22 år gammel drog han [[1755]] til [[Hamborg]], hvor han studerede [[latin]], almindelige skolefag og [[geometri]] ved [[gymnasium|gymnasiet]] der, og [[1757]] drog han til [[Göttingen]], der var kurfyrstendømmet Hannovers universitetsby, for at fuldende sin faglige uddannelse ved [[universitet]]. Hans stambog, der er påbegyndt i Göttingen, er i 2010 købt af Det Kongelige Bibliotek.<ref>Om Carsten Niebuhrs stambog: Dieter Lohmeier & Stig Rasmussen: Carsten Niebuhrs stambog i: ''Fund og Forskning'', nr. 49, s. 103-143 [https://tidsskrift.dk/index.php/fundogforskning/article/viewFile/69406/126988 Link til digital udgave] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20150703035400/https://tidsskrift.dk/index.php/fundogforskning/article/viewFile/69406/126988 |date= 3. juli 2015 }}</ref> <ref> Carsten Niebuhrs stambog, påbegyndt 1757: [http://www.kb.dk/da/nb/materialer/haandskrifter/HA/e-mss/acc-2010_20.html] Link til digital udgave</ref> Et familie[[stipendium]] satte ham i stand til et forlænget studieophold, og han tænkte på at indtræde i det hannoveranske [[ingeniør]]korps, da han [[1758]] modtog et anderledes fordelagtigt tilbud fra [[Danmark]].
Historie Kartografi