Den 5. november 1918 blev han udpeget til Krigs- og flådeminister i den [[Provisoriske alrussiske regering]]. Den 7. november begyndte Koltjak at tage fat på sine nye opgaver med sine første ordrer til at opbygge centrale ministerielle organer og en Generalstab. Næste dag tog Koltjak til fronten for ved selvsyn at gøre sig bekendt med hærens tilstand og dens ledere.
I november 1918 bliver denne upopulære regionale regering væltet ved et britisk sponseret ''[[Statskup|coup d'etat]]''. Da Koltjak vender tilbage til Omsk den 16. november bliver han kontaktet, men nægter at overtage magten. Den 18. november blev [[Det Socialrevolutionære Parti]]s (SR) leder og medlemmer af regeringen arresteret af [[Hétman|ataman]] [[Ivan Krasilnikov]] og nogle af hans tropper. Disse politikere blev udvist fra Sibirien og endte senere i Europa. De resterende regeringsmedlemmer mødtes og stemte for, at Koltjak skulle blive leder af regeringen og med [[Undtagelsestilstand|nødretlige]] beføjelser. Koltjak fik titlen ”Ruslands Øverste Hersker” (Verkhovnyj Pravitel Rossii) og han udnævnte sig selv til [[Admiral]]. Samme dag udsendtes denne ”Ordre fra den Øverste Hersker til den russiske befolkning”:
<blockquote>
”Den [[Provisoriske alrussiske regering]] er brudt sammen. Ministerrådet, der havde al magt, har overdraget den til mig, Admiral A. Koltjak. Efter at have påtaget mig at bære dette magtens kors under ekstremt vanskelige forhold i borgerkrigen og den fuldstændige forstyrrelse af statslivet, erklærer jeg:
- Jeg vil hverken gå reaktionsvejen eller den katastrofale sti af partistridigheder. Mit hovedmål er at skabe en kampklar hær, besejre bolsjevismen og etablere lov og orden, så folket frit kan vælge deres egen regeringsform og implementere de store ideer om frihed, der nu er proklameret over hele verden. Jeg opfordrer jer, borgere, til enhed, til bekæmpelse af bolsjevisme, arbejde og ofring. ”
Øverste Hersker, Admiral Koltjak,
18. november 1918, Omsk.<ref> Гражданская война в России (1918 - 1921 гг.). Хрестоматия. - М., 1925. p. 298 </ref>
</blockquote>
Kultur