Sidst i [[1806]] afsluttede Hegel sit første hovedværk, ''Phänomenologie des Geistes'' (udgivet i [[1807]]), som afveg en del fra hans tidligere mere schellingsk påvirkede skrifter. Schelling var for usystematisk anlagt, mente Hegel. <ref>Arne Næss: Filosofiens historie 2, s. 13</ref> Schelling opfattede en kritik i forordet til ”Fænomenologien” som rettet mod sit arbejde, og hans venskab med Hegel sluttede brat. Da [[Napoleon]]s hær besatte Jena, blev universitetet lukket, netop som Hegel gjorde manuskriptet færdigt. Da han blev forstyrret af franske soldater i sit logi, frygtede han så meget for sit manuskript, at han flyttede ud.
Filosofi