Skoven fik sin nuværende afgrænsning i [[1798]], hvor den blev indfredet under forordningen for de kongelige skove. Da [[Københavns Universitet]] i 2011 ønskede at skille sig af med Allindelille Fredskov, opkøbte [[Danmarks Naturfredningsforening]] skoven og overdrog den efterfølgende til Danmarks Naturfond. Opkøbet af skoven fra staten skete under protest. Naturfredningsforeningen brugte således 5 millioner kroner på købet, da man var bekymret for, at skovens naturværdier ville komme under pres, hvis fredskoven endte på private hænder. Danmarks Naturfredningsforening mente ikke, at staten med et salg på det frie marked levede op til sin forpligtigelse til ifølge Natura 2000 planen at beskytte biodiversiteten på stedet.<ref>Holbæk Amts Venstreblad, 11. august 2011: ''Protestkøb af fredskov''</ref>
Naturbeskyttelse