Vadstena fik til forskel fra andre svenske klostre fortsat lov til at tage imod noviser, dog med forbehold om at de skulle have kongens særskilte tilladelse. I 1527, efter at en kvinde var rømt fra klosteret med sin tidligere trolovede, gav Gustav Vasa instrukser til biskop Hans Brask at ingen kvinde herefter blev viet til nonne i Vadstena uden speciel tilladelse fra kongen<ref name="ReferenceA">.[http://www.archive.org/stream/historisktbibli00unkngoog/historisktbibli00unkngoog_djvu.txt Historiskt bibliotek utgitt av Carl Silfverstolpe]</ref> De som allerede var medlemmer fik tilladelse til at forlade klostret. Vadstenas abbedisse, [[Birgitta Botolfsdotter]], forlod klostret og giftede sig i 1539. De yngre nonner skal ha været mere villige til at rejse, end de ældre, og abbedissen blev forbudt på kongelig befaling at hindre dem<ref name="ReferenceA"/>. I 1544 fik nonnerne og munkene, etter oplysning på eget ønske, udtrykkelig kongelig tilladelse til at forlade klosteret og gifte sig.<ref name="books.google.se">[http://books.google.se/books?id=2rBLAAAAIAAJ&pg=RA1-PA42&dq=sko+kloster+abbedissa&hl=sv&ei=KE9WTrKJAY3wsgbpsaDQCg&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=7&ved=0CE8Q6AEwBg#v=onepage&q=sko%20kloster%20abbedissa&f=false Svenska kyrkoreformationens historia, Volym 1 av Lars Anton Anjou]</ref>. Vadstena kloster slutter med at nedtegne hvem som antages som nonner efter 1528, så kundskaben om hvem som blev antaget i klostret efter reformationen er ufuldstændig, men munkene anførte nye medlemmer frem til 1542<ref name="ReferenceA"/>. Myndighederne skaffede munkene nye erhverv som læger, lærere, præster og missionærer efter at de havde afsvoret sig katolicismen, og munkene forlod klosteret hurtigere og i større mængde end nonnerne, som ikke kunne forsørge sig udenfor klostret og i højere grad blev der.
Arkitektur