يهدف التصنيف الى وصف تنوع الانواع البكتيرية من خلال تسمية الكائنات الحية وتجميعها على اساس اوجه التشابه. يمكن تصنيف البكتيريا على اساس بنية الخلايا او الايض الخليوي او على الاختلافات في مكونات الخلايا, مثل الحمض النووي, والاحماض الدهنية, والصبغات, والمضادات الحيوية. وعلى الرغم من ان هذه الخطط تسمح بتحيين وتصنيف السلالات البكتيرية, فمن غير الواضح ما اذا كانت هذه الاختلافات تمثل اختلافات بين الانواع المتميزة او بين السلالات من نفس الانواع. ويعود هذا عدم اليقين الى عدم وجود هياكل مميزة في معظم البكتيريا, بالاضافة الى نقل جين جانبي بين الانواع غير ذات الصلة. بسبب نقل جين الجانبي, يمكن لبعض البكتيريا ذات الصلة عن كثب ان يكون لها التشكل و الايض مختلفة جدا. ومن اجل التغلب على هذا عدم اليقين, فان التصنيف البكتيرية الحديث يركز على الاحياء الجزيئي, باستخدام التقنيات الوراثية مثل تحديد نسبة c (, و التهجين الجينوم - الجينوم, بالاضافة الى تسلسل الجينات التي لم تخضع لنقل جين جانبي واسع, مثل جين rrna. ويتم تحديد تصنيف البكتيريا عن طريق النشر في المجلة الدولية للبكتيريا المنتظم, وفي دليل bergey للبكتيريا المنتظم.-وتحافظ اللجنة الدولية المعنية بال البكتريولوجيا المنتظم على قواعد دولية لتسمية البكتيريا والفئات ال تصنيفيفية ومن اجل تصنيفها في المدونة الدولية لتسمية البكتيريا.
كيف يمكننا تصنيف الانواع الواسعة من الانواع البكتيرية?
تجميع الكائنات الحية على اساس اوجه التشابه