创新是引领发展的第一动力，是建设现代化经济体系的战略支撑。但创新是一个动态的、复杂系统，创新活动具有外部经济性、不确定性和高风险性等特点，往往会造成市场失灵，政府财税政策支持作用不可或缺。因此我国大力实施创新驱动战略，政府对企业创新活动的财税政策支持力度不断加大，从2007年到2015年仅国家财政科技支出已由2135亿元增加到5862亿元，年均增长13.5%，进而带动我国整体的科研活动与科研投入出现高速增长。进入21世纪以后我国R&D经费的支出年均增长率高达20%以上，远高于同期的GDP增长速度。但在研发活动和研发投入大幅增加同时，与西方发达国家和新兴国家相比，我国创新效率还处于较低的水平，而且呈现持续下降趋势。有关研究表明，在2008到2014年间，我国高技术产业创新效率值（SBM）已从0.62降至0.45，年均降低0.028，不仅大大低于日本和韩国（SBM值分别达到了0.769和0.711），而且也低于OECD国家的0.646平均水平。
创新投入与创新效率是既有联系又有区别的经济范畴。创新投入是指在创新活动中企业对资金、设备、人力等所有资源投入总和。而创新效率则是指企业的单位创新投入所产生的创新产出，它是衡量其创新能力的重要指标。提升创新效率，要求在一定创新投入条件下，提高创新产出；或者在一定创新产出条件下，降低创新投入。
企业创新效率高低，除了取决于资源投入的数量与质量之外，更主要取决于企业创新投入产出的转换机制，企业创新投入要通过创新机制转为创新产出，进而影响到创新效率的高低。政府财税政策的创新效率，不仅取决于对创新投入、创新产出的影响，更取决于创新政策对创新转化机制的影响，财税杠杆对企业创新机制的激励方向、激励强度，决定着财税政策对创新效率激励力度。
当前我国政府对企业创新的激励手段，主要包含财政补贴和所得税优惠。由于两者的作用机制和作用方式不同，因此其对企业创新活动的影响也有所差异。财政补贴通常属于事前激励，是按照企业研发费用投入的一定比例予以资助的，对于企业创新投入可以起到“四两拨千斤”的杠杆效应。同时财政补贴还可以部分解决企业创新活动中资源融资约束，对企业创新活动产生积极影响。因此财政补贴对企业创新投入具有较强正向激励效果。所得税优惠主要有两种形式。其一为研发费用税前加计扣除，通常属于事前激励，可以降低企业研发投入成本，刺激企业扩大创新投入。其二为高新企业实行所得税优惠政策，属于事后激励。高新技术企业认定标准，不仅有企业R&D投入（一般而言企业研发费用应占企业销售收入的3%以上）和研发人员比例（一般而言研发人员应占全体员工的10%以上），而且还要求高新技术产品要占同期产品销售收入的60%以上，方可减按15%的税率征收企业所得税。企业为了通过高新技术企业认定，必须在创新的投入端与产出端同时发力。同时被政府评上高新技术企业，可以认为是政府释放的对企业的认可信号，进而可以使企业争取到更多的外部融资及其他创新资源。
虽然财税政策的确会促进企业的创新投入或创新产出，然而在当前中国情景下，我国财税政策无论是财政补贴还是税收优惠，均对创新机制正常运转形成障碍，进而导致创新效率损失。
首先，企业行为与政府行为的目标差异，政府干预会导致创新决策主体错位。财税扶持政策实施，使得政府在不同程度上介入企业的创新活动。然而，从企业行为理论上看，政府与企业对创新活动具有不同偏好，企业创新决策是以市场为导向，倾向于中短期盈利目标；而政府创新决策更偏好于远期技术，注重带有战略性、宏观性的技术研发，尽管这些技术在未来可能兼具战略性和经济价值，但短期内收益显然十分有限。更有甚者，不少地方政府为了满足“政绩工程”、“面子工程”需要，盲目鼓励上马不少毫无经济价值高大上“花瓶”科研项目，扭曲市场对创新资源的有效配置，造成政府研发项目选择失误与创新效率损失。
其次，财税激励增加企业额外收入，扭曲企业创新动力机制。与其他经济活动相类似，创新活动也存在着创新投入边际收入递减与边际成本递增的内在规律性。企业创新动力是追求创新效益最大化，其创新投入的最优均衡点必然落在创新边际收益与创新边际成本交叉点上。然而财税激励却增加企业创新的额外收入，导致创新边际收益曲线上移，诱使原先低效、无效甚至是负效益研发项目也加入研发活动，造成创新边际成本上升，进而导致创新效率损失。当然从企业角度考察，这部分损失可以从政府财政补贴和税收优惠政策中得到弥补，但从全社会的角度看，却是研发资源的浪费，财税优惠力度越大，偏离最优均衡点的创新投入越多，宏观创新效率的损失也就越大。加上我国的财税优惠政策侧重于考核企业的研发投入和研发人员比重，导致一些企业财税政策的寻租行为，单纯为获取税收优惠而盲目扩大研发投入，也会造成研发资源的闲置与浪费。
