Han var imidlertid involveret i konflikter i byen. Der foregik en langvarig strid om hvad slags ret, han han havde til indtægterne ved salg af teksthæfter til kantater og passioner, han selv havde skabt. Denne strid vandt han så sent som i 1757. Desuden oplevede han, at kirkerådet for de fem hovedkirker (''Kollegium der Oberalten'') protesterede imod, at Telemann i 1722 skulle opføre nogle af sine kantater i et fornemt værtshus. Telemann udtrykte på sin side, at han var misfornøjet med sin løn og hævdede, at han havde for lille en bolig. Samlet var alt dette nok årsag til at han søgte posten som ''Thomaskantor'' i Leipzig efter Kuhnaus død. Telemann blev enstemmigt indstillet foran de fem andre ansøgere, og den 3. september 1722 indleverede han sin afskedsansøgning. Byrådet hævede da umiddelbart hans løn med 400 lübske Mark. Resultatet blev, at Telemann valgte at frasige sig stillingen som Thomaskantor<ref>Også ansøger nummer to på indstillingslisten, [[Christoph Graupner]], frasagde sig tilbuddet, så til sidst måtte man ansætte treeren, [[Johann Sebastian Bach]].</ref> og forblev i Hamburg. Hans samlede årsindkomst var nu ca. 4.000 Mark.
Musik Biblioteks-_og_informationsvidenskab