Datasets:
mteb
/

Modalities:
Text
Formats:
parquet
Languages:
Persian
ArXiv:
Libraries:
Datasets
pandas
License:
Dataset Viewer
Auto-converted to Parquet
_id
stringlengths
8
8
text
stringlengths
0
5.05k
title
stringlengths
0
900
ug7v899j
هدف: این مرور نمودار گذشته‌نگر، اپیدمیولوژی و ویژگی‌های بالینی 40 بیمار مبتلا به عفونت‌های مایکوپلاسما پنومونیه اثبات‌شده با کشت را در بیمارستان دانشگاه شاه عبدالعزیز، جده، عربستان سعودی توصیف می‌کند. MethodsPatients با کشت M. pneumoniae مثبت از نمونه های تنفسی از ژانویه 1997 تا دسامبر 1998 از طریق سوابق میکروبیولوژی شناسایی شدند. نمودارهای بیماران مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: 40 بیمار شناسایی شدند که 33 نفر (5/82%) نیاز به بستری داشتند. اکثر عفونت ها (92.5٪) اکتسابی از جامعه بودند. عفونت تمام گروه های سنی را تحت تاثیر قرار داد اما در نوزادان (32.5%) و کودکان پیش دبستانی (22.5%) شایع ترین بود. این در تمام طول سال رخ می دهد، اما بیشتر در پاییز (35٪) و بهار (30٪) دیده می شود. بیش از سه چهارم بیماران (5/77%) بیماری های همراه داشتند. 24 ایزوله (60%) با پنومونی، 14 (35%) با عفونت دستگاه تنفسی فوقانی و 2 (5%) با برونشیولیت همراه بودند. سرفه (82.5%)، تب (75%) و کسالت (58.8%) شایع‌ترین علائم و تخلخل (60%) و خس‌خس سینه (40%) شایع‌ترین علائم بودند. اکثر بیماران مبتلا به پنومونی (79.2٪) دارای تهوع بودند اما تنها 25٪ تنفس برونش داشتند. بیماران دچار نقص ایمنی بیشتر از بیماران غیر نقص ایمنی به ذات الریه مراجعه می کنند (9/8 در مقابل 31/16، 05/0 = P). از 24 بیمار مبتلا به پنومونی، 14 بیمار (58.3%) بهبودی بدون حادثه داشتند، 4 نفر (16.7%) به دنبال برخی عوارض بهبود یافتند، 3 نفر (12.5%) به دلیل عفونت M پنومونیه فوت کردند و 3 (12.5%) به دلیل بیماری های زمینه ای فوت کردند. 3 بیمار که بر اثر پنومونی M pneumoniae فوت کردند، سایر بیماری‌های همراه داشتند. نتیجه‌گیری: نتایج ما مشابه داده‌های منتشر شده بود به جز این که عفونت‌ها در نوزادان و کودکان پیش‌دبستانی شایع‌تر بود و میزان مرگ‌ومیر پنومونی در بیماران مبتلا به بیماری‌های همراه بالا بود.
ویژگی‌های بالینی عفونت‌های مایکوپلاسما پنومونیه اثبات‌شده با کشت در بیمارستان دانشگاه ملک عبدالعزیز، جده، عربستان سعودی
02tnwd4m
بیماری های التهابی دستگاه تنفسی معمولاً با افزایش تولید نیتریک اکسید (NO•) و افزایش شاخص های استرس اکسیداتیو وابسته به NO مرتبط هستند. اگرچه NO• به داشتن خواص ضد میکروبی، ضد التهابی و آنتی اکسیدانی شناخته شده است، شواهد مختلفی از سهم NO• در آسیب ریه در چندین مدل بیماری حمایت می کند. بر اساس شواهد بیوشیمیایی، اغلب فرض می‌شود که چنین اکسیداسیون‌های وابسته به NO به دلیل تشکیل اکسیدان پراکسی نیتریت است، اگرچه مکانیسم‌های جایگزین شامل پروتئین‌های هم مشتق شده از فاگوسیت میلوپراکسیداز و ائوزینوفیل پراکسیداز ممکن است در شرایط التهاب عمل کنند. به دلیل وجود ادبیات بسیار زیاد در مورد تولید NO• و فعالیت‌های آن در دستگاه تنفسی، بررسی جامع این حوزه از حوصله این تفسیر خارج است. در عوض، بر شواهد و مفاهیم اخیر در مورد سهم احتمالی NO در بیماری های التهابی ریه تمرکز دارد.
اکسید نیتریک: یک واسطه پیش التهابی در بیماری ریه؟
ejv2xln0
سورفکتانت پروتئین-D (SP-D) در پاسخ ذاتی به میکروارگانیسم های استنشاقی و آنتی ژن های آلی شرکت می کند و به تنظیم ایمنی و التهابی در ریه کمک می کند. SP-D توسط سلول های اپیتلیال آلوئولی و برونشیتی سنتز و ترشح می شود، اما همچنین توسط سلول های اپیتلیال پوشاننده مجاری برون ریز مختلف و مخاط دستگاه گوارش و دستگاه ادراری تناسلی بیان می شود. SP-D، یک لکتین (یا کلتین) وابسته به کلسیم کلاژنی، به گلیکوکونژوگیت های سطحی که توسط طیف گسترده ای از میکروارگانیسم ها بیان می شوند، و به الیگوساکاریدهای مرتبط با سطح آنتی ژن های آلی پیچیده مختلف متصل می شود. SP-D همچنین به طور خاص با گلیکوکونژوگیت ها و سایر مولکول های بیان شده بر روی سطح ماکروفاژها، نوتروفیل ها و لنفوسیت ها تعامل می کند. علاوه بر این، SP-D به لیپیدهای مرتبط با سورفکتانت خاص متصل می شود و می تواند بر سازماندهی مخلوط های لیپیدی حاوی فسفاتیدیلینوزیتول در شرایط آزمایشگاهی تأثیر بگذارد. مطابق با این فعالیت‌های متنوع در شرایط آزمایشگاهی، مشاهده‌ای است که موش‌های تراریخته با کمبود SP-D تجمع غیرطبیعی لیپیدهای سورفکتانت را نشان می‌دهند و به چالش با ویروس‌های تنفسی و لیپوپلی‌ساکاریدهای باکتریایی پاسخ غیرعادی می‌دهند. فنوتیپ ماکروفاژهای جدا شده از ریه‌های موش‌های دارای کمبود SP-D تغییر می‌کند و شواهدی وجود دارد که متابولیسم غیرطبیعی اکسیدان و/یا افزایش بیان متالوپروتئیناز به ایجاد آمفیزم کمک می‌کند. بیان SP-D در پاسخ به بسیاری از اشکال آسیب ریه افزایش می یابد، و تجمع ناقص SP-D الیگومریزه شده ممکن است به پاتوژنز انواع بیماری های ریوی انسان کمک کند.
پروتئین سورفکتانت D و دفاع میزبان ریوی
2b73a28n
اندوتلین-1 (ET-1) یک پپتید 21 اسید آمینه با فعالیت بیولوژیکی متنوع است که در بسیاری از بیماری ها نقش دارد. ET-1 یک تنظیم کننده میتوژن قوی تون ماهیچه صاف و واسطه التهابی است که ممکن است در بیماری های راه های هوایی، گردش خون ریوی و بیماری های التهابی ریه، چه حاد و چه مزمن، نقش کلیدی داشته باشد. این بررسی بر روی بیولوژی ET-1 و نقش آن در بیماری ریه تمرکز خواهد کرد.
نقش اندوتلین-1 در بیماری ریوی
9785vg6d
ویروس سنسیشیال تنفسی (RSV) و ویروس پنومونی موش ها (PVM) ویروس هایی از خانواده Paramyxoviridae، زیرخانواده پنومو ویروس هستند که به ترتیب باعث عفونت های تنفسی مهم بالینی در انسان و جوندگان می شوند. سلول‌های هدف اپیتلیال تنفسی با تغییرات خاص در بیان ژن، از جمله تولید سیتوکین‌های شیمی‌جذب، مولکول‌های چسبنده، عناصر مرتبط با پاسخ آپوپتوز و سایر مواردی که به طور کامل شناخته نشده‌اند، به عفونت ویروسی پاسخ می‌دهند. در اینجا ما درک فعلی خود از این پاسخ‌های مخاطی را مرور می‌کنیم و چندین رویکرد ژنومی را مورد بحث قرار می‌دهیم، از جمله نمایش دیفرانسیل واکنش زنجیره‌ای رونویسی معکوس پلیمراز (PCR) و استراتژی‌های آرایه ژنی، که به ما اجازه می‌دهد ماهیت این پاسخ‌ها را به صورت کامل‌تر و سیستماتیک‌تر کشف کنیم. روش
بیان ژن در سلول های اپیتلیال در پاسخ به عفونت پنوموویروسی
zjufx4fo
mRNA های زیر ژنومی نیدوویروس حاوی یک توالی رهبر مشتق شده از انتهای '5 ژنوم است که با توالی های مختلف ('بدن') مشتق شده از انتهای '3 ترکیب شده است. تولید آنها شامل یک مکانیسم منحصر به فرد از سنتز RNA زیر ژنومی ناپیوسته است که شبیه به نوترکیب RNA انتخابی کپی است. در طی این فرآیند، رشته RNA نوپا از یک محل در قالب به مکان دیگر در طول سنتز رشته مثبت یا منفی منتقل می شود تا مولکول های RNA زیر ژنومی تولید شود. مرکز این فرآیند توالی‌های تنظیم‌کننده رونویسی (TRS) هستند که در هر دو سایت الگو وجود دارند و از صحت انتقال رشته اطمینان می‌دهند. در اینجا ما نتایج یک مطالعه جامع جهش‌زایی هم‌واریاسیون TRSs ویروس آرتریت اسبی را ارائه می‌کنیم، که نشان می‌دهد سنتز RNA ناپیوسته نه تنها به جفت شدن پایه بین TRS رهبر حس و TRS بدن ضد حس، بلکه به دنباله اولیه TRS بدن نیز بستگی دارد. در حالی که TRS رهبر صرفاً نقش هدف گیری را برای انتقال رشته ایفا می کند، بدنه TRS عملکردهای متعددی را انجام می دهد. توالی اتصالات رهبر mRNA-بدن جهش یافته های TRS به شدت نشان می دهد که مرحله ناپیوسته در طول سنتز رشته منهای رخ می دهد.
الزامات توالی برای انتقال رشته RNA در طول سنتز RNA زیر ژنومی ناپیوسته نیدوویروس
5yhe786e
شواهد اخیر نشان می دهد که بیماران بدحال می توانند سطوح پایین تر هموگلوبین را نسبت به آنچه قبلاً تصور می شد تحمل کنند. هدف ما نشان دادن این است که انتقال خون تا سطح 100 گرم در لیتر باعث بهبود مرگ و میر و سایر نتایج مهم بالینی در یک محیط مراقبت ویژه نمی شود. اگرچه سوالات زیادی باقی مانده است، بسیاری از مطالعات آزمایشگاهی و بالینی، از جمله یک کارآزمایی تصادفی کنترل شده (RCT) اخیر نشان داده اند که انتقال خون به غلظت هموگلوبین طبیعی، نارسایی اندام و مرگ و میر را در بیمار بدحال بهبود نمی بخشد. علاوه بر این، یک استراتژی محدود کننده انتقال خون، قرار گرفتن در معرض تزریق آلوژنیک را کاهش می دهد، منجر به استفاده کارآمدتر از گلبول های قرمز (RBCs)، صرفه جویی در خون به طور کلی، و کاهش هزینه های مراقبت های بهداشتی می شود.
بحث: انتقال خون به سطوح طبیعی هموگلوبین نتیجه را بهبود نمی بخشد
8zchiykl
بیست و یکمین سمپوزیوم بین المللی مراقبت های ویژه و اورژانس تحت تأثیر نتایج آزمایشات بالینی اخیر در سپسیس و سندرم زجر تنفسی حاد (ARDS) قرار گرفت. نوید درمان جایگزینی کبد خارج از بدن و تهویه غیرتهاجمی دیگر زمینه های مورد علاقه بود. مسائل اخلاقی نیز مورد توجه قرار گرفت. به طور کلی، سخنرانی‌ها، بحث‌های موافق/مخالف، سمینارها و آموزش‌ها از استاندارد بالایی برخوردار بودند. این جلسه با احساس دوباره اشتیاق مبنی بر اینکه پیشرفت مثبت در پزشکی مراقبت های ویژه رخ می دهد مشخص شد.
بیست و یکمین سمپوزیوم بین المللی مراقبت های ویژه و فوریت های پزشکی، بروکسل، بلژیک، 20-23 مارس 2001
8qnrcgnk
هم اکسیژناز-1 (HO-1)، یک پروتئین استرس القایی، محافظت سلولی در برابر استرس اکسیداتیو در شرایط آزمایشگاهی و درون تنی ایجاد می کند. علاوه بر نقش فیزیولوژیکی آن در تخریب هم، HO-1 ممکن است بر تعدادی از فرآیندهای سلولی از جمله رشد، التهاب و آپوپتوز تأثیر بگذارد. به دلیل اثرات ضد التهابی، HO-1 آسیب بافت را در پاسخ به محرک های پیش التهابی محدود می کند و از رد آلوگرافت پس از پیوند جلوگیری می کند. تنظیم رونویسی HO-1 به بسیاری از عوامل مانند هیپوکسی، لیپوپلی ساکارید باکتریایی و گونه های فعال اکسیژن/نیتروژن پاسخ می دهد. HO-1 و ایزوآنزیم بیان شده آن، هم اکسیژناز-2، مرحله محدود کننده سرعت در تبدیل هم به متابولیت های آن، بیلی روبین IXα، آهن آهن و مونوکسید کربن (CO) را کاتالیز می کند. مکانیسم هایی که توسط HO-1 محافظت می کند به احتمال زیاد شامل محصولات واکنش آنزیمی آن است. قابل توجه است که تجویز CO در غلظت‌های پایین می‌تواند جایگزین HO-1 با توجه به اثرات ضد التهابی و ضد آپوپتوز شود، که نقشی را برای CO به عنوان یک واسطه کلیدی عملکرد HO-1 نشان می‌دهد. مواجهه مزمن، سطح پایین و اگزوژن با CO ناشی از سیگار کشیدن به اهمیت CO در پزشکی ریه کمک می کند. پیامدهای سیستم HO-1/CO در بیماری های ریوی در این بررسی با تاکید بر حالات التهابی مورد بحث قرار خواهد گرفت.
هم اکسیژناز-1 و مونوکسید کربن در پزشکی ریه
jg13scgo
این گزارش طراحی و اجرای سیستم نظارت بر شیوع و بیماری در زمان واقعی (RODS)، یک سیستم نظارت بر سلامت عمومی مبتنی بر رایانه برای تشخیص زودهنگام شیوع بیماری را توصیف می‌کند. بیمارستان ها داده های RODS را از رویارویی های بالینی از طریق شبکه های خصوصی مجازی و خطوط اجاره ای با استفاده از پروتکل پیام سلامت سطح 7 (HL7) ارسال می کنند. داده ها در زمان واقعی ارسال می شوند. RODS با استفاده از طبقه‌بندی‌کننده‌های بیزی، به‌طور خودکار شکایت رئیس ثبت‌نام را در یکی از هفت دسته سندرم طبقه‌بندی می‌کند. داده‌ها را در یک پایگاه داده رابطه‌ای ذخیره می‌کند، داده‌ها را برای تجزیه و تحلیل با استفاده از تکنیک‌های انبار داده جمع‌آوری می‌کند، الگوریتم‌های تشخیص آماری تک متغیره و چند متغیره را برای داده‌ها اعمال می‌کند، و به کاربران هشدار می‌دهد که الگوریتم‌ها الگوهای غیرعادی را در شمارش سندرم شناسایی می‌کنند. RODS همچنین دارای یک رابط کاربری مبتنی بر وب است که از تحلیل های زمانی و مکانی پشتیبانی می کند. RODS فروش محصولات مراقبت های بهداشتی بدون نسخه را به روشی مشابه پردازش می کند اما چنین داده هایی را به صورت دسته ای به صورت روزانه دریافت می کند. RODS در طول بازی های المپیک زمستانی 2002 مورد استفاده قرار گرفت و در حال حاضر در دو ایالت پنسیلوانیا و یوتا فعالیت می کند. این منبعی برای پیاده سازی، ارزیابی و به کارگیری روش های جدید نظارت بر سلامت عمومی بوده و هست.
توضیحات فنی RODS: یک سیستم نظارت بر سلامت عمومی در زمان واقعی
5tkvsudh
تنظیم اورنیتین دکربوکسیلاز در مهره داران شامل یک مکانیسم بازخورد منفی است که به آنتی آنزیم پروتئین نیاز دارد. در اینجا ما نشان می دهیم که مکانیسم مشابهی در مخمر شکافت Schizosaccharomyces pombe وجود دارد. بیان ژن های آنتی آنزیم پستانداران نیاز به تغییر چارچوب ترجمه +1 خاص دارد. کارایی رویداد تغییر قاب منعکس کننده سطوح پلی آمین سلولی است که حلقه بازخورد خودتنظیمی را ایجاد می کند. همانطور که در اینجا نشان داده شده است، ژن آنتی آنزیم مخمر و چندین ژن آنتی آنزیم تازه شناسایی شده از نماتدهای مختلف نیز به یک رویداد تغییر چارچوب ریبوزومی برای بیان خود نیاز دارند. دوازده نوکلئوتید در اطراف محل تغییر چارچوب بین S.pombe و همتایان پستانداران یکسان هستند. عنصر اصلی برای این تغییر قاب احتمالاً در آخرین جد مشترک مخمرها، نماتدها و پستانداران وجود داشته است.
حفاظت از تنظیم پلی آمین با تغییر چارچوب ترجمه از مخمر به پستانداران
6lvn10f4
ریبونوکلئوپروتئین هسته ای ناهمگن (hnRNP A1) در پیوند پیش از mRNA در هسته و تنظیم ترجمه در سیتوپلاسم نقش دارد. در مطالعه حاضر، ما نشان می‌دهیم که hnRNP A1 همچنین در رونویسی و تکثیر یک ویروس RNA سیتوپلاسمی، ویروس هپاتیت موش (MHV) شرکت می‌کند. بیان بیش از حد hnRNP A1 سینتیک سنتز RNA ویروسی را تسریع کرد، در حالی که بیان در سیتوپلاسم یک جهش یافته hnRNP A1 منفی غالب که فاقد حوزه حمل و نقل هسته ای است، آن را به طور قابل توجهی به تاخیر انداخت. جهش hnRNP A1 باعث مهار جهانی رونویسی mRNA ویروس و تکثیر ژنومی و همچنین مهار ترجیحی تکثیر RNA های معیوب تداخلی می شود. مشابه hnRNP A1 نوع وحشی، جهش یافته hnRNP A1 با یک محصول ژن پلیمراز MHV، پروتئین نوکلئوکپسید و RNA ویروسی کمپلکس شده است. با این حال، بر خلاف نوع وحشی hnRNP A1، پروتئین جهش یافته نتوانست به پروتئین سلولی 250 کیلو دالتون متصل شود، که نشان می دهد که استخدام پروتئین های سلولی توسط hnRNP A1 برای سنتز RNA MHV مهم است. یافته های ما اهمیت فاکتورهای سلولی را در سنتز RNA وابسته به RNA ویروسی نشان می دهد.
ریبونوکلئوپروتئین هسته ای ناهمگن A1 سنتز RNA یک ویروس سیتوپلاسمی را تنظیم می کند.
tvxpckxo
دامنه UBA یک موتیف توالی حفظ شده در بین پروتئین های اتصال پلی یوبیکوئیتین است. برای اولین بار، ما یک رویکرد سیستماتیک و توان عملیاتی بالا برای شناسایی پروتئین‌های دارای تعامل دامنه UBA از دیدگاه گسترده پروتئوم نشان می‌دهیم. با استفاده از سیستم شبیه‌سازی بیان در شرایط آزمایشگاهی لیزات رتیکولوسیت خرگوش، ما با موفقیت یازده پروتئینی را شناسایی کرده‌ایم که با دامنه UBA p62 تعامل دارند و اکثر یازده پروتئین با اختلالات نورودژنراتیو مانند بیماری آلزایمر مرتبط هستند. بنابراین، p62 ممکن است نقش نظارتی جدیدی را از طریق دامنه UBA بازی کند. رویکرد ما مسیری آسان برای توصیف پروتئین‌های برهم‌کنش دامنه UBA فراهم می‌کند و کاربرد آن نقش‌های مهمی را که دامنه UBA ایفا می‌کند آشکار می‌کند.
روشی برای شناسایی پروتئین های متقابل دامنه UBA در p62
mcuixluu
ما نقش اسکلت سلولی میکروتوبول را در طول عفونت ویروس واکسینیا بررسی کردیم. ما متوجه شدیم که ذرات ویروسی که به تازگی جمع شده‌اند در مجاورت مرکز سازمان‌دهی میکروتوبول به شکلی وابسته به کمپلکس میکروتوبول و دینئین-دیناکتین جمع می‌شوند. میکروتوبول ها برای تشکیل کارآمد ویروس بالغ درون سلولی (IMV) مورد نیاز هستند و برای مونتاژ ویروس پوشیده شده درون سلولی (IEV) ضروری هستند. همانطور که عفونت ادامه می یابد، اسکلت سلولی میکروتوبول به طرز چشمگیری سازماندهی مجدد می شود، به شکلی که یادآور بیان بیش از حد پروتئین های مرتبط با میکروتوبول (MAPs) است. مطابق با این، ما گزارش می‌کنیم که پروتئین‌های واکسینیا A10L و L4R دارای خواص MAP مانند هستند و واسطه اتصال مستقیم هسته‌های ویروسی به میکروتوبول‌ها در شرایط آزمایشگاهی هستند. علاوه بر این، عفونت واکسینیا همچنین منجر به کاهش شدید پروتئین ها در سانتروزوم و از دست دادن کارایی هسته زایی میکروتوبول سانتروزوم می شود. این اولین نمونه از اختلال عملکرد سانتروزوم ناشی از ویروس است. مطالعات بیشتر با واکسینیا بینش هایی را در مورد نقش میکروتوبول ها در طول پاتوژنز ویروسی و تنظیم عملکرد سانتروزوم ارائه می دهد.
عفونت ویروس واکسینیا سازماندهی میکروتوبول و عملکرد سانتروزوم را مختل می کند
6iu1dtyl
محل مبدا همه گیری آنفولانزای 1918 و پیامدهای سلامت عمومی آن
t35n7bk9
صدها ویروس وجود دارند که اندام های مختلف انسان را آلوده کرده و باعث بیماری می شوند. برخی از عفونت های ویروسی نوظهور مرگبار به مسائل جدی بهداشت عمومی در سراسر جهان تبدیل شده اند. بنابراین تشخیص زودهنگام و درمان بعدی برای مبارزه با عفونت های ویروسی ضروری است. تکنیک‌های تشخیصی کنونی اغلب از روش‌های مبتنی بر واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) برای شناسایی سریع ویروس‌های بیماری‌زا و تعیین علت بیماری یا بیماری استفاده می‌کنند. با این حال، روش سریع PCR از معایب بسیاری مانند نرخ مثبت کاذب بالا و توانایی تشخیص تنها یک یا چند هدف ژن در یک زمان رنج می برد. فناوری Microarray مشکلات محدودیت های PCR را حل می کند و می تواند به طور موثر در تمام زمینه های پزشکی مولکولی اعمال شود. اخیراً، گزارشی در Retrovirology یک آرایه DNA چند ویروسی را توصیف کرد که حاوی بیش از 250 فریم خواندن باز از هشت ویروس انسانی از جمله ویروس نقص ایمنی انسانی نوع 1 است. این آرایه می‌تواند برای تشخیص عفونت‌های چندگانه ویروسی در سلول‌ها و in vivo استفاده شود. یکی دیگر از مزایای این نوع آرایه چند ویروسی، مطالعه فعالیت پروموتر و بیان ژن ویروسی و ارتباط این بازخوانی ها با پیشرفت بیماری و فعال شدن مجدد عفونت های نهفته است. بنابراین، توسعه تراشه DNA ویروس گزارش شده در Retrovirology یک پیشرفت مهم در کاربرد تشخیصی است که می تواند یک ابزار بالینی قوی برای توصیف عفونت های ویروسی همزمان در ایدز و همچنین سایر بیماران باشد.
