Det nuværende gods går tilbage til en [[borg]], som i senmiddelalderen tilhørte biskoppen i [[Slesvig by|Slesvig]] (senere med sæde i [[Svavsted]]) og senere blandt andre [[Johann Skondelev]], som imidlertid overlod den til [[Margrete 1.|dronning Margrethe]] som led i hendes bestræbelser på at genvinde kontrollen over [[Hertugdømmet Slesvig]]<ref>Albrechtsen, s. 246, 255</ref>. Borgen blev ødelagt under kampene mellem danskerne og holstenerne i 1417, men fortsatte derefter som bispegods. I 1539 solgte biskoppen godset og omegnen til godsejeren på [[Sakstrup]]. Som led af oprettelsen af de nye adelige godser blev mange landsbyer og gårde på Svansø nedlagt<ref>M. Mørk Hansen og C. L. Nielsen: ''Kirkelig Statistik over Slesvig Stift'', 3. bind, Kjøbenhavn 1864, s. 353</ref> og indbyggerne flyttet til godserne. Til Stubbe hørte i 1500-tallet flere besiddelser i Risby Sogn (Bystrup, Risby), [[Siseby Sogn]] ([[Guggelsby]] og [[Siseby]]) og i [[Borne Sogn]] i [[Angel]] ([[Kisby]]). Senere blev godsområdet udvidet med flere ejendomme i Siseby Sogn ([[Guggelsby]], Bøsby, [[Pommerby (Svans)|Pommerby]] og [[Simmert]]), i [[Karby Sogn (Sydslesvig)|Karby Sogn]] (Karlbjerg og [[Kobberby]]). I en kort periode blev også Risby og Petermis lagt under Stubbe, men kom i 1632 igen under [[Sakstrup]]. Besiddelserne i Siseby blev før 1617 solgt til [[Binebæk]] gods, besiddelserne i Kisby til [[Lindå (Angel)|Lindå]] i Angel. Stubbe udgjorde et selvstændigt underretsdistrikt i [[Svans godsdistrikt|Svans Godsdistrikt]] (det tidligere Risby Herred), indtil patrimonialjurisdiktionen blev afskaffet i 1853. Samme år kom godset under det nyoprettede Egernførde Herred<ref>Gerret Liebing Schlaber: ''Administrative tilhørsforhold mellem Ejderen og Kongeåen indtil 2007'', Flensborg 2007, s. 384</ref>.
Jordbrug