Året efter Theodosius død blev der sat et foreløbigt punktum for en langvarig kirkelig tvist om tolkningen af gudsbegrebet. Konstantinopels ærkebiskop, [[Nestorius]], havde siden sin udnævnelse i 428 fundet gehør for et gudsbegreb med to tilstande for den genfødte Kristus, som henholdsvis menneskelig og guddommelig. Det betød efter hans mening, at Jomfru Maria skulle omtales som ''Christotokos'' (Den, der bærer (føder) Kristus) og ikke ''Theotokos'' (Den, der bærer Gud). Kejser Theodosius støttede i første omgang Nestorius, men ved [[Koncilet i Efesos|kirkemødet i Efesus]] i 431 blev denne tolkning fordømt.<ref>Norwich, side 147-148.</ref> Pulcheria havde hele tiden hyldet ''Theotokos''-begrebet, og havde derfor været på kant med Nestorius.<ref>Limberis, side 54.</ref> Efter kirkemødet fik hun overbevist kejseren, og Nestorius blev afsat fra sit embede og senere forvist til en fjern udkant af riget. Derefter støttede hele kejserfamilien ''Theotokos''-begrebet, hvor Kristus var menneskelig og guddommelig på samme tid. Striden om, hvordan Kristus skulle opfattes, ulmede imidlertid videre. Abbeden Eutyches fra Konstantinopel prædikede, at Kristus udelukkende var guddommelig og denne [[monofysitisme]] blev fordømt på et [[Koncilet i Chalkedon|kirkemøde i Chalkedon]] i 451. Mødet resulterede i en revideret trosbekendelse, der blev basis for den kristne kirke i de følgende århundreder.<ref>Norwich, side 155-157.</ref>
Død