From ecg503 at york.ac.uk  Fri Nov 28 15:55:10 2008
From: ecg503 at york.ac.uk (ecg503 at york.ac.uk)
Date: Fri, 28 Nov 2008 15:55:10 +0100 (CET)
Subject: [Rd] Unable to plot or analyse phylogeny (PR#13345)
Message-ID: <20081128145510.75BE0282EFF6@mail.pubhealth.ku.dk>

Full_Name: Emily Green
Version: 2.8.0 GUI 1.26
OS: MacBrook Pro with 2.5 GHz processor, using Mac OS X 10.5.5
Submission from: (NULL) (144.32.69.137)


I am wanting to correct for phylogeny using a phylogenetic tree of 296 birds
species, which I have constructed myself. The file format is correct and I have
checked its display in Mesquite, which exported the nexus file (I've pasted the
text of the file at the end of this message, the matrices are purposefully
blank). As a text file this looks absolutely fine to me. R can at least read the
tree fine using read.tree to produce the following:
> sa<-read.nexus("sa_r.txt.nex")
> summary(sa)
Phylogenetic tree: sa 

  Number of tips: 296 
  Number of nodes: 239 
  Branch lengths:
    mean: NA 
    variance: NA 
    distribution summary:
     Min.   1st Qu.    Median   3rd Qu.      Max.      NA's 
8.00e-202 8.00e-202  2.00e+00  5.00e+00  2.63e+01  3.00e+00 
  Root edge: 1.1 
  First ten tip labels: Alectoris_barbara 
                        Alectoris_chuckar
                        Alectoris_graeca
                        Ammoperdix_griseogularis
                        Bonasa_Bonasia
                        Francolinus_francolinus
                        Tetrao_mlokosiewiczi
                        Tetraogallus_caspius
                        Tetraogallus_caucasiucus
                        Anser_albifrons
  First ten node labels: 0 
                         0
                         0
                         0
                         0
                         0
                         0
                         0
                         0
                         0

I was a bit worried as to why no mean or variance of branch length was produced,
when these are all present in the nexus file and Mesquite can recognise them.
But I proceeded to attempt to plot the tree in R to check it displayed correctly
here. This is something I've done before in R with smaller trees and it worked
fine. But with this tree it produced the following error:
> plot.phylo(sa)
Error: cannot allocate vector of size 1.4 Gb
R(539,0xa0810fa0) malloc: *** mmap(size=1488809984) failed (error code=12)
*** error: can't allocate region
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
R(539,0xa0810fa0) malloc: *** mmap(size=1488809984) failed (error code=12)
*** error: can't allocate region
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug

The same problem comes up when I try to run an autocorrelative model with some
dummy continuous data. (I've tried many different functions, all produce similar
error responses):
> Moran.I(dummy$dist, cophenetic(sa))
Error: cannot allocate vector of size 1.4 Gb
R(539,0xa0810fa0) malloc: *** mmap(size=1488809984) failed (error code=12)
*** error: can't allocate region
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
R(539,0xa0810fa0) malloc: *** mmap(size=1488809984) failed (error code=12)
*** error: can't allocate region
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug

I fear my tree may be too big to handle, but this is my dataset and I wanted to
make use of the range and power of R's analytical capabilites over other
programs like Mesquite.
If you can solve my problem I'd be very very grateful.
Cheers,
Emily


PS - the text of the nexus file
#NEXUS
[written Thu Nov 27 17:49:33 GMT 2008 by Mesquite  version 2.5 (build j77) at
sns69-198.york.ac.uk/144.32.69.198]

