渔业资源与生态系统研究室是黄海水产研究所创新体系的重要组成部分，是我国历史最为悠久的海洋渔业资源研究机构和我国渔业声学应用研究的发源地。主要研究领域包括渔业生物学基础及其资源评估；种群动力学与资源补充机制；食物网与生态系统动力学；资源增殖理论与生态安全；海洋生态系健康与生态系统水平上的渔业管理；极地与远洋渔业。近年来，承担了国家973、863、公益性行业（农业）科研专项、国家自然科学基金资助项目、国际合作等重大项目以及农业部、山东省科研项目等，初步建立了具有显着陆架特色的我国近海生态系统动力学理论体系，推动了国际GLOBEC研究的发展；建立了黄渤海不同水域的食物网模型，为渔业资源增殖容量与生态风险评估奠定了基础；系统开展了我国专属经济区和大陆架海洋生物资源与生物多样性调查与评估，并依据分子生态学理论开发重要渔业生物种群甄别的分子技术，为海洋生物资源的保护、渔业管理做出了重要贡献。
目前，实验室在职科研人员31人，其中具高级职称者16人；院士1人；中国水产科学研究院学科首席科学家1人；重点研究领域首席科学家1人；博士、硕士研究生导师8名，与多所大学联合培养博士、硕士研究生。
重点任务：依据《中国水生生物资源养护行动纲要》确立的指导思想、基本原则和目标，针对目前我国水生生物资源利用与养护工作存在的突出问题，依托现有工作基础，选择对《纲要》有重大支撑作用的基础性项目、在国内外能够产生重大影响的项目、具有典型性和重大示范推广作用的科研项目进行安排。通过渔业资源评估及其渔业生物学基础、种群动力学与资源补充机制、食物网与生态系统动力学、资源增殖理论与生态安全、大海洋生态系健康与可持续开发管理等研究，增强我国水生生物资源养护能力，提高水生生物资源养护的管理和技术支撑水平，逐步建立并形成完善、科学、规范的水生生物资源养护体系，充分发挥各科研项目的生态、社会和经济效益，为今后全面开展水生生物资源养护工作奠定基础。