leucorodia           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Plegadis_falcinellus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pelecanus_crispus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pelecanus_onocrotalus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ciconia_ciconia               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ciconia_nigra                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Fregata_magnificens           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Gavia_immer                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oceanites_oceanicus           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pelagodroma_marina            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Bulweria_bulwerii             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Calonectris_diomedea          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pterodroma_feae               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pterodroma_madeira            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Puffinus_assimilis            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Puffinus_gravis               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Puffinus_griseus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Puffinus_mauretanicus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Puffinus_yelkouan             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Lanius_collurio               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Lanius_excubitor              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Lanius_isabellinus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Lanius_minor                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Lanius_nubicus                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Lanius_senator                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Cyanopica_cyanus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Nucifraga_caryocatactes       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Perisoreus_infaustus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pyrrhocorax_graculus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sturnus_roseus                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sturnus_unicolor              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Bombycilla_garrulus           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Cercotrichas_galactotes       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ficedula_albicollis           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ficedula_parva                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Chlidonias_hybrida            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Chlidonias_leucopterus        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Chlidonias_niger              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sterna_caspia                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sitta_krueperi                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sitta_neumayer                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sitta_whiteheadi              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Certhia_brachydactyla         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Parus_cinctus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Parus_cyanus                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Parus_lugubris                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hirundo_daurica               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hirundo_rupestris             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pycnonotus_xanthopygos        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Cisticola_juncidis            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Prinia_gracilis               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Luscinia_calliope             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Luscinia_luscinia             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Luscinia_svecica              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Monticola_saxatilis           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Monticola_solitarius          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oenanthe_deserti              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oenanthe_finschii             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oenanthe_hispanica            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oenanthe_isabellina           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oenanthe_leucura              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oenanthe_pleschanka           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Oenanthe_xanthoprymna         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tarsiger_cyanurus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Turdus_ruficollis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Acrocephalus_agricola         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Acrocephalus_arundinaceus     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Acrocephalus_dumetorum        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Acrocephalus_melanopogon      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Acrocephalus_paludicola       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hippolais_caligata            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hippolais_icterina            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hippolais_languida            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hippolais_olivetorum          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hippolais_opaca               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hippolais_pallida             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Hippolais_polyglotta          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Locustella_lanceolata         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Locustella_luscinioides       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phylloscopus_bonelli          