

Филогенетическая классификация бактерий основывается на методах молекулярной биологии и эволюционной генетики, которые относятся к области биоинформатики и системного анализа данных. Эта наука называется молекулярно-филогенетическим анализом (MFA) или просто филогенетикой в контексте микробиологии. 
Молекулярно-филогенетический анализ использует последовательности ДНК или РНК для определения родственных связей между различными видами бактерий, позволяя установить их эволюционное происхождение и распространение в природе. В отличие от традиционных методов классификации бактерий, основанных на морфологических признаках (например, форма клетки), MFA является более объективным способом определения родства между организмами с точки зрения их генеалогического развития.