Den 18. februar 2005 blev han [[undervisningsminister|undervisnings-]] og [[kirkeminister]].
Som nyudnævnt kirkeminister overtog Haarder [[kontrovers]]en med pastor [[Thorkild Grosbøl]] i [[Taarbæk]], der erklærede at han ikke troede på [[Gud_(monoteistisk)|Gud]].
Haarder undlod at engagere sig i sagen og overlod det til kirken at løse den. 
Han har senere forklaret, at han anså rollen som kirkeminister som en slags "pedel" frem for en "chef" for kirken, og kritiserede da den senere kirkeminister [[Manu Sareen]] for indblanding i kirkens forhold i forbindelse med en lignende sag omkring [[Mejdal Kirke]].<ref name="Haarder: Underet og ondskaben er lige omkring os">{{Cite news
 | author = Thorsten Asbjørn Lauritsen
 | title = Haarder: Underet og ondskaben er lige omkring os
 | publisher = [[Kristeligt Dagblad]]
 | date = 2. februar 2013 
 | url = http://www.kristeligt-dagblad.dk/artikel/496852:Kirke---tro--Haarder--Underet-og-ondskaben-er-lige-omkring-os
}}</ref>
Levende_personer Litteratur Politik Samfund Historie Kommunikation Kultur Uddannelse Hobby Foreninger Organisationer Uddannelsesinstitutioner Migration Ledere