Cecil blev født i 1521 i Bourne som søn af Richard Cecil, herre til [[Burghley House]], og Jane Heckington. Han voksede op i Burghley, i Northamptonshire og endelig i Cambridgeshire. Burghley House er i dag et museum. Cecil studerede lov ved [[University of Cambridge]] og [[Gray's Inn]], og i 1547 blev han knyttet til [[Henrik VIII af England|Henrik VIIIs]] hof i [[London]].<ref>{{cite news |url=http://venn.lib.cam.ac.uk/cgi-bin/search-2016.pl?sur=&suro=w&fir=&firo=c&cit=&cito=c&c=all&z=all&tex=CCL535W&sye=&eye=&col=all&maxcount=50 |title=Cecil, William (Lord Burghley). |work=A Cambridge Alumni Database. University of Cambridge. |date=2018 |accessdate=2018-03-16 }}</ref>
Historie