Bakterier klæber sig ofte til overflader som en tæt film kaldet [[biofilm]].<!-- eller [[bacterial mat]]s--> Sådanne film kan have en tykkelse på få mikrometer op til en halv meter og kan indeholde flere bakteriearter, [[protist]]er og [[Archaea|arkæer]]. Bakterier, der lever i biofilm, udviser et komplekst system af celler og bestanddele mellem cellerne, der kan danne sekundære strukturer så som mikrokolonier med et netværk af kanaler for næringsstoffer.<ref>{{cite journal |author=Donlan R |title=Biofilms: microbial life on surfaces |journal=Emerg Infect Dis |volume=8 |issue=9 |pages=881–90 |year=2002 |pmid=12194761 |pmc=2732559}}</ref><ref>{{cite journal |author=Branda S, Vik S, Friedman L, Kolter R |title=Biofilms: the matrix revisited |url=https://archive.org/details/sim_trends-in-microbiology_2005-01_13_1/page/20 |journal=Trends Microbiol |volume=13 |issue=1 |pages=20–6 |year=2005 |pmid=15639628 |doi=10.1016/j.tim.2004.11.006}}</ref> I naturlige miljøer såsom jord eller planters overflader er flertallet af bakterier bundet til overfladen i biofilm.<ref name=Davey>{{cite journal |author=Davey M, O'toole G |title=Microbial biofilms: from ecology to molecular genetics |journal=Microbiol Mol Biol Rev |volume=64 |issue=4 |pages=847–67 |year=2000|pmid = 11104821 |doi=10.1128/MMBR.64.4.847-867.2000 |pmc=99016}}</ref> Biofilm er også vigtige inden for medicin, da disse strukturer ofte er tilstede ved kroniske bakterie-infektioner eller infektioner på [[implantat]]er, og bakterier, der er beskyttet i en biofilm er meget sværere at bekæmpe end enkeltvise bakterier.<ref>{{cite journal |author=Donlan RM, Costerton JW |title=Biofilms: survival mechanisms of clinically relevant microorganisms |journal=Clin Microbiol Rev |volume=15 |issue=2 |pages=167–93 |year=2002 |pmid=11932229 |doi=10.1128/CMR.15.2.167-193.2002 |pmc=118068}}</ref>
Geologi