ریزآرایه چند وجهی و چندمنظوره: تشخیص همزمان بسیاری از ویروس ها و نمایه های بیان آنها
eiqypt0m
مقدمه: بیماری زایی عفونت های تنفسی دیررس با ویروس هرپس سیمپلکس نوع 1 (HSV-1) در بیماران بدحال نامشخص است. روش‌ها: در چهار بیمار بدحال با ارتشاح ریوی مداوم با منشأ ناشناخته و جداسازی HSV-1 از آسپیراسیون تراشه یا مایع لاواژ برونکوآلوئولار، در 7 (11-1) روز پس از شروع حمایت تهویه مکانیکی، شاخص نشت ریوی (PLI) برای (67) گالیم ((67) Ga) -transferrin (حد بالای نرمال 14.1 × 10 (-3) / دقیقه) اندازه گیری شد. ResultsThe PLI بین 7.5 و 14.0 × 10 (-3) / دقیقه در بیماران مورد مطالعه بود. دو بیمار یک دوره آسیکلوویر دریافت کردند و همه زنده ماندند. نتیجه‌گیری: نفوذپذیری مویرگی طبیعی که در ریه‌ها مشاهده می‌شود، علیه بیماری‌زایی HSV-1 در بیماران بدخیم بحث می‌کند، و این موضوع را نشان می‌دهد که جداسازی ویروس به جای عفونت اولیه یا اضافه در ریه‌ها، بازتاب فعال شدن مجدد در دوره بیماری جدی و افسردگی است.
ویروس هرپس سیمپلکس نوع 1 و نفوذپذیری پروتئین طبیعی در ریه های بیماران بدحال: موردی برای بیماری زایی کم؟
sgmk96vr
پس زمینه: مدل های قبلی واکسیناسیون حلقه آبله بر اساس ردیابی تماس از طریق یک شبکه نشان می دهد که واکسیناسیون حلقه ای موثر خواهد بود، اما به صراحت شامل تدارکات پاسخ و تعداد محدودی از واکسیناتورها نشده است. روش‌ها: ما یک شبیه‌سازی تصادفی پیوسته انتقال آبله، از جمله ساختار شبکه، واکسیناسیون پس از مواجهه، واکسیناسیون مخاطبین، ظرفیت پاسخ محدود، ناهمگونی در علائم و عفونی بودن، واکسیناسیون قبل از قطع واکسیناسیون معمول، سریع‌تر ایجاد کردیم. تشخیص به دلیل آگاهی عمومی، نظارت بر تماس های بدون علامت و جداسازی موارد. نتایج: ما دریافتیم که حتی در موارد شیوع سریع آبله، واکسیناسیون حلقه ای (هنگامی که با نظارت همراه باشد) در بیشتر موارد برای از بین بردن سریع آبله کافی است، با این فرض که 95 درصد از تماس های خانگی ردیابی می شوند، 80 درصد از محل کار یا تماس های اجتماعی به این صورت است. ردیابی می شود، و هیچ تماس اتفاقی ردیابی نمی شود، و در بیشتر موارد، توانایی ردیابی 1 تا 5 فرد در روز در هر مورد شاخص کافی است. اگر تصور شود که آبله خیلی سریع به مخاطبین منتقل می شود، ممکن است گاهی با واکسیناسیون حلقه ای از کنترل خارج شود، اما در این شرایط می توان با واکسیناسیون انبوه آن را کنترل کرد. نتیجه‌گیری: معرفی‌های کوچک آبله احتمالاً به راحتی با واکسیناسیون حلقه مهار می‌شوند، مشروط بر اینکه ردیابی تماس امکان‌پذیر باشد. عدم قطعیت در ماهیت آبله بیوتروریستی (عفونی بودن، کارایی واکسن) از برنامه ریزی مداوم برای واکسیناسیون حلقه ای و همچنین واکسیناسیون انبوه پشتیبانی می کند. در صورت شروع، واکسیناسیون حلقه ای باید بدون تاخیر در واکسیناسیون انجام شود، باید شامل تماس با مخاطبین (هر زمان که ظرفیت کافی وجود داشته باشد) و باید با افزایش آگاهی و نظارت عمومی همراه باشد.
لجستیک کنترل آبله در جامعه از طریق ردیابی تماس و واکسیناسیون حلقه ای: یک مدل شبکه تصادفی
di0fcy0j
سابقه و هدف: سمیت اکسیژن عامل اصلی آسیب ریه است. مسیر ترمیم برش پایه یکی از مهم ترین مکانیسم های حفاظتی سلولی است که به آسیب اکسیداتیو DNA پاسخ می دهد. آنزیم های ترمیم DNA خاص ضایعه شامل hOgg1، hMYH، hNTH و hMTH هستند. MethodsThe آنزیم های ترمیم DNA خاص ضایعه فوق در سلول های اپیتلیال آلوئولی انسان (A549) با استفاده از وکتور رتروویروسی pSF91.1 بیان شد. سلول ها در معرض یک محیط اکسیژن 95٪، پرتوهای یونیزان (IR)، یا H(2)O(2) قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل رشد سلولی در شرایط غیر سمی انجام شد. تجزیه و تحلیل وسترن بلات برای تأیید بیان بیش از حد و ارزیابی بیان درون زا در شرایط سمی و غیر سمی انجام شد. تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از آزمون t زوجی انجام شد که معنی‌داری برای P<0.05 پذیرفته شد. نتایج: آزمایش‌های کشتن سلولی نشان داد سلول‌هایی که بیش از حد hMYH را بیان می‌کنند، بقای خود را برای افزایش اکسیژن و IR بهبود بخشیده‌اند. تجزیه و تحلیل رشد سلولی سلول‌های A549 در شرایط غیر سمی نشان داد سلول‌هایی که hMYH بیش از حد بیان می‌کنند نیز با سرعت کمتری رشد می‌کنند. تجزیه و تحلیل وسترن بلات بیان بیش از حد هر ژن را نشان داد و منجر به تغییر بیان درون‌زای ژن‌های دیگر نشد. با این حال، مشاهده شد که سمیت O (2) منجر به کاهش بیان درون زا hNTH در سلول‌های A549 شد. نتیجه گیری: افزایش بیان آنزیم ترمیم کننده DNA گلیکوزیلاز hMYH در سلول های A549 در معرض O2 و IR منجر به بهبود بقای سلول می شود. ترمیم DNA از طریق مسیر ترمیم برداشتن پایه ممکن است یک راه جایگزین برای جبران اثرات مخرب O2 و متابولیت های آن فراهم کند.
محافظت از سلول های اپیتلیال ریوی در برابر استرس اکسیداتیو توسط hMYH آدنین گلیکوزیلاز
4k8f7ou1
سابقه و هدف: پروتئین‌های شبه AlkB، اعضایی از ابرخانواده اکسیژناز وابسته به 2-oxoglutarate و Fe(II) هستند. در اشرشیاکلی، پروتئین از RNA و DNA در برابر آسیب ناشی از عوامل متیل کننده محافظت می کند. 1-متیل آدنین و 3-متیل سیتوزین توسط دمتیلاسیون اکسیداتیو و برگشت مستقیم پایه متیله به شکل غیر متیله ترمیم می شوند. ژن‌های همولوگ AlkB در طبیعت گسترده هستند و یوکاریوت‌ها اغلب دارای چندین ژن هستند که برای پروتئین‌های مشابه AlkB کد می‌کنند. دامنه های مشابهی نیز در برخی ویروس های گیاهی مشاهده شده است. عملکرد دامنه ویروسی ناشناخته است، اما پیشنهاد شده است که ممکن است در محافظت از ویروس در برابر سیستم خاموشی ژن پس از رونویسی (PTGS) موجود در گیاهان نقش داشته باشد. ما می‌خواستیم یک نقشه‌برداری فیلوژنومیک از دامنه‌های ویروسی مانند AlkB به عنوان مبنایی برای تجزیه و تحلیل جنبه‌های عملکردی این حوزه‌ها انجام دهیم، زیرا این امر می‌تواند برای درک نقش‌های جایگزین احتمالی همولوگ‌های AlkB به عنوان مثال ارتباط داشته باشد. در یوکاریوت ها نتایج: جستجوهای مبتنی بر پروفایل کتابخانه‌های توالی پروتئین نشان داد که دامنه‌های مشابه AlkB در حداقل 22 ویروس گیاهی تک رشته‌ای RNA مثبت یافت می‌شود، اما عمدتاً در زیرگروهی از خانواده Flexiviridae. تجزیه و تحلیل توالی نشان داد که دامنه‌های AlkB احتمالاً از نظر عملکردی محافظت شده‌اند و به احتمال زیاد اخیراً در چندین ژنوم ویروسی در مکان‌های جغرافیایی متمایز ادغام شده‌اند. به نظر می رسد این الگو با افزایش فشار محیط سازگارتر است، به عنوان مثال. از آفت کش‌های متیلاسیون، نسبت به تعامل با سیستم PTGS. نتیجه‌گیری: دامنه AlkB که در ژنوم‌های ویروسی یافت می‌شود به احتمال زیاد یک دامنه مرسوم تعمیر DNA/RNA است که از ژنوم RNA ویروسی در برابر ترکیبات متیله‌کننده محیط محافظت می‌کند.
نقشه برداری بیوانفورماتیک دامنه های همسانی AlkB در ویروس ها
wnnsmx60
در دهه 1980 و 1990 HIV/AIDS یک بیماری عفونی در حال ظهور بود. در سال‌های 2003 تا 2004، ما شاهد ظهور سارس، آنفولانزای مرغی و سیاه‌زخم به شکل مصنوعی بودیم که برای بیوتروریسم استفاده می‌شد. قانون اختیارات اضطراری در استرالیا مجموعه ای از قوانین قرنطینه مشترک المنافع و اختیارات اضطراری مبتنی بر ایالت و قلمرو در قوانین بهداشت عمومی است. در عصری که باید احتمال شیوع گسترده بیماری‌های واگیر را که مرزهای قضایی را نادیده می‌گیرند، بررسی کنیم، زمان بازنگری در چنین قوانینی و زمان بررسی کارآمدی چنین قوانینی از منظر سراسری است.
مدیریت بیماری های عفونی نوظهور: آیا سیستم فدرال مانعی برای قوانین مؤثر است؟
gdsfkw1b
لاکتوکوکوس لاکتیس، مدل باکتری اسید لاکتیک (LAB)، یک باکتری گرم مثبت با درجه غذایی و با مشخصه خوب است. این یک کاندید مناسب برای تحویل پروتئین هترولوگ در مواد غذایی یا در دستگاه گوارش است. L. lactis همچنین می تواند به عنوان یک تولید کننده پروتئین در تخمیر استفاده شود. بسیاری از پروتئین‌های هترولوگ قبلاً در L. lactis تولید شده‌اند، اما تنها گزارش‌های کمی اجازه می‌دهند تا بازده تولید یک پروتئین خاص را که به صورت داخل سلولی تولید شده یا در محیط ترشح می‌شود، مقایسه کنیم. در اینجا، ما چندین اثر را بررسی می‌کنیم که تأثیر محلی‌سازی را بر بازده تولید چندین پروتئین هترولوگ تولید شده در L. lactis ارزیابی می‌کنند. سوالات محدودیت اندازه، ترکیب و پروتئولیز با توجه به بازده پروتئین مورد بررسی و بحث قرار می گیرند. این داده ها نشان می دهد که i) ترشح به تولید سیتوپلاسمی ارجح است. ii) افزایش ترشح (با بهینه سازی پپتید سیگنال و پروپپتید) منجر به افزایش بازده تولید می شود. iii) ترکیب پروتئین به جای اندازه پروتئین می تواند ترشح را مختل کند و در نتیجه بازده تولید را تغییر دهد. و iv) همجوشی یک پروتئین پایدار می تواند پروتئین های ناپایدار را تثبیت کند. نقش پروتئولیز درون سلولی بر روی پروتئین‌های سیتوپلاسمی هترولوگ و پیش‌سازها مورد بحث قرار گرفته است. چالش های جدید در حال حاضر توسعه سیستم های درجه غذایی و شناسایی و بهینه سازی عوامل میزبان موثر بر تولید پروتئین هترولوگ نه تنها در L. lactis، بلکه در سایر گونه های LAB است.
ترشح پروتئین در لاکتوکوکوس لاکتیس: راهی کارآمد برای افزایش تولید کلی پروتئین هترولوگ
yba7mdtb
انتقال افقی DNA یک عامل مهم تکامل است و در تنوع بیولوژیکی شرکت می کند. متأسفانه، مکان و طول انتقال افقی (HTs) برای گونه های بسیار کمی شناخته شده است. نشان داده شده است که استفاده از الیگونوکلئوتیدهای کوتاه در یک توالی (به اصطلاح امضای ژنومی) به گونه خاص حتی در قطعات DNA به کوتاهی ۱ کیلوبایت اختصاص دارد. بنابراین امضای ژنومی به عنوان ابزاری برای تشخیص HTs پیشنهاد شده است. از آنجایی که انتقال DNA از گونه‌هایی با امضای متفاوت از گونه‌های گیرنده منشأ می‌گیرد، تجزیه و تحلیل تغییرات محلی امضا در امتداد ژنوم گیرنده ممکن است امکان تشخیص DNA اگزوژن را فراهم کند. این استراتژی شامل (i) اسکن ژنوم با یک پنجره کشویی، و محاسبه امضای محلی مربوطه (2) ارزیابی انحراف آن از امضای کل ژنوم و (iii) جستجوی امضاهای مشابه در پایگاه داده امضاهای ژنومی است. در مجموع 22 ژنوم پروکاریوت به این روش تجزیه و تحلیل می شود. مشاهده شده است که مناطق غیر معمول تقریباً 6٪ از هر ژنوم را به طور متوسط ​​تشکیل می دهند. بسیاری از HT های ادعا شده و همچنین موارد جدید شناسایی می شوند. منشا انتقال احتمالی DNA در بین 12000 گونه جستجو می شود. گونه های اهداکننده با توجه به شباهت امضاها پیشنهاد می شوند و گاهی به شدت پیشنهاد می شوند. در میان گونه‌های مورد مطالعه، Bacillus subtilis، Haemophilus Influenzae و Escherichia coli توسط بسیاری از نویسندگان مورد بررسی قرار گرفته‌اند و فرصتی برای مقایسه کامل بیشتر روش‌های بیوانفورماتیک مورد استفاده برای تشخیص HT می‌دهند.
تشخیص و شناسایی انتقال افقی در پروکاریوت ها با استفاده از امضای ژنومی
bbvxu8op
اگرچه کاوشگرهای الیگونوکلئوتیدی مکمل جایگزین‌های تک نوکلئوتیدی معمولاً در صفحه‌های مبتنی بر ریزآرایه برای تنوع ژنتیکی استفاده می‌شوند، اطلاعات کمی در مورد ویژگی‌های هیبریداسیون پروب‌های مکمل درج‌ها و حذف‌های کوچک شناخته شده است. برای بهبود ویژگی و حساسیت آنالیز جهشی مبتنی بر ریزآرایه الیگونوکلئوتیدی ژن‌های مرتبط با بیماری، لازم است ویژگی‌های هیبریداسیون این پروب‌های اخیر تعریف شود. در اینجا، ما ویژگی‌های هیبریداسیون ریزآرایه‌های الیگونوکلئوتیدی متشکل از پروب‌های 25مری مکمل همه جایگزین‌ها و درج‌های تک نوکلئوتیدی، و حذف‌های یک و دو پایه در ناحیه کدکننده 9168 جفت باز ژن ATM (جهش یافته آتاکسی تلانژکتازی) را مقایسه و مقایسه می‌کنیم. بیش از 68 هدف مختلف اسید نوکلئیک تک رشته‌ای با رنگ نشان‌دار شده که همه اگزون‌های کدگذاری ATM را نشان می‌دهند به این ریزآرایه‌ها اعمال شدند. ما ویژگی هیبریداسیون را با مقایسه سیگنال‌های هیبریداسیون نسبی از پروب‌هایی که کاملاً با توالی‌های ATM مطابقت دارند با آنهایی که حاوی عدم تطابق هستند، ارزیابی می‌کنیم. کاوشگرهای مکمل دو جایگزین پایه، بالاترین میانگین ویژگی را نشان دادند و به دنبال آن آنهایی که مکمل جایگزین‌های تک پایه، حذف‌های تک پایه و درج‌های تک پایه بودند، قرار گرفتند. در تمام موارد، ویژگی هیبریداسیون به شدت تحت تاثیر زمینه توالی و پروب درون و بین مولکولی و/یا ساختار هدف قرار گرفت. علاوه بر این، پروب‌های جایگزینی تک نوکلئوتیدی منسجم‌ترین داده‌های ویژگی هیبریداسیون را به دنبال حذف‌های تک پایه، دو حذف پایه و درج‌های تک نوکلئوتیدی نشان دادند. به طور کلی، این مطالعات داده‌های تجربی ارزشمندی را ارائه می‌کنند که می‌تواند برای مدل‌سازی دقیق‌تر خواص هیبریداسیون پروب‌های درج و حذف و بهبود طراحی و تفسیر توالی‌یابی و تحلیل جهش مبتنی بر ریزآرایه الیگونوکلئوتیدی استفاده شود.
مقایسه پروب های جایگزینی، درج و حذف برای تعیین توالی و آنالیز جهش با استفاده از ریزآرایه های الیگونوکلئوتیدی
e62cfqt7
با استفاده از نمایشگر دیفرانسیل RT-PCR، ژنی به اندازه 2750 جفت باز از بیضه انسان بالغ به نام H-Lse شناسایی کردیم که پروتئین فرضی 523 اسید آمینه و وزن مولکولی 58 کیلو دالتون را با ویژگی های ساختاری مشابه لیزوزوم سیالیک موش کدگذاری می کرد. 9-O-استیل استراز ویژه اسید. تجزیه و تحلیل شمالی بلات توزیع گسترده H-Lse را در بافت های مختلف انسانی با بیان بالا در بیضه، پروستات و روده بزرگ نشان داد. نتایج هیبریداسیون درجا نشان داد که در حالی که H-Lse در بیضه جنینی تشخیص داده نشد، سیگنال‌های مثبت در اسپرماتوسیت‌ها مشاهده شد اما اسپرماتوگونی در بیضه بالغ انسان مشاهده نشد. محلی سازی درون سلولی H-Lse توسط پروتئین فلورسنت سبز (GFP) ذوب شده به پایانه آمینه H-Lse مشاهده شد، که بخش بندی H-Lse را در وزیکول های بزرگ هسته متراکم، احتمالاً لیزوزوم، در سیتوپلاسم نشان می دهد. بیان خاص مرحله اسپرماتوژنیک H-Lse که از نظر رشدی تنظیم شده است، دخالت احتمالی آن را در توسعه بیضه و/یا تمایز سلول‌های زایا نشان می‌دهد.
ژن کد کننده 9-O-استیل استراز مخصوص سیالیک اسید در بیضه انسان بالغ یافت شد
4cvy9u28
سابقه و هدف: اساس بیولوژیکی درد در پانکراتیت مزمن به خوبی شناخته نشده است. ماست سل ها در پاتوژنز درد در شرایط دیگر نقش دارند. ما فرض کردیم که ماست سل ها در درد پانکراتیت مزمن نقش دارند. ما ارتباط درد با ماست سل ها را در نمونه های کالبد شکافی بیماران مبتلا به پانکراتیت مزمن دردناک بررسی کردیم. ما فرضیه خود را بیشتر با استفاده از یک مدل تجربی از تری نیتروبنزن سولفونیک اسید (TNBS) پانکراتیت مزمن ناشی از هر دو نوع وحشی (WT) و موش های دارای کمبود ماست سل (MCDM) بررسی کردیم. بافت MethodsArchival با تشخیص بافت شناسی پانکراتیت مزمن شناسایی شد و سوابق بالینی برای وجود یا عدم وجود درد گزارش شده در انسان بررسی شد. ماست سل ها شمارش شدند. وجود درد با استفاده از رشته‌های فون فری (VFF) برای اندازه‌گیری پاسخ‌های ترک شکمی در موش‌های WT و MCDM با و بدون پانکراتیت مزمن ارزیابی شد. نتایج: انسان‌های مبتلا به پانکراتیت مزمن دردناک در مقایسه با افراد مبتلا به پانکراتیت مزمن بدون درد، افزایش 3.5 برابری در ماست سل‌های پانکراس را نشان دادند. موش‌های WT مبتلا به پانکراتیت مزمن در مقایسه با MCDM به‌طور معنی‌داری حساس‌تر بودند. نتیجه‌گیری: در انسان‌های مبتلا به پانکراتیت مزمن دردناک، تعداد ماست سل‌های پانکراس در مقایسه با افراد مبتلا به پانکراتیت مزمن بدون درد افزایش یافته است. MCDM در مقایسه با WT حساسیت کمتری به تحریک مکانیکی شکم پس از القای پانکراتیت مزمن دارد. ماست سل ها ممکن است نقش مهمی در پاتوژنز درد در پانکراتیت مزمن داشته باشند.
نقش ماست سل ها در پاتوژنز درد در پانکراتیت مزمن
zowp10ts
نوترکیب ویروسی می تواند به طور چشمگیری بر تکامل و اپیدمیولوژی تأثیر بگذارد. در ویروس‌ها، نرخ نوترکیبی به فراوانی تبادل ژنتیکی بین ژنوم‌های ویروسی مختلف در یک سلول میزبان آلوده و به فرکانس وقوع چنین عفونت‌های همزمان بستگی دارد. در حالی که نرخ نوترکیبی اخیراً در کشت‌های سلولی هم‌آلوده تجربی برای چندین ویروس ارزیابی شده است، تعیین کمیت مستقیم در مهم‌ترین سطح بیولوژیکی، یعنی عفونت میزبان، هنوز وجود ندارد. این مطالعه با استفاده از ویروس موزاییک گل کلم به عنوان مدل، این شکاف را پر می کند. ما چهار نشانگر خنثی را در طول ژنوم ویروسی توزیع کردیم و گیاهان میزبان را با ویروس‌های حاوی نشانگر و نوع وحشی تلقیح کردیم. فراوانی ژنوم های نوترکیب 21 روز پس از تلقیح بررسی شد. به طور متوسط، بیش از 50 درصد از ژنوم‌های ویروسی پس از یک عفونت میزبان، نوترکیب بودند، که به وضوح نشان می‌دهد که نوترکیبی در این ویروس بسیار مکرر است. تخمین نرخ نوترکیبی نشان می دهد که تمام نواحی ژنوم به یک اندازه تحت تأثیر این فرآیند قرار می گیرند. با فرض اینکه ده چرخه تکثیر ویروسی در طول آزمایش ما رخ داده است - بر اساس داده‌های مربوط به زمان تشخیص پروتئین پوششی - نرخ نوترکیبی در هر پایه و چرخه تکرار در حد 2 × 10 (-5) تا 4 × 10 (-5) بود. . این اولین تعیین نرخ نوترکیبی ویروس در طول یک عفونت میزبان چند سلولی منفرد نشان می‌دهد که نوترکیبی در زندگی روزمره این ویروس بسیار مکرر است.
نوترکیبی هر روز: نوترکیبی فراوان در یک ویروس در طول یک عفونت میزبان چند سلولی منفرد
5dk231qs
گره های کاذب mRNA یک عملکرد تحریکی در تغییر چارچوب ریبوزومی -1 برنامه ریزی شده (-1 PRF) دارند. اگرچه ما قبلاً مدلی برای چگونگی فعال کردن گره‌های کاذب mRNA برای 1- PRF ارائه کردیم، اما به این سؤال که این گره‌ها ممکن است در موقعیت mRNA نسبت به ریبوزوم در این فرآیند ایفا کنند، پاسخی نداد [E. P. Plant، K. L. M. Jacobs، J. W. Harger، A. Meskauskas، J. L. Jacobs، J. L. Baxter، A. N. Petrov and J. D. Dinman (2003) RNA، 9، 168-174]. یک مدل «محدودیت پیچشی» جداگانه نشان می‌دهد که گره‌های کاذب mRNA برای افزایش کسر ریبوزوم‌هایی که جهت مکث با محل لغزنده هپتامری بالادست در مکان‌های رمزگشایی A و P ریبوزوم قرار دارند عمل می‌کنند [J. D. Dinman (1995) مخمر، 11، 1115-1127]. در اینجا، آزمایش‌هایی با استفاده از یک سری «شبه‌گره‌ها» با درجات مختلف آزادی چرخشی برای آزمایش این مدل استفاده شد. نتایج این مطالعه از این فرضیه مکانیکی حمایت می کند که تغییر قاب ریبوزومی -1 با مقاومت پیچشی گره کاذب mRNA افزایش می یابد.
مهار پیچشی: پیچشی جدید در گره های کاذب تغییر قاب
