Dataset Viewer
_id
stringlengths 8
8
| text
stringlengths 0
8.63k
| title
stringlengths 0
1.11k
|
|---|---|---|
ug7v899j
|
DOEL: Deze retrospectieve chart review beschrijft de epidemiologie en klinische kenmerken van 40 patiënten met met kweek bewezen Mycoplasma pneumoniae-infecties in het King Abdulaziz University Hospital, Jeddah, Saoedi-Arabië. METHODEN: Patiënten met positieve M. pneumoniae-kweken uit respiratoire specimens van januari 1997 tot en met december 1998 werden geïdentificeerd via de microbiologische registraties. De dossiers van de patiënten werden beoordeeld. RESULTATEN: Er werden 40 patiënten geïdentificeerd, waarvan er 33 (82,5%) opname nodig hadden. De meeste infecties (92,5%) waren gemeenschapsverworven. De infectie trof alle leeftijdsgroepen, maar kwam het meest voor bij zuigelingen (32,5%) en kleuters (22,5%). Het kwam het hele jaar voor, maar was het meest voorkomend in de herfst (35%) en lente (30%). Meer dan driekwart van de patiënten (77,5%) had comorbiditeiten. Vierentwintig isolaten (60%) waren geassocieerd met pneumonie, 14 (35%) met infecties van de bovenste luchtwegen en 2 (5%) met bronchiolitis. Hoest (82,5%), koorts (75%) en malaise (58,8%) waren de meest voorkomende symptomen, en crepitaties (60%) en piepende ademhaling (40%) waren de meest voorkomende tekenen. De meeste patiënten met pneumonie hadden crepitaties (79,2%), maar slechts 25% had bronchiaal ademhalen. Immuun gecompromitteerde patiënten hadden een grotere kans dan niet-immuungecompromitteerde patiënten om zich te presenteren met pneumonie (8/9 versus 16/31, P = 0,05). Van de 24 patiënten met pneumonie had 14 (58,3%) een ongecompliceerde herstel, 4 (16,7%) herstelde na enkele complicaties, 3 (12,5%) overleden aan een M. pneumoniae-infectie en 3 (12,5%) overleden aan onderliggende comorbiditeiten. De 3 patiënten die overleden aan M. pneumoniae-pneumonie hadden andere comorbiditeiten. CONCLUSIE: Onze resultaten waren vergelijkbaar met gepubliceerde gegevens, behalve de bevinding dat infecties vaker voorkwamen bij zuigelingen en kleuters en dat het sterftecijfer van pneumonie bij patiënten met comorbiditeiten hoog was.
|
Klinische kenmerken van met kweek bewezen Mycoplasma pneumoniae-infecties in het King Abdulaziz University Hospital, Jeddah, Saoedi-Arabië
|
02tnwd4m
|
Inflammatoire aandoeningen van de luchtwegen worden vaak geassocieerd met een verhoogde productie van stikstofmonoxide (NO•) en verhoogde indicatoren van NO•-afhankelijke oxidatieve stress. Hoewel NO• bekend staat om zijn antimicrobiële, anti-inflammatoire en antioxiderende eigenschappen, ondersteunen verschillende bewijslijnen de bijdrage van NO• aan longbeschadiging in verschillende ziektemodellen. Op basis van biochemisch bewijs wordt vaak aangenomen dat dergelijke NO•-afhankelijke oxidaties te wijten zijn aan de vorming van het oxidans peroxynitriet, hoewel alternatieve mechanismen waarbij de fagocyt-afgeleide heemproteïnen myeloperoxidase en eosinofielperoxidase betrokken zijn, werkzaam kunnen zijn tijdens ontsteking. Vanwege de overweldigende literatuur over NO•-generatie en -activiteiten in de luchtwegen, zou het buiten het bestek van dit commentaar vallen om dit gebied volledig te bespreken. In plaats daarvan richt het zich op recent bewijs en concepten van de veronderstelde bijdrage van NO• aan inflammatoire longziekten.
|
Stikstofmonoxide: een pro-inflammatoire mediator bij longziekten?
|
ejv2xln0
|
Surfactantproteïne-D (SP-D) neemt deel aan de aangeboren respons op ingeademde micro-organismen en organische antigenen, en draagt bij aan de immuun- en inflammatoire regulatie in de longen. SP-D wordt gesynthetiseerd en uitgescheiden door alveolaire en bronchiolaire epitheelcellen, maar wordt ook tot expressie gebracht door epitheelcellen die verschillende exocriene afvoergangen en het slijmvlies van het maagdarmstelsel en de urinewegen bekleden. SP-D, een collageenachtige calcium-afhankelijke lectine (of collectine), bindt aan oppervlakteglycoconjugaten die tot expressie worden gebracht door een breed scala aan micro-organismen, en aan oligosacchariden die geassocieerd zijn met het oppervlak van verschillende complexe organische antigenen. SP-D interageert ook specifiek met glycoconjugaten en andere moleculen die tot expressie worden gebracht op het oppervlak van macrofagen, neutrofielen en lymfocyten. Daarnaast bindt SP-D aan specifieke surfactant-geassocieerde lipiden en kan het de organisatie van lipidemengsels die fosfatidylinositol bevatten in vitro beïnvloeden. In overeenstemming met deze diverse in-vitro activiteiten is de observatie dat SP-D-deficiënte transgene muizen abnormale accumulaties van surfactantlipiden vertonen en abnormaal reageren op uitdaging met respiratoire virussen en bacteriële lipopolysacchariden. Het fenotype van macrofagen geïsoleerd uit de longen van SP-D-deficiënte muizen is veranderd, en er is indirect bewijs dat een abnormale oxidantmetabolisme en/of verhoogde metalloproteinase-expressie bijdraagt aan de ontwikkeling van emfyseem. De expressie van SP-D neemt toe als reactie op vele vormen van longbeschadiging, en een deficiënte accumulatie van op de juiste manier oligomeriseerde SP-D kan bijdragen aan de pathogenese van een verscheidenheid aan menselijke longaandoeningen.
|
Surfactantproteïne-D en pulmonale afweer
|
2b73a28n
|
Endotheline-1 (ET-1) is een 21-aminozuur peptide met diverse biologische activiteit die is betrokken bij talloze ziekten. ET-1 is een krachtige mitogeen, regulator van de gladde spiertonus en ontstekingsmediator die een sleutelrol kan spelen bij ziekten van de luchtwegen, de pulmonale circulatie en inflammatoire longziekten, zowel acuut als chronisch. Deze review zal zich richten op de biologie van ET-1 en zijn rol bij longziekten.
|
De rol van endotheline-1 bij longziekten
|
9785vg6d
|
Respiratoir syncytieel virus (RSV) en pneumonievirus van muizen (PVM) zijn virussen van de familie Paramyxoviridae, subfamilie pneumovirus, die respectievelijk klinisch belangrijke respiratoire infecties veroorzaken bij mensen en knaagdieren. De respiratoire epitheel-doelcellen reageren op virusinfectie met specifieke veranderingen in genexpressie, waaronder de productie van chemoattractante cytokinen, adhesiemoleculen, elementen die verband houden met de apoptoserespons, en andere die nog onvolledig begrepen zijn. Hier bespreken we onze huidige kennis van deze mucosale reacties en bespreken we verschillende genomische benaderingen, waaronder differentiële display reverse transcriptie-polymerase kettingreactie (PCR) en genarraystrategieën, die het ons mogelijk zullen maken om de aard van deze reacties op een completere en systematischere manier te ontrafelen.
|
Genexpressie in epitheelcellen als reactie op pneumovirusinfectie
|
zjufx4fo
|
Nidovirus subgenomische mRNA's bevatten een leidersequentie afkomstig van het 5′-uiteinde van het genoom, gefuseerd aan verschillende sequenties (‘bodies’) afkomstig van het 3′-uiteinde. Hun generatie omvat een uniek mechanisme van discontinue subgenomische RNA-synthese dat lijkt op copy-choice RNA-recombinatie. Tijdens dit proces wordt de nascente RNA-streng overgebracht van de ene naar de andere plaats in het template, tijdens zowel plus- als min-strengsynthese, om subgenomische RNA-moleculen op te leveren. Centraal in dit proces staan transcriptieregulerende sequenties (TRS'en), die aanwezig zijn op beide templatesites en de nauwkeurigheid van de strengoverdracht garanderen. Hier presenteren we resultaten van een uitgebreide co-variatie mutagenese studie van equiene arteritis virus TRS'en, aantonend dat discontinue RNA-synthese niet alleen afhangt van basenparing tussen sense leider TRS en antisense body TRS, maar ook van de primaire sequentie van de body TRS. Terwijl de leider TRS slechts een targetingrol speelt voor strengoverdracht, vervult de body TRS meerdere functies. De sequenties van mRNA leider-body juncties van TRS-mutanten suggereerden sterk dat de discontinue stap plaatsvindt tijdens min-strengsynthese.
|
Sequentie-eisen voor RNA-strengoverdracht tijdens nidovirus discontinue subgenomische RNA-synthese
|
5yhe786e
|
Recent bewijs suggereert dat kritiek zieke patiënten lagere hemoglobinewaarden kunnen verdragen dan voorheen werd aangenomen. Ons doel is aan te tonen dat transfusie naar een niveau van 100 g/l de mortaliteit en andere klinisch belangrijke uitkomsten in een setting van intensive care niet verbetert. Hoewel veel vragen blijven bestaan, hebben veel laboratorium- en klinische studies, waaronder een recente gerandomiseerde gecontroleerde trial (RCT), aangetoond dat transfusie naar normale hemoglobine concentraties het orgaanfalen en de mortaliteit bij de kritiek zieke patiënt niet verbetert. Bovendien zal een restrictieve transfusiestrategie de blootstelling aan allogene transfusies verminderen, leiden tot een efficiënter gebruik van rode bloedcellen (RBC's), bloed besparen en de kosten van de gezondheidszorg verlagen.
|
Debat: Transfusie naar normale hemoglobinewaarden verbetert de uitkomst niet
|
8zchiykl
|
Het 21e Internationale Symposium over Intensive Care en Spoedeisende Geneeskunde werd gedomineerd door de resultaten van recente klinische studies op het gebied van sepsis en het acute respiratoire distress syndroom (ARDS). De mogelijkheden van extracorporele leververvangingstherapie en niet-invasieve beademing waren andere aandachtspunten. Ethische kwesties kregen ook aandacht. Over het geheel genomen waren de 'state of the art' lezingen, pro/contra debatten, seminars en tutorials van hoog niveau. De bijeenkomst werd gekenmerkt door een gevoel van hernieuwde enthousiasme dat er positieve vooruitgang geboekt wordt in de intensive care geneeskunde.
|
Het 21e Internationale Symposium over Intensive Care en Spoedeisende Geneeskunde, Brussel, België, 20-23 maart 2001
|
8qnrcgnk
|
Heme oxygenase-1 (HO-1), een induceerbaar stressproteïne, verleent cytoprotectie tegen oxidatieve stress in vitro en in vivo. Naast zijn fysiologische rol in heme-afbraak, kan HO-1 een aantal cellulaire processen beïnvloeden, waaronder groei, ontsteking en apoptose. Door zijn ontstekingsremmende effecten beperkt HO-1 weefselschade als reactie op pro-inflammatoire stimuli en voorkomt het afstoting van allogenen na transplantatie. De transcriptionele opregulatie van HO-1 reageert op vele agentia, zoals hypoxie, bacteriële lipopolysaccharide en reactieve zuurstof/stikstofsoorten. HO-1 en zijn constitutief geëxprimeerde isozym, heme oxygenase-2, katalyseren de snelheidsbeperkende stap in de omzetting van heme naar zijn metabolieten, bilirubine IXα, ferro-ijzer en koolmonoxide (CO). De mechanismen waardoor HO-1 bescherming biedt, omvatten hoogstwaarschijnlijk zijn enzymatische reactieproducten. Opmerkelijk is dat toediening van CO in lage concentraties HO-1 kan vervangen met betrekking tot ontstekingsremmende en anti-apoptotische effecten, wat wijst op een rol voor CO als een belangrijke mediator van de HO-1 functie. Chronische, laaggradige, exogene blootstelling aan CO door sigarettenroken draagt bij aan het belang van CO in de longgeneeskunde. De implicaties van het HO-1/CO-systeem bij longziekten zullen in deze review worden besproken, met de nadruk op inflammatoire aandoeningen.
|
Heme oxygenase-1 en koolmonoxide in de longgeneeskunde
|
jg13scgo
|
Dit rapport beschrijft het ontwerp en de implementatie van het Real-time Outbreak and Disease Surveillance (RODS) systeem, een computergebaseerd systeem voor de surveillance van de volksgezondheid voor vroegtijdige detectie van ziekte-uitbraken. Ziekenhuizen sturen RODS-gegevens van klinische contacten via virtuele particuliere netwerken en geleasede lijnen met behulp van het Health Level 7 (HL7) berichtprotocol. De gegevens worden in real-time verzonden. RODS classificeert automatisch de hoofdklacht van het bezoek in een van de zeven syndroomcategorieën met behulp van Bayesiaanse classifiers. Het slaat de gegevens op in een relationele database, aggregeert de gegevens voor analyse met behulp van data warehousing technieken, past univariate en multivariate statistische detectiealgoritmen toe op de gegevens en waarschuwt gebruikers wanneer de algoritmen anomale patronen in de syndroomtellingen identificeren. RODS heeft ook een webgebaseerde gebruikersinterface die temporele en ruimtelijke analyses ondersteunt. RODS verwerkt de verkoop van vrij verkrijgbare gezondheidsproducten op een vergelijkbare manier, maar ontvangt dergelijke gegevens in batchmodus op dagelijkse basis. RODS werd gebruikt tijdens de Olympische Winterspelen van 2002 en is momenteel actief in twee staten - Pennsylvania en Utah. Het is geweest en blijft een bron voor het implementeren, evalueren en toepassen van nieuwe methoden voor de surveillance van de volksgezondheid.
|
Technische Beschrijving van RODS: Een Real-time Systeem voor de Surveillance van de Volksgezondheid
|
5tkvsudh
|
Regulatie van ornithine decarboxylase in gewervelden omvat een negatief feedbackmechanisme dat het antizyme-eiwit vereist. Hier laten we zien dat een vergelijkbaar mechanisme bestaat in de delende gist *Schizosaccharomyces pombe*. De expressie van zoogdier antizyme genen vereist een specifieke +1 translationele frameshift. De efficiëntie van het frameshift-event weerspiegelt de cellulaire polyamine niveaus, waardoor de autoregulerende feedbackloop ontstaat. Zoals hier getoond, vereist het gist antizyme gen en verschillende nieuw geïdentificeerde antizyme genen van verschillende nematoden ook een ribosomale frameshift gebeurtenis voor hun expressie. Twaalf nucleotiden rond de frameshift site zijn identiek tussen *S. pombe* en de zoogdier tegenhangers. Het kernelement voor deze frameshifting was waarschijnlijk aanwezig in de laatste gemeenschappelijke voorouder van gist, nematoden en zoogdieren.
|
Conservering van polyamine regulatie door translationele frameshifting van gist tot zoogdieren
|
6lvn10f4
|
Heterogene nucleaire ribonucleoproteïne (hnRNP A1) is betrokken bij pre-mRNA splicing in de nucleus en translationele regulatie in het cytoplasma. In deze studie tonen we aan dat hnRNP A1 ook participeert in de transcriptie en replicatie van een cytoplasmatisch RNA-virus, muizenhepatitisvirus (MHV). Overexpressie van hnRNP A1 versnelde de kinetiek van virale RNA-synthese, terwijl de expressie in het cytoplasma van een dominant-negatief hnRNP A1-mutant dat het nucleaire transportdomein mist, deze significant vertraagde. Het hnRNP A1-mutant veroorzaakte een globale inhibitie van virale mRNA-transcriptie en genomische replicatie, en ook een preferentiële inhibitie van de replicatie van defecte-interfererende RNA's. Vergelijkbaar met het wild-type hnRNP A1, complexeerde het hnRNP A1-mutant met een MHV-polymerase-genproduct, het nucleocapsid-eiwit en het virale RNA. Echter, in tegenstelling tot het wild-type hnRNP A1, slaagde het mutant-eiwit er niet in om te binden aan een 250 kDa cellulair eiwit, wat suggereert dat het werven van cellulaire eiwitten door hnRNP A1 belangrijk is voor MHV RNA-synthese. Onze bevindingen vestigen het belang van cellulaire factoren in virale RNA-afhankelijke RNA-synthese.
|
Heterogene nucleaire ribonucleoproteïne A1 reguleert RNA-synthese van een cytoplasmatisch virus
|
tvxpckxo
|
Het UBA domein is een geconserveerd sequentiemotief onder polyubiquitine-bindende eiwitten. Voor het eerst demonstreren we een systematische, high-throughput aanpak voor de identificatie van UBA domein-interagerende eiwitten vanuit een proteoom-breed perspectief. Met behulp van het konijnenreticulocytenlysaat in vitro expressieklonesysteem hebben we met succes elf eiwitten geïdentificeerd die interageren met het UBA domein van p62, en de meerderheid van deze elf eiwitten is geassocieerd met neurodegeneratieve aandoeningen, zoals de ziekte van Alzheimer. Daarom kan p62 een nieuwe regulerende rol spelen via zijn UBA domein. Onze aanpak biedt een eenvoudige route naar de karakterisering van UBA domein-interagerende eiwitten en de toepassing ervan zal de belangrijke rollen die het UBA domein speelt onthullen.
|
Een Methode om p62's UBA Domein Interagerende Proteïnen te Identificeren
|
mcuixluu
|
We onderzochten de rol van het microtubuluscytoskelet tijdens vacciniavirusinfectie. We ontdekten dat nieuw geassembleerde virusdeeltjes zich ophopen in de nabijheid van het microtubulus-organiserende centrum op een microtubulus- en dyneïne–dynactinecomplex-afhankelijke manier. Microtubuli zijn nodig voor efficiënte intracellulaire rijpe virus (IMV) formatie en zijn essentieel voor intracellulaire omhulde virus (IEV) assemblage. Naarmate de infectie vordert, wordt het microtubuluscytoskelet dramatisch geherorganiseerd op een manier die doet denken aan overexpressie van microtubulus-geassocieerde eiwitten (MAPs). In overeenstemming hiermee rapporteren we dat de vaccinia-eiwitten A10L en L4R MAP-achtige eigenschappen hebben en directe binding van virale cores aan microtubuli in vitro mediëren. Bovendien resulteert vaccinia-infectie ook in een sterke vermindering van eiwitten in het centrosom en verlies van de efficiëntie van centrosomale microtubulusnucleatie. Dit vertegenwoordigt het eerste voorbeeld van viraal geïnduceerde verstoring van de centrosomfunctie. Verder onderzoek met vaccinia zal inzicht verschaffen in de rol van microtubuli tijdens virale pathogenese en regulatie van de centrosomfunctie.
|
Vacciniavirusinfectie verstoort microtubulusorganisatie en centrosomfunctie
|
6iu1dtyl
|
De oorsprongsplaats van de influenza-pandemie van 1918 en de implicaties voor de volksgezondheid
|
|
t35n7bk9
|
Honderden virussen infecteren verschillende menselijke organen en veroorzaken ziekten. Sommige dodelijke, opkomende virale infecties zijn wereldwijd ernstige problemen geworden voor de volksgezondheid. Vroege diagnose en daaropvolgende behandeling zijn daarom essentieel voor de bestrijding van virale infecties. Huidige diagnostische technieken maken vaak gebruik van op polymerasekettingreactie (PCR) gebaseerde methoden om snel pathogene virussen te detecteren en de etiologie van de ziekte of aandoening vast te stellen. De snelle PCR-methode heeft echter veel nadelen, zoals een hoge vals-positieve ratio en het vermogen om slechts één of een paar genen tegelijk te detecteren. Microarraytechnologie lost de problemen van de PCR-beperkingen op en kan effectief worden toegepast op alle gebieden van de moleculaire geneeskunde. Onlangs beschreef een rapport in Retrovirology een multi-virus DNA-array die meer dan 250 open reading frames bevat van acht humane virussen, waaronder het humaan immunodeficiëntievirus type 1. Deze array kan worden gebruikt om meerdere virale co-infecties in cellen en in vivo te detecteren. Een ander voordeel van dit type multi-virus array is het bestuderen van promotoractiviteit en virale genexpressie en het correleren van dergelijke resultaten met de progressie van de ziekte en de reactivatie van latente infecties. De in Retrovirology gerapporteerde ontwikkeling van de virus-DNA-chip is dus een belangrijke vooruitgang in diagnostische toepassingen en zou een krachtig klinisch instrument kunnen zijn voor het karakteriseren van virale co-infecties bij AIDS-patiënten en andere patiënten.
