I 1656 byggede mane pakhuset 13-14 [[Fag (bygningsdel)|fag]] længere, og det er således kun de 16-17 fag længst ned mod havnen, der stammer fra dronning Sophies tid.<ref name="histatlas"/><ref name="histatlas"/> [[Gavl]]en mod syd blev muret op på ny i sidste halvdel af 1800-tallet.<ref name="kulturarv"/><ref name="handling">[http://slks.dk/fileadmin/user_upload/kulturarv/bygninger/dokumenter/Handlingsplan_Dronningens_Pakhus.pdf Handlingsplan] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20160830194712/http://slks.dk/fileadmin/user_upload/kulturarv/bygninger/dokumenter/Handlingsplan_Dronningens_Pakhus.pdf |date=30. august 2016 }}. [[Kulturstyrelsen]], Center for Bygningsbevaring. Hentet 27/9-2016</ref>
Bygninger,_konstruktioner_og_anlæg Arkitektur