snqdma0s
اگرچه روش‌های کارآمدی برای جمع‌آوری الیگونوکلئوتیدهای مصنوعی در ژن‌ها و ژنوم‌ها وجود دارد، اما این روش‌ها از وجود 1-3 خطای تصادفی بر کیلوبایت DNA رنج می‌برند. در اینجا، ما یک روش جدید به نام بر هم زدن اجماع را معرفی می کنیم و استفاده از آن را برای کاهش قابل توجه خطاهای تصادفی در DNA مصنوعی نشان می دهیم. در این روش، خطاها به صورت عدم تطابق با هیبریداسیون مجدد جمعیت آشکار می شوند. DNA تکه تکه می شود و قطعات ناهماهنگ پس از اتصال به پروتئین اتصال ناسازگار بی حرکت (MutS) حذف می شوند. مونتاژ PCR قطعات باقیمانده، جمعیت جدیدی از توالی های تمام قد را به دست می دهد که برای توالی اجماع جمعیت ورودی غنی شده است. ما نشان می‌دهیم که دو بار تکرار هم‌آهنگی، جمعیت کلون‌های پروتئین فلورسنت سبز مصنوعی (GFPuv) را از 60 تا 90 درصد فلورسنت بهبود بخشید و خطاها را 3.5 تا 4.3 برابر به مقادیر نهایی 1 خطا در هر 3500 جفت باز کاهش داد. به‌علاوه، دو بار تکرار اجماع، جمعیتی از کلون‌های GFPuv را که در آن همه اعضا غیرعملکردی بودند، به جمعیتی که 82 درصد کلون‌ها فلورسنت بودند، تصحیح کرد. به هم زدن اجماع باید سنتز سریع و دقیق توالی های DNA طولانی را تسهیل کند.
تصحیح خطاها در DNA مصنوعی از طریق بر هم زدن اجماع
1pq6dkl5
در حالی که به طور جهانی پذیرفته شده است که RNA دست نخورده بهترین نمایش حالت پایدار رونویسی را تشکیل می دهد، هیچ استاندارد طلایی برای تعریف کیفیت RNA قبل از تجزیه و تحلیل بیان ژن وجود ندارد. در این گزارش، ما قابلیت اطمینان روش‌های مرسوم برای ارزیابی کیفیت RNA از جمله طیف‌سنجی UV و نسبت‌های مساحت 28S:18S را ارزیابی کردیم و ناسازگاری آنها را نشان دادیم. سپس از دو طبقه‌بندی‌کننده جدید آزادانه در دسترس، سیستم‌های Degradometer و RIN برای تولید معیارهای کیفیت RNA مستقل از کاربر، بر اساس تجزیه و تحلیل آثار الکتروفورز میکروکاپیلاری استفاده کردیم. هر دو داده‌های بسیار آموزنده و با ارزش ارائه کردند و نتایج بسیار همبسته بودند، در حالی که سیستم RIN داده‌های قابل اعتمادتری را ارائه داد. ارتباط معیارهای کیفیت RNA برای ارزیابی تفاوت‌های بیان ژن توسط Q-PCR مورد آزمایش قرار گرفت و کاهش قابل توجهی در بیان نسبی ژن‌ها در نمونه‌های RNA با کیفیت متفاوت نشان داد، در حالی که نمونه‌هایی با یکپارچگی مشابه و حتی ضعیف بسیار قابل مقایسه بودند. ما پیامدهای این مشاهدات را برای به حداقل رساندن تشخیص مصنوعی بیان تفاضلی مثبت و منفی کاذب به دلیل تفاوت‌های یکپارچگی RNA مورد بحث قرار می‌دهیم و طرحی برای توسعه یک روش عملیاتی استاندارد با ثبت اختیاری معیارهای یکپارچگی RNA در مخازن عمومی بیان ژن پیشنهاد می‌کنیم. داده ها
به سوی استانداردسازی ارزیابی کیفیت RNA با استفاده از طبقه‌بندی‌کننده‌های مستقل از کاربر آثار الکتروفورز میکروکاپیلاری
754nln40
نسبت بین پروتئین‌های P27 و کپی ویروس لکه‌دار پا خروس (CfMV) از طریق یک تغییر چارچوب ریبوزومی برنامه‌ریزی‌شده -1 (-1 PRF) تنظیم می‌شود. یک سیگنال تغییر قاب حداقل با یک هپتامر UUA AAC لغزنده و ساختار ساقه-حلقه پایین دستی در یک بردار گزارشگر دوگانه وارد شد و PRF-1 را با بازده 1.9 ± 14.4 درصد در مخمر و 2.4 ± 0.7 درصد در باکتری ها هدایت کرد. توالی CfMV کدکننده P27 که در کنار سیگنال تغییر قاب حداقل است باعث افزایش 2 برابری بازده -1 PRF هم در مخمر و هم در باکتری شد. علاوه بر پروتئین‌های همجوشی مورد انتظار، محصولات پایان‌دهنده ظاهراً در محل تغییر چارچوب در سلول‌های مخمری یافت شدند. ما پیشنهاد می‌کنیم که میزان خاتمه ترجمه زودرس از mRNA‌های کنترل نقشی در تعیین بازده -1PRF محاسبه‌شده داشت. بیان همزمان CfMV P27 با بردار گزارشگر دوگانه حاوی سیگنال تغییر قاب حداقل تولید گزارشگر پایین دستی را کاهش داد، در حالی که بیان همزمان Replicase هیچ اثر مشخصی نداشت. این یافته به ما اجازه می‌دهد پیشنهاد کنیم که پروتئین CfMV P27 ممکن است بر ترجمه در محل تغییر فریم تأثیر بگذارد، اما مکانیسم باید روشن شود.
عوامل مؤثر بر ترجمه در محل برنامه ریزی شده تغییر قاب ریبوزومی 1 - RNA ویروس خالدار Cocksfoot در داخل بدن
p34ezktf
در استرالیا، در مقایسه با سایر کشورهای توسعه‌یافته، برنامه‌های متعدد و متنوعی که سلامت عمومی را در بر می‌گیرد، به‌طور ضعیف و غیرسیستماتیک، به‌ویژه با توجه به میزان حمایت سیاسی که به‌طور عمومی ابراز می‌شود، همچنان تامین می‌شود. در سال 2003، تحولات عمده سیاست های بهداشت عمومی در کنترل بیماری های واگیر در زمینه های SARS و بودجه واکسن بود، در حالی که TGA بر بحران Pan Pharmaceutical متمرکز بود. برنامه های مربوط به حفظ سلامت و پیری سالم تصویب شد. بخش آموزش عالی در توسعه برنامه هایی برای آموزش نیروی کار بهداشت عمومی و صلاحیت ها و شایستگی های حرفه ای جدید مشارکت داشت. گزارش آبلسون از کارشناسان خارج از کشور پشتیبانی دریافت کرد و یک پلتفرم بالقوه برای تماس‌ها برای بهبود بودجه ملی برای برنامه‌های پیشگیرانه آینده استرالیا فراهم کرد. با این حال، ناسازگاری ها در همه حوزه های قضایی در رویکردهای آنها برای مقابله با اولویت های بهداشت ملی ادامه یافت. علیرغم اینکه سال 2004 یک سال انتخابات بود، سیاست بهداشت عمومی قابل مشاهده نبود، زیرا بخش عمده ای از بودجه بهداشت عمومی موجود در بودجه فدرال 2004/05 برای مدیریت خطرات نوظهور مانند آنفولانزای پرندگان اختصاص داده شد. ما با ارائه چندین مفهوم برای آینده نتیجه گیری می کنیم.
سیاست بهداشت عمومی استرالیا در سال 2003 - 2004
l3z27806
GIDEON (شبکه جهانی بیماری های عفونی و اپیدمیولوژی) یک برنامه کامپیوتری مبتنی بر وب است که برای پشتیبانی تصمیم گیری و انفورماتیک در زمینه پزشکی جغرافیایی طراحی شده است. اولین مورد از چهار ماژول تعاملی یک تشخیص افتراقی رتبه بندی شده بر اساس علائم بیمار، علائم، سابقه مواجهه و کشور اکتسابی بیماری ایجاد می کند. گزینه های اضافی شامل قابلیت نظارت بر بیماری سندرمی و شبیه سازی سناریوهای بیوتروریسم است. ماژول دوم به اطلاعات دقیق و جاری در مورد وضعیت 338 بیماری فردی در هر یک از 220 کشور دسترسی دارد. ممکن است بیش از 50000 تصویر بیماری، نقشه و نمودار طراحی شده توسط کاربر برای استفاده در آموزش و تهیه مطالب نوشتاری دانلود شود. ماژول سوم یک منبع جامع در مورد استفاده از 328 دارو و واکسن ضد عفونی است که شامل فهرستی از بیش از 9500 نام تجاری بین المللی است. ماژول چهارم را می توان برای شناسایی یا شناسایی هر گونه باکتری یا مخمر بر اساس فنوتیپ آزمایشگاهی استفاده کرد. GIDEON یک منبع به روز و جامع برای پزشکی جغرافیایی است.
GIDEON: یک منبع جامع مبتنی بر وب برای پزشکی جغرافیایی
yz2wbpuu
این اولین سرمقاله جهانی‌سازی و سلامت مجله را معرفی می‌کند و به طور خلاصه اهداف و مقاصد آن را تشریح می‌کند و محدوده موضوعی آن را تشریح می‌کند. انتظار می‌رود انتشار «دسترسی باز» به قالبی فزاینده مهم برای مجلات علمی معتبر تبدیل شود و جهانی‌سازی و سلامت «دسترسی باز» مناسب است. دلیل اصلی راه اندازی مجله ای که به جهانی شدن و سلامت اختصاص دارد سه مورد است: اول: جهانی شدن در حال تغییر شکل جغرافیای اجتماعی است که در آن ممکن است برای ایجاد سلامت یا پیشگیری از بیماری تلاش کنیم. عوامل تعیین کننده سلامت - خواه ویروس سارس باشند یا تمایل به غذاهای چرب - در تحرک جهانی ما به ما ملحق شده اند. به دلیل آزادسازی اقتصادی و تغییر فن‌آوری‌ها، پدیده «دسترسی» احتمالاً به میزان فزاینده‌ای بر تجربه آشکار بیماری و رفاه انسان تسلط دارد. ثانیاً: درک جهانی شدن به عنوان یک موضوع به خودی خود نیازمند معیارها و فشارسنج های مشخصی از موفقیت ها و شکست های آن است. سلامت یکی از این فشارسنج هاست. این نشانگر زیرساخت‌های اجتماعی و رفاه اجتماعی است و به همین دلیل می‌توان از آن برای به صدا درآوردن زنگ خطر یا شادی پیروزی استفاده کرد زیرا به هم پیوستگی ما آسیب می‌زند و جمعیت‌هایی را که به آنها خدمت می‌کنیم شفا می‌دهد. و در آخر: به همان اندازه که جهانی شدن می تواند بر سلامت تأثیر بگذارد، درست است که سلامت و بیماری بر جهانی شدن تأثیر می گذارد که نمونه آن وجود قوانین قرنطینه و اثرات مخرب اقتصادی همه گیری ایدز است. یک دیدگاه متوازن پیشنهاد می کند که اثرات جهانی شدن بر سلامت (و سیستم های سلامت) نه در سطح جهانی خوب است و نه بد، بلکه بیشتر مختص زمینه است. اگر قرار است گفت‌وگوهای مربوط به جهانی‌سازی به هر جهتی هدایت یا مغرضانه باشد، پس باید این باشد: ابتدا فقرا را در نظر بگیریم.
جهانی شدن و سلامت
kvhoa2se
در برخی از گونه های کاندیدا، کدون لوسین جهانی CUG به عنوان سرین ترجمه می شود. با این حال، در بیشتر موارد، tRNA های سرین مسئول این رمزگشایی غیر جهانی (tRNA(Ser)CAG) در شرایط آزمایشگاهی نه تنها سرین، بلکه تا حدی لوسین را نیز می پذیرند. آزمایش‌های جایگزینی نوکلئوتید نشان داد که m1G37 برای فعالیت لوسیلاسیون حیاتی است. این یافته با این واقعیت پشتیبانی می‌شود که tRNA(Ser)CAGهای دارای فعالیت لوسیلاسیون همیشه m1G37 دارند، در حالی که Candida cylindracea که هیچ فعالیت لوسیلاسیون ندارد، دارای A37 است. کمی سازی tRNA های آمینو استیله شده در سلول ها نشان داد که 3 درصد از tRNA (Ser)CAG های دارای m1G37 در واقع با لوسین در داخل بدن شارژ شده بودند. یک رویکرد ژنتیکی با استفاده از جهش اکسوتروف C.maltosa دارای این نوع tRNA(Ser)CAG همچنین پیشنهاد کرد که ژن URA3 به دلیل ترجمه CUG به عنوان سرین غیرفعال شده است با ادغام جزئی لوسین در پلی پپتید نجات یافته است، که نشان می‌دهد که tRNA شارژ شده با چندین اسید آمینه می تواند در ترجمه شرکت کند. این یافته‌ها اولین شواهدی را ارائه می‌کنند که نشان می‌دهد دو اسید آمینه مجزا توسط یک کدون اختصاص داده می‌شوند، که به طور طبیعی در فرآیند ترجمه گونه‌های خاص کاندیدا رخ می‌دهد. ما این نوع کدون جدید را «کدون چند معنایی» می نامیم.
کدون «چند معنایی» - کدونی با انتساب اسیدهای آمینه متعدد ناشی از ویژگی دوگانه هویت tRNA.
cgl34ykt
در حال حاضر، شکی نیست که نوترکیبی RNA یکی از عوامل اصلی تولید ویروس‌های RNA و رتروویروس‌های جدید است. سیستم های آزمایشی متعددی برای بررسی این پدیده پیچیده ایجاد شده است. در نتیجه، نقوش ساختاری RNA خاص واسطه نوترکیب در چندین ویروس شناسایی شده است. متأسفانه، تاکنون یک مدل یکپارچه از نوترکیبی RNA ژنتیکی فرموله نشده است، عمدتاً به دلیل مشکلات با مقایسه مستقیم داده‌های به‌دست‌آمده برای ویروس‌های مختلف مبتنی بر RNA. برای حل این مشکل، ما سعی کرده‌ایم یک سیستم جهانی بسازیم که در آن فعالیت نوترکیبی توالی‌های مختلف RNA را بتوان آزمایش کرد. برای این منظور، ما از ویروس موزاییک بروم، یک ویروس مدل (+)RNA از گیاهان استفاده کرده‌ایم که الزامات ساختاری نوترکیب RNA به خوبی تعریف شده است. اثربخشی سیستم هممولکولی جدید در آزمایشی شامل دو توالی RNA مشتق شده از ژنوم ویروس هپاتیت C به اثبات رسیده است. علاوه بر این، مقایسه داده‌های به‌دست‌آمده با سیستم هممولکولی با داده‌هایی که قبلاً با استفاده از سیستم هترومولکولی ایجاد شده‌اند، شواهد جدیدی ارائه کرده است که مکانیسم‌های نوترکیبی همولوگ و غیرهمولوگ متفاوت هستند و به حالت تکثیر ویروس بستگی دارند.
یک سیستم نوترکیبی RNA جهانی مبتنی بر BMV - نحوه جستجوی قوانین کلی در نوترکیبی RNA
ajlctjeb
پس زمینه: reoviruses پستانداران به طور طبیعی میزبان خود را از طریق مجاری روده و تنفسی آلوده می کنند. در طول عفونت های روده ای، پروتئولیز پروتئین کپسید خارجی رئوویروس σ3 توسط پروتئازهای سرین پانکراس انجام می شود. در مقابل، پروتئازهای حیاتی برای تکثیر reovirus در ریه ناشناخته هستند. نوتروفیل الاستاز (NE) یک سرین پروتئاز التهابی و مستقل از اسید است که عمدتاً توسط نوتروفیل ها بیان می شود. علاوه بر نقش طبیعی آن در دفاع میکروبی، بیان نابجای NE در آسیب شناسی سندرم دیسترس تنفسی حاد (ARDS) نقش دارد. از آنجایی که تکثیر reovirus در ریه‌های جوندگان باعث علائمی شبیه به ARDS می‌شود و باعث نفوذ نوتروفیل‌ها می‌شود، ما ظرفیت NE را برای ترویج پوشش ویریون reovirus بررسی کردیم. نتایج: خط سلولی پرومونوسیت انسانی U937 NE را بیان می کند. درمان سلول‌های U937 با بازدارنده سیستئین پروتئاز E64 [ترانس اپوکسی سوسینیل-L-leucylamido-(4-guanidino)butane] و با عواملی که pH وزیکولی را افزایش می‌دهند، تکثیر reovirus را مهار نکرد. حتی زمانی که این مهارکننده‌ها به صورت ترکیبی استفاده می‌شدند، reovirus به بازده قابل‌توجهی تکثیر شد، که نشان می‌دهد یک پروتئاز غیر سیستئینی مستقل از اسید قادر به واسطه‌گری بازکردن روویروس در کشت‌های سلولی U937 است. برای شناسایی پروتئاز(های) مسئول، سلول های U937 با فوربول 12-میریستات 13-استات (PMA) تیمار شدند، عاملی که باعث تمایز سلولی می شود و منجر به کاهش بیان پروتئازهای سرین مستقل از اسید، از جمله NE و کاتپسین (Cat) می شود. G. در حضور E64، reovirus به طور موثر در سلول های تحت درمان با PMA تکثیر نشد. برای ارزیابی مستقیم نقش NE در عفونت reovirus سلول‌های U937، ما رشد ویروسی را در حضور کلرومتیل کتون N-Ala-Ala-Pro-Val، یک مهارکننده خاص NE بررسی کردیم. تکثیر Reovirus در حضور E64 با درمان سلول ها با مهار کننده NE به طور قابل توجهی کاهش یافت. جوجه کشی ویریون ها با NE خالص منجر به تولید ذرات ساب ویرون عفونی شد که به پروتئولیز داخل سلولی اضافی نیاز نداشت. نتیجه‌گیری: یافته‌های ما نشان می‌دهد که NE می‌تواند عفونت reovirus را تسهیل کند. این واقعیت که این کار را در حضور عواملی انجام می‌دهد که pH تاولی را افزایش می‌دهند، مدلی را پشتیبانی می‌کند که در آن نیاز به pH اسیدی در طول عفونت، شرایط مورد نیاز برای فعالیت پروتئاز بهینه را منعکس می‌کند. ظرفیت reovirus برای بهره برداری از NE ممکن است بر تکثیر ویروس در ریه و سایر بافت ها در طول عفونت های طبیعی تأثیر بگذارد.
نوتروفیل الاستاز، یک سرین پروتئاز مستقل از اسید، بازکردن روویروس و عفونت را در سلول های پرومونوسیت U937 تسهیل می کند.
cl9gpt9w
تأثیر بقایای اسید نوکلئیک قفل شده (LNA) بر خواص ترمودینامیکی هترودپلکس‌های RNA/RNA 2'-O-متیل گزارش شده است. مطالعات ذوب نوری نشان می دهد که LNA در یک الیگونوکلئوتید 2'-O-متیل RNA در غیر این صورت گنجانیده شده است، معمولا، اما نه همیشه، پایداری دوبلکس های مکمل تشکیل شده با RNA را افزایش می دهد. چندین روند آشکار است، از جمله: (i) یک U LNA ترمینال 3' و LNA های ترمینال 5' نسبت به داخلی و سایر LNA های ترمینال 3' ثبات کمتری دارند. (ب) بیشتر افزایش پایداری زمانی حاصل می شود که نوکلئوتیدهای LNA توسط حداقل یک نوکلئوتید 2'-O-متیل جدا شوند. و (iii) اثرات جایگزینی LNA تقریباً افزایشی است زمانی که نوکلئوتیدهای LNA توسط حداقل یک نوکلئوتید 2'-O-متیل از هم جدا شوند. معادله ای برای تقریب پایداری دوبلکس های مکمل تشکیل شده با RNA پیشنهاد شده است که حداقل یک نوکلئوتید 2'-O-متیل نوکلئوتیدهای LNA را جدا می کند. به نظر می‌رسد وابستگی توالی دوبلکس‌های RNA/RNA 2'-O-متیل شبیه به دوبلکس‌های RNA/RNA است و افزایش اولیه انرژی آزاد نزدیک‌ترین همسایه در دمای 37 درجه سانتی‌گراد برای 2'-O-متیل RNA/RNA ارائه شده است. دوبلکس ها عدم تطابق داخلی با نوکلئوتیدهای LNA به طور قابل توجهی دوبلکس ها را با RNA بی ثبات می کند.
تاثیر بقایای اسید نوکلئیک قفل شده بر خواص ترمودینامیکی هترودپلکس های 2'-O-متیل RNA/RNA
t40ybhgb
تعیین توالی ژنوم های پاتوژن پرهزینه است و مستلزم تخصیص دقیق منابع محدود توالی است. ما یک خط لوله تجزیه و تحلیل توالی محاسباتی (SAP) ساختیم تا تصمیمات مربوط به مقدار توالی ژنومی لازم برای توسعه DNA تشخیصی و امضاهای پروتئینی را با کیفیت بالا هدایت کنیم. SAP از شبیه سازی برای تخمین تعداد ژنوم های هدف و بستگان فیلوژنتیک نزدیک (همسایگان نزدیک یا NN) برای توالی استفاده می کند. ما از SAP استفاده می‌کنیم تا ارزیابی کنیم که آیا داده‌های پیش‌نویس کافی هستند یا با استفاده از توالی‌های ویروس ماربورگ و واریولا، توالی‌بندی کامل مورد نیاز است. شبیه‌سازی‌ها نشان می‌دهند که پیش‌نویس متوسط ​​تا با کیفیت بالا با نرخ خطای 10 (-3) -10 (-5) (~8× پوشش) ارگانیسم‌های هدف برای پیش‌بینی امضای DNA مناسب است. پیش نویس با کیفیت پایین با نرخ خطای ~1٪ (پوشش 3× تا 6×) ایزوله های هدف برای پیش بینی امضای DNA کافی نیست، اگرچه پیش نویس با کیفیت پایین NN ها کافی است، تا زمانی که ژنوم های هدف از کیفیت بالایی برخوردار باشند. برای پیش‌بینی امضای پروتئین، خطاهای توالی در ژنوم‌های هدف به طور قابل‌توجهی تشخیص حفظ توالی اسید آمینه را کاهش می‌دهد، حتی اگر پیش‌نویس با کیفیت بالا باشد. به طور خلاصه، به نظر می رسد پیش نویس با کیفیت بالا از هدف و پیش نویس با کیفیت پایین NN ها یک سرمایه گذاری مقرون به صرفه برای پیش بینی امضای DNA باشد، اما ممکن است منجر به دست کم گرفتن امضاهای پروتئینی پیش بینی شده شود.
پیش نویس در مقابل داده های توالی نهایی برای توسعه امضای تشخیصی DNA و پروتئین
zwbc7nnn
پس زمینه: اپی توپ ها را می توان به عنوان ساختارهای مولکولی محدود شده توسط گیرنده های خاص، که در طی پاسخ های ایمنی شناسایی می شوند، تعریف کرد. پروژه پایگاه داده اپی توپ ایمنی و منبع تجزیه و تحلیل (IEDB) اطلاعات مربوط به آنتی بادی و اپی توپ های سلول T از پاتوژن های عفونی، آنتی ژن های تجربی و آنتی ژن های خود را با اولویت پاتوژن های رده A-C NIAID () و عفونی های نوظهور/باز ظهور فهرست و سازماندهی می کند. بیماری ها هر دو ویژگی ساختاری و فیلوژنتیکی ذاتی و همچنین اطلاعات مربوط به تعاملات اپی توپ ها با سیستم ایمنی بدن میزبان فهرست بندی می شود. توضیحات: برای نشان دادن و انتقال موثر اطلاعات مربوط به اپی توپ های ایمنی، یک هستی شناسی رسمی توسعه داده شد. معناشناسی حوزه اپی توپ و مفاهیم مرتبط به عنوان سلسله مراتبی از طبقات، که نشان دهنده روابط عمومی و تخصصی بین مفاهیم مختلف است، در نظر گرفته شد. فهرست کامل کلاس‌ها و ویژگی‌های آن‌ها را می‌توانید در . نتیجه‌گیری: هستی‌شناسی IEDB اولین هستی‌شناسی است که به طور خاص برای گرفتن اطلاعات شیمیایی و بیوشیمیایی ذاتی مربوط به اپی توپ‌های ایمنی با اطلاعات مربوط به تعامل این ساختارها با مولکول‌های مشتق شده از سیستم ایمنی میزبان طراحی شده است. ما پیش‌بینی می‌کنیم که توسعه این نوع هستی‌شناسی و پایگاه‌های داده مرتبط، توصیف دقیق داده‌های مربوط به اپی توپ‌های ایمنی را تسهیل می‌کند و ممکن است در نهایت به روش‌های کاملاً جدیدی برای توصیف و مدل‌سازی پاسخ‌های ایمنی منجر شود.
