I [[Regeringen Poul Schlüter IV]] blev han udpeget som [[Miljøminister]] og sad på denne post fra den 18. december 1990 til den 25. januar 1993,<ref name="Folketinget"/> da denne regering trak sig som følge af [[Tamilsagen]].
I sin tid som Miljøminister arbejdede han med beslutningen omkring [[Øresundsforbindelsen]] og [[Ørestaden]] og hørte sammen med blandt andet socialdemokraten [[Ole Løvig Simonsen]] til miljøopinionsfløjen i diskussionen, — en fløj der stod over for den mere entusiastiske fløj, repræsenteret ved [[Svend Auken]] og [[Henning Dyremose]], og fløjen der ønskede en bilistfinansieret forbindelse frem for skatteyderbetalt, repræsenteret ved især Venstre-medlemmer og en række medlemmer af Det Konservative Folkeparti.<ref>[[Mads Baastrup]], "Stilhedens bro", {{Cite book|title=Magtens Bog|author=[[Erik Valeur (journalist)|Erik Valeur]] og andre|year=2002|isbn=87-11-11554-8}}</ref>
I beslutningerne omkring Ørestaden måtte Per Stig Møller som miljøminister i Folketinget svarer på spørgsmål om den enestående situation hvor Folketinget ved lov tilsidesatte [[Fredningsnævnet]]s [[naturfredning]] af [[Vestamager (inddæmning)|Vestamager]], en fredning der havde varet blot 18 timer.<ref>{{Cite news
 | author = [[David Rehling]]
 | title = Et offer for magtspillet
 | publisher = [[Dagbladet Information|Information]]
 | date = 5. maj 2000
 | url = http://www.information.dk/43090
}}</ref>
Levende_personer Litteratur Politik Samfund Historie Journalistik Kultur Miljø_og_samfund Kulturhistorie Foreninger Organisationer Uddannelsesinstitutioner Ledere