Hans uddannelse var under strengt opsyn af hans mor, som forsøgte at opdrage ham til en [[den katolske kirke|katolsk]] regent. Undervisningen fulgte de gamle timeplaner fra [[Østrig-Ungarn]], og han måtte lære alle de store sprog i det tidligere dobbeltmonarki. I [[1930]] tog han sin [[Matura]] med udmærkelse i [[Baskerlandet (region)|Baskerlandet]]. Han blev myndig [[20. november]] samme år, og moderens formynderskab sluttede. Dermed blev Otto overhoved for huset Habsburg og af ''Ordenen af den gyldne Vlies''. I [[1935]] afsluttede han sit samfundsvidenskabelige studium med doktorgraden ved universitetet i [[Leuven]] i [[Belgien]].
Kultur