Konflikten mellem de to etniske grupper udviklede sig i første halvdel af 1990-erne til en borgerkrig, da særlig ''Front pour la restauration de l'unité et de la démocratie'' (FRUD), som bestod af tre militante afar-grupper, greb til våben mod Gouleds regime 1991. Året efter tog FRUD kontrol over flere dele af landet, især i nord, hvilket førte til, at præsidenten indkaldte militærhjælp fra Frankrig, som udstationerede soldater flere steder i landet. Gouled hævdede, at oprørerne var støttede af Etiopien, og den djiboutiske hær voksede i 1990-erne fra 2.500 til 25.000 mand. FRUD underskrev en fredsaftale med regeringen i 1994, og størstedelen af volden ophørte. Tilstandene var imidlertid ikke helt rolige før frem mod 2001.
Politik