Fjorden er en af Danmarks reneste fjorde, og de lavvandede sandbanker giver området international betydning som spisekammer for store flokke af [[and]]e- og [[vadefugle]], og det er da også under [[Natura 2000]]-planerne både et [[Ramsarområde]], [[Habitatområde]] og et internationalt [[fuglebeskyttelsesområde]]; desuden er den nordlige del af fjorden en del af et [[vildtreservat]] – en udvidelese fra [[1997]] af [[Gavnø Vildtreservat]], som blev oprettet i [[1940]]. Reservatordningen indebærer, at der er begrænsninger på jagt, og at færdsel er forbudt på dele af Enø Overdrev og på den nordøstlige del af Dybsø fra april til midt i juli. Reservatet er på i alt 1.409 ha, hvoraf 173 ha er landareal.
Naturbeskyttelse