Flere væbnede islamistiske grupperinger voksede frem fra de tidlige 1990-ere; de to vigtigste var ''[[Groupe islamique armé]]'' (GIA), som bestod af flere mindre grupper, samt den væbnede gren af FIS, ''Armée islamique du salut'' (AIS). I oktober 1997 erklærede AIS våbenhvile, og volden aftog noget. Omkring 5.000 fanger frigaves i en amnesti, der i blandt islamistiske guerillasoldater. En udbrydergruppe fra GIA, ''[[Groupe salafiste pour la prédiction et le combat]]'' (GSPC), oprettedes i 1998 og nægtede at nedlægge våbnene. GSPC rettede sine angreb især mod sikkerhedsstyrkerne. I 2000 overgav mange guerillasoldater sig til myndighederne mod at få amnesti, men volden fortsatte, både fra guerillaens og fra myndighedernes side. Borgerkrigen har krævet mindst 100.000 menneskeliv, en tal som myndighederne tilsluttede sig i 1999. Andre sætter tallet så højt som 150.000. Årene 2000–2001 arresteredes medlemmer af GSPC i Tyskland, Frankrig, Italien og Spanien – celler mistænkte for at tilhøre det internationale terrornetværk omkring [[al-Qaida]]. Undersøgelser i Italien tydede på, at organisationen, med medlemmer også fra Tunesien og Marokko, bistod al-Qaida og planlagde terroraktioner i Europa på deres vegne. Flere af soldaterne i GIA og GSPC har baggrund fra kampe mod [[Sovjetunionen]] i [[Afghanistan]] sammen med [[talibaner]]ne og al-Qaida. Siden GIA oprettedes i 1993 rettede gruppen flere terrorangreb mod franske mål i Algeriet og Frankrig.<ref name="SNLhist"/>
Historie Tidligere_riger,_stater,_protektorater,_kolonier_og_lande