바스크어는 친족 관계가 증명되어 있지 않은 고립된 언어로, 인도유럽어족 언어에 둘러싸여 있으나 이들 언어로부터 차용어를 제외한 기본어휘에는 비슷한 점이 없으며, 동일계통의 다른 언어도 존재하지 않는다. 언어학적 특이성이 일찍부터 주목을 끌어왔으며, 문법적 특징 때문에 캅카스 제어 등의 다른 소수어들과의 비교연구도 이루어졌으나, 아직까지 특별히 같은 계통이라 할 언어는 밝혀져 있지 않다. 
바스크어는 캅카스 제어와 친족 관계이다.