Eugen Warming blev gift med Johanne Margrethe Jespersen (kendt som Hanne Warming; 1850-1922) den 10. november 1871. Sammen fik de otte børn:
* Marie (1872-1947), gift med forstprofessor [[C.V. Prytz]]
* {{illsup|sv|Jens Warming|Jens Warming}} (1873-1939), der blev professor i nationaløkonomi
* Fro (1875-1880)
* Povl (1877-1878)
* Svend Warming (1879-1982) ingeniør ved [[Burmeister & Wain]]
* Inge (1879-1893)
* Johannes Warming (1882-1970) landmand
* Louise (1884-1964)<ref>{{Cite web |url=http://www.sadolins.com/genealogy/getperson.php?personID=I45993&tree=onetree |title=Aner og efterkommere |access-date=19. oktober 2007 |archive-date=26. september 2007 |archive-url=https://archive.today/20070926212711/http://www.sadolins.com/genealogy/getperson.php?personID=I45993&tree=onetree |url-status=ok }}</ref>.
Litteratur Historie Lister_over_personer Videnskab Organisationer Naturvidenskab Uddannelsesinstitutioner Universiteter Undervisning