Han planlagde også store reformer på [[Københavns Universitet]]. Den norske biskop [[Johan Ernst Gunnerus]] blev kaldt til København for at udarbejde planerne. Gunnerus fremlagde sine resultater den [[16. december]] 1771, men Struensee var ikke helt tilfreds og gik i gang med at revidere forslagene.<ref>Jens Glebe-Møller, 2007, s. 42.</ref> Han nåede dog aldrig til udførelsen af universitetsreformen, før han blev væltet fra magten. Det er tydeligt, at Struensee var utilfreds med det teologiske fakultets overherredømme i [[konsistorium (universitet)|konsistoriet]], og at planerne ville have ændret dette forhold. Da den jødiske læge [[Simon Salomon Polac]] i 1771 ansøgte om at måtte disputere om den medicinske doktorgrad ved universitetet, blev det afslået på grund af hans religion. Den 2. maj 1771 skrev Struensee til universitetet og fremhævede, at der fremover ikke skulle tages hensyn til religionen ved ansøgninger om doktorgraden. Religionen og fagligheden skulle være to adskilte størrelser.<ref>Jens Glebe-Møller, 2007, s. 43</ref> Dette skridt forstærkede utvivlsomt gejstlighedens udbredte utilfredshed. Blandt andre blev præsterne [[Jørgen Hee]] og [[Balthasar Münter (1735-1793)|Balthasar Münter]] samme år idømt bøder for i prædikerne ikke blot at have kritiseret Struensees styre, men i realiteten at have opfordret til oprør imod det.<ref>Jens Glebe-Møller, 2007, s. 44</ref>
Jura Titler Religion Samfund Historie Videnskab Død Uddannelsesinstitutioner Kriminalitet Universiteter