Lepsius studerede [[filologi]] og gik efter sin [[disputats]], ''De tabulis Eugubinis'' (1833), til [[Paris]], hvor han blandt andet lagde sig efter ægyptisk, og hvor [[Institut de France|Instituttet]] prisbelønnede et par afhandlinger af ham om [[palæografi]]ens betydning for sproggranskning (1834, ny udgave 1842), om [[Semitiske sprog|semitiske]] og flere [[alfabet]]er og om [[talord]]ene i [[Indoeuropæiske sprog|indogermanske]] og semitiske sprog og i [[Koptisk (sprog)|koptisk]] (1835). Lepsius rejste derefter 1835 til [[Italien]], hvor han fortsatte sine studier over [[olditaliske sprog]], hvoraf hans 1841 udgivne ''Inscriptiones umbricæ et oscæ'' blev en frugt; i øvrigt studerede han her særlig oldægyptisk. I [[Rom]] udgav Lepsius 1837 ''Lettre à Rosellini sur l'alphabet hiéroglyphique''. I 1842 udkom hans ''Auswahl der wichtigsten Urkunden des ägyptischen Alterthums'' og ''Todtenbuch der Ägypter nach dem hieroglyphischen Papyrus in Turin''. Efter at han på [[Alexander von Humboldt|Humboldts]] og [[Christian Karl Josias von Bunsen|Bunsens]] anbefaling var blevet leder af en [[preussisk]] [[arkæologisk]] ekspedition til [[Ægypten]], berejste Lepsius Ægypten og [[Nubien]] indtil det gamle [[Meroë]], på hvilken rejse han medtog mange af de bedste ægyptiske [[kunst]][[Objekt (genstand)|genstande]], han fandt i Ægypten, hvorved han i høj grad har beriget [[Museumsinsel|museet i Berlin]]. Da han 1846 kom hjem, blev han [[professor]] i ægyptisk ved [[Berlins Universitet|universitetet]], 1855 meddirektør, 1865 direktør for [[Det Ægyptiske Museum og Papyrussamling|det ægyptiske museum]], 1850 medlem af [[Preussiske videnskabsakademi|Videnskabernes Akademi]] og 1873 [[Bibliotekar|overbibliotekar]] ved det [[Staatsbibliothek zu Berlin|Kongelige Bibliotek i Berlin]]. Da han 1866 havde fået nys om, at der var kommet en mærkelig [[indskrift]] for dagen i [[Tanis]], vel ved et [[jordskred]] som følge af en [[udgravning]], gik han straks til Ægypten for at være den første til at udgive den, hvad der lykkedes, om end ægyptologen [[Leo Reinisch|Reinisch]] fra [[Wien]] kom omtrent samtidig. Indskriften udgav Lepsius i ''Das bilingue Dekret von Kanopus'' (1867). I 1849 havde Lepsius udgivet ''Chronologie der Ägypter'', hvortil ''Königsbuch'' (1858) danner en art fortsættelse. I 1880 udgav han ''Nubische Grammatik'' med en indledende oversigt over sprogene i [[Afrika]]. En del iagttagelser på sin første store rejse har Lepsius udgivet i sine ''Briefe aus Ägypten, Äthiopien und Sinai'' (1852). Hans mest fortjenstfulde værk er det af den preussiske regering bekostede store [[pragtværk]] ''Denkmäler aus Ägypten und Äthiopien'', som indeholder et fortrinligt og righoldigt, [[kronologi]]sk ordnet udvalg af de vigtigste dengang kendte ægyptiske indskrifter, langt korrektere gengivne end alle tidligere udgivne [[hieroglyf]]iske indskrifter, et værk, som har været til uberegnelig nytte for videnskaben. Hans optegnelser på rejser og ved udgravningerne er under titlen ''Text'' blevet udgivet 1897—1913 i [[autografi]] med mange oplysende [[illustration]]er, af museet i Berlin sammen med [[Édouard Naville]] i [[Genève]], hvem Lepsius havde overdraget omsorgen for de af ham efterladte optegnelsers anvendelse og udgivelse. ''Denkmäler'' udkom 1849—60 i 12 bind. I Akademiets skrifter findes mange værdifulde afhandlinger af Lepsius om forskellige ægyptologiske emner, således om: den første ægyptiske [[Gud (højere væsen)|gudekreds]] (1851), oplysninger til [[Ptolemæerne]]s historie (1853), det 12. dynasti (1853), det 22. dynasti (1854), guderne for [[de fire elementer]] (1856), [[Manetho]]s historie (1857), berøringspunkter med græsk-romersk kronologi (1859), ægypternes [[alen]] (1865), grundplan (i en [[papyrus]] i [[Turin]]) af [[Ramses IV]]'s grav (1867), de [[assyrisk]]e [[eponym]]listers kronologiske værd (1869), nogle ægyptiske kunstformer (1871), [[metal]]lerne i de ægyptiske indskrifter, [[babylonisk]]-assyriske længdemål efter Senkereh-tavlen (1877). I 1865 overtog Lepsius redaktionen af det af [[Heinrich Brugsch|Brugsch]] grundede ''Zeitschrift für ägyptische Sprache und Alterthumskunde'', i hvilket man også finder flere vigtige afhandlinger af Lepsius. Lepsius har også skrevet værdifulde undersøgelser om asiatiske sprog og alfabeter, således blandt andet: ''Über chinesische und tibetanische Lautverhältnisse'' (1861), ''Über das Lautsystem der persischen Keilschrift'' (1863), ''Über das ursprüngliche Zend-Alphabet'' (1863), ''Über die arabischen Sprachlaute und deren Umschrift'' (1861). Et spørgsmål, der særlig var genstand for hans studier, var tilvejebringelsen af et almindeligt linguistisk alfabet, hvorved man kunne omskrive lydene i alle sprog. Hans ''Standard Alphabet for reducing unwritten languages and foreign graphic systems to a uniform orthography in European letters'' (1863), hvoraf 1. udgave udkom 1855, er et sådant forsøg, anvendt på 120 sprog. Hans sidste værk var ''Längenmasse der Alten'' (1884).
Historie Universiteter Undervisning