Søen og dens omgivelser udgør [[Natura 2000-område nr. 36 Nipgård Sø]] og er udpeget til [[habitatområde]] på grund af en række sjældne [[vandplante]]r på lavt vand, bl.a. [[strandbo]], [[søpryd]], [[vandnavle]], og [[svømmende sumpskærm]]. På dybere vand findes en række [[langskudsplante]]r som [[aks-tusindblad]] og [[vandpest]].<ref>[https://web.archive.org/web/20120903150447/http://www.naturstyrelsen.dk/Naturbeskyttelse/Natura2000/Natura_2000_planer/Se_Planerne/001_125/36_Nipgaard_Soe.htm Naturplanen] på Naturstyrelsens websted</ref> Søen har tidligere været [[lobeliesø]], men betegnes nu som en "overgangssø" mod en vandaks-sø.<ref>{{Cite web |url=http://naturstyrelsen.dk/naturbeskyttelse/natura-2000/natura-2000-omraaderne/beskyttede-arter-og-naturtyper/naturtyper/3150-naeringsrige-soeer-og-vandhuller-med-flydeplanter-eller-store-vandaks/ |title=3150 Næringsrige søer og vandhuller med flydeplanter |access-date=18. marts 2015 |archive-date=18. marts 2015 |archive-url=https://web.archive.org/web/20150318131935/http://naturstyrelsen.dk/naturbeskyttelse/natura-2000/natura-2000-omraaderne/beskyttede-arter-og-naturtyper/naturtyper/3150-naeringsrige-soeer-og-vandhuller-med-flydeplanter-eller-store-vandaks/ |url-status=dead }}</ref>
Naturbeskyttelse