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=296;
	TAXLABELS
		Alectoris_barbara Alectoris_chuckar Alectoris_graeca Ammoperdix_griseogularis
Bonasa_Bonasia Francolinus_francolinus Tetrao_mlokosiewiczi Tetraogallus_caspius
Tetraogallus_caucasiucus Anser_albifrons Anser_brachyrhynchus Anser_erythropus
Anser_fabalis Aythya_marila Aythya_nyroca Branta_bernicla Branta_canadensis
Branta_leucopsis Branta_ruficollis Bucephala_islandica Chen_caerulescens
Clangula_hyemalis Cygnus_columbianus Cygnus_cygnus Histrionicus_histrionicus
Marmaronetta_angustirostris Melanitta_fusca Melanitta_perspicillata Netta_rufina
Oxyura_leucocephala Polysticta_stelleri Somateria_spectabilis Tadorna_ferruginea
Dendrocopos_leucotos Dendrocopos_medius Dendrocopos_syriacus Dryocopus_martius
Jynx_torquilla Picoides_tridactylus Picus_canus Upupa_epops Coracias_garrulus
Merops_apiaster Merops_persicus Ceryle_rudis Halcyon_smyrnensis Cuculus_optatus
Apus_affinis Apus_caffer Apus_pallidus Apus_unicolor Tachymarptis_melba
Aegolius_funereus Bubo_bubo Bubo_scandiaca Glaucidium_passerinum
Ketupa_zeylonensis Otus_brucei Otus_scops Strix_nebulosa Strix_uralensis
Surnia_ulula Caprimulgus_ruficollis Columba_bollii Columba_junoniae
Columba_trocaz Stigmatopelia_senegalensis Chlamydotis_undulata Otis_tarda
Tetrax_tetrax Grus_grus Grus_virgo Fulica_cristata Porphyrio_porphyrio
Porzana_parva Porzana_pusilla Pterocles_alchata Pterocles_orientalis
Arenaria_interpres Calidris_alba Calidris_bairdii Calidris_maritima
Calidris_temminckii Gallinago_media Limicola_falcinellus Limosa_lapponica
Lymnocryptes_minimus Phalaropus_fulicarius Tringa_erythropus Tringa_glareola
Tringa_ochropus Tringa_stagnatilis Xenus_cinereus Charadrius_alexandrinus
Charadrius_asiaticus Charadrius_leschenaultii Vanellus_indicus Vanellus_spinosus
Cursorius_cursor Glareola_nordmanni Glareola_pratincola Larus_armenicus
Larus_audouinii Larus_genei Larus_glaucoides Larus_hyperboreus Larus_ichthyaetus
Larus_minutus Pagophila_eburnea Accipiter_badius Accipiter_brevipes
Aegypius_monachus Aquila_adalberti Aquila_clanga Aquila_heliaca
Aquila_nipalensis Aquila_pomarina Buteo_lagopus Buteo_rufinus Circaetus_gallicus
Circus_macrourus Circus_pygargus Elanus_caeruleus Gypaetus_barbatus Gyps_fulvus
Hieraaetus_fasciatus Hieraaetus_pennatus Milvus_migrans Neophron_percnopterus
Alle_alle Uria_lomvia Himantopus_himantopus Falco_biarmicus Falco_cherrug
Falco_eleonorae Falco_naumanni Falco_pelerinoides Falco_rusticolus
Falco_vespertinus Podiceps_grisegena Phaethon_aethereus Phalacrocorax_pygmeus
Ardea_purpurea Ardeola_ralloides Bubulcus_ibis Egretta_alba Ixobrychus_minutus
Nycticorax_nycticorax Phoenicopterus_ruber Platalea_leucorodia
Plegadis_falcinellus Pelecanus_crispus Pelecanus_onocrotalus Ciconia_ciconia
Ciconia_nigra Fregata_magnificens Gavia_immer Oceanites_oceanicus
Pelagodroma_marina Bulweria_bulwerii Calonectris_diomedea Pterodroma_feae
Pterodroma_madeira Puffinus_assimilis Puffinus_gravis Puffinus_griseus
Puffinus_mauretanicus Puffinus_yelkouan Lanius_collurio Lanius_excubitor
Lanius_isabellinus Lanius_minor Lanius_nubicus Lanius_senator Cyanopica_cyanus
Nucifraga_caryocatactes Perisoreus_infaustus Pyrrhocorax_graculus Sturnus_roseus
Sturnus_unicolor Bombycilla_garrulus Cercotrichas_galactotes Ficedula_albicollis
Ficedula_parva Chlidonias_hybrida Chlidonias_leucopterus Chlidonias_niger
Sterna_caspia Sitta_krueperi Sitta_neumayer Sitta_whiteheadi
Certhia_brachydactyla Parus_cinctus Parus_cyanus Parus_lugubris Hirundo_daurica
Hirundo_rupestris Pycnonotus_xanthopygos Cisticola_juncidis Prinia_gracilis
Luscinia_calliope Luscinia_luscinia Luscinia_svecica Monticola_saxatilis
Monticola_solitarius Oenanthe_deserti Oenanthe_finschii Oenanthe_hispanica
Oenanthe_isabellina Oenanthe_leucura Oenanthe_pleschanka Oenanthe_xanthoprymna
Tarsiger_cyanurus Turdus_ruficollis Acrocephalus_agricola
Acrocephalus_arundinaceus Acrocephalus_dumetorum Acrocephalus_melanopogon
Acrocephalus_paludicola Hippolais_caligata Hippolais_icterina Hippolais_languida
Hippolais_olivetorum Hippolais_opaca Hippolais_pallida Hippolais_polyglotta
Locustella_lanceolata Locustella_luscinioides Phylloscopus_bonelli
Phylloscopus_borealis Phylloscopus_canariensis Phylloscopus_fuscatus
Phylloscopus_ibericus Phylloscopus_inornatus Phylloscopus_sindianus
Phylloscopus_trochiloides Sylvia_cantillans Sylvia_conspicillata
Sylvia_hortensis Sylvia_melanocephala Sylvia_melanothorax Sylvia_mystacea
Sylvia_nana Sylvia_nisoria Sylvia_rueppelli Sylvia_sarda Ammomanes_deserti
Calandrella_brachydactyla Calandrella_rufescens Chersophilus_duponti
Eremophila_alpestris Galerida_cristata Galerida_theklae Melanocorypha_bimaculata
Melanocorypha_calandra Melanocorypha_leucoptera Melanocorypha_yeltoniensis
Montifringilla_nivalis Passer_hispaniolensis Petronia_petronia
Bucanetes_githagineus Carduelis_hornemanni Carpodacus_erythrinus
Carpodacus_rubicilla Loxia_leucoptera Loxia_pytyopsittacus Pinicola_enucleator
Pyrrhula_murina Rhodopechys_mongolicus Serinus_canaria Serinus_citrinella
Serinus_pusillus Serinus_serinus Tichodroma_muraria Remiz_pendulinus
Prunella_atrogularis Prunella_collaris Prunella_montanella Anthus_berthelotii
Anthus_campestris Anthus_cervinus Anthus_hodgsoni Anthus_spinoletta
Motacilla_citreola Calcarius_lapponicus Emberiza_aureola Emberiza_bruniceps
Emberiza_caesia Emberiza_cia Emberiza_cineracea Emberiza_hortulana
Emberiza_leucocephalos Emberiza_melanocephala Emberiza_pallasi Emberiza_pusilla
Emberiza_rustica 
	;

END;


BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Categorical;
	DIMENSIONS  NCHAR=7;
	FORMAT DATATYPE = STANDARD GAP = - MISSING = ? SYMBOLS = "  0 1";
	MATRIX
	Alectoris_barbara            ???????
	Alectoris_chuckar            ???????
	Alectoris_graeca             ???????
	Ammoperdix_griseogularis     ???????
	Bonasa_Bonasia               ???????
	Francolinus_francolinus      ???????
	Tetrao_mlokosiewiczi         ???????
	Tetraogallus_caspius         ???????
	Tetraogallus_caucasiucus     ???????
	Anser_albifrons              ???????
	Anser_brachyrhynchus         ???????
	Anser_erythropus             ???????
	Anser_fabalis                ???????
	Aythya_marila                ???????
	Aythya_nyroca                ???????
	Branta_bernicla              ???????
	Branta_canadensis            ???????
	Branta_leucopsis             ???????
	Branta_ruficollis            ???????
	Bucephala_islandica          ???????
	Chen_caerulescens            ???????
	Clangula_hyemalis            ???????
	Cygnus_columbianus           ???????
	Cygnus_cygnus                ???????
	Histrionicus_histrionicus    ???????
	Marmaronetta_angustirostris  ???????
	Melanitta_fusca              ???????
	Melanitta_perspicillata      ???????
	Netta_rufina                 ???????
	Oxyura_leucocephala          ???????
	Polysticta_stelleri          ???????
	Somateria_spectabilis        ???????
	Tadorna_ferruginea           ???????
	Dendrocopos_leucotos         ???????
	Dendrocopos_medius           ???????
	Dendrocopos_syriacus         ???????
	Dryocopus_martius            ???????
	Jynx_torquilla               ???????
	Picoides_tridactylus         ???????
	Picus_canus                  ???????
	Upupa_epops                  ???????
	Coracias_garrulus            ???????
	Merops_apiaster              ???????
	Merops_persicus              ???????
	Ceryle_rudis                 ???????
	Halcyon_smyrnensis           ???????
	Cuculus_optatus              ???????
	Apus_affinis                 ???????
	Apus_caffer                  ???????
	Apus_pallidus                ???????
	Apus_unicolor                ???????
	Tachymarptis_melba           ???????
	Aegolius_funereus            ???????
	Bubo_bubo                    ???????
	Bubo_scandiaca               ???????
	Glaucidium_passerinum        ???????
	Ketupa_zeylonensis           ???????
	Otus_brucei                  ???????
	Otus_scops                   ???????
	Strix_nebulosa               ???????
	Strix_uralensis              ???????
	Surnia_ulula                 ???????
	Caprimulgus_ruficollis       ???????
	Columba_bollii               ???????
	Columba_junoniae             ???????
	Columba_trocaz               ???????
	Stigmatopelia_senegalensis   ???????
	Chlamydotis_undulata         ???????
	Otis_tarda                   ???????
	Tetrax_tetrax                ???????
	Grus_grus                    ???????
	Grus_virgo                   ???????
	Fulica_cristata              ???????
	Porphyrio_porphyrio          ???????
	Porzana_parva                ???????
	Porzana_pusilla              ???????
	Pterocles_alchata            ???????
	Pterocles_orientalis         ???????
	Arenaria_interpres           ???????
	Calidris_alba                ???????
	Calidris_bairdii             ???????
	Calidris_maritima            ???????
	Calidris_temminckii          ???????
	Gallinago_media              ???????
	Limicola_falcinellus         ???????
	Limosa_lapponica             ???????
	Lymnocryptes_minimus         ???????
	Phalaropus_fulicarius        ???????
	Tringa_erythropus            ???????
	Tringa_glareola              ???????
	Tringa_ochropus              ???????
	Tringa_stagnatilis           ???????
	Xenus_cinereus               ???????
	Charadrius_alexandrinus      ???????
	Charadrius_asiaticus         ???????
	Charadrius_leschenaultii     ???????
	Vanellus_indicus             ???????
	Vanellus_spinosus            ???????
	Cursorius_cursor             ???????
	Glareola_nordmanni           ???????
	Glareola_pratincola          ???????
	Larus_armenicus              ???????
	Larus_audouinii              ???????
	Larus_genei                  ???????
	Larus_glaucoides             ???????
	Larus_hyperboreus            ???????
	Larus_ichthyaetus            ???????
	Larus_minutus                ???????
	Pagophila_eburnea            ???????
	Accipiter_badius             ???????
	Accipiter_brevipes           ???????
	Aegypius_monachus            ???????
	Aquila_adalberti             ???????
	Aquila_clanga                ???????
	Aquila_heliaca               ???????
	Aquila_nipalensis            ???????
	Aquila_pomarina              ???????
	Buteo_lagopus                ???????
	Buteo_rufinus                ???????
	Circaetus_gallicus           ???????
	Circus_macrourus             ???????
	Circus_pygargus              ???????
	Elanus_caeruleus             ???????
	Gypaetus_barbatus            ???????
	Gyps_fulvus                  ???????
	Hieraaetus_fasciatus         ???????
	Hieraaetus_pennatus          ???????
	Milvus_migrans               ???????
	Neophron_percnopterus        ???????
	Alle_alle                    ???????
	Uria_lomvia                  ???????
	Himantopus_himantopus        ???????
	Falco_biarmicus              ???????
	Falco_cherrug                ???????
	Falco_eleonorae              ???????
	Falco_naumanni               ???????
	Falco_pelerinoides           ???????
	Falco_rusticolus             ???????
	Falco_vespertinus            ???????
	Podiceps_grisegena           ???????
	Phaethon_aethereus           ???????
	Phalacrocorax_pygmeus        ???????
	Ardea_purpurea               ???????
	Ardeola_ralloides            ???????
	Bubulcus_ibis                ???????
	Egretta_alba                 ???????
	Ixobrychus_minutus           ???????
	Nycticorax_nycticorax        ???????
	Phoenicopterus_ruber         ???????
	Platalea_leucorodia          ???????
	Plegadis_falcinellus         ???????
	Pelecanus_crispus            ???????
	Pelecanus_onocrotalus        ???????
	Ciconia_ciconia              ???????
	Ciconia_nigra                ???????
	Fregata_magnificens          ???????
	Gavia_immer                  ???????
	Oceanites_oceanicus          ???????
	Pelagodroma_marina           ???????
	Bulweria_bulwerii            ???????
	Calonectris_diomedea         ???????
	Pterodroma_feae              ???????
	Pterodroma_madeira           ???????
	Puffinus_assimilis           ???????
	Puffinus_gravis              ???????
	Puffinus_griseus             ???????
	Puffinus_mauretanicus        ???????
	Puffinus_yelkouan            ???????
	Lanius_collurio              ???????
	Lanius_excubitor             ???????
	Lanius_isabellinus           ???????
	Lanius_minor                 ???????
	Lanius_nubicus               ???????
	Lanius_senator               ???????
	Cyanopica_cyanus             ???????
	Nucifraga_caryocatactes      ???????
	Perisoreus_infaustus         ???????
	Pyrrhocorax_graculus         ???????
	Sturnus_roseus               ???????
	Sturnus_unicolor             ???????
	Bombycilla_garrulus          ???????
	Cercotrichas_galactotes      ???????
	Ficedula_albicollis          ???????
	Ficedula_parva               ???????
	Chlidonias_hybrida           ???????
	Chlidonias_leucopterus       ???????
	Chlidonias_niger             ???????
	Sterna_caspia                ???????
	Sitta_krueperi               ???????
	Sitta_neumayer               ???????
	Sitta_whiteheadi             ???????
	Certhia_brachydactyla        ???????
	Parus_cinctus                ???????
	Parus_cyanus                 ???????
	Parus_lugubris               ???????
	Hirundo_daurica              ???????
	Hirundo_rupestris            ???????
	Pycnonotus_xanthopygos       ???????
	Cisticola_juncidis           ???????
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	Luscinia_calliope            ???????
	Luscinia_luscinia            ???????
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	Monticola_saxatilis          ???????
	Monticola_solitarius         ???????
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	Oenanthe_isabellina          ???????
	Oenanthe_leucura             ???????
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	Oenanthe_xanthoprymna        ???????
	Tarsiger_cyanurus            ???????
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	Acrocephalus_agricola        ???????
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	Carpodacus_rubicilla         ???????
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	Loxia_pytyopsittacus         ???????
	Pinicola_enucleator          ???????
	Pyrrhula_murina              ???????
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	Serinus_serinus              ???????
	Tichodroma_muraria           ???????
	Remiz_pendulinus             ???????
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	Anthus_cervinus              ???????
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	Anthus_spinoletta            ???????
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	Emberiza_cineracea           ???????
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END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Continuous;
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	Anser_erythropus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Branta_ruficollis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Chen_caerulescens             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Clangula_hyemalis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Cygnus_columbianus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Cygnus_cygnus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Marmaronetta_angustirostris   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Melanitta_fusca               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Melanitta_perspicillata       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Netta_rufina                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oxyura_leucocephala           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Polysticta_stelleri           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Somateria_spectabilis         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Tadorna_ferruginea            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Dendrocopos_leucotos          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Dendrocopos_medius            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Dendrocopos_syriacus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Dryocopus_martius             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Jynx_torquilla                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Picoides_tridactylus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Merops_apiaster               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Merops_persicus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Halcyon_smyrnensis            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Cuculus_optatus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Arenaria_interpres            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Calidris_alba                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Phalaropus_fulicarius         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Charadrius_leschenaultii      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Glareola_nordmanni            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Glareola_pratincola           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Larus_armenicus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Larus_genei                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Larus_glaucoides              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Larus_hyperboreus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Larus_ichthyaetus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Larus_minutus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pagophila_eburnea             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Aegypius_monachus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Aquila_adalberti              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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	Aquila_heliaca                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Aquila_nipalensis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Aquila_pomarina               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Buteo_lagopus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Buteo_rufinus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Circaetus_gallicus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Circus_macrourus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Circus_pygargus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Elanus_caeruleus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Gypaetus_barbatus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Gyps_fulvus                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hieraaetus_fasciatus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hieraaetus_pennatus           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Milvus_migrans                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Neophron_percnopterus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Alle_alle                     