Baggara i Darfur og Kordofan var kernetropperne i [[Mahdi]]-opstanden i [[1880'erne]] mod det [[Sudans historie|Tyrko-egyptiske]] styre i Sudan. Mahdiens, [[Muhammad Ahmad]], næstkommanderende Khalifa Abdallahi ibn Muhammad, var selv af baggara-afstamning og tilhørte ta'aisha-stammen. I Mahdi-perioden (1883-98) emigrerede titusindvis af baggara til Omdurman og det centrale Sudan, hvor de supplerede Mahdi-hæren med mange soldater. Efter nederlaget til [[Storbritannien|britiske]] kolonitropper ved Karari i 1898 vendte mange tilbage til Darfur og Kordofan. Under deres styre i Sudan, benyttede briterne indirekte kontrol af lokalbefolkningen, og hver af de større baggarastammer blev derfor regeret af dens egen leder, kaldet Nazir. Størstedelen af dem var loyale støtter af Sudans dominerende Umma-parti; siden 1960'erne er det parti blevet ledet af Sadiq el Mahdi.
Kultur