Hans tilbagetræden som krigsminister den [[29. december]] blev fremskyndet af, at Buchanon nægtede at beordre major [[Robert Anderson (major)|Robert Anderson]] til at opgive [[Fort Sumter]], hvilket senere ledte til krigens udbrud. Den 27. januar blev han ved en domstol i [[Washington D.C.|Washington]] tiltalt for sammensværgelse og bedrageri. Floyd mødte op i kriminalretten i Washington D.C. den [[7. marts]] for at besvare anklagerne mod sig. Ifølge bladet ''Harper's Weekly'' blev anklagen afvist:
{{Citat2|Anklagen mod Floyd afvist. Anklagen mod tidligere krigsminist,er Floyd er blevet afvist af retten i Washington med begrundelsen – for det første, at der ikke var noget bevis på, at han havde begået bedrageri og for det andet at anklagen om embedsmisbrug i sagen om indianske obligationer var udelukket fra at blive prøvet i en retssag som følge af loven af 1857, som forbyder retsforfølgning, når en involveret part  har afgivet vidnesbyrd til en kongreskomite om den pågældende sag.|''Harper's Weekly''|[[30. marts]] [[1861]]}}
Tidligere_riger,_stater,_protektorater,_kolonier_og_lande