Den anden gang, hvor Kyndbyværket ikke kunne dødstarte elnettet, indtræffer den 23. september 2003 under [[Strømafbrydelsen 23. september 2003|Sjællands største strømafbrydelse i nyere tid]]. Under hændelsens indledende minutter starter dieselmotoren op, som den skal, for at stabilisere den faldende frekvens i elnettet. Da alle svenske kraftværker går i ø-drift efter få minutter, beskadiges dieselmotoren imidlertid, mens det sjællandske elsystem bliver spændingsløst. I sådan en situation, skal Kyndbyværket kunne dødstarte ved hjælp af to små gasturbiner. Da dette forsøges, viser det sig dog, at et printkort i styresystemet er brændt af. Fejlen er ikke blevet opdaget i tide, da der ikke er installeret automatisk overvågning af komponenter som dette<ref name="ELkraft2003">{{cite web|last=Højgaard-Nielsen|first=Gitte|url=http://www.ens.dk/sites/ens.dk/files/undergrund-forsyning/forsyningssikkerhed/elforsyningssikkerhed/Endeligrapportomstromafbrydelse.pdf|title=Strømafbrydelsen i Østdanmark og Sydsverige 23.09.03 – Endelig hændelsesrapport, 4.11.03|publisher=Elkraft System|date=2003-11-04|page=18|access-date=2015-09-19|archive-date=22. januar 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20160122143115/http://www.ens.dk/sites/ens.dk/files/undergrund-forsyning/forsyningssikkerhed/elforsyningssikkerhed/Endeligrapportomstromafbrydelse.pdf|url-status=dead}}</ref>. Kyndbyværket startes i stedet op efter det Sjællandske 400 og 132 kV-net igen bliver spændingssat fra Sverige<ref name="ELkraft2003-13">{{cite web|last=Højgaard-Nielsen|first=Gitte|url=http://www.ens.dk/sites/ens.dk/files/undergrund-forsyning/forsyningssikkerhed/elforsyningssikkerhed/Endeligrapportomstromafbrydelse.pdf|title=Strømafbrydelsen i Østdanmark og Sydsverige 23.09.03 – Endelig hændelsesrapport, 4.11.03|publisher=Elkraft System|date=4. november 2003|page=13|access-date=19. september 2015|archive-date=22. januar 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20160122143115/http://www.ens.dk/sites/ens.dk/files/undergrund-forsyning/forsyningssikkerhed/elforsyningssikkerhed/Endeligrapportomstromafbrydelse.pdf|url-status=dead}}</ref>.
Fysik Kemi Bygninger,_konstruktioner_og_anlæg