I 2005 blev både dokumentaren ''[[The Fearless Freaks]]'' om the Flaming Lips og ''[[VOID (DVD)|VOID (Video Overview in Deceleration)]]''-samlingen udgivet. Dokumentaren var avet af udenforstående med en masse kendte musikere som medvirkende. VOID var en krønike med alle de musikvideoer bandet havde produceret, siden de skrev kontrakt med Warner Bros. i 1991. I 2005 bidrog de også med en udgave af ''[[Bohemian Rhapsody]]'' til albummet ''[[Killer Queen: A Tribute To Queen]]''. I oktober 2005 indspillede the Lips et cover af ''If I Only Had Brain'' til soundtracket til computerspillet ''Stubbs The Zombie'', som indeholdte moderne bands' versioner af sange fra 50'erne og 60'erne. Derudover udgav bandet en ny sang til lydsporet til filmen ''[[Wedding Crashers]]'' fra 2005. (En lettere ændret sang har fundet vej til den nye plade.) 
Det skærpede alt sammen fansenes appetit på bandets album ''[[At War With The Mystics]]'' udgivet 4. april 2006 . Dette album, som målrettet skulle være mere guitarbaseret og en større anstrengelse at lave, viste mere politisk orienterede tekster end nogle af de foregående udgivelser. Det fik en blandet, men dog positiv modtagelse. Bandet tog på turné med albummet i hele Storbritannien, inklusive en finale på [[Royal Albert Hall]]. På en festival i Leeds (02 Wireless Festival) åbnede de for [[The Who]], som de selv er fans af. De fortsatte deres turné i USA, blandt andet til deres fødeby, Oklahoma City.
I December 2005 blev de æret af Oklahoma City ved at få opkaldt et stræde efter dem. De fik først tilbudt en gade, men afslog høfligt og valgte en lille passage.
Musik Foreninger Organisationer