[[1631]] havde Stephanius ægtet Anne, datter af dr.med. Matthis Jacobsen i [[Århus]] og søster til Stephanius' gode ven og studiefælle fra Leiden, [[Jacob Matthiesen]], der endte som biskop i Århus. Dette såre lykkelige [[ægteskab]] varede dog kun kort, da hustruen døde [[10. februar]] [[1633]]. Siden ([[26. oktober]] [[1634]]) blev Stephanius gift med Thale, datter af magister [[Elias Eisenberg]], der først var professor ved Københavns Universitet og siden [[provst]] på [[Samsø]]. Da Eisenberg (død [[1635]]) efterfulgtes i embede og ægteskab af ovennævnte Svaning, som hidtil havde været rektor i Sorø, blev denne således, skønt yngre end Stephanius, hans svigerfader.
Historie