Villa spillede desuden 66 kampe for [[Mexicos fodboldlandshold|Mexicos landshold]].<ref>{{cite news|url=http://www.rsssf.com/miscellaneous/mex-recintlp.html|title=RSSSF: Mexico: Record International Players|accessdate=2014-08-02}} {{en sprog}}</ref> Han repræsenterede sit land ved både [[VM i fodbold 1998|VM i 1998]] i [[Frankrig]]<ref>{{cite news|url=http://rsssf.com/tables/98full.html|title=RSSSF: 1998 FIFA World Cup|accessdate=2014-08-03}} {{en sprog}}</ref> og [[VM i fodbold 2002|VM i 2002]] i [[Sydkorea]]/[[Japan]].<ref>{{cite news|url=http://rsssf.com/tables/2002full.html|title=RSSSF: 2002 FIFA World Cup|accessdate=2014-08-03}} {{en sprog}}</ref> Han var også med til at vinde guld ved de [[nordamerika]]nske mesterskaber [[CONCACAF Gold Cup]] i både 1996 og 1998, samt ved [[FIFA Confederations Cup|Confederations Cup 1999]] på hjemmebane.
Levende_personer