I [[1962]] bragte nyhedsmagasinet [[Der Spiegel]] en kritisk artikel skrevet af [[Conrad Adlers]]. Det resulterede i at bladet blev anklaget for landsforræderi, fik sine redaktionskontorer gennemsøgt og dele af redaktionen blev sat i varetægtsfængsel. I kølvandet på denne affære krævede FDP at Strauß skulle gå af som forsvarsminister. I første omgang hævdede Strauß, at han ikke kendte nærmere til sagen. Da det stod klart, at det ikke passede, forsøgte han at vinde tid ved at bekendtgøre, at han ikke ville stå til rådighed som minister i den kommende valgperiode. Det fik alle [[FDP]] ministrene til at trække sig tilbage den [[19. november]] 1962, hvilket tvang Konrad Adenauer til at danne en ny regering, igen med FDP som koalitionspartner, men uden Strauß, som trådte tilbage den [[30. november]] 1962. Fra [[1963]] var Strauß formand for CSU's gruppe i Forbundsdagen, og dermed samtidig første næstformand i CDU/CSU-fraktionen.
Politik