所谓海关事务担保，是指与进出境活动有关的自然人、法人或者其他组织(以下统称“当事人”)在向海关申请从事特定的经营业务或者办理特定的海关事务时，以向海关提交现金、保证函等方式，保证其行为合法，保证在一定期限内履行其承诺的义务的法律行为。
若由于当事人的过错，不能履行担保事项所列明的义务，海关将依法对当事人给予惩罚，让其承担一定的法律责任，以达到惩戒和教育的目的。
对涉及税款的担保，无论是责令补缴税款，还是将保证金抵作税款，或是通知银行扣缴税款，主要目的还是在于补偿进出口税的收入。
海关事务担保制度从本质上讲，是海关支持和促进对外贸易发展和科技文化交流的措施，既保障国家利益不被侵害，又便利进出境活动，促进对外贸易效率的提高。同时，担保制度对进出境活动的当事人也将产生较强的制约作用，促进企业守法自律，按时履行其承诺的诸如补交单证、补缴税款、按规定复出(进)口等义务。
为使当事人获得快速通关、办理特定海关业务及免于扣留财产等便利，《海关事务担保条例》主要规定了4种情形下的海关事务担保：
当事人申请提前放行货物的担保是指在办结商品归类、估价和提供有效报关单证等海关手续前，当事人向海关提供与应纳税款相适应的担保，申请获得通关便利，由海关提前放行货物。
有下列情形之一的，当事人可以在办结海关手续前向海关申请提供担保，要求提前放行货物：
出口货物的商品归类、完税价格、原产地尚未确定的;
③在纳税期限内税款尚未缴纳的;
⑤其他海关手续尚未办结的。
当事人申请办理特定海关业务的担保是指当事人在申请办理内地往来港澳货物运输，办理货物、物品暂时进出境，将海关监管货物抵押或者暂时存放在海关监管区外等特定业务时，根据海关监管需要或者税收风险大小向海关提供的担保。
当事人申请办理下列特定海关业务的，按照海关规定提供担保：
①运输企业承担来往内地与港澳公路货物运输、承担海关监管货物境内公路运输的;
②货物、物品暂时进出境的;③货物进境修理和出境加工的;④租赁货物进口的;
⑥将海关监管货物暂时存放在海关监管区外的;
⑦将海关监管货物向金融机构抵押的;⑧为保税货物办理有关海关业务的。当事人不提供或者提供的担保不符合规定的，海关不予办理所列特定海关业务。
进出口货物的纳税义务人在规定的纳税期限内有明显的转移、藏匿其应税货物及其他财产迹象的，海关可以责令纳税义务人提供担保;纳税义务人不能提供担保的，海关依法采取税收保全措施。
②有违法嫌疑的货物、物品、运输工具无法或者不便扣留的，当事人或者运输工具负责人应当向海关提供等值的担保;未提供等值担保的，海关可以扣留当事人等值的其他财产。
有违法嫌疑的货物、物品、运输工具属于禁止进出境，或者必须以原物作为证据，或者依法应当予以没收的，海关不予办理担保。
③法人、其他组织受到海关处罚，在罚款、违法所得或者依法应当追缴的货物、物品、走私运输工具的等值价款未缴清前，其法定代表人、主要负责人出境的，应当向海关提供担保;未提供担保的，海关可以通知出境管理机关阻止其法定代表人、主要负责人出境。(受海关处罚的自然人出境的，适用上述规定。)
进口已采取临时反倾销措施、临时反补贴措施的货物应当提供担保的，或者进出口货物收发货人、知识产权权利人申请办理知识产权海关保护相关事务等，依照海关事务担保一般适用的规定办理海关事务担保。法律、行政法规有特别规定的，从其规定。
《海关法》的有关条款规定，如其他法律、行政法规根据实践需要规定在特定情形下可以免除担保提前放行货物的，这种“免除担保”的特别规范优先于“凭担保放行”的一般规范。因此，在这种特别规范的适用范围内，因各种原因未办结海关手续的货物，可以免除担保而被收发货人先予提取或装运出境。但同时规定，海关对享受免除担保待遇的进出口企业实行动态管理，当事人不再符合规定条件的，海关应当停止对其适用免除担保。
当事人连续2年同时具备通过海关验证稽查、年度进出口报关差错率在3%以下、没有拖欠应纳税款、没有受到海关行政处罚且在相关行政管理部门无不良记录、没有被追究刑事责任等的，可以向直属海关申请免除担保，并按照海关规定办理有关手续。
为了使进出口货物品种、数量相对稳定且业务频繁的企业免于反复办理担保，《海关事务担保条例》规定，当事人在一定期限内多次办理同一类海关事务的，可以向海关申请提供总担保;提供总担保后，当事人办理该类海关事务，不再单独提供担保。同时规定，总担保的适用范围、担保金额、担保期限、终止情形等由海关总署规定。
可申请总担保的常见情形有：
(2)经海关同意，知识产权权利人可以向海关提供总担保，总担保金额不得低于人民币20万元;
(3)由银行对纳税义务人在一定时期内通过网上支付方式申请缴纳的进出口税费提供总担保。