I perioden [[1980]]-1992 voksede modstanden mod militærdiktaturet støttet af landets fåtallige velhavende familier og højreorienterede grupper med de berygtede [[dødspatrulje]]r. Konflikten blev væbnet. USA pressede et valg igennem og sendte militærrådgivere til landet for at træne regeringsstyrkerne, som i forvejen var stærkt støttet af USA. Venstrefløjspartierne, de folkelige bevægelser og det socialdemokratiske FDR sluttede sig sammen i FMLN-FDR.Borgerkrigen kostede omkring 75.000 mennesker livet. FMLN fik stor økonomisk og folkelig opbakning i El Salvador, støtte fra solidaritetsbevægelser og regeringer i den vestlige verden, samt militær støtte og træning fra Cuba og Nicaragua, som også behandlede mange sårede fra krigen. Konflikten i El Salvador bliver fejlagtigt udlagt som en konflikt skabt af den kolde krig,{{kilde mangler|dato=oktober 2020}} men den skyldtes nationale årsager og en kamp for indførelse af demokrati og demokratiske rettigheder for alle borgere i landet.{{kilde mangler|dato=oktober 2020}} Efter våbenhvilen, fredsaftalen af [[16. januar]] 1992 og efterfølgende valg lykkes det FMLN at få større og større vælgeropbakning og vinde kommunevalgene i mange større byer, bl.a hovedstaden, samt en betydelig politisk indflydelse i parlamentet.
Politik