De kritiske røster omkring Arne Astrup i offentligheden opstod især i forbindelse med det, der efterfølgende blev kendt som sukkersagen. Sagen begyndte at rulle, da Arne Astrup med afsæt i de resultater, der var kommet op i [[EU-projek]]tet ''CARMEN'', satte spørgsmålstegn ved den gængse opfattelse blandt ernæringsforskere om, at sukker er fedende. I 2003 udsendte en række sundhedsordførere fra de politiske partier en [[pressemeddelelse]], hvor de anklagede Arne Astrup for at være i lommen på sukkerindustrien og komme med fejlagtige påstande i ond tro og for bevidst at have forsinket offentliggørelsen af en undersøgelse af læskedrikke, fordi resultatet stred imod hans positive opfattelse af sukker. Anklagerne mod Arne Astrup blev efter længere tids polemik behandlet i [[Udvalgene vedrørende Videnskabelig Uredelighed]]. Her blev Arne Astrup frikendt. Tilsvarende afviste det statslige Ernæringsråd og universitetets ledelse, hvor Arne Astrup var ansat, anklagerne mod ham. Sagen fik også fødevaremyndighederne til at melde sukkerindustrien til politiet, da de mente, at en kampagne inspireret af Arne Astrups opfattelse af sukker vildledte befolkningen. Sagen blev dog henlagt af [[statsadvokaten]] med henvisning til den fortsatte uenighed blandt ernæringsforskere om sukkers virkning. Efter sukkersagens afslutning har Arne Astrup i øvrigt ændret sin vurdering af sukkerets ernæringsmæssige betydning. De senere år har han således ved adskillige lejligheder fremhævet, at især sukker i drikkevarer er fedende. <ref name="Helt eller skurk – Københavns Universitet" /> <ref>{{cite web| url=http://www.bt.dk/nyheder/ordfoerere-arne-astrups-vildledning-har-foert-til-fedme |title=Artikel i [[BT]]}}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.information.dk/78226 |title=Artikel i [[Information]]}}</ref><ref>{{cite web|url=http://jyllands-posten.dk/indland/ECE3407813/sukker-striden-i-beskyldningernes-skygge/ |title=Artikel i [[Jyllandsposten]]}}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.bt.dk/nyheder/astrup-fik-77-sukkermillioner/ |title=Artikel i [[BT]]}}</ref>
Levende_personer Personbillede_savnes Litteratur Organisationer Uddannelsesinstitutioner