I sommeren 1997 skiftede Peter Nielsen til [[F.C. København]], hvor han spillede indtil 1999. Han blev anfører i FCK, men skiftede i 1999 tilbage til Borussia Mönchengladbach, der siden var rykket i [[2. Bundesliga]]. Peter Nielsen spillede fast på holdet, der i 2001 vendte tilbage til Bundesligaen. Peter Nielsen fortsatte for klubben i 2001/2002 sæsonen, og opnåede i alt 126 kampe i Bundesligaen førend har vendte tilbage til et nyt ophold i FC København i sommeren 2002. Peter Nielsen blev dansk mester igen, da FCK vandt det danske mesterskab i 2002/2003. Peter Nielsen spillede i efteråret 2003 for FCK, og spillede afskedskamp i december 2003, hvorefter han stoppede karrieren som fodboldspiller.
Levende_personer