Fjorden indgår i [[Natura 2000]]-område [[Natura 2000-område nr. 168 Havet og kysten mellem Præstø Fjord og Grønsund|168 Havet og kysten mellem Præstø Fjord og Grønsundet]]<ref>[http://www.vandognatur.dk/Emner/Naturplaner/Naturomraader/168_havetkysten_praestoe_groensund.htm 168 Havet og kysten mellem Præstø Fjord og Grønsundet]{{Dead link|date=januar 2022 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> og er både [[fuglebeskyttelsesområde]], et [[EF-habitatområde]] og [[Ramsarområde]]. I 2009 vedtog man at igangsætte projekt [[Naturrum]] omkring Præstø Fjord, som et af tre eksempelprojekter om Naturrum, der er et nyt koncept omkring naturformidling i Danmark.<ref>[http://www.faxekommune.dk/Nyhedsarkiv/200905_Nyheder/Teknik_Miljoe_Bolig/Naturrum_Praestoe_Fjord Naturrum Præstø Fjord]{{Dead link|date=januar 2022 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref>
Naturbeskyttelse