Det afgørende slag i kampagnen var slaget om Wilson's Creek den [[10. august]] 1861 nær Springfield, som betragtes som den første større træfning vest for Mississippi. Lyons hær blev besejret, og han blev selv dræbt. 
 
Den [[28. oktober]] 1861 i Neosho var Jackson tilstede under en samling af Missouris General Assemply hvor en udtræden af Unionen blev vedtaget. Samlingen bestod af udvalgte medlemmer af statens lovgivende forsamlingen og blev afholdt udenfor Jefferson City, fordi statens hovedstad stadig blev holdt besat af Unionstropper. Resultatet af afstemningen blev accepteret af Sydstaternes regering og Missouri blev optaget i [[Amerikas Konfødererede Stater]]. Jackson fortsatte med at fungere som guvernør i den del af Missouri som blev holdt besat af Sydstaterne; men ved årets slutning holdt Unionens tropper næsten hele Missouri besat, og Jackson flygtede til [[Arkansas]]. 
 
I slutningen af 1862 døde Jackson af [[mavekræft]] i en alder af 56 år i [[Little Rock]] i Arkansas. Han ligger begravet på Sappington kirkegård i Arrow Rock i Missouri.
Titler Politik Politiske_embeder