Han fik [[superligaen|superligadebut]] for FCK den 22. juli 2023 mod [[Lyngby BK]].<ref>[https://www.transfermarkt.com/emil-hojlund/leistungsdatendetails/spieler/802560/plus/0?saison=&verein=190&liga=&wettbewerb=&pos=&trainer_id= Stats på Transfermarkt]</ref> I samme kamp fik Emils tvillingebror Oscar debut for FCK, og de to tvillingebrødre var således de første brødre samtidig på banen i FCK siden brødrene [[Michael Johansen (fodboldspiller)|Michael]] og [[Martin Johansen]] den 21 april 1996 begge spillede superligakamp mod [[Herfølge Boldklub|Herfølge BK]].<ref>[https://nipserstat.dk/nipserstat/SimpleResponse?season=1995-1996&queryType=Games&player=Martin+Johansen Kampe Martin Johansen, nipserstat.dk]</ref><ref>[https://nipserstat.dk/nipserstat/SimpleResponse?goal_scorer=Michael+Johansen&queryType=Games&game_type=Superliga Kampe Michael Johansen, nipserstat.dk]</ref> Brødrene Emil, Oscar og Rasmus Højlund er tillige de eneste tre brødre, der har spillet for FCK's førstehold.
Levende_personer