Universitetet beholdt efter reformationen et vidtgående [[selvstyre]]. Rektor og dekanerne fungerede som dommere for alle, der var underlagt universitetets jurisdiktion. En fængselscelle beregnet på lovovertrædere, især studerende, findes stadig i universitetets kælder. Selvstyret gjaldt også økonomisk. Universitetet fik i 1537 af kongen overladt den nuværende Universitetsfirkant ved Frue Plads samt et stort jordegods på Sjælland som sin primære indtægtskilde. Med oprettelsen af [[Kommunitetet]] i 1569 blev dets økonomiske fundament forstærket. Fra omkring 1680 og frem til 1771 fungerede universitetets konsistorium som [[tamperret]] for Sjælland.<ref>[https://universitetshistorie.ku.dk/leksikon/t/tamperretten/ Tamperretten]. Københavns Universitet. Hentet 24/4-2019</ref> I 1771 blev universitetets selvstyre ophævet af [[Johann Friedrich Struensee|Struensee]].
Historie Foreninger Organisationer Uddannelsesinstitutioner