品种的优劣直接关系到中药材种植基地的效益和生存，因而基地栽培品种的选择至关重要。在选择过程中要首先考虑基地的各种环境条件，以种植基地为标准，选择品种类型。要将传统研究方法逐步向成分（组分）定量化、质量可控化，将后者作为选择优良品种的标准。遵循“有成分论而不唯成分论”的原则进行品种选育。并且将品种的选育与培育贯穿于基地建设的始终。在种植基地建设中，要充分考虑经济效益。高的效益产出需要优良的中药材品种。基地建设要实行由科研基地到选育、培育基地到示范种植基地再到推广种植基地的逐步扩大种植的过程，并且将优良种植品种的选育贯穿于各种植过程之中。中药材GAP种植基地的建设需要巨大的前期投资，盲目的推广种植由于所选品种不好就会造成巨大的资源、资金浪费，从而在降低效益的同时降低公司、科研单位的信誉，使中药材规模化生产和中药材产业的发展失去良好的外部环境。药材在生长过程中，由于环境变化、种植加工过程中的机械作用、药材本身的生物学性状和遗传学特性等诸多原因会造成很多新的种下变异，这些变异长期得不到选择和筛选，在长期进化过程中就会积累下来。这些新的变异往往使植物次生代谢产物的积累或其有效成分含量发生变化。因此，在推广种植之前，必须加大科研投入力度，对所选药材品种或类型从药材品质、产量、生长周期、储藏与加工成本、抗逆性等多方面综合考虑，结合基地环境条件，应用模煳聚类分析系统，对各种性状指标进行量化和聚类分析，选出品质好、产量高、生长周期短、储运及加工成本低、抗逆性强的优良品种或类型，进行选育、培育基地种植。一方面利用种子繁殖，通过对后代性状分离状况的统计来判断种子的纯合度，并经多次试验种植，选择优质纯种；另一方面，通过组织和细胞培养的方法，迅速对所选优质种苗进行工业化快繁增殖，进行示范基地的种植，以此缩短研发周期，迅速取得效益。综合考虑两种方法的种植成本，选用其中一种进行推广种植。种植方式和方法选择为了达到药材的质量控制要求，中药材的种植必须符合GAP的要求。首先，种植要符合标准操作规程（SOP），其次优良品种的选出及符合SOP操作规程的种植并不等于种植基地效益的最大产出。在种植基地的建设中，要引入现代混合农业、立体农业的理念。要根据药材的特点，开展野生培育、间作套种、引种栽培等栽培方法的研究，逐步打破传统的单一种植模式和观念，开辟新的栽培技术和方法研究，大力发展一地多栽、一地多用，充分利用土地资源，进行不同营养需求层位、优势互补的多种药材套种栽培，避免品种单一化引起的品系退化或药性丧失，使土地产出最大经济效益。同时，在多品种同地栽培时，充分融入中医药配伍理论研究，搞清植物间的相互作用及植物代谢对土壤微环境及微气候的影响，适时调整种植策略。在种植基地品种栽培过程中，要顾及重要理论中“整体观念”“辩证思想”理念和“阴阳互补”观点，从中医学的角度指导中药材的种植。同时，在种植基地建设和中药材种植过程中，要适当考虑其社会和生态效益，将大片种植基地与观光旅游基地及天然药物疗养基地并举，从而建立适合这两种基地类型的栽培体系，增加基地效益增长点。此外，在栽培方式的选择或基地建设过程中，应最大限度的保护生态环境，并且从生态学角度出发，选择适当的栽培方式。
最大效益的获得中药材GAP种植基地的经营管理是一个综合系统。药材资源有社会性开发或利用价值，呈现出某种不可缺性特征。其开发利用存在区域性、资源局限等问题。由于人们的过度采挖和药材耗竭性硬资源的特性，使药材具有区域和环境效应规律。因而在基地建设及运营中，要引入系统工程中的最优经济效益规律，否则其药材种植基地会被其他经济开发所替代。因此，GAP种植基地建设可用改进后的效益函数表达式：（x,u）=[P(x)+F(x)-C(x)]u(t)式中u(t)为某时间的药材开发量；P(x)为某产量单位药材的经济价值；C(x)为其他投资费（如药材基地投产前的开发，运输费等）；F(x)为种植基地的环境生态效益和社会效益。药材资源开发与种植首先要表现为人为目的的最优经济效应，尤其是种植基地投产后的产生和输出系统，其量和质的动态性非常关键。同时，要将社会效益和生态效益考虑到种植基地的效益产出中去，以期得到最大的效益产出。
基地的运作策略是基地最大效益产出的前提。2008年以来绝大多数种植基地实行的是“公司/基地/农户”的运作模式，虽然，几乎每一家中草药种植公司都有科研单位的协作参与，但科研单位尚未被列入基地的运作模式当中，从而使其责任心不强，热情和积极性不高并且这种运作模式大多缺乏法律的规范和约束，因而应把科研单位加入到基地运作模式中，实行“公司/基地/科研单位/农户”的新型运作模式，加强法律规范约束，使种植基地保持良性运作。同时，要突出“名牌战略”和“品牌战略”，针对原料药、针剂药、出口药、饮片药等不同的用药途径，分别从单一成分的高含量或药材质量的均一稳定性等方面考虑，加大科技投入力度，提高产品的技术壁垒，树立品牌、建设名牌，是基地具有良性循环的市场流通，从而保证基地的良性运作。
中药材GAP种植基地建设要从对我国传统名贵中药材资源保存、保护、开发、利用的角度出发，以获得最大产出的经济效益、社会效益、生态效益为目的，在基地建设过程中充分考虑利用现有闲弃土地资源，在量化基地环境因子、建立基地环境评判系统的基础上，加大科研投入力度，利用模煳聚类分析系统和RFLP,-和PCR等现代生物技术对各种中药材栽培品种实行质量区分和标记，并进行优良品种的选育、培育，实行从科研种植基地到优良品种选育、培育种植基地到示范种植基地再到推广种植基地的逐步扩大种植的方法。在种植基地建设过程中要逐步引入立体农业、混合农业的理念，从生态效益、社会效益、经济效益等各方面综合考虑，引入系统论的概念，将基地作为一个大的系统来经营管理，实行法律规范约束下的“公司/基地/科研单位/农户”的新型基地运作模式，以取得最大的效益产出。