Ved valget i 1901 kom han ind i det islandske [[Alting]] og spillede fra nu af en stor rolle. Hjemmestyrepartiet, hvortil han sluttede sig, var i det nævnte år i mindretal, og da der i Altinget blev vedtaget en forfatningsændring, som partiet var misfornøjet med, og da man mente på grund af [[systemskiftet]] i Danmark, at den ny regering ville blive mere lydhør over for islændernes ønsker, fattede partiet den beslutning at sende Hafstein til Danmark for der at gøre rede for sagernes stilling og søge at udvirke en bedring med hensyn til de politiske forhold. Hans mission kronedes med held, og det daværende ministerium gik ind på, at Island kunne få en særlig minister, boende i landet selv. Det i så henseende foreslåede ændringsforslag blev vedtaget 1902 og 1903, og 1904 blev Hafstein udnævnt til den første islandske indenlandske minister.<ref name="Salm 635"/>
Erhvervsliv