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phylloscopus_borealis         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phylloscopus_canariensis      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phylloscopus_fuscatus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phylloscopus_ibericus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phylloscopus_inornatus        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phylloscopus_sindianus        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Phylloscopus_trochiloides     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_cantillans             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_conspicillata          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_hortensis              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_melanocephala          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_melanothorax           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_mystacea               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_nana                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_nisoria                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_rueppelli              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Sylvia_sarda                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Ammomanes_deserti             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Calandrella_brachydactyla     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Calandrella_rufescens         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Chersophilus_duponti          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Eremophila_alpestris          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Galerida_cristata             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Galerida_theklae              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Melanocorypha_bimaculata      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Melanocorypha_calandra        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Melanocorypha_leucoptera      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Melanocorypha_yeltoniensis    ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Montifringilla_nivalis        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Passer_hispaniolensis         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Petronia_petronia             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Bucanetes_githagineus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Carduelis_hornemanni          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Carpodacus_erythrinus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Carpodacus_rubicilla          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Loxia_leucoptera              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Loxia_pytyopsittacus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pinicola_enucleator           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Pyrrhula_murina               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Rhodopechys_mongolicus        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Serinus_canaria               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Serinus_citrinella            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Serinus_pusillus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Serinus_serinus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Tichodroma_muraria            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Remiz_pendulinus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Prunella_atrogularis          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Prunella_collaris             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Prunella_montanella           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anthus_berthelotii            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anthus_campestris             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anthus_cervinus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anthus_hodgsoni               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Anthus_spinoletta             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Motacilla_citreola            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Calcarius_lapponicus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_aureola              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_bruniceps            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_caesia               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_cia                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_cineracea            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_hortulana            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_leucocephalos        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_melanocephala        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_pallasi              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_pusilla              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>        Emberiza_rustica              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>
> ;
>
> END;
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>        Title Imported_trees;
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>        TRANSLATE
>                1 Alectoris_barbara,
>                2 Alectoris_chuckar,
>                3 Alectoris_graeca,
>                4 Ammoperdix_griseogularis,
>                5 Bonasa_Bonasia,
>                6 Francolinus_francolinus,
>                7 Tetrao_mlokosiewiczi,
>                8 Tetraogallus_caspius,
>                9 Tetraogallus_caucasiucus,
>                10 Anser_albifrons,
>                11 Anser_brachyrhynchus,
>                12 Anser_erythropus,
>                13 Anser_fabalis,
>                14 Aythya_marila,
>                15 Aythya_nyroca,
>                16 Branta_bernicla,
>                17 Branta_canadensis,
>                18 Branta_leucopsis,
>                19 Branta_ruficollis,
>                20 Bucephala_islandica,
>                21 Chen_caerulescens,
>                22 Clangula_hyemalis,
>                23 Cygnus_columbianus,
>                24 Cygnus_cygnus,
