Jakob Kaiser søgte imidlertid at lægge afstand til SMAD og til SED. På CDU's anden partikongres den 6. september 1947 holdt Kaiser en tale, hvori han krævede, at CDU måtte være en "bølgebryder mod [[dogme|dogmatisk]] [[marxisme]] og dens [[Totalitarismetotalitære]] tendenser". Den 20. december 1947 blev Jakob Kaiser og dennes støtter imidlertid fjernet fra partiets ledelse. I stedet blev på næste partikongres i september 1948 valgt den langt mere samarbejdsvillige [[Otto Nuschke]]. Forinden var den ligeledes SMAD- og SED-venlige [[Georg Dertinger]] i 1946 tiltrådt som generalsekretær for partiet. Under Nuschke ændrede CDU politik til at være langt mere imødekommende overfor SMAD og SED, ligesom Kaisers støtter blev udrenset af partiet. I 1950 opstod atter en bølge af forfølgelse i forbindelse med den tvungne tilbagetræden den saksiske CDU-leder [[Hugo Hickmann]]. Antallet af CDU-medlemmer, der blev arresteret eller flygtede fra DDR steg kraftigt. I 1950 blev 118 CDU-medlemmer anholdt som følge af politiske grunde mod 61 året før. I de følgende år forblev antallet af anholdelser på niveau med 1950. Hvor antallet af flygtede CDU-medlemmer til Vesten i 1949 var gennemsnitligt 20 om måneden, steg tallet i 1950 til mere end hundrede. Konsekvensen af tilpasningen til SED indebar en kraftig tilbagegang i antallet af medlemmer af CDU. Fra at have haft omkring 200.000 medlemmer i 1947 var medlemstallet i 1950 faldet til 150.000 som følge af medlemmer, der havde nedlagt deres hverv, flygtet til Vesten eller blevet ekskluderet.<ref>Ehrhart Neubert: ''Ein politischer Zweikampf in Deutschland.'' Freiburg 2002, {{ISBN|3-451-28016-7}}, S.&nbsp;36–37</ref><ref>Richter: ''Die Ost CDU.'' S. 403–405.</ref>
Filosofi Historie Foreninger Organisationer