De kystnære farvande omkring parken frekventeres af [[delfiner]] [[øresvin]], [[almindelig delfin]] og lejlighedsvis af [[stribet delfin]].<ref name="fauna" /> Parken er et af de sidste tilbageværende ynglehabitater for den truede [[middelhavsmunkesæl]], der findes i parkens [[Hule|klipper og huler.]]<ref>{{Cite web|title=DISTRIBUTION OF MAMMALS IN ALBANIA|url=http://www.italian-journal-of-mammalogy.it/article/download/4095/4031.|website=italian-journal-of-mammalogy.it|page=6|language=en|format=PDF|access-date=2017-11-22|archive-url=https://web.archive.org/web/20160923134513/http://www.italian-journal-of-mammalogy.it/article/download/4095/4031|archive-date=2016-09-23}}</ref> <ref>{{Cite web|last=Lefter KASHTA, Sajmir BEQIRAJ, Virginie TILOT, Violeta ZUNA, Eno DODBIBA|title=THE FIRST MPA IN ALBANIA, SAZANI ISLAND – KARABURUNI PENINSULA, AS A REGIONAL PRIORITY CONSERVATION AREA FOR MARINE BIODIVERSITY|url=http://www.zrsvn.si/dokumenti/63/2/2011/Kashta_2525.pdf|website=zrsvn.si|page=10|language=en|access-date=2018-07-22|archive-url=https://web.archive.org/web/20140819102817/http://www.zrsvn.si/dokumenti/63/2/2011/Kashta_2525.pdf|archive-date=2014-08-19}}</ref> <ref>{{Cite web|title=Protected area gap assessment, marine biodiversity and legislation on marine protected areas|url=http://www.undp.org/content/dam/albania/docs/Albania%20Protected%20Area%20Gap%20Assessment.pdf|website=undp.org|page=32|language=en|access-date=28. februar 2021|archive-date= 2. august 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170802165036/http://www.undp.org/content/dam/albania/docs/Albania%20Protected%20Area%20Gap%20Assessment.pdf|url-status=dead}}</ref> [[Havskildpadder]] er ikke ualmindelige i parkens lave kystvand. Der er to arter af havskildpadder, såsom den [[uægte karette]] og [[læderskildpadde]], der regnes som regionalt truede arter. <ref>{{Kilde bog|efternavn=Michael Bright|titel=1001 Natural Wonders You Must See Before You Die|udgiver=Book Sales, 2017|isbn=9780785835837|side=448|url=https://books.google.com/books?id=3ZNADwAAQBAJ&q=sea+turtles+butrint&pg=PA448|sprog=en|format=Book|dato=2017-10-24}}</ref>
[[Fil:Butrint_Turtles.jpg|right|thumb|220x220px| Den [[Europæisk sumpskildpadde|europæiske sumpskildpadde]] findes ofte i parkens områder.]]
Parken er rig på fugleliv med over 246 arter, der bor i forskellige levesteder i hele området.<ref name="fauna" /> Mange yngler , og andre er [[trækfugl]]e, der passerer gennem Adriaterhavets trækrute.<ref>{{Cite web|last=Euronatur|title=Adriatic Flyway|url=https://www.euronatur.org/en/what-we-do/endangered-species/migratory-birds/campaign-on-bird-hunting/adriatic-flyway/|website=euronatur.org|language=en|access-date=28. februar 2021|archive-date=18. september 2020|archive-url=https://web.archive.org/web/20200918125327/https://www.euronatur.org/en/what-we-do/endangered-species/migratory-birds/campaign-on-bird-hunting/adriatic-flyway/|url-status=dead}}</ref> <ref>{{Cite web|last=Euronatur|title=ADRIATIC FLYWAY - BIRD CONSERVATION ON THE BALKANS|url=https://www.euronatur.org/fileadmin/docs/Vogeljagd-Kampagne/Adriatic_Flyway_Proceedings_04-05-17.pdf|website=euronatur.org|language=en|access-date=28. februar 2021|archive-date=16. maj 2021|archive-url=https://web.archive.org/web/20210516001729/https://www.euronatur.org/fileadmin/docs/Vogeljagd-Kampagne/Adriatic_Flyway_Proceedings_04-05-17.pdf|url-status=dead}}</ref> De vigtigste fugle i parken, omfatter [[kongeørn]], [[vandrefalk]], [[Stenhøne|stenhøns]], [[pirol]] og [[musvåge]] . Bugterne og flodmundingerne langs [[Det Joniske Hav|Det Ioniske Hav]] er en vigtig overvintringsdestination for fugle. [[Vådområde]]rne tjener som spise- og hvilesteder for den [[taffeland]], [[skarv]], den [[toppet lappedykker]], den [[blishøne]] og den [[hættemåge]]. [[Rørsump|Rørskovene]] bruges af [[grønbenet rørhøne]], [[vandrikse]], [[blå kærhøg]], r[[Rørhøg|ørhøg]], [[tamarisksanger]] og [[pungmejse]]. [[Sump]]ene tilbyder fodringssteder for [[silkehejre]]n, [[strandhjejle]], [[hjejle]] og [[almindelig ryle]]. De fleste af vandfuglene er koncentreret i kystnære sumpe som den [[storspove]], [[rødben]] og [[splitterne]] .
Naturbeskyttelse Foreninger Organisationer