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Uria_lomvia                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Himantopus_himantopus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Falco_biarmicus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Falco_cherrug                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Falco_eleonorae               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Falco_naumanni                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Falco_pelerinoides            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Falco_rusticolus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Falco_vespertinus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Podiceps_grisegena            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phaethon_aethereus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phalacrocorax_pygmeus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Ardea_purpurea                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Ardeola_ralloides             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Bubulcus_ibis                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Egretta_alba                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Ixobrychus_minutus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Nycticorax_nycticorax         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phoenicopterus_ruber          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Platalea_leucorodia           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Plegadis_falcinellus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pelecanus_crispus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pelecanus_onocrotalus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Ciconia_ciconia               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Ciconia_nigra                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Fregata_magnificens           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Gavia_immer                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oceanites_oceanicus           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pelagodroma_marina            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Bulweria_bulwerii             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Calonectris_diomedea          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pterodroma_feae               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pterodroma_madeira            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Puffinus_assimilis            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Puffinus_gravis               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Puffinus_griseus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Puffinus_mauretanicus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Puffinus_yelkouan             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Lanius_collurio               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Lanius_excubitor              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Lanius_isabellinus            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Lanius_minor                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Lanius_nubicus                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Lanius_senator                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Cyanopica_cyanus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Nucifraga_caryocatactes       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Perisoreus_infaustus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pyrrhocorax_graculus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sturnus_roseus                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sturnus_unicolor              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Bombycilla_garrulus           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Cercotrichas_galactotes       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Ficedula_albicollis           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Ficedula_parva                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Chlidonias_hybrida            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Chlidonias_leucopterus        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Chlidonias_niger              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sterna_caspia                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sitta_krueperi                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sitta_neumayer                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sitta_whiteheadi              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Certhia_brachydactyla         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Parus_cinctus                 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Parus_cyanus                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Parus_lugubris                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hirundo_daurica               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hirundo_rupestris             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pycnonotus_xanthopygos        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Cisticola_juncidis            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Prinia_gracilis               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Luscinia_calliope             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Luscinia_luscinia             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Luscinia_svecica              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Monticola_saxatilis           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Monticola_solitarius          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oenanthe_deserti              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oenanthe_finschii             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oenanthe_hispanica            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oenanthe_isabellina           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oenanthe_leucura              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oenanthe_pleschanka           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Oenanthe_xanthoprymna         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Tarsiger_cyanurus             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Turdus_ruficollis             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Acrocephalus_agricola         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Acrocephalus_arundinaceus     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Acrocephalus_dumetorum        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Acrocephalus_melanopogon      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Acrocephalus_paludicola       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hippolais_caligata            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hippolais_icterina            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hippolais_languida            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hippolais_olivetorum          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hippolais_opaca               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hippolais_pallida             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Hippolais_polyglotta          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Locustella_lanceolata         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Locustella_luscinioides       ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phylloscopus_bonelli          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phylloscopus_borealis         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phylloscopus_canariensis      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phylloscopus_fuscatus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phylloscopus_ibericus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phylloscopus_inornatus        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phylloscopus_sindianus        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Phylloscopus_trochiloides     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_cantillans             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_conspicillata          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_hortensis              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_melanocephala          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_melanothorax           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_mystacea               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_nana                   ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_nisoria                ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_rueppelli              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Sylvia_sarda                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Ammomanes_deserti             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Calandrella_brachydactyla     ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Calandrella_rufescens         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Chersophilus_duponti          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Eremophila_alpestris          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Galerida_cristata             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Galerida_theklae              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Melanocorypha_bimaculata      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Melanocorypha_calandra        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Melanocorypha_leucoptera      ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Melanocorypha_yeltoniensis    ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Montifringilla_nivalis        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Passer_hispaniolensis         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Petronia_petronia             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Bucanetes_githagineus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Carduelis_hornemanni          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Carpodacus_erythrinus         ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Carpodacus_rubicilla          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Loxia_leucoptera              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Loxia_pytyopsittacus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pinicola_enucleator           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Pyrrhula_murina               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Rhodopechys_mongolicus        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Serinus_canaria               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Serinus_citrinella            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Serinus_pusillus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Serinus_serinus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Tichodroma_muraria            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Remiz_pendulinus              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Prunella_atrogularis          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Prunella_collaris             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Prunella_montanella           ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Anthus_berthelotii            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Anthus_campestris             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Anthus_cervinus               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Anthus_hodgsoni               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Anthus_spinoletta             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Motacilla_citreola            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Calcarius_lapponicus          ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_aureola              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_bruniceps            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_caesia               ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_cia                  ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_cineracea            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_hortulana            ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_leucocephalos        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_melanocephala        ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_pallasi              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_pusilla              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
	Emberiza_rustica              ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

