Disk II floppydrevet brugte 5,25 tommer [[floppy disk|floppydiske]]. Det første styresystem til Apple II var [[Apple DOS|DOS]] 3.1 og DOS 3.2, some gemte 113,75 kB på hver disk, organiseret i 35 spor af 13 sektorer på hver 256 bytes. Efter omkring to år, blev DOS 3.3 introduceret, der lagrede 140 kB takket være en mindre firmware ændring på disk controlleren der gjorde det muligt at gemme 16 sektorer per spor (denne opgradering kunne installeres af brugere på ældre controllere). Efter frigivelsen af DOS 3.3 holdt samfundet op med at bruge DOS 3.2 bortset fra at køre enkelt gammelt software. Programmer der krævede DOS 3.2 var temmelig sjældne; desto mindre var DOS 3.3 ikke en større arkitekturmæssig ændring bortset fra antallet af sektorer per spor. Et program kaldet MUFFIN blev leveret med DOS 3.3 for at lade brugere kopiere filer fra DOS 3.2 diske til DOS 3.3 diske.
Kommunikation