Ved udgangen af februar [[1899]] havde de amerikanske styrker fået overtaget i Manila-området, og den filippinske befrielseshær måtte trække sig tilbage mod nord. Amerikanerne sejrede over filippinerne under de hårde kampe i [[1899]], ved [[Slaget ved Quingua|Quingua]] (april), [[Slaget ved Zapote-broen|Zapote-broen]] (juni) og [[Slaget ved Tirad-passet|Tirad-passet]] (december). Efter, at general [[Antonio Luna]] blev snigmyrdet i juni og general  [[Gregorio del Pilar]] faldt ved Tirad-passet, var filippinernes mulighed for at kæmpe en konventionel krig væsentlig svækket. I [[1900]] gav derfor Aguinaldo sin hær ordre om at gå over til guerillakrig, og dette gjorde det meget vanskeligt for amerikanerne at vinde kontrol over landet. Amerikanske tab ved Mabitac og Balangiga kunne dog ikke føre til varige amerikanske tilbageslag.
Historie