I 1996 blev han [[docent]] ved [[Karlsuniversitetet]] i [[Prag]], og i 2002 blev han udnævnt til den første professor i [[statskundskab]] i [[Tjekkiet|Den Tjekkiske Republik]].<ref name=":0">{{Cite web|title=Prof. PhDr. Petr Fiala, Ph.D., LL.M. {{!}} Government of the Czech Republic|url=https://www.vlada.cz/en/clenove-vlady/prof--phdr--petr-fiala--ph-d---ll-m--95168/|access-date=2021-11-08|website=vlada.cz}}</ref> I 2004 blev han [[dekan]] for Det Samfundsvidenskabelige Fakultet ved Masaryk Universitet, og blev samme år valgt som rektor for universitetet idet han besejrede Jan Wechsler i tredje valgrunde.<ref>{{Cite web|title=Masarykova univerzita si zvolila nového rektora|url=https://tarantula.ruk.cuni.cz/UDALOSTI-8396.html|website=tarantula.ruk.cuni.cz|access-date=11. oktober 2021}}</ref> Fiala blev genvalgt i 2008 og forblev i stillingen indtil 2011.<ref name=":0" /> Mens Fiala var rektor, øgede Masaryk Universitet antallet af studerende til omkring 45.000 og blev det tjekkiske universitet med flest ansøgninger. Han introducerede et landsdækkende system til at opdage akademisk plagiat.<ref>{{Cite web|title=New minister shelves tuition fees plan to negotiate with universities|url=https://www.universityworldnews.com/post.php?story=20120613171132699|access-date=2021-11-08|website=University World News}}</ref> I løbet af denne periode byggede Masaryk Universitet et nyt campus til 220 millioner euro til biomedicin, åbnede en [[Mendel Polarstation|forskningsstation i Antarktis]] og etablerede Det Centraleuropæiske Teknologiske Institut (CEITEC) ved at bruge 5,3 milliarder [[Tjekkiske koruna|CZK]9 fra de [[europæiske struktur- og investeringsfonde]]. CEITEC åbnede i 2011.<ref name="Petr Fiala - životopis OSOBNOSTI.cz">{{Cite web|title=Petr Fiala - životopis|url=https://zivotopis.financnici.cz/petr-fiala-politik.php|website=FINANCNICI.cz|access-date=11. oktober 2021|language=cs}}</ref>
Levende_personer Kultur Videnskab Organisationer Uddannelsesinstitutioner Universiteter