>                25 Histrionicus_histrionicus,
>                26 Marmaronetta_angustirostris,
>                27 Melanitta_fusca,
>                28 Melanitta_perspicillata,
>                29 Netta_rufina,
>                30 Oxyura_leucocephala,
>                31 Polysticta_stelleri,
>                32 Somateria_spectabilis,
>                33 Tadorna_ferruginea,
>                34 Dendrocopos_leucotos,
>                35 Dendrocopos_medius,
>                36 Dendrocopos_syriacus,
>                37 Dryocopus_martius,
>                38 Jynx_torquilla,
>                39 Picoides_tridactylus,
>                40 Picus_canus,
>                41 Upupa_epops,
>                42 Coracias_garrulus,
>                43 Merops_apiaster,
>                44 Merops_persicus,
>                45 Ceryle_rudis,
>                46 Halcyon_smyrnensis,
>                47 Cuculus_optatus,
>                48 Apus_affinis,
>                49 Apus_caffer,
>                50 Apus_pallidus,
>                51 Apus_unicolor,
>                52 Tachymarptis_melba,
>                53 Aegolius_funereus,
>                54 Bubo_bubo,
>                55 Bubo_scandiaca,
>                56 Glaucidium_passerinum,
>                57 Ketupa_zeylonensis,
>                58 Otus_brucei,
>                59 Otus_scops,
>                60 Strix_nebulosa,
>                61 Strix_uralensis,
>                62 Surnia_ulula,
>                63 Caprimulgus_ruficollis,
>                64 Columba_bollii,
>                65 Columba_junoniae,
>                66 Columba_trocaz,
>                67 Stigmatopelia_senegalensis,
>                68 Chlamydotis_undulata,
>                69 Otis_tarda,
>                70 Tetrax_tetrax,
>                71 Grus_grus,
>                72 Grus_virgo,
>                73 Fulica_cristata,
>                74 Porphyrio_porphyrio,
>                75 Porzana_parva,
>                76 Porzana_pusilla,
>                77 Pterocles_alchata,
>                78 Pterocles_orientalis,
>                79 Arenaria_interpres,
>                80 Calidris_alba,
>                81 Calidris_bairdii,
>                82 Calidris_maritima,
>                83 Calidris_temminckii,
>                84 Gallinago_media,
>                85 Limicola_falcinellus,
>                86 Limosa_lapponica,
>                87 Lymnocryptes_minimus,
>                88 Phalaropus_fulicarius,
>                89 Tringa_erythropus,
>                90 Tringa_glareola,
>                91 Tringa_ochropus,
>                92 Tringa_stagnatilis,
>                93 Xenus_cinereus,
>                94 Charadrius_alexandrinus,
>                95 Charadrius_asiaticus,
>                96 Charadrius_leschenaultii,
>                97 Vanellus_indicus,
>                98 Vanellus_spinosus,
>                99 Cursorius_cursor,
>                100 Glareola_nordmanni,
>                101 Glareola_pratincola,
>                102 Larus_armenicus,
>                103 Larus_audouinii,
>                104 Larus_genei,
>                105 Larus_glaucoides,
>                106 Larus_hyperboreus,
>                107 Larus_ichthyaetus,
>                108 Larus_minutus,
>                109 Pagophila_eburnea,
>                110 Accipiter_badius,
>                111 Accipiter_brevipes,
>                112 Aegypius_monachus,
>                113 Aquila_adalberti,
>                114 Aquila_clanga,
>                115 Aquila_heliaca,
>                116 Aquila_nipalensis,
>                117 Aquila_pomarina,
>                118 Buteo_lagopus,
>                119 Buteo_rufinus,
>                120 Circaetus_gallicus,
>                121 Circus_macrourus,
>                122 Circus_pygargus,
>                123 Elanus_caeruleus,
>                124 Gypaetus_barbatus,
>                125 Gyps_fulvus,
>                126 Hieraaetus_fasciatus,
>                127 Hieraaetus_pennatus,
>                128 Milvus_migrans,
>                129 Neophron_percnopterus,
>                130 Alle_alle,
>                131 Uria_lomvia,
>                132 Himantopus_himantopus,
>                133 Falco_biarmicus,
>                134 Falco_cherrug,
>                135 Falco_eleonorae,
>                136 Falco_naumanni,
>                137 Falco_pelerinoides,
>                138 Falco_rusticolus,
>                139 Falco_vespertinus,
>                140 Podiceps_grisegena,
>                141 Phaethon_aethereus,
>                142 Phalacrocorax_pygmeus,
>                143 Ardea_purpurea,
>                144 Ardeola_ralloides,
>                145 Bubulcus_ibis,
>                146 Egretta_alba,
>                147 Ixobrychus_minutus,
>                148 Nycticorax_nycticorax,
>                149 Phoenicopterus_ruber,
>                150 Platalea_leucorodia,
>                151 Plegadis_falcinellus,
>                152 Pelecanus_crispus,
>                153 Pelecanus_onocrotalus,
>                154 Ciconia_ciconia,
>                155 Ciconia_nigra,
>                156 Fregata_magnificens,
>                157 Gavia_immer,
>                158 Oceanites_oceanicus,
>                159 Pelagodroma_marina,
>                160 Bulweria_bulwerii,
>                161 Calonectris_diomedea,
>                162 Pterodroma_feae,
>                163 Pterodroma_madeira,
>                164 Puffinus_assimilis,
>                165 Puffinus_gravis,
>                166 Puffinus_griseus,
>                167 Puffinus_mauretanicus,
>                168 Puffinus_yelkouan,
>                169 Lanius_collurio,
>                170 Lanius_excubitor,
>                171 Lanius_isabellinus,
>                172 Lanius_minor,
>                173 Lanius_nubicus,
>                174 Lanius_senator,
>                175 Cyanopica_cyanus,
>                176 Nucifraga_caryocatactes,
>                177 Perisoreus_infaustus,
>                178 Pyrrhocorax_graculus,
>                179 Sturnus_roseus,
>                180 Sturnus_unicolor,
>                181 Bombycilla_garrulus,
>                182 Cercotrichas_galactotes,
>                183 Ficedula_albicollis,
>                184 Ficedula_parva,
>                185 Chlidonias_hybrida,
>                186 Chlidonias_leucopterus,
>                187 Chlidonias_niger,
>                188 Sterna_caspia,
>                189 Sitta_krueperi,
