《技术指南》包括适用范围、规范性引用文件、术语和定义、基准推导程序、方案制定、数据获取、基准推导、质量保证与质量评价、不确定性分析以及报告编制等十大内容，规定了淡水生物水质基准推导的一般性程序、方法与技术要求。
此次修订由生态环境部法规与标准司组织领导，修订的主要内容包括在整体框架上，删除了部分与基准推导关系不紧密的章节，增加了“方案制定”“质量保证与质量评价”“不确定性分析”和“报告编制”章节，对附录也进行了优化;在数据处理上，充分反映了国际毒理科学最新进展，如:引入同效应毒性值的概念，明确了毒性数据筛选的优先序，将最大容许毒物浓度(MATC)作为最优先的慢性毒性数据，对10%效应浓度(EC10)和20%效应浓度(EC20)等指标也统一了优先性排序;优化了“最少毒性数据需求”的要求。
为提升《技术指南》的实用性和可操作性，《技术指南》还在模型应用上进行了修改，根据统计学原理，删除了对毒性数据进行正态分布检验的要求，以及不适用的极值拟合模型和急慢性毒性比基准推导方法，开发了基准计算软件，统一了建模语言、演算程序和模块调用规则。
《技术指南》中强调以分布在我国境内、能反映我国淡水生物区系特征的水生生物为受试物种的优选对象，提出了在水质基准研制时推荐采用的敏感受试物种。
《技术指南》对于毒性试验暴露时间的规定更加多样化，其依据国家和国际标准毒性测试方法以及毒性试验的普适性原理，对不同门类的生物规定了不同的毒性试验暴露时间，这样能够对毒性数据的选择更加精准，从而提升基准推导的科学性。
《技术指南》的修订及颁布对于建立我国以保护水生生物为核心的水环境质量标准体系、有效控制水环境中有毒有害污染物、保护水生生物多样性，以及水生态系统完整性都具有重要意义。