Andrej Tupolev og den øvrige ledelse af TsAGI blev i 1937 arresteret og anklaget for sabotage, spionage og støtte til det russiske fascistparti. Mange af Tupolevs kolleger blev henrettet. Tupolev blev fængslet og blev i 1940 idømt 10 års fængsel, men blev imidlertid løsladt i 1941 efter Tysklands [[operation Barbarossa|invasion af Sovjetunionen]] for at "udføre vigtigt arbejde for forsvaret".<ref>{{cite journal|magazine=Flying Magazine|date=april 1973|page=37|title=Reporting Points|author=George C. Larson|volume=92|issue=4}}</ref> Han blev først fuldt [[rehabilitering|rehabiliteret]] to år efter [[Josef Stalin]]s død i 1953.
Naturvidenskab