>                190 Sitta_neumayer,
>                191 Sitta_whiteheadi,
>                192 Certhia_brachydactyla,
>                193 Parus_cinctus,
>                194 Parus_cyanus,
>                195 Parus_lugubris,
>                196 Hirundo_daurica,
>                197 Hirundo_rupestris,
>                198 Pycnonotus_xanthopygos,
>                199 Cisticola_juncidis,
>                200 Prinia_gracilis,
>                201 Luscinia_calliope,
>                202 Luscinia_luscinia,
>                203 Luscinia_svecica,
>                204 Monticola_saxatilis,
>                205 Monticola_solitarius,
>                206 Oenanthe_deserti,
>                207 Oenanthe_finschii,
>                208 Oenanthe_hispanica,
>                209 Oenanthe_isabellina,
>                210 Oenanthe_leucura,
>                211 Oenanthe_pleschanka,
>                212 Oenanthe_xanthoprymna,
>                213 Tarsiger_cyanurus,
>                214 Turdus_ruficollis,
>                215 Acrocephalus_agricola,
>                216 Acrocephalus_arundinaceus,
>                217 Acrocephalus_dumetorum,
>                218 Acrocephalus_melanopogon,
>                219 Acrocephalus_paludicola,
>                220 Hippolais_caligata,
>                221 Hippolais_icterina,
>                222 Hippolais_languida,
>                223 Hippolais_olivetorum,
>                224 Hippolais_opaca,
>                225 Hippolais_pallida,
>                226 Hippolais_polyglotta,
>                227 Locustella_lanceolata,
>                228 Locustella_luscinioides,
>                229 Phylloscopus_bonelli,
>                230 Phylloscopus_borealis,
>                231 Phylloscopus_canariensis,
>                232 Phylloscopus_fuscatus,
>                233 Phylloscopus_ibericus,
>                234 Phylloscopus_inornatus,
>                235 Phylloscopus_sindianus,
>                236 Phylloscopus_trochiloides,
>                237 Sylvia_cantillans,
>                238 Sylvia_conspicillata,
>                239 Sylvia_hortensis,
>                240 Sylvia_melanocephala,
>                241 Sylvia_melanothorax,
>                242 Sylvia_mystacea,
>                243 Sylvia_nana,
>                244 Sylvia_nisoria,
>                245 Sylvia_rueppelli,
>                246 Sylvia_sarda,
>                247 Ammomanes_deserti,
>                248 Calandrella_brachydactyla,
>                249 Calandrella_rufescens,
>                250 Chersophilus_duponti,
>                251 Eremophila_alpestris,
>                252 Galerida_cristata,
>                253 Galerida_theklae,
>                254 Melanocorypha_bimaculata,
>                255 Melanocorypha_calandra,
>                256 Melanocorypha_leucoptera,
>                257 Melanocorypha_yeltoniensis,
>                258 Montifringilla_nivalis,
>                259 Passer_hispaniolensis,
>                260 Petronia_petronia,
>                261 Bucanetes_githagineus,
>                262 Carduelis_hornemanni,
>                263 Carpodacus_erythrinus,
>                264 Carpodacus_rubicilla,
>                265 Loxia_leucoptera,
>                266 Loxia_pytyopsittacus,
>                267 Pinicola_enucleator,
>                268 Pyrrhula_murina,
>                269 Rhodopechys_mongolicus,
>                270 Serinus_canaria,
>                271 Serinus_citrinella,
>                272 Serinus_pusillus,
>                273 Serinus_serinus,
>                274 Tichodroma_muraria,
>                275 Remiz_pendulinus,
>                276 Prunella_atrogularis,
>                277 Prunella_collaris,
>                278 Prunella_montanella,
>                279 Anthus_berthelotii,
>                280 Anthus_campestris,
>                281 Anthus_cervinus,
>                282 Anthus_hodgsoni,
>                283 Anthus_spinoletta,
>                284 Motacilla_citreola,
>                285 Calcarius_lapponicus,
>                286 Emberiza_aureola,
>                287 Emberiza_bruniceps,
>                288 Emberiza_caesia,
>                289 Emberiza_cia,
>                290 Emberiza_cineracea,
>                291 Emberiza_hortulana,
>                292 Emberiza_leucocephalos,
>                293 Emberiza_melanocephala,
>                294 Emberiza_pallasi,
>                295 Emberiza_pusilla,
>                296 Emberiza_rustica;
>        TREE 'Imported tree 0+' =
> ((1:5.0,2:5.0,3:5.0):2.0,(4:5.0):2.0,(5:5.0):2.0,(6:5.0):2.0,(7:5.0):2.0,(8:5.0,9:5.0):2.0):22.9,(10:5.0,11:5.0,12:5.0,13:5.0):2.0):5.1,(((34:5.0,35:5.0,36:5.0,37:5.0):2.0,(38:5.0):2.0,(39:5.0):2.0,(40:5.0):2.0):26.3,((41:5.0):2.0):23.4,(((42:5.0):2.0):21.0,((43:5.0,44:5.0):2.0):19.7,((45:5.0):2.0,(46:5.0):2.0):19.7):1.3):2.4):1.6,(((47:5.0):2.0):23.7)),((48:5.0,49:5.0,50:5.0,51:5.0):2.0,(52:5.0):2.0):21.9,((((53:5.0):2.0,(54:5.0,55:5.0):2.0,(56:5.0):2.0,(57:5.0):2.0,(58:5.0,59:5.0):2.0,(60:5.0,61:5.0):2.0,(62:5.0):2.0):19.1,((63:5.0):2.0):19.1):2.8):0.6,((((64:5.0,65:5.0,66:5.0):2.0,(67:5.0):2.0):20.8,(((((68:5.0):2.0,(69:5.0):2.0,(70:5.0):2.0):16.9,((71:5.0,72:5.0):2.0):16.9):2.2,((73:5.0):2.0,(74:5.0):2.0,(75:5.0,76:5.0):2.0):19.1):1.0,((((77:5.0,78:5.0):2.0):17.1,(((79:5.0):2.0,(80:5.0,81:5.0,82:5.0,83:5.0):2.0,(84:5.0):2.0,(85:5.0):2.0,(86:5.0):2.0,(87:5.0):2.0,(88:5.0):2.0,(89:5.0,90:5.0,91:5.0,92:5.0):2.0,(93:5.0):2.0):15.6,(((94:5.0,95:5.0,96:5.0)2,(97:5.0,98:5.0):2.0
>  ):12.8,(((99):5.0):2.0,(100:5.0,101:5.0):2.0):8.1,((102:5.0,103:5.0,104:5.0,105:5.0,106:5.0,107:5.0,108:5.0):2.0,(109:5.0):2.0):8.1):4.7):2.8):1.5):1.6,((((110:5.0,111:5.0):2.0,(112:5.0):2.0,(113:5.0,114:5.0,115:5.0,116:5.0,117:5.0):2.0,(118:5.0,119:5.0):2.0,(120:5.0):2.0,(121:5.0,122:5.0):2.0,(123:5.0):2.0,(124:5.0):2.0,(125:5.0):2.0,(126:5.0,127:5.0):2.0,(128:5.0):2.0,(129:5.0):2.0):15.2,((130:5.0):2.0,(131:5.0):2.0):15.2,((132:5.0):2.0):15.2,((133:5.0,134:5.0,135:5.0,136:5.0,137:5.0,138:5.0,139:5.0):2.0):15.2):1.2,(((140:5.0):2.0):14.9,(((141:5.0):2.0):14.0,(((142:5.0):2.0):13.3,(((143:5.0):2.0,(144:5.0):2.0,(145:5.0):2.0,(146:5.0):2.0,(147:5.0):2.0,(148:5.0):2.0):12.4,(((149:5.0):2.0):11.5,(((150:5.0):2.0,(151:5.0):2.0):11.1,((((152:5.0,153:5.0):2.0):10.1,((154:5.0,155:5.0):2.0):10.1):0.8,(((156:5.0):2.0):10.7,(((157:5.0):2.0):10.0,((158:5.0):2.0,(159:5.0):2.0):10.0,((160:5.0):2.0,(161:5.0):2.0,(162:5.0):2.0,163:5.0):2.0,(164:5.0,165:5.0,166:5.0,167:5.0,168:5.0):2.0):10.
