Kampen var imidlertid dermed ikke afgjort. En besværlig guerillakrig tog til, så meget sværere at få gjort en ende på, som oprøret spredte sig til andre dele af kolonien. I juli havde en halvherero ved navn Morenga med nogle hottentot-styrker påbegyndt fjendtligheder i de sydlige distrikter, og i oktober begyndte Witbooi på ny at røre på sig og udstedte en formelig krigserklæring mod tyskerne. Hans første krigshandling var at dræbe 60 tyskere. Trotha, som havde indledt en formelig jagt på herero-krigerne, vendte sig efter at have modtaget forstærkninger mod hottentotterne, erobrede i november Witboois højkvarter Eietmont og tilføjede dem i januar 1905 yderligere et nederlag.<ref name="NF 609"/> Under hele året fortsatte imidlertid guerillakrigen, som uophørligt krævede stadigt nye opofrelser fra Tysklands side. Først efter Hendrik Witboois død i november begyndte de oprørske at opgive kampen. Hans søn Samuel Isaac kapitulerede kort efter over for Leutweins efterfølger som guvernør v. Lindequist. Morenga blev i maj 1906 jaget over den engelske grænse, hvor han endte i engelsk fangenskab. Men ikke før end i december kapitulerede bondelzwaart-hottentotterne, og det varede endda til april 1907, inden freden kunne proklameres. Morenga, som nu blev befriet, forsøgte visserlig endnu en gang at anstifte uroligheder, men han blev af de engelske myndigheder i Kaplandet uskadeliggjort og dræbt. De tilbageværende oprørsgrupper trængtes i løbet af 1908 ud i [[Kalahari-ørkenen]]. De indfødte blev afvæbnede, og deres ejendom blev i stor udstrækning konfiskeret.<ref name="NF 610"/>
Filosofi Historie Tidligere_riger,_stater,_protektorater,_kolonier_og_lande Foreninger Organisationer