Efter [[Siegmund Jakob Baumgarten]]s død i [[1757]] blev Semler leder af det teologiske [[fakultet (universitet)|fakultet]], og den intense opposition der var affødt af hans udgivelser og forelæsninger, øgede kun hans ry som professor. Hans popularitet steg uformindsket indtil [[1779]], hvor han afgav et svar – ''Beantwortung der Fragmente eines Ungenannten'' – på
[[Hermann Samuel Reimarus#Fragmenter af en unavngiven forfatter .28Fragmente eines Ungenannten.29|Wolfenbüttel fragmenterne]] og på [[Karl Friedrich Bahrdt]]s
trosbekendelse, et skridt der af de yderligående rationalister blev tolket som en tilbagekaldelse af hans rationalistiske position.
Filosofi Religion