* Samlede udgaver
** ''Pierluigi Palestrinas Werke'', 33 Bände, Leipzig uden årstal [1862–1907]
** ''Le opere complete di Giovanni Perluigi da Palestrina'', 35 Bind, Rom 1939–1999
* Messer, individuelle tryk
** „Missarum liber primus“, Rom 1554
** „Missarum liber secundus“, Rom 1567
** „Missarum liber tertius“, Rom 1570
** „Missarum cum quatuor et quinque vocibus, liber quartus“, Venedig 1582
** „Missarum liber quintus quatuor, quinque, ac sex vocibus concinendarum“, Rom 1590
** „Missarum cum quatuor vocibus, liber primus“, Venedig 1590
** „Missae quinque, quatuor ac quinque vocibus concinendae […] liber sextus“, Rom 1594
** „Missae quinque, quatuor ac quinque vocibus concinendae […] liber septimus“, Rom 1594
** „Missarum cum quatuor, quinque & sex vocibus, liber octavus“, Venedig 1599
** „Missarum cum quatuor, quinque & sex vocibus, liber nonus“, Venedig 1599
** „Missarum cum quatuor, quinque & sex vocibus, liber decimus“, Venedig 1600
** „Missarum cum quatuor, quinque & sex vocibus, liber undecimus“, Venedig 1600
** „Missarum cum quatuor, quinque & sex vocibus, liber duodecimus“, Venedig 1601
** „Missae quattuor octonis vocibus concinendae“, Venedig 1601
(samlet 113 messer i 14 Bæger)
* Magnificat-individuelle tryk
** „Magnificat octo tonum. Liber primus […] nunc recens in lucem editus“, Rom 1591
* Magnificat-cykler
** 8 Magnificat toni I–VIII for fire stemmer, tonsætning ulige stemmer og 8 magnificat toni I–VIII for fire stemmer, melodigang lige stemmer, 1591
** 8 Magnificat toni I–VIII for fire stemmer, melodigang lige stemmer
** 8 Magnificat toni I–VIII for fem til seks stemmer, melodigang lige stemmer
* Magnificat-enkeltværker
** Magnificat quarti toni for fire stemmer, melodigang lige stemmer
** Magnificat sexti toni for fire stemmer, melodigang lige stemmer
** Magnificat primi toni for otte stemmer, melodigang ulige / lige stemmer
(samlet 35 magnificat-melodigange)
* Litaneien-Individuelle tryk og enkeltværker
** Individuelt tryk „Litaniae Deiparae Virginis musica D. Ioannis Petri Aloysii Praenestini […] cum quatuor vocibus“, Venedig 1600
** „Litaniae Beatae Mariae Virginis“ for tre til fem stemmer, 1600
** „Litaniae Beatae Mariae Virginis“ for tre til fem stemmer, 1596
** „Litaniae Beatae Mariae Virginis“ for fem stemmer, ca. 1750, opus dubium
** „Litaniae Beatae Mariae Virginis“ for seks stemmer, sandsynlig autograf
** „Litaniae Beatae Mariae Virginis“ (I) for otte stemmer (anonym)
** „Litaniae Beatae Mariae Virginis“ (II) for otte stemmer (anonym)
** „Litaniae Domini“ (I) for otte stemmer
** „Litaniae Domini“ (II) for otte stemmer
** „Litaniae Domini“ (III) for otte stemmer (anonym)
** „Litaniae sacrae eucharistiae“ (I) for otte stemmer
** „Litaniae sacrae eucharistiae“ (II) for otte stemmer
(samlet 11 Litanei-melodigange)
* Lamentationer
** Individuelt tryk: „Lamentationum Hieremiae prophetae, liber primus“, Rom 1588
** Cyklus 1 (liber primus): 14 Lamentationer
** Cyklus 2 (liber secundus): 12 Lamentationer
** Cyklus 3 (liber tertius): 12 Lamentationer
** Cyklus 4 (liber quartus): 12 Lamentationen
** Cyklus 5 (liber quintus): 12 Lamentationen
** Enkelte Lektioner: 10 Lamentationer
(samlet 72 Lamentations-melodigange)
* Hymner
** Individuelt tryk: „Hymni totius anni, secundum sanctae romanae ecclesiae consuetudinem, quattuor vocibus concinendi, necnon hymni religionum“, Rom 1589
(samlet 77 hymne-melodigange)
* Motetter, offertorier, improperier, marianiske tonsætninger, Cantica og salmetonsætninger
** Individuelt tryk „Motecta festorum totius anni cum communi sanctorum […] quaternis vocibus […] liber primus“, Venedig 1564, flere eftertryk
** Individuelt tryk „Liber primus […] motettorum, quae partim quinis, partim senis, partim septenis vocibus concinatur“, Rom 1569
** Individuelt tryk „Motettorum quae partim quinis, partim senis, partim octonis vocibus concinatur, liber secundus“, Venedig 1572 (med yderligere 1 motet af Palestrina sønner Angelo og Rodolfo og to motetter hans broder Silla Pierluigi da Palestrina)
** Individuelt tryk „Motettorum quae partim quinis, partim senis, partim octonis vocibus concinatur, liber tertius“, Venedig 1575
** Individuelt tryk „Motettorum quinque vocibus liber quartus“, Rom 1583/84, flere eftertryk
** Individuelt tryk „Motettorum quatuor vocibus, partim plena voce, et partim paribus vocibus, liber secundus“, Venedig 1584
** Individuelt tryk „Motettorum quinque vocibus liber quintus“, Rom 1584
** Individuelt tryk „Offertoria totius anni, secundum sanctae romanae ecclesiae consuetudinem, quinque vocibus concinenda […] pars prima“, Rom 1593
** Individuelt tryk „Offertoria totius anni, secundum sanctae romanae ecclesiae consuetudinem, quinque vocibus concinenda […] pars secunda“, Rom 1593
(samlet 336 autentiske kompositioner og 81 værker med usikker tilskrivning og/eller af tvivlsom ægthed)
* Åndelige madrigaler
** Individuelt tryk „Il primo libro de madrigali a cinque voci“, Venedig 1581
** Individuelt tryk „Delli madrigali spirituali a cinque voci […] libro secondo“, Rom 1594
(sanmlet 56 åndelige madrigaler)
* Verdslige madrigaler og kanzonetter
** Individuelt tryk „Il primo libro di madrigali a quatro voci“, Rom 1555, flere eftertryk
** Individuelt tryk „Il secondo libro di madrigali a quatro voci“, Venedig 1586
(samlet 93 werdslige madrigaler)
* Instrumentalmusik
** „Recercate“, 8 Ricercare over de 8 modi for fire stemmer
** „Esercizi (IX) sopra la scala“ for fire stemmer, opus dubium
Musik