Den 29. august 1944 blev Nielsen efter et møde med "Citronen" fundet død af et pistolskud i brystet. Den officielle forklaring var også den gang, at det var et vådeskud. Flere centrale personer i [[Holger Danske (modstandsgruppe)|Holger Danske]] mente dog at vide, at "Citronen" havde dræbt Morten Nielsen. Motivet skulle være jalousi, fordi Nielsen skulle have haft en affære med "Citronen"s kone. Ved sin død var Nielsen imidlertid kæreste med Tutti Lütken, omtalt i Tove Ditlevsens erindringsbog ''[[Gift (bog)|Gift]]''.<ref name="autogeneret1">[https://fyens.dk/artikel/morten-nielsen-og-citronen-2008-5-5 Morten Nielsen og "Citronen" | fyens.dk<!-- Botgenereret titel -->]</ref> Om Nielsens død skriver [[Arne Herløv Petersen]], at Morten Nielsen skulle aflevere en [[Luger P08|Luger]]-[[pistol]] til [[Jørgen Haagen Schmith]] ("Citronen") og blev ramt af et skud i brystet. [[Thomas Bredsdorff (litteraturhistoriker)|Thomas Bredsdorff]] har undersøgt sagen, og kom til den konklusion, at det nok var et vådeskud.<ref>[http://densmallebog.blogspot.com/2018/10/morten-nielsen_2.html DEN SMALLE BOG: "Har lige læst Dagbogen igennem og overvejer at brænde den ..."<!-- Botgenereret titel -->]</ref>
[[Fil:Budolfi Kirke.JPG|thumb|[[Budolfi Kirke]].]]
Mødet med "Citronen" drejede sig om en våbenoverlevering, deriblandt afprøvningen af en pistol. Lugeren var kendt for at være usikker; den kunne gå af ved mindste berøring af aftrækkeren. Da der blev taget ladegreb, gik skuddet af oppefra og nedefter. Det ramte Morten Nielsen i hjertet og gik derfra ud gennem ryggen. Han var død på stedet. Ifølge Nielsens ungdomsven Mogens Krustrup havde Nielsen fået i opgave at overlevere "Citronen" en række [[våben]]. Så gik et skud af, sandsynligvis affyret af "Citronen", selv om han aldrig indrømmede det. Han forklarede tværtimod, at Nielsen havde skudt sig selv. Men ud fra skudvinklen er den forklaring helt umulig, og Morten Nielsen havde intet motiv for pludselig at begå [[selvmord]]. Noget depressivt gemyt var han heller ikke. "Citronen" var efterfølgende meget tavs og præget af hændelsen. Ved [[begravelse]]n den [[5. september]] fra [[Budolfi Kirke]]<ref>[https://books.google.no/books?id=oOiXDgAAQBAJ&pg=PT235&lpg=PT235&dq=budolfi+kirke+morten+nielsen&source=bl&ots=u2F7IwHdBr&sig=ACfU3U0g9fR_J-SWqI73bVw_Nqo2CH-IRg&hl=en&sa=X&ved=2ahUKEwj2l8zl8I_lAhV3wMQBHUQKCnEQ6AEwAXoECAgQAQ#v=onepage&q=budolfi%20kirke%20morten%20nielsen&f=false] Foto fra begravelsen</ref> i Aalborg, skulle "Citronen" ifølge Krustrup have henvendt sig til den afdødes mor, som om han ville undskylde sig; men da han selv døde 14 dage efter, kan oplysningen ikke bekræftes.<ref name="autogeneret1" />
Organisationer Uddannelsesinstitutioner