《纲要》确定了保护和利用物种资源的五大原则:国家主权原则，即国家对领土内分布的生物物种资源拥有主权;科学性和可操作性原则，即提倡依靠科学进步和科技手段保护和持续利用生物物种资源，保护和利用措施力求务实、创新和具有可操作性;实行优先保护和分级保护原则，即采取分阶段和分级保护，确保最重要和最受威胁的生物物种资源得到优先保护;促进保护与利用相协调原则，即体现保护为主，注重可持续利用，建立保护与利用相协调的长效机制;各方参与原则，即重视各利益相关方的协调与充分参与，加强各相关主管部门之间的协调以及中央与地方政府的协调，鼓励科研机构、企业和公众的广泛参与。
环保总局副局长吴晓青表示，五大原则的确立对于我国参与国际谈判，争取国家利益，更好地解决保护与利用的关系具有重大的意义。
《纲要》提出了到2020年我国生物物种资源保护与利用的总体目标，划分了分三阶段实施的步骤，即到2010年，有效遏制目前生物物种资源急剧减少的趋势，特别是有效遏制因人为因素造成的生物物种资源急剧丧失趋势;到2015年，基本控制生物物种资源的丧失与流失;到2020年，生物物种资源得到有效保护。
吴晓青说，这些目标体现了国家可持续发展的战略方向，经过努力是可以达到的。
《纲要》根据我国生物物种资源的范畴和保护需求，确定了12个重点领域的近期和中长期规划任务。
这12个重点领域涵盖了动物、植物、微生物领域，与生物物种资源相关的传统知识，以及生物物种资源出入境管理等各个方面。
吴晓青表示，12个重点领域的任务分解，对于下一步制定各领域规划具有明确的指导意义。
此外，《纲要》还提出了“十一五”期间我国生物物种资源保护和利用的10项优先行动和55个优先项目。
10项优先行动包括:生物物种及遗传资源的查明与编目、生物物种资源就地保护、生物物种资源移地保护与种质资源库建设、生物物种资源保护与持续利用新技术研究、建立生物物种资源保护与持续利用数据信息系统、建立生物遗传资源获取与惠益分享法规制度体系、研究建立持续利用生物物种资源政策体系、国外生物物种及遗传资源的引进与开发利用、建立生物物种资源出入境控制查验体系、宣传教育与培训。
吴晓青指出，优先行动和优先项目的确定为解决当前突出问题，明确财政资金的投入指明了方向。
吴晓青表示，《全国生物物种资源保护与利用规划纲要》是我国生物物种资源保护领域首部重要的纲领性文件。
《纲要》的实施将推进我国丰富的生物物种资源得到有效保护，减少生物物种及其遗传资源的丧失和流失，保证生物物种及其遗传资源的永续生存和潜在利用，保障国家生态安全，使生物物种资源惠益子孙后代。
同时也体现出我国认真履行国际公约和积极参与国际合作的态度。
《全国生物物种资源保护与利用规划纲要》在国家环保总局网站全文刊登。