>  0):0.7):0.2):0.2):0.4):0.9):0.9):0.7):0.9):1.5):2.3):1.4):0.7):0.8,((((169:5.0,170:5.0,171:5.0,172:5.0,173:5.0,174:5.0):2.0):9.1,((175:5.0):2.0,(176:5.0):2.0,(177:5.0):2.0,(178:5.0):2.0,(179:5.0,180:5.0):2.0):9.1):3.7,((((181:5.0):2.0):10.6,(((182:5.0):2.0,(183:5.0,184:5.0):2.0):9.1,((185:5.0,186:5.0,187:5.0):2.0,(188:5.0):2.0):9.1):1.5):1.1,(((((189:5.0,190:5.0,191:5.0):2.0):10.0,((192:5.0):2.0):10.0):0.8,(((193:5.0,194:5.0,195:5.0):2.0):10.6,(((196:5.0,197:5.0):2.0):10.1,(((198:5.0):2.0):9.5,(((199:5.0):2.0,(200:5.0):2.0):9.4,((201:5.0,202:5.0,203:5.0):2.0,(204:5.0,205:5.0):2.0,(206:5.0,207:5.0,208:5.0,209:5.0,210:5.0,211:5.0,212:5.0):2.0,(213:5.0):2.0,214:7.0):9.4,((215:5.0,216:5.0,217:5.0,218:5.0,219:5.0):2.0,(220:5.0,221:5.0,222:5.0,223:5.0,224:5.0,225:5.0,226:5.0):2.0,(227:5.0,228:5.0):2.0,(229:5.0,230:5.0,231:5.0,232:5.0,233:5.0,234:5.0,235:5.0,236:5.0):2.0,(237:5.0,238:5.0,239:5.0,240:5.0,241:5.0,242:5.0,243:5.0,244:5.0,245:5.0,246:5.0):2.0):9.4):0.1):0.6):0.5):0.2):
>  0.3,(((247:5.0):2.0,(248:5.0,249:5.0):2.0,(250:5.0):2.0,(251:5.0):2.0,(252:5.0,253:5.0):2.0,(254:5.0,255:5.0,256:5.0,257:5.0):2.0):10.4,(((258:5.0,259:5.0,260:5.0):2.0):10.0,(261:5.0):2.0,(262:5.0):2.0,(263:5.0,264:5.0):2.0,(265:5.0,266:5.0):2.0,(267:5.0):2.0,(268:5.0):2.0,(269:5.0):2.0,(270:5.0,271:5.0,272:5.0,273:5.0):2.0):10.0,((274:5.0):2.0):10.0,((275:5.0):2.0):10.0,((276:5.0,277:5.0,278:5.0):2.0):10.0,((279:5.0,280:5.0,281:5.0,282:5.0,283:5.0):2.0,(284:5.0):2.0):10.0,(285:5.0):2.0,(286:5.0,287:5.0,288:5.0,289:5.0,290:5.0,291:5.0,292:5.0,293:5.0,294:5.0,295:5.0,296:5.0):2.0):10.0):0.4):0.7):0.6):1.1;
>
> END;
>
>
> BEGIN ASSUMPTIONS;
>        TYPESET * UNTITLED  (CHARACTERS = Categorical)  =  unord:  1 -  7;
> TYPESET * UNTITLED  (CHARACTERS = Continuous)  =  Squared:  1 -  10;
>
> END;
>
> BEGIN CODONS;
>        CODESET * UNTITLED  (CHARACTERS = Categorical)  =  universal:  1 -  7;
>
>
> END;
>
> BEGIN MESQUITECHARMODELS;
>        ProbModelSet * UNTITLED  (CHARACTERS = Categorical)  =  'Mk1 (est.)':  1 -  7;
> ProbModelSet * UNTITLED  (CHARACTERS = Continuous)  =  Brownian_default:  1 -
> 10;
> END;
>
> Begin MESQUITE;
>                MESQUITESCRIPTVERSION 2;
>                TITLE AUTO;
>                tell ProjectCoordinator;
>                getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
>                tell It;
>                        setID 0 7489305339335140846;
>                endTell;
>                getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
>                tell It;
>                        setID 0 3534675600459598498;
>                        checksum 0 500806229 null;
>                        setID 1 6456195826553758366;
>                        checksum 1 1538862558 null;
>                endTell;
>                getWindow;
>                tell It;
>                        setResourcesState false false 542;
>                        setPopoutState 400;
>                        setExplanationSize 0;
>                        setAnnotationSize 0;
>                        setFontIncAnnot 0;
>                        setFontIncExp 0;
>                        setSize 1425 800;
>                        setLocation 7 22;
>                        setFont SanSerif;
>                        setFontSize 10;
>                endTell;
>                getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
>                tell It;
>                        showTaxa #7489305339335140846 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
>                        tell It;
>                                setTaxa #7489305339335140846;
>                                getWindow;
>                                tell It;
>                                        newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
>                                        newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
>                                        getTable;
>                                        tell It;
>                                                rowNamesWidth 146;
>                                        endTell;
>                                        setExplanationSize 30;
>                                        setAnnotationSize 20;
>                                        setFontIncAnnot 0;
>                                        setFontIncExp 0;
>                                        setSize 883 733;
>                                        setLocation 7 22;
>                                        setFont SanSerif;
>                                        setFontSize 10;
>                                        getToolPalette;
>                                        tell It;
>                                        endTell;
>                                endTell;
>                                showWindow;
>                                getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
>                                tell It;
>                                        togglePanel off;
>                                endTell;
>                        endTell;
>                endTell;
>                getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
>                tell It;
>                        makeTreeWindow #7489305339335140846
> #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
>                        tell It;
>                                suppressEPCResponse;
>                                setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
