Efter sin hjemkomst i efteråret 1856 fortsatte han ved rejser og studier ufortrødent sine undersøgelser over vore skovtræer. Han havde en udmærket evne til at vække interesse for sine undersøgelser hos skovadministratorer og ejendomsbesiddere og opnåede derved at få oplysninger om mange forhold, som ellers kunne være vanskelig tilgængelige for ham. Endelig havde han fået sit store materiale så vidt samlet og bearbejdet, at han kunne påbegynde trykningen af sit værk ''De danske Skove'', men han nåede ikke at se det udkomme (det blev udgivet 1863, året efter hans død, ved hans ven G. Ploug). Denne bog var et forsøg på gennem en forklaring af skovens udviklingshistorie at give en forståelse af dens nuværende sammensætning og udseende, og hele denne udviklingsrække var bygget såvel på et naturvidenskabeligt som på et historisk grundlag.<ref name="DBL 281"/> Denne sammenarbejdning af naturvidenskabelige og historiske synspunkter bidrog til at gøre læsningen af den interessevækkende, og for den videnskabelige begrundelse af skovbrugslæren har den været af stor og vidtrækkende betydning, i det det her på grundlag af et stort materiale blev påvist af hvilken indgribende betydning, skovtræernes forhold over for lyset er for deres gensidige påvirkning og derved for deres trivsel. Dette synes han at have fået blik for upåvirket af den tyske forstmand G. Heyer, der også beskæftigede sig med disse spørgsmål, og hvis første publikation herover falder forud for Vaupells.<ref name="DBL 281f">[https://runeberg.org/dbl/18/0283.html DBL, s. 281f]</ref>
Litteratur Religion Historie