Han blev arresteret af frihedskæmpere 6. maj 1945 og interneret på [[Marselisborg Gymnasium]] og 11. maj overført til Århus arrest. Ved Århus byrets dom af 13. maj 1947 blev han idømt to års fængsel, tab af borgerlige rettigheder i fem år samt tab af embede og pension for ulovlig våbenbesiddelse, for som deltager i partiets øverste ledelse (medlemskab af Storrådet) at have undladt at modvirke DNSAP’s samarbejde med besættelsesmagten og for samarbejde med besættelsesmagten, idet han måtte have vidst, at hans artikler til ''”DNSAP’s Maanedsbreve”'' blev sendt videre til Gestapo. Han ankede byretsdommen med påstand om frifindelse – anklagemyndigheden ankede til skærpelse – men dommen, herunder strafudmålingen, blev stadfæstet ved Vestre Landsrets dom af 3. december 1947. Han udgav i 1949 et forsvarsskrift for sig selv<ref>''”Thi kendes for Uret. Nogle Aktstykker, der belyser Dommen over Viggo Julius von Holstein Rathlou”''</ref> og forsøgte i november 1954 – uden held – at opnå tilladelse fra Den Særlige Klageret til at få sin straffesag genoptaget under henvisning til, at historieforskningen havde bekræftet hans påstand om, at Storrådet ikke var en del af DNSAP’s ledelse.<ref name=”Johnsen” />
Personbillede_savnes