هستی شناسی برای اپی توپ های ایمنی: کاربرد برای طراحی پایگاه داده وسیعی از واکنش های ایمنی
1r65yam5
پس‌زمینه ماهی‌های سالمونید جزو گونه‌های مدل ماهی هستند که به طور گسترده مورد مطالعه قرار گرفته‌اند، اما گزارش‌هایی در مورد ارزیابی سیستماتیک ژن‌های مرجع در مطالعات qRT-PCR وجود ندارد. نتایج: پایداری شش ژن مرجع بالقوه در هشت بافت ماهی قزل آلا اقیانوس اطلس (Salmo salar) مورد بررسی قرار گرفت تا مناسب‌ترین ژن مورد استفاده در آنالیزهای کمی RT-PCR تعیین شود. سطوح رونویسی نسبی ژن‌های کدکننده 18S rRNA، پروتئین ریبوزومی S20، β-اکتین، گلیسرآلدئید-3P-دهیدروژناز (GAPDH) و دو ژن پارالوگ کدکننده فاکتور افزایش طول 1A (EF1A(A) و EF1A(B)) در آبشش اندازه‌گیری شد. ، کبد، کلیه سر، طحال، تیموس، مغز، ماهیچه و روده خلفی در شش ماهی بالغ درمان‌نشده، به‌علاوه گروهی از افراد که از طریق سمولتفیکیشن مواجه شدند. بر اساس محاسبات انجام شده با اپلت geNorm VBA، که پایدارترین ژن ها را از مجموعه ای از ژن های آزمایش شده در یک نمونه cDNA مشخص تعیین می کند، رتبه بندی ژن های مورد بررسی در ماهی آزاد اقیانوس اطلس بالغ EF1A(B)>EF1A(A)>β بود. -اکتین>18S rRNA>S20>GAPDH. هنگامی که محاسبات یکسان بر روی 24 فرد از چهار مرحله در فرآیند smoltification (presmolt، smolt، آب دریا ذوب شده و آب شیرین حذف شده) انجام شد، رتبه بندی ژن EF1A(B)>EF1A(A)>S20>β-اکتین بود. >18S rRNA>GAPDH. نتیجه گیری: به طور کلی، این کار نشان می دهد که ژن های EF1A(A) و EF1A(B) می توانند به عنوان ژن های مرجع در بررسی qRT-PCR بیان ژن در ماهی آزاد اقیانوس اطلس مفید باشند.
ارزیابی ژن های مرجع بالقوه در مطالعات RT-PCR بلادرنگ ماهی آزاد اقیانوس اطلس
oa4lzkru
زئونوزها، بیماری هایی که از حیوانات به انسان می پرند، یک مشکل بهداشتی رو به رشد در سراسر جهان هستند. بنابراین درک علل و اثرات آنها بر انسان به موضوع مهمی برای سلامت عمومی جهانی تبدیل شده است
موجودات خشن
qva0jt86
پس زمینه و روش ها: متاپنوموویروس انسانی (hMPV) یک ویروس تنفسی اخیراً کشف شده است که با برونشیولیت، پنومونی، کروپ و تشدید آسم مرتبط است. از آنجایی که ویروس های تنفسی اغلب در بیماران مبتلا به تشدید حاد COPD (AE-COPD) شناسایی می شوند، هدف ما بررسی فراوانی تشخیص hMPV در یک گروه آینده نگر از بیماران بستری با AE-COPD در مقایسه با بیماران مبتلا به COPD پایدار و افراد سیگاری بدون COPD بود. با استفاده از RT-PCR زمان واقعی کمی. نتایج: ما شستشوی بینی و خلط القایی 130 بیمار مبتلا به AE-COPD، 65 بیمار مبتلا به COPD پایدار و 34 فرد سیگاری بدون COPD را بررسی کردیم. HMPV در 3/130 (2.3%) بیمار AE-COPD با میانگین 6.5 × 10(5) نسخه ویروسی در میلی لیتر در شستشوی بینی و 1.88 × 10(5) نسخه ویروسی در میلی لیتر در خلط القایی تشخیص داده شد. در بیماران مبتلا به COPD پایدار یا افراد سیگاری بدون COPD یافت نشد. نتیجه‌گیری: HMPV تنها در تعداد بسیار کمی از بیماران مبتلا به AE-COPD یافت می‌شود. با این حال باید آن را به عنوان یک محرک ویروسی احتمالی بیشتر AE-COPD در نظر گرفت زیرا حمل بدون علامت بعید است.
ارتباط متاپنوموویروس انسانی در تشدید COPD
vw8xjo9t
پروژه بزرگ به برخی از نگرانی های اخلاقی پیرامون جهانی شدن و سلامت می پردازد.
پیامدهای اخلاق زیستی جهانی شدن: پروژه کنسرسیوم بین المللی کمیسیون اروپا
bnnl700a
سابقه و هدف: مطالعه حاضر با هدف ارائه اطلاعات در مورد آگاهی از بخش قابل انتساب علل سرطان در میان جمعیت عمومی ژاپن انجام شد. روش‌ها: یک نمونه نماینده سراسری از 2000 ژاپنی 20 ساله یا بالاتر در مورد درک و سطح نگرانی آنها در مورد عوامل خطر محیطی و ژنتیکی مختلف در رابطه با پیشگیری از سرطان، به عنوان بخشی از یک نظرسنجی Omnibus سؤال شد. مصاحبه ها با 1355 نفر (609 مرد و 746 زن) انجام شد. نتایج: در میان 12 کاندید عامل خطر، کسر قابل انتساب عفونت ویروسی و باکتریایی ایجاد کننده سرطان بالاترین (51٪) و پس از آن سیگار کشیدن (43٪)، استرس (39٪) و مواد شیمیایی مختل کننده غدد درون ریز (39٪) در نظر گرفته شد. 37 درصد. از سوی دیگر، کسرهای قابل انتساب سرطان توسط ماهی و گوشت زغال‌شده (21%) و نوشیدن الکل (22%) در مقایسه با سایر کاندیدهای عامل خطر پایین در نظر گرفته شد. برای اکثر عوامل خطر، پاسخ‌های کسر قابل انتساب در زنان بیشتر از مردان بود. به طور کلی، آزمودنی‌ها تمایل داشتند با مقادیر بالاتری نسبت به آنچه که توسط شواهد اپیدمیولوژیک در غرب تخمین زده شده بود، پاسخ دهند. بخش قابل انتساب سرطان که گمان می رود از نظر ژنتیکی تعیین شود 32 درصد بود، در حالی که 36 درصد سرطان با بهبود سبک زندگی قابل پیشگیری بود. نتیجه‌گیری: نتایج ما نشان می‌دهد که آگاهی از بخش قابل انتساب علل سرطان در جمعیت عمومی ژاپن به‌جای عوامل اصلی سبک زندگی مانند رژیم غذایی، تحت سلطه عفونت‌های سرطان‌زا، قرار گرفتن در معرض شغلی، آلودگی هوا و مواد افزودنی است.
آگاهی عمومی از عوامل خطر سرطان در میان جمعیت عمومی ژاپن: یک نظرسنجی مبتنی بر جمعیت
m71xkuo9
پس زمینه: توسعه یک دستگاه آزمایشی عملی در نقطه مراقبت ژن (دستگاه g-POCT) نیازمند روش‌های تشخیص نوآورانه برای نشان دادن نتایج واکنش تقویت ژن بدون استفاده از تجهیزات گران قیمت است. ما یک روش جدید را برای تشخیص بصری توالی خاص مقادیر دقیقه اسیدهای نوکلئیک با استفاده از واکنش رسوب با افزودن پلیمرهای کاتیونی به آمپلیکن های تقویت همدما با واسطه حلقه (LAMP) مطالعه کرده ایم. نتایج: پروب‌های DNA Oligo نشان‌دار شده با رنگ‌های فلورسنت مختلف برای قالب‌های اسید نوکلئیک متعدد آماده شدند و قالب‌ها با واکنش‌های LAMP تحت وجود پروب‌ها تقویت شدند. در تکمیل واکنش LAMP، مقدار بهینه پلی اتیلنیمین با وزن مولکولی کم (PEI) اضافه شد که منجر به رسوب مجتمع نامحلول LAMP amplicon-PEI شد. پروب های DNA Oligo نشاندار شده با فلورسنت هیبرید شده با محصول LAMP در رسوب گنجانده شدند و رسوب فلورسانس مربوط به قالب های اسید نوکلئیک تقویت شده را منتشر کرد. رنگ فلورسانس ساطع شده را می توان به راحتی با چشم غیرمسلح بر روی یک روشن کننده UV معمولی تشخیص داد. نتیجه‌گیری: وجود یا عدم وجود مقدار کمی از قالب‌های اسید نوکلئیک را می‌توان به روشی ساده از طریق ارزیابی بصری برای رنگ رسوب کمپلکس LAMP amplicon-PEI تشخیص داد. نتیجه می گیریم که این روش تشخیص ممکن است توسعه دستگاه کوچک و ساده g-POCT را تسهیل کند.
تشخیص بصری خاص توالی واکنش های LAMP با افزودن پلیمرهای کاتیونی
s64v656n
مصرف مواد مخدر غیرقانونی و HIV/AIDS در 10 تا 20 سال گذشته در چین به سرعت افزایش یافته است. این مقاله به بررسی سوء مصرف مواد مخدر در چین، اپیدمی HIV/AIDS و ارتباط آن با مصرف مواد مخدر تزریقی (IDU) و سیاست های چین در مورد سوء مصرف مواد مخدر غیرقانونی و پیشگیری از HIV/AIDS بر اساس ادبیات منتشر شده و داده های رسمی منتشر نشده می پردازد. چین به عنوان یک کشور عمده انتقال مواد مخدر با مواد مخدر از مناطق مثلث طلایی و هلال طلا در آسیا، به بازار مصرف مواد مخدر بسیار مهم تبدیل شده است. حدود نیمی از 1.14 میلیون مصرف کننده مواد مخدر در چین تزریق می کنند و بسیاری از آنها سوزن مشترک دارند. IDU تا کنون در 42 درصد موارد تجمعی گزارش شده HIV/AIDS نقش داشته است. قاچاق مواد مخدر در چین غیرقانونی است و می تواند منجر به مجازات اعدام شود. ادارات امنیت عمومی رویکرد تحمل صفر را برای مصرف مواد مخدر اتخاذ می کنند که با سیاست های کاهش آسیب ادارات بهداشت عمومی در تضاد است. تجربه گذشته در چین نشان می دهد که سرکوب قاچاق مواد مخدر و منع مصرف مواد مخدر به تنهایی نمی تواند از همه مشکلات مربوط به مواد مخدر غیرقانونی در عصر جهانی شدن جلوگیری یا حل کند. در سال‌های اخیر، دولت مرکزی مجموعه‌ای از سیاست‌های عمل‌گرایانه را برای تشویق برنامه‌های کاهش آسیب ترسیم کرده است. در همین حال، برخی از دولت های محلی برای مقابله جدی با سوء مصرف مواد مخدر و مشکلات HIV/AIDS بسیج نشده اند. تقویت رهبری دولت در سطوح مرکزی و محلی؛ افزایش برنامه های جایگزینی متادون و تعویض سوزن؛ ارائه مشاوره و آزمایش داوطلبانه اچ آی وی در دسترس و مقرون به صرفه برای مصرف کنندگان مواد مخدر شهری و روستایی؛ و افزایش استفاده از سازمان های اطلاع رسانی و غیردولتی به عنوان استراتژی های اضافی برای کمک به مقابله با مشکل اچ آی وی و سوء مصرف مواد در چین ارائه شده است.
مصرف مواد مخدر تزریقی و HIV/AIDS در چین: بررسی وضعیت فعلی، پیشگیری و پیامدهای سیاست
oluq7v0h
خنثی سازی ویروس نیل غربی (WNV) در داخل بدن با ایجاد یک پاسخ آنتی بادی در برابر پروتئین پوشش ویروسی (E) ارتباط دارد. با استفاده از جهش زایی تصادفی و نمایش سطح مخمر، ما بقایای تماس فردی 14 آنتی بادی مونوکلونال تازه تولید شده را علیه دامنه III پروتئین WNV E تعریف کردیم. آنتی بادی‌های مونوکلونال که WNV را به شدت خنثی می‌کردند، در یک وصله سطحی در وجه جانبی دامنه III قرار گرفتند. آنتی بادی های نقاهت از افرادی که از عفونت WNV بهبود یافته بودند نیز این اپی توپ را شناسایی کردند. یک آنتی بادی مونوکلونال، E16، 10 سویه مختلف را در شرایط آزمایشگاهی خنثی کرد، و اثربخشی درمانی را در موش نشان داد، حتی زمانی که به عنوان یک دوز واحد 5 روز پس از عفونت تجویز شد. یک نسخه انسانی از E16 تولید شد که ویژگی آنتی ژن، علاقه و فعالیت خنثی کننده را حفظ کرد. در کارآزمایی‌های درمانی پس از قرار گرفتن در معرض روی موش، یک دوز واحد از E16 انسانی موش‌ها را در برابر مرگ‌ومیر ناشی از WNV محافظت کرد و بنابراین ممکن است یک گزینه درمانی مناسب در برابر عفونت WNV در انسان باشد. اطلاعات تکمیلی: نسخه آنلاین این مقاله (doi:10.1038/nm1240) حاوی مطالب تکمیلی است که در دسترس کاربران مجاز است.
توسعه یک آنتی بادی مونوکلونال انسانی با پتانسیل درمانی علیه ویروس نیل غربی
tw6wusxe
پس‌زمینه: برنامه‌های آمادگی ملی کنونی، ادارات بهداشت محلی را ملزم می‌کنند که نقشی اساسی در واکنش به یک بیماری همه‌گیر آنفولانزا، یک تهدید بزرگ بهداشت عمومی که سازمان بهداشت جهانی آن را حتمی و احتمالاً قریب‌الوقوع توصیف کرده است، ایفا کنند. برای درک دیدگاه کارکنان بهداشت عمومی محلی نسبت به پاسخ آنفلوانزای همه گیر، ما 308 کارمند در سه بخش بهداشت مریلند را از مارس تا ژوئیه 2005 بررسی کردیم، در مورد عواملی که ممکن است بر توانایی و تمایل آنها برای گزارش به وظیفه در چنین رویدادی تأثیر بگذارد. نتایج: داده ها نشان می دهد که تقریباً نیمی از کارکنان بخش بهداشت محلی احتمالاً در طول یک بیماری همه گیر به وظیفه خود گزارش نمی دهند. احتمال گزارش دهی به وظیفه برای بالینی (OR: 2.5؛ CI 1.3-4.7) به طور قابل توجهی بیشتر از کارکنان فنی و پشتیبانی بود، و درک اهمیت نقش فرد در پاسخ کلی آژانس، تنها تأثیرگذارترین عامل مرتبط با تمایل به گزارش (Or Multivariate: 9.5؛ CI 4.6-19.9). نتیجه‌گیری: خطر درک شده در میان کارکنان بهداشت عمومی با عوامل متعددی مرتبط با خطر واقعی این رویداد مرتبط است. این تعدیل‌کننده‌های ادراک خطر و شکاف‌های دانش شناسایی‌شده به‌عنوان موانعی برای پاسخ به آنفولانزای همه‌گیر عمل می‌کنند و باید به طور خاص برای فعال کردن پاسخ بهداشت عمومی محلی مؤثر به این تهدید مهم مورد توجه قرار گیرند.
ادراک کارکنان بهداشت عمومی محلی نسبت به واکنش به یک بیماری همه گیر آنفولانزا
58czem0j
پس‌زمینه: همانطور که تعدادی از مفسران اشاره کرده‌اند، سارس آسیب‌پذیری‌های سیستم‌های مراقبت بهداشتی و ساختارهای حاکمیتی ما را آشکار کرد. متخصصان مراقبت های بهداشتی (HCP) و سیستم های بیمارستانی که بار عمده شیوع سارس را متحمل شده اند، همچنان با پیامدهای این بحران مبارزه می کنند. در واقع، HCP ها - هم در مراقبت های بالینی و هم در بهداشت عمومی - به شدت توسط SARS مورد آزمایش قرار گرفتند. خواسته‌های بی‌سابقه‌ای روی مهارت‌ها و تخصص‌هایشان گذاشته شد و تعهد شخصی آنها به حرفه‌شان به شدت مورد آزمایش قرار گرفت. بسیاری از آنها در معرض خطر جدی عوارض و مرگ و میر قرار داشتند، همانطور که توسط ارقام سازمان بهداشت جهانی نشان می دهد که تقریباً 30٪ موارد گزارش شده در میان HCP ها بودند که برخی از آنها به دلیل عفونت جان خود را از دست دادند. علی‌رغم این چالش، کدهای اخلاق حرفه‌ای در مورد وظیفه مراقبت در هنگام شیوع بیماری‌های واگیر سکوت می‌کنند، بنابراین هیچ راهنمایی در مورد آنچه از HCP انتظار می‌رود یا اینکه چگونه باید به وظیفه خود برای مراقبت در مواجهه با خطر برخورد کنند ارائه نمی‌کنند. بحث: در عواقب سارس و با شبح یک آنفلوانزای پرندگان همه گیر، ضروری است که ما تعهدات HCP را برای بیماران مبتلا به بیماری های عفونی شدید، به ویژه بیماری هایی که برای کسانی که مراقبت می کنند، خطراتی ایجاد می کنند، (دوباره) بررسی کنیم. بسیار مهم است که سازمان‌هایی که نماینده HCP هستند، نشانه‌های واضحی از استانداردهای مراقبتی که از اعضایشان در صورت همه‌گیری انتظار می‌رود ارائه دهند. در این مقاله، به موضوع تعهدات ویژه HCP در هنگام شیوع بیماری عفونی می پردازیم. ما استدلال می کنیم که نیاز مبرمی برای روشن شدن حقوق و مسئولیت های HCP در شرایط فعلی آمادگی آنفولانزای همه گیر وجود دارد، و این حقوق و مسئولیت ها باید در کدهای اخلاقی حرفه ای مدون شوند. در نهایت، ما یک حسابداری تاریخی مختصر از درمان وظیفه مراقبت در کدهای اخلاقی مراقبت های بهداشتی حرفه ای ارائه می کنیم. خلاصه: یک بررسی صادقانه و انتقادی از نقش HCP در طول شیوع بیماری‌های واگیر به منظور ارائه دستورالعمل‌های مربوط به حقوق و مسئولیت‌های حرفه‌ای و همچنین وظایف و تعهدات اخلاقی مورد نیاز است. با این مقاله، ما امیدواریم که گفتگوی اجتماعی را باز کنیم و بحث عمومی را در مورد این موضوع فزاینده فوری پیش ببریم.
در مورد بیماری های همه گیر و وظیفه مراقبت: وظیفه چه کسی؟ چه کسی اهمیت می دهد
x7wg7e9s
پتانسیل ضد سرطانی کاتچین های مشتق شده از چای سبز به خوبی شناخته نشده است، تا حدی به این دلیل که به نظر می رسد سرکوب رشد مرتبط با کاتچین و/یا آپوپتوز با نوع و مرحله بدخیمی و همچنین با نوع کاتچین متفاوت است. این مطالعه آزمایشگاهی اثرات بیولوژیکی اپی کاتچین (EC)، اپی گالوکاتچین (EGC)، EC 3-gallate (ECG) و EGC 3-gallate (EGCG) را در رده های سلولی سرطان های جنسیت خاص مورد بررسی قرار داد. رده های سلولی توسعه یافته از سرطان پروستات محدود به اندام (HH870) و متاستاتیک (DU145)، و از سرطان تخمدان اپیتلیال متوسط ​​(HH450) و ضعیف (HH639) با یا بدون EC، EGC، ECG یا EGCG رشد کردند. زمانی که سلول‌های تیمار نشده به هم‌ریزی رسیدند، زنده‌مانی و زمان دو برابر شدن برای سلول‌های تیمار شده و تیمار نشده اندازه‌گیری شد. در حالی که درمان EC تکثیر سلول‌های HH639 را تا 50 درصد کاهش داد، EGCG تکثیر تمام رده‌های سلولی را تا 50 درصد سرکوب کرد. ECG حتی قوی‌تر بود: سلول‌های DU145، HH870، HH450 و HH639 را در غلظت‌های 24، 27، 29 و 30 میکرومولار مهار کرد، در حالی که EGCG سلول‌های DU145، HH870، HH450، HH450 و HH639، و غلظت‌های HH5،4، و HH639 را مهار کرد. در مقایسه با EGCG، ECG به طور موثرتری رشد سرطان پروستات و رده های سلولی سرطان تخمدان اپیتلیال ناشی از تومورهای بیماران با مراحل مختلف بیماری را سرکوب می کند.
اپی کاتچین های خالص شده از چای سبز (Camellia sinensis) به طور متفاوت رشد رده های سلولی سرطانی انسان وابسته به جنسیت را سرکوب می کند.
utglk4af
سابقه و هدف: بیماران مبتلا به بیماری مزمن انسدادی ریه (COPD) می توانند تشدید شرایط خود را تجربه کنند. تشدید رویدادی است که بر حسب توصیفات یا علائم ذهنی تعریف می شود، یعنی تنگی نفس، سرفه و خلط که به اندازه کافی بدتر می شود تا تغییر در مدیریت پزشکی را تضمین کند. نیاز به نشانگرهای قابل اعتمادی وجود دارد که مکانیسم‌های پاتولوژیک را که زمینه‌ساز شدت تشدید هستند را منعکس کنند و بتوان از آنها به عنوان جایگزینی برای ارزیابی اثرات درمان در مطالعات بالینی استفاده کرد. اطلاعات کمی در مورد چگونگی تغییر متغیرهای مطالعه موجود و نشانگرهای پیشنهادی در فاز پایدار و تشدید COPD وجود دارد. در تلاش برای یافتن بهترین جایگزین‌ها برای تشدید، ادبیات را مرور کرده‌ایم تا مشخص کنیم کدام یک از این نشانگرها به شیوه‌ای سازگار با شدت رویداد تشدید تغییر می‌کنند. روش ها: ما بین سال های 1966 تا ژوئیه 2004 پایگاه های داده استاندارد را با استفاده از کلمات کلیدی و اصطلاحات اصلی جست و جو کرده ایم. مطالعاتی که اطلاعات دموگرافیک، اسپیرومتری، نشانگرهای بالقوه و معیارهای واجد شرایط بودن را ارائه کردند در این مطالعه گنجانده شدند. گرایش‌ها و پراکندگی‌های مرکزی برای همه متغیرها و نشانگرهای گزارش‌شده و جمع‌آوری‌شده توسط ما ابتدا با توجه به حجم نمونه و معیارهای ATS/ERS 2004 شدت تشدید سطوح I تا III جدول‌بندی شدند. با توجه به شباهت احتمالی بیماران در سطوح II و III، داده‌ها نیز به دسته‌های تشدید، یعنی سرپایی (سطح I) و بستری (سطح II و III ترکیبی) مجدداً تعریف شدند. برای هر دو رویکرد، ما یک متاآنالیز اثر ثابت را بر روی هر یک از متغیرهای گزارش شده انجام دادیم. ResultsWe در مجموع 268 مطالعه گزارش شده بین سالهای 1979 تا ژوئیه 2004 را وارد کردیم. این مطالعات 142407 بیمار مبتلا به COPD را بررسی کردند. تنش دی اکسید کربن شریانی و میزان تنفس از نظر آماری بین تمام سطوح شدت تشدید و در تنظیمات سرپایی و بستری متفاوت بود. اکثر معیارهای دیگر روابط ضعیفی با سطح یا تنظیمات نشان دادند، یا داده‌های کافی برای اجازه دادن به متاآنالیز را نداشتند. نتیجه‌گیری: دی اکسید کربن شریانی و سرعت تنفس به شیوه‌ای ثابت با شدت تشدید و وضعیت بیمار متفاوت بود. بسیاری از معیارهای دیگر همبستگی ضعیفی را نشان دادند که باید در مطالعات طولی آینده بیشتر مورد بررسی قرار گیرد یا با استفاده از تکنیک‌های مدل‌سازی ریاضی پیشنهادی ارزیابی شود.
نشانگرهای شدت تشدید در بیماری انسدادی مزمن ریه
i5fcedbo
چکیده علمی
bjjft7ut
انجمن پزشکی داخلی عمومی: بیست و هشتمین نشست سالانه نیواورلئان، لس آنجلس 11-14 می 2005: خارج از هرج و مرج: نقش حیاتی متخصصان عمومی، چکیده مقالات پذیرفته شده برای ارائه
