Stadil Fjord, [[Ringkøbing Fjord]] og [[Vest Stadil Fjord]] udgjorde oprindeligt et stort sammenhængende område, men efter afvandinger er forbindelsen mellem fjordene  begrænset til en smal kanal fra Vest Stadil Fjord til Stadil Fjord og dennes afløb [[Vonå]], der løber til Ringkøbing Fjord. Stadil Fjord modtager desuden vand fra [[Madum Å]], [[Tim Å]], [[Sund Å]], [[Hover Å]] og nogle bække. I begyndelsen af [[1990'erne]] fik fjorden tilført store mængder [[kvælstof]] og [[fosfor]], hvilket medførte en dårlig vandkvalitet.<ref>{{Cite web |url=http://www.dof-ringkobingamt.dk/lokaliteter/lok667040.asp?n=1 |title=&#91;&#91;Dansk Ornitologisk Forening&#93;&#93;, Ringkøbing Amt 1992: Stadil Fjord |access-date= 1. januar 2005 |archive-date= 1. januar 2005 |archive-url=https://web.archive.org/web/20050101215014/http://www.dof-ringkobingamt.dk/lokaliteter/lok667040.asp?n=1 |url-status=dead }}</ref> Dette er imidlertid rettet op, så Stadil Fjord i dag er blandt Danmarks reneste søer.<ref name = "RS"/>
Naturbeskyttelse