I [[1807]] havde han sammen med dommer [[Cyrus Griffin]] forsædet ved den store statsretssag mod den tidligere vicepræsident [[Aaron Burr]], som var anklaget for forræderi og mindre foreelser. Inden retssagen havde præsident Jefferson fordømt Burr og kraftigt støttet at han blev dømt. Marshall fortolkede definitionen af forræderi i forfatningens artikel III snævert. Han bemærkede at anklagemyndigheden ikke havde bevist at Burr havde begået "en åbenlys handling" som krævet i forfatningen. Som følge heraf frikendte juryen den sagsøgte, hvilket førte til stigende uvilje mellem præsidenten og højesteretspræsidenten.<ref>{{Cite web |url=http://www.law.umkc.edu/faculty/projects/ftrials/burr/burraccount.html |title=Linder, Doug. "The Treason Trial of Aaron Burr." |access-date=11. april 2009 |archive-date=17. februar 2006 |archive-url=https://web.archive.org/web/20060217043816/http://www.law.umkc.edu/faculty/projects/ftrials/burr/burraccount.html |url-status=dead }}</ref>
Politik