如何自己做植物群体数据分析？
下面我们就来简单介绍下基于高通量测序技术的群体研究中最常用到的三种方法——，以及如何进行自主分析。遗传进化分析在不同生存条件下的同一物种会因为自然选择、人工驯化、遗传漂变等形成不同的亚种或亚群，群体遗传进化研究就是用来追溯和解析这个过程的研究方法。基于全基因组重测序技术或其他测序技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息，得到大量的SNP、InDel、SV和CNV等变异信息，就可以研究群体的等生物学问题。GWAS分析全基因组关联分析(genome wide association study, GWAS) 是利用全基因组范围内筛选出的高密度分子标记对所研究的群体进行扫描, 使用扫描得到的的方法。GWAS的出现为全面、系统地研究基因组学掀开了新的一页, 在医学中已经利用该方法鉴定出大量与人类复杂疾病或数量性状相关的遗传变异, 成为研究人类基因组学的关键手段。而在动植物基因组中GWAS也取得了良好的应用效果, 应用GWAS发掘动植物复杂数量性状基因、为分子育种提供依据已成为基因组学研究的热点。GWAS相对于传统的利用遗传图谱做QTL定位有很多优势：节约时间：无需构建遗传群体，GWAS自然群体或者种质资源可以直接用于关联分析；定位精确：人工群体由于群体大小限制，重组不充分，定位区间往往很大，而GWAS使用的自然群体大都经过长时间、多世代的繁衍，基因组重组充分，关联定位准确；GWAS中表型性状变异丰富，只要群体足够大，几乎可以涵盖所有的表型性状，因此GWAS。而人工群体由于群体遗传背景单一，如果父母本中某些表型不存在就无法定位该性状。BSA分析BSA（Bulked segregation analysis）即混合分组分析，也称分离群体分组分析，是指利用目标性状存在极端表型差异的两个亲本构建分离群体，在子代分离群体中，，结合高通量测序技术对混合样本测序，比较两组群体在多态位点（SNP）的等位基因频率（AF）是否具有显著差异，定位与目标性状相关联的位点并对其进行注释，研究控制目标性状的基因及其分子机制。在农学中，经常会遇到将与性状相关的基因或位点在基因组上进行定位的需求，相比于利用遗传图QTL定位，BSA分析是一种简便又高效的分析定位方法。如何实现自主分析知其然还要知其所以然，了解、掌握分析技能，才可能对分析结果进行有效的利用，加快科研产出速度，更何况还能的分析费用。为此组学大讲堂制作了群体研究系列视频课程：，课程中方法均提炼自高分期刊已发表权威文献，提供全部分析代码及示例数据。习得之后即可对自己的群体测序数据进行分析，分析所得图片可直接用于发表。该系列课程在网易云课堂、腾讯课堂累计销量，群体研究系列课程可享最低！扫描下方二维码开始学习吧！注：1. 本课程为录播课程，购买后即可观看；2. 购买之后可以通过手机或者电脑访问study.omicsclass.com，登录账号进行学习；3. 购买或者观看遇到问题，可以加联系我们。组学大讲堂-专业生信培训机构组学大讲堂作为，截止到今天，共计发布60+门生物信息视频教程，涵盖（Linux、Python、R、Perl）等方向，学员数量已！多门课程被推送到网易云课堂首页推荐位，并在网易官方的金云奖评选中荣获平台潜力奖及严选口碑机构，我们也是唯一入选的生物信息类团队！周年庆期间（5月13日24时截止），组学大讲堂最低7.2折！扫描下方二维码进入组学大讲堂网校首页：组学大讲堂VIP享豪礼，权益范围内课程随意看，一次性解决实验室培养生信分析师的难题，最低能以1600元/年的投入培养一位合格的生信分析师！，苹果 AirPods pro无线蓝牙耳机、apple watch、华为matepad pro、小米电动滑板车、pico vr一体机、索尼降噪耳机等任你挑选！活动详情咨询END学习是一种生活方式点击下方直达本号，发现更多知识组学大讲堂致力于基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等组学知识及生信技能的传播，让知识分享更顺畅！为了避免我们意外失散只需三步↓↓点击下方“组学大讲堂”进入，点击右上角“”，点击：，组学大讲堂名称旁会出现一个黄色五角星，恭喜你！设置成功啦！测序、数据分析、课程培训等事宜请联系邮箱：听说会发大文章