Habsburgerne så reformationen og de voksende nationale følelser, som den nærede som en trussel mod stabilitet i området og indledte derfor en modreformation. Modreformationen (i de første tre årtier i det 17. århundrede) var ikke blodig i de slovenske talende områder, men systematisk. Protestanter blev tvunget til at konvertere til [[katolicisme]] eller blive udvist. Mange af de mest veluddannede og velhavende valgte at flygte fra landet. Protestantiske kirker og kirkegårde blev ødelagt, og alle trykte bøger (undtagen Bibelen) på slovensk blev brændt. Et par eksemplarer af Primož Trubar's ''Cerkvena Ordnunga'' ("Kirkeorden") fra 1564, fundamentet for en slovenske nationale protestantiske kirke, overlevede.
Politik Organisationer