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BEGIN TREES;
	Title Imported_trees;
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		1 Alectoris_barbara,
		2 Alectoris_chuckar,
		3 Alectoris_graeca,
		4 Ammoperdix_griseogularis,
		5 Bonasa_Bonasia,
		6 Francolinus_francolinus,
		7 Tetrao_mlokosiewiczi,
		8 Tetraogallus_caspius,
		9 Tetraogallus_caucasiucus,
		10 Anser_albifrons,
		11 Anser_brachyrhynchus,
		12 Anser_erythropus,
		13 Anser_fabalis,
		14 Aythya_marila,
		15 Aythya_nyroca,
		16 Branta_bernicla,
		17 Branta_canadensis,
		18 Branta_leucopsis,
		19 Branta_ruficollis,
		20 Bucephala_islandica,
		21 Chen_caerulescens,
		22 Clangula_hyemalis,
		23 Cygnus_columbianus,
		24 Cygnus_cygnus,
		25 Histrionicus_histrionicus,
		26 Marmaronetta_angustirostris,
		27 Melanitta_fusca,
		28 Melanitta_perspicillata,
		29 Netta_rufina,
		30 Oxyura_leucocephala,
		31 Polysticta_stelleri,
		32 Somateria_spectabilis,
		33 Tadorna_ferruginea,
		34 Dendrocopos_leucotos,
		35 Dendrocopos_medius,
		36 Dendrocopos_syriacus,
		37 Dryocopus_martius,
		38 Jynx_torquilla,
		39 Picoides_tridactylus,
		40 Picus_canus,
		41 Upupa_epops,
		42 Coracias_garrulus,
		43 Merops_apiaster,
		44 Merops_persicus,
		45 Ceryle_rudis,
		46 Halcyon_smyrnensis,
		47 Cuculus_optatus,
		48 Apus_affinis,
		49 Apus_caffer,
		50 Apus_pallidus,
		51 Apus_unicolor,
		52 Tachymarptis_melba,
		53 Aegolius_funereus,
		54 Bubo_bubo,
		55 Bubo_scandiaca,
		56 Glaucidium_passerinum,
		57 Ketupa_zeylonensis,
		58 Otus_brucei,
		59 Otus_scops,
		60 Strix_nebulosa,
		61 Strix_uralensis,
		62 Surnia_ulula,
		63 Caprimulgus_ruficollis,
		64 Columba_bollii,
		65 Columba_junoniae,
		66 Columba_trocaz,
		67 Stigmatopelia_senegalensis,
		68 Chlamydotis_undulata,
		69 Otis_tarda,
		70 Tetrax_tetrax,
		71 Grus_grus,
		72 Grus_virgo,
		73 Fulica_cristata,
		74 Porphyrio_porphyrio,
		75 Porzana_parva,
		76 Porzana_pusilla,
		77 Pterocles_alchata,
		78 Pterocles_orientalis,
		79 Arenaria_interpres,
		80 Calidris_alba,
		81 Calidris_bairdii,
		82 Calidris_maritima,
		83 Calidris_temminckii,
		84 Gallinago_media,
		85 Limicola_falcinellus,
		86 Limosa_lapponica,
		87 Lymnocryptes_minimus,
		88 Phalaropus_fulicarius,
		89 Tringa_erythropus,
		90 Tringa_glareola,
		91 Tringa_ochropus,
		92 Tringa_stagnatilis,
		93 Xenus_cinereus,
		94 Charadrius_alexandrinus,
		95 Charadrius_asiaticus,
		96 Charadrius_leschenaultii,
		97 Vanellus_indicus,
		98 Vanellus_spinosus,
		99 Cursorius_cursor,
		100 Glareola_nordmanni,
		101 Glareola_pratincola,
		102 Larus_armenicus,
		103 Larus_audouinii,
		104 Larus_genei,
		105 Larus_glaucoides,
		106 Larus_hyperboreus,
		107 Larus_ichthyaetus,
		108 Larus_minutus,
		109 Pagophila_eburnea,
		110 Accipiter_badius,
		111 Accipiter_brevipes,
		112 Aegypius_monachus,
		113 Aquila_adalberti,
		114 Aquila_clanga,
		115 Aquila_heliaca,
		116 Aquila_nipalensis,
		117 Aquila_pomarina,
		118 Buteo_lagopus,
		119 Buteo_rufinus,
		120 Circaetus_gallicus,
		121 Circus_macrourus,
		122 Circus_pygargus,
		123 Elanus_caeruleus,
		124 Gypaetus_barbatus,
		125 Gyps_fulvus,
		126 Hieraaetus_fasciatus,
		127 Hieraaetus_pennatus,
		128 Milvus_migrans,
		129 Neophron_percnopterus,
		130 Alle_alle,
		131 Uria_lomvia,
		132 Himantopus_himantopus,
		133 Falco_biarmicus,
		134 Falco_cherrug,
		135 Falco_eleonorae,
		136 Falco_naumanni,
		137 Falco_pelerinoides,
		138 Falco_rusticolus,
		139 Falco_vespertinus,
		140 Podiceps_grisegena,
		141 Phaethon_aethereus,
		142 Phalacrocorax_pygmeus,
		143 Ardea_purpurea,
		144 Ardeola_ralloides,
		145 Bubulcus_ibis,
		146 Egretta_alba,
		147 Ixobrychus_minutus,
		148 Nycticorax_nycticorax,
		149 Phoenicopterus_ruber,
		150 Platalea_leucorodia,
