Gennem sin akademiske karriere praktiserede Lipps lejlighedsvist medicin, det han afløste militærlæger og landlæger. I semesterferien 21/22 og 30/13, da han var professor, var han i lange perioder læge for [[Deutsche Marine|flåden]], hvor han rejste til alle kontinenter, undtagen Australien. I 1934 meldte Lipps sig ind i [[Schutzstaffel|SS]].<ref>Christian Tilitzki: Die deutsche Universitätsphilosophie in der Weimarer Republik und im Dritten Reich, Teil 1. Akademie Verlag, Berlin 2002 {{ISBN|978-3-050-03647-2}}, p. 636</ref> Ifølge [[Otto Friedrich Bollnow]] var Lipps' grund hertil at skabe distance mellem ham og [[NSDAP|nazistpartiet]], idet han mente at SS var en rent militær organisation.<ref>Waltraud Herbstrith, ''Edith Steins Unterstützer: Bekannte und unbekannte Helfer während der NS-Diktatur'', Lit Verlag, Münster, 2010, p. 83, {{ISBN|978-3643107398}}.</ref>
Filosofi