Til forskel for forgængeren, ''[[Imaginaerum]]'', hvor temaerne er fantasi og [[fantasy]], så behandler ''Endless Forms Most Beautiful'' [[videnskab]] og fornuft. Den fokuserer på [[Charles Darwin]] og [[Richard Dawkins]]' [[evolutionsteori]]er, og sidste del af albummet citerer passager fra deres bøger. Begge forfattere har haft indflydelse på albummets numre; ''[[The Ancestor's Tale]]'' inspirerede "Endless Forms Most Beautiful", og ''[[The Greatest Show on Earth: The Evidence for Evolution]]'' inspirererede "The Greatest Show on Earth". Nogle af sangene, som "Edema Ruh" (inspirereret af [[Patrick Rothfuss]]' roman ''[[The Name of the Wind]]''), har stadig fantasifulde temaer.
Musik Kultur Organisationer