

Разработка филогенетических моделей является важным этапом в понимании происхождения и эволюции живых организмов. Морфологические, молекулярно-биологические и другие филогенетические данные используются для этой цели. В настоящей статье мы рассмотрим основные методы анализа этих данных, их преимущества и недостатки, а также примеры их применения в различных областях биоинформатики. 

Морфологический метод основан на изучении структурных особенностей организмов с целью определения родственного отношения между ними. Этот метод был первым использован для реконструкции филогении животных ещё во второй половине XIX века Фридрихом Мюллером (Müller F., 1872). Однако он имеет несколько существенных недостатков: высокая степень субъективности результатов исследований; трудность получения достоверной информации об отдаленном прошлом