Shermanss vigtigste opgave som øverstkommanderende general var at beskytte opbygningen og driften af jernbanerne mod angreb fra fjendtlige indianere. I sine kampagner mod indianerstammerne gentog han strategien fra borgerkrigen og prøvede ikke alene på at besejre krigerne, men også at på at ødelægge de ressourcer, som gjorde, at de kunne føre krig. Denne politik omfattede en kraftig reduktion i antallet af bisonokser, som var den primære føde for indianerne på prærien.<ref>Se Isenberg, pp. 128, 156</ref> Trods sin barske behandling af de krigsførende stammer var Sherman en højlydt modstander af de spekulanter og embedsmænd, som ikke behandlede indianerne rimeligt i reservaterne.<ref>Se, f.eks., Lewis, pp. 597–600</ref>
Erhvervsliv