Nirvana indspillede først "Heart-Shaped Box" i januar 1993, men det var først måneden efter at albumversionen af sangen blev indspillet. Bandet havde haft besvær med at færdiggøre sangen, og det var først da sangen var helt færdigskrevet, at Cobain forstod hvor god sangen egentlig var. Da "Heart-Shaped Box" blev indspillet i februar 1993 var hverken Cobain eller [[Krist Novoselic]] tilfredse med den første [[lydmikser|miksning]] af sangen. Den blev derfor mikset om af Scott Litt og under denne miksning kom Cobain tilfældigt til at tilføje både en [[akustisk guitar]] og en harmonistemme i sangen.
Musik