3D-PET er mest følsomt, men også mere modtagelig overfor fejlmålinger som [[spredning]], [[strålingskilde]]r udenfor optagelsesområdet, tilfældige fotonfyringer og dæmpning. De tre første fejlmålinger er anledning til registrerede LOR’s, der er ikke eksisterende. Dæmpning vil derimod gøre, at fotoner ikke registreres, og elektron-positron sammenstød, der er fundet sted, forkastes som en tilfældig hændelse. Dette er netop et af de store problemer ved PET. Der kan dog korrigeres for det ved at benytte kombinerede PET/CT-skannere, hvor samme apparat kan udføre PET-skanning og [[Computertomografi|CT-scannere]]. Her benyttes CT-billedet til at estimere og korrigere for dæmpningen. En anden fordel er, at det med PET/CT er muligt [[anatomi]]sk at bestemme radioaktiv aktivitet. Dette er da også grunden til at netop PET/CT i stigende grad anvendes til diagnosticering.{{kilde mangler|dato=maj 2017}} I sidste ende er PET dog begrænset af den afstand en β<sup>+</sup>-partikel skal tilbagelægge, for at støde sammen med en elektron. I biologisk væv, er denne afstand dog så lille at den i dette tilfælde kan ignoreres.
Lægevidenskab