咨政建言是中国特色新型智库首要功能。新型智库的核心任务是聚焦经济社会发展中的战略问题和政策性问题，基于扎实的理论基础和科学的研究方法进行深入分析和研判，为党和政府的决策提供支撑。然而，我国的智库研究与政府决策之间始终存在“两层皮”的现象，当政府面对纷繁復杂的现实问题时，尤其是在做决策时，难以从智库获得及时、专业、优质的咨询服务，智库咨政建言功能未得到充分发挥。
究其原因，关键在于智库研究与政府决策脱节，沒有深入互动，未形成合作和依赖关系。一方面，政府部门工作人员处于工作一缐，常常陷入日常繁杂细碎的工作事务，无暇对社会问题深入思考；另一方面，智库研究人员不在工作一缐，对社会问题了解不深不透，分析和研判的基础不够牢固扎实，加之对政府的决策方式和运行模式不熟悉，提出的建议往往会出现“理想主义”“不接地气”等问题。由此，需要建立智库与政府深入融合、互相依赖的“智政互动”体系。
所谓“智政互动”，就是将智库的研究流程有效嵌入政府决策的各个环节，包括情况调研、问题分析、政策论证、效果评估、跟踪反馈等，以实现信息共享、问题共研、政策共制、效果共评的智库与政府之间常态化、机制化的工作模式。建立良性有效的“智政互动”体系，充分发挥新型智库咨政建言功能，需要解决好以下四方面问题：
一是明确各自定位。政府是负责社会运行的组织，承担着国家运行各个方面的具体事务并进行决策，在这个过程中积累了大量的实践素材和数据。智库应当以“观察者”身份充当政府的“外脑”，基于其扎实的理论基础和较强的研究能力，对政府运行所面临的各种现实问题进行研究。这种研究不是偶然的、浅层次的，而应当持续、深入地跟踪研究。智库首先应当主动贴近决策一缐，积极参与决策过程各个环节，了解政策的酝酿、制定、实施、评估整个过程，才能做好决策咨询研究；同时，智库也应与政府保持适度的距离，保持相对中立，不能投其所好成为政府的“专业代言人”，从而失去应具备的客观与理性的特征。
二是建立信任关系。智库与政府之间应是互补且相互依赖的关系，然而，长期以来我国政府在日常决策中并不善于使用“外脑”，对智库缺乏足够的信任。要解决好这个问题，智库必须着力提升研究质量。首先，要聚焦主业，修炼理论内功，搭建高水平团队，夯实研究基础，这是智库立业之根本，也是获取政府部门信任的前提。其次，智库要紧密跟踪决策需要、精准寻找研究主题，聚焦重大战略问题、存在潜在风险的问题、热点难点问题进行主动研究，做到忧政府之忧。再次，智库应基于翔实的材料和扎实的调研，在对现实问题掌握透彻的情况下，运用科学方法进行深入研究，要避免就现象而现象的表面式分析和拍脑袋的直觉式思考。最后，智库研究的对策建议应从政府的实际情况出发，考虑其决策环节、约束条件、实施环境等现实情况，站在决策部门立场并秉持独立客观的原则提出建议。
三是打造合作机制。智库同政府应当形成全方位、系统的合作机制和工作模式，才能让智库研究深度嵌入政府决策环节之中。首先是沟通机制，沟通是任何合作的基础和前提，智库与政府要建立联络员制度，保持各种形式的常态化沟通；其次是联合研究机制，开展研究全链条的合作，包括选题、调研、综述、论证、结论等各个研究环节，智库与政府都要深度联合，决策部门要有相关人员全程参与；再次是决策咨询机制，即政府的每一个决策环节，无论是公开的座谈会、听证会、调查走访等，还是非公开的研讨、评估、文件起草等，都应邀请智库专家参与；第四是报送与反馈机制，要建立智库与政府决策部门之间的直接报送渠道，以及决策部门对智库成果的回应与反馈，形成智库成果与政府决策二者间的良性闭环；第五是构建人员交流的“旋转门”机制。一方面，鼓励政府离退休人员和政策研究人员到智库工作，参与智库研究；另一方面，让智库专家通过任职、借调、挂职等各种形式直接参与决策部门具体工作，有效促进智库研究与政府决策的互动与融通。
四是明确职责分工。智库研究嵌入政府决策环节，既需要智库主动对接政府部门，将研究与决策对接，也需要政府向智库开放资源，为智库研究提供必要的指导和帮助，二者应分工明确，职责清晰。对于智库来说，要聚焦决策部门的重大需求和重点工作确定选题，同时，根据专业的判断对重大战略性、前瞻性问题开展研究；要深入开展实地调研和数据调查，以第一手资料形成更坚实的成果；要积极主动参与决策部门的各种活动和会议，拓宽决策咨询的方式和渠道；要配合政府做好各种舆论引导和政策阐释，回应国内外的社会关切。最后，还要注意做好保密工作，保证内部保密信息和数据不外泄。
对于政府而言，要积极为智库研究提供各种便利条件，如数据定向公开、调研辅助协调、选题指导等；要在各种内部会议或活动中邀请智库专家参与，以多元化、多渠道的方式汲取智库专家的意见和建议；要积极组织智库专家参与舆论引导、政策阐释和公共外交活动，向国内外社会发出专业理性的声音；最后，还要以制度化举措吸引智库专家直接参与政府工作，促使智库专家知行合一，更好地为政府提供决策咨询服务。