Der var en fremtrædende undergrundsmodstand i de regioner, som Koltjaks styre kontrollerede. Disse partisaner var særligt stærke i provinserne [[Altaj kraj]] og [[Jenisejsk]]. I sommeren 1919 sluttede partisanerne i Altaj-regionen sig sammen med Vestlige Sibirske bønders Røde hær (25.000 mand). [[Tasejev]] Sovjet Partisan Republik blev oprettet i den syd-østlige del af Jenisejsk tidligt i 1919, Koltjaks bagerste dele var ved at falde fra hinanden. Omkring 100.000 sibirske partisaner overtog store regioner far Koltjak endnu inden de havde nået frem til den Røde Hær. I februar 1920 tog 20.000 kontrol over [[Amur Oblast|Amur region]].<ref>[http://slovari.yandex.ru/dict/bse/article/00057/63200.htm "The Partisan Movement of 1918–22] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090201035812/http://slovari.yandex.ru/dict/bse/article/00057/63200.htm |date=1. februar 2009 }}, ''[[Great Soviet Encyclopedia]]'', 1969–1978</ref>
Kultur