|
Multi-faceted, multi-versatiel microarray: simultane detectie van vele virussen en hun expressieprofielen
|
eiqypt0m
|
INLEIDING: De pathogeniteit van late respiratoire infecties met herpes simplex virus type 1 (HSV-1) bij kritiek zieke patiënten is onduidelijk. METHODEN: Bij vier kritiek zieke patiënten met persisterende pulmonale infiltraten van onbekende oorsprong en isolatie van HSV-1 uit trachea-aspiraat of bronchoalveolaire lavagevloeistof, 7 (1–11) dagen na aanvang van mechanische beademing, werd een pulmonale lek index (PLI) voor (67)Gallium ((67)Ga)-transferrine (bovengrens van normaal 14,1 × 10(-3)/min) gemeten. RESULTATEN: De PLI varieerde tussen 7,5 en 14,0 × 10(-3)/min bij de patiënten in de studie. Twee patiënten ontvingen een kuur acyclovir en allen overleefden. CONCLUSIES: De normale capillaire permeabiliteit die in de longen werd waargenomen pleit tegen pathogeniteit van HSV-1 bij kritiek zieke patiënten, en suggereert dat isolatie van het virus reactivatie tijdens een ernstige ziekte en immunodepressie weerspiegelt, in plaats van een primaire of supergeïnfecteerde infectie in de longen.
|
Herpes simplex virus type 1 en normale eiwitpermeabiliteit in de longen van kritiek zieke patiënten: een argument voor lage pathogeniteit?
|
sgmk96vr
|
ACHTERGROND: Eerdere modellen van pokkenringvaccinatie op basis van contactonderzoek via een netwerk suggereren dat ringvaccinatie effectief zou zijn, maar hebben de logistieke aspecten van de respons en het beperkte aantal vaccinateurs niet expliciet opgenomen. METHODEN: We ontwikkelden een continue-tijd stochastische simulatie van pokkenoverdracht, inclusief netwerkstructuur, vaccinatie na blootstelling, vaccinatie van contacten van contacten, beperkte responscapaciteit, heterogeniteit in symptomen en besmettelijkheid, vaccinatie voorafgaand aan de stopzetting van routinematige vaccinatie, snellere diagnose door publieke bewustwording, surveillance van asymptomatische contacten en isolatie van gevallen. RESULTATEN: We ontdekten dat zelfs in gevallen van zeer snel verspreidende pokken, ringvaccinatie (in combinatie met surveillance) in de meeste gevallen voldoende is om pokken snel uit te roeien, ervan uitgaande dat 95% van de huishoudelijke contacten wordt getraceerd, 80% van de contacten op het werk of sociale contacten wordt getraceerd en geen incidentele contacten worden getraceerd, en dat in de meeste gevallen het vermogen om 1-5 individuen per dag per indexgeval te traceren voldoende is. Als wordt aangenomen dat pokken zeer snel aan contacten worden overgedragen, kan het soms ontsnappen aan beheersing door ringvaccinatie, maar kan het in deze omstandigheden worden beheerst door massavaccinatie. CONCLUSIES: Kleine introducties van pokken zullen waarschijnlijk gemakkelijk te beheersen zijn door ringvaccinatie, op voorwaarde dat contactonderzoek haalbaar is. Onzekerheden over de aard van bioterroristische pokken (besmettelijkheid, vaccinatie-effectiviteit) ondersteunen de voortdurende planning voor ringvaccinatie en massavaccinatie. Indien gestart, moet ringvaccinatie zonder vertraging in vaccinatie worden uitgevoerd, contacten van contacten moeten worden opgenomen (wanneer er voldoende capaciteit is) en moet worden vergezeld van verhoogde publieke bewustwording en surveillance.
|
Logistiek van de bestrijding van pokken in de gemeenschap via contactonderzoek en ringvaccinatie: een stochastisch netwerkmodel
|
di0fcy0j
|
ACHTERGROND: Zuurstoftoxiciteit is een belangrijke oorzaak van longbeschadiging. Het base-excisie reparatiepad is een van de belangrijkste cellulaire beschermingsmechanismen die reageert op oxidatieve DNA-schade. Lesiespecifieke DNA-reparatie-enzymen omvatten hOgg1, hMYH, hNTH en hMTH. METHODEN: De bovengenoemde lesiespecifieke DNA-reparatie-enzymen werden tot expressie gebracht in humane alveolaire epitheelcellen (A549) met behulp van de pSF91.1 retrovirale vector. Cellen werden blootgesteld aan een omgeving met 95% zuurstof, ioniserende straling (IR) of H(2)O(2). Celgroeianalyse werd uitgevoerd onder niet-toxische omstandigheden. Western blot-analyse werd uitgevoerd om overexpressie te verifiëren en de endogene expressie onder toxische en niet-toxische omstandigheden te beoordelen. Statistische analyse werd uitgevoerd met behulp van de gepaarde t-toets van Student, waarbij significantie werd geaccepteerd voor p < 0,05. RESULTATEN: Celdood assays toonden aan dat cellen met overexpressie van hMYH een verbeterde overleving vertoonden bij zowel verhoogde zuurstof als IR. Celgroeianalyse van A549-cellen onder niet-toxische omstandigheden onthulde dat cellen met overexpressie van hMYH ook langzamer groeien. Western blot-analyse toonde overexpressie van elk individueel gen aan en resulteerde niet in een veranderde endogene expressie van de andere. Er werd echter waargenomen dat O(2)-toxiciteit wel leidde tot een verminderde endogene expressie van hNTH in A549-cellen. CONCLUSIE: Verhoogde expressie van het DNA-glycosylase reparatie-enzym hMYH in A549-cellen die worden blootgesteld aan O(2) en IR leidt tot verbeteringen in celoverleving. DNA-reparatie via het base-excisie reparatiepad kan een alternatieve manier bieden om de schadelijke effecten van O(2) en zijn metabolieten te compenseren.
|
Bescherming van pulmonale epitheelcellen tegen oxidatieve stress door hMYH adenine glycosylase
|
4k8f7ou1
|
ACHTERGROND: AlkB-achtige eiwitten zijn leden van de 2-oxoglutarataat- en Fe(II)-afhankelijke oxygenasesuperfamilie. In Escherichia coli beschermt het eiwit RNA en DNA tegen schade door methylerende agentia. 1-methyladenine en 3-methylcytosine worden gerepareerd door oxidatieve demethylering en directe terugkeer van de gemethyleerde base naar zijn niet-gemethyleerde vorm. Genen voor AlkB-homologen zijn wijdverspreid in de natuur, en eukaryoten hebben vaak meerdere genen die coderen voor AlkB-achtige eiwitten. Vergelijkbare domeinen zijn ook waargenomen in bepaalde plantenvirussen. De functie van het virale domein is onbekend, maar het is gesuggereerd dat het betrokken kan zijn bij het beschermen van het virus tegen het post-transcriptionele gen silencing (PTGS) systeem dat in planten voorkomt. We wilden een fylogenomische mapping uitvoeren van virale AlkB-achtige domeinen als basis voor het analyseren van functionele aspecten van deze domeinen, omdat dit enige relevantie zou kunnen hebben voor het begrijpen van mogelijke alternatieve rollen van AlkB-homologen, bijvoorbeeld in eukaryoten. RESULTATEN: Op profielen gebaseerde zoekopdrachten in eiwitsequentiebibliotheken toonden aan dat AlkB-achtige domeinen voorkomen in ten minste 22 verschillende enkelstrengs RNA positief-streng plantenvirussen, maar voornamelijk in een subgroep van de Flexiviridae-familie. Sequentieanalyse gaf aan dat de AlkB-domeinen waarschijnlijk functioneel geconserveerd zijn en dat ze hoogstwaarschijnlijk relatief recent in verschillende virale genomen zijn geïntegreerd op geografisch verschillende locaties. Dit patroon lijkt meer consistent te zijn met verhoogde omgevingsdruk, bijvoorbeeld van methylerende pesticiden, dan met interactie met het PTGS-systeem. CONCLUSIES: Het AlkB-domein dat in virale genomen wordt aangetroffen, is hoogstwaarschijnlijk een conventioneel DNA/RNA-reparatiedomein dat het virale RNA-genoom beschermt tegen methylerende verbindingen uit het milieu.
|
Bioinformatische mapping van AlkB-homologiedomeinen in virussen
|
wnnsmx60
|
In de jaren '80 en '90 was HIV/AIDS de opkomende infectieziekte. In 2003–2004 zagen we de opkomst van SARS, vogelgriep en antrax in een door de mens gemaakte vorm die werd gebruikt voor bioterrorisme. Noodwetgeving in Australië is een lappendeken van wetgeving op het gebied van quarantaine van de Commonwealth en op de staten en territoria gebaseerde noodbevoegdheden in de wetgeving inzake de volksgezondheid. Het is tijd voor een herziening van dergelijke wetgeving en tijd voor een beoordeling van de doeltreffendheid van dergelijke wetgeving vanuit een landelijk perspectief in een tijd waarin we rekening moeten houden met de mogelijkheid van massale uitbraken van besmettelijke ziekten die jurisdictiegrenzen negeren.
|
Het beheersen van opkomende infectieziekten: vormt een federaal systeem een belemmering voor effectieve wetgeving?
|
gdsfkw1b
|
Lactococcus lactis, de modelmelkzuurbacterie (LAB), is een voedingsmiddelenklasse en goed gekarakteriseerde Gram-positieve bacterie. Het is een goede kandidaat voor heterologe proteïneafgifte in voedingsmiddelen of in het spijsverteringskanaal. L. lactis kan ook worden gebruikt als proteïneproducent in een fermentor. Veel heterologe proteïnen zijn al geproduceerd in L. lactis, maar slechts weinig rapporten vergelijken de productierendementen voor een bepaald proteïne dat ofwel intracellulair ofwel in het medium wordt geproduceerd. Hier bespreken we verschillende werken die de invloed van de lokalisatie op de productierendementen van verschillende heterologe proteïnen die in L. lactis worden geproduceerd evalueren. De vragen over groottegrenzen, conformatie en proteolyse worden behandeld en besproken met betrekking tot de proteïnerendementen. Deze gegevens tonen aan dat i) secretie de voorkeur verdient boven cytoplasmatische productie; ii) secretieverbetering (door signaalpeptide- en propeptide-optimalisatie) resulteert in een verhoogd productierendement; iii) proteïneconformatie in plaats van proteïneformaat de secretie kan belemmeren en daardoor de productierendementen kan veranderen; en iv) fusie van een stabiel proteïne labiele proteïnen kan stabiliseren. De rol van intracellulaire proteolyse op heterologe cytoplasmatische proteïnen en precursoren wordt besproken. De nieuwe uitdagingen zijn nu de ontwikkeling van voedingsmiddelenklassesystemen en de identificatie en optimalisatie van gastheerfactoren die de heterologe proteïneproductie beïnvloeden, niet alleen in L. lactis, maar ook in andere LAB-soorten.
|
Proteïne secretie in Lactococcus lactis: een efficiënte manier om de totale heterologe proteïneproductie te verhogen
|
yba7mdtb
|
Horizontale DNA-overdracht is een belangrijke factor in de evolutie en draagt bij aan de biologische diversiteit. Helaas zijn de locatie en lengte van horizontale overdrachten (HT's) slechts bekend voor zeer weinig soorten. Het gebruik van korte oligonucleotiden in een sequentie (de zogenaamde genomische signatuur) heeft aangetoond soort-specifiek te zijn, zelfs in DNA-fragmenten zo kort als 1 kb. De genomische signatuur wordt daarom voorgesteld als een hulpmiddel voor het detecteren van HT's. Aangezien DNA-overdrachten afkomstig zijn van soorten met een signatuur die verschilt van die van de ontvangende soort, kan de analyse van lokale variaties in de signatuur langs het ontvangende genoom het detecteren van exogeen DNA mogelijk maken. De strategie bestaat uit (i) het scannen van het genoom met een glijdend venster en het berekenen van de corresponderende lokale signatuur (ii) het evalueren van de afwijking van de signatuur van het hele genoom en (iii) het zoeken naar vergelijkbare signatures in een database van genomische signatures. In totaal worden 22 prokaryote genomen op deze manier geanalyseerd. Er is waargenomen dat atypische regio's gemiddeld ∼6% van elk genoom uitmaken. De meeste geclaimde HT's, evenals nieuwe, worden gedetecteerd. De oorsprong van putatieve DNA-overdrachten wordt gezocht onder ∼12 000 soorten. Donorsoorten worden voorgesteld en soms sterk gesuggereerd, rekening houdend met de gelijkenis van signatures. Onder de bestudeerde soorten zijn Bacillus subtilis, Haemophilus influenzae en Escherichia coli door veel auteurs onderzocht en bieden ze de mogelijkheid om een grondige vergelijking te maken van de meeste bio-informaticamethoden die worden gebruikt om HT's te detecteren.
|
Detectie en karakterisering van horizontale overdrachten in prokaryoten met behulp van genomische signatuur
|
bbvxu8op
|
Hoewel oligonucleotide probes complementair aan enkelvoudige nucleotidevariaties veelvuldig worden gebruikt in microarray-gebaseerde screenings voor genetische variatie, is er weinig bekend over de hybridisatie-eigenschappen van probes complementair aan kleine inserties en deleties. Het is noodzakelijk om de hybridisatie-eigenschappen van deze laatste probes te definiëren om de specificiteit en gevoeligheid van oligonucleotide microarray-gebaseerde mutatieanalyse van ziekte-gerelateerde genen te verbeteren. Hier vergelijken en contrasteren we de hybridisatie-eigenschappen van oligonucleotide microarrays bestaande uit 25mer probes complementair aan alle mogelijke enkelvoudige nucleotidevariaties en inserties, en één en twee base deleties in het 9168 bp coderende gebied van het ATM (ataxia telangiectasia mutated) gen. Meer dan 68 verschillende met kleurstof gelabelde enkelstrengs nucleïnezuur targets, representatief voor alle ATM coderende exons, werden toegepast op deze microarrays. We beoordelen de hybridisatiespecificiteit door de relatieve hybridisatiesignalen van probes perfect gematcht aan ATM sequenties te vergelijken met die met mismatches. Probes complementair aan twee base substituties vertoonden de hoogste gemiddelde specificiteit, gevolgd door die complementair aan enkelvoudige base substituties, enkelvoudige base deleties en enkelvoudige base inserties. In alle gevallen werd de hybridisatiespecificiteit sterk beïnvloed door de sequentiecontext en mogelijke intra- en intermoleculaire probe en/of target structuur. Verder vertoonden enkelvoudige nucleotidevariatie probes de meest consistente hybridisatiespecificiteit data, gevolgd door enkelvoudige base deleties, twee base deleties en enkelvoudige nucleotidevariatie inserties. Over het algemeen leveren deze studies waardevolle empirische data op die kunnen worden gebruikt om de hybridisatie-eigenschappen van insertie- en deletieprobes nauwkeuriger te modelleren en het ontwerp en de interpretatie van oligonucleotide microarray-gebaseerde resequencing en mutatieanalyse te verbeteren.
|
Vergelijking van substitutie-, insertie- en deletieprobes voor resequencing en mutatieanalyse met behulp van oligonucleotide microarrays
|
e62cfqt7
|
Met behulp van differentiële display RT-PCR identificeerden we een gen van 2750 bp uit de menselijke volwassen testis, genaamd H-Lse, dat codeert voor een putatief eiwit van 523 aminozuren en een moleculair gewicht van 58 kd met structurele kenmerken vergelijkbaar met die van muizen lysosoom siaalzuur-specifieke 9-O-acetylesterase. Northern blot analyse toonde een wijdverspreide distributie van H-Lse in verschillende menselijke weefsels met een hoge expressie in de testis, prostaat en colon. In situ hybridisatie resultaten toonden aan dat, terwijl H-Lse niet werd gedetecteerd in embryonale testis, positieve signalen werden gevonden in spermatocyten maar niet in spermatogonia in de volwassen testis van de mens. De subcellulaire lokalisatie van H-Lse werd gevisualiseerd door groen fluorescerend proteïne (GFP) gefuseerd aan de aminoterminus van H-Lse, wat compartimentalisatie van H-Lse in grote dense-core vesikels, vermoedelijk lysosomen, in het cytoplasma aantoonde. De ontwikkelingsgereguleerde en spermatogene stadia-specifieke expressie van H-Lse suggereert een mogelijke betrokkenheid bij de ontwikkeling van de testis en/of differentiatie van kiemcellen.
|
Een gen dat codeert voor een siaalzuur-specifieke 9-O-acetylesterase gevonden in de menselijke volwassen testis
|
4cvy9u28
|
ACHTERGROND: De biologische basis van pijn bij chronische pancreatitis is slecht begrepen. Mestcellen zijn in verband gebracht met de pathogenese van pijn bij andere aandoeningen. We veronderstelden dat mestcellen een rol spelen bij de pijn van chronische pancreatitis. We onderzochten de associatie van pijn met mestcellen in autopsie-specimens van patiënten met pijnlijke chronische pancreatitis. We verkenden onze hypothese verder met behulp van een experimenteel model van trinitrobenzolsulfonzuur (TNBS)-geïnduceerde chronische pancreatitis bij zowel wild type (WT) als mestcel deficiënte muizen (MCDM). METHODEN: Archiefweefsels met histologische diagnoses van chronische pancreatitis werden geïdentificeerd en klinische gegevens werden beoordeeld op aanwezigheid of afwezigheid van gerapporteerde pijn bij mensen. Mestcellen werden geteld. De aanwezigheid van pijn werd beoordeeld met behulp van von Frey-filamenten (VFF) om abdominale terugtrekresponsen te meten bij zowel WT als MCDM muizen met en zonder chronische pancreatitis. RESULTATEN: Mensen met pijnlijke chronische pancreatitis vertoonden een 3,5-voudige toename van pancreatische mestcellen in vergelijking met mensen met pijnloze chronische pancreatitis. WT-muizen met chronische pancreatitis waren significant gevoeliger, zoals beoordeeld door VFF-pijntesten van de buik, in vergelijking met MCDM. CONCLUSIE: Mensen met pijnlijke chronische pancreatitis hebben een verhoogd aantal pancreatische mestcellen in vergelijking met mensen met pijnloze chronische pancreatitis. MCDM zijn minder gevoelig voor mechanische stimulatie van de buik na inductie van chronische pancreatitis in vergelijking met WT. Mestcellen kunnen een belangrijke rol spelen in de pathogenese van pijn bij chronische pancreatitis.
|
De rol van mestcellen in de pathogenese van pijn bij chronische pancreatitis
|
zowp10ts
|
Virale recombinatie kan de evolutie en epidemiologie dramatisch beïnvloeden. Bij virussen hangt de recombinatiesnelheid af van de frequentie van genetische uitwisseling tussen verschillende virale genomen binnen een geïnfecteerde gastheercel en van de frequentie waarmee dergelijke co-infecties voorkomen. Hoewel de recombinatiesnelheid recent is geëvalueerd in experimenteel co-geïnfecteerde celculturen voor verschillende virussen, ontbreekt nog steeds een directe kwantificering op het meest biologisch significante niveau, namelijk dat van een gastheerinfectie. Deze studie vult deze leemte door het bloemkoolmozaïekvirus als model te gebruiken. We verdeelden vier neutrale markers langs het virale genoom en co-inoculeerden gastheerplanten met marker-bevattende en wild-type virussen. De frequentie van recombinante genomen werd 21 dagen na inoculatie geëvalueerd. Gemiddeld waren meer dan 50% van de virale genomen die na een enkele gastheerinfectie werden teruggevonden, recombinant, wat duidelijk aangeeft dat recombinatie zeer frequent is in dit virus. Schattingen van de recombinatiesnelheid tonen aan dat alle regio's van het genoom gelijkmatig door dit proces worden beïnvloed. Uitgaande van tien virale replicatiecycli tijdens ons experiment – gebaseerd op gegevens over de timing van de detectie van het coat-eiwit – lag de recombinatiesnelheid per base en replicatiecyclus in de orde van 2 × 10(−5) tot 4 × 10(−5). Deze eerste bepaling van een virale recombinatiesnelheid tijdens een enkele multicellulaire gastheerinfectie geeft aan dat recombinatie zeer frequent is in het dagelijkse leven van dit virus.
|
Recombinatie Elke Dag: Overvloedige Recombinatie in een Virus tijdens een Enkele Multicellulaire Gastheerinfectie
|
5dk231qs
|
mRNA pseudoknots hebben een stimulerende functie bij geprogrammeerde −1 ribosomale frameshifting (−1 PRF). Hoewel we eerder een model presenteerden voor hoe mRNA pseudoknots het mechanisme voor −1 PRF zouden kunnen activeren, ging dit niet in op de vraag naar de rol die ze kunnen spelen bij het positioneren van het mRNA ten opzichte van het ribosoom in dit proces [E. P. Plant, K. L. M. Jacobs, J. W. Harger, A. Meskauskas, J. L. Jacobs, J. L. Baxter, A. N. Petrov en J. D. Dinman (2003) RNA, 9, 168–174]. Een apart ‘torsionele restrictie’-model suggereert dat mRNA pseudoknots de fractie ribosomen die worden aangezet tot pauzeren met de upstream heptamerische ‘slippery site’ gepositioneerd op de A- en P-decoderingssites van het ribosoom, verhogen [J. D. Dinman (1995) Yeast, 11, 1115–1127]. Hier werden experimenten met een reeks ‘pseudo-pseudoknots’ met verschillende graden van rotatievrijheid gebruikt om dit model te testen. De resultaten van deze studie ondersteunen de mechanistische hypothese dat −1 ribosomale frameshifting wordt versterkt door torsionele weerstand van de mRNA pseudoknot.
