新型农村合作医疗制度的实施，是防止农民因病致贫、因病返贫，减轻农民负担，提高农民健康水平的有力措施，也是完善社会保障体系和实现全民小康社会的一项重要考核指标。但是在各地的推行中遇到了诸多难题，如工作难开展和筹资难和农民报销难等。产生这些难题主要有宣传力度不够，制度不健全，透明度不高等原因。为此，笔者认为要从四个方面入手。
农民的信任和参与是推行新型合作医疗的基础。参加率越高，合作医疗抵御风险的能力越强，就越能给农民带来实惠。但是，目前仍有一些人对合作医疗持怀疑和观望态度。比如以前各种基金收得比较多，但到最后都不了了之，农民对政府产生了一些不信任感；还有些人认识上存在误区，认为自己身体很好，交钱给别人看病自己吃亏。因此在做宣传工作时要让农民了解到新型农村合作医疗是不以营利为目的的，是政府、村集体资助和农民共同参与的一种新型医疗保障制度。同时，不能违背农民自愿参与的原则。
二是医疗卫生机构加大服务力度，力求取得“双赢”
新型农村合作医疗的推行，也调动了医疗卫生机构的积极性，成了“重振农村三级医疗卫生网”的一个契机。新型农村合作医疗能否赢得群众，最终依靠的是医院的服务质量。如果农民到定点的医院就诊，医院服务态度差，设施落后，药费又居高不下，农民就觉得受了骗，合作医疗就很难搞下去。所以要加大对公共卫生体系改革的力度和建设投入，医疗质量提高之后，来看病的农民就会增多，这样就会增加医院的业务量，取得“双赢”效果。
由于某些原因和一些不确定因素，各地方的经济条件不同，政府和集体的资助也各不相同，因此带来了“医保”补偿率不同。
在实际报销补偿时，存在一些模煳概念，如进口器械、药品与国产材料的差价问题；国家号召无偿献血和用血，但患者未尽义务但需要用血，药费是否可以报销，销报多少的问题；参加了商业保险又参加了农村医疗保险，怎样去理赔问题；农民外出打工在外就诊如何规定；恶意行为引发的医疗费用如何处理；外来常驻农民要求参保如何收费等等问题都要我们在工作中加以调整和检验。
同时要从根本上解决拖拖拉拉的补偿方式，在实施过程中真正让农民看病后马上就可以拿到补偿。另外，各级政府要保证对新型合作医疗的财力投入，使“医疗补偿率”逐步提高。
在报销时，可以建立由村、组、村民代表等人员组成的大病合作自治委员会，对每一报销金额逐一上墙公开，实施阳光操作，接受村民监督。
为了确保参保人的利益，合作医疗主管部门尽可能不要求农民在所指定的一家乡镇卫生院就诊，这样做往往使一些医院不思进取。另外，有的医院为达到“吃”合作医疗基金的目的，把一些不能报销的费用列入了材料费、住院费，门诊能解决的事要病人住院检查，一个小毛病也开上几十元甚至上百元的药；有的医院对病人不采用实名制。以上这些都加大了合作医疗运行的风险。因此，主管部门要完善好各类制度，并通过动态的监管与医院签定严格的合约，对损害农民权益、弄虚作假的行为给予经济和行政处罚，直至取消定点医保机构资格。同时合作医疗经办机构要定期张榜公示费用使用情况，保证参保农民的参与权、知情权和监督权。为确保基金运行安全，除对合作医疗基金设立专门账户，实行专款专用外，还要把合作医疗基金视为碰不得的“高压线”，防止基金被挪用、占用，报销混乱，和基金“崩盘”情况的发生。