Nedre Mølleådal er bl.a. udpeget for at beskytte de mange kildevæld, der ligger i området. En del af kildevældene ligger i skov og har tidligere været anvendt som [[Helligkilde|helbredende kilde]]r. På lange strækninger omgives Mølleåen af [[Elleslægten|elle]]- og [[Ask (træ)|askeskov]], som er en prioriteret naturtype. Derudover er
nedre Mølleådal levested for arten sump vindelsnegl.
Store dele af naturværdierne er skabt inden for de sidste 300-400 år gennem en kulturbetinget
drift, og bevaringen af værdierne er til dels afhængig af fastholdelse af disse driftformer.<ref>[https://mst.dk/media/130684/144_n2000plan_2016-21.pdf Naturplanen] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20191207165129/https://mst.dk/media/130684/144_n2000plan_2016-21.pdf |date= 7. december 2019 }}  på mst.dk</ref>
Naturbeskyttelse