Hvor langobarderne manglede den store interesse for de åndelige aspekter for de forskellige religioner og former for kristendom, så udartede forskellene snart i politiske uoverensstemmelser. Tilhængere af katolicismen anført af det [[bayerske dynasti]] var samtidig fortalere for en større integration med de indfødte romere og en strategi med opretholdelse af status quo i forholdet til byzantinerne. Mens hedningene, arianerne og tilhængerne af [[Trekapitelstriden|trekapitelskismaet]] med rødder i den nordøstlige del af riget (Østrig), ville beholde gamle, aggressive, langobardiske krigertraditioner. Således blev de prokatolske Agilulf, Theodolinda og [[Adaloald]] i [[626]] afløst af en lang fremgang for arianske fraktioner med aggressive, militaristiske konger som [[Rothari]] og [[Grimuald]], som herskede til [[690]], hvor [[Alahis]] led nederlag til [[Cunipert]]. Men en generel tolerance mod katolikkerne blev aldrig anfægtet af de forskellige arianske konger, der også i reglen valgte deres dronninger blandt prinsesser fra det katolske, bayerske dynasti for at sikre en større dynastisk legitimitet for deres styre.<ref name="Jarnut6162">Jarnut, s. 61-62.</ref>
Historie