Bavelse Sø er ligesom [[Tystrup Sø]] en del af [[Natura 2000]] plan [[Natura 2000-område nr. 163 Suså, Tystrup-Bavelse Sø, Slagmosen, Holmegårds Mose og Porsmose|område nr. 163 Suså, Tystrup-Bavelse Sø, Slagmosen, Holmegårds Mose og Porsmose]], og er både [[fuglebeskyttelsesområde]] og [[habitatområde]].<ref>[https://mst.dk/media/130850/n163_n2000plan_2016_21.pdf Naturplanen for Natura 2000-område nr. 163] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20210412233414/https://mst.dk/media/130850/n163_n2000plan_2016_21.pdf |date=12. april 2021 }} på mst.dk hentet 27. marts 2021</ref> Området omkring søen er en del af en større [[naturfredning]] på 30 km², der blev gennemført i årene 1967-1972.<ref>[https://www.fredninger.dk/fredning/tystrup-bavelse-soeerne/ Om fredningen omkring Tystrup-Bavelse søerne] på fredninger.dk </ref>
Naturbeskyttelse