I 2002 blev de indre danske farvande ramt af det mest omfattende og langvarige [[iltsvind]] i nyere tid. I den sammenhæng blev Aarhus Bugt meget hårdt ramt. [[DMU]]’s undersøgelser i november 2002 og i marts 2003 viste, at der var store områder med tydelige og markante skader på bund[[fauna]]en. Især [[Kalø Vig]] og de vestlige dele af bugten, var kraftigt påvirket.
<ref>[http://www2.dmu.dk/1_viden/2_Publikationer/3_fagrapporter/rapporter/FR456.PDF Opgørelse af skadevirkninger på bundfaunaen efter iltsvindet i 2002 i de indre danske farvande]; Rapport nr. 456; 2003; DMU (Miljøministeriet)</ref> Amatør-optagelser fra sommeren 2015 viser at bundfaunaen og floraen har reetableret sig i nogle af de inderste og mest sårbare dele af bugten.<ref>Sebastian Nils: [https://www.youtube.com/watch?v=x4an5GQtYVk YouTube video], 7. juli 2015</ref>
Vand