>                                tell It;
>                                        setTreeBlock 1;
>                                        toggleUseWeights off;
>                                endTell;
>                                setAssignedID 4022.1227800525891.8782641391695494615;
>                                getTreeWindow;
>                                tell It;
>                                        setExplanationSize 30;
>                                        setAnnotationSize 20;
>                                        setFontIncAnnot 0;
>                                        setFontIncExp 0;
>                                        setSize 883 733;
>                                        setLocation 7 22;
>                                        setFont SanSerif;
>                                        setFontSize 10;
>                                        getToolPalette;
>                                        tell It;
>                                        endTell;
>                                        setActive;
>                                        getTreeDrawCoordinator
> #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
>                                tell It;
>                                        suppress;
>                                        setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree;
>                                        tell It;
>                                                setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
>                                                tell It;
>                                                        stretchToggle off;
>                                                        branchLengthsToggle off;
>                                                        toggleScale on;
>                                                        toggleBroadScale off;
>                                                        toggleCenter on;
>                                                        toggleEven on;
>                                                endTell;
>                                                setEdgeWidth 6;
>                                                orientUp;
>                                                toggleCorners off;
>                                        endTell;
>                                        setBackground White;
>                                        setBranchColor Black;
>                                        showNodeNumbers off;
>                                        showBranchColors on;
>                                        labelBranchLengths off;
>                                        centerBrLenLabels on;
>                                        showBrLensUnspecified on;
>                                        showBrLenLabelsOnTerminals on;
>                                        setBrLenLabelColor 0 0 255;
>                                        setNumBrLenDecimals 6;
>                                        desuppress;
>                                        getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
>                                        tell It;
>                                                setColor Black;
>                                                toggleColorPartition on;
>                                                toggleShadePartition off;
>                                                toggleNodeLabels on;
>                                                toggleCenterNodeNames off;
>                                                toggleShowNames on;
>                                                namesAngle ?;
>                                        endTell;
>                                endTell;
>                                        setTreeNumber 1;
>                                        setTree '(((((((1:5.0,2:5.0,3:5.0):2.0,(4:5.0):2.0,(5:5.0):2.0,(6:5.0):2.0,(7:5.0):2.0,(8:5.0,9:5.0):2.0):22.9,(10:5.0,11:5.0,12:5.0,13:5.0):2.0):5.1,(((34:5.0,35:5.0,36:5.0,37:5.0):2.0,(38:5.0):2.0,(39:5.0):2.0,(40:5.0):2.0):26.3,((41:5.0):2.0):23.4,(((42:5.0):2.0):21.0,((43:5.0,44:5.0):2.0):19.7,((45:5.0):2.0,(46:5.0):2.0):19.7):1.3):2.4):1.6,(((47:5.0):2.0):23.7)),((48:5.0,49:5.0,50:5.0,51:5.0):2.0,(52:5.0):2.0):21.9,((((53:5.0):2.0,(54:5.0,55:5.0):2.0,(56:5.0):2.0,(57:5.0):2.0,(58:5.0,59:5.0):2.0,(60:5.0,61:5.0):2.0,(62:5.0):2.0):19.1,((63:5.0):2.0):19.1):2.8):0.6,((((64:5.0,65:5.0,66:5.0):2.0,(67:5.0):2.0):20.8,(((((68:5.0):2.0,(69:5.0):2.0,(70:5.0):2.0):16.9,((71:5.0,72:5.0):2.0):16.9):2.2,((73:5.0):2.0,(74:5.0):2.0,(75:5.0,76:5.0):2.0):19.1):1.0,((((77:5.0,78:5.0):2.0):17.1,(((79:5.0):2.0,(80:5.0,81:5.0,82:5.0,83:5.0):2.0,(84:5.0):2.0,(85:5.0):2.0,(86:5.0):2.0,(87:5.0):2.0,(88:5.0):2.0,(89:5.0,90:5.0,91:5.0,92:5.0):2.0,(93:5.0):2.0):15.6,(((94:5.0,95:5.0,96:5.0)2,
>  (97:5.0,98:5.0):2.0):12.8,(((99):5.0):2.0,(100:5.0,101:5.0):2.0):8.1,((102:5.0,103:5.0,104:5.0,105:5.0,106:5.0,107:5.0,108:5.0):2.0,(109:5.0):2.0):8.1):4.7):2.8):1.5):1.6,((((110:5.0,111:5.0):2.0,(112:5.0):2.0,(113:5.0,114:5.0,115:5.0,116:5.0,117:5.0):2.0,(118:5.0,119:5.0):2.0,(120:5.0):2.0,(121:5.0,122:5.0):2.0,(123:5.0):2.0,(124:5.0):2.0,(125:5.0):2.0,(126:5.0,127:5.0):2.0,(128:5.0):2.0,(129:5.0):2.0):15.2,((130:5.0):2.0,(131:5.0):2.0):15.2,((132:5.0):2.0):15.2,((133:5.0,134:5.0,135:5.0,136:5.0,137:5.0,138:5.0,139:5.0):2.0):15.2):1.2,(((140:5.0):2.0):14.9,(((141:5.0):2.0):14.0,(((142:5.0):2.0):13.3,(((143:5.0):2.0,(144:5.0):2.0,(145:5.0):2.0,(146:5.0):2.0,(147:5.0):2.0,(148:5.0):2.0):12.4,(((149:5.0):2.0):11.5,(((150:5.0):2.0,(151:5.0):2.0):11.1,((((152:5.0,153:5.0):2.0):10.1,((154:5.0,155:5.0):2.0):10.1):0.8,(((156:5.0):2.0):10.7,(((157:5.0):2.0):10.0,((158:5.0):2.0,(159:5.0):2.0):10.0,((160:5.0):2.0,(161:5.0):2.0,(162:5.0):2.0,163:5.0):2.0,(164:5.0,165:5.0,166:5.0,167:5.
