En række aftaler i 2003 banede vejen for CNDD–FDD til at gå ind i national politik som et [[politisk parti]]. Ndayishimiye blev stedfortrædende stabschef for burundiske hær. I 2005 kom CNDD–FDD til magten under ledelse af [[Pierre Nkurunziza]], hvis baggrund var lignende, og som også var flygtet fra UB i 1995. Ndayishimiye tjente som indenrigsminister og minister for offentlig sikkerhed 2006-2007 før han blev personlig militærrådgiver ''(chef de cabinet militaire)'' for Nkurunziza. Han havde denne post indtil 2014.<ref name="DW1">{{Kilde nyheder | url=https://p.dw.com/p/3Wr6r | title=Evariste Ndayishimiye candidat du pouvoir au scrutin de mai au Burundi | date=27. januar 2020 | access-date=11. juni 2020 | publisher=Deutsche Welle}}</ref> Ved siden af sit embede studerede han på [[Wisdom University of Africa]] og fik en grad i 2014. Han var også formand for Burundis olympiske komite i det meste af denne periode.<ref name="XH1" />
Levende_personer Titler Politik Politiske_embeder