Af større betydning var dog hans virksomhed for de mere arkæologiske museer. Efter at han på en rejse til [[Wien]] havde set en betydelig samling af grønlandske sager, forestillede han så indtrængende kongen, [[Frederik 6.]], det upassende i, at landet ikke selv ejede en grønlandsk samling, at det lykkedes ham at virkeliggøre ældre tanker om et etnografisk museum, der så 1849 som det første i [[Europa]] åbnedes på Prinsens Palæ og hurtig tog vækst. Han blev fremdeles medlem af den kommission, der skulle modtage [[Christian 8.]]s til staten overdragne samlinger. Af kongens antikke oldsager og en del genstande fra Kunstmuseet oprettedes nu 1851 et antikkabinet. I alle de hidtil nævnte samlinger arbejdes der i virkeligheden endnu i det væsentlige inden for de af Thomsen angivne rammer. Til hans sidste år hører også oprettelsen af et museum for skulptur og kunstflid, ligeledes på Prinsens Palæ. For dette museum, der skulle synes at bygge på tiltalende ideer, lykkedes det ham imidlertid ikke at oparbejde tilstrækkelig interesse, således at det efter hans død er blevet opløst.
Historie Erhvervsliv Kultur Organisationer