>  0,168:5.0):2.0):10.0):0.7):0.2):0.2):0.4):0.9):0.9):0.7):0.9):1.5):2.3):1.4):0.7):0.8,((((169:5.0,170:5.0,171:5.0,172:5.0,173:5.0,174:5.0):2.0):9.1,((175:5.0):2.0,(176:5.0):2.0,(177:5.0):2.0,(178:5.0):2.0,(179:5.0,180:5.0):2.0):9.1):3.7,((((181:5.0):2.0):10.6,(((182:5.0):2.0,(183:5.0,184:5.0):2.0):9.1,((185:5.0,186:5.0,187:5.0):2.0,(188:5.0):2.0):9.1):1.5):1.1,(((((189:5.0,190:5.0,191:5.0):2.0):10.0,((192:5.0):2.0):10.0):0.8,(((193:5.0,194:5.0,195:5.0):2.0):10.6,(((196:5.0,197:5.0):2.0):10.1,(((198:5.0):2.0):9.5,(((199:5.0):2.0,(200:5.0):2.0):9.4,((201:5.0,202:5.0,203:5.0):2.0,(204:5.0,205:5.0):2.0,(206:5.0,207:5.0,208:5.0,209:5.0,210:5.0,211:5.0,212:5.0):2.0,(213:5.0):2.0,214:7.0):9.4,((215:5.0,216:5.0,217:5.0,218:5.0,219:5.0):2.0,(220:5.0,221:5.0,222:5.0,223:5.0,224:5.0,225:5.0,226:5.0):2.0,(227:5.0,228:5.0):2.0,(229:5.0,230:5.0,231:5.0,232:5.0,233:5.0,234:5.0,235:5.0,236:5.0):2.0,(237:5.0,238:5.0,239:5.0,240:5.0,241:5.0,242:5.0,243:5.0,244:5.0,245:5.0,246:5.0):2.0):9.4):0
>  .1):0.6):0.5):0.2):0.3,(((247:5.0):2.0,(248:5.0,249:5.0):2.0,(250:5.0):2.0,(251:5.0):2.0,(252:5.0,253:5.0):2.0,(254:5.0,255:5.0,256:5.0,257:5.0):2.0):10.4,(((258:5.0,259:5.0,260:5.0):2.0):10.0,(261:5.0):2.0,(262:5.0):2.0,(263:5.0,264:5.0):2.0,(265:5.0,266:5.0):2.0,(267:5.0):2.0,(268:5.0):2.0,(269:5.0):2.0,(270:5.0,271:5.0,272:5.0,273:5.0):2.0):10.0,((274:5.0):2.0):10.0,((275:5.0):2.0):10.0,((276:5.0,277:5.0,278:5.0):2.0):10.0,((279:5.0,280:5.0,281:5.0,282:5.0,283:5.0):2.0,(284:5.0):2.0):10.0,(285:5.0):2.0,(286:5.0,287:5.0,288:5.0,289:5.0,290:5.0,291:5.0,292:5.0,293:5.0,294:5.0,295:5.0,296:5.0):2.0):10.0):0.4):0.7):0.6):1.1;';
>                                        useSuggestedSize on;
>                                        toggleTextOnTree off;
>                                        showWindow;
>                                endTell;
>                                desuppressEPCResponse;
>                                getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
>                                tell It;
>                                        setColor Red;
>                                        removeColor off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
>                                tell It;
>                                        setAlwaysOn off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
>                                tell It;
>                                        colorByPartition off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
>                                tell It;
>                                        setOn on;
>                                        setDigits 4;
>                                        writeAsPercentage off;
>                                        toggleCentred on;
>                                        toggleHorizontal on;
>                                        setFontSize 10;
>                                        setOffset 0  0;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
>                                tell It;
>                                        panelOpen false;
>                                endTell;
>                        endTell;
>                endTell;
>                getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
>                tell It;
>                        showDataWindow #3534675600459598498
> #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
>                        tell It;
>                                getWindow;
>                                tell It;
>                                        setExplanationSize 30;
>                                        setAnnotationSize 20;
>                                        setFontIncAnnot 0;
>                                        setFontIncExp 0;
>                                        setSize 883 733;
>                                        setLocation 7 22;
>                                        setFont SanSerif;
>                                        setFontSize 10;
>                                        getToolPalette;
>                                        tell It;
>                                        endTell;
>                                        setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
>                                        colorCells  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
>                                        colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
>                                        colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
>                                        colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
>                                        setBackground White;
>                                        toggleShowNames on;
>                                        toggleShowTaxonNames on;
>                                        toggleTight off;
>                                        toggleShowChanges on;
>                                        toggleSeparateLines off;
>                                        toggleShowStates on;
>                                        toggleAutoWCharNames on;
