I august 1419 blev varer fra hendes personlige [[skriftefader]], broder Randolph, konfiskeret, selvom den specificerede liste viste genstande, der faktisk tilhørte Johanne. Den følgende måned stod Randolph frem foran Parlamentet og hævdede, at Johanne havde "planlagt og udtænkt døden og ødelæggelsen for vores bemeldte herre kongen på den mest onde og forfærdeligste måde, man kunne forestille sig".<ref name="Hollman">Hollman, Gemma. ''Royal Witches: From Joan of Navarre to Elizabeth Woodville''. The History Press, 2019. </ref> Hendes store formue blev konfiskeret, og hun blev fængslet på [[Pevensey Castle]] i Sussex og senere på [[Leeds Castle]] i Kent. Hun blev frigivet på ordre af Henrik 5. i 1422, seks uger før han døde.<ref name="ODNB">{{Kilde|efternavn=Jones|fornavn=Michael|titel=Joan [Joan of Navarre] (1368–1437)|værk=[[Oxford Dictionary of National Biography]]|udgiver=Oxford University Press|doi=10.1093/ref:odnb/14824|dato=29. maj 2014}}</ref>
[[Fil:Henry_the_IV's_tomb,_Canterbury_08.JPG|thumb| Johannes grav i [[Canterbury Cathedral]] ved siden af hendes mand. ]]
Efter frigivelsen blev hendes formue givet tilbage til hende, og hun levede resten af sit liv roligt og behageligt med sit eget hof på [[Nottingham Castle]], gennem Henrik 5.'s regeringsperiode og ind i hans søn [[Henrik 6. af England|Henrik 6.'s]]. Hun døde i [[Havering-atte-Bower]] i [[Essex]] og blev begravet i [[Canterbury Cathedral]] ved siden af Henrik 4.
Historie