德谟克里特斯原子的本质是不可分割，那为什么人们要将概念“原子”与实际“原子”画等号。？ 
首先说一点，人们并没有把德谟克利斯特原子论里面的原子概念和实际中的原子划等号。
德谟克利斯特是继承他的老师留基伯的观点，发展了原子论将之发展到与近代相似的观点。留基伯认为世间有非存在和存在两种形式，非存在他称之为虚空，而存在则是有无限多的无法观测到的极小的单位构成，存在和非存在是完全对立的。他的后辈德谟克利斯特继承了他的观点，认为世间被对立地分为了两边——非存在对应的虚空和存在对应的原子。原子内部是由无空隙的、紧密的、坚固的物质所组成的，由于其坚固性而不可能再分割，它既不能从内部破碎也不能从外部破碎。每个原子内部是没有质的区别的、不变的，所以一部分原子不可能比另一部分原子更坚硬，因而相互破碎。原子（Atom）本身也是希腊语“不可分割的”的意思，由否定前缀a-和词根tom-（切割的）组合而成。也就是说，到这里，“原子”都只是一种哲学观点，它的提出没有经过任何的实验，有的只有常识和思辨，是古希腊哲学家对于世界本源的探讨，只是这种观点恰好和我们现在的认知相近。
然后在17世纪出版的《怀疑的化学家》中，罗伯特·波义耳在当中提出了对于传统哲学中提出四元素或者三元素的观点，靠着直觉认知到了化学中元素的意义。在18世纪末，安托万-洛朗·拉瓦锡在《化学基本论述》中阐明了对于元素和原子最基本的定义，即是化学变化中最小的单位。然后19世纪初约翰·道尔顿通过倍比定律说明了化学反应只是原子之间的拆分和聚合，同时提出了每一种元素都只对应一种原子，不同种类的原子以其原子质量为基本特征和区分。到这里，“原子”终于摆脱了虚无缥缈的身份，成为了一种实际存在的科学名词。在这个身份转变中历代的炼金术士和化学家都付出了自己的努力，不管是对于简单化学变化的观察，还是到后期对于化学实验的“定量”概念的思考，这些都是对“实践-理论-再实践”行动链的贯彻落实，这时的原子是这些先行者们汗水和智慧的结晶。
19世纪末，约瑟夫·汤姆森在研究阴极射线的时候发现了电子和它的亚原子特性，直接粉碎了之前人们对于原子不可再分割的认知，在这时提出了原子的枣糕模型。20世纪初，欧内斯特·卢瑟福通过α射线散射实验发现了原子核的部分特性——极大的质量和极小的体积，对J. J. 汤姆森的枣糕模型进行了修正，提出了原子的核式模型（行星模型）。同时通过α射线轰击氮核发现了质子。由于电磁学的理论，人们意识到圆周运动或者椭圆运动的电子是会不断地放出能量的，这将直接导致导致电子在极短的时间中就坠向原子核，世间根本无法稳定存在原子，随着人们对于量子力学研究的深入，这个问题被卢瑟福的学生尼尔斯·波尔创造性地解决了。通过引入量子条件，波尔提出的原子的玻尔模型成功解释了氢原子光谱分裂现象。1926年，埃尔文·薛定谔通过由路易斯·德布罗意提出的物质波以及波粒二象性概念，提出了著名的不确定性原理。此后人们不再使用只能够精确描述氢原子核的玻尔模型，而是采用使用薛定谔方程计算电子出现概率的现代原子模型。在总结波特、贝尔克、约里奥·居里夫妇的实验数据之后，波尔的师弟——詹姆斯·查德威克和他的老师卢瑟图通过动量守恒原理发现了中子。1950年之后，由于粒子加速器技术的发展，高能物理进入了新的发展阶段。在合并了弱电统一理论和量子色动力学的规范场论里面物理学家预测出了一张“标准模型”。在这里面预测了61种粒子——构成物质的费米子和传递力作用的玻色子，而标准模型向我们展示了通过高能对撞实验中原子破碎时向我们透露的关于那个无法观察的世界的讯息。到这里，已经接触到了现代物理研究的前沿，人们也认识到了所谓原子也不过就是人类对于世界不断探索过程中的一个阶段性成果，在原子的内部还有着更为神妙的世界等着我们探寻。
上面三段是原子的古典内涵、原子的重新定义和原子内部结构探寻的发展历程。可以看出来，“原子”的概念在不同的阶段是由不同的人来定义的：从哲学家到化学家再到物理学家。这也说明了不同的人对于原子有着不同的认知。德谟克利斯特的原子论是为了解释世界的本源这一哲学命题而提出的，所以这里的原子一定是抽象的、不可分割的，因为这里所描述的并不是真正的原子，而是一种哲学概念，对等于数学中“元素”的概念。化学家只关心化学变化，而化学变化不涉及原子内部的变化，这就说明化学家眼中的原子是具体的但同样也是不可分割的。这里的原子代表着它所属的元素，在不同的化学变化中承担着不同的角色。而物理学家关心的是世界真正长什么样子，所以他们会建造庞大而精巧的设备来把原子破坏掉，只为了窥得原子内部的世界。
综上所述，德谟克利斯特原子，即哲学家眼中的原子，是完全相同的、无法区分也无法分割的抽象概念。而实际的原子，化学家根据不同的电子结构和原子核质量、核电荷数来将原子区分开，物理学家则关注与不同的原子内部不同的精细结构。原子并不是不可分割，只是因为它在我们最常见的变化：物理变化和化学变化之中它都是最小的单位，所以才会有原子好像是不可分割的错觉。实际上，原子内部细分为构成原子核的各种夸克、电子所属的轻子等费米子和传递强相互作用的胶子、传递电磁作用的光子、传递弱相互作用的W&Z玻色子以及让物体拥有惯性质量的希格斯粒子等玻色子。它们离我们的生活太过遥远，但是并非不存在。
以上。