Han hjemkaldtes ved krigsudrustningen i 1700 og blev chef for fregatten "''Maagen''", der detacheredes til [[Riga]]. Ved oprettelsen af [[Søkadetkorpset]] i 1701 ansattes han som 3. kadetofficer; 2 år senere blev han næstkommanderende sammesteds. Han førte dette år atter "''Maagen''", der ledsagede [[Frederik IV]] til Norge; i 1705 og 1707 var han chef for kadetskibet "''Frøken Elsken''", i 1706 vagtskibschef i [[Storebælt]], 1709 chef for transportskibet "''Færø''", der bragte den danske envoyé, kommandør Just Juel, til [[Narva]]. 1710 var han chef for linjeskibet "''Prins Christian''", først i admiral v. Støckens eskadre, senere ved hovedflåden, der 4. oktober kæmpede på [[Køge Bugt]] med den svenske flåde. I 1711 og 1712 var han flagkaptajn i linjeskibet "''Elefanten''" under generaladmiral [[Ulrik Christian Gyldenløve, greve af Samsø|Ulrik Christian Gyldenløve]]; med denne deltog han 29. september i ødelæggelsen af den svenske transportflåde under [[Rygen]], men for øvrigt synes de ikke at have stået på nogen god fod, thi vinteren derefter klagede han over, at "Generalen" betager ham enhver lejlighed til at signalisere sig. I 1713 var han atter til søs, denne gang som chef for linjeskibet "''Ebenezer''"; desuden førte han en eskadre, der krydsede i [[Østersøen]] og bragte en transport til admiral Sehested ved [[Stralsund]]. 1714 var han atter eskadrechef, denne gang først på en ekspedition til Norge, senere i Østersøen. I 1715 gjorde han tjeneste som eskadrechef ved hovedflåden under admiral P. Raben, der 8. august havde et blodigt sammenstød ved Jasmund med den svenske flåde. Som så ofte, hvor Raben førte kommandoen, fik slaget et efterspil i form af anklager og krigsretter; også Thambsen led herunder; han anklagedes for ikke at have gjort sin pligt. Først 3 år efter blev denne sag tilendebragt; men uagtet at han med ære frifandtes, erholdt han dog ved udgangen af 1719 in afsked.
Personbillede_savnes Titler Politik Politiske_embeder Tidligere_riger,_stater,_protektorater,_kolonier_og_lande