Sammen med mikrotomen videreudvikledes også præarationsteknikken, der består i fiksering af præparatet, indlejring af præparatet og farvningen af snittene. Selektiv farvning af dele af snittene førte dog kun til for alvor brugbare resultater, så længe snittykkelsen kunne holdes konstant. Derved forhindrede man, at forskelle i snittykkelsen medførte større ændringer i farven end prøvens strukturer. Fremstillingen af meget tynde og frem for alt lige tykke snit med en mikrotom havde sammen med selektive farvninger af strukturer eller molekyler øget synligheden af mikroskopiske detaljer med mindst en faktor 10 ved slutningen af det 19. århundrede.<ref name="Mayr">Ernst Mayr: ''Die Entwicklung der biologischen Gedankenwelt.'' Springer, 2002, {{ISBN|3-540-43213-2}} ([http://books.google.de/books?id=Y_HvUDa4OqwC&pg=PA533&dq=mikrotom+biologie&lr=&as_brr=3 Google-Books])</ref><ref>Werner Linß, Werner Linb, Jochen Fanghänel: ''Histologie: Zytologie, allgemeine Histologie, mikroskopische Anatomie.'' Walter de Gruyter, 1998, {{ISBN|3-11-014032-2}} ([http://books.google.de/books?id=S1HRxeGOQfMC&pg=PA1&dq=Purkinjes+mikrotom&as_brr=3 Google-Books])</ref>
Kemi