Butrint er især kendt for mangfoldigheden af [[Flora (botanik)|flora]] og [[fauna]].<ref>{{Cite web|last=[[Ramsar Convention]]|title=Information Sheet on Ramsar Wetlands (Ris): Butrint (Albania)|url=https://rsis.ramsar.org/RISapp/files/RISrep/AL1290RIS.pdf|website=rsis.ramsar.org|page=2|language=en|format=PDF}}</ref><ref>{{Cite web|title=BUTRINT NATIONAL PARK MANAGEMENT PLAN|url=https://www.academia.edu/28471210/Butrint_MP_English_version_September_2010|website=academia.edu|page=42|language=en|format=PDF|quote=Flora of the BNP area is rich and very diverse with an expected 800-900 plant species, of which half of them are already reported.}}</ref> Den sydlige del af søen ligger i [[Butrint Nationalpark]] og er blevet anerkendt som et [[vådområde]] af international betydning ved betegnelse under [[Ramsarkonventionen]].<ref name="Ramsar">{{Cite web|url=http://www.ramsar.org/pdf/sitelist.pdf|title=The list of wetlands of international importance|last=Ramsar|date=4. august 2010|publisher=Ramsar|page=5|language=en, es|access-date=14. august 2010}}</ref> Søen er blevet så godt udpeget som et [[Important Bird Area]] og [[vigtigt planteområde]], fordi den understøtter et betydeligt antal fugle og plantearter.<ref>{{Cite web|last=[[BirdLife International]]|title=Lake Butrinti|url=http://datazone.birdlife.org/site/factsheet/lake-butrinti-iba-albania|website=datazone.birdlife.org|language=en}}</ref><ref>{{Cite web|last=[[IUCN]], [[World Wide Fund for Nature]], [[Plantlife]]|title=Important Plant Areas of the south and east Mediterranean region|url=https://portals.iucn.org/library/sites/library/files/documents/2011-014.pdf|website=portals.iucn.org|page=75|language=en|format=PDF}}</ref>
Naturbeskyttelse