Pontanus var født i [[Helsingør]] af [[holland]]ske forældre, der under religionsforfølgelserne hjemme havde søgt tilflugt i Danmark. Faderen var Isac Peterszoon fra [[Haarlem]], der senere blev [[kommissarius]] eller [[Titel (person)|agent]] i Helsingør (død [[1614]]). Moderen, Margrete van Delen fra [[Hertugdømmet Geldern|Geldern]], var en datterdatter af den fra [[Christian 2.]]s historie kendte [[Jørgen Hansen (lensmand)|Jørgen Hansen]] (Steen), også kaldet Jørgen Skriver, [[foged]] eller rettere [[lensmand]] på [[Bergenhus]] og siden [[borger]] i [[Kampen (Oslo)|Kampen]]. En broder til Pontanus var maleren [[Peter Isaksen]]. Da forældrene flyttede tilbage til Holland, blev Pontanus, der havde begyndt sin skolegang i Helsingør, overflyttet til en anset skole i [[Amsterdam]]. Herfra afgik han til [[universitet]]et i [[Universitetet i Franeker|Franeker]], hvor han lagde den første grund til sin mangesidige lærdom. [[1592]] blev han immatrikuleret på universitetet i [[Leiden]] under navnet "Joannes Hellespontius Danus". Først senere kaldte han sig Pontanus, måske efter Brostræde i Helsingør, hvor han skal være født. Til sin fødeby kom Pontanus atter [[1593]], da hans fader havde fået en ansættelse her som hollandsk agent i Helsingør. Under opholdet i Danmark sluttede Pontanus sig nøje til flere danske [[videnskabsmand|videnskabsmænd]], især [[Tycho Brahe]], hvem han en tid lang gik til hånde på [[Hven]], og [[Arild Huitfeldt]]. Senere studerede han i [[England]], Holland, [[Tyskland]] og [[Schweiz]]. I [[Basel]] tog han [[1601]] den [[lægevidenskab|medicinske]] [[doktorgrad]] og gennemrejste siden [[Frankrig]], hvilken rejse han har skildret i [[latin]]ske [[vers]] (''Iter Galliæ Narbonensis''). Hans første større litterære arbejde var for øvrigt hans i Leiden [[1597]] udgivne ''Aurelii Macrobii opera'', der er tilegnet Arild Huitfeldt, hos hvem Pontanus i sommeren [[1599]] og måske oftere opholdt sig på [[Dragsholm Slot]].
Historie