Fordelingen af finansieringen mellem København og staten, som anslås at koste op til 26 milliarder kr, er endnu ikke fastlagt<ref name="tunnellys" />. Daværende [[Trafikminister]] [[Lars Barfoed]] har foreslået at en del af finansieringen skulle være [[bompenge]] på DKK 20. Dette forslag om bompenge er dog blevet kritiseret for at være uhensigtsmæssigt, da at man ved at lægge afgift på brug af havnetunnelen giver bilister et incitament til at køre igennem byen, til gene for både billisterne selv og byens beboere. Det er i stedet blevet foreslået at en mere hensigtsmæssig måde at opkræve bompenge på er at opkræve for at køre ind i byen, mens der ikke opkræves for brug af havnetunnelen<ref name="pol">{{cite web|url=http://politiken.dk/indland/article763755.ece |title=S i København afviser brugerbetaling for havnetunnel}}</ref>.
Bygninger,_konstruktioner_og_anlæg