|
Torsionele restrictie: een nieuwe draai aan frameshifting pseudoknots
|
snqdma0s
|
Hoewel er efficiënte methoden bestaan om synthetische oligonucleotiden samen te stellen tot genen en genomen, lijden deze aan de aanwezigheid van 1–3 willekeurige fouten/kb DNA. Hier introduceren we een nieuwe methode, consensus shuffling genaamd, en demonstreren we het gebruik ervan om willekeurige fouten in synthetisch DNA significant te reduceren. In deze methode worden fouten onthuld als mismatches door re-hybridisatie van de populatie. Het DNA wordt gefragmenteerd, en mismatched fragmenten worden verwijderd na binding aan een geïmmobiliseerd mismatch bindend eiwit (MutS). PCR-assemblage van de resterende fragmenten levert een nieuwe populatie van full-length sequenties op die verrijkt zijn voor de consensussequentie van de input populatie. We laten zien dat twee iteraties van consensus shuffling een populatie van synthetische green fluorescent protein (GFPuv) klonen verbeterden van ∼60% naar >90% fluorescerend, en fouten 3,5- tot 4,3-voudig verminderden tot eindwaarden van ∼1 fout per 3500 bp. Daarnaast corrigeerden twee iteraties van consensus shuffling een populatie van GFPuv klonen waarbij alle leden niet-functioneel waren, naar een populatie waarbij 82% van de klonen fluorescerend was. Consensus shuffling zou de snelle en accurate synthese van lange DNA-sequenties moeten vergemakkelijken.
|
Het corrigeren van fouten in synthetisch DNA door consensus shuffling
|
1pq6dkl5
|
Hoewel het algemeen aanvaard is dat intact RNA de beste representatie vormt van de steady-state van transcriptie, bestaat er geen gouden standaard om de RNA-kwaliteit te definiëren voorafgaand aan genexpressieanalyse. In dit rapport hebben we de betrouwbaarheid van conventionele methoden voor RNA-kwaliteitsbeoordeling, waaronder UV-spectroscopie en 28S:18S oppervlakteverhoudingen, geëvalueerd en hun inconsistentie aangetoond. Vervolgens hebben we twee nieuwe, vrij beschikbare classifiers, het Degradometer- en RIN-systeem, gebruikt om gebruikersonafhankelijke RNA-kwaliteitsmetrieken te produceren, gebaseerd op analyse van microcapillaire elektroforese traces. Beide leverden zeer informatieve en waardevolle gegevens op en de resultaten vertoonden een hoge correlatie, terwijl het RIN-systeem betrouwbaardere gegevens opleverde. De relevantie van de RNA-kwaliteitsmetrieken voor de beoordeling van genexpressieverschillen werd getest met Q-PCR, wat een significante afname liet zien van de relatieve expressie van genen in RNA-monsters van uiteenlopende kwaliteit, terwijl monsters van vergelijkbare, zelfs slechte integriteit, zeer vergelijkbaar bleken te zijn. We bespreken de gevolgen van deze observaties om de artefactische detectie van vals-positieve en vals-negatieve differentiële expressie als gevolg van RNA-integriteitsverschillen te minimaliseren, en stellen een schema voor voor de ontwikkeling van een standaard operationele procedure, met optionele registratie van RNA-integriteitsmetrieken in publieke opslagplaatsen van genexpressiedata.
|
Naar standaardisatie van RNA-kwaliteitsbeoordeling met behulp van gebruikersonafhankelijke classifiers van microcapillaire elektroforese traces
|
754nln40
|
De verhouding tussen de eiwitten P27 en replicase van Cocksfoot mottle virus (CfMV) wordt gereguleerd via een −1 geprogrammeerde ribosomale frameshift (−1 PRF). Een minimaal frameshift-signaal met een glibberige U UUA AAC heptameer en een stroomafwaartse stam-lusstructuur werd ingebracht in een duale reportervector en leidde tot −1 PRF met een efficiëntie van 14,4 ± 1,9% in gist en 2,4 ± 0,7% in bacteriën. De CfMV-sequentie die codeert voor P27 en die het minimale frameshift-signaal flankeert, veroorzaakte een ∼2-voudige toename in de −1 PRF-efficiënties, zowel in gist als in bacteriën. Naast de verwachte fusie-eiwitten werden in gistcellen terminatieproducten gevonden die putatief eindigen op de frameshift-plaats. We stellen voor dat de hoeveelheid voortijdige translatie-terminatie van controle-mRNA's een rol speelde bij het bepalen van de berekende −1PRF-efficiëntie. Co-expressie van CfMV P27 met de duale reportervector die het minimale frameshift-signaal bevatte, verminderde de productie van de stroomafwaartse reporter, terwijl co-expressie van replicase geen uitgesproken effect had. Deze bevinding stelt ons in staat voor te stellen dat CfMV-eiwit P27 de translatie op de frameshift-plaats kan beïnvloeden, maar het mechanisme moet nog worden opgehelderd.
|
Factoren die de translatie beïnvloeden op de geprogrammeerde −1 ribosomale frameshift-plaats van Cocksfoot mottle virus RNA in vivo
|
p34ezktf
|
In Australië zijn de vele en gevarieerde programma's die de volksgezondheid omvatten, vergeleken met andere ontwikkelde landen, voortdurend onvoldoende en onsystematisch gefinancierd gebleven, vooral gezien de hoeveelheid publiekelijk geuite politieke steun. In 2003 waren de belangrijkste ontwikkelingen in het volksgezondheidsbeleid op het gebied van bestrijding van infectieziekten te vinden op het gebied van SARS en vaccinfinanciering, terwijl de TGA zich richtte op de Pan Pharmaceutical-crisis. Programma's gericht op gezondheidsbehoud en gezond ouder worden werden goedgekeurd. Het tertiair onderwijs was betrokken bij de ontwikkeling van programma's voor de opleiding van de volksgezondheidswerkers en nieuwe professionele kwalificaties en competenties. Het Abelson-rapport kreeg steun van buitenlandse experts, wat een potentieel platform biedt voor oproepen tot verbetering van de nationale financiering van toekomstige Australische preventieve programma's; er bleven echter inconsistenties bestaan tussen alle jurisdicties in hun aanpak van nationale gezondheidsprioriteiten. Ondanks het feit dat 2004 een verkiezingsjaar was, was het volksgezondheidsbeleid niet zichtbaar, waarbij het grootste deel van de beschikbare financiering voor de volksgezondheid in de federale begroting van 2004/05 werd toegewezen aan het beheersen van opkomende risico's zoals vogelgriep. We concluderen door enkele implicaties voor de toekomst te suggereren.
|
Australisch volksgezondheidsbeleid in 2003 – 2004
|
l3z27806
|
GIDEON (Global Infectious Diseases and Epidemiology Network) is een webgebaseerd computerprogramma ontworpen voor ondersteuning bij besluitvorming en informatica op het gebied van geografische geneeskunde. De eerste van vier interactieve modules genereert een gerangschikte differentiële diagnose op basis van patiëntentekens, symptomen, blootstellingsgeschiedenis en land van ziekteverwerving. Aanvullende opties omvatten syndromische ziektebewaking en simulatie van bioterrorismescenario's. De tweede module biedt toegang tot gedetailleerde en actuele informatie over de status van 338 individuele ziekten in elk van de 220 landen. Meer dan 50.000 ziektebeelden, kaarten en door de gebruiker ontworpen grafieken kunnen worden gedownload voor gebruik in het onderwijs en de voorbereiding van schriftelijk materiaal. De derde module is een uitgebreide bron over het gebruik van 328 anti-infectieuze geneesmiddelen en vaccins, inclusief een lijst van meer dan 9.500 internationale handelsnamen. De vierde module kan worden gebruikt om elke bacterie of gist te karakteriseren of te identificeren, op basis van het laboratoriumfenotype. GIDEON is een actuele en uitgebreide bron voor geografische geneeskunde.
|
GIDEON: een uitgebreide webgebaseerde bron voor geografische geneeskunde
|
yz2wbpuu
|
Deze eerste editorial van Globalisering en Gezondheid introduceert het tijdschrift, schetst kort de doelen en objectieven en beschrijft de reikwijdte van de onderwerpen. ‘Open Access’ publicatie zal naar verwachting een steeds belangrijker formaat worden voor peer-reviewed academische tijdschriften en het is passend dat Globalisering en Gezondheid ‘Open Access’ is. De redenatie achter het opstarten van een tijdschrift gewijd aan globalisering en gezondheid is drieledig: Ten eerste: Globalisering hertekent de sociale geografie waarin we zouden kunnen streven naar het creëren van gezondheid of het voorkomen van ziekte. De determinanten van gezondheid – of het nu een SARS-virus is of een voorliefde voor vet voedsel – zijn ons gevolgd in onze wereldwijde mobiliteit. Gedreven door economische liberalisering en veranderende technologieën, zal het fenomeen ‘toegang’ waarschijnlijk in toenemende mate de zich ontvouwende ervaring van menselijke ziekte en welzijn domineren. Ten tweede: Het begrijpen van globalisering als onderwerp vereist bepaalde maatstaven en indicatoren van de successen en mislukkingen ervan. Gezondheid is zo’n indicator. Het is een marker van sociale infrastructuur en sociale welvaart en kan als zodanig worden gebruikt om een alarm te slaan of een overwinningskreet te laten horen naarmate onze onderlinge verbondenheid de populaties die we bedienen schaadt en geneest. En ten slotte: In zoverre globalisering een effect kan hebben op de gezondheid, is het ook waar dat gezondheid en ziekte een effect hebben op globalisering, zoals blijkt uit het bestaan van quarantainewetten en de verwoestende economische effecten van de aids-pandemie. Een evenwichtige kijk zou stellen dat de effecten van globalisering op de gezondheid (en gezondheidssystemen) noch universeel goed noch slecht zijn, maar veeleer context specifiek. Als de dialoog over globalisering in welke richting dan ook moet worden gestuurd of bevooroordeeld, dan moet het deze zijn: dat we de armen eerst overwegen.
|
Globalisering en Gezondheid
|
kvhoa2se
|
In sommige Candida-soorten wordt de universele CUG-leucinecodon vertaald als serine. In de meeste gevallen accepteren de serine-tRNA's die verantwoordelijk zijn voor deze niet-universele decodering (tRNA(Ser)CAG) echter *in vitro* niet alleen serine, maar ook, tot op zekere hoogte, leucine. Nucleotide-vervangings experimenten wezen uit dat m1G37 cruciaal is voor leucyleringsactiviteit. Deze bevinding werd ondersteund door het feit dat de tRNA(Ser)CAG's met leucyleringsactiviteit altijd m1G37 hebben, terwijl die van *Candida cylindracea*, die geen leucyleringsactiviteit bezit, A37 heeft. Kwantificering van gedefinieerde aminoacetylerende tRNA's in cellen toonde aan dat 3% van de tRNA(Ser)CAG's met m1G37 *in vivo* daadwerkelijk geladen waren met leucine. Een genetische aanpak met behulp van een auxotrofe mutant van *C. maltosa* met dit type tRNA(Ser)CAG suggereerde ook dat het URA3-gen, geïnactiveerd door de vertaling van CUG als serine, werd gered door een geringe incorporatie van leucine in het polypeptide, wat aantoonde dat de tRNA geladen met meerdere aminozuren kon deelnemen aan de translatie. Deze bevindingen leveren het eerste bewijs dat twee verschillende aminozuren worden toegewezen door één codon, wat van nature voorkomt in het translatieproces van bepaalde Candida-soorten. We noemen dit nieuwe type codon een 'polyseem codon'.
|
De 'polyseme' codon – een codon met meerdere aminozuur-toewijzingen veroorzaakt door dubbele specificiteit van tRNA-identiteit.
|
cgl34ykt
|
Op dit moment bestaat er geen twijfel dat RNA-recombinatie een van de belangrijkste factoren is die verantwoordelijk is voor de generatie van nieuwe RNA-virussen en retrovirussen. Talrijke experimentele systemen zijn gecreëerd om dit complexe fenomeen te onderzoeken. Bijgevolg zijn specifieke RNA-structurele motieven die recombinatie mediëren geïdentificeerd in verschillende virussen. Helaas is tot op heden geen uniform model van genetische RNA-recombinatie geformuleerd, voornamelijk vanwege moeilijkheden met de directe vergelijking van gegevens verkregen voor verschillende RNA-gebaseerde virussen. Om dit probleem op te lossen, hebben we geprobeerd een universeel systeem te construeren waarin de recombinatieactiviteit van verschillende RNA-sequenties getest kan worden. Daartoe hebben we brome mosaic virus gebruikt, een model (+)RNA-virus van planten, waarvoor de structurele vereisten van RNA-recombinatie goed gedefinieerd zijn. De effectiviteit van het nieuwe homomoleculaire systeem is aangetoond in een experiment met twee RNA-sequenties afkomstig van het hepatitis C virus genoom. Daarnaast heeft vergelijking van de verkregen gegevens met het homomoleculaire systeem met die eerder gegenereerd met het heteromoleculaire systeem nieuw bewijs geleverd dat de mechanismen van homologe en niet-homologe recombinatie verschillend zijn en afhangen van de replicatiemodus van het virus.
|
Een universeel BMV-gebaseerd RNA-recombinatiesysteem—hoe algemene regels in RNA-recombinatie te zoeken
|
ajlctjeb
|
ACHTERGROND: Zoogdierreovirussen infecteren hun gastheren van nature via de enterale en respiratoire tractus. Tijdens enterale infecties wordt de proteolyse van het reovirus-buitenste capside-eiwit σ3 gemedieerd door pancreatische serine proteasen. Daarentegen zijn de proteasen die essentieel zijn voor reovirusreplicatie in de longen onbekend. Neutrofiele elastase (NE) is een zuuronafhankelijke, inflammatoire serine protease die voornamelijk wordt geproduceerd door neutrofielen. Naast zijn normale rol in de microbiële afweer, is een afwijkende expressie van NE betrokken bij de pathogenese van het acute respiratoire distress syndroom (ARDS). Omdat reovirusreplicatie in knaagdierlongen ARDS-achtige symptomen veroorzaakt en een infiltratie van neutrofielen induceert, hebben we het vermogen van NE om reovirus virion ontmanteling te bevorderen onderzocht. RESULTATEN: De humane promonocytencellijn U937 exprimeert NE. Behandeling van U937-cellen met de breedspectrum cysteine-protease-remmer E64 [trans-epoxysuccinyl-L-leucylamido-(4-guanidino)butaan] en met middelen die de vesiculaire pH verhogen, remde de reovirusreplicatie niet. Zelfs wanneer deze remmers in combinatie werden gebruikt, repliceerde reovirus tot significante opbrengsten, wat aangeeft dat een zuuronafhankelijke, niet-cysteine protease in staat was om reovirus ontmanteling te mediëren in U937-celculturen. Om de verantwoordelijke protease(s) te identificeren, werden U937-cellen behandeld met phorbol 12-myristaat 13-acetaat (PMA), een middel dat cellulaire differentiatie induceert en resulteert in een verminderde expressie van zuuronafhankelijke serine proteasen, waaronder NE en cathepsine (Cat) G. In de aanwezigheid van E64 repliceerde reovirus niet efficiënt in PMA-behandelde cellen. Om de rol van NE bij reovirusinfectie van U937-cellen direct te beoordelen, hebben we de virale groei onderzocht in de aanwezigheid van N-Ala-Ala-Pro-Val chloormethylketon, een NE-specifieke remmer. Reovirusreplicatie in de aanwezigheid van E64 werd significant verminderd door behandeling van cellen met de NE-remmer. Incubatie van vironen met gezuiverde NE resulteerde in de generatie van infectieuze subviron-deeltjes die geen extra intracellulaire proteolyse vereisten. CONCLUSIE: Onze bevindingen onthullen dat NE reovirusinfectie kan faciliteren. Het feit dat dit gebeurt in de aanwezigheid van middelen die de vesiculaire pH verhogen, ondersteunt een model waarin de behoefte aan zure pH tijdens infectie de omstandigheden weerspiegelt die nodig zijn voor optimale protease-activiteit. Het vermogen van reovirus om NE te exploiteren kan van invloed zijn op de virale replicatie in de longen en andere weefsels tijdens natuurlijke infecties.
|
Neutrofiele elastase, een zuuronafhankelijke serine protease, faciliteert reovirus ontmanteling en infectie in U937 promonocytencellen
|
cl9gpt9w
|
De invloed van vergrendelde nucleïnezuur (LNA) residuen op de thermodynamische eigenschappen van 2′-O-methyl RNA/RNA heteroduplexen wordt gerapporteerd. Optische smeltstudies geven aan dat LNA, opgenomen in een anderszins 2′-O-methyl RNA oligonucleotide, gewoonlijk, maar niet altijd, de stabiliteit van complementaire duplexen gevormd met RNA verhoogt. Verschillende trends zijn duidelijk, waaronder: (i) een 3′ terminale U LNA en 5′ terminale LNA's zijn minder stabiliserend dan interne en andere 3′ terminale LNA's; (ii) het grootste deel van de stabiliteitsverbetering wordt bereikt wanneer LNA nucleotiden gescheiden zijn door minstens één 2′-O-methyl nucleotide; en (iii) de effecten van LNA substituties zijn ongeveer additief wanneer de LNA nucleotiden gescheiden zijn door minstens één 2′-O-methyl nucleotide. Een vergelijking wordt voorgesteld om de stabiliteit van complementaire duplexen gevormd met RNA te benaderen wanneer minstens één 2′-O-methyl nucleotide LNA nucleotiden scheidt. De sequentie-afhankelijkheid van 2′-O-methyl RNA/RNA duplexen lijkt vergelijkbaar te zijn met die van RNA/RNA duplexen, en voorlopige nearest-neighbor vrije energie-incrementen bij 37°C worden gepresenteerd voor 2′-O-methyl RNA/RNA duplexen. Interne mismatches met LNA nucleotiden destabiliseren duplexen met RNA significant.
|
De invloed van vergrendelde nucleïnezuurresiduen op de thermodynamische eigenschappen van 2′-O-methyl RNA/RNA heteroduplexen
|
t40ybhgb
|
Het sequencen van pathogeengenomen is kostbaar en vereist een zorgvuldige toewijzing van beperkte sequencingresources. We hebben een computationele Sequencing Analyse Pipeline (SAP) gebouwd om beslissingen te begeleiden met betrekking tot de hoeveelheid genoomsequencing die nodig is voor de ontwikkeling van hoogwaardige diagnostische DNA- en eiwitsignaturen. SAP gebruikt simulaties om het aantal te targeten genomen en nauw verwante fylogenetische verwanten (nabije buren of NN's) te schatten die moeten worden gesequenced. We gebruiken SAP om te beoordelen of ontwerpgegevens voldoende zijn of dat afgewerkte sequencing vereist is, met behulp van Marburg- en variolavirussensequenties. Simulaties geven aan dat ontwerpgegevens van gemiddelde tot hoge kwaliteit met foutpercentages van 10(−3)–10(−5) (ongeveer 8× dekking) van doelorganismen geschikt zijn voor DNA-signatuurvoorspelling. Ontwerpgegevens van lage kwaliteit met foutpercentages van ongeveer 1% (3× tot 6× dekking) van doelisolaten zijn ontoereikend voor DNA-signatuurvoorspelling, hoewel ontwerpgegevens van lage kwaliteit van NN's voldoende zijn, zolang de doelgenomen van hoge kwaliteit zijn. Voor eiwitsignatuurvoorspelling verminderen sequentiefouten in doelgenomen de detectie van aminozuursequentieconservering aanzienlijk, zelfs als het ontwerp van hoge kwaliteit is. Samenvattend lijkt een ontwerp van hoge kwaliteit van het doelwit en een ontwerp van lage kwaliteit van NN's een kosteneffectieve investering te zijn voor DNA-signatuurvoorspelling, maar kan dit leiden tot een onderschatting van voorspelde eiwitsignaturen.