		151 Plegadis_falcinellus,
		152 Pelecanus_crispus,
		153 Pelecanus_onocrotalus,
		154 Ciconia_ciconia,
		155 Ciconia_nigra,
		156 Fregata_magnificens,
		157 Gavia_immer,
		158 Oceanites_oceanicus,
		159 Pelagodroma_marina,
		160 Bulweria_bulwerii,
		161 Calonectris_diomedea,
		162 Pterodroma_feae,
		163 Pterodroma_madeira,
		164 Puffinus_assimilis,
		165 Puffinus_gravis,
		166 Puffinus_griseus,
		167 Puffinus_mauretanicus,
		168 Puffinus_yelkouan,
		169 Lanius_collurio,
		170 Lanius_excubitor,
		171 Lanius_isabellinus,
		172 Lanius_minor,
		173 Lanius_nubicus,
		174 Lanius_senator,
		175 Cyanopica_cyanus,
		176 Nucifraga_caryocatactes,
		177 Perisoreus_infaustus,
		178 Pyrrhocorax_graculus,
		179 Sturnus_roseus,
		180 Sturnus_unicolor,
		181 Bombycilla_garrulus,
		182 Cercotrichas_galactotes,
		183 Ficedula_albicollis,
		184 Ficedula_parva,
		185 Chlidonias_hybrida,
		186 Chlidonias_leucopterus,
		187 Chlidonias_niger,
		188 Sterna_caspia,
		189 Sitta_krueperi,
		190 Sitta_neumayer,
		191 Sitta_whiteheadi,
		192 Certhia_brachydactyla,
		193 Parus_cinctus,
		194 Parus_cyanus,
		195 Parus_lugubris,
		196 Hirundo_daurica,
		197 Hirundo_rupestris,
		198 Pycnonotus_xanthopygos,
		199 Cisticola_juncidis,
		200 Prinia_gracilis,
		201 Luscinia_calliope,
		202 Luscinia_luscinia,
		203 Luscinia_svecica,
		204 Monticola_saxatilis,
		205 Monticola_solitarius,
		206 Oenanthe_deserti,
		207 Oenanthe_finschii,
		208 Oenanthe_hispanica,
		209 Oenanthe_isabellina,
		210 Oenanthe_leucura,
		211 Oenanthe_pleschanka,
		212 Oenanthe_xanthoprymna,
		213 Tarsiger_cyanurus,
		214 Turdus_ruficollis,
		215 Acrocephalus_agricola,
		216 Acrocephalus_arundinaceus,
		217 Acrocephalus_dumetorum,
		218 Acrocephalus_melanopogon,
		219 Acrocephalus_paludicola,
		220 Hippolais_caligata,
		221 Hippolais_icterina,
		222 Hippolais_languida,
		223 Hippolais_olivetorum,
		224 Hippolais_opaca,
		225 Hippolais_pallida,
		226 Hippolais_polyglotta,
		227 Locustella_lanceolata,
		228 Locustella_luscinioides,
		229 Phylloscopus_bonelli,
		230 Phylloscopus_borealis,
		231 Phylloscopus_canariensis,
		232 Phylloscopus_fuscatus,
		233 Phylloscopus_ibericus,
		234 Phylloscopus_inornatus,
		235 Phylloscopus_sindianus,
		236 Phylloscopus_trochiloides,
		237 Sylvia_cantillans,
		238 Sylvia_conspicillata,
		239 Sylvia_hortensis,
		240 Sylvia_melanocephala,
		241 Sylvia_melanothorax,
		242 Sylvia_mystacea,
		243 Sylvia_nana,
		244 Sylvia_nisoria,
		245 Sylvia_rueppelli,
		246 Sylvia_sarda,
		247 Ammomanes_deserti,
		248 Calandrella_brachydactyla,
		249 Calandrella_rufescens,
		250 Chersophilus_duponti,
		251 Eremophila_alpestris,
		252 Galerida_cristata,
		253 Galerida_theklae,
		254 Melanocorypha_bimaculata,
		255 Melanocorypha_calandra,
		256 Melanocorypha_leucoptera,
		257 Melanocorypha_yeltoniensis,
		258 Montifringilla_nivalis,
		259 Passer_hispaniolensis,
		260 Petronia_petronia,
		261 Bucanetes_githagineus,
		262 Carduelis_hornemanni,
		263 Carpodacus_erythrinus,
		264 Carpodacus_rubicilla,
		265 Loxia_leucoptera,
		266 Loxia_pytyopsittacus,
		267 Pinicola_enucleator,
		268 Pyrrhula_murina,
		269 Rhodopechys_mongolicus,
		270 Serinus_canaria,
		271 Serinus_citrinella,
		272 Serinus_pusillus,
		273 Serinus_serinus,
		274 Tichodroma_muraria,
		275 Remiz_pendulinus,
		276 Prunella_atrogularis,
		277 Prunella_collaris,
		278 Prunella_montanella,
		279 Anthus_berthelotii,
		280 Anthus_campestris,
		281 Anthus_cervinus,
		282 Anthus_hodgsoni,
		283 Anthus_spinoletta,
		284 Motacilla_citreola,
		285 Calcarius_lapponicus,
		286 Emberiza_aureola,
		287 Emberiza_bruniceps,
		288 Emberiza_caesia,
		289 Emberiza_cia,
		290 Emberiza_cineracea,
		291 Emberiza_hortulana,
		292 Emberiza_leucocephalos,