>                                        toggleShowDefaultCharNames off;
>                                        toggleConstrainCW on;
>                                        toggleBirdsEye off;
>                                        toggleAllowAutosize on;
>                                        toggleColorsPanel off;
>                                        toggleDiagonal on;
>                                        setDiagonalHeight 80;
>                                        toggleLinkedScrolling on;
>                                        toggleScrollLinkedTables off;
>                                endTell;
>                                showWindow;
>                                getWindow;
>                                tell It;
>                                        forceAutosize;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
>                                tell It;
>                                        setColor Red;
>                                        removeColor off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
>                                tell It;
>                                        showStrip off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
>                                tell It;
>                                        togglePanel off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
>                                tell It;
>                                        showStrip off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
>                                tell It;
>                                        autotabOff;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.categ.SmallStateNamesEditor.SmallStateNamesEditor;
>                                tell It;
>                                        panelOpen true;
>                                endTell;
>                        endTell;
>                        showDataWindow #6456195826553758366
> #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
>                        tell It;
>                                getWindow;
>                                tell It;
>                                        setExplanationSize 30;
>                                        setAnnotationSize 20;
>                                        setFontIncAnnot 0;
>                                        setFontIncExp 0;
>                                        setSize 883 733;
>                                        setLocation 7 22;
>                                        setFont SanSerif;
>                                        setFontSize 10;
>                                        getToolPalette;
>                                        tell It;
>                                        endTell;
>                                        setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
>                                        colorCells  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
>                                        colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
>                                        colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
>                                        colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
>                                        setBackground White;
>                                        toggleShowNames on;
>                                        toggleShowTaxonNames on;
>                                        toggleTight off;
>                                        toggleShowChanges on;
>                                        toggleSeparateLines off;
>                                        toggleShowStates on;
>                                        toggleAutoWCharNames on;
>                                        toggleShowDefaultCharNames off;
>                                        toggleConstrainCW on;
>                                        toggleBirdsEye off;
>                                        toggleAllowAutosize on;
>                                        toggleColorsPanel off;
>                                        toggleLinkedScrolling on;
>                                        toggleScrollLinkedTables off;
>                                endTell;
>                                showWindow;
>                                getWindow;
>                                tell It;
>                                        forceAutosize;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
>                                tell It;
>                                        setColor Red;
>                                        removeColor off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
>                                tell It;
>                                        togglePanel off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
>                                tell It;
>                                        showStrip off;
>                                endTell;
>                                getEmployee #mesquite.cont.ItemsEditorForInfoPanel.ItemsEditorForInfoPanel;
>                                tell It;
>                                        panelOpen false;
>                                endTell;
>                        endTell;
>                endTell;
>                endTell;
> end;
>
> ______________________________________________
> R-devel at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-devel
>



[Rd] Unable to plot or analyse phylogeny (PR#13345)
Peter Cowan