Flores tilhørte det udenlandske militær. Han blev født i Venezuela og havde kæmpet for selvstændigheden sammen med Bolívar, som havde udset ham til Ecuadors guvernør under forbundet i Gran Colombia. Han havde ikke megen uddannelse men giftede sig trods dette ind i Quiteño-eliten og blev i det mindste i begyndelsen accepteret af den kreolske overklasse. Som leder var han dog mest interesseret i at beholde sin magt. Militære udgifter under frihedskrigen og en mislykket kamp for at bryde Caucaprovinsen ud af Colombia i 1832, tømte statens kasse samtidig, som andre problemer lagdes til side.<ref name="confusion"/> I 1833 begyndte fire intellektuelle at udgive ''El Quiteño Libre'' for at kritisere "udlændingenes udplyndring af statskassen", men de blev myrdede af myndighedspersoner, mens Flores var bortrejst fra Quito. Til trods for, at Flores ikke påviseligt var direkte inblandet i mordene, blev han alligevel uundgåeligt forbundet med dem, og kritikken mod hans styre voksede. I 1834 gjorde oppositionelle oprør i et forsøg på at få bragt José Vicente Rocafuerte de Bejarano til magten. Rocafuerte indgik i det Guayaquilske [[aristokrati]] og var vendt tilbage efter 14 år i udlandet. Oprøret mislykkedes, men Flores valgte senere Rocafuerte som sin modkandidat og støttede ham som præsidentkandidat. Under de fire år, som fulgte denne politik, i praksis nationens første statskup, fortsatte Flores med at udøve en betydende magt i kulisserne som militærets øverstbefalende.<ref name="confusion"/>
Historie