		293 Emberiza_melanocephala,
		294 Emberiza_pallasi,
		295 Emberiza_pusilla,
		296 Emberiza_rustica;
	TREE 'Imported tree 0+' =
((1:5.0,2:5.0,3:5.0):2.0,(4:5.0):2.0,(5:5.0):2.0,(6:5.0):2.0,(7:5.0):2.0,(8:5.0,9:5.0):2.0):22.9,(10:5.0,11:5.0,12:5.0,13:5.0):2.0):5.1,(((34:5.0,35:5.0,36:5.0,37:5.0):2.0,(38:5.0):2.0,(39:5.0):2.0,(40:5.0):2.0):26.3,((41:5.0):2.0):23.4,(((42:5.0):2.0):21.0,((43:5.0,44:5.0):2.0):19.7,((45:5.0):2.0,(46:5.0):2.0):19.7):1.3):2.4):1.6,(((47:5.0):2.0):23.7)),((48:5.0,49:5.0,50:5.0,51:5.0):2.0,(52:5.0):2.0):21.9,((((53:5.0):2.0,(54:5.0,55:5.0):2.0,(56:5.0):2.0,(57:5.0):2.0,(58:5.0,59:5.0):2.0,(60:5.0,61:5.0):2.0,(62:5.0):2.0):19.1,((63:5.0):2.0):19.1):2.8):0.6,((((64:5.0,65:5.0,66:5.0):2.0,(67:5.0):2.0):20.8,(((((68:5.0):2.0,(69:5.0):2.0,(70:5.0):2.0):16.9,((71:5.0,72:5.0):2.0):16.9):2.2,((73:5.0):2.0,(74:5.0):2.0,(75:5.0,76:5.0):2.0):19.1):1.0,((((77:5.0,78:5.0):2.0):17.1,(((79:5.0):2.0,(80:5.0,81:5.0,82:5.0,83:5.0):2.0,(84:5.0):2.0,(85:5.0):2.0,(86:5.0):2.0,(87:5.0):2.0,(88:5.0):2.0,(89:5.0,90:5.0,91:5.0,92:5.0):2.0,(93:5.0):2.0):15.6,(((94:5.0,95:5.0,96:5.0)2,(97:5.0,98:5.0):2.0
 ):12.8,(((99):5.0):2.0,(100:5.0,101:5.0):2.0):8.1,((102:5.0,103:5.0,104:5.0,105:5.0,106:5.0,107:5.0,108:5.0):2.0,(109:5.0):2.0):8.1):4.7):2.8):1.5):1.6,((((110:5.0,111:5.0):2.0,(112:5.0):2.0,(113:5.0,114:5.0,115:5.0,116:5.0,117:5.0):2.0,(118:5.0,119:5.0):2.0,(120:5.0):2.0,(121:5.0,122:5.0):2.0,(123:5.0):2.0,(124:5.0):2.0,(125:5.0):2.0,(126:5.0,127:5.0):2.0,(128:5.0):2.0,(129:5.0):2.0):15.2,((130:5.0):2.0,(131:5.0):2.0):15.2,((132:5.0):2.0):15.2,((133:5.0,134:5.0,135:5.0,136:5.0,137:5.0,138:5.0,139:5.0):2.0):15.2):1.2,(((140:5.0):2.0):14.9,(((141:5.0):2.0):14.0,(((142:5.0):2.0):13.3,(((143:5.0):2.0,(144:5.0):2.0,(145:5.0):2.0,(146:5.0):2.0,(147:5.0):2.0,(148:5.0):2.0):12.4,(((149:5.0):2.0):11.5,(((150:5.0):2.0,(151:5.0):2.0):11.1,((((152:5.0,153:5.0):2.0):10.1,((154:5.0,155:5.0):2.0):10.1):0.8,(((156:5.0):2.0):10.7,(((157:5.0):2.0):10.0,((158:5.0):2.0,(159:5.0):2.0):10.0,((160:5.0):2.0,(161:5.0):2.0,(162:5.0):2.0,163:5.0):2.0,(164:5.0,165:5.0,166:5.0,167:5.0,168:5.0):2.0):10.
 0):0.7):0.2):0.2):0.4):0.9):0.9):0.7):0.9):1.5):2.3):1.4):0.7):0.8,((((169:5.0,170:5.0,171:5.0,172:5.0,173:5.0,174:5.0):2.0):9.1,((175:5.0):2.0,(176:5.0):2.0,(177:5.0):2.0,(178:5.0):2.0,(179:5.0,180:5.0):2.0):9.1):3.7,((((181:5.0):2.0):10.6,(((182:5.0):2.0,(183:5.0,184:5.0):2.0):9.1,((185:5.0,186:5.0,187:5.0):2.0,(188:5.0):2.0):9.1):1.5):1.1,(((((189:5.0,190:5.0,191:5.0):2.0):10.0,((192:5.0):2.0):10.0):0.8,(((193:5.0,194:5.0,195:5.0):2.0):10.6,(((196:5.0,197:5.0):2.0):10.1,(((198:5.0):2.0):9.5,(((199:5.0):2.0,(200:5.0):2.0):9.4,((201:5.0,202:5.0,203:5.0):2.0,(204:5.0,205:5.0):2.0,(206:5.0,207:5.0,208:5.0,209:5.0,210:5.0,211:5.0,212:5.0):2.0,(213:5.0):2.0,214:7.0):9.4,((215:5.0,216:5.0,217:5.0,218:5.0,219:5.0):2.0,(220:5.0,221:5.0,222:5.0,223:5.0,224:5.0,225:5.0,226:5.0):2.0,(227:5.0,228:5.0):2.0,(229:5.0,230:5.0,231:5.0,232:5.0,233:5.0,234:5.0,235:5.0,236:5.0):2.0,(237:5.0,238:5.0,239:5.0,240:5.0,241:5.0,242:5.0,243:5.0,244:5.0,245:5.0,246:5.0):2.0):9.4):0.1):0.6):0.5):0.2):
 0.3,(((247:5.0):2.0,(248:5.0,249:5.0):2.0,(250:5.0):2.0,(251:5.0):2.0,(252:5.0,253:5.0):2.0,(254:5.0,255:5.0,256:5.0,257:5.0):2.0):10.4,(((258:5.0,259:5.0,260:5.0):2.0):10.0,(261:5.0):2.0,(262:5.0):2.0,(263:5.0,264:5.0):2.0,(265:5.0,266:5.0):2.0,(267:5.0):2.0,(268:5.0):2.0,(269:5.0):2.0,(270:5.0,271:5.0,272:5.0,273:5.0):2.0):10.0,((274:5.0):2.0):10.0,((275:5.0):2.0):10.0,((276:5.0,277:5.0,278:5.0):2.0):10.0,((279:5.0,280:5.0,281:5.0,282:5.0,283:5.0):2.0,(284:5.0):2.0):10.0,(285:5.0):2.0,(286:5.0,287:5.0,288:5.0,289:5.0,290:5.0,291:5.0,292:5.0,293:5.0,294:5.0,295:5.0,296:5.0):2.0):10.0):0.4):0.7):0.6):1.1;

