Vela rejste fra Spanien i december 1542 og ankom til Lima den 17. maj 1544. Blasco Núñez Vela blev mødt med betydelig skepsis af den lokale elite i Lima. Francisco Pizarros bror, Gonzalo Pizarro, der kontrollerede de sydlige dele af provinsen nægtede at anerkende Velas autoritet. Vela anså guvernør Cristóbal Vaca de Castro for at samarbejde med Piazarro og lod ham arrestere. Vela måtte dog konstatere, at der var udbredt modstand mod de nye love, og han underskrev i samarbejde med de lokale stormænd en anmodning til Karl 5. om at suspendere indførelsen. Vela fastholdt dog, at han ikke på egen hånd kunne suspendere de nye love. I september 1544 kom Vela i skænderi med en spanier i Lima, som Vela beskyldte for forræderi, hvorefter Vela dræbte ham. Audienciaen brød herefter åbent med Vela, og fik ham arresteret og sendt tilbage til Spanien. Audienciaen udnævnte herefter i stedet Gonzalo Pizarro som guvernør i provinsen og til at være den spanske konges lovlige repræsentant.
Historie