Bests "tilpasningslinje" lykkedes så godt i Danmark, at [[BBC]] startede en kampagne mod ham som en farlig mand, der dyssede danskerne i søvn. Undtagelsestilstanden i august havde afsluttet den, og det kan forklare, at Best 8. september anbefalede Hitler at igangsætte en jødeaktion. Tidligere havde Best ved hjælp af sin støtte [[Himmler]] fået standset [[Gestapo]]s forsøg på jødeaktioner i Danmark. Hans initiativ kom derfor bag på Berlin. Den 17. september gav Hitler grønt lys. Terminen blev sat til natten til 2.oktober, samtidig som Best advarede mod den aktion, han selv havde igangsat. Han sendte betroede folk til Berlin for at bremse projektet under henvisning til faren for oprør i den danske befolkning, som det var sket i august, og den danske regerings erklæringer om, at den ville søge sin afsked, hvis tyskerne indførte jødelove. Da Best ikke havde held med det, røbede han 28. september datoen for razziaen, så de fleste jøder nåede at flygte, før Gestapo dukkede op. Desuden fik det tyske politi ordre om ikke at bryde døren op, hvis den ikke blev åbnet. Jøder, som var gift med ikke-jøder, skulle lades i fred, og arresterede hjælpere skulle udleveres til dansk politi, som slap dem løs igen. Jøderne var prisgivet lokale hjælpere, da de havde stolet på Udenrigsministeriets advarsel mod at udløse aktionen ved at flygte, og ministeriet på sin side stolede på Bests ord om, at der ikke ville komme nogen aktion. <ref>Hans Kirchhoff: "Holocaust i Danmark", ''Danske tilstander, norske tilstander 1940-45'' (s. 252), forlaget Press, Oslo 2010, {{ISBN|978-82-7547-401-6}}</ref> Der fandtes derfor intet flugtberedskab. Ca 1.800 politisoldater, som Best var blevet tildelt fra [[Norge]] som assistance, blev kun lidt benyttet. I ugerne efter blev derfor kun ca. to hundrede jøder arresteret og deporteret, og en aftale mellem Best og Gestapo-chefen i Berlin sikrede, at de danske jøder kom til Theresienstadt, hvor en dansk delegation kunne besøge dem, og ikke til [[Auschwitz]]. Gestapo i Berlin afkrævede Best en forklaring på hans selvmodsigende opførsel, men han forsikrede, at han ønskede at gøre Danmark ''judenrein'' (= rent for jøder). <ref>Hans Kirchhoff: "Holocaust i Danmark", ''Danske tilstander, norske tilstander 1940-45'' (s. 277-80)</ref>
Organisationer