I 1994 placerede en afstemning blandt jazz-tidsskriftet ''[[Down Beat]]''s anmeldere Zappa i magasinets Hall of Fame.<ref>{{cite web|url=http://www.downbeat.com/default.asp?sect=stories&subsect=story_detail&sid=720 |title=1994 Down Beat Critics Poll |publisher=Down Beat Magazine |access-date=12. august 2008 |url-status=dead |archive-url=https://web.archive.org/web/20090216121831/http://www.downbeat.com/default.asp?sect=stories&subsect=story_detail&sid=720 |archive-date=16. februar 2009 |df= }}</ref> Zappa blev posthumt indskrevet i [[Rock and Roll Hall of Fame]] i 1995. Der blev det skrevet, at "Frank Zappa var rock and rolls skarpeste musiske hjerne og mest kløgtige sociale kritik. Han var en profileret komponist i sin samtid, og han byggede bro mellem genrer - rock, jazz, klassisk, avantgarde og sågar satirisk musik — mesterlig lethed".<ref>{{cite web|url=http://rockhall.com/inductees/frank-zappa|title=Frank Zappa|publisher=The Rock and Roll Hall of Fame and Museum, Inc.|access-date=14. august 2008|archive-date=29. marts 2010|archive-url=https://web.archive.org/web/20100329002114/http://rockhall.com/inductees/frank-zappa|url-status=live}}</ref> Han modtog en [[Grammy Lifetime Achievement Award]] i 1997.<ref>{{cite web|url=http://www.grammy.org/recording-academy/awards/lifetime-awards|title=Lifetime achievement award|publisher=grammy.org|access-date=14. februar 2012|archive-date= 3. juli 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170703201633/https://www.grammy.org/recording-academy/awards/lifetime-awards|url-status=live}}</ref> Han rangerede som no. 36 på [[VH1]]'s ''100 Greatest Artists of Hard Rock''<ref name="youtube.com"/> i 2000.
Kunst Musik Historie