[[Ferskvand]]ssøerne i parken kan opdeles i flere forskellige zoner af biologiske samfund, der er knyttet til deres fysiske struktur.<ref name="habitats"/> Den [[pelagiske zone]] dækker de dybe, hovedsageligt naturligt, ikke-vegeterede dele af søerne, hvor nye [[planter]] ikke kan vokse. Den [[Kystzone|kystnære zone]] er det nærliggende kystområde, der dækker de vegeterede dele, der omfatter både jordbaseret og fremvoksende, [[Træ (organisme)|træ-]] eller [[busk]]vegetation. [[Flod]]zonen omfatter nogle af de største og mest forskellige strøm- og kanalsystemer i regionen, med omfattende [[vådområde]]r, flodsletter og [[Mangrove|mangrover,]] der understøtter et stort antal [[vandfugle]] og andre vand- og havarter.
[[Fil:Prespa_Lake_2015.JPG|right|thumb|220x220px| Albaniens del af Prespasøen set fra [[Nordmakedonien]] .]]
[[Skov]]områderne områder bidrager med en rig variation af meget forskellige plante- og [[Dyr|dyre-]] arter, herunder [[Truet art|truede]] og [[endemisk]]e betydningsfulde arter.<ref name="habitats"/> Skovene ligger i flere zoner. Eg er en af de mest almindelige træarter i parken, som i størrelse og densitet repræsenterer et særligt træk i parken. Denne zone er tilgroet med [[vintereg]], [[duneg]], [[ungarsk eg]] og [[frynseeg]], mens [[makedonsk eg]] dominerer på de tørre og stenede skråninger. Over bakkerne, i de bjergrige områder, skifter egetræsskovene til [[løvtræer]], på skråningerne af [[Mali i Thatë]]. Dominerende i denne zone er [[Almindelig bøg|bøg]] sammen med [[ahorn]] og [[tyrkisk hassel]]. Den omfattende zone med blandede skove af bøg og gran består primært af [[Ædelgran|ædel]][[Almindelig ædelgran|gran]], [[bulgarsk gran]], bøg og [[Balkan bøg|balkanbøg]] i de nordøstlige bjergområder.
Naturbeskyttelse Foreninger Organisationer