Hunter blev sendt til [[Kap Det Gode Håb|Kap det Gode Håb]] efter forsyninger i oktober 1788. Han sejlede rundt om [[Kap Horn]] til Kap det Gode Håb og derfra direkte tilbage til New South Wales i maj 1789 og havde dermed sejlet rundt om jorden. Rejsen var ekstra vanskelig, da skibet var sprunget læk, og man konstant måtte pumpe vand ud. ''Sirius'' blev repareret og derefter sendt til [[Norfolk Island]] med en stor gruppe straffefanger, men blev fanget i en voldsom storm, da det lå for anker ved øen. Skibet drev ind i et koralrev og blev slået til vrag.<ref name="DNB295"/> En del af besætningen kom tilbage til Port Jackson ombord på [[brig]]gen {{HMS|Supply|1759|6}}. Resten, inklusiv Hunter, ventede næsten et år på øen før de endelig kom væk. Hunter og nogle af hans mænd returnerede til England på det lejede skib ''Waakzaamheid'' efter en lang og anstrengende rejse. Da han endelig ankom til [[Portsmouth]] i april 1792, blev Hunter stillet for en [[Krigsret (militær)|krigsret]] på grund af tabet af ''Sirius,'' men han blev frikendt med æren i behold.<ref name="DNB295"/> Hunter forberedte herefter en udgivelse om sine ekspeditioner i Australien, ''An Historical Journal of the Transactions at Port Jackson and Norfolk Island, With the Discoveries That Have Been Made in New South Wales and the Southern Ocean Since the Publication of Phillip's Voyage'', som blev udgivet i begyndelsen af 1793. En forkortet version udkom senere samme år. I den første udgave findes den tidligste reference til muligheden for, at der er et stræde mellem Australien og Tasmanien. På side 126 skriver Hunter: "Der er derfor grund til at tro, at der er enten en meget dyb bugt eller et stræde, som skiller Van Diemens Land fra New Holland."<ref name=DAB/>
Titler Politik Samfund Politiske_embeder