END;


BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED  (CHARACTERS = Categorical)  =  unord:  1 -  7;
TYPESET * UNTITLED  (CHARACTERS = Continuous)  =  Squared:  1 -  10;

END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED  (CHARACTERS = Categorical)  =  universal:  1 -  7;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED  (CHARACTERS = Categorical)  =  'Mk1 (est.)':  1 -  7;
ProbModelSet * UNTITLED  (CHARACTERS = Continuous)  =  Brownian_default:  1 - 
10;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 7489305339335140846;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 3534675600459598498;
			checksum 0 500806229 null;
			setID 1 6456195826553758366;
			checksum 1 1538862558 null;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			setResourcesState false false 542;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1425 800;
			setLocation 7 22;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #7489305339335140846 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #7489305339335140846;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					getTable;
					tell It;
						rowNamesWidth 146;
					endTell;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 883 733;
					setLocation 7 22;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #7489305339335140846 
#mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 4022.1227800525891.8782641391695494615;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 883 733;
					setLocation 7 22;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
					getTreeDrawCoordinator
#mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							stretchToggle off;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
						endTell;
						setEdgeWidth 6;
						orientUp;
						toggleCorners off;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition on;
						toggleShadePartition off;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setTree '(((((((1:5.0,2:5.0,3:5.0):2.0,(4:5.0):2.0,(5:5.0):2.0,(6:5.0):2.0,(7:5.0):2.0,(8:5.0,9:5.0):2.0):22.9,(10:5.0,11:5.0,12:5.0,13:5.0):2.0):5.1,(((34:5.0,35:5.0,36:5.0,37:5.0):2.0,(38:5.0):2.0,(39:5.0):2.0,(40:5.0):2.0):26.3,((41:5.0):2.0):23.4,(((42:5.0):2.0):21.0,((43:5.0,44:5.0):2.0):19.7,((45:5.0):2.0,(46:5.0):2.0):19.7):1.3):2.4):1.6,(((47:5.0):2.0):23.7)),((48:5.0,49:5.0,50:5.0,51:5.0):2.0,(52:5.0):2.0):21.9,((((53:5.0):2.0,(54:5.0,55:5.0):2.0,(56:5.0):2.0,(57:5.0):2.0,(58:5.0,59:5.0):2.0,(60:5.0,61:5.0):2.0,(62:5.0):2.0):19.1,((63:5.0):2.0):19.1):2.8):0.6,((((64:5.0,65:5.0,66:5.0):2.0,(67:5.0):2.0):20.8,(((((68:5.0):2.0,(69:5.0):2.0,(70:5.0):2.0):16.9,((71:5.0,72:5.0):2.0):16.9):2.2,((73:5.0):2.0,(74:5.0):2.0,(75:5.0,76:5.0):2.0):19.1):1.0,((((77:5.0,78:5.0):2.0):17.1,(((79:5.0):2.0,(80:5.0,81:5.0,82:5.0,83:5.0):2.0,(84:5.0):2.0,(85:5.0):2.0,(86:5.0):2.0,(87:5.0):2.0,(88:5.0):2.0,(89:5.0,90:5.0,91:5.0,92:5.0):2.0,(93:5.0):2.0):15.6,(((94:5.0,95:5.0,96:5.0)2,
 (97:5.0,98:5.0):2.0):12.8,(((99):5.0):2.0,(100:5.0,101:5.0):2.0):8.1,((102:5.0,103:5.0,104:5.0,105:5.0,106:5.0,107:5.0,108:5.0):2.0,(109:5.0):2.0):8.1):4.7):2.8):1.5):1.6,((((110:5.0,111:5.0):2.0,(112:5.0):2.0,(113:5.0,114:5.0,115:5.0,116:5.0,117:5.0):2.0,(118:5.0,119:5.0):2.0,(120:5.0):2.0,(121:5.0,122:5.0):2.0,(123:5.0):2.0,(124:5.0):2.0,(125:5.0):2.0,(126:5.0,127:5.0):2.0,(128:5.0):2.0,(129:5.0):2.0):15.2,((130:5.0):2.0,(131:5.0):2.0):15.2,((132:5.0):2.0):15.2,((133:5.0,134:5.0,135:5.0,136:5.0,137:5.0,138:5.0,139:5.0):2.0):15.2):1.2,(((140:5.0):2.0):14.9,(((141:5.0):2.0):14.0,(((142:5.0):2.0):13.3,(((143:5.0):2.0,(144:5.0):2.0,(145:5.0):2.0,(146:5.0):2.0,(147:5.0):2.0,(148:5.0):2.0):12.4,(((149:5.0):2.0):11.5,(((150:5.0):2.0,(151:5.0):2.0):11.1,((((152:5.0,153:5.0):2.0):10.1,((154:5.0,155:5.0):2.0):10.1):0.8,(((156:5.0):2.0):10.7,(((157:5.0):2.0):10.0,((158:5.0):2.0,(159:5.0):2.0):10.0,((160:5.0):2.0,(161:5.0):2.0,(162:5.0):2.0,163:5.0):2.0,(164:5.0,165:5.0,166:5.0,167:5.
 0,168:5.0):2.0):10.0):0.7):0.2):0.2):0.4):0.9):0.9):0.7):0.9):1.5):2.3):1.4):0.7):0.8,((((169:5.0,170:5.0,171:5.0,172:5.0,173:5.0,174:5.0):2.0):9.1,((175:5.0):2.0,(176:5.0):2.0,(177:5.0):2.0,(178:5.0):2.0,(179:5.0,180:5.0):2.0):9.1):3.7,((((181:5.0):2.0):10.6,(((182:5.0):2.0,(183:5.0,184:5.0):2.0):9.1,((185:5.0,186:5.0,187:5.0):2.0,(188:5.0):2.0):9.1):1.5):1.1,(((((189:5.0,190:5.0,191:5.0):2.0):10.0,((192:5.0):2.0):10.0):0.8,(((193:5.0,194:5.0,195:5.0):2.0):10.6,(((196:5.0,197:5.0):2.0):10.1,(((198:5.0):2.0):9.5,(((199:5.0):2.0,(200:5.0):2.0):9.4,((201:5.0,202:5.0,203:5.0):2.0,(204:5.0,205:5.0):2.0,(206:5.0,207:5.0,208:5.0,209:5.0,210:5.0,211:5.0,212:5.0):2.0,(213:5.0):2.0,214:7.0):9.4,((215:5.0,216:5.0,217:5.0,218:5.0,219:5.0):2.0,(220:5.0,221:5.0,222:5.0,223:5.0,224:5.0,225:5.0,226:5.0):2.0,(227:5.0,228:5.0):2.0,(229:5.0,230:5.0,231:5.0,232:5.0,233:5.0,234:5.0,235:5.0,236:5.0):2.0,(237:5.0,238:5.0,239:5.0,240:5.0,241:5.0,242:5.0,243:5.0,244:5.0,245:5.0,246:5.0):2.0):9.4):0
 .1):0.6):0.5):0.2):0.3,(((247:5.0):2.0,(248:5.0,249:5.0):2.0,(250:5.0):2.0,(251:5.0):2.0,(252:5.0,253:5.0):2.0,(254:5.0,255:5.0,256:5.0,257:5.0):2.0):10.4,(((258:5.0,259:5.0,260:5.0):2.0):10.0,(261:5.0):2.0,(262:5.0):2.0,(263:5.0,264:5.0):2.0,(265:5.0,266:5.0):2.0,(267:5.0):2.0,(268:5.0):2.0,(269:5.0):2.0,(270:5.0,271:5.0,272:5.0,273:5.0):2.0):10.0,((274:5.0):2.0):10.0,((275:5.0):2.0):10.0,((276:5.0,277:5.0,278:5.0):2.0):10.0,((279:5.0,280:5.0,281:5.0,282:5.0,283:5.0):2.0,(284:5.0):2.0):10.0,(285:5.0):2.0,(286:5.0,287:5.0,288:5.0,289:5.0,290:5.0,291:5.0,292:5.0,293:5.0,294:5.0,295:5.0,296:5.0):2.0):10.0):0.4):0.7):0.6):1.1;';
					useSuggestedSize on;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #3534675600459598498
#mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 883 733;
					setLocation 7 22;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleShowChanges on;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames on;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleAllowAutosize on;
					toggleColorsPanel off;
					toggleDiagonal on;
					setDiagonalHeight 80;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.SmallStateNamesEditor.SmallStateNamesEditor;
				tell It;
					panelOpen true;
				endTell;
			endTell;
			showDataWindow #6456195826553758366
#mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 883 733;
					setLocation 7 22;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleShowChanges on;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames on;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleAllowAutosize on;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.cont.ItemsEditorForInfoPanel.ItemsEditorForInfoPanel;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;



[Rd] Unable to plot or analyse phylogeny (PR#13345)
ecg503 at york.ac.uk