Flyndersø og [[Skallesø]] er udpeget som fuglebeskyttelsesområde. Den 423 ha store Flyndersø er opdelt i to store bassiner, som begge er eutrofierede og uklare med en meget begrænset udbredelse
af undervandsplanter. Flyndersø har via [[Stubber Å]] forbindelse til den ca. 4,5 km lange Stubbergård Sø, der ligeledes er en del af tunneldals- og dødislandskabet. [[Stilkeg]]e-krattene langs østsiden af Flyndersø anses for at være oprindelige. Langs vestsiden af Flyndersø ligger [[Estvadgård Plantage]], der hovedsagelig består af nåletræer med spredte bevoksninger af [[løvtræ]]. Kun en lille del af plantagen, samt egekrattet helt ned mod Flyndersø, er del af Natura 2000 området; Her findes bl.a. det i Danmark meget sjældne [[levermos]], [[krumbladet stødmos]] (''Nowellia curvifolia''), der er knyttet til dødt ved i skove med lang kontinuitet og høj luftfugtighed.
Naturbeskyttelse