Disse kerneproteiner og negativt-strenget vRNA danner et kompleks, som transporteres ind i [[cellekerne]]n, hvor den RNA-afhængige RNA polymerase begynder at transskribere komplementært positivt-strenget vRNA (Stadie 3a og b).<ref>{{cite journal |last1=Cros |first1=J |last2=Palese |first2=P|title=Trafficking of viral genomic RNA into and out of the nucleus: influenza, Thogoto and Borna disease viruses |journal=Virus Res|volume=95 |issue=1–2 |pages=3–12 |date=september 2003 |pmid=12921991 |doi=10.1016/S0168-1702(03)00159-X}}</ref> Enten vil vRNA eksporteres til cytoplasmaet og translateres (stadie 4), eller forblive i kernen. Nydannede virale proteiner frigives enten fra [[Golgiapparat]]et til celleoverfladen (som f.eks. neuramidase og hæmagglutinin, (Stadie 5), eller transporteres tilbage til kernen for at binde vRNA og danne nye virale genomer (stadie 5a). Andre virale proteiner har en lang række forskellige mekanismer i værtscellen, bl.a. at nedbryde cellulært [[mRNA]], og bruge de frigivne [[nukleotid]]er til vRNA syntese, og også hæmme den almene cellulære [[Translation (biologi)|translation]] af mRNA.<ref>{{cite journal |last1=Kash |first1=J |last2=Goodman |first2=A |last3=Korth |first3=M |last4=Katze |first4=M |title=Hijacking of the host-cell response and translational control during influenza virus infection |journal=Virus Res |volume=119 |issue=1 |pages=111–20 |date=juli 2006 |pmid=16630668 |doi=10.1016/j.virusres.2005.10.013}}</ref>
Vira