Den almindeligste form for spansk jordbesiddelse var gennem encomiendas. Bosætterne tildeledes jord med indbyggere og ressourcer i bytte mod, at de forsvarede territoriet, foretog religiøs uddannelse af urbefolkningen samt forestod indsamling af kronens årlige afgifter (halvdelen i guld og halvdelen i lokale produkter) fra encomiendornes indianske befolkning. I begyndelsen af 1600-tallet fandtes der omkring 500 encomiendor i Ecuador, men til trods for, at mange var relativt store, var de i almindelighed langt mindre end ejendomme andre steder i Sydamerika. En mængde reformer og reguleringer forhindrede ikke at encomiendorne egentlig blev et slaverisystem for indianerne, som udgjorde omkring halvdelen af Ecuadors befolkning. I 1589 indså audencias leder, at mange spaniolere accepterede tildelinger, som de efterfølgende solgte videre for selv at tage arbejde i byerne. Han stoppede derfor med at tildele ny jord til spaniolerne, men encomiendasystemet levede videre næsten til afslutningen af kolonitiden.<ref name="spanishcolonialera"/>
Historie