Krigen forårsagede enorme tab og lidelser på de civile befolkninger i de involverede lande. Bag frontlinjerne blev der rutinemæssigt begået grusomheder mod civile i de tysk-besatte lande, herunder Holocaust. Tyske og tysk-allierede tropper behandlede civilbefolkningerne med usædvanlig brutalitet, massakrerede landsbyer og dræbte civile gidsler. Begge sider benyttede i vidt omfang [[Den brændte jords taktik]], men tabet af civile liv var langt mindre i Tyskland end i Sovjetunionen, hvor mindst 20 mio. civile blev dræbt af nazisterne. Da den [[Røde Hær]] invaderede Tyskland i 1944 blev mange civile tyskere udsat for hævnaktioner udført af soldater fra den Røde Hær (se [[Sovjetiske krigsforbrydelser]]. Efter krigen blev den tyske befolkning i [[Schlesien]] og [[Østpreussen]] i overensstemmelse med [[Jalta-aftalen]] fordrevet vestpå forbi [[Oder-Neisse-linjen]] i en af de største tvungne menneskevandringer i verdenshistorien. De tyske minoriteter, der var spredt ud over store dele af Østeuropa, blev ligeledes fordrevet – og de, der ikke kom af sted, blev udryddet.
Historie