Ved VM i 2005 i [[Oberstdorf]] fik hun en fjerdeplads på 30 km klassisk, men blev siden diskvalificeret efter at have afgivet en positiv [[Doping|dopingprøve]] i en tidligere konkurrence. I prøverne blev det fundet [[deksametason]], som er et syntetisk [[glukokortikoid]]. Hun blev udelukket i to år, men udelukkelsen blev senere ophævet af [[Sportens Voldgiftsret|Sportens voldgiftsret]], således at hun kunne stille op ved [[Vinter-OL 2006|vinter-OL]] i Torino i 2006.
[[Fil:Justyna_Kowalczyk_at_Tour_de_Ski.jpg|left|thumb|Justyna Kowalczyk, Tour de Ski, Praha 2007]]
Ved OL i 2006 tog hun bronzemedaljen i 30 km fristil efter tjekkiske [[Kateřina Neumannová]], der fik guld, og ukrainske [[Julija Tjepalova]]. Hendes medalje var Polens første OL-medalje i langrend på kvindesiden nogensinde.<ref>{{kilde | url = http://www.olympedia.org/results/2161 | titel = 30 kilometres (Mass Start, Freestyle), Women | udgiver = olympedia.org | hentet = {{dato|11-9-2023}} }}</ref> Kowalczyk vandt sin første World Cup sejr i 10 km klassisk i [[Otepää]] den 27. januar 2007. I sæsonen 2007-2008 gjorde hun store fremskridt og tog sin anden World Cup-sejr, på 15 km dobbelt jagtstart i Canmore den 22. januar 2008. Hun opnåede flere andre podieplaceringer og blev nummer tre i den samlede World Cup.
Levende_personer Sport