På Anholt kan man eksempelvis stadig se detaljerne i gamle kystlinjer, der nu ligger inde i landet, og stammer fra forskellige epoker efter istiden med skiftende vandstand og landhævning. Det upløjede landskab på Anholt er en unik landskabsform i Danmark, såvel som i Europa. Ørkenen er dog ikke en rigtig ørken, da nedbørmængden er for stor, selvom Anholt er et af de mest regnfattige områder i Danmark. Det meste af området ville formentlig springe i skov, hvis ikke der blev foretaget aktiv trærydning ind i mellem. I 1995-96 blev omfattende områder i den sydlige del af Ørkenen ryddet for klitfyr. Snarere end en ørken, er området en strandvoldsslette. Således er Ørkenen præget af bevoksning med mange arter af lav, såsom rensdyrlav, og er dermed en såkaldt lav-hede.
Naturbeskyttelse