Den [[7. februar]] [[1837]] udkæmpede han en duel mod brigadegeneral [[Felix Huston]] om kommandoen over Texas’ hær. Johnston afslog at skyde på Huston og mistede posten, efter at han blev såret i bækkenet. Texas’ 2. præsident, [[Mirabeau B. Lamar]], udnævnte ham til krigsminister den [[22. december]] [[1838]].
Johnston skulle forberede forsvaret af Texas’ grænse mod en invasion fra Mexico. I [[1839]] gennemførte han et togt mod [[indianere|indianerne]] i det nordlige Texas. I februar [[1840]] tog han sin afsked og vendte tilbage til Kentucky, hvor han giftede sig med Eliza Griffin i 1843. De bosatte sig på en stor plantage, som han kaldte ’’China Grove’’ i [[Brazoria County (Texas)|Brazoria County]] i Texas.
Tidligere_riger,_stater,_protektorater,_kolonier_og_lande