Selsø Sø og dens omgivelser, i alt 768 hektar, er [[Naturfredning i Danmark|fredet]] i flere omgange, og der blev gennemført en [[naturgenoprettelse|genoprettelse]] af den nordlige del af søen i 1997.<ref name=dn>[http://www.fredninger.dk/fredning/selsoe-soe/ Om fredningen] på fredninger.dk</ref>
Søen er en del af [[Natura 2000]]-[[Natura 2000-område nr. 136 Roskilde Fjord og Jægerspris Nordskov|-område nr. 136 Roskilde Fjord og Jægerspris Nordskov]]<ref>{{Cite web |url=https://mst.dk/media/130646/136_n2000plan_2016-21.pdf |title=Natura 2000-område nr. 136 |access-date=11. september 2018 |archive-date=11. september 2018 |archive-url=https://web.archive.org/web/20180911191446/https://mst.dk/media/130646/136_n2000plan_2016-21.pdf |url-status=dead }}</ref>
Naturbeskyttelse