Efter indtoget i København blev natten til den 12. august ærkebiskopen [[Torbern Bille (ærkebiskop)|Torben Bille]] sammen med to andre biskopper, som befandt sig i staden på daværende tidpunkt, arresterede. Også rigets øvrige biskopper rundt om i landet blev arresterede.<ref name="joh122">Johannesson, s. 122</ref> Kongen indkaldte til en herredag i København den 20. oktober 1536, og under denne blev det besluttet, at biskopperne skulle afsættes og deres gods skulle inddrages og overdrages Kronen. Domkapitlerne og klostrene fik tilladelse til at fortsætte deres virksomhed, indtil at de blev reformeret. Klostrenes munke måtte forlade klostrene, men hvis de valgte at forblive i landet, skulle de prædike evangelske tekster.<ref name="joh122" /> Christian III krævede tillige, at rigsråderne skulle love, at ingen fremtidig biskop måtte udøve verdslig magt i Danmark. Endvidere krævede han, at syv rigsråder, som alle var skåninger, skulle underskrive særlige forpligtelsebreve, hvori de svor kongen troskab. Dette på grund af at den skånske adel havde byttet side under fejden.<ref name="joh122" />
Historie