I 1986 modtog Lüpertz et professorat ved [[Kunstakademiet i Düsseldorf|Kunstakademie Düsseldorf]] og blev udnævnt til rektor i 1988. Han ledede en af de førende tyske kunstakademier i en længere periode på mere end 20 år. Han fyldte ledige stillinger på akademiet med internationalt kendte kunstnere, herunder AR Penck, Jannis Kounellis, Rosemarie Trockel, [[Jörg Immendorff]], Albert Oehlen, Peter Doig og Tony Cragg . På Venedigbiennalen i 1993 blev han inviteret til den tyske pavillon sammen med [[Georg Baselitz]] og [[Anselm Kiefer]] . I juni 2009 blev han erstattet som rektor af Tony Cragg. <ref>{{Cite web|url=http://www.zeit.de/2011/02/Rettung-Markus-Luepertz|title=Ich bin einfach aus der Garnison spaziert|last=Lewitan|first=Louis|date=6. januar 2011|publisher=Zeit|access-date=16. juni 2011}}</ref>
Levende_personer