[[Inkubationstid]]en, dvs. perioden fra flåtbidet til tidspunktet hvor nogle får influenza-lignende symptomer, er normalt omkring en uge, men der kan gå op til tre uger.<ref name="Netdoktor"/> Den influenza-lignende sygdom ("sommerinfluenza"), som op til omkring 25% får, varer generelt fra 2 til 7 dage.<ref name=SSIsygdomsleksikon/> Nogle få dage til tre uger efter de influenza-lignende symptomer er stoppet (og man føler sig generelt rask) udvikler omkring {{1/3}} [[hjernebetændelse]], med de typiske symptomer på den sygdom.<ref name=SSIsygdomsleksikon/><ref name="Netdoktor"/> De fleste der får TBE hjernebetændelsen kommer sig, men ca. {{1/3}} af dem der måtte hospitalsindlægges får varige neurologiske skader som eksempelvis lammelser, høreskader eller indlæringsvanskeligheder.<ref name=SSIsygdomsleksikon/><ref name=SSI23juli2019/> Generelt er ældre i større risiko for at få et alvorligt forløb ved TBE, mens børn oftere har et langt mindre alvorligt sygdomsforløb.<ref name="Netdoktor"/> Dødeligheden blandt de tilfælde af sygdommen som man finder, dvs. [[case fatality rate]] (en betydelig del af dem uden symptomer eller med kun milde symptomer overses formodentlig), er på 1–2%.<ref name=SSIsygdomsleksikon/><ref name=CDC26januar2023/>
Vira