På grundlag af et ualmindeligt personalkendskab sørgede Thestrup for, at stabsofficersposterne ved fodfolket var i dygtige hænder, og for at fjerne de officerer, som han anså for mindre egnede til at deltage i en krig, forlangte han omfattende afskedigelser, hvilke finansminister [[C.E. Fenger]] dog modsatte sig, så at kun en del blev stillede til rådighed. Endelig skaffede han i 1863 fodfolket et nyt eksercerreglement, hvilket med hensyn til kampformer og regler for kampen stod langt forud for sin tid. Efter at det holstenske kontingent var udsondret af [[Hæren]] ved kundgørelsen af [[30. marts]] 1863, udarbejdede Thestrup et forslag om omorganisationen af den dansk-slesvigske hær, men Fenger ville af finansielle grunde ikke gå ind derpå, og Thestrup indgav da [[13. august]] 1863 sin dimission. Det var ikke lidet, hvad han som krigsminister havde udrettet, understøttet af dygtige kræfter som oberst [[C.E. Reich]] og major [[Stefan Ankjær]], og kongen påskønnede hans virksomhed ved i 1862 at benåde ham med Storkorset af Dannebrog.
Historie