Selvstændighedsplanerne blev lagt på is, da [[2. verdenskrig]] brød ud. Den [[21. september]] [[1939]] blev forfatningen ophævet af franskmændene, men de lod præsident Eddé fortsætte. Efter det franske nederlag til [[Tyskland]] udnævnte [[Vichy-regeringen]] en fransk general som fransk kommissionær i [[Beirut]]. Misfornøjelsen med præsidenten voksede efterhånden mere og mere til han blev tvunget til af afgå i april [[1941]]. Sommeren 1941 lykkedes det de [[frie franske styrker]] sammen med britiske styrker at erobre både [[Libanon]] og [[Syrien]]. Den nye franske kommissionær gjorde det klart, at Frankrig fortsat ville arbejde for Libanons selvstændighed. Fra en britisk synsvinkel var det vigtigt, at intern modvilje ikke truede den allierede overhøjhed i regionen, og i marts 1943 fik man franskmændene med til at gå med på at erklære forfatningen gældende. Pladserne i parlamentet blev fordelt, så de kristne fik 30 pladser og muslimerne 25. Under disse forudsætninger blev der gennemført almindelige valg i sommeren 1943, og [[Bishara al-Khoury]] udnævntes til præsident.
Historie