Regnskoven er hjem for et rigt plante- og dyreliv og mange [[endemisk|endemiske arter]]. Skønnet 20 % af verdens kendte dyrearter, deriblandt ca. 210 [[pattedyr]]arter, findes i Malaysia.<ref name="Richmond">{{Kilde bog|forfatter=Richmond, Simon|år=2010|titel=Malaysia, Singapore and Brunei|forlag=Lonely Planet|side=63–64, 74–75 og 78–82|isbn=1-74104-887-7|sprog=en}}</ref> Over 620 fuglearter er blevet registreret på Malayahalvøen, hvor mange arter i bjergområderne er endemiske.<ref name="Alexander">James Alexander: ''Malaysia, Brunei & Singapore''; New Holland Publishers; {{ISBN|1-86011-309-5}}; s. 46–50 {{en sprog}}</ref> 250 [[reptiler|reptilarter]] og tusinder af [[insekt]]sarter er registrerede i landet.<ref name="Richmond" /> Farvandet omkring [[Sipadan]] er blandt verdens rigeste på [[koral (dyr)|koral]]- og fiskearter.<ref name="Alexander" /> Marine [[økosystem]]er er truede af overfiskeri, forurenende udslip og fiskeri med [[dynamit]].<ref>{{Kilde |forfatter=Chong, Ving Ching m.fl. |år=2010 |titel=Diversity, extinction risk and conservation of Malaysian fishes |work=Journal of Fish Biology |bind=76 |side=2009–2066 |sprog=en |issn=1095-8649}}</ref>
Organisationer