Scott troede ikke på, at en hurtig sejr var mulig for Unionens styrker. Han udtænkte en langfristet plan for, hvordan Amerikas Konfødererede Stater kunne slås. Den gik ud på at besætte nøglepositioner, såsom Mississippi floden, nøglehavne på Atlanterhavskysten og i Den mexicanske Bugt og derefter rykke frem mod Atlanta. Denne [[Anaconda planen|Anaconda Plan]] blev nedgjort i aviserne, men i store træk var det denne strategi, Nordstaterne kom til at følge, især i det vestlige operationsområde, og gennem den succesfulde blokade af Sydstaternes havne. I 1864 blev den fortsat af general [[Ulysses S. Grant]] og udført af general [[William Tecumseh Sherman]] i [[Atlanta kampagnen]] og [[Shermans march til havet]].
 
Scott kunne ikke gennemføre sin plan, fordi han fysisk var ude af stand til at rejse til fronten. Derfor følte han sig ude af stand til at give sin nye kommandør i felten, generalmajor [[George B. McClellan]], en reprimande for hans stigende ulydighed. Dette, kombineret med politisk pres fra McClellans støtter i kongressen, resulterede i Scotts tilbagetræden den 1. november 1861, hvorefter McClellan efterfulgte ham som øverstkommanderende.
Politik Politiske_valg