병인양요 결과, 프랑스군을 물리친 일로 자신감을 가진 대원군은 기존에 고수하고 있었던 통상 수교 거부 정책을 더욱 강화하게 된다. 병인양요는 두 달 만에 끝났지만 강화도 외규장각에 보관돼 있던 귀중도서와 은괴 19상자 등을 약탈당했다고 한다. 또한 이 사건으로 말미암아 대원군은 쇄국양이(鎖國攘夷) 정책을 더욱 고집하여 천주교 탄압에 더욱 박차를 가하게 되었다. 한편 프랑스가 약탈해간 외규장각 도서는 2013년 일시적으로 반환되었다.
2013년 당시, 외규장각 도서는 영구 반환되었다.