I 1992 blev søen forurenet af [[kalk]], hvilket man rettede op på ved at tilføre [[grundvand]] i en periode indtil [[1999]]. Herved begrænsede man konsekvenserne af forureningen.<ref name="billundsø" /> Søen bliver endvidere overvåget som led i [[NOVANA]] og var blandt andet i 2009 en af 19 særligt intensivt undersøgte søer.<ref>{{cite web|url=http://www2.dmu.dk/pub/fr803.pdf|title=Søer|publisher=[[Danmarks Miljøundersøgelser|Danmarks Miljøundersøgeler, Aarhus Universitet]]|year=2010|page=17}}</ref> NOVANAs undersøgelser viser, at [[Vandplante#Undervandsplanter|undervandsplanternes]] dækningsgrad i Kvie Sø er steget betydeligt fra 2007 til 2009 og har derfor en betydende [[vegetation]].<ref>{{cite web|url=http://www2.dmu.dk/pub/fr803.pdf|title=Søer|publisher=[[Danmarks Miljøundersøgelser|Danmarks Miljøundersøgeler, Aarhus Universitet]]|year=2010|page=27-28}}</ref> Af planter i søen kan især nævnes den i Danmark meget sjældne og fredede [[Gulgrøn Brasenføde]], som har groet i søen allerede fra ca. 2000 fvt.<ref name="hjerte" />
Samfund