I almindelighed spiller religion kun en rolle for en mindre del af befolkningen. Den største gruppe af esterne tilhører den estiske luthersk-evangelske kirke, EELK, der ligeledes repræsenterer trossamfundene ved adskillige offentlige højtideligheder. Mindre grupper blandt esterne har i lighed med flertallet af russere tilsluttet sig den russisk-ortodokse kirke, der imidlertid er delt i en estisk og en russisk kirke. Ifølge en spørgeundersøgelse er trosbekendere fordelt således:
:13,6% [[Lutheranisme|Estiske Luthersk-Evangelske Kirke]],
:12,8% [[Den ortodokse kirke|Russisk-ortodokse Kirke]],
:0,5% [[Katolikker|Romersk-katolske Kirke]],
:0,5% [[Baptistkirken|Baptister]],
:0,1% [[Jøde]]r.
Politik Organisationer