Percy blev arresteret sammen med [[Ralph Neville, 3. jarl af Westmorland]] og [[Thomas Howard, 2. hertug af Norfolk]]. Han blev formelt holdt fængslet i flere måneder, men svor troskab til den nye konge. Henrik 7. løsladte ham på betingelse af god opførsel. Percy fik lov til at beholde sine titler og landbesiddelser såvel som lov til at vende tilbage til sine gamle stillinger og blev faktisk sendt på diplomatiske missioner for kronen, noget der ikke ville have fundet sted, hvis Henrik 7. ikke havde haft implicit tillid til ham.<ref>{{Cite web|last=Tait|first=James|title=Henry Percy, Fourth Earl of Northumberland (from the Dictionary of National Biography, 1895)|url=http://www.luminarium.org/encyclopedia/henrypercy4.htm|website=Luminarium|publisher=Macmillan & Co. (original); Luminarium (web)}}</ref>
Historie