Søerne udgør ca. 1/6 af habitatområdets areal, bl.a. [[Borresø]], [[Thorsø (Silkeborg Kommune)|Thorsø]], [[Almindsø]], [[Ørnsø]] og den op til 12 m dybe [[Slåensø]]. I nordenden af Østerskoven ligger tre rene, brunvandede søer, [[Uglsø]], [[Mørksø]] og [[Avnsø]], omgivet af artsrig mosenatur. Både skov- og søområderne har stor rekreativ værdi og benyttes til både sejlads og skovture. Vest for Versterskov ligger moseområdet [[Tranevig]], og mod syd i dalen der adskiller Vesterskoven fra [[Rustrup Skov]] ligger engene [[Jenskær]] med en lille opstemmet sø. I Nordskoven i den østlige del af området ligger [[Hårup Sande]], hvor [[flyvesand]] har dannet lave klitter i tidligere tiders [[sandflugt]]. Her grænser habitatområdet op til den udgravede [[Schousbyes Sø]].
Naturbeskyttelse