Roskilde Fjord er EF-fuglebeskyttelsesområde og EU-habitatområde. Udlægningen af jagt- og forstyrrelsesfrie områder er en konsekvens af fjordens status som EF-fuglebeskyttelsesområde<ref>{{Cite web |url=http://www.miljoeportal.dk/Arealinformation/ |title=Danmarks Miljøportal – Arealinformation<!-- Bot genereret titel --> |access-date=18. april 2010 |archive-date=24. marts 2013 |archive-url=https://web.archive.org/web/20130324001458/http://www.miljoeportal.dk/Arealinformation/ |url-status=dead }}</ref>. Af samme grund er der i hele fjorden, fra Lejre Vig i syd til fjordens udløb i [[Isefjorden]] i nord, motorbådsjagt forbudt. Ved alle øvrige former for jagt henvises til Skov- og naturstyrelsens hjemmeside om "Jagtbegrænsninger på fiskeriterritoriet".<ref>{{Cite web |url=http://www.naturstyrelsen.dk/Naturoplevelser/Jagt/omjagt/hvoroghvornaar/Fiskeriterritoriet/ |title=Jagtbegrænsninger på fiskeriterritoriet – Naturstyrelsen |access-date=23. september 2011 |archive-date=28. marts 2014 |archive-url=https://web.archive.org/web/20140328140932/http://www.naturstyrelsen.dk/Naturoplevelser/Jagt/omjagt/hvoroghvornaar/Fiskeriterritoriet/ |url-status=dead }}</ref>
Roskilde Fjord er en forholdsvis lavvandet fjord med en dybde på ca. 5 m de fleste steder, men har også enkelte dybe huller som fx "Hestehullet" nordvest for Herslev Havn, hvor der ca. 29 m dybt.
Naturbeskyttelse