Programmet ntpd starter på to forskellige måder alt efter om der findes en fil med oplysninger om den lokale tidskilde eller ej. Hvis der ikke er opsamlet data, vil <tt>ntp-wait</tt> blokere og <tt>ntpd</tt> begynder at estimere fejlen på det lokale ur. Der beregnes to parametre. Først beregnes frekvensfejlen. Frekvensfejlen fortæller, hvor meget serverens ur tikker for hurtigt eller langsomt. Derefter beregnes, hvor meget serverens tid afviger fra den korrekte UTC-tid. Når disse to ting er på plads, kan <tt>ntpd</tt> begynde at besvare forespørgsler fra klientprogrammer og <tt>ntp-wait</tt> blokerer ikke længere. Når der er registreret data om frekvensfejlen, vil <tt>ntpd</tt> hurtigt korrigere tiden på den lokale maskine og begynde at besvare forespørgsler.
Filosofi Internetteknologi