Den katolske kirke fulgte med de første kolonister. Inden 1504 fandtes der to kirker, en katolsk skole og [[Santa Casa de Misericórdia]] var til stede med et hospital.<ref name="Seibert 2006, s. 31">Seibert 2006, s. 31.</ref> I løbet af første del af 1500-tallet blev ni sogne oprettet, hvoraf et på Príncipe. Præsterne drev også handel, herunder slavehandel, ejede jord og var involverede i konflikter med de politiske myndigheder. [[São Tomé bispedømme]] blev grundlagt i 1534 som det næst ældste i Afrika, men den første biskop ankom først i 1554.<ref name="Seibert 2006, s. 61-62">Seibert 2013, s. 61–62.</ref><ref name="Seibert 2006, s. 31"/> Bispedømmet var underlagt [[Funchal bispedømme]] på [[Madeira]] til 1597, derefter [[Patriarkatet Lissabon|Lisboa]].<ref name="Seibert 2006, s. 61-62"/> Fra 1677 til 1844 var det underlagt [[Bahia ærkebispedømme]] i Brasilien.<ref name="Seibert 2006, s. 32">Seibert 2006, s. 32.</ref> Mange forroer uddannede sig til præster i Bahia. Der udviklede sig et saotomesisk præsteskab, som også satte sit præg på [[domkapitel|domkapitlet]]. Ofte var domkapitlet i konflikt med den europæiske biskop.<ref name="Seibert 2006, s. 32"/>
Politik Vand