第三，政府与企业间信息不对称，导致财税激励政策会造成研发活动约束机制松弛、弱化。创新是一项极具风险性活动，在企业创新活动中，既要提倡冒险精神，又要注意风险防范和自我约束，提升创新成功概率，方能提高创新效率。但在财税优惠政策的政府和企业互动中，双方之间存在较大的信息不对称，极易诱发企业道德风险和逆向选择，造成约束机制的松弛。具体表现为以下两个方面：一是政府对企业财政资金用途监管失控导致的道德风险问题。这一点主要存在于财政补贴中。由于我国的财政补贴资金主要为事前一次性支付，但对其资金流向的监督以及资金使用的绩效评价几无涉及，因此导致申请到财政资金的企业将这部分资金挪用和浪费，并直接对企业的自有研发资金形成挤出效应，资金使用的监管不力，大大影响了政府资金投入的产出效率；二是财税政策行政审批的主观随意性导致的逆向选择问题。由于我国财税优惠政策（特别是财政补贴）的行政审批具有很大的主观随意性，缺乏制度与法律约束，会诱发企业寻租行为，创新效率损失。财税激励力度越大，企业寻租活动的动机越强烈，对创新效率的危害也越大。
当然，这里所说财税政策对企业创新效率的负面影响，并不意味完全否定财税政策积极作用，因为从宏观层面考察，企业技术创新活动具有明显的外溢效应，通过前向、后向和横向联系的技术扩散，对产业结构改善和相关企业技术水平的提高发挥重要作用。财税激励政策所造成的某种程度微观创新效率损失，可以看成政府为激励创新外部经济性所付出的成本代价，只要创新外部效应大于企业创新效率损失，政府财税激励政策就有操作空间。
由此可见，财税激励政策虽然对企业创新投入和创新产出具有不同程度的正向激励效应，但却对创新转化机制有扭曲作用，进而在整体上损害了企业的创新效率。但其影响程度受到多种因素制约，特别是与企业所有制性质、产业属性、企业规模密切相关。
其次，企业规模对企业创新效率也有很大影响。熊彼特假说认为，企业规模越大，技术创新越有效率。创新活动与生产活动一样，具有规模经济和范围经济，大企业不仅有雄厚资金和技术资源支持企业创新活动，而且可以通过多样化、大范围创新活动分散风险，降低R&D经费冗余，提高企业创新效率。但是当企业规模大到一定程度，形成市场垄断，企业也会失去创新动力，导致创新效率损失。因此企业规模与创新效率呈现倒U型关系，原子状竞争市场和寡头垄断市场都不利于创新活动，只有垄断竞争市场结构才能促进企业创新效率最大化。
第三，企业创新效率还与企业所处的行业性质有关。从产业大口径划分，企业所处的行业性质可分为技术密集型、资金密集型和劳动密集型等三大类产业。从研发投入强度考察，一般是技术密集型产业投入强度最大，资金密集型产业其次，劳动密集型产业投入强度最低。但从创新效率考察，未必如此。高技术产业的研发活动多数处于原始创新，虽然研发投入强度大，但风险也较高，研发产出效益具有极大不确定，就其行业平均值而言，创业效率较低；相反，低技术产业的研发活动多数处于模仿创新，研发投入强度较低而成功概率较大，研发投入产出比较高，创新效率也较高。对浙江省2006年到2013年近六年创新效率的实证考察也证实这一点，其创新效率值行业分布呈现非均衡状态，高技术制造业创新效率值集中在0.4与0.6之间，中技术制造业为0.6到0.8之间，而低技术制造业则集中在0.8到1之间，要比高技术制造业的效率值高出0.4。
当前我国经济已由高速增长阶段转向高质量发展阶段。国家财税创新激励政策必须以供给侧结构性改革为主线，推动创新机制变革，坚持创新效率优先，为此特提出如下对策建议：
第一、国家科技创新扶持政策重心，应以促进创新投入导向为主，转向以促进创新转化机制改革、提升创新效率为主。在高新技术企业认定标准制定方面，要侧重于创新效率指标，增加高新技术企业创新机制、创新效率等相应条件。在企业享受财税政策资格审查方面，要建立公开透明制度，企业信息应向社会公开，接受公众监督。在政策实施方面，应将资金的拨付时间由事前改为事前、事中与事后相结合的方式，全程掌控资金的用途；应灵活运用财政补贴、财政贴息、事后奖励、政府采购等多种财政手段，最大化资金的激励效果。在企业考核方面，应弱化投入考核，强化产出和效率考核，要对企业创新效率进行定期评估，及时审计、跟踪财政资金使用情况，并根据审核结果决定后续资助资金拨付。
第二、以创新效率为导向，在不同所有制、不同技术层次、不同规模的企业之间合理分配财政创新资源。应消除科技政策扶持的体制性歧视，逐步取消对国有企业的高强度补贴，这种高额的政府补贴不仅弱化企业通过创新方式提升竞争力的激励，反而会诱使企业通过“寻租”套取政府补贴，进而产生大量非生产性支出，导致大量创新资源的浪费。应规范财政扶持资金审核制度，促进科技资源在不同所有制企业之间的优化配置，推动创新效率提升。要破除传统固化观念，财政创新资金在向高技术产业和大企业倾斜同时，要逐步加大对中低技术产业和中小规模企业扶持力度，特别要加强对传统企业技术更新改造和处于发育成长期企业创新资金的引导扶持工作，重点加强对天使投资、风险投资（VC）、私募股权投资（PE）等基金培育，为企业创新创业的不同阶段提供差异化风险金融支持，避免财政科技资金投入“少而散”的弊端，保证有限财政资金“花在刀刃上”，更好提高创新产出和创新效率。
第三、国家财税政策应逐步退出竞争性研发活动，应以促进创新活动外部经济性为主要目标。政府财税激励政策，作为公共政策重要工具，要瞄准世界科技前沿，强化基础研究，实现前瞻性基础研究、引领性原创成果重大突破；突出关键性共性技术、前沿引领技术、颠覆性技术创新，以及公共科技创新平台和科技企业孵化器的扶持力度，而逐步退出对一般竞争性研发活动的财税支持，以营造公平、公正市场竞争环境。