Der hersker usikkerhed om årsagen til Beethovens død: [[Skrumpelever]], [[syfilis]], [[hepatitis]], [[blyforgiftning]], [[sarkoidose]] og [[Whipples syndrom]] er foreslået.<ref>Mai, F. M. 'Beethoven's terminal illness and death'. I ''The journal of the Royal College of Physicians of Edinburgh'', 36. årgang, nummer 3 (2006), s. 258–63. ({{PMID|17214130}}). {{en sprog}}</ref> Venner og besøgende klippede lokker af hans hår før og efter hans død, hvoraf nogle er blevet bevaret og underkastet analyser ligesom nogle af knogleresterne fra udgravningen i 1862.<ref>Meredith, William Rhea, Hannah Liebmann, Theodor Gomperz, Gerhard von Breuning, Hans Bankl, Hans Jesserer, og Noam S. D. Cook. [http://www.highbeam.com/doc/1P3-1552096671.html 'The History of Beethoven's Skull Fragments'] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20181129100120/http://www.highbeam.com/doc/1P3-1552096671.html |date=29. november 2018 }}. I ''Beethoven Journal'', 20. årgang, nummer 1–2 (2005), s. 2–3. ([[OCLC]] [http://www.worldcat.org/title/history-of-beethovens-skull-fragments-part-one/oclc/64392567 64392567]). {{en sprog}}</ref> Nogle af disse analyser har ført til den omstridte påstand, at Beethoven døde af en overdosis blyholdig medicin givet af hans læge ved et uheld.<ref>Jahn, George. [http://www.washingtonpost.com/wp-dyn/content/article/2007/08/28/AR2007082800980_pf.html 'Pathologist: Doctor Killed Beethoven']. I ''The Washington Post'', 28. august 2007. Besøgt 31. maj 2013. {{en sprog}}</ref><ref>Eisinger, Josef. 'The lead in Beethoven's hair'. I ''Toxicological & Environmental Chemistry'', 90. årgang (2008), s. 1–5. ([[DOI]]: [http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/02772240701630588#.UaiJjdjwOSo 10.1080/02772240701630588]). {{en sprog}}</ref><ref>Lorenz, Michael. [http://www.highbeam.com/doc/1P3-1543548641.html 'Commentary on Wawruch's Report: Biographies of Andreas Wawruch and Johann Seibert, Schindler's Responses to Wawruch's Report, and Beethoven's Medical Condition and Alcohol Consumption'] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20130502034135/http://www.highbeam.com/doc/1P3-1543548641.html |date= 2. maj 2013 }}. I ''The Beethoven Journal'' (San Jose: The Ira Brilliant Center for Beethoven Studies), 22. årgang, nummer 2 (vinter 2007), s. 92–100. {{en sprog}}</ref>
Walhalla