urk7fe34
وینیت های بالینی
u09rn09u
چکیده ها
kvztcwu2
عکس های بالینی
9r62ffew
سابقه و هدف: محدودیت اصلی در انجام پروفایل بیان ژن در کل ژنوم، سنجش ژن‌های با بیان کم است. رویکردهایی با توان عملیاتی بالا و حساسیت بالا برای سنجش رونوشت‌های با بیان کم برای مطالعات ژنومی عملکردی ضروری است. ترکیبی از روش‌های هیبریداسیون کاهشی سرکوب‌کننده (SSH) و ریزآرایه cDNA با استفاده از کلون‌های cDNA تفریق‌شده به‌عنوان پروب‌های چاپ‌شده بر روی تراشه‌ها، کارایی برای صید کردن کلون‌های بیان‌شده متفاوت را تا حد زیادی بهبود بخشیده است و قبلاً استفاده شده است. با این حال، توالی‌یابی خسته‌کننده و ناکارآمد برای شناسایی ژن‌ها از جمله تعداد زیاد افزونگی در آمپلیکون‌های تفریق‌شده، کار می‌کند و مزایای اصلی حساسیت بالای SSH را در پروفایل‌سازی رونوشت‌های با بیان کم قربانی می‌کند. نتایج: ما ترکیب قبلی روش‌های SSH و ریزآرایه را با استفاده مستقیم از آمپلیکون‌های کم‌شده به‌عنوان هدف برای هیبرید کردن ریزآرایه‌های cDNA از پیش ساخته شده (به نام «SSH/microarray») اصلاح کردیم. mRNA تهیه شده از سه جفت بافت کبد کبدی و غیرهپاتومی در معرض سنجش SSH/microarray، و همچنین به طور مستقیم برای سنجش ریزآرایه cDNA معمولی قرار گرفت. در مقایسه با سنجش‌های ترکیبی اصلی SSH و ریزآرایه، سنجش‌های SSH/microarray اصلاح‌شده امکان بازرسی بسیار آسان‌تر از بازده تفریق و شناسایی ژن‌ها در آمپلیکون‌های تفریق‌شده را بدون کار خسته‌کننده و ناکارآمد توالی‌یابی فراهم می‌کند. از سوی دیگر، 5015 ژن از 9376 ژن که در ابتدا توسط سنجش‌های ریزآرایه cDNA معمولی فیلتر شده بودند، به دلیل بیان کم، توسط سنجش‌های SSH/microarray قابل تجزیه و تحلیل شدند. علاوه بر این، سنجش‌های SSH/ریزآرایه حدود ده برابر بیشتر (701 در مقابل 69) ژن‌های بیان شده متفاوت HCC (حداقل اختلاف دو برابری و P <0.01)، به‌ویژه برای کسانی که رونوشت‌های نادری داشتند، نسبت به سنجش‌های ریزآرایه cDNA معمولی شناسایی کردند. . بیان دیفرانسیل در 9 ژن به طور تصادفی انتخاب شده در 18 جفت بافت کبد کبدی / غیر کبدی با استفاده از RT-PCR کمی تایید شد. رویکردهای SSH/ریزآرایه منجر به شناسایی بسیاری از ژن‌های بیان‌شده متفاوتی شد که در تنظیم چرخه سلولی، مرگ سلولی، انتقال سیگنال و مورفوژنز سلولی نقش دارند، که نشان‌دهنده دخالت فرآیندهای چند بیولوژیکی در سرطان‌زایی کبدی است. نتیجه‌گیری: روش اصلاح‌شده SSH/microarray یک ابزار ساده اما با حساسیت بالا و کارآمد برای پروفایل متفاوت رونوشت‌های با بیان کم است. برای کاربرد در مطالعات ژنومی عملکردی بسیار مناسب است.
پروفیل افتراقی رونوشت‌های کم بیان کبدی انسان با استفاده از یک رویکرد جدید SSH/microarray
d3cko4j2
توسعه فناوری ریزآرایه DNA در یک دهه پیش منجر به ایجاد ژنومیک عملکردی به عنوان یکی از فعال ترین و موفق ترین رشته های علمی امروزی شد. با توسعه مداوم فناوری ریزآرایه ایمونومیک - یک فناوری قابل آدرس دهی فضایی و مقیاس بزرگ برای اندازه گیری پاسخ ایمونولوژیکی خاص - چالش جدید ایمونومیکس عملکردی در حال ظهور است که شباهت هایی به ژنومیک عملکردی دارد اما به طور قابل توجهی متفاوت از ژنومیک عملکردی است. داده های ایمنی با موفقیت برای شناسایی نشانگرهای بیولوژیکی دخیل در بیماری های خودایمنی، آلرژی ها، عفونت های ویروسی مانند ویروس نقص ایمنی انسانی (HIV)، آنفولانزا، دیابت و پاسخ به واکسن های سرطان استفاده شده است. این بررسی قصد دارد یک چشم انداز منسجم از این حوزه علمی نوپا ارائه دهد و در مورد مسیرهای تحقیقاتی آینده حدس بزند. ما در برخی موضوعات طولانی مانند پیش‌بینی اپی توپ، فناوری ریزآرایه ایمنی و کاربردهای آن، و محاسبات و چالش‌های آماری مربوط به ایمونومیک عملکردی بحث می‌کنیم. بر اساس کشف اخیر مکانیسم‌های تنظیم در پاسخ‌های سلول T، ما استفاده از ریزآرایه‌های ایمنی را به عنوان ابزاری برای پیشرفت در زیست‌شناسی سیستم‌های پاسخ‌های ایمنی سلولی، با استفاده از مدل‌های شبکه تنظیم‌کننده ایمونومیک در نظر می‌گیریم.
از ژنومیک عملکردی تا ایمونومیک عملکردی: چالش های جدید، مشکلات قدیمی، پاداش های بزرگ
hwlvk68z
پس زمینه: از آنجایی که آبله (واریولا ماژور) ممکن است به عنوان یک سلاح بیولوژیکی استفاده شود، ما شیوع بیماری در اروپا و آمریکای شمالی پس از جنگ جهانی دوم را بررسی کردیم تا الگوهای انتقال آبله را درک کنیم. روش‌ها: یک مرور سیستماتیک برای شناسایی مقالاتی از کتابخانه ملی پزشکی، Embase، Biosis، کتابخانه کاکرین، مرکز اطلاعات فنی دفاعی، WorldCat، و فهرست‌های مرجع از انتشارات موجود استفاده شد. دو نویسنده مقالات انتخابی را برای شیوع آبله بررسی کردند. نتایج: 51 شیوع مرتبط از 1389 نشریه شناسایی شد. میانگین نرخ تولید مثل نسل اول موثر (R اولیه) 2 (محدوده 0-38) بود. اکثر موارد شیوع کوچک (کمتر از 5 مورد) و در یک نسل بودند. شیوع با تعداد کمی از بیماران بستری در بیمارستان دارای مقادیر R اولیه پایین (میانگین 1) بود و اگر در ابتدا تشخیص داده نشد طولانی شد (میانگین 3 نسل). شیوع با بیماران عمدتاً بستری در بیمارستان دارای مقادیر R اولیه بالاتر (متوسط ​​12) و کوتاهتر (میانگین 3 نسل) بود. موارد شاخص با تظاهرات غیر معمول آبله احتمال کمتری داشت که مبتلا به آبله تشخیص داده شوند. طغیان هایی که در آنها مورد شاخص به درستی تشخیص داده نشده بود، بزرگتر (میانگین 27.5 مورد) و طولانی تر (میانگین 3 نسل) در مقایسه با شیوع هایی که در آنها مورد شاخص به درستی تشخیص داده شده بود (میانگین 3 مورد و 1 نسل). نتیجه‌گیری: الگوهای انتشار در طول شیوع آبله با شرایط متفاوت است، اما تشخیص زودهنگام و اجرای اقدامات کنترلی مهم‌ترین تأثیر بر بزرگی شیوع است. اکثر شیوع های مورد مطالعه در اروپا و آمریکای شمالی در صورت تشخیص زودهنگام طی چند نسل کنترل می شوند.
الگوهای انتقال آبله: بررسی سیستماتیک شیوع طبیعی در اروپا و آمریکای شمالی از زمان جنگ جهانی دوم
w5fxen70
پس زمینه: تعاریف مورد به عنوان عناصر مهم سیستم های مراقبت سلامت عمومی شناخته شده است. آنها برای اطمینان از مقایسه و سازگاری داده های نظارتی هستند و تأثیر مهمی بر حساسیت و ارزش پیش بینی مثبت یک سیستم نظارت دارند. پایایی تعاریف موردی به ندرت به طور سیستماتیک بررسی شده است. روش‌ها: ما با درخواست از همه 425 بخش بهداشت محلی (LHD) و 16 بخش بهداشت ایالتی (SHD) در آلمان، یک تست Round-Robin انجام دادیم تا گزیده‌ای از 68 نمونه مورد را با استفاده از تعاریف مورد طبقه‌بندی کنند. با تجزیه و تحلیل چند متغیره، ما عوامل مرتبط با توافق طبقه بندی با استاندارد طلا را بررسی کردیم که توسط یک پانل متخصص تعریف شده بود. نتایج: در مجموع 7870 طبقه بندی توسط 396 LHD (93٪) و همه SHD انجام شد. حساسیت گزارش 90.0 درصد، ارزش اخباری مثبت 76.6 درصد بود. نمونه‌های مورد فلج اطفال کمترین دقت گزارش را داشتند، نمونه‌های مورد سالمونلوز بیشترین دقت را داشتند (OR = 0.008؛ CI: 0.005-0.013). تعاریف موردی با قالب چک لیست معیارهای بالینی به دقت گزارش بالاتری نسبت به تعاریف موردی با توصیف روایی منجر شد (OR = 3.08؛ CI: 2.47-3.83). دقت گزارش در بین SHD در مقایسه با LHD بالاتر بود (OR = 1.52؛ CI: 1.14-2.02). نتیجه‌گیری: یافته‌های ما منجر به بازنگری سیستماتیک تعاریف موردی آلمانی شد و مبنایی برای توصیه‌های کلی برای ایجاد تعاریف موردی ایجاد کرد. از جمله این موارد شامل این است که معیارهای بله/خیر قابل آزمایش در قالب چک لیست احتمالاً قابلیت اطمینان را بهبود می بخشد و نرم افزار مورد استفاده برای انتقال داده ها باید مطابق دقیق با تعاریف موردی طراحی شود. یافته‌های این مطالعه تا حد زیادی برای تعاریف موردی در بسیاری از کشورها یا شبکه‌های بین‌المللی دیگر کاربرد دارد، زیرا آنها دارای ویژگی‌های ساختاری و ویرایشی مشابهی از تعاریف مورد ارزیابی شده در این مطالعه قبل از تجدید نظر هستند.
قابلیت اطمینان تعاریف موردی برای نظارت بر سلامت عمومی با روش آزمون Round-Robin ارزیابی شده است
mq6bterc
پنومونی مرتبط با ونتیلاتور (VAP) علت اصلی عوارض و مرگ و میر در بخش‌های مراقبت‌های ویژه است. بروز VAP در مطالعات مختلف از 7 تا 70 درصد متغیر است و میزان مرگ و میر بر اساس جمعیت مورد مطالعه 20 تا 75 درصد است. آسپیراسیون میکروارگانیسم های بیماری زا کلونیزه شده روی اوروفارنکس و دستگاه گوارش، مسیر اصلی ایجاد VAP است. از طرف دیگر، عامل خطر اصلی برای VAP لوله گذاری و مدت زمان تهویه مکانیکی است. تشخیص همچنان دشوار است و مطالعات اهمیت شروع زودهنگام آنتی بیوتیک مناسب برای پیش آگهی را نشان دادند. VAP باعث طول بیشتر اقامت در بیمارستان و بخش مراقبت های ویژه و افزایش هزینه بیمارستان می شود. در نتیجه، سیاست های کنترل عفونت منطقی تر است و باعث صرفه جویی در هزینه می شود.
پنومونی مرتبط با ونتیلاتور و کنترل عفونت
yxhk1qm3
سابقه و هدف: شیوع عمده بیماری دست، پا و دهان مرتبط با انتروویروس انسانی 71 در ساراواک در سال 1997 آغاز یک سری شیوع در منطقه آسیا و اقیانوسیه بود. برخی از این همه‌گیری‌ها تعداد تلفات غیرمعمول بالایی داشتند و این باعث ایجاد ترس و اضطراب زیادی در منطقه شد. روش‌ها: ما یک برنامه نظارت نگهبان برای بیماری دست، پا و دهان در ساراواک، مالزی، در مارس 1998 ایجاد کردیم، و مشاهدات 7 سال اول در اینجا شرح داده شده است. جداسازی ویروس، سروتیپ و ژنوتیپ بر روی سواب های گلو، رکتوم، وزیکول و سایر سواب ها انجام شد. نتایج: در این دوره ساراواک دو شیوع انتروویروس انسانی 71 داشت، در سال‌های 2000 و 2003. سویه‌های غالب که در شیوع سال‌های 1997، 2000 و 2003 در گردش بودند، همگی از ژنوگروه B بودند، اما سویه‌های جدا شده در طول هر شیوع مجزا از یکدیگر بودند. دیگر شیوع انتروویروس 71 انسانی در یک الگوی چرخه‌ای هر سه سال یکبار رخ می‌دهد و Coxsackievirus A16 با انتروویروس انسانی 71 به گردش در می‌آید. اگرچه وزیکول‌ها به احتمال زیاد یک ایزوله ایجاد می‌کنند، این نمونه در اکثر موارد به طور کلی در دسترس نبود و بنابراین دریافت سواب گلو به این نتیجه رسید. کارآمدترین راه برای به دست آوردن اطلاعات ویروسی باشد. نتیجه‌گیری: دانش اپیدمیولوژی انتقال انتروویروس 71 انسانی به پرسنل بهداشت عمومی اجازه می‌دهد تا زمان وقوع همه‌گیری را پیش‌بینی کنند و مداخلات را به شیوه‌ای مؤثر برای کاهش بار بیماری برنامه‌ریزی کنند.
نظارت نگهبان برای انتروویروس انسانی 71 در ساراواک، مالزی: درس هایی از 7 سال اول
bpnfupzv
بیست و ششمین سمپوزیوم بین المللی مراقبت های ویژه و اورژانس، 21 تا 24 مارس 2006، بروکسل، بلژیک
j3p1u80n
واکسن‌های ویروس زنده هم ایمنی هومورال و هم ایمنی سلولی را فعال می‌کنند، فقط به یک تقویت نیاز دارند و عموماً محافظت ایمنی طولانی‌تری نسبت به واکسن‌های کشته یا زیرواحد ایجاد می‌کنند. با این حال، رشد واکسن‌های ویروس زنده باید کاهش یابد تا اثرات بیماری‌زای بالقوه آن‌ها به حداقل برسد، و مکانیسم‌های تضعیف توسط سازگاری ویروسی با انتقال سریالی معمولی به خوبی شناخته نشده است. روش‌های جدید تضعیف مبتنی بر مهندسی منطقی ژنوم‌های ویروسی ممکن است کنترل بالقوه بیشتری را ارائه دهند، اگر بتوان تغییرات ژنتیکی تعریف شده را به تغییرات در رشد ویروس مرتبط کرد. برای شروع ایجاد چنین پیوندهایی بین ژنوتیپ و فنوتیپ رشد، ما یک مدل کامپیوتری برای رشد داخل سلولی ویروس استوماتیت تاولی (VSV)، یک ویروس RNA رشته منفی که به خوبی مطالعه شده است، ایجاد کردیم. مدل ما مکانیسم‌های تنظیمی ثابت VSV را در حالی که مراحل عفونت نوع وحشی کلیدی را ادغام می‌کند شامل می‌شود: ربودن منابع میزبان، رونویسی، ترجمه و تکثیر، و به دنبال آن مونتاژ و انتشار ذرات VSV نسل. تعمیم مدل نوع وحشی برای اجازه دادن به بازآرایی ژنوم، با رتبه‌بندی تضعیف مشاهده‌شده تجربی برای سویه‌های VSV نوترکیب که موقعیت ژنوم ژن نوکلئوکپسید آن‌ها را تغییر می‌داد، مطابقت داشت. در نهایت، شبیه‌سازی‌های ما نتایج تجربی گزارش‌شده قبلی را نشان می‌دهد که نشان می‌دهد چگونه تغییر موقعیت‌های دیگر ژن‌های VSV پتانسیل کاهش رشد VSV را دارد در حالی که بیان بیش از حد گلیکوپروتئین سطحی VSV ایمنی‌زا است. چنین مدل‌هایی مهندسی واکسن‌های ویروس زنده جدید را با پیوند دادن دستکاری‌های ژنومی به تغییرات کنترل‌شده در بیان ژن و رشد ویروس تسهیل می‌کنند.
طراحی مبتنی بر مدل ویروس‌های ضعیف‌شده با رشد
5eqdrd52
تداخل RNA (RNAi) یک روش قدرتمند برای خاموش کردن ژن خاص است که ممکن است به استراتژی‌های درمانی نویدبخش نیز منجر شود. این از طریق RNA های مداخله گر کوچک (siRNA ها) که به طور خاص باعث برش و تخریب بعدی mRNA هدف خود می شوند، انجام می شود. یکی از عوامل حیاتی توانایی انتقال siRNA های دست نخورده به سلول ها/ اندام های هدف in vivo است. این بررسی مکانیسم RNAi و دستورالعمل‌های طراحی siRNA بهینه را برجسته می‌کند. این یک نمای کلی از مطالعات مبتنی بر کاربرد سیستمیک یا موضعی siRNA های برهنه یا استفاده از سیستم های مختلف تحویل siRNA غیر ویروسی را ارائه می دهد. یکی از راه های امیدوارکننده، کمپلکس شدن siRNA ها با پلی اتیلنیمین (PEI) است که به طور موثر siRNA ها را تثبیت می کند و پس از تجویز سیستمیک، منجر به تحویل siRNA های دست نخورده به اندام های مختلف می شود. اثرات ضد توموری PEI/siRNA با واسطه قرار دادن ژن در داخل بدن پروتئین‌های مرتبط با تومور مانند مدل‌های پیوند زنوگرافت تومور موش توصیف شده‌اند.
سیستم های تحویل برای کاربرد مستقیم siRNA ها برای القای تداخل RNA (RNAi) در داخل بدن
p5jtwb3l
بیوسنسورهای الکتروشیمیایی پایش گلوکز را متحول کرده اند اما هنوز به وعده خود مبنی بر جایگزینی کم هزینه و تشخیص مستقیم برای تست های تقویت ژنتیکی مانند PCR عمل نکرده اند [K. کرمان، م. کوبایاشی، ای. تمیا، روندهای اخیر در فناوری بیوسنسور DNA الکتروشیمیایی، Meas. علمی تکنولوژی 15 (2004) R1-R11; A. Chaubey، B.D. مالهوترا، بیوسنسورهای واسطه. Biosens. بیوالکترون. 17 (6-7) (2002) 441-456]. پیش‌بینی می‌شود که ادغام ساختارهای شیمیایی نانومقیاس مانند تک لایه‌های خود مونتاژ شده با حسگرهای زیستی الکتروشیمیایی، حساسیت را با کاهش نویز ذاتی سیستم افزایش می‌دهد. ما یک رویکرد حسی زیستی جدید را طراحی کرده‌ایم که چنین ادغامی را در خود جای داده است و به حساسیت‌های سریع و بسیار کم غلظت بدون تقویت هدف دست یافته‌ایم. نمونه‌های خام با بافر لیز مخلوط می‌شوند تا امکان هیبریداسیون اهداف اسید نوکلئیک با لنگر و پروب‌های سیگنال قبل از تثبیت آنزیم سیگنال‌دهنده نزدیک به سطح حسگر زیستی فراهم شود. یک پتانسیل بایاس متعاقبا اعمال می شود و محصول جانبی ثانویه یک واکنش پراکسیداز حلقوی اندازه گیری می شود. مطالعات بیشتر کاربرد رویکرد ما در پروتئین، شیمی بالینی و سنجش یونی را نشان داده است.
آنالیز مولکولی الکتروشیمیایی بدون تقویت اسید نوکلئیک
c5hrdrtu
سابقه و هدف: کنترل هورمونی بلوغ تخمک و تخمک گذاری و همچنین مکانیسم های مولکولی بلوغ هسته ای به طور کامل در ماهی مورد مطالعه قرار گرفته است. در مقابل، سایر رویدادهای مولکولی که در تخمدان در طول پس از ویتلوژنز رخ می‌دهند، بسیار کمتر مورد توجه قرار گرفته‌اند. MethodsNylon ریزآرایه نمایش 9152 cDNA ماهی قزل آلای رنگین کمان با استفاده از نمونه های RNA نشات گرفته از بافت تخمدان جمع آوری شده در اواخر ویتلوژنز، پس از ویتلوژنز و بلوغ تخمک هیبرید شد. ژن های بیان شده با استفاده از تجزیه و تحلیل آماری شناسایی شدند. تجزیه و تحلیل خوشه‌بندی نظارت شده تنها با استفاده از ژن‌های بیان شده متفاوت به منظور شناسایی خوشه‌های ژنی که پروفایل‌های بیان مشابهی دارند انجام شد. علاوه بر این، ژن‌های خاصی انتخاب شدند و بیان تخمدانی قبل از تخمک گذاری آنها با استفاده از Real-time PCR آنالیز شد. نتایج: از تجزیه و تحلیل آماری، 310 ژن با بیان متفاوت شناسایی شد. در میان آن ژن ها، 90 ژن در زمان بلوغ تخمک تنظیم شده بودند در حالی که 220 ژن الگوی مخالف را نشان دادند. پس از تجزیه و تحلیل خوشه‌بندی، 90 کلون متعلق به 3 خوشه ژنی که برجسته‌ترین الگوهای بیانی را نشان می‌دهند برای تجزیه و تحلیل بیشتر نگهداری شدند. با استفاده از آنالیز بلادرنگ PCR، ما یک تنظیم قوی ژن‌های انتقال یون و آب مانند aquaporin 4 (aqp4) و pendrin (slc26) را مشاهده کردیم. علاوه بر این، افزایش چشمگیر ژن وازوتوسین (avt) مشاهده شد. علاوه بر این، آنزیم مبدل آنژیوتانسین 2 (ace2)، فاکتور انعقادی V (cf5)، آدام 22، و ژن‌های کموکاین cxcl14 در زمان بلوغ تخمک تنظیم شدیدی را نشان دادند. در نهایت، آروماتاز ​​تخمدان (cyp19a1) کاهش چشمگیری را در دوره پس از ویتلوژنیک نشان داد، در حالی که یک تنظیم پایین سیتیدین مونوفسفات-N-استیل نورآمینیک اسید هیدروکسیلاز (cmah) در زمان بلوغ تخمک مشاهده شد. نتیجه گیری: ما بیان بیش از 300 ژن را نشان دادیم که اغلب آنها قبلا مطالعه نشده یا ناشناخته بودند در تخمدان پیش از تخمک گذاری ماهی. داده های ما تنظیم پایین ژن های سنتز استروژن را در طول دوره قبل از تخمک گذاری تایید کرد. علاوه بر این، تنظیم قوی ژن‌های aqp4 و slc26 قبل از تخمک‌گذاری نشان‌دهنده مشارکت آن‌ها در فرآیند هیدراتاسیون تخمک است که در آن زمان اتفاق می‌افتد. علاوه بر این، در میان کلون های تنظیم شده، چندین ژن مانند cxcl14، ace2، adam22، cf5 دارای عملکردهای پیش التهابی، گشادکننده عروق، پروتئولیتیک و انعقاد هستند. هویت و الگوهای بیان این ژن ها از نظریه مقایسه تخمک گذاری با یک واکنش التهابی حمایت می کند.
شناسایی شرکت کنندگان جدید در فرآیندهای بلوغ تخمک و تخمک گذاری ماهی قزل آلای رنگین کمان (Oncorhynchus mykiss) با استفاده از ریزآرایه های cDNA
pk7pnmlo
