Kapringen af flynummer 93 indledtes klokken 09:28. <ref>{{cite news |last=Stout |first=David |title=Recording From Flight 93 Played at Trial |url=http://www.nytimes.com/2006/04/12/us/12cnd-moussaoui.html?hp&ex=1144900800&en=f6fc83f83a632d06&ei=5094&partner=homepage |date=2006-04-12 |work=The New York Times |access-date=2008-08-24}}</ref> På dette tidspunkt var flynummer 11 og 175 allerede fløjet ind i World Trade Center, mens flynummer 77 få minutter senere ramte Pentagon. Kaprerne på disse tre fly havde ikke været mere end 30 minutter om at overtage kommandoen, sandsynligvis lige efter at signalet om at have sele på var slukket, og kabinepersonalet var begyndt at servicere passagererne.<ref name="Staff" /> Det er uvist, hvorfor flykaprerne om bord på flynummer 93 havde besluttet at vente cirka 46 minutter på at påbegynde angrebet. På et tidspunkt faldt flyets højde uventet med 685 meter på et halvt minut.<ref name="Staff" /> Klokken 09:28:17 begyndte et besætningsmedlem i cockpittet at råbe "Mayday! Mayday! Mayday!" over radioen, mens man kunne høre lyde der mindede voldshandlinger.<ref name="Sum93">{{cite web |url=http://www.vaed.uscourts.gov/notablecases/moussaoui/exhibits/prosecution/flights/P200055.html |title=Summary of Flight 93 |publisher=[[United States District Court for the Eastern District of Virginia]] |access-date=2008-06-23 |archive-date=11. januar 2013 |archive-url=https://www.webcitation.org/6Daatle2P?url=http://www.vaed.uscourts.gov/notablecases/moussaoui/exhibits/prosecution/flights/P200055.html |url-status=dead }}</ref> En flyveleder ved Cleveland Air Traffic svarede: "Er der nogen der ringer til Cleveland?", men fik aldrig noget svar.<ref name="Staff" />
Historie