Var tabet af ejendomme stort og de menneskelige omkostninger høje, så var det kulturelle tab ét, der stadig mærkes. Universitetsbiblioteket var uden tvivl det største og oftest nævnte. 35.000 bind og et stort historisk [[Arkivalier|arkiv]] forsvandt i flammerne. Optegnelser fra [[historiker]]ne [[Hans Svaning]], [[Anders Sørensen Vedel]], [[Niels Krag]] og [[Arild Huitfeldt]], fra [[Ole Worm]], [[Ole Rømer]], [[Tycho Brahe]] og brødrene [[Hans Bartholin|Hans]] og [[Caspar Bartholin den yngre|Caspar Bartholin]] gik med. [[Peder Hansen Resen]]s ''Atlas Danicus'' og [[Sjællands Stift]]s arkiv kan også skrives på tabslisten. Stiftsarkivet var blev flyttet til universitetsbiblioteket samme dag, som branden brød ud.
Kemi