پس‌زمینه: EpiFlex یک مدل کامپیوتری انعطاف‌پذیر و آسان برای استفاده برای یک کامپیوتر است که برای استفاده توسط یک کاربر که نیازی به متخصص بودن ندارد، در نظر گرفته شده است. هدف آن مطالعه در سیلیکو رفتار اپیدمی طیف گسترده ای از بیماری ها، چه شناخته شده و چه نظری، با شبیه سازی گسترش آنها در سطح افراد مبتلا و آلوده به دیگران است. برای درک کامل سیستم، این مقاله باید همراه با مطالعه نرم افزار و نتایج آن خوانده شود. EpiFlex با استفاده از نتایج مدل‌سازی اپیدمی‌های آنفولانزای A و مقایسه آن‌ها با انواع منابع داده‌های میدانی و انواع دیگر مدل‌سازی ارزیابی می‌شود. EpiFlex یک سیستم شی گرا مونت کارلو است که موجودیت هایی را برای مطابقت با افراد، ناقلان بیماری، بیماری ها و مکان هایی که میزبان ممکن است در آن زندگی کند، اختصاص می دهد. EpiFlex هشت نوع تماس مختلف را برای یک بیماری تعریف می کند. مخاطبین در داخل مکان های داخل مدل ایجاد می شوند. جمعیت ها از گروه های جمعیتی تشکیل شده اند که هر یک از آنها چرخه ای از جابجایی بین مکان ها دارند. در داخل مکان ها، سوپراسپردینگ با انحراف توزیع های تماسی تعریف می شود. نتایج: EpiFlex سه پدیده مورد علاقه برای سلامت عمومی را نشان می‌دهد: (1) R(0) متغیر است، و هر چه جمعیت کوچک‌تر باشد، بخش آلوده در آن جمعیت بزرگ‌تر خواهد بود. (2) فشرده سازی/همگام سازی قابل توجه بین شهرها با ضریب تقریباً 2 بین مرحله نهفتگی اولیه یک اپیدمی چند شهر و مرحله تظاهرات اصلی اتفاق می افتد. (3) اگر داده‌های بهتری در مورد عوارض واقعی در دسترس بود، میزبان‌های بدون علامت بیشتری نسبت به آنچه که در حال حاضر برای آنفولانزا تصور می‌کنیم، بیماری را منتشر می‌کردند. این نتایج نشان می‌دهد که تحقیقات میدانی برای مطالعه چنین پدیده‌هایی، در عین گرانی، باید ارزشمند باشد. نتیجه گیری: از آنجایی که EpiFlex تمام مراحل پیشرفت بیماری را نشان می دهد، بینش دقیق در مورد پیشرفت اپیدمی ها امکان پذیر است. EpiFlex ویژگی چندوجهی و تغییرات ظاهراً تصادفی داده‌های دنیای واقعی را نشان می‌دهد، اما این کار را به عنوان یک ویژگی نوظهور از یک مدل با دقت ساخته شده از پویایی بیماری انجام می‌دهد و صرفاً یک سیستم تصادفی نیست. EpiFlex می‌تواند درک بهتری از بیماری‌های عفونی و استراتژی‌های واکنش ارائه دهد.
یک مدل شبیه‌سازی شی برای مدل‌سازی اپیدمی‌های بیماری فرضی - EpiFlex
nhb4o6ty
سابقه و هدف: همه ایالت ها به نوعی آزمایش برای نوزادان نیاز دارند، اما سیاست ها به دور از استاندارد بودن هستند. در برخی از ایالت‌ها، غربالگری نوزادان ممکن است شامل آزمایش‌های ژنتیکی برای طیف وسیعی از اهداف باشد، اما هزینه‌ها و پیچیدگی‌های آزمایش‌های ژنتیکی جدیدتر از گسترش غربالگری نوزادان جلوگیری می‌کند. ما توسعه و ارزیابی فنی یک پلت فرم مالتی پلکس را توصیف می کنیم که ممکن است غربالگری ژنتیکی نوزاد را افزایش دهد. روش‌ها: MultiCode(®) PLx شامل سه مرحله اصلی است: PCR، پسوند هدف خاص، و رمزگشایی تراشه مایع. هر مرحله در همان ظرف واکنش انجام می شود و آزمایش در ~ 3 ساعت کامل می شود. برای برچسب زدن مکان خاص و رمزگشایی دمای اتاق، از یک جفت پایه اضافی ساخته شده از ایزوگوانوزین و ایزوسیتیدین استفاده می کنیم. ما از این روش برای آزمایش جهش در ژن تنظیم‌کننده رسانایی گذرنده غشایی فیبروز کیستیک (CFTR) استفاده کردیم. آزمایش توسعه‌یافته به‌صورت دستی و با جابجایی خودکار مایعات انجام شد. در ابتدا، 225 نمونه با طیف وسیعی از ژنوتیپ ها به صورت گذشته نگر با این روش مورد آزمایش قرار گرفتند. یک مطالعه آینده نگر از نمونه های بیش از 400 نوزاد استفاده کرد. نتایج: در مطالعه گذشته نگر، 99.1 درصد از نمونه ها به درستی ژنوتیپ شدند و هیچ تماس نادرستی انجام نشد. در مطالعه چشم انداز، 95 درصد از نمونه ها به درستی برای همه اهداف ژنوتیپ شدند و هیچ تماس نادرستی وجود نداشت. نتیجه‌گیری: پلت‌فرم مالتی پلکس ژنتیکی منحصربه‌فرد با موفقیت توانست 31 هدف را در ژن CFTR آزمایش کند و تخصیص ژنوتیپ دقیق را در یک محیط بالینی ارائه دهد.
تجزیه و تحلیل ژنتیکی چندگانه با استفاده از الفبای ژنتیکی توسعه یافته
xgwbl8em
تغییر چارچوب ریبوزومی برنامه ریزی شده مکانیزمی را برای رمزگشایی اطلاعات واقع در دو فریم خواندن همپوشانی با منحرف کردن نسبتی از ریبوزوم های ترجمه شده به یک قاب خواندن باز دوم (ORF) فراهم می کند. نتیجه تولید دو پروتئین است: محصول ترجمه استاندارد از ORF1 و یک پروتئین همجوشی ORF1-ORF2. چنین تغییر چارچوب برنامه ریزی شده معمولاً به عنوان مکانیزم بیان ژن در ویروس هایی که سلول های یوکاریوتی و زیر مجموعه ای از ژن های سلولی را آلوده می کنند، استفاده می شود. ساختارهای ثانویه RNA، متشکل از گره های کاذب یا حلقه های ساقه، که در پایین دست محل تغییر قرار دارند، اغلب به عنوان محرک های سیس تغییر قاب عمل می کنند. در اینجا، ما برای اولین بار نشان می‌دهیم که الیگونوکلئوتیدهای آنتی‌سنس می‌توانند به طور عملکردی این ساختارهای RNA را برای القای تغییر قاب ریبوزومی ۱+ در هنگام بازپخت در پایین دست سایت تغییر قاب، UCC UGA تقلید کنند. جابجایی ریبوزوم ناشی از آنتی سنس در چارچوب خواندن +1 در هر دو واکنش ترجمه لیزات رتیکولوسیت خرگوش و در سلول‌های پستانداران کشت‌شده بسیار کارآمد است. کارایی تغییر قاب ناشی از آنتی سنس در این سایت به بافت توالی 5' محل تغییر و سطوح پلی آمین پاسخگو است.
تغییر قاب ریبوزومی ناشی از آنتی سنس
69gftii4
قوانین استاندارد رمزگشایی ترجمه‌ای ژنتیکی در ژن‌های خاص توسط رویدادهای مختلف تغییر می‌یابند که در سطح جهانی به آن رمزگذاری مجدد می‌گویند. در Archaea، رمزگذاری مجدد به صراحت تا کنون تنها برای رویدادهای خواندن کدون خاتمه تعیین شده است. ما در اینجا مکانیسم بیان ژنی را که برای یک α-l-fucosidase کد می‌کند از آرکئون سولفولوبوس سولفاتاریکوس (fucA1) مطالعه می‌کنیم، که در دو قاب خواندن باز که با تغییر فریم -1 از هم جدا شده‌اند، تقسیم می‌شود. بیان ژن اسپلیت نوع وحشی در اشرشیاکلی منجر به تولید با تغییر قاب پلی پپتیدهای تمام قد با بازده 5 درصد شد. جهش در محل تنظیمی که در آن جابجایی صورت می گیرد نشان می دهد که بیان در داخل بدن به روشی برنامه ریزی شده رخ می دهد. علاوه بر این، ما یک محصول تمام قد از fucA1 را در عصاره های S.solfataricus شناسایی می کنیم که این ژن را در شرایط آزمایشگاهی با پیروی از تغییر فریم -1 برنامه ریزی شده ترجمه می کند. این اولین نمایش تجربی است که نشان می دهد این نوع رمزگذاری مجدد در آرکیا وجود دارد.
ژن یک α-l-fucosidase باستانی با تغییر چارچوب ترجمه بیان می شود
vefs1h6o
ویروس ها ژنوم هایی با قابلیت تکثیر هستند که از نظر ژن نسبتاً ضعیف هستند. حتی بزرگترین ویروس ها (به عنوان مثال ویروس های هرپس) فقط کمی بیش از 200 فریم خواندن باز (ORF) را رمزگذاری می کنند. با این حال، از آنجایی که ویروس‌ها به طور اجباری در داخل سلول‌ها تکثیر می‌شوند، و با توجه به اینکه تکامل ممکن است توسط یک اصل صرفه‌جویی در مقیاس هدایت شود، منطقی است که حدس بزنیم که بسیاری از ویروس‌ها توانایی ترکیب پروتئین‌های رمزگذاری‌شده سلولی برای ارائه عملکردهای جایگزین مورد نیاز را ایجاد کرده‌اند. بررسی سیلیکو از پایگاه‌های داده توالی ویروسی نشان می‌دهد که اکثر ویروس‌های RNA مثبت و دو رشته‌ای دارای ORF برای هلیکازهای RNA هستند. از سوی دیگر، ژنوم رتروویروس‌ها فاقد هلیکاز کدگذاری شده با ویروس هستند. در اینجا، به طور خلاصه این مفهوم را بررسی می کنیم که ویروس نقص ایمنی انسانی (HIV-1) توانایی استفاده از یک یا چند هلیکاز RNA سلولی را برای چرخه حیات همانندسازی خود پذیرفته است.
نقش هلیکازهای RNA در تکثیر HIV-1
1ypgij14
پس زمینه: نمایش فاژ به طور گسترده در تحقیقات پایه مانند اکتشاف سایت ها و شبکه های تعامل پروتئین- پروتئین و تحقیقات کاربردی مانند توسعه داروهای جدید، واکسن ها و تشخیص استفاده می شود. همچنین به روشی امیدوارکننده برای نقشه برداری اپی توپ تبدیل شده است. تحقیقات بر روی الگوریتم‌های جدیدی که به نقشه‌برداری اپی‌توپ مبتنی بر نمایش فاژ کمک و خودکارسازی می‌کنند، گروه‌های زیادی را جذب کرده است. بسیاری از ابزارهای موجود تاکنون به عنوان یک سرویس آنلاین پیاده‌سازی نشده‌اند، اما دسترسی، استفاده و ارزیابی آن‌ها را برای جامعه آسان‌تر می‌کند. نتایج: ما MIMOX را ارائه می کنیم، یک ابزار وب رایگان که به ترسیم اپی توپ بومی یک آنتی بادی بر اساس یک یا چند میموتوپ ارائه شده توسط کاربر و ساختار آنتی ژن کمک می کند. MIMOX با استفاده از ماژول های پروژه Bioperl در Perl کدگذاری شد. دارای دو بخش است. در بخش اول، MIMOX یک رابط ساده برای ClustalW فراهم می‌کند تا مجموعه‌ای از mimotopes را تراز کند. همچنین یک روش آماری ساده را برای استخراج دنباله اجماع ارائه می دهد و JalView را به عنوان یک اپلت جاوا برای مشاهده و مدیریت ترازها تعبیه می کند. در بخش دوم، MIMOX می‌تواند یک میموتوپ منفرد یا یک توالی اجماع از مجموعه‌ای از میموتوپ‌ها را بر روی ساختار آنتی ژن مربوطه نقشه‌برداری کند و تمام خوشه‌هایی از باقیمانده‌ها را که می‌توانند اپی توپ بومی را نشان دهند، جستجو کند. NACCESS برای ارزیابی دسترسی سطحی خوشه های نامزد استفاده می شود. و Jmol تعبیه شده است تا آنها را به صورت تعاملی در زمینه سه بعدی خود مشاهده کنید. مطالعات موردی اولیه نشان می‌دهد که MIMOX می‌تواند نگاشت‌ها را از ابزارهای موجود مانند FINDMAP و 3DEX بازتولید کند و همچنین نتایج جدید و منطقی ارائه دهد. نتیجه گیری: یک ابزار مبتنی بر وب به نام MIMOX برای نقشه برداری اپی توپ مبتنی بر نمایش فاژ توسعه داده شده است. به عنوان یک سرویس آنلاین در دسترس عموم در این زمینه، دسترسی به جامعه، استفاده، و ارزیابی و تکمیل سایر برنامه های موجود راحت است. MIMOX به صورت رایگان در دسترس است.
MIMOX: یک ابزار وب برای نگاشت اپی توپ مبتنی بر نمایش فاژ
1axxmq84
در ضایعات مولتیپل اسکلروزیس، میلین‌سازی مجدد معمولاً با دوره‌های دمیلینه‌کننده مکرر یا مزمن با شکست مواجه می‌شود و منجر به ناتوانی عصبی می‌شود. مدل‌های دمیلینه‌زدایی حاد در جوندگان معمولاً میلین‌سازی مجدد خود به خودی قوی را نشان می‌دهند که از ارزیابی مناسب استراتژی‌ها برای بهبود شرایط میلین‌سازی مجدد ناکافی جلوگیری می‌کند. در مطالعه حاضر، ما از یک مدل موشی دمیلیناسیون مزمن ناشی از مصرف مداوم 0.2٪ کاپریزون به مدت 12 هفته استفاده کردیم. این فرآیند مزمن جمعیت پیش ساز الیگودندروسیت را کاهش داد و بازسازی الیگودندروسیت را مختل کرد. پس از حذف کوپریزون از رژیم غذایی، رمیلیناسیون مجدد محدود باقی ماند. بیان فاکتور رشد فیبروبلاست 2 (FGF2) به طور مداوم در بدن موش‌های دمیلینه مزمن در مقایسه با موش‌های بدون ضایعه افزایش یافت. ما از موش های FGF2 (-/-) برای تعیین اینکه آیا حذف FGF2 درون زا باعث افزایش میلیناسیون نواحی مزمن دمیلینه شده است یا خیر، استفاده کردیم. موش های نوع وحشی و FGF2 (-/-) دمیلیناسیون مشابهی را در طول درمان مزمن کوپریزون نشان دادند. نکته مهم این است که برخلاف موش‌های نوع وحشی، موش‌های FGF2(-/-) به طور خود به خود در طول دوره بهبودی پس از دمیلینه‌زدایی مزمن، دوباره میلین‌سازی می‌شوند. افزایش میلیناسیون مجدد در موش های FGF2 (-/-) با بازسازی الیگودندروگلیال افزایش یافته مرتبط است. ژنوتیپ FGF2 تراکم سلول های پیش ساز الیگودندروسیت یا سلول های در حال تکثیر را پس از دمیلینه شدن مزمن تغییر نداد. این یافته ها نشان می دهد که تضعیف FGF2 یک محیط ضایعه به اندازه کافی مجاز برای سلول های درون زا ایجاد می کند تا به طور موثر آکسون های زنده را حتی پس از دمیلینه شدن مزمن دوباره میلین کنند.
ترمیم سلول های درون زا دمیلیناسیون مزمن
cxzlmfst
به رسمیت شناخته شده است که اطلاعات دقیق توالی اسید نوکلئیک مفید و حتی مورد نیاز در تشخیص، درمان و نظارت بر بسیاری از پاتوژن های مهم است. از آنجا که تولید اطلاعات دقیق در مورد پاتوژن ها منجر به حجم قابل توجهی داده ها می شود، توسعه روش های تجزیه و تحلیل خودکار برای کاهش زمان تجزیه و تحلیل و استانداردسازی معیارهای شناسایی ضروری است. این امر به ویژه برای سنجش های پاتوژن متعددی که برای کاهش زمان و هزینه های سنجش طراحی شده اند، مهم است. در این مقاله، ما یک الگوریتم موفق برای تشخیص پاتوژن‌ها و گزارش حداکثر سطح جزئیات ممکن با استفاده از ریزآرایه‌های چند پاتوژن ارائه می‌کنیم. این الگوریتم دنباله فراخوانی های پایه را از ریزآرایه فیلتر می کند و ورودی هایی را در پایگاه های داده ژنتیکی پیدا می کند که بیشترین تطابق را دارند. سپس از پایگاه های تاکسونومیک برای ارتباط این ورودی ها به یکدیگر استفاده می شود تا بتوان میکروارگانیسم را شناسایی کرد. اگرچه این روش با استفاده از یک ریزآرایه مجدد توسعه یافته است، اما این رویکرد برای هر روش سنجشی که اطلاعات توالی فراخوانی پایه را تولید می کند، قابل اجرا است. موفقیت و توسعه مداوم این رویکرد به این معنی است که یک غیر متخصص اکنون می تواند تجزیه و تحلیل بدون کمک نتایج به دست آمده از داده های توالی جزئی را انجام دهد.
شناسایی خودکار چندین میکروارگانیسم از ریزآرایه‌های DNA در حال توالی‌یابی
br2p09pg
دقت در ترجمه کد ژنتیکی به پروتئین به تشخیص صحیح tRNA-mRNA در بافت ریبوزوم بستگی دارد. در انسان [فرمول: متن را ببینید] سه پایه اصلاح شده در ساقه-حلقه آنتی کدون وجود دارد - 2-متیل تیو-N6-ترئونیل کاربامویلادنوزین در موقعیت 37 (ms(2)t(6)A37)، 5-متوکسی کربونیل متیل-2-تیوریدین در موقعیت 34 (mcm(5)s(2)U34) و سودوریدین (ψ) در موقعیت 39-دو مورد از آنها، ms(2)t(6)A37 و mcm(5)s(2)U34، برای دستیابی به فعالیت اتصال نوع وحشی انسان نوع وحشی مورد نیاز است [فرمول: متن را ببینید] [C. Yarian, M. Marszalek, E. Sochacka, A. Malkiewicz, R. Guenther, A. Miskiewicz and P. F. Agris (2000) Biochemistry, 39, 13390-13395]. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی نه حلقه ساقه آنتی‌کدون tRNA با ترکیب‌های مختلف بازهای غیر استاندارد انجام شد. شبیه‌سازی نوع وحشی یک ترکیب پلکانی آنتی‌کدون متعارف را نشان داد. اصلاح ms(2)t(6) در موقعیت 37 برای نگهداری این ساختار مورد نیاز است و دسترسی به حلال U36 را کاهش می دهد. Ms(2)t(6)A37 عموماً در سراسر حلقه پیوند هیدروژنی دارد و ممکن است از چرخش U36 به محلول جلوگیری کند. یک مولکول آب در بیشتر زمان شبیه‌سازی با ψ39 هماهنگ می‌شود، اما ضعیف است، زیرا بیشتر طول عمر محل اقامت کمتر از 40 ps است.
شبیه سازی دینامیک مولکولی انسان [فرمول: متن را ببینید]: نقش بازهای اصلاح شده در شناسایی mRNA
kt9pmfdr
در اینجا ما یک روش جدید مبتنی بر اندونوکلئاز IV (Endo IV) را با استفاده از بستری توصیف می‌کنیم که ضایعات ابازیک را که معمولاً در DNA دو رشته‌ای رخ می‌دهند، تقلید می‌کند. سوبسترای سه جزء با هدف DNA تک رشته ای، یک پروب الیگونوکلئوتیدی، که با یک شکاف یک پایه از یک الیگونوکلئوتید کمکی جدا شده است، مشخص می شود. پروب الیگونوکلئوتیدی حاوی یک خاموش کننده غیر فلورسنت در انتهای 5' و فلوروفور متصل به انتهای 3' از طریق یک اتصال دهنده سفت و سخت خاص است. فلورسانس کاوشگر الیگونوکلئوتیدی به طور مؤثری با برهمکنش رنگ نهایی و خاموش کننده هنگامی که هیبرید نشده اند خاموش می شود. پس از هیبریداسیون کاوشگر اولیگونوکلئوتیدی و پروب کمکی به هدف مکمل خود، پیوند فسفودی استر بین پیوند سفت و سخت و انتهای 3' پروب به طور موثری بریده می شود و یک سیگنال فلورسنت ایجاد می کند. در این مطالعه، استفاده از روش Endo IV به عنوان یک سیستم تشخیص تقویت پس از PCR نشان داده شده است. حساسیت و ویژگی بالا با استفاده از تشخیص پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی نشان داده شده است.
یک سیستم جدید ژنوتیپ اندونوکلئاز IV پس از PCR
5fl0rk90
پس زمینه: برنامه ریزی برای شیوع بعدی آنفلوانزای همه گیر در بیمارستان های سراسر جهان در حال انجام است. تجربه جهانی SARS به ما آموخته است که چارچوب‌های اخلاقی برای هدایت تصمیم‌گیری ممکن است به کاهش آسیب‌های جانبی و افزایش اعتماد و همبستگی در داخل و بین سازمان‌های مراقبت‌های بهداشتی کمک کند. برنامه‌ریزی خوب همه‌گیری نیازمند تأمل در ارزش‌ها است، زیرا علم به تنهایی نمی‌تواند به ما بگوید چگونه برای یک بحران بهداشت عمومی آماده شویم. بحث: در این مقاله، ما یک چارچوب اخلاقی برای برنامه ریزی آنفولانزای همه گیر ارائه می کنیم. چارچوب اخلاقی با تخصص از اخلاق بالینی، سازمانی و بهداشت عمومی توسعه داده شد و از طریق فرآیند مشارکت ذینفعان تأیید شد. چارچوب اخلاقی شامل عناصر اساسی و رویه ای برای برنامه ریزی اخلاقی آنفلوانزای همه گیر است. ادغام اصول اخلاقی در برنامه ریزی همه گیر می تواند توسط مدیران ارشد بیمارستان که از استفاده از آن حمایت می کنند، از طریق بررسی چارچوب توسط ذینفعان، و با طراحی یا شناسایی فرآیندهای بررسی تصمیم کمک شود. ما در مورد محاسن و محدودیت‌های یک چارچوب اخلاقی کاربردی برای تصمیم‌گیری بیمارستان، و همچنین استحکام چارچوب بحث می‌کنیم. خلاصه: نیاز به تأمل در مورد مسائل اخلاقی ناشی از شبح شیوع آنفولانزای همه گیر بسیار زیاد است. تلاش‌های ما برای پرداختن به جنبه‌های هنجاری برنامه‌ریزی همه‌گیری در بیمارستان‌ها باعث جلب توجه سایر بیمارستان‌ها و بخش دولتی شده است. این چارچوب به ارزیابی مجدد و اصلاح نیاز دارد و ما امیدواریم که این مقاله بازخوردی در مورد چگونگی قوی‌تر کردن آن ایجاد کند.
آمادگی آنفلوانزای همه گیر: چارچوبی اخلاقی برای هدایت تصمیم گیری
kuf3ssdb
مقدمه: سندرم زجر تنفسی حاد (ARDS) علل ناهمگن، تغییرات پیشرونده سریع و نرخ مرگ و میر بالایی دارد. برای بهبود نتیجه ARDS، تشخیص دقیق برای استفاده از درمان اولیه موثر ضروری است. مطالعه حاضر اثرات بالینی و ایمنی بیوپسی ریه باز (OLB) را در بیماران مبتلا به ARDS در مراحل اولیه مشکوک به منشا غیر عفونی بررسی کرد. روش‌ها: ما یک مطالعه گذشته‌نگر را روی 41 بیمار مبتلا به ARDS در مراحل اولیه (تعریف شده به عنوان یک هفته یا کمتر پس از لوله‌گذاری) انجام دادیم که از سال 1999 تا 2005 در دو بخش مراقبت‌های ویژه پزشکی یک بیمارستان مراقبت‌های عالی تحت OLB قرار گرفتند. میزان عوارض، تشخیص پاتولوژیک، تغییرات درمان و بقای بیمارستان. یافته‌ها: سن بیماران 17 ± 55 سال (میانگین ± انحراف معیار) بود. متوسط ​​نسبت فشار جزئی شریانی اکسیژن (PaO(2)) به کسری از اکسیژن دمیده شده (FiO(2)) در نمونه برداری 43 ± 116 میلی متر جیوه (میانگین ± SD) بود. هفده بیمار (41%) دچار نقص ایمنی بودند. عوارض بعد از عمل در 20 درصد بیماران (41/8) رخ داد. همه بیوپسی ها یک تشخیص پاتولوژیک با بازده تشخیصی 100٪ ارائه کردند. تشخیص های پاتولوژیک خاص برای 44 درصد بیماران (18/41) انجام شد. یافته های بیوپسی منجر به تغییر روش درمان در 73 درصد از بیماران شد (30/41). نرخ تغییر درمان در بیماران با تشخیص های غیراختصاصی بیشتر از بیماران با تشخیص های خاص بود (0024/0 = p). مرگ و میر کلی 50٪ (21/41) بود و تحت تأثیر سن، جنسیت، اکسیژن رسانی قبل از OLB، میزان عوارض، نتایج پاتولوژیک و تغییر درمان قرار نگرفت. هیچ مرگ و میر مرتبط با جراحی وجود نداشت. در این مطالعه میزان بقا برای بیماران نقص ایمنی بهتر از بیماران مبتلا به ایمنی بود (71٪ در مقابل 33٪؛ 0.0187 = p). نتیجه‌گیری: مطالعه گذشته‌نگر ما نشان می‌دهد که OLB یک روش تشخیصی مفید و قابل قبول در برخی از بیماران منتخب مبتلا به ARDS در مراحل اولیه بود.
بیوپسی باز ریه در مراحل اولیه سندرم دیسترس تنفسی حاد
rr2wwvue
توزیع پاتوژن های چند میزبان در محدوده میزبان خود دینامیک جمعیت و ساختار آنها را تعیین می کند. همچنین، عفونت همزمان میزبان توسط پاتوژن‌های مختلف ممکن است پیامدهای مهمی برای تکامل میزبان‌ها و پاتوژن‌ها و تکامل مشترک میزبان و پاتوژن داشته باشد. از این رو، دانستن اینکه آیا توزیع پاتوژن ها در محدوده میزبان آنها تصادفی است یا بین میزبان ها و پاتوژن ها یا بین پاتوژن های مشترک یک میزبان وجود دارد، جالب است. برای تجزیه و تحلیل این مسائل، ما شاخص‌هایی را برای الگوهای مشاهده‌شده عفونت میزبان توسط پاتوژن‌ها، و برای الگوهای مشاهده‌شده عفونت همزمان، و آزمایش‌هایی برای تجزیه و تحلیل اینکه آیا این الگوها با تصادفی بودن یا منعکس‌کننده ارتباط مطابقت دارند، پیشنهاد می‌کنیم. استفاده از این آزمایش‌ها برای شیوع پنج ویروس گیاهی روی 21 گونه گیاهی وحشی، ارتباط میزبان و ویروس را نشان داد: بیشتر میزبان‌ها و ویروس‌ها به ترتیب برای ویروس‌ها و میزبان‌ها انتخابی بودند. جالب توجه است، ویروس‌های انتخاب‌کننده میزبان بیشتر، شیوع بیشتری داشتند، که نشان می‌دهد تخصص میزبان یک استراتژی موفق برای پاتوژن‌های چند میزبان است. آنالیزها همچنین نشان داد که ویروس‌ها تمایل به ارتباط مثبت در میزبان‌های هم‌آلوده دارند. شاخص‌ها و آزمایش‌های توسعه‌یافته ابزارهایی را برای تجزیه و تحلیل این که چقدر قوی و مشترک است این ارتباط در بین گروه‌های مختلف پاتوژن‌ها فراهم می‌کند، که به درک و مدل‌سازی زیست‌شناسی جمعیت پاتوژن‌های چند میزبان کمک می‌کند.
ارتباط و انتخاب میزبان در پاتوژن های چند میزبان
1n0rg5vd
سابقه و هدف: ردیابی تماس نقش مهمی در کنترل بیماری های عفونی نوظهور ایفا می کند، اما هنوز اطلاعات کمی در مورد اثربخشی آن وجود دارد. در اینجا ما از یک مدل ریاضی عمومی استنباط می‌کنیم که چگونه اثربخشی ردیابی به جنبه‌های مختلف زمان، مانند سیر عفونت‌پذیری فردی، (تغییرپذیری) زمان بین عفونت و تشخیص مبتنی بر علائم، و تأخیر در فرآیند ردیابی مربوط می‌شود. علاوه بر این، امکان ردیابی مکرر عفونت های بدون علامت در نظر گرفته شده است. با این بینش‌ها توضیح می‌دهیم که چرا ردیابی تماس برای کنترل آبله و سارس مؤثر بوده و خواهد بود، فقط تا حدی برای بیماری تب برفکی مؤثر است و احتمالاً برای آنفولانزا مؤثر نیست. روش‌ها و یافته‌ها: ما ردیابی تماس را در مدلی از یک اپیدمی در حال ظهور بررسی می‌کنیم که به اندازه کافی انعطاف‌پذیر است تا برای اکثر عفونت‌ها استفاده شود. ما جداسازی عفونت های علامت دار را به عنوان سناریوی اساسی در نظر می گیریم و اثربخشی را به عنوان نسبت تماس هایی که باید برای نسبت تولید مثل کمتر از 1 ردیابی شوند بیان می کنیم. نتایج کلی را برای موارد خاص به دست می آوریم که با توجه به موفقیت احتمالی تفسیر می شوند. ردیابی آنفولانزا، آبله، سارس و اپیدمی های بیماری تب برفکی. نتیجه‌گیری: نتیجه می‌گیریم که (1) هیچ فرمول پیش‌بینی‌کننده کلی برای نسبتی که باید ردیابی شود، همانطور که برای نسبتی که باید واکسینه شود وجود ندارد. (2) تغییر در زمان تشخیص برای ردیابی موثر مطلوب است. (3) لازم نیست اثربخشی ردیابی نسبت به مدت زمان نهفته و تأخیرهای ردیابی حساس باشد. (4) ردیابی تکراری در درجه اول کارایی را بهبود می بخشد زمانی که ردیابی تک مرحله ای در آستانه موثر بودن باشد.
اثربخشی ردیابی تماس در اپیدمی های نوظهور
nzh87aux
پس زمینه: تاخیر زمانی بین شروع یک بیماری همه گیر آنفولانزا و شروع بعدی آن در سایر کشورها بسیار به برنامه ریزی آمادگی مربوط است. ما توزیع این زمان تصادفی را بر حسب مؤلفه‌های جداگانه این تأخیر اندازه‌گیری می‌کنیم و ارزیابی می‌کنیم که چگونه ممکن است تأخیر توسط مداخلات غیردارویی افزایش یابد. روش‌ها و یافته‌ها: مدل ساخته‌شده برای این تأخیر زمانی شامل موارد زیر است: (1) رشد همه‌گیری در منطقه مبدا، (2) تأخیر تا زمانی که یک فرد آلوده از منطقه مبدا به دنبال سفر به یک کشور در معرض خطر باشد، (iii) شانس شناسایی مسافران آلوده با غربالگری در مرزهای خروجی و ورودی، (IV) امکان انتقال در پرواز، (v) احتمال اینکه یک ورود آلوده ممکن است باعث ایجاد یک بیماری همه گیر نشود، و (vi) تاخیر تا زمان آلودگی در کشور در معرض خطر شتاب بیشتری می گیرد. تلاش‌هایی که تعداد تولیدمثل بیماری را در منطقه منشأ به کمتر از دو کاهش می‌دهد و محدودیت‌های شدید سفر برای به تاخیر انداختن یک اپیدمی محلی مؤثرتر است و در شرایط مساعد می‌تواند چندین ماه به تأخیر اضافه کند. از سوی دیگر، این مدل پیش‌بینی می‌کند که غربالگری مرزی برای عفونت علامت‌دار، پوشیدن ماسک محافظ در طول سفر، ترویج زودهنگام موارد ایجاد شده در بین مسافران ورودی و کاهش متوسط ​​در حجم سفر، تاخیر را تنها چند روز یا چند هفته افزایش می‌دهد. انتقال بالاتر در حین پرواز تاخیر را فقط به حداقل کاهش می دهد. نتیجه‌گیری: تأخیر تا ورود اپیدمی آنفلوآنزای سویه‌ای همه‌گیر به کشور در معرض خطر تا حد زیادی با سیر اپیدمی در منطقه مبدا و تعداد مسافرانی که تلاش می‌کنند وارد کشور در معرض خطر شوند تعیین می‌شود و کمی تحت تأثیر قرار می‌گیرد. با مداخلات غیر دارویی که این مسافران را هدف قرار می دهد. به نظر می رسد که ریشه کن کردن یک بیماری همه گیر نوپای در منطقه مبدا، صرف نظر از جلوگیری کامل از سفرهای بین المللی، تنها روش قابل اعتماد برای جلوگیری از گسترش یک سویه همه گیر آنفولانزا از کشور به کشور باشد.
زمان انتظار برای گسترش بین کشوری آنفولانزای همه گیر
1y5nej0m
پروفیلاکسی با دوزهای بالای آنتی بادی خنثی کننده معمولاً محافظت در برابر چالش با ویروس های تولید کننده عفونت های حاد را ارائه می دهد. در این مطالعه، ما توانایی آنتی بادی مونوکلونال انسانی خنثی کننده KZ52 را برای محافظت در برابر ویروس ابولا در ماکاک های رزوس بررسی کرده ایم. قبلا نشان داده شده بود که این آنتی بادی به طور کامل از خوکچه هندی در برابر عفونت محافظت می کند. به چهار ماکاک رزوس 50 میلی‌گرم بر کیلوگرم آنتی‌بادی مونوکلونال انسانی KZ52 به صورت داخل وریدی یک روز قبل از چالش با 1000 واحد پلاک‌ساز ویروس ابولا داده شد و به دنبال آن دوز دوم 50 میلی‌گرم بر کیلوگرم آنتی‌بادی 4 روز پس از چالش داده شد. یک حیوان کنترل در غیاب درمان آنتی بادی در معرض ویروس قرار گرفت. انتقال غیرفعال آنتی بادی مونوکلونال انسانی خنثی کننده نه تنها نتوانست از ماکاکوها در برابر چالش با ویروس ابولا محافظت کند، بلکه تأثیر حداقلی بر تکثیر ویروسی انفجاری پس از عفونت داشت. ما نشان می‌دهیم که ناتوانی آنتی‌بادی برای تأثیرگذاری بر عفونت به دلیل فرار خنثی‌سازی نبوده است. به نظر می‌رسد که ویروس ابولا مکانیسمی برای انتشار عفونت در داخل بدن در ماکاک‌ها دارد که حتی به غلظت‌های بالای آنتی‌بادی خنثی‌کننده نیز به‌طور منحصربه‌فردی غیر حساس است.
آنتی بادی خنثی کننده بر روند عفونت ویروس ابولا در میمون ها تأثیر نمی گذارد
fvfjz7al
پس زمینه: رویدادهای بین المللی و ملی اخیر توجه جدی را به سیستم بهداشت عمومی کانادا و میزان آمادگی این سیستم برای پاسخگویی به انواع مختلف تهدیدات بهداشت عمومی معاصر جلب کرده است. این مقاله طراحی مطالعه و روش‌های مورد استفاده برای انجام یک تحلیل سطح سیستمی آمادگی بهداشت عمومی در استان آلبرتا، کانادا را شرح می‌دهد. این پروژه توسط صندوق تحقیقات بهداشتی، بنیاد تحقیقات پزشکی میراث آلبرتا تامین می شود. روش‌ها/طراحی: ما از یک طرح مطالعه چند موردی تعبیه‌شده استفاده می‌کنیم که روش‌های کمی و کیفی را ادغام می‌کند تا به طور تجربی میزان هماهنگی بین سازمانی موجود در بین آژانس‌های بهداشت عمومی در آلبرتا، کانادا را اندازه‌گیری کنیم. ما معیارهای خود را از پیوندهای شبکه بین سازمانی در چارچوبی در سطح سیستم قرار می دهیم تا تأثیر نسبی پیوندهای بین سازمانی، ویژگی های سازمانی فردی و ویژگی های محیطی سازمانی را بر آمادگی بهداشت عمومی ارزیابی کنیم. سهم نسبی هر جزء برای دو تهدید بالقوه سلامت عمومی مورد بررسی قرار می گیرد: آنفولانزای همه گیر و ویروس نیل غربی. بحث: ابعاد سازمانی آمادگی بهداشت عمومی به ترکیب پیچیده ای از ویژگی های سازمانی فردی، روابط بین سازمانی و عوامل محیطی سازمانی بستگی دارد. مطالعه ما برای تمایز بین این اجزای مختلف سیستم و ارزیابی تأثیر مستقل هر یک بر دیگری و همچنین سطح کلی آمادگی بهداشت عمومی در آلبرتا طراحی شده است. در حالی که همه موافق هستند که سازمان‌های صالح و شبکه‌های فعال مؤلفه‌های مهم آمادگی بهداشت عمومی هستند، این مطالعه یکی از اولین مطالعاتی است که از تجزیه و تحلیل شبکه رسمی برای مطالعه نقش شبکه‌های بین سازمانی در توسعه سیستم‌های بهداشت عمومی آماده استفاده می‌کند.
آمادگی بهداشت عمومی در آلبرتا: یک مطالعه در سطح سیستم
lntn11a9
التهاب در مخاط گوش میانی، که می تواند توسط عوامل اولیه مختلف مانند عفونت باکتریایی و ویروسی، واکنش های آلرژیک موضعی و رفلاکس تحریک شود، رویداد مهمی در پاتوژنز اوتیت میانی همراه با افیوژن (OME) است. پاسخ های التهابی حاد حل نشده یا تنظیم ایمنی معیوب التهاب میانی می تواند فرآیندهای التهابی مزمن را ترویج کرده و شرایط مزمن OME را تحریک کند. سیتوکین ها تنظیم کننده های مولکولی مرکزی التهاب گوش میانی هستند و می توانند فاز حاد التهاب را در مرحله مزمن تغییر دهند و فرآیندهای آسیب شناسی مولکولی را القاء کنند که منجر به تغییرات هیستوپاتولوژیک همراه با OME می شود. در این بررسی ما سیتوکین های شناسایی شده در اوتیت میانی، تنظیم ایمنی [اینترلوکین (IL)-2، IL-10، فاکتور رشد تبدیل کننده بتا]) و آلرژی مرتبط (IL-4، IL-5، فاکتور محرک کلنی گرانولوسیت-ماکروفاژ) را ارائه می کنیم. )، به عنوان تنظیم کننده های مولکولی حیاتی، مسئول التهاب مزمن در گوش میانی و شرایط مزمن OME هستند.
سیتوکین های تنظیم کننده ایمنی و مرتبط با آلرژی در علت شناسی اوتیت میانی همراه با افیوژن
nzk8m912
اختلال عملکرد شناختی در بیماران بدحال شایع است، نه تنها در طول بیماری حاد، بلکه مدت ها پس از رفع آن. تصور می شود که تعداد زیادی از مکانیسم های پاتوفیزیولوژیک زمینه ساز اختلالات شناختی مرتبط با بیماری هستند، از جمله ناهنجاری های انتقال دهنده عصبی و آسیب مغزی منتشر پنهان. نشانگرهایی که می‌توانند برای ارزیابی تأثیر مکانیسم‌های خاص در بیماران فردی مورد استفاده قرار گیرند، شامل فعالیت آنتی کولینرژیک سرم، پروتئین‌های خاص مغز، و تعیین غلظت سدیم بافتی از طریق تصویربرداری تشدید مغناطیسی سه بعدی با وضوح بالا است. اگرچه پیشرفت‌های درمانی اخیر در این زمینه هیجان‌انگیز هستند، اما هنوز برای تأثیرگذاری بر مراقبت از بیمار نابالغ هستند. اگر بخواهیم سهم نسبی مکانیسم‌های خاص در ایجاد اختلال شناختی مرتبط با بیماری مهم را بهتر درک کنیم و تعیین کنیم که آیا این مکانیسم‌ها ممکن است قابل درمان یا پیشگیری باشند، به تحقیقات بیشتری نیاز است.
بررسی نیمکت به بالین: اختلال عملکرد شناختی مرتبط با بیماری بحرانی - مکانیسم‌ها، نشانگرها و درمان‌های نوظهور
ps3mnpzq
ریزآرایه های پروتئینی یک روش همه کاره برای تجزیه و تحلیل بسیاری از فعالیت های بیوشیمیایی پروتئین ارائه می کنند. روش‌های تحلیلی ریزآرایه DNA موجود به دلیل تفاوت بین فناوری‌ها به ریزآرایه‌های پروتئینی تبدیل نمی‌شوند. در اینجا ما یک رویکرد جدید، ProCAT را گزارش می‌کنیم که سوگیری پس‌زمینه و مصنوعات فضایی را تصحیح می‌کند، سیگنال‌های مهم را شناسایی می‌کند، نقاط غیر اختصاصی را فیلتر می‌کند، و سیگنال حاصل را به فراوانی پروتئین عادی می‌کند. ProCAT یک رویکرد جدید قدرتمند و انعطاف پذیر برای تجزیه و تحلیل بسیاری از انواع ریزآرایه های پروتئینی ارائه می دهد.
ProCAT: یک رویکرد تجزیه و تحلیل داده برای ریزآرایه های پروتئینی
m56agj4z
درک کنترل بیان ژن با واسطه فاکتور رونویسی (TF) یک چالش بزرگ در رابط زیست شناسی محاسباتی و تجربی است. تکنیک‌های محاسباتی پیش‌بینی ویژگی سایت اتصال TF اغلب غیرقابل اعتماد هستند. از سوی دیگر، اعتبارسنجی آزمایشی جامع دشوار و زمان بر است. ما یک استراتژی ساده را معرفی می کنیم که به طور چشمگیری استحکام و دقت پیش بینی سایت اتصال محاسباتی را بهبود می بخشد. ابتدا، ما میزان عود پیش‌بینی‌های TFBS محاسباتی را با روش‌های نمونه‌گیری رایج ارزیابی می‌کنیم. ما متوجه شدیم که اکثریت قریب به اتفاق نتایج از نظر بیولوژیکی بی معنی هستند. با این حال، خوشه بندی نتایج بر اساس موقعیت نوکلئوتید، قدرت پیش بینی را بهبود می بخشد. علاوه بر این، متوجه می‌شویم که خوشه‌بندی موقعیتی استحکام را به دنباله‌های ورودی طولانی یا ناقص انتخاب شده افزایش می‌دهد. خوشه‌بندی موقعیتی همچنین می‌تواند به عنوان مکانیزمی برای ادغام نتایج حاصل از روش‌های نمونه‌گیری چندگانه برای بهبود دقت در هر یک به تنهایی مورد استفاده قرار گیرد. در نهایت، ما توالی‌های تنظیمی را پیش‌بینی و تأیید می‌کنیم که تا حدی مسئول کنترل رونویسی ژن‌های زیرواحد اسید γ-آمینوبوتیریک نوع A پستانداران (GABA(A)R) هستند. خوشه‌بندی موقعیتی برای بهبود پیش‌بینی‌های محل اتصال محاسباتی، با کاربرد بالقوه برای بهبود درک ما از بیان ژن پستانداران مفید است. به طور خاص، مکانیسم‌های تنظیمی پیش‌بینی‌شده در خانواده ژن زیرواحد GABA(A)R پستانداران ممکن است راه‌های جدیدی را برای تحقیق در جهت درک این سیستم گیرنده انتقال‌دهنده عصبی مهم از نظر فارماکولوژیک باز کند.
خوشه‌بندی موقعیتی تشخیص محل اتصال محاسباتی را بهبود می‌بخشد و مکان‌های تنظیم‌کننده سیس جدید را در ژن‌های زیرواحد گیرنده GABA(A) پستانداران شناسایی می‌کند.
x2zq0lnt
سابقه و هدف: با افزایش شیوع H5N1 در سراسر جهان، این نگرانی وجود دارد که این ویروس بتواند با عواقب اقتصادی شدید وارد مرغداری‌های تجاری شود. روش‌شناسی/ یافته‌های اصلی: ما داده‌های چهار شیوع اخیر آنفولانزای پرندگان بسیار بیماری‌زا (HPAI) در طیور تجاری را برای تخمین تعداد تولیدمثل مزرعه به مزرعه برای HPAI تجزیه و تحلیل می‌کنیم. عدد تولید مثلی یک معیار کلیدی برای انتقال HPAI در سطح مزرعه است زیرا می توان از آن برای ارزیابی اثربخشی اقدامات کنترلی استفاده کرد. در این شیوع، میانگین تعداد تولیدمثل مزرعه به مزرعه قبل از کنترل از 1.1 تا 2.4 بود، با حداکثر تعداد تولیدمثلی مبتنی بر مزرعه در محدوده 2.2 تا 3.2. افزایش امنیت زیستی، محدودیت‌های حرکتی و ایزوله‌سازی سریع مزارع آلوده در هر چهار شیوع، تعداد تولیدمثل را به میزان قابل‌توجهی کاهش داد، اما نزدیک به مقدار آستانه 1 بود که برای اطمینان از ریشه‌کنی بیماری ضروری بود. نتیجه‌گیری/ اهمیت: نتایج ما نشان می‌دهد که بسته به موقعیت خاصی که در آن شیوع آنفلوانزای پرندگان در آن رخ می‌دهد، کنترل‌های فعلی ممکن است برای ریشه‌کن کردن این بیماری کافی نباشد و بنابراین نظارت دقیق شیوع آن ضروری است. روشی که ما برای تخمین تعداد تولید مثل استفاده کردیم، پیاده سازی ساده است و می تواند در زمان واقعی استفاده شود. بنابراین می تواند ابزار مفیدی برای اطلاع رسانی تصمیمات سیاستی باشد.
قابلیت انتقال آنفلوانزای فوق حاد پرندگان در طیور تجاری در کشورهای صنعتی
hf3nytb2
پس‌زمینه برنامه‌ریزی پاسخ‌های بهداشت عمومی در برابر آنفولانزای همه‌گیر بر مدل‌های پیش‌بینی‌کننده تکیه می‌کند که توسط آن‌ها می‌توان تاثیر استراتژی‌های مداخله‌ای مختلف را ارزیابی کرد. تحقیقات تا به امروز به جای طراحی یک ابزار برنامه ریزی در دسترس عموم که می تواند توسط ادارات بهداشت عمومی اعمال شود، بیشتر بر تولید پیش بینی برای مناطق خاص یا تحت شرایط خاص متمرکز شده است. در اینجا، ما چنین ابزاری را ارائه می‌دهیم که با ساختاری صریحاً فرمول‌بندی شده قابل تکرار است و برای عملکرد با ترکیبی بهینه از الزامات رقابتی دقت، واقع‌گرایی و عمومیت طراحی شده است. نتایج: InfluSim یک مدل محفظه قطعی مبتنی بر سیستمی از بیش از 1000 معادله دیفرانسیل است که مدل کلاسیک SEIR را با پارامترهای بالینی و جمعیت‌شناختی مربوط به برنامه‌ریزی آمادگی همه‌گیری گسترش می‌دهد. این اجازه می دهد تا دوره های زمانی و تعداد تجمعی موارد آنفولانزا، ویزیت های سرپایی، دوزهای درمان ضد ویروسی اعمال شده، بستری شدن در بیمارستان، مرگ و میر و روزهای کاری از دست رفته به دلیل بیماری را تهیه کنید، که همه این موارد ممکن است با جنبه های اقتصادی مرتبط باشد. این نرم افزار به زبان جاوا برنامه ریزی شده است، مستقل از پلتفرم عمل می کند و می تواند بر روی رایانه های رومیزی معمولی اجرا شود. نتیجه گیری: InfluSim یک نرم افزار آنلاین در دسترس است که به طور موثر به برنامه ریزان سلامت عمومی در طراحی مداخلات بهینه در برابر آنفولانزای همه گیر کمک می کند. این می تواند دینامیک عفونت آنفولانزای همه گیر را مانند شبیه سازی های کامپیوتری پیچیده بازتولید کند و در عین حال قابلیت تکرارپذیری، عملکرد محاسباتی بالاتر و عملکرد بهتر را ارائه دهد.
ابزار برنامه ریزی آمادگی برای همه گیری آنفلوانزا InfluSim
byp2eqhd
حشرات اجتماعی قادرند در سطح گروهی و فردی در برابر پاتوژن ها دفاع کنند. در اینجا ما با ارائه یک تجزیه و تحلیل گسترده ژنومی از ایمنی در یک حشره اجتماعی، زنبور عسل Apis mellifera، بر روی دفاع فردی تمرکز می کنیم. ما مدل‌های زنبور عسل را برای هر یک از چهار مسیر سیگنال‌دهی مرتبط با ایمنی ارائه می‌کنیم و ارتولوگ‌های قابل قبول را برای تقریباً همه اعضای مسیر پیش‌بینی‌شده شناسایی می‌کنیم. وقتی زنبورهای عسل با ژنوم‌های مگس سرکه و آنوفل توالی‌یابی شده مقایسه می‌شوند، تقریباً یک سوم ژن‌های موجود در 17 خانواده ژنی را دارند که در ایمنی حشرات نقش دارند. ما پیشنهاد می‌کنیم که کاهش ضمنی انعطاف‌پذیری ایمنی در زنبورها نشان‌دهنده قدرت موانع اجتماعی در برابر بیماری یا تمایل زنبورها به حمله مجموعه محدودی از پاتوژن‌های بسیار تکامل‌یافته است.
مسیرهای ایمنی و مکانیسم های دفاعی در زنبورهای عسل Apis mellifera
End of preview. Expand in Data Studio

TRECCOVID-Fa

An MTEB dataset
Massive Text Embedding Benchmark

TRECCOVID-Fa

Task category t2t
Domains Medical
Reference https://huggingface.co/datasets/MCINext/trec-covid-fa

How to evaluate on this task

You can evaluate an embedding model on this dataset using the following code:

import mteb

task = mteb.get_task("TRECCOVID-Fa")
evaluator = mteb.MTEB([task])

model = mteb.get_model(YOUR_MODEL)
evaluator.run(model)

To learn more about how to run models on mteb task check out the GitHub repository.

Citation

If you use this dataset, please cite the dataset as well as mteb, as this dataset likely includes additional processing as a part of the MMTEB Contribution.

 

@article{enevoldsen2025mmtebmassivemultilingualtext,
  title={MMTEB: Massive Multilingual Text Embedding Benchmark},
  author={Kenneth Enevoldsen and Isaac Chung and Imene Kerboua and Márton Kardos and Ashwin Mathur and David Stap and Jay Gala and Wissam Siblini and Dominik Krzemiński and Genta Indra Winata and Saba Sturua and Saiteja Utpala and Mathieu Ciancone and Marion Schaeffer and Gabriel Sequeira and Diganta Misra and Shreeya Dhakal and Jonathan Rystrøm and Roman Solomatin and Ömer Çağatan and Akash Kundu and Martin Bernstorff and Shitao Xiao and Akshita Sukhlecha and Bhavish Pahwa and Rafał Poświata and Kranthi Kiran GV and Shawon Ashraf and Daniel Auras and Björn Plüster and Jan Philipp Harries and Loïc Magne and Isabelle Mohr and Mariya Hendriksen and Dawei Zhu and Hippolyte Gisserot-Boukhlef and Tom Aarsen and Jan Kostkan and Konrad Wojtasik and Taemin Lee and Marek Šuppa and Crystina Zhang and Roberta Rocca and Mohammed Hamdy and Andrianos Michail and John Yang and Manuel Faysse and Aleksei Vatolin and Nandan Thakur and Manan Dey and Dipam Vasani and Pranjal Chitale and Simone Tedeschi and Nguyen Tai and Artem Snegirev and Michael Günther and Mengzhou Xia and Weijia Shi and Xing Han Lù and Jordan Clive and Gayatri Krishnakumar and Anna Maksimova and Silvan Wehrli and Maria Tikhonova and Henil Panchal and Aleksandr Abramov and Malte Ostendorff and Zheng Liu and Simon Clematide and Lester James Miranda and Alena Fenogenova and Guangyu Song and Ruqiya Bin Safi and Wen-Ding Li and Alessia Borghini and Federico Cassano and Hongjin Su and Jimmy Lin and Howard Yen and Lasse Hansen and Sara Hooker and Chenghao Xiao and Vaibhav Adlakha and Orion Weller and Siva Reddy and Niklas Muennighoff},
  publisher = {arXiv},
  journal={arXiv preprint arXiv:2502.13595},
  year={2025},
  url={https://arxiv.org/abs/2502.13595},
  doi = {10.48550/arXiv.2502.13595},
}

@article{muennighoff2022mteb,
  author = {Muennighoff, Niklas and Tazi, Nouamane and Magne, Loïc and Reimers, Nils},
  title = {MTEB: Massive Text Embedding Benchmark},
  publisher = {arXiv},
  journal={arXiv preprint arXiv:2210.07316},
  year = {2022}
  url = {https://arxiv.org/abs/2210.07316},
  doi = {10.48550/ARXIV.2210.07316},
}

Dataset Statistics

Dataset Statistics

The following code contains the descriptive statistics from the task. These can also be obtained using:

import mteb

task = mteb.get_task("TRECCOVID-Fa")

desc_stats = task.metadata.descriptive_stats
{}

This dataset card was automatically generated using MTEB

Downloads last month
22