Præsidenten anerkendte Stantons evner, men når det var nødvendigt, lykkedes det Lincoln at manøvrere uden om ham. Stanton prøvede en gang at fyre lederen af Krigsministeriets Telegrafkontor, [[Thomas Eckert]], men Lincoln forhindrede dette ved at prise Eckert overfor Stanton. På den anden side, da der blev udøvet pres for at få fjernet den upopulære minister fra hans post, svarede Lincoln: "Hvis De kan finde en anden krigsminister som ham, vil jeg gladeligt udpege ham". 
 
Licolns sidste handling som præsident bestod i at omgøre Stantons beslutning om at lade [[George S.E. Vaughn]] henrette for spionage. Lincoln benådede ham en time inden han selv blev myrdet.<ref>[http://books.google.com/books?id=3z5Iafbm6MkC&pg=PA211&dq=%22George+E.+Vaughn%22+Lincoln#PPA213,M1 Lincoln in story; the life of the martyr-president told in authenticated anecdotes,by Silas Gamaliel Pratt – New York, D. Appleton and co., 1901] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20121113034035/http://books.google.com/books?id=3z5Iafbm6MkC&pg=PA211&dq=%22George+E.+Vaughn%22+Lincoln#PPA213,M1 |date=13. november 2012 }} (tilgængelig på print.google)]</ref>
[[Fil:RunningtheMachine-LincAdmin.jpg|thumb|left|320px|''Pengemaskinen''<br />En karrikaturtegning fra 1864 som viser Stanton, [[William P. Fessenden|William Fessenden]], [[Abraham Lincoln]], [[William H. Seward|William Seward]] og [[Gideon Welles]].]]
Jura Politik Retsvæsen