Tvister om suverænitet over Gibraltar, og dermed lufthavnen, har i årevis haft en stærk indflydelse på hvilke typer og antal flyveoperationer der kunne foretages fra Gibraltar. Den spanske regering fik blandt andet [[EU]] til at nedlægge forbud mod direkte flyruter til og fra lufthavnen i Gibraltar. Det eneste land der stemte imod og hvor forbuddet ikke var gældende, var Storbritannien. [[2. december]] [[1987]] indgik Spanien og briterne ellers en aftale der ville tillade civilt luftfart fra lufthavnen. Aftalen indebar at [[Lufthavnsterminal|terminalbygningen]] skulle placeres på den spanske del, ved byen [[La Línea de la Concepción]] der er beliggende nord for lufthavnsområdet. Efter store protester fra blandt andet regeringen i Gibraltar blev aftalen aldrig underskrevet, og den blev derfor ikke gældende. Det var en af årsagerne til at Spanien påpegede at Gibraltar ikke var en del af EUs fælles luftrum, og [[flyselskab]]er derfor skulle søge om speciel tilladelse hver gang en flyvning ikke gik direkte til lufthavne i Spanien eller Storbritannien.<ref name="Cordoba">{{Kilde nyheder | first = | last =| title = Agreement announced In Cordoba September 2006  | author = | url= http://www.gibnet.com/library/trip_1.htm | publisher= www.gibnet.com| date = 2006-09-18 | accessdate = 14. oktober 2011 | language = en}}</ref><ref name="SF">{{Kilde nyheder | first = | last =| title = History of Spanish Flights| author = | url= http://www.gibnet.com/airport/iberia.htm | publisher= www.gibnet.com| date = | accessdate = 14. oktober 2011 | language = en}}</ref>
Historie Foreninger Organisationer