Efter invasionen troede hertug Valdemar, at kronen var svækket og begyndte et oprør. Margrete og Erik måtte samle endnu en hær og drage til [[Jylland]], hvor de besejrede hertugen. Mens fredsforhandlingerne var i gang, samledes Valdemars allierede holstenere til angreb. Den 28. juli [[1261]] led enkedronningen og hendes søn et knusende nederlag ved [[Lohede]] og blev taget til fange.<ref name=lexopen>{{Cite web |url=http://lexopen.dk/biografi/er/Erik%205.%20Klipping.html |title=Erik 5. Klipping<!-- Bot genereret titel --> |access-date=16. juni 2009 |archive-date=27. januar 2020 |archive-url=https://web.archive.org/web/20200127232935/http://lexopen.dk/biografi/er/Erik%205.%20Klipping.html |url-status=ok }}</ref>
De blev holdt i fangenskab i [[Hamborg]], men det lykkedes Margrete at sikre sig hjælp fra hertug [[Albrecht 1. af Braunschweig|Albrecht af Braunschweig]], og hun vendte tilbage til [[Danmark]]. Erik blev sat fri i [[1264]], muligvis mod at ægte markgreve Johans datter [[Agnes af Brandenburg]] uden medgift. Han var nu blevet myndig og kunne regere landet på egen hånd. Men det var i mange år reelt enkedronningen, der styrede landet. Erik blev [[kroning|kronet]], men den mægtige [[ærkebiskop]] [[Jakob Erlandsen]], som nu var løsladt af Margrete, bandlyste de [[bisp]]er, der havde deltaget i kroningen. I 1269 udskrev han [[Riber Ret]], som omhandlede lovene i [[Ribe]].
Historie