Efter 1843 uddybedes oppositionen mod Flores på flere måder. Med henvisning til den mørkhudede Flores og hans bekendtskab med det colombianske og venezuelanske militær, skrev Rocafuerte, som befandt sig i eksil i Lima, at spaniolerne var mindre undertrykkende end de, som havde erstattet dem. Den unge student [[Gabriel García Moreno]], som senere blev den mest berygtede af Ecuadors 1800-talsdiktatorer, gjorde et mislykket forsøg på at myrde Flores. Modviljen havde i 1845 spredt sig over hele nationen, da et oprør i Guayaquil tvang Flores til at forlade landet. Anti-Flores-koalitionen sejrede i marts, og bevægelsen fik derfor navnet ''marcistas''. Den bestod af en ekstremt heterogen gruppe af blandt andet liberale intellektuelle, konservative præster samt repræsentanter fra Guayaqils fremgangsrige forretningsliv.<ref name="confusion"/>
Historie