Under [[Grevens Fejde]] blev borgen [[14. september]] [[1534]] indtaget af [[Skipper Clement]], der sendte [[lensmand]]en [[Peder Lykke]] på flugt. Allerede tre måneder senere blev [[Skipper Clement]] dog selv jaget på flugt herfra af de kongelige tropper under ledelse af [[Johan Rantzau]]. Slottet har givetvis lidt en del overlast i borgerkrigen, men var antagelig allerede nedslidt før urolighederne. Kong [[Frederik 1.]] overvejede [[1530]] at nedlægge Aalborghus og i stedet indrette byens Gråbrødrekloster til kongeslot. Det blev dog først sønnen [[Christian 3.]], der gjorde alvor af planerne.
Bygninger,_konstruktioner_og_anlæg Arkitektur