Wilson vendte tilbage til makkerpargenren i [[2002]] med actionkomedien ''[[I Spy]]'', sammen med [[Eddie Murphy]]. Filmatiseringen af fjernsynsserien floppede i sin indtjening. Han genoptog hefter til rolle med Chan i ''[[Shanghai Knights]]'' ([[2003]]) og filmatiseringen af fjernsynsserien ''[[Starsky & Hutch]]'' ([[2004]]). På grund af sin travle tidsplan som skuespiller, var Wilson for optaget til at kunne samarbejde med Wes Anderson på manuskriptskrivningen til den 4. spillefilm, ''[[The Life Aquatic with Steve Zissou]]'' ([[2004]]). Anderson fik derfor hjælp til manuskriptet af  filmmageren [[Noah Baumbach]]. Wilson spillede dog med i filmen som Bill Murrays mulige søn, Ned Plimpton, en rolle specielt skrevet til Wilson.<ref>{{cite web | url=http://www.chud.com/index.php?type=interviews&id=954 | title=Interview: Wes Anderson | access-date=2006-09-29 | author=Fred Topel |date=2004-12-23 | publisher=CHUD.com }}</ref>
Levende_personer Humor