Baldungs første daterede arbejde er et sølvstiftportræt fra 1501 i Baldungs ''Skitsebog'', fra 1507 er hans ''Sebastiansalter''. Hans hovedværk er højaltret i Freiburg im Breisgaus [[Freiburger Münster|Münster]] (1516); på forsidens syv tavler fremstilles Maria’s historie, i midten, i kraftig lyseffekt, hendes kroning, på bagsiden Kristi død, andre billeder: ''Kongernes Tilbedelse'', ''Stefan’s Martyrdød'', ''Kristi Begrædelse'' i [[Kaiser-Friedrich-Museum]] i [[Berlin]], ''Kristi Fødsel'' i galleriet i Aschaffenburg, ''Madonna med Barnet'', de to små, gribende ''Dødningedans-Billeder'' (1517) i Basel (døden kysser en nøgen kvinde, drager en anden ned i graven) samt [[Noli me tangere]] i museet i [[Darmstadt]] etc.; desuden udmærkede portrætter: Mandsportrættet i [[Wien]]s [[Kunsthistorisk Museum Wien|Hofmuseum]], Pfalzgrev Filip i Münchens Pinakotek med flere.
Maleri