Efter uddannelse som gartner 1904-07 fik han tegneundervisning på [[Teknisk skole]] i [[København]] hos [[Holger Grønvold]] 1907-08. Fra 1908-11 gik han på [[Kunstakademiet]] i København hos [[Viggo Johansen]] og fik vejledning af [[Poul Christensen]]. I 1911 var han medhjælper hos farbroderen [[Niels Skovgaard]] på [[Høve Frimenighedskirke]] og blev siden medhjælper hos faderen på [[Viborg Domkirke]] fra 1912, i 1919 på [[Hvirring Kirke]] og på [[Lund Domkirke]] 1924 og 1927. Johan Thomas Skovgaard har udført talrige kirkeudsmykninger samt oliemalerier, tegninger, raderinger og bogillustrationer. Han var påvirket af faderen men danner samtidig overgang til en halvabstrakt [[naturalisme (billedkunst)|naturalisme]]. Ud over figurkompositioner er hans motivkreds landskaber og dyr, specielt fugle.
== Kirkeudsmykninger ==
* [[Bejsnap Kirke]] [[altertavle]] (1914); 
* [[Svogerslev Kirke]] altertavle (1918); 
* [[Vanløse Kirke]] glasmalerier (1919); 
* [[Mygind Kirke]] altertavle (1920); 
* [[Ålborg Hospitalskirke]] altertavle. (1924); 
* [[Linnerup Kirke]] [[freskomaleri]]er (1924); 
* [[Blære Kirke]] altertavle (1925); 
* [[Vojens Kirke]] [[glasmaleri]]er (1925); 
* [[Jelling Kirke]] freskomalerier (1926); 
* [[Messiaskirken]] glasmalerier (1926, 1956); 
* [[Egens Kirke]] altertavle (1928); 
* [[Ørding Kirke]] freskomalerier (1929); 
* [[De døves Kirke]] alterfresko 1929; 
* [[Nørre Bjert Kirke]] altertavle (ca. 1930) glasmalerier (1935); 
* [[Tårnby Kirke (Tårnby Kommune)|Tårnby Kirke]] freskomalerier efter udkast af Joakim Skovgaard (ca. 1930); 
* [[Durup Kirke (Skive Kommune)|Durup Kirke]] altertavle (1931); 
* [[Brøns Kirke]] glasmalerier (1931); 
* [[Snejbjerg Kirke]] altertavle (1933); 
* [[Genner Kirke]] glasmalerier (ca. 1935); 
* [[Sønder Dråby]] Kirke maleri 1935; 
* [[Nykøbing Sankt Clemens Kirke]] fresko 1936; 
* [[Stokkemark Kirke]] glasmalerier (1937); 
* [[Butterup Kirke]] altertavle (1938); 
* [[Kirke Skensved Kirke]] glasmalerier (1939); 
* [[Ørum Kirke (Hedensted Kommune)|Ørum Kirke]] ([[Bjerre Herred]]) relieffer i alterbord 1940; 
* [[Gershøj Kirke]] glasmalerier (1941); 
* [[Kirke Helsinge Kirke]] glasmalerier (1942); 
* [[Vedbæk Kirke]] glasmalerier (1946); 
* [[Pjedsted Kirke]] glasmalerier (ca. 1946); 
* [[Vester Tostrup]] Kirke altertavle (1947); 
* [[Gjerlev Kirke]] altertavle (1949); 
* [[Jegerup Kirke]] altertavle (1949); 
* [[Dåstrup Kirke]] glasmalerier (1949); 
* [[Fiskbæk Kirke]] altertavle (1950); 
* [[Hobro Kirke]] alter 1952 efter tegninger af Joakim Skovgaard; 
* [[Skanderup Valgmenighedskirke]] glasmalerier (1958);
* [[Kregme Kirke]] glasmalerier (1950-61); 
* [[Sir Kirke]] altertavle 1959; 
* [[Dybbøl Kirke]] galvlmalerier på stoleværk 1959; 
* [[Odense Valgmenighedskirke]] glasmalerier. (1963). 
* [[Immanuelskirken (Frederiksberg Kommune)|Immanuelskirken]] relief; Øster Velling Kirke krucifiksgruppe; 
* [[Hvirring Kirke]] alterudsmykning
Personbillede_savnes Kunst Maleri