宏观进化
宏进化是指发生在物种层次以上的进化现象，特别是新的更高分类群的起源、侵入新的适应区以及与此相关的关键性进化新特征的获得（如鸟的翅膀，哺乳动物的温血性等）。
宏观进化可能以两种方式出现：一是通过对微观进化过程进行推论。微小进化在孤立的种群中经历足够时间，最后形成新物种。二是突然迅速变化。这一理论-间断平衡-由Stephen Jay Gould提出，它基于有机体中存在关键基因的事实（例如homeobox)，它们小的变化可产生有机体巨大的变化，并导致新物种迅速形成。
从微进化至宏进化的论证
高特提出的第一个证据为“微观进化”。这点本是常识，人人都同意，但不能因同种生物有微观进化，就可推出不同生物之间有“宏观进化”。对进化论的争论，是针对宏观进化，将之混淆微观进化，是瞒天过海。
微观进化（micro─evolution）指同一种类生物在适应环境时，能转化其形态，而产生新品种。这种进化有证据支持，故没有人反对，连最保守的创造论者也不会反对。但宏观进化（macro-evolution）则是一理论，认为生物可从一些种类进化为另一种类，所有生物均来自原初单细胞生物，而后不断进化和分化，产生较高等的动植物。这理论假设无生命可产生生命，及生物可由一类进化为另一类，从来就没有一个可观察或实验证实的证据。
近期发现了寒武纪大爆炸（Cambrianexplosion）。在五亿三千万年前地层上，有复杂的动物化石突然同时在5370万年不到的时间中出现，高特也承认是“谜中之谜”（enigma of all enigmas），因而要提出全新的大跃进观念去解释进化。然而高特的间断平衡论（punctuated equilibria）不能通过实验证明，在1978年及1981年两个尝试都不能支持其说，芝加哥大学的Schopf有详细报告，结论是间断平衡论已被质疑。
自然不完美的论证
高特说老鼠、蝙蝠、海豚和人的肢体，均由同样骨骼构成，因是从同一远祖遗传而来。这所谓“证据”确令人摸不着头脑。“生物的骨骼相似”，如何推出“生物有同一祖先”来？两命题之间并无任何逻辑关系。同一祖先的假设，可以是骨骼相似的充分条件，但不是其必要条件。下雨可以地湿，不等于地湿来自下雨。高特连初级逻辑规律也过不了。
高特又花很多篇章去讨论生物的不完美性，推论其不可能由设计而来。他对科学设计的理论并不熟悉，只是根据生物不来自类似人类科学的设计，就证明进化是事实。这是混淆逻辑上的假然推理，为一种伪证。
化石证据与进化连续性的矛盾
高特的第三个证据是所谓化石证据。这偏偏正是对进化论最不利的证据。除了寒武纪的化石突然大批出现，对渐进进化论是致命的反证外，而已经是很少数量的“中间生物”化石，亦纷纷被质疑是否真的为不同种生物的连结环。
达尔文在《物种原始》一书中，论到化石证据，其标题是“不完满的地质记录”。对于进化中各生物由一种变为另一种的过程，认为必须有“中间连结”的生物。但他承认在当时地质学上没有证据显示有这些中间连结生物。他指出“这可能是最明确而又厉害反对进化论的理由。”然而当时进化论者相信将来可找到这些化石。
经过一百二十年后，人类搜集了数以万吨计的化石，但并无支持进化的化石证据。主持芝加哥Field Museum of Natural History的Raup指出，该博物馆搜集了已知化石物种的五分之一，但结论是比达尔文时代更缺少进化的中间生物例子。Raup也是进化论者，但不得不放弃适者生存之说，而改用幸运者生存之说。
过去有关中间生物的证据，如一种被称为甲状虫（onychophorans）的化石，原被认为是节肢动物（arthropod）与环节虫（annelid）之间的连结环。但在寒武纪发现，甲状虫与其祖先节肢动物三叶虫（trilobitas）却同时存在，故只能假设为各有不同的祖先，而失中间连结环地位。
进化论者喜欢拿来作为中间生物的证据如始祖鸟，其被判定为拥有爬虫特征，如爪及牙齿，在如今的飞鸟中也被找到，如南美洲的opisthoorgnshoatzin及非洲的touracocorythaix。一些科学家已认为这是一种飞鸟，而不能视为鸟与爬虫之间的生物。事实上Jensen在1977年的Science News上，已指出在始祖鸟同一岩石上发现飞鸟股骨的化石。又1991年10月中国报导，在辽宁出土的飞鸟化石，年代亦与始祖鸟差不多相同，1995年10月号Science News亦有报导。那么始祖鸟与鸟是同时代的生物，于是即失去其“始祖”的中间连结环地位。
此外，被认为界于人与猿之间的远古中间生物，如拉玛腊猿（Ramapithecus），其特征在牙齿结构近人类，没有猩猩的大门齿和犬齿，但嘴型又较人的长窄，被认为具有猩猩与人的特征，故是一种中间生物。但问题是具有这些特征并不能逻辑地推论出是猿和人的中间生物，除非先假设了进化论去解释。但这就只是一种循环论证，而不成为进化的证据。如今一种名为Theropithecusglada的狒狒，具有拉玛腊猿的同样牙齿和面孔特征，却不外是一种狒狒，并非中间生物。
南方古猿（Australopithecus），因其脑容量较年幼猩猩大，又无年长猩猩的骨脊，且牙齿结构较像人，因而被判断为半人半猿的中间连结环。但当大量南方古猿化石出土时，却在Olduvai峡谷找到同一地层的直立猿人，理应是较后的进化生物，竟与其祖先同时出现。
更奇的，是1972年在肯亚北挖出一头颅碎骨，称为KNM-ER-1470，比直立猿人进步，是人属（GenusHomo），但却在二百九十万年前，比其祖先直立猿人早二百万年，与更远祖先南方古猿同时，于是南方古猿即失其祖先地位。
十九世纪末在加州Table Mountain发现一头骨，在地下一百八十尺的岩浆层以下，属九百万到五千万年前的地层。其后又发现一人的颚骨，同样久远，比任何所谓人类祖先更早几百万到几千万年。那些类人猿始祖地位又如何能建立？
与微观进化的衔接
站在不同的层面上可能看到不同的进化现象。一类进化现象发生在物种层次或以下，比如群体的变异性、适应性变化、地理变异和成种事件等，称为微进化；另一类则是发生在物种层次以上，特别是新的更高分类群的起源、侵入新的适应区以及与此相关的关键性进化新特征的获得（如鸟的翅膀，哺乳动物的温血性等），称为宏进化。达尔文时代以来，人们一直在激烈地争论宏进化到底只是微进化的连续，还是与微进化无关，因而需要用一套不同的理论来解释。
拥有许多微进化证据的达尔文主义者坚定地支持渐变式的进化机制，而一些掌握宏进化证据的古生物学家和系统分类学家则相信自然界还存在跃变式的进化机制。为何一定要将两者割裂开来？为什么它们就不能相互交织？