Prunk har været aktivt involveret i politik. Som en tidlig beundrer af Jože Pucnik, blev Prunk, efter demokratiseringen af Slovenien, medlem af den Demokratiske Opposition i Slovenien. Han var et aktivt medlem af det Slovenske Demokratiske Parti (kendt som Slovensk Demokratisk Parti mellem 1989 og 2003). Mellem 1992 og 1993 arbejdede Prunk som Minister for Slovenerne udenfor Slovenien og for nationale minoriteter i Slovenien i Janez Drnovšeks første koalitionsministerium<ref>{{cite web|url=http://www.vlada.si/en/about_the_government/former_governments/#c536|title=Former Governments|publisher=[http://www.vlada.si/en Government of the Republic of Slovenia] from 1992-1993|access-date=29. april 2014|archive-date= 9. december 2009|archive-url=https://web.archive.org/web/20091209004848/http://www.vlada.si/en/about_the_government/former_governments/#c536|url-status=dead}}</ref>. Efter 1994 trak Prunk sig tilbage fra politik i over et årti. Før de parlamentariske valg i 2004 førte han kampagne for det Slovenske Demokratiske parti. I 2005 blev han udvalgt af den udenlandske minister Dimitrij Rupel, som præsident for den Slovensk-Kroatiske kommission,<ref>{{cite web|url=http://mzz.gov.si/index.php?id=13&type=98&no_cache=1&L=2&no_cache=1&L=2&tx_ttnews%5Btt_news%5D=8487&tx_ttnews%5BbackPid%5D=141|title=Second session of the Slovenian-Croatian historical commission|publisher=[http://mzz.gov.si/en Ministry of Foreign Affairs]|date=2005-12-01|access-date=29. april 2014|archive-date= 3. august 2008|archive-url=https://web.archive.org/web/20080803030246/http://www.mzz.gov.si/index.php?id=13|url-status=dead}}</ref> etableret af de to landes regeringer for at gøre opmærksom på landenes historiske relationer.<ref>{{cite web|url=http://www.dnevnik.si/novice/slovenija/154377|title=Slovensko-hrvaška zgodovinska komisija: Odnosi predvsem dobri|publisher=[[Dnevnik (Ljubljana)|Dnevnik Newspaper]]|date=2005-12-02|language=sl}}</ref> Mellem 2004 og 2008 arbejdede han som formand for det Slovenske Demokratiske partis indre komité for uddannelsespolitik. Han trak sig tilbage i 2008 pga. uenigheder om regeringens politik der begunstigede private universiteter. Efter splittelsen fra partiet blev han meget kritisk overfor den daværende premierminister Janez Janša, som han anklagede for at være "liberal med et autoritativt strejf, som bestræber sig på at blive en Slovensk [[Józef Piłsudski|Piłsudski]]".<ref>{{cite web|author=Janko Prunk|title=Janez Janša in njegova stranka po štirih letih na oblasti: L'État, c'est moi!|publisher=[[Delo|Delo Newspaper]]|date=2008-09-16|language=sl}}</ref> Efter de parlamentariske valg i 2008, forklarede Prunk at hans skuffelse over det Slovenske Demokratiske Parti var en konsekvens af partiets neoliberale drejning. Ifølge Prunk vendte partiet ryggen til idealerne om velfærdsstaten udarbejdet af partiets grundlægger Jože Pucnik.<ref name=Dnevnik_1>{{cite web|url=http://www.dnevnik.si/novice/slovenija/1042232576|title=Janševa garnitura je lahko zadovoljna, da je izgubila|publisher=[[Dnevnik (Ljubljana)|Dnevnik Newspaper]]|date=2008-12-27|language=sl}}</ref> Prunk kritiserede også partiets præsident, [[Janez Janša]], for hans karismatiske type af lederskab, og angav at partiet formentlig ville kollapse hvis Janša demissionerede.<ref name=Dnevnik_1/>
Levende_personer