Johnny Thomsen mistede sin startplads i startopstilligen, da FC København [[17. september]] 2011 skrev en halvårlig kontrakt med landsholdsspilleren [[Lars Jacobsen]]. Derefter spillede Thomsen mest europæiske kampe, da Lars Jacobsen dertil ikke var spilleberettiget. Den [[15. december]] 2011 spillede FC København sæsonens sidste europæiske kamp, da de i [[Parken]] tog imod det [[Belgien|belgiske]] hold [[Standard Liège]] i en [[UEFA Europa League|Europa League]]-kamp. Her havde træner [[Roland Nilsson]] valgt [[Cristian Gamboa]] frem for Johnny Thomsen til en startplads. Dette fik efterfølgende Thomsen til at tvivle på sin fremtid i klubben, selvom han havde 18 måneder tilbage af kontrakten.<ref name="Sport1512">{{Kilde nyheder | first = Søren| last = Klæstrup| title = Vraget FCK'er: Et vink med en vognstang| author = | url=http://www.sporten.dk/fodbold/vraget-fcker-et-vink-med-en-vognstang| publisher= [[Sporten.dk]] | date = 2011-12-15 | accessdate = 30. januar 2012 | language =}}</ref>
Levende_personer