=== F.C. København ===
Den 12. januar 2017 blev det offentliggjort, at Thomsen havde skrevet kontrakt med F.C. København gældende til sommeren 2021.<ref>[http://sport.tv2.dk/fodbold/2017-01-12-fck-koeber-kendt-ansigt-i-frankrig FCK køber kendt ansigt i Frankrig - TV 2<!-- Bot genereret titel -->]</ref> Kontrakten blev ikke fornyet ved udløb. Thomsen nåede at spille 90 kampe for FCK, men opholdet var plaget af skader.<ref>{{kilde | url = https://www.bold.dk/fodbold/nyheder/thomsen-blev-ikke-den-succes-jeg-haabede/ | titel = Thomsen: Blev ikke den succes, jeg håbede | udgiver = bold.dk | dato = {{dato|25-5-2021}} | fornavn = Jonas | efternavn = Dalgård | hentet = {{dato|27-5-2021}} }}</ref><ref>{{kilde | url = https://www.fck.dk/nyhed/nicolaj-thomsen-stopper-i-fck | titel = Nicolaj Thomsen stopper i FCK | udgiver = fck.dk | dato = {{dato|25-5-2021}} | hentet = {{dato|27-5-2021}} }}</ref>
Levende_personer