21世纪教育研究院长期以来十分关注农村教育，伴随农村学龄儿童减少、大规模人口流动，以及持续十年的农村义务教育学校“撤点并校”，农村教育出现上学远、上学难、上学贵，流失辍学、大班额、流动儿童和留守儿童等问题，充分暴露了撤点并校政策实施带来的严重后果。2012年，21世纪教育研究院在全国范围内开展了有关农村撤点并校的讨论与调查，并于12月份举办了“一切为了农村学生”的高峰论坛，对撤点并校政策进行了集中反思与评价。后来，这些讨论与调查集结成书《农村教育向何处去——对农村撤点并校政策的评价与反思》。
同时我们也看到，近年来，各地农村教育已经出现了丰富多彩的探索实践。这些探索启示我们农村教育具有不可替代的独特价值。新的时代背景下农村教育的健康发展，会使得农村教育成为新农村建设和新的乡村文明的生长点，使得中华民族的古老的乡村文明得到继承、滋养和更新。在这样的时代背景下，2013年，我们研讨“新农村·新教育”，探索城镇化进程中农村教育的科学发展之路。
在对农村教育作整体研究与关照后，我们发现以村小、教学点为主的农村小规模学校是农村学校最后的20%，是关涉农村教育公平实现的关键。因此，我们在2012年农村学校布局调整政策研究的基础上开始重点关注“农村小规模学校”，进行跟踪性调研及政策倡导。2013年，我们对“后撤点并校时代”农村小规模学校恢复重建的案例进行了实地调研，并于2013年11月发布了《农村小规模学校建设研究报告》，并对美国、日本、东南亚国家及台湾地区建设振兴农村小规模学校的实践进行了研讨。
农村教育的出路在哪里？农村学校如何实现教育突围？2016年9月21日，21世纪教育研究院、南都观察和农村小规模学校联盟联合主办的“农村教育何处去”沙龙在三联韬奋书店举行。21世纪教育研究院院长杨东平与中国科学院农业政策研究中心副主任，REAP（农村教育行动计划，RuralEducationActionProject）中方负责人张林秀，21世纪教育研究院理事、美丽中国首席教育官康健，新学校教育科技研究院副院长、原山东潍坊坊子区教育局长刘伟等几位老师与现场媒体、观众交流了农村教育的困境和出路。
2015年6月9日，贵州毕节四个留守儿童自杀身亡的悲剧震惊海内外，社会各界开始关注到留守儿童问题的严重性，并在关爱留守儿童方面以不同的方式进行了诸多探索和尝试。2016年2月，国务院出台《关于加强农村留守儿童关爱保护的意见》（以下简称《意见》），对解决留守儿童问题进行了综合性、整体性的设计，其中若干具体措施都是以前未曾出现过的。时值“六·一”儿童节，21世纪教育研究院主办了主题为“留守儿童权益保护”的研讨会，旨在聚焦留守儿童关爱工作的制度设计问题，并希望联合各方力量通过年复一年的努力改善留守儿童的境遇。
2015年12月30日，流动儿童教育蓝皮书项目启动会暨编委筹备会在21世纪教育研究院会议室召开，此次会议由21世纪教育研究院和新公民计划联合举办。本项目由亿方公益基金会和乐施会联合资助，计划在2016年9月份召开流动儿童教育蓝皮书发布会。