在南岛语族考古学的体系中，福建沿海和邻近沿海地区的新石器时代文化是探索南岛语族发源的关键。如果要了解南岛语族的祖先文化是如何发生和发展的，必须首先对东南沿海地区的考古研究的历史和现状做一个简单的梳理。在此基础上，我们才能更好地参与南岛语族考古学的研究。
东南沿海地区的考古研究始于1930年代。早期的工作主要是以学者或传教士个人探险的形式来进行的。林惠祥、郑德坤和饶宗颐分别在福建和广东进行过考古调查和发掘。意大利的传教士麦兆良（FrRafaelMaglioni）神父也在广东的海陆丰一带采集了一些史前遗物。这些活动都是开创性的，其获取的材料在很长时间内是探讨东南沿海考古学文化的基础。如前述，林慧祥先生还根据有段石锛的材料，介绍并参与了国际学术界当时所关心的有段石锛向太平洋地区传播的问题。不过，这些材料是零星的，无法构建东南沿海地区的史前文化序列。较为系统的和规模较大的考古调查和发掘还是在1950年代以后。这些考古工作主要是由福建省博物馆、广东省博物馆、广东省文物考古研究所，厦门大学人类学系和浙江省考古研究所进行的。经过半个多世纪的探索，考古学界已积累了一定的田野资料，并对这一地区新石器时代文化的分布和分期已有了一个初步的了解。
作为东南沿海地区的一部分，福建沿海地区的史前文化是与该地区史前文化变化和发展的大格局分不开的。福建沿海新石器时代文化的发源，尤其与相邻的浙江沿海地区的新石器文化密切相关。其中河姆渡文化对福建沿海地区的文化影响最大。
河姆渡文化是分布于宁绍平原和浙东沿海的一个新石器时代的文化，距今7000-5000年左右。居民以稻作和渔猎为生，并从事海洋捕捞。该文化以独特的陶器，石器和骨器为特征。考古学者根据陶器和石器类型学的研究，发现河姆渡文化的晚期文化（距今6000-5000年）沿海岸向南扩张。目前已确认的最南的河姆渡文化遗址是浙江象山县的塔山遗址。据报道，位于瓯江流域的乐清县的白石杨柳滩遗址也出土了河姆渡文化的石器，表明河姆渡文化的居民向南有可能已到达了浙江和福建交界的沿海地区。
中国考古学界所观察到的这一现象对于探索原南岛语族的起源和扩散的原因具有重大的意义。其实，早在这一发现之前，国际学术界的有识之士就已对河姆渡文化对研究原南岛语族的起源的重要性进行了预测。Bellwood早在1995年就提出，河姆渡文化发达的稻作农业和制陶技术，对后来的原南岛语族文化的发源影响重大。在后来的一系列着述中，Bellwood更进一步指出，河姆渡文化是原南岛语族文化稻作经济的来源，稻作农业的发展以及由此引起的人口的增长是原南岛语族的祖先从大陆向海洋扩散的根本原因。张光直和WardGoodenough也认为，河姆渡文化对后来福建和台湾的新石器时代文化影响重大。受考古材料的限制，张光直等谨慎地指出，福建和台湾新石器时代文化是否是杭州湾地区的新石器时代居民南迁的结果或只是接受了该地区的影响尚不清楚，不过他们同时也指出，相当数量的人群从杭州湾南迁的可能性是很大的。因此，探讨河姆渡文化的扩散对于探索闽台地区的新石器时代文化和原南岛语族的起源具有重大的意义。
从浙江南部瓯江流域到广东东北部的韩江流域的沿海地区，目前所知的新石器时代文化可以分成早，中，晚三个阶段。最早的新石器时代文化是以位于福建平潭县的壳丘头遗址命名的壳丘头文化（距今6500－5500年左右）。壳丘头遗址以包含大量的海生贝壳和鹿类骨骼为特征，表明当时人谋生的主要手段是海洋捕捞和狩猎。壳丘头文化的起源与河姆渡晚期文化向南的扩张是否有关是一个非常值得探讨的问题。从出土器物的类型角度进行比较，我们最近提出福建沿海地区目前已知最早的新石器时代文化壳丘头文化很可能源自南下的河姆渡文化（详见第四章）。壳丘头的石锛形态、陶器的特征和玉�i的形状，都与晚期的河姆渡文化有很强的相似性，而其年代（5000-6000BP）正处于河姆渡文化的晚期。如前所述，河姆渡文化的南界已经到了浙江南部的温州地区。依其成熟的航海技术，进一步沿海南下到达闽江口一带是不足奇怪的。不过，由于目前从瓯江到闽江一带的考古材料仍然是空白，我们的这一假说仍需更多的发现来证实。
中期的新石器时代文化以闽东沿海的昙石山文化和闽南的大帽山文化为代表，距今5000－4300年左右。海洋捕捞和狩猎仍是主要的经济形态，但陶器群发生了较大的变化，新的器类和彩陶出现。
晚期的新石器时代文化以距今4300－3500年左右的黄瓜山文化为代表，其分布范围包括浙江南部的瓯江流域和福建沿海。韩江流域则有以虎头铺遗址和后山遗址为代表的遗存，与黄瓜山文化差别较大。这类遗存是否分布到了闽南地区，目前还不清楚。
上述这些新石器时代文化便是我们探索南岛语族的祖先在福建地区起源和扩散的关键。这些文化的发生和发展变化过程，反映的当是南岛语族在大陆沿海地区的变化过程。但是，福建地区的南岛语族考古并不仅限于新石器时代考古。旧石器时代的文化是新石器时代文化的重要基础。研究旧石器时代文化的分布和变化，尤其是旧石器时代晚期文化的概况，是理解福建沿海新石器时代文化发源的重要基础。在新石器时代之后，福建地区的考古学文化发生了重大变化。随着青铜时代的开始，文化的区域格局也发生了重大变化，内陆地区和沿海地区的联系明显加强。这是南岛语族文化在福建的大变化时期，也是认识族群和社会的大变革时期。随着秦汉帝国的兼并，福建地区的南岛语族也开始了漫长的中原化过程。因此，从时间的跨度看，福建青铜时代和早期铁器时期（秦-西汉早期）的考古，也应该是南岛语族考古学的一部分。