I 1537 blev universitetet genetableret af [[Christian 3.]], som i 1539 udstedte en ny fundats for universitetet.<ref>Morten Fink-Jensen (red.), ''Fundats og ordinans for Københavns Universitet 1539,'' København 2020.</ref> Hovedansvaret for indholdet af den nye fundats blev lagt i hænderne på [[Johannes Bugenhagen|Johann Bugenhagen]] fra Wittenberg. De fire oprindelige fakulteter blev opretholdt, men det teologiske fakultet indtog den altdominerende rolle, fordi universitetets hovedopgave blev uddannelsen af nye lutherske sognepræster. Universitetet havde før reformationen en årlig studenterpopulation på ca. 40-60. Herefter voksede tallet støt og var ved 1600-tallets begyndelse tidoblet.
Historie Foreninger Organisationer Uddannelsesinstitutioner