* Linje I: ''Den ældste linje (Hevringholm-linjen)''. Omfatter slægtens ældste medlemmer, der er knyttet til herregården [[Hevringholm]] på [[Djursland|Norddjursland]]. Dækker perioden fra ca. år 1300 – 1600. 
* Linje II: ''Boller-linjen med den legitimerede linje og friherrerne Rosenkrantz af [[Baroniet Rosendal|Rosendal]]''. Linjen udgik fra linje I i begyndelsen af 1500-tallet og uddøde i begyndelsen af 1700-tallet.
* Linje III: ''Arreskov-linjen''
* Linje IV: ''Rosenholm-linjen''. Efterkommere af [[Jørgen Ottesen Rosenkrantz (1523-1596)|Jørgen Ottesen Rosenkrantz]] til [[Rosenholm Slot|Rosenholm]]. Linjen uddød på mandslinjen med [[Frederik Christian Rosenkrantz]] i [[1802]]. 
* Linje V: ''Den friherrelige linje (af Villestrup)''. Sidelinje af linje IV. Linjen er "grundlagt" af [[Werner Rosenkrantz|Werner lensbaron Rosenkrantz]] (1700–1777) til [[Willestrup]]. Alle nulevende danske medlemmer af slægten er ud af denne linje. Slægtens stamsæde [[Rosenholm Slot|Rosenholm]] overgik til denne linje i 1802. 
* Linje VI: ''Barritskov/Brusgård-linjen''. Sidelinje af linje IV. Linjen er "grundlagt" af Otto Christian Rosenkrantz (1727–1785). Linjen er opkaldt efter herregården [[Barritskov]], der efter [[Frederik Christian Rosenkrantz]]' testamentariske bestemmelser indgik i [[Stamhuset Rosenkrantz]] og arvedes af denne linje. Linjen uddøde på mandslinjen med [[Marcus Giøe Rosenkrantz]] i [[1838]]. 
* Linje VII: ''Rydhave-linjen''. 
* Linje VIII: ''Glimminge-linjen''. Linjen er "grundlagt" af Axel Rosenkrantz (1552–1630). Blandt dennes sønner var de bekendte [[Holger Rosenkrantz (1586-1647)|Holger Rosenkrantz "den rige"]] og [[Palle Rosenkrantz (f. 1587)|Palle Rosenkrantz]] til Krenkerup. Linjen uddøde på mandslinjen med Erik Skeel Rosenkrantz (1772–1807) til Søby Søgaard. 
* Linje IX: ''Ørup-linjen''. Udgået fra linje I i begyndelsen af 1600-tallet. Som linjens "grundlægger" regner man Børge Rosenkrantz (død 1614) til det skånske gods Ørup. Slægten forblev på nævnte gods efter [[Skåne]] blev afstået til Sverige i [[1660]]. Holger Rosenkrantz (1688–1758) blev 1752 naturaliseret i den svenske adel under navnet "Rosencrantz". 
* Linje X: ''Den nyere skånske slægt''. Udgået fra linje IX i begyndelsen af 1700-tallet. Slægten lever stadig i Sverige.
* Linje XI: ''Den sønderjyske linje''. Udgået fra linje I i slutningen af 1300-tallet. Uddød ca. [[1630]].
Historie