营业税的免税政策过渡到增值税，实际有三种办法：第一种是实行零税率；第二种是实行增值税即征即退；第三种是实行增值税免税。虽然这三种办法对于本环节纳税人都能实现增值税负担减轻的效果，但它们对上下游环节纳税人增值税税收负担的影响却大为不同。
如果将原营业税免税政策过渡为增值税零税率政策，假设原营业税纳税人“营改增”后是增值税一般纳税人，零税率政策意味着其提供增值税应税劳务适用的税率为零。同时，其购进货物或劳务环节支付的进项税额可以享受退税政策，其实际的增值税税负为负。
如果通过增值税即征即退政策来实现营业税免税政策的过渡，原先营业税税负为零的纳税人改为增值税后，按100%即征即退的办法，也能实现本环节增值税税负为零的目标。但是，实行增值税即征即退的办法后，纳税人在本环节通过退税方式没有缴纳增值税，下一道环节的增值税一般纳税人照常可以抵扣增值税进项税。这种过渡方式，实际上是给予了下一道环节的增值税一般纳税人财政补贴，相对于原先的营业税免税政策而言，存在进一步的减税效应。
如果采用增值税免税政策来代替营业税免税的过渡，就需要特别小心。根据增值税的征税原理，增值税免税政策只有在最终消费环节实施，才能起到降低税负的效果。如果增值税免税政策在生产、加工以及批发的中间环节实施，且紧随免征政策后的环节不免税，那么增值税免税政策会导致整个抵扣链条的中断，反而会增加纳税人整体税收负担。
举例来说，假设所有纳税人都是增值税一般纳税人，增值税税率为17%，所有的价格都是增值税不含税价格。A纳税人无进项税抵扣，销售价格为100元，缴纳增值税为17元。B纳税人从A处购买100元货物进一步加工后，按200元价格卖出（不考虑其他成本进项税抵扣），B纳税人的销项税额为34元，进项税额为17元，实际缴纳增值税17元。C纳税人从B购买200元货物，按300元价格卖出（假设C生产的产品全部用于最终消费，不涉及进一步生产加工）。那么，C销项税额为51元，进项税额为34元，缴纳增值税为17元，国家实际征收的增值税收入为51元。
第一种情况，如果C纳税人原先享受营业税免税政策，此时如果将其直接过渡到增值税免税政策，C纳税人的购进成本就从200元增加到234元。如果C纳税人仍然要取得100元的毛利，其销售价格要定为334，C纳税人的增值税税负为零。此时，国家征收的增值税是34元，减税效应基本和营业税免税类似。
第二种情况，如果是B纳税人原先享受营业税免税政策，根据增值税暂行条例的规定，用于免征增值税项目购进货物或者应税劳务进项税不得抵扣，其实际成本增加了。同时，对于下游纳税人而言，直接从增值税免税纳税人处购买的货物或接受的增值税应税劳务，由于免税，也无增值税进项税抵扣。因此，如果对B纳税人实行增值税免税政策，B纳税人的成本就从100元增加到117元。如果B纳税人仍然要取得100元的毛利，其销售价格必须为217元。此时，C纳税人从B纳税人购买货物的成本是217元，C纳税人同样要取得100元的毛利，其销售价格必须定位317元，缴纳增值税53.89元，含税销售价格为370.89元。不难看出，如果在B纳税人环节实行免税政策，国家实际征收的增值税反而从51元增加到了70.89元，整体税负没有下降，反而增加了。究其原因，就在于增值税的免税政策如果在流转的中间环节实施，中断了增值税抵扣链条，导致上游已经缴纳的增值税无法顺利结转到下游抵扣，反而会增加纳税人整体的增值税税收负担。
在本次“营改增”税收优惠过渡中，对原营业税纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务（以下简称“三技服务”）享受免征营业税的政策直接过渡为免征增值税的政策就不太恰当。因为“三技服务”属于生产性服务业，购买这些服务的纳税人并非最终消费者，而是中间环节的纳税人。对“三技服务”的营业税免税政策简单过渡为增值税免税政策，反而会加重纳税人的增值税负担。因此，对于试点地区从事“三技服务”的纳税人，如果要实现原先营业税免税效应的理想过渡，最佳的方式是从营业税免税变为增值税的100%即征即退。如果无法按这种方式过渡，次优的选择是：对于“三技服务”，如果购买方是增值税小规模纳税人或营业税纳税人的，允许他们申请技术合同备案，享受免征增值税优惠政策；如果购买方是增值税一般纳税人，允许他们放弃享受增值税免税政策，按一般纳税人6%的税率缴纳增值税。
由于本次“营改增”涉及的“1+6”行业中的服务业主要是生产性服务业，在后期“营改增”全国推广时，需要对减免税的过渡方法给予一定的关注。对于出口服务，如果需要鼓励的，可以通过零税率方式实行过渡，不需要鼓励的，可以通过免税方式给予过渡。对于国内环节的服务，如果确实属于我们需要鼓励发展的行业，建议通过即征即退方式实行减免税政策过渡，谨慎选择增值税免税方式进行过渡，除非这项服务的下游购买者基本是最终消费者。