|
Ontwerp versus afgewerkte sequentiegegevens voor de ontwikkeling van DNA- en eiwitdiagnostische signaturen
|
zwbc7nnn
|
ACHTERGROND: Epitopen kunnen worden gedefinieerd als de moleculaire structuren die binden aan specifieke receptoren, die worden herkend tijdens immuunresponsen. Het Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB) project zal informatie over antilichaam- en T-cellepitopen catalogiseren en organiseren van infectieuze pathogenen, experimentele antigenen en zelfantigenen, met prioriteit voor NIAID categorie A-C pathogenen () en opkomende/heropkomende infectieziekten. Zowel intrinsieke structurele en fylogenetische kenmerken, als informatie met betrekking tot de interacties van de epitopen met het immuunsysteem van de gastheer zullen worden gecatalogiseerd. BESCHRIJVING: Om de informatie met betrekking tot immuune epitopen effectief te representeren en te communiceren, is een formele ontologie ontwikkeld. De semantiek van het epitope domein en gerelateerde concepten werden vastgelegd als een hiërarchie van klassen, die de algemene en gespecialiseerde relaties tussen de verschillende concepten representeren. Een complete lijst van klassen en hun eigenschappen is te vinden op . CONCLUSIE: De ontologie van de IEDB is de eerste ontologie die specifiek is ontworpen om zowel intrinsieke chemische en biochemische informatie met betrekking tot immuune epitopen vast te leggen als informatie met betrekking tot de interactie van deze structuren met moleculen afkomstig van het immuunsysteem van de gastheer. We verwachten dat de ontwikkeling van dit type ontologie en bijbehorende databases een rigoureuze beschrijving van gegevens met betrekking tot immuune epitopen zal vergemakkelijken, en uiteindelijk kan leiden tot volledig nieuwe methoden voor het beschrijven en modelleren van immuunresponsen.
|
Een ontologie voor immuune epitopen: toepassing op het ontwerp van een breed toepasbare database van immuunreactiviteiten
|
1r65yam5
|
ACHTERGROND: Zalmvisoorten behoren tot de meest bestudeerde modelvissoorten, maar er ontbreekt verslaggeving over een systematische evaluatie van referentiegenen in qRT-PCR studies. RESULTATEN: De stabiliteit van zes potentiële referentiegenen werd onderzocht in acht weefsels van Atlantische zalm (Salmo salar) om de meest geschikte genen te bepalen voor gebruik in kwantitatieve real-time RT-PCR analyses. De relatieve transcriptieniveaus van genen die coderen voor 18S rRNA, S20 ribosomaal eiwit, β-actine, glyceraldehyde-3P-dehydrogenase (GAPDH), en twee paraloge genen die coderende elongatie factor 1A (EF1A(A) en EF1A(B)) werden gekwantificeerd in kieuwen, lever, kopnier, milt, thymus, hersenen, spieren en achterste darm bij zes onbehandelde volwassen vissen, naast een groep individuen die smoltificatie ondergingen. Gebaseerd op berekeningen uitgevoerd met de geNorm VBA applet, die de meest stabiele genen bepaalt uit een set geteste genen in een gegeven cDNA monster, was de rangorde van de onderzochte genen in volwassen Atlantische zalm EF1A(B)>EF1A(A)>β-actine>18S rRNA>S20>GAPDH. Toen dezelfde berekeningen werden uitgevoerd op een totaal van 24 individuen uit vier stadia in het smoltificatieproces (presmolt, smolt, gesmoltificeerde zeewater en desmoltificeerde zoetwater), was de genrangorde EF1A(B)>EF1A(A)>S20>β-actine>18S rRNA>GAPDH. CONCLUSIE: Over het algemeen suggereert dit werk dat de EF1A(A) en EF1A(B) genen bruikbaar kunnen zijn als referentiegenen in qRT-PCR onderzoek naar genexpressie in de Atlantische zalm.
|
Evaluatie van potentiële referentiegenen in real-time RT-PCR studies van Atlantische zalm
|
oa4lzkru
|
Zoönosen, ziekten die van dieren op mensen overspringen, vormen een groeiend gezondheidsprobleem wereldwijd. Het begrijpen van hun oorzaken en hun effecten op mensen is daarom een belangrijk onderwerp geworden voor de mondiale volksgezondheid.
|
Woeste wezens
|
qva0jt86
|
ACHTERGROND EN METHODEN: Humaan metapneumovirus (hMPV) is een recent ontdekt respiratoir virus geassocieerd met bronchiolitis, pneumonie, kruip en exacerbaties van astma. Aangezien respiratoire virussen frequent worden gedetecteerd bij patiënten met acute exacerbaties van COPD (AE-COPD), was het ons doel om de frequentie van hMPV-detectie te onderzoeken in een prospectieve cohort van gehospitaliseerde patiënten met AE-COPD in vergelijking met patiënten met stabiele COPD en rokers zonder COPD middels kwantitatieve real-time RT-PCR. RESULTATEN: We analyseerden nasale lavage en geïnduceerd sputum van 130 patiënten met AE-COPD, 65 patiënten met stabiele COPD en 34 rokers zonder COPD. HMPV werd gedetecteerd bij 3/130 (2,3%) AE-COPD patiënten met een gemiddelde van 6,5 × 10(5) virale kopieën/ml in nasale lavage en 1,88 × 10(5) virale kopieën/ml in geïnduceerd sputum. Het werd niet gevonden bij patiënten met stabiele COPD of rokers zonder COPD. CONCLUSIE: HMPV wordt slechts bij een zeer klein aantal patiënten met AE-COPD gevonden. Het dient echter beschouwd te worden als een mogelijke verdere virale trigger van AE-COPD omdat asymptomatische dragerschap onwaarschijnlijk is.
|
Relevantie van humaan metapneumovirus bij exacerbaties van COPD
|
vw8xjo9t
|
Het BIG-project bekijkt enkele van de ethische bezorgdheden rond globalisering en gezondheid.
|
Bio-ethische implicaties van globalisering: Een internationaal consortiumproject van de Europese Commissie
|
bnnl700a
|
ACHTERGROND: Deze studie had als doel informatie te verschaffen over de bekendheid met de toerekenbare fractie van kanker oorzaken onder de Japanse algemene bevolking. METHODEN: Een landelijk representatieve steekproef van 2000 Japanners van 20 jaar of ouder werd ondervraagd over hun perceptie en bezorgdheid over verschillende omgevings- en genetische risicofactoren in relatie tot kankerpreventie, als onderdeel van een Omnibus-enquête. Interviews werden afgenomen bij 1355 personen (609 mannen en 746 vrouwen). RESULTATEN: Onder 12 kandidaat-risicofactoren werd de toerekenbare fractie van kanker veroorzakende virale en bacteriële infecties als hoogst beschouwd (51%), gevolgd door die van tabaksroken (43%), stress (39%) en hormoonontregelende chemicaliën (37%). Aan de andere kant werden de toerekenbare fracties van kanker door verbrand vis en vlees (21%) en alcoholgebruik (22%) als laag beschouwd in vergelijking met andere kandidaat-risicofactoren. Voor de meeste risicofactoren waren de antwoorden over de toerekenbare fractie hoger bij vrouwen dan bij mannen. Over het geheel genomen gaven de respondenten de neiging om met hogere waarden te antwoorden dan die geschat door epidemiologisch bewijs in het Westen. De toerekenbare fractie van kanker waarvan wordt vermoed dat deze genetisch bepaald is, was 32%, terwijl 36% van de kanker als voorkombaar werd beschouwd door verbetering van de levensstijl. CONCLUSIE: Onze resultaten suggereren dat het bewustzijn van de toerekenbare fractie van kanker oorzaken in de Japanse algemene bevolking de neiging heeft om gedomineerd te worden door kanker veroorzakende infecties, beroepsmatige blootstelling, luchtvervuiling en voedingsadditieven in plaats van belangrijke levensstijfactoren zoals voeding.
|
Kennis van risicofactoren voor kanker onder de Japanse algemene bevolking: Een bevolkingsonderzoek
|
m71xkuo9
|
ACHTERGROND: De ontwikkeling van een praktisch gen point-of-care test apparaat (g-POCT apparaat) vereist innovatieve detectiemethoden om de resultaten van de genamplificatiereactie aan te tonen zonder dure apparatuur te gebruiken. We hebben een nieuwe methode bestudeerd voor de sequentie-specifieke visuele detectie van minuscule hoeveelheden nucleïnezuren met behulp van een precipitatiereactie door toevoeging van kationische polymeren aan ampliconen van Loop-mediated isothermal Amplification (LAMP). RESULTATEN: Oligo DNA-probes gelabeld met verschillende fluorescerende kleurstoffen werden bereid voor meerdere nucleïnezuurtemplates, en de templates werden geamplificeerd door de LAMP-reacties onder aanwezigheid van de probes. Na voltooiing van de LAMP-reactie werd een optimale hoeveelheid polyethyleenimine (PEI) met laag molecuulgewicht toegevoegd, resulterend in de precipitatie van het onoplosbare LAMP-amplicon-PEI complex. De fluorescerend gelabelde Oligo DNA-probes die gehybridiseerd waren met het LAMP-product werden opgenomen in de precipitatie, en het precipitaat zond fluorescentie uit die overeenkwam met de geamplificeerde nucleïnezuurtemplates. De kleur van de uitgezonden fluorescentie kan gemakkelijk met het blote oog worden gedetecteerd op een conventionele UV-illuminator. CONCLUSIE: De aanwezigheid of afwezigheid van een minuscule hoeveelheid nucleïnezuurtemplates kon op een eenvoudige manier worden gedetecteerd door visuele beoordeling van de kleur van het LAMP-amplicon-PEI complex precipitaat. We concluderen dat deze detectiemethode de ontwikkeling van een klein en eenvoudig g-POCT apparaat kan vergemakkelijken.
|
Sequentie-specifieke visuele detectie van LAMP-reacties door toevoeging van kationische polymeren
|
s64v656n
|
Illegaal drugsmisbruik en HIV/AIDS zijn de afgelopen 10 tot 20 jaar snel toegenomen in China. Dit artikel bespreekt drugsmisbruik in China, de HIV/AIDS-epidemie en het verband met injecterend drugsgebruik (IDU), en het Chinese beleid ten aanzien van illegaal drugsmisbruik en preventie van HIV/AIDS op basis van gepubliceerde literatuur en niet-gepubliceerde officiële gegevens. Als een belangrijk doorvoerland voor drugs met bronnen in de "Gouden Driehoek" en de "Gouden Halvemaan" in Azië, is China ook een steeds belangrijkere drugsconsumerende markt geworden. Ongeveer de helft van de 1,14 miljoen geregistreerde drugsgebruikers in China injecteert, en velen delen naalden. IDU heeft tot nu toe bijgedragen aan 42% van de cumulatief gemelde HIV/AIDS-gevallen. Drugshandel is illegaal in China en kan leiden tot de doodstraf. De openbare veiligheidsdiensten hanteren een "nultolerantie"-aanpak ten aanzien van drugsgebruik, wat conflictueert met de schadebeperkingsbeleid van de volksgezondheidsdiensten. Eerdere ervaringen in China suggereren dat het alleen maar hard optreden tegen drugsmokkel en het verbieden van drugsgebruik niet alle problemen met betrekking tot illegale drugs in het tijdperk van globalisering kan voorkomen of oplossen. De afgelopen jaren heeft de centrale regering een reeks pragmatische beleidsmaatregelen uiteengezet om schadebeperkingsprogramma's te stimuleren; tegelijkertijd hebben sommige lokale overheden zich niet volledig ingezet om drugsmisbruik en HIV/AIDS-problemen serieus aan te pakken. Het versterken van het leiderschap van de overheid op zowel centraal als lokaal niveau; het opschalen van methadon-substitutie- en naalduitwisselingsprogramma's; het beschikbaar en betaalbaar maken van vrijwillige HIV-counseling en -testen voor zowel stedelijke als landelijke drugsgebruikers; en het vergroten van het gebruik van outreach- en niet-gouvernementele organisaties worden aangeboden als aanvullende strategieën om het HIV- en drugsmisbruikprobleem in China aan te pakken.
|
Injecterend drugsgebruik en HIV/AIDS in China: Overzicht van de huidige situatie, preventie en beleidsimplicaties
|
oluq7v0h
|
Neutralisatie van Westnijlvirus (WNV) in vivo correleert met de ontwikkeling van een antilichaamrespons tegen het virale envelop (E) eiwit. Met behulp van willekeurige mutagenese en gist-oppervlakteweergave, hebben we individuele contactresiduen gedefinieerd van 14 nieuw gegenereerde monoklonale antilichamen tegen domein III van het WNV E-eiwit. Monoklonale antilichamen die WNV sterk neutraliseerden, lokaliseerden zich naar een oppervlaktepatch op het laterale vlak van domein III. Convalescente antilichamen van individuen die hersteld waren van een WNV-infectie detecteerden dit epitoop ook. Eén monoklonaal antilichaam, E16, neutraliseerde 10 verschillende stammen in vitro en vertoonde therapeutische werkzaamheid bij muizen, zelfs wanneer het werd toegediend als een enkele dosis 5 dagen na infectie. Een gehumaniseerde versie van E16 werd gegenereerd die de antigeenspezifiteit, aviditeit en neutraliserende activiteit behield. In post-exposititherapeutische studies bij muizen beschermde een enkele dosis gehumaniseerd E16 muizen tegen WNV-geïnduceerde mortaliteit en kan daarom een haalbare behandelingsoptie zijn tegen WNV-infectie bij mensen. AANVULLENDE INFORMATIE: De online versie van dit artikel (doi:10.1038/nm1240) bevat aanvullend materiaal, dat beschikbaar is voor geautoriseerde gebruikers.
|
Ontwikkeling van een gehumaniseerd monoklonaal antilichaam met therapeutisch potentieel tegen Westnijlvirus
|
tw6wusxe
|
ACHTERGROND: Huidige nationale voorbereidingsplannen vereisen dat lokale gezondheidsdiensten een integrale rol spelen bij het reageren op een influenza-pandemie, een grote bedreiging voor de volksgezondheid die door de Wereldgezondheidsorganisatie is omschreven als "onvermijdelijk en mogelijk imminent". Om de percepties van medewerkers van de lokale volksgezondheid ten aanzien van de respons op een influenza-pandemie te begrijpen, hebben we van maart tot juli 2005 een enquête gehouden onder 308 medewerkers van drie gezondheidsdiensten in Maryland naar factoren die hun vermogen en bereidheid om in een dergelijk geval hun plicht te doen, kunnen beïnvloeden. RESULTATEN: De gegevens suggereren dat bijna de helft van de medewerkers van de lokale gezondheidsdienst waarschijnlijk niet naar hun werk zal komen tijdens een pandemie. De aangegeven waarschijnlijkheid om naar het werk te komen was significant groter voor klinisch personeel (Multivariate OR: 2,5; BI 1,3–4,7) dan voor technisch en ondersteunend personeel, en de perceptie van het belang van iemands rol in de algehele respons van de organisatie was de belangrijkste factor die geassocieerd was met de bereidheid om te komen werken (Multivariate OR: 9,5; BI 4,6–19,9). CONCLUSIE: Het waargenomen risico onder medewerkers van de volksgezondheid bleek geassocieerd te zijn met verschillende factoren die niet direct verband houden met het daadwerkelijke gevaar van deze gebeurtenis. Deze risicopereptiemodificatoren en de geïdentificeerde kennislacunes vormen barrières voor de respons op een influenza-pandemie en moeten specifiek worden aangepakt om een effectieve lokale respons op deze aanzienlijke bedreiging mogelijk te maken.
|
Percepties van medewerkers van de lokale volksgezondheid ten aanzien van het reageren op een influenza-pandemie
|
58czem0j
|
ACHTERGROND: Zoals een aantal commentatoren hebben opgemerkt, legde SARS de kwetsbaarheden van onze gezondheidszorgsystemen en bestuursstructuren bloot. Gezondheidszorgprofessionals (HCP's) en ziekenhuissystemen die het zwaarst getroffen werden door de SARS-uitbraak, worstelen nog steeds met de nasleep van de crisis. HCP's – zowel in de klinische zorg als in de volksgezondheid – werden inderdaad zwaar op de proef gesteld door SARS. Hun vaardigheden en expertise werden ongekend zwaar belast, en hun persoonlijke toewijding aan hun beroep werd ernstig op de proef gesteld. Velen werden blootgesteld aan een ernstig risico op morbiditeit en mortaliteit, zoals blijkt uit de cijfers van de Wereldgezondheidsorganisatie die laten zien dat ongeveer 30% van de gemelde gevallen onder HCP's vielen, van wie sommigen stierven aan de infectie. Ondanks deze uitdaging zwijgen professionele gedragscodes over de kwestie van de plicht tot zorg tijdens uitbraken van overdraagbare ziekten, waardoor geen richtlijnen worden gegeven over wat van HCP's wordt verwacht of hoe zij hun plicht tot zorg moeten benaderen in het licht van risico's. DISCUSSIE: Na SARS en met het spook van een pandemie van vogelgriep is het noodzakelijk dat we de verplichtingen van HCP's ten aanzien van patiënten met ernstige infectieziekten opnieuw overwegen, met name ziekten die risico's vormen voor degenen die zorg verlenen. Het is van cruciaal belang dat organisaties die HCP's vertegenwoordigen, duidelijk aangeven welke zorgstandaard van hun leden wordt verwacht in het geval van een pandemie. In dit artikel behandelen we de kwestie van de bijzondere verplichtingen van HCP's tijdens een uitbraak van een infectieziekte. We betogen dat er een dringende behoefte is om de rechten en verantwoordelijkheden van HCP's in de huidige context van de voorbereiding op een pandemie van griep te verduidelijken, en dat deze rechten en verantwoordelijkheden moeten worden vastgelegd in professionele gedragscodes. Ten slotte presenteren we een korte historische beschrijving van de behandeling van de plicht tot zorg in professionele gedragscodes in de gezondheidszorg. SAMENVATTING: Een eerlijke en kritische analyse van de rol van HCP's tijdens uitbraken van overdraagbare ziekten is nodig om richtlijnen te geven met betrekking tot professionele rechten en verantwoordelijkheden, evenals ethische plichten en verplichtingen. Met dit artikel hopen we het sociale debat te openen en het publieke debat over deze steeds dringender wordende kwestie te bevorderen.
|
Over pandemieën en de plicht tot zorg: wiens plicht? wie zorgt?
|
x7wg7e9s
|
Het antikankerpotentieel van catechinen afkomstig uit groene thee is niet goed begrepen, gedeeltelijk omdat catechine-gerelateerde groeiremming en/of apoptose lijkt te variëren met het type en stadium van maligniteit, evenals met het type catechine. Deze in-vitro studie onderzocht de biologische effecten van epicatechine (EC), epigallocatechine (EGC), EC 3-gallaat (ECG) en EGC 3-gallaat (EGCG) in cellijnen van humane geslachtspecifieke kankers. Cellijnen ontwikkeld uit orgaan-geconfineerde (HH870) en metastatische (DU145) prostaatkanker, en uit matig (HH450) en slecht gedifferentieerde (HH639) epitheliale ovariumkanker werden gekweekt met of zonder EC, EGC, ECG of EGCG. Toen onbehandelde cellen confluentie bereikten, werden de levensvatbaarheid en de verdubbelingstijd gemeten voor behandelde en onbehandelde cellen. Terwijl EC-behandeling de proliferatie van HH639-cellen met 50% verminderde, onderdrukte EGCG de proliferatie van alle cellijnen met 50%. ECG was nog krachtiger: het remde DU145, HH870, HH450 en HH639 cellen bij concentraties van 24, 27, 29 en 30 µM, terwijl EGCG DU145, HH870, HH450 en HH639 cellen remde bij concentraties van 89, 45, 62 en 42 µM. Vergeleken met EGCG, onderdrukt ECG effectiever de groei van prostaatkanker en epitheliale ovariumkankercellijnen afkomstig van tumoren van patiënten met verschillende ziekte stadia.
|
Gepurificeerde Epicatechinen uit Groene Thee (Camellia sinensis) Onderdrukken de Groei van Geslachtsafhankelijke Humane Kankercellijnen Differentieel
|
utglk4af
|
ACHTERGROND: Patiënten met chronisch obstructieve longziekte (COPD) kunnen 'exacerbaties' van hun aandoening ervaren. Een exacerbatie is een gebeurtenis die wordt gedefinieerd aan de hand van subjectieve beschrijvingen of symptomen, namelijk kortademigheid, hoest en sputum die voldoende verergeren om een verandering in medisch management te rechtvaardigen. Er is behoefte aan betrouwbare markers die de pathologische mechanismen weerspiegelen die ten grondslag liggen aan de ernst van de exacerbatie en die kunnen worden gebruikt als surrogaat om de effecten van de behandeling in klinische studies te beoordelen. Er is weinig bekend over hoe bestaande studievariabelen en voorgestelde markers veranderen in zowel de stabiele als de exacerbatiefase van COPD. In een poging om de beste surrogaten voor exacerbaties te vinden, hebben we de literatuur bestudeerd om te identificeren welke van deze markers op een consistente manier veranderen met de ernst van de exacerbatiegebeurtenis. METHODEN: We hebben tussen 1966 en juli 2004 standaarddatabases doorzocht met behulp van belangrijke trefwoorden en termen. Studies die demografische gegevens, spirometrie, potentiële markers en duidelijke inclusiecriteria bevatten, zijn opgenomen in deze studie. Centrale tendenties en spreidingen voor alle variabelen en markers die door ons zijn gerapporteerd en verzameld, werden eerst getabelleerd volgens steekproefomvang en ATS/ERS 2004 Exacerbatie Ernst Niveaus I tot en met III criteria. Vanwege de mogelijke gelijkenis van patiënten in Niveaus II en III, werden de gegevens ook opnieuw gedefinieerd in categorieën van exacerbaties, namelijk ambulant (Niveau I) en klinisch (Niveaus II & III gecombineerd). Voor beide benaderingen hebben we een fixed effect meta-analyse uitgevoerd op elk van de gerapporteerde variabelen. RESULTATEN: We hebben in totaal 268 studies opgenomen die tussen 1979 en juli 2004 zijn gerapporteerd. Deze studies onderzochten 142.407 patiënten met COPD. De arteriële koolzuurspanning en de ademhalingsfrequentie verschilden statistisch significant tussen alle niveaus van exacerbatie ernst en tussen ambulante en klinische settings. De meeste andere metingen vertoonden zwakke relaties met het niveau of de setting, of er waren onvoldoende gegevens om een meta-analyse mogelijk te maken. CONCLUSIE: Arteriële koolzuurspanning en ademhalingsfrequentie varieerden op een consistente manier met de ernst van de exacerbatie en de patiëntsetting. Veel andere metingen vertoonden zwakke correlaties die verder moeten worden onderzocht in toekomstige longitudinale studies of beoordeeld moeten worden met behulp van voorgestelde wiskundige modelleringstechnieken.
|
Markers van exacerbatie ernst bij chronisch obstructieve longziekte
|
i5fcedbo
|
Wetenschappelijke Samenvattingen
|
|
bjjft7ut
|
Vereniging voor Algemene Interne Geneeskunde: 28ste Jaarlijkse Vergadering New Orleans, LA 11–14 mei 2005: Uit de Chaos: De Cruciale Rol van Generalisten, ABSTRACTS VAN INGEZONDEN BIJDRAGEN DIE ZIJN AANGENOMEN VOOR PRESENTATIE
|
|
urk7fe34
|
KLINISCHE CASUSSEN
|
|
u09rn09u
|
ABSTRACTEN
|
|
kvztcwu2
|
Klinische Vignetten
|
|
9r62ffew
|
ACHTERGROND: De belangrijkste beperking bij het uitvoeren van genome-wide genexpressieprofielering is de analyse van genen met lage expressie. Aanpakken met een hoge doorvoer en hoge gevoeligheid voor het analyseren van transcripten met lage expressie zijn dringend nodig voor functionele genomische studies. De combinatie van suppressive subtractive hybridization (SSH) en cDNA-microarraytechnieken, waarbij de gesubtraheerde cDNA-klonen als probes op chips worden geprint, heeft de efficiëntie bij het opsporen van differentieel geëxpresseerde klonen aanzienlijk verbeterd en is eerder gebruikt. Het blijft echter moeizaam en inefficiënt om sequentiearbeid te verrichten voor het identificeren van genen, inclusief het grote aantal redundanties in de gesubtraheerde amplicons, en het offeren van de oorspronkelijke voordelen van de hoge gevoeligheid van SSH bij het profileren van transcriptomen met lage expressie. RESULTATEN: We hebben de eerdere combinatie van SSH- en microarraymethoden aangepast door de gesubtraheerde amplicons direct te gebruiken als targets om te hybridiseren met de vooraf gemaakte cDNA-microarrays (genaamd "SSH/microarray"). mRNA, bereid uit drie paren hepatoom- en niet-hepatoom leverweefsels, werd onderworpen aan de SSH/microarray-analyses, evenals direct aan reguliere cDNA-microarray-analyses ter vergelijking. Vergeleken met de oorspronkelijke SSH- en microarray-combinatieanalyses, maakten de aangepaste SSH/microarray-analyses een veel gemakkelijkere inspectie van de subtractie-efficiëntie en identificatie van genen in de gesubtraheerde amplicons mogelijk, zonder moeizaam en inefficiënt sequentieerwerk. Aan de andere kant werden 5015 van de 9376 genen die oorspronkelijk door de reguliere cDNA-microarray-analyses werden gefilterd vanwege lage expressie, analyseerbaar met de SSH/microarray-analyses. Bovendien detecteerden de SSH/microarray-analyses ongeveer tien keer meer (701 vs. 69) differentieel geëxpresseerde HCC-genen (ten minste een tweevoudig verschil en P < 0,01), met name die met zeldzame transcripten, dan de reguliere cDNA-microarray-analyses. De differentiële expressie werd gevalideerd in 9 willekeurig geselecteerde genen in 18 paren hepatoom/niet-hepatoom leverweefsels met behulp van kwantitatieve RT-PCR. De SSH/microarray-aanpakken resulteerden in de identificatie van vele differentieel geëxpresseerde genen die betrokken zijn bij de regulatie van de celcyclus, celdood, signaaltransductie en celmorfogenese, wat wijst op de betrokkenheid van multi-biologische processen bij hepatocarcinogenese. CONCLUSIE: De aangepaste SSH/microarray-aanpak is een eenvoudige maar zeer gevoelige en efficiënte tool voor differentiële profilering van transcriptomen met lage expressie. Het is het meest geschikt voor toepassing in functionele genomische studies.
|
Differentiële profilering van de transcriptomen met lage expressie in humane hepatoom met behulp van een nieuwe SSH/microarray-aanpak
|
d3cko4j2
|
De ontwikkeling van DNA-microarraytechnologie een decennium geleden leidde tot de vestiging van functionele genomics als een van de meest actieve en succesvolle wetenschappelijke disciplines van vandaag. Met de voortdurende ontwikkeling van immunomic microarraytechnologie – een ruimtelijk adresseerbare, grootschalige technologie voor de meting van specifieke immunologische respons – komt de nieuwe uitdaging van functionele immunomics naar voren, die overeenkomsten vertoont met, maar ook significant verschilt van functionele genomics. Immunomische data is met succes gebruikt om biologische markers te identificeren die betrokken zijn bij auto-immuunziekten, allergieën, virale infecties zoals het humaan immunodeficiëntievirus (HIV), influenza, diabetes en reacties op kanker vaccins. Deze review is bedoeld om een coherent beeld te geven van dit jonge wetenschappelijke veld, en te speculeren over toekomstige onderzoeksrichtingen. We bespreken uitvoerig kwesties zoals epitope predictie, immunomic microarraytechnologie en de toepassingen ervan, en computationele en statistische uitdagingen gerelateerd aan functionele immunomics. Gebaseerd op de recente ontdekking van regelmechanismen in T-celresponsen, voorzien we het gebruik van immunomic microarrays als een instrument voor vooruitgang in de systeembiologie van cellulaire immuunresponsen, door middel van immunomische regulatorische netwerkmodellen.
|
Van Functionele Genomics naar Functionele Immunomics: Nieuwe Uitdagingen, Oude Problemen, Grote Beloningen
|
hwlvk68z
|
ACHTERGROND: Omdat pokken (variola major) kunnen worden gebruikt als biologisch wapen, hebben we uitbraken in Europa en Noord-Amerika na de Tweede Wereldoorlog geanalyseerd om de transmissiepatronen van pokken te begrijpen. METHODEN: Een systematische review werd gebruikt om artikelen te identificeren uit de National Library of Medicine, Embase, Biosis, Cochrane Library, Defense Technical Information Center, WorldCat en de referentielijsten van de opgenomen publicaties. Twee auteurs beoordeelden geselecteerde artikelen op pokkenuitbraken. RESULTATEN: 51 relevante uitbraken werden geïdentificeerd uit 1.389 publicaties. De mediaan voor het effectieve reproductiegetal van de eerste generatie (initiële R) was 2 (bereik 0–38). De meeste uitbraken waren klein (minder dan 5 gevallen) en beperkt tot één generatie. Uitbraken met weinig gehospitaliseerde patiënten hadden lage initiële R-waarden (mediaan van 1) en duurden langer als ze niet direct werden herkend (mediaan van 3 generaties); uitbraken met voornamelijk gehospitaliseerde patiënten hadden hogere initiële R-waarden (mediaan 12) en waren korter (mediaan van 3 generaties). Indexgevallen met een atypische presentatie van pokken werden minder snel gediagnosticeerd met pokken; uitbraken waarbij het indexgeval niet correct werd gediagnosticeerd waren groter (mediaan van 27,5 gevallen) en langer (mediaan van 3 generaties) vergeleken met uitbraken waarbij het indexgeval correct werd gediagnosticeerd (mediaan van 3 gevallen en 1 generatie). CONCLUSIE: De verspreidingspatronen tijdens pokkenuitbraken varieerden afhankelijk van de omstandigheden, maar vroege detectie en implementatie van controlemaatregelen zijn van doorslaggevend belang voor de omvang van uitbraken. De meeste bestudeerde uitbraken in Europa en Noord-Amerika werden binnen een paar generaties onder controle gebracht als ze vroeg werden gedetecteerd.
|
Transmissiepatronen van pokken: systematische review van natuurlijke uitbraken in Europa en Noord-Amerika sinds de Tweede Wereldoorlog
|
w5fxen70
|
ACHTERGROND: Gevaldefinities worden erkend als belangrijke elementen van volksgezondheidssurveillance systemen. Ze dienen om de vergelijkbaarheid en consistentie van surveillancegegevens te waarborgen en hebben een cruciale impact op de sensitiviteit en de positief voorspellende waarde van een surveillancesysteem. De betrouwbaarheid van gevaldefinities is zelden systematisch onderzocht. METHODEN: We voerden een Round-Robin test uit door alle 425 lokale gezondheidsdiensten (LHD) en de 16 regionale gezondheidsdiensten (SHD) in Duitsland te vragen een selectie van 68 gevalvoorbeelden te classificeren aan de hand van gevaldefinities. Door middel van multivariate analyse onderzochten we factoren die verband houden met de classificatieovereenkomst met een gouden standaard, die werd gedefinieerd door een expertpanel. RESULTATEN: In totaal werden 7870 classificaties uitgevoerd door 396 LHD (93%) en alle SHD. De rapportagegevoeligheid was 90,0%, de positief voorspellende waarde 76,6%. Polio-gevalvoorbeelden hadden de laagste rapportageprecisie, salmonellose-gevalvoorbeelden de hoogste (OR = 0,008; BI: 0,005–0,013). Gevaldefinities met een checklist-formaat van klinische criteria resulteerden in een hogere rapportageprecisie dan gevaldefinities met een beschrijvende tekst (OR = 3,08; BI: 2,47–3,83). De rapportageprecisie was hoger bij SHD in vergelijking met LHD (OR = 1,52; BI: 1,14–2,02). CONCLUSIE: Onze bevindingen leidden tot een systematische revisie van de Duitse gevaldefinities en vormen de basis voor algemene aanbevelingen voor het opstellen van gevaldefinities. Deze omvatten onder andere dat testbare ja/nee-criteria in een checklist-formaat de betrouwbaarheid waarschijnlijk zullen verbeteren, en dat software die wordt gebruikt voor gegevensoverdracht strikt in overeenstemming met de gevaldefinities moet worden ontworpen. De bevindingen van deze studie zijn grotendeels van toepassing op gevaldefinities in veel andere landen of internationale netwerken, omdat ze dezelfde structurele en redactionele kenmerken delen van de gevaldefinities die in deze studie zijn geëvalueerd vóór hun revisie.
|
Betrouwbaarheid van gevaldefinities voor volksgezondheidssurveillance beoordeeld met behulp van de Round-Robin testmethodologie
|
mq6bterc
|
Ventilator-geassocieerde pneumonie (VAP) is de belangrijkste oorzaak van morbiditeit en mortaliteit op intensive care afdelingen. De incidentie van VAP varieert van 7% tot 70% in verschillende studies en de mortaliteitscijfers liggen tussen 20% en 75%, afhankelijk van de onderzoekspopulatie. Aspiratie van gekoloniseerde pathogene micro-organismen in de orofarynx en het gastro-intestinale kanaal is de belangrijkste route voor de ontwikkeling van VAP. Anderzijds is de belangrijkste risicofactor voor VAP intubatie en de duur van mechanische beademing. Diagnostiek blijft moeilijk, en studies hebben het belang van vroege initiatie van geschikte antibiotica voor de prognose aangetoond. VAP leidt tot een langer verblijf in het ziekenhuis en op de intensive care en verhoogt de ziekenhuiskosten. Bijgevolg zijn infectiepreventiebeleid meer rationeel en zullen ze geld besparen.
|
Ventilator-geassocieerde pneumonie en infectiepreventie
|
yxhk1qm3
|
ACHTERGROND: Een grote uitbraak van door humaan enterovirus 71 geassocieerde hand-, voet- en mondziekte in Sarawak in 1997 markeerde het begin van een reeks uitbraken in de Aziatisch-Pacifische regio. Sommige van deze uitbraken hadden ongewoon hoge aantallen doden, wat veel angst en ongerustheid in de regio veroorzaakte. METHODEN: We hebben in maart 1998 een sentinel surveillanceprogramma voor hand-, voet- en mondziekte in Sarawak, Maleisië, opgezet, en de observaties van de eerste 7 jaar worden hier beschreven. Virusisolatie, serotypering en genotypering werden uitgevoerd op keel-, rectale, blaasjes- en andere swabs. RESULTATEN: Gedurende deze periode had Sarawak twee uitbraken van humaan enterovirus 71, in 2000 en 2003. De predominante stammen die circuleerden tijdens de uitbraken van 1997, 2000 en 2003 behoorden allemaal tot genogroep B, maar de stammen die tijdens elke uitbraak werden geïsoleerd, waren genetisch verschillend van elkaar. Uitbraken van humaan enterovirus 71 traden op in een cyclisch patroon om de drie jaar en Coxsackievirus A16 circuleerde gelijktijdig met humaan enterovirus 71. Hoewel blaasjes het meest waarschijnlijk een isolaat opleverden, was dit monster over het algemeen niet beschikbaar bij de meeste gevallen en bleek het verkrijgen van keeluitstrijkjes de meest efficiënte manier om virologische informatie te verkrijgen. CONCLUSIE: Kennis van de epidemiologie van de transmissie van humaan enterovirus 71 stelt medewerkers van de volksgezondheid in staat te voorspellen wanneer uitbraken kunnen optreden en interventies op een effectieve manier te plannen om de ziektelast te verminderen.
|
Sentinel surveillance voor humaan enterovirus 71 in Sarawak, Maleisië: lessen uit de eerste 7 jaar
|
bpnfupzv
|
26e Internationaal Symposium over Intensive Care en Spoedeisende Geneeskunde, 21–24 maart 2006, Brussel, België
|
|
j3p1u80n
|
Levende-virusvaccins activeren zowel humorale als celgemedieerde immuniteit, vereisen slechts één boosterprik en bieden over het algemeen een langere immuunbescherming dan gedode of subunitvaccins. De groei van levende-virusvaccins moet echter worden verzwakt om hun potentiële pathogene effecten te minimaliseren, en de mechanismen van verzwakking door conventionele seriële-overdracht virale adaptatie zijn niet goed begrepen. Nieuwe methoden van verzwakking gebaseerd op rationeel ontwerp van virale genomen kunnen een potentieel grotere controle bieden als men gedefinieerde genetische modificaties kan koppelen aan veranderingen in virusgroei. Om dergelijke verbanden tussen genotype en groei-fenotype te leggen, hebben we een computermodel ontwikkeld voor de intracellulaire groei van vesiculair stomatitisvirus (VSV), een goed bestudeerd, niet-gefragmenteerd, negatief-streng RNA-virus. Ons model incorporeerde gevestigde regelmechanismen van VSV terwijl het belangrijke stappen van wilde-type infectie integreerde: kaping van gastheerbronnen, transcriptie, translatie en replicatie, gevolgd door assemblage en afgifte van nakomelingen VSV-deeltjes. Generalisatie van het wilde-type model om genoomherschikkingen mogelijk te maken, kwam overeen met de experimenteel waargenomen verzwakkingsrangschikking voor recombinante VSV-stammen die de genoompositie van hun nucleocapsid-gen veranderden. Ten slotte legden onze simulaties eerder gerapporteerde experimentele resultaten vast die aantonen hoe het veranderen van de posities van andere VSV-genen het potentieel heeft om de VSV-groei te verzwakken terwijl het immunogene VSV-oppervlakteglycoproteïne wordt overgeëxprimeerd. Dergelijke modellen zullen het ontwerp van nieuwe levende-virusvaccins vergemakkelijken door genomische manipulaties te koppelen aan gecontroleerde veranderingen in virusgenexpressie en -groei.
|
Modelgebaseerd Ontwerp van Groei-Verzwakte Virussen
|
5eqdrd52
|
RNA-interferentie (RNAi) is een krachtige methode voor specifieke gen-silencing die ook kan leiden tot veelbelovende nieuwe therapeutische strategieën. Het wordt gemedieerd door kleine interfererende RNA's (siRNA's) die sequentie-specifiek de splitsing en daaropvolgende afbraak van hun doel-mRNA triggeren. Een kritische factor is het vermogen om intacte siRNA's in vivo in doelcellen/organen af te leveren. Deze review belicht het mechanisme van RNAi en de richtlijnen voor het ontwerp van optimale siRNA's. Het geeft een overzicht van studies gebaseerd op de systemische of lokale toepassing van naakte siRNA's of het gebruik van verschillende niet-virale siRNA-afgiftesystemen. Een veelbelovende weg is de complexatie van siRNA's met polyethyleenimine (PEI), dat siRNA's efficiënt stabiliseert en, na systemische toediening, leidt tot de afgifte van intacte siRNA's in verschillende organen. De antitumorogene effecten van PEI/siRNA-gemedieerde in vivo gen-targeting van tumor-relevante eiwitten, zoals in muis-tumoxenograftmodellen, worden beschreven.
|
Afgiftesystemen voor de directe toepassing van siRNA's om RNA-interferentie (RNAi) in vivo te induceren
|
p5jtwb3l
|
Elektrochemische biosensoren hebben de glucosemonitoring revolutionair veranderd, maar hebben hun belofte van een goedkope, directe detectie ter vervanging van genetische amplificatietests zoals PCR nog niet ingelost [K. Kerman, M. Kobayashi, E. Tamiya, Recent trends in electro-chemical DNA biosensor technology, Meas. Sci. Technol. 15 (2004) R1-R11; A. Chaubey, B.D. Malhotra, Mediated biosensors. Biosens. Bioelectron. 17 (6-7) (2002) 441-456]. Er werd verwacht dat de integratie van nanoschaal chemische structuren zoals zelf-geassembleerde monolagen met elektrochemische biosensoren de gevoeligheid zou verhogen door de inherente systeemruis te verminderen. We hebben een nieuwe biosensorbenadering ontworpen die een dergelijke integratie omvat en hebben snelle, ultra-lage concentratiegevoeligheden bereikt zonder doelversterking. Ruwe monsters worden gemengd met lysisbuffer om hybridisatie van nucleïnezuurdoelen met anker- en signaalprobes mogelijk te maken voordat een signalerend enzym in de buurt van het biosensoroppervlak wordt geïmmobiliseerd. Vervolgens wordt een biaspotentiaal aangelegd en wordt het secundaire bijproduct van een cyclische peroxidase-reactie gemeten. Verder onderzoek heeft de toepassing van onze aanpak aangetoond in eiwit-, klinisch-chemische en ionen assays.
|
Elektrochemische Moleculaire Analyse Zonder Nucleïnezuurversterking
|
c5hrdrtu
|
ACHTERGROND: De hormonale controle van oöcyt maturatie en ovulatie, evenals de moleculaire mechanismen van nucleaire maturatie, zijn grondig bestudeerd in vissen. Daarentegen hebben de andere moleculaire gebeurtenissen die in het ovarium plaatsvinden tijdens de post-vitellogenese veel minder aandacht gekregen. METHODEN: Nylon microarrays met 9152 regenboogforel cDNA's werden gehybridiseerd met behulp van RNA-monsters afkomstig van ovarieel weefsel verzameld tijdens late vitellogenese, post-vitellogenese en oöcyt maturatie. Differentieel geëxpresseerde genen werden geïdentificeerd met behulp van een statistische analyse. Een supervised clustering analyse werd uitgevoerd met alleen differentieel geëxpresseerde genen om genclusters te identificeren die vergelijkbare expressieprofielen vertonen. Daarnaast werden specifieke genen geselecteerd en hun preovulatorische ovariële expressie geanalyseerd met behulp van real-time PCR. RESULTATEN: Uit de statistische analyse werden 310 differentieel geëxpresseerde genen geïdentificeerd. Van deze genen werden er 90 gereguleerd tijdens de oöcyt maturatie, terwijl 220 een tegengesteld patroon vertoonden. Na clustering analyse werden 90 klonen behorend tot 3 genclusters met de meest opvallende expressiepatronen bewaard voor verdere analyse. Met behulp van real-time PCR analyse observeerden we een sterke opregulatie van ionen- en watertransportgenen zoals aquaporine 4 (aqp4) en pendrin (slc26). Daarnaast werd een dramatische opregulatie van het vasotocine (avt) gen geobserveerd. Verder vertoonden angiotensine-converterend enzym 2 (ace2), coagulatiefactor V (cf5), adam 22 en het chemokine cxcl14 gen een scherpe opregulatie tijdens de oöcyt maturatie. Ten slotte vertoonde ovariële aromatase (cyp19a1) een dramatische downregulatie gedurende de post-vitellogene periode, terwijl een downregulatie van Cytidine monofosfaat-N-acetylneuraminezuur hydroxylase (cmah) werd geobserveerd tijdens de oöcyt maturatie. CONCLUSIE: We toonden de over- of onder-expressie van meer dan 300 genen aan, waarvan de meeste voorheen niet bestudeerd of onbekend waren in het preovulatorische ovarium van vissen. Onze gegevens bevestigden de downregulatie van oestrogeensynthesegenen tijdens de preovulatorische periode. Daarnaast suggereert de sterke opregulatie van aqp4 en slc26 genen voorafgaand aan de ovulatie hun participatie in het oöcythydratatieproces dat op dat moment plaatsvindt. Verder hebben verschillende genen, zoals cxcl14, ace2, adam22, cf5, onder de meest opgereguleerde klonen, pro-inflammatoire, vasodilaterende, proteolytische en coagulerende functies. De identiteit en expressiepatronen van deze genen ondersteunen de theorie die ovulatie vergelijkt met een inflammatoir-achtige reactie.
|
Identificatie van nieuwe participanten in de rijstforel (Oncorhynchus mykiss) oöcyt maturatie en ovulatie processen met behulp van cDNA microarrays
|
pk7pnmlo
|
ACHTERGROND: EpiFlex is een flexibel, gebruiksvriendelijk computermodel voor één computer, bedoeld voor gebruik door één gebruiker die geen expert hoeft te zijn. Het doel is om in silico het epidemische gedrag van een breed scala aan ziekten, zowel bekende als theoretische, te bestuderen door de verspreiding ervan te simuleren op het niveau van individuen die anderen infecteren. Om het systeem volledig te begrijpen, moet dit artikel samen met de studie van de software en de resultaten ervan worden gelezen. EpiFlex wordt geëvalueerd aan de hand van resultaten van het modelleren van influenza A-epidemieën en door deze te vergelijken met diverse veldgegevensbronnen en andere soorten modellering. EpiFlex is een objectgeoriënteerd Monte Carlo-systeem, dat entiteiten toewijst die overeenkomen met individuen, ziektevectoren, ziekten en de locaties die gastheren kunnen bewonen. EpiFlex definieert acht verschillende contacttypen die beschikbaar zijn voor een ziekte. Contacten vinden plaats binnen locaties binnen het model. Populaties bestaan uit demografische groepen, die elk een cyclus van verplaatsing tussen locaties hebben. Binnen locaties wordt superspreading gedefinieerd door scheefheid van contactverdelingen. RESULTATEN: EpiFlex wijst op drie interessante fenomenen voor de volksgezondheid: (1) R(0) is variabel, en hoe kleiner de populatie, hoe groter het geïnfecteerde deel binnen die populatie zal zijn; (2) er treedt een significante compressie/synchronisatie tussen steden op met een factor van ongeveer 2 tussen de vroege incubatiefase van een multi-city epidemie en de belangrijkste manifestatiefase; (3) als betere gegevens over de werkelijke morbiditeit beschikbaar waren, zouden meer asymptomatische gastheren ziekteverspreiding vertonen dan we momenteel denken dat het geval is voor influenza. Deze resultaten suggereren dat veldonderzoek naar dergelijke fenomenen, hoewel duur, de moeite waard zou moeten zijn. CONCLUSIE: Omdat EpiFlex alle stadia van ziekteprogressie laat zien, is gedetailleerd inzicht in de voortgang van epidemieën mogelijk. EpiFlex toont de karakteristieke multi-modaliteit en ogenschijnlijk willekeurige variatie die kenmerkend is voor gegevens uit de echte wereld, maar doet dit als een emergente eigenschap van een zorgvuldig geconstrueerd model van ziektedynamiek en is niet gewoon een stochastisch systeem. EpiFlex kan een beter begrip van infectieziekten en responsstrategieën opleveren.
|
Een objectsimulatiemodel voor het modelleren van hypothetische ziekte-epidemieën – EpiFlex
|
nhb4o6ty
|
ACHTERGROND: Alle staten vereisen een vorm van screening bij pasgeborenen, maar het beleid is verre van gestandaardiseerd. In sommige staten kan neonatale screening genetische tests voor een breed scala aan targets omvatten, maar de kosten en complexiteit van de nieuwere genetische tests belemmeren de uitbreiding van neonatale screening. We beschrijven de ontwikkeling en technische evaluatie van een multiplex platform dat een verhoogde genetische screening bij pasgeborenen kan bevorderen. METHODEN: MultiCode(®) PLx omvat drie belangrijke stappen: PCR, doelwitspecifieke extensie en decoding met een liquid chip. Elke stap wordt uitgevoerd in hetzelfde reactievat, en de test is voltooid in ~3 uur. Voor site-specifieke labeling en decoding op kamertemperatuur gebruiken we een extra basepaar geconstrueerd uit isoguanosine en isocytidine. We gebruikten de methode om te testen op mutaties binnen het cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gen. De ontwikkelde test werd handmatig en door automatische vloeistofhandling uitgevoerd. Aanvankelijk werden 225 monsters met een scala aan genotypes retrospectief met de methode getest. Een prospectieve studie gebruikte monsters van >400 pasgeborenen. RESULTATEN: In de retrospectieve studie werden 99,1% van de monsters correct getypeerd zonder onjuiste aanroepen. In de prospectieve studie werden 95% van de monsters correct getypeerd voor alle targets, en er waren geen onjuiste aanroepen. CONCLUSIES: Het unieke genetische multiplexing platform was succesvol in staat om te testen op 31 targets binnen het CFTR gen en levert accurate genotype-toewijzingen in een klinische setting.
|
Multiplex Genetische Analyse met behulp van een Uitgebreid Genetisch Alfabet
|
xgwbl8em
|
Geprogrammeerde ribosomale frameshifting biedt een mechanisme om informatie te decoderen die zich in twee overlappende leesramen bevindt door een deel van de translaterende ribosomen om te leiden naar een tweede open leesraam (ORF). Het resultaat is de productie van twee eiwitten: het product van standaard translatie van ORF1 en een ORF1–ORF2 fusie-eiwit. Dergelijke geprogrammeerde frameshifting wordt vaak gebruikt als een genexpressieregulatiemechanisme in virussen die eukaryote cellen infecteren en in een subset van cellulaire genen. RNA-secundaire structuren, bestaande uit pseudoknots of stam-lus structuren, die zich stroomafwaarts van de shift-site bevinden, fungeren vaak als cis-stimulatoren van frameshifting. Hier demonstreren we voor het eerst dat antisense oligonucleotiden deze RNA-structuren functioneel kunnen nabootsen om +1 ribosomale frameshifting te induceren wanneer ze stroomafwaarts van de frameshift-site, UCC UGA, worden geanneald. Antisense-geïnduceerde verschuiving van het ribosoom naar het +1 leesraam is zeer efficiënt in zowel translatie reacties met konijnen reticulocyten lysaat als in gekweekte zoogdiercellen. De efficiëntie van antisense-geïnduceerde frameshifting op deze site is afhankelijk van de sequentiecontext 5′ van de shift-site en van polyamine niveaus.
|
Door antisense geïnduceerde ribosomale frameshifting
|
69gftii4
|
De standaardregels van genetische translationele decodering worden in specifieke genen gewijzigd door verschillende gebeurtenissen die globaal worden aangeduid als recoding. In Archaea is recoding tot nu toe ondubbelzinnig alleen aangetoond voor terminatiecodon-readthrough-gebeurtenissen. We bestuderen hier het expressiemechanisme van een gen dat codeert voor een α-l-fucosidase uit de archaeon Sulfolobus solfataricus (fucA1), dat is gesplitst in twee open reading frames gescheiden door een −1 frameshifting. De expressie in Escherichia coli van het wild-type gesplitste gen leidde tot de productie door frameshifting van full-length polypeptiden met een efficiëntie van 5%. Mutaties in de regulatorische site waar de shift plaatsvindt, tonen aan dat de expressie in vivo op een geprogrammeerde manier plaatsvindt. Verder identificeren we een full-length product van fucA1 in S. solfataricus-extracten, die dit gen in vitro translateren door geprogrammeerde −1 frameshifting te volgen. Dit is het eerste experimentele bewijs dat dit soort recoding aanwezig is in Archaea.
|
Het gen van een archaeale α-l-fucosidase wordt tot expressie gebracht door translationele frameshifting
|
vefs1h6o
|
Virussen zijn replicatiecompetente genomen die relatief genarm zijn. Zelfs de grootste virussen (bijv. Herpesvirussen) coderen voor slechts iets meer dan 200 open reading frames (ORFs). Aangezien virussen echter obligatoir binnen cellen repliceren, en gezien het feit dat evolutie mogelijk wordt gedreven door een principe van schaalvoordelen, is het redelijk om te veronderstellen dat veel virussen de mogelijkheid hebben ontwikkeld om cel-gecodeerde eiwitten te gebruiken om benodigde surrogaatfuncties te leveren. Een in silico onderzoek van virale sequencedatabases laat zien dat de meeste positief-streng en dubbelstrengs RNA-virussen ORFs voor RNA-helicases hebben. Aan de andere kant missen de genomen van retrovirussen viraal-gecodeerde helicases. Hier bespreken we kort het idee dat het humaan immunodeficiëntievirus (HIV-1) het vermogen heeft verworven om een of meer cellulaire RNA-helicases te gebruiken voor zijn replicatieve levenscyclus.
|
De rol van RNA-helicases in HIV-1 replicatie
|
1ypgij14
|
ACHTERGROND: Faagedisplay wordt veel gebruikt in fundamenteel onderzoek, zoals het verkennen van eiwit-eiwit interactie-sites en -netwerken, en in toegepast onderzoek, zoals de ontwikkeling van nieuwe geneesmiddelen, vaccins en diagnostische hulpmiddelen. Het is ook een veelbelovende methode geworden voor epitoopmapping. Onderzoek naar nieuwe algoritmen die epitoommapping gebaseerd op faagedisplay ondersteunen en automatiseren, heeft veel groepen aangetrokken. De meeste bestaande tools zijn echter tot nu toe niet als online service geïmplementeerd, waardoor het minder gemakkelijk is voor de community om ze te benaderen, te gebruiken en te evalueren. RESULTATEN: We presenteren MIMOX, een gratis webtool die helpt bij het in kaart brengen van het native epitope van een antilichaam op basis van een of meer door de gebruiker verstrekte mimotopen en de antigeenstructuur. MIMOX is gecodeerd in Perl met behulp van modules van het Bioperl-project. Het heeft twee secties. In de eerste sectie biedt MIMOX een eenvoudige interface voor ClustalW om een set mimotopen uit te lijnen. Het biedt ook een eenvoudige statistische methode om de consensussequentie af te leiden en integreert JalView als een Java-applet om de uitlijning te bekijken en te beheren. In de tweede sectie kan MIMOX een enkel mimotope of een consensussequentie van een set mimotopen op de corresponderende antigeenstructuur afbeelden en zoeken naar alle clusters van residuen die het native epitope zouden kunnen vertegenwoordigen. NACCESS wordt gebruikt om de oppervlaktetoegankelijkheid van de kandidaatclusters te evalueren; en Jmol is geïntegreerd om ze interactief in hun 3D-context te bekijken. Initiële casestudies tonen aan dat MIMOX mappings van bestaande tools zoals FINDMAP en 3DEX kan reproduceren, en ook nieuwe, rationele resultaten kan opleveren. CONCLUSIE: Er is een webgebaseerde tool genaamd MIMOX ontwikkeld voor epitoommapping gebaseerd op faagedisplay. Als een openbaar toegankelijke online service op dit gebied is het gemakkelijk voor de community om deze te benaderen, te gebruiken en te evalueren, als aanvulling op andere bestaande programma's. MIMOX is gratis beschikbaar op .
|
MIMOX: een webtool voor epitoopmapping gebaseerd op faagedisplay
|
1axxmq84
|
Bij multipele sclerose laesies faalt remyelinisatie typisch bij herhaalde of chronische demyeliniserende episodes en resulteert in neurologische invaliditeit. Acute demyelinisatiemodellen in knaagdieren vertonen typisch een robuuste spontane remyelinisatie die een adequate evaluatie van strategieën voor het verbeteren van condities van onvoldoende remyelinisatie verhindert. In de huidige studie gebruikten we een muismodel van chronische demyelinisatie geïnduceerd door continue inname van 0,2% cuprizone gedurende 12 weken. Dit chronische proces deplotteerde de oligodendrocyt progenitor populatie en verstoorde de oligodendrocyt regeneratie. Remyelinisatie bleef beperkt na verwijdering van cuprizone uit het dieet. Fibroblast groeifactor 2 (FGF2) expressie was persistent verhoogd in het corpus callosum van chronisch demyelinisatie muizen in vergelijking met niet-geleseerde muizen. We gebruikten FGF2(−/−) muizen om te bepalen of verwijdering van endogeen FGF2 remyelinisatie van chronisch demyelinisatie gebieden bevorderde. Wild-type en FGF2(−/−) muizen vertoonden gelijke demyelinisatie tijdens chronische cuprizone behandeling. Belangrijk is dat, in tegenstelling tot wild-type muizen, de FGF2(−/−) muizen spontaan volledig remyelinisatie ondergingen tijdens de herstelperiode na chronische demyelinisatie. Verhoogde remyelinisatie in FGF2(−/−) muizen correleerde met verbeterde oligodendrogliale regeneratie. FGF2 genotype veranderde de dichtheid van oligodendrocyt progenitor cellen of prolifererende cellen niet na chronische demyelinisatie. Deze bevindingen geven aan dat het afzwakken van FGF2 een voldoende permissieve laesieomgeving creëerde voor endogene cellen om effectief levensvatbare axonen te remyeliniseren, zelfs na chronische demyelinisatie.
|
Endogeen Celherstel van Chronische Demyelinisatie
|
cxzlmfst
|
Er is een toenemend besef dat gedetailleerde nucleïnezuursequentie-informatie nuttig en zelfs noodzakelijk zal zijn bij de diagnose, behandeling en surveillance van vele belangrijke pathogenen. Omdat het genereren van gedetailleerde informatie over pathogenen leidt tot aanzienlijk grotere hoeveelheden gegevens, is het noodzakelijk om geautomatiseerde analysemethoden te ontwikkelen om de analysetijd te verkorten en identificatiecriteria te standaardiseren. Dit is vooral belangrijk voor assays met meerdere pathogenen die zijn ontworpen om de assaytijd en -kosten te verlagen. In dit artikel presenteren we een succesvol algoritme voor het detecteren van pathogenen en het rapporteren van het maximale detailniveau mogelijk met behulp van multi-pathogeen resequencing microarrays. Het algoritme filtert de sequentie van base calls van de microarray en vindt entries in genetische databases die het beste overeenkomen. Taxonomische databases worden vervolgens gebruikt om deze entries met elkaar te relateren, zodat het micro-organisme kan worden geïdentificeerd. Hoewel ontwikkeld met behulp van een resequencing microarray, is de aanpak toepasbaar op elke assaymethode die base call sequentie-informatie produceert. Het succes en de voortdurende ontwikkeling van deze aanpak betekenen dat een niet-expert nu zonder hulp de resultaten van gedeeltelijke sequentiegegevens kan analyseren.
|
Geautomatiseerde identificatie van meerdere micro-organismen van resequencing DNA-microarrays
|
br2p09pg
|
De nauwkeurigheid van de translatie van de genetische code naar eiwitten hangt af van de correcte tRNA–mRNA herkenning in de context van het ribosoom. In humane [Formula: see text] zijn drie gemodificeerde basen aanwezig in de anticodon stam-lus—2-methylthio-N6-threonylcarbamoyladenosine op positie 37 (ms(2)t(6)A37), 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridine op positie 34 (mcm(5)s(2)U34) en pseudouridine (ψ) op positie 39—waarvan er twee, ms(2)t(6)A37 en mcm(5)s(2)U34, vereist zijn om de wild-type bindingsactiviteit van wild-type humane [Formula: see text] te bereiken [C. Yarian, M. Marszalek, E. Sochacka, A. Malkiewicz, R. Guenther, A. Miskiewicz en P. F. Agris (2000) Biochemistry, 39, 13390–13395]. Moleculaire dynamica simulaties van negen tRNA anticodon stam-lussen met verschillende combinaties van niet-standaard basen werden uitgevoerd. De wild-type simulatie vertoonde een canonieke anticodon trapvormige conformatie. De ms(2)t(6) modificatie op positie 37 is vereist voor het behoud van deze structuur en vermindert de oplosmiddeltoegankelijkheid van U36. Ms(2)t(6)A37 vormt over het algemeen waterstofbruggen over de lus en kan voorkomen dat U36 in de oplossing roteert. Een watermolecuul coördineert weliswaar het grootste deel van de simulatietijd met ψ39, maar zwak, aangezien de meeste verblijftijden <40 ps zijn.
|
Moleculaire dynamica simulaties van humane [Formula: see text]: de rol van gemodificeerde basen in mRNA-herkenning
|
kt9pmfdr
|
Hier beschrijven we een nieuwe, op endonuclease IV (Endo IV) gebaseerde assay die gebruikmaakt van een substraat dat de abasische laesies nabootst die normaal gesproken in dubbelstrengs DNA voorkomen. Het substraat met drie componenten wordt gekenmerkt door enkelstrengs DNA-target, een oligonucleotide probe, gescheiden van een helper oligonucleotide door een gat van één base. De oligonucleotide probe bevat een niet-fluorescerende quencher aan het 5′-uiteinde en een fluorofoor gekoppeld aan het 3′-uiteinde via een speciale stijve linker. De fluorescentie van de oligonucleotide probe wordt efficiënt gequencht door de interactie van de terminale kleurstof en quencher wanneer deze niet gehybridiseerd is. Na hybridisatie van de oligonucleotide probe en de helper probe aan hun complementaire target, wordt de fosfodiesterbinding tussen de stijve linker en het 3′-uiteinde van de probe efficiënt geknipt, waardoor een fluorescerend signaal ontstaat. In deze studie wordt het gebruik van de Endo IV-assay als een post-PCR amplificatiedetectiesysteem aangetoond. Hoge gevoeligheid en specificiteit worden geïllustreerd aan de hand van detectie van enkel-nucleotide polymorfismen.
|
Een nieuw endonuclease IV post-PCR genotypebepalingssysteem
|
5fl0rk90
|
ACHTERGROND: In ziekenhuizen over de hele wereld is de planning voor de volgende uitbraak van een pandemie van influenza aan de gang. De wereldwijde ervaring met SARS heeft ons geleerd dat ethische kaders voor besluitvorming kunnen helpen om nevenschade te verminderen en het vertrouwen en de solidariteit binnen en tussen zorginstellingen te vergroten. Een goede pandemieplanning vereist reflectie op waarden, omdat de wetenschap alleen ons niet kan vertellen hoe we ons op een crisis in de volksgezondheid moeten voorbereiden. DISCUSSIE: In dit artikel presenteren we een ethisch kader voor pandemieplanning van influenza. Het ethische kader is ontwikkeld met expertise op het gebied van klinische, organisatorische en publieke gezondheidsethiek en gevalideerd via een proces van stakeholderbetrokkenheid. Het ethische kader omvat zowel inhoudelijke als procedurele elementen voor ethische pandemieplanning van influenza. De integratie van ethiek in de pandemieplanning kan worden bevorderd door senior ziekenhuisbestuurders die het gebruik ervan sponsoren, door stakeholders het kader te laten toetsen en door besluitvormingsprocessen te ontwerpen of te identificeren. We bespreken de merites en beperkingen van een toegepast ethisch kader voor besluitvorming in ziekenhuizen, evenals de robuustheid van het kader. SAMENVATTING: De noodzaak tot reflectie op de ethische kwesties die door het spookbeeld van een pandemie van influenza worden opgeworpen, is groot. Onze inspanningen om de normatieve aspecten van pandemieplanning in ziekenhuizen aan te pakken, hebben interesse gewekt bij andere ziekenhuizen en bij de overheid. Het kader zal herwaardering en verfijning vereisen en we hopen dat dit artikel feedback zal opleveren over hoe het nog robuuster te maken.
|
Paraatheid bij een pandemie van influenza: een ethisch kader voor besluitvorming
|
kuf3ssdb
|
INLEIDING: Acuut respiratoir distress syndroom (ARDS) heeft heterogene etiologieën, snel progressieve veranderingen en een hoge mortaliteit. Om de uitkomst van ARDS te verbeteren, is een nauwkeurige diagnose essentieel voor de toepassing van een effectieve vroege behandeling. Deze studie onderzocht de klinische effecten en veiligheid van open longbiopsie (OLB) bij patiënten met ARDS in een vroeg stadium waarvan een niet-infectieuze oorsprong werd vermoed. METHODEN: We voerden een retrospectieve studie uit bij 41 patiënten met ARDS in een vroeg stadium (gedefinieerd als één week of minder na intubatie) die een OLB ondergingen op twee medische intensive care units van een tertiair ziekenhuis van 1999 tot 2005. Geanalyseerde gegevens omvatten basiskenmerken, complicatiepercentage, pathologische diagnoses, behandelingswijzigingen en overleving in het ziekenhuis. RESULTATEN: De leeftijd van de patiënten was 55 ± 17 jaar (gemiddelde ± SD). De gemiddelde verhouding van de arteriële partiële zuurstofdruk (PaO(2)) tot de geïnspireerde zuurstoffractie (FiO(2)) was 116 ± 43 mmHg (gemiddelde ± SD) op het moment van de biopsie. Zeventien patiënten (41%) waren immuungecompromitteerd. Postoperatieve complicaties traden op bij 20% van de patiënten (8/41). Alle biopsieën leverden een pathologische diagnose op met een diagnostische opbrengst van 100%. Specifieke pathologische diagnoses werden gesteld bij 44% van de patiënten (18/41). Biopsievindingen leidden tot een wijziging van de behandelmethode bij 73% van de patiënten (30/41). Het percentage behandelingswijzigingen was hoger bij patiënten met niet-specifieke diagnoses dan bij patiënten met specifieke diagnoses (p = 0,0024). De totale mortaliteit was 50% (21/41) en werd niet beïnvloed door leeftijd, geslacht, pre-OLB-oxygenatie, complicatiepercentage, pathologische resultaten en wijziging van de behandeling. Er was geen operatiegerelateerde mortaliteit. Het overlevingspercentage voor immuungecompromitteerde patiënten was beter dan dat voor immuuncompetente patiënten (71% versus 33%; p = 0,0187) in deze studie. CONCLUSIE: Onze retrospectieve studie suggereert dat OLB een nuttige en acceptabel veilige diagnostische procedure was bij sommige geselecteerde patiënten met ARDS in een vroeg stadium.
|
Open longbiopsie bij acuut respiratoir distress syndroom in een vroeg stadium
|
rr2wwvue
|
De verspreiding van multi-host pathogenen over hun gastheerbereik beïnvloedt hun populatiedynamiek en -structuur. Ook kan co-infectie van een gastheer door verschillende pathogenen belangrijke gevolgen hebben voor de evolutie van gastheer en pathogeen, en voor de co-evolutie van gastheer en pathogeen. Het is daarom interessant te weten of de verspreiding van pathogenen over hun gastheerbereik willekeurig is, of dat er associaties bestaan tussen gastheer en pathogeen, of tussen pathogenen die een gastheer delen. Om deze vraagstukken te analyseren, stellen we indices voor voor de geobserveerde patronen van gastheerinfectie door pathogenen, en voor de geobserveerde patronen van co-infectie, en testen om te analyseren of deze patronen overeenkomen met willekeur of associaties weerspiegelen. Toepassing van deze testen op de prevalentie van vijf plantvirussen op 21 wilde plantensoorten leverde bewijs op voor gastheer-virus associaties: de meeste gastheren en virussen waren respectievelijk selectief voor virussen en gastheren. Interessant genoeg waren de meest gastheer-selectieve virussen ook de meest prevalente, wat suggereert dat gastheer-specialisatie een succesvolle strategie is voor multi-host pathogenen. Analyses toonden ook aan dat virussen de neiging vertoonden om positief te associëren in co-geïnfecteerde gastheren. De ontwikkelde indices en testen bieden de instrumenten om te analyseren hoe sterk en hoe vaak deze associaties voorkomen onder verschillende groepen pathogenen, wat zal helpen bij het begrijpen en modelleren van de populatiebiologie van multi-host pathogenen.
|
Associatie en gastheerselectiviteit bij multi-host pathogenen
|
1n0rg5vd
|
ACHTERGROND: Contactonderzoek speelt een belangrijke rol bij de beheersing van opkomende infectieziekten, maar er is nog weinig bekend over de effectiviteit ervan. Hier leiden we af uit een generiek wiskundig model hoe de effectiviteit van tracing gerelateerd is aan verschillende aspecten van tijd, zoals het verloop van individuele besmettelijkheid, de (variabiliteit in) tijd tussen infectie en symptoom-gebaseerde detectie, en vertragingen in het tracingproces. Daarnaast wordt de mogelijkheid van iteratief traceren van nog asymptomatisch geïnfecteerden beschouwd. Met deze inzichten verklaren we waarom contactonderzoek effectief was en zal zijn voor de beheersing van pokken en SARS, slechts gedeeltelijk effectief voor mond- en klauwzeer, en waarschijnlijk niet effectief voor influenza. METHODEN EN RESULTATEN: We onderzoeken contactonderzoek in een model van een opkomende epidemie dat flexibel genoeg is om voor de meeste infecties te gebruiken. We beschouwen isolatie van symptomatische geïnfecteerden als het basisscenario en drukken effectiviteit uit als het percentage contacten dat getraceerd moet worden voor een reproductiegetal kleiner dan 1. We verkrijgen algemene resultaten voor speciale gevallen, die worden geïnterpreteerd met betrekking tot het waarschijnlijke succes van tracing voor influenza-, pokken-, SARS- en mond- en klauwzeerepidemieën. CONCLUSIES: We concluderen dat (1) er geen algemene voorspellende formule is voor het percentage dat getraceerd moet worden zoals er is voor het percentage dat gevaccineerd moet worden; (2) variabiliteit in de tijd tot detectie gunstig is voor effectief traceren; (3) de effectiviteit van tracing niet gevoelig hoeft te zijn voor de duur van de latentieperiode en tracingvertragingen; (4) iteratief traceren de effectiviteit voornamelijk verbetert wanneer enkelvoudig traceren op het punt staat effectief te zijn.
|
De Effectiviteit van Contactonderzoek bij Opkomende Epidemieën
|
nzh87aux
|
ACHTERGROND: De tijdsvertraging tussen het begin van een grippandemie en de daaropvolgende aanvang ervan in andere landen is zeer relevant voor de voorbereidingsplanning. We kwantificeren de verdeling van deze willekeurige tijd in termen van de afzonderlijke componenten van deze vertraging en beoordelen hoe de vertraging kan worden verlengd door niet-farmaceutische interventies. METHODEN EN RESULTATEN: Het model dat voor deze tijdsvertraging is opgesteld, houdt rekening met: (i) epidemische groei in de bronregio, (ii) de vertraging totdat een geïnfecteerd persoon uit de bronregio probeert te reizen naar een risicovol land, (iii) de kans dat geïnfecteerde reizigers worden gedetecteerd door screening aan uitreis- en inreisgrenzen, (iv) de mogelijkheid van transmissie tijdens de vlucht, (v) de kans dat een geïnfecteerde aankomst geen epidemie op gang brengt, en (vi) de vertraging totdat de infectie in het risicovolle land aan kracht wint. Inspanningen die het reproductiegetal van de ziekte in de bronregio onder de twee brengen en strenge reisbeperkingen zijn het meest effectief om een lokale epidemie uit te stellen en kunnen onder gunstige omstandigheden meerdere maanden aan de vertraging toevoegen. Aan de andere kant voorspelt het model dat grensscreening op symptomatische infectie, het dragen van een beschermend masker tijdens het reizen, het bevorderen van vroege presentatie van gevallen die zich voordoen bij aankomende passagiers en een matige vermindering van het reisvolume de vertraging slechts met een paar dagen of weken verlengen. Verhoogde transmissie tijdens de vlucht vermindert de vertraging slechts minimaal. CONCLUSIES: De vertraging totdat een epidemie van een pandemische griepstam wordt geïmporteerd in een risicovol land wordt grotendeels bepaald door het verloop van de epidemie in de bronregio en het aantal reizigers dat probeert het risicovolle land binnen te komen, en wordt weinig beïnvloed door niet-farmaceutische interventies die zich richten op deze reizigers. Behalve het volledig voorkomen van internationaal reizen, lijkt het uitroeien van een beginnende pandemie in de bronregio de enige betrouwbare methode te zijn om de verspreiding van een pandemische griepstam van land tot land te voorkomen.
|
De Wachttijd voor Internationale Verspreiding van Pandemiegrip
|
1y5nej0m
|
Profylaxe met hoge doses neutraliserende antilichamen biedt doorgaans bescherming tegen uitdaging met virussen die acute infecties veroorzaken. In deze studie hebben we het vermogen onderzocht van het neutraliserende humane monoklonale antilichaam KZ52 om te beschermen tegen ebolavirus bij resusapen. Dit antilichaam bleek eerder volledige bescherming te bieden aan cavia's tegen infectie. Vier resusapen kregen 50 mg/kg neutraliserend humaan monoklonaal antilichaam KZ52 intraveneus toegediend 1 dag vóór uitdaging met 1000 plaque-vormende eenheden ebolavirus, gevolgd door een tweede dosis van 50 mg/kg antilichaam 4 dagen na de uitdaging. Een controleddier werd blootgesteld aan het virus zonder antilichaam behandeling. Passieve overdracht van het neutraliserende humane monoklonale antilichaam beschermde de apen niet alleen niet tegen uitdaging met ebolavirus, maar had ook een minimaal effect op de explosieve virale replicatie na infectie. We laten zien dat het onvermogen van het antilichaam om de infectie te beïnvloeden niet te wijten was aan neutralisatie-ontsnapping. Het lijkt erop dat ebolavirus een mechanisme van infectieverspreiding in vivo bij apen heeft dat uniek ongevoelig is, zelfs voor hoge concentraties neutraliserende antilichamen.
|
Neutraliserende antilichaam heeft geen effect op het verloop van ebolavirusinfectie bij apen
|
fvfjz7al
|
ACHTERGROND: Recente internationale en nationale gebeurtenissen hebben de aandacht gevestigd op het Canadese systeem voor de volksgezondheid en de mate van paraatheid van het systeem om te reageren op verschillende soorten hedendaagse bedreigingen voor de volksgezondheid. Dit artikel beschrijft het onderzoeksdesign en de methoden die worden gebruikt om een systeemniveau-analyse uit te voeren van de paraatheid van de volksgezondheid in de provincie Alberta, Canada. Het project wordt gefinancierd door het Health Research Fund, Alberta Heritage Foundation for Medical Research. METHODEN/DESIGN: We gebruiken een embedded, multiple-case study design, waarbij kwalitatieve en kwantitatieve methoden worden geïntegreerd om empirisch de mate van interorganisationele coördinatie te meten die bestaat tussen instanties voor de volksgezondheid in Alberta, Canada. We plaatsen onze metingen van interorganisationele netwerkverbanden binnen een systeemniveau-kader om de relatieve invloed van interorganisationele verbanden, individuele organisatorische kenmerken en institutionele omgevingsfactoren op de paraatheid van de volksgezondheid te beoordelen. De relatieve bijdrage van elk onderdeel wordt onderzocht voor twee potentiële bedreigingen voor de volksgezondheid: pandemie-influenza en het West Nile-virus. DISCUSSIE: De organisatorische dimensies van de paraatheid van de volksgezondheid zijn afhankelijk van een complexe mix van individuele organisatorische kenmerken, inter-agentschapsrelaties en institutionele omgevingsfactoren. Onze studie is ontworpen om onderscheid te maken tussen deze verschillende systeemcomponenten en de onafhankelijke invloed van elk op de ander te beoordelen, evenals het algemene niveau van paraatheid van de volksgezondheid in Alberta. Hoewel iedereen het erover eens is dat competente organisaties en functionerende netwerken belangrijke componenten zijn van de paraatheid van de volksgezondheid, is deze studie een van de eerste die formele netwerkanalyse gebruikt om de rol van inter-agentschapsnetwerken te bestuderen in de ontwikkeling van voorbereide systemen voor de volksgezondheid.
|
Paraatheid van de volksgezondheid in Alberta: een systeemniveau-studie
|
lntn11a9
|
Ontsteking in het middenoor slijmvlies, die kan worden uitgelokt door verschillende primaire factoren zoals bacteriële en virale infecties, lokale allergische reacties en reflux, is de cruciale gebeurtenis in de pathogenese van otitis media met effusie (OME). Ongeloste acute ontstekingsreacties of een defecte immunoregulatie van de middenoorontsteking kan chronische ontstekingsprocessen bevorderen en de chronische aandoening van OME stimuleren. Cytokinen zijn de centrale moleculaire regulatoren van de middenoorontsteking en kunnen de acute fase van ontsteking in de chronische fase omschakelen en moleculair-pathologische processen induceren die leiden tot de histopathologische veranderingen die gepaard gaan met OME. In deze review presenteren we cytokinen die zijn geïdentificeerd in otitis media, immunoregulerende [interleukine (IL)-2, IL-10, transformerende groeifactor-beta] en allergie-geassocieerde (IL-4, IL-5, granulocyt-macrofaag koloniestimulerende factor), als cruciale moleculaire regulatoren, verantwoordelijk voor chronische ontsteking in het middenoor en de chronische aandoening van OME.
|
De immunoregulerende en allergie-geassocieerde cytokinen in de etiologie van het otitis media met effusie.
|
nzk8m912
|
Cognitieve disfunctie komt vaak voor bij kritiek zieke patiënten, niet alleen tijdens de acute ziekte, maar ook lang nadat deze is verholpen. Een groot aantal pathofysiologische mechanismen wordt verondersteld ten grondslag te liggen aan cognitieve disfunctie geassocieerd met kritieke ziekte, waaronder neurotransmitterafwijkingen en occulte diffuse hersenletsels. Markers die kunnen worden gebruikt om de invloed van specifieke mechanismen bij individuele patiënten te evalueren, omvatten serum anticholinerge activiteit, bepaalde hersenproteïnen en de bepaling van de weefselnatriumconcentratie via high-resolution driedimensionale magnetische resonantie beeldvorming. Hoewel recente therapeutische vooruitgang op dit gebied veelbelovend is, zijn ze nog te onvolwassen om de patiëntenzorg te beïnvloeden. Aanvullend onderzoek is nodig om de relatieve bijdragen van specifieke mechanismen aan de ontwikkeling van cognitieve disfunctie geassocieerd met kritieke ziekte beter te begrijpen en om te bepalen of deze mechanismen vatbaar zouden kunnen zijn voor behandeling of preventie.
|
Bench-to-bedside review: Cognitieve disfunctie geassocieerd met kritieke ziekte – mechanismen, markers en opkomende therapieën
|
ps3mnpzq
|
Proteïne microarrays bieden een veelzijdige methode voor de analyse van vele biochemische activiteiten van eiwitten. Bestaande analysemethoden voor DNA-microarrays zijn niet toepasbaar op proteïne microarrays vanwege verschillen tussen de technologieën. Hier rapporteren we een nieuwe aanpak, ProCAT, die corrigeert voor achtergrondbias en ruimtelijke artefacten, significante signalen identificeert, niet-specifieke spots filtert en het resulterende signaal normaliseert naar eiwitabundantie. ProCAT biedt een krachtige en flexibele nieuwe aanpak voor het analyseren van vele soorten proteïne microarrays.
|
ProCAT: een data-analysemethode voor proteïne microarrays
|
m56agj4z
|
Het begrijpen van de door transcriptiefactoren (TF's) gemedieerde controle van genexpressie blijft een grote uitdaging op het grensvlak van computationele en experimentele biologie. Computationele technieken die de specificiteit van TF-bindingsplaatsen voorspellen, zijn vaak onbetrouwbaar. Aan de andere kant is uitgebreide experimentele validatie moeilijk en tijdrovend. We introduceren een eenvoudige strategie die de robuustheid en nauwkeurigheid van computationele voorspellingen van bindingsplaatsen drastisch verbetert. Ten eerste evalueren we de frequentie van herhaling van computationele TFBS-voorspellingen door veelgebruikte bemonsteringsprocedures. We constateren dat de overgrote meerderheid van de resultaten biologisch betekenisloos is. Clustering van resultaten op basis van nucleotidepositie verbetert echter het voorspellend vermogen. Bovendien constateren we dat positionele clustering de robuustheid ten opzichte van lange of onvolmaakt geselecteerde invoersequenties verhoogt. Positionele clustering kan ook worden gebruikt als een mechanisme om resultaten van meerdere bemonsteringsmethoden te integreren voor verbeteringen in nauwkeurigheid ten opzichte van elke methode afzonderlijk. Ten slotte voorspellen en valideren we regulerende sequenties die gedeeltelijk verantwoordelijk zijn voor de transcriptionele controle van de zoogdier type A γ-aminoboterzuur receptor (GABA(A)R) subunit genen. Positionele clustering is nuttig voor het verbeteren van computationele voorspellingen van bindingsplaatsen, met potentiële toepassing voor het verbeteren van ons begrip van zoogdiergenexpressie. In het bijzonder kunnen voorspelde regulerende mechanismen in de zoogdier GABA(A)R subunit genfamilie nieuwe onderzoeksmogelijkheden openen voor het begrijpen van dit farmacologisch belangrijke neurotransmitter receptorsysteem.
|
Positionele clustering verbetert de computationele detectie van bindingsplaatsen en identificeert nieuwe cis-regulerende sites in zoogdier GABA(A) receptor subunit genen
|
x2zq0lnt
|
ACHTERGROND: Met de toegenomen frequentie van uitbraken van H5N1 wereldwijd bestaat er bezorgdheid dat het virus commerciële pluimveebedrijven kan binnendringen met ernstige economische gevolgen. METHODOLOGIE/BELANGRIJKSTE RESULTATEN: We analyseren gegevens van vier recente uitbraken van hoogpathogene aviäre influenza (HPAI) in commerciële pluimveehouderijen om het reproductiegetal van boerderij tot boerderij voor HPAI te schatten. Het reproductiegetal is een belangrijke maat voor de overdraagbaarheid van HPAI op boerderijniveau, omdat het kan worden gebruikt om de effectiviteit van de bestrijdingsmaatregelen te evalueren. Bij deze uitbraken varieerde het gemiddelde reproductiegetal van boerderij tot boerderij vóór de controles van 1,1 tot 2,4, met het maximale reproductiegetal op boerderijniveau in het bereik van 2,2 tot 3,2. Verbeterde biosecurity, bewegingsbeperkingen en snelle isolatie van de geïnfecteerde bedrijven in alle vier de uitbraken verminderden het reproductiegetal aanzienlijk, maar het bleef dicht bij de drempelwaarde 1 die nodig is om ervoor te zorgen dat de ziekte wordt uitgeroeid. CONCLUSIES/SIGNIFICANTIE: Onze resultaten tonen aan dat, afhankelijk van de specifieke situatie waarin een uitbraak van aviäre influenza optreedt, de huidige controles mogelijk niet voldoende zijn om de ziekte uit te roeien, en daarom een nauwlettend toezicht op de uitbraak vereist is. De methode die we hebben gebruikt voor het schatten van het reproductiegetal is eenvoudig te implementeren en kan in real-time worden gebruikt. Het kan daarom een nuttig instrument zijn om beleidsbeslissingen te informeren.
|
De Overdraagbaarheid van Hoogpathogene Aviäre Influenza bij Commerciële Pluimveehouderijen in Geïndustrialiseerde Landen
|
hf3nytb2
|
ACHTERGROND: Planning van publieke gezondheidsreacties op een influenza-pandemie is afhankelijk van voorspellende modellen waarmee de impact van verschillende interventiestrategieën kan worden geëvalueerd. Onderzoek heeft zich tot op heden eerder gericht op het produceren van voorspellingen voor bepaalde locaties of onder specifieke omstandigheden, dan op het ontwerpen van een openbaar beschikbare planningstool die kan worden toegepast door instanties voor de volksgezondheid. Hier presenteren we een dergelijke tool, reproduceerbaar door een expliciet geformuleerde structuur en ontworpen om te werken met een optimale combinatie van de concurrerende eisen van precisie, realisme en algemeenheid. RESULTATEN: InfluSim is een deterministisch compartimentmodel gebaseerd op een systeem van meer dan 1000 differentiaalvergelijkingen die het klassieke SEIR-model uitbreiden met klinische en demografische parameters die relevant zijn voor de planning van de voorbereiding op een pandemie. Het maakt het mogelijk om tijdverlopen en cumulatieve aantallen influenza-gevallen, poliklinische bezoeken, toegepaste doses antivirale behandeling, ziekenhuisopnames, sterfgevallen en verloren werkdagen door ziekte te produceren, die allemaal kunnen worden geassocieerd met economische aspecten. De software is geprogrammeerd in Java, werkt platformonafhankelijk en kan worden uitgevoerd op gewone desktopcomputers. CONCLUSIE: InfluSim is een online beschikbare software die planners van de volksgezondheid efficiënt helpt bij het ontwerpen van optimale interventies tegen een influenza-pandemie. Het kan de infectiedynamiek van een influenza-pandemie reproduceren zoals complexe computersimulaties, terwijl het tegelijkertijd reproduceerbaarheid, hogere rekenprestaties en betere bedienbaarheid biedt.
|
De planningstool InfluSim voor de voorbereiding op een influenza-pandemie
|
byp2eqhd
|
Sociale insecten kunnen zowel op groepsniveau als individueel verdediging opzetten tegen pathogenen. Hier concentreren we ons op individuele verdediging, door een genoomwijde analyse van immuniteit bij een sociaal insect, de honingbij Apis mellifera, te presenteren. We presenteren honingbijmodellen voor elk van de vier signaalroutes die geassocieerd zijn met immuniteit, waarbij plausibele orthologen worden geïdentificeerd voor bijna alle voorspelde pathwayleden. Vergeleken met de gesequentieerde Drosophila en Anopheles genomen, bezitten honingbijen ongeveer een derde minder genen in 17 genfamilies die betrokken zijn bij insectenimmuniteit. We suggereren dat een impliciete vermindering van immuunflexibiliteit bij bijen de sterkte van sociale barrières tegen ziekten weerspiegelt, of een tendens bij bijen om aangevallen te worden door een beperkte set van sterk co-geëvolueerde pathogenen.
|
Immuunroutes en afweermechanismen bij honingbijen Apis mellifera
|
s4y6uxsb
|
ACHTERGROND: Ubiquitine en ubiquitine-achtige eiwitten (Ubl) zijn ontworpen om polypeptiden in eukaryoten te modificeren. Covalente binding van ubiquitine of Ubls aan substraateiwitten kan worden omgekeerd door specifieke hydrolasen. Een bepaalde set cysteïneproteasen, de CE-clan, die ubiquitine en Ubls als doelwit heeft, heeft homologen in eukaryoten, prokaryoten en virussen. RESULTATEN: We hebben het E. coli-eiwit elaD gekloond en geanalyseerd, dat op afstand verwant is aan eukaryote CE-clanleden van de ULP/SENP-proteasefamilie die specifiek zijn voor SUMO en Nedd8. ElaD, voorheen verkeerd geannoteerd als een putatieve sulfatase/fosfatase, is een efficiënt en specifiek deubiquitinerend enzym in vitro. Interessant is dat elaD aanwezig is in alle intestinale pathogene E. coli-stammen, maar opvallend afwezig is in extra-intestinale pathogene stammen (ExPEC's). Verdere homologen van dit protease zijn te vinden in Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus en in Alpha-, Beta- en Gammaproteobacteriën. CONCLUSIE: De expressie van ULP/SENP-gerelateerde hydrolasen in bacteriën strekt zich dus uit tot plantpathogenen en medisch relevante stammen van Escherichia coli, Legionella pneumophila, Rickettsiae, Chlamydiae en Salmonellae, waarin het elaD-ortholoog sseL onlangs is geïdentificeerd als een virulentiefactor met deubiquitinerende activiteit. Als tegenpunt laat ons fylogenetische en functionele onderzoek zien dat oude eukaryote ULP/SENP-proteasen ook het potentieel hebben voor ubiquitine-specifieke hydrolyse, wat wijst op een vroege gemeenschappelijke oorsprong van deze peptidase-clan.
|
ElaD, een deubiquitinerende protease geproduceerd door E. coli
|
9zmyojbu
|
Een gemeenschappelijke overlappende site op het N-terminale IgV-achtige domein van humane carcino-embryonaal antigeen (CEA)-gerelateerde celadhesiemoleculen (CEACAM's) is het doelwit van verschillende belangrijke humane respiratoire pathogenen. Deze omvatten *Neisseria meningitidis* (Nm) en *Haemophilus influenzae* (Hi) die gegeneraliseerde of persisterende gelokaliseerde infecties kunnen veroorzaken. Om de precieze structurele kenmerken te definiëren die de binding van verschillende pathogenen aan CEACAM's bepalen, hebben we moleculaire modellering en mutatie van de receptormoleculen ondernomen op eerder geïmpliceerde belangrijke doelresiduen die nodig zijn voor bacteriële binding. Deze omvatten Ser-32, Tyr-34, Val-39, Gln-44 en Gln-89, naast Ile-91, de primaire dockingsite voor de pathogenen. De meeste, maar niet alle, van deze residuen bevinden zich naast elkaar in een eerder N-domeinmodel van humaan CEACAM1, dat gebaseerd was op REI, CD2 en CD4. In de huidige studies hebben we dit model verfijnd op basis van de muis CEACAM1 kristalstructuur, en we observeren dat alle bovengenoemde residuen een blootgesteld continu bindingsgebied op het N-domein vormen. Onderzoek van het model suggereerde ook dat substitutie van twee van deze residuen, 34 en 89, de toegankelijkheid van Ile-91 voor ligandbinding zou kunnen beïnvloeden. Door geselecteerde mutaties op posities 91, 34 en 89 in te voeren, bevestigden we het primaire belang van Ile-91 in alle bacteriële binding aan CEACAM1 ondanks de inter- en intraspecifieke structurele verschillen tussen de bacteriële CEACAM-bindende liganden. De studies wezen verder uit dat de efficiëntie van de binding significant werd verbeterd voor specifieke stammen door mutaties zoals Y34F en Q89N, die ook de hiërarchie van Nm versus Hi-stam binding veranderden. Deze studies impliceren dat verschillende polymorfismen in humane epitheliale CEACAM's het potentieel hebben om het risico op infectie door de receptor-targetende pathogenen te verlagen of te verhogen.
|
Mutatieanalyse van humaan CEACAM1: het potentieel van receptorpolymorfisme in het verhogen van de vatbaarheid van de gastheer voor bacteriële infectie
|
4y8ghcpq
|
Het immuun reconstitutie inflammatoir syndroom (IRIS) bij HIV-geïnfecteerde patiënten die starten met antiretrovirale therapie (ART) resulteert uit hersteld immuunsysteem tegen specifieke infectieuze of niet-infectieuze antigenen. Een paradoxale klinische verslechtering van een bekende aandoening of het optreden van een nieuwe aandoening na het starten van de therapie kenmerkt het syndroom. Mogelijke mechanismen voor het syndroom omvatten een gedeeltelijk herstel van het immuunsysteem of exuberante immuunresponsen van de gastheer op antigene stimuli. De totale incidentie van IRIS is onbekend, maar is afhankelijk van de bestudeerde populatie en de onderliggende opportunistische infectieuze belasting. De infectieuze pathogenen die het meest frequent bij het syndroom betrokken zijn, zijn mycobacteriën, varicella zoster, herpesvirussen en cytomegalovirus (CMV). Er bestaat geen enkele behandelingsoptie en deze is afhankelijk van het onderliggende infectieuze agens en de klinische presentatie ervan. Prospectieve cohortstudies die de optimale screening en behandeling van opportunistische infecties bij patiënten die in aanmerking komen voor ART onderzoeken, zijn momenteel aan de gang. Deze studies zullen bewijs leveren voor de ontwikkeling van behandelrichtlijnen om de last van IRIS te verminderen. We bespreken de beschikbare literatuur over de pathogenese en epidemiologie van IRIS en presenteren behandelingsopties voor de meest voorkomende infectieuze manifestaties van dit diverse syndroom en voor manifestaties die gepaard gaan met een hoge morbiditeit.
|
Immuun reconstitutie inflammatoir syndroom (IRIS): overzicht van veelvoorkomende infectieuze manifestaties en behandelingsopties
|
63bos83o
|
ACHTERGROND: Effectieve influenza surveillance vereist nieuwe methoden die in staat zijn tot snelle en goedkope genomische analyse van evoluerende virale soorten voor pandemic preparedness, om de evolutie van circulerende virale soorten te begrijpen, en voor de selectie van vaccinstammen. We hebben een dergelijke aanpak ontwikkeld op basis van eerder beschreven breed-spectrum reverse transcription PCR/electrospray ionisatie massaspectrometrie (RT-PCR/ESI-MS) technologie. METHODEN EN BELANGRIJKSTE RESULTATEN: Analyse van de basensamenstelling van RT-PCR-amplicons van influenza-kern-gensegmenten (PB1, PB2, PA, M, NS, NP) worden gebruikt om sub-species identificatie te verschaffen en influenza virus H en N subtypes af te leiden. Met behulp van deze aanpak hebben we 92 zoogdier- en vogelinfluenza-isolaten gedetecteerd en correct geïdentificeerd, die 30 verschillende H en N types vertegenwoordigen, waaronder 29 vogel H5N1 isolaten. Verder toonde directe analyse van 656 menselijke klinische respiratoire specimens die gedurende een periode van zeven jaar (1999–2006) werden verzameld, correcte identificatie van de virale soorten en subtypes met >97% sensitiviteit en specificiteit. Op basensamenstelling gebaseerde clusters afgeleid van deze analyse vertoonden 100% overeenstemming met eerder vastgestelde clades. Doorlopende surveillance van monsters uit de recente influenza virus seizoenen (2005–2006) toonde bewijs voor de opkomst en vestiging van nieuwe genotypen van circulerende H3N2 stammen wereldwijd. Gemengde virale quasispecies werden gevonden in ongeveer 1% van deze recente monsters, wat een beeld geeft van de virale evolutie. CONCLUSIE/SIGNIFICANTIE: Snelle RT-PCR/ESI-MS analyse kan dus worden gebruikt om gelijktijdig alle soorten influenza virussen te identificeren met clade-niveau resolutie, gemengde virale populaties te identificeren en de wereldwijde verspreiding en opkomst van nieuwe virale genotypen te monitoren. Deze high-throughput methode belooft een integraal onderdeel van influenza surveillance te worden.
|
Globale Surveillance van Opkomende Influenza Virus Genotypen door Massaspectrometrie
|
hqc7u9w3
|
Ondanks intensief lopend onderzoek blijven belangrijke aspecten van de ruimtelijk-temporele evolutie van de mond- en klauwzeer (MKZ) epidemie in Groot-Brittannië (GB) in 2001 onverklaard. Hier ontwikkelen we een Markov Chain Monte Carlo (MCMC) methode voor het schatten van epidemiologische parameters van de uitbraak in 2001 voor een reeks eenvoudige transmissie modellen. We maken de vereenvoudigende aanname dat besmettelijke bedrijven in 2001 volledig werden waargenomen, wat gelijk staat aan de aanname dat bedrijven die proactief werden geruimd maar niet gediagnosticeerd werden met MKZ niet besmettelijk waren, zelfs als sommige wel geïnfecteerd waren. We schatten hoe transmissieparameters in de tijd varieerden, waarbij we de impact van de controlemaatregelen op de voortgang van de epidemie benadrukken. We demonstreren statistisch significant bewijs voor assortatieve contactpatronen tussen dieren van dezelfde soort. Predictieve risico kaarten van het transmissiepotentieel in verschillende geografische gebieden van GB worden gepresenteerd voor de aangepaste modellen.
|
Transmissieparameters van de mond- en klauwzeer-epidemie in Groot-Brittannië in 2001
|
87zt7lew
|
Muizenpneumonievirus (PVM; familie Paramyxoviridae, subfamilie Pneumovirinae) is een natuurlijk respiratoir pathogeen van knaagdieren en een belangrijk nieuw model voor de studie van ernstige virale bronchiolitis en pneumonie. Ondanks de typisch hoge virustitels die in vivo in geïnfecteerd muizenlongweefsel worden gedetecteerd, zijn cellijnen die routinematig worden gebruikt voor viruspropagatie in vitro niet erg gevoelig voor PVM-infectie. We hebben verschillende knaagdier- en primatencellijnen geëvalueerd op gevoeligheid voor PVM-infectie en de hoogste virustitels gedetecteerd na infectie van de muis monocyten-macrofaag RAW 264.7 cellijn. Bovendien induceert virusreplicatie in RAW 264.7 cellen de synthese en secretie van pro-inflammatoire cytokines die relevant zijn voor respiratoire virusziekten, waaronder tumornecrosefactor-α (TNF-α), interferon-β (IFN-β), macrofaag inflammatoire proteïnen 1α en 1β (MIP-1α en MIP-1β) en de functionele homoloog van humane IL-8, muis macrofaag inflammatoir peptide-2 (MIP-2). De identificatie en karakterisering van een knaagdiercellijn die de replicatie van PVM ondersteunt en de synthese van ziekte-gerelateerde pro-inflammatoire mediatoren induceert, zal studies naar moleculaire mechanismen van virale pathogenese vergemakkelijken die de bevindingen uit muismodelsystemen zullen aanvullen en uitbreiden.
|
Efficiënte replicatie van muizenpneumonievirus (PVM) in een muis-macrofaag cellijn
|
wgxt36jv
|
ACHTERGROND: Sinds 2001 hebben staats- en lokale gezondheidsdiensten in de Verenigde Staten (VS) hun inspanningen om zich voor te bereiden op grootschalige noodsituaties op het gebied van de volksgezondheid versneld. Een onderdeel van deze activiteiten was de ontwikkeling en uitvoering van oefenprogramma's om capaciteiten te beoordelen, personeel op te leiden en relaties op te bouwen. Dit artikel vat de lessen samen die zijn geleerd uit tabletop oefeningen over de paraatheid bij noodsituaties op het gebied van de volksgezondheid en over het proces van het ontwikkelen, uitvoeren en evalueren ervan. METHODEN: We hebben van 2003 tot 2006 in samenwerking met staats- en lokale gezondheidsdiensten in de hele VS 31 tabletop oefeningen ontwikkeld, uitgevoerd en geëvalueerd. Zelf-evaluaties van deelnemers, after-action reports en evaluatieformulieren voor tabletop oefeningen werden gebruikt om aspecten van de oefeningen zelf te identificeren, evenals reacties op noodsituaties op het gebied van de volksgezondheid die deelnemers meer of minder uitdagend vonden, en om lessen te benadrukken die zijn geleerd over het ontwerp van tabletop oefeningen. RESULTATEN: Het ontwerpen van de oefeningen omvatte aanzienlijke samenwerking met vertegenwoordigers van deelnemende gezondheidsdiensten om ervoor te zorgen dat de scenario's geloofwaardig waren, de aandacht gericht waren op de behoeften en prioriteiten op het gebied van lokale paraatheid en logistiek haalbaar waren om te implementeren. Tijdens de uitvoering van de oefeningen worstelden bijna alle gezondheidsdiensten met een gemeenschappelijke reeks uitdagingen met betrekking tot ziektebewaking, epidemiologisch onderzoek, communicatie, command and control en de capaciteit van de gezondheidszorg om pieken op te vangen. Daarentegen waren de sterke punten van de prestaties meer gevarieerd over de deelnemende locaties, wat specifieke kenmerken van individuele gezondheidsdiensten of gemeenschappen, ervaring met daadwerkelijke noodsituaties op het gebied van de volksgezondheid of de nadruk van eerdere voorbereidingsinspanningen weerspiegelde. CONCLUSIE: Het ontwerp, de uitvoering en de evaluatie van de tabletop oefeningen die in dit rapport worden beschreven, profiteerden van een collaboratieve planning waarbij belanghebbenden van deelnemende gezondheidsdiensten en ontwikkelaars en facilitators van oefeningen van buiten de deelnemende instanties betrokken waren. Hoewel deze oefeningen zowel sterke als zwakke punten in de paraatheid bij noodsituaties hebben geïdentificeerd, is er aanvullend werk nodig om betrouwbare meetmethoden te ontwikkelen om de prestaties van oefeningen te meten, follow-up actiestappen te informeren en om ontwerpen voor her-evaluatieoefeningen te ontwikkelen die de impact van interventies na de oefening beoordelen.
|
Het ontwerpen en uitvoeren van tabletop oefeningen om de paraatheid van de volksgezondheid te beoordelen voor door de mens veroorzaakte en natuurlijk voorkomende biologische bedreigingen
|
qbldmef1
|
ACHTERGROND: Het brede gebruik van Affymetrix microarrays in diverse biologische onderzoeksgebieden heeft de annotatie van probesets tot een belangrijk punt gemaakt. Standaard Affymetrix probeset annotatie is op genniveau, d.w.z. een probeset is precies gekoppeld aan een gen, en de probeset intensiteit wordt geïnterpreteerd als genexpressie. De toegenomen kennis dat één gen meerdere transcriptvarianten kan hebben, maakt duidelijk de noodzaak om deze genniveau annotatie bij te werken naar een verfijnd transcriptniveau. RESULTATEN: Door het uitvoeren van rigoureuze uitlijningen van de Affymetrix probesequenties tegen een uitgebreide pool van momenteel beschikbare transcriptsequenties, en het verder koppelen van de probesets aan de International Protein Index, hebben we transcriptniveau- of proteïneniveau-annotatietabellen gegenereerd voor twee populaire Affymetrix expressie arrays, Mouse Genome 430A 2.0 Array en Human Genome U133A Array. Toepassing van onze nieuwe annotaties bij het heronderzoeken van bestaande expressiedatasets laat een verhoogde expressieconsistentie zien tussen synonieme probesets en een versterkte expressiecorrelatie tussen interagerende eiwitten. CONCLUSIE: Door de standaard Affymetrix annotatie van microarray probesets te verfijnen van genniveau naar transcriptniveau en proteïneniveau, kan men een betrouwbaardere interpretatie van hun experimentele data bereiken, wat kan leiden tot de ontdekking van meer diepgaande regelmechanismen.
|
Transcript-niveau annotatie van Affymetrix probesets verbetert de interpretatie van genexpressiedata
|
End of preview. Expand
in Data Studio
TRECCOVID is an ad-hoc search challenge based on the COVID-19 dataset containing scientific articles related to the COVID-19 pandemic. TRECCOVID-NL is a Dutch translation.
| Task category | t2t |
| Domains | Medical, Academic, Written |
| Reference | https://colab.research.google.com/drive/1R99rjeAGt8S9IfAIRR3wS052sNu3Bjo-#scrollTo=4HduGW6xHnrZ |
How to evaluate on this task
You can evaluate an embedding model on this dataset using the following code:
import mteb
task = mteb.get_task("TRECCOVID-NL")
evaluator = mteb.MTEB([task])
model = mteb.get_model(YOUR_MODEL)
evaluator.run(model)
To learn more about how to run models on mteb task check out the GitHub repository.
Citation
If you use this dataset, please cite the dataset as well as mteb, as this dataset likely includes additional processing as a part of the MMTEB Contribution.
@misc{banar2024beirnlzeroshotinformationretrieval,
archiveprefix = {arXiv},
author = {Nikolay Banar and Ehsan Lotfi and Walter Daelemans},
eprint = {2412.08329},
primaryclass = {cs.CL},
title = {BEIR-NL: Zero-shot Information Retrieval Benchmark for the Dutch Language},
url = {https://arxiv.org/abs/2412.08329},
year = {2024},
}
@article{enevoldsen2025mmtebmassivemultilingualtext,
title={MMTEB: Massive Multilingual Text Embedding Benchmark},
author={Kenneth Enevoldsen and Isaac Chung and Imene Kerboua and Márton Kardos and Ashwin Mathur and David Stap and Jay Gala and Wissam Siblini and Dominik Krzemiński and Genta Indra Winata and Saba Sturua and Saiteja Utpala and Mathieu Ciancone and Marion Schaeffer and Gabriel Sequeira and Diganta Misra and Shreeya Dhakal and Jonathan Rystrøm and Roman Solomatin and Ömer Çağatan and Akash Kundu and Martin Bernstorff and Shitao Xiao and Akshita Sukhlecha and Bhavish Pahwa and Rafał Poświata and Kranthi Kiran GV and Shawon Ashraf and Daniel Auras and Björn Plüster and Jan Philipp Harries and Loïc Magne and Isabelle Mohr and Mariya Hendriksen and Dawei Zhu and Hippolyte Gisserot-Boukhlef and Tom Aarsen and Jan Kostkan and Konrad Wojtasik and Taemin Lee and Marek Šuppa and Crystina Zhang and Roberta Rocca and Mohammed Hamdy and Andrianos Michail and John Yang and Manuel Faysse and Aleksei Vatolin and Nandan Thakur and Manan Dey and Dipam Vasani and Pranjal Chitale and Simone Tedeschi and Nguyen Tai and Artem Snegirev and Michael Günther and Mengzhou Xia and Weijia Shi and Xing Han Lù and Jordan Clive and Gayatri Krishnakumar and Anna Maksimova and Silvan Wehrli and Maria Tikhonova and Henil Panchal and Aleksandr Abramov and Malte Ostendorff and Zheng Liu and Simon Clematide and Lester James Miranda and Alena Fenogenova and Guangyu Song and Ruqiya Bin Safi and Wen-Ding Li and Alessia Borghini and Federico Cassano and Hongjin Su and Jimmy Lin and Howard Yen and Lasse Hansen and Sara Hooker and Chenghao Xiao and Vaibhav Adlakha and Orion Weller and Siva Reddy and Niklas Muennighoff},
publisher = {arXiv},
journal={arXiv preprint arXiv:2502.13595},
year={2025},
url={https://arxiv.org/abs/2502.13595},
doi = {10.48550/arXiv.2502.13595},
}
@article{muennighoff2022mteb,
author = {Muennighoff, Niklas and Tazi, Nouamane and Magne, Loïc and Reimers, Nils},
title = {MTEB: Massive Text Embedding Benchmark},
publisher = {arXiv},
journal={arXiv preprint arXiv:2210.07316},
year = {2022}
url = {https://arxiv.org/abs/2210.07316},
doi = {10.48550/ARXIV.2210.07316},
}
Dataset Statistics
Dataset Statistics
The following code contains the descriptive statistics from the task. These can also be obtained using:
import mteb
task = mteb.get_task("TRECCOVID-NL")
desc_stats = task.metadata.descriptive_stats
{}
This dataset card was automatically generated using MTEB
- Downloads last month
- 22