Den tredje mekanisme er parapatrisk artsdannelse. Dette svarer til peripatrisk artsdannelse i, at en lille population bliver isoleret i et nyt habitat, men adskiller sig ved, at der ikke er nogen fysisk adskillelse mellem disse to populationer. I stedet forsages artsdannelsen på grund af udviklingen af mekanismer, der reducerer genspredning mellem de to befolkningsgrupper.<ref name="Gavrilets" /> Generelt opstår dette, når der har været en drastisk ændring i miljøet i forældreartens levesteder. For eksempel har græsset ''[[Anthoxanthum|Anthoxanthum odoratum]]'' gennemgået parapatrisk artsdannelse som reaktion på metalforurening fra miner.<ref name="Antonovics">{{cite journal |last=Antonovics |first=Janis |author-link=Janis Antonovics |date=juli 2006 |title=Evolution in closely adjacent plant populations X: long-term persistence of prereproductive isolation at a mine boundary |url=http://www.nature.com/hdy/journal/v97/n1/full/6800835a.html |journal=[[Heredity (journal)|Heredity]] |location=London |publisher=Nature Publishing Group for [[The Genetics Society]] |volume=97 |issue=1 |pages=33–37 |doi=10.1038/sj.hdy.6800835 |issn=0018-067X |pmid=16639420 |access-date=2014-12-29 |archive-date= 5. februar 2017 |archive-url=https://web.archive.org/web/20170205231931/http://www.nature.com/hdy/journal/v97/n1/full/6800835a.html |url-status=live }}</ref> Her opstod planter, som havde resistans imod høje niveauer af metaller i jorden. Selektion imod krydsning med den metal-sensitive forældrepopulation frembragte en gradvis ændring i blomstringstiden af de metalresistante planter, som eventuelt frembragte komplet reproduktiv isolation. Selektion mod hybrider imellem de to populationer kan forårsage en forstærkende effekt, som er udviklingen af træk, der fremmer parring inden for en art, når to arter bliver mere tydeligt forskellige i udseende.<ref name="Nosil">{{cite journal |last1=Nosil |first1=Patrik |last2=Crespi |first2=Bernard J. |last3=Gries |first3=Regine |last4=Gries |first4=Gerhard |date=marts 2007 |title=Natural selection and divergence in mate preference during speciation |url=https://archive.org/details/sim_genetica_2007-03_129_3/page/309 |journal=Genetica |location=Dordrecht, the Netherlands |publisher=Kluwer Academic Publishers |volume=129 |issue=3 |pages=309–327 |doi=10.1007/s10709-006-0013-6 |pmid=16900317 |issn=0016-6707}}</ref>
[[Fil:Darwin's finches.jpeg|frame|Geografisk isolation af finker på [[Galápagosøerne]] producerede over et dusin nye arter.]]
Naturvidenskab