Det nazistiske styre udvalgte derfor bl.a. Heisenberg til at indgå i et forskningsprojekt som havde til formål at finde ud af, hvordan man udnyttede ovenstående atomkraft til bl.a. fremstilling af en atombombe.<ref>[http://www.sparknotes.com/biography/heisenberg/section9.rhtml Uranium Club]</ref> Dette forskningsprojekt kaldte man fra tysk side "''Uranprojekt''", og kan derfor sammenlignes med den amerikanske udgave af forskningsprojektet, "''[[Manhattan Project|The Manhattan Project]]''". Heisenbergs status og omdømme blandt (atom)[[fysiker]]e var ved begyndelsen af [[anden verdenskrig|Anden Verdenskrig]] meget høj - faktisk blev han regnet som en af de allerbedste (atom)fysikere på daværende tidspunkt. Sågar var der mange folk indenfor fysikkredsene der mente, (da det gik op for dem, at opdagelsen af [[fission]] i teorien kunne anvendes til at skabe en [[Kernevåben|atombombe]]) at hvis der var én fysiker der besad evnerne og kunne lykkes med at skabe sådan et våben, så var det Heisenberg.<ref>[http://www.historynet.com/what-if-werner-heisenberg-had-been-a-nazi.htm Artikel der giver sit syn på, hvorfor det ikke lykkes at skabe en atombombe i Tyskland]</ref> Selvom man fra [[de Allierede]]s side havde prøvet at overbevise Heisenberg om at emigrere, idet man godt vidste at Heisenberg havde haft nogle kontroverser og i bund og grund ikke brød sig om ''det nazistiske styre'', så havde Heisenberg afvist at forlade [[Tyskland]] i tilfælde af krig. Heisenberg var stadig [[tysker]], og på trods af regimet, så følte han stadig, at det var hans pligt at tjene ''das Vaterland''. Dette skabte stor utryghed blandt [[de Allierede]], idet de nu vidste, at det ''tyske regime'' nu både besad den viden/personer (bl.a. Heisenberg) der skulle til for at skabe en atombombe, men desuden besad [[Nazi-Tyskland]] også de fysiske materialer der skulle bruge til at fremstille bomben, idet at [[uran]]en kunne udvindes fra det besatte [[Tjekkoslovakiet]].
Videnskab