선조는 정철을 처벌하느냐 마느냐를 놓고 결정을 내리지 못하고 우왕좌왕했고, 동인 내에서도 정철을 죽이자는 주장과 정철을 죽이는 데 반대하는 의견이 서로 나뉘게 된다. 그 과정에서 정철을 죽이자는 강경파는 북인, 정철을 죽이는 것을 반대하는 온건파는 남인으로 분리된다. 남인은 이발, 정인홍 등이 우성전의 축첩을 문제삼은 것 역시 동인 강경파들의 온건파에 대한 의심과 불신의 한 원인이 되었다. 
선조는 정철을 죽이는 것을 반대했다.