Efter, at den spanske konges repræsentanter havde mistet tilliden til ham, blev Pizarro tvunget til at vende tilbage til Spanien med en personlig henvendelse til [[Karl 5. (Tysk-romerske rige)|Karl 5.]] om tilladelse til at måtte gennemføre den tredje rejse. Pizarro fik tilladelsen og tillige titel som guvernør og generalkaptajn af Peru, en storsindet løn samt omfattende fordele. Almagro fik også vigtige, men mindre generøse titler og privilegier, og hans bitterhed over dette påvirkede den resterende erobring. Omkring det tidspunkt, hvor Karl 5. uddelte forskellige titler til Pizarro og Almagro, udså han Fernando de Luque til biskop af Tumbes. Inden, at Pizarro vendte tilbage til Panama i 1530, rekrutterede han nære familiemedlemmer, som skulle deltage i erobringen, blandt andre sine to brødre Gonzalo og Juan samt to halvbrødre. At så mange af Pizarros slægtninge skulle deltage, anstrengte forholdet til Almagro